就是效忠于隆武政权的南方地方实力派，也纷纷以抢占地盘为先务，隆武小朝廷的政令根本无法对地方实力派有约束作用，这其中的根本原因，是隆武帝确实没有一支可控制的效忠于他的军队。隆武帝这个人，在个人品行上还是有令人称道之处，他胸怀大志，坚决抗清，好读书，与许多藩王不同，他并不沉溺于酒色，生活上甚为节俭，他力图摒绝党争，消除门户之见，可惜的是，他生不逢时，郑芝龙虽然拥护他继任帝位，但是郑芝龙在抗清这件事上，是极其消极。
作为海商与海盗出身的郑芝龙，他的算盘中只有一个“利”字，他不断地盘算着利益的最大化，拥立隆武帝也是出于这种私心，随着北方的沦陷，郑芝龙的军事实力并没有受到任何损失，他手握重兵，这也使他在南明中的地位越来越高，他根本不把其他人放在眼中，包括隆武帝在内。
1645年的六月，清政府下达野蛮的“剃发令”，对于拒绝执行的征服区的百姓，采取格杀勿论的铁血政策，这个政策一出，掀起了江南军民反清的高潮，特别是阎应元、陈明玉两位英雄指挥的江阴保卫战，浴血奋战八十一天，杀敌七万余人，最后江阴城失陷，清军三日屠城，江阴军民被屠杀数十万人。在其他地方，抗清运动此起伏彼。而此时郑芝龙、郑鸿逵却手握重兵，龟缩在东南一隅，这不能不令隆武帝非常气愤。
郑芝龙消极抗战的态度令大学士黄道周极为悲愤，这位晚明时代杰出的一代儒宗，想效法他的前辈王阳明，以儒学宗师的身份率军出征，他富有责任感，可惜他并非王阳明。
七月，黄道周招募了三千余人，从福建出发，准备进入江西作战。
由于黄道周是隆武小朝廷中的地位最高的人物之一，所以被郑芝龙视为眼中钉，郑芝龙故意只支付给黄道周一个月的军饷。黄道周一介书生，没有什么行军打仗的经验，但他坚信以正义之师出征，沦陷区的人民必定会起而响应，然而战场的风云莫测却是他始料不及的。
在黄道周的麾下，并非没有人才，这三千乌合之众中，却隐藏着一个后来很著名的将领，这个人就是日后郑成功的叛将、后来征服台湾的施郎（后改名为施琅）。施郎颇有些战略眼光，他年轻时“习距阵击刺诸技，于兵法无不兼精”。他见这支由乌合之众组成的军队，肯定不是清军的对手，于是向黄道周提议，作为隆武政权中的首席大学士，最好的策略，是携少数随从入赣州城，以督师的身份节制并调动江西、湖广、两广的地方军事力量，统一指挥，共同进击清军。
施郎的建议不失为一上策，但在黄道周眼中，施郎根本是个无足轻重的人物，所以他没有接纳其意见。施郎虽然年轻，但通晓兵法，心知黄道周此去必是送死无疑，所以打定主意，自己返回福建去了。虽然黄道周全力以赴，但他实在太欠缺军事才华了，到了十二月二十五日，黄道周的军队遭到了清军的围击，阵亡一千余人，黄道周被俘，他拒绝投降，次年被清政府处死。
由于郑芝龙的掣肘，隆武帝根本无法一展宏图，有一回，郑成功入见隆武帝，只见隆武帝郁郁寡欢，心情沉重，郑成功深知自己的父亲一意孤行，架空隆武帝，对这位暗藏雄心的皇帝深表同情。二十一岁的郑成功，正处于最富激情与抱负的青年时代，他满腔热血，欲报效国家与君王，这是那个时代的最高理想。与海商出身的父亲不同，郑成功从小时开始便接受儒家思想的薰陶，儒学对于郑芝龙而言，无非是博取功名的手段，而对于郑成功，则是一种生命的信念，他身上带有一股强烈的武士荣誉感与责任感，但是这种热情却遭到父亲的压制与打击。从海盗摇身一变为官僚的郑芝龙，更奉行一种“知时务者为俊杰”的实用主义，他首鼠两端，静观时局的变化，视政治为商业，视战争为博弈，父子两代人在思想上的巨大鸿沟，使得郑芝龙根本不放心将自己庞大的私人军队交给儿子。
郑成功面对有着知遇之恩的隆武帝，除了口头上的效忠，也无法给予更多的实际支持，他对隆武帝表明心迹：“陛下郁郁不乐，得无以臣父有异志耶？臣受国厚恩，义无反顾，臣以死捍陛下。”
这位郑氏子弟的表态，令隆武帝感到一股温暖与欣慰。虽然郑成功也多次规劝父亲扛起抗清的旗帜，但是郑芝龙置之不理。
隆武帝成了一个傀儡，在福建是混不下去了，在这种情况下，他决心御驾亲征。
隆武帝召来郑成功，显然他对郑成功非常信任，把心里话都掏出来说了，问他道：“芝龙、鸿逵，朕将谁依？”郑成功也表现出他对隆武帝的忠诚，实话实说：“臣父、叔父皆怀不测，陛下宜自为计。”隆武帝不仅长叹了一口气，又问道：“汝能从我行乎？”郑成功回答说：“臣从陛下行，亦何能为？臣愿捐躯别图，以报陛下。此头此血，总之，已许陛下矣。”
隆武帝亲征的目的，是为了摆脱郑芝龙的控制，当时尊奉隆武政权的还有两广、江西、云贵等地的官员，所以隆武帝想离开福建，这样可以集合其他地区的抗清力量，免受郑芝龙的掣肘。隆武帝决心先转移到江西的赣州，这个战略是基于这样的出发点，江西东临闽浙、西接湖广，南有广东，这些地区或者掌握在南明手中，或者正与清军对峙，只要能在江西立足，凭借皇帝的号召力，终究会对大局有稳定作用。
虽然郑芝龙飞扬跋扈，但隆武帝亲征，他也不能拒绝出兵。于是郑鸿逵率一支军队出仙霞关，策应浙东的抗清力量；郑彩率另一支军队出杉关，准备与江西的抗清义军会师。
(使命的召唤-27)
隆武元年的年底，隆武帝离开福州，于十二月二十六日抵达建宁。然而此时郑家军又出了事情，在郑芝龙的暗中授意下，郑彩的军队到了杉关之后，就停止不前了，隆武帝派往郑彩军中的监军张家玉十分心急，催促郑彩继续前进，但郑彩根本不理睬，反而将军队撤退到了浦城。隆武帝大怒之下，削夺郑彩“永胜伯”的封号。同样，另一支出征的军队，进入浙江的郑鸿逵部将黄克辉从浙江撤回到了福建，对于郑家军的阴奉阳违，隆武帝除了愤怒之后，只能是无奈了，对郑鸿逵惟一的处罚，只是将他由太师降为少师。
由于江西的北方诸府已经被清兵攻占，郑彩又临阵退兵，这样一来，隆武帝从建宁进入江西的设想无法实现，他只能向南转移到延平，并打算从延平前往汀州，汀州毗邻江西赣州，此时赣州仍然控制在明军手中，但江西的形势已经是相当的严峻了。
1646年三月，清军攻占赣州西部的吉安，赣州岌岌可危。隆武帝命令各地明军火速增援赣州这一战略要地，从云南、广东、广西、湖广等各地增援的军队加上赣州的守军，赣州的防御力量大约有四万人左右。
六月八日，清军进抵赣州。虽然据守赣州的南明守军人数上并不少，但是南明军队派系林立，根本无法协同作战，南明将领中福建的郑芝龙、湖南的何腾蛟等人拥兵自重，对赣州之战态度消极，使得战局十分被动。
时局的巨变，使得郑成功通过科举博取功名的早年理想破灭，正是在隆武帝亲征的这段时间，郑成功也完成从文人到武将的转变。
隆武二年（1646年），正月，郑成功率领一支军队出大定关，这大约是郑成功第一次领军出征，后来由于郑彩不顾隆武帝的命令，将军队从杉关一带撤回，隆武帝只得命令郑成功收集郑彩军队中的逃兵，然后出分水关，为进军江西作准备。但不久后，郑成功的军事行动又有了更改，原来隆武帝想出福建进入江西，直接坐镇指挥对清兵的反击，但是由于江西前线吃紧，江西迎接隆武帝的军队迟迟未到，隆武帝只得调郑成功的军队作为护驾部队。
郑成功在抗清及拥护隆武帝等重大原则上，与郑芝龙态度完全相反，他身上充满一种使命感，可是他虽然是郑芝龙的长子，却没有多少兵权。隆武帝虽然对郑成功寄予很大的希望，把在永安、沙县一带招抚的山贼寇盗一万余人，归由郑成功节制，这样一来，郑成功所控制的兵力固然大大增加了，但是粮饷却成了大难题。
隆武帝不仅没有自己的军队，连兵饷也得仰仗郑芝龙。郑成功曾向隆武帝建议应当“据险控扼，拣将进取，航船合攻，通洋裕国”，这分建议合情合情，可是问题是，兵在哪呢？军饷在哪呢？武器在哪呢？隆武帝无奈的说道：“兵、饷、器三事，今日又有手敕，确托卿父子。兹览卿奏，言言硕画，朕读之感动，其总理中兴恢御兵、饷、器甲，统惟卿父子是赖。”
郑芝龙显然已经明白，隆武帝已经是穷途末路了，清军自从入关之后，几乎战无不胜，攻无不克，无论是李自成的军队还是南明的军队，统统兵败如山倒。那时有气节的将领固然不少，但没有气节的官员也很多，郑芝龙与很多南明将领一样，在心里暗自琢磨作出什么选择更会更利益最大化。当年他当海盗时，他豪赌一把，接受明朝政府的招抚，结果这赌赢了，现在他成为南明小政权的太师，位高权重啊。只是这隆武帝看来是撑不下去了。
在清军一方，早就在试探郑芝龙的态度了。
1646年的三月，清军派使者苏忠贵秘抵福建，会晤郑芝龙，郑芝龙的抗清立场并不坚决，这使得清政府决心策反郑芝龙。
南明遭受巨大的战场压力，清军同时在江西赣州与浙东两个战略方向上大举进攻。六月初，清军渡过钱塘江，连续攻陷绍兴、金华等地，鲁王朱以海乘船逃往舟山。与此同时，清军平南大将军博洛再次派苏忠贵持书信前往会晤郑芝龙。郑芝龙虽然有投降清廷的打算，但老奸巨滑的他并不想这样轻易投降，他还想与清廷商谈条件，所以他采取一个折衷的办法，先保全自己的实力，不与清军交锋。
郑芝龙密令镇守福建北部重地仙霞关的守将施福撤退，这样无异将此天然屏障拱手相让给了清军。仙霞岭地形险峻，易守难攻，“两崖斗绝，中通鸟道，仰高俯下，因险设关，裁容一夫”，这是由浙江通向闽北的重要战略关口，隆武帝得悉仙霞岭不战而弃之后，大惊失色，可是郑芝龙一不做，二不休，干脆将军队拉回到到泉州安平，他借口海盗袭击安平，然后还找了一番说辞：“海寇狎至，今三关兵饷取诸臣，臣取诸海，无海则无家，非速回防御不可。”
郑芝龙一撤，隆武帝慌了，他派人送一手札给郑芝龙，说道：“先生少迟，请与先生同行。”看来隆武帝也觉得大势已去，除了寻求郑芝龙的保护之外，他还能怎么样呢？可是连这种顾不上皇帝尊严的请求，郑芝龙也置之不理，把隆武帝扔在一旁，自己率大军返回安平。
福建的北方门户洞开，郑成功打算坚持抗战，但他的兵饷遇到极大的困难，这个时候，郑芝龙派遣心腹到郑成功军中，企图劝说郑成功率军撤退，郑成功厉声喝道：“敌师已迫而粮不继，空釜司饔，吾将奈何耶？速归请太师(指其父郑芝龙)急发饷济军，慎勿以封疆付一掷也。”
郑芝龙得悉郑成功的回复后，不以为然地说：“痴儿不识天命，固执乃尔；吾不给饷，彼岂枵腹战哉？”下令断绝给郑成功的军队发放粮饷，以此方法来威胁郑成功退兵。在无粮无饷的情况下，这战还怎么打呢？没几天的功夫，郑成功手下的士兵逃的逃，散的散，郑成功百般无奈，只好返回福州，与诸留守大臣商讨时局。
八月十三日，清军在征南大将军博洛的统领下，开始由浙江向福建挺进，十八日，清军穿过闽北军事要隘仙霞关，由于郑芝龙的撤防，此时的仙霞关已经没有军队驻守，清军在没有任何战斗的情况下，迅速向南推进，目标是擒拿停留在延平的隆武帝。
大约在八月十五日，郑成功决心率领一支水师，沿着闽江溯江而上，解救隆武帝。但是此时清军已经大举南进，水师遭遇到清军骑兵，郑成功马上率军投入战斗，但是郑成功的军队数量并不多，在战斗中遭到挫折，只好顺江撤退，这次救援行动失利。
隆武帝被郑芝龙抛弃之后，他手下的军队随从并不很多，而清军已进入福建，延平不可久留，隆武帝决定经过汀州前往江西的赣州，此时赣州的战役还在进行之中。可是隆武帝一行人的行进速度实在太慢了，清军以轻装骑兵猛追，八月二十七日，隆武帝抵达汀州，此时他随行的士卒只有五百人。第二天，即二十八日，清军骑兵追至汀州，隆武帝那一丁点儿卫队很快就全军覆灭了，隆武帝与皇后同时被俘，随即被清军杀死。
隆武帝之死，意味着南明隆武小政权在建立一年后，终于覆亡了。
（使命的召唤-28）
三、郑芝龙降清
隆武帝遇害，郑芝龙不战而退守安平，整个福建战局陷入群龙无首的瘫痪状态之中。清军在未遭遇多大阻力的情况下，于九月十九日攻占福州，之后，清军统帅博洛派遣韩固山率军南下，连续攻占兴化、泉州、漳州等府，福建的南明守军兵败如山倒，到了十一月份，除了郑芝龙的老巢安平以及福建沿海的一些岛屿之外，其余地区全部落入清军之手。整个福建战役中，南明军队共计有六万八千五百人投降清军。
郑芝龙既不战，也不降，他还拥有五百艘战船，十余万军队龟缩在沿海一些地区以及岛屿，仍然有很强的实力，他之所以不投降，是要博取更多的政治资本。对于郑芝龙这支军队，博洛也不敢小视，因为郑芝龙的军队与其他明军不同，是以海军为主，一旦在陆上打不赢清军，郑芝龙仍然可以凭借舟船的优势，逍遥于海上，对清军始终会构成很大的威胁，所以博洛下定决心要招降郑芝龙。
韩固山的清军在攻占泉州、漳州后，威逼郑芝龙的老巢安平。郑芝龙非常愤怒，他认为自己将军队撤出仙霞关，就是为清军顺利进军福建、擒杀隆武帝立下大功，清军非但不报答，还兵逼安平，郑芝龙说：“我惧以立王为罪耳，既招我，何相逼也。”立王为罪，指的是拥立隆武帝，担心清廷因为这件事而怪罪于他。
博洛便假惺惺地斥责了韩固山，并且命令清军退兵三十里，然后写了一封亲笔信，派明降将郭必昌转交给郑芝龙，信中写道：“吾所以重将军者，以将军能立唐王藩也。人臣事主，苟有可为，必竭其力。力尽不胜天，则投明而事，乘时建功，此豪杰事也。若将军不辅主，吾何用将军哉？且两粤未平，今铸闽粤总督印以相待。”
其实博洛何尝不知，郑芝龙对待隆武帝怎么是“竭尽其力”呢？不过是说得动听一点，打消郑芝龙的戒备心，又以闽粤总督之职相诱，郑芝龙本来就无意抗清，剃发不剃发对他也无所谓，他最重视的就是有没有实权。至于博洛是否会兑现他的承诺呢？这就需要赌一赌了，就象当年他接受招抚时与明朝政府的赌局一样。
对于博洛的这封信，郑芝龙异常兴奋，他相信自己有实力作为后盾，即便是改朝换代，他仍然是官场的不倒翁，他决意向清军投降，便派人与郭必昌一同抵达福州，向博洛递交请降书。
郑成功得知父亲准备投降清军的消息，大吃一惊，赶紧赶到父亲那儿，劝说道：“吾父总握重权，未可轻为转念。以儿细度，闽粤之地，不比北方得任意驰驱。若凭高恃险，设伏以御，虽有百万，恐一旦亦难飞过。收拾人心，以固其本，大开海道，兴贩各港，以足其饷，然后选将练兵，号召天下，进取不难矣。”
日后郑成功以自己实践证明了这个军事主张的正确性，但是多年的富贵生涯，早使郑芝龙丧失了早年的进取精神，对他来说，保住富贵才是最重要的。郑芝龙对儿子严厉地呵斥道：“稚子妄谈！不知天时时势，夫以天堑之隔，四镇雄兵且不能拒敌，何况偏安一隅。倘画虎不成，岂不类狗乎？”
为什么大明帝国会败得如此之惨？郑成功有自己的看法，首先崇祯一朝时，“我朝委系无人，文臣弄权，一旦冰裂瓦解，酿成煤山之惨。”而对于弘光的南明政权，有着长江天险，又为什么迅速崩垮呢？“迨至南都，非长江失恃，细察其故，君实非戡乱之君，臣又多庸碌之辈，遂使天下英雄饮恨，天堑难凭也。”郑成功再次劝说父亲，“吾父若藉其崎岖，扼其险要，则地利尚在，人心可收也。”
郑成功的分析非常有道理，可惜此时的郑芝龙心在不此，巴不得早日投降，以免清廷反悔，他居然把自己的行为称为豪杰之所为，教训郑成功说：“知时务者为俊杰，今招我重我，就之必礼我。苟与争锋，一旦失利，摇尾乞怜，那时追悔莫及。竖子渺视，惧毋多谈。”
面对顽固的父亲，郑成功无法说服，只是跪下身上，拉着父亲的衣服，泪流满面地说：“虎不可离山，鱼不可脱渊；离山则失其威，脱渊则登时困杀。吾父当三思而行。”
郑芝龙听得耳朵快生茧了，很不耐烦，气乎乎地拂袖而去，郑成功只得悻悻而出。
郑芝龙没有发现，其实在郑家军内部，反对降清的势力是很大的。虽然郑家军在隆武小朝廷中阴奉阳违，处处制肘隆武帝，但包括郑鸿逵、郑彩在内的高级将领，虽然都抱有割据一方的私心，但是并没有想要投降清军，这支由海盗军演变而来的军队，并不象其他的南明军队那么没有战斗力。
神情恍惚的郑成功在劝父不成后，离开家，正好在半路上遇到叔父郑鸿逵，郑成功便将与父亲的谈话内容告诉了叔父。在郑成功的叔父中，郑鸿逵一直是最关心他的一个。在听完郑成功的话之后，郑鸿逵心里很佩服他这个侄子的远见与胆量，他认为大哥郑芝龙是那种立下决心便不会轻易更改的人，便建议郑成功先带着一支军队，乘船到金门岛，静观事态的发展，郑成功听从叔父的主意，秘密率一部分水师离开安平。
（使命的召唤-29）
郑鸿逵入见郑芝龙后，郑芝龙还一脸的不高兴，见弟弟前来，不由得骂起郑成功少年狂妄轻躁，不识时务始末。谁知郑鸿逵竟然与郑成功一样，也规劝自己兄长说：“夫人生天地间，如朝露耳，能建功立业，垂名异世，则亦时不可失也。吾兄当国难之际，位极人臣，时事不可为，则弟亦不敢虚鼓唇舌。况兄尚带甲数十万，舳舻塞海，饷粮充足，辅其君以号召天下，豪杰自当响应，何必委身于人，此弟深为兄长所不取也。”
郑芝龙见郑鸿逵与郑成功一个鼻孔出气，拂然答道：“吾弟所言，眼前之事，非长途计耳。甲申（1644年）之变，天下鼎沸，亦秦失其鹿，故大清得而逐之，业已三分有二。若以小丈夫之气，振一旅之兵而敌天下兵，恐自不量力也。不如乘其招我，全军归诚，正弃暗投明，择主而事。古来豪杰，往往有行之者。大清正未必忍相弃耳。”仍然坚持认为自己的投降主张是正确无误的，不过以后他会发现，他所谓的“弃暗投明”会给他带来怎样的灾难性结局。
既然无法说服兄长，郑鸿逵只能提醒兄长：“既吾兄志决，亦不可不为之虑。”郑芝龙不以为然地说：“人以诚心待我，我即以诚心应之，何疑焉？”
几天后，郑芝龙带着五百名士兵，启程前往福州，与博洛会晤。他可能不会想到，这次的赌局他将全盘皆输，为了表示自己投降的诚意，他还准备带上长子郑成功，但是郑成功已经潜往金门岛。郑芝龙十分生气，派人到金门岛，要求郑成功立即返回安平，一同前往福州，郑成功在劝说父亲失败之后，他已经暗下决心与父亲断绝关系了，他毫不客气地写了一封回信，其中写道：“从来父教子以忠，未闻教子以贰。今父不听儿言，后倘有不测，儿只有缟素而已。”
郑芝龙接到回信后，大骂郑成功是个逆子，满纸狂悖之言，既然无法召回郑成功，郑芝龙只得带上自己的另一个儿子郑渡前往会晤博洛。
博洛是努尔哈赤的孙子，他命令文武官员在福州城的效外迎接郑芝龙的到来，并且举行了盛大的欢迎宴会，招待郑芝龙。博洛握着郑芝龙的手，假惺惺的感慨见见恨晚，郑芝龙有些受宠若惊，他赶紧向博洛请罪，请求清廷可以赦免他拥立隆武帝的罪过。博洛安慰他说：“足见将军之经权有方，可为则为之，不可为则择主而事。况两粤未平，海滨之地，非仗将军熟识，未可一旦而奏虏功。今日得见，实朝廷之福，将军休疑虑焉。”为了打消郑芝龙的疑虑，博洛与郑芝龙折箭立誓。
郑芝龙大喜，立即向博洛顿首称谢，并且剃发投降，他满以为只要一投降，闽粤总督的头衔就可到手，换了江山，换了帝王，可他还是割据一方的实力派军阀。可是有一件事，郑芝龙完全想错了，博洛虽然表面上装作很大度的样子，其实对郑芝龙是很不放心的。
在博洛看来，郑芝龙完全是个投机分子，狡诈多变，首鼠两端，特别是这次他前往福州投降，只带了五百人，并没有全军一起投降，所以博洛判断郑芝龙是心怀异志，此行的目的是探测满清方面的态度，为预防不测，最好的方法是将他挟持到北京，这样一来，郑家军群龙无首，而且可以郑芝龙的生命来胁迫郑氏部将的归降。
郑芝龙抵达福州后的第三天夜里，博洛突然宣布拔营返回北京，同时命令郑芝龙随军北上。郑芝龙大吃一惊，只要离开福建，脱离了军队，他就一文不名了，更谈不上什么闽粤总督的头衔了，看来自己是中了狡诈的博洛的诡计了，他只要想方设法离开清营，可是清军防卫严密，根本没有机会可逃跑。郑芝龙决心利用最后一个机会，他对博洛说：“北上面君，本芝龙本愿，但子弟多不肖，今拥兵海上，倘有不测，奈何？”
博洛根本就不会相信郑芝龙的话，他一眼看穿了郑芝龙无非想找上理由逃回安平，便回答说：“此与尔无与，亦非吾所虑也。”他拿来纸笔，让郑芝龙当面写了几封信，用以劝降郑家军的主要将领。郑芝龙此时是虎失威、鱼失水，恁他是一代豪雄，现在也只能成为砧上的任人宰割的肉了。
郑成功在接到父亲的书信后，当即回复一札，写道：“今既不能匡君于难，致宗社堕地，何忍背恩求生，反颜他事乎？大人不顾大义，不念宗祠，投身虎口，事未可知。赵武、伍员之事，古人每图其大者，唯大人努力自爱，勿以成功为念。”这封信实在是饱含血泪，既是对父亲的批评，也是对此遭遇的痛惜。
虽然郑成功拒绝投降，但郑芝龙的部将，包括施天福、洪习山、黄廷、施郎等人都放下武器，向清军投降，总计投降的人数多达十一万三千人，庞大的郑家私人军队，在旦夕之间便瓦解了。与郑成功同样拒绝投降清军的，还是踞守厦门（中左所）的郑彩，金门的郑鸿逵以及南澳的陈豹等人。
郑芝龙被迫追随博洛抵北京，清军对他严密看防，实际是将他软禁，从此他失去了自由，这位海上枭雄，再没有任何机会东山再起，但清廷还要利用他作为与郑氏残余力量谈判的筹码。
（赫日当中-30）
四、焚衣起兵
郑芝龙被挟持北上之后，清军马上南下安平（安海），当时郑成功的母亲田川松已经由日本来了安平。田川松是在1645年（隆武元年）十月离开日本的，日本政府本来不允许日本人出海，但是在郑芝龙拥立隆武帝之后，一跃成为南明政权中最有实力的人物，而日本政府仍然视南明政府为中国的合法政府，因而不想得罪郑芝龙，但是日本人好面子，平户岛主便提出一个条件，田川松的次子七左卫门不得离开日本，只允许田川松一人到中国。
田川氏自与郑芝龙结婚后产下郑成功后，此后二十余年与丈夫远隔重洋，后来郑成功又离开日本，便得她更怀念父子俩，终于有机会到中国与丈夫儿子相聚，对她来说，这一天等得太久了。可是田川氏到来时，正值中国巨变，郑氏家族也无法置身事外，隆武政权覆灭，郑芝龙投降后被挟持北上，儿子郑成功退到金门岛，团圆的日子没有几天，眼看又天隔一方了。
清军南下安平，四处烧杀抢掠，郑家本以为郑芝龙降清了，可以躲过这场灾难，不想禽兽清军居然也对郑家下手，一生艰辛的郑成功之母田川松也没能幸免，在被野蛮的清军强暴之后，倔强的田川氏在羞愤之中自杀身亡，有的史料称是自缢，有的称是投水，有的称是切腹，这个日本女人以自己的坚强，为儿子郑成功树立一个宁死不屈的榜样。
当郑成功得悉安平遭清军洗劫的消息之后，他马上率部从金门赶回老家，此时清军已经在洗劫之后撤离了安平。这个因海上贸易而繁华的小镇现在如同一片废墟，尸横遍野，在自己的家中，郑成功找到了母亲的尸体。
面对着母亲的尸体，郑成功悲痛欲绝。在二十二年前，母亲在海边的巨石旁产下了他，在他满月时，父亲因参加颜思齐推翻幕府的活动而被迫外逃，此后几年，母子俩相依为命，母亲对他既是慈祥也是严厉的，不惜将他送到日本武士那里进行严格的训练，只是想让他拥有强壮的身体与坚强的意志。七岁的时候，他含泪离别母亲返回中国，这一别就是十四年，那些日子里，他经常跑到海边，望着日本的方向，思念母亲而暗自流泪，十四年啊，多么的漫长，好不容易终于母子团聚，可是时局的巨变，他又不得不带着军队到前线，没有时间来伺侯在母亲的身旁啊。
国仇家恨，一下子涌上心头，满贼不共戴天。郑成功拔出佩刀，他做了一个令在场所有人都深感震惊的举动，他用刀切开身亡母亲的肚子，将肠子掏出来，洗去污秽，然后再放入腹腔之中。他脸色发青，面无表情，只是青筋暴出，强忍着内心的悲痛与愤恨，然后厚葬母亲。从那一刻起，他是满清最坚决的敌人，只要生命不息，他将战斗不止！
厚葬母亲之后，郑成功来到了南安文庙，他在孔庙内焚烧了曾经穿戴过的儒衣青巾，仰天欷嘘，说道：“昔为孺子，今为孤臣，谨谢儒服，惟先师昭鉴！”他下定决心，告别儒生生涯，他将以崭新的面貌出现在世人面前，从现在开始，他不再是一个文人，而是一个武将，是一个复仇者，他将追随春秋英雄人物程婴、伍子胥的脚步，不惜生命去为国、为家报仇雪恨。
(使命的召唤-31)
十二月一日，郑成功会同其部将陈辉、洪旭以及阁部的路振飞、曾樱等九十多人，誓师起兵。遥祭隆武帝与皇后，然后宣读誓词：“本藩乃明朝之臣子，缟素应然，实中兴之将佐，披肝无地，冀诸英杰共伸大义。”
郑成功起兵于山穷水尽之时，局面非常困难。在在郑芝龙投降后，郑家军大批投降清军，虽然还有一些将领拒绝降清，但是郑芝龙被挟持之后，这些军队群龙无首，各自为战，割据一方，虽然郑成功是郑芝龙的长子，由于郑成功向来的抗清主张不合郑芝龙之意，所以郑成功一直未能掌握郑家军的兵权，这使得他起兵时，根基十分的脆弱。
在郑家军的残余力量中，实力最强的是郑彩的军队，郑彩据守在厦门岛，由于隆武帝被清军所杀，郑彩决定拥护逃往舟山的鲁监国政权，十月二十五日，郑彩派人将鲁王朱以海从舟山群岛迎接到厦门，这样，郑彩便与浙东的鲁监国政权相结合，成为福建抗清力量中的实力最强的一支，福建到浙江的一些岛屿也控制在鲁监国武装力量的手中。
郑鸿逵与郑成功都不承认鲁王政权，郑鸿逵占据金门岛，郑成功则以安平为基地。郑芝龙的部将陈豹占据南澳岛，另一位郑芝龙的部将林察前往广东，这些都是拒绝降清的郑家军残余力量。
此时郑成功所处的局面很不乐观，一来安平这个地方无险可守，很容易受到清军的攻击，相比之下，郑彩、郑鸿逵都退至海岛上，凭借着海军的优势，清军一时很难消灭他们；二来郑成功的武装力量太薄弱，军队人数太少，而且战船的数量也严重不足。父亲庞大的基业，并没有留下太多给儿子。
郑成功首要任务是扩充自己的军队，他先考虑招集父亲的旧部，福建最南部的南澳一直以来是郑芝龙的一个重要基地，郑成功离开安平，前往南澳，作为郑芝龙的长子，忠诚的陈豹对他的抗清事业起到至关重要的作用，他不仅表示愿意效忠郑成功，而且协助郑成功在当地招募兵员，共计有数千人，这成为郑成功的早期武装斗争的基本力量。
福建的郑氏残余力量之所以能获得喘息之机，是因为此时清军的主攻方向转向广东。隆武帝在长汀遇害后，1646年十月十日，桂王朱由榔被推立为监国，建立南明临时政权。然而南明内部的混乱局面又一次重演，十一月五日，隆武帝的弟弟唐王在广州被拥立为皇帝，史称绍武政权。两个南明政权不免又起内斗，争夺帝位，十一月十八日，桂王朱由榔也在肇庆登基，史称永历帝。此时清军已经攻占江西与福建，广东的政局危在旦夕，而两个南明政权却置外敌于不顾，爆发内战。郑芝龙的部将林察便是绍武政权的主要军事负责人，虽然林察指挥海军击败了永历政权的军队，但内战最终使葬送了绍武政权。
清军在佟养甲、李成栋的带领下，由福建突入广东，并于十二月中旬攻克广州，绍武帝被俘虏，绍武政权覆灭，而永历帝则逃到湖南，鹤蚌相争，最终清军成为得利者。
安平只是弹丸之地，郑成功的军队又以水师见长，在这里施展不开手脚，所以他耐心地等候着机会。在1647年（永历元年）的上半年，郑成功主要精力放在训练军队，补充战船，并游弋于鼓浪屿、海澄、镇海卫一带。在这些时间里，清朝方面仍然通过郑芝龙劝降郑成功，郑成功不为所动，并写下一首诗以明心志：“天以艰危付吾俦，一心一德赋同仇。 最怜忠孝两难尽，每忆庭闱涕泗流。”郑成功自己加了一个注脚：“太师为满酋诱执，迫成功降。再四思量，终无两全之美。痛愤儿不欲生，惟有血战，直渡黄龙痛饮，或可迎归终养耳。屈节污身不为也。”
(使命的召唤-32)
由于清军大举入粤，在福建的防卫相对空虚，这给福建的南明抗清力量带来了机会。
此时福建的抗清力量有三大部分，其一是郑彩所拥护的鲁监国政权，在闽地抗清力量中实力最强；其二是以郑鸿逵、郑成功为主的原郑家军，拒绝承认鲁监国政权，实力较弱，仅限于金门、安平以及闽南的一些沿海地区；其三是各地纷起的义军，这些义军组织松散，与鲁监国政权与郑氏势力均保持若即若离的状态，虽然人数众多，但各自为战的色彩较浓。
进入1647年（永历元年，鲁监国二年，顺治四年）后，在福建的鲁监国的武装力量开始出击，从正月开始到六月，鲁监国的军队频频在沿海地区发动进攻，但是这些进攻对清军的威胁并不十分大，从七月份开始，福建抛起一股抗清的高潮，反清义军于七月四日攻克建宁府，之后又攻下建阳、崇安、松溪、政和等地，令清军大为恐慌。
正是在这样的抗清背景下，郑成功这支当时并不醒目的军队，也开始挺进抗清的前线。
七月，郑成功与郑彩联合出击海澄，驻军于祖山头，但是很快清军的援军赶到，在战斗中，郑成功的部将、监军杨期潢战死，首度出师不利。
对于郑成功的出击，他的叔父郑鸿逵有些担心，他写了一封信给郑成功，告诫他首先要保住自己的老巢安平，因为安平是弹丸之地，而且无险可守，如果清军大举进攻，那么安平是很难守住的。郑鸿逵建议郑成功回师安平，乘清军不备之际，进攻泉州，只要夺取泉州，就可以作为长期发展的基地，然后等待机会，养精蓄锐，进而夺取福建。同时郑鸿逵承诺派遣一支军队，以协助郑成功发动泉州战役。
郑鸿逵建议联合郑成功攻占泉州，一方面是福建的抗清运动有了转机，另一方面是由于郑彩与鲁监国政权联合之后，逐渐在福建抗清运动中占据领导地位，如果不积极主动出击，那么日后势必被郑彩与鲁监国集团所吞并。郑成功此时苦于缺少一个可靠的后方，虽然占领了海澄外围的石尾港、九都等地，但未能攻破海澄，所以对郑鸿逵的提议，他积极响应，并很快从海澄返回安平。
八月二十二日，郑成功与郑鸿逵两路义军在泉州南的桃花山会师，泉州虽然沦于清军之手，但是清朝的野蛮政策在这里不得人心，郑成功与郑鸿逵开始进行军事行动之后，在当地乡绅的策划下，多处都爆发起义，以响应郑氏的军队。
据守泉州的清提督赵国祚率两千人出城与郑军交锋，其中五百名骑兵，一千五百名步兵，这两千名清军并不能遏制郑军的攻势，很快被击溃，退入城中。赵国祚凭借坚固的城防工事防守，郑军最善长海战，在陆地上的战斗力远逊于海上，在攻城上更是其弱项。郑成功与郑鸿逵多次发起进攻，但未能突破清军防线，而且在泉州城外，清军还有一个营寨，叫溜石寨，清军参将解应龙率军策应泉州，不断地郑军制造麻烦，使郑军在攻城上进展缓慢。
郑成功与郑鸿逵商量之后，决心要消灭解应龙的溜石寨守军，并且制定了一个计划。九月三日，郑鸿逵首先向泉州城发起进攻，当隆隆的炮声传到溜石寨时，解应龙赶紧出兵，准备前往援救，当他行进到半途时，郑成功派出的一支军队开始进攻空守备空虚的溜石寨，解应龙当即率军返回，此时郑成功早已埋伏一支奇兵等待解解应龙的到来，解应龙仓促应战，结果被郑军击毙，与此同时，郑成功的部将杜辉也击破溜石寨。
(使命的召唤-33)
击破溜石寨的战斗，是郑成功起兵以来第一场胜战，大大鼓舞郑军的士气，同时也鼓舞泉州城内反清人士的信心。
泉州乡绅郭显准备在城内发动起义，以策应郑军的攻城，但是走露了风声，泉州清提督赵国祚派人前往捉拿，结果到了郭家后，却发现郭家一家老小都不见踪影了，但是郭显的一个小妾，名叫春姐，在关键时刻，贪图郭家的财物，向赵国祚告密，结果躲在密室中的郭显一家十三口人全部遇害，这次泉州举义的计划流产。告密的春姐也没有好下场，她也被灭口，财物被清军夺走。
在郭显失败后，赵国祚更加小心翼翼，派军队日夜巡城。
泉州西门守将杨友义暗地里与一支义军的首领诸葛斌往来，并且暗中商定，到了夜晚诸葛斌率军到西门外，杨友义界时将作为内应，打开城门。这个计划百密一疏，谨慎的赵国祚突然将杨友义从西门调到东门，事出突然，杨友义来不及通知诸葛斌，结果诸葛斌仍然按原计划，在半夜时抵达西门外，不仅没有内应，反而受到清军的围攻，诸葛斌寡不敌众，战死城门下。
泉州城被围困二十余日后，赵国祚密令漳州副将王进率兵驰援，王进有个浑号，叫王老虎，这个人作战骁勇，而且有谋略。在接到赵国祚的密令后，他调集一千五百名援军，其中骑兵五百人，步兵一千人支援泉州。王进放出风声，自称带了漳州、潮州的军队共计数万人，不日将抵达泉州城下，这种虚张声势使得郑成功的情报部门出现了重大的误判。郑成功紧急与郑鸿逵商议对策，郑成功并不想退兵，而是准备围城打援。
由于主要交通线已经被郑军封锁，王进的援军数量上其实并不多，很难强行通过，不过王进的运气不错，他居然打探到一条从南安到泉州的小路，而这条小路并没有郑军的巡逻。
王进又了次施展诡计，放出风声，假称准备袭取郑成功的老巢安平，实际则命令主力迅速通过南安小道直达泉州城外，并且出其不意地袭击郑成功的部将洪政的防地，击退洪政的部队。此时城内的清军发现援军的到来，便敲锣打鼓，以壮声势。
此时郑鸿逵与郑成功仍然对王进援军数量没有一个准确的估计，所以认为清军一部南下袭取安平，郑鸿逵担心安平失陷后，将切断郑军撤往海上的交通线，一阵心虚，下令撤退，返回金门；同时，郑成功也担心安平的安危，也下达撤兵的命令，返回到安平。
安平其实并未受到侵犯，后来的情报显示，其实清军援军总数只有一千五百人，郑成功得知后，对于放弃围攻泉州感到十分后悔，他马上派出军队设伏，企图歼灭王进这支援军，但是这次伏击战没有打响，因为王进在郑军设伏的前两天已经返回漳州。
这次进攻泉州战役的失败，固然有情报上的重大误判，同时也表明郑成功此时的力量尚不够强大，他的很多士兵是招募而来，只经过短暂的军事训练，缺乏实战经验。虽然遭遇挫折，但郑成功已初露锋芒，抗清之路，漫长而艰辛。
(使命的召唤-34)
第四章 浴血坚持
一、闽南之役
郑成功是一个雄心勃勃的人，他致力建立起一个完善的军事组织。他曾经历过弘光政权与隆武政权，并发现明帝国一直以来内部纷争不断，文臣与武将之间相互排挤倾轧，又有所谓“清流”与“阉党”之争，他曾经痛心地说过“我朝委实无人，文臣弄权，” “君实非戡乱之君，臣多庸碌之臣。”正是这种派系利益乃至个人利益之争，使得偌大一个帝国，拥有广阔的土地、人口、资源，却面对满族人的打击而溃不成军。郑成功决心将自己的军队建立成一支团结一致、绝对服从于他的强大军事力量，避免内部争斗为组织带来的灾难性后果。
从泉州撤兵，虽然是一次挫折，但他的军队并没有遭到损失，郑成功开始网罗更多的名士与武将。不久，原浙江巡抚卢若腾、进士叶翼云、举人陈鼎等人相续投奔郑成功，郑成功对这些文士十分尊重，以上宾之礼相待，在制定政策过程中，不时咨询他们。另外，郑成功也收罗一批武将，其中有甘辉、蓝登、邱缙、林壮猷、金裕。
甘辉是海澄人，身材短小，猛勇绝伦，后来成为郑成功麾下最骁勇的战将之一；蓝登是漳浦人，武艺高超。郑成功深知自己的力量还过于脆弱，他不是象黄道周那样容易意气用事的人，他首先要训练一支能征善战的军队，并且必须要有足够的物力、财力来维持这支军队的给养。
郑成功继承了父亲海上贸易事业，作为郑芝龙的长子，他生长于一个有着浓厚商业气氛的家庭里，对海上贸易的重要性有着深刻的认识。郑成功曾经向隆武帝建议“通洋裕国”，也曾向父亲郑芝龙建议“大开海道，兴贩各港，以足其饷”，不过由于此时郑成功只有没有一块稳固的基地，所以他在海上贸易上也同样存显得薄弱。
正当郑成功忙于通商与练兵之际，闽粤的抗清形势又出现乐观的局面。
在1647年七月，福建义军攻克建宁府之后，紧接着，鲁监国政权的南明军队在八月到十月间又攻克连江、长乐、永福、闽清、罗源、宁德等地，福州周边的县城几乎都落入南明军队手中。南明军队的胜利大大激励沦陷区抗清运动的升级，在福州府的东北部的福宁州，原隆武朝廷的大学士刘中藻于福安起兵，并且克复县城，之后，福宁府各地也先后爆发义军起兵，到了次年（1648年）初，在刘中藻的主持下，义军占领福宁州。这样，福建中北部的福州府、建宁府、兴化府、福宁州基本上落入南明的控制之中。
从1644年清军入关到1647年的几年间，清军以令人不可思议的速度将占领区由北推进到南方，势如破竹。但是这种千里大跃进的作战导致了一个后果，就是清军的占领区并不牢靠，一方面是清政府野蛮的政策引起强烈的反弹，另一方面，由于收降太多的明朝将领，要给每个降将予合适的职位与权力，显然是不可能的，这无疑使得明朝降将对清廷的态度出现了转变。
金声桓是一位为清廷卖命的南明降将，他原是左良玉的部将，投降清军之后，作战很卖力，在进攻江西的战役中充当急先锋，可是最后清廷授予的官职与他的期望值相去甚远，同时他与清廷任命的江西巡抚、巡按等人矛盾甚深，在这种情况下，他决心反清归明。1648年正月，金声桓发动兵变，杀死江西巡按、布政使等多名高官，江西巡抚被擒。金声桓的反清归明，对全国的抗清时局产生了非常积极的作用，除了江西南部地区外，其余大部都起兵响应金声桓，一时间江西成为反清的阵地，金声恒的军队继而攻占九江，长江中下游一带的沦陷区倍受鼓舞，特别是湖北、安徽等地的反清势力迅速复苏。
(使命的召唤-35)
在金声桓反清之后的三个月，即1648年四月（此清历，明历为闰三月），两广提督李成栋也宣布反清归明。李成栋这个人，是个屠夫、刽子手，他曾是李自成的部将，后投降清廷，充当清廷打手，是“嘉定三屠”这一骇人听闻屠城事件的主要责任人，在剿杀隆武帝与绍武帝更是充当急先锋的角色。李成栋与金声桓一样，自认为为清廷立下卓著功勋，在攻占广东后，他自认为朝廷将授他两广总督之职，不想清廷却将两广总督、广东巡抚授予所信任的辽东汉人佟养甲，这令李成栋怀恨在心。李成栋之所以最终反清归明，还与他心爱的一个女人有关，这个人是他的爱妾赵氏，赵夫人到广州后，力劝李成栋反正，迎回永历帝，李成栋举棋不定，赵夫人为了让李成栋下定决心，采取极端的尸谏，她结束自己生命，临死之前，以血代墨留下一封书信，赵夫人的死，令李成栋深深被震憾了，使他原本麻木冷漠的内心涌出一股血性之气，最终毅然起兵，加入到反清的行列，这在当时，无疑是爆炸性的一个事件。
福建、江西、广东均掀起一波反清浪潮，郑成功审时度势，准备主动出击。
郑成功的实力仍然不够强大，所以他将进攻的矛头指向安平西部的同安县，这里的清军守备力量比较弱，攻占同安也可以保证安平基地的安全。1648年四月十日，同安战役打响，郑成功率林习山（这是郑芝龙的老部将，在平海盗以及与荷兰人的料罗湾海战均有出色表现）、甘辉等将领，从水路、陆路两个方向出击，兵临同安城外。清军出城迎战，清军除了骑兵、步兵之外，还包括了人数不少的乡勇。
同安城外的战斗，表现最突出的是刚刚投奔郑成功不久的甘辉，他作战勇猛，胆气过人，在战斗中，同安守备王廷被甘辉所斩杀，清军伤亡过半，只得退入城中。由于同安城的城垣低矮，而且地形平坦，无险可守，所以清军副将廉彪、知县张效龄弃城而逃。第二天，郑成功的军队兵不血刃占领同安城。
这次战役规模不大，不过对于郑成功来说，意义不小。与前一年的泉州战役不同，这次郑成功是独立作战，这一年他也只有二十四岁，独立指挥对于磨炼他的军事才能有着重要作用，同时也使他的影响力日益扩大。一些郑芝龙的部将又陆续归集到了郑成功的麾下，其中有林察等人。
林察曾是郑芝龙的部下，海军将领，在郑芝龙降清之后，郑氏集团许多旧将都投降清军，但林察拒绝投降，他南下广东，拥立绍武帝，但不久绍武帝与永历帝两个政权兵戈相见，爆发内战，林察率海军击败了永历军队，但不仅后由于李成栋率清军入广东，绍武政权覆灭，林察四处辗转，回到福建。郑成功发动同安战役取得胜利后，林察前来投靠，并向郑成功详述永历政权的情况。
此时李成栋在反正之后，控制了广东，并将永历帝从广西迎回到广东肇庆，广东成为反清的大后方，永历帝在南明的合法政权得到承认，在这样的背景下，郑成功决定放弃使用隆武年号，改奉永历年号，并派人前往肇庆，上表称贺，表示认可永历政权的领导地位，并且率领一部分战船，抵达福建南部的铜山岛，准备等候永历帝的圣旨，以便与永历政权的其他军事力量通力合作，共图恢复大业。
(使命的召唤-36)
此时，福建中北部的抗清运动遭到清政府的血腥弹压。
鲁监国与郑彩的军队，包括各路自发兴起的义军曾一度控制了福建的中北部地区，在形势大好的情形下，两个因素导致了收复福建军事行动的失败。
第一个因素，是南明政权中无法克服的毛病，就是内部的争斗与倾轧。来自鲁监国集团的熊汝霖与郑遵谦与郑彩之间矛盾重重，在1648年初，郑彩先后除掉熊汝霖与郑遵谦，这使得鲁监国与郑彩之间的合作出现了巨大的裂痕，同时，收复福宁州的功臣刘中藻与郑彩也是矛盾很深，这些内部的争斗破坏了抗清力量的团结，内耗使得清军得以各个击破中北部的南明力量。
第二个因素，是清军大举增兵，礼部尚书陈泰被任命为靖南将军，统兵大举进入福建，同时，浙闽总督陈锦也派兵从浙江入福建，到四月清军援军主力进入福州，之后几个月内，鲁监国政权控制下的福建中北部绝大多数县城，均落入清军之手。
七月，由于闽中、闽北等地义军多被清军击败，清军将领佟鼐、李率泰、陈锦率军南下，直扑同安。
留守同安的郑军出城与清军会战，但寡不敌众，郑军将领邱缙身中五箭，身负重伤，军队被迫撤回同安城内，但是同安城的防御工事很是脆弱。由于郑成功已率主力到铜山岛，同安城守军没有外援，只得死守，郑军的战斗非常顽强，使得清军屡屡受挫，攻城战持续了一个多月，到八月中旬，同安城终于被攻破。
郑军守将邱缙、林壮猷、金作裕均投入与清军的巷战之中，力战而死，担任同安知县叶翼云等人被俘，拒绝投降，从容赴死。
这次同安保卫战，郑军表现出极为英勇的大无畏精神，令清军伤亡极大，清军主将佟鼐恼羞成怒，下令屠城，致使同安城内屋舍一空，血满沟渠。
由于同安距郑成功所驻的铜山岛距离很远，加之清军的封锁，直到八月份，郑成功方才得知同安城被围攻的消息，他大惊失色，当即命令海军返援，可不巧的是，海上狂风巨浪，迫使船队整整花了五天的时间，才抵达金门岛，此时已经传来同安失守、全城遭屠的消息，郑成功在金门岛遥祭英灵，失声痛哭，全体将士，无不动容。
同安陷落后，郑成功将军队带回铜山岛，一部分驻于镇海。铜山岛位于福建的南部，离广东较近，可见此时的郑成功希望与永历政权联合作战，共同推进抗清事业。
可能在这个时间段，施郎、施天福、洪习山、黄廷等闽籍将领从广东投奔到郑成功麾下。
施郎曾追随黄道周入江西，由于他的军事建议得不到黄道周的认同，他便擅自脱队返回福建，在郑芝龙降清后，施郎也随即投降清军，并与其他郑军将领跟随李成栋入广东与南明军队作战。李成栋对这些郑军旧将怀有很深的偏见，除了施郎外，其他郑家旧将如施福、洪习山、黄廷等人，均被李成栋所打压。
(使命的召唤-37)
在李成栋反清归明、迎回永历帝之后，大力排斥郑军旧将，上书要求将施福、施郎、林习山等福建籍将领遣返回福建。当施郎部经潮州准备返回福建时，占据潮州的李成栋部将郝尚久企图加害施郎，将这支福建军队一网打尽。
施郎得知此事后，急忙率领所部士兵逃到饶平，郝尚久率军追击，施郎且战且退，经过一个多月的艰苦突围，终于摆脱郝尚久的追击，施郎的两位从弟都在撤退途中死去，施郎率所部投奔郑成功，郑成功授予他左先锋镇的镇将军职。
李成栋、郝尚久对郑军旧将的迫害，导致了严重的后果，为日后郑成功与郝尚久兵戎相见，埋下了祸根。
施郎确实是一员非常优秀的将领，他的到来，给郑军带来了军事训练上的革新，他深谙兵法，犹其在海战上他有一套独特的阵法，后来郑军海军中的楼橹、旗帜、伍阵相离之法，多是施郎所创置。
除施郎外，施福、林习山、黄廷等人也陆续返回福建，并投奔到郑成功麾下，这不仅壮大了郑成功的军事力量，更重要的是，使郑军拥有一批富有作战经验的将领与士兵，战斗力得到大大的提升。
郑成功移师铜山岛，可能还有一个目的，这一年福建出现了严重的饥荒，郑成功不得不与郑彩联手，组织大批的船只前往广东购买粮食，同时也在铜山附近的诏安募兵征饷。郑成功在诏安征粮饷遇到了很大的困难，诏安人林日灼等人鼓动当地人拒绝交粮饷，武装对抗，结果郑成功不得不动用军队，派甘辉率军镇压林日灼等人的骚乱。
在郑成功陷入粮荒的困境中时，全国的抗清形势再次发生大逆转。
1649年初（永历三年），南明中兴的希望，三大军事力量金声桓、何腾蛟、李成栋相续败亡，中兴的希望泡沫破灭。
江西在金声桓反清归明后，曾有一度成为全国的抗清中心，金声桓在1648年的三月对江西南部的赣州发动进攻，但是赣州战役却进展缓慢，经过两个多月的围攻，仍然未能攻克赣州。此时清廷以谭泰为征南大将军，大举增兵江西，并开始进攻南昌。金声桓被迫放弃赣州之战，退保南昌，到次年（1649年）正月，南昌终于被清军攻破，金声桓自杀身亡。
中国人都知道唇亡齿寒的道理，但在南明内部，这个浅显的道理一再被争权夺利的官僚们所忽视。在金声恒被围困南昌期间，无论是南方的李成栋还是西面的何腾胶，都没有给予有力的支援。李成栋并不急于救援南昌城，而是在九月份对江西赣州发动进攻，然而这次浩大的攻势却意外地被坚强的赣州守军所遏制，南明军队损失了一万多人，李成栋心灰意冷地返回广州。次年二月，李成栋对赣州发动第二次进攻，赣州的清军采取主动出击的策略，李成栋军大败，而他本人也在渡河过程中意外落水丧命。
几乎与金声桓、李成栋败亡的同时，永历政权下最重要的将领之一何腾蛟意外失手。金声桓与李成栋的相续反正，给了南明的复兴一个难逢的机会，在这种情况下，南明军队乘机反扑，占领了湖南绝大部分地区，然而南明内斗的故事却一再重演，致使军队内部一片混乱，清军渔翁得利，济尔哈朗迅速进逼何腾蛟所在的湘潭，当时何腾蛟想召回逃亡的南明军队，手上根本没有军队，因此被清军所俘虏，他拒绝投降，最终被清军处死。
南明复兴的事业，又从高潮跌落低谷。
(使命的召唤-38)
二、潮州之战
金声桓、何腾蛟、李成栋之死，使清军再次主导江西、湖南、广东等战场上的主动权。在福建，到了1649年，鲁监国军队以及闽北义军在清军的反扑下，所占领的据点基本上又重新沦陷，鲁监国不得不将从福建又撤回到浙东。
随着鲁监国撤离福建，先前与拥护鲁王的郑彩，又与郑成功、郑鸿逵等人加强了联系，虽然郑氏集团内部仍然三足鼎立的状态，但是严峻的局势使他们三人必须通力协作，才能确保度过难关。
占据厦门岛郑彩的实力仍然最强大，但他也慷慨地把厦门岛作为郑成功的后方储备基地，郑成功可以自由出入岛屿，并且将他的粮食与军饷储存于此。郑鸿逵则将势力打入到广东的揭阳，粤东是一个产粮基地，郑鸿逵进入揭阳，为日后郑成功在粤东的发展也起到投石问路的作用。
李成栋在广东的反清归明，虽然不久便败亡，但是郑军旧将却因此纷纷投奔到郑成功之下，所以在全国抗清再次陷入低谷时，郑成功的军事力量却悄然崛起。
1649年（永历三年，顺治六年）九月，随着郑成功的力量逐渐强大，镇守漳浦县的清军副将王起俸决心反清归明，投奔郑成功。
王起俸派人秘密与郑成功联络，并约定日期，里应外合，夺取漳浦。郑成功派遣海军战船停泊在漳浦以东三十里处的龟镇港，准备到时突袭县城，然而这个密谋不慎泄露，王起俸被迫率几名亲信逃离漳浦到龟镇港，后随同郑军战船抵达铜山。
虽然这次夺取漳浦的计划落空，但是王起俸的到来对郑成功来说，仍然意义非凡，因为王起俸是一位善于骑射的将领，郑军在海军上实力强大，但在陆战中对清军骑兵劣势明显，王起俸的到来，负责起郑军骑射的训练，他深在郑军在陆战中对付清骑兵的劣势，所以十分强调在战斗中格杀对方的马匹，割下敌军马耳者，与斩获敌人首级同功，这使得郑军对抗骑兵的训练水平有了明显的提升。
郑成功起兵三年，力量有所扩大，但是他仍然缺乏一个稳固的基地，他的基地主要是在福建南部的小岛以及沿海的一些地盘，发展空间相当有限。对他来说，最好的战略就是背靠广东这个南明基地，夺取与广东相邻的诏安、云霄等县城。
十月，郑成功开始了夺取云霄县的军事行动，他在舰队驶进云霄港，并于十日在一个名为白塔的地点登陆，郑军分三路出击：左路兵团包括左先锋施郎、援剿左镇黄廷、前冲镇阮引、正兵营卢爵；右路兵团包括右先锋杨才、援剿右镇黄山、后冲镇周瑞、左冲镇林义、右冲镇洪习山；中军由郑成功亲自督师，包括戎旗中军康明、中冲镇柯宸枢、亲丁镇张进。
云霄县的清军在云霄守备张国柱的率领下，在离城五里处列阵与郑军对垒，共计有一千多人，但是经过严格训练后战术能力大为提升的郑军显然占据上风。
施郎率领的左路兵团率先对清军发起进攻，经过数小时的交锋后，郑军的右路兵团在杨才的率领下，开始发起第二波的进攻，清军顿时阵脚大乱。左先锋镇的副将是施郎的弟弟施显，他见清军开始溃败，大呼一声，跃马提刀，勇闯清军阵营，与清军主将张国柱遇个正着，两人在马上一阵厮杀，结果张国柱被施显斩于马下。施郎手下的随从洪羽与施显的哨官黄安也在战场上奋力搏杀，杀死清军多人，得到郑成功的通报表扬。
主将之死使得清军兵败如山倒，退入云霄城内。郑成功开始指挥攻城，但是清军另一位将领姚国泰表现得非常顽强，给郑军造成不少麻烦。不过在林义、柯宸枢等人的强攻下，郑军终于在城的西北角打开一个缺口，当郑军大量涌入城内时，姚国泰再也无法坚守这座县城，他在战斗中受了重伤，奄奄一息。郑成功对姚国泰的忠勇表现赞赏不已，他派了最好的医生救活了姚国泰，并且最终感动姚国泰，使之最后投诚。姚国泰也是一位精于骑射的将领，他的归降对于郑成功急需精通骑兵的人才有着很大的作用。
在攻占云霄之后，诏安成为郑成功的下一个目标，只要打通了诏安，就可以打通前往广东的陆上通道。
诏安的清军防卫力量并不是很强大，但是最令郑成功担心的是来自漳州府城的清军可能随时会增援诏安，所以他在漳州前往诏安所必经的盘陀岭组织了一条防线，盘陀岭地形险峻，是打援的一个有利战场。郑成功留下攻克云霄时立下战功的中冲镇柯宸枢以及援剿左镇黄廷、右冲镇洪习山负责盘陀岭的安全。
在布置盘陀岭防御线后，郑成功开始向诏安挺进，果然，漳州的清军迅速南下支援诏安，在盘陀岭遇到了郑军的抵抗。虽然盘陀岭的郑军守卫力量早有准备，但清军的运气实在太好了。在抵达盘陀岭之后，正好逢浓雾，郑军分左、右两路防守盘陀岭，按原定计划，一旦其一路防御遭到攻击，另一路可以救援策应。但是浓厚帮了清军的大忙，清军在大炮的支援下，先进攻右翼防线（由黄廷、洪习山指挥），由于浓雾的影响，左翼的柯宸枢无法策应。在清军的猛攻下，右翼的防线被突破，黄廷、洪习山被迫后撤，这样一来，由柯宸枢所防守的左翼便成孤军之势。清军集中优势兵力进攻柯宸枢，虽然郑军英勇反击，但是最终还是寡不敌众，防线失守，柯宸枢本人也战死沙场。
柯宸枢之死，对郑成功是一大损失，郑成功一直认为柯宸枢是一位“沉毅有谋”的将领，希望他可以辅助自己完成抗清的事业，不想却出师未捷身先死，徒使英雄泪沾巾。
(使命的召唤-39)
盘陀岭失守，清军大举南下驰援，郑成功被迫放弃进攻诏安的计划，郑成功现在只有两条路可以选择：其一是撤向大海，返回铜山岛或南澳岛；其二是从陆地西进，进入广东省。由于李成栋的反正，现在广东全省名义上都归属南明政权，因而进入广东不仅相对安全，而且有利于郑成功寻找一个新的军事基地。于是他下令，大军绕过诏安城，向西进入广东潮州境内，驻扎于黄冈镇。
地处粤东的潮州府，是一个颇为复杂的地方，这里分布有多股势力。
第一股势力是隶属于南明政权的李成栋部将郝尚久。潮州一直是政局混乱的一个地方，在郝尚久之前，潮州是由车任重所统治，车任重是一位总兵，他杀死了惠潮道李光坦，潮州知府以及海阳县令，独霸潮州。郝尚久在上司李成栋的授意之下，假装要声援福建，借道潮州，结果在潮州府城杀死车任重，从而成了潮州的军政长官。不过郝尚久对潮州也只能控制府城一带，对其他县城并没办法控制。郝尚久与郑氏集团矛盾甚深，这后文再作分析。
第二股势力是早先时候占据揭阳的郑鸿逵势力，郑鸿逵虽然经营揭阳有一年之久，但是由于受到郝尚久以及其他土豪的抵制，发展缓慢，但他在揭阳扎稳脚跟，对郑成功在粤东的发展无疑有着积极的影响。
第三股势力是潮州境内大大小小的山贼、海盗，这些基本上是独立势力，多数是所谓“不清不明”，既不归属于清政府，也不归属南明政府，当然也包括一些抗清义师。其中势力较大的包括黄冈的黄海如、南洋的许龙、澄海的杨广、海山的朱尧、潮阳的张礼等。这些人，理所当然成为郑成功首先要收拾的对象。
郑成功驻师的黄冈，就是土豪黄海如的地盘。黄海如是前明一名军官，以前曾在官府里担任小吏，后来到南澳岛从军，估计也是属于郑芝龙的旧部，在南京失守，弘光政权垮台后，他纠集一批亡命之徒，以抗清为名，其实从事劫掠的强盗活动。郑军到来后，黄海如很明智地选择归降，并且在施福的领引下，前来见郑成功。
郑成功接见黄海如，并问他说：“我举义以来，屡得屡失，乃天未厌乱。今师至此，欲择一处，以为练兵措饷之地，必何而可？”
黄海如建议说：“潮属鱼米之地，素称饶沃，近为各处土豪山义所据，赋税多不入官，藩主第而收服之，藉其兵而食其饷，训练恢复，可预期也。”同时黄海如还建议郑成功夺取潮阳县，这里不仅是潮州地区最富庶的一个县城，而且有几个优良的港口可以停驻水师。
黄海如的建议，成为之后一段时间内郑成功的战略重点，即吞并潮州地区的土豪、山盗的力量，并且从他们手中夺取粮饷。不过郑成功曾有过一些忧虑，因为潮州毕竟是南明将领郝尚久的地盘，他越界在潮州境内收降土豪，这有挑拔内斗的嫌疑。但是除此之外，郑成功无法解决粮饷不足的严重问题，永历政府是不可能提供给他哪怕一文钱的粮饷。
郑成功决定听从黄海如的意见，占据潮阳县。从黄冈到潮阳县，要经过几个土豪势力的地盘。他以“奉旨专征”的名义，对土豪势力“顺者抚之，逆者讨之”，这个“奉旨专征”只是他自己杜撰出来的。
郑军开进到黄冈西南的南洋，这是土豪许龙的地盘。郑成功给许龙发了一道命令，命令他让出一条通道，并且准备小船以供郑军渡河使用。
许龙是潮州一个著名的人物，他长期盘踞在南洋一带，横行无忌，对于郑成功的谕令，他置之不理，并且出兵相拒。郑成功马上从陆、海两路进剿许龙，许龙的强盗军怎么是郑军的对手呢，一战即溃，许龙仅以身免。但是在追击许龙时，郑成功险遭刺杀，当他督师至一水岸时，潜伏的岸边的几位许龙手下的刺客，突然杀出来，当时郑成功的座骑受到惊吓猛跃起来，郑成功跌下马背，那几个刺客举起刀就往他身上刺来，情形十分危急。郑成功的贴身卫士蔡巧、李长大吼一声，拔刀相迎，拼死保护，并最终杀死刺客，才化险为夷。
虽然有这次意外的遇险，不过总的来说，郑成功收获非常之大，在占据许龙的巢穴后，缴获了大量的粮食与武器，其中光粮食就多达一万多石，郑成功下令将这些粮食搬上船只，然后运往厦门岛，交由从叔郑芝莞保管。
由于许龙是潮州土豪中势力最强的一支，他的老巢被捣，很多土豪转而归附郑成功。前来投诚的土豪有海阳的陈斌，这是一员骁将，能力举千斤，手掌特别大，所以得了一个浑号叫“大巴掌”，郑成功让他掌管后劲镇。除此之外，还有澄海的杨广、南阳的唐玉、海上的朱尧等人均前来归附，使得郑成功收罗了不少兵力。
要调和这些土豪之间的矛盾也不是一件容易的事。比如陈斌与杨广之间有很深的矛盾，陈斌曾在澄海被杨广聚众追杀，陈斌背着他三岁大的儿子，身披铠甲，腰间插了一把铁斧，手里持着大刀，手刃多名杨广的手下，拼死杀出重围，到城门时，当时城门已经关闭，无法出去，陈斌硬是从铁斧砸坏城门，破门而逃。因为陈斌与杨广有这个恩怨，在两人归附之后，郑成功特地将两人请来，杯酒释恩仇，两人被郑成功的诚意所感动，后来终于协力共事。
(使命的召唤-40)
还有一股很强的土豪势力没有归附，这就是盘踞在潮阳的张礼。
潮阳是郑成功夺取的目标，他仍然按惯例，给张礼发出一道谕令，但张礼也置之不理。张礼占据着潮阳的达濠埔，他在这里有三个营寨，分别叫达濠寨、霞美寨、青林寨，每个营寨都有一千多人，互成犄角，当一个营寨受攻击时，其他两个寨便会前往援救，在三寨之间，设置了许多陷阱，整个防御体系三位一体，也正是因为这个原因，张礼自认为这个坚强的防线足以吓退进攻者，因此他绝不隶属于其他势力，属于“不清不明”的地盘，是一个小小的独立王国。在前一年郑鸿逵率海军入潮州的揭阳时，就曾经想招抚张礼，但张礼对处处与郑鸿逵作对，郑鸿逵也拿他没办法。
郑成功在远眺了三座营寨的地形及防御后，同时收到情报，侦知张礼据守于青林寨，他着手制订了一套作战方案，其战术重点是围攻其一寨，然后伏击其余两寨的援军。
十二月二日，郑军率先对达濠寨发起进攻。避免了军队无谓的伤亡，事先郑成功派人暗中向当地人询问了这三座营寨间的陷阱分布，使郑军得以避开这些危险的陷阱区，直抵寨下。郑军架起大炮，猛攻达濠寨，果然不出所料，其他两寨马上出动人马前来援救。此时郑成功早已派出一支奇兵潜伏于青林寨的附近，等张礼率寨中的兄弟前去援救达濠寨时，这支奇兵在半途对张礼发起伏击，然后又拔一两支小分队，佯装准备抄袭张礼的老巢，张礼大吃一惊，无心恋战，赶紧下令返回寨中，郑军乘张礼阵脚大乱之时，发起强大的攻势，结果土豪军人马损失惨重，张礼狼狈逃回寨中。
张礼的败退，令达濠寨的守军惊惶不安，士气消沉，而郑军则声势大振，在火炮的猛轰下，山寨的防线被打开一个缺口，郑军一拥而上，攻破达濠寨。张礼精心设计的三寨互为犄角的战术失灵了，达濠寨失守后，很快霞美寨也落入郑军之手，最后只剩下一个孤立无援的青林寨，在这种情况下，张礼除了投降，别无选择。张礼在郑成功军队入粤东之前，曾与郑鸿逵长期对峙，在投降郑成功之后，最终被郑鸿逵找了个借口杀掉了。
张礼投降之后，郑军入驻潮阳。郑成功又派军队到潮阳西部的靖海卫与惠来县，这两座城池都表示归顺郑氏，这样，郑成功终于在粤东有了立足之地。
当时郑鸿逵占领潮阳北面的揭阳，郑成功前往揭阳与郑鸿逵商讨下一步的行动计划，郑鸿逵试图说服郑成功联手进攻郝尚久。
郝尚久与郑氏集团的矛盾由来已久，主要体现在三个方面：第一，郝尚久曾经迫害过郑军旧将，等别是在施郎等福建籍将领返回福建时，进行围追堵截，企图一网打尽，这使得以施郎为首的郑军旧将对郝尚久的印象是十分恶劣；第二，在1648-1649年间，郑成功曾写信给郝尚久，具体内容史书不载，由于当时福建正闹粮荒，而潮州地区是一个重要的粮食产地，估计这封信是商议援助粮食的问题，但是遭到郝尚久的断然拒绝，这迫使郑成功舍近求远，到广东高州（茂名）购买粮食。第三，在郑鸿逵占据揭阳之后，直接威胁到郝尚久在潮阳的地位，两人的利益冲突更加明显，而此时郑成功又搅了进来，郝尚久在后台老板李成栋战死之后，他的所有心思，就是保住潮阳这块地盘。
郑氏集团与郝尚久的矛盾越发的激化。在郑鸿逵看来，郝尚久并不是南明在潮州的合法政权，他是擅自杀死总兵车任重，从而成了潮州的军政长官。正是因为这个原因，郑鸿逵有理由认为郝尚久这个军阀并不属于南明政权，所以想连同自己的侄子一起推翻郝尚久。
但是郑成功拒绝了叔父的提议，在他看来，郝尚久毕竟在名义上是归属于永历政府，除非有适当的借口，否则师出无名，将落人于破坏统一战线的口实，郑成功说道：“彼尚藉明号，岂可自相矛盾？俟其踪迹败露，然后声罪致讨。”宁可等待时机。为回报叔父长期的支持，郑成功帮助郑鸿逵摧毁了揭阳县一处拒绝与之合作的土豪李芳的势力。
（使命的召唤-41）
郑成功返回潮阳后，继续征服潮阳地区拒绝出粮出饷的土豪山匪。
1650年（永历四年）正月，郑成功亲自督师，攻打和平寨土豪。和平寨地形险要，易守难攻，三面环水，只有西面可以进攻，郑军连续进攻多日，无法攻克。在与和平寨的战斗中，郑成功险遭不测，他亲自在阵前督师，和平寨的山盗拥有火器，也算是郑成功命大，当时他刚一转身，结果一颗枪弹打中了站在郑成功身后的一名参军的右指。
由于进攻不利，郑成功打算撤军。右先锋杨才向统帅保证，将在次日早攻下和平寨，郑成功同意杨才做最后一次进攻。杨才身先士卒，冲锋在前，冒着山上矢石交攻，奋勇突进，他的勇敢终于使战场上的僵持局面发生逆转，这座坚固的山终于落入郑军之手，作为报复性的严惩，杨才下令将山寨的战士全部处死。不过在这次战斗后不久，杨才病死，不知是不是因为在战斗中负重伤而致命的。
同时，施郎攻破溪头寨，刚归降不久的“大巴掌”陈斌攻破狮头寨，寨首黄亮采向陈斌投降。但是紧接着在攻打和尚寨时，郑军损失了两名军官，左冲镇林义被炮弹击中，重伤而死，北将吴士标也在战斗中受伤而死。暴怒之下的郑成功下令各军猛攻，将山寨夷为平地，山寨所有人全部被杀死。
此时郑成功在潮州的势力已经延伸到了普宁县，他控制了潮阳、镇海卫、普宁、惠来四座县城。
在揭阳县附近，有一支起义军称为九军，这是1645年时，由于潮州百姓苦于缙绅阶级的压迫，以刘公显为首的九人起而抗暴，组织一支起义军，故称为九军，这支起义军已经存在五年，抗交官租。开始时，他们也拒绝向郑成功交饷，郑成功马上派兵镇压，击破一处山寨，刘公显等人发现不是郑军的对手，便归顺郑成功，并上交了数万的助饷。
经过几个月的东征西讨，郑成功在粤东的势力已经超过郑鸿逵。郑鸿逵在征饷上屡屡受挫，只得求助于郑成功，当时揭阳有一座山寨叫新墟寨，寨主与郝尚久关系不错，每当郑鸿逵攻打新墟寨时，郝尚久便发兵相援。郑成功敏锐地发现这正是消灭郝尚久势力的一个时机，便答应郑鸿逵，出兵讨伐新墟寨。
四月二十五日，郑成功与郑鸿逵合力进攻，郑鸿逵所部的大炮发挥巨大的威力，摧毁了新墟寨的防御工事，骁勇的郑家军发起冲锋，很快便夺下新墟寨，并俘虏了寨中的战士，郑成功从中挑选出四百人，编入自己的队伍之中。不出郑成功所料，潮州郝尚久部果然派兵前来增援，但援军来得太慢了，抵达时新墟寨已经陷落。郑成功马上以“郝虏助逆”为理由，出动军队迎击郝尚久的援军。
郑氏集团与粤东郝尚久集团这两支南明力量展开火并。
南明政权的内斗无所不在。与高效的清政府相比，南明内部简直是一团乱麻，不仅在政府内部官员相互争斗，地方政权之间也互斗不休，这似乎是无可克服的恶性循环，虽然不少有志之士深刻洞察到这种内斗的危害性，但是低效的政府显然无法改变这一事实，永历帝充其量只是个平庸之辈，而且他对军队也没有控制能力，缺少中央制约的地方势力，很容易陷于无休止的争斗之中。
(使命的召唤-42)
郝尚久早就对郑氏集团强占潮州西南地区非常不满，只是因为他的顶头上司李成栋在进攻赣州身亡后，他失去了靠山，不敢与郑成功发生正面的冲突，只想保往自己的地盘。新墟寨是郝尚久的势力范围，他不容郑氏集团染指，所以当传来新墟寨被郑军攻打时，他气得鼻子都歪了，斯可忍孰不可忍，立即下令增援新墟寨，反击气焰嚣张的郑军。
郑成功马上以郝尚久“助逆”为理由，向郝尚久开战，此时，郝尚久的军队数千人前来，正好自投罗网，郑成功派部将甘辉、黄廷潜伏在郝军必经之地，自己则率施郎、陈斌等部对郝军发起正面进攻。
郝尚久匆忙迎战，郑成功手下悍将陈斌身先士卒，奋勇冲锋，他提刀跃马，闯入郝军阵营中，左劈右砍，锋不可挡，正当郝军阵脚大乱时，甘辉与黄廷的伏兵杀出，郝尚久支撑不住，这场遭遇战变成郝军的溃败战。郑军的战斗力要远远强于郝军，郝尚久的中军将领陈禄被郑军生擒，而士兵更是尸横遍野，郝尚久好不容易才突出重围，返回潮州府城。
在郑成功与郝尚久大打出手之时，广东的局势恶化了。
这一年（1650年）正月初三，清军尚可喜、耿继茂占领广东北部的韶关，大规模的南征开始了。惊慌失措的永历帝在五日后逃离广东肇庆，前往广西梧州，皇帝的逃跑给广东的抗清事业带来负面的影响，清军入粤后，迅速向南推进，到三月初，已经抵达广州城外，南明军队的广州保卫战打响了。
为配合尚可喜在广东发动的攻势，四月，漳州守将王邦俊也率清军南下，攻打郑成功在福建的老巢铜山，铜山守将张进樱城固守，驻守在南澳岛的郑军将领陈豹率海军来增援，击败了王邦俊的清军，使铜山岛转危为安。
形势不容乐观。
西有尚可喜的清军，东有王邦俊的清军，而郑成功虽然在潮阳的几个县城立足，但这么小的一块地盘，仍然不足以抵挡强大清军的进攻。惟一让郑成功感到欣悦的，是施郎从诏安招安了一支由抗清义军，义军的首领名叫万礼，后来万礼成为郑军一名重要的将领。无疑，郑成功对永历帝开始感到失望，对永历的南明军队能否坚守住广州城也持怀疑的态度，广州城的陷落，似乎只是时间的问题。
不行，一定要未雨绸缪，郑成功决心攻克潮州府城。
对于郝尚久这个人，郑成功也看是明白，原本是李成栋的部将，跟随李成栋反正，但他反清的态度并不明确，虽然名义上隶属于南明政权，实际上是割据潮州的军阀，坐山观清与南明的战斗，一旦风向转变，他还是很可能降清，而对于郑军来说，经过几年的奋斗，却仍然不能拥有一个坚实可靠的后方基地，如果能夺取潮州府城，驱走郝尚久，那么便可以立足于此，建立起一个长期的反清根据地。
郑成功召集将领研究进攻潮州的军事计划。归降不久的猛将陈斌是潮州人，对潮州一带的地形十分熟悉，他提出：“潮邑东面环溪，只一浮桥通漳大路，惟西南北平地，可施攻击。必须断其浮桥，以绝援兵。”这个计划得到郑成功的认同。
(使命的召唤-43)
当郑成功大军逼进潮州城时，郝尚久急着报一箭之仇，便匆匆率军出城迎战。郑军驻扎于葫芦山，郑成功善于使用伏兵，他命王起俸率一支人马先埋伏在葫芦山下，然后以勇将陈斌迎战郝尚久。这个伏击计划又一次大获成功，郝尚久根本就不是郑成功的对手，一阵激战后，伤亡惨重，被迫逃回城内。
郑成功开始组织人马破坏潮州东面的浮桥，以断从东面来的援军，但是要破坏这座浮桥并不容易，因为郝尚久在桥边设有炮台，对郑军展开猛烈的炮击，一连三日，郑军仍然无法夺取炮台。郑成功亲自冒着炮火到前线督战，并且下令：“有奋勇拔克者，重赏升擢；退却者不论总镇官兵，立即枭示。”在严厉的军令下，郑军组织敢死队终于攻下敌方的炮台，敌军除被杀死后，还有跳入河中淹死的，之后，郑军烧毁了浮桥。
郑成功此时从西面、北面、南面三个方向包围了潮州府城，内三层外三层，并在城外筑起炮台，不分昼夜，猛轰潮州城。潮州城守军也开炮还击，战事进行得非常激烈。郑成功是一个胆气绝伦的人，作为统帅，他时常在前线巡视，有一回，他巡视完毕后，约请诸将领在城边一座山的松石下饮酒，畅谈兵事，不料却被郝尚久的士兵发现，马上移来大炮，朝郑成功的方向猛轰。站在郑成功身旁的管家阿三当场被炮弹炸得粉身碎骨，所幸的是郑成功与其他将领均没有受伤，这也是他第三次遭遇到极度危险的情况，死神再一次擦肩而过。
郝尚久极其被动，他决计向清政府投降。清军漳州守将王邦俊率领军队驰援潮州，七月二十日，清军前锋赫文兴抵达潮州东部，曾经与郑成功对峙的海盗许龙以舟船搭载清军进入潮州城，郝尚久是个眼中只有利益，没有什么民族大义的人，很快他便剃发降清。
由于清军主力西进，而且郑成功进攻潮州两个月未能破城，士气低落，而且南方的天气湿热，对于长期驻于城外的郑军相当不利，很多士兵都得病，在这种情况下，攻克潮州的想法已经不切实际了，郑成功只得下令撤围，返回潮阳。
对于郑成功来说，面临的困难之多，几乎是难以克服的。虽然郑成功在剿平山寇土豪上占尽优势，在与象郝尚久这样的军阀作战也不落下风，但是与清军相比，实力悬殊。这种悬殊不仅体现在军事上，也体现在经济上，由于清军已经控制了全国绝大部分的土地，在兵力、粮饷上十分充足，而郑成功最大的问题，就是实际控制区过于狭小，粮饷一直缺乏，为了筹集更多的粮饷，他不得不向当地的土豪以及山寇们摊派，但这样一来也埋下了一些祸根。
在郑军从潮州撤退后，曾经归附郑成功的一股山寇的首领黄亮采乘机反叛，拒绝缴纳粮饷，并且派兵袭击了郑成功的营地。郑成功大怒之下，命令猛将甘辉率军围剿，并且斩杀黄亮采，即便如此，他仍然不能不提防这些山寇们的反抗。
正当此时，郑成功的族叔郑芝莞、郑芝鹏从厦门岛抵达潮阳，给郑成功带来了一个消息：据守厦门岛的郑彩率舰队北上，现在坐镇厦门的是他的弟弟郑联，这是一个夺取厦门的绝佳机会。
（使命的召唤-44）
三、计取厦门岛
郑彩与郑联都是郑成功的族兄，在郑芝龙降清之后，郑彩与鲁监国政权联合，由于郑成功、郑鸿逵拒绝承认鲁监国的政权，所以与郑彩的关系有所疏远。随着鲁监国势力被清除出福建，而郑彩又涉嫌杀害鲁监国的大臣，最后郑彩与鲁监国分道扬镳，与郑成功及郑鸿逵的关系有所改善。从史料上分析，郑彩不仅允许郑成功的军队停驻于厦门岛，而且这个岛也成为郑军一个粮食的储藏基地。
从地理位置上看，厦门岛是一个非常好的军事基地，首先它是一个海岛，而且开发比较早，岛上修筑有城堡。对于在海军力量上占据绝对优势的郑家军而言，海洋是一道清军难以逾越的天然屏障；其次，厦门临近漳州与泉州，这两个地区都是相对富庶之地，便于筹集粮饷，而且郑氏集团的根基也比较深厚；更为重要的一点，厦门岛是郑芝龙多年苦心经营的海上运输杻纽，是郑氏集团对外贸易最重要的基地，大大小小的商船频繁出入厦门港，使得这个小小的岛屿富裕繁华。
相比之下，郑成功所占据的铜山岛、南澳岛在位置上就不是很优越，特别是在粮饷的征集上，远不如厦门岛所拥有的地利，在商业贸易的地位上那更无法与厦门岛相比。郑成功后来开辟的潮阳根据地，根基十分不牢靠，一方面清军已经大举进攻广州，广州城的陷落似乎是不可避免了，另一方面，郝尚久的降清，以及来自福建的清军已驰援潮州，时刻威胁着潮阳根据地的安全。
郑成功的抗清信念是相当坚固，如果要有大发展，无论是铜山、南澳还是潮阳，都远不如厦门岛来得优越，但是厦门岛是族兄郑彩、郑联的地盘，要夺取厦门岛，势必是一场内斗，怎么办呢？
郑成功一时陷入两难的选择，在这个时候，郑芝莞与施郎成为促成郑成功下定决心的关键人物。
最初向郑成功提出夺取厦门岛的是族叔郑芝鹏，但是起初郑成功并不敢有这样的念头，他说：“彼船只倍多，部将老练，取之不得，反结为仇。”
郑芝莞力劝郑成功说：“建国（郑彩）远行，惟联（郑联）在厦，迩来横征暴敛，民不聊生，取之正当其时”。郑芝莞是在给郑成功一个良心上的理由，这个理由就是郑彩兄弟在厦门岛上横征暴敛，导致民不聊生；郑成功果然听了之后不禁心动，他密召最有谋略的将领施郎前来参与讨论，商量如何对郑联发动突然袭击，夺取厦门岛。
施郎对郑成功说：“征之未见为是，当设计图之。”建议不以力取，而是以计谋夺取厦门。郑成功让施郎继续分析：“试陈可图之计。”施郎提出一个计策，即郑成功亲自率少量船只抵厦，郑联见郑成功人少，必然不加防范，其余大部船只伪装成商船，秘密停泊于岛外诸港，集结待命， 只要计杀郑联，就可以马上控制整个厦门岛。
自从郑芝龙被清军挟持北上之后，郑家军陷入群龙无首的局面，以郑彩、郑成功、郑鸿逵为首的三支势力互不归属，从名份上说，郑成功是郑芝龙的长子，他理所当然应该继承父亲留下来的军事资本，从能力上说，郑成功自从起兵抗清以来，势力与影响力都不断地扩大，他的势力已经超过叔父郑鸿逵，同时许多郑芝龙的旧将都投奔到他的麾下，这些旧将也希望郑成功能成为郑氏集团的最高领袖。
郑彩的力量最为强大，他的兵力比郑成功要多出数倍，如果能吞并郑彩的军队并夺取厦门岛，那么郑成功的抗清事业将有一个坚实的基础，这不能不让郑成功动心。但郑成功还是不太忍心对族兄动手，他沉吟良久说：“此计甚当。但吾欲善取之，庶免杀兄之名。”郑芝莞提醒郑成功说：“不杀之，恐其部卒恋主。不如杀之为是。建成、元吉，岂非亲兄弟乎？”当年李世民发动玄武门事变杀死亲兄弟李建成、李元吉，这才有后来的贞观之治，暗示做大事者，要下得了狠心，这又是给了郑成功一个说服良心的理由。
(使命的召唤-45)
在经过一番思想斗争后，郑成功最后下定决心，实施由施郎提出的计取厦门的计划。
八月十五日，正是中秋节，一轮明月当空，银光柔和洒在无边的海上，在波浪中化幻成千万明月，荡开、破碎。入夜时分，四艘大船在厦门的鼓浪屿抛锚停泊，郑成功与甘辉、施郎、洪政、杜辉等将领以及五百名士兵登上岛屿。鼓浪屿的守兵却是认得郑成功的，便搭了小船，上厦门岛上去通报给郑联。
此时郑联正在万石岩上大宴宾客，饮酒赏月，觥筹交错，兴致盎然，当侍卫入报郑成功率四艘船返回厦门时，郑联并没有在意。
其实对于郑成功，郑联的哥哥郑彩一直有防患之心，在郑彩率舟师北上时，曾叮嘱郑联说：“国姓帆船来往，宜备之。”但是郑联不以为然地说：“少年乳臭，虚名而已，何足介意。”这一年郑成功只有二十六岁，在郑联看来，他还不足以成大事。但是郑彩对郑成功胸怀大志且坚忍不拔的性格特点有所了解，他告诫郑联：“弟言谬矣，且不可以少年轻之，细观调兵，甚有经济。”并且一再提醒：“吾提师远出，弟当留心防范，且不可以为戏。”
但是郑联压根不相信郑成功会对他构成任何威胁，因为厦门岛的驻军不仅数倍于郑成功，光是兵船粮饷，也要比郑成功要多出十倍。厦门岛面积并不大，郑彩兄弟居然粮饷储量如此巨大，看来郑芝莞所说的“横征暴敛”并不是空穴来风。当郑联得知郑成功率四船返回时，他确实没有放在心上，才四艘船，哪能搅得起风浪啊。再说中秋节是传统团圆的佳节，这里郑氏亲戚又多，郑成功在此时返回，似乎也是顺理成章之事。
然而令郑联没有想到的是，郑成功此番返回厦门岛，绝非仅仅四艘船，他的其余船只均伪装为商船，在郑成功抵达后，陆续停泊在厦门岛附近的岛美、浯屿、大担、白石头等地，就等着郑成功下达命令。
第二日清早，郑成功从鼓浪屿搭船上厦门岛，拜会郑联。结果郑联昨晚喝多了，醉熏熏的，还没睡醒，得知郑成功来访，他方才起床梳栉，出见郑成功。在寒暄几句后，郑成功对郑联说：“师屡败绩，赧颜相见。倘吾兄见怜，以一旅相助，得片土栖身，终不敢忘大德。”这是一句试探性的话，郑联这个人，没有心计，颇为慷慨，马上一口答应，回答道：“军旅相助，分所当然。”并且挽留郑成功小酌，几杯热酒下肚，东南西北神侃，对郑成功的到来并没有丝毫的防备之心。
只是郑联没有想到，他对这位族弟表现出来的慷慨，并没有改变郑成功的既定决心，在郑成功看来，郑联的不设防正是下手的良机。他推托有事在身，先行告辞，出于郑联府第，马上下达指令，要求所有伪假成商船的军舰，马上进厦门港，秘密集结于郑联海军舰队附近，并密切监视其一举一动，并且约定，以炮声为信号，一旦炮声响起，马上夺取郑联的海军船只。
当晚，郑成功在虎坑岩设下酒席，邀请郑联赴宴。郑联这个人喜欢玩乐，哪有不去之理，在酒宴期间，投壶角胜，酒兴一来，更是酣畅淋漓，郑联根本没有料到，这是他最后的晚餐了。到了晚上，郑联方才掌灯回府，郑成功早令部将杜辉等人埋伏于半途，等郑联行走到半山塘时，杜辉等人蒙面杀出，郑联喝得醉薰薰的，哪有戒备之心，突遇刺袭，猝不及防，竟被杜辉等人所杀。
杜辉得手后，郑成功马上在山顶发炮为信号，施郎、甘辉、洪政等人马上率舰队包围郑联停泊在海港内的船只，另有一部分海军登陆后进入厦门岛内，迅速控制岛内的主要政府机关。郑成功以保护郑彩、郑联家属为借口，派军队包围郑彩与郑联的府第，没有命令严禁出入。
（使命的召唤-46）
第二天，郑成功发布郑联遇刺的消息，他假惺惺地声称“谁杀吾兄，仇不共戴”，并悬赏抓拿凶手。虽然这只是猫哭耗子的表演，厦门岛内的郑联部将当然心知肚明，但是并没有人企图造反，究其原因，一来可能郑联这个人真的是不得人心，再者郑彩、郑联的军队本来就是属于郑芝龙系统，而郑成功是郑芝龙的长子，现在他来执掌这支军队，似乎于情于理都说得过去。
郑联的部将陈俸、蓝衍、吴豪等人前来归附郑成功，之后，郑彩的海军将领杨朝栋、王胜、杨权、蔡新等人也陆续舟师来归附。这样，郑成功兵不血刃，夺取厦门岛，并且吞并了郑彩、郑联在厦门岛内的军队、战船以及军用物资储备，一跃成为郑氏集团里无可争议的统帅。
率师北上的郑彩得知厦门岛被郑成功占据后，勃然大怒，然后又长叹了一口气说：“是吾之咎，所托非人。”他马上挥师南下，想要一鼓作气夺回厦门岛。此时郑成功已经做好充分的迎战准备，结果郑彩大败，郑成功将郑彩的家人逮捕作为人质，这个过分的举动，激起了郑成功祖母黄氏的愤怒，她严厉地批评这位残忍的孙子，郑成功这才下令释放郑彩的妻儿子女。
兵败后的郑彩率残师准备向浙江的鲁监国政权求援。
然而郑彩此时方才体会到什么叫众叛亲离。鲁监国的高级将领们对郑彩的遭遇非但不同情，反而与郑彩兵戎相见。
郑彩一度与鲁政权通力合作，关系紧密，但是他后来擅权除掉鲁监国重臣熊汝霖与郑遵谦，这使鲁政权对他极不信任。同时，在鲁监国政权一方，内部也是矛盾重重，将领周鹤芝与周瑞之间矛盾重重，周瑞便南下投奔郑彩，因此，当郑彩到了周鹤芝的地盘时，周鹤芝并不接纳他，反而以兵相拒。同时，鲁监国政权下的阮进、张名振也率军支持周鹤芝进攻郑彩，最终郑彩被击败，他只得漂泊海上，甚为窘迫。
数年后，随着时日的推移，郑成功在内心深处，对郑彩也充满愧意，所以还是真诚地写信邀请郑彩返回厦门岛，郑彩走投无路，最终还是选择与郑成功的和解，返回厦门，并最后病逝于家中。
虽然郑彩在隆武政权时，出于一己之私，消极抗战，但是当郑芝龙降清，福建几乎全部落入清军之手后，他表现了出坚韧的一面，拒绝降清，并且主动联合浙江鲁王的力量，一度光复福建中北部绝大部分地区，在光复福建的努力失败后，他又对郑成功的事业大力支持，不仅允许郑成功可以自由往来于厦门岛，而且将厦门岛作为郑成功贮藏粮饷的一个可靠的后方基地，可以说郑彩的心胸还是相当宽广。虽然被郑成功所暗算，失去厦门岛，但他宁愿漂泊于海上，也不愿投降满清，这个气节，比郑芝龙要高许多。
为了夺取厦门岛，郑成功将主力几乎全部调回福建，这使粤东根据地兵力严重不足，这一地区的土豪山寇乘机而起，拒绝缴纳粮饷，长期与郑成功作对的山寇苏利乘机发兵攻打惠来县，结果惠来县的守将卢爵战死，知县汪汇自杀身亡。
吞并郑彩、郑联的军队与船只后，郑成功的军事力量一下子膨胀起来，军队比原先多出几倍，战船、粮饷也数以倍增，更重要的是，他有了一个相当有利的后方基地。尽管这次计取厦门岛的作法不甚光彩，但郑成功以尺蛇吞象的的魄力与强悍的手腕，迅速将郑彩郑联的旧部招为己用，并且没有出现任何的骚乱，实足以体现其非凡的领导才能。
由于粤东基地受到山寇的反扑，郑成功决心率军前往镇压。郑成功是个精力旺盛的人，事必亲躬，但有时一人做不了两事，他既要稳定住粤东基地，同时也担心在他离开之后，清军会乘机进攻厦门。
在厦门岛中，郑成功最信任的人，是从叔郑芝莞，以前郑军所得到的粮饷，均交由郑芝莞保管，可见郑成功对其信任度之高；同时他也是力劝郑成功夺取厦门的主谋。郑成功派人召来郑芝莞，问道：“我欲往潮，虏果来犯，尔将何守？尔敢任否？”
郑芝莞信誓旦旦地说：“藩主若设水陆官兵数镇付莞提调防守，虏果来犯，有失愿依军令。”郑成功留下阮引的前冲镇、何德的后冲镇作为水师防守力量，蓝登的援剿后镇为陆上防守力量，这三镇全部归郑芝莞所节制。安排妥当后，郑成功亲率其余军队南下广东潮阳。
(使命的召唤-47)
四、勤王之路
十一月二日，郑成功的舰队刚抵潮阳时，远在广西梧州的永历帝派黄文携旨前来，向郑成功通告广州城被攻破的消息。
自从三月六日尚可喜、耿继茂率清军开始进攻广州城，广州南明守军进行了英勇的保卫战，这场保卫战历时十个月之久，在此期间，清军大量加强水面船只的数量，并且大量增援陆上军队，攻城大炮增加到了七十三门，南明多次对广东实施救援，但均被清军击败，到十一月一日，清军的大炮轰塌了广州西北城垣，清军从打开的缺口处涌入广州城内，广州沦陷，继而清军进行血腥的屠城。
惊慌失措的永历帝只得将希望寄托于前大西军、前大顺军以及郑成功等的军事援助上。这些军事力量，都是来自明朝体制之外的军队，都曾经是明朝政府剿抚的对象（郑成功的军队大部分仍然是来自于郑芝龙的半私人武装），历史给明朝政府开了一个大玩笑，现在孱弱的南明不得不依靠这些曾经与之作对的武装。
前来报信的黄文对郑成功说：“有旨请藩入援，伪平、靖二王率满骑数万寇广州复之，宁藩望我大师南下会剿甚切。”
广东的局势在迅速恶化，郑成功料想清军在攻占广州后，潮阳的局面将极其困难，因为尚可喜、耿继茂的清军很快会向这里挺进，而且潮州的郝尚久也已经降清，在这种情况下，郑成功必须要考虑放弃潮阳根据地。他下令加紧时间在潮阳一带催粮饷，并且将粮饷用船运回厦门岛。
由于郑成功所控制的地盘太小，所以在征粮饷上使当地百姓负担非常沉重，大约有三成的百姓生活在贫困线上，根本无法交饷，郑成功最后豁免了这部分人交粮饷的义务。
郑成功前往揭阳，与郑鸿逵商量大军的去向。
郑成功判断清军在攻克广州之后，下一步的目标必定是粤东，所以认为潮阳、揭阳一带终非久居之地，他建议郑鸿逵先撤往厦门岛，而他本人则准备南下勤王，支援永历帝。
永历帝是一位平庸得很的乱世皇帝，在1650年初清军南下广东时，他便如惊弓之鸟从广东肇庆撤往广西梧州。到了同年的十一月，广州与桂林这两省的省会几乎同时被清军攻陷，永历帝再次逃窜，他在十一月十一日登船逃往浔州。
然而，驻守浔州庆国公陈邦傅却阴谋降清，想劫持永历帝献给清廷。永历帝接到密报后，吓得魂不守舍，当时正值暴风雨，他不敢停留浔州，冲雨而过，逃往南宁。陈邦傅没有逮住永历帝，便杀死宣国公焦琏，然后向孔有德投降。
此时南明的旧政府军几乎丧失殆尽，除了杜永和退守琼州（海南岛）外，邓耀退往钦州龙门岛，陈奇策退往上下川岛，这些南明军事力量只是为荣誉而作战，根本无法扭转时局。
在永历小朝廷生死存亡的关头，曾经联明抗清多年的大顺军残部，终于永历帝向郑成功发出勤王令，但郑成功的军队远在千里之外，远水解不了近渴，所以他只得向云南、四川一带的原大西军求援了。
（使命的召唤-48）
下面简单说说大西军与大顺军余部的活动情况。
先来看大顺军的情况。
1645年五月，李自成意外死于湖北通城九宫山，当时大顺军还拥有四十万之众，分为两支，一支以郝永忠（原名郝摇旗）为首，拥有十余万部众，往依南明湖广总督何腾蛟，另一支以李锦（也有称为李过，后改名李赤心）、高一功（后改为高必正）为首，拥有十八营，三十万部众，与南明湖北巡抚堵胤锡达成协议，联明抗清，并且隆武帝赐名为“忠贞营”。
此后，大顺军余部成为抗清的一支重要武装力量。
然而南明政府与旧臣对这支李自成的起义军怀有敌视之心，非但不能以诚相与，反倒处处掣肘，挑拔大顺军内部的争斗。
而在大顺军内部，由于缺乏强有力的领导，内部将领之间也矛盾重重，所以始终无法凝聚为一支强大的军队。
南明昏庸臣僚对大顺军的压制与不信任，最后使得大顺军余部与南明政府的矛盾越来越深，到了无法调和的地步。
在1648年，由于与南明官僚矛盾的激化，郝永忠的大顺军脱离南明，北上荆襄山区；同时李赤心、高必正的忠贞营也由于南明官僚的打压排挤，最终在导致在湖南收复的失地又悉数丢失，李赤心、高必正从湖南退回广西。
在1649年底，李赤心病逝后，在高必正与李来亨的领导下，忠贞营仍然坚持抗清，永历小朝廷虽然摇摇欲坠，内部的派系倾轧却丝毫不减，在广州、桂林失陷后，高必正、李来亨见这个小朝廷府朽到无以复加的地步，率忠贞营经贵州抵四川巴东的西山屯，与郝永忠、刘体纯等大顺军余部会合，继续抗清斗争。
相比之下，大西军在其首领张献忠被清军袭杀后，仍然维持内部的稳定局面，并没有出现大顺军群龙无首的混乱，张献忠四位才干非凡的养子理所当然成为大西军的灵魂，这四个人分别是孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇。
起初四人的合作相当完美，大西军四大巨头之间地位基本相等，不过孙可望由于是四人中的大哥，所以在威望上略高于其他诸人，在这四巨头的带领下，大西军浴血奋斗，从四川向贵州转移，得以重振声势。
孙可望、李定国等人在大西军的政策上作出重大调整，其一是中止张献忠的屠杀政策，改变流寇的形象；其二是从与明政府对抗转向联合南明对抗满清，在民族矛盾急剧上升的情况下，大西军的这几个领袖确实展现深邃的战略眼光与胸襟。
1647年，云南爆发土司“沙定洲之乱”，给大西军一个绝佳的机会，孙可望等人以“扶明”平滇乱为理由，果断率大西军入云南，孙可望被推为大西军的统帅，他的地位开始上升，不过仍然没有绝对的专制权力，大西军四巨头分别称王，孙可望为平东王，李定国为安西王，刘文秀为抚南王，艾能奇为定北王。李定国、刘文秀等人经过艰苦的战斗，终于平定土司之乱，而另一位领袖艾能奇则在战斗中中箭身亡。
(使命的召唤-49)
孙可望在治理云南上显露出惊人的才华，这里实际成为一个独立的政权，同时孙可望也开始雄心勃勃，他开始考虑如何巩固自己的权势。
虽然孙可望表面上是这个政权的盟主，但是他并不能压服李定国，李定国强悍骁勇，经常顶撞孙可望，而且手握重兵，孙可望并没法制服他，所以孙可望打算利用永历政权来压制李定国。
1649年时，孙可望派使者前往肇庆，与永历政权取得联系，并要求永历帝封他为“秦王”。
孙可望的目的在于以封王一举奠定自己比李定国、刘文秀更高的王位。
永历小朝廷虽然是半死不活的一个政权，但这面子也拉不下来，第一，“秦王”是一字王，也就是亲王，在明代没有异姓封为亲王的先例；第二，“秦王”是诸亲王之首；所以永历小朝廷为这个名号争吵不休，结果这件事，拖延了一年多，还是没有结果。
现在永历帝已经成为落水狗了，广州、桂林先后失守，部将要么被战死，要么降清，他现在差不多成为孤家寡人了。
在这个时候，永历帝才破格将封孙可望为亲王，但并不是孙可望希望的“秦王”，而是“冀王”，希望得到孙可望的大西军的保护。
郑成功决心南下勤王，可能有一个目的，就是想抢在孙可望之前，迎回永历帝。
此时永历政权下的旧明军事势力，已经基本上已经土崩瓦解。此后，南明只是一个象征，就象永历帝是一个象征一样，来自明朝政府系统的军事力量，已经被清军摧毁殆尽了，剩下来坚持抗战的，都是边缘化、体制外的军事武装，孙可望、李定国的武装来自张献忠的反政府叛军，而郑成功则是继承了郑芝龙半海盗性质的私人武装。
永历帝现在只剩下三个选择：第一，被清军杀死；第二，投奔西南的孙可望、李定国的前大西军；第三，投奔东南的郑成功。
永历帝被清军打得向西逃跑，当然不可能跑到东南，再说，虽然郑成功吞并了郑彩、郑联的军队后，实力一下子膨胀起来，但比起西南孙可望、李定国的实力仍然还显得过于弱小，地盘也过于狭小。所以郑成功南下勤王，大约有迎接永历帝的想法，只要永历帝在郑成功的掌握中，那么东南将成为全国抗清的无可争议的中心，并且可以让郑成功按自己的想法去构想反清的宏伟蓝图。
在郑成功准备南下勤王时，他最担忧的是厦门岛的安全，因为厦门岛的防卫力量只有三个镇的兵力，显得太单薄。所以他希望郑鸿逵的军队能协防厦门岛，一旦弃守粤东，厦门岛将成为郑氏抗清活动的最重要的堡垒，不可丢失。
郑鸿逵也意识到揭阳一地，难以长期据守，便答应郑成功，退往厦门岛。
潮阳一带确实危机四伏，曾经归附郑成功并提出占据潮阳的当地土豪黄海如，见清军节节胜利，便秘密与清军平南王尚可喜联系，准备降清，结果东窗事发，事情败露，被郑成功赐死。
(使命的召唤-50)
1651年（永历五年）正月，郑成功先在南澳岛与郑鸿逵的海军会合。驻守在南澳岛的陈豹认为南下勤王，风险莫测，而厦门岛是郑军抗清根本，也不可丢失，所以请求郑成功返回镇守厦门岛，由他率军南下勤王。郑成功慨然道：“我家世受先帝厚恩，捐躯难报，今有旨调师，虽越山逾海，义当趋赴，岂暇谋及身家？”
身为左先锋的施郎对郑成功说：“勤王臣子职分，但郎昨夜一梦，似大不利，乞藩王思之。”看来施郎对勤王这件事非常不看好，他以做梦不利为借口，反对郑成功挥师南下。郑施郎这个人，有计谋，也有胆略，但是桀骜难驯，郑成功对他颇有意见，关于施郎与郑成功矛盾之处，留待后文再言。
郑成功心里明白施郎这个人并不想南下参加勤王作战，由于施郎多谋，也不好跟他撕破脸皮，索性就答应让施郎以休假的名义，追随郑鸿逵的舟师返回厦门，让他把军队（左先锋镇）交给副将苏茂。
郑鸿逵把部将萧拱宸、沈奇两队人马留给郑成功，随军南下勤王。正月底，郑成功的勤王军在南澳岛扬帆启航，而郑鸿逵则率舰队北上返航厦门，施郎也在北上舰队中。
勤王之路不仅遥远，而有充满凶险。舰队航行在茫茫的海上，海上行军不同于陆上行军，不仅在舰队补给上要求很高，而且还会遇上狂风、暴雨的天气、原来平静的海面会突然间变成狰狞恐怖，海洋如同吞噬一切生灵的恶魔，露出其邪恶的天性，将船只与船员一同吞入庞大无的腹中。
郑成功的海军在经过一段平静的航行后，在二月二十五日傍晚，舰队从白沙湖启航后。此时，大海开始显出其变幻莫测的一面，一场暴风雨不期而至，狂风席卷着豆大的雨滴，横扫过无边的海域，海面上惊涛骇浪，重重地敲击着船舷上的木板，甲板上许多屯放的物品都被巨浪所卷走，船队在风浪中颠簸难行，船体左右摇晃。风雨越来越烈，波浪越来越汹涌，在这种风浪下，强行行驶将导致船毁人亡。郑成功马上下令，全体舰队就近转移到并停泊在盐州港。
舰队中的船只都纷纷驶离危险区，躲入港湾内。但郑成功的座船可能因为体积大，受风浪的影响大的原因，没法驶入海湾，只好顺着风浪漂流而去。在暴风雨的袭击下，在海浪猛烈地冲打下，整艘船摇摇欲倾，随时都有沉船的可能。郑成功仍然体现出其一如既往的镇定与从容，他的神情自若大大鼓舞舵手面对风浪时沉着冷静，尽量顺风而驶，以减缓巨大的冲击力。但是船上的桅杆在狂风的猛烈袭击下，随时都是折断的可能，海浪一阵阵地冲击在甲板上，船仓内的大门都几乎快散架了。
在此危急时刻，郑成功的部将蔡进福、施举各率一艘船前来营救。暴风雨使得营救十分困难，好不容易到了一个名为菜屿的小岛，船终于有了一个可停靠的地方，郑成功的座船已经损坏严重，他转移到了损坏不算严重的蔡进福的船上，有惊无险。
(使命的召唤-51)
另一艘由施举指挥的船在暴风雨中无法停靠，又被卷入到风浪之中，当时风浪极大，而且天色渐暗，施举根本无法找到可停靠的岛屿，只好将船驶向外洋，漫无目的地在海上漂浮，有几次险些被巨浪所吞没，船上的各种物品都被风浪卷扫到大海上了。
到了清晨，暴风雨过去了，海洋上又恢复了往日的宁静。郑成功很担心施举的船出现意外，因为船中有钱粮册籍，而郑成功的船也因为各种锅灶毁于暴风雨，储备淡水的水柜也被巨浪冲走，在茫茫大海上，根本没办法升火做饭，郑成功与其他将士忍饥挨饿，直到下午，终于找到了其他船只，而施举凭借他多年航船的经验，也脱险归队。
郑成功戎马一生，多次遇险，这些险情有来自自然界的威胁，有刺客的刺杀，更多则是战场上的枪林弹雨。郑成功从小时侯始，他就学会坚强地面对险境，他接受的教育，就是要能忍受一切痛苦，包括身体上的与心理上的，这些出生入死的经历使得他更加坚强，自小开始，他接受的教育就是要，坚忍不拔不仅是一种意志，也是一种领导力。
经过暴风雨洗礼的舰队，又开始踏上新的征途。
三月十日，舰队抵达大星所，大星所在现在大亚湾附近，距离香港不远的地方。此时港口内停泊有数十只乌尾船，郑成功命令士兵登陆，上岸砍伐些树木，搬到船上，但是这时清军与当地居地一拥而上，要把这些士兵赶下大海。
郑成功大怒，传令舰队靠岸，在海岸边安营扎寨，夺取停泊在岸边的数十只乌尾船，并且对大星所城发起进攻。
