这是极大的仁政，上谕一颁，无不感奋。但皇帝的深仁厚泽，也要有实心任事的人来执行；否则就会大打折扣，甚至变成口惠。如果工部的官员私心太重，“罢营建”失去了从中克扣工料的凭借，即非所愿；而地方官倘有贪名，则“恤贫穷”适足以造成他的将救济款项落入私囊的机会，而这些执行政策的责任，又以宰辅为主；如果监督不周，甚至他手里先私心自用，使得皇帝的意思变了质，则下面虽有好官，亦往往无能为力。
有个钦天监的小官，官位叫“五空灵台郎”；名字叫董汉臣，禀性耿直，久已不满居于相位、把持政事、纳贿招权的明珠；此时看声名狼藉的余国柱，新近因为明珠的援引，居然入阁拜相，内心益发忧虑愤慨，正好皇帝下诏求直言，因而便费了三天工夫，写成一篇奏疏，要求都察院代奏。
小官言事，必得呈请本衙门长官或都察院代奏，钦天监是个小衙门，那里的长官，除了本身业务以外，没有资格上疏论国事，自然也没有资格为部属代奏，所以董汉臣只好找上都察院。
这在董汉臣不是第一次，以前上疏，亦都因为语言激切，左都御史不愿替他代奏，每每饰词推托，这一次因为皇帝有特旨，而且董汉臣的意志亦很坚决，所以新任左都御史，与高士奇狼狈为奸，而与明珠、余国柱亦通声气的王鸿绪，怕压置下来，有人参他一个“壅于上闻，阻塞言路”的罪名，非同小可，只好具疏代奏。
董汉臣论时政得失，极其痛切：一共十件大事，其中有两款与汤斌及明珠、余国柱有关。
与汤斌有关的一款是“谕教元良”。元良指天子而言，董汉臣认为汤斌作东宫师傅，教法未善，尚未尽心。
与明珠、余国柱有关的一款是“慎简宰执”，那时的学士是两满三汉，满人是明珠和勒德洪；汉人是王熙、宋德宣、余国柱。宋德宣已回苏州养病，遥领虚衔，所以实际上是两满两汉。
这四个大学士，自然是明珠当首脑，余国柱为明珠的死党，听从指挥，不在话下；王照极会作官，看明珠势大，见机行事，依附无违，勒德洪无足轻重，因人成事。因此，内阁中可说只有明珠一个人当权。
由于董汉臣的指责，相当实在，特别是余国柱刚刚入阁，所以“慎简宰执”这四个字，仿佛主要的是对他而发，格外感到刺心，同时也相当害怕，怕皇帝认真追究，是个不了之局。
经过一番密议，明珠同意了余国柱的见解，认为此时不宜申辩，应该引罪自责，等这场风波过去，再来收拾董汉臣及其背后的指使者——他们都疑心沥斌曾授意董汉臣发难。
于是明珠向皇帝面奏，准备国服待罪。皇帝却要先弄清是非，将董汉臣的原奏发交廷议。
六部九师都到了，明珠在内阁主持会议，王熙的态度很蛮横，“市儿妄语！”他说，“把他杀掉就完了。”
正在这时，汤斌到了，余国柱表面上很尊重这位老同年的，赶紧起身迎接，同时将王熙的话，告诉了他。
这是不怀好心，知道汤斌的性情，有意要让他跟王熙发生冲突。果然，汤斌大摇其头。
“大臣不言小臣言！”他引用明朝的成句，“董汉臣没有死罪，而且说实话，我亦愧对董汉臣。”
汤斌的所谓“愧对董汉臣”，是承认董汉臣在“谕教元良”那一款上的指责有理。在他是实话，在余国柱却认为是莫大的讽刺，越发把他恨如刺骨。
于是有为明珠和余国柱所豢养指使的言官，上奏参劾董汉臣，说他“越职言事，妄希富贵”。又说：“汉臣不知书，必有代草其疏者。”这一枝暗箭，箭头自然是指向汤斌。
余国柱是有一配合的行动的，根据言官的这一道奏疏，拟议由刑部逮捕董汉臣问罪。皇帝自己下诏求直言，而直言有罪，则更无人敢于奏谏；所以皇帝不愿采取吓阻言路的不合理措施，只命内阁重新拟议。
“董汉臣应诏陈言，不应该有罪。”汤斌指着胸对余国柱说：“倘或治董汉臣的罪，如此中何？”
这是问他良心何安？余国柱既惭且恨，而实在无可如何。只有在董汉臣身上打主意。
他叫人跟董汉臣去说：“这一案很严重。如果有一天要对簿公堂，你只要把汤斌尚书牵出来，说是他的指使，就可以无罪了！”
董汉臣是个硬汉，这样答道：“我哪里识得汤尚书？我的奏疏已写好了几年，三次请求代呈，都被拒绝。怎么好诬赖汤尚书。”他又说道：“如果上面要问我，我就这样回答：认识御史江繁！”
江繁是余国柱的至亲，董汉臣是有意如此作答，来人无奈而去。过了几天，皇帝遣礼部官员讯问董汉臣，他果然这样回答。皇帝免了他的罪——这表示抨击明珠，不致招祸。对明珠的权威来说，自是一大打击。
一计不成，另生一计，这一次便有徐乾学参与了。
事起于江苏要增设一处海关，这自然要加重老百姓的负担，所以廷议时，徐乾学以江苏京官的身分，拜托汤斌说道。“今日之事，江苏数百生灵，悬于老公祖之手，总求成全。”
“我不在其位，不谋其政，何能为力？”
“皇上倚重，老公祖又新自江苏来，一言九鼎。合郡生灵，敬以相托。”
及至廷议，徐乾学闭口不言，太学生梁清标受了指使，便即说道：“汤老先生宜乎主持禁设之议。”
汤斌为了百姓，也就说道：“海关与民争利，这样的事，岂有于地方有益的？倘得其人还好，不得其人，四处骚扰，害民无穷。”
这段话由徐乾学传到皇帝那里，深为不悦，传旨命明珠去法问汤斌。余国柱却又附着他的耳朵说：“有人要害年兄，到内阁只这样说：得其人便无害。”
到了内阁，明珠说道：“皇帝面谕：‘汤斌是道学，如何一件事两样说法’，他进京时，我拿海关的事问过他，他说无害。今日九卿会议，如何又说害民？命我传问。”
看起来余国柱像是一番好意，但无论好还是歹，对汤斌都毫无影响，在九卿会议中他是怎么说，此刻在奉旨诘问时，依然是怎么说。
“是了。”明珠一向有礼贤下士的名声，其实跟唐朝的奸臣李林甫相仿佛，口蜜腹剑；他视汤斌为最大的政敌，但见面时总是异常客气，即使有所争议，脸上亦总是带着笑容。所以听汤斌照实陈述，奉旨交办事项已毕，随即殷勤问讯，而且带着他到设在内阁的办事的书斋，取出他的诗稿，向汤斌请教。
“此调不弹久矣！中堂的大作，何敢妄肆议论。”汤斌很谦虚地说。
“我与汤公少亲近，曾听小儿说起，汤公不仅理学；词章一道，亦是文采斐然，何必客气？”
明珠的长子纳兰性德，是最佩服汤斌的人；在史馆的那些日子中，纳兰性德当御前侍卫，常常奉旨有事跟汤斌接触，虽然年龄相差甚多，学问路数不同，家世迥不相侔，但两人却极其投契。不幸纳兰性德青年早逝，现在明珠提了起来，汤斌不免伤感，欷觑不止，反倒是明珠劝他不必伤心。
经此一番相叙，谁都以为明珠跟汤斌融洽得很——就表面看，明珠似乎也很帮汤斌的忙，而暗底下完全不是这回事。
见了皇帝，明珠据实将汤斌的话回奏；皇帝对汤斌不满之意消失了。
这一来自然要对徐乾学不满。皇帝对这件事看得很重，因为他也是念兹在兹不忘记老百姓的；但因库用也是大事，为了江苏的海关，他希望大家能够谅解，如今徐乾学却造作谣言，借他人之口，行反对之实，其心可诛！认为非加以训斥不可。
“都是你们苏州的乡绅，自己要做买卖，恐怕添个海关，于己不利。你们上牟公家之利，下渔小民之利，巧取豪夺，我都知道。”皇帝沉着脸说：“你们赖汤斌说害民，汤斌何尝是这意思？他说：‘得其人便无害。’真是！天下什么事不是不得其人就有害？”
本是商量好的一条计，凡此皇帝发怒责备，都在意中；徐乾学自然不会着慌，磕着头，从容答道：“汤斌如何赖得？，廷议时九卿俱在，众耳共闻，皇帝如以为巨言不实，可问梁清标。如果这话是臣捏造，诬赖汤斌，他在苏州出的告示，上有他的巡抚关防，难道也是臣捏造的不成？”
“什么告示？”
“是汤斌在苏州卸任出的，安慰百姓的告示。”
“告示在哪里？”
“臣家里就有。”
“你怎么有此告示？”
“是苏州有人特意寄来，嘱臣上呈，臣守皇上凡事安静的训谕，不敢多事。今蒙皇上垂询，不得不据实奏闻。”
皇帝点点头：“明天你将告示带来。”
这是反激的手法，一悬一宕，才逼出告示的话来；不然不能无缘无故献呈告示进谗。到了第二天，徐乾学将告示带进宫去，皇帝一看“爱民有心，救民无术”这两句话，果然大为不快。
当然，徐乾学也还有一番歪曲的话。
徐乾学当然先要颂圣，说皇帝屡次蠲免钱粮，又拨巨款兴修水利，无一不是皇恩浩荡的爱民仁政，而汤斌居然说他自己“爱民有心”，即是表示皇帝不爱民；而“救民无术”这句话，更为悖谬，仿佛当今天下有多少害民的苛政似的。
这番话把皇帝说动了心，由此对汤斌起了误会，“原来他是假道学！”皇帝口不择言了。
“汤斌的道学，是天下都知道的，只是欺世盗名，唯圣明在上能洞烛其底蕴。”徐乾学这样恭维着。
“哼！”皇帝冷笑，“古人善者归君，过则归己，才是臣道；如今是过则归君，善则归己。”
“汤斌名心太盛，似乎太过。”
由于徐乾学的一再煽惑，皇帝便命詹事府满洲缺分的正詹尹泰，传旨汤斌洁问。
“你去问汤斌，”皇帝说：“他是大臣，说海关不好，部议不准，我依部议是常事。果然不好，何妨再三争执，我未必就把他问罪。大臣不避斧钺，为民请命，为何不当面说？居然把责任推在我头上，他说‘爱民有心，救民无术’？是不是说我不爱民呢？”
尹泰奉旨转问，汤斌自然只有惶恐谢罪。过了些日子，汤斌见皇帝奏事既毕，汤斌打算有所申辩，余国柱提醒他说：“皇上责问，应当磕头，为何要辩？”
这话看来像是出于好意的卫护，其实是不叫他说话。汤斌一向在口才上吃亏，当时讷讷然无法出口，只有连声答道：“臣不敢！臣不敢！”
由于种种拂过，汤斌的健康，便大受影响—一他平日自奉过于节俭，营养不足，所以身体一坏，衰象毕陈，对辅导东宫之任，便有力不从心之苦。
为此，汤斌再次荐耿介自代。皇帝准奏，特召耿介到京，授职小詹事；由于汤斌的牵引保荐的奏疏中，说他“赋质刚方，践履笃实。家居淡泊，潜心经传，学有渊源”，所以皇帝亦甚看重耿介，召见以后，并且面谕：“你写一幅字来我看。”
这不是要看耿介的书法，是要看他为学的心得，耿介写了一幅正楷，自己所撰的辞句是：
孔门言仁、言孝，盖仁孝一理，仁者孝之本体；孝者仁之发用，不言仁无以见孝之广大；不言孝无以见仁之切实。
这四十三个字，阐明孝出于仁，表里相通的道理，简明扼要，皇帝颇为欣赏，特书“存诚”二大字赐耿介，作为心许的表示。
但是，皇帝心许，太子却不“欣赏”这位师傅。耿介上了年纪，步履蹒跚，言语亦不甚利落；而且乡居太久，形质仪容，朴实简陋，年纪正轻，活泼好动的太子，自然觉得不对劲。当时朝中大小官员，也看不起这位乡下土老儿的师傅，往往就在他背后讪笑戏侮，以致耿介大为不安，颇有悔此一行之感。
对汤斌怀着成见的人，攻击耿介，自是不在话下，但比较公正的旁观之论，亦都觉得汤斌保荐耿介，颇欠考虑。最明白的一点是，汤斌在荐疏中说耿介“年逾六旬，精力尚健”，即非事实。
卅二年不见，耿介已大非昔比，耳朵聋了，眼睛花了，步履瞒珊，老态龙钟，即令寸心湛然，学问深厚，见解因年龄的增长而愈见超卓，但可以为一般士子的师长，却不宜负辅导十四岁的皇太子的重任；因为皇太子到底还是一个少年，宜乎有个精力充沛，行动轻捷，言语便络，能够庄谐并作，因势利导来启发少年心性，如郭琇那样的人，才是适当的人选。
耿介当然也有自知之明，曾经具呈吏部，自陈衰老，不堪任使，请求代奏放回田里。无奈皇恩浩荡，授职于先，赐字于后，耿介只有勉强留了下来。这一留使得妒忌汤斌的人，有了攻击的口实；于是借海关一案发作，耿介也受了连累。
当时攻击汤斌的“重头戏”，是在余国柱和徐乾学的指使之下，由左都御史王鸿绪担任“主角”。
第一步是对付董汉臣，当他奉旨免罪不问以后，本已无事；王鸿绪却又另辟蹊径，重起炉灶，就整个钦天监的低级官吏立言：
钦天监灵台郎、博士官等，无知蒙昧者多，皆由其始不择流品，星卜屠沽之徒，粗识数字，便得滥竿。授官之后，又不专心学习，勉尽职掌，惟行险侥幸，希图迁擢，请敕下考试，分别去留。
这话说得不算错，礼部详议，认为可行，复奏核可，便举行了一次考试，结果有十五个人以“词理舛误”被革了职；不用说，其中当然包含了董汉臣。
到了汤斌因为“爱民有心，救民无术”八个字为皇帝不满之后，余国柱认为汤斌的圣眷已衰，正是攻倒他的时候，所以发动王鸿绪倾全力展开攻击，由都察院满缺左都御史绦丹和他本人联名领衔，另外加上副都史徐元珙和郑重，合词上疏，说汤斌“务名鲜实”；又说他在巡抚任内，去任时“巧饰文告，以博虚誉”。这些都是针对皇帝的心理所进的谗言，相当有力；但攻击得不分是非，颠倒黑白，就弄巧成绌了。
其中有一句话是：“至擢巡抚，涓氵矣莫报”使得皇帝大为不满。他特地召见大学士明珠等人，神色严重地说：“汤斌擢用巡抚，是我重视其人的品德。汤斌在巡抚任内，纵有务名之心，但是政绩昭昭在人耳目，何可因为海关一事，便抹煞了他以前的好处。果真其人不足当巡抚之任，那么，我以前用他的时候，你们为什么不奏谏？”
这番质问，使得明珠等人，哑口无言，唯有免冠碰头。不过，“惭对董汉臣”这句话，皇帝亦认为费解，便降旨令汤斌“明白回奏”。
这是汤斌出于良心的“失言”，既然奉旨质问，便只有引罪；拖病草奏，深夜不眠，这篇奏疏很长，自陈昔年与耿介“同为词臣，其刻苦自励，杜绝交游，心窃重之，故冒昧荐举，但自顺治十二年，外转后迄今三十二年，竟未谋面。”
已三十二年未见的人居然保荐，汤斌自道，“臣罪何辞？”及至跟耿介见了面，“惊其衰老”，更为惶恐。提到董汉臣，他是这样措词：
御史陶式玉，循其越职言事，奉旨下问，臣亦就疏论疏，以方今求言之时，越职罪似可宽。殊不思汉臣疏内各款，皆抄录旧文，语多浮泛；惟是皇上谕教皇太子，何等精详？以臣何咎，辄敢妄议，臣不能请旨严究真倩，使狂妄小臣，幸辶官国宪，臣罪何辞？
这样说法，是违反汤斌本意的，但因董汉臣的原疏中，隐然有指皇帝纵容太子失教之意，而储位关乎国本，如以为董汉臣所指不错，则必将兴起大狱，这正是明珠、余国柱等人所希望的。汤斌自觉一身无所惜，但动摇国本，危及朝局的事，是他绝不肯做的，同时董汉臣亦将不保首级，所以不能不这样痛斥“小臣”，来解消一重绝大的隐忧。
复奏疏的结论是，“自谓言动轻率，衍过多端”，惟有“席藁待罪，请听皇上处分”。
这个奏疏一上，皇帝尚无处置，却以耿介上了个奏折，“引疾乞休”以致节外生枝，为詹事对正詹尹泰的弹劾，说他“侥幸求去，实无痼疾”，当时也劾指汤斌所荐非人。这样复杂的情势，更以第三者的介人，益发搞得严重。
这个人名叫达哈塔，原是汉人，姓佟，入旗的汉人，照例在汉姓之下加“佳”氏，所以姓佟佳氏，他是原属多尔衮的正白旗籍，以翻译进士出点，当到吏部尚书，亦为东宫辅保之一，一则为汤斌、耿介不平，再则亦不愿卷人漩涡，所以上疏说道：“臣奉命辅导东宫，数日之内，负罪实多，以汤斌、耿介不能当其任，况庸陋如臣？乞准解退。”
这一下皇帝大为困扰，但亦愿采取独断独行的办法，只有将有关此事的奏疏，一并交吏部议复，复奏是汤斌、耿介、达哈塔俱应“革职”。
“耿介是东宫师傅，来了不多日子，革职回乡，这变得对不起人了！”皇帝深体人情，这样对吏部尚书李之芳说：“革职改为免职。他本是道员，以原品休致好了。”
李之芳原是承受明珠的指使，本无意与耿介为难，自然连声称是。
“汤斌与达哈塔，改为降五级留任。”皇帝又说，“汤斌原有些错，眼前略示薄惩，将来我自有恩典。”
虽然皇帝相当宽大，但明珠、余国柱、徐乾学、王鸿绪等人，却是大失所望，认为这样一个“大题目”都扳不倒汤斌，将来怕更难措手。需要再接再厉，再找一个题目，非把汤斌治倒了不可。
这个消息传到汤斌耳中，他不免叹息，汤夫人也知道这些情形，看他力疾从公，身体愈来愈坏，忍不住在侍奉汤斌的时候，要劝一劝他。
“你的做官，办公事，我从来不敢干预，如今必得要说了。”汤夫人问他：“你做官做得这么苦，到底为了什么？”
“读圣贤书，所为何事？你也应该懂啊？”
“我懂，”汤夫人说，“不过俗语说得好，‘留得青山在，不怕没柴烧’，现在是升平盛世，又不是刘皇叔在白帝城驾崩，诸葛武侯独力撑持，扶保幼主的情形可比，‘鞠躬尽瘁，死而后已’那两句话用不着。”
汤斌不作声，但口中无语，心头有感，而且感触不止一端，但他的性情是从来不知天下有所谓“苦”之一字的人；也不是有意求着“鞠躬尽瘁，死而后已”的心，只是伤心人别有怀抱。
在苏州的时候，春天他每天采巡抚衙门后园野生的荠菜佐餐；他的长子汤溥实在于心不忍，便劝他说：“爹爹，何必如此自苦？”
起先他戚然不答，说得次数多了，他才吐露他的本心：“你们祖母未殉难之前，每天所食，粗粝不堪，今天我幸而略有成就，但子欲养而亲不待，终天之恨，无由弥补，如果稍涉奢逸，我就不能安心。这些野生的荠菜之类，都是你祖母在流寇猖狂的那两年常吃的东西，我无可一日或
然而生母虽死，继母犹存，轩大夫人虽比他大不了几岁，毕竟名分是母亲，他想到复起服官，外则封疆，内则八卿，亦可说是位极人臣，轩太夫人应该是丫头老妈子一大堆跟在左右。然而从无一日的迎养，抚心自问，深为不安，如今又接得家书，说轩太夫人体弱多病，去日无多，应该及时告退回乡，稍稍承欢，才是为人子的道理。想到这里，端然动了归思。
汤夫人也赞成他辞官，颐养轩太夫人还在其次，汤斌本人的病就很多，必须有个较为清静的环境来调养。因此汤斌在她的极力劝说之下，亲自动笔，上奏陈情；这个奏折的事由是：“圣息高厚未报，微臣积病日深，谨披沥吁陈，祈赐解任回籍，以免旷职”；以下分作五段，第一段叙恩遇：
教里草茅愚陋，谬荷圣恩，起自田间。优擢侍役，三年谋幄，五月纶扉，星豉频屑，涓氵矣莫报。三吴繁剧之地，尤非薄窃所堪，桔据不遑业胜叠见，岂期未承严谴，复邀旷典，入侍青宫，宠遇之隆，无以加矣！
第二段叙病况：
来巨草木寸质，年逾六旬，精力衰惫，心血久枯，自六月内，胃部作痛，过服克伐之剂，元气益复虚损，饮食呕吐，怔忡健忘，神思恍惚，头目眩晕，因惩至上心切，犹强事药饵，力疾趋朝，冀追省德愆，薄收复效，不意于八月初七等日，呕血数次，病遂增剧，痰火上升，虚烦喘急，闻人声则惊惧，感微风则战惧，辗转床褥，形体仅存。
皇帝看到这里，恻然心伤，略停一停再看下去，下面是叙他母亲的病状：
臣继母素禀怯弱，夏月得家书，忽感半身不遂之症，臣方寸已乱；八月初十日复接家信，言臣母病至委顿，四肢拘挛，转侧须人，昼夜涕泣，思臣一见面，臣闻之肝肠迸裂，呕血几绝。按京臣省亲，具有定例，臣不敢破例请假，惟是巨病势危，万万不堪供职，仰祈我皇上圣心垂怜，赐臣解任回籍，庭母子得一相见，倘臣母得保余年，臣溘然长逝，亦无所恨。
于是，皇帝朱笔亲写一道慰留的手谕，命侍读学士德格勒去颁示。德格勒是旗人，跟李光地同年好友，旗人深通汉文的不多，所以德格勒自视甚高，平时最喜欢放言高论，批评别人的学问文章，但对汤斌是相当佩服的，所以皇帝派了他这样一个差使。
等到摆设香案，跪听宣谕以后，汤斌的心情相当复杂，感激与失望交并，而继母的病况，颇为严重，考虑再三，还是要上奏辞官。
他的第二道奏疏尚未着笔，皇帝倒先传旨召见了，“汤斌，”他说：“我知道你纯孝，视继母如生母，不过你又何忍舍我而去。我如今有个两全之计，我赐你一座住宅，你把你的继母，接了来奉养，不就行了吗？”
皇帝是想得很好，无奈事实上办不到，因为轩太夫人病势很重，长途跋涉，极其劳累；加以汤斌又绝不愿利用大臣的地位，要求沿途地方官办供应，瘦驴破车，鸡声茅店，从河南一路颠簸到京师，非送掉老命不可，而且轩太夫人足迹不出里门，也未见得能服京师的水土，所以汤斌坚辞不受。
“臣母已老，万不能来。”他磕着头说：“皇上不舍臣远离阙下，臣请解职回乡，省母以后，仍旧回京。明史大事，臣愿效余生，以白衣暂领史局。伏乞皇上天恩允准。”
“我实在不能放你。暂且过几天再说吧！”
这一过过了十天，不见皇帝提起，在汤斌焦急无计；在余国柱等人，却当他是恋栈，看皇帝不准他辞官，大失所望，因而一不做，二不休，放出去一个极恶毒的谣言。
这个谣言是说，皇帝对汤斌异常不满，因为他不识抬举，要拿他纳入旗籍，汉人入旗，变为满军；归一旗的都统管辖，指定地方居住，等于行动失去自由，从此怕回不得家乡了。所以一时关心汤斌的人，无不大为着急。正好汤斌上朝，因为病体衰弱，由人扶着上轿，见到的人，以为汤斌是被强制执行，奔走相告，说“汤尚书入旗了！”于是有人为他掉眼泪，有人为他奔走——大多是江南的京官，集会商议，决心去击“圣闻鼓”鸣冤。后来得到消息，说是属于误传，实际上并无其事，大家方始散去。
汤斌经此刺激，病体越发不支，但在这种局面之下，惟有委屈隐忍，抱病入宫；皇太子一看汤斌的脸，大惊失色，“师傅！”他说：“你病得这个样子！”
皇太子很敬重汤斌，当天就去见皇帝，将他的情形详细奏陈。皇帝考虑之下，认为汤斌不宜再担任辅导东宫的重任务，因而一面遣御医为他诊治；一面将他调为工部尚书。
就在这一天，内阁奉旨议事，汤斌因为东宫进讲的缘故，自然不能参加，只是忘掉声明；这一下，左都御史王鸿绪便又算抓住他的短处了，指使御史，上奏弹劾。
弹章一上，照例交议，余国柱等人所拟的处分是，降二级调用——降二级实在是降七级，因为汤斌原有降五级调用的处分，特旨留任，如果此时奉准调用，当然连同前案，一并计算，立刻可以降为从四品的官员。
这是恶毒得已非常露骨的手法，蓄意要撵走汤斌，吏部尚书陈廷敬，心怀不平，要为汤斌说话，“最近刚有同样的案子，失朝不过罚俸半年，”他说：“何以独对汤斌尚书不公？”
余国柱等人不听，照原议复奏，以为这下子一定可以把汤斌打下去了。
再也没有想到，皇帝的批示是：“着即留任。”一而再，再而三地扳不倒汤斌，明珠和他的走狗们害怕了，相顾失色地表示，这不是一个好征兆，担心皇帝不是偏爱汤斌，是对他们的警告，言不听，计不从，祸将不远；同时也担心汤斌会因此报复。
确有人劝过汤斌报复。在他病中，来探望的络绎不绝，有人劝他委曲求全，向明珠说几句好话；或者托人出来，居间调解，汤斌当然不肯这么做，他泰然笑道：“我生平养命自安，如今年逾六十，夫复何求？”
再有些人是劝他采取强硬的报复行动，像郭琇就是如此，“此辈小人，不给他一点颜色看，他们不晓得利害。”他说，“此辈的阴私劣迹，都在老前辈的肚子里，何不拿它一股脑儿抖露出来？倒看看谁忠谁奸，谁善谁恶？”
“不！”汤斌不便说自己不愿多事，用轩太夫人来作推托，“老母在堂，不敢这样做！”
他是如此宅心仁厚，不肯伤人；而明珠、余国柱骑虎难下，准备找一个极严重的事由，如谋反大逆之类，掀起一场滔天的风波，置汤斌于死地。
于是首先指使国子监祭酒翁叔元，上奏指汤斌的理学是“伪学”，也就是指汤斌为伪道学。这个昧良心的奏折，为翁叔元带来了“加官之喜”，明珠保荐他升了少詹事，但也为他带来了一场传遍京师的大羞辱。
政治有是非，或者不是局外人所能了解，所以同情汤斌的人，亦无从为他声援，但学术是天下的公器，汤斌的理学以及他个人的修养实践，昭昭在人耳目，岂容污蔑？而且政治的争斗，牵涉及于学术，竟至诬指其为“伪学”，无论如何是件不可恕的事，因此翁叔元为士论所不齿，其中最不平的两个人，除了口诛以外，还展开了笔伐。
这两个人，一个就是皇帝亦久闻其名的“三布衣”之一，因为保荐误时，未能参加“博学弘词”荣典的姜宸英。
姜宸英字西溟，浙江宁波人。当叶方蔼任明史总裁时，荐他充任纂修，食七品俸禄；并特许他参加会试，他在京师是个大名士，会试的考官，都以收录这个门生为荣，照常理说，进士及第应如探囊取物；谁知姜西溟嗜酒如命，每次入闱都喝得醺醺大醉，试卷违误了规定的格式，致考官爱莫能助。
有一次倒是没喝醉，写作俱佳，格式也对，缴卷时，受卷官随手翻一翻，指出一处问道：“这两句话，有出典吗？”
“那两句话出于李商隐的诗，”姜西溟不假思索地反问一句：“你没有读过李义山的诗？”
受卷官大怒，但亦无可如何，只有暗箭伤人，把他这本卷子摆在一边，不发誊录，考官根本看不见他的文章，自然无从取录。
以后他又为明珠慕名延聘为西席，纳兰性德对他的文采，倾倒备至，殷殷向学，师弟俩极为相得，但终于为了一句话，姜西溟拂袖而去。
事起于明珠有个宠仆，名叫安三，就像明朝严嵩的宠仆严年，为无耻士大夫尊称为“萼山先生”那样，安三亦在衣冠缙绅之列，奔走其门的，不知其数，而此人附庸风雅，希望一流大名土的姜西溟亦能假以词色，增添声价。
于是纳兰性德有一天对姜西溟说：“家父素来敬重先生，却不能有所助力，我亦不便进言，现在有一个人，如果先生肯少施颜色，则无事不谐。我亦知道这话对先生说是极大的唐突，只是先生今年六十了，尚未通籍，似不妨稍作委屈。”
“喔！”姜西溟止杯不饮，“你说的这个人是谁？”
“是——，”纳兰性德很吃力地说：“是安三！”
姜西溟将酒杯一推，霍地站了起来，厉声说道：“我原以为你是纳兰家的佳子弟，不料无耻如此！”说完夺门就走。
纳兰性德天性醇厚，只以一时鲁莽，说了不该说的话；见此光景，悔恨不及，赶紧上前牵住姜西溟的衣服，哀声请罪：“先生，先生！我错了，千万宽恕我这一回！”
姜西溟掉头不顾。事后，纳兰性德千方百计想挽回其事，而毕竟不能如愿。但纳兰性德对他，始终敬礼不改；不久姜西溟倦游南归，纳兰性德做了三首词送他；第一首是自创格调的所谓“自度曲”，题名《潇湘钟》，在倦倦之情中，隐隐有请罪之意：
长安一夜雨，便添了几分秋色！奈此际萧条，无端又听渭城风笛；咫尺层城留不位，久相忘，到此偏相忆。依依白露丹枫，渐行渐远，天涯南北。凄寂！黔娄当日事，总名士如何消得？只皂帽蹇驴，西风残照倦游踪迹。号载江南犹落拓，叹一人知己终难觅。君须爱酒能诗，鉴湖无恙，一蓑一笠。
等姜西溟重到京师，纳兰性德已经以三十一岁的英年，“七日不汗”而死；而姜西溟的性情，依然如他的姓那样，“姜桂之性，老而愈辣”，他跟翁叔元本来是朋友，此时卑视其人，写了一封长信，痛加讥责，当然，从此也绝交了。
在翁叔元，这还不算难堪；最难堪的是他的门生何焯，当面投递了一封“破门”——断绝师弟关系的书信。
何焯是苏州人，寒素家风，终于出了一个读书种子；他年轻时曾帮助书商访求古籍，所以宋朝、元朝遗留下来的孤本及旧家的抄本，经他细心校读过的很不少。只是腹笥虽宽，性情偏狭，喜欢诋毁前辈；因此落拓京华，颇不得意。
当时京师文坛的主盟，算是徐乾学，以天子文学侍从之臣，权相府中的上宾，而财力又称雄厚，够资格去博礼贤下士的名声；何焯就是他门下的食客。只以他恃才傲物，当面讥斥他人的短处，毫不留余地，因而为人在徐乾学面前进谗，彼此失欢，何焯绝迹于徐家了。
这时翁叔元亦正在削尖了脑袋往上钻，颇想招致若干名士，增加自己的声势。何焯虽是布衣，声名盛于公卿之间，正是他想罗致的目标。而何焯方在失意之际，“长安居，大不易”，有人肯加以援手，不免起了知遇之感，所以自愿列名为弟子。
翁叔元的儿子，是个浅薄得不知天高地厚的妄人，何焯自然看他不上眼，彼此搞得很不愉快。等到翁叔元弹劾汤斌“伪学”的消息一传，何焯再也忍不住了，写了极长的一封信，当面投向翁叔元，表示着有这样一位老师，从此“请削门生籍”。那封信写得痛快淋漓，一日之间，传遍九城。
何焯好低毁前辈，好轻薄快意，但对翁叔元的这个举动，没有人说他不对，因为学术是非，自有公论，而何焯此举，正为公论的表现；也因为他是苏州人，而汤斌对他的家乡有大思，崇功报德，应该打这个不平——桑梓为公为大，门生为私为小，为大我牺牲小我，不算忘恩负义。
由于何焯此举，大快人心，所以一日之间，声名大起，来拜访道贺致意的，络绎不绝；其中最兴奋的，是何焯的一个门生，也是苏州人，名叫陈景云，才十九岁，博闻强记，整部《通鉴》，能够背诵。汤斌在苏州时，曾经考试秀才，拔陈景云为第一；以此知遇之感，所以凡是为汤斌不平的举动，他无不拥护。
十月间，皇帝谒陵——顺治皇帝的陵寝，在喜峰口以西，属于遵化州的凤台山，定名孝陵。谒陵事毕，皇帝由遵化南下，巡视近畿之地；指定直隶巡抚于成龙，在霸州接驾。
皇帝巡幸各地，召见守土之官，照例先问吏治民生；首先被提到的一个人，就是陆陇其。他在康熙二十二年，被授职为灵寿知县。这是正定府中最难治的一县，地瘠民贫，谋生不易，权利的冲突，异常尖锐，所以民风强悍，善斗轻生；陆陇其一到任，就接到许多命案的状子，坐堂一问，十九起于细故，甚至有为了一碗饭送掉一条命的。于是他一面推行“深耕法”，尽地力以增加农产，同时请求上官，少派差役，减轻百姓劳力的负担；革除赋税中附加的“火耗”，禁止私派，减轻百姓的经济负担。一面反复劝导，和衷共济，化除好斗轻生的风气。这样在任四年，风俗一变；成为直隶最安定、最富朝气的一县。
“臣去年亲访民间利病，陆陇其曾面陈六事，无一事不切中民生利弊。”于成龙说：“臣属下的州县官，论操守，论治绩，陆陇其可算第一。”
“以前直隶巡抚格尔古德，也保荐过陆陇其，我因为他到任不久，若有作为，还不到收功的时候，所以不曾调动。如今照你所说，果然是个好官，何以不见你举荐？”
“臣荐过的。”
“荐过？”皇帝诧异，“凡是这些奏折，我没有一个轻轻放过的，为什么一点都记不起来？”
“其中的缘故，臣略有所知。”于成龙看一看随传在侧的高士奇等人，略一迟疑，这样说道，“容臣另缮密折奏闻。”
皇帝有所意会，于成龙的话不便让第三者听到，便吩咐左右待从，一概回避。
“现在只有我们君臣二人，你有话尽管说；出你之口，人我之耳，不会有人知道。不过，”皇帝又说，“你未说之前，要作检点。”
这是告诉于成龙不可作不实之言，“臣不敢妄语！”他说，“几所奏陈，皆有证据。臣举荐陆陇其的奏折，为大学士余国柱所搁置了。”
皇帝大为骇异：“他敢？”
“据臣所知，除却谋反，他什么都敢！”
皇帝还是不大肯相信：“他竟敢搁置奏疏，壅于上闻？”
“皇上不妨彻查。京内外臣工所上奏疏，通政司皆有纪录；跟内奏事处的档案一查对，真相自明。”
皇帝点点头，愣了一会又问：“余国柱为什么要跟陆陇其过不去？”
“因为陆陇其无从馈赠，他也从不与政府中人通问。在任四年，只进过一次京，公事一完就走，好些人想见他都见不到；魏象枢是他的荐主，他亦不曾去看他。”
“这真是公而忘私了。”皇帝想了一下，又问到余国柱一向恭谨，虽然操守不甚好，倒想不到他这样子肆无忌惮，他何所恃而敢如此？
于成龙应声答道：“恃明珠的势。”
“明珠！”皇帝被触及了存在心中已久的疑团，“明珠怎么样？你可知道他有什么劣迹？”
“这——，”于成龙答道：“一言难尽。”
“一言难尽？”皇帝惊诧，“是说他的劣迹甚多？”
“是！”于成龙说：“臣只说三个人，第一个是蔡毓荣，就是明珠所引荐庇护。”
提起蔡毓荣，皇帝便生气。此人是正白旗汉军，康熙九年就当到四川湖广总督；吴三桂之乱，他奉旨率领绿营兵进剿，调任云贵总督；乱平处理善后事宜，对吴三桂的余党，不是徇情庇护，就是得贿纵放，而且还霸占了吴三桂的一个孙女儿作妾，此外更有妒功诬奏、纳贿行贿种种不法情事，为人检举，下刑部审问属实，定拟斩决的罪；皇帝虽免了他一死充军黑龙江，但对此一直痛心疾首，现在听于成龙提到，方始恍然，蔡毓荣敢于如此无法无天，原来是明珠的庇护。
“第二个是靳辅。”于成龙说：“靳辅治河，虽与臣意见不合，论其操守，亦有可取；只是明珠支持靳辅，与如何治河无关，作用在侵分筑堤的巨额工费。”
“啊！”皇帝矍然，“原来有此内幕！你再说，第三个是谁？”
“第三个是汤斌。”于成龙说，“皇上加恩江苏百姓，蠲减钱粮；明珠居然贪天之功，由余国柱派人向汤斌致意，说江苏蠲赋，多出于明相国的斡旋，江苏百姓宜有以酬报。索贿四十万两！”
“四十万？”
“是！”于成龙说：“臣不敢妄言，可问汤斌；或者垂询原任江苏吴江知县，行取为御史的郭琇。”
“那么，汤斌怎么样呢？”
“汤斌哪里来的钱给他们？为此，明珠和余国柱设计攻走汤斌，一则报复，二则便于向江苏榨索。”
“这就不对了！”皇帝摇摇头：“汤斌内用是我的主意。”
“明珠之奸诈，一直能够欺君罔上，正以此故。窥探旨意，加以利用，其奸不露。”于成龙膝行数步，神色悲愤地说：“如今明珠、余国柱必欲置汤斌于死地而后快，若非皇上保全善类，天下将无正人好官。”
于成龙为皇帝解说明珠招权纳贿的“巧妙”，总括一句话，是贪天之功；利用他受到亲信，易于窥测皇帝的意旨，从而哄吓诈欺。皇帝预备重用某人，他必先一步去讲条件，说好能以巨金为寿，便可获得某一缺分；或者某人获罪，皇帝宽大为怀，明珠又会预先透露可能得到的处分，说不是他从中斡旋，必将有如何严重的罪名。于是当事人一则感恩，二则畏威，又必以巨金为寿。
听见这一番话，皇帝有如梦方醒之感，同时也深深感到惭愧，自以为凡事虚心体察，不易受人蒙蔽，哪知受了蒙蔽，还在鼓中。
就这片刻之间，他心潮起伏，激动不已；最后终于作了决定，但却不便宣布，“你的直言可嘉，”他只是奖励于成龙，“你先下去，我有东西给你。”
皇帝赏赐于成龙一千两银子，一匹骏马。大家都以为那是酬庸他在直隶巡抚任内的政绩，却不是由于振聋发聩之功。
御驾离开霸州，皇帝还想西行，到陆陇其做知县的灵寿那一带去看看；半路上接得急奏，说太皇太后政躬违和。皇帝孝顺祖母，接到这个不幸的消息，五中如焚，星夜启跸回京；不入乾清宫，直接到太皇太后所住的慈宁宫以东的五楹新殿，在那里设榻住下，以便于朝夕侍疾。
随侍在他左右的是高士奇。有一天晚上，皇帝跟他谈到明珠的种种劣迹，提出一个疑问：“我平日深慕唐太宗纳谏的雅量，大小臣工的奏谏，无不亲览，即有逆耳之言，亦从不加罪。那么，何以不见有人奏劾明珠？”
高士奇是极机警的人，看出皇帝对明珠的印象，已经完全改变；事态严重，绝非几句好话所能替他掩饰的，那就得想办法洗刷自己，避得愈远愈好。
于是他说：“皇上圣明，孰不畏死？”
“喔，”皇帝动容了，“他敢压制言路？”
“董汉臣即是现成的例子，欲加之罪，何患无辞？”高士奇说，“皇上居宽大之名，宰相有滥权之实。”
皇帝绕室沉吟，很想即时下诏，夺明珠之职。但太皇太后正在卧疾，宜迓祥和，不宜于严谴，只好暂且搁下。
十月初八，汤斌偕同工部满尚书阿兰泰，专程到通州张家湾去验看西南运到的棺木。
宫中这时正在大兴土木，皇帝预备在紫禁城东北角的空地上，造一所宁寿宫，作为太皇太后和皇太后颐养天年之用；所用木料，特发内帑，交西南各省采办，由水路运进京城，木料是否符合规格？汤斌的身体已相当虚弱，部属和家人都劝他，有阿兰泰去看，也就够了；秋风多厉，何必跋涉？但汤斌因职责所在，坚持要去；于是与阿兰泰同车出京，直赴通州张家湾。
来去一共三天，回到京，人就不对了；咳嗽非常厉害，而且气喘不止。
这是汤斌多年的毛病，逢秋必发，虽然咳得比平时厉害些，但也不以为意，只不过在妻儿侍奉之下，卧床休息，连医生都不曾请。
汤斌有四个儿子，本来都在睢州老家读书，一则侍奉祖母，再则在河南准备应乡试，这年七月间，老三汤沆先到京城省视；九月间听说汤斌身体不好，老大汤溥，特地由原籍赶来，正是他上疏辞官不许，而皇帝遣御医诊视，病势已减的时候。汤斌看到儿子，心里自然高兴，但仍是悬念着他的继母的病，对汤溥表示，想辞官而不能；只要一息尚存，不能不勉力奉公，只是堂上老亲，桑榆景迫，不能亲身奉养，心如刀割。
为了安慰老父，汤博说了假话，说他祖母的病，已大见好转，所以才能安心到京师来省父。听得这话，汤斌欣慰无比，认为母子还有相见之日。
但是，他们父子之间，虽在一起，却一直没有细谈的机会，因为汤斌病势稍减，立即销假视事，公事极忙，接着便是到通州勘验楠木。直到此刻，反因为卧疾不能看公事，父子三人，才得在病榻前闲话。
虽是闲话，实在是讲立身处世的大道理，汤斌对两个儿子说：“孟子有言，乍见孺子人井，皆有怵惕恻隐之心。这就是天理。你们总要时时内省，养此一片真心；久而久之，做人做事，自然而然合乎圣贤的大道。如果只讲表面文章，规行矩步，虽知其然而不知其所以然，外面看来是道学，其实是内心不知有真是非的乡愿，于人于己，皆无益处。”
谁知道这几句话，竟成了汤斌最后的遗言。
纵使抱病，汤斌仍不肯请假，还在打算着第二天一早要到内阁去会议。
汤溥、汤汤，忧心忡忡，却又无法相劝；怀着心事，辗转不能安枕。到了四夏天，突然起床探视，只听喉头已经“上疾”了。
“爹！爹！”
兄弟俩连声急喊，汤斌还能答应，但也就是答得这一声，再也不能说话了。呼吸渐弱，很快地一瞑不视。
合家抢天呼地般痛哭。汤溥是长子，不能不节哀料理后事。亲友故旧、部属，接到“报丧条”，纷纷赶来，只见汤斌面目安祥地躺在板上；上身穿一件旧得快破了的蓝绸丝棉祆，下身穿一条黑布裤。问起身后之事，汤溥哭着诉说：只剩下八两俸银，连买棺材的钱都不够。
就在这时候，徐乾学送了二十两银子奠仪来。汤溥不知道他曾陷害汤斌——事实上，他在南书房向皇帝奏陈的话，外间亦绝少人知道；还都认为徐乾学古道可风，收了这笔“雪中送炭”的奠仪，汤家才能买棺成殓。
汤斌已多年未穿新衣，唯一的一件新衣服，就是用御赐的缎子所缝制的一件朝服。人殓本可用明朝的衣冠，在这样的境况下，只好用这件清朝的衣服。
大臣临终，照例应有“遗疏”；汤斌临终一句话都没有，但仍不能不说“口授臣男溥”奏陈，只是些感恩的话，没有谏劾，也没有建议。
凡是敬仰汤斌的，都替他可惜，觉得他死非其时，死在正当他为小人谗害，皇帝不无因为与汤斌争名而对他怀着成见的时候；他是死得如此凄凉，身为大臣，几乎无以为殓，而皇帝完全不知道，因为明珠、余国柱等人自然要蒙蔽隐瞒，就是徐乾学、高士奇之流，亦绝不敢表彰汤斌的清廉，变成自暴其贪黩的短处，所以皇帝接到遗疏，只是嗟叹不欢，而恤典并不优厚。
也许是有意的安排，皇帝遣派两名内阁学士，到汤斌灵前赐奠茶酒，其中之一是曾劾汤斌“伪学”的翁叔元。有人说，这是出于明珠和余国柱的建议，有意刻薄死者；这一层无从究诘，但汤斌虽死，明珠和余国柱余憾未释，却在内阁议恤典这件事上，表现得很清楚。
内阁的复奏是，汤斌生前曾有降七级的处分未消，所以不应照尚书的成例赐恤。皇帝素来以宽厚出名，自然不会准奏，降了这样一道谕旨：
汤斌为巡抚日，廉以自守，屡加升用。忽闻溘逝，深轸朕怀，着驰驿回籍，赐祭如葬故事。
亏得有这样一道上谕，汤溥兄弟盘柩奉母回睢州，一切舟车轿马，都得由驿站和地方官供给。而汤斌泉下有知，应该感到安慰的是，遗爱在民，身后的哀荣，虽不由于庙堂，却还出于道路，灵柩所经，路人多下马拱立，叹息目送，所过州县，地方耆老，无不路祭。回到睢州时，士绅父老皆是白衣冠郊迎，孝衣如雪，哭声震天，自动来迎灵的有上万人之多。苏州百姓接到讣闻，聚哭于生祠之下；常州及其他州县，则纷纷在书院设立汤斌的神主，举行祭享。此外，在京里则颇有人去瞻仰汤斌的故居。板门竹篱，简陋异常，如不说破，谁也不相信，这就是做过天下第一要缺江苏巡抚，以及职掌大工，手下有无数名工良匠的工部尚书的住宅。
作为一个大官而言，汤斌死得很寂寞；但是他的一死，又可说是死得其时。
汤斌之死，对郭琇等刚直君子来说，是一大刺激；而对在慈宁宫侍疾的皇帝，却等于是尸谏，他慢慢明白了，汤斌是死在哪些人手里的？
因此，皇帝决定展开肃穆政风的大举措，而以查办湖广巡抚张氵并，奖励陕西道御史陈紫芝作为开端。
陈紫芝字非园，他是浙江宁波人，为人峭直，嫉恶如仇。当时的湖广巡抚张氵并，是明珠的私人，自恃靠山甚硬，在任上大事搜括，地方上运盐、铸钱、码头交通等等有利可图的地方，无不想出名堂来舞弊；甚至汉口的商家，凡是立了招牌的，亦要分别大小，按数派钱。贪名传播远近，大家都畏惮明珠的势力，不敢说话，独有陈紫芝，上疏严劾，除了指陈张氵江的劣迹以外，同时认为“当日保举之人，必有贿嘱情弊，请一并敕部论罪。”
于是皇帝派了三个他相信得过的人，到湖北去查办。一个是于成龙，一个是山西巡抚，满洲镶黄旗的马齐；另一个是副都御史开音布。
