康熙二十年（公元1681年）正月，郑经死于台湾，其长子郑克爽监国，但不久被郑克爽发动宫廷政变，郑克爽继延平郡王位。
康熙二十二年（公元1683年）六月十四日，清靖海将军施琅率兵攻打台湾。台湾战败，郑克爽下令剃发降清。八月十五日，施琅进至台湾，台湾归入清朝版图。明朝尾声的最后一个音符至此终止了。
郑成功及其子孙与清军作战数十年，但清廷对郑成功等人的人格却极为敬重。康熙三十九年，清圣祖下诏说"郑成功系明室遗臣，非朕之乱臣贼子".他敕令遣官护送郑成功及其子郑经两柩回福建归葬南安，建祠祭祀，并拨给守墓人户。
同治十三年（公元1874年），福建船政大臣沈葆桢因牡丹社之事赴台，与台湾进士杨士芸等上疏清廷请求为郑成功在台湾建祠，并列于祀典。清廷批准了他们的请求，追谥郑成功为"忠节"，在台湾建祠。
沈葆桢亲自为祠堂正殿撰写对联：
开万古得未曾有之奇，洪荒留此山川，作遗民世界；
极一生无可如何之遇，缺憾还诸天地，是创格完人。
在延平郡王祠里还有这样两首楹联，一是台湾巡抚唐景崧写的：
由秀才封王，拄挣半壁旧山河，为天下读书人顿生颜色；
驱外夷出境，开辟千秋新世界，愿中国有志者再鼓雄风。
另一是台湾巡抚刘铭传写的：
赐国姓家破君亡，永矢孤臣，创基业在山穷水尽；
复父书词严义正，千秋大业，享俎豆于舜日尧天。
郑成功短短一生的壮举，激励着后人，留名于史册。
