出任代总理——莫斯科权力圈的小赢家
普京在担任圣彼得堡市对外联络委员会主席期间，他结识了自己后来最亲密的搭档与私人朋友——德米特里·阿纳托利耶维奇·梅德韦杰夫。梅德韦杰夫的一切似乎都与普京正好相反。他比普京小13岁，1965年出生于列宁格勒一个知识分子家庭，童年时代是个品学兼优的学生，从不打架胡闹，言谈举止有教养，尊重老师，待人彬彬有礼。1987年在列宁格勒大学获得法律学位后，梅德韦杰夫又于1990年毕业于列宁格勒大学研究生院，获得法学副博士（即硕士）学位。他以讲师身份留校任教，教授罗马法。此时圣彼得堡市对外联络委员会正需要法律顾问，于是梅德韦杰夫接受了这一兼职。在那里，他的直接上级正是同乡兼师兄普京。
普京多年后回忆：“当年我在给索布恰克市长担任副手时，身边非常需要用人。我向当年大学法律系的同事们求助，是他们向我推荐了季马（梅德韦杰夫的昵称）……我做副市长时，季马又担任了我的顾问，与我共事了一年半左右的时间……后来他又回到大学从事教学与科研工作……后来又是我邀请季马一同来莫斯科工作的，他似乎非常愿意在我领导的团队工作。至于他未来的发展，让我们走着瞧吧！”
身为圣彼得堡市对外联络委员会主席，普京的本职工作是为圣彼得堡吸引外国投资者。但是在1991年到1992年，他的头等大事是解决圣彼得堡市的食品供应危机。当时俄罗斯正在经历苏联解体之初最艰难的时刻——计划体制已经崩溃，国家饥饿至极，货架空空的食品店门前，怒气冲天的顾客排起长队，俄罗斯甚至开始像第三世界国家那样向西方乞求人道主义援助。莫斯科的一位西方记者曾经创造了“拥有火箭的上沃尔塔”（Upper Volta with rockets，上沃尔塔为非洲国家布基纳法索的旧称，曾经是法国的殖民地，很贫穷，用在这里指拥有先进科技的俄罗斯却像西非国家那样贫困）的说法。普京每天忙于从西方进口并安排紧急食品供应，由于圣彼得堡当时没有购买进口食品的硬通货，他便被赋予了安排易货贸易的权力——提供俄罗斯的石油和其他原材料用以交换进口的食品。这让普京积累了更多主管经济工作的经验。此时的俄罗斯衰败不堪，普京比任何人更清楚这一点。当他九年后执掌最高权力的时候，他发誓——永远不要让此类情形再次发生。
1994年，索布恰克提名普京出任圣彼得堡市第一副市长。由于索布恰克是一名法学家，不擅长经济，所以他将大部分的城市日常管理工作和经济工作都交由普京负责。
担任圣彼得堡市副市长时，普京有过几次重要的外事活动。他曾率圣彼得堡市代表团访问中国，这让他对中国留下了最初的美好印象。他还以副市长身份接待过来访的美国前国务卿亨利·基辛格。追问之下，普京不得不告诉基辛格，自己曾是克格勃情报人员，在民主德国工作过。似乎当时普京不太好意思提及这段经历，但他却得到了基辛格一个意外的反应：“体面的人都是搞情报起家的，我也是。”基辛格告诉普京：“你知道，由于当时我在苏联问题上采取的立场，我至今还在受人非难。我相信，苏联不应该这么快地放弃东欧。我们正在改变世界均衡，速度过快，我认为这可能导致我们不想看到的后果……开诚布公地说，直到今天我也不明白，戈尔巴乔夫为什么要这么做。”
后来普京告诉记者：“我从未想过我可能从亨利·基辛格——传统意义上的苏联的对手——那里听到这样的话，对社会主义阵营瓦解以及苏联崩溃的叹息。”这从某种意义上又一次坚定了普京的信念——我要一个强大的俄罗斯，与从前的苏联一样强大。
此时的普京将自己的政治前途完全与索布恰克捆绑在一起。索布恰克的圣彼得堡市长任期在1996年6月结束，但选举被提前到了5月19日。对索布恰克本人来说，竞选对手都密集地使用了“肮脏的竞选手段”。圣彼得堡充斥着索布恰克财产不计其数的谣传，说那都是盘剥市民得来的不义之财。传言索布恰克在奥地利银行中存有六七百万美元，在法国海边和西班牙分别购买了一处别墅和一栋楼。索布恰克也对指控、中伤者提起了几起诉讼，但却激起了丑闻性的骚动。灌进索布恰克头脑中的负面消息、虚假报道和直接中伤在增加，范围在扩大。
许多俄罗斯人都还记得选举前夜的那场电视直播辩论会。这是一场诚实的竞赛，不仅可以看出每个人的口才，而且还可以显现专长。就是在这里也有大出人们意料的事情发生：索布恰克居然在所有的辩论论题上都输了。在电视直播间里，他表现出从来没有过的不知所措和力不从心。索布恰克最终输掉了这次选举，比竞选对手雅科夫列夫总共少2%的选票。
对索布恰克，普京表现出了他的忠诚——他要求市长办公室所有人员签署一项声明：如果索布恰克竞选失败，我们集体辞职。结果，竞选失败，索布恰克失业了，普京也失业了。
失意的普京邀请他的秘书一家去到他新建成的别墅做客，女人们在厨房里忙着，两个男人进了桑拿浴室。普京没有想到，这件事竟然差点要了他的命。他回忆：“一股烟，接着火焰蹿出来了。桑拿室起火了。孩子们都被救了出来，大人也跑出来了。我忽然想起我们房间里有个皮包，里面有现金，我们所有的积蓄。这些钱没有了我们可怎么办？我又转身回去找皮包，用手四处摸索。我没有继续寻找，我跑上阳台，火焰正向上蹿，我爬过围栏，抓起床单，开始往下爬。我从桑拿房里出来时，身上没穿衣服。我只好把床单裹在身上。你可以想象当时的情景：房子着火，一个裸体男人裹着一条床单，从阳台上往下爬，一阵风把床单吹起来，像船帆似的。小山那边站了一群人，他们正怀着极大的兴趣注视眼前发生的一切。我们的两辆车停在别墅边上，汽车很快就烤热了，但是车钥匙还在房子里，车门是锁着的。”
裹着床单、裸身逃出火海的普京，实在是一个有意思的象征。在圣彼得堡的一切，工作、积蓄，还有别墅，都没有了。在火灾遗址上，普京只找到了他受洗时的十字架。直到这时，普京才重新想起了母亲坚定的东正教信仰。这一事件使得普京成为一名东正教徒。后来有一次他访问以色列，临行前母亲给了他一个十字架并嘱咐他戴上。普京回忆说：“我遵照她说的做了，将十字架戴在了脖子上。从那以后，我再没摘掉过它。”
两个月后，普京决定去莫斯科寻找新的机会，而索布恰克则退出政坛。可以说，索布恰克是最早注意到普京并将他带上政坛的俄罗斯政治家。普京与索布恰克两人一起工作了六个年头，这段时间成为普京政治事业的起点。正因如此，索布恰克也是后来被普京称为“老师”的唯一一位俄罗斯政治家。2000年，索布恰克因心脏病发作猝然去世。得知索布恰克的死讯后，已成为俄罗斯联邦总统的普京从克里姆林宫发给索布恰克妻子和女儿一封情感真挚的吊唁电报。普京在电报中写道：“因他的离去我们无法平静。阿纳托利·亚历山德洛维奇是我的亲人和老师。他不仅启蒙了我，而且将永远是我做一个品行端正和信念坚定者的榜样！”
普京在莫斯科寻找工作机会绝非一帆风顺。这时是1996年6月，叶利钦刚刚连任俄罗斯总统，到处都在进行权力洗牌。普京先后找到同属“列宁格勒帮”的亚格罗夫、丘拜斯等政坛前辈帮忙，都没能谋到理想的职位。一个偶然的机会，曾任列宁格勒苏维埃副主席的鲍尔萨科夫被总统叶利钦任命为俄罗斯联邦政府第一副总理，普京出于祝贺的目的前去拜访。在鲍尔萨科夫的直接帮助下，普京获得了总统事务管理局副局长的职务，负责法律处和管理俄罗斯境外财产。1996年8月，普京终于进入莫斯科老广场政府办公楼，开始了他在莫斯科政坛的全新历程。
五个月后，普京由总统事务管理局副局长升任总统办公厅副主任兼监察局局长，之后任总统办公厅第一副主任。1998年7月，普京出任俄罗斯联邦安全局局长。就在这时，普京成为了叶利钦的心腹。
叶利钦学建筑出身，从一名工人一步步干到了俄罗斯联邦首任总统，他性格随意，特立独行。克格勃出身的普京则稳定沉着，行事慎重。他们俩本不是一路人，是叶利钦慧眼识珠选中了普京，是时代的命运将他们俩联系到了一起，使他们成了忘年之交。
多年后，叶利钦回忆了他认识普京的经过。他说：“我到下诺夫戈罗德去，当时普京任圣彼得堡副市长。我和他谈了许久，随后我又到工厂、库房转了转，同那里的人们交谈。我发现人们对他的态度都很好。”叶利钦说，他一眼就看出普京精力充沛、智慧果敢。“此人应当升任新的职位，尽管他到我那个位置还有几步路要走。与我不同的是，他没经历过那些‘梯级’——经济工作、政治事务，地区的、联邦的……”
等普京进入莫斯科的权力圈后，叶利钦对他有了更多认识：“与其他助理不同，普京尽量避免同我‘交往’，不愿意陈述自己的构想，发表自己对世界和俄罗斯的看法；他仿佛故意剔除了我们联系中所有的私人因素。正因如此，我很想和他谈谈！他的敏锐反应令我惊讶。我的一些很简单的问题有时会让人措手不及，让人红着脸、痛苦不堪地去寻找答案。普京却能自然而平静地回答，以至于我产生了一种感觉：对于我来讲，还是年轻人的普京已经做好准备去迎接生活中可能遇到的一切，而且，对于任何挑战他都能应付自如。一开始这甚至让我有些警惕，可后来我明白了——我们需要的就是这种性格。”
1999年3月，普京在联邦安全局局长的位子上只干了十个月，就被叶利钦提升为俄罗斯联邦安全委员会秘书。俄罗斯联邦安全委员会是总统下属机构，1992年根据俄罗斯宪法、安全法和总统命令建立，其职能是审议重要的国家和社会安全建设，制定统一的国家安全政策。联邦安全委员会下设若干跨部门委员会，包括对外政策、跨地区、国际安全、边防安全和经济安全等委员会。这是一个超级的权力机构，职权远比内阁大，因为它包括了上下两院的议长，其制定的政策都是关乎国家安全的大事。联邦安全委员会秘书由总统任命并且直属于总统，在联邦安全委员会及相关的活动中拥有广泛的权力。这个职务在某种程度上相当于总理。总理只管政府，联邦安全委员会决策的范围却超过政府。它的职权在主要大国的同类机构中是最大的。普京担任这个要职，说明他已经进入了权力核心，成为参与决策的大员，而在此之前，他只是一个部门的负责人。
1998年下半年至1999年上半年，俄罗斯政坛再度陷入危机。叶利钦连续四度更换总理，切尔诺梅尔金、基里延科、普里马科夫、斯捷帕申，四位总理来了又去，始终不能稳定俄罗斯政局。叶利钦在回忆录中如此写道：“我常常痛苦地思索这样的问题：谁将会支持我？谁会真正地站在我的身后？突然我醒悟过来了——这个人就是普京。”
于是，1999年8月9日，俄罗斯联邦总统叶利钦签署命令，任命普京为俄罗斯联邦政府代总理。
当时普京默默无闻，俄罗斯公众几乎没有人知道普京是谁。俄罗斯绝大多数媒体，无论是站在叶利钦一边的，还是反对他的，对叶利钦选择普京的共同判断是：叶利钦疯了！有政治评论家说：“几乎所有的报纸都认为，选择普京担任代总理的决定，是老年叶利钦做出的最怪诞的政治决断之一。”
对普京而言，接受代总理职务同样艰难。因为当时俄罗斯联邦正面临着自前苏联解体以来最严重的问题——车臣问题——的再度困扰。
车臣之血——困扰俄罗斯的难题
车臣位于俄罗斯南部北高加索地区，南与格鲁吉亚为邻，北接俄罗斯塔夫罗波尔边疆区，西与北奥塞梯自治共和国毗连，东靠达吉斯坦自治共和国，面积1.7万平方公里。有关车臣的最早记载是，在7世纪初以前，“车臣”这一称呼最早源自阿尔贡河边的“大车臣”这一村庄的名称，以后逐渐成为车臣民族的名称。
车臣人自称“纳赫乔人”，即“平民百姓”的意思。车臣人是高加索东北部的土著居民与外来的阿兰人和突厥人长期混血形成的古代民族的后裔。中世纪时，车臣人分布于黑海东北部，13世纪后蒙古人入侵，他们才移居到捷列克河及其支流松日河、阿尔贡河流域。7～8世纪，随着阿拉伯人的远征，伊斯兰教传入高加索。直到13世纪蒙古人入侵，伊斯兰教才在达吉斯坦民族中巩固下来。16世纪，伊斯兰教从达吉斯坦传入车臣，成为车臣人虔诚信奉的宗教。
长久以来，车臣人一直没有本民族的文字，19世纪初才以俄文字母为基础创立了本民族文字。尽管车臣民族的文字和近现代发展历程与俄罗斯密切相关，但车臣人始终拒绝皈依俄罗斯人信奉的东正教，一直是坚定的穆斯林，具体来说其伊斯兰教信仰属于逊尼派中的穆里德派。从13世纪到17世纪，车臣这片土地先后遭到蒙古、中亚的帖木儿帝国、邻近的卡巴尔达、库尔梅克汗，以及波斯、土耳其的侵略。屡遭侵略和长期反抗外来统治的历史，使车臣人形成了桀骜不驯的民族性格，车臣人的尚武、好斗、善战远近闻名。
18世纪初，俄罗斯帝国开始向高加索地区扩张。车臣是通往里海与黑海的要冲，被沙俄视为控制高加索地区的战略要地。沙俄经过多年血腥战争，终于从波斯帝国和奥斯曼土耳其帝国手中夺得了车臣。车臣人不断掀起声势浩大的反俄暴动，都遭到沙皇军队的残酷镇压。曾指挥军队镇压车臣反抗的俄罗斯帝国名将叶尔莫洛夫这样说道：“跟亚美尼亚人或犹太人可以讨价还价，对格鲁吉亚人或阿塞拜疆人可以给他们颜色看看，但对车臣人，只能斩立决勿留后患。”
19世纪中期，俄罗斯帝国发动了高加索战争，以求彻底征服高加索地区。从1834年到1859年，车臣人跟沙俄军队打了25年的游击战。最终，车臣于1859年并入俄罗斯帝国版图。到19世纪70年代，沙俄与奥斯曼土耳其为争夺巴尔干再次开战，车臣人也闻风而动举行起义，但又一次遭到镇压。
为消灭和赶走包括车臣人在内的高加索山民，迫使其余居民放下武器，完全兼并北高加索，沙俄政府一方面大量驱逐当地土著居民，一方面无休止地向该地区移民，使车臣和北高加索其他各民族很快成为少数民族，俄罗斯人则成为当地主体民族，车臣人与俄罗斯人因此结下深仇大恨。
1893年，车臣打出了第一口油井，从而为车臣石油工业的发展奠定了基础。到1914年第一次世界大战爆发时，车臣开采的石油已经占到俄罗斯全国石油开采总量的18%。时至今日，车臣是俄罗斯最重要的石油产区之一。石油是工业时代的命脉，经济利益与民族冲突叠加，这让车臣问题更趋于复杂。
1917年俄国十月革命后，北高加索各族对苏维埃政权持排斥态度，几乎全部卷入反苏维埃叛乱，针对苏维埃政权的匪患在车臣地区蔓延开来。车臣民族主义领袖戈钦斯基领导的车臣和达吉斯坦反叛影响相当大，其武装组织甚至一度达到1万多人。远在莫斯科的苏俄中央政权为此焦头烂额。当时负责处理北高加索事务的伏罗希洛夫曾经向中央进言，要“借助车臣盗匪本身来消除车臣的匪祸”。赫鲁晓夫晚年回忆当时车臣的形势时，仍咬牙切齿地说：“北高加索遍地是土匪。”
1922年11月底车臣成立民族自治州。为体现苏俄中央政权对此事的重视，1923年1月，中央派伏罗希洛夫、米高扬、布琼尼等大员亲临自治州成立大会。经验丰富的伏罗希洛夫对车臣的前景非常忧虑。他向中央报告说：“在车臣，毛拉是唯一文明的力量，享有无限的影响力”，“居民们生活在原始愚昧和对神的畏惧之中”。
1925年，车臣问题再次凸显，北高加索苏维埃政权做出了“车臣政治局势更趋尖锐”的判断。为稳定局势，经斯大林批准，苏联红军集结重兵，于当年8、9月间在车臣境内开展了大规模的平叛行动。在这次行动中，车臣所有能拿起武器的人都进入山区与红军战斗，许多车臣族干部被指控“暗地支持和帮助叛乱分子与红军作战”，因而遭到肃反部门的镇压。
从表面看，红军1925年在车臣平叛的军事行动取得了重大胜利。戈钦斯基被红军俘获，后被革命法庭判处死刑。然而，事情并没有那么简单。当时任革命军事委员会副主席的温什利希特向中央提出警告说：“如果不在军事行动之后，随即广泛开展实现苏维埃化、改善经济状况和提高文化水平方面的工作，军事压力取得的积极成果也会付诸东流。”
令人没有想到的是，温什利希特所说的“后续工作”，竟然会是席卷全俄的农业集体化运动。20世纪20年代末，苏联开展了农业集体化运动，以牺牲农民利益为代价，把农业生产纳入国家集中计划管理的轨道，在全国强制推行农业集体化，建立集体农庄，划分“富农”。在苏联，一般的贫苦农民是养不起马的，而车臣族由于从事游牧业，几乎家家户户都有马匹。这样，由俄罗斯族工人组成的农业集体化工作队，往往把有马的车臣人划为“富农”，不但要没收其收财产，还要消灭其肉体。这种近乎荒谬的划分方法激起了车臣人的普遍反抗。据统计，从1929到1935年，仅在车臣就爆发了286次反抗建立集体农庄的事件。苏联红军在车臣不止一次地采取围剿行动，直到1936年局势才安定下来。但车臣—印古什地区一直有小股匪帮在活动，直到1941年纳粹德国入侵。
1934年，车臣自治州与相邻的印古什自治州合并，面积2万平方公里。1936年，车臣—印古什自治州升格为自治共和国，车臣的民族自治地位进一步提高。但车臣人并没有对此“感恩戴德”，车臣与苏联的隔阂和矛盾仍时隐时现。1941年，纳粹德国入侵苏联，德军很快占领北高加索地区。占领期间，德军充分利用车臣的民族情绪，许诺给予其充分的自治权利，得到了不少车臣部族的支持。许多民族情绪强烈的车臣和印古什人将德军视为民族解放者，他们成立“高加索兄弟特别党”，与德国占领者进行合作，希望借德军力量把俄罗斯人赶走，恢复民族独立。
1944年初，苏联红军收复北高加索地区。部分车臣人在纳粹德国占领期间的表现，令苏共高层，尤其是斯大林本人非常恼怒。1944年2月，苏联内务人民委员贝利亚根据国防委员会第5073号命令，以“维护国家安全”为理由，指挥10万内务部队包围了车臣所有村庄，在2月23、24日两天之内，将38.7万车臣人和9.1万印古什人押上闷罐火车，全部迁往中亚的哈萨克斯坦和远东的西伯利亚地区。苏联当局规定，每户车臣人只允许带20公斤重的行李。押车的苏军士兵得到命令，车臣人离开铁轨5米之外，即可将其射杀。在迁徙过程中，有三分之一到一半的车臣人死亡。被迁移者中既有各种荣誉勋章获得者、集体农庄先进生产者，也有卫国战争参加者、残废军人。在这次“强迁”行动中，有成千上万的车臣人和印古什人逃跑，有人甚至准备回北高加索山区开展反苏游击战。据统计，这期间共有3745人因参与反苏活动而被捕，另有3078人因反叛而被镇压。同时，斯大林签署命令：撤销车臣—印古什自治共和国建制。
在流放地，车臣人居住在与当地居民隔离的所谓“特居地”内，每月要到内务部门登记，出远门要请示汇报，不允许开办用车臣民族语言教学的学校。不仅车臣人名义上的民族自治被取消，而且实际上剥夺了他们的公民权利。上述种种践踏人权和民族权利的行为，严重地伤害了车臣人的民族感情，给车臣人留下了严重的心理创伤，也引发了更强烈的不满情绪。车臣独立运动的一些主要领导人，如杜达耶夫在出生后几个星期就随家族流放，而马斯哈多夫则是在流放地出生的。可以想象，整个民族所遭受的苦难会在他们的心灵留下何种不可磨灭的印象。
1953年斯大林病逝后，对车臣人的迫害有所松动。1957年1月9日，苏联最高苏维埃宣布为车臣—印古什民族恢复名誉，恢复车臣—印古什自治共和国的建制，并允许车臣人返回故乡。被流放到哈萨克荒原的车臣人和印古什人陆续返回故里。为了给予车臣人补偿，苏联当局把捷列克河以北的非车臣人聚居区划归车臣—印古什自治共和国。
政策得到落实，车臣人大批返回北高加索，车臣—印古什自治共和国得以恢复。20世纪50年代后期到80年代后期，车臣人民度过了最为安定的三十年。苏联中央政府给予了车臣—印古什共和国大量经济援助和补贴，首府格罗兹尼逐渐发展为一个石油工业城市。在整个苏联境内所有民族中，车臣人的出生率是最高的，车臣人口迅速增长。
不过，在“平静的70年代”，车臣还是显示出了它的与众不同：这个共和国的犯罪率奇高，游手好闲、无所事事的人特别多。1973年1月，车臣首府格罗兹尼发生了群体性事件。事后的2月13日，克格勃主席安德罗波夫在提交给苏共中央的一份报告中指出：“在1958-1972年间，因各种犯罪行为而被内务部机关依法追究刑事责任的有115455人，也就是每6个城市居民中就有1个人……还有大量没有劳动就业的居民（约3万人）以及逃避兵役人员。顺便说一句，在格罗兹尼群众性闹事的最积极的参加者中，无业人员几乎占了一半。”可以想象一下，从1958年到1972年这最为平静的十四年间，车臣人因各种犯罪活动被迫追究刑事责任的达11.5万，平均每6个城市人口中就有1人（包括妇女、儿童和老人）因刑事犯罪而受到惩处，十分之一的城市居民（当时格罗兹尼大约有30万人口）在政府保证充分就业的公有制经济制度下无所事事，其比例大大高于其他民族。
那时，苏联从不披露民族关系内幕，使外部世界对车臣问题一无所知，直到多年后安德罗波夫的报告向外界披露，俄罗斯人才惊奇地发现——尽管苏联当局进行了几十年的无神论教育，但车臣人对伊斯兰教笃信不疑。车臣—印古什共和国内，穆里德教派共有300余个，宗教活动者多达1.2万人，而且不乏苏共党员、预备役军官、工厂经理、作家等。安德罗波夫当时建议，鉴于车臣—印古什形势持续紧张，存在着经常不断的挑衅行为，应在那里驻扎安全部队和正规军队，加强安全机构。
苏联最后一任领导人戈尔巴乔夫成为改变历史的人物，他提倡“民主化”和“公开性”，却没有认识到苏联民族问题的严重性。直到1988年，戈尔巴乔夫还认为苏联不存在严重的民族问题。1990年11月23-26日，在格罗兹尼组建了车臣人民全国代表大会。经过一番激烈争斗，苏联空军退役少将佐哈尔·杜达耶夫担任大会执行委员会主席。这个机构的决议里有如下内容：除车臣族人外，限制向共和国移民，不任命非本民族人士担任共和国国家安全委员会、内务部和检察院领导职务。
1991年6月8日，车臣人民全国代表大会召开第二次会议，宣布建立“独立的车臣—印古什共和国”。1991年10月27日，杜达耶夫领导的车臣人民全国代表大会在其自行划定的区域内进行了总统和议会的“选举”，杜达耶夫当选为车臣“总统”。杜达耶夫原名贾哈尔·杜季·穆西，生于1944年，出生后仅数周即随家族被强行迁往哈萨克斯坦，1957年才回到故乡。他成年后参加苏联红军，担任过苏联空军飞行员，毕业于坦波夫远程航空兵高级军事航空学院和加加林空军学院，36岁时被授予少将军衔，担任某战略轰炸机师师长，先后12次获得苏联政府和苏军的授勋，1987年担任爱沙尼亚驻军司令。杜达耶夫是车臣历史上第一个在俄罗斯军队中担任将军的人。1989年，由于对当地独立运动的同情，杜达耶夫命令驻爱沙尼亚苏军保持中立，缓和了苏联军方的态度，爱沙尼亚人对他感激万分。1991年，他被迫以“健康原因”退役，离开军队返回车臣。杜达耶夫只是个职业军人，并不是政治家。他“当选”车臣“总统”后所发布的第一个总统令，就是在1991年11月1日宣布车臣为主权独立国家。
此时，随着前苏联的解体，各共和国对苏军遗产的瓜分风起云涌，而苏军最高指挥层也默许甚至鼓励了这种瓜分。在短短的时间里，杜达耶夫获得了大量武器装备，并组织了一支人数多达6万、武器精良的“国民军”。
从车臣宣布独立起，俄罗斯联邦就一直在幻想与车臣通过和平谈判解决问题。1992-1994年，俄罗斯向车臣派出了二十多个代表团，几乎每个月一个，但是谈判毫无结果。杜达耶夫以车臣的独裁者自居，在一些场合都把俄罗斯联邦称作“外国”，派出的谈判代表都是车臣“外交部”的官员，谈判的大门就这样被堵死。1994年3月24日，关于车臣地位的谈判最终破裂。
此后，莫斯科开始把注意力转向主张车臣留在联邦内的车臣反对派武装，并给予支持。但反对派武装与杜达耶夫的“国民军”相比实力悬殊，虽一度攻入首府格罗兹尼，却很快被杜达耶夫武装全歼。叶利钦和俄罗斯联邦政府面临最后的抉择——如何维护俄罗斯的主权完整？
1994年11月29日，叶利钦总统发布命令，要求杜达耶夫与反对派四十八小时内停止战斗，否则俄罗斯联邦政府将采取断然措施。杜达耶夫冷言拒绝了叶利钦的最后通牒。12月11日，叶利钦签署《解除非法武装和在车臣境内恢复宪法法律制度》的命令，同一天早晨7点，俄罗斯联邦武装力量和内务部队3万余人从西部、西北和东部三个方向朝格罗兹尼开进。第一次车臣战争由此爆发。
第一次车臣战争恐怕是叶利钦在任期间俄罗斯最惨痛的回忆之一。且不说这场战争最后以失败告终，俄罗斯军队和俄罗斯政治家在这场战争中的表现也成为全世界的笑柄。全世界都明白了从前那个超级大国已经沦落到了何等程度，俄罗斯的国际地位一落千丈。
第一次车臣战争令俄罗斯军队颜面尽失。尽管俄军最终从军事上占领了车臣全境，但损失之大令人咂舌，表现出的种种问题更足以让俄军羞愧难当。第一次车臣战争是叶利钦和国防部长格拉乔夫主导下的战争，这次战争一开始在俄罗斯国内并不受欢迎。俄罗斯国内反战声浪不断，除了11名将军联名上书反对出兵、2名国防部副部长因反战被解职之外，很多俄罗斯军官一开始就认为这场战争是政府的“非正义的政治冒进”，俄军中相继有540名军官以退休表示对车臣战争的抗议。而随后的停火谈判又阻止了俄罗斯军队的进一步努力，这令俄罗斯军人极度愤慨，认为自己被叶利钦当局出卖了。叶利钦的表现更差。车臣作战只有速战速决，才可能尽快稳定局势，而叶利钦从一开始就偏离了这一原则。战争中，俄军行动迟缓，打打停停，一直试图以压求和，结果导致第一次车臣战争在取得军事上的总体优势之后，还是以政治解决了局。
第一次车臣战争中，俄军总共动用兵力达到5.8万人，涉及四大军种、五个军区和三个舰队。动用了如此规模的兵力，事先却没有相应的作战预案和行动计划。俄罗斯国防部长、内务部长、边防军司令同时给所属部队提要求、做指示，严重干扰了战场指挥官的指挥，增大了各部队间的协调难度。当时俄军强攻格罗兹尼，预定由4个军队集群从北、西、东三个方向协同进攻。但东线集群进攻受阻后，竟擅自撤回到出发地，预定实施空降的部队按兵不动，内务部队也没有完成预定的协同任务就停止了攻击，结果按时进抵预定地域的北线集群131摩托化步兵旅和西线集群81摩托化步兵团成了孤军，损失极为惨重。
由于前苏联解体后俄罗斯经济濒临崩溃，俄罗斯的军费紧缩全世界有目共睹。车臣危机持续三年之久，俄军的战前准备却严重不足。参战部队战前准备不足三天，60%的参战部队是在开进途中临时编组的，计划中的装甲车辆五分之一没能按时到位，物资短缺，保障不力。军费紧张的部队极度缺乏训练，有些新兵连枪都不会用。
物资短缺的另一个原因，是动荡时期的俄罗斯军队里令人深恶痛绝的腐败现象。许多后勤保障物资甚至装甲车辆被后勤军官私下倒卖，根本没有被送到车臣前线。前线俄军官兵大都面临欠饷，少的数月，多的已经一年没有领到军饷。后勤物资被盗卖，车臣前线俄军官兵有时连最基本的焖肉罐头和大麦粥都吃不到。更有甚者，在格罗兹尼惨烈的巷战中，像防弹背心、止血带和止痛药这些东西都缺乏。俄军空降部队在投入战斗之后，一周之内得不到任何补给，47人向车臣非法武装投降，内务部特种部队60人中途开小差。在苏联时代，空降兵、内务部特种部队都是军中之精锐，他们尚且如此，更何况其他部队。
车臣前线的俄军还遭遇了临阵换将的兵家大忌。战争伊始，前线总指挥、第一代理司令拉罗茂夫上将主动提出辞呈，因为妇女儿童还没有撤出攻击地区，所以他不能开战。俄军第76空降师师长巴彼切夫少将在大量民众围堵的情况下命令部队停止了前进，从而被解职。距离格罗兹尼只有35公里的第19摩托化步兵师也不愿意继续前进，因为车臣大量平民希望他们不要开火，师长因而遭到撤换。整个第一次车臣战争期间，先后有5名俄军前线将领因各种原因遭到撤换，俄军因此军心浮动，后果难以估计。
对俄罗斯军队最致命的伤害是宣传战。杜达耶夫反复宣传车臣民族抗击俄军的正义性，将其上升到捍卫车臣民族独立和民族基本价值的高度，更提出了“圣战”的口号，获得了车臣绝大多数民众的支持。“民主”的俄罗斯联邦政府没有管束住各路记者，使得俄罗斯境内外各色媒体，不论报纸杂志还是电视台记者都在车臣战场上自由采访，结果曝出来的各种反俄宣传让莫斯科毫无招架之力。雪上加霜的是，车臣反政府武装新闻官极度欢迎各路媒体，经常在后方招待各方记者。当俄罗斯公众在报纸电视上看到前线的情况时，叶利钦政府的支持率与俄军伤亡率成反比。父母害怕孩子被打死，一些士兵的母亲甚至组织起来去车臣要回自己的儿子。各色反俄宣传弄得俄军形象奇丑无比。
根据俄罗斯国防部统计，截至1996年8月30日，在这场车臣战争中，俄军阵亡2837人，伤13270人，失踪337人，被俘432人。俄军损失飞机5架、直升机8架、装甲车辆超过500辆，直接经济损失约50亿美元，车臣武装分子则死亡1.5万人以上。不过，有西方媒体估计俄军的死亡人数超过万人。
不过俄军在第一次车臣战争中也有精彩的表现。1996年4月21日晚，车臣“总统”杜达耶夫在格罗兹尼市西南约30公里以外的旷野使用卫星电话，与在俄罗斯和车臣之间斡旋的使者通话，立即被俄罗斯特别行动小组侦破，并迅速锁定了杜达耶夫的位置，通过卫星定位，然后将准确无误的数据传给二十四小时枕戈待旦的空军。俄军战斗机即刻向目标发射自动定位的空对地导弹，杜达耶夫顿时化为灰烬，前后不过几分钟。杜达耶夫死后，叶利钦一度欣喜若狂。
杜达耶夫死后，叶利钦委派联邦安全会议秘书列别德与车臣新领导人谈判。最终，俄罗斯联邦政府同车臣签署《哈萨维尤尔特协议》，这项协议给了车臣高度的自治权利，宣布双方无条件停止使用武力或以武力相威胁，并以此作为谈判和政治解决车臣问题的基础，车臣地位问题推迟五年，于2001年底以前予以解决。1996年12月19日，俄罗斯政府宣布，原定常驻车臣的俄罗斯陆军101旅和205旅全部撤出车臣。第一次车臣战争宣告结束。
达吉斯坦烽烟——普京的第一个军事胜利
1997年1月27日，车臣共和国举行总统大选，签署《哈萨维尤尔特协议》的车臣谈判代表阿斯兰·阿利耶维奇·马斯哈多夫击败对手沙米尔·巴萨耶夫，当选为新的车臣总统。
马斯哈多夫在哈萨克斯坦出生，在车臣人被放逐的年代长大。1957年，他随父母返回车臣。1969年，马斯哈多夫参加苏联军队，1972年从格鲁吉亚首都第比利斯高级炮兵学校毕业，进入远东军区服役。二十年间，马斯哈多夫先后在驻远东、匈牙利和立陶宛等地的苏军部队任职，军衔逐渐升为上校，成为某炮兵师参谋长。1991年，马斯哈多夫在其驻扎地立陶宛抗命，反对武力镇压立陶宛独立运动。1992年，经费紧张的俄罗斯军队大幅缩编，马斯哈多夫退役回到家乡。这时，他已经获得了两枚“为祖国服务”勋章，并终身享有上校军衔。在车臣，他是地位仅次于杜达耶夫的前苏军高级军官。杜达耶夫宣布车臣独立后，马斯哈多夫参加了车臣反政府武装，担任车臣“国民军”总参谋长。马斯哈多夫与杜达耶夫一道组建起“国民军”，他本人则更擅长用兵，为抗击俄罗斯军队的进攻立下了赫赫战功。1996年4月，杜达耶夫被俄军“定点清除”，马斯哈多夫成为车臣非法武装最高领导人。1996年7月，马斯哈多夫不顾巴萨耶夫等其他车臣非法武装头目的反对，开始与俄罗斯联邦政府谈判。在谈判过程中，他显得较为温和务实，被视为车臣非法武装领导人中温和派的代表。8月底，马斯哈多夫以车臣全权代表的身份与俄罗斯联邦政府全权代表列别德签署《哈萨维尤尔特协议》，结束了车臣战争。
叶利钦对马斯哈多夫寄予很大希望。马斯哈多夫当选后，叶利钦亲自致函祝贺，并委派俄罗斯国家安全会议秘书雷布金出席马斯哈多夫的就职仪式。俄方对马斯哈多夫当选车臣总统表示满意，重申了和平解决危机的方针。但马斯哈多夫坚持认为，车臣是独立国家，与俄罗斯的关系必须建立在国际法准则基础上。
1997年5月12日，马斯哈多夫率代表团回访莫斯科，与叶利钦会晤。双方在克里姆林宫签署了《和平与相互关系原则条约》，马斯哈多夫还与俄罗斯总理切尔诺梅尔金签署了经济和财政协定。按照上述协议，俄罗斯联邦政府开始实施车臣恢复正常生活的基础设施建设，为其提供资金，发放退休金和工资，恢复国民经济建设项目，重新开通铁路、公路和民航，赋予车臣经济开发特区地位，实行优惠政策。而石油开采、加工和供应过程及全部收入由车臣政府自行掌握。
协议签订，俄罗斯舆论大哗：这就是经过两年战争后收回来的车臣？
事情已经十分明显，俄罗斯联邦政府希望通过马斯哈多夫政权实现民族和解、避免国家分裂的计划再度流产。不过，马斯哈多夫的车臣独立道路总算是稳健而缓慢的，但这已经足以为他招致其他车臣反政府武装领袖的强烈不满和反对。其中最激烈的反对者便是他的总统竞选对手，布琼诺夫斯克人质事件的制造者——沙米尔·巴萨耶夫。
巴萨耶夫1965年出生在车臣南部的维捷诺山区，1982年中学毕业后应征入伍，在莫斯科的苏军空军总司令部担任两年消防员。退役后考入莫斯科土地规划学院，就读土地管理专业。据说他在校期间足球踢得不错，二年级时因成绩太差遭校方开除。当时正值戈尔巴乔夫的市场化改革初期，离开学校的巴萨耶夫在莫斯科开了一家中介公司，很快他就在这方面表现出过人的才能，成为在莫斯科的车臣人中的大亨。但他对政治的兴趣远大于商业，1991年杜达耶夫宣布车臣独立给了他梦寐以求的机会。1991年11月，巴萨耶夫第一次实施恐怖活动，挟持一架从俄罗斯飞往土耳其的图-154型客机，向俄罗斯政府施加压力，迫使其放弃对杜达耶夫的干预。此事令杜达耶夫对他大为赏识，任命他为车臣共和国总统卫队指挥官。
1992年格鲁吉亚内战爆发，阿布哈兹以武力谋求从格鲁吉亚独立。8月，巴萨耶夫率领第一批车臣志愿者进入阿布哈兹。由于骁勇善战，几个月后他成为“阿布哈兹共和国国防部副部长”，负责组织、协调和直接指挥来自14个国家的上万名“志愿者”。后来借助杜达耶夫的支持，他甚至当上了“高加索山地民族联盟军队总司令”。阿布哈兹的经历，让巴萨耶夫获得了山地游击战的丰富经验。1994年2月，巴萨耶夫从阿布哈兹返回车臣，旋即前往阿富汗，在阿富汗圣战武装的训练营里受训，系统学习游击战。
1994年第一次车臣战争爆发后，巴萨耶夫回到车臣，指挥车臣“国民军”侦察部队。他率领侦察部队避开正面战场，潜入俄军后方，袭击俄军指挥机构和后勤补给线，给俄军制造了很大麻烦。1995年6月14日，就在俄军攻下车臣非法武装最后据点沙托伊的当天，巴萨耶夫率一支100余人的敢死队潜入俄罗斯联邦南部斯塔夫罗波尔边疆区的布杰诺夫斯克市，在这个仅有5万人口的小城中劫持了1400多名人质，将他们集中到当地医院看管，人质中包括500多名医院的病人。巴萨耶夫的敢死队数次击退俄罗斯特种部队的进攻，迫使俄罗斯联邦政府总理切尔诺梅尔金直接与巴萨耶夫通话，接受巴萨耶夫的谈判条件——停止在车臣的一切军事行动。最终，布杰诺夫斯克人质事件持续六天，126名人质死亡，200多名人质受伤，布杰诺夫斯克直接经济损失达1710亿卢布，而巴萨耶夫竟然率敢死队成功撤入达吉斯坦山区，全身而退。
在出发劫持人质前，巴萨耶夫就已经与部下们一起，按照车臣当地习俗为自己举办了葬礼。在车臣战争中，巴萨耶夫有11名亲人被俄罗斯军队打死，他发誓要向俄军复仇。俄罗斯媒体称他为“复仇狂”“狂热的民族主义者”和“车臣经验最丰富、最残酷无情的战地指挥官”。不过什么称呼都比不上他本人最喜欢的绰号——“高加索狼”。
巴萨耶夫是车臣人心目中的“英雄”，在1997年1月27日的车臣大选中，他虽败给马斯哈多夫，却得到了近10万张选票，得票率高达23.5%。在车臣独立的路线图上，巴萨耶夫与马斯哈多夫存在根本分歧。他与其他一些车臣非法武装头目一起组成了马斯哈多夫的反对派，掌握了车臣至少三分之二的武装力量。巴萨耶夫要以自己的方式实现车臣的完全独立，即便手段是恐怖主义也在所不惜。
就这样，巴萨耶夫在车臣境内制造了一系列绑架俄罗斯联邦政府官员的恐怖活动，就连出面斡旋的马斯哈多夫本人都两次险遭暗杀。马斯哈多夫终于明白自己无法控制车臣局势，公开向巴萨耶夫屈服。不过这时巴萨耶夫的眼光已更为长远。车臣已经不能满足他的胃口，他将目光投向了车臣的邻邦——达吉斯坦共和国。
“达吉斯坦”即突厥语中“山川之国”的意思。达吉斯坦共和国位于俄罗斯最南部，东邻里海，北邻卡尔梅克共和国，西邻斯塔夫罗波尔边疆区和车臣共和国，西南毗邻格鲁吉亚，南部与阿塞拜疆接壤。达吉斯坦共和国是俄罗斯联邦主体之一，属北高加索联邦区。这里是可萨汗国发源地，也是俄国最早信仰伊斯兰教的地方，这里直到今天还有阿拉伯人后裔。达吉斯坦共和国面积5.03万平方公里，人口200多万，有33个民族，均为与车臣人亲缘关系极近的高加索人种，而其中极端的瓦哈比派势力更是在达吉斯坦存在多年。该共和国在第一次车臣战争中扮演了十分关键的角色，当时该共和国大多数人都同车臣分裂分子站在一边。战后车臣事实上的独立给了达吉斯坦极端势力莫大的鼓舞，他们开始效仿巴萨耶夫的做法。1996年11月，达吉斯坦卡斯皮斯克市俄罗斯边防警察居住的一座楼房发生爆炸，造成68人死亡，这成为达吉斯坦恐怖活动爆发的开端。巴萨耶夫从中看到了莫大的机会，他的目标宏大而明确——先帮助达吉斯坦从俄罗斯联邦独立出去，建立一个独立的“达吉斯坦伊斯兰国”，根据伊斯兰教法进行统治，然后将达吉斯坦与车臣合并，建立一个属于高加索人的国家，“解放高加索”。
1999年8月3日凌晨，巴萨耶夫率2000名车臣武装分子乘着夜色，兵分两路从车臣渗透到达吉斯坦，在几乎没有遭遇抵抗的情况下占领了离达吉斯坦首府马哈齐卡拉不远的楚马金区和博特利赫区七个村庄。巴萨耶夫通过自己设立的“伊斯兰电视台”向外界宣布：达吉斯坦共和国已爆发脱离俄罗斯的“民族独立革命”，不久将与车臣合并成立独立的伊斯兰国家。
8月8日，俄罗斯总理斯捷帕申飞往达吉斯坦视察，他表示：“土匪就是土匪，我们应当像收拾土匪那样收拾他们。”不过，当天他即被叶利钦解除职务。第二天，叶利钦签署命令，任命普京为俄罗斯联邦政府代总理。达吉斯坦问题——第二次车臣战争的前奏，成为普京初步执掌俄罗斯权力后面临的第一个挑战。
直到十年后，普京仍能回忆起那个初次面对挑战的时刻：“退回到1990至1991年，我清楚地知道——尽管听起来很自负——人们对军队和特别部门的态度，尤其是苏联解体之后，已经威胁到国家利益。我们很快就要走上崩溃的边缘。如今，关于高加索：今天的北高加索和车臣局势怎么样？这是苏联崩溃的继续。显然，这种局面在某种程度上必须停止。是的，一段时间里，我希望经济增长和民主机制的出现可以缓解这一过程。但时间和经验表明，这是不会发生的。这就是8月份我对局势的看法，当时叛匪正在攻打达吉斯坦，如果你不立刻制止，俄罗斯将不复存在。这是关于阻止国家崩溃的问题。”
于是，普京对达吉斯坦问题的态度异常明确。在俄罗斯国家杜马讨论是否任命普京为正式总理的会议上，普京就处理车臣问题发出了坚定的声音：“俄罗斯领土完整不可能是讨论的问题，而且不可能是和每一个侵害领主完整者讲价钱或进行恐吓的问题。”
8月10日，普京在克里姆林宫与总统叶利钦及有关部门领导人讨论了北高加索形势。普京将达吉斯坦问题与车臣问题放到一起审视：“车臣是一个被匪徒和宗教极端分子占领的地区，是从外部攻击和内部颠覆（俄罗斯）的前哨阵地”，对车臣匪帮“如果今天不动手，明天损失会更大”。“不管车臣匪徒藏在何处，俄军都将把他们消灭”。所以，普京请求叶利钦全权赋予他指挥行动和协调各权力部门的权力。
得到允许后，普京马上开始扭转权力部门的工作局面。他每天都召集这些部门的领导人到自己的办公室，一次次地要求他们把所有资源聚集成一股力量。他还召开了安全委员会扩大会议，在会上他指出，在高加索地区出现践踏法律和恐怖主义行动是不能容忍的，必须采取措施整顿那里的秩序和纪律。普京向新闻界宣布：俄罗斯领导人已向联邦和地方权力机关下达了任务，根除那里产生骚乱的祸根。在达吉斯坦活动的武装分子中有车臣武装分子，俄罗斯政府已经为整顿达吉斯坦的秩序制定了一整套方案，这已经得到叶利钦总统的授权。普京同时宣布成立“恢复达吉斯坦正常秩序军事司令部”。
代总理普京的努力很快见到成效。俄罗斯武装力量总参谋长克瓦什宁抵达达吉斯坦首府马哈奇卡拉，俄军开始出动武装直升机并动用远程大炮，对车臣武装分子的阵地进行导弹袭击和炮轰。8月13日，普京在托木斯克宣布，俄军“针对车臣武装分子的大规模军事行动已在达吉斯坦共和国境内正式展开”。就在当天，从车臣进入达吉斯坦境内的武装分子近150人被打死，300多人受伤。8月14日，俄军在博特利赫和楚马金两个区开始大规模围剿。
8月16日，俄罗斯国家杜马任命普京为俄罗斯联邦政府总理。就在这一天，当俄罗斯联邦方面提出与车臣当局携手打击非法武装分子的计划时，车臣当局断然拒绝了这一建议。车臣总统马斯哈多夫决定，自即日起在车臣全境再度实行为期一个月的紧急状态，其内容包括在边界地区实行通行检查制度和加强部队的战备状态。很明显，“战备状态”要防御的对象不是非法武装，而是俄罗斯政府。
俄军加紧围剿，陆军航空兵一天之内向达吉斯坦武装分子阵地和集结地发动了18次导弹袭击。8月20日，俄军占领了博特利赫地区最重要的制高点，俄空军向车臣武装分子据点发射了16枚导弹。8月25日，俄罗斯军队总参谋长克瓦什宁宣布，盘踞在达吉斯坦的车臣武装分子已被赶回车臣，俄军清剿车臣武装分子的军事行动已结束。据初步统计，进入达吉斯坦的车臣武装分子有2000人，其中约1000名被消灭。俄罗斯军队47名官兵和12名内务部队军人及警察在战斗中牺牲。
普京就这样初露头角，用钢铁般的手腕和决心赢得了属于自己的第一个军事胜利。经此一战，“弗拉基米尔·弗拉基米尔洛维奇·普京”这个名字渐渐为人所知。此后这个名字不再仅仅流传于圣彼得堡，这个名字将属于全俄罗斯。
战争决策——不能让“恶棍在拂晓欢呼”
普京在达吉斯坦赢了第一回合，但将政治目的诉诸恐怖手段是巴萨耶夫的本能。巴萨耶夫决定用另一种方式击败普京——他派出恐怖分子潜入俄罗斯内地，把烈性炸药混在几百吨白糖里运进了莫斯科。
1999年8月31日，莫斯科红场附近的梅尼兹购物中心地下游戏厅发生剧烈爆炸，包括儿童在内的41人受伤。爆炸地点紧邻克里姆林宫围墙，相距不过几米。巴萨耶夫用这种方式宣布——车臣恐怖分子有能力去他们想去的任何地方干任何事。
9月4日，达吉斯坦共和国布伊纳克斯克市发生汽车炸弹爆炸事件，俄军第156旅的五层家属公寓在爆炸中完全倒塌，64人死亡，100多人受伤。
9月9日，莫斯科古里亚诺夫大街一幢九层公寓楼在爆炸中化为废墟，94人死亡，20多人失踪，伤者高达400余人，直接经济损失5亿卢布。俄罗斯总统叶利钦宣布将9月13日定为全国哀悼日，俄罗斯全国降半旗致哀，电台、电视台停止播放娱乐节目，这是前苏联解体后俄罗斯联邦第一个与恐怖活动有关的全国哀悼日。
谁知，就在哀悼日这一天，9月13日凌晨5时许，位于莫斯科交通中心卡什尔大街6号的一座八层居民楼被爆炸夷为平地，楼内还在熟睡的数百人死伤惨重。事后统计，仅死亡者就达70人，这是车臣恐怖分子策划的一系列恐怖爆炸事件中造成伤亡最惨重的一次。俄罗斯报刊对此打出了醒目的头版大标题——“恶魔在拂晓欢呼！”仅仅过了两天，9月16日，俄罗斯南部城市伏尔加顿斯克一幢九层居民楼被炸，恐怖分子通过遥控装置引爆了停放在楼下的汽车炸弹，17人死亡，150人受伤。整个俄罗斯陷入普京的车臣战争一片恐慌，由于广传十几吨炸药不知藏在莫斯科哪座建筑物中随时可能爆炸，全莫斯科人心惶惶，仅9月16日这一天，就有1000多个发现可疑爆炸物的报警电话。车臣恐怖分子更是连续几天在莫斯科到处打恐吓电话，俄罗斯人愈加恐惧。
恐惧之后是愤怒，所有俄罗斯人都被巴萨耶夫的恐怖活动彻底激怒了。俄罗斯前总理切尔诺梅尔金对媒体表示，在打击车臣恐怖分子的行动中“采取日常的预防性措施已经不够了，需要采取强硬的战略性措施，每个俄罗斯公民都有权要求国家领导人采取这样的措施”。亚夫林斯基、久加诺夫、普雷马科夫等政要纷纷表示，应该采取强硬措施对付恐怖主义活动。俄罗斯国家杜马通过决议，认定车臣武装分子入侵达吉斯坦事件是“极具危险性的恐怖活动”“对公民社会的发展和俄罗斯国家政体构成了现实威胁”。为悼念这一系列恐怖事件的死难者，俄罗斯联邦所有政府机构降半旗，各地教堂为死难者举行祈祷仪式。自此，俄罗斯各地领导人、知名人士和普通居民对车臣问题的看法发生了根本性变化，大多开始支持俄罗斯联邦政府关于“护法机构在打击恐怖主义的行动中必须有根本转变”的决定。
这一切正是普京最乐于见到的。他获得了俄罗斯民众和议会的支持，而且已经拟订好了全盘解决车臣问题的计划。在1999年9月14日召开的杜马会议上，普京首次提出了调整车臣局势的一套计划。第一，在与车臣交界的所有地区实行严格的临时隔离办法。但车臣仍为俄罗斯联邦的组成部分，任何损害俄罗斯领土完整的行为将被认为是非法行为。第二，必须对《哈萨维尤尔特协议》的执行情况重新进行公正的分析。分裂主义分子单方面利用1996年达成的这一协议试图解决车臣地位问题，实行国家分裂。第三，彻底消灭达吉斯坦境内的武装匪徒，车臣领导人应该将在车臣境内的匪徒移交俄罗斯方面，否则，俄罗斯军队将被迫越过车臣边境消灭这些武装。第四，建议由被迫生活在车臣之外的更有威信的车臣人组成车臣共和国在俄罗斯的合法代表机构。最后，普京表示只有这一系列措施实施后，才能讨论车臣未来的政治经济地位问题。通过这次会议，普京向世人——表明了他在车臣问题上的强硬立场。
9月16日，普京签署俄罗斯联邦政府《关于反恐怖主义措施的决定》，承诺在全俄罗斯范围内采取特殊的安全措施，保证俄罗斯人能再次安睡在自己床上。
9月19日，俄军开始空袭车臣境内武装匪徒基地，在24小时内击毙了140名武装分子。同时，俄军开始在达吉斯坦与车臣边界地区重新部署兵力，以便封锁边界，切断车臣武装分子再度潜入达吉斯坦的通道。
也就在这一天，普京接受俄罗斯电视台的专访。面对民众，普京第一次对他的车臣政策做了阐述。他评述了车臣局势和俄罗斯领土上的恐怖活动，明确指出：“我们来回忆一下苏联解体和随后发生的一些事件。苏联解体后分离主义情绪高涨，特别是在车臣共和国这种势力具有极强的进攻性。俄罗斯与车臣就相互关系进行了长时间的谈判，但没有取得积极成果。俄罗斯军队一度进入车臣，对此各方反应强烈。在车臣，在全世界，最主要是在俄罗斯的许多地区，人们都把这看作是俄罗斯领导人的帝国野心大发作。
“这样做是对还是错，且不对此做评价，我们现在也不去讨论这一决定的动机是什么。我认为，当时一切和平手段并不是都用尽了。我再说一遍，谁对谁错我们暂且不去下结论。我只想提请你们注意，所有这一切都是在军事失利、缺乏周密的军事行动计划和造成重大人员伤亡的情况下发生的。”
普京的意思传达得清楚而明确——俄罗斯需要再打一次车臣战争。只有在第二次车臣战争胜利的前提下，车臣问题才会按照普京的思路解决。
而对于战争的胜利，普京似乎早有信心。
最后普京强调：“国际反恐怖惯例已经表明，一旦退缩，侵略就会卷土重来，伤亡就会加重，我们别无选择。”他提出俄罗斯联邦政府和地方政府应该团结起来，共同致力于俄罗斯当前的中心任务，即“保护我们的公民，使他们免遭恐怖分子的危害，维护我们国家的完整。”
事实上，第二次车臣战争已经爆发。按照普京的计划，第二次车臣战普京的车臣战争争第一阶段应该是伴随着封锁车臣边境，对车臣的军事和工业设施实施系统的空中打击，然后再发动地面进攻。普京说，不仅要消灭车臣境内的所有恐怖分子，更要“消除他们有可能在那里东山再起的全部条件”。
按照普京的计划，从9月23日起，俄罗斯空军平均每天出动60架次战机，对车臣境内目标进行系统轰炸。同时，俄军继续增兵封锁车臣行政区界，切断车臣与外界的联系，内务部队1200名军人组成的机动旅抵达达吉斯坦。
9月23日，停在格罗兹尼机场的车臣总统马斯哈多夫的专机被俄军飞机发射的导弹击毁。9月24日，俄空军对车臣境内的石油井架、油库、弹药库等目标进行持续轰炸。俄空军轰炸格罗兹尼国际机场和西南部的一座炼油厂，4架战机向车臣卡姆卡拉前军事基地的电视台发射了10多枚导弹，该军事基地已被车臣武装改为了警察总部。9月25日8时30分，12架俄军飞机再次对格罗兹尼和周围地区进行历时30分钟的突袭，摧毁了电视转播塔和移动电话控制中心，车臣境内的通讯中心和其他设施几乎全部瘫痪。俄罗斯军方宣布：自8月3日至9月24日，俄空军在达吉斯坦和车臣采取的打击车臣匪徒的特别行动中，共出动飞机1700架次，击毙车臣匪徒2000余人，摧毁匪徒据点和工事250余个。
9月24日，普京访问刚刚落成的哈萨克斯坦新首都阿斯塔纳，他在记者招待会上对媒体半幽默半严肃地说：“俄罗斯战斗机现在和将来就是要专门打击车臣恐怖分子营地，不管恐怖分子跑到哪里，都要继续下去……我们要到处跟着恐怖分子，在机场，那就在机场干掉他们，很对不起，要是在厕所里抓到，那就拉到茅坑里毙了（另有人翻译成‘塞进马桶’或‘溺死在马桶里’）。说到底是吧，就这样了，这个问题就这么定了。”
9月26日，伴随着俄罗斯战机的轰鸣声，俄罗斯国防部长谢尔盖耶夫首度警告说：“我们已拟妥多种版本的地面行动计划，将视情况实施，我们的主要目标是歼灭匪徒。”
面对普京的强大进攻，9月26日车臣方面宣布，为避免大规模战争，车臣总统马斯哈多夫表示愿同俄罗斯领导人进行建设性政治对话。马斯哈——多夫表示，还有希望通过外交手段和平解决俄罗斯—车臣关系问题。他说：“车臣人民和俄罗斯人民都不希望再发生一场战争。”然而，9月27日普京在克里姆林宫会见叶利钦后对记者说，他已经严厉拒绝了马斯哈多夫。
“先释放被当作人质的俄罗斯公民和其他国家公民”“交出袭击达吉斯坦和在莫斯科等地制造爆炸案的肇事者，然后才能进行全面的谈判。”普京说，“对我而言，和平不仅意味着没有战争，而且意味着车臣人能够在合法政府的领导下，过上没有恐怖活动和罪犯威胁的正常生活。”
同一天，俄军北高加索联合集群副总司令兼东线部队司令根纳季·特罗舍夫中将宣布，悬赏100万美元捉拿车臣头号恐怖分子巴萨耶夫，死活不论。换言之，俄军要以100万美元的悬赏来买巴萨耶夫的人头。这一决定虽然不是由普京亲自宣布的，但显然得到了普京的认可。
事已至此，战争一触即发。车臣武装没有坐以待毙。9月26日，马斯哈多夫主持召开作战司令部会议，批准了格罗兹尼防御计划，并委任巴萨耶夫负责同达吉斯坦毗邻的东部前线军事行动。次日，车臣宣布全民动员，要求平民在各地挖战壕造堡垒。为准备战斗行动，武装分子还建立食品储备，格罗兹尼所有的防空洞都被重新利用。车臣非法武装头目达拉耶夫说，一旦俄罗斯联邦军队进入车臣，“不会再次发生1994年12月那样顺利抵达总统府的事情了”。
开战——建立安全区
1999年10月1日，俄罗斯联邦政府总理普京宣布车臣总统马斯哈多夫及其议会为非法。同日，俄军向车臣发动地面攻势。
俄军从三个方向越过车臣共和国的行政区界，深入到车臣境内达数公里进行部署，以确保车臣与俄罗斯其他地区之间建立一个安全区。 三路俄军中，两路分别通过瑙尔斯基和绍尔科夫斯基进入车臣北部，行军队列普京的车臣战争长达80公里。另一路俄军从因吉舍佳进入车臣西部，朝距离车臣首府格罗兹尼西南部大约30公里的巴穆特挺进。当晚，俄军已深入到车臣境内大约5公里的地方，并且占据了车臣捷列克河以北的部分地区。
10月4日，俄军已攻入车臣境内10公里，并设立了三层安全区。第一条防线由内务部队和武装警察守卫，第二和第三条防线由俄罗斯联邦军队守卫。俄军的任务是对付突破第一条防线的车臣叛军，切断叛军同外界的联系。同时，俄罗斯内务部队占领了车臣的一个叫博罗兹季诺夫斯卡的村庄，这个村庄位于距车臣边界13公里的地方。
10月5日，车臣总统马斯哈多夫签署了关于在共和国实行战时状态的命令，对于车臣来说，这只能意味着一点：战争的开始。显然，这是对俄罗斯联邦的答复。此时俄军已控制了车臣的两个平原地区——瑙尔斯基和绍尔科夫斯基，占领了卡尔加林斯卡等村镇周围的阵地。很快，俄罗斯联邦总统在宪法法院的全权代表米哈伊尔·米秋科夫宣布，根据车臣总统马斯哈多夫的命令在车臣共和国实行战时状态是非法的。他说，根据俄罗斯联邦宪法，只有俄罗斯联邦总统才能宣布实行战时状态。这从法理上对车臣共和国的独立予以了全面否定。
10月6日，俄罗斯内务部队和联邦军队彻底完成了在车臣边界建立安全区的任务，安全区把车臣武装占据的地区同北高加索毗邻地区完全隔离了起来。这标志着俄军已全部完成对车臣行政区界实施封锁任务。俄罗斯国防部长谢尔盖耶夫确认了俄军在车臣执行建立安全区的计划。“这一计划已经得到执行，联邦军队在有些地方越过了捷列克河，有些地方还没有越过。”普京也表示，建立一个保护区是俄军进入车臣的首要任务，但其最终目标是根绝恐怖活动。
俄军在车臣沿途城镇和乡村几乎没受到什么抵抗。在俄军继续东西对进时，车臣当地许多村庄的长老出面，以担保村内没有非法武装并承诺不阻碍俄军的前进为条件，换取俄军不进村。吸取了第一次车臣战争教训的俄军也因为要尽可能避免巷战，故多做出承诺。只有少数几次车臣武装分子占据村庄，抗拒俄军，结果俄军将村庄包围起来，先用炮猛轰至对手——投降为止，再进村扫荡，收缴武器，把村庄交给内务部队，以设立永备据点，然后俄军继续开拔。不过村庄长老的担保也不是每次都管用，有的车臣村庄虽然向俄军做出担保，但是这些村庄里还有武装分子。他们往往白天化装成平民躲过检查，晚上出来袭击俄军。但总的来说这都无关紧要，俄军毫无阻碍地大踏步前进，开向格罗兹尼。
10月7日，俄军已经占领了车臣的三分之一地区。当战线推进至穿过车臣北部地区的捷列克河河岸时，爆发了第一次大规模战斗。俄军的攻击相当迅猛，车臣武装分子很快发现自己难以固守捷列克河。10月11日，俄军首次控制了车臣捷列克河以南部分地区。
在军事进攻的同时，俄罗斯联邦车臣共和国人民议会在莫斯科举行会议，开始组建该共和国最高行政机关——国务委员会，并任命赛杜拉耶夫为委员会主席。随后，为统一对外宣传口径，普京宣布，负责发布有关北高加索新闻的俄罗斯新闻中心成立。他在成立仪式上表示，俄军的最终目标是全歼车臣境内的恐怖分子。普京重复了他关于车臣问题的经典论断：“军事行动虽然会带来损失，但如果今天不动手，明天就会造成更大损失。”
有西方媒体记者当场向普京提出问题——俄罗斯是否会像美国在越南、苏联在阿富汗那样，陷入车臣战争的泥潭？普京肯定地回答：“进行这样的比较本身就是错误的。在这两场战争中都有来自外部的军事干预，这种干预既没有得到干预国人民的理解，也没有得到他们的支持。车臣的情况就完全不同了。车臣并不是一个主权国家，它是俄罗斯领土不可分割的一部分。我们并不是来这里的外国侵略者。我们的目标是将这场军事行动进行到底，直到有一个合理的结局，即把车臣的恐怖分子基地清除掉。”
战局不利，车臣总统马斯哈多夫在10月10日夜提出了停战呼吁：“我们在今天刚向莫斯科发出了停止战争的和平计划，如果能停止战争，哪怕是一天以后、一个小时以后，也应当进行会见。如果明天会见叶利钦，我会提醒他我们过去有协议……”
普京的回答是对此前强硬立场的又一次重复——俄罗斯当局的最终目标是全面歼灭车臣境内的所有匪帮，使他们无法生存，为达到这个目标，俄罗斯政府将使用一切手段。普京立场上没有丝毫余地：“车臣是俄罗斯联邦的领土……我们的武装力量在自己的国土上，是可以在征得国家领导人和俄罗斯联邦政府同意的情况下，想怎样调拨就怎样调拨的。”
10月12日，普京公开宣布，俄罗斯军队将会进一步扩大在车臣共和国的安全区，而且不排除派军进驻首府格罗兹尼的可能性，以便让车臣能够从武装分子手中解放出来。普京不屑地表示，马斯哈多夫提出的停战计划是绝望的表示。例如，马斯哈多夫提出立即停止战斗行动，停止炮击和轰炸，把俄罗斯军队撤出车臣等。因此他严词拒绝了马斯哈多夫的和平计划，普京的立场不变：“先交出袭击达吉斯坦和在莫斯科等地制造爆炸案的肇事者，然后才能进行全面的谈判。”在普京眼中，马斯哈多夫不愿放弃与土匪们的联系，包括与巴萨耶夫的联系，是他自己走进了死胡同。普京说，在与“恐怖主义病毒”的斗争中，将扩大“防疫区”。
与普京的讲话相呼应，俄军在车臣韦杰诺、诺扎伊尤尔特、古杰尔梅斯和纳德捷列奇诺耶等地，用飞机和大炮对武装分子的聚集点和装备进行猛烈轰击，车臣武装分子的指挥站、基地和仓库，以及距格罗兹尼30公里处的石油井架被炸毁。普京的态度如同炮弹和导弹，给了车臣武装重重一击。
10月15日，俄军在北高加索地区展开的第一阶段军事行动结束，在车臣三分之一土地上建立安全区的任务已完成，俄军共有47人阵亡，33人负伤，车臣恐怖分子近2000人被击毙。针对车臣非法的军事行动，从10月16日起转入第二阶段，俄军的目标直指车臣首府格罗兹尼。
10月16日，俄军先头部队已进军到距格罗兹尼市只有20公里的地方。为了配合俄军在战场上的节节胜利，普京又开始从心理上瓦解对手。一方面，普京指示俄军北高加索联合集群总司令维克托·卡赞采夫上将对外宣称，不排除同车臣总统马斯哈多夫进行和平谈判的可能性。同时普京又强调：俄罗斯对恐怖分子的立场并没有变化，即他们应当被消灭。
另一方面，普京又放出风来说，俄罗斯联邦政府可能对不再同联邦军——队对抗的车臣武装人员实行大赦。同时，普京又在媒体面前承认，俄罗斯联邦政府从1999年初，已向车臣提供了2亿多卢布资金，这些资金应当用于向领取预算部门工资的工作人员和低收入者发放退休金、工资和补贴。但是，普通车臣人根本就没得到，“资金被匪帮掠夺了”。一年前，同样数额的资金也消失在车臣的“黑洞”里。普京说，在过去三年半到四年中，俄罗斯政府每个月都向车臣共和国政府划拨资金，用于发放退休金和工资。“但是，车臣老百姓连一戈比都没得到”。
随后，普京又宣布俄罗斯政府在车臣的主要任务，是在那里恢复正常的和平生活。10月17日，他在接受俄罗斯电视台“明镜”节目采访时说：“我们将在车臣共和国使学校复课，医院恢复工作，开始发放工资、退休金和补贴。”“这就是俄罗斯联邦政府驻车臣共和国代表尼古拉·科什曼将要做的工作。”科什曼将负责安全区乃至整个车臣共和国的经济和社会问题。普京说：“所有联邦资金将通过他提供给车臣。我们相信，他会使这些资金最终送到那些应该得到的人手中。”
普京的个人魅力让他的政治攻势效果显著，大批车臣普通民众对马斯哈多夫当局由支持转为唾弃。在发动政治攻势的同时，俄军仍不断向前推进。10月18日，俄军巩固了距格罗兹尼18～20公里处的阵地，完全占领了战略高地并控制了通向格罗兹尼的所有道路，个别部队离格罗兹尼只有5～6公里。截至10月中旬，俄军在车臣共有178名军人阵亡、400人受伤，而车臣武装分子的损失超过2500人。
普京最大威力的政治攻势和个人魅力展示采用了另一种让所有人难以想象的方式。10月20日，正当人们普遍猜测俄军正在策划对格罗兹尼发动地面战之际，普京出人意料地抵达车臣北部，这是普京第一次亲自视察车臣战地。
当时，俄罗斯政府内部开始有人担忧第二次车臣战争的经费问题。俄军在第二次车臣战争中，大量运用空中打击，并使用先进的导弹和精确制导炸弹，使战争成本明显增大，本来就捉襟见肘的俄罗斯军费开支更显不足。据非官方渠道报道，俄罗斯1999年几乎所有额外的预算收入（据预测普京的车臣战争为500亿～800亿卢布）都被用于这场战争。另外，俄军在车臣建立安全区耗资巨大，每建立1平方公里就需要大约10万美元，仅建立安全区一项到年底就要花费2亿～6.5亿美元，饱受经济危机打击的俄罗斯经济因此雪上加霜。
在车臣战地，普京向外界回答了这个问题：“无论如何，我们不会使我们的经济变成军事经济或军事化经济。但是，国防始终是我们的优先发展方面，它在预算中始终是占第一位的。为国防建设已经拨了很多钱，对已拨资金可以进行重新分配。”普京的最后一句话更是让俄罗斯人兴奋不已，让西方军事观察家们毛骨悚然——“俄罗斯的核遏制力量不会受到任何损失。”
然后，普京对当地村民表示：“俄军将战斗到底”“我们将决定车臣的地位问题，通过投票，但只能在消灭匪帮的情况下才能做到。”
在俄军高加索空军基地的一个大帐篷里，面对俄军前线高级指挥官们，普京举起一杯伏特加。他建议为俄罗斯军队同车臣武装分子的斗争取得胜利、为饱受战争创伤的高加索地区实现持久和平干杯。就在15位将军举起酒杯准备一饮而尽的时候，普京猛然放下了酒杯。据当时在场的几个人描述，普京说：“伙计们，当这一切彻底结束时，这块土地上不再有歹徒的时候，我再喝这杯酒。”将军们也随之放下了酒杯。
普京这一系列做法为自己在俄罗斯军队中赢得了空前的声望。俄军北高加索联合集群总司令维克托·卡赞采夫上将说：“弗拉基米尔·弗拉基米尔罗维奇（普京）现在是很多人追随的偶像。我对此毫不犹豫，而且争先恐后。俄罗斯人受人羞辱，向人乞讨，所有俄罗斯人对这一切都受够了！”俄军退役上校、莫斯科军事分析家亚历山大·田林说得更直接：将军们向克里姆林宫发出了明确信息——别干涉我们的普京！
第一次车臣战争中俄军内部的意见分歧和来自克里姆林宫的政治障碍，在第二次车臣战争中全部不复存在。俄罗斯媒体评论，普京担任总理后几乎把全部精力都放在车臣事务上，他的所有公开讲话几乎都与评价军事行动和俄军推进计划有关。普京有意无意间在俄罗斯民众心目中树立了——一个实际的最高统帅的角色，他已经完成了向“军事总理”的转变。这为普京在俄罗斯军队中赢得了空前的声望，普京已经成为俄罗斯军队尤其是军官们的希望和支柱。
“持续攻击”——格罗兹尼巷战
10月26日，10万俄军从西、北、东三个方向朝格罗兹尼合拢，将格罗兹尼团团包围。同日，第二次车臣战争开始以来最激烈的战斗爆发。激战在格罗兹尼北面距市郊约4公里处进行，俄军的火炮已经可以轰击格罗兹尼市区。俄军特种部队还潜入格罗兹尼郊区，开始为100万美元的悬赏搜索捕杀“高加索之狼”巴萨耶夫。
同时，俄军还控制了斯捷普诺耶、阿扎马特尤尔特、卡季尤尔特、下格尔泽利等居民点，接近车臣第二大城市古杰尔梅斯郊区。10月27日，俄罗斯国防部宣布，被武装分子占据的车臣地区已被分割成了三个部分。尽管车臣非法武装损失严重，但他们还在加紧抵抗俄军向车臣纵深的推进。情报显示，他们在格罗兹尼设置了环形防御阵地。街道和楼房被改造成武装据点，人力和物资正向那里集结。
11月12日俄军占领了古杰尔梅斯。11月13日，俄军装甲部队连夜自西面进入格罗兹尼，占领了其通往外界的一条主要公路的交叉口。11月20日，俄军的军事压力和普京的政治攻势相配合收到了最大战果：车臣阿奇霍伊—马尔坦区的居民向俄军交出自己的武器和弹药。该区政府和长老表示，居民愿意加入民兵部队同车臣匪徒作战。
对于前线的俄罗斯士兵来说，这次车臣战争与第一次车臣战争不一样了。俄军的后勤供应程度比上次战争好了不少，士兵们丰衣足食。粮食补给情况比上一次大有改进，焖肉罐头和大麦粥充足，士兵没有像上次那样饿着肚子打仗。而且士兵们还涨了薪水，一线俄军士兵可拿830～850卢普京的车臣战争布，军官月薪1000卢布。俄罗斯当局还吸取了第一次车臣战争中宣传战的教训，下令只有拥有俄罗斯联邦政府授权的记者才可进入战区，而且俄军还派出部队护送记者。为求保险起见，有段时间里俄罗斯政府严禁记者接触任何俄军部队。比起第一次车臣战争时报纸头版上满篇的车臣非法武装头目专访，这次报纸上则更多地出现了俄军指挥官和士兵们谈论如何成功粉碎车臣恐怖主义的报道。俄罗斯官方十分避讳称这次军事行动是“战争”，而代之以“反恐行动”，并使其成为俄罗斯媒体的通用称呼。巨大的压力让车臣非法武装一步步陷入崩溃。
11月23日，普京与总统叶利钦开完会后接受俄罗斯ORT电视台访问，他又说出一句令车臣非法武装备感绝望的名言：“我们绝不放松攻势，我们将持续攻击。”
巨大的压力之下，车臣非法武装头目在对形势的估计及制订行动计划方面产生了严重分歧。巴萨耶夫和哈塔卜坚决要求采取恐怖破坏活动的战术，马斯哈多夫和乌杜戈夫则主张依靠国际社会的支持和帮助，用政治手段取得胜利。不过现在都晚了，11月28日，俄军切断了格罗兹尼与非法武装控制的车臣其他地区之间最后一条重要供应线，夺取了格罗兹尼和乌鲁斯—马尔坦之间的公路控制权。12月2日，俄军攻下车臣第三大城市阿尔贡。至此，俄军击毙车臣武装分子达4500余人，控制了车臣60%以上的地区，且重新建立起效忠俄罗斯联邦政府的车臣基层政权。
12月4日，俄军北高加索联合集群总司令卡赞采夫上将宣布：“截至今日，联邦军队已完全实现对格罗兹尼的包围，解放格罗兹尼只是时间问题。”
12月6日，俄罗斯空军战机再一次飞临车臣首府格罗兹尼，但这一次投下的不是炸弹而是传单。这些传单是俄军指挥部发出的最后通牒。传单为格罗兹尼市民画出了撤离路线图，告诫城内居民，如果未在12月11日之前经由“五一村”这道安全走廊逃离格罗兹尼，将会被视为恐怖分子而予以消灭。
此时，普京面临的最大压力不再是来自战场上的车臣非法武装了，而是来自西方国家的外交压力。
俄罗斯从在车臣开始军事行动的第一天起，就承受着来自西方的巨大压力。西方媒体在报道有关车臣新闻的时候，很少使用“匪徒”“恐怖分子”等俄罗斯媒体常用的字眼，而是经常用“战斗队员”“起义者”等中性概念。第二次车臣战争爆发后，至少十几万车臣人逃离家园，与车臣毗邻的印古什和达吉斯坦两个共和国集聚了12万以上的车臣难民。俄军对后方安全区内的车臣人不敢掉以轻心，在车臣北部设立“过滤营”扣留审查可疑人员。西方国家惊呼：第二次车臣战争造成大量平民伤亡，引发了“难民潮”，车臣境内出现“人道主义灾难”。高加索问题国际化倾向明显，西方主流舆论开始要求俄罗斯停止车臣战争和“种族清洗”，呼吁俄罗斯联邦政府与车臣当局恢复政治谈判。
美国首先出来批评俄罗斯的行动违反了1990年欧洲常规裁军条约。美国务院发言人鲁宾说：“俄罗斯所部署的武器已经远远超出了装甲车辆和战斗武器范畴所限制的数量。”他表示，俄军在车臣的行动违反了日内瓦国际公约，要求俄罗斯联邦政府停止战争，与车臣当局对话。
到了1999年11月中旬的欧洲安全合作组织首脑会议上，俄罗斯与西方在车臣问题上的矛盾更加激化。会议在土耳其首都伊斯坦布尔召开，美、英、法、德等国批评俄罗斯在车臣的军事行动，称“战争无助于反对恐怖活动，它只能使恐怖活动更为猖獗”。但是在普京的强力支持下，俄罗斯总统叶利钦的态度陡然强硬起来。他在与法、德两国领导人会晤时仅仅三分钟就拂袖而去，随后愤然提前退出了会议，态度之强硬大大超出了与会各国首脑们的预料。在俄罗斯的坚持下，欧安组织首脑会议宣言中只“轻描淡写”地涉及了车臣问题。俄罗斯舆论认为，俄罗斯在与西方近距离的交手中，“先赢了伊斯坦布尔一局”。
12月6日，正当俄军向格罗兹尼市民发出最后通牒的时候，美国总统克林顿再次针对普京的车臣政策发出最强烈的批评。克林顿在白宫发表人权演说时表示，俄罗斯的最后通牒已威胁到车臣无辜平民百姓的生命。克林顿说，俄罗斯将会为其行动付出惨痛代价，这种行为只会强化极端主义，降低莫斯科的国际地位。欧盟外长会议亦在一项声明中谴责俄罗普京的车臣战争斯，并表示正考虑拒绝与莫斯科签署若干合作协议。已获俄罗斯同意即将造访车臣的欧洲安全合作组织秘书长沃勒贝克，也敦促莫斯科不要执行其最后通牒。英国外交大臣罗宾·库克说：“假如俄罗斯不尊重基本的人道准则，西方就不会继续援助俄罗斯。”他说，除非俄罗斯解除威胁，否则他希望欧盟各国政府首脑在12月10日至11日的赫尔辛基首脑会议上，“斟酌”对俄罗斯社会给予经济援助的前景。
面对国际社会的指责，普京专门撰文阐明态度。他在文章中写道：“我要求你们先暂时撇开来自高加索的耸人听闻的新闻报道，想象一些比较安宁的情形——普通的纽约人或华盛顿人正在他们的家中进入梦乡，然后，刹那间，数百人在水门大厦或曼哈顿西部的一座公寓楼发生的爆炸中丧生。数千人受伤，一些人身体残缺不全。社区乃至整个国家陷入恐慌之中。”普京说：“俄罗斯人不必去想象这样的大灾难。我们的莫斯科和其他地方的300多名公民今年早些时候便遭此厄运。当时，恐怖分子引爆的炸弹炸毁了五座公寓大楼。”普京回忆，当美国驻非洲的两座大使馆挨炸后，美国很快就派出飞机去轰炸苏丹和阿富汗境内可疑的恐怖分子目标。普京说：“当恐怖分子发动袭击时，没有任何一个国家的政府可以袖手旁观。保护其公民不受威胁是所有政府的神圣职责。”
最后，普京得出结论：“当一个社会的核心利益受到暴力分子的围攻时，负责任的领导人必须采取对策。这就是我们在车臣所要达到的目的，我们决心达到这个目的。”
12月8日，俄军炮兵和空军对格罗兹尼、沙利、阿夫图拉、共青村、乌鲁斯—马尔坦等居民点附近的15个地区的侦察目标、武装分子集结地、武装分子基地、仓库，以及奇什卡地区的卫星通信站再次进行轰炸。此时，在车臣7个地区的119个居民点中，俄军已从车臣非法武装手中夺取了98个居民点。12月13日，俄军攻占格罗兹尼市西北郊区，而俄军特种部队早已突破郊区，开始在格罗兹尼市区内活动。12月19日，俄军占领格罗兹尼民用机场，这标志着俄军完全控制了格罗兹尼郊区，又一场巷战近在眼前。
12月25日，俄军开始攻击格罗兹尼市区，惨烈的第二次格罗兹尼巷战就此开始。从当日零时起，俄军战机投下数十枚炸弹，炮兵也向车臣非法武装阵地倾泻炮弹。在俄军的猛烈炮火下，车臣非法武装只能隐蔽在掩体里，俄军和亲莫斯科的车臣民兵开始从地面向格罗兹尼市中心逼近。俄军的进攻战术比1995年时大有提高，他们采取分割片区、多路并进、立体合围、留出通道的方法，由特种部队和空降兵编组成“强击群”，逐条街道、逐幢建筑反复争夺、清理。格罗兹尼市内的车臣武装分子还有2000多人，所以俄军的挺进十分谨慎。有情报显示，战区内有化学地雷、毒剂桶和毒气罐，内装氯气和液氮，很可能还有低当量放射性废料，据称是车臣武装分子从格罗兹尼附近的医用废弃物处理设施内偷来的。为此俄军给士兵下发了防化装备，还派出专业防化部队进入格罗兹尼。所幸，市区内没有发现化学武器，市郊的医疗废物处理设施被置于俄军严密控制之下。不过，在格罗兹尼市区石油和石化设施内进行的战斗，导致了石油泄漏和起火，造成了工业污染，俄军的防化装备还是派上了用场。
巷战中俄军付出的代价沉重。俄军第506摩托化步兵团在粉碎格罗兹尼的外围防线时损失了近四分之一的兵力，随后该团不得不撤出战斗，由另一个团接手。接手的团在接下来的巷战中损失同样惨重，该团三分之一的军官伤亡。有报告称，俄军半个师的军官死伤于巷战中。其他部队伤亡也不小，每个在12月进入格罗兹尼市区作战的内务部队连队经过一个月的战斗之后，兵力均从50人左右减至20～25人。
车臣非法武装方面损失更大。到12月31日深夜，车臣非法武装共有7名战地指挥官被俄军击毙。与此同时，俄军空降兵部队攻入车臣南部山区，切断了那里的车臣非法武装与格罗兹尼同伙的联系。随着新世纪的到来，第二次车臣战争成为名副其实的世纪之战，俄军与车臣非法武装一道在格罗兹尼的废墟中迎接了未知的千禧年。
12月31日上午，叶利钦总统的车队从莫斯科市郊的总统官邸“高尔克9号”来到克里姆林宫。他签署了关于俄罗斯联邦2000年预算的命令和关于俄罗斯联邦总统选举法的命令，接着就与普京谈话。这是一次历史性的普京的车臣战争谈话，因为叶利钦告诉普京——今天他将辞去总统职务，由普京接任。
这样重大的决定当然不是叶利钦临时做出的，为此叶利钦也曾进行过准备。多年后叶利钦如此回忆：“我和普京谈过两次。起初他没有接受我的建议，他说‘这对我不合适’。过了两周，我又把他请来。这一次他表示同意。我说：‘我把这个重任交给你。’普京至今记着这句话。我没有为自己向他提出任何条件和请求。就国家未来的政策我们谈了很多。当时不可能预见到一切。形势发生了变化，总统有权修改政策，我们没有原则上的分歧。”
但当这个时刻真正来临时，普京显然还是为此做了一番挣扎，他意识到整个国家的重任都落到了自己的肩上。他请求叶利钦不要辞职，而是干完这个任期，因为他需要时间积累经验。但是叶利钦告诉普京——决定已经做出了。
谈话之后，电视摄制人员录制了叶利钦对俄罗斯人民的新年讲话。接着叶利钦继续与普京谈话，叶利钦把宪法文本和总统权力的象征——祖国一级勋章交给了普京。然后，便是许多俄罗斯人在电视新闻画面中都看到过的那一幕——叶利钦引导普京进入总统办公室，对普京说：“这里以后就是你的办公室。”紧接着，叶利钦把控制俄罗斯庞大核武库的核密码箱交给了普京。最后，叶利钦告诉普京——“照看好俄罗斯”，然后便转身离开了克里姆林宫。
俄罗斯公共电视台播放了叶利钦的新年讲话：“今天，我最后一次作为俄罗斯总统向你们发表讲话。我已经决定，在即将过去的一个世纪的最后一天辞去总统职务……根据宪法，我在决定辞职时签署了把俄罗斯总统职权交给政府总理普京的命令。在未来三个月时间里，他将是国家元首，三个月之后将举行总统选举。”
就这样，普京成为俄罗斯联邦代总统。而没有人能想到，代总统普京在千禧年中的第一天居然要在车臣战地度过。
1999年12月31日午夜，电视中播放了代总统普京向俄罗斯人民发表新年贺词的录像。节目播出时，普京已与夫人柳德米拉飞往车臣，去慰问正——在那里作战的俄军官兵。车臣恐怖分子已经开始扬言要针对普京制造恐怖事件，“干掉那个莫斯科新来的傻小子”，但普京对此毫不理会。
那天，普京及夫人一行分乘3架飞机前往车臣第二大城市古杰尔梅斯。12月31日叶利钦将象征俄罗斯国家权力的核密码箱交给了普京，此时普京将核密码箱放在了尾随其后的另一架飞机里。这个核密码箱是日本索尼公司制造的便携式手提核密码箱，重10公斤，厚10厘米。俄罗斯共有三个技术性能完全一样的核密码箱，它们分别由俄罗斯联邦总统、国防部长和总参谋长控制。当足以毁灭世界的核大战爆发时，发射核反击命令却不需要同时按下三个按钮。核按钮只是一连串指令的第一环节，其最终环节是安装在核弹上的弹载巡航计算机。核密码箱标志着俄罗斯的国家安全，也关乎全世界的安危。普京本人仅仅与他的核密码箱分开一个小时，就已经招致了总统大选对手对他“不负责任”的批评。对此，普京倒是虚心接受了。
当天由于车臣境内能见度极低，飞机无法着陆。普京一行只好调头往回飞，然后再换乘汽车前往目的地。总统车队在弹坑累累的路上颠簸了两个多小时。当普京和夫人出现在俄军官兵面前时，他们简直不敢相信这是真的。
此时的普京身着带风帽的翻领滑雪运动服，神采奕奕。他向在车臣战争中英勇作战、表现突出的官兵颁发了奖章，同时将刻有“俄罗斯总理敬赠”字样的猎刀赠送给俄军官兵们。随行的俄罗斯歌舞团还为俄军官兵进行了慰问演出。
在车臣第二大城市古杰尔梅斯，普京发表讲话说：“我们的军事行动不仅是为了维护国家的荣誉和尊严，同时也是为了粉碎企图分裂俄罗斯联邦的行径。这是我们的最终目标。”
在车臣首府格罗兹尼附近的一个小镇上，普京对俄罗斯军官和士兵发表讲话，他的妻子柳德米拉站在他的身旁。普京说：“我想让你们知道，俄罗斯对你们的所作所为表示高度赞赏。”
“这不只是一个恢复俄罗斯荣誉和尊严的问题。更重要的是，它事关扼制、结束分裂俄罗斯联邦的企图，这是主要任务。俄罗斯感谢你们。”
“我祝愿你们新年快乐，祝你们幸福健康、家庭美满。”
普京一行与俄军官兵们共度了一个多小时，然后返回莫斯科。两个小时后，普京乘车刚刚经过的那条公路就被车臣武装分子炸毁了。
普京对车臣战场的第二次视察和慰问，极大鼓舞了俄军的士气。1月2日，俄军占领车臣南部战略要地韦杰诺村。1月7日，俄军北高加索联合集群副总司令兼东线部队司令根纳季·特罗舍夫中将宣布——俄军从当天起暂时停止对车臣首府格罗兹尼的空袭和炮击，并准备对该市进行最后打击。
俄军用了十天时间积蓄力量，准备总攻。1月17日凌晨5时30分，俄罗斯空军首批战机起飞，利用夜幕掩护避开了车臣非法武装的地对空导弹和高射机枪火力，轰炸了武装分子盘踞的格罗兹尼市中心。俄军同时用火炮猛烈射击，地面部队的包围圈逐渐缩小。车臣武装分子数次企图突围，均未成功。18日清晨，俄军在车臣民兵的配合下，从三个不同方向攻入格罗兹尼市中心米努特卡广场。俄军坦克再度与车臣总统府近在咫尺，可以对其进行水平轰击。车臣武装分子借助雷区，以及坚固的地面地下掩体、楼与楼间的地下通道等地形，与俄军展开异常残酷的巷战。
车臣非法武装在格罗兹尼市内构筑了完整的地道网。格罗兹尼有发达的城市下水系统，许多管道直径2～3米，可供人自由通行。虽然俄军工兵用爆破和布雷的方式有效破坏了很多地道，但是整个网络大体还是幸存了下来，一直为车臣武装提供掩护，而猛烈炮击与空袭也很难对地道网造成多大损毁。这座“地下城”很大一部分是前苏联时期建造的民防设施，这些坚固的防炮洞就被车臣武装分子用作控制节点、休息站、医院和补给站。车臣武装分子大力改进了这些掩体，他们弄来混凝土板作为地下室的屋顶，然后用千斤顶顶住混凝土板使其可以自由升降。这样地下室就可以有效抵挡住俄军的炮轰。武装分子打通一楼和地下室的墙，使相邻的两栋建筑可以相互连通，如此他们可以自由通过某些关键位置。
活跃在这些掩体间的是与第一次格罗兹尼巷战时一样最令人恐惧的人物——狙击手。车臣非法武装的狙击手包括大量来自国外的“圣战者”和雇佣兵，2000年1月阵亡于格罗兹尼的俄军士兵中，75%死于他们之手。车臣狙击手散布于整座城市的暗处，杀伤力强，移动迅速，一般先打俄罗——斯军官和“表现主动”的士兵，给俄军造成了难以想象的心理压力。1月17日，俄军北高加索军区第58集团军副司令马洛费耶夫少将倒在车臣狙击手枪下。马洛费耶夫少将头部中两枪，背部中一枪，枪枪致命。他是第二次车臣战争中俄军阵亡的最高级别军官。如此，俄军在没有后续部队支援的情况下让车臣武装分子占了上风，不得不撤出市中心广场。
1月19日，俄军在空军和炮兵的协助下再次攻入市中心，战斗进行得十分惨烈。尤其是在第15区，战斗最为激烈。俄军必须攻下被车臣武装分子改建成堡垒的格罗兹尼市罐头食品厂和连接东西城的一座公路桥。罐头厂大楼早被炸得体无完肤，没有房顶和门窗。车臣武装分子用砖砌死窗口，在小射击口后面向俄军射击，在炸断的楼梯通道里攀上跳下拼死抵抗。经过苦战，俄军终于攻下罐头厂和公路桥，河东西两岸车臣武装分子的联系被切断。
1月20日，俄军第三次进攻市中心的米努特卡广场，再度失利。由于准备不够充分，穿着绿色迷彩服的俄军士兵在白色的雪地里成了车臣武装分子绝好的目标，导致大量的伤亡。这天成为第二次格罗兹尼巷战中最残酷的一天。天特别冷，死去的俄军士兵尸体没有腐烂，俄军士兵和车臣武装分子踏着尸体战斗。
无论如何，格罗兹尼巷战终究与车臣战争一样，是一场不对称的战斗，车臣非法武装终于支撑不下去了。1月22日，俄军控制格罗兹尼五个区和部分其他地区。26日，俄军包围了车臣南部和西部的武装分子，基本上切断了车臣非法武装向境外渗透的道路。经过格罗兹尼半个月血战后，在2月2日早上，“高加索狼”巴萨耶夫开始指挥车臣非法武装放弃防御，撤出格罗兹尼。
始料未及，车臣武装刚撤出格罗兹尼市区，便一头撞进了俄军的伏击圈。事后，俄罗斯官方宣布，这是俄罗斯联邦安全局和其他部门策划的一个代号为“套狼”的行动：由一名俄罗斯联邦安全局特工私下与巴萨耶夫接触，提出以10万美元的买路钱给车臣武装撤出格罗兹尼提供通道。车臣非法武装监听到俄军部队正在向西面和南面移动的消息，从而相信了这个特工的话。随后有车臣武装分子一个小队成功沿着该通道撤离了格罗兹尼，这坚定了巴萨耶夫的信心。但当车臣非法武装大队人马开始沿着那个小队的路线撤离时，他们却一头钻进了俄军的伏击圈。不但撤退路线上布满了地雷，头顶上还有俄军武装直升机对他们扫射。结果车臣武装分子死伤惨重，俄罗斯官方发布的数字称——在此次行动中击毙车臣恐怖分子1700多人，死者中包括车臣前总统杜达耶夫的侄子等4名非法武装“战地司令”。车臣非法武装首领、“高加索狼”巴萨耶夫触雷，右脚被炸断，双手和头部受伤。经过紧急战地手术，车臣非法武装军医锯掉他一条腿，让他勉强保住性命，随残部突围出了格罗兹尼。
俄军最终占领了格罗兹尼市中心米努特卡广场。2月4日，俄军将国旗插上了格罗兹尼市中心的车臣政府大楼。市内零星战斗依然持续了几个星期，但俄罗斯联邦军队已经开始撤退并将城市逐步移交给内务部队。直到2月中旬格罗兹尼才被基本控制住。俄军沿着各条进出城的道路设立了大批据点，组成控制网覆盖了整座城市。这些据点往往都修建有防护墙和沟壕，并且用沙包或者水泥路障围上BTR装甲车，做成永备火力点，内部配有一个连的兵力。这些据点的主要任务是监视进出城的交通和检查有关证件。2月中旬之后，俄罗斯军警进入城内逐步清除抵抗者，检查各种证件，拘捕嫌疑犯并没收各种散落的武器，格罗兹尼局势最终稳定下来。俄罗斯联邦政府紧急情况部制作了大量野战厨房，给饥肠辘辘的格罗兹尼难民发放浓汤。这样的场景被俄罗斯记者记录下来，通过影像的方式传遍全球，为普京赢得了更多的喝彩。
