冯国璋在复辟政变讨平后，发表通电说：
“现在京师收复，应即迎归黎大总统入居旧府，照前总理，国璋即将代理职权奉还黎大总统，方为名正言顺。”
黎元洪在这种情况下如何能够复职，所以在他返回东厂胡同私邸后，即通电全国，宣告去职。次日，又发出第二电，详述去职情由。文云：
“寒电计达。顷闻道路流言，颇有总统复职之说，穷加揣拟，惊骇何极！元洪引咎退职，久有成言，皎日悬盟，长河表誓。此次因故去职，付托有人，按法既无复位之文，揆情岂有还辕之理？伏念无洪夙阙裁成，叨逢际会，求治太急，而踬于康庄；用人过宽，而蔽于舆凡。追思罪戾，每疚神明。国会内阁，立国兼资，制宪之难，集思尤贵。当稷下高谈之日，正沙中忿语之时，纵殚虑以求平，尚触机而即发；而元洪扬汤弭沸，胶柱调音，既无疏浚之方，竟激横流之祸，一也。
解散国会，政出非常，纵谓法无明条，邻有先例，然而谨守绳墨，昭示山河，顾以惧民国之中殇，竟至咈初心而改选，格芦缩水，莫遂微忱；寡草随风，府隳特操。二也。
张勋久蓄野心，自为盟主，屡以国家多故，曲予优容，遂至乘瑕隙以激群藩，结要津以徼明令。元洪虽持异议，卒惑群言，既为城下之盟，复召夺门之变。召峰螫指，引虎糜躯。三也。
大盗移国，都市震惊，撤侍卫于东堂，屯重兵于北阙。元洪久经验浪，何惮狞飚？顾忧大厦之焚，欲择长城之寄，含垢忍辱，贮痛停辛。进不能登合授仗，以殄凶渠；退不能阖室自焚，以殉民国。纵中兴之有托，犹内省而滋惭。四也。
轻骑宵征，拟居医院，暂脱身于塞库，钦奋翼于渑池；乃者闹人者不通，侦骑交错，遄臻使馆，得免危机。自承复壁之藏，特栗坚冰之惧，亦既宣言公使，早伍平民，虽于国似无锱黍之伤，而此身究受羽毛之庇。五也。
凡此愆尤，皆难解免。一人丛脞，万姓流离。睹锋镝而痛伤兵，闻鼓鼙而惭宿将。合九六而莫铸，投四裔以何辞！万一矜其本心，还我初服，惟有杜门思过，扫地焚香，磨濯余生，忏除夙孽。宁有辞条之叶，仍返林柯；堕溷之花，再登茵席。心肝倘在，面目何施？……况冯总统江淮坐镇，夙得军心；段总理钟篪不惊，再安国本，果能举左挚右提之实，宁复有南强北胜之虞？
至于从前兵谏，各省风从，虽言爱国之诚，究有溃防之虑。此次兴师讨贼，心迹已昭，何忍执越轨之微瑕，掩回天之伟绩，两年护国，八表齐功，公忠既已同孚，法治尤当共勉。若复洁短衡长，党同伐异，员峤可到，而使之反风；宣房欲成，而为之决水，茫茫惨黩，岂有宁期？鼎革以还，政争迭起，凡兹兄弟阋墙之事，皆为奸雄窃国之资。倘诸夏之偕亡，讵一成之能藉？殷鉴不远，天命难谋，此尤元洪待罪之躯所为垂涕而道者也。勉戴河间，奠我民国，惭魂虽化，枯骨犹生；否则荒山越翳，纵熏穴以无归；穷海田横，当投荒而不返。摅诚感听，维以告哀。”
黎元洪黯然回到东厂胡同的第三天，7月16日发生了一桩意外事件，原来黎每天起床很早，他的习惯是6点多钟在花园散步，虽在日本使馆寄居时亦如此。16日早上，黎照例早晨散步，忽然看见一个陌生大汉，手持利刃在园外探头探脑。这天黎很机警，立刻感到这件事太不寻常，来者可能是刺客，于是乘对方没有注意到，悄悄地躲到花厅去。果然来的恶客已进了园门，黎的卫士发见，大呼有刺客，刺客则舞动大刀，向迎面来的卫士砍去，一连砍死了正目王凤鸣、护卫马占成、连长宾世礼三人，还砍伤了伍长李保甲、卫兵张洪品两个卫士，然后飞步逃走，逃到东口小巷，才被一个带枪的卫士开枪把他打死了。
堂堂的大总统官邸发生了如此严重的血案，自然是北京城内的一桩大案，军警赶来勘查，很快就查出凶手的来历，原来他竟是黎宅的卫队排长，山东曹州人，姓王名得禄，据说他是患有神志失常的精神病人。警察局的公报说：黎的卫士曾在被火焚毁的张勋宅内抢东西，因分赃不匀，发生内哄，互相仇杀。公报又说黎宅卫队共有300余人，是黎总统用私人名义招募的。同时特别强调这件血案和政治无关。可是这一强调却不能自圆其说，因为黎的卫队中，不可能用一个患精神病的人做排长，既然凶手患了精神病，又怎么会与抢东西分赃不匀有关。这和两年前搜查蔡锷寓邸一幕颇有异曲同工之妙。
黎自凶案发生后，不敢留居东厂胡同私邸，他先把张国淦找来商量，黎对张说：“现在怎么办？我变成下台总统，可是又走不了，像今天这种情形，我这条命早迟要断送了的。”张说：“他们说凶手有精神病，是分赃不匀而互相杀戮，你就让他们这么说好了，既不能争辩，也不必声张，因为事情再闹僵了，你更没有出京的机会。”黎说：“但是我仍以早日离京为上策，愈早走愈佳。”张说：“这件事如果和老段要求一定办不到，还不如等老冯来京后，和他磋商，这是心理作用，冯不会喜欢北京城里有两个总统，因此一定会同意和帮忙的。”
黎请张陪同迁到法国医院暂住，段祺瑞借口黎的卫队分子复杂，就派江朝宗解散了黎的卫队，另派军警保护黎宅。过去黎曾被袁世凯软禁瀛台，屡次要求回湖北黄陂原籍，袁都说要和他朝夕商谈时政，不放他南行。现在他宣布下野，想去天津或青岛做寓公，段祺瑞虽然坚决不愿和他朝夕商谈时政，可是却也不放他出京，他发觉自己再度变成了政治俘虏，陷身在段的樊笼中。
和北京黎宅凶案遥遥相对，上海也发生了情节离奇的夺印案。原来张勋复辟时，黎托庇日本使馆，曾密令总统府军事顾问丁槐携带“中华民国之玺”、“荣典之玺”、“册封之玺”、“大总统印”、“陆海军大元帅印”五颗印前赴上海。丁受命到上海后，住在三洋泾泰安找。7月13日他发表谈话，否认黎有冬电，他说总统未委托冯国璋代行总统职权，只任命冯为讨逆军总司令。
丁槐带了总统五颗大印抵上海的消息，立刻传到冯耳里，7月14日冯发表寒电奉迎总统复职，同时又派副官长何绍贤到上海向丁索印。丁见何后，拒不交印，他写信答复冯说此行是呈明元首，冒险护印来申，未有元首证状，不敢私相授受。他否认黎有寒电命他交出印信。他在信中说：
“昨由军署抄来元首寒电，命槐即日将印信赉京汇交总理转呈钧座。奉电之下，不胜惶惑。寒日并无京电，元首是否自由？送京既恐受欺，赉宁复为抗命。思维再四，不得不仍候元首亲笔，以定行止。”
丁槐在泰安栈屡次接到匿名恐吓信，同时发觉有人在暗中监视他的行动，他感到大印会被强夺。乃由泰安栈搬到外国人所开的江西路客利饭店，整日不敢外出。那时中国政府不能在租界捕人，丁不出门一步，绑他的票是不可能的。7月20日夜半，英国会审公廨忽然派人把他捕去，并且在房中搜到了五颗印信。次日即将丁槐引渡。原来冯命令淞沪护军使卢永祥，叫他向上海领事团交涉，说是丁槐潜藏总统大印，请求引渡，上海领事团接受当地军政长官的要求，于是采取行动。
丁槐字衡三，曾在云南任职，是军界的老前辈，人都称为丁老前辈。被捕引渡后，便以盗印罪名被解到北京候审，抵京后不久即获释放。
在此以前外交总长伍廷芳也携带印信从北戴河到了上海，以上海交涉员公署为临时办公处，发表阳电（7月7日），否认北京伪外交部，通知各国继续行使外交总长职权。伍曾以代理国务总理身份副署命令免去段的国务总理，因此段恨之刺骨。段所提的理由，是说伍已解除了代理国务总理兼职，当然也同时解除了外交总长本职。所以段以国务院名义通电否认伍的外交总长资格，声明他所办理的外交一概无效，并请冯国璋就近制止。可是伍的外交总长资格是无法否认的，他是在张勋抵北京的同一天（6月14日）化装离开北京，后来李经羲组阁并未任命新外交总长。所以伍的外交总长职务，从来没有在官方文件上解除过。
冯国璋接到段祺瑞的电报后，就照转给伍廷芳，劝伍到天津办公，因为天津已成立了“国务院临时办公处”，如果不愿往天津，就请将印信退还。这个电报冯称伍为“秩庸先生”而不呼总长官衔。伍既然和段有矛盾在先，当然不会去天津，同时也拒不交印。冯、段就用压力强迫上海交涉员朱兆莘，拒绝伍借署办公。7月9日，冯以代总统名义补下一道命令，解除伍廷芳的处交总长职务，伍只得交出了印信。
一二○、冯国璋扶正
7月15日，段祺瑞在北京正式组阁：特任汪大燮为外交总长，段自兼陆军总长，刘冠雄为海军总长。17日继续发表阁员名单，特任汤化龙为内务总长，梁启超为财政总长，林长民为司法总长，张国淦为农业总长，曹汝霖为交通总长，范源濂为教育总长。这个内阁中，研究系占了五席，是外交、内政、财政、司法、教育。梁启超得到了以前求之不得的财政总长。对研究系而言，这是它极盛时代。
17日国务院下令严缉康有为、刘廷琛、万绳栻、梁敦彦、胡嗣瑗。至于真正的罪魁祸首张勋，只受到免职拿办的处分。
据说张勋托庇于荷兰公使馆时，一手拿着手枪，一手拿着《复辟实录》，内有北洋军阀赞成复辟的文电。因此北洋军阀投鼠忌器，不敢惩办他。王占元、张怀芝、张作霖而且纷电北京政府，要求对张勋宽大处理。段祺瑞除了在形式上曾向荷兰公使要求引渡外，也无其他行动。
据说张勋所珍藏的《复辟实录》其分二类：第一类为徐州会议纪录，是由幕僚根据回忆补写的；第二类为北洋军阀赞成复辟的函电，共计82件。由于张手中有这些文件，所以他有恃无恐，以此为他勒索的本钱。
北洋派三领袖之一的王士珍自觉无颜见人，他的两个老朋友一个做了总统（冯国璋），一个当了总理（段祺瑞），而他却变成复辟的附从，因此他准备回正定原籍隐居，段听了马上跑到他的寓邸安慰他，劝他以北洋团体为重，继续担任参谋总长。
王士珍之外，北京军警长官江朝宗（步军统领）、吴炳湘（警察总监）、陈光远（第七师长）等附逆无罪，而且维持北京秩序有功，均不加罪。江朝宗是段所不欢喜的人，所以调为迪威将军，步军统领则调第八师长李长泰继任。复辟犯冯德麟因张作霖的保释电而获得自由。张镇芳、雷震春两人准在狱中自备菜肴，且特准吸食鸦片。
段不仅没有惩办复辟祸首的兴趣，甚至还想借题大赦洪宪帝制的祸首。原因是洪宪帝制祸首交通系首领梁士诒、朱启钤、周自齐等都是他的老朋友，在张勋复辟时，交通系曾慨助军费，不过他虽有此意，却因顾虑全国舆论而未立即实现。
复辟笑剧中，最有趣的是康有为和梁启超师徒两人各助一方，康助张复辟，复辟后的“宣统上谕”就是康的手笔；梁助段讨逆，讨逆檄则是梁的手笔。两大国手所撰文献都很动人，复辟失败后，康恨梁入骨，有诗为证：
“此次讨逆发难于梁贼启超也，诗曰：鸱枭食母獍食父，刑天舞戚虎守阙。逢蒙弯弓专射羿，坐看日落泪潸潸。”
康有为后来曾有《致徐太傅书》洋洋五千言，登在《不忍》杂志第九、第十两册中，揭发复辟经过，力指段祺瑞、冯国璋、徐世昌都曾与谋，始乱终弃，愤愤不平。且有诗为证——
“诸帅本与少轩徐州订盟复辟，今竟妒功背盟无信，感而赋诗，诗曰：围城惨淡睹龙争，蝉嘇声中听炮声。诸帅射王敢传檄，群僚卖友竟称兵，晋阳兴甲何名义？张柬无谋召丧倾。信义云亡人道绝，龙祣收影涕沾缨”。
冯国璋于8月1日抵北京，黎元洪本避住法国医院，因冯抵京后要来看他，所以回到东厂胡同迎接。冯抵京当天就去见黎，两位总统相见，互相客套一番，冯殷勤地要迎黎回任总统，黎却说了许多众望所归的话请冯继任。冯这次拜访，只坐了半个钟头就走了。黎送冯走后，仍回到法国医院去。
段不愿意让黎复任总统，却也并不希望冯继任总统，他本想暗示北方军阀推举徐世昌为临时总统，可是他的计划还未开始，北方军人们不识段的心意，即纷纷电请代总统入京执行元首职权。倪嗣冲在电报中呼冯为“我大总统”，呼黎为“前大总统”。这样一来，段不好意思不让冯代下去，只好作顺水人情，他认为今后的总统只是一个高拱无为的元首，冯当了这个毫无实权的总统，反而比较在南京拥兵自重好得多，冯是在段这种心情下当了总统。
冯抵京时，清室派有代表到站欢迎。8月4日冯特派内务总长汤化龙为代表答谢逊清皇帝派代表欢迎他的盛意。汤见到溥仪时，恭行三个鞠躬礼，大声地说：“大中华民国大总统，谨派内务总长汤化龙，致谢大清皇帝，并敬问大清皇帝安好！”世续代表溥仪也大声地唱道：“大清皇帝谨谢大中华民国大总统答礼的盛意，并回问大总统安好！”
冯就职后，派张一麐为秘书长，师景云为侍从武官兼军事办公处长，熊炳琦为侍从武官兼参谋长，张宗昌为侍从武官兼副官处长，殷鸿寿为侍从武官兼执法处长，侍从武官长仍为荫昌，总统府指挥使仍为徐邦杰，这两人是袁时代就担任这项职务，历事袁、黎、冯三位总统，可称三朝元老。
冯很认真地唱出“将相和”，他要北洋三杰团结，以重振北洋声势，他认为今后府院是一家，上下是一致，内外是一心。他紧握着段的手，亲切地说：“以后咱们再也没有什么府、院之争了。”他又对王士珍和段祺瑞说：“咱们三人从此要一条心，通力合作，在咱们三个人中间，无所谓总统、总理、参谋总长，”他的三杰一体论煞有介事。其实三人各有矛盾。根本无法“一体”。
段祺瑞讨平张勋复辟时，总统问题曾使他面临两种抉择，一是让黎元洪复职，二是请冯国璋真除，在事情上段本来就瞧不起黎，这次两人闹得太伤感情，段认为黎免他总理职太伤他的自尊心，所以他完全不考虑让黎复职。张国淦曾劝他说，黎无兵无勇，经过这次颠沛，如果由段拥他复任，则黎一定很听话。冯有兵有勇，又同是北洋派的两大台柱，做了总统可不会像黎这么听话。段也同意这个意见，无奈他为人太刚愎，同时又中了一种毒素，认为冯虽然有兵有勇，在北洋派中有号召力，如果留在南京便会成气候，如果来到北京就任空头的大总统，就慢慢会消蚀。因此他在黎、冯二人中便支持冯。其实早在袁世凯小站练兵时起，冯、段两人便面和心不和；袁世凯死后，冯、段两人各有千秋，对于争夺北洋派领袖，向来不遗余力。
段本来打算在冯入京后，即派段芝贵为江苏督军，小段在袁世凯时代是一等红督，做过湖北督军和奉天督军，其后虽以帝制余孽而休息一个时期，这次讨逆他又东山再起，有功于“再造共和”，段想用他代替冯为江苏督军，应该是说得过去的，因为同是北洋派。那知冯国璋也有他的安排。他在离开南京以前，就提出调任江西督军李纯为江苏督军，升任驻南苑的第十二师长陈光远为江西督军。原来李纯、陈光远和湖北督军王占元在北洋派中都是亲冯的。早在辛亥革命时，冯国璋统率北军第一军南下与革命军作战，第一军是由第六镇统制（即师长）李纯，第二镇协统（即旅长）王占元，第四镇协统陈光远等混合编成，由此以后，他们便逐渐形成一个小集团，就是后来赫赫有名的“直系”。
直系名称是因为冯国璋是直隶人，这和段祺瑞的皖系是因为段祺瑞是安徽合肥人相同，不过参加这两系的军阀们，并不完全是这两省人，大都因为个人利害关系，并且在直、皖两系明争暗斗过程中，他们的成员互相变化，很难划分界限。
冯国璋不只是安排了江苏督军，同时又将一向由自己统率的禁卫军扩大为两个师，禁卫军是清朝末年成立的，辛亥年袁再起组阁，即以冯为禁卫军统领，民国成立后，冯仍继续统率这支军队，名称也不变。迨冯继任总统后，禁卫军改编为两个师，以王廷桢为第十六师师长，留在南京，与由江西调来的第六师长齐燮元共同守卫江苏地盘，另以刘询为第十五师长兼总统拱卫军司令移驻北京。这样的安排，他在北京当总统便有自己的军队，而在长江一带又有地盘。第六师师长齐燮元原任十二旅旅长，因前任师长周炳文患精神病，齐乃升任，这支军队一直驻防江西，它的前身是武卫右军，后改第六镇，再改第六师，段祺瑞、王士珍、吴禄贞、李纯都带过这支军队。
黎在冯就职后，就正式向冯提出离京赴津休养的要求，果然不出张国淦的判断，冯慨然应允，很高兴黎能离开北京城。由于冯的答允，段不便阻黎出京，但仍责成汤化龙担保黎出京后，不作政治活动、不南下。
8月28日黎黯然离开了北京城，他在北京虽然是先任副总统后任总统，但北京留给他的，全都是痛苦的纪录。他到天津后立即返回他的私邸，段密令曹锟就近派人监视他。
袁世凯死后的北方天下和北洋系从没有一天安定下来，而总统问题和内阁问题也是时局纷乱的中心，北洋实力人物互相排斥，互相倾轧，黎不是北洋系，赶走了黎，纷扰并没有解决，仍继续不断地发生新问题，增加新纠纷。
段内阁是7月14日由天津迁回北京的，迂回北京后，即面临了许多大问题，总统问题由于冯国璋来京，总算解决了，剩下还有国会问题和对德宣战问题。
段本人当然不喜欢国会，但是既为民主共和国，就不能没有国会。梁启超建议在旧国会已被解散，新国会还未成立时，召集临时参议院代行国会立法权。这是仿效民国成立时在首都南京召集临时参议院作为过渡性的立法机关。今天讨平复辟，情况相同于民国成立时，已解散的旧国会当然不该再召集，只好由临时参议院修改《国会组织法》与《参众两院议员选举法》，然后根据这些新法召集新国会。段祺瑞既然憎恨旧国会，所以只要不召集旧国会，对于任何其他形式的立法机关都没有意见。如果召集临时参议院，其参议员的产生是由地方当局指派，而不是由人民选举，这样便可产生清一色的参议员。
7月20日，国务院举行讨平复辟政变后的第一次国务会议，通过召集临时参议院，并推梁启超起草通电征求各省当局对于召集临时参议院的意见。
7月24日国务院致各省通电说：
“今日仍为适用《约法》时代，但国会解散之后，断无重行召集之理由。改选国会，程序繁重，非一时所能竣事。……一为改组之说，然必先修改《国会组织法》，尤必先有提议改组并制定法津之机关，其职权又为法律所许可者。……今日既为遵行《约法》时代，则所谓合法机关，无过于《约法》上之参议院者。国会之职权乃由《约法》上之参议院递嬗而来，有参议院行使《约法》职权，即无异于国会之存在；且人数无多，选派由地方自定，依据《约法》，可以迅速成立。……总之，宪法未定以前，《约法》为根本大法。依据《约法》以召集《约法》上之参议院，依据《约法》上参议院之职权以解决制宪、修正组织法各问题，则事事守法以行，于政治上能得平允，于法律上不生矛盾。……但立法为最高机关，其成立程序，政府应征集多数意见。即请发抒伟论，迅速详复。”
梁启超这篇文章做得并不高明，法理上也很勉强，好在段祺瑞的法律知识也不高明，且各有私心打算，只要能勉强地自圆其说，也就算数。这篇通电发出后，北洋派的封疆大吏纷纷复电随声附和，孙中山则表示了坚决的反对态度，孙说：只有恢复被非法解散的国会，才能真正符合《约法》精神，段祺瑞拒绝恢复国会而打算召集临时参议院，完全是破坏《约法》。西南军人都支持孙中山主张。段悍然置之不理，且由国务院正式下令：
“《国会组织法》，暨《两院议员选举法》，民国元年，系经参议院议决，咨由袁前大总统公布。历年以来，累经政变，多因立法未善所致，现在亟应修改，着各行省蒙藏青海各长官，仍依法选派参议员，于一个月内到京，组织参议院，将所有应改之组织选举各法，开会议决。此外职权，应俟正式国会成立后，按法执行，以示尊重立法机关之至意。”
黎、段之争和国会解散，肇因于段要对德宣战而黎反对所引起，如今段再掌政权，自然要贯彻这个主张。黎已下台，国会已被解散，段可以随心所欲去搞了，因此宣战案于8月4日提交国务会议通过，14日以总统命令正式公布，令云：
“我中华民国政府，前以德国施行潜水艇计划，违背国际公法，危害中立国人民生命财产，曾于本年二月九日向德政府提出抗议，并声明万一抗议无效，不得已将与德国断绝外交关系等语。不意抗议之后，其潜水艇计划，曾不少变，中立国之船只，交战国之商船，横被轰毁，日增其数，我国人民之被害，亦复甚众。我国政府不能不视抗议之无效，虽欲忍痛偷安。非惟无以对尚义知耻之国人，亦且无以谢当仁不让之与国。中外共愤，询谋佥同，遂于三月十四日，向德政府宣告断绝外交关系，并将经过情形，宣示中外。我中华民国政府，所希冀者和平，所尊重者公法，所保护者我本国人民之生命财产，初非有仇于德国。设令德政府有悔祸之心，怵于公愤，改变战略，实我政府之所祷企，不忍遽视为公敌者也。乃自绝交之后，已历五月，潜艇之攻击如故。非特德国而已，即与德国取同一政策之奥国，亦始终未改其态度。既背公法，复伤害吾人民，我政府责善之深心，至是实已绝望。爰自中华民国六年八月十四日上午十时起，对德国、奥国宣告立于战争地位，所有以前我国与德奥两国订立之条约、合同、协约，及其他国际条款、国际协议，属于中德、中奥之关系者，悉依据国际公法及惯例，一律废止……。当此国变初平，疮痍未复，遭逢不幸，有此衅端，本大总统眷念民生，能无心恻，非当万无苟免之机，决不为是一息争存之举。……所愿举国人民，奋发淬厉，同履艰贞，为我中华民国保此悠久无疆之国命而光大之，以立于国际团体之中，共享其乐利也。布告遐迩，咸使闻知！”
北京政府宣布对德、奥宣战后，美国立即表示好感。8月14日美国公使照会北京外交部：
“欣愿趁此机会，将友谊及联带责任并协助之处，特向中国政府确切声明，自必赞助中国在国际上享得大国当有之地位及其优待。”
同时中国驻美国公使顾维钧也向北京政府秘密报告，美国将以2亿银元借予中国，帮助中国出兵欧洲。可是段祺瑞早和日本有了密切的勾结，日本同样向北京政府提出愿意贷给同美国一样的借款，并且不要中国出兵欧洲。段需要钱，可是不打算用这笔钱去欧洲打战，而是用这笔钱完成他统一中国的美梦。这个美梦是北洋军阀所梦寐以求的，过去袁世凯未完成，段以袁继承人自居，当然希望能在自己手中完成。
不过中国向外国借款，根据民国2年英、法、德、日、俄五国银行团和中国政府的协定，不能单独向五国中的一国进行政治借款，更不能向五国银团以外的国家借款，现在德国既已除外，可是其他四国还在，因此段要和日本秘密借款，是需要费点周折的。
8月10日，日本藏相胜田迅速与中国亲日派的陆宗舆组成了中日合办的中华汇业银行，由陆为经理，这个银行以投资中国为基本业务。接着中国先向五国银行团提出申请，要借1亿银元的善后借款。这时欧战在紧急时期，英、法、俄三国都没有力量提供这笔借款，德国已成敌国自然除外，于是经协商后，就推由日本银行团先行如数拨借，待欧战结束，再由五国银行团拨还。8月28日，日本正金银行理事小田切万寿代表日本银行团垫付了1000万日元作为第一批善后借款的垫款，中国代表签约的是段内阁中财政总长梁启超，借款契约如下：
一、名目：垫款。二、金额：1000万元。三、利息：七厘。四、年限：一年。五、折扣：7％。六、担保：中国盐税余额。七、用途：行政费。八、用途稽核：依民国第一次善后借款项目办理。九、承借者：日本银行团。
此外，日本政府还以半公开或不公开的各种方式向北京政府大量投资，9月26日成立交通银行第二次业务借款2000万日元，由曹汝霖经手。10月12日成立吉长铁路借款650万日元，由满铁提供，以该路财产及收入为担保，以聘用日本技师及管理人员为条件。
中国参战后，协约国自然给中国政府一些报酬，9月8日协约国公使承认：（一）庚子赔款可以停付五年，停付期内不加利息，但是，俄国占有赔款总额26％，除其中10％可以缓付外，其余16％，仍须按期照付。（二）关税可以提高5％，但须先成立由有关与中国共同组织的委员会调查标准价格，然后厘定税则；中国在必要时期可以在天津周围20里内驻兵，但以防范敌侨为限。
一二一、罗佩金督川被逐
袁世凯死后，北洋军的势力仍然控制了三分之二的中国大陆各省，可是护国讨袁的云南、四川、贵州、广东、广西加上湖南，则是北洋军势力所不及的地区，被称为西南六省。这六省从护国战争后便和北京政府对立，不过这六省又分为两个区域，滇、川、黔是一个区域，由唐继尧所控制，而两广则在桂系势力范围下，湖南也颇受影响。尽管南方反对北方，可是南方的局面也动荡不安，尤其是广东和四川。
四川方面，护国战争时蔡锷统率川、滇、黔三省军队在四川境内与袁军作战，迨蔡离开四川后，滇黔两省军队仍留四川，川军刘存厚获段祺瑞的支持，滇军领导人是罗佩金，他当然获得唐继尧的支持，黔军领导人是戴戡，也得到贵州督军刘显世的支持，刘显世是属于研究系的。
罗佩金是四川督军，戴戡是四川省长，刘存厚是川军第一军长，罗、戴不合事实上早有夙因，罗在蔡锷的护国第一军任总参谋，钜细躬亲，决策多中，颇有人望。他出身世家，清末留学日本入士官学校，回国后在云南任标统，民元云南蒙自兵变，罗只身入匪穴，手擒叛将。后来担任云南民政长，颇识政体，用人能拔擢其才。护国军入川，虽佐蔡有功，但蔡、罗并不是水乳相融，而蔡颇亲近戴戡。当时在川的护国军，滇、黔两部并不是太合作，所以罗任督军后，对于一个有兵权的戴戡做省长是不太高兴的。
讨袁军事结束后，四川的问题颇复杂，因为四川有四川的军队，又有喧宾夺主的滇军和独树一帜的黔军。罗佩金既然是四川督军，滇军在护国讨袁之后又为主力，罗自然以领导自居，可是戴戡有战功、有兵权，又居省长职，自然也不相让。至于川军有四川人做后盾，对于客军在川反感极大，于是四川局面就像一座火山，滇、黔、川三军鼎足而立。
四川人这时产生了一种强烈的反云南人的怒潮，由于政权是在云南人手中，一些护国军中有功勋的人便都分据川省要津，罗佩金派李临阳为政务厅长。李是云南钜商天顺祥号的少东，对于政务并不熟谙，派出许多县知事多不称职，不识体统，许多人都志在发财，更有贩卖鸦片。川人文风极盛，善于议论，发言盈庭，舆论既然不直滇人，反滇的言论遂不胫而走，推波助澜，形成了严重的对立。
罗佩金对于川督并不恋栈，早先他风闻段祺瑞有意要派吴光新督川，他即电段请援陆荣廷入京之例请求准假，并以讲武学校校长韩凤楼护印。段得罗请假电正中下怀，复电批准，可是罗的部下闻罗请假，为之大哗，纷纷电请留罗，戴戡也电北京密陈罗在目前不应离川，唐继尧也为罗声援，黎元洪乃电罗缓行，段亦同意。
这时候四川的各军计有七个师三个混成旅，川军占五个师，两个混成旅，为：第一军军长刘存厚兼第二师师长，第一师师长周道刚，第三师师长钟体道，第四师师长陈泽霈，第五师师长熊克武，第一混成旅旅长刘成勋，川边混成旅旅长陈遐龄。黔军只有一个混成旅旅长熊其勋。滇军有两个师，第六师师长顾品珍，第七师师长赵又新。此外川边镇守使殷承献尚有一部分滇军。四川本是富庶省份，清末承平时，为储年余700万两银子，只养经制兵一协，现在负担庞大的兵力，财政当然困难万分。黎上台后，北京政府希望全国裁军，对于四川自不例外，一再责成罗佩金裁军。6月1日，罗和段祺瑞所派的四川检查使王芝祥会商，决定把留在四川的滇、黔军一律改编为中央军，归中央陆军部直接统率，军费由中央直接负担。接着段核准把在川的滇军改编为一个师一个旅，把黔军改编为一个混成旅一个独立团，内定滇军首领顾品珍为中央第十四师师长。由于这个整编计划使刘存厚和川军大为不满，因为滇、黔军变成中央军后，留在四川便不是“客军驻境”而是“鸠占鹊巢”了。于是川军发出了控诉电，略云：“滇军去年入川只十七营、战事平定后所存者十二营，而罗电告诈称二师，随即在滇招来徒手七千余人。滇军增而川军四五两师各缩编为一旅，其余三师每连减为九十人。兵工厂出品全给滇军。”刘存厚另有电报控诉说：“罗一方减川军饷项，每师八十万元，一方增滇军饷项，每师一百二十万元。”
罗佩金第一步想调开刘存厚，曾一度密请段内阁调刘到北京给以虚位闲职，并且保荐滇军梯团长刘云峰调任川军第二师长。段表面上予以核准，却暗中挑拨川、滇军的内哄，一方面竭力赞成罗的裁减军队，缩编川军，一方面却又指使川军反抗罗的裁兵计划。段希望因川、滇军的公开冲突，可以造成北洋军开入四川的“渔翁之利”。段虽然同意罗的要求要调刘存厚入京，可是调职命令却不发，同时更以参陆办公处的名义，把罗的秘密计划通知了刘，又用“用中为该师长桑梓之地”的说法煽动刘存厚对罗的反抗，更凶的是参陆办公处曾密电川军将领说：罗要求更换的川军将领不止刘一人，其目的是在煽动全体川军将领对罗进行反抗。
这一期间，罗佩金和刘存厚都以为自己的后台是段祺瑞。
段既然同意罗佩金的请求，由刘云峰接替刘存厚为川军第二师长，刘云峰便前往接事，刘存厚命令第二师军官拒绝刘云峰，自己也不加以理睬。移交的事便闹僵了。正如滇籍国会议员王祯等所指责的：“罗督电请更换师长刘存厚，无论或准或不准，均无与刘商量之余地。乃院电径将罗电直达刘，使之闻之，不啻使刘与罗横生意见。”这可证明段的私心是挑拨罗和刘敌对。
罗佩金逐刘存厚不成，便想下令裁撤第一军所属的第一混成旅。旅长刘成勋表示服从，但要求先清发欠饷，罗拿不出欠饷，只好作罢。
罗佩金裁兵计划两次碰壁，就只能选择另一弱者进攻，他下令将川军第四师缩编为一旅，该师师长陈泽霈原属于滇军系统，后来调任川军师长后，便倒向川军一方，他对缩编命令也是讨价还价，要求缩编为一个混成旅和一个团，比罗决定的缩编方案超过一个团，同时也要求清发欠饷。
这时，川军将领认为罗督军不是单独对待第四师问题，而是和全体川军生死存亡有关。因此，五个川军师长联名通电反对罗佩金裁兵计划。不过川军的五个师长，其意见和态度是有差别的；钟体道、刘存厚、陈泽霈打成一片，周道刚则是两面讨好政策，熊克武因为是国民党员，不便倒向北洋派，所以也持中立。周、熊都驻在重庆。
罗佩金因为裁兵计划一再受挫，不能再容忍川军五个师长集体抗命，6年4月5日，他突派滇军包围川军第四师驻成都的两个团，没有发给欠饷就勒令缴械遣散，同时还以武力压迫该师其他各团一律缴械遣散。这一来川军人人自危，集体反抗，罗乃宣布第四师驻省城以外各团无变动。
4月18日，在成都的川军第一军和滇军开炮互相轰击。双方互相说对方是祸首。罗佩金说是刘存厚先下令炮轰督署，刘有厚说是滇军首先在西北角开射大炮。18日这天成都城炮声隆隆，杀声四起。刘电调各路川军来援，罗也调动自流井、泸州、叙州及川北绵阳等县的滇军到省接应。成都城内划分为川军、黔军、滇军三个驻防区，黔军在战争中保持中立。不过川、黔两军防区的居民却可以自由往来，滇军则是独立的。
19日滇军退守皇城，在城墙内发炮阻止攻城的川军，以煤油灌在皮管内向皇城周围民房扫射，以扫除障碍。这天成都全城火光烛天，杀声震地。省议会议长胡骏急忙打电话邀请商会和各国领事，冒险向川、滇两军交涉，要求停止战斗。20日天明，川、滇军开放栅门准许灾区人民进来，据红十字会调查，人民被烧死的、被击死和击伤的，有1000多人，被焚民房有3000余户，灾民多向中立的黔军防区逃命，火势一直烧到22日才被扑灭。20日由省议会、商会、英法日三国领事分途向双方进行调停，停战一天，由黔军开驻川、滇军防区之间以阻止双方开炮互击。
成都爆发内战后，川军旅长刘湘、刘成勋、但懋辛，团长邓锡候、田颂尧、赖心辉、向传义、吕超等发表联名皓电斥罗：“在任数月，皓嗜淫赌，勒提税款逾700万，本省军饷数月未发。”唐继尧也发表皓电指责川军：“川省实行裁兵，原属正办，乃刘师长竟令所部围攻督署，实属不顾大义，应请主持公道，迅予解决。”四川和云南两省议会和两省国会议员纷纷发表谈话，或通电互相攻讦，云南说川军“争权叛变”，四川说滇军“侵略邻封”。
滇、川、黔军在成都城划分了三大区域，第一部分是中立区域，系黔军驻守，由东门起经糠市街、书院西街、湖广街、华兴街转至会府、顺城街、盐市口、三桥南街直至南门，这些地区全由黔军驻防，并把地面的石板筑成掩护，堵截乱兵。第二部分由南门自孟家巷起转西至少城，由北门老关庙之西，及正府街青龙街之北，全是川军驻扎区域。第三部分从东门自宇库巷经詹天庙、书院北街、梓潼桥、慈惠堂、纯阳观、马王庙、铜丝街、喇嘛寺以及皇城附近为滇军驻扎区域。
滇、川军战斗时，滇军以皇城为大本营，以东较场为辅助军。川军以北较场为大本营，以西较场为辅助军。皇城在成都的中心，滇军自皇城发炮向西北两较场轰击，同时也受到来自这两处地方的还击。成都人民受祸最烈的是皇城坝和北较场附近，其次为东西较场。
6年4月20日北京政府已经接到四川内战爆发的消息，于是段祺瑞下令以罗佩金为超威将军，刘存厚为崇威将军，而四川督军一职由省长戴戡暂行兼代，刘云峰为四川陆军第二师长。这批人事命令毫无曲直是非，不过段有个私心，便是命令他的内弟吴光新由宜昌带兵到四川平乱，为吴光新督川铺路。至于进步党（研究系）则希望戴戡由兼代而实授，因为戴属于进步党。另一批人政学系则支持岑春煊督川，段对国会说：“我在位一天，决不与岑共事！”
川、滇军之战不止在成都，成都城外和内江都有战斗。4月21日，罗奉到北京政府的调职令，即将督军印信送给戴戡，表示遵奉政府命令。22日成都绅商和外国领事邀请罗佩金和刘存厚两人在省长公署举行调解会议，罗派代表韩凤楼，刘派代表徐孝刚参加。滇军要求垫发开拔费60万，并由英、法、日三国领事担保安全退出省城，双方都签订了停战协定。可是到了晚上，又各自逞威地开起炮来。双方都指责对方背约。大战到半夜才停止，当晚北京政府电催罗、刘两人迅速交卸职务前赴北京。
23日北京政府派王人文为四川查办使，并严令川、滇两军停战。24日段祺瑞接到戴戡的密电，报告罗愿遵令卸职，但川军仍于23日炮攻督署，滇军并未还击。段大为光火，乃下令免了刘存厚的崇威将军，并令听候查办。
24日罗佩金率领滇军由成都东门退出，刘存厚率领川军由成都西门退出。罗临走时发出敬电说：“佩金遵令移交，乃刘存厚仍复施放大炮，并令所部搜捕滇人，受害之家不知凡几？……刘存厚自称为四川临时督军，广出布告，并调第一师周道刚所部由东路西上，第三师钟体道所部由川北赴省。现驻简阳、新都等处滇军均被围攻甚急。……在川滇省军民是否徒手听其屠灭？”罗还有电报指摘北京政府从中挑唆。以致引起成都事变，北京国务院发表有电否认其事。唐继尧也有敬电指摘北京政府处理四川问题不公，他说他和罗佩金、刘存厚两人都是士官老同学，又曾共事多年，但是“公谊所在，不能偏徇私见。”他认为北京政府如此处置，“国家法纪何在？政府威信何在？长作战之风，开凌上之渐。”因此他准备出兵昭通作为在川滇军的后援。
不论罗佩金在四川功罪如何，也不论罗戴、罗刘之间的是非，有一点罗是可取的，他竭力阻止滇军糜烂四川，当时滇军认为刘存厚和川军迫人太甚，滇军受侮太重，因此战意旺盛，罗佩金极力压制，滇军中主战最激烈的团长李植生，竟因奉命不许出战而举枪自杀。
滇军退出成都后，仍驻扎四川最富足的几个县份，如资中、简阳、荣威、富顺、自流井、泸州、宜宾等地。
一二二、戴戡战死四川
6年5月1日，戴戡宣布就任代理四川督军，同时以会办军务署参谋长张承礼任副官长，蒋方震为参谋长，杜步云为军需课长。戴出身佐贰，从军6年，一身兼四川督军、会办军务、省长三重任，年方40，真是时来运至。可是他深知四川局面的严重性，以黔军和川军、滇军相比，实力最弱，自己因缘时会，所以有战战兢兢临渊履冰之感。
罗佩金去，戴戡代理川督，对于四川来说，川人治川的目的，仍没有达到，于是用对付罗的手段来对付戴，仇滇军的情绪化为仇黔军。4月30日四川省议会通电指摘戴戡“假中立之名，阴谋取利”。这时的川省议会竟也主张以岑春煊继任四川督军。
5月9日滇军退驻简阳，川军完全撤出城外，戴戡正式就任代理督军，城内警察恢复站岗，黔军清除成都城内的军事设施，市民情绪才趋于安定。
不过，罗佩金和刘存厚都未遵照命令卸职北上，川、滇两军也仍旧在省城外好多地区时打时停，刘存厚不久又回到成都，在城外设置军司令部，把以前对付罗佩金那一套来对付戴戡。这样一来，川、黔两军又爆发了战火，成都人民又一次受到严重的战争灾难。川、黔军开火是7月5日夜半3时开始的，这时正是张勋在北京复辟政变，张勋的伪谕中任命刘存厚为“四川巡抚”。7月3日戴戡在成都皇城的督军署召开军事会议，邀刘存厚出席表明对北京政变的态度，一面派兵把守电报局，检查一切邮电。刘存厚派代表吴绍良出席了会议，要求督军署先撤去电报局的检查员，戴予以拒绝，并提出驻省川军应该移川北，吴绍良代表刘存厚不予接受。7月4日刘存厚所部川军从邻近成都一带的防区，源源开到省城北门外，第二天晚上川、黔军遂告开火。
这真是妙极了，两个月前川、滇军火并时，黔军守中立，袖手旁观，川、滇双方互相指责对方是“祸首”；现在川、黔军又开火了，黔军取代了滇军的地位，而滇军也作壁上观，戴戡说是刘存厚所部首先炮轰督署，刘则说是黔军首先开炮轰城外川军。戴坚称刘已接受张勋的伪命，刘则说绝无其事，因刘的电报被扣留不发，因此使自己立场不为各省所了解。
川军师长周道刚、熊克武也正如以前川、滇军战事爆发时一样，在川、黔军战争中采取了中立态度，他们于7月7日发出阳电云：
“本月六日渝电局报称：麻日午前三时，成都川、黔两军发生冲突，江门一带火势甚烈，枪炮声不绝。次日接贵阳刘督军鱼日电开：顷得成都戴督军电开，刘存厚甘受伪职，已带兵围成都，戡誓死不降逆、不叛国，祈飞电各省等语。昨晚（六日）十一时，炮声忽起，北门火光烛天，炮弹均向督、省二署乱射。炮声隆隆，至今未息。街断行人。……据戴督电传，则指刘存厚附逆，然据积之（刘存厚号）电称，又系拥护共和。兹拟由刚等及顾、赵（滇军）、钟（川军）三师长酌带卫队，兼程赴蓉（成都），公评是非，共谋解决；先在资州会齐，再为前进。若积之果系附逆，自应一致讨除，否则言归于好，速筹北伐。川中秩序，仍由戴兼督军主持一切。所有滇、黔军队，务恳唐、刘两督军立饬停止前进，免滋误会。……先后得顾、赵、钟三师长复电表示赞同，道刚等决于蒸日（十日）起程西上。”
川军师长周道刚、熊克武发表通电，联合川、滇将领发起武装调停。贵州督军刘显世正如以前唐继尧出兵援助罗佩金一样，准备派三个梯团入川援戴，同时接二连三地通电痛斥刘存厚的叛变行为。
滇军罗佩金率部退驻川南，他也像以前的戴戡一样，发表青电请各军各驻原防不得移动，并以调人自居。唐继尧则警告刘存厚离开四川，出兵北伐，否则将令罗佩金进兵成都先平川乱。唐继尧很想借川、黔军火并而乘机恢复滇军控制四川的局面。所以云南方面的军火源源不断地由昭通运到叙府来。
北京方面仍想派吴光新带兵入川平乱，借以达到北洋派控制四川的目的。进步党（研究系）则千方百计想维持戴戡，同时解决成都的兵乱。
四川和贵州两省省议会和两省国会议员也都根据地方观念，发出相对控诉和呼吁。
川、黔军的战争从7月5日到17日，前后共打了12天。7月6日起黔军被围在皇城内，由英、法领事从中调停，戴戡愿意率部退出成都。13日川军开放南门让黔军退走，黔军疑有伏兵，在掠夺南门粮食后，仍然退回皇城，固守待援。17日戴戡把督军和省长的印信咨交省议会保管，然后向南门突围。
滇军罗佩金同意参加周道刚和熊克武所吁请在资中召开的调停会议，宣称干7月13日带兵西上。周道刚则于7月15日由重庆赴资中主持调停会议。
唐继尧于7月16日发出铣电痛斥刘存厚犯上作乱，并称如刘不移师北伐，本人即将亲率三军，吊民伐罪。接着即组织靖国军，自为总司令，以顾品珍、赵又新、庾恩旸、黄毓成、张开儒、方声涛为第一至第六军司令，以罗佩金为第一第二两军总司令，自兼第三至第四军总司令，以叶荃为第五第六两军总司令。靖国军于7月20日发表号电，宣称要先平川乱，然后北伐。
贵州督军刘显世的态度与唐继尧相同，他派王文华率领一支黔军入川援助戴戡，但是戴戡已于7月17日放弃成都，突围而出，下落不明。
戴戡下落不明，黔军失败，这一连串消息传到北京，研究系的首领梁启超十分激动地在国务会议上发言，他说：“我们一定要救援戴循荐（戴戡号），一定要制止刘积之（刘存厚号）的叛变行为。”但是段祺瑞采取了不置可否的态度。
7月24日段祺瑞任命“中立者”周道刚代理督军。27日梁又在国务会议上主张惩办刘存厚，段不好答复，曹汝霖起立发言，假口四川问题真相不明，难作决定，而把梁的建议搁了下来。
周道刚由重庆到了内江，但滇军在嘉定、青神、仁寿、资阳一带已被川军二三两师击退，资中会议无法进行，周道刚乃折返重庆。
由于川战扩大，段祺瑞遂于8月6日派吴光新为四川查办使，率领北军入川查办，并责成湖北督军王占元派兵接防岳州。八月八日又下令催促罗佩金、刘存厚遵照前令迅速入京，所部军队均交周道刚接收统率。这时候，川、滇、黔军才明白段的打算是一心一意要贯彻让北洋系来统治四川。这一来大家又感到有合力抗拒北军的必要，8月6日周道刚、熊克武建议继续进行调停，罗佩金首先表示接受。8月10日周道刚就任代理四川督军，熊克武在夔府和万县沿江地带，布置炮兵阵地，准备迎击北军。
8月10日，从四川回到北京的蒋方震，向内阁及国会报告戴戡已经战死的消息。研究系大受刺激。这时段祺瑞才发表刘存厚部下团长廖谦的报告：“7月21日，戴戡在成都百里外秦皇寺自杀身死。”同时发表周道刚的报告：“戴前督行抵华阳县属秦皇寺附近，突遇前方败退回来之川军，双方因误会开枪互击，戴督中弹身故，其灵榇已由川军运回省城。”
事实上，戴戡是被川军击毙的，同时死难的还有黔军混成旅旅长熊其勋，督署参谋长张承礼，财政厅长黄大暹等在逃往简阳途中，也被追兵击死，黔军5000人全军覆没。
8月10日举行国务会议时，段祺瑞提议追赠戴戡为陆军上将，给银1万两治丧。梁启超却满腔悲愤地坚持要严惩刘存厚，为死者雪冤。段表示要查办后，才能确定责任。梁启超大为生气，不待会议终场即拂袖而去。
这是研究系加入段内阁以来首次受到的难堪待遇。本来自讨平张勋政变以后，研究系在段内阁内如日当中，可是段和研究系的蜜月还不到一个月，研究系一向标榜温和主义，可是矛盾的是他们并不反对段的武力统一政策，还出主意召集临时参议院，公然参加卖国借款条约的签订。到了四川问题发生，直接地侵犯了研究系的利益，才与段有了冲突，到这时才发现段一点也不留情面。
研究系在政治舞台上最红的时期，也是它政治上开始堕落的时期，他们本是改良主义者，在依附北洋军阀后，受到这次打击，从此在政治上的影响越来越少，终于沦为一个无足轻重的政客集团。
川、滇、黔军的第二次调停也无效果。10月下旬，川军第二师在荣县，第三师在资州、内江一带又和滇军大打起来。10月14日周道刚卸下了“中立”伪装，通电斥责滇军顾品珍在内江首先进攻川军第三师。而刘存厚则一再催促北京政府下令讨伐唐继尧。
四川这场战争，川军占有地利，利用川人反对滇军，所以颇占上风。
段祺瑞的内弟吴光新是一个胆小如鼠的将军，他奉命入川，却在宜昌逗留了一个多月不敢前进。段把属于国民党的熊克武调为川边镇守使，把川军第三师长钟体道调为重庆镇守使，钟体道和刘存厚很接近。同时电令陕西督军陈树藩派陕南镇守使管金聚统率一个混成旅开进川北，以策应由湖北开入四川的北军。
10月中旬，川、滇两军在北江、威远、荣县展开了拉锯战，唐继尧把后援部队庚恩旸、黄毓成两军都开到永宁和叙州。
段打算下令讨伐唐继尧，责成刘存厚驱逐滇军出川。冯国璋持相反的意见，认为大事应该化小。段又建议调唐继尧到北京担任参谋总长，如唐不肯北来，即下令讨伐。冯也不以为然。冯最后作这样的让步，就是只讨伐滇军，不提唐继尧。因此10月17日北京政府下令谴责在川的滇军将领黄毓成等，令其迅速退出四川，责成唐继尧查复。
10月24日吴光新率领李炳之混成旅开入重庆，熊克武将所部川军第五师移驻重庆城外50里。但本人仍留在重庆。这期间川军第二三两师夺回内江、威远、荣县、自流井、富顺。滇军向泸叙退却。10月30日，北京政府下令斥责滇军将领顾品珍、赵又新、黄毓成筹集结兵力于泸县、富顺、自流井向川军攻击，均予褫职通缉处分。11月12日授周道刚为四川督军，刘存厚为四川军务会办。
段把吴光新督川任命廷搁，是因为刘存厚有电到北京说：“川事川人可了。”段要利用川军打滇军，所以只好将就川军。
11月6日，唐继尧由昆明移驻毕节，想亲自出马挽救滇军一蹶不振的局势。可是自11月16日到28日，川军第二三两师继续占领泸县、纳溪、南溪、叙州。黄毓成作战受伤，被迫下令停战。11月20日，北京政府加授周道刚陆军上将衔，升任川北道道尹张澜为四川省长。
就在这个时候，湖南局势突然转趋对段不利，段内阁摇摇欲坠，而四川战事也并非一面倒，因为滇军究竟还是一支作战能力很强的部队。12月1日，滇军忽出奇兵绕道偷袭重庆，在重庆西门外15里的浮图关上出现，同时驻綦江的黔军也开到重庆对岸。熊克武的川军也开回重庆。于是吴光新和周道刚都逃之夭夭。
12月8日，北京政府任命刘存厚为四川督军。
一二三、孙中山在粤护法
张勋复辟，黎元洪逃到日本公使馆避难时，海军总长（国民党员）程璧光在上海，他曾派军舰两艘到秦皇岛迎黎南下，同时以海军总长名义发布海军讨伐叛逆的电报。这时冯国璋还在南京，对于程璧光的行动颇为不满。而北洋军阀认为李经羲在6年6月24日组阁时已发表萨镇冰为海军总长，调程璧光为海军总司令，程不应以海军总长名义自由行动。可是国民党认为从6月14日张勋到北京起，黎元洪就失去自由，李经羲内阁根本是张勋的傀儡工具，6月14日以后的总统命令应当视为无效，所以程仍以海军总长名义在上海宣称奉大总统命讨逆。
孙中山在上海曾有一通忠告段祺瑞的严正电文，这是7月19日发出的，电云：
“民国不幸，伪清僭据，足下以为马厂偏师，恢复共和，重奠京邑，此盖强虏自亡之会，而亦足下迷复之机。伏念共和、帝制迭相乘除，已历三次。所以起灭无常者，实由是非不定，刑赏无章耳。夫洪宪佐命之徒，宣统复辟之辅，其为帝制罪犯一也。去年洪宪祸首，隐忍未诛；佐命者既得从宽，则复辟者当然无忌。徐州、彰德二次会议，（张勋发起徐州会议会，与会各省曾在彰德会议一次。）正在足下初任首揆之时，拱手处中，不能锄治，而复奖以勋权，启其骄悍，是以伏戎遍国以有今日。而民间清议，亦谓复辟之祸叛督实为先驱。要求宣战之不已，以至殴击议员；殴击议员之不已，以至解散国会；解散国会之不已，以至复建伪清。本为一人保固权位，以召滔天之灾；足下奖成此患，岂得不为追咎。文于数月前，曾献忠言，不蒙采纳。至黄陂不得已而下免职令，犹不悛改，悻悻以引起祸乱，不负责任为词。今日因败为胜，功过相偿，天日鉴临，人心共谅。乃总理一职，既无同意，亦无副署，实为非法任命；果出黄陂手谕与否，亦未可知。足下当以义师首领自居，岂得以国务总理为号，以免职兴戒，而以复职自贵，狐埋狐搰，皆在一人，岂所谓为国忘身者乎。张勋以愎戾之资，悍然复辟，所统辫兵，素无训练，其势本易与耳；张绍曾等倡谋讨逆，近畿将领，不少靖献之人；器械完利，士马精强，扑灭殷顽，易如反掌；徐州余寇，复何足云；而足下必任段芝贵为东路总司令，倪嗣冲为三省总司令，段本洪宪元凶，倪则叛督首领，一蒙驱使，得冒天功以为己力，沮忠正倡义之气，开叛人狡诈之端，岂自比明之熊文灿耶。乃又抑止诸军，不容兴师致讨，欲以易成之绩，交与倡乱之人，偏私狭隘，毋乃过甚。丙辰近鉴，贻祸相同，此又足下所宜自省者也。文愿足下，上畏民岩，下思补过，任良将以伸正气，讨群叛以塞乱源，诛洪宪佐命以示至公，戮伪主溥仪以惩负约，保国赎愆，敦善于此。若以小腆易败，据为大功，因势乘便，援引帝党，擅据鼎钟，分布爪牙，则西晋八王之相驱除，唐末朱、李之相征讨，载在史册，曲直无分。正恐功业易隳，祸败踵至，凡我国民，亦不能为辅助矣。以足下天性强毅，本非狐媚之人，故愿尽忠以告，是非利害，在足下自审之耳。”
复辟时，广东省长朱庆澜曾派人到上海和孙中山联系，同意以广州为护法的根据地。7月10日孙中山率领应瑞、应琛两舰到汕头，13日派章炳麟先到广州接洽。广东内部虽然复杂，可是对孙中山仍然欢迎。因此孙便于7月17日到广州，广东督军陈炳焜和省长朱庆澜都到江岸欢迎。且在黄埔公园举行了欢迎大会。
孙中山在欢迎大会发表演说，揭破了复辟是北洋军阀所布置的政治圈套，他说：“段祺瑞引用段芝贵、倪嗣冲这些复辟派做讨逆军统帅，以逆讨逆，忠奸不分。今天的中国，不是复辟与共和之争，而是真共和与假共和之争。今天真复辟者少，假共和者多。”这真是一针见血的话。
7月22日程璧光和海军第一舰队司令林葆怿自吴淞率领所属舰支开赴广东，唐绍仪、汪兆铭、伍廷芳等同行。就是这一天，他们由海军舰队发出宣告，通电自主，他们提出佣护《约法》，恢复国会，惩办祸首三项主张。并称自《约法》失效，国会解散之日起，一切命令无所根据，应视为无效，亦不承认发布命令之北京政府。
孙中山与驻沪海军是事先约好的，海军第一舰队南下护法，这使段祺瑞在北京大为震动。段内阁为了紧急应变，立即调升第二舰队司令饶怀文为海军总司令，并以林颂庆为第一舰队司令，杜锡珪为第二舰队司令。7月25日段内阁并发表广东省长朱庆澜和广西省长刘承恩对调。朱庆澜以广东自主为理由，拒绝接受这个命令。
广东在当时的西南，是政治和军事中心，不过广东内部的情势很不稳，虽然不像四川那么表面化，可是也是极复杂。段祺瑞对广东是采取一方面自外面施加压力，一方面在内部制造分化，利用地方派军人的排外主义，企图制造广东内部主客两军互相混乱，使北洋军能乘虚而入。当时北洋派势力已占领了福建和江西，这两省和广东毗连，段打算拿这两省当作进攻广东的跳板，同时从海道运兵在广东沿海地区登陆。段这个计划受阻于江西，因为江西督军陈光远是直系，直、皖两系对于向南方用兵意见不一致，所以后来段乃派兵取湖南另开一条取广东的路线。
广东内部一直不稳，几种势力明争暗斗。桂系军人陈炳焜是广东督军，自居于统治者地位，但是省长朱庆澜也有兵权，他统率警卫军及地方派军人。他们之间是对立的，督军和省长对立，桂系军人和广东地方派军人对立。另外，在北江还有滇军两师兵力驻防，由李烈钧率领，是国民党的基本武力。广东地方派军人有时和国民党联合以对抗桂系，有时又在南方与北方之间、国民党和桂系之间摇摆不定。
两广是在督军团叛变和国会被解散时宣称“自主”的。北京复辟时，桂系便高唱出兵，不过实际上却没有行动，主要是想利用时机以统一广东的军权。驻粤滇军以及朱庆澜所属的警备军也想北伐，但是桂系不肯给予军事装备。李烈钧事后曾指责陆荣廷，说他故意躲在家乡武鸣装病，坐失北伐良机，让段祺瑞重登政坛玩弄一切。
广东的桂系既然是统治者，对于滇军和地方武力便吝不予军费，逼得驻防各县的地方军纷纷就地筹饷。朱庆澜以省长名义发行救国公债，滇军则提印花税甚至扣留鸿安公司的鸦片以充军费。桂系便以此为理由打击滇军和朱庆澜。
桂系所搞的自主，完全是一种投机手段，他们认为自主是半独立，在半独立情形下，他们采取联冯倒段的策略。因为是半独立，对于北京政府的命令便根据自己的利益来决定应付办法。陈炳焜在孙中山到广州后不久即赶到梧州请示陆荣廷应该如何应付，陆认为抗拒孙会惹大反感，首先应该排斥朱庆澜而把地方武力夺过来。陈返穗后即照陆意思做，策动肇阳罗镇守使李耀汉驱逐朱，以省长职位饵李。朱在李耀汉的压迫下向省议会辞职，并要求准予将省长亲军20营交给陈炯明接管，这批亲军朱是从龙济光手上接收过来的，当时有兵额40营，接收后编为省长直辖的地方保安部队，其后被陈炳焜分出20营，余下的编为“省长亲军”，由陈炯明为司令。朱去职时打算把这批亲军改编为海军陆战队，仍以陈炯明为司令，名义上则属于程璧光的海军节制以免落入桂系手中。
8月26日朱庆澜把省长大印交给省议会，根本不理睬陈炳焜就去了香港。陈大为愤恨，当天在布告中说他是“私人出走，有心扰乱治安。”
8月28日广东省议会选举胡汉民继任省长，这种选举并不合法，可是广东既已经自主也只有从权了。省议会选胡的理由是因为胡做过第一任广东都督。可是桂系当然是持反对态度，因此陈炳焜派人到省议会抢了省长大印，且以督军命令接收了省长亲军。另一方面陈炳焜早已向北京政府保举李耀汉为广东省长。段内阁对于这个自主的省区竟承认北京政府的人事任命大权，实在喜出望外，他巴不得桂系和国民党矛盾扩大，所以北京政府于8月31日正式命令李耀汉为广东省长兼肇阳罗镇守使。在国民党来说，当时最重要的工作是召集非常国会，因此自不愿在省长问题上与桂系闹翻，宁愿拿省长来交换桂系对组府问题不加干涉。于是胡汉民便向省议会辞谢省长，举李耀汉为代，省议会乃举李为省长。
这期间，国会议员在孙中山邀请下已纷纷南下，8月中旬，国会议员到广东的已有130余人，多数为国会中的政学会、益友社、民友社三系议员。8月18日孙中山在黄埔公园欢宴他们，席间大家决定贯彻护法主张，组织护法政府。19日国会议员们发出通电云：
“民国不幸，祸患频仍。倪逆称兵。国会被毁。张贼复辟，国体动摇。造乱之徒乘机窃政，托名讨贼，推翻《约法》，擅立政府，易置总统。执法以绳，厥罪为均，又复叠逞狡谋，围湘窥蜀，输兵南下，其势骎骎，凭借北洋，压制全国，充类至尽之义，吾民宁有噍类之存？所幸诸公独持正义，兴师讨贼，信誓在人，救我黔黎，定兹国难，公等之责，吾民之望也！同人等或受国民之托，职务未终；今被国贼之驱，责任难弃；用依《约法》自集于粤。人数未满法定，本难遽行开会。惟念时局之危，间不容发，西南散处，意志辄殊，对外则冯、段宣战，我将何以处德、奥？对内则黄陂孤陷，我将何以设政府？凡兹重要，亟待讨论。爰绎主权在民之则，师法人国变之例，特决定本月廿五日于广州开非常会议，以谋统一，以图应变。区区之意，如斯而已。”
《国会非常会议组织大纲》于6年8月29日在广州议决公布：
第一条：国会非常会议，以现任国务议员组织之。
第二条：国会非常会议之议事，以参众两院议员会合行之。
第三条：国会非常会议至内乱戡定，《临时约法》之效力完全恢复时为止。
第四条：国会非常会议非十四省以上之议员列席，不得开议。蒙古、西藏、青海、华侨各选区以省论。
第五条：国会非常会议之议事，以列席过半数议决之。
第六条：国会非常会议之正、副议长，就现任两院正、副议长内推定之，正、副议长均有事故时，得选举临时议长。
第七条：国会非常会议得设各委员会。
第八条：军政府组织大纲，由国会非常会议制定，并宣布之。
第九条：国会非常会议于军政府有交议事件，或由六省以上之议员联合提议时，得随时开会议决。人民请愿事件经委员会审查后，得提出议决之。
第十条：本大纲有议员四十人以上之连署，得提议修改，以列席议员三分之二以上议决之。
第十一条：本大纲自宣布之日施行。
8月31日非常国会通过《中华民国军政府组织大纲》，并宣布如下：
第一条：中华民国为戡定叛乱，恢复《临时约法》特组织中华民国军政府。
第二条：军政府设大元帅一人，元帅三人，由国会非常会议分次选举之，以得票过投票总数之半者为当选。
第三条：《临时约法》之效力未完全恢复以前，中华民国之行政权。由大元帅行之。
第四条：大元帅对外代表中华民国。
第五条：大元帅有事故不能视事时，由首次选出之元帅代行其职权。
第六条：元帅协助大元帅筹商政务。
元帅得兼任其他职务。
第七条：军政府设立各部如左：
一、外交部。二、内政部。三、财政部。四、陆军部。五、海军部。六、交通部。
第八条：各部设总长一人，由国会非常会议分别选出咨请大元帅特任之。
前项选举，以得票过投票总数之半者为当选，但遇总长缺位未经选举以前，大元帅得为署理之任命。
第九条：各部总长辅助大元帅执行职务。
第十条：元帅府及各部之组织，以条例定之。
第十一条：军政府设都督若干员，以各省督军赞助军政府者任之。
凡有举全省兵力宣布与非法政府断绝联系者，依前项之规定。
第十二条：本大纲至《临时约法》之效力完全恢复，国会及大总统之职权完全行使时废止。
第十三条：本大纲自宣布之日施行。
9月1日非常国会根据军政府大纲选举大元帅，孙中山在91票中以84票当选，次日补选元帅二人，陆荣廷以76票，唐继尧以93票当选。
9月10日军政府宣告成立，孙中山就大元帅职。非常国会并选出唐绍仪为财政总长、伍廷芳为外交总长、孙洪伊为内务总长、张开儒为陆军总长、胡汉民为交通总长。孙中山并以大元帅名义任命李烈钧为参谋总长、林葆怿为海军总司令、方声涛为卫戍总司令、李福林为亲军总司令、章炳麟为秘书长、许崇智为参军长、李耀汉为筹饷总办。
护法政府并未得到西南军人的支持，云南唐继尧不理不睬，而桂系陆荣廷更为冷淡。
非常国会选出唐继尧为元帅后，9月8日唐来电不受元帅，非常国会和孙大元帅都去电劝勉，同时派章炳麟为劳军使，携带元帅印前往昆明，请唐接受。
不久孙中山又发表唐继尧为川、滇、黔三省靖国军总司令，唐态度仍不合作，甚至滇军师长张开儒被护法政府派为陆军总长，也不就职。
在非常国会选出陆荣廷为元帅的当天，陆致电非常国会表示自己的政见，反对另组政府，主张黎元洪总统复职，同时通电全国声明“以后广东发生任何问题，概不负责”。非常国会对陆这个态度未敢谴责，且于9月3日补作一项决定，迎接黎元洪南来继续执行职权，孙中山也通电表示迎黎的态度。
桂系的广东督军陈炳焜则表示另一种态度，他于9月8日招待广州报界，解释自己的立场，他说：“冯代总统的地位是合法的，段内阁的地位是非法的，所以我们反段不反冯。”至于在广州组织军政府问题，他说，“我不能表示赞成的态度，也不愿采取干涉的态度，但是广东人民不能担负军政府和非常国会的经费开支。”
护法的军政府是设在广州的黄埔公园。当时南来的国会议员可分为三大系，即（一）政学系，（二）益友系，（三）民友系。政学系自称为旧国民党系的稳健派，其领袖李根源是拥护岑春煊的，岑和陆荣廷有部属关系，而岑、陆又和李根源有护国时期在肇庆军务院的关系，云南唐继尧亦因这种关系而有瓜葛，因此政学系在云南和广西占有人和之利。政学系内分为两派，一派是南关五十号，由杨永泰出资组织，为民主政学系之一部分，约有30余议员，拥岑春煊为领袖，重要人物有章士钊、冷遹、张耀曾、谷钟秀、杨永泰、徐傅霖、李肇甫、文群、孙光庭等。一派是石行会馆，系由李根源竭力组成，约占70余议席，利用漠不相关之莫荣新为傀儡。两派主张完全一致，在南方称为主和派，与民友社的主战派对立。
益友系就是益友社，为旧国民党系嫡派中的温和派，其机关原为“褚寓”，主张采进步的唯民的倾向，态度温和，是政学系和民友社中间的调和人，也是非常国会中的多数党，议席近300人。以吴景濂、褚辅成、王正廷等为领袖，这三人中吴为众院议长，褚为副议长，王为参院副议长。
民友系就是民友社，是旧国民党中的急进派，在国会中为最硬派，故有主战派之称。其机关部原为照霞楼，在旧国会中为唯一激烈派。其包含的分子有（一）同盟会嫡派，以林森、谢持、马君武、丁象谦、居正、田桐等为中坚，（二）韬园俱乐部以孙洪伊为首，（三）为共和派。
在非常国会中，政学系人数虽不多，可是最能翻云覆雨，其他还有新新俱乐部系，系新补两院议员的集团，在非常国会中议席近200人，其政治见地虽随个人之历史与地位而不同，但大多数和益友社系较接近，其党纲采全体合议制，著名人物有张知本、何陶、尹成福、刘云昭、赵中鹄、孔昭成。
内中倾向褚寓的有60名，倾向照霞楼的约50名，倾向政学会的约60名。此外还有蒙古议员俱乐部、文社、广东议员俱乐部、广西议员俱乐部、云南议员俱乐部等五小政团。
原来国会议员南来参加护法的只有100余人，召集正式国会不足法定人数，乃借用民国2年议院法第七条“议员于开会后满一个月尚未到院者，应解其职”之规定，把没有南来的参、众两院议员解职，然后由候补议员递补，凑足法定人数。
护法军政府成立后，段祺瑞要下命令通缉孙中山和非常国会议长吴景濂，冯国璋不肯发表命令，因此由北京检察厅以“背叛民国”罪提起公诉，由司法机关行文全国，通缉孙中山。段不满意，至9月29日，冯终被迫下了通缉令。
护法军政府也下令通缉段祺瑞、梁启超、汤化龙、倪嗣冲四人以资报复。
一二四、段祺瑞在湖南碰壁
段祺瑞第二次组阁后，一心要完成他武力统一中国的美梦，这是他想超越袁世凯的一个野心，这个野心，尤其在借款有着落后更为积极。他的敌人是西南军人，西南包括云南、贵州、四川、广东和广西五省。段的用兵计划准备由四川进攻云南和贵州，由湖南进攻两广。湖南距离北洋派的占领区最近，本身实力又不强硬，是一个假道的理想地带。段打算由湖北、江西两路夹攻湖南，他原打算派吴光新为湖南督军，可是吴表示愿意向四川方面发展，于是段乃决定调淞沪护军使、第十师师长卢永祥为湖南督军。其后因为段拟议中要段芝贵继任江苏督军一案行不通，乃不调走卢永祥。这时候湖南人唱出“湘人治湘”的口号。在北京的湖南著名人士，如熊希龄、范源濂等也主张湘人治湘，维持现状，反对北军入湘，加以谭延闿以湖南省长而兼督军，颇得湖南人们的拥戴。
段祺瑞针对这个情势，采取了一个将计就计的办法，就是派一个自己的亲信而又是湖南人去做湖南督军，既可堵塞一般人的嘴，又可以执行自己的计划，于是发表他最宠信的傅良佐为湖南督军，仍命谭延闿为湖南省长，同时表示傅良佐虽督湘，但不带北兵入湘。傅在接受新任命时，也发表了“三大治湘方针”：
（一）湘人治湘；（二）军民分治；（三）不带北兵入湘。
傅良佐是湖南乾城人，不过和湖南关系太浅，他一直追随段祺瑞，生长和做事都是在北方，所以他在湘人看起来，根本不算湘人。至于段祺瑞所保证的不带北兵入境，也很难令人置信，过去杨善德到浙江也有过相同的保证，但既成事实后，北兵即源源入浙。当段和傅良佐都指天誓日地说不带北兵入湘时，驻守保定第二十师（师长范国璋）已奉命调防入湘。
在此以前，陆荣廷曾打电报给冯国璋，要求三年之内勿更动西南各省的军民长官，冯回电表示同意，所以在傅良佐督湘命令发布后，谭延闿乃向陆荣廷飞电告急，陆即电请冯履践诺言，收回成命，并主张划湖南为南北两军之间缓冲地带，维持湖南现状，以保和平。可是冯已难于作答。因为他已经把湖南和四川与段交换了江苏和江西，因此只得把陆这个电报交给了段作答，8月14日段以国务院名义答复陆说：
“谭省长清亮淑慎，勤政爱民，惟军旅非所素娴，故以民事专畀。今日文人不能将兵，已为各国通例。为军事计，为湘省计，为组安（谭号）计，皆以专民事为宜。湘俗强悍，诚如尊论，善用之则为劲旅，以卫国家；否则逾越恒轨，以资扰害，尤非知方通变之才，不能控制统驭。湘省易帅，良非得已，以傅易谭，盖亦几经审慎。傅本湘人，感情素通，断不至因更调而生携贰。明令早颁，势难反汉。远承注念，感何可言。希以此意转告西南群帅为荷。”
段在电报中把更动湘督一事说成是“为事择人”，而把自己私心隐矇，把傅良佐督湘说成是“良非得已”，实在是不由衷之言。
陆荣廷接到段祺瑞以国务院名义所复的“官腔”电报后，知道无法情商，乃示意湖南采取武力抵抗，并表示愿以实力支援。谭廷闿乃召集秘密军事会议准备抵抗北军，同时电请各省迅速派兵“援湘”。云南督军唐继尧立即复电，建议派遣驻粤滇军兼程开进湖南。陆荣廷表示同意，并于8月16日致西南各省电报中说：
“湘督易人，北方疑忌西南之心已昭然若揭，唇亡齿寒，急应力图应付，驻粤滇军开往援助，鄙意极表赞成。”
驻粤滇军是由李烈钧率领，在护国讨袁时期开来两广准备经湖南北伐的。护国时期因云南为发动的基地，所以尽量组成军队，一部由蔡锷率领出四川，一部由李烈钧率领出广东。袁死后，局势大变，在粤和在川的滇军成为大问题，撤回云南，他们不愿意，云南也无力承担，不撤回去他们自然要有所作为，而所驻地也不欢迎他们长期留驻，在川在粤，滇军都遭遇到这个问题。
李烈钧所率领的滇军是驻防在广东北江的，当时广东是在桂系的势力内，当然不愿意滇军留驻，不过他们只希望滇军离粤，援湘抗北正合理想，可是当谭延闿万分迫切地要求广东督军陈炳焜（桂系）催促滇军迅速出发时，桂系却又不肯发给滇军作战所必需的军费和军火，而滇军也不愿意去打头阵，因此除去虚张声势而外，并无实际行动。
