佟鼐收复了同安，却痛恨同安的百姓支持郑军坚决抵抗，造成清军大量伤亡，便下令尽屠城中百姓，血流沟渠，令人发指。
郑成功正在铜山整顿船只，训练士卒，忽然接到叶翼云等从同安发出的告急请援文书，便立即率大队舟师回救同安。但天不作美，这几天北风甚烈，航船难于驾驶，郑成功带兵5天才抵达金门。而这时探军来报说，同安已被攻陷，诸将战死，叶、陈不屈被杀，全城惨遭屠杀。郑成功不禁痛哭。他设坛遥祭阵亡将士和被杀的军官、百姓，三军无不为之动情感愤，发誓定报此仇。郑军不能再北上，于是便移师于镇海、铜山一带。
这年十月，永历帝诏封郑成功为威远侯，郑成功高兴地接受了封号。第二年，永历三年（公元1649年）七月，永历帝遣使再封郑成功为广平公。
几年来，郑成功以安平为据点，游战于南国，给清军造成了很大的压力。但是郑成功军队的发展，始终受到一定的限制。
3、创办厦门根据地
通过几年的征战，郑成功已收复了福建的漳州、泉州沿海地区与广东潮州所属的一些地方，但始终没有找到一块可以依靠的根据地。他必须寻找新的适合的地盘，做为反清复明的基地。
顺治七年（公元1650年）八月的一天，郑成功召集部将议事，大家都感到需要一个巩固的军事后方，郑成功的叔父郑芝鹏，此时也在这里，他便劝郑成功攻打厦门，以作为军事基地。
由于郑联也是郑家子弟，郑成功很是犹豫。当下有人说 ："金厦两岛是福建沿海的重要地方，据之可以纵横金、厦、澎一带海面，雄吞同安、漳州，不失通详裕国，探险待取之道，老太师过去曾十分重视这个地方。而现在却被郑联、郑彩据有。此时，郑彩不在厦门，而驻守的郑联终日饮酒，不理军务，窃军饷为私用，征军需作家财，部下怨言纷纷，百姓苦不堪言。现在夺取厦门正是时候 。"经过权衡再三，郑成功决定夺取厦门。但担心武力夺取一旦失利会使两军结仇。施琅说 ："如果用兵攻取，不是好办法，应该设计智取 。"郑成功说 ："把你的想法说出来给大家听听 。"
施琅说 ："郑联是个酒色之徒，无谋之辈。藩主可率4艘巨舰，扬帆回师，停靠在鼓浪屿。郑联见你人少，肯定不会怀疑。其余的船只，则扮作商船，陆续跟进，分别停到泊岛、关浯屿、大担、白石头。另外，再派部分船只从鼓浪屿转入崎尾，直接开到厦门港水仙宫前。准备好后，藩主上岸拜访，不要让他看出破绽，相机行事 。"郑成功听后颇为赞赏，说 ："此计甚好，但我想还是以不杀人为好 。"郑芝莞说 ："如果不杀郑联，恐怕他的部下恋主，不如就此杀了他好 。"郑成功颇为犹豫。但为了抗清大计，也是因为郑联平时只重酒色不谋国事，他采纳了大家的意见。
郑成功依计而行。于中秋之后，郑成功率船来到鼓浪屿拜访郑联。
郑联设宴款待郑成功。二人谈得甚是投机，整整喝了一天，还觉得不尽意。
郑成功又在虎坑岩设宴，宴请郑联。席间，郑成功与郑联互相敬酒，比试谁的酒量大。一直喝到晚上八、九点，郑联才回府。
郑联走到半山塘时，被郑成功伏兵所杀。其他各路人马随信号炮声响后冲进城去，控制了厦门城。郑成功又命人到城内各处安抚百姓，城内秩序井然。
郑联的部队也被郑成功掌握。郑成功又派洪政持书前去招降郑彩。
郑彩对洪政说 ："我已年老体衰，我看我们郑氏家族诸子弟中，能继承大志、有所作为的只有大木。
我愿把我的队伍，全部交给他 。"说完随洪政一起回到厦门。
郑彩把全部兵船都交给了郑成功。郑成功见郑彩确实一心为抗清大业着想，便不再猜疑，待之甚厚。
最后，郑彩死于厦门。
郑成功得了厦门以后，势力更加强大。接连几天，都有人纷纷前来归附，附近不少地方，原来是郑芝龙的部属，也派使前来，表示愿意受郑成功节制。
从此，郑成功有了比较稳定的根据地。九月，郑成功隆重祭祀了已经惨死4年的母亲田川氏。不久，又派人将其家眷接到了厦门。经他的经营，厦门日益繁荣。
他的手下部队已发展到40000多人。又整编了军队，设立五军（左军、右军、前军、后军、中军），雄踞海上，图谋进取。
4、力挽狂澜
就在郑成功训练部队，图谋进取之际，黄文带着永历皇帝的诏书从广西来到厦门。
原来，在清军的进攻下，广东连吃败仗，李成栋悲愤中饮酒过度，于雨天落水而死，杜永和率广东所有人马投降了清军，广西日益危急。诏书的目的是要郑成功率师从广东虎门登陆，会同孙可望、李定国联合进攻清军。
郑成功决定南下抗清，以保护永历政权。同时，他南下广东的另一个目的是镇压潮阳地区因为追征粮饷过急而导致的民乱。他自己率诸镇，配备100多艘船，南下勤王。
郑成功惟恐清军会乘他南下，厦门空虚之际前来偷袭，特意关照留守指挥的郑芝莞说 ："金、厦是我们的军事基地，它的存在与否，对我们今后的抗清事业关系极大，切勿掉以轻心，一定全力守备 。"郑芝莞满口答应一定搞好金厦的防守。郑成功南下途中担心后方守备力量薄弱，又派郑鸿逵回去协助防守。
这时，清军攻下广州的消息传来，南澳守将陈豹劝郑成功停止南下。他提出，广州失陷，从虎门登陆进军已无可能，会师肯定无法实现，则厦门是根本重地，决不可轻易丢失。他建议郑成功应当驻守南澳，居中调度；而自请与各镇官兵南下，倘若望见孙可望、李定国的军队，再来请郑成功亲行。
郑成功感谢陈豹的好意，但他认为现在按永历皇帝的旨意发兵，虽越山逾海也在所不辞，决不能只顾个人的安危。他指示陈豹，仍然要固守南澳，倘若厦门有警，可火速前往救应。
左先锋施琅以足智多谋著称。他感觉到郑成功南下凶多吉少，不愿随行，便以夜梦不吉为由请求留守，郑成功虽爱他之才，却没能力很好地驾驭他。又因为施琅喜欢背地里暗害别人，曾逼走了后劲陈斌，所以郑成功比较讨厌他。郑成功最后还是让他留守。并别任郑茂为左前锋，但心里已埋下了怀疑的种子。
顺治八年（公元1651年）二月，南下的船队行至白沙湖，遇到大风暴，船队受到一定损失。风暴过后，船队重新集结，继续前进。三月，船至天星所，迎面碰上清军从惠州来增援的乌尾船10余只。郑成功以两路迎击，从水路上截击惠州来的清军，以陆路攻打天星所。两路军队英勇出击，大获全胜。
部队正要乘胜前进，突然传来厦门失陷的消息。原来，郑成功出师南下以后，情况被清军侦察得知。当时在泉州的清朝福建巡抚张学圣，与驻守泉州中路总兵马得功、泉州道黄澎商议，决定进攻厦门。参加这次行动的还有漳州守将王邦俊。
马得功等统辖骑兵，先从五通渡海。他们胁迫澄济伯郑芝豹出船载渡。郑芝豹因为郑芝龙被扣留在北京，无奈，只好按马得功等人的要求办。
清军冲上厦门，守在那里的前冲镇阮引、后冲镇何德等水师，见清军来势甚猛，又有郑芝豹的船队帮助渡海，觉得抵挡不过，不战而逃。而负责留守的郑芝莞，听说清军已经杀过岛来便手忙脚乱，早就忘了守备之责和郑成功之托，连忙搜捡珍宝，席卷而去。他与亲信弃城下船，逃之夭夭。这时岛上一片混乱，如同鼎沸一般。
郑成功之妻董氏怀抱祖宗神主带儿子郑经跑到海滨，见岸边有船，便招呼说："我董夫人也 。"舵工让她上了船，她命舵工把她泊近郑芝莞的船。郑芝莞见了董夫人，怕露了马脚，说他的船是战舰，不便乘坐，请她到家眷船中。董夫人说 ："媳妇喜乘此船，今征战时候，非此船不可 。"这样，董夫人手抱神主，与郑经一起坐在这条载满财物的船上。神主是郑氏的一族所系，而满船的财物则是郑氏多年的积累，它不仅是家产也是郑军给养基础。
清军攻入厦门，郑成功储存的几十万斤大米，90万两黄金，几百镒珠宝被掳掠一空。
张学圣与严黄村、张效龄督率大队人马准备入厦门，刚好赶上大海涨潮，他见厦门孤岛非容大兵之地，便率人返回驻地。马得功见后军已撤，便不敢在厦门坐镇，在回撤中与郑鸿逵回防队伍相遇，双方发生激战，马得功占了上风。后来施琅率队进攻，马军有所退却。
马得功见很难杀出郑军防线，便心生一计。他派人驾小船去见郑鸿逵。马得功曾是郑鸿逵标下的守备，他利用这一层关系，派人传话说 ："虽然彼此间隔，不过是因为各司其职，但无时不挂念您。如今得功奉令过岛，未曾扰一草一木，奈欲退无舟可渡，得功必死于此。得功死分所当然，但就恐怕岛上人民因此就不能保全了。而且您的兄长在京，眷口在安平，其能安乎？不如宽得功夫片刻，假渡而归，一举两得，得功幸甚，即您也幸甚 。"马得功的话软中带硬，郑鸿逵权衡再三，还是决定放马得功一条生路。他故意放松高崎的防守，并借给马得功几只渔船，渡马得功的军队回泉州。
郑鸿逵派人飞报郑成功，恳求班师回厦，拯救岛上百姓。
郑成功率部此时正在大兴所。他本来不想回师，要奉勤王大义为先。怎奈消息传入军中，军营内外一片哭声，他们担心岛上家眷的命运。军心不稳则难于继续南下勤王，无奈，郑成功回师厦门。
四月初一，郑军已到达厦门中左所，停泊在浯屿。但岛上出奇地平静，清兵早已于几天前就离开了厦门。
郑成功听说清军离开厦门竟是叔父郑鸿逵所助，大为愤怒，拔刀自断其发，发誓一定要杀尽清兵。郑成功下令不许郑芝莞与郑鸿逵与各亲属相见。他说："渡清兵而来的，渡清兵而去的，弃城送给清兵的，都是郑家的人，厦门遭殃，与清兵有什么关系呢 ？"意指是郑家自已的人害了厦门。
郑鸿逵派人请郑成功进城， 郑成功不同意， 他说："叔父与清军通好，请我回城好像并没有什么好意。我不杀尽清兵，我们是没有相见的日子的 。"郑成功又下令所有的镇将一律不许到郑鸿逵衙署去。郑鸿逵也知道帮助清兵的过失，脸上无光，难平郑成功之愤，便将军队带出厦门，移驻金门的白沙屯，并写信向郑成功解释原因。
郑成功移驻厦门港，召集诸将评议厦门失守的功罪。对勇于与清兵作战的，皆给予赏赐，对于弃城而逃的郑芝莞，按军令处斩，另外又杀了阮引，棒打了何德。
对于郑成功不徇私情，严明执法，又奖惩分明，将士无不心服，郑军的纪律也更加严明了。
郑成功为稳定厦门局势，将郑芝莞所运载的金银财物做为军饷，并加强防御工事建设，分别调拨劲旅把守。这样，岛上人心大定，秩序井然，兵坚防严。
郑鸿逵见郑成功在岛上处置有方，指挥得宜，庆幸郑家的事业有了出色的继承人，便把自己的船只兵权都交给了郑成功，自己则在白沙屯择地筑寨，广构亭沼，艺花植木，笙歌自娱。郑成功又重新部署了一下兵力，移驻于金门后埔扎营操练。
至此，郑成功控制了郑氏的全部兵权，东南沿海的郑氏部队都统一在了郑成功的旗下。在此后相当长时期内，金厦一直是郑成功抗清的坚强基础，更大规模的抗清斗争即将开始。
郑成功日夜操练兵马，囤集军饷，各项事务都已走上轨道。但一向号称知兵善谋的施琅却心怀贰志。
由于施琅曾暗中诬告过别人，又在南下勤王时托辞不出征，引起了郑成功的怀疑。在这之后，施琅因为郑成功没有提拔他，便不听从郑成功的命令，甚至公开与郑成功做对。
郑成功不露声色，但他已感到施琅桀骜不驯、离心离德，将来必成祸患。
五月二十日，郑成功下令在船兵将准备出军，各镇将提调其所辖部下，命人持令箭催促施显贵到厦门。
施显贵到厦门后即被囚禁。并命人到施琅家捉拿了施琅，也软禁了施琅的父亲施大宜及其家属。
施琅被关押在船上，使用诡计骗过了看守的人，几经周折，在亲戚的帮助下逃往内地。
郑成功得知施琅逃脱后顿足而叹 ："唉！吾不幸结此祸胎，贻将来一大患！"这话不幸言中，施琅终于投靠清廷与郑氏为敌，那是后话了。
郑成功清理了内部之后，着手扩大抗清基地，督师在海澄磁灶地方，以待战机。
这时，清朝漳州总镇王邦俊率领海澄马军、步军数千人，也来到磁灶扎营，与郑军对垒，企图打击郑军的发展势头。
郑成功与诸将分析，打败漳州这一路兵马，会震慑清军，又能促进集兵征饷，鼓舞将士的抗清热情。
郑成功布置了具体的作战方案，等待时机发动攻击。郑成功布下了一个圈套，准备等清军进入后，正面进行猛烈攻击，尔后其他各路包抄而来，要一鼓作气把清军消灭。
果然，二十七日，王俊邦带兵进入郑军包围圈，被郑军一鼓作气打得惨败，清兵死伤无数，丢下了大量的辎重马匹。
三天后，郑成功等回到厦门中左所，对参加这次战斗的人员论功行赏。一律按照此前颁布的《杀虏大敌中敌赏格》中规定的中敌赏格加以奖赏。
这是金、厦奠基后的首役，可谓旗开得胜，人心为之大振。由于郑成功事业有起色，一些旧部也相继归来。郑成功对此非常高兴，并对回归的人加以重用。
随着兵力扩大和作战的需要，郑成功进一步完善了军队的编制。他首先设立了礼、智、信、仁、义五营，又设立了英兵、游击、奇兵、殿兵、正兵五营。
此时同时，郑成功又委派郑启设置了军器制造局，督造军器。所造军器除刀枪等兵械外，还有藤牌、战被、火筒、火罐等。藤牌又称为团牌，是专为抵御满洲骑兵而设。做战时士兵三人为一伍，一兵执团牌，遮蔽两人，一兵砍马，一兵砍人。团牌兵攻击满洲骑兵甚为有效，对清军威胁很大。战被又称滚被，是一床厚二寸的大棉被，由一人携带，敌人射箭来，便张开棉被遮挡，箭射过后，便将棉被卷起滚进，同时挥舞双刀砍敌兵的人马之足。火筒是用来向敌兵喷射火焰的武器。火罐，其中装满火药，在点燃引信后投向敌兵，以杀伤敌人。郑军的武器比较先进，增强了抵抗清军的战斗力。
郑成功不断地派兵攻打清朝在福建的各个据点。不久，他占领了长泰、海澄、诏安、平和。
在作战中，郑军勇往直前，郑成功指挥若定，取得了一次又一次的胜利。每次战争之后，郑成功都按《大敌赏格》升赏杀敌有功人员，而对于临阵脱逃的，或在阵前就斩，或战后斩首。郑成功的赏罚分明，增强了将士们的凝聚力，使作战中的将士们奋勇杀敌，急立军功。
在郑军围攻漳州城时，固山金砺率兵来解围。郑军退守海澄。清兵炮击海澄数月，海澄城内一片废墟。在郑成功的鼓舞和指挥下，趁清兵进攻之时，顽强防守，又布地炮阵阻击清军回撤。清兵惨败而回。
郑成功自隆武二年（公元1646年）到顺治十年（公元1653年），在海上起兵初期的7年里，巩固了金、厦根据地，扩大了外围据点，占领海澄、长泰、漳浦、潮州、潮阳、惠来等城，壮大了实力，为大举北伐打下了基础。
清军以武力"围剿"收效甚小，便着重从政治上对郑成功实行诱降。
清朝政府先以被拘留的郑芝龙为人质，对郑成功进行了多次劝降、诱降活动，都遭到郑成功的拒绝。
见郑成功不肯就抚，清朝政府又宣布封郑成功为海澄公、郑鸿逵为泰化伯，郑芝龙为都督，郑成功仍没有归服之心，仍然高举"杀父报国"义旗，进行抗清斗争。
清政府见诱降不成，慑于郑成功对闽、浙的威胁，于顺治十二年（公元1655年），任命郑亲王世子济度为定远大将军，赶到福建进剿郑成功。郑成功以保全军队，以逸待劳为策略，来抵抗清军这次大规模的进攻。于十二月底，郑军打败了济度的军队，大振东南沿海抗清的热情。
郑成功率军经过多年征战，不断取得了胜利，成为反清复明斗争中力挽狂澜之师。他还要与其他抗清队伍联合，以图取得更大的抗清战果。
第四章 孤军荒野
郑成功率领郑家军进行顽强的抗清斗争，取得不断的胜利。南方逐渐形成了对郑成功有利的局势。郑成功兼蓄其他的抗清力量，发动了围攻金陵的战争，不幸遭到失败。清政府采取多种措施，要致郑成功于死地。郑成功的军队被孤立于沿海一带。
1、兵败金陵
郑成功坚持抵抗清军，他与西南的李定国遥相呼应，与鲁王余部张名振、张煌言互相配合，协同作战，给了清军以沉重的打击。
郑成功的武装斗争与其他方面相配合，形成了巨大的力量。为了配合西南地区南明政权的作战，恢复大明江山，他以顺治十四（公元1657年）至顺治十六年（公元1659年）发起了三次北伐金陵的战斗。
第一次北伐攻克闽安、南台等地。当时清朝在福建、浙江一带的守城将领，多是明朝降将，郑成功兵锋一到，他们便纷纷倒戈迎降。
清朝福建总督李率泰见郑成功大军远出，有隙可乘，便率军准备袭击郑成功在福建的驻地。
郑成功担心厦门有失，便留一支部队守卫浪崎，自己率兵赶回厦门防守，同时派兵到潮州等地征集粮饷，以备再次北伐。
顺治十五年（公元1658年）二月，清军三路向云南、贵州进剿永历政权。郑成功为了牵制清朝的兵力，开始了第二次北伐。
北伐出发前，郑成功颁布了严格的纪律：官兵除沿途取粮外，不准奸淫掳掠妇女，不准掳掠男子为□，不准牵取宰杀牛畜，不准私人借坐给牌商船，违者斩首示众，将领连罪。在北伐中郑成功严格执行军纪，杀掉了一些违纪的官兵。
这次北伐因在羊山遭受暴风雨的袭击，损失虽然不太重，但继续北上还是有困难的，便回师舟山，在浙东一带扩军筹饷，进行休整，准备再战。
顺治十六年（公元1659年），五月十三日，郑成功第三次率军北上。
出发前，他庄严地重申了"恢复大明江山，上报国恩，下救苍生"的决心，再一次颁布了对百姓要秋毫无犯的禁令。
六月十三日，郑军抵达镇江的金山，开始了有名的"镇江大战".在镇江至瓜州10里江面上，清朝守将用豆木筑起长坝，截断江流，宽3丈，用泥覆盖在上面可以跑马。左右木栅有穴可以射箭放铳。在江心位置有大炮阵、火炮阵。修建这个水坝，花费了上百万的金钱。然而坝刚建成，就被潮水涌涨，立刻冲断。
清朝的南京部院郎廷佐亲自出来祭江，再把坝修成，设兵严守。操江是蒋国柱，满洲人。总兵是管效忠，抚顺籍，满州人。与镇江副总高谦共同防守镇江。
清朝又于谈家洲设下伏兵2000名，安上大炮。新操江朱衣助六月十三日到任，守瓜洲。
十五日，郑军的海船运兵2300人泊焦山。他们首先派出牛条船，外蒙白絮，内载乌泥，只用几个人撑舵，扬帆而上。清军望见了，就大量发射炮弹。海船驶近大坝，又从从容容回去了。
清军发射的炮弹像大雨一样密集，炮声昼夜不绝，像天上打轰雷一样响，300里地以外都能听见。
共发射炮弹500发，却没有伤着一艘船。郑军海船在江上上上下下，循环多次。一方面是为了诱使清军放炮，消耗其炮弹，另一方面是运送水兵潜入水中去破坏大坝在水中的一些设施。
十六日，郑军估计炮弹将用完了，便全部驶过镇江，结果清军没能挡得住。
十七日，郑军登上瓜洲，从后寨杀入。清兵出来抵御。原来东门外有高岸，清军骑兵在那儿排成排，拉开打仗的架势。可是郑军士兵却在两旁的水田里用大马刀砍马足，清军大败。
朱衣助刚到北门察院的衙门里，发令旗向安徽求救，忽然左右向他报告 ："老爷，不好了，郑军杀来了 。"话还没完，便进来两个人，把朱衣助抓起来去见郑成功，郑成功抚慰一番，把他放了。
郑将刘某，乘东门之胜，追进瓜洲城里，将沿江炮移向谈家洲向清军猛轰，把清兵打得一片混乱。这时有郑军20名士兵，忽从江中浮了上来，持长刀乱砍，杀得洲上的清兵乱跑逃命。郑军水师又到，以上千人追杀，清军2000人都被消灭。
郑军又把大炮移到瓜洲猛轰镇江，镇江向南京告急，南京派洪承畴麾下罗将军铁骑千人前来援救。铁骑兵铁甲如雪，南征中屡屡取胜。罗将军大言不惭地说："这些海盗不够我杀的 ！"便想入江剿绝郑军。
这时，苏、常四郡军队畏郑军如虎，见京军想居前队，都暗暗庆幸。常州王总镇、无锡守备张科、江阳守备施某，与罗将军、管提督等兵九队，共15000人，罗兵为第一队，管兵为第二队，常州王兵为第八队，无锡、江阴两营跟着。
京军骄躁，急着与郑军接战。可是郑军的海船在江上忽上忽下，见清军在南边，就停泊在北边；见清军在北边，就停泊在南边。郑军表面上看起来是畏惧清军而逃避，实际上是诱引清军。
就这样，清军跟着郑军兜圈子，走了三天三夜没有休息，弄得十分疲劳。当时正是酷暑，又连日多雨，热后下雨，雨过又热，热气薰蒸，清军将士穿着铠甲实在是受不了。况且是大热天，渴得厉害，大军云集，饮水供应不上，很多人喝马尿解渴。马走了三天三夜，也渴得直张口喘息。城中人送饭到江边，清军根本吃不下去。
这时郑军前阵用的是长枪，次阵用的是团牌，第三阵用的是倭铳。每一队50人，前面有五色旗一面领头。每队有滚被2人，团牌2人。郑军按鼓声缓急来调整部队前进速度。
因为郑军多为步军，清军很轻视。过去清军作战，凡骑兵遇步兵，后退数丈，加鞭向前突进，敌阵稍动，就乘势杀入。敌步兵自相践踏，进而清军骑兵游动砍杀，常常以此获得胜利。而这一次清军骑兵战术不灵了。
清军骑兵冲杀而来，郑军严阵抵挡，屹然不动，都用团牌蔽挡，看上去像一堵墙。清骑兵三进三退，对郑军无可奈何。正在这时，郑军背后升起黑烟，待清军再冲时，郑军已疾跑到清军马前杀人了。郑军用的是3人1队的团牌杀人砍马阵。郑军用的长刀刀锋特别锋利，一刀就能把铁甲军马砍为两段。原来铸刀时，用铁匠百人挨递打1刀，故钢刃特利。清军士兵说 ："郑军厉害，1刀杀6段。"大家问是什么缘故，他说 ："3人骑马奔驰，他以刀一齐削去，6条马腿都断了，这不是砍6段吗 ！"然而当时郑军虽勇，但清军骑兵却不马上退去，这是因为管效忠站在第二队，谁退就杀谁。
战斗打了很久，郑阵中一将举白旗一挥，兵士立即两边分开好像要退避，有的走不及，就伏在地上。
清军望见，以为郑军要逃跑，可以乘势冲杀，就驰马向前。不料郑阵中忽发一声炮响，士兵全都杀出来，杀死清军1000多人，吓得清军都散了。罗部下白先锋，朗部下王先锋，都被杀死。管效忠换了3匹马才逃走，原来他一上马马头就被砍落。
清军退到银山上，追兵赶到；又走山上，很久才冲下来，郑军不动，都是铁甲胄，铁面罩子，只露两足。用长刀破清军骑兵，锐不可挡。清军大败。
二十日，管效忠率清军与郑军战于扬篷山中了郑军的阵法，之后又遭郑军追击，清军溃败。
管效忠出兵时有4000人，到最后只剩下140人了。他不禁长叹说 ："我自满洲入中原，身经十有七战，没有这两阵那样死战的 ！"常州王镇兵仅存37人，高谦只剩80骑退入镇江。
镇江城门紧闭，城内人心惶惶。镇江守将高谦与太守戴可立，把炮架在城上准备守城。郑将马信骑马来到城下大喊 ："速速献城，迟就屠城了！今外兵已杀尽，你们不信，请看扬篷山 。"守城人非常害怕。次日戴可立率人出城迎郑军入城。
郑成功问戴可立 ："你是戴太守吗 ！"戴可立说 ："是，请郑帅发落。"郑成功说 ："你本无罪，念你献城有功，仍命你为太守 。"郑成功进入镇江后安抚百姓，奖赏从征将士。镇江上下一片欢腾。
郑成功乘胜发出声讨清朝的檄文，全文如下："恢复天下兵马镇国大将军郑，为义切君亲，声援南北、计图恢复，布告同心鼎造中兴，早膺上赏事。切惟王者一统，治服四夷。大义严于春秋；首言尊攘，丰功勒于秦汉，不讳鞭驱。粤我大明三百年基业，德配唐、虞；先皇帝十七载忧勤，功侔天地。胡天不吊，国步多艰。 一祸盛世之顽民， 再□滔天之逆子。肆予荼毒，继被腥膻。裂寇毁冕，羞此沐猴；断发文身，操同人彘。寡人妇而孤人子，不闻塞上飞鸿；南走越而北走胡，尽是长平坑卒。惨矣黔首靡遗，幸而苍天悔祸。东南占天子之气，四海献赤帝之符。恭遇皇帝神武天援，仁孝性成，英协高皇，勋追成祖，文称师济，武列纠桓。不期而会者海外一十四国，同心而应者土司三百五营。连袂云，挥汗雨，谁云越士三千；左带山，右砺河，不弱秦关百二。领滇、黔而镇巴蜀，牧养秦、晋之效，群定冀北；踞湖南而跨岭表，击楫闽、粤之□，小视江东。惟钟山抷土，乃十七帝之英灵，于兹凭式； 南国士民，受三百年之恩养， 报效于今。先取金陵， 肇开皇业。独是麻、 黄为蜀地之咽喉，英、霍、为楚、豫之指臂，左连东吴，右通濠、泗。其间削籍勋耆，埋名隐姓；忠臣义士，剑侠奇人。细柳闻天子之诏，尺土龙蟠；大树振将军之名，千里寻穴，矧崇山久成铁笼，峻垒愿借金汤。凡我同仇，义不共戴。勿夺先声，徒成烽火之戏；矢为后劲，同坚背水之盟。且一战而敬谨授首，再战而贝勒成擒。招来万亿游魂，屈指二三余逆。于此人力，可卜天心。瞬息夕阳，争看辽东白豕；灭此朝食，痛饮塞北黄龙。功永勒于汾阳，名当垂于淝水。世受分茅，勋同开国。谨檄 。"
檄文富有文彩，铿锵有力，表现了郑成功的儒家风范，对于北攻金陵，反清复明，确是一个鼓舞人心的号召书。
北伐军一开始就取得了辉煌的胜利，声威大振。东南各地的反清力量纷纷起来响应。清朝政府大为震惊。在一个接一个的胜利面前，使郑成功求战心切，想很快攻下南京，然而却导致兵败金陵无功而还。
顺治十六年（公元1659年）六月二十八日，郑成功召集诸将商议进攻南京。甘辉认为北据瓜洲、镇江而截北来援军，南占北固山而封江浙通路，则金陵可以不劳师而收复。郑成功则不以为然，决心立即进取南京。甘辉又建议从陆路进攻快，可以一鼓作气拿下南京，又可沿途攻州破县阻截敌人援兵，郑成功也没有采纳。
七月四日，郑成功率北伐大军乘船溯流而上，猛扑南京。沿途守将闻风丧胆，纷纷献城归顺。郑成功七月七日到达南京城外观青门。
由于郑军的声威，所到之处闻风投顺，甚至出现了一些戏剧性场面。郑成功派小哨徐明等前行芜湖，因为误入浦江港，遇上了敌兵。这时郑军只有虎卫将4员刚登上岸，他们面对清兵200人，徐明等小哨4人也只好上岸相助。清兵200人面对这8员猛将竟不知所措，以为天兵骤降，惊惶逃走。这8人乘势追到芜湖南门，而芜湖守兵都从北门逃走。城中百姓迎接这官兵8人入城镇守。大街上很快流传了童谣："是虎乎否？八员铁将，惊走满城守虏 。"郑成功到了南京城下，不禁感慨万千。望着烟波浩淼的江面和笼罩在雾中的城楼，他壮怀慷慨赋诗：
缟素临东誓灭胡，
雄师十万气吞吴。
试看天堑投鞭渡，
不信中原不姓朱。
郑成功大军包围了南京城， 并重申《 抢掠奸淫军令》，强调军队的纪律。南京城下旌旗飘动，金鼓齐鸣，一派雄武气象。
郑成功大军包围南京，江南各地为之震动。负责江宁驻防的管效忠不敢出战，紧闭城门防守待援。
南京城里已慌了手脚。郑军从捉到的一名从南京出来送情报的人员那里，了解到城中的情况。原来南京总督管效忠自镇江败回后，知道郑军即将进攻南京，便日夜督理防城器械，并派人前往苏、松等处求取援兵，同时向北京清廷紧急奏报求援。
城中守军已被吓破了胆，奏报中称海师20余万，战船千余艘，俱全身是铁，箭穿不透，刀斩不入。从瓜洲、镇江败回的兵将，仍然惊魂未定。指挥战局的人也一筹莫展，不知如何是好。
郑成功得到这个情报非常高兴，他说 ："城内到了这种程度，南京一定会投降的 ！"郑成功命人起草了一份劝降书，指出南京的困难，劝其投降，随后将信绑在箭上射入城中。
七月十二日，郑成功率文武官员拜祭大明太祖朱元璋。江风习习，松涛浩浩，郑成功与诸将全身缟素，向孝陵方向跪拜。郑成功泪流满面，诸将也无不哭泣。
在一片得胜声中，诸将纷纷请求早日攻城。大将周全斌说 ："如今已占领瓜洲，用兵贵在神速，如果一鼓作气将南京拿下，将皇帝迎驾过来，那么中兴大明便指日可待了 。"大将甘辉说 ："大军在城下驻扎太久，容易失去锐气；而且日久如果清军援军一到，要多费一番功夫。请求您快一点指挥攻城 。"郑成功却另有一番考虑。他认为清军惧怕郑军，即使不降也会逃走，而不必劳师攻城，造成太多的杀戮，使南京百姓也跟着遭殃。
郑成功在这件事上犯了战略上的错误。他错估了当前的形势，被以前所取得的胜利冲昏了头，而自以为清军必然或降或走。
当然，郑成功不急于攻城，也有其他方面的原因。
此如当时的枪炮尚不十分充足，其他各路抗清兵马尚未到来等。正是由于他的过于自信、过于慎重，失去了攻下南京城的大好时机，导致了这次北伐的失败。
还有一种说法，说是郑成功中了城内清军的缓兵之计。说城中守军答应30日后献城，因为30日内守城者失城，会累及家眷。这种说法是不可信的。首先，尚没有从别处见过清方关于"守城三十日失守，不再罪及妻孥"的记载，其次，郑成功不会轻信守城者没有实际行动的承诺。
江南各处不断有归附郑军的官兵，从形势上看郑军的威望与日俱增。然而郑军也正在不知不觉中丧失了自己的优势。
郑成功传令各提督统领，限令二十二日安炮攻城。
然而清兵援军已开始向南京集中，总兵梁化凤于十五日自崇明赴援，突围入南京城，与城中守军合为一股，加强了防守力量。
二十一日，郑军截获了城中的塘报，说各处清兵已经齐集南京，欲来冲杀，与郑军一决胜负。郑成功布置军队迎战清军。
二十二日中午，双方炮战正式打响。清兵在仪凤门安置火炮，与郑军前锋阵对击，郑军的炮架设在路口，全被击碎，官兵无立足之处。接着清军拥大队冲出城来，也有的从屋顶上冲下来，郑军救应不及，前锋镇余新、左营董廷，和大小将领官兵全军被歼。中冲镇副将萧拱柱也阵亡，萧拱宸浮水而逃。清兵趁势蜂拥出城扎营。
首战遭受挫折，郑成功当晚重新布置了兵力，传令抽兵驻扎观音山待敌。郑成功的部署是：左先锋镇杨祖，统援剿右镇姚国泰，后劲镇杨正，前冲镇蓝衍屯扎大山上，做犄角应援；中提督、五军，伏在山内；左武卫、左虎卫，列在山下迎敌；郑成功督右虎卫、右冲镇万禄，在观青门往来应援；后提督、宣毅左等堵御大桥大路；右提督、宣毅后镇、正兵镇，由水路抄蹑敌后；左冲镇专理水师，防止敌兵由水路抄来。
郑成功的这个布阵犯了严重的错误。他将兵力分散于难于及时救援之地。一旦一路遭到清军优势兵力的攻击，其他各路很难及时赶到救援。
这天晚上，清兵乘胜逼近郑军营地扎营对垒。
二十三日辰时（上午9点左右），清兵大队人马数万人从山后抄出，南冲左先锋镇之营，但郑成功已传令中军营，无令不许轻战，而山上山下又隔远不见，只听清军的冲杀声。清兵动用了全部的攻坚器械，炮火交集，郑军无处容足。清军一齐下马死拼，郑军将士冒死迎战。郑成功派遣右冲镇、右虎卫镇前往援助，但山高爬不到，左先锋寡不敌众，已被清军杀败。前冲镇蓝衍战死阵中。清兵乘胜从山上冲下，中提督、五军等在山内被围，死战不得突围相继阵亡。左武卫、左虎卫在山下整军死拼，但大势已去，独立难支，也终于被歼灭。后提督堵御大桥头，遭到清兵首尾夹击，被歼灭。
郑成功见败势已定，便指挥军队撤退到船上。清军水师这时也攻击过来，左冲镇一面堵截反攻，一面保护其他官兵撤离。清兵畏惧郑军的水师，不敢轻易再战，因为水战是郑军的优势。
当晚，郑成功传令撤往镇江，并让左冲镇、宣毅后镇殿后，并援救从战场上逃回的士兵。
郑军官兵陆续从水路陆路逃回的很多，但检查军队，不见大将甘辉、万礼、林胜、陈魁、张英、蓝衍，副将魏标、 朴世用、洪复，户官仪卫等人。 北伐的17万大军也伤亡过半。郑成功不觉放声大哭"今日惨败，实乃我一人的罪过，成功有何面目再见东南父老 ！"10余年来日夜思虑谋划的北伐壮举，就此以惨败结束了。郑成功的中兴事业，受到了严重挫折。
2、遭受清廷会剿
当郑成功直捣金陵的消息传到北京时，清廷极为惊慌。顺治帝曾想迁都，在皇太后劝说下他便亲自前往南苑练兵，准备亲征。不久，清军大获全胜的消息传来，顺治帝非常高兴。
这时，清军在云南、贵州也取得了决定性胜利，南明永历皇帝逃往缅甸，李定国逃往云南少数民族地区。这样，清廷就决定全力以赴，围剿郑成功这支孤军。
清廷不再以和谈来争取郑成功了，而是采取强硬态度。逮捕了私自与郑成功联系的马进宝，以内大臣素达为安海将军，与浙闽总督李率泰，准备共同领兵攻打厦门。
郑军在南京的战败，使兵力损失大半。沿江所占领的州县又全部丢失。张煌言的部队也因郑军兵败成为孤军而被歼灭。
战后，清廷对江南各府州县迎接郑成功的人进行了严厉的追查，株连被杀的极广，十分惨痛。经此一挫折，江南士民盼望恢复，怀念故国之心，遭到巨大打击，从此死灰再也难于复燃了。
整个形势对郑军极为不利。在军事上郑军成为一支孤军；在政治上江南百姓面对清廷的残酷镇压，不敢再对郑军友好了。
郑成功重新调整了军队的组织、将领，分派各镇到温州、台州、舟山各港地方屯扎、征饷，休养训练。
同时，郑成功发布告示，广行招募旧时散逸的将官兵，修整船只，备造军器，兵力渐渐有所恢复。
通过这次北征，郑成功更感到需要有更为安全可靠的地方以供郑军长期坚持抗战。因为他更清楚地认识到了清军的实力和自己在整个局势中所处的不利地位。东进台湾，转移根据地是他思虑已久的事情。他考虑派遣前提督黄廷、户官郑秦督率援剿前镇、仁武镇前往台湾，打平障碍，安顿将领官兵家眷以为长久之计。
顺治十七年（公元1660年），郑成功驻于思明州演武亭，继续整军练武。他祭祀阵亡将士、安抚阵亡将领家属，厚给抚恤，议定南京战役的功罪，使人心渐渐稳定，兵力又有所恢复。
三月，郑成功得报，说清将素达已到达泉州，正在修理水师，准备要来攻思明。
四月，探报称清兵出征马匹已备齐，船只器械、舵梢也备好，定下期限，即将来进犯思明。
郑成功派人将各提督统镇官兵家属搬往金门，并布下重兵结为船队，前往崇武停泊，以抵御泉州港和所有从上流来的清兵船只。为鼓舞士气，郑成功向全体官兵发出一道谕令。
他在谕令中指出郑军的优势，清军的短处，以消除官兵中存在的畏清心理。郑成功回顾了与清军在瓜洲、镇江之战，说明清军并非不可战胜。而且此次清军舍弃了马之长技，而与郑军争衡舟楫之间，不仅船只少，而且所用人员也大多是叛降者。因此，郑军能取胜是很明显的。为了激发将士斗志，他约定又特设一赏格，不论大小将领官兵，一律照赏格立功受奖。
四月二十六日，清军泉州港水师船只200余艘，进到祥芝澳，步兵登陆，船只傍山边而行，停泊在围头，步兵就地扎营。郑成功则一切准备完毕，只等敌人来攻时给其回击。
五月，李率泰和素达，带领降将施琅、黄梧等人合力进犯。素达兵进海门，李率泰兵进金门附近浯屿。
五月十日，双方在海上大战，各有伤亡。中午时分，郑成功站在中军舰上，一手拿着指挥旗，一手拿着宝剑， 问左右将领 ："海面是否已经平静了 ？"诸将回答 ："平静了 。"郑成功胸有成竹地说 ："海流平静就潮转，潮转风就随之而转 。"于是下令发出信号，命令各船发起进攻。郑成功下到八桨快艄上，来往巡视，鼓舞士气。果然，顷刻之间，海面上刮起了强大的东风，波涛翻滚，船只上下猛烈颠簸。
郑成功手持战旗，指挥各船与清军交战。清军在郑军的攻击下阵脚大乱，死伤无数。李率泰领兵从浯屿赶来增援，被早有准备的郑军两面夹击，焚烧清军船只。敌船处于逆潮之中，船只互相碰撞，损坏无数。船上清军，站立不稳。郑军掩杀过来，清军大败。
清军由素达、施琅率领另一部，与郑将右虎卫陈鹏相通，准备趁机渡过厦门。由于陈鹏的疏忽，其部将陈蟒率兵突杀清兵，殿兵镇陈璋听到杀声也来夹击清军。清军所有先锋船只，全部被击沉。素达、李率泰收拾残兵，狼狈逃回，士兵损失十之六七。而通敌的陈鹏，被郑成功抓住，诉斥其罪过，并将其斩首，以正军法。
从此以后，素达、李率泰的军队再也不敢来进犯了。在军事处，清廷到了对郑军无可奈何的地步。
六月，郑成功派使者去见素达、李率泰，并送去妇人穿戴的衣帽，要求他们进行决战，否则，便接受巾帼表示低头认输。素达、李率泰忍受郑成功的侮辱，始终不敢再战。素达在朝廷的压力下，不久便在福州吞金自杀了。
郑军虽打败了清军的进攻，暂时保存了基本力量，但整个抗清形势，对郑军是极为不利的。
清军在对郑军武力会剿失败后，暂停了进攻，但却同时加紧了对郑军的封锁。郑军的处境日益不妙起来。
3、"平海五策"
素达、李率泰被郑成功打败以后，清政府看到郑成功仍得到东南沿海人民的拥护，东南沿海一时难以平定，感到非常棘手。
在这种情况下，清政府采纳了原是郑成功部属、熟知福建情况的降将黄梧提出的"平海五策 "，想把闽、浙沿海一带的老百姓与郑成功隔离开来，切断郑成功与老百姓的一切联系。
黄梧熟知郑军及东南沿海的情况，他给清政府呈上的所谓"平海五策"具体内容是：
一、金门、厦门以小小的弹丸之地，之所以能够抗守至今而不溃败，是因为沿海百姓为了获利不怕走险，供应给郑军粮饷油铁桅船等物资。如果将山东、江苏、浙江、福建、广东沿海居民全部迁往内地，并设立边界，派兵把守，不许百姓到沿海生活，防止百姓与郑军接触，那么就切断了郑军的物资来源，郑成功就不攻自灭了。
二、将沿海的船只全部烧毁，不许寸板下海。所有入海的河流处都禁止木材运送。如果有违反的，立刻杀死。如此一来，郑军虽然人多船众，但船只日久无法修复，自然腐烂。而粮草也无法接济，只有瓦解条主要是断绝郑军的海上交通工具的来源。
三、郑成功的父亲郑芝龙居住在北京，郑成功常通过南北往来的商贩探听清政府的消息。应立刻追查通送情报的人，并严加惩治。货物政府没收。这一条是要断绝商人同郑军的联系，主要是切断郑成功的情报来源。
四、郑成功家的坟墓，现分布在各处。叛臣贼子，应该诛杀其九族，他的祖坟也不能放过，应该将其全部毁掉，使其命脉断绝。清政府也同意此条策，除有迷信的念头在内，也是想给郑成功以精神上的打击。
五、东南沿海投诚清军的官员，散居在各府州县，倘若从中捣鬼，又会给地方造成祸乱。可将投诚的官员迁往各省，进行分垦荒田，不但可以解散他们内在的不良联系，还可以开拓疆土之内的地方，富足国库的收入。
清政府采纳了黄梧的"平海五策 "，派遣兵部尚书苏纳海到福建监督执行，强令沿海地区百姓放弃自己的家园和田地房产，内迁30里。并严令沿海地区军民人等，寸板不得下海，违者处斩。清朝在福建、广州的各级政府官吏和衙役，有许多原本就是郑成功派出的密探，有的早已被郑成功买通，替郑军收集情报。黄梧掌握这些情况，把这些人全部处死。
"平海五策"断绝了郑军沿海百姓的联系，也断绝了商人与海外的联系，结果反而使郑军后来得到了全部的对外贸易之利。然而在"平海五策"刚刚出笼的时候，确实给郑军造成了不小的困难：由于情报来源被切断，使郑军不能了解清军的动向和情况。
郑军庞大的商业网，过去从内地购买生丝和丝绸等土特产，船运到日本、巴达维亚等地，换回白银、胡椒等中国缺乏的物资，获利达几十倍甚至上百倍，而"平海五策"断了郑家财路，仅靠孤悬海上的厦门、铜山、南澳几个海岛，很难供养庞大的军队，支持局面。
这时候，清政府又将靖南王耿继茂调往福建，与郑成功对峙。此时其他抗清力量已基本瓦解，只剩下郑成功孤军奋战，形势异常险恶。
要想保住郑军，把抗清斗争坚持下去，必须打开新的局面，仅限于东南海上这点地方，是无法恢复大业的，甚至想避免再次遭到清军的打击也是困难的。
这一切都促使郑成功决心收复台湾，赶跑荷兰侵略者，光复祖业，为恢复大明江山创立新的根据地。
4、宝岛台湾
郑成功决心平定台湾，把它作为自己的基地。顺治十八年（公元1661年）正月，郑成功下令各镇大修船只，听候出征命令的下达。
他认为，虽然郑军胜了素达一仗，但清朝未必肯就此罢休。郑军南北征战，家属也跟着受劳累。而何斌已向他献了台湾地图。台湾田园万顷，沃野千里，每年可得饷税数十万。当地百姓尤其擅长造船制器。
虽然现在台湾被荷兰人占领了，但城中的荷兰兵不到1000人，可以很容易地攻打下来。把台湾夺回来，做为郑军的基地，可以安顿将士家属，可以征兵练兵，南征北战时不再有后顾之忧了。
那么台湾究竟是怎样的一个地方呢？
台湾处于福建的东面，由一个大岛及其周围14个小岛，再与澎湖列岛的64个岛屿共79个岛屿组成。台湾位于东海和南海的中间，西面隔着一道台湾海峡，和福建咫尺相望。从福建坐帆船去台湾，遇着顺风，只要一夜就可以到达。
台湾岛自古以来就是我们中国的领土。
很早以前，台湾和大陆就有文化上的联系。台湾出土的石器，像石斧、石锛和石镞，和中国大陆沿海地区出土的石器属于同一类型。台湾出土的彩陶器和黑陶器，证明台湾的新石器文化是从大陆传过去的。
早在公元230年的历史文献上，就已经有了关于台湾的记载：三国时期（公元220-280年），东吴曾派大将卫温、诸葛直带兵到过台湾。那时台湾的名字叫夷洲。这是汉族人民大规模到台湾的第一次。
公元605、607年，隋炀帝杨广曾两次派人到台湾岛上，慰谕当地的居民。那时台湾的名字叫流求。从此以后，台湾和大陆的联系就更加密切了。
曾经在唐宪宗元和十五年（公元820年）中过进士的施肩吾，不愿做官，带领他家族的人迁居在澎湖。他曾写过一首《题澎湖屿》的诗，后被收集在《全唐诗》中。这首诗反映了他的生活：
腥臊海边多鬼市，
岛夷居处无乡里。
黑皮少年学采珠，
手把生犀照咸水。
宽阔理宗宝庆元年（公元1225年），福建海官监督赵汝适写《诸番志》，在《毗舍耶》条中写道："泉（州）有海岛，曰澎湖，隶晋江县 。"这说明在此以前台湾已正式纳入中国行政版图。
到了元朝（公元1279-1368年），元朝政府在澎湖设立了一个衙门叫做巡检司，管理澎湖和台湾。
明朝初年，郑和率船队西行时，曾到台湾停泊取过淡水。到明朝末年，居住在台湾的汉族人口，已经达到10万以上。
