康致李第二函——
“李提摩太先生足下：日前着门人汤觉顿到沪，承推爱录用，感甚。近闻贵国大集兵于威海，并议联约德、日、美各国伏义执言，将以救我敝国皇上复辟。仆亲奉密诏，奔走求救，前在香港，曾面晤提督白丽辉君曰：必以救我皇上为主，指颈矢誓，慷慨仗义。今诚得贵国一举而我皇上之位可复，正敝国之新政即可行矣。夫慈禧之篡废，并欲为帝也。但为群小所牵迫为之耳。其始则太监李莲英曾被皇上廷杖，故恐皇上杀之，乃日造谤言于慈禧前，谓皇上将废之，积毁销金，慈禧信之。荣禄素媚李莲英，又藐视皇上，其出督直隶省，有历陈地方办事情形折上慈禧，无折上皇上。皇上知之，严旨申饬，荣禄畏皇上英明，乃迫慈禧以废立之事。且皇上欲行新政，而荒谬之老臣皆当罢黜，故环求于慈禧以废立也。然则慈禧之废立，但为群小所牵率以保全性命耳。若有大国剀切解谕与之立约归政，请皇上待以不死，厚与数百万之供给，亦非不归政也。
仆将诣贵国求救，道过日本，其国民思救我国，情意踊跃，故暂勾留，拟十一月乃动身。足下若暇能来此同游贵国，俾识贵国通才，不胜企望，若度贵国月间即能定救敝国之事，亦恳速函通知，俾仆缓行，至要！
再者门生知县龙泽厚志行高洁，学问通博，闻京师有议捕之，奔走避地，流难无归，若报馆能多用人，请为录用，俾得枝栖，幸甚。敬谒兴居。名另具。十月初八日”
康此函亦有一跋云：“谨按此书为侠士梁铁君代书。梁君名尔煦，顺德人，讲王学。戊戌从亡后累年，丙午七年以行刺那拉后，为袁世凯所杀，烈哉。附书于此，癸亥正月康有为。”
梁启超致李函——
“李提摩太先生阁下：自初六日北京一叙以后，敝邦变故日甚一日，皇上幽囚，志士惨戮，痛不忍言。教师康先生得贵国之保护，幸脱虎口，闻系都中有人致电于上海贵领事，想出于足下之手，大邦仗义之盛心，与足下待友之忠悃，令人感谢无已。弟自别后，为日本政府所保护，安抵东京，近已与康先生相见矣。每念地球各国变法之始，无不流血满地，今弟等虽遭此变，而心愈奋锐也。惟东方之局日亟，若贵邦与美日两国不早为计，他日俄人羽翼既成，无复可望耳，望足下与贵邦诸君子急留意也。康先生在北京时曾承足下代属觅一翻译之人，今有教友汤君觉顿亦康先生之弟子，学问优良，才识博雅，今特令其来沪，以供驱策。谨以信为之先容，伏乞延见，即叩以所学，定知吾言之不谬也。专此奉布，不多及。此请大安。弟梁启超拜。十月一日。”
李提摩太不仅支持维新运动，而且对康党帮助甚力，且为患难知己，实属难得。从康有为寄到上海给李的函中，可见康党寄望于李提摩太打通英国政府，用兵力支持光绪复辟。这种作法实足以激起守旧派和中国士大夫阶级的反感，同时也促成守旧派倾向反动而造成义和民事件的爆发。
李提摩太是救援康有为的主力，这可以从李的助手程济的追忆文中看出。程文是跋康梁给李函之后，文云：
光绪丁戊之间，余佐英人李提摩太君办上海广学会。广学会者，广译泰西史及科学诸书以启牖吾国民智者也。戊戌四月下旬，清德宗景皇帝痛甲午之耻，发愤图强，锐行新政，是时所发诸谕旨，皆出自南海康先生手。康先生以工部主事一微官而得君如此其专，古人中不多睹也。时景帝欲特开懋勤殿，拜李君为顾问大臣。七月廿四日（注：即戊戌年）李君与余航海北行，月杪至京，寓英公使署，适英使避署外出，翌晨乃迳至米市施医院。八月三日午后康先生来言：新政施行甚难，吾顷奉谕旨办上海官报，明日将南下矣。吾欲乞友邦进忠告，而贵邦公使又不在京，至可惜也。李曰：竟不能调和西宫耶？康曰：上行新政，盈廷衰谬诸臣恐被黜，哭诉慈禧，慈禧信之，致横生阻力，夫复调和之可言。
六日午后梁启超偕徐君化镜来，两人抱颈而哭。李曰：哭胡为者？立速谋补救之策。余曰：究竟现在情形若何？梁曰：垂帘之诏已颁，有廷寄与沿江海督抚，务获康先生而甘心焉！谭复生等亦已不入内，无所谓新政矣。仓皇间拭泪而别。忽容纯甫闳来函言政府缇骑四出，梁氏甚危，能为之地否？李曰：梁固知趋避者，毋烦余为划策也。作答书竟负手倚门立，有顷，以淡巴菰一枝贻余，而自吸其一，与余对面坐于短榻上，谓余曰：西人之觇国者，皆言贵邦政治已入正轨，循序以进，不难富且强，不图有此挫折。余曰：全国风气不开，诸顽阉党群附慈禧，欲革新政治，岂易之者，虽然康先生恐不免矣。李曰：在海舶中当无恙，到上海则甚危险矣。余曰：上海贵邦总领事白理南君非吾广学会会长乎？李曰：然，但能否尽力不可知也耳。余曰：万国皆保护政治犯，先生盍发一电以救之。李不语，久又曰：电可发，恐无补耳。且不知所附何船。若在华法界登陆，则败矣。余曰：亦惟尽心焉而已。李颔首者再，凡数易稿，乃授余曰：知此事者惟吾两人，宜深秘之。余虽无惮于贵邦政府，惟在贵邦多交际，则亦不得不尔。余且诺且携稿出外，发电而回。
英领事白君得电请示于伦敦政府英首相沙士勃雷，候复电允许，乃派工部局员濮兰德乘兵舰至吴淞，得康先生于重庆轮船，乘风破浪直抵港，是为康先生出险之始。此外诸事则人多知之，毋俟余之赘述。兹所黏存手札十余纸，乃康在港时与李君书也。李在沪与余晨夕聚处，书札悉以付余，余故得而保存之。此外康先生致余者尚有一函，并赠余诗一首，家人以时禁方严，窃取而焚之，所存者仅此。……册末一札为梁启超手迹，启超久叛其师，无足论者，自戊戌以来，于清室则时或保皇，时或革命；于袁氏则时或诋毁，时或服从。今且公然谓吾国人才以战国时为最盛，此孟子所谓率兽食人，人将相食之时也。又谓自汉武帝尊孔后数千年来，学无进步，人才日衰，今宜无限制输入外国学说，则欲率国人尽弃其学而学外人矣。此系欢迎英人罗素之辞，见于南北报纸者，反觏此札，具言师弟之间沆瀣几若一气，并有虽遭此变而心愈奋锐之语。吾欲知其奋锐之所底止，故附此札于康书之后，以观其究竟焉。后戊戌廿六年，癸亥七月将检付装池，因志其缘起如此。阳湖程济。
康有为逃到香港后，住在港绅何东家中。九月初五他东渡日本。这时梁启超也由日本人掩护逃到日本。
维新变法和戊戌政变一幕就是这样过去了，在这事件中有一个人沾到了“便宜”，就是在小站练兵的袁世凯。
十三、袁的《戊戌日记》
袁世凯出卖光绪皇帝这一段，不仅是清末一件大事，也可说是历史上少见的一段宫廷秘闻。这一大事对袁个人的功名富贵关系极大，而尤其重要，是袁个人人格以及对历史的交代。因为尽管袁因此一事件而青云直上，可是也因此而蒙受奸雄之名。
袁当然也明白这一点，所以他后来透过他的机要秘书张一廏公布了他这一期间的日记。这份日记曾在民国15年（1926年）2月2日、4日、6日、8日刊载于上海《申报》。日记以外，袁还有《自书戊戌纪略后》一文，也是为自己洗脱千秋骂名的，我们特将袁的这两个文件抄录于后：
《戊戌日记》
光绪二十四年七月十九日。予奉召由天津乘第一次火车抵京，租寓法华寺。上驻跸颐和园，即托友人代办请安折膳，定于八月朔请安。次日早起，检点衣冠各件，先派人赴海淀觅租寓所，午后至裕盛轩，遂宿焉。初一日四鼓诣宫门伺候，黎明在毓兰堂召见，上垂询军事甚详，均据实对。候间，即奏曰：“九月有巡幸大典，督臣荣禄饬臣督率修理操场，并先期商演阵图，亟须回津料理，倘无垂询事件，即请训。”奉上谕候四日后请训，可无大耽搁等语。退下，回轩少食就寝。忽有苏拉来报已以侍郎候补，并有军机处交片，奉旨令初五请训。自知非分，汗流浃背，立意疏辞。旋有郭友琴诸友来贺，备告以无寸功，受重赏，决不为福，焉用贺。即商拟疏稿，将力辞，诸友均力阻，遂托友人代办谢恩折。午后谒礼邸不遇。谒刚相国，王裕两尚书均晤，备言无功受赏，万不克称，并商王尚书拟上疏辞。尚书谓出自特恩，辞亦无益，反着痕迹，其谓不可，然此心怦怦殊不自安。次早谢恩召见，复陈无尺寸之功，受破格之赏，惭疏万状。上笑谕：“人人都说你练的兵、办的学堂甚好，此后可与荣禄各办各事”等语。退下，在宫门外候见庆邸，匆匆数语即回寓。会大雨，即午始回法华寺，惫甚酣睡，至晚食后睡。
次日初三晨，谒合肥相国，久谈兵事。饭后赴庆邸在园，阍人谓稍候，即在回事处候。将著，得营中电信，谓有英兵船多只游弋大沽海口。接荣相传令，饬各营整备听调，即回寓作复电。适有荣相专弃遣书亦谓英船游弋，已调聂十成带兵十营来津驻札陈家沟，盼即日回防。当以请训奉旨有期，未便擅行，因嘱幕友办折叙明原由，拟先一日诣宫递折，诸训后即回津。正在内室秉烛拟疏稿。忽闻外室有人声，阍人持名片来，称有谭军机大人有要公来见，不候传请，已下车至客堂。急索片视，乃谭嗣同也。
余知其为新贵近臣，突如夜访，或有应商事件，停笔出迎。渠便称贺，谓有称语，请入内室，屏去仆丁。心甚讶之，延入内室，叙寒暄，各伸久仰见晚周旋等语。谭以相法谓予有大将格局，继而忽言“公初五请训耶？”余以现有英船游弋海上，拟具折明日请训，即回津。谭云：“外侮不足忧，大可忧者，内患耳。”急询其故。乃云：“公受此破格特恩，必将有以图报，上方有大难，非公莫能救。”予闻失色谓“予世受国恩，本应力图报效，况己身又受不次之赏，敢不肝脑涂地，图报天恩，但不知难在何处？”谭云：“荣某日献策，将废立弑君，公知之否？”予答以在津时常与荣相晤谈，察其词意，颇有忠义，毫无此项意思，必系谣言，断不足信。谭云：“公磊落人物，不知此人极其狡诈，外面与公甚好，心内甚多猜忌。公辛苦多年，中外钦佩，去年仅升一阶，实荣某抑之也。康先生曾先在上前保公，上曰：‘闻诸慈圣，荣某常谓公跋扈不可用’等语。此言甚确，知之者亦甚多，我亦在上前迭次力保，均为荣某所格，上常谓袁世凯甚明白，但有人说他不可用耳。此次超升，甚费大力。公如真心救上，我有一策与公商之。”因出一草稿，如名片式，内开：“荣某废立弑君，大逆不道，若不速除，上位不能保，即性命亦不能保。袁世凯初五请训，请面付朱谕一道，令其带本部兵赴津，见荣某，出朱谕宣读，立即正法。即以袁某代为直督，传谕僚属，张挂告示，布告荣某大逆罪状，即封禁电局铁路，迅速载袁某部兵入京，派一半围颐和园，一半守宫，人事可定，如不听臣策，即死在上前。”各等语。予闻之魂飞天外，因诘以：“围颐和园欲何为？”谭云：“不除此老朽，国不能保。此事在我，公不必问。”予谓：“皇太后听政三十余年，迭平大难，深得人心。我之部下，常以忠义为训戒，如令以作乱，必不可行。”谭云：“我雇有好汉数十人，并电湖南招集多人，不日可到。去此老朽，在我而已，无顺用公。但要公以二事：诛荣某围颐和园耳。如不许我，即死在公前。公之性命在我手，我之性命，亦在公手，今晚必须定议，我即诣宫请旨办理。”予谓：“此事关系太重，断非草率所能定，今晚即杀我，亦决不能定，且你今夜请旨，上亦未必允准也。”谭云：“我有挟制之法，必不能不准，初五日定有朱谕一道，面交公。”
予见其气焰凶狠，类似疯狂，然伊为天子近臣，又未知有何来历，如明拒变脸，恐激生他变，所损必多，只好设词推宕。因谓：“天津为各国聚处之地，若忽杀总督，中外官民，必将大讧，国势即将瓜分。且北洋有宋、董、聂各军四五万人，淮泗各军又有七十多营，京内旗兵亦不下数万；本军只七千人，出兵至多不过六千，如何能办此事？恐在外一动兵，而京内必即设防，上已先危。”谭云：“公可给以迅雷不及掩耳，俟动兵时，即分给诸军朱谕，并照会各国，谁敢乱动？”予又谓：“本军粮械子弹，均在津营内，存者极少，必须先将粮弹领运足用，方可用兵。”谭云：“可请上先将朱谕交给存收，俟布置妥当，一面密告我日期，一面动手。”予谓：“我万不敢惜死，恐或泄露，必将累及皇上，臣子死有余辜，一经纸笔，便不慎密，切不可先交朱谕。你先回，容我熟虑，布置半月二十日方可复告你如何办法。”谭云：“上意甚急，我有朱谕在手，必须即刻定准一个办法，方可复命。”及出示朱谕，乃墨笔所书，字甚工，亦彷佛上之口气，大概谓：“朕锐意变法，诸老臣均不顺手，如操之太急，又恐慈圣不悦，饬杨锐、刘光第、林旭、谭嗣同另议良法”等语。
大概语意，一若四人请急变法，上设婉词以却之者。予因诘以：“此非朱谕，且无诛荣相围颐和园之说。”谭云：“朱谕存林旭手，此为杨锐抄给我看的，确有此朱谕，在三日前所发交者。林旭等极可恶，不立即交我，几误大事。谕内另议良法者，即有二事在其内，”予更知其挟制捏造，不足与辩，因答以：“青天在上，袁世凯断不敢辜负天恩，但恐累及皇上，必须妥筹详商，以期万全。我无此胆量，决不敢造次为天下罪人。”谭再三催促，立即决议，以待入奏，几至声色俱历，腰间衣襟高起，似有凶器，予知其必不空回，因告以：“九月即将巡幸天津，待至伊时军队咸集，皇上下一寸纸条，谁敢不遵，又何事不成？”谭云：“等不到九月即将废弑，势甚迫急。”予谓：“既有上巡幸之命，必不至遽有意外，必须至下月方可万全。”谭云：“如九月不出巡幸，将奈之何？”予谓：“现已预备妥当，计费数十万金，我可请荣相力求慈圣，必将出巡，保可不至中止，此事有我，你可放心。”谭云：“报君恩，救君难，立奇功大业，天下事入公掌握，在于公；如贪图富贵，告变封侯，害及天子，亦在公；惟公自裁。”予谓：“你以我为何如人？我三世受国恩深重，断不至丧心病狂，贻误大局，但能有益于君国，必当死生以之。”谭似信，起为捐，称予为奇男子。予又说：“以我二人素不相识，你夤夜突来，我随带员弁必生疑心，设或漏泄于外人，将谓我们有密谋。因你为近臣，敌有兵权，最易招疑，你可从此称病多日，不可入内，亦不可再来。”谭甚以为然。
又诘以两官不和，究由何起？谭云：“因变法罢去礼部六卿，诸内臣环泣于慈圣之前，纷进谗言危词。怀塔布、立山、杨崇伊等，曾潜往天津，与荣相密谋，故意见更深。”予谓：“何不请上，将必须变法详陈于慈圣之前，并事事请示；又不妨将六卿开复，以释意见；且变法宜顾舆情，未可操切，缓办亦可，停办亦可，亦何必如此亟亟至激生他变？“谭云：“自古非流血不能变法，必须将一群老朽，全行杀去，始可办事。”予因其志在杀人作乱，无可再说，且已夜深，托为赶办奏折，请其去。反复筹思，如痴如病，遂亦未及递折请训。细想如任若辈所为，必至酿生大变，危及宗社，惟有在上前稍露词意，冀可补救。初五日请训，因奏曰：“古今各国变法非易，非有内忧，即有外患，请忍耐待时，步步轻进，如操之太急，则生流弊。且变法尤在得人，必须有真正明达时务老成持重如张之洞者，赞襄主持，方可仰答圣意；至新进诸臣，固不乏明达猛勇之士，但阁历太浅，办事不能慎密，倘有疏误，累及皇上，关系极重，总求十分留意，天下幸甚。臣受恩深重，不敢不冒死直陈”等语。上为动容，无答谕，请安，退下。即赴车站，候远佑文观察同行。抵津，日已落，即诣院谒荣相，略述内情，并称皇上圣孝，实无他意，但有群小结党煽惑，谋危宗社，罪实在下，必须保全皇上以安天下。
语未竟，叶祖邽入坐，未几佑文亦来，久候至将二鼓，不得间，只好先退晚餐，约以明早再造详谈。次早荣相枉顾，以详细情形备述。荣相失色，大呼冤曰：“荣某若有丝毫犯上心，天必诛我，近来屡有人来津通告内情，但不及今谈之详。”予谓：“此事与皇上毫无干涉，如累及上位，我唯有仰药而死耳。”
筹商良久，迄无善策，荣相回署，复约佑文熟商。是晚荣相折简来招，杨华伯在座，出示训政之电，业已自内先发矣。荣相复抚茶杯笑曰：“此非毒药，你可饮之。”惟耿耿于心寝食难忘者，恐累及上位耳。荣相奉召入都，临行相约，誓以死保全皇上。予曰“赵盾弑其君，并非赵盾；中堂仁笃忠贞，现居要津，今皇上万一不安，天下后世，其谓中堂何？我亦世受国恩，倘上有不安，唯有以死报之。”荣相曰：“此事有我与庆邸，决不至累及上位，勿虑也。良以慈圣祖母也，皇上父亲也。处祖母父亲之间，为子孙者惟有出死力以调和，至伦常之变，非子孙所忍言，亦非子孙所敢闻。”谨述大略，五衷如焚。时在八月十四日记于天津督署。
《自书戊戌纪略后》
皇太后听政三十余年，迭削大难，功在社稷，亦天下之君也。况今上为皇太后命立，亦有君臣之义，且有母子之分，天下岂有无母之国哉！我皇上孝治天下二十余年，璇宫侍养，备极崇睦，薄海臣民，同深钦仰。为臣子者自当矢志忠贞，随时维持，不敢议及天子，累皇太后以不慈，更何敢议及慈圣，累皇上以不孝。
乃谭嗣同等煽惑构乱，离间两宫，竟欲陷君于不义，讵为天理所能容？当其谋乱之时，国之危机有三；倘其凶谋果逞，内忧外患一时并起，中原疆域立见瓜分，其危一；设予稍露圭角，该党必将害我，以其党代之，内有悍徒，外有劲旅，何堪设想？其危二；或者发泄后荣相不即入枢廷善为调和，保全上位，各国必将借口交讧，匪党挟以有辞，将至不可收拾，其危三。赖列祖列宗在天之灵，幸得佑免三危。然祸机之来间不容发，亦云险矣。
予世受国朝重恩，幼受庭训，自通籍十七年来，只知以道事君，不敢稍涉欺罔，无论人之知与不知，愿力任劳怨，百折不回，其不忠不孝之言，向不敢出诸口，不料逢此棿杌，几涉奇险。然区区此心，意在诛锄误君误国之徒。该党无礼于君，予为鹰鹯之逐，亦人臣之大义，皎皎此心，可质天日，且亦正所以保全皇上。倘该党等凶谋果逞，必将难保宗社，更何以保全皇上？此亦必然之势也。为臣子者，但求心安理得，此外非所计也。自书记后，并交诸子密藏之，以征事实而质诸词。时在八月廿五日书于小站营次。
十四、义和团之变
当戊戌维新变法失败后，荣禄嗾使杨崇伊请慈禧太后复出听政，康有为和他的党徒死的死逃的逃，守旧派日以攻击新政新党为务，其最终目的是想废光绪然后另立幼主。慈禧亦怦然心动，于是乃有十二月廿四日立溥儁为大阿哥之举。由于朝中部分大臣不赞成废立，又怕东南各省督抚反对，因此慈禧只好以光绪病危为借口。光绪病危的消息传出时，驻北京的各国公使联袂往谒奕劻，要求介绍一位在北京的法国医生入宫为皇上诊治。奕劻报告慈禧，慈禧不允，而公使们一再要求，慈禧不得已勉强准这位外国医生入宫。可是医生检查了光绪全身，却找不出什么病状，因此，在医疗报告上说：“光绪皇帝健康，无病。”慈禧对于法医的报告大不满意，可是光绪帝健康的消息却在北京外交团中不胫而走。
尤其让慈禧震怒的，是“逆党”康有为受英人庇护，梁启超受日人庇护，她认为这简直是洋人在公开和她作对。到了立溥儁为大阿哥后，外间反应尤为不佳，上海候补知府经元善联络蔡元培等2000人上书反对。端郡王载漪甚为担忧，遣人促使各国公使入宫道贺，慈禧并邀宴各公使夫人，希望洋人能同意这个废立大事，怎知各国使节对此竟没有丝毫表示。刚巧这时，江苏粮道罗嘉杰上书荣禄，报告一个传闻，据说英国人要派兵到北京，逼迫慈禧交出政权，让光绪重掌政权。荣禄把这个报告呈给慈禧，这一下可把慈禧气坏了，她觉得洋人实在太可恶，简直是处处和自己作对，她正在饮茶，一气之下便把绿玉茶壶掷碎在地上，狠狠地说：“洋鬼子实在太可恨，太欺我，此仇非报不可。”
慈禧仇恨外国的心理，正和民间仇恨洋人和天主教、基督教教士的心理合流。天主教和基督教的神父和教士中良莠不齐，加以中国人的败类以吃教会饭为生，利用洋人欺压百姓，民间守旧派遂汇成一股仇恨洋人的洪流。仇恨洋人的心理在义和团这个半宗教色彩的帮会组织中表现出来，于是清廷的守旧派和广大民众中的仇洋派群起而支持义和团的“灭洋”号召。义和团为了要获得清廷支持，乃在“灭洋”二字之上加了“扶清”二字，因此守旧的清朝官吏便借此来煽动慈禧。
慈禧晚年最讲究享乐，尤爱听京戏。上有好者，下必有甚，当时北京的王公大臣也以赐听戏为荣，清末京剧流行，和慈禧的喜爱有极大关系。而京剧中属于神话的很多，影响人心极大，清宫戏台有布景，凡一神仙登场和退场，都是用布景或由台底升出，或由台顶下降，仿佛腾云驾雾，慈禧则顾而乐之。她本是一个极端迷信、知识程度不高的女人，平日拜佛祀神，颐和园中有一最高建筑名“佛香阁”，这是慈禧念佛的地方。她被人尊称为老佛爷，她装扮成观音大士照像，都可以看出她的思想和神权的不可分。
维新变法失败，清廷守旧派重新得势，恰与民间反对洋人和天主教、基督教的暗潮符合，于是义和团乘势而起。义和团代表中国民间和下层社会的一种倾向，这是中国古老社会在西方势力冲击时所产生的反抗力。
原来义和团是八卦教的支派蜕变出来的，是一种迷信的秘密结社，它已有一百多年的酝酿。光绪二十五年（1899年），中国北方干旱，农田枯裂，疫病流行，而洋人和传教士在中国内陆所引起的反感，直接间接都有助于义和团，于是由饥饿和排外汇合而成，义和团公然举起了“扶清灭洋”的大旗，自山东崛起。
义和团的祖师称老团，首领称大师兄、二师兄、三师兄。管事称大先生、二先生、三先生。所供奉的神灵都是取自《封神榜》、《三国演义》和《水浒传》。初起是在山东曹州府，为八卦教的支派，在农村中称“义士党”，专以仇杀洋人和教民为事，使用的兵器只有刀枪，所以又名“大刀会”。其后改名为“义和拳”，所练的拳属于柔术，最有道行的，自称能避枪炮。凡加入义和团的人都红巾扎头，内藏符咒，红兜肚、红腿带、红巾裹两手，手腕内俱有白纸符咒。另一支则一切皆以黄色，有的则是红披挂而戴黑巾名叫黑团。黑团是红黄两色的人都恭敬之，据说是最厉害。教徒们的年龄10岁以上至45岁，均手抱大刀，系以红布，民间争传义和团能避枪炮，火器不能伤身，以刀砍皮肉亦不破不流血。义和团见到洋房都要烧毁，见洋人则呼为大毛子，见天主教、基督教徒则呼为二毛子。
义和团中还有女兵，是18岁以下，12岁以上的闺女，身穿红布衣履，手执红巾和一个小红灯笼，这些女兵统称为“红灯照”。据说念咒用法后使扇子一扇就能升空驾云，像一颗大红星，洋人的大炮遇见了红灯照的扇子就放不出炮来，而扇子一扇可以使轮船在海中自焚，城楼或洋房烧毁。
义和团除了扶清灭洋的政治口号外，还有一个政治口号是要得一龙二虎的“头”，所谓一龙就是光绪，二虎是庆亲王奕劻，大学士李鸿章。当时慈禧所信任的，除了荣禄外就是端郡王载漪。据说荣禄因为不太赞成废黜光绪，因此慈禧对之也小有不满，而荣禄在守旧派中比较还算有新头脑，对义和团扶清灭洋运动，荣禄是不太支持的。慈禧这时所亲信的，是一班昏庸无识的亲王大臣，以及顽固守旧的士大夫。这些人利用慈禧的守旧反洋心理，鼓励义和团这个民间组织膨胀，不到一年时间，义和团便自山东蔓延到河北、山西，甚至进入北京，除了焚烧教堂，杀戮教士、教民而外，还要拆卸铁路路轨和电线。清廷少数反对义和团的大臣和袁昶、许景澄、联元、徐用仪、立山等冒死力谏，均无济于事，这时李鸿章已调两广总督，不在中枢。
义和团的崛起，表示数千年古老中国社会对教会的拒绝，中国士大夫对西洋势力侵入的反抗，清朝王室和西方国家的嫌怨，汇成一股洪流，奔腾澎湃，一发而不可收拾。
光绪廿五年（1899年）十月，袁世凯曾率领武卫右军到山东会操。这时山东的义和团运动很热烈，袁世凯和他的新军开赴山东，是荣禄所安排的。原来山东闹义和团已经两年多了，最初以大刀会名义在山东练习拳棒，准备和教士搏杀。光绪廿三年（1897年）李秉衡任山东巡抚时，大刀会在山东特盛，十月间曾杀死德国传教士二人，李秉衡因此被革职。但继任的人则是和李秉衡持同一立场的毓贤，而大刀会这时已自称义和拳，标出“扶清灭洋”的口号，毓贤改“拳”字为“团”字。义和团既得封疆大吏的支持，于是在山东境内大为蔓延，引起了各国的抗议，这年十一月，清廷乃派袁世凯署理山东巡抚。袁在廿四日驰抵济南接印视事，上谕有：“山东民教不和，亟宜持平办理”。又有上谕：“山东省民心未宜，徐筹劝解镇抚之方”。袁世凯抵任后即针对山东情势拟订治本和治标两途，治本是协力以调和民教；治标是绥靖地方。光绪廿六年（1900年）二月，袁正式补授山东巡抚，这时他的新军已经在山东境内布置妥当，而义和团在东昌、济南、泰安、曹州各府活动激烈。袁乃大举整肃，一方面派道府督同县令绅耆，设法解散义和团；一方面令营队屯札梭巡，不许义和团再作活动，其著名凶悍滋事首领，则严缉惩办；一方面剀切发布命令，严禁义和团活动。义和团的首领们见这位新巡抚既不像前任巡抚那样善待他们，同时所采行的措施又极严厉，于是纷纷率领徒众和军队自山东向河北、山西各地发展。
北京朝廷守旧派在慈禧面前力赞义和团，义和团的势力逐渐控制了北京和天津。袁世凯深知当极端守旧派包围慈禧时，是无法能够肃清义和团的，虽然明知义和团这种作法会惹出大乱子，可是无法加以阻止，只好保全山东一省。所以，表面上只是劝戒义和团不要滋事，可是暗中则命令所有部属施用压力要把这类团民完全逐出山东。
自袁受任山东巡抚，山东确实做到了划境自保，使得凡是信奉义和团或是憎恨洋人的老百姓都把袁恨入骨髓，有的说：“袁世凯要造反”，有的说：“袁世凯是卖国贼”。
袁世凯在山东时间并不长，可是凑巧因为义和团事件，使他受到了中外人士的另眼相看。
慈禧被极端守旧派包围，使义和团举着“扶清灭洋”的大旗在宫阙京畿四处活动，守旧大臣们的想法，是依恃义和团把洋鬼子完全赶出中国。
光绪廿六年（1900年）四月中旬，涞水拳民烧毁保定铁路，直隶总督裕禄派武官杨嗣同前往弹压，杨被戕于易州。清廷派枢臣赵舒翘往涿州察看，赵回京后不敢把义和团的真相向慈禧陈说。五月十五日在京城内拳民把日本公使馆的书记杉山彬杀死，毁教堂杀教民，五月廿日并烧毁了正阳门。
五月廿日，慈禧在仪鸾殿召见王公大臣，六部九卿。大臣们跪满殿内，后至者乃跪于殿外。慈禧和光绪背窗向北坐，枢臣礼亲王世铎、王文韶、赵舒翘跪御案旁，另一枢臣刚毅因出京考察未归，大臣们自南而北，排列若雁行跪地行一叩礼。光绪诘责大臣为何不能弹压拳乱？这时翰林院侍读学士刘永亨由后排膝行而前，启奏说：“臣刚才见到董福祥，董愿请旨驱逐乱民。”刘的话还未讲完，端王载漪便伸出大指厉声说：“好！这就是失人心的第一法。”刘永亨慑息，不敢置一词。慈禧亦默然。太常卿袁昶跪在殿外，乃抗声说：“臣袁昶有话上奏！”慈禧命李莲英传袁入，袁乃详陈义和团是乱民，是乌合之众，不可依恃，纵令真有邪术，古今中外没有依赖邪术乱民可以成事的。慈禧听了立即厉声问袁说：“你说法术不可恃，难道人心也不可恃吗？今日中国积弱已极，我们所谈的就是人心，如果人心也失了，那如何立国？”太后继续说：“现在京城扰乱，洋人有调兵之说，我们该怎么办？你们大臣可从速奏来。”大臣们意见莫衷一是，或言战，或言和。慈禧乃派侍郎那桐和许景澄劝阻洋兵，同时安抚团民设法解散义和团，后面一点实在表示得很勉强，好像只是敷衍。光禄寺卿曾广汉、大理寺少卿张亨嘉、侍读学士恽毓鼎和朱祖谋见慈禧仍维护义和团，乃联同一齐，待大臣们退出时留后并向殿上朗声说：“臣等尚有话上奏。”于是张亨嘉乃力言拳民当剿，只要能杀为首数人乱即可平。张是福建人，语气又急，所说的话几乎完全听不清楚。朱祖谋更问慈禧：“信乱民，敌西洋，不知倚何人主此大事？”太后说：“我恃董福祥。”朱祖谋朗声说：“董福祥就第一不可恃。”慈禧大怒问：“你是何人？”朱对：“臣为翰林学士朱祖谋。”太后问：“你言董福祥不足恃，你可保一人。”朱仓促不能对，恽毓鼎应声说：“山东巡抚袁世凯有胆识，可调入京。”曾广汉说：“两江总督刘坤一也可以。”军机大臣荣禄见太后生气乃缓和空气说：“刘坤一太远，袁世凯已往调了。”这样才把一场紧张局面化解，张亨嘉、朱祖谋、恽毓鼎、曾广汉乃告退，出殿时慈禧还怒目向着朱祖谋。
五月廿一日，慈禧再召开御前会议，王公大臣、大学士、六部、九卿都参加。太后说：“皇帝不主战，反对用兵，我现在心很乱，今是廷议，大家可以尽量发言。”光绪说：“战非不可言，不过中国积弱已久，兵不能战，光是用乱民怎么能打仗？”侍读学士刘永亨说：“乱民应早除，否则会闯大祸。”载漪抢着说：“义民起自田间，万死不顾以赴国家之难，倘先除义民，人心岂能维系？”光绪说：“乱民都是乌合之众，人心也是空的，主战是危险的。”这时慈禧突然宣读一个文件，她说：“刚才得到洋人照会，内有四点：一、指明一地令中国皇帝居住；二、代收各省钱粮；三、代掌天下兵权……等等。洋人既然无义，国亡已在目前，倘竟拱手奉让，我有何面目见列圣列祖。接受洋人条件，也是亡国，与其不战而亡，宁肯玉碎了。”慈禧说这话时声色俱厉，王公大臣伏地顿首，有的凄然泣下，都众口同声说：“臣等愿效死力”。各大臣对于太后只宣读了洋人照会三条，下朝后纷纷打听第四条的内容，原来第四条是勒令皇太后归政，所以她老人家说不出口。其实这个洋人照会并不是真的，究竟是守旧派捏造的，还是慈禧自造，谁也不知道，可以证实的，则是决非来自外国使领馆。这一次的御前会议，由于慈禧宣读了这个文件，使得主和的人不能再持和议，于是慈禧以高昂的语调说：“今天之事，诸大臣都已听到，我为了江山社稷，不得已要宣战，可是战争的事很难逆料，万一江山社稷不保，诸公今日皆在此，当能体念我心，将来不要归咎于我一个人，不要说是皇太后断送了大清三百年天下。”慈禧在朝堂上对臣下如此客气，一则曰大臣，再则曰诸公，使得跪在下面的王公大臣咸为震动，反对主战一派的大臣们也不敢再反对了，只好众口同声说：“臣等同心报国。”于是，慈禧乃命令总理各国事务衙门尚书徐用仪、户部尚书立山、大学士联元到东交民巷向各国使馆宣谕，问洋人是不是要打战，如要打战可即下旗归国。立山以自己不在总理各国事务衙门请辞。光绪说：“去年各国使臣参观颐和园不是你接待的吗？今日危险你就不敢前往了吗？”慈禧也勃然震怒说：“你敢也要去，不敢也要去。”于是徐用仪、立山、联元三大臣先行退出。慈禧怕洋人真的对徐等三臣有行动，乃命武卫军统帅荣禄积极布置，并派军暗中保护他们。
五月廿二日午后，慈禧再召御前会议筹商和战，载漪主张攻使馆，慈禧同意。联元顿首反对，认为两国相争不斩来使，倘使馆被毁，万一洋兵入京，不堪设想。载澜请太后杀联元，庄亲王载勋力救得免。大学士王文韶力陈不可开战，认为无法可善其后。太后以手击桌怒责王说：“你能令洋兵不入城我就听你的，不然就杀你。”王不敢辩。光绪持许景澄手大哭说：“朕一人死不足惜，如天下生灵何？”这次会议不得要领而散。
廿三日午，慈禧再于仪鸾殿召见臣僚，决定要和各国宣战，命许景澄等通知各国使臣，即24小时内出京，清朝当派兵护送出境。光绪很激动，拉了许景澄的手说：“再商量一下。”慈禧厉声说：“皇上放手，不要误事。”联元跪在地上大声说：“宣战只该对一个国家，如为了夷教，法兰西是传教国，只能对法宣战，怎可和十余国宣战？”慈禧置之不理，并命载澜等加意捍卫宫墙，以备不虞。
廿四日天明前，召集王公、大臣、六部、九卿集合于瀛秀门，慈禧升仪鸾殿，召见军机大臣礼亲王世铎、荣禄、刚毅三相和启秀、赵舒翘二尚书，询问宣战事宜。荣禄泣请勿攻使馆，慈禧颇不高兴。其他大臣仍主战甚力，于是李莲英跪请太后先回暖阁用茶膳。膳后，驾临勤政殿召见全体王公大臣六部九卿，光绪先到，在殿外跪迎。慈禧乘四人轿，由李莲英扶掖升宝座，光绪这天面色苍白，坐在慈禧宝座之右。
慈禧以激烈的语气宣布宣战的原因，她说：“本来我是要严办义和团杀洋人的，怎知洋人竟迫我归政，这是朝廷大事，洋人怎可干预，皇上身体素来很弱，我垂帘听政是不得已事。今日无法宽容洋人，因为宽容就无以对祖宗。我卧薪尝胆已四十年有余，现决定和洋人决裂，荣禄以老成谋国，中外都尊为大臣，此次力主保护使馆，实在荒谬。至于你们汉大臣应该明白，我朝二百多年对你们深恩厚泽，你们应该效死报答，不负我望。”慈禧说完就问光绪有何意见？光绪满脸悲戚，默然良久，欲言又止，最后只请太后听从荣禄所请，勿攻使馆。接着赵舒翘请杀内地教士。立山、许景澄、袁昶仍泣请勿和各国宣战，勿倚赖义和团，并陈述洋人决不会要求太后归政。载漪又大骂立山等是汉奸，慈禧挥手令大臣们退出。廿五日正式颁布宣战书，宣战书是军机章京连文冲起草。
慈禧倚仗义和团而向列强宣战。庄亲王载勋、军机大臣刚毅被派为统帅义和团的总统，可是这只是挂名而已，义和团根本不受节制。
当时，王公邸第以及各衙门司署，都设坛拜祷，甚至慈禧也在大内设坛。太后每日必诵念义和团70遍，诵毕，由李莲英在旁叫一声：“又亡洋夷一名。”至于士大夫阶级，公然上书言神怪者也不胜枚举。如：王培佑以首附义和团遂擢升顺天府尹；御史徐道焜扬言洪钧老祖令五龙守大沽，使龙背拱翻洋船；翰林院编修万荣爵说：这次上天假手义和团要尽灭洋人，因为洋人无君无父二千年；御史陈嘉言自称曾从关壮缪处得帛书，书上说洋人不足畏，必会自灭；吉林将军长顺说：义和团有两个神童，自天降落教堂上，教堂就会自己发火燃烧。诸如此类荒谬绝伦的言论书不胜书。
端郡王载漪之子溥儁被立为大阿哥后，溥儁便在宫中骄蹇横行，凌辱光绪。有一次竟指着光绪辱骂，叫光绪为二毛子，光绪训斥他，他竟以拳击光绪。光绪只好报告太后，慈禧震怒，命总管崔太监鞭挞溥儁臀部20鞭。溥儁被责后，他父亲大为愤恨，几天后载漪喝得酩酊大醉，约了庄亲王载勋和载濂、载禧带领了义和团60余人，鼓噪冲入大内，搜拿教士，嚷着要见光绪皇帝，口出不逊，也骂光绪二毛子。这时慈禧正在用茶膳，听到他们吵闹，大发雷霆，立刻传召荣禄入宫把端、庄二王叫到面前痛责，她说：“你们胡闹什么？想造反吗？我还在此就敢如此，废不废皇上，是我的事，载漪！我告诉你，我随时可以撤除溥儁的大阿哥地位，赶他出宫，现在你们一齐给我滚出去！除了入值时外，永不许擅自入内。出宫前可先去给皇上叩首，求恩恕罪。”慈禧一边骂一边用手拍着台子，看起来真是气极了。然后又命荣禄把随同入宫的义和团为首头目20余人立时处决。荣禄领旨，乃把随载漪肇事的团民，绑了去东安门外正法。
吏部尚书立山曾和庄亲王载勋为了争一个艳妓媚菁有隙。立山曾长内务府，家资豪富，又得慈禧宠信，载勋曾向立山借贷不得，益加怀恨。义和团起事后载勋附和载漪，乃报私仇，诬立山家中有地道通教堂，立山遂被逮，由载勋前往搜拿，扣押立山的诏文非常荒诞：“钦命义和团大臣奉懿旨，闻户部尚书立山藏匿洋人，行踪诡秘，着该大臣查明办理。该大臣至该尚书宅搜查，并无洋人，当将该尚书拿至坛中，焚香拜表，神即下坛，斥以勾通洋人，行踪诡密。该尚书神色仓皇，着即革职交刑部牢圈监禁，倘有疏虞，定惟该王大臣是问。”其后立山遂和许景澄、袁昶一同被害。
德国驻清公使克林德在清廷对各国宣战的前两天，就是光绪廿六年（1900年）五月廿三日，由东交民巷赴总理各国事务衙门途中，与清军冲突被杀。克林德是一位男爵，于1853年11月20日诞生于德国普斯德姆，年轻时学过中文，做过德国驻粤领事的翻译官，1888年因在粤护侨有功，曾获德皇威廉第一颁给奖章，1896年担任德国驻墨西哥公使，后来调来中国，他的太太是美国人。
这时东交民巷使馆区内已有戒备，听说清军和义和团即将前来攻击，乃把留在北京的各国侨民全部集中在英国使馆内，各使馆联合武装抗卫，同时以重金派遣专差到天津求援。此后在北京各街市上，中西军士便展开激战，使馆区被围攻，意大利、奥地利、比利时、葡萄牙和俄国使馆均被焚，海关、教堂和各传教士所寓的房屋，亦悉遭焚烧。各国公使、外交人员及侨民既然受困于东交民巷，求救的信函均由海关总税务司赫德负责遣派专差递送至天津。每次送信的专差可得银一百两至五百两，由此可知当时投送函件之困难。而每封信内都是说：“……情形十分危急，请火速发兵营救。”
武卫左军统帅直隶提督聂士成在天津战死，是拳变后首先殉国死难的大将。死难经过情形甚为曲折，他是由于两面作战，一方面抵御洋兵，一方面又和义和团作战，终于在六月十三日战死于天津八里台。
拳变时聂土成统武卫左军驻芦台，直隶总督裕禄乃调聂军二营至涿州，一营防守津京路。五月初八日义和团焚杨村铁路，聂军派一支队往救，被拳民击伤数十人，聂军乃痛剿义和团，自此聂军和义和团成仇。慈禧闻讯乃令总统武卫全军的荣禄致书聂士成，劝勿和义和团作对，聂复书说：“团匪害民，士成守土有责，境内有匪，理宜肃清，事定之后，虽受大罚，靡所逃死。”于是聂军专守杨村以阻义和团。
五月十四日英提督西摩尔统各国兵入京，过杨村，聂军不让路，洋人见寡不敌众所以折回。清廷以为乃义和团大功，特予赏赐，却不及聂军。到了五月廿日聂奉命攻击天津租界，剧战八日，这是清军唯一和洋人真正战斗的一幕，如果没有聂军的苦战，则洋军早已攻进北京了。到了五月廿八日各国大军驰援天津，聂军因为久战无援，势始不支，但仍退守天津附近。
当聂军进攻天津租界后，义和团才出阵助战。聂士成对义和团极为不满，尤其认为倡议灭洋酿祸开衅的是义和团，可是在正式和洋兵开战时，真正抗洋的则是聂军，因此聂士成非常冲动，有一日和洋兵恶战后归营，忽然下令说：“今晚全力进攻团匪，明日再战洋人。”于是聂军四出，击杀义和团千余人，双方更成死敌。第二天聂军正和洋军苦战时，义和团出动了数十人驰赴聂寓，把聂士成家属全部掳走。
这时聂士成的处境实在困难极了，因为洋兵大举增援，聂军正和洋军苦战，甫告休战，忽听到自己家中老少被义和团劫走，于是引兵前往追寻。聂军移动时义和团乃狂呼说“聂军反了！”在聂军后防的清军竟发枪向聂军阻击，聂军因之腹背受敌，进退失据。
六月初四日武卫前军马玉昆来津增援，聂军和马军协同作战，又苦战了十天。
六月十三日晨直隶总督裕禄召见聂士成，聂应召赴制台衙门。裕禄未开中门，聂心知有异，及入督署，裕禄在书衙房内立候，脸色非常难看，手持一份电报，见聂后即将电报付聂。电报上是上谕：聂士成新法练军，擅杀爱国分子，着即正法。聂读毕即跪下。裕禄这时安慰聂说，上谕如此，其幕后原因不知。嘱聂再出战，如果战胜，裕禄即可力保。聂士成辞出后，穿朝衣补褂驰赴前线督军奋战，在八里台苦战一昼夜，没有饭吃，又没有睡眠，士兵死伤无算。洋兵用望远镜遥看，见清军中有人着补褂，知为大官，遂用炮轰，聂遂以身殉国，腹裂肠出。其部将统领周玉如、姚良才，营官徐照德、宋得胜都血战阵亡。聂尸入殓时仅清兵廿余人系白带送丧，天津文武官无一人临唁。直到袁世凯出任直隶总督时，聂的冤枉才告大白。
天津之战剧烈进行时，清廷已调李鸿章接任直隶总督兼北洋大臣，并派宋庆为帮办北洋军务大臣，可是李鸿章到了上海不肯北来，而天津已难抗守了。
六月十八日，经过了三天血战，日兵首先攻入城门，天津遂告陷落，裕禄自杀。
洋兵占领天津后，军纪甚坏，烧杀抢掠无所不为，尤以俄、法两国兵最残暴不通情理，德国兵亦甚横行，比较来说英、美、日三国士兵没有什么大滋扰。最恶作剧的是在街上专拉斯文人，令其拉人力车，洋兵则坐车上，有时还要拉车人戴了红顶花翎帽子。
六月廿三日，联军集合于天津，准备向清朝首都北京进发，联军人数约3.4万余人，内有俄军1万人，日军9000人，英军6000人，法军2600人，美军2500人，德国4000人，奥意军各150人。
洋兵由天津出发，第一站遭遇的清军阵地是北仓和杨村。在这一带清朝有重兵据守，由慈禧钦派李秉衡前来督师。当六月上旬，都城中一片沉重空气，李秉衡奉诏赶入宫中谒见太后，太后要他统领大兵，他亦欣然应允，慷慨誓师，这时天津已失陷，他于是驰至杨村部署一切。
攻占北仓是以日军为主，接着乘胜向杨村进击。联军分为三路，俄、法两军攻左面，美军攻右面，英军攻中部，日军则在右后方应援。清军在杨村不若在北仓那样顽抗，因此联军只花费了半天时间就把杨村攻克。
清军唯一阻遏洋兵由天津进向北京的一条防线崩溃，李秉衡自杀殉国。
在北中国，这是个炎夏季节，洋兵虽然得心应手，攻占了大沽、天津、北仓、杨村，但也感到非常疲惫。不过，兵贵神速，七月二日联军各将领在杨村举行了一次会议，认为清兵锐气已坠，败不成军，必须疾驰前进，否则援军赶来，则攻占北京实非易事，而如果不能攻占北京，则战争就不能够胜利结束。于是疲惫的洋兵仅休息了一日，第二天就马不停蹄地向北京前进。
八国联军向清朝首都进迫，东南各省督抚便联合起来倡议自保自全，这一观念见于行动始自袁世凯。袁受任山东巡抚时，山东本是义和团崛起的发源地，又历经前面两任巡抚李秉衡和毓贤的鼓励，可是袁在山东不动声色地就把拳民赶出山东，因此整个拳变期间山东全境没有战争，也没有洋人洋教士被杀的事。袁世凯在东南各省总督巡抚的眼中虽是后辈，但他的才识和远见已经令到那些前辈刮目相看了。
东南各省督抚自拳变以来，就以电报往还，协商如何保境安民，同时亦敦促政府，希望补救。光绪廿六年（1900年）五月廿四日张之洞、刘坤一、袁世凯、李秉衡、鹿傅霖、王之春、松寿、于荫森、俞廉三等联名致电荣禄，这封电报分递两处，一呈总署，一呈荣禄。荣禄曾把这电奏呈慈禧，但太后没有采纳。后来李秉衡入京受命统军时，慈禧曾问起他为何列名在这封电报上，他则否认，并说是刘坤一等冒加他名，他未同意云。这封电报如下：
“各国洋电皆以拳匪妄杀开衅，我不速剿，致动众怒，日本电谓，若肯剿匪，尚有转机，京城危急，北望焦灼。查拳匪符咒惑人，传教煽动，实不能避枪炮，嘉庆十三年久经谕禁，若真系直隶义民，何以陕西人李来中为首，是为邪教，应剿一也。不遵诏旨解散，京外乱杀，华洋均受其害，且挟钦使，擅杀新城、涞水两知县，目无法纪，是为乱民，应剿二也。旗书扶清灭洋，乃各省会匪故套，若助朝廷，何以抗旨。北自京城，东至天津，西至保定，南至河间，周围千余里均被滋扰，勒派供粮，其中不尽教民，亦滥焚杀，畿辅灾旱，民不聊生，是为土匪，应剿三也。毁坏国家所设电线铁路，值数百万，阻诏奏，误军行，又焚毁京外洋房民房无算，是为劫盗，应剿四也。即不与各国开衅亦应痛剿，况无故戕害洋人洋房，杀日本参赞。今海口已被占夺，都城满布洋兵，增兵增舰，日来日多，祸在眉睫，直不忍言，从古无国内乱民横行惨杀而可以治国者，亦未闻一国无故与六七国一同开衅而可以自全者，即英俄强国，亦断不能受各国并力之攻，况官兵弹药有限，鏖战日久，我无接济之械，彼增数倍之兵，江海各口俱封，各国分路攻扰，全局糜烂，如何支持。拳匪无械无纪，在东在直皆不能敌官兵，近日在落垡被洋兵击毙无数，在东交民巷又被洋兵击败，未见其能避枪炮，若谓乌合乱匪能与大队洋兵抗战，断无此事。仰恳皇太后圣断，念宗社之重，速持定见，勿信妄言，明降谕旨，力剿邪匪，严禁暴军，不准滋事。速安慰各使馆，力言决无失和之意，告以已召李鸿章，李到当与各国妥商办法。闻美国在大沽并未开炮，先托美使调停，劝令停兵息战，我方好专力剿匪，并请速发电旨，述皇太后皇上之意，饬驻各国使臣，令向外部道歉，日本被戕参赞优加抚恤，力任以后保护。明谕各省洋商教士，众怒稍平，庶可徐商挽救。宗社安危所关，间不容发，再过数日，大决裂，悔无及矣。焦急惶悚，秉衡等意见相同，谨合词吁请圣鉴，请代奏。”
此电拍发时，各督抚尚不知德国公使克林德已在先一日被戕于北京。
上海《申报》于光绪廿六年（1900年）六月初八日曾有一则译自《字林西报》的消息：“目下东南督抚大员，无不以联络邦交、剿匪安民为宗旨，曾备文照会各国驻沪领事，略谓：本部堂、本部院今已议定，无论北省有何举动，总当按照和约，力保各国官商，不使土匪横行，有伤各国旅人身家性命。惟各国须遣兵北上剿匪，不得调动大军至东南各省，致百姓骚扰，匪人伺隙滋生事端云。”
各省督抚和美英日等国首先接触的，是两湖总督张之洞，接着是两江总督刘坤一，而李鸿章则已奉调再度接任直隶总督，离开广东，到了上海。张之洞在五月廿六日曾有急电拍发给清廷驻美公使伍廷芳、驻英公使罗丰禄、驻日公使李盛铎，请他们分别译转各国政府。电文曰：“北方拳匪违旨滋事，各国人口物业致遭损害，京内京外数百里，华商华民财产焚毁亿万。至戕杀日本使馆随员乃各官办理不善之故，实非朝廷意料所及。现在我皇太后皇上已电召李鸿章来京，必使与各国妥商办理，免致失和。惟李中堂抵津，尚须半月，而各国日内进兵不已，设或再有战事，将来更难转圜，徒令各匪乘机肆恶，良民多遭惨害。今各省督抚并未奉有开战谕旨，可见朝廷并无失和之意，务望婉劝各国政府，迅电天津各兵官，力劝各国，暂行按兵停战，俟李中堂到京请旨开议，必当妥为了结，不启战祸，官兵方能专力剿匪。目下长江沿海一带，各督力任保护之责，诸国洋人均可无庸顾虑。若天津再有战事，则南方必将牵动，事机危迫，务祈迅饬施行，各省督抚意见相同，亦即有电达各国各部矣。”
美国国务院于1900年6月22日（即光绪廿六年五月廿六日）有一个备忘录给美国政府，备忘录说：“中国公使今早来访，把适才收到的两湖总督张之洞电文的大意，通知了国务卿，这和昨天收到的刘坤一电文大意相似。他说东南诸省现在平静，他和刘坤一是完全能而且决定要维持和平，并且在他统辖下的五省内，制止对于外人任何的危害。他请求美国方面要电示美司令官在这些省份内，当和平尚未破裂的时候，不要派遣任何军队或海军进入扬子江，并且要我们和其他各国开会，请求采取同样的步骤。伍廷芳先生希望美国在此点上的决定，尽可能的赶快通知他”。同一天美国务卿海约翰给清公使伍廷芳一函：“您给我的张之洞、刘坤一两总督的电报我已经呈给了总统。他对于电报内所提的保证，就是这些出色的封疆大吏们，决定而且相信他们的力量能够维持他们省份内的秩序，以及保护在他们管辖下的外人生命与权利的几点，很是高兴。他授权给我来对您保证，在做到这种情形时，他就无意派遣任何陆海军到不需要他们的地方。我高兴地通知您，我已经把总督们的保证，连同我对您的复文，通知了我们驻伦敦、巴黎、圣彼得堡及日本的代表。”
十五、八国联军攻占北京
光绪廿六年（1900年）七月十八日，八国联军已经越过了通州向北京进发，董福祥率领他的武卫后军围攻使馆已一月余，东交民巷使馆区竟以寡敌众，坚守待援。慈禧在深宫中获知李秉衡兵败战死，哭了起来，对王公大臣们说：“我们母子怎么办？你们说说看！”可是这时没有一个大臣说得出话来，大家相顾愕然。
七月十九日董福祥在广渠门和英美军接触，日俄军则攻至北京内城。廿日黎明，洋兵自广渠门、朝阳门、东便门入。英军占领天坛。董福祥自彰义门出走，纵兵大掠。董福祥作战甚勇，可惜既无政治认识，又无修养，当时慈禧倚他为重镇，岂能不败。据说他在北京时，根本不把荣禄放在眼中，有一次荣禄宴请武卫军各将领，他在席中竟呼荣禄的号“仲华”。在他围攻东交民巷使馆区时，曾问荣禄索借大炮，荣禄坚予拒绝，所以拳变时期，荣禄和董福祥相处甚坏。
廿一日北京城陷，八国联军陆续进据京城，这时北京城内多成瓦砾之区，尤以东交民巷附近为甚。
八国联军攻占北京是军事行动的最高峰。这次战役实际作战者，计日军步兵6600人，骑兵220人，工兵450人，大炮53尊；俄军步兵1830人，骑兵180人，大炮22尊；英军步兵1600人，海军150人，骑兵75人，大炮6尊；法国步兵4000人，大炮16尊；其他约2000人。
清兵在内城的抵抗比较激烈。联军方面以日军进攻最猛勇，所以日军死亡亦较多，大约伤亡200余人，俄军亦伤亡131人，美军伤亡40余人，法军伤亡9人，英军伤亡6人，总计约400余人。清兵守城的大约是3万多人，伤亡之数约4000人。
由于联军攻入北京，所以东交民巷使馆区也随之解围，还有许多孤立的天主教堂被围困，也因之得救。东交民巷被困将近50日，包括各国外交文员在内，能够作战的只有820余人，担任日夜轮流守卫，靠以抵抗的武器仅有美国大炮一尊、奥国大炮一尊、意国大炮一尊、挪威大炮一尊，还有50年前的大炮一尊，是临时在古董店买来的，安置在俄国炮架上，贮有意国火药发射。东交民巷的战斗，洋人兵士死了54人，伤了112人，文员死了11人，伤了19人。
八国联军占领北京后，乃分段划治，由英俄日美法德各军共同占领。
北京城陷前一日——七月二十日，慈禧召见大学士、六部、九卿，已无一人应召，太后对载澜说：“事已至此，惟有走了，你们还可为我侍卫吗？”这时大炮声隆隆，喜雀胡同一带流弹如雨，天安门和西长安门已相继失守。
晚间在宫中只有三位军机大臣，是王文韶、刚毅和赵舒翘，慈禧凄怆地说：“怎么，只有你们三人在此。其他的人都回家了，留下我母子三人不管，你们三人必定要随我母子同行。”又对王文韶说：“你年已高迈还要受这种折磨，我心不忍，你可以随后赶来，我们先走，他们二人都能骑马，必能护驾。”
二十一日天还未明，新任兵部尚书徐会沣入宫谢恩，到了地安门听到一片哭声，乃仓皇出宫。载澜入宫告太后，说洋兵正在攻东华门，慈禧穿蓝布夏衫，发不及簪，徒步泣泪而出。光绪也是一袭黑纱长衫，和隆裕后随侍太后至西华门外。慈禧乘载澜的车子，光绪乘英年的车子，侍从的王公大臣是载漪、溥暹、奕劻、善耆、载勋、载澜、载泽、溥兴、溥伦、刚毅、赵舒翘、英年和李莲英。
慈禧启驾前干了一件更伤光绪心的事，就是把光绪所宠爱的珍妃，推下井中。慈禧认为光绪对她不好，都是珍妃从中挑拨所致。珍妃的妹妹瑾妃落后，好容易追上殿后的载勋，才赶上逃难的行列。
宫中景色凄惨，宫女太监有跳水死的，有裹了细软逃出安定门的。溃兵入宫抢劫的甚多，炮声、枪声和人们号叫声乱成一片。北京城在清朝最繁盛时代，有居民400万，凤阁龙楼，数不尽的豪华，自洋兵占领，只剩得瓦砾一片，坊市萧条，狐狸昼出，鬼哭神号！
两宫一行至昌平，才得到光裕驼行孝敬驼轿三乘，离京城三日均是睡的火炕，无被无褥，无替换衣物，亦无饭吃，以小米粥充饥。这时甘肃布政使岑春煊从昌平赶至贯市请见，太后对岑痛哭。贯市有富商李某借了1000两金子给太后，这才抢着买了点应用物。昌平县令裴敏中不知下落，后来慈禧到西安后找到了他，勒令自裁。
廿二日出居庸关，至岔道，侍从兵丁不及200人，延庆州知州秦奎良进膳，不够分给从官。这一天马玉昆率军追至。廿三日慈禧换乘秦奎良的轿子，到了怀来县，县令吴永接待照应周到，并且呈给慈禧一件皮衣，太后大喜。吴永把他夫人寝室让给太后住，媳妇的房间让给隆裕皇后住，签押房让给光绪住。慈禧一连声催开饭，自己替自己梳头。这情况好有一比：“落羽凤凰不如鸡”。
七月廿五日慈禧和光绪启銮西行，八月初三日至山西境，初六日至大同，十七日至太原，山西巡抚毓贤统兵驻固镇，太原自藩司以下都赴城外数里迎驾。以抚署为行宫，所有帘帷茵褥一切陈设器件，都是嘉庆时间准备巡幸五台山时所制办，后来御驾未至，遂存贮不用，储藏在太原藩库，此时用来迎驾，灿烂如新。慈禧蒙难多日，好似村妇，得见太原繁华景象，不胜感慨，乃在太原驻跸廿日，于闰八月八日起驾南行，廿六日入潼关，九月初四日抵西安，先至南院行宫（南院系督署），后移北院。北院系抚署。御驾所经街道用黄土铺垫，陕民悬灯结彩，跪迎道左。
陕西抚署变成行宫后，院外一切装饰全用红色，东西辕门字样亦用红漆涂盖，正门上竖直匾，写“行宫”二字，中左门均不开，由右门出入，入门有侍卫250人及一切仪仗。旁有军机处朝房、六部九卿朝房、抚藩臬各员朝房、侍卫处等，大堂空置，左房为内朝房，右房为退息处。銮阁中设一个宝座上盖黄布，二堂中又设一个宝座也盖黄布，左一房是召见处，右一房是亲王办事处。三堂中亦设一个宝座，左右为太后宫、东一楹是光绪宫、后三楹是隆裕皇后宫，西三楹是溥儁大阿哥所居。
慈禧到西安后常病胃痛，不服水土，夜夜失眠，啼笑无常。太监捶背，日夜不休。光绪反见轻松，身体亦康健，偶和太监嘻笑，但有时对太监也大发脾气。大阿哥溥儁到西安后，初时不曾出宫，养了一条狗，被光绪见到很喜欢，讨了去玩，溥儁不久又叫太监去索取，两人心里极不舒服。这时溥儁已失去慈禧的欢心，常被鞭挞，有人叹息说：“可惜一个候补皇帝，将来恐怕变成了开缺太子。”这位候补皇帝，不喜读书，专好音乐、驰马、拳棒。后来常和太监到戏园看戏，头戴韦陀金边毡帽，身穿青色皮袍，枣红色巴图鲁领褂，简直不知是何打扮。最喜欢看《连环套》和《拾玉镯》两戏，有时竟亲自上台打鼓拉胡琴。十月十八日在戏园争座位，竟率太监和甘军大战于城隍庙之庆喜园，结果太监受创大败，第二天乃把戏园封了，却不敢向甘军报复。又迷恋一个土娼，染上梅毒，仍不舍弃，四出求解毒药。光绪常和太监们坐地嬉戏，尤好画大头鬼，有时画一纸，填袁世凯之名粘于壁上，以小竹弓向之射击，然后取下来剪碎。足见其痛恨袁世凯之深。
军机处在西安时仍是荣禄问事，除荣禄而外有王文韶和鹿傅霖。三大臣上朝时，先由太监捧圆盘一个，上盖红绫引导，王居首，荣第二，鹿最后。王白发苍苍，面目清瘦；荣面扁发斑，身材中等，有足疾；鹿面浮肿，一无精神。召见时总是荣一人说话，王、鹿二位都重听。西安行在所有大臣只领津贴，一二品月支120两，三四品60两，五六品各支45两，七品以下30两，仅足糊口。
义和团事件，是清朝垂亡的丧钟。结束八国联军侵占北方中国的局势，除了又增添许多屈辱条件而外，还有一项更重要的是守旧派的王公大臣以罪魁祸首的身份议处。
端郡王载漪先谪戍宁夏，随后，发往新疆充军。镇国公载澜谪戍安西。
大阿哥溥儁被废，且被逐出宫门，居八旗会馆。
庄王载勋先谪戍蒲州，一妾一子随往，后由葛宝华传上谕令其自尽。葛抵蒲州时天甫明，门外放炮迎接，庄王大骂：“何故无端放炮？”侍从说：“钦差葛宝华至。”及葛入即饬载勋听旨，宣诏毕，载勋说：“我早知必死，恐老佛爷也不能久活。”于是和家人话别，谕子曰：“尔必为国尽力，不要把祖宗江山送与洋人。”子哭不能答，其妾则滚地昏厥，载勋遂黯然自尽。
军机大臣赵舒翘亦赐令自尽，当赵被送往臬司处看管时，西安绅民集数万人求免赵死，慈禧亦不忍赵死，可是洋人认为赵是祸首，所以非赐死不可。由岑春煊捧诏前往宣读，赵先吞金，约二小时尚不死，和家人讲身后事，又痛哭老母90余岁见此惨祸，又说是刚毅所牵累。岑见赵语音宏亮，竟不能死，乃命人以鸦片进，又二小时仍不死，遂以砒霜进，才卧倒呻吟，以手捶胸，口说“难过”。这时又过了五小时，岑急待复命，乃用皮纸蘸烧酒，扪其面和七窍，共扪五次始气绝。赵妻抚尸痛哭后亦自尽。
山西巡抚毓贤初旨发往新疆，一路带病而行；再旨则正法，监刑官是按察使何福堃。毓贤正法前曾有终命书，并有自挽二联：
一为：
我杀人，朝廷杀我，谁曰不宜？最堪悲，老母九旬，娇女七龄，耄稚难全，未免有伤慈孝意。
臣死国，妻妾死臣，夫复何憾！只自愧，奉君廿载，历官三省，涓埃无补，空嗟永负圣明恩。
二为：
臣罪当诛，臣志无他，念小子生死光明，不似终沉三字狱。
君恩我负，君忧谁解，愿诸公转旋补救，切须早慰两宫心。
围攻使馆的董福祥已任甘肃提督，奉旨革职。董上书荣禄诉说不满：“……祥辱隶麾旄，忝总师戎，一切举动，皆仰奉中堂指挥……中堂命令行非常之事，则祥冒死从之；中堂欲抚拳民，则祥护李来中；中堂欲攻外国，则祥拼命死斗；而今独委罪于祥，麾下士卒解散，咸不甘心，且有欲得中堂之元者。祥以报国为心，自拼一死。将士咸怨，祥不能弹压，唯中堂图之。”荣禄得书乃赍董福祥50万金。
军机大臣刚毅亦为祸首，但他是在西行路上以泻肚子病死，逃难途中，身后萧条，连棺木都没有。
前左都御史英年在监禁中，以污泥蔽塞满口而死。
八国联军占领北京期间，最被后人传诵的是联军统帅瓦德西和名妓赛金花的艳事，但这是完全虚构的，赛金花曾去找过瓦德西，可是两人根本没有见过面。《梅楞章京笔记》记此事比较可信，兹抄录如下：
“当德法联军自保定西进，其先遣队于娘子关附近，竟遭地雷轰炸，全军尽没。联军总司令瓦德西元帅，闻报震怒，命在北京打磨厂设立之北京知府（实系德军之军法处长）格耳，派军医官26人，下士52人，分布北京13门。凡男人之出入城门者，均按照德国军检验入伍兵体格章程，强迫检验。结果每100人，凡18岁至60岁者，竟有95人合德兵体格，因此停止西进。德国格知府翻译，系厦门海关三帮办葛麟德，嗜好甚多，每至赛金花南妓处吸阿芙蓉，故石头胡同各妓寮，如有德兵侵犹者，必靠赛转恳葛麟德宽恕或查办。
是时，丁士源与王文勤之子，日赴赛寓酬应。赛曰：葛大人，吾等空相识月余，前恳君携赴南海游览，君虽口诺，而终未见诸实行。葛曰：瓦德西大帅于南海紫光阁办事，军令森严，吾辈小翻译不能带妇女入内。语至此，葛遂询丁曰，闻阁下曾入内谒瓦帅数次，昨日又谒参谋长，为办理掩埋善后事，阁下或能携彼入观？丁曰：可，惟赛必须男装。赛闻之大喜，遂昵丁进行。丁曰：余须先观汝男装有否漏洞，然后再定。赛遂散发编辫，头戴四块皮帽，擦去脂粉，着一灰鼠袍，金丝绒马褂。装竟，丁王两人，觉其颇似一青年男子，乃曰：装似矣，莲步将如何？丁王乃怂恿赛购缎子靴一双，以饰其莲翘。赛遂命窑伙即往买靴前来，用绒布两大块分包双足。穿靴后，试行步履，颇觉自然。丁谓赛如能骑马，即可作为跟人带入。赛异常高兴，即请试乘丁、王两人带来之跟马。于是葛、赛、丁、王四人乃分乘四马，游行石头胡同，觉并无破绽，遂约于翌晨十时同往。赛即留丁、王、葛三人同宿彼处。次晨起床，葛回打磨厂办公处，丁、王乃携马夫及赛由丁在前分乘四骑出石头胡同，经观音寺越前门至景山三座门。守门美兵，询丁曰：何处去？丁对以谒瓦元帅。美兵即任四骑入门。法国水兵守门者，又询以何处去？丁对如前，法兵亦任之入。过金鳌玉蝀桥时，赛于第三骑大呼曰：好景致，好看！丁曰：勿声。迨至南海大门，告守门德兵以谒瓦元帅。兵曰：今晨瓦元帅已外出。丁曰：参谋长在否？兵谓亦与瓦元帅同出。因不克入内。及归赛寓，已钟鸣一下。午餐后，丁、王分别返寓。丁寓居有钱塘钟广生及浏阳沈荩，帮丁办理掩埋事宜，见丁迟归，乃谓丁昨宵未归，必有妙事。丁遂将一切经过向彼二人详细说明。钟、沈退回自室，遂各戏草一稿，一寄上海游报李伯元主笔，一寄上海新闻报主笔，谓赛金花被召入紫光阁，与瓦德西元帅如何如何，说得活灵活现，因此瓦德西元帅回国后发表剿拳日记以反证之。妄人又构《孽海花》一书，蜚语伤人，以讹传讹，实不值识者一笑。瓦帅既止西进，各公使遂与李文忠开始议和条件。”
联军既占领北京，即于七月廿日至廿二日，特许军队公开抢劫三天，其后更继以私人抢劫。据联军统帅瓦德西（西历十月廿二日）向德政府所提报告，对于各国军队抢劫情形，说得非常详尽，特抄一部分如下：
……现在各国互以抢劫之事相推诿，但当时各国无不曾经彻底共同抢劫之事实，却始终存在。
在英国方面……所劫之物均须缴出，一齐堆在使馆大屋之内，加以正式拍卖；如是者累日。由此所得之款，按照官级高低，加以分派，其性质略如战时掠获金。因此之故，无一英人对于抢劫之事，视为非法行动。而且英国军官为余言曰：印度军队——在此间之（英国）军队几乎全系印度人。——对于战胜之后而不继以抢劫一事，实绝对不能了解。所有此地各国军队，无不一致公推印度兵士，最善于寻出各处密藏之金银宝物。
在日本方面，则对于此种掠夺之物，照例归之国家。由此所得之款，其数至为不少。据日本将军之报告，只天津一处抢劫所得者，即有二百万两之多。
至于美国方面，对于抢劫之事本来禁止；但美国军队颇具精明巧识，能破此种禁令，为其所欲为。
俄国军队抢劫之方法，似乎颇称粗野。而且同时尽将各物毫无计划的打成粉碎。
……法国军队，对于各国军队（之抢劫行为），亦复绝对不曾落居人后。
此外关于清宫及颐和园的被劫，瓦德西亦有叙及。他在这一报告的最后并总括地说：
“所有中国此次的受损及抢劫之损失，其详数永远不能查出，但为数必极重大无疑。……又因抢劫时所发生之强奸妇女，残忍仍为随意杀人，无故放火等事，为数极属不少，亦为增加居民痛苦之原因。”
另有一位亲身参加奸淫抢掠活动的英使馆职员甫特南威尔曾著《庚子使馆被围记》，更为淋漓尽致。
十六、辛丑和约
李鸿章在北京沦陷后才到达天津，他这时的官衔是北洋大臣、直隶总督、武卫军统帅及议和大臣，这些官衔对于八国联军所占领的天津是发生不了作用的。他之所以受洋人尊重，完全由于他个人的国际声望。他于光绪廿六年（1900年）八月间抵达天津，几乎是和八国联军统帅瓦德西抵津的时间相同。可是他们两人正式见面则是九月廿四日在北京会面的。
瓦德西事后五天曾向德皇作一详细报告：“……余曾接见庆亲王及总督李鸿章。李氏首先到此，庆亲王刚迟廿分钟始来；两人共在余处计有一点钟之久。从谈话之中余遂觉得该两人均有急望和议开始之意。……李鸿章请命赐给彼之差官一种护照……余对于中国官厅，必须其诚心依照余命而行者，方能容忍。今日余曾往答拜两先生，在庆亲王处仅作一番无关重要之谈话，但彼要求从速开始和平会议之意却曾表示出来。余给李鸿章先生一图，其上余曾划有上述占领区域之范围。李氏颇嫌其宽广。余从李氏屡次提及进兵张家口一事之中，可以明白盾出此举颇使彼忧惧，且由此足以证明余之进兵该地可谓颇得其道。……”
光绪廿七年（1901年）李鸿章代表清廷接受了八国联军所提的议和条款，这就是著名的《辛丑条约》。其要点为：
（一）中国遣使赴德日两国道歉。
（二）惩办祸首大臣。
（三）禁止向中国输入军火两年，期满得再展延两年。
（四）赔款银四亿五千万两，分卅九年偿清，合利息共计银九亿八千二百余万两。
（五）北京划定使馆区域，区内由使馆团管理，各国并得派兵防守。
（六）毁大沽至北京间之炮台。天津、北京、山海关间之交通要地，允许各国驻兵。
（七）清廷允许张贴“严禁仇外”之上谕于各地。
（八）清廷对任何设立仇外之会党立刻正法。
这次屈辱的条约，是在联军枪杆下被迫签署的；列强本可瓜分中国，只是由于本身间的矛盾和利害冲突，所以中国在这时候才侥幸不被瓜分，而仅被迫签约，实在是不幸中的大幸。可是这个《辛丑条约》应该是中国有史以来对外签定条约中的最屈辱条约，由于这个条约，使中国京城的大门洞开，使以后几十年的民族自尊心受到极大的打击。
义和团烟消云散，可是义和团事件的影响，却极其深远：
（一）世界各国并不去检讨这次事件形成的原因，而严厉指责义和团行动粗暴，指责中国不是一个文明国家，指责中华民族是一个野蛮的民族。
（二）自鸦片战争开始，西洋武力开始侵略中国，但每次战争它们所击败的只是清朝政府，一般民众和守旧士大夫，在心理上并未屈服。义和团事件是清朝政府、中国卫道的士大夫、以及广大的农民汇合凝聚而成的力量，他们以符咒和拳棒去和西洋枪炮相对抗，结果彻底地失败了。经过这次惨败，清朝野都都不敢轻外仇外，民族自尊心完全丧失，人民在不知不觉中养成了媚外心理，这种心理影响了中国以后数十年。
（三）督抚权力增加，演变成后来军阀割据。因为拳变期间，李鸿章、刘坤一、袁世凯等人和列强约定，各省自保。保护外人生命财产和教堂，请列强勿进兵东南各省，这一举措在拳变之后受到清廷的承认和嘉勉，遂使各省督抚形成半独立局面。
（四）中国有志之士认清一点：就是腐化的清朝政权，非推翻不可，欲救中国，非革命不可。
（五）最明显的结果，是清朝政府中老的一代死的死，被淘汰的淘汰了，众望所归的唯一人物是袁世凯，他取代了李鸿章的地位，从而为未来的北洋军阀一系奠定基础。
袁世凯在义和团之变时，不仅成为有名望的督抚，堪与刘坤一、张之洞等齐名。且由于他在北方，各省督抚向北京的奏报都是由他转递，加上义和团肇始山东，自袁接任山东巡抚后，山东省境内太平，因此无论中外人士对袁都刮目相看了。
北京陷后，两宫出奔，在蒙尘途中曾电谕李鸿章，命他火速前往北京与洋人议和。袁亦密电李鸿章说：“海关总税务司赫德称，各国并无他意，深盼李相能说庆亲王共商议和事。”
如此一来，袁对国家大事，也取得了发言权了。
慈禧和光绪在赴西安途中，追随左右的全是守旧派大臣，由于这些顽固派的包围，所以谈和时，洋人也心存疑虑，因此袁和李鸿章便密商促成荣禄能尽速前往行在，俾慈禧左右能有一进言之大臣。荣禄在北京失陷时，对于守旧派垄断朝政，深感灰心，经李、袁的敦促，乃趋赴西安。而慈嬉对荣禄仍极信任，不久荣禄便成为极重要的军机大臣。自荣禄重被慈禧所宠信，袁的发言权便大为提高。在这期间，他和刘坤一、张之洞、盛宣怀等联成一气，而李鸿章在北京，荣禄在西京，因此他的意见可以四通八达，他的地位便日益重要了。
当和议达成，八国联军即将撤兵时，京畿重地必须有清兵驻守，以维治安，李鸿章急电请袁派姜桂题率兵先赴河南，以备接替。当时姜桂题正在保护青潍铁道工程，袁于是即拨防营前往递补，并饬姜桂题立即出发，待命前往接替八国联军。
光绪廿七年（1901年）四月廿九日袁世凯的亲生母亲刘氏病逝。原来刘氏和袁的嗣母牛氏都是住在河南项城原籍，牛氏去世后，袁乃迎养亲生母到住所，随袁宦游各地，主持家务。袁丁丧后遂电辞山东巡抚，可是他这时候是各方所瞩目的大臣，山东全身司道百官和地方绅士，都纷电西安行在和李鸿章处，请旨夺情。五月一日上谕给袁丧假一百天，袁有哀恳电云：“五月初一日恭奉谕旨，以世凯丁本生母忧，赏假百日，即在抚署穿孝，假满后改为署理，照常任事。捧读之余，感纫泣血，伏念时势阽危，至今已极。联军尚未尽撤，伏莽益复横行，臣母病中，时勖臣以损顶摩踵仰酬知遇，并以病躯支离，未得亲见回銮盛典为词。迨至弥留之际，口不能言，犹复举手西指，泪满衣襟，是臣上报君恩，似未可一意固辞，下承母训，尤不愿再三虚让。惟是窀穸未安，方寸已乱，设身膺墨，而手惓簿书，非但为千古之罪人，亦恐负一时之清议。傍徨午夜，屡绝粥饘，恳准百日内开缺离署，扶榇返里，俟葬亲事毕，遄返东省，当专任营务，稍尽翊卫巡防之任。倘冬春之交，时局大定，再恳许臣回籍终制，此则乌哺私情，以必得所求而后已也。”五月十一日慈禧温旨慰留，同时派员代表太后赐祭。
袁的生母刘氏和嗣母牛氏本是妯娌，她们都是旧社会妇女，受的全是旧礼教薰陶，两妯娌对于这个能干儿子都很宠爱。袁在山东巡抚任内虽为时只有一两年，但他已成全国瞩目人物，项城袁家的人很多都济南，而袁也大力整修项城的旧居。刘太夫人一直随袁在济南，刘氏物故后，袁一再恳辞山东巡抚以守制三年，这不过是旧中国的礼教习惯，其实袁这时不止是辞卸不得，而且好运还才开始呢！
袁在山东巡抚任内有一件新政，就是在省城济南设置大学堂。不过这所谓的大学堂，是小学、中学、大学的一贯制，共分四级，第一级称“蒙养学堂”，挑选幼童自七岁起至14岁止，为时八年，讲习经史，并授以简易天文、地舆、算术。毕业后升入第二级称“备斋”，讲求浅近政治、艺学，两年毕业。毕业后升入第三级“正斋”，研读四年，分科为中国经学、中外史学、中外政治学、方言学、商学、工学、矿学、农学、测绘学、医学共十门。毕业后升入“专斋”，以两年至四年为期。专斋课程俟正斋毕业后再订。每年经费预算6万两，聘美国人赫士为总教习。这就是最早的山东大学堂，后来虽然未照这计划进行，可是，袁总算是一个首创者。
中国士大夫阶级都有浓厚的重农轻商观念，袁则认识商业发达，可以富国裕民，所以他在山东农商并重，因此首创商务总局，以道员唐绍仪总司局务。又设筹款总局，整饬土药、烟酒各项杂税厘捐。并且派遣道员马廷亮往日本搜集日本银行铸造银圆的办法和章程，以及印刷钞票的办法等等。
事实上，这个时候的袁世凯，所有措施都算得上是新政，正因为他是新政，和守旧的顽固派对比，显得突出，政治是多么的现实，他当年以出卖维新派、打倒新政而鸿运当头，如今他却以行新政而赢取时誉。
袁曾得意地告诉幕僚们说：“此次拳乱，各督抚中如无我辈四人搘拄，国事尚可问乎？”袁所谓的四人是：李鸿章、刘坤一、张之洞和他自己，得意之情，溢于言表。
光绪廿七年（1901年）九月廿六日，西太后和光绪皇帝以及王公大臣正在回往北京途中，这天是由河南省巩县抵达汜水县驻跸，得到李鸿章自京电奏：“病势危笃，请速派大臣接替，以资镇摄。”这时奕劻已由北京前来迎驾，俾让两宫在还京以前详知谈和情形以及北京近况，李鸿章突然病重，所以电奏两宫，希望速让奕劻赶返北京，继续和议。慈禧和光绪阅电都非常担心，因为奕劻虽已出京，但尚未赶到。慈禧这天以极忧郁的颜色对随驾的吴永说：“大局未定，李相倘有不测，这如此重荷，更有何人可以分担？”
第二天，九月廿七日两宫自汜水赴荣阳，傍晚接到北京急电，李鸿章于午刻逝世，慈禧和光绪听见这个噩耗，饭都吃不下去，随驾大臣乃至宫监卫士都有梁倾栋折的感觉。慈禧和光绪立即召见荣禄等大臣，太后决定三个主要人事命令：
一、王文韶着署理全权大臣。
二、直隶总督兼北洋大臣着袁世凯署理；未到任以前，着周馥护理。
三、山东巡抚着漕运总督张人骏调补。
十月初二日两宫驻跸开封，河南全省文武均在城外迎驾，行宫陈设壮丽，俨然有内廷气象。奕劻由京师赶到，立即获得召见，询问京中情况至为详尽。第二天再召奕劻，奕劻把李鸿章的最后奉疏奉呈，两宫都为之流涕。
李鸿章的遗疏全文于后：
奏为臣病垂危，自知不起，口占遗疏，仰求圣鉴事。窃臣体气素健，向能耐劳，服官四十余年，未尝因病请假。前在马关受伤，流血过久，遂成眩晕。去夏冒暑北上，复患泄泻，元气大伤。入都后又以事机不顺，朝夕焦思，往往彻夜不眠，胃纳日减，触发旧疾时作时止。迭蒙圣慈垂询，特赏假期，慰谕周详，感激涕零。和约幸得竣事，俄约仍无定期，上贻宵旰之忧，是臣未终心事。每一念及，忧灼五中。本月十九夜，忽喀血碗余，数日之间，遂至沉笃，群医束手，知难久延。谨口占遗疏，烦臣子经述恭校写成，固封以俟。伏念臣受知最早，蒙恩最深，每念时局艰危，不敢自称衰病。惟冀稍延余息，重睹中兴。赍志以终，殁身难瞑。现值京师初复，銮辂未归，和议新成，东事尚棘，根本至计，处处可虞。窃念多难兴邦，殷忧启圣。伏读迭次谕旨，举行新政，力图自强。庆亲王等皆臣久经共事之人，此次复同更患难，定能一心效力，翼赞讦谟。臣在九泉，庶无遗憾。至臣子孙，皆受国厚恩，唯有勖其守身读书，勉图报效。属纩在即，瞻望无时，长辞圣明，无任依恋之至。谨叩谢天恩，乞皇太后、皇上圣鉴。谨奏。
同日发布一道上谕：“奉懿旨，略谓上年京师之变，该大学士忠诚坚忍，力任其难，宗社复安，朝廷攸赖。近日因病，然经降旨慰问，该大学士力疾从公，忠靖之忱，老而弥笃。乃骤患咯血，遽尔不起，艰危之交，失此柱石重臣，曷胜怆恸！前已加恩云云。着再赏银五千两治丧，立功省分建立专祠；政功战绩，宣付史馆。伊子李经述，着赏给四品京堂，承袭一等侯爵；李经迈着以四品京堂用；李经方服阕后以道员遇缺简放。伊孙李国杰，着以郎中即补；李国燕、李国煦着以员外郎分部行走；李国能、李国焘着赏给举人，一体会试云云。”
初四、初五、初六均在开封逐日召见奕劻，并于初五日颁上谕：“奉懿旨，奕劻着加恩在紫禁城内乘坐二人肩舆。”初六日命奕劻启程返京继续办理议和以及准备两宫回京事宜。
李鸿章的去世，使袁世凯成为北洋正统的领导人，成为当时最重要的人物，虽然光绪对袁的擢升很不开心，可是这是慈禧的主意，光绪如何可以反对呢。
袁世凯出任北洋大臣和直隶总督，虽由慈禧决定，有人却说是李鸿章遗奏保荐，又有人说是军机大臣荣禄向太后力荐。不管是谁的保荐，问题在于慈禧对袁有好感，信任他的忠实，欣赏他的才干，使袁以一个普通的道员，在五六年时间便爬到督抚地位，更特别的是直隶总督简直等于督抚团领袖，担负拱卫中枢的重大责任。
相传李鸿章临死前有遗折奏保袁为继任人，但在《文忠集》内却无此奏稿。同时袁的任命是在两宫回銮途中得李去世电的第二天即降旨，所以李纵使有遗折荐袁自代，可是袁的大命却是直接出于慈禧的圣眷。
袁因有李的遗疏荐贤的传说，愈发见重于世，据说代李拟稿的是于式枚（号晦若）。荐袁是用“附片”，附片也是清朝一种官书，遇有机密，誊之附片上达，可以留中不发。附片中有句：“环顾宇内人才，无出袁世凯右者。”袁后来有致于式枚一函，答谢于代李草疏荐己，函云：
“……节相骑箕，天下共恸！弟识陋望浅，何敢作此替人？乃承示以疏稿，竟过许：‘环顾宇内人才，无出世凯右者！’此虽出节相之口授，实亦由足下之成，弟当诏示子孙，永铭大德。兹随函奉上古董八件（另附一单于函末），戋戋聊表谢忱。……”
这一年袁世凯43岁，与当时的有名望的大臣和督抚比，实在太年轻了；因为他的三位前任，荣禄已快70岁，李鸿章79岁，王文韶68岁，袁世凯的年龄足够做这三位前任总督的儿子。
袁奉命署理直隶总督后，由于丧服在身，所以坚辞朝命，慈禧不许，于是他先把左右的人事作了一番部署，副将张勋、守备孟恩远、都司曹锟、吴凤岭等都蒙奏荐嘉奖，又特疏保荐唐绍仪。唐自朝鲜起便一直追随老袁，袁在山东巡抚任内曾创设商务总局，唐绍仪便以道员总揽局务，拟定各项规则，办理颇有成效，可算是袁的左右手。
光绪廿七年（1901年）十月初十日，袁世凯一切安排都已就绪，乃把山东巡抚篆务交给护理巡抚布政使胡廷幹，然后于十一日自山东起程北上，唐绍仪随行。十月十六日抵河北高阳，直隶护理总督周馥派人捧直隶总督大印来迎。十七日袁接收印绶，即日履任视事。
袁接任后的第一道人事命令，是派唐绍仪为津海关道。唐深通洋务，在朝鲜时也是主办关务。还有一个巧合，护理总督周馥在十五六年前也是任津海关道，那时袁在朝鲜，便和周订交，甚为莫逆。周馥一直在直隶省任职，后来做直隶臬司，最后是直隶按察使。他是按步就班地往上爬，而他的老朋友却出将入督，不过几年时光已变成著名的督抚，并且回到直隶做他的顶头上司了。
当袁奉派为直隶总督兼北洋大臣后，两宫在开封行宫于九月廿八日再颁上谕：“奉懿旨，以回銮在即，颁赏有功人员，李鸿章再赐祭一坛，伊子李经迈以三四品京堂候补；庆亲王奕劻赏食亲王双俸；大学士荣禄赏戴双眼花翎，并加太子太保衔；王文韶赏戴双眼花翎；两江总督刘坤一，加太子太保衔；湖广总督张之洞，直隶总督袁世凯，均加太子少保衔；余如联芳、那桐、张翼、周馥等，均升赏有差”。其后三天又颁上谕：“盛宣怀、赫德均赏加太子少保衔”。
袁在直隶任内第一件参奏，是请两宫惩办此次肇变祸首，将董福祥明正典刑。袁对董的恩怨，一方面由于董在武卫军时代以助义和团而恣意胡为，同时因董在不久前曾向荣禄威胁，袁这一奏疏使荣禄最为满意。
十七、北洋大臣任内
北洋大臣的业务有许多牵涉到外交事务，所以清廷总是选择通洋务的大臣来担任这个职务，尤其当八国联军侵占直隶之后，直隶总督辖区内自然有许多和洋人分不开的关系。
直隶总督衙门设在天津，可是天津已在八国联军占领下。《辛丑条约》签订后，洋兵交还天津时，曾照会清朝政府，提出一个条件，是在天津周围廿华里以内，不许驻扎中国军队。这实在是一个极不合理的条件，试想堂堂北洋大臣和直隶总督竟在他的衙门所在地没有军队保护，真是非常不合理的。袁世凯处理这个问题充分表现出他的明智。他在所辖部队中抽调出精锐的3000人，编为“巡警营北段”，派段芝贵率领，用维持治安的名义进驻天津，以1500人驻札天津市区，另1500名则分驻西沽、塘沽、山海关、秦皇岛、北塘等地。这些曾经过严格陆军训练的巡警，纪律严明、精神壮旺。此一措施对于地方治安的确保，收到极为成功的效果。接着为了加强巡警工作，又添募马队巡警50名，消防巡警100名，予以认真地训练和管理。同时又有小汽船三艘为巡缉河海之用。还创设了一个巡警学堂，延聘外国教师担任讲习，使警察人员有专门教育。清朝有正式的警察便是从袁世凯在直隶总督任内开始的。
当八国联军占领天津时，曾共同组成了都统衙门管理天津的行政和民间诉讼，联军撤退后在天津还留下洋警察为都统衙门的象征力量。袁世凯莅任后，即进行收回天津治权，派唐绍仪和八国委员签约。于光绪廿八年（1902年）七月十二日正式接管天津，撤去都统衙门，洋警察自然随之撤走。当时，关内外铁道都在英俄两国管理中，袁于八月初六赴山海关，会同俄国提督验收关外铁道，包括：由山海关至营口已成线700余里，由沟帮子至新民屯未成线200余里，包括沿铁路线所有厂房设备。八月廿六日英公使到天津，会同英国提督交还关内铁道823里，也包括所有厂房设备。
还有开平煤矿问题。原来在八国联军入京时，开平煤矿的监督张翼奏募外国股份改为中外合同会社，他的理由是希冀保全矿产，于是他收受英人5万金镑，而在签定条款时则把矿池、河道均交付接办人永远执守。这简直是卖断，不要说清廷不知，大约张翼本人也不很清楚，直到有一天开平煤矿局局员杨善庆在局中升起“国旗”，英国竟宣称这是英人土地，不得悬挂黄龙旗，且有张翼卖断的各种凭证。袁乃请北京外务部（总理各国事务衙门裁撤后改为外务部）通知英国公使，声明张翼卖矿的私约，政府不能承认。同时请旨惩处张翼，责令克期收回煤矿。
当洋兵占领天津时，比利时人得清政府许可，准其在天津设立电车电灯公司。袁在直督任内，比人依照已签条约要求开办，袁不答应，认为以前所定的条款丧失权利太大，必须修改，比国使馆与清外务部几经交涉，均因袁坚持立场而无法获致结果。最后另订新约，以50年为限，每年赢利先缴地方官，提三成半给股东，倘使用民地，则由公司付租。50年期满后，一切轨道、房屋、木材、地基、机器车辆以及各种产业，均归直隶总督衙门所有，交还时并须修整完全，不得伤损，开办时先缴银五万两作为兴建天津御河铁道及安装排泄濠水机器之费用。
光绪卅年（1904年）袁的老朋友又曾做过他老师的南通状元张謇致书于袁，请袁促成清廷“立宪”。这封信洋洋洒洒千余言，函略云：“公今揽天下重兵，肩天下重任矣，宜与国家有死生休戚之谊。顾亦知国家之危，非夫甲午、庚子所得比，方乎不变政体枝枝节节之补救无益也，不及此，日俄全局未定之先，求变政体而为揖让救焚之迂图无及也。日俄之胜负，立宪专制之胜负也。今全球完全专制之国谁乎？一专制当众立宪尚可幸乎？日本伊藤板垣诸人共成宪法，巍然成尊主庇民之大绩，特命好耳！论公之才岂必在彼诸人下，即下走自问志气亦必不在诸人下也。”云云。洋洋千言，袁非常佩服。
这时候朝野一片促请立宪声浪，加上日俄战争的结果，君主立宪的小国日本，竟战胜了号称强国又是君主专制的帝俄，更证明君主立宪是一件顺人心的大事。清廷不得已，乃成立一个“考察政治馆”，同时接受袁请派亲贵出国考察政治的建议，乃派遣五位大臣：载泽、戴鸿慈、徐世昌、端方、绍英出洋考察宪政，以作敷衍，借以拖延时间。光绪卅一年（1905年）八月廿六日，五位大臣自北京启程出国，到前门外车站上，却被一位潜伏车站的刺客投了一颗炸弹，炸伤载泽和绍英二人。于是出国考察之行展期，九月才再度成行，由山东布政使尚其亨、顺天府丞李盛铎代替了徐世昌和绍英。绍英是伤势未痊不能成行，徐世昌奉委了一个新职务。这个新职是因为五大臣遇刺事件发生后，适应形势要求而增设的一个机构，也是袁世凯所建议：设立一个巡警部以统筹全国治安工作，集中事权。这个新衙门的首长也是袁世凯所保荐的，巡警部尚书是徐世昌，巡警部侍郎是赵秉钧。谋刺五大臣的刺客是桐城人吴樾，他是保定高等学堂的学生。他这颗炸弹又帮了袁世凯一个大忙，便是使袁借此机会抓到了清朝的警察权。
光绪廿八年（1902年）九月十七日慈禧准给袁丧假40日，让他回籍安葬生母刘氏，并追赠刘氏正一品夫人，赐祭一坛，命河南巡抚代祭。这些在清朝都是无比的尊荣。袁遂于九月廿五日把直督交由藩司吴重焘护理，于十月初八日返抵河南项城。这趟归来可算做“衣锦还乡”，河南巡抚远道迎迓，地方官员都是倾城迎接，场面非常荣耀。袁和夫人于氏、五位姨太太及儿女多人一齐回乡，很隆重地办完了这场葬礼。乡人们都盛称这位袁母刘太夫人有福气，一直等到儿子位极人臣才下葬。
袁在原籍只停留了14天，他返回天津前，取道东南，由信阳乘车至汉口。十月廿三日偕湖广总督端方参观炼铁厂和兵工厂。然后改乘汽船抵九江转江宁，和两江总督刘坤一会晤。然后到上海拜访吕海寰和盛宣怀。于十一月三日乘海圻轮北返，两天后抵达秦皇岛，转道回天津任所。
中国第一个军乐队是袁世凯在北洋大臣任内建立的，正式使用则是在光绪廿九年（1903年）三月慈禧和光绪行幸保定时。原来中国虽是礼乐之邦，可是军乐的使用各个朝代都不同；唐朝时唐太宗非常重视，到宋朝以后便渐渐忽略了。西洋隆重的军乐给袁世凯一个深刻印象，于是他便组成一支军乐队，所有乐器完全采用西洋的。这次两宫行幸保定，军乐队便在车站迎驾，慈禧和光绪下火车后，袁世凯率领百官跪迎，这时军乐奏了起来，最妙的是所奏的曲子竟是法国国歌《马赛进行曲》。因为当时清朝没有国歌，更没有其他迎接帝王大典的曲子，军乐队只会奏几只世界各国国歌，好在大家也不知道这是什么曲子，更不知道当时应该奏什么曲子。慈禧和光绪从来没有见过这种玩意，所以极感兴趣，她轻移御步走到军乐队前，很仔细地端详这些乐器，并且用极兴奋的口吻打听这些乐器的称呼，什么大喇叭、大鼓之类。袁世凯一一为太后解释，他这洋玩意确实把老太后唬住了。
不过，随侍在慈禧身边有一位曾经到过欧美各国游历的德龄公主当然见过军乐队这玩意，也懂得奏马赛曲来迎慈禧是极可笑的事，但她不敢把这西洋镜拆穿。同时她觉得袁世凯建立军乐队总是一种迎合时代的东西，而清朝又没有正式的曲子，所以她在事后有机会和慈禧谈到军乐时，便作建议说：“老佛爷世界各国都有国歌，咱们大清也该有国歌。老佛爷出巡或是有国家大典时，军乐队奏起大清国歌，才叫庄严呢！”慈禧听了大感兴趣，顺口答说：“是嘛，赶明儿叫个人作一支唱唱！”虽然这么说，说过也忘了。因此清朝时袁世凯虽然组成了一支军乐队，可是却始终没有国歌。
光绪卅年（1904年）十月初十日是慈禧的寿诞，全国都热烈庆祝，而北京皇宫中更是喜气洋洋，上上下下最感兴趣的是欣赏各大臣献给太后的礼物。这些礼物都是海内外的奇珍异玩，应有尽有。谁也没有想到直隶总督袁世凯所呈献的礼物是什么？因为像张之洞每次呈献慈禧寿诞总是价值连城的翡翠绿玉。据说张之洞是最懂“玉”的专家，慈禧也最欢喜他的礼物。但这一年袁世凯却出了大风头，他的礼物是一只鹦鹉，红嘴啄，彩色羽翼的鹦鹉。宫中都很奇怪，以袁宫保受慈禧如此宠信，又是首席总督，为何寿礼如此菲薄呢？当鹦鹉装在笼子里呈到太后面前时，奇迹出现了，鹦鹉竟对着太后用纯粹京腔说：“给老佛爷请安，老佛爷万岁万岁万万岁！”这一来老太后可大乐了。这年的寿礼中袁世凯的鹦鹉出尽了风头。
北洋大臣时代的袁世凯，俨然已是当代名臣，这一时期他集中智慧和心计在培养自己的力量，他练新军、办军事学校，加强自己的干部。对于干部除了用金钱收买外，还使用一套旧社会的统御术，让这些干部认他做义父或是老师，至于和那些有名望、有地位的王公大臣们，则用结成儿女亲家或拜把兄弟来加强联系；对武备学堂毕业的学生，则收他们作义子或门生；对一般北洋军的士兵们，则指使私党在各营中供奉袁的“长生禄位牌”；同时经常散播：“袁宫保是北洋军的衣食父母，有了袁宫保就不怕没有升官发财的机会。”
他懂得曾国藩和李鸿章成功的因素，由于时代不同，他没有靠战争建立武力的机会，但他却因为列强欺侮而获得练建新军的机会，因此他仍可以媲美曾、李。他和曾、李都遭遇到同一个难题，就是汉人无论替清廷出了多少大力，但最终都不会得到清廷的信任，这就是当年曾国藩惴惴不安的原因。所以他在功业一帆风顺的过程中，并不自足，相反地经常都保持了高度的警惕，尽可能地把清廷贵胄拉出来作为掩护，以减少清室贵族对他的猜忌心。所以他在山东巡抚任内，就奏调旗籍道员荫昌佐赞军务；署理直隶总督时，则挑选八旗子弟3000人参加新军训练，同时奏保旗籍道员铁良为京旗练兵翼长，参预新建陆军训练工作；实授直隶总督后，建议成立京畿督练新军处，推举奕劻为督练大臣，而自任副手。这一切都说明袁在壮大自己力量的时候，对于消除满人的猜忌，化了极大的心机。
十八、北洋军系的形成
武卫军已名不存，实已亡，袁世凯的野心因而可以借机扩展。当时的北洋大臣又兼练兵大臣，袁自朝鲜回国后，就是因练兵而赢得各方称许，如今他已掌大权，更可发挥了。于是他奏陈改革军制，拟定“新军募集操练规则十九条”，获得清廷认可。派王英楷、王士珍分赴各地，精选简募壮丁6000人，又选派武卫右军卒业50名到日本陆军士官学校深造，并在保定设立督练公所，把军权集中于参谋、教练、兵备三处。每处设一位总办，派段祺瑞为参谋处总办，冯国璋为教练处总办，刘永庆为兵备处总办，王士珍为步兵第一协统兼直隶全省操防营务处督理，王英楷为总参议。袁世凯则自任全军总统，正式改名为“常备军”。
常备军可以算做中国正式陆军的开始，袁世凯计划先编成常备新军左镇和常备新军右镇两个军制。每镇辖步队二协，马队一标，炮队一标，工程队一营，辎重队一营。全镇官兵共12512名。当时的军制，所谓镇、协、标、营、队等于现在的师、旅、团、营、连。两镇为一军，是一种战时组织，统率这一军的名叫总统或军统。统制或翼长就是后来的师长，协统就是后来的旅长，标统就是后来的团长，管带就是后来的营长，队官或哨官就是后来的连长，帮带或督队官就是后来的副营长。还有一种混成协，是不同兵种混合组成的一个旅，其规模比普通旅大。
