西南的援军还在纸上谈论，而北军入湘则朝发夕至，湘军自然无力单独抵抗，因此湘军本身便起了分化。湘军第二师长陈复初，第二师第四旅旅长朱泽黄，第一师第一旅旅长李右文在军事会议上对于抵抗北军表示了冷淡的态度。陈复初早已受到段的拉拢，因此，谭所能控制的湘军就不到半数，当然更无力抵抗。
谭在这种情况下，只好对于调动督军的命令不表示反抗，并派零陵镇守使望云亭到北京欢迎新督军早日到任，以便早日交卸。有人问他是否愿意留任省长，他说：“当惯了婆婆，如何能做媳妇？”望云亭是北洋派留在湖南的一个内线，谭派他赴北京迎接督军一方面是表示对北京政府的服从，同时也是调虎离山，望启程后，谭立刻派刘建藩代理零陵镇守使。刘建藩是湖南醴陵人，字昆涛，日本士官学校毕业。湘军驱逐汤芗铭时，黄兴介绍他回湖南任军职，由于没有适当位置，谭延闿遂派他为营产清理处处长。这次谭拍卖大批公产提充军费，他执行任务极为认真，因此派他代理零陵镇守使，并接统谢国光、罗先闿和刘雪轩各营。谭同时调第一师第二旅旅长林修梅部接防衡山，以表示不设防长沙，而其中的含意则是集中力量，退守湘南以待两广的援军。
谭延闿在湖南本已极得人缘，如今更乐得广结善缘，他拍卖大批公产，用以扩充军费，并提出其中一部分馈赠文武官兵。军民两署职员一律加薪一个月，借以收买人心。这时，长沙各级人员从县长、科长到厅长、院长全体提出辞职书，表示要“和畏公（谭）同进退”；后8月中旬到下旬，长沙城内每天几乎都有各级机关职员举行公宴为畏公饯别。这在长沙官场中是一个从来未有的场面。
8月26日，北京政府所派的湖南督军傅良佐由北京动身南下，他绕道津浦路，先到南京会见李纯，再乘轮船到武汉会见王占元，然后到岳州停下来。傅良佐在上任之前先访问直系督军，这表示皖系还在求取直系的合作，以期对西南有一致的步调。他到湖南后，并不直接到长沙，而在岳州停下来，因为他对湘军带有戒心。他在岳州命令北军向湘阴以北的“无兵地带”推进，同时北京政府又调驻马厂的第八师王汝贤部开进岳州。
湖南旅京名流熊希龄等向段政府提出一个折衷方案，请指定岳州为督军傅良佐的驻地，而长沙为省长谭延闿的驻地。这是军民分治的旧调，督军、省长不驻在一个城内，段置之不理。
9月2日，湘军将领发表联名通电，不反对傅良佐督湘，但希望不带兵进长沙。
陆荣廷也电请冯国璋阻止北兵开进长沙。9月9日傅良佐随带精兵一营到长沙接事。这位陆军中将特加上将衔的傅督军，进长沙时禁止各机关团体鸣放鞭炮迎接，长沙人对这位新督军一点没有乡情，他说的是一口北方话，做的是北洋的官，并且还是段祺瑞的内弟，久任陆军次长，这和汤芗铭以海军次长督湘如出一辙。
谭延闿虽有抗北之志，却有气无力，他算来算去，可用之兵只有湘军第一师，师长赵恒惕这时正丁忧回衡山，这一师下辖两个旅，由李右文、林修梅任旅长，李右文代理师长，他内心北向，结果真正拥谭的部队只有一旅人。傅良佐入湘后如果能沉着缓进，慢慢消化，段要吞吃湖南的目的是可以达到的。怎知这位“通变有方”的傅督帅却操切而急进，他上任后并无布置就来个下马威，下了两道命令：（一）湘军第一师第二旅旅长林修梅撤职，派邹序彬接任，（二）刘建藩无庸代理零陵镇守使，派陈蘧章为零陵镇守使。陈蘧章是湖南祁阳人，原任湖南水上警察厅长，也是段祺瑞的内弟（段曾多次续弦）。
谭延闿早于9月1日回到茶陵原籍“省亲”，在茶陵电辞湖南省长，随即悄悄化装离开湖南。
9月18日林修梅在衡阳，刘建藩在零陵同时宣布自主。傅良佐并不感到惊慌，因为宣布自主的林修梅只有一旅兵力，刘建藩也只有数营地方守备队。其他湘军并未加入。至于北军则兵精械足，只待兵力齐备，便不难一鼓荡平。
开始时傅良佐想用湖南人解决湖南人，便派第一师代理师长李右文统率第一旅到衡山，招抚林修梅的第二旅，声言官兵来归不究既往，怎知李右文不仅没有招抚到林修梅，他的第一旅在湖南人不打湖南人的口号下反被林修梅“招抚”过去了。10月1日李代师长单骑逃回长沙，傅良佐只好假装镇静，宣称：“业已全部解散。”11月9日陈蘧章在潮音里被刺身死，局势日趋严重。
用湘军打湘军行不通了，于是傅良佐乃调北军作战，以第八师师长王汝贤为湖南军总司令，第二十八师师长范国璋为副总司令，下令三路：第八师和第二十师正面进攻衡山，湘军第二师第四旅为右翼进攻宝庆，从安徽调来的安武军进攻攸县。不带兵入湘的诺言撕毁了，湖南问题成为第三次南北战争（第一次是癸丑二次革命，第二次是护国讨袁），也成为段内阁倒台的导火线。
湘军第二师第四旅旅长朱泽黄虽是湖南人，却愿为北军效力，率领湘军由永丰、界岭进占宝庆，北京政府立刻发表朱为长宝镇守使，晋升陆军中将。10月6日担任正面的北军第八师第十五旅王汝勤部于11日攻下了没有设防的衡山。在北京的段祺瑞心情为之一松。认为湖南指日可平。同时运送了大批慰劳品到前线犒赏士兵。
湘军方面，当赵恒惕在衡山居丧守制时，由于北军大举南侵，其旧部第一师官兵请赵火速回部，赵乃墨绖从戎，先至衡阳与刘建藩、林修梅商讨军事，从容布署，在衡山西南50里之萱洲河与刘建藩部夹湘水设防。王汝贤、范国璋率部进攻，双方剧战历时40余日，刘建藩部区司令黄钺以严冬即至，弹药将竭，恐难支持，乃率敢死队百余人抄袭北军之后，竟以身殉，北军为之丧胆，湘军把握时机反攻，北军不支，乃告溃散，湘军掳获大批军械弹药，军力士气同告大增，追奔逐北，北军已无战意，仅在长衡公路的茶园铺接战一次，北军遂溃退长沙。
段等待湖南方面有更多的捷报和更好的消息，怎知一个月过去了，却什么消息也没有。就在前线战况沉寂的时候，忽然晴天霹雳，传来北军王汝贤、范国璋的联名通电，主张停战撤兵，电云：
“天祸中国，同室操戈，政府利用军人，各执己见，互走极端，不惜以百万生灵，为孤注一掷，挑南北之恶感，竞权利之私图，借口为民，何有于民？侈言为国，适以误国。果系爱国有心，为民造福，则牺牲个人主张，俯顺舆论，尚不背共和本旨。汝贤等一介军人，鲜识政治，天良尚在，煮豆同心。自零陵发生事变，力主和平解决，为息事宁人计，此次湖南自主，以护法为名，否认内阁，但现内阁虽非依法成立，实为事实上临时不得已之办法，即有不合，亦未始无磋商之余地。在西南举事诸公，既称爱国，何忍甘为戎首，涂炭生灵？自应双方停战。恳请大总统下令，征求南北各省意见，持平协议，组织立法机关，议决根本大法，以垂永久而免纷争，是所至盼！特此电闻。”
王、范寒电吁请停战撤兵的当晚，傅良佐在长沙下了特别戒严令，断绝市内交通。在夜色迷朦中，傅偕同代理省长周肇祥偷偷爬上军舰，逃往长沙下游60里的靖港去了。
王汝贤、范国璋的停战通电，是直系对皖系的致命打击。因为这两师都和直系渊源较深。第八师是段讨逆时的主力，这一师助段削平复辟之乱，结果鸟尽弓藏，师长李长泰被解除了兵权，段把旅长王汝贤升任师长，段以为王会感恩图报，怎知这一着之差而栽了跟斗。
王、范寒电到京后，冯连声说：“快快送院，快快送院。”这期间冯口头上常挂着责任内阁四字。别人问他：“湖南问题闹大了怎么办？”他答：“我有什么办法？有责任内阁。”又有人问：“王、范擅自通电停战，此风殊不可长，总统以为如何？”他也是一句话：“问责任内阁。”这些话传到段耳里，段气呼呼地说：“问我，我只有一个办法，辞职！”
王、范通电发出后，立刻退兵到长沙，到长沙后即不再退，且发出布告：“不愿从事内争，主张和平解决南北纠纷。”长沙各界迅速组成了“湖南暂时维持军民两政办公处。”由王、范任正副主任，这两位师长的私心是要继傅良佐和周肇祥做督军和省长。
可是到了17日，长沙城内忽来了破衣烂衫的湘军，王、范两人也做了逃将军。18日长沙城内已无北兵，各界人士打电报欢迎南军迅速开来，并推讲武堂总办彭廷衡维持秩序。
北京方面还不知局势变化得这么快，所以在18日这天还发布了两道命令——
其一是：“湖南督军傅良佐，代理省长周肇祥擅离职守，着先行免职，听候查办！此令。”
其二是：“据王汝贤等电称：傅督于十四日夜携印乘轮不知去向，省长亦去，省城震动，人心惶恐。汝贤等为保护地方安全起见，会同在城文武极力维持，现在秩序幸保安宁等语，并据自请处分前来。傅良佐、周肇祥擅离职守，本日另有明令免职查办。长沙地方重要，不可主持无人，即派王汝贤以总司令代行督军职务。所有长沙地方治安均由王汝贤督同范国璋完全负责。查王汝贤等身任司令重寄，统驭无方，以致前敌败退，并擅发通电，妄言议和，本属咎有应得，姑念悔悟尚早，自请处分，心迹不无可原。此次维持长沙省城，尚能顾全大局，暂免置议。王汝贤等当深体中央弃瑕录用之意，严申约束，激厉将士，驱除在湘逆军，以赎前愆。倘再退缩畏葸，贻误戎机，军法具在，懔之慎之。”
这两道命令颁布时，王、范已不知去向。
原来在湖南的北兵是杂凑成军，指挥既不统一，兵士厌战情绪很高。如山西混成旅由旅长商震率领开湘，可是开拔时所奉的命令却是到湖北增防，怎知到湖北又开岳州，到了岳州又开长沙，所以湘军一进攻，他们就一哄而散；还有安武军本身就有新旧之分，新安武军是张勋溃败后投降倪嗣冲的，其内部矛盾很多。更重要的是北兵在湘军纪不好，湘人早已恨入骨髓，所以这场湖南战争开始后，根本没有经过激烈战斗，北军就失败了。
一二五、桂系自救反皖
护法军政府在广州并不得意，因为桂系不予合作，桂系有桂系的打算，他们视两广为桂系的势力范围，陆荣延希望让湖南作为北洋派和桂系中间的缓冲地区。当傅良佐入湘后桂军便在湘桂边境黄沙河增兵布防。陆荣廷希望北方的直系能牵制皖系，使段祺瑞在湖南用兵的计划流产。冯国璋曾派密使到南宁访问陆荣廷，陆对冯的密使表示，对于国会问题并无成见，不过必须是一个国会，不能北边一个，南边又一个。至于湖南问题则应该恢复原状，划湖南为南北军事缓冲地区，允许湖南自治，大家保证互不侵犯。冯虽然同意陆的主张，可是段用兵冯无法阻止，因此冯和陆虽然声气相通，可是却不能阻止段的军事行动。
桂系鉴于湖南局势严重，直系无能为力，湘军无力单独抵抗北军，而北军如果占领全湘，第二步目标自然是两广，因此陆荣廷乃在南宁召集军事会议，桂系的广东督军陈炳焜奉命邀请护法军政府的海军总长程璧光到南宁和陆荣廷会商出兵援湘问题。
10月2日南宁军事会议开幕，陆荣廷慷慨发言，痛斥段祺瑞投降日本发动内战，号召出席全体人员签名宣誓，表示抵抗皖系军阀的决心。会议决定由两广当局陈炳焜、谭浩明、程璧光、李耀汉联合通电，痛斥段祺瑞，列举段的罪行如：主使公民团包围国会、主使督军团毁法叛国、任意发动内战等。同时提出：（一）迎黎大总统复职，（二）恢复国会，（三）罢免段祺瑞，（四）撤回湘督傅良佐的任命。最后并推定广西督军谭浩明为两广护国军总司令，广西出兵45营，广东出兵35营，共组成五个军，陆裕光为第一军司令，林俊廷为第二军司令，韦荣昌为第三军司令，马济为第四军司令，林虎为第五军司令。军事会议结束后，陆荣廷仍返原籍武鸣养病，暗中继续和北方直系通消息。
10月20日谭浩明通电就两广护国军总司令职，誓师援湘。于是湖南问题便演变为南北战争，这次南北战争又称为“护法战争”。本来段祺瑞的统一南方军事行动中，想用蚕食政策，一步一步地来，不想一开始就碰到桂系，现在桂系却对他大张旗鼓讨伐，怎不使他大为震怒，于是他便对桂系大张挞伐。
段内阁下令讨伐桂系，罢免两广巡阅使陆荣廷、广东督军陈炳焜和广西督军谭浩明。这时他刚办好两批日本借款，有了钱胆子更壮，因此便有恃无恐地决定征湘、平粤、伐桂、讨滇，四大任务同时并举，拟派卢永祥为湘粤方面总司令，以驻防山东的第五师长张树元继任淞沪护军使；抽调倪嗣冲的安武军20营及张敬尧部第七师开到湖南；另方面唆使琼州的龙济光反攻广东，收买潮汕镇守使莫乘宇、惠州督办张六骥作内应；并令福建督军李厚基派兵经海道在广东沿海登陆。调奉军、陕军入川协助吴光新、刘存厚攻击滇军。
10月20日两广护国军总司令谭浩明援湘时，直系的长江三督江苏督军李纯、湖北督军王占元、江西督军陈光远联名提出解决南北问题的四项意见：（一）停止湖南战争；（二）撤回傅良佐；（三）改组内阁；（四）整理倪嗣冲部。这是直系正面向皖系开炮的行动，也是和南方桂系相呼应。因为这四项主张中，第一、第二两项是反对段的武力统一政策，是打击段的威信；第三项主张是重申李纯以前的要求，要清除段内阁中的亲日派，也就是打击段的从日本方面取得军费和军火支援。直系这些主张，和桂系的差不多，而直系尤其重要的，是要把江苏北部徐州、海州一带的张勋旧部，从倪嗣冲手中夺过来，以削弱皖系主战分子的力量。
直系既然和桂系相呼应，皖系也拉拢了奉系，“新奉天王”张作霖于10月21日发出马电，敦促北京政府立即讨伐两广。
由于长江三督的强烈态度，段感到事态趋于严重，不得不把皖系大将卢永祥留在上海，以应付长江的意外事变，并且把进攻西南的计划展延。在皖系中一部分急进派酝酿再来一次政变，以对付冯国璋。从10月下旬到11月上旬，北京谣言炽烈，传说北京军人要发动政变软禁总统，使冯国璋一夕数惊。
段罢免陆荣廷、陈炳焜、谭浩明的命令需要总统盖印，冯却拒绝盖印，他委婉地说他希望大事化小，可是他又不敢坚持，怕段真的翻脸，10月27日他勉强地下令，罢免广东督军陈炳焜，派李耀汉兼署广东督军，莫擎字会办广东军务，李福林接任广惠镇守使。10月30日又加授李耀汉为陆军上将衔，莫擎宇进级为陆军中将。李耀汉、莫擎宇和李福林都是广东地方派军人。原任广惠镇守使莫荣新也是桂系大将，这是段利用广东地方派驱逐桂系的釜底抽薪之计。冯国璋把罢免陆荣廷的命令留中不发，使段祺瑞深为不满，再度拟好了三道命令送给冯，一是调陆荣廷为宁威上将军，着即迅速来京；二是特派龙济光接任两广巡阅使；三是责成新任广东督军李耀汉严饰桂军开回广西。一方面催促冯盖印，一方面加紧散播要政变和驱逐总统的谣言。
11月6日，冯在漫天谣言中，无可奈何把这三道命令交印铸局盖印后发表，可是他内心十分苦恼，懊悔轻易入京来当这个空头总统的失策，他气得晚饭也没有吃，到了半夜，又派人到印铸局把三道命令追回来。段第二天未见到总统命令发表，一问印铸局，才知被总统追回，大为光火，乃于这天（7日）上午亲入公府晋见总统，他见到冯后，一点不客气，声色俱厉地责问冯，为什么讲好发表的三道命令又要变卦，总统岂能出尔反尔？冯面对着这位气势迫人的总理，哑口无言，只好答应第二天发表，待段走后，冯又把命令交到印铸局去。
桂系本倚直系为奥援，所以不把孙中山和国民党放在眼中，到了冯被迫发布陆荣廷等命令后，才知道直系这个同盟者在北方是制止不了皖系的。既然直系并不能成为桂系的奥援，桂系这才伸出友谊之手来和国民党握手。
11月10日，陆荣廷到梧州主持军事会议，这次会议，除了桂系军事领袖外，还邀请了孙大元帅的代表胡汉民、护法军政府代表外交次长王正廷、海军总长程璧光、广东省长李耀汉参加。这次梧州军事会议比南宁军事会议扩大了，这是一次包括国民党、桂系、广东地方军人的联席会议。这次会议的主题是要精诚合作，共抗北军，同时消除内部的隔阂。桂系自己担任援湘的正面行动，同时要求国民党出兵福建，开辟第二战场以牵制北军。
国民党这时才有机会表示决定性意见，因此提出桂系的广东督军陈炳焜不得人心和攫夺省长亲军等问题，陆荣廷立刻接受，建议调陈为讨龙济光军总司令，推程璧光为广东督军，陈炳焜所接收的省长亲军20营亦拨交陈炯明指挥，用以进攻福建，但须受程璧光的节制。
程璧光在国民党中是一个著名的温和派，他一向主张要联桂系以抗北军，桂系推他担任广东督军和节制陈炯明，是对他比较信赖，这时国民党不愿在广东督军这一职位上让桂系难过，因此极力敦促陆荣廷自己到广州来主持军事。最后会议中推陆荣廷以两广巡阅使兼任广东督军，程璧光以海军总长兼任讨闽军陆海联军总司令，下辖海军总司令林藻怿，滇军总司令方声涛共同攻闽。陆荣廷表示本人年老多病，在养病时期派广惠镇守使莫荣新代理广东督军。
桂系不敢倚赖直系而谋自救之道，一点没有错，因为冯国璋在北京真是处境艰难。原来这时北军在湖南和四川都传来捷讯，段认为武力平南很容易，要紧的是除肘腋之患，于是皖系中便有“政变倒冯”和“合法驱冯”两种不同的意见。政变倒冯是由倪嗣冲和张作霖宣布独立，在天津设立临时政府，推徐世昌为大元帅代行总统职权，然后进兵北京，迫冯下台。合法驱冯是迅速成立临时参议院为代立法机关，修改《国会组织法》与两院议员选举法，根据这些新法召集新国会正式改选总统。
政变倒冯是很干脆，但是冯不是黎元洪，冯有长江三督为后盾，如果倪嗣冲和张作霖发难，长江三督一定以武力相抗，这样一来，同室操戈岂不是给西南一个好机会。至于在天津组临时政府，也正和广州的军政府一样，且在法律上更及不上广州的军政府。最值得顾虑的，是这样一来，便把直系逼上梁山，和西南联合。段投鼠忌器，不敢走这一条路。
一二六、关外的变化
西南纷扰不定，关外也发生了变化，先是黑龙江，然后是吉林。黑龙江的督军兼省长毕桂芳，原是旗人，后来改入直隶籍，是个外交人员出身，曾担任清国驻俄公使馆随员。
毕桂芳两大特色，一是怕太太，唯太座之命是从；一是万事不打理，绰号“毕不管”。他虽然万事不管，可是他有官运，官运亨通，一步一步爬到了黑龙江省长地位。袁世凯去世时，黑龙江将军朱庆澜被军务帮办逐走，段祺瑞便以省长毕桂芳兼署督军。
“毕督军”在黑龙江趣话甚多，6年3月14日，中德绝交消息传来，黑省人心浮动，这天恰好是“毕督帅夫人”尚氏的华诞，民政厅长先期通知全省各县县长、各金矿局局长、省会各机关首长为夫人祝寿。第一旅旅长巴英额、骑兵第四旅旅长英顺携带大宗礼品进省。省会警察厅传谕全城商民，一致悬旗挂彩祝寿。“毕夫人”在督署花园大宴宾客，且传召妓女侑酒，著名的永安里香巢名妓传召一空，席间妓女以清唱酬客，一位妓女唱托兆碰碑，唱到“宝雕弓射不着空中飞鸟”。另一妓唱刺巴杰，唱到“实指望到山东母子相见”。“督帅夫人”却摆手说：“你们唱错了。改日我教你们，你们以后可以常来玩。”席散后有名伶彩排，“夫人”亲自点戏，命傅宝兰演新安驿。这出戏代洞房一节因剧情猥亵，北京内务部曾下令禁演，可是“夫人”说：“一定要演这全剧最精采的一段”。
在这欢乐的一天，撤职听候查办的泰来县县长张毓华也登门拜寿，这位县长三跪九叩大礼，礼毕长跪不起。“夫人”笑着问：“你为什么不起来？”张伏地不起，用沉重的声调说：“本县士绅诬告卑职，请夫人作主。”“毕督帅”听了，满含笑容站起来用手搀他说：“小事小事，用不着夫人作主，我代夫人给你开恩，你好好回任当差吧！”
6年6月，督军团纷纷独立时，黑龙江军务督办许兰洲也宣布独立，他不是对中央，而是对毕督车。毕向他进行商谈，愿以省长相让而留任督军。许的意思也想要督军，以讨价还价，结果许愿任省长兼师长，但又听说毕调兵自卫，马上翻脸，限毕24小时内离省。段内阁对毕、许之争本无所谓，亦无心袒毕，但他不欢喜犯上作乱，所以电召许入京一谈。许回电说：“黑龙江有两个宗社党徒，是毕桂芳和巴英额，职须留此扑灭匪类。”
毕桂芳发表寒电下野，推许代理，电云：“许帮办精明果敢，洞彻边清，实能宏济时艰，为国柱石。”许兰洲这一来不好意思，也通电说：“毕督军虚怀若谷，卸职高蹈，采及轻樗，挽留之术，辞卸未能。只得暂承其乏。”段祺瑞并不接受毕的推举，6年7月26日，发表鲍贵卿为黑龙江督军，命许仍回帮办原任。许赶走了毕桂芳，自己却登不上督军宝座。
鲍贵卿是安徽人，和段祺瑞同乡，又是奉天督军张作霖的亲家，从此黑龙江便成为“奉天王国”的属地了。
10月18日，北京政府调任吉林督军孟恩远为诚威将军，调察哈尔都统田中玉为吉林督军，以张敬尧继田中玉为察哈尔都统。孟恩远字曙村，天津人，小站练兵入伍，1904年任吉林巡防军管带，民国2年逐走吉林都督陈昭常，取得吉林省军政大权。督军团闹事时，他因年龄最长而被推为领衔人，大家尊呼他为孟大哥。他也和毕不管差不多，会写一个“虎”字，督署的事，内事交给女婿陆承武（陆建章的儿子），外事交给外甥高士傧，高是督署参谋长。孟大哥的调动，是和张作霖有关的，据说张作霖检举孟在复辟时期曾接受吉林巡抚伪职。事实上张作霖这时已是关外王了，自不愿意吉林有这位老大哥在卧榻之傍。
孟恩远早听到一些风声，曾派秘书戴艺篑到北京冯国璋处打听虚实，冯说没有这回事，劝孟不要听谣言。可是不久谣言成了事实，孟接到命令后大为光火，便打电报质问内阁调动的理由，限三日内答复，否则吉林便宣布自主。
孟是直隶人，亲家陆建章也是直系，孟的部队多属直隶子弟兵，这一来，吉林督军的调动，牵连了直系、皖系的斗争。孟派吉林混成旅旅长裴其勋为独立军总司令，并指使吉林各团体电请北京政府收回易督的成命。
段正全力对付南方，所以希望东三省不要出麻烦，他打算提升张作霖为东三省巡阅使，由他处理吉林督军，升任第29师师长吴俊升为黑龙江督军。
东北战争一触即发，冯国璋大不谓然，北洋派元老徐世昌、王士珍也都愿意出面调停。冯授意王占元联合各省北洋军阀发出联名通电，借口牵涉国防、外交，请求维持吉林原状，列名的督军除了长江三督外，还有部分皖系督军因受王占元邀请签名。段碍于冯的面子，又受各省督军的压迫，对吉林易督问题乃以不了了之：（一）不撤消原令，（二）不实行。
张作霖虽然没有一举完成纳吉林入版图的愿望，却也不是没有收获的，11月7日，吴俊升率领第29师由郑家屯突然开到齐齐哈尔，压迫黑龙江步兵第一旅旅长巴英额、骑马第四旅旅长英顺解除兵权，完成了对黑龙江的全部控制。
奉、吉之争，因素很多，第一：这是直、皖两系暗争的伏线；第二：张作霖正在势力膨胀，由一师兵力扩充至三师，非向奉天以外发展不可；第三：东北人对于孟恩远和他的直隶子弟兵多少有地域观念而不和。
一二七、冯段暗斗明争
北洋三杰的龙（王士珍）、虎（段祺瑞）、狗（冯国璋），龙的命运最坎坷，狗的命运最顺利。
冯当总统后有许多笑话，8月23日，新任塞北关监督林摄进府谢委，冯懒洋洋，又心不在焉地问：“你从什么地方来？”林答：“我久住北京。”冯问：“你现在作什么事？”林答：“新被派塞北关监督，特来谢委。”冯问得更妙了：“谁派你的关监督？”林答：“总统的任命。”冯愕然，又问：“是我派的吗？什么时候派的？”林说：“明令已发表了几天了。”冯搔搔头，哦的一声说：“不错，那天我睡午觉，有人拿命令来请我盖印，大概就是你的事。”
袁世凯的家庭教师宜兴周女士嫁冯为继室，别人都说她有福气，嫁冯后，冯由督军而副总统而总统，怎知这位周氏夫人有福无命，只做了一个月的“白宫”主妇，9月10日便得病死了。冯请状元公夏同龢题主，题曰“大总统夫人周夫人之灵位”。见者莫名其妙，总统府秘书处和礼官处的人都为之摇头，前来行礼的人对着这块牌位也有点泣笑皆非，大家说：孙大总统和黎大总统都还在着，究竟是那一位大总统的夫人呢？冯听了大不高兴。不过中国人的迷信说主位不可重写，只好将错就错。随后谢帖上也闹笑话，主丧人不由冯出名，冯的儿子冠以“奉严命”三字，又惹起人的非议：如果身为大总统的，妻不得以为夫，则父死亦不得以为子乎？
冯的故乡河间，是一个平原，历代所种植的树木甚多，最古的远至汉代，参天合抱，尽属良材，冯就任后将河间属的古树大树扫数砍伐，运至天津，善价而沽，地方人士大哗，指摘冯国璋太不像话。冯见众怒难犯，乃用缓兵之计，邀请故乡年高德劭的乡党士绅至京，好言抚慰，谓树龄过老，任其腐朽可惜，故予以砍伐利用，诸乡亲请勿误会，补栽新树费用，本人当全数负担。众虽感不满，而木已成舟，无可如何，犹幸已允补偿，亦可慰情聊胜于无，遂回乡各自购栽新树，事后开单向冯要钱，冯置之不理，众人大呼上当。还有三海中的鱼在清朝时是不准擅捕的，所以繁殖日增，百斤以上者极多，冯居为奇货，招来渔人数十，网罟齐施，竭“海”而渔，中有巨鲤一尾，重达400余斤，乃光绪帝生日所放的长生鱼，脊鳍系有免死金牌四面，亦遭此劫。事为外商所闻，纷来竞购，开价哄抬至3000元之钜，外交部以此事有辱国体，力争不可，各报亦大加抨击，冯始知难而罢，所捕之鱼，悉自掏腰包买下，偷鸡不着，反蚀一把米。
段祺瑞向湖南用兵时，冯、段之间的分裂表面化了。冯不同于黎元洪的是他在北洋军系中有地位，有兵权，还有长江三督为后盾。冯的第一道本钱是江苏督军李纯，李出身于陆军武备学堂，曾向徐世昌拜过门，民国前十年加入北洋第六镇，驻防北京和保定一带，从此他即与这支部队结了不解之缘。北洋第六镇原是武卫右军改编的，曾任统制（师长）的先后有段祺瑞、王士珍、赵国贤、吴禄贞、李纯。辛亥年吴禄贞由第六镇统制升任山西巡抚，李纯遂继任统制，随冯国璋南下参加汉阳之战。民国成立，第六镇改为第六师，李纯遂为第一任师长。癸丑年二次革命，李烈钧在湖口誓师抗袁，袁调他打湖口，革命军失败了，李获升江西都督，袁命马继增继任第六师师长兼赣北镇守使。袁洪宪称帝时调马继增到湘西打护国军，不知怎的马忽然自杀，第六师长乃由第十一旅旅长周文炳升任，可是周不久又害了精神病，于是改由第十二旅旅长齐燮元升任。齐绰号“齐瞎子”，前清秀才出身，在天津办过小报，并曾在《大公报》投过稿。由于冯国璋北上做总统，乃调嫡系大将李纯继任江苏督军。李是个好名不实的人，他离开江西前，授意南昌人开会挽留他，8月1日南昌总商会开挽留督帅大会时，他派副官谭毅到会索阅挽留电，看措词是否合意。公然有一位先生建议请仿照黎总统遥领赣督，另一个则提议以第六师长齐燮元升任赣督，也有建议建生祠、铸铜像、立去思碑等等。
省议会和绅、商、学、农各界均纷纷通电挽留李帅。80老翁欧阳霖被江西各界推出来做“卧辙代表”。“督帅”启节之先，警务处阎恩荣派巡警多名，沿街命各商家设席祖饯，每席赏大洋四元，不料仅有四家遵办，临时拜托商会副会长卢芳亲自出马，逢人作揖打拱，勉强凑足了30余席，据说这些路饯有的只摆果盘，有的更马虎，只盛些清水或剩菜，所花本钱不到两毛钱。“李督帅”徐步路过，路饯的主人恭而敬之地行礼，大帅含笑点头答礼，轻举贵手把桌上的茶汁倾点在地上，算是受饯；商会还买了花爆20万串，一路放到江边，学校放假以备学生们成群排队送“大帅”上洋船，商绅有送到九江才作别的，也有一直送到南京的。
最扫兴的是新闻记者，他们报道“督帅”离赣的花边新闻中说：“督帅”动身时收了门生和义子30余人，每人收费竟多至数万元，在南昌的金库提了30万元，又令财政厅转托中国银行向日本银行商借了日元100万。这些消息颇使李纯为之气沮。
冯国璋做了总统后，曾表示尊重责任内阁制，对于段用人行政和决策的决定都不干涉，段对冯在态度上也比对黎时好得多。可是他们是两个实力派，冯颇有心机，段则刚愎自用，冯当然不愿意做一个和黎元洪一样的受气总统，段则决不肯放弃半点权力，因此两人的争执，一样尖锐化。
争执的第一遭，是军权，这也是历来总统、总理间的争执焦点。冯就任不久，就想恢复“大元帅陆海军统率办事处”，段当然不肯同意。段在国务院设立了“参陆办公处”，以取代袁世凯时代的“统率办事处”。
冯要过问全国大事，不愿做有名无实、像个泥塑的大总统，段在这一方面总算让了步，自6年10月8日起，每天派一位官员向总统报告政情。
可是，总统、总理之争，不是表面的，或是一件事情上让一点步就可以和缓，于是权力之争使这两位北洋巨头，裂痕愈来愈大。
段派傅良佐督湘后，湖南旅京士绅要求政府勿在湖南用兵，他们向冯请愿，冯叫他们去问内阁，这就是明明告诉请愿的人说：是段祺瑞要向湖南用兵，与我冯国璋无关。刘建藩、林修梅在湖南宣布自主，内阁决定下讨伐令，冯认为这是小题大作，应该大事化小，所以冯便不肯在讨伐令上面盖印。因此当湖南战事发生后，北京政府的讨伐令仍没有颁布。有人把当时的情势如此形容：“段内阁对外（指对德奥）宣而不战，对内战而不宣。”
冯、段两人的暗斗，就是北洋派直系和皖系的斗争。这两系在军事上各有力量，各有地盘，可是他们也各有弱点。直系占有长江三省地盘，然而湖北、江西和江苏不相联结，并且因为地形分散而力量不集中，尤其是江苏更是处于皖系势力的三面包围中。至于冯国璋自己身居北京，也是在皖系势力范围内。不过，皖系军人纸上谈兵的多，肯打硬仗的少，而且在用兵西南时，必须越过长江，要经过直系的地盘，直系地区虽然分散，却是皖系用兵西南必经的孔道，所以段在征南军事上必须要取得冯的支持。
冯并不是凡事坚持到底的，对湖南问题便是一个例子，当段的压力加强后，冯就软化，10月22日，冯终于同意褫夺了刘建藩和林修梅两人的官职和勋章，并且予以通缉。冯的直系和陆荣廷的桂系较为接近，具有秘密同盟关系，因此对湖南和两广问题较为关心，和滇系的唐继尧较少联系，所以对四川问题不太关心，段便在四川问题上不受冯的牵制。
段的武力统一，军事征南都是要花大钱的，钱从何处来呢？只有借款一途，当时因为欧战激烈，英法无力借款，日本遂乘机而入，段祺瑞这时亦想借日本的支持达到他征南和统一的迷梦，因此他重用曹汝霖，请他兼摄财政总长，曹是著名的亲日派，段后来为国人攻击卖国就是这一期间铸成的。日本为了对中国贷款，乃以朝鲜、台湾、兴业三银行合组一特殊银行团，由日人西原龟三经手，后来就是有名的“西原借款”。
综合民国六七年间，中国向日本的贷款为数极钜，现在把这些贷款项目分述于次：
（1）善后续借款第一次垫款日金一千万元。民国六年八月二十八日财政总长梁启超，与横滨正金银行代表缔结，借款期限一年，年利七厘，以盐余担保。
（2）交通银行借款日金二千万元。民国六年九月二十八日曹汝霖、陆宗舆与日本特殊银行团代表缔结，借款期限三年，年利七厘五，以交通银行所有国库券二千五百万元为担保。
（3）吉长铁路借款日金六百五十万元。民国六年十月十二日曹汝霖、梁启超与南满铁路代表缔结，借款期限三十年，年息五厘，以吉长铁路之财产及收入为担保。
（4）第一次军械借款日金一千八百万元。民国六年十二月三十日北京陆军部与日本泰平公司缔结，双方皆严守秘密，不将契约发表。由日方交付军械，以作现款。
（5）善后续借款第二次垫款日金一千万元。民国七年一月六日财政总长王克敏与横滨正金银行代表缔结，借款期限一年，年息五厘，以盐余作担保。
（6）无线电台借款五十三万六千余英镑。民国七年二月二十一日海军部刘传绶与三井物产株式会社代表缔结，借款期限三十年，年息八厘，以无线电信局之收入为担保。
（7）有线电信借款日金二千万元。民国七年四月三十日曹汝霖与中华汇业银行代表缔结，借款期限五年，年息八厘，以全国有线电讯之一切财产并其收入为担保。
（8）吉会铁路垫款日金一千万元。民国七年六月十八日曹汝霖与日本兴业银行代表缔结，借款期限四十年，年息七厘半，以吉会铁路财产及收入担保。
（9）第二次军械借款二千三百六十余万元。民国七年七月三十一日由陆军总长段芝贵与日本泰平公司代表缔结。由日方付军械，以作现款。
（10）金矿森林借款日金三千万元。民国七年八月二日农商总长田文烈及曹汝霖与中华汇业银行代表缔结，借款期限十年，年息七厘五，以吉黑两省金矿及国有森林与其收入作担保。
（11）满蒙四路垫款日金二千万元。民国七年九月二十八日驻日公使章宗祥与日本兴业银行代表缔结满蒙四路（开原海龙至吉林，长春至洮南，洮南至热河，洮南热河间一地点至海港）预备借款契约，借款期限四十年，年息八厘，以四路现在将来之一切财产及其收入作担保。
（12）济顺高徐二铁路垫款日金二千万元。民国七年九月二十八日驻日公使章宗祥与日本兴业银行代表缔结，借款期限四十年，年息八厘，以二路之财产及收入作担保。
（13）参战借款日金二千万元。民国七年九月二十八日驻日公使章宗祥与朝鲜银行代表缔结，借款期限一年，年息七厘，以中国将来整理新税中收入，作为偿还财源。
上述借款总额高达2.2亿日元。段祺瑞为求财政上的充裕，贯彻其武力统一的迷梦，不惜饮鸩止渴，断送国权，让日本假借款以夺取中国之利益，而中国因西原借款所损失的有：
一、吉长铁路、吉会铁路及满蒙四路均被抵押。
二、无线电台、有线电信事业管理权的让与。
三、吉林、黑龙江两省金矿及森林的让与。
四、山东济顺、高徐二铁路的让与。
五、山东问题换文的损失。
六、中国参战军必用日本军官训练。
同时，日本政府建议中日合办凤凰山铁矿，中日各投资2500万元，中国资本可以由日本代垫，并提出在浦口建立钢铁厂，聘用日本技师，以陆宗舆为督办。这个消息首先由北京的英文《京报》登出来，段派军警逮捕了《京报》主笔陈友仁，接着把《京报》查封。这一来，便成了一件中外轩然大波的事件，各方遍传：“中国军械将由日本管理，所有各省兵工厂、煤铁矿亦由日本控制。”于是全国人民和各种团体，一致反对军械借款和凤凰山采矿合同，要求段内阁宣布真相。同时美国公使抗议中日军械借款，亦要求公布凤凰山采矿合同，英国公使则认为长江流域是英国势力范围，不能容许日本染指。
段相信这个秘密条约是总统府方面故意泄漏的，同时相信冯国璋有意推波助澜，纵恿反对。因为江苏督军李纯在南京召集了秘密军事会议，会议结果，不但提出了取消军械借款的要求，还提出了改组内阁的要求，因为他们认为内阁中有亲日分子，所以需要改组。不止是江苏督军李纯在反对，直系的其他督军如：江西督军陈光远、湖北督军王占元都电请政府明白表示。10月28日，段内阁和日本方面拟订了凤凰山开矿草约。李纯又来一电，指出凤凰山是江苏辖境，事关地方问题，应先征求地方当局意见才能签约。语气中含有即使内阁签订开矿条约，他也不会允许日本人前来开采铁矿。
段决定一意孤行，不理睬反对声浪，当这个合同签定前送到农商总长张国淦桌上，照理要由农商总长批准和签字。可是张国淦竟拒绝签字。11月1日，日本驻华公使林权助亲自到农商部威胁张签字。张问林权助是代表日本商人，还是代表日本政府？张说：“如果是代表贵国商人，则当按照我们中国的矿业条例办理。如果是代表贵国政府，这里是农商部，我和阁下没有谈话的地位，请阁下到我国外交部接洽。”林权助被张说得哑口无言，又不好意思翻脸，只好退出。隔不久又来访张，换了一副和善的面孔，建议依照日本钢铁业由军部管理的成例，将此案移陆军部办理。张答复说：“这是我国内政，不劳阁下操心。”段祺瑞看这事闹僵了，乃派孙润字以120万元向张行贿，贿款增至200万元，均被拒绝。国务院秘书涂凤书也奉派前来，劝张以考察各省农会为名离开北京，由代理部务的次长代签铁矿合同，张也拒绝。段又采取以前对付内务总长孙洪伊的办法，劝张外调省长，以免身当其冲，张也不肯。张平日为人随和，可是这次却非常坚决。段最后派亲信曾毓隽访张，说了许多好话，请张帮忙，张说：“不签字就是帮总理的忙！”
一二八、段辞职和天津会议
段祺瑞讨伐南方，武力统一的政策行不通，又受直系的反对，湖南情势又突变，他只能出之辞职一途了。当他辞呈尚未提出时，江苏督军李纯又来电建议总理不兼陆军总长、解散临时参议院、派唐绍仪为北方议和总代表、迅速召开南北和议。
11月16日段被迫提出辞呈，同时发出“正密”铣电痛论北洋派团结的必要，以及自己不得不辞职的苦衷，电云：
“祺瑞自五月罢职以后，久已厌绝人事，闭门谢客，国变再出，大违初衷。就任以来，赖诸君子群策群力，共济艰难，私冀发挥我北洋同袍之实力，统一国家，奠宁宇内，庶几人民得以安堵，法治乃能设施。此次西南之役，……迭经阁议，询谋无间，既非私心自用，又非黩武佳兵，耿耿此心，可对同志。（指北洋同志）……乃奸人煽惑，军无斗志，删日王汝贤、范国璋等通电传来，阅之痛惜。不意我同袍中，竞有此不顾大局之人，干纪祸国，至于此极也。……今日中国，盗贼盈途，奸人恣肆，纲纪日夷，习俗日敝，所谓护法护国，有名无实，徒供欺诈者诪张为幻之具。……环顾国内，惟有我北方军人实力，可以护法护国。果能一心同德，何国不成，何力不就。辛亥癸丑之间，我北方军人，人数不及今日三之一，地利不及今日三之一，所以能统一国家者，心志一而是非明也。近来南方党徒，亦知我北方军人，宗旨正大，根底盘深，非彼西南势力所能兼并，乃别出阴谋，一曰利用，二曰离间，三曰诱饵，昌言反对者，固为彼所深仇，即与之周旋，亦是佯为结好；无非启我阋墙之争，收彼渔人之利，始以北方攻北方，继以南方攻北方，终至于灭国亡种而后快。王汝贤为虎作伥，饮鸩而甘，抚今追昔，能无愤慨，湘省之事，非无收拾之法，我不忍使北方攻北方，以自抉藩篱，落彼陷井也。王汝贤等不明大义，原不足惜，我不忍以王汝贤之故，致今同室操戈，嫌怨日积，实力一破，团结无方，影响及于国家也。我北方军人分裂，即中国分裂之先声，我北方实力消亡，即中国消亡之朕兆。祺瑞爱国家，不计权力，久荷诸君子深知，为国家计，当先为北方实力计，舍祺瑞辞职之外，别无可以保全之法，决计远引，已于昨日呈中乞休，既非负气而去，又非畏难苟安，大势所趋，宜观久远，倘能达我愚诚，北方实力得以巩固，艰难时局，得以挽回，则祺瑞今日之辞职，实为万不可缓之举。……自北以往，伏愿诸君子……时时以北方实力，即国家实力为念，团结坚固，勿堕彼辈阴谋之中，以维持国家于不敝，此祺瑞鳃鳃愚衷所祷祈以求者也。临别之赠，幸审存之。段祺瑞。铣印。”
段认为北洋军阀是中国正统的势力，因此没有北洋军阀便无中国。他说“北方军人，宗旨正大，”忘记了他自己教唆督军团造反以谋恢复自己的势力，便是极不正大的行为；他的责备直系军人不应该“启阅墙之争”，使西南“收渔人之利”，忘记了他自己的假对外以制内，便是“阅墙”，日本便是“渔人”；他说西南“始以北方攻北方，继以南方攻北方，终至于灭国亡种而后快”。忘记了他自己始以西南攻西南，继以北方攻西南。他诋毁西南用离间计来破坏北洋团体，其实北洋自己利害斗争，自行分裂何待离间。他一面责备王汝贤，一面仍想把北洋军阀团结成一个势力，作撑持中国的台柱。可是这根台柱，已经成了破朽的废料，难以修补了。
段的密电发出后，徐树铮另发一密电，要求皖系各军阀复电拥护段。冯国璋于是也发出一通密电，原文如下：
“国事濒危，人心浮动，一隅生隙，全国动摇。兹将数日经历情形，暨失机可惜之点，通告于后：自复辟打消，共和再造，军人实为功首，此后军人团体，即为全国之中心点，生死存亡，有莫大之关系，此不但本国人所共和，亦外交团所共认。此次政府成立，所行政策，以改良民国根本大法为宗旨，故不急召集新国会，而为先设参议院之举，在法律上虽微有不同，而用心实无私意存于其内。西南二三省，起而反对，无理要求，中央屡为迁就，愈就愈远，不得已而用兵，只为达到宗旨而已，初非有武力压迫之野心也。兵事既起，胜负虽未大分，而川事则中央颇为得手，黔、滇在川之兵，不日可期退出川界。广东方面，陆、陈、谭虽有援湘之兵，因龙、李、莫倾向中央，暗中牵制，以是不能大举。是时也，湖南战事，我北军将士，稍为振奋，保持固有之势力，中央即可达完善之结果。不意我北军九死一生，最有名誉之健儿，误听人言，壮志消沮，虽系一部分之自弃，而掣动新胜，暨相持未败之众，于是合谋罢战，要求长官，通电乞和，不顾羞耻，虽曰其中有不得已之苦衷，而中央完全将成之计划，尽行打消矣。诸君闻之，能不惜哉！能不痛哉！特是通电求和，主持人道，欲达宗旨，亦必能战而后能和。假如占住势力，战胜一步，宣布调停，再进一程，征求同意，为中央留余地，保政府之威严，吾辈军人之名誉大张，国家人民之幸福是赖，乐何如之。乃不出此而为摇尾乞求，纵达到和平目的，我军人面皮丧尽矣。国璋亦军人之一分子也，如此行为，万无下场余地，不为羞死，亦将气死。诸君皆爱国丈夫，有何高见，如何挽救，能否贾勇救国，振奋部下士卒精神，筹兵筹饷，以谋胜利，则大错虽已铸成，尚可同心补救。国璋代行权位，惶愧奚如！国之不存，身将焉附？如有同心，国璋愿自督一旅，亲身督战，先我士卒，以雪此羞。宣布事实，渴望答复！”
11月18日，直系四督直隶督军曹锟、湖北督军王占元、江苏督军李纯、江西督军陈光远发表联名巧电，主张停战。长江三督忽然变成直系四督，声势大震，对段来说可算是制命之伤。直系四督通电如下：
“慨自政变发生，共和复活，当百政待理之际，忽起操戈同室之争，溯阙原因，固由各方政见参差，情形隔阂，以致初生龃龉，继积猜嫌，亦由二三私利之徒，意在窃社凭城，道乃乘机构衅，而党派争树，因得以利用之术，为挑拔之谋，逞攘夺之野心，泄报复之私忿。名为政见，实为意见，名为救国，实乃祸国，于是阋墙煮豆，一发难收。锟等数月以来，中夜彷徨，焦思达旦，窃虑覆亡无日，破卵同悲，热血填膺，忧痛并集。盖我国外交地位，无可讳言，欧战将终，我祸方始，及今补救，尚恐后时。至财政困难，尤达极点，鸩酒止渴，漏脯疗饥，比于自戕，奚堪终日？东北灾浸，西南兵争，人民流离，商业停滞，凡诸险状，更仆难志。大厦将倾，而内哄不已，亡在眉睫，而罔肯牺牲，每一思维，不寒而栗，中心愤激，无泪可挥。夫兵犹火也，不戢自焚矣，如项城覆辙可鉴，矧同种相残，宁足为勇？鹬蚌相持，庸足为智？即使累战克捷，已足腾笑临邦，若复两败俱伤，势且同归于尽。今者北倚湘而湘不可倚，南图蜀而蜀未可图，仁人君子，忍复骗父老兄弟于冰天雪地枪休弹雨之中？且战局延长一日，即多伤一日元气，展伸一处，即多贻一处痛苦，公等诚心卫国，伟略匡时，其于利害祸福所关，固已洞若观火。况争点起于政治，悲悯本有同情。锟等不才，抱宁人息事之心，存排难解纷之志，奔走啼泣，惨切叫号，而诚信未孚，终鲜寸效，俯仰愧怍，无地自容，谁希望之殷，始终未懈。故自政争以来，默察真正之民意，仰体元首不忍人之心，委曲求全，千回百折，必求达于和平目的，以拯国家之危难，而固统一之宏基。区区愚忱，当邀共谅。现在时势危迫，万难再缓，不得不重申前说，为四百兆人民，请命于公等之前。伏愿念亡国之惨哀，生灵之痛苦，即日先行停战，各守区域，毋再冲突，俾得熟商大计，迅释纠纷。鲁仲连之职，锟等愿担任之。更祈开诚布公，披示一切，既属家人骨肉，但以国家为前提，无事不可相商，无事不能解决。若彼此之隐，未克尽宣，则和平之局，讵复可冀？公等位望，中外具瞻，舆论一时，信史万世，是非功过，自有专归，而旋乾转坤，亦唯公等是赖，反手之间，利害立判，举足之际，轻重攸分，救国救民，千钧一发。临电迫切，不知所云”。
就在这个通电发出的时间，段祺瑞奉命免兼陆军总长，遗缺由王士珍继任。
曹锟虽是直系，以前并未加入长江三督的主和集团，且一向与皖系保持良好关系，被称为直、皖二系的两栖督军，因此当时颇有举足轻重之势。直、皖两系都极力拉拢曹锟，他则一直不作左右袒，他当时在北洋派中实力最大，又是清朝时的北洋大臣地位，他的一举一动，对北京都有严重影响。
曹锟本在直、皖两系明争暗斗中保持中立，忽然联合直系的长江三督要求停止南北战争，对段来说是个无比的打击，因此皖系的人拼命向曹拉拢，段的红人徐树铮曾跑到天津来游说曹，要曹站在皖系这一方面，将来皖系在召集新国会选副总统时，就选曹为副总统。他对曹说：长江三督以李纯为首，南北和平如果实现，主和派的李纯必然政治地位提高，曹锟必无所得。徐树铮这些话很有力量，曹当然知道将来的新国会必然是皖系控制，此时帮皖系，皖系选他为副总统决无问题。同时黎元洪和冯国璋都是由副总统而扶正的，因此徐的说词打动了曹。21日，曹锟自天津在长途电话中向段表白，说巧电未经本人同意，本人未参加任何行动。他这个电话，使段大感轻松。
关于曹锟究竟有没有参加列名巧电，这也是政治上的一个微妙事件，原来李纯曾向曹锟要求，大家联合提出一个促进南北和平的电报，曹锟的答复不置可否。李纯便认为曹是默认了，乃自南京把巧电发出，以曹锟领衔，曹锟看到巧电过于严重，又怕与段结怨太深，于是予以否认，这一来，直系拉拢曹锟便弄巧成拙了。
于是曹锟在徐树铮导演下，在21日单独发表马电：主张以南军退出长沙为南北议和的条件。表面上好像仍是主和，或是主战、主和中间的折衷方案，实际上对南军是不利的。
曹锟马电发表前后，皖系军阀如：安徽督军倪嗣冲，奉天巡阅使张作霖，浙江督军杨善德乃其他军阀：卢永祥、张怀芝、张敬尧、李厚基等纷纷响应段的号召，主张继续对南方作战，一时主战派声势大振。
皖系叫战，直系叫和，双方遂在这一论争上大作文章。皖系说：能战始能言和，应该以战迫和。直系说：和以示诚意，以和为手段，如果不能达到目的，再战才能气壮。其实主和派是对付段，主战派则是对付冯。并不是真的要和，或是要战。
北洋派在袁称帝时已经分裂，不过那时的分裂，只是对袁，也可说是袁的众叛亲离。到了张勋复辟后，北洋派的分裂才告表面化，张勋复辟，段祺瑞誓师讨伐还不是真正分裂，到了直系、皖系各走极端时，才是北洋派的正式分裂。
对冯国璋来说，自袁世凯死后就开始做新华宫的美梦，然而当他如愿已偿时，才逐渐地体会到辉煌壮丽的公府和大总统这个头衔，并不是理想中的人间仙境，他所身受的痛苦，正是过去黎所受的。他和黎一样，都是段内阁的盖印机器。
当他在11月20日批准段的智囊徐树铮辞去陆军部次长时，徐却在天津搞风搞雨，把曹锟从直系四督巧电中拉出来否认。而张作霖组织所谓的秦、晋、皖、奉大联盟，据说也是徐树铮的策划，这个督军大联盟，好像又是督军团再版。
同时，据说日本公使来见冯，放出威胁口吻，他说：“中国局势正面临极大困难，内阁不可更动，一更动必定有大乱子”。
然而冯仍下决心要罢免段，他难于物色总理，于是去找王士珍，苦口婆心地求王顾念多年交情，勉强出山，王士珍仍然和黎请他时一样态度，怎么说也不肯就，他说得更委婉，他说和段也是几十年交情，怎肯卖友？他不止是不肯接受总理职位，连陆军总长一职也称病不肯就职。
冯国璋在无可奈何中，又去找熊希龄、田文烈、陆徵祥等，这些人当然也都拒绝，因为他们都知道这是一个短命总理，何苦在冯、段中间做夹心饼干。
一切都是黎元洪时代的翻版，黎当时找到了老气横秋的伍廷芳，才免了段的总理，冯最后找到了病恹恹的汪大燮，汪经不了冯的苦求，便在病塌上提出一个古怪的条件：只做几天总理，只签署两个公文。冯也是想找一个过渡，只要有人过渡，冯就可再请王士珍，于是冯答应了汪的条件。
段当然知道冯的情况，所以亲赴总统府面请辞职，冯假意请段荐贤，段就推荐了汪大燮，并愿亲往劝驾。11月22日，冯下令准段辞职，派汪大燮代理国务总理，汪在病塌副署，另再签署了一纸空白命令，请冯把继任总理的名字填在上面。
23日冯通电解释准段辞职经过说：
“以总理关系民国之重，鄙人与总理相知之深，断不忍听其恝然高蹈。但总理坚欲息肩，自商汪总长代理总理，不得已于二十二日准免本职。此后内阁改组，仍盼段公举其所知，俾国璋得收指臂之效。段总理虽暂去职，而国璋倚重之殷，与段公扶持之雅，不异曩昔。”
冯国璋既然免了段祺瑞的总理职务，就想乘机完成总统的大权独揽，因此第一步是恢复袁世凯时代的大元帅统率办事处，不过把名目稍微改一下，称为军事办公处，这个机构在黎元洪时代称为军事幕僚处。黎有心无力，没有完成这个计划，而冯也无法实现，因为皖系军人纷纷通电反对，所以军事办公处的招牌只挂了两天，就取了下来，仍然恢复军事处老招牌。
一二九、天津督军会议
汪大燮仅仅承认代理一个星期的国务总理，他天天催请冯发表继任人选。冯硬着头皮再找王士珍，要他出山，他还是不肯，因为这样仍免不了“卖友”蒙羞，不过他答应帮冯物色一个人选。
王士珍帮冯找的人，仍是些大家熟悉的有名气人物，这些人早经冯敦请过而未答应，自然也不会答应王的。冯急了，对王说：“总理问题且先放下，请看我的老面子，先就陆军总长吧！”王还是推诿。
就在这个时候，下台的总理段祺瑞忽然登门访王，请王以北洋团体为重，先就陆军总长。王这才装出十分勉强的样子，答应到陆军部看几天大门。王答应就陆军总长后，北京军警推举代表到王宅请愿，他们众口同声说：“请聘老出山组阁，以巩固北洋团体。”这些军警代表，不用说全是冯指使的。
11月30日冯又亲自到王宅劝驾，然后回到公府发布了派王士珍署理内阁总理，仍兼陆军总长。同时发表陆徵祥为外交总长、钱能训为内务总长、王克敏为财政总长、江庸为司法总长、田文烈为农商总长、曹汝霖为交通总长、傅增湘为教育总长、刘冠雄为海军总长。以荫昌为参谋总长。国务院秘书长张志潭辞职，由恽宝惠继任。
王士珍就任总理后在国务院中宣称：“本总理决不更动一个人，今天一个人来，将来一个人去。”
段为什么要去劝王就任陆军总长呢？这好像是不通的，其实段这时已经明白冯的决心，冯决定要免段的职，如果坚持不走，势必走上决裂之路，一旦决裂，冯不像黎手无寸铁，冯在北京有拱卫军，而北京的外交团也不会坐视直、皖两系在北京兵戎相见。因此他决定避重就轻，他了解王士珍是个无所作为的黄老之学人物，王代他，不会搞风搞雨。这时他的智囊徐树铮已经在天津说动了曹锟，又去奉天联络张作霖，和去蚌埠联络倪嗣冲，如果把这些力量组织起来，段现在暂时退却而由王士珍出来维持，对段是有利的。因为段可以暗中部署以待时机卷土重来。
11月30日王士珍接受组阁大命时，直隶督军曹锟，山东督军张怀芝都在北京。可是第二天他们同时失踪了，原来他们悄悄地去了天津。这时，山西、奉天、黑龙江、福建、安徽、浙江、陕西七省和察哈尔、热河、绥远三个特别区的军阀代表，以及上海卢永祥、徐州张敬尧都有代表前来天津。
12月2日以曹锟和张怀芝为首，督军们和督军的代表齐集天津孙家花园开会。这次会议的规模和声势，不下于徐州会议，除了西南各省和长江三督没有代表参加外，这等于是又一次的督军团会议。
徐州会议是段的智囊徐树铮幕后煽动，以对付黎元洪。这次的天津会议也是徐树铮策划的，用以对付冯国璋。不过地点和领头的人物改变了，地点从徐州搬到天津，和北京只是近在咫尺，领头的人物由张勋换了曹锟。
天津会议的主题是对西南作战，和对付北洋派中的主和派。这个会议中，皖系机关报透露了一个惊人的秘密，据说西南方面在梧州会议中曾有下列各点建议：（一）迎黎元洪复任总统。（二）促冯国璋下野。（这两点是打击冯国璋的攻心之计）。（三）惩办战争祸首段祺瑞、梁启超。（四）恢复旧国会。（五）复任谭延闿为湖南督军。梧州会议早在11月10日举行的，而且根本没有这些决定，可是皖系智囊利用天津督军团会议时公布这些莫须有的条款，是有意激起督军们的同仇敌忾。
果然天津会议的与会人士见到这些条款，大为愤激，认为西南方面欺人太甚，认为冯国璋不知死活，还要对西南主和。曹锟慷慨激昂地说：“我愿意率兵平南，战至最后一人亦所不顾。”会议决定三项：（一）各省分别出兵，自筹军费。（二）推直鲁两省督军为主帅。（三）排斥长江三督，用兵路线决定分两路进攻湖南，第一路由曹锟为主帅，率领军队由京汉铁路南下通过湖北进攻湘北；第二路由张怀芝为主帅，率军由津浦路南下，通过江西进攻湘东。关于各省出兵的分配，由直隶、山东、安徽各出一万，奉天出两万，山西、陕西各出兵五千。
参加这次天津会议的奉天代表，是张作霖的智囊奉天军署参谋长杨宇霆。代表上海卢永祥的，是卢的儿子著名的上海公子卢小嘉。代表倪嗣冲的，是倪道烺。天津会议并推举段芝贵进京向冯国璋摊牌，他们表示一点婉转的意见，如果南军退出湖南和解散非常国会，就可以谈和，这是谈和的起码条件，如果总统不采纳，督军团将以对付黎前总统的手段对付今大总统——各省宣布脱离中央而自主。
冯、段之争，是直、皖两系具体斗争的明证，天津会议和督军团的反冯，是新的府、院之争。局势显然吃紧，谣言满天飞，有谣言说，宣统要第三次坐龙廷。
天津会议后督军团的声势比前次由张勋率领的还要大，公推第一个老实人曹锟做大哥，第二个老实人张怀芝做二哥。不过真正幕后领导人则是段祺瑞，段以团结北洋派做为他的号召，骂主和派是汉奸。
主战派以苏督李纯为目标，因为他们不便明显地攻击冯国璋。天津会议中决定以到会的全体名义质问李纯为什么要阻止冯玉祥旅“援闽”？这所谓的“援”字，就是进兵的意思。原来十六混成旅旅长冯玉祥奉命援闽，开到浦口时，李纯授意他顿兵不进，该旅参谋长邱斌通电骂冯，是转眼无情、恩将仇报的小人，冯玉祥免了邱的职，以张树声继任。同时，主战派还问李纯能否与各省采取一致行动？
李纯声望不高，但因挨骂挨多了。反让一般人对他产生一种印象，认为他有主张，不同流俗，是一个爱国爱民的北洋派中的翘楚。
这位“翘楚”实际上却外强中干，他在主战派强大压力下发表表明心迹的江电（12月3日），否认阻止冯旅援闽，并且承诺催促冯即日由浦口开往上海，再由海道开往福建。李纯表示服从北洋派的公意。为了证实自己不是北洋派的叛徒，因此李径电陆荣廷质问梧州会议为什么作出数点决议之事。陆荣廷于12月5日微电回答说：这完全是无稽之言。李把陆复电转北方各省。
主战派对北洋元老王士珍也不放过。皖系报纸对王内阁极尽调侃，段又嗾使新交通系倒阁。而曹锟不待冯国璋对于讨南问题如何决定，即通电誓师南下，命其弟曹锐代理直隶督军。
12月6日，曹锟、张怀芝、张作霖、倪嗣冲、阎锡由、陈树藩、赵倜、杨善德、卢永祥、张敬尧等十人联名通电，请北京政府颁发讨伐西南的命令。
主战派这次倒不是摇旗呐喊，光念不动，而是有真实行动。决定南征后，北方军阀们截留税款、扩充兵力、夺取地盘。这时的全国报纸被主战的通电填满，杀伐之声不绝于耳。北洋派颇有大振旗鼓的中兴气象，居然也有人主张让老段亲自任征南统帅的。
一三○、段祺瑞改任参战督办
直、皖两系是为了湖南战争问题而公开分裂的。湖南局势如何呢？自北军退出长沙后，湘军第一师师长赵恒惕便进入长沙，他抵长沙后，就接到湘军总司令程潜的电报，令他扫径以待联帅，这所谓的联帅，便是湘粤桂联军总司令谭浩明。接着程潜抵达了长沙，于6年11月24日接任湖南省长。可是谭浩明也有电报叫他：“勿得擅有建立，致涉纷歧。”12月8日程潜解除湖南省长兼职。12月12日谭浩明到长沙，18日宣布“暂以湘粤桂联军总司令名义兼领湖南军民两政事宜。”
谭延闿在傅良佐入湘时被迫下台，下台前他就作了准备，等桂军援湘，骗逐北军出境，他就可以复职。原来桂系军阀一直是支持谭延闿的。赵恒惕是湘军将领拥谭的，而当时的省议会也以拥谭议员居多。赵恒惕先到长沙可能支持省议会电请谭复职，或是再选举谭为督军。程潜来电制止不许发布任何名义，以及程后来抵达长沙不做督军而做省长，就是因为要留待“联帅”谭浩明入省后决定。不料谭浩明入长沙后，竟毫不客气地“兼领湖南军民两政”。这表示桂系想把湖南并入他们势力范围内。当时的情势，湘军内部不和睦，湘、桂军之间也不和睦。
桂军为了保全两广的门户而援湘，打起仗来，湘军在前，桂军在后，占领长沙后，湘军主张乘势夺回岳州，桂系则主张以占领长沙为止境。当时岳防司令是王占元所属的第二师师长王金镜。桂系认为进攻岳州就会破坏直、桂两系的同盟关系，可能引起北方直、皖两系由分而合。不进攻岳州却可利用直系牵制皖系，由此达成与北方的和平妥协。这当然和湘军意见相反，湘军认为不夺回岳州，就守不住长沙，桂军不肯支持湘军夺回岳州，显见桂系的援湘不是为湘人打算。桂系的“联帅”谭浩明不仅不听湘军意见，且与驻守岳州的北军王金镜签定了各守原防的互不侵犯协定。
湖南人民纷纷要求驱逐北军全部退出湖南，湘军也一再请缨，要北攻岳州，谭浩明为之颇难应付，因此电请直系四督转达北京政府撤退岳州的北军，其实直系四督早已破裂，因为直隶督军曹锟已是征南军统帅，桂系不是不知道，不过这样做法是为了敷衍湘军。
这都是督军团在天津举行会议以前的事，这时冯国璋还想促成南北和议，责成李纯直接与陆荣廷接洽，主张湖南先行停战，南军不进攻岳州，北军也不反攻长沙，暂以七旬老人刘人熙为湖南督军。一切问题留待和平会议解决。冯暗示这是他所能为力的最大限度，否则他就无法阻止皖系的进兵。
桂系催促冯国璋下停战令以期实现和平。冯则迟迟未予答复。11月26日陆荣廷首先下了停战令，28日谭浩明据以发表，不许湘军继续前进。陆荣廷又致电直系四督谓：“已饬前方停战，请极峰（指冯）速下停战令。”
冯的停战令为什么没有发表呢？原来冯的停战令早已拟就，忽然接到督军团在天津开会的消息。随后曹锟等十人联名电冯，要求对西南下讨伐令。这样一来，停战令当然无法下达，12月冯下了一道命令，既不是停战令，也不是讨伐令，却是再任命谭延闿为湖南省长兼署督军。
主战派对冯的命令置之不理，仍然积极安排军事行动，冯乃告诉段芝贵，要大家静候中央决策，采取一致行动。可是主战派却说：只有下讨伐令才能取得一致行动，如果不下讨伐令，我们也要进兵。
6年12月15日冯国璋邀请段祺瑞和王士珍到总统府举行会议，这北洋三杰面和心不和，冯希望大家能取得一致意见，避免北洋派分裂。段祺瑞表示除了下讨伐令而外，别无他法。王士珍则两面敷衍，不作左右袒，完全打高空。冯本以为在会议中可以联合王士珍说服段祺瑞，怎知王士珍太滑头，结果反被段所吓倒。
12月16日，冯国璋发表电令，派曹锟、张怀芝为第一、第二两路总司令。这个人事命令，不以命令发表，而以电令发表，是冯避重就轻的办法。冯认为总统命令不能出尔反尔，而电令则随时可以变更。这样便可以敷衍主战派，而南方也可曲谅。其实不下讨伐令而派出两路讨南的司令，真可算做大笑话。
冯的电令发表后，曹锟和张怀芝立刻要求发给南征军费200万元。各省军阀也在对南用兵的大帽子下纷纷催索军饷，截留税收，招兵买马，以扩大自己的武力。冯对主战派逐渐让步，6年12月18日又特派段祺瑞为参战督办，特任段芝贵为陆军总长。同一天并下一道手令，以后关于参战事务均交参战督办处理，不必呈送府、院。冯的私意这样一来便和段划分了势力范围，对外问题交段处理，对内问题由他主持，希望彼此各得其所，和平相处。段为什么乐意做参战督办呢？因为他深知督军团是一种利害结合，张勋复辟前车可鉴，如果他自己无可用之兵，则一切是空的，做了参战督办，就可暗中建立自己的军队，利用日本军械和借款。
段祺瑞就任参战督办后，督办公署正式成立，以靳云鹏为参谋处处长，张志潭为机要处处长，罗开榜为军备处处长，陈箓为外事处处长，卫兴武为副官处处长。并聘各部总长为参赞，次长为参议。这个督办公署是内阁以外的一个政府，事实上段并不是对出兵国外作战有兴趣，而是想利用出兵之名编练一支可以由他自己控制的参战军。正好像当年袁世凯在洪宪时期编练模范军作为自己的新建武力，今天段想编练参战军乃是为自己建立嫡系部队。要知道，中国对德国是宣而不战，世界上岂有先宣战，然后才训练参战军的？
至于冯国璋本意是要把段祺瑞的权力限制在对外问题上，可是结果适得其反。参战督办并不隶属内阁，他的一切决定可以直接发交有关各部办理，对内可以发号施令调动军队，对外可以凭借这个机构直接取得外援。结果依然抓住了军政大权。因此自这个参战督办公署成立后，内阁便名存实亡，冯想剥夺段的权力，和逐段下台的一切努力都化为乌有。
据说直系和桂系之间曾有密约，就是直系在北方推翻段内阁，桂系则在南方推翻护法的军政府。直系在北方取消临时参议院，桂系则在南方取消非常国会。然后南北合流召集新国会，新国会推举冯国璋为大总统。这是直、桂两系政治勾结的如意算盘。
在段内阁垮台后，直系并不能掌握北方的局势，天津会议让主战者气焰高涨，这一来，桂系对于取消广州的护法军政府和非常国会便不能不有所观望。
冯的处境左右两难，因为主战派威胁叫嚣着要他对南方下讨伐令，而桂系则催促他下停战令。他在两难中想出一条妙计，他密令李纯电劝陆荣廷取消两广自主，由于两广取消自主，主战派便师出无名，这样就可以进行南北和局。
桂系鉴于段内阁名倒而实不倒，同时主战派杀伐之声不绝于耳，因此坚持北京政府先下停战令作为北方不进攻南方的确切保证，然后召开南北和会以达成南北统一。陆荣廷向李纯表示：只要北军退出岳州，桂军也可以从湖南撤退回粤。
冯为了表示对桂系的让步，12月21日下令任命李静诚为广西省长。这也是将顺陆荣廷的意思，李静诚是广西督署的参谋长，陆有意升他为省长，冯即先期发表。李静诚向北京政府保荐张德润为政务厅长，这表示桂系已经事实上取消自主了。
直系、桂系之间所争的，是先后问题，直系希望两广先取消自主，然后北京政府下停战令。而桂系则希望北京政府先下令停战，然后两广再宣布取消自主。
桂系不但先下了停战令，还间接表示了不继续作战。“联帅”谭浩明在答复汉口和南昌两个商会的电报中特别强调和声明南军决不侵犯湖北和江西。
直系的湖北督军王占元为了配合桂系的行动，也请求北京政府准其调回第二师，以新开到岳州的第十一师师长李奎元接任岳防司令，这些都表示直、桂两系的合作关系正在积极加强。
冯国璋前已发表了一则青电，表示他也是一个主战派，他说：“前因湘事失败，欲利用停战之名，腾出时间以筹军备。”并以大元帅名义电令各军分途出发。这个期间北洋派大家是在兜圈子做文章，直系是“寓战于和”，皖系是“寓和于战”。
12月26日冯忽然下了停战布告，使主战派为之相顾失色。不过他仍然是在公文程式上绕圈子，一方面向桂系表示接受了他们请下停战令的要求；另一方面又向北方主战派解释停战布告与停战令有区别，停战布告不是正式文告，随时可以改变。他把“停战布告”说成是“武装和平”，如果南方不听话便仍然进行讨南军事。
桂系对冯国璋的停战布告感到满意，陆荣廷建议推岑春煊为南方议和总代表，希望北方也推出议和代表来以便举行南北和议。12月28日，陆荣廷有勘电致西南各省，声明他对国会问题无意见：“请从多数取决，但期早日召集”。在这电报中，护国、护法早已抛到十万八千里之外。这个电文并未打给孙中山。
12月31日主战派曹锟、张怀芝、张作霖、倪嗣冲、阎锡山、陈树藩、杨善德、赵倜、孟恩远、鲍贵卿、李厚基、姜桂题，田中玉、蔡成勋、卢永祥、张敬尧等16人发表世电，坚决反对恢复旧国会。认为：“旧国会两次召集，两经解散，成绩无闻，名誉失坠，万无恢复之理。请我大总统敦促参议院迅将政府提出之选举、组织两法克日议决施行，以为召集新国会之张本。”这个电报是对冯示威的，因为冯打算在南北统一实现，旧国会与临时参议院同时取消之后，根据旧的国会组织法与两院议员选举法，进行新国会的选举，再由这个新国会进行总统的选举，而新国会的选举，皖系是无法加以控制的。
皖系反对恢复旧国会，反对南北和议，企图用临时参议院制定新的国会组织法与两院议员选举法，利用南北不统一的局势，一面在北方进行新国会的选举，一面用指派的方法包办西南五省的选举。因此“政治倒冯”与用兵西南是相辅相成的。
直系对于主战派皖系的16人联名世电，予以反击，由发出支电（民国7年1月4日），主张解散临时参议院，1月12日冯同意一俟临时参议院通过《关于国会组织法的修正案》，即可进行新国会的选举。
直、皖两系由主和、主战的争论，蔓延到对国会的争论。
那位一无作为的王士珍总理面对着南北复杂局势为之摇头，他觉得，这年头不独对南疏通困难，对北也难疏通，他乃向冯求退，冯说：“我也干不了，要走我们一起走。”
“走”，也不是一件容易的事。政治的可怕就在于此，政治火坑跳下来就不容易脱身。尤其是在北洋时代，像袁世凯这样老奸巨猾，强项刚毅，坐上了总统位子，都脱不了身。像黎元洪那样能够忍气吞声，柔和庸懦，仍是成为高级政治俘虏，因此冯国璋又何能例外？
主战派以行动来答复主和派，曹锟派吴佩孚率领第三师由京汉路南下，会合张敬尧的第七师，通过湖北进攻湘北；张怀芝派山东暂编第一师师长施从滨率部由津浦路南下，会合倪嗣冲所抽派的安武军二十营，通过江西进攻湘东。不过这两路人马都必须经过长江三省，长江三督既然主和，主战派兵马假道自然受到阻挠。
江苏督军李纯、江西督军陈光远都嗾使地方团体通电呼吁和平，拒绝客军假道。湖北督军王占元处境比较困难，因为湖北既靠近湖南，又毗连四川，是主战派进攻西南的主要路线，而湖北境内既有北军，又有南军，所以王占元不能露骨采取拒绝客军的态度，因此王授意湖北团体在呼吁和平的电报中，附带表示，如果战争不可避免，应将武汉三镇划在战区之外。
主战派认为李纯是长江三督之首，是直系的第二把交椅，乃集中攻击李纯，骂李是破坏北洋派的一个败类。其中骂李纯骂得最刻薄的，是李纯一手提拔出来的张敬尧。张平素在电报中称李为“秀帅我夫子”（李纯字秀山），现在张竟造谣说：“非常国会将移南京开会”。气得李新年不见客。并在1月11日正式向北京政府辞职，且举督署参谋长齐燮元代理。
李纯这时手中添了一张王牌，是冯玉祥，冯玉祥一旅是在段内阁倒台后由廊房调往福建用以进攻广东的，可是到了浦口后就停留不进了。冯玉祥的舅父陆建章是直系倒段的幕后人物，这时也到了南京。江苏督军李纯电请冯国璋准许留冯旅在浦口，拔归李自己节制调遣，这是准备在必要时以武力阻止第二路军南下的主要步骤。
“南征军”第二路军施从滨师由津浦路开到滁州，果然就被驻防浦口的冯玉祥阻止他们前进。这是一个新的紧张情势，全国各方面注意力都集中在浦口，因为如果施从滨真的继续前进，战争就会爆发，这个战争却是北洋派内主战派和主和派的战争。
主战派的皖系，这时既要讨伐南方，又要对付北方的主和派直系，使得皖系军人群情愤激。7年1月8日，以曹锟为首的督军团又在天津开会，有人建议惩戒李纯和陈光远，不过未获一致协议。冯耽心主战派日趋极端，乃秘密关照李纯：
“各方集兵于宁，希补救远嫌。”李才有辞职电发出。
这一期间北洋派的占领区内也起了一些骚动。6年11月25日浙军旅长叶焕章、宁台镇守使顾乃斌在宁波宣布自主，推蒋尊簋为自主军总司令。12月1日湖北第一师师长石星川在荆州宣布自主，16日湖北第九师师长黎天才在襄阳宣布自主。7年1月4日，河南民军首领王天纵在汝州宣布自主。宁波的独立，由于浙军内部不合作，浙军第一师师长童葆暄派兵在隔江曹娥开了几炮，自主军将领就逃走了。
荆、襄两地的自主军推黎天才为湖北靖国军总司令，石星川为湖北靖国军第一军军长。荆、襄自主使王占元的地位发生极大的困难。他是南北调人之一，不肯与西南为敌，可是在他的辖境内发现了与西南采取一致行动的自主军，又不便置之不理，因此他心平气和地劝告他们取消自主，并且保证不向他们发动军事进攻。自主军除了反对北京政府外，对王占元也并未加以恶言。
王占元虽然不对自主军进攻，可是湖北西部还有另一支属于皖系的军队，那就是由四川败退到宜昌的吴光新军。吴光新在四川打了败仗，很想收复荆、襄，立功赎罪。吴光新的力量并不强大，可是荆、襄两地自主军在地形上互相隔离，并且各自为政，互不相下，这样便予敌人以可乘之机。王占元自己不愿进攻自主军，也不愿假手别人，尤其是吴光新，因为倘若吴光新剿平了自主军，则对他有极大的威胁。不过他不能公开反对吴光新对自主军的进攻，因此王处于十分尴尬的地位。
河南汝州的自主更增加了问题的复杂性，河南督军赵倜虽名列主战派，可是他不是北洋派的正统，汝州在河南西南部，与湖北西北部襄樊毗连，如果两个地区的自主军合流，对赵倜也是一种威胁。
荆、襄自主给桂系带来了烦恼，尤其是援湘的联帅谭浩明，因为湘西的民军纷纷要求开往鄂西和自主军打成一片。而自主军又是和西南方面打成一片的，谭浩明没有理由予以拒绝。可是湘西民军开往鄂西，便是对王占元的一种敌对行动，王占元是北洋派中的主和派，因此他又不能不竭力加以阻止。他致电北京政府说：“如果北军攻荆、襄，则南军也会进攻岳州。
这时，直军第三师已经开到广水，准备进攻湖南。由于北方主战派和主和派在对南问题上展开了激烈的斗争，曹锟也有所顾虑，想把军队在湖北停留观望一下，再作行止。于是曹锟、赵倜、吴光新便进行会商，他们决定在进攻湖南以前先消灭荆、襄自主军，同时请王占元派兵协助，以便摆下一个四面围攻的阵势。王占元对这计划无法拒绝。
荆、襄两地自主军统师黎天才（湖北靖国军总司令）的形势并不利，当地驻军旅长张联升不肯附和，率领所部移驻南阳。湖北靖国军第一军长石星川不愿屈居黎下，竟和黎分了家改称护国军，企图向谭浩明靠拢。黎天才因之日陷孤立，加上王占元不断用劝告方式请他放弃自主，他于是把策动这次自主的前鄂军第八师师长季雨霖、旅长关龙予以逮捕，并且加以杀害。这一来荆、襄自主军的活动变成昙花一现，不待北军进攻已成土崩瓦解之势。
一三一、冯国璋南下受阻
北方主战派不断地向冯国璋施压力，皖系政客们放出一个空气，说是如果冯坚持不下讨伐令，皖系即以非常手段对付冯，不待新国会成立，即由临时参议院通过议案，迎接黎元洪复任大总统。这个威胁相当有效，冯于是想出一个敷衍办法，是在王占元的困难环境中，找出一条解除自己困难的办法，企图把南方的“全面讨伐”压缩为“局部讨伐”，把主战派对南方讨伐的一股热流引导向荆、襄一隅之地，使大事化小。不过他仍然不想采用“总统命令”，于1月9日以参陆办公处奉大总统谕对前方军队发出电令：“凡抗命者均以土匪论”。他采用这个方式，对南方也好交代，因为荆、襄自主军本来不是属于西南方面的，而是地方上的抗命部队，北军进攻荆、襄只是剿匪行为而不是对南用兵。这一来也解决了王占元的困难。
冯又怕桂系误会，所以通过陈光远向桂系解释，荆、襄问题是湖北内部问题，又叫王士珍向岑春煊解释：“局部讨伐令决不会影响南北的和局。”
为了答复陆荣廷请岑春煊为南方议和总代表的电报，他拍电给岑春煊，邀请岑到北京利他磋商南北和平问题。这是冯在主战派压力大增后的挣扎。
7年1月13日，主战派倪嗣冲接受段祺瑞智囊徐树铮的邀请到了天津。在他的鼓动下，16省区的军阀联名通电，反对“局部讨伐”，坚持全面讨伐。倪嗣冲、张怀芝、张敬尧联名提出罢免李纯。卢永祥也提出免除李纯“调人”的责任。徐树铮懂得利用倪嗣冲，让倪到天津来火上加油。
李纯成为段系攻击冯系时的受罪包，段系把一切怨气出在李纯身上，李纯一连发出三个电报请求辞职，他在最后一次电报中愤慨地说：“反复矛盾之所为，君子所耻；而进退出处之际，古人所难。二者不可得兼，则宁牺牲其所难，而决不容忍迁就以忘其所耻。既知任重力微，即当洁身远行。并非避嫌负气，不过行其所安。”
