故事是描述在美国南北战争的时候，有五个被围困在南军城中的北方人趁着偶然的 林肯岛地图机会用气球逃脱了。他们中途被风暴吹落在南太平洋中的一个荒岛上，但是他们并没有灰心失望，他们团结互助，以集体的智慧和劳动，克服了重重困难，建立起幸福的生活。他们从赤手空拳一直到制造出陶器、玻璃、风磨、电报机……他们挽救了在附近另一孤岛上独居了十二年而失去理智的罪犯（即《格兰特船长的儿女》中被流放的罪犯--艾尔通），使他恢复了人性，成为他们忠实的伙伴。这几个遇难者在荒岛上度过的岁月了，不断发现了不可思议的奇迹。每当他们在危急的时候，似乎总有一个神秘的人在援助他们。原来这人就是《海底两万里》一书中的主人公、潜水船鹦鹉螺号的发明者、反抗压迫的战士——尼摩船长。这些荒岛上的遇难者虽然什么也不缺，但是他们并没有放弃返回祖国的努力。故事的最后，在一次火山爆发中，格兰特船长的儿子罗伯特在最后一刻指挥“邓肯号”游艇来解救他们。回到美国后，这些人在属于自己的土地上，重建林肯岛，让林肯岛精神复活。