同时皇帝面谕群臣，说张饼贪污，没有人肯揭发，唯有陈紫芝上疏弹劾，应该升官。于是升为大理寺少卿。不久，于成龙、马齐、开音布三人回京复奏，张氵并果有贪污的实迹。皇帝下令革职治罪，张济被判处了绞刑；保举张氵江的官员，亦都丢了官。
这是对明珠的一大打击，也是一大警告；但明珠不理会警告，只对打击展开报复。事由陈紫芝而起，报复便报复在陈紫芝头上——忽然有一天，四十岁不到的陈紫芝，暴毙身亡。据说，他下朝在朝房遇见明珠，明珠殷勤接待，喝了一杯他的跟班送上来的“茶”，这就是他暴毙的原因。
尽管明珠的势力，依旧炙手可热，但了解内幕的人都知道，他是走下坡了。如果负担不重，还可以自我克制，放稳步伐，不至于倾跌；而明珠积恶累累，仿佛拖着一辆沉重的大车，一走下坡，身不由己，一定越下越快，转眼之间就会竭蹶殒身。
于是最见机的人开始有了行动，第一个是徐乾学。
徐乾学本以依附明珠起家，但从纳兰性德死后，师弟的关系中断，加以余国柱的排挤，跟明珠也就渐渐疏远了。同时，他由南书房翰林的文学侍从之臣，转为总司风宪的左都御史，亦颇思有所建树，在廷议时，便与明珠一党，常有不能调和的意见，很快地被朝士分为南北两党。
既有党派，便成敌对，徐乾学看出明珠已呈不稳之势，而皇帝整饬政风的决心，在查办张氵并奖励陈紫芝一事上，表现得相当清楚，因而估量局面，断然作了打倒明珠的决定。
还有一个人可以利用：郭琇。
郭琇是他的同年，此时又成了长官与僚属，于公，他可以鼓励郭琇配合皇帝重整纪纲的决心，提出纠弹；在私，他想到有一套说法，可以打动郭琇的心。
这套说法是为汤斌报仇。汤斌受明珠和余国柱的迫害，是有目共睹的事，郭琇久怀不平，所以对徐乾学的话，格外容易人耳。而徐乾学又以汤斌有思于他的家乡，跟郭琇对汤斌怀有知遇之恩的立场是相同的；这样，郭琇便丝毫不觉得徐乾学所怂恿他的话，不是为了替汤斌报仇，而是以此因由，打倒明珠。
一夕密谈，徐乾学提供了许多关于明珠的内幕。有些话，跟李光地跟他所说的相同；有些则大相径庭，而比较之下，郭琇宁信徐乾学，不信李光地，因为李光地“卖友”这一重公案，真相渐渐揭露，使得郭琇对他的信心大失。
关起门来，一个人悄悄写好了一道严劾明珠的奏疏，正待呈递；却以太皇太后的崩逝，而搁置了下来。这位太皇太后是世祖的生母，当清兵初入关时，世祖只有七岁，多尔衮大权在握，颇为跋扈。幸亏这位太后跟多尔衮是从小一起被养在宫内的青梅竹马之交，苦心调护，才使得多尔衮不致萌生异志，篡位自立。
世祖于顺治十八年正月，出天花不治而崩，得年只有二十四岁，留下四个皇子。当时由太皇太后主持，与“四辅政大臣”定议，以八岁的皇三子玄烨嗣位，即是当今皇帝。太皇太后的作此选择，是听从她的“教父”，来自日耳曼的天主教士汤若望的建议，因为玄烨已经出过天花，不会再遭遇大行皇帝那样的悲剧。
这时满清的天下未定，外有三藩的分茅裂土，破坏政令的统一；内有辅政大臣鳌拜的跋扈专擅，八岁的皇帝，全亏祖母教养护持，得以先诛鳌拜，后平三藩。祖孙之间的关系与感情，既与寻常人家不同；而皇帝的天性又特厚，所以对这位祖母的孝顺，不但在古今皇帝当中找不出来，就是上《陈情表》的李密，如果生在康熙年间，亦应自愧不女口。
当太皇太后病重时，皇帝亲制祝文，徒步到南郊的天坛上祭，祝文中吁恳上苍，减自己的寿算，为祖母延寿；太常寺的礼官宣读祝文时，皇帝涕泗交流，臣下无不感动。但人事已尽，天心难回，延到十二月中，七十五岁的太皇太后，终于薨在慈宁宫。
皇帝的悲痛可想而知，真叫“悲号无间”，想起来就哭，常常哭得昏厥或者咯血。大丧的仪典，当然格外隆重，除了皇帝自己割辫麻衣，在慈宁宫席地寝言以外，最初三天百官都住在宫内，每天早、午、晚三次，到慈宁宫哭临；第四天起，改为每天两次，官民在家斋宿。宫内外各寺庙庵观，无分日夜，撞钟三万杵，虔送大行太皇太后往生极乐。
一般的政务，当然都搁置了下来。这样过了二十七天，皇帝不肯释服。照多少年来的传统，大丧是以日代月；二十七个月缩为二十七天，至此期满。同时嫡孙为祖母服丧，只是“齐衰杖期”，期为一年，亦非父母之丧的“斩衰三年”。而皇帝下诏，定为三年之丧；哀和过重，妨碍国政，群臣交谏，国子监的太学生伏阙上书，请皇帝节哀顺礼。这才勉强把皇帝劝得脱御麻衣，换了素服；由慈宁宫回到乾清宫，不入正殿，在乾清宫东庑设榻暂住。
释服的第二天，皇帝御门听政；政务恢复正常，郭琇才能把弹劾明珠的奏折递了上去。
这天恰好是明珠的生日，国丧期间，”八音遏密”，不准演戏；同时也不宜举行正式的筵宴，但就是不拘形式的小叙，场面已经浩大非凡——明珠的府第在什刹海北岸，是京师有名的巨宅；这天车水马龙，冠盖相望，朝中叫得出名字的官员，几乎都到齐了。
“郭都老爷到！”
当司间的持着名帖，高唱传报时，明珠一时弄不明白，“哪位郭都老爷？”他问。
“江南道郭都老爷。”
江南道监察御史不是郭琇吗？明珠始而不信，从而大喜；他曾多次致意，想邀请郭琇一叙，郭琇始终拒绝，不想在这华堂春满，贺客盈门之际，有此大名士不速而至，在他真有些受宠若惊了。
于是明珠连声道：“请”，降阶亲迎。意气洋洋的郭琇，见了主人，长揖不拜；却故意伸手探袖，仿佛有什么文件要面递似地。
明珠喜动颜色，“足下今日兴致不浅，”他问，“莫非有寿诗见赐？”
“不是，不是！”郭琇一面说，一面从袖子里抽出一张纸来，递了过去。
满堂宾客，尽皆注目，都猜不透那张纸上写的什么？只见明珠读不多时，脸色大变，既惊且窘，自然也有怒意，而郭琇却是一脸诡秘的笑容。
“郭琇无礼！应该受罚。”他自己这样说，顺手取了一大杯酒，一饮而尽，大笑而去。
这是他有意折辱明珠，目的在激励朝士不畏惧权贵的风骨；因为他顾虑到弹劾明珠的奏疏一上，可能会交九卿会议，倘或畏惧威势，瑟缩不言，一片苦心，岂非付之东流？因此，特意出此当面投递弹章的举动，表示权相并不足畏。
这自是大煞风景之事，宾主都觉得万分尴尬；寿筵草草终场，贺客纷纷告辞，偌大场面，片刻之间，冰清鬼冷，明珠退入密室，立即召集心腹会议。都觉得郭琇的奏折，指明事实，十分厉害，可能会惹起不测的天威，当务之急，该去打听皇帝的态度。
皇帝浩叹终日，将郭琇的奏折，看了又看，反复思量，要弄清楚，他所参劾明珠的罪状，可有虚假？
郭琇的奏折中，刊明了“明珠与余国柱背公营私”的事实，计有八款：
一凡阁中票拟，俱由明珠指挥，轻重任意；余国柱承其风旨，即有舛错，同官莫敢驳正。圣明时有诘责，漫无省议。即如陈紫芝之参劾张洪，内并请议处保举之人，上面谕九卿：“宜一体严处”，票拟竞不之及。
这一款是事实。皇帝清楚地记得，当时明珠的复奏，并未提到保举张洴的人；等到自己当面追究，才提出侍郎王遵训等人，保举张氵并不当，一体革职。
一明珠凡奉谕旨，或称其贤，则向彼曰：“由我力荐。”或称其不善，则向彼曰：“上意不测，吾当从容援救。”且任意增添，以示思立威，因而要结群心，挟取货贿。至每日奏事毕，出中左门，满汉部院诸臣及腹心拱立以待，密语移时，上意无不宣露，部院衙门稍有关系之事，必请命而行。
这更是事实。向汤斌索贿，说江苏蠲赋，出于明珠的力量，就是天大的谎话。以此例彼，则窥测意旨，以示思立威，当然是可信的事。至于明珠每天出乾清宫，有许多官员等候在中左门，这是皇帝早就知道的事；原以为他是在公事上有所交代，此刻经郭琇说破，皇帝才恍然大悟，原来是利用他所预闻的机密，作出卖风云雷雨、招纳权贿的勾当。
皇帝再往下看，郭琇写的是明珠及其党羽，卖官鬻缺的事实：
一明珠结连党羽，满洲则佛伦、格斯特，及其族侄如拉塔、锡珠等；汉人之总汇者为余国柱。结为死党、寄以腹心，凡会仪、会推，皆佛伦、格斯特等把持，而国柱更为之囊橐，惟命是听。
一督、抚、藩、大出缺，余国柱等无不辗转贩鬻，必索至满欲而后止。是以督抚等官，遇事剥削，小民柔困，遭遇圣主，爱民如子，而民间犹有未沾足者，皆倩官搜索，以奉私门之所致也。
看到这一款，皇帝不止是生气，而且痛心：“民为邦本”，他即位以来，最重视的就是爱民，民心驯服，乃是天下能够大定的唯一原因，而明珠了解他的苦心，却折消他的德意，以致百姓受惠“犹有未沾足”的。照他这样的做法，只要一脱自己的约束，必定横征暴敛。搞的民怨沸腾，终于萌生乱源。由此看来，明珠真是贼臣？
就这转念间，皇帝已有了决定，但处置轻重，还要再看一看其他的罪状：
一康熙二十三年学道报满之时，应升学道之人，率往论价；九卿选择时，公然承风，缺皆预定。由是学道皆多端取贿，士风文教，周之大坏。
一靳辅与明珠、余国柱，交相勾结，每年康费河银，大半分肥，所提用河官，多出指示，是以极力庇护。当下河初议开时，披以为必委任靳辅，欣然欲行，九卿亦无异词。及上另欲要人。则以于成龙方沐圣眷。必当上旨；而成龙官上臬司，不可以统摄，于是议题奏仍属靳辅，此时未有阻挠议也。及靳辅张大其事，与成龙议不合，始一力阻挠，议由倚托大臣，故敢如此。
这一款引起皇帝绝大的警惕。他回想康熙二十四年南巡视察河工时，开下河一事，要由安徽臬司于成龙总其成，而归靳辅节制，确是出于明珠的建议。当时还觉得他的话极有道理，谁知暗中另有这样的内幕。自己是在不知不觉中做了他的傀橱；看来做皇帝要虚己以听，求得一个“明”字，实在甚难。如果再有成见横亘胸中，则耳目所及，无一而非伪饰蒙蔽，从今以后，岂可不格外谨慎？
因此，他对郭琇的奏折，看得更加仔细，每一个字都不肯轻易放过：
一科道有内升及出差者，明珠、余国柱率皆居功要索。至于考选科道，既与之大约，凡有本章，必须先行请问。由是言官皆受其牵制。
一明珠自知罪戾，见人辄用柔言甘语，百计款曲而阴行螫害，意阴谋险；最畏者言官，恐发其奸状。常佛伦为总究时，见御史李时谦累奏称旨；御史吴霁方颇有参劾，即令借事排陷，闻者骇惧。
看到这里，皇帝放下奏折，深深点头，在灯下自语：“若要天下太平，实非广开言路，培养有风骨的言官不可。”
皇帝经过深长的考虑，决定展开一次大规模的人事革新。明珠应该受到惩罚，是毫无疑义的事；但是，皇帝自成年时就自誓要待大臣如弟兄，所以除非罪大恶极，绝不愿加以诛戳，尤其是明珠，皇帝始终念着他支持撤藩的功劳，格少要宽大处理。
于是首先改组内阁。大学士一共五人，首辅是明珠，革职交领侍卫内大臣差遣；次辅叫觉罗勒德洪，他是皇帝的同族——爱新觉罗族以其与皇帝亲属关系的远近，分为两种，一种是太祖直系的后裔，称为“宗室”，系金黄腰带，俗称“黄带子”；一种疏远的宗族，称为“觉罗”，系猩红腰带，俗称“红带子”，勒德洪就是“红带子”，隶属正红旗，笔帖式出身，是明珠的应声虫，自然一并革职。
还有个被革职的是余国柱。五去其三，剩下两个人，一个是曾为世祖草遗诏的王熙，此人熟谙政事，小心谨慎，皇帝决定将他留了下来；还有一个是王熙的同年，顺治四年的进士，当过浙江总督，在平耿精忠之乱中立过大功的李之芳，已经六十七岁，精力衰颓，囗婀取容，皇帝决定叫他退休——休致回籍。
为了这一番大振刷，皇帝特别召集吏部尚书陈廷敬等人，作了一番极长的训谕，他说；国家建官分职，经理庶政，必须拿出忠心来！大官守法、小官廉洁，各守职司，实心任事，才可以不负提拔。他亲政以来，不敢丝毫怠忽，所以对于大小官员的行事，无不深知，一再指出缺点，谆谆告诫，然而他是失望了。
他指朝中群臣，自大学士以下，有职掌的官员，全然不知勤慎供职，只知道早早出街，偷安自便，整天三五成群，互相交结，套同年、门生的关系，彼此援引，或者同谋陷害他人；或者徇庇同党，营私舞弊，这种种情形，他亦无不明瞭，只是隐忍不言，期望各人自己良心发现，洗心革面，改过向善。
他又说：他最重视九卿科道的会议，期望集思广益，斟酌至当。结果不过一两人倡仪于前，其余的应声附和，马马虎虎，敷衍了事。甚至有些人参加了会议，却茫然无知，到散会都不了解议的是些什么？像这样子，试问国是何凭？
至于人才进退，关系重大，某人贤、某人不肖，或恐不尽知悉，所以凡遇紧要的差缺，特令会同推举，一方面让好人得以出头；一方面亦是希望被举的人，心里有这样的警惕，倘或不是实心奉公，失职得罪，必定会连累推举的人，于是勉力自励，力为好官。六部九卿诸臣，如果体会得这番意思，理当从公选举，才是不负委任。而历年以来，所举者称职的固有；但贪黩的亦复不少，这都是由于太看重情面，或者植党受贿所致。像这些人，自反其咎，虽加正法，亦无足惜；但他实在不忍见臣下身罹法网，所以往往宽大处理。不幸地，宽大变成姑息，姑息足以养奸，积弊愈来愈深，物议沸腾，民愤愤激，以致言官列款参劾，岂能再不闻不问？
此外，明珠的党羽，吏部尚书科尔坤，户部尚书佛伦，工部尚书熊一潇，平日望风承旨，甘作爪牙的，亦都一起被免了职。消息一传，人心大快；尤其是余国柱狼狈出京，见者无不嗤之以鼻，真所谓“公道自在人心”了。
不肖一去，贤者进用，皇帝经过慎重的考虑，选拔了三个人当大学士，第一个是伊桑阿，他是满洲正黄旗人，跟汤斌是同年，由礼部主事，循资升任尚书，为人厚重老成，极有操守，是满洲大臣中的佼佼者。最近在礼部尚书任内，办理太皇太后的大丧，勤慎将事，深得皇帝好感，所以首先被拔擢入阁。
第二个是阿兰泰。他家是满洲八大贵族之一，姓富密氏。阿兰泰以笔帖式起家，能干而谨慎，当三藩乱起，承旨宣达军机，详查明白，而且能够把握时机，迅赴事功。最难得的是，操行清谨；本来与汤斌同为工部尚书，这时入阁拜相，死者哀而生者荣，运气大不相同。
第三个是汉人，名叫徐元文，字公肃。他是徐乾学的胞弟，行二；老大乾学，老二元文，老三秉义，合称“三徐”，而徐元文是他们兄弟中，最杰出的一个。
徐元文是顺治十六年的状元。闲雅方重，敦品励行，与他的老兄，简直不像同胞手足。皇帝因为他曾充经道讲官，深知他的品德，特地将他由户部尚书升任为大学士。
这以后不久，徐乾学、高士奇等人，又为郭琇一疏，严劾去职，于是皇帝进行第二次改组政府，老弱贪庸的，纷纷休致回籍。起用熊赐履为礼部尚书，而郭琇则被超擢为左都御史。
不幸的是，汤斌始终被皇帝所误解，他说：“我待汤斌不薄，而他一直怨讪不休，不明白是什么道理？”
就为了有这样的误解，终康熙朝六十一年，汤斌生前的德业，不能受到表彰。直到世宗雍正十年，方下诏以汤斌人祀贤良祠。
高宗乾隆元年，汤斌得到了一个谥号，而且是极其难得的“文正”。
道光三年，以汤斌从祀孔庙。有清一代，以名臣从祀孔庙的，一共只有三个人：汤斌、陆陇其、张伯行。
陆陇其后来亦由知县行取为御史，殁于康熙三十一年。在他死后两年，皇帝忽然想起他，要放他做江苏学政。死后得官，传为美谈。他的谥号叫“清献”，照他的官位，不应得谥，是出于高宗的特旨。
张伯行是汤斌的同乡，也讲理学，也做过江苏巡抚，号称“天下清官第一”；但张伯行的清官比较容易做，因为他是富家子弟，可以从家乡带了钱到任上去用，不如汤斌那样坚苦卓绝。
康熙一朝，清官最多，但清官册上的第一名，无论如何不能不推汤斌！
