唁贶再临，又辱别谕云云，敢不敬承雅意。但孤暂留在此，实守制以备顾问耳，与夺情起复者不同；故上不食公家之禄，下不通四方交遗，惟赤条条一身，光净净一心，以理国家之务，终顾命之托，而不敢有一毫自利之心；所谓或远或近，或去或不去，归洁其身而已。此孤之微志也。（书牍九《答蓟镇巡抚陈我度言辞俸守制》）
　　“辞俸守制”是居正发见的名辞，但是一般人目光中，只看到他不奔丧，不守制，怙权贪位。居正曾经谈到“圣贤道理，祖宗法度”，这句话更引起他们底反感。《论语》是一部家喻户晓的书，那一个不曾读过？在宰我提出要把三年之丧更行缩短的时候，孔子生了大气，《论语》里还记着：宰我出，子曰：“予之不仁也！子生三年，然后免于父母之怀。夫三年之丧，天下之通丧也。予也，有三年之爱于其父母乎？”
　　孔子底逻辑，认定小孩在出身以后的三年中，全靠父母底爱护，因此在父母身死以后，应当守制三年，报答父母底恩爱。现在居正照旧入阁办事，还说什么守制，照旧赐酒赐饭，还说什么辞俸？一切只是名辞底簸弄，还谈什么圣贤道理？最可恨的是负着言论责任的御史、给事中，现在不但不曾弹劾，反而陈请慰留，甘心成为权门底鹰犬！一般人正痛恨着。
　　万历五年十月初五日，天上发见彗星，从西南方直射东北，苍白的色采，象一道几丈长的白虹，从尾星、箕星，越过牵牛，一直扫射到织女星。这真是一个很大的变异。不错，荀子曾经说过：“夫日月之有蚀，风雨之不时，怪星之党见，是无世而不常有之。上明而政平，则是虽并世起，无伤也；上暗而政险，则是虽无一至者，无益也。”（《天论》）但是荀子底话，一般人不一定读过，他们看到的只是这个非常的大变。彗星出见以后，神宗下诏修省。修省是一种反省的工作，皇帝要百官修省，百官当然也可以请皇上修省。第一个上疏的是翰林院编修吴中行，他说：居正父子异地分睽，音容不接者十有九年，一旦长弃数千里外，陛下不使匍匐星奔，凭棺一恸，必欲其违心抑情，衔哀茹痛于庙堂之上，而责以讦谟远猷，调元熙载，岂情也哉？居正每自言圣贤义理，祖宗法度。宰我欲短丧，子曰：“予也，有三年之爱于其父母乎？”王子请数月之丧，孟子曰，“虽加一日愈于已。”圣贤之训何如也？在律，虽编氓小吏，匿丧有禁，惟武人得墨衰从事，非所以处辅弼也。即云起复有故事，亦未有一日不出国门而速起视事者。祖宗之制何如也？事系万古纲常，四方视听，惟今日无过举，然后后世无遗议，销变之道无逾此者。
　　中行隆庆五年进士，是居正底门生，上疏以后，进谒老师，连同底稿也递上了。
　　“这一道奏疏，”居正愕然地问道，“已经奏上了吗？”“没有奏上以前，不敢和老师提起的，”中行说。
　　中行上疏的第二天，居正另外一个门生，隆庆五年进士，现任翰林院检讨赵用贤上疏：
　　臣窃怪居正能以君臣之义效忠于数年，不能以父子之情少尽于一日，臣又窃怪居正之勋望积以数年，而陛下忽败之一旦！莫若如先朝杨溥、李贤故事，听其暂还守制，刻期赴阙，庶父子音容乖睽阻绝于十有九年者，得区区稍伸其痛于临穴凭棺之一痛也。国家设台谏以司法纪，任纠绳，乃今哓哓为辅臣请留，背公议而徇私情，蔑至性而创异论，臣愚窃惧士气之日靡，国事之日淆也。
　　用贤上疏的第二天，刑部员外郎艾穆，主事沈思孝又联名上疏了。中行、用贤上疏请令居正奔丧归葬，事毕回朝；艾穆、思孝则请令居正回籍守制。他们说：陛下之留居正也，动曰为社稷故。夫社稷所重，莫如纲常，而元辅大臣者，纲常之表也。纲常不顾，何社稷之能安？且事偶一为之者，例也，而万世不易者，先王之制也。今弃先王之制而从近代之例，如之何其可也？居正今以例留，腆颜就例矣，异时国家有大庆贺，大祭祀，为元辅者欲避则害君臣之义，欲出则伤父子之亲，臣不知陛下何以处居正，居正又何以自处也。徐庶以母故辞于昭烈曰，“臣方寸乱矣。”居正独非人子而方寸不乱耶？位极人臣，反不修匹夫常节，何以对天下后世？臣闻古圣帝明王劝人以孝矣，未闻从而夺之也；为人臣者移孝以事君矣，未闻为所夺也。以礼义廉耻风天下犹恐不足，顾乃夺之，使天下为人子者皆忘三年之爱于其父，常纪坠矣。异时即欲以法度整齐之，何可得耶？陛下诚眷居正，当爱之以德，使奔丧终制以全大节，则纲常植而朝廷正，朝廷正而百官万民莫不一于正，灾变无不可弭矣。
　　北京御史、给事中请留居正的奏疏来了，南京御史、给事中请留的奏疏来了，南京尚书潘晟也上疏请留了，偏偏居正底门生和刑部两个属官上疏请令奔丧，甚至请令守制。这是为的什么？是反动的势力，还是另外有什么阴谋？居正正在痛恨和愤慨。外边的风声愈来愈紧张了。从严嵩时代起，凡是攻击辅臣的，常得廷杖的处分，高拱时代不是也准备廷杖言官吗？一切都在人们底记忆中。居正在七七以内，本来没有入阁办事，他在出处方面，原有周旋的余地，神宗要留居正，便不能不给居正满意。杖、杖、杖，惟有廷杖才是满足居正的办法。然而廷杖是怎样一种处分呢？受刑未毕，随即死在廷中的故事，大家也还记得。血腥又荡漾起来。
　　礼部尚书马自强晋谒居正，居正匍匐在孝帏里面。自强极力为中行等解释，他说这一群少年人，固然是年少气盛，冒昧无知，但是他们只是为的国家，并不是有意攻击首辅；他说皇上盛怒之下，惟有居正上疏，为他们营救，才可免去一场大祸。自强真有些黯然了。
　　“居丧之中，管不了外面的事，请马尚书原谅罢，”居正匍匐着回答。
　　翰林院的官员们一齐上疏救援了。侍讲赵志皋、张位、于慎行、张一桂、田一俊、李长春，修撰习孔教、沈懋学都具名，但是这一次上疏，只是石沈大海，一点影响也没有。眼看吴中行等四个都要受刑了。他们焦急的了不得。新科状元沈懋学想起居正底儿子嗣修，他写信给嗣修，请他和居正说情，一连去了三封信，但是嗣修不敢向居正说。懋学惶急了，他知道李幼滋和居正接近，幼滋不是提倡讲学的吗？和他谈一些纲常之道，一定可以生效，因此懋学又去信了。幼滋底答复只是这几句：“若所言，宋人腐语，赵氏所以不竞也。张公不奔丧，与揖让、征诛，并得圣贤中道，竖儒安足知之！”居正最初请求守制，现在简直是有意不奔丧，从被动成为主动，甚至认为圣贤中道。幼滋这一番言论，更引起一般人底不满。
　　廷杖底执行更加迫切了。翰林院掌院学士王锡爵约齐十几位翰林院同僚，拜访居正。居正托辞不见，眼看又成僵局。锡爵急了，一直奔到孝闱前面，他又向居正疏解了。他为吴中行等辩护，他请居正申救。
　　“圣怒太严重了，说不得，”居正说。
　　‘即是圣怒严重，“锡爵侃侃地说，”也是完全为的相公。“
　　居正伏着叩头道，“大众要我去，偏是皇上不许我走，我有什么办法？只要有一柄刀子，让我把自己杀了吧！”（见王世贞《首辅传》卷七。又《明史纪事本末》卷六十一云，居正屈膝于地，举手索刃，作刎颈状，曰：“尔杀我，尔杀我”。《明史稿·张居正传》云：居正至引刀作自刭状，以胁之。《明史·王锡爵传》言居正径入不顾。今按世贞与锡爵往还甚密，言较可信，其余则传闻之辞也。）
　　锡爵骇然地退出了。就这样决定吴中行等受杖的命运。十月二十二日行刑。中行、用贤各杖六十，杖毕，拖出长安门，再用门板抬出北京。中行已经气绝，幸亏中书舍人秦柱率领医士把他救活，大腿上的腐肉割下几十块。用贤是一个胖子，总算受得起，但是大腿上割下来的腐肉有手掌大，后来他底妻索性把这块肉风干，留给子孙，作为传家的教训。在他们两人逐出北京的时候，日讲官右庶子许文穆送给中行一只玉杯，上面镌着几行字：斑斑者何卞生泪，英英者何蔺生气，追追琢琢永成器。
　　用贤所得的是一只犀角杯，上面也有几行字：
　　文羊一角，其理沈黝，不惜刻心，宁辞碎首？黄流在中，为君子寿。
　　艾穆、沈思孝所受的待遇更惨了。廷杖八十以后，手足加了镣梏，收监三日，再得到充军的处分，艾穆遣戍凉州，思孝遣戍神电卫。艾穆、平江人，在湖南、湖北没有分省以前，和居正算是同乡。居正痛切地说：“从前严分宜（严嵩，分宜人）当国的时候，没有同乡对他攻击，如今我比不上严分宜了。”他回想到门生和同乡都向自己攻击，真有些感慨系之。
　　气量宽宏的大臣，遇到这个局面，用不到愤激，更谈不上廷杖，争是非本来是很平常的，为什么要流血呢？但是明朝的政局，本来不是一个心平气和的局面，居正也不是一位气量宽宏的大臣。他总以为这样便可以压抑当时的舆论，偏偏中行等四人血流满地，气息仅属的形态只激起了一个志士底愤慨。这是万历五年新科进士，观政刑部的邹元标，后来嘉宗天启年间一位有名的大臣。元标看到廷杖以后，随即上疏：陛下以居正有利社稷耶？居正才虽可为，学术则偏，志虽欲为，自用太甚。其设施乖张者：如州县入学，限以十五、六人，有司希指，更损其数，是进贤未广也；诸道决囚，亦有定额，所司惧罚，数必取盈，是断刑太滥也；大臣持禄苟容，小臣畏罪缄默，有今日陈言而明日获谴者，是言路未通也，黄河泛滥为灾，民有驾蒿为巢，啜水为餐者，而有司不以闻，是民隐未周也；其他用刻深之吏，沮豪杰之材，又不可枚数矣。伏读敕谕：“朕学尚未成，志尚未定，先生既去，前功尽隳。”陛下言及此，宗社无疆之福也。虽然，弼成圣学，辅翼圣志者，未可谓在廷无人也。且幸而居正丁艰，犹可挽留，脱不幸遂捐馆舍，陛下之学将终不成，志将终不定耶？臣观居正疏言：“世有非常之人，然后办非常之事，”若以奔丧为常事而不屑为者：不知人惟尽此五常之道，然后谓之人；今有人于此，亲生而不顾，亲死而不奔，犹自号于世日，“我非常人也‘，世不以为丧心，则以为禽彘，可谓之”非常人“哉？
　　奏疏上去两天以后，元标廷杖八十，谪戍都匀卫。天启年间，元标为左都御史，一次在进侍经筵的时候，跌倒下去。燕宗连忙派内官去慰问，大学士朱国祚说道：“元标在先朝，因为直言受杖，至今步履犹艰。”四十余年的事了，这一次的廷杖，留下不灭的遗迹。元标后来也曾说过：“大臣和言官不同：言官只要风裁卓绝，大臣非大利害，即当护持国体，那能和少年一样地轻动？”大致他对于万历五年的建言，感觉到一些懊悔。万历十年，居正身死，次年，革除官荫谥号，直至天启年间，才能追复官职，那一次却完全得力于元标底建议。
　　在这两次廷杖中间，福建巡抚庞尚鹏有书到居正，为诸人营救；南京操江御史张岳上疏请令居正奔丧。西南方的彗星，还是直射到东北，苍白色的光芒，造成万历五年十月间的恐怖。群臣都感觉不安，谣言好比没有根蒂的柳絮一样，正向四围激荡。有的甚至说居正豫备造反，情形离奇到不成样子。神宗底上谕又下了：朕承天明命，为天下君，进退予夺，朕实主之，岂臣下所敢自擅。元辅张居正，受皇考顾命，辅朕幼冲，掳忠宣酸，迅成化理，以其身任天下之重，岂容一日去朕左右！兹朕体其至情，厚加恩恤，凡人子所以荣亲送终之典，备极隆异，元辅孝思，已无不尽，亦不在此一行。且纲常人纪，君臣为大，元辅既受皇考付托，义不得复顾其私，为朕倚任，义不得恝然自遂。朕为社稷至计，恳切勉留，群臣都当助朕留贤，才是同心为国。叵耐群奸小人，藐朕冲年，忌惮元辅忠正，不便己私，乃借纲常之说，肆为挤排之计，欲使朕孤立于上，得以任意自恣，殊为悻逆不道，倾危社稷，大伤朕心。兹已薄示处分，用惩奸罔，凡尔大小臣工，宜各明于大义，恪共职业，共成和衷之治。如或党奸怀邪，欺君无上，必罪不宥。钦哉，故谕。（见奏疏六《乞恢圣度宥愚蒙以全国体疏》）
　　这一道镇压的上谕，果然奏效，不但谣诼宁静下来，连群臣进言，也因此稍息。谁愿意“乃借纲常之说，肆为挤排之计”呢？居正随后疏称：今言者已诋臣为不孝矣，斥臣为贪位矣，詈臣为禽兽矣，此天下之大辱也，然臣不以为耻也。夫圣贤之学，有遁世不见是而无闷者，人臣杀其身，有益于君则为之，况区区訾议非毁之间乎？苟有以成臣之志，而行臣之忠，虽被恶名，不难受也。臣之所惧，独恐因是而益伤皇上之心，大亏国体之重，凿混沌未萌之窍，为将来无穷之害耳。今诸臣已被谴斥，臣不敢又救解于事后，为欺世盗名之事；前已奏称遵谕暂出，今亦不敢因人有言，又行请乞，以自背其初心：但连日触事惊心，忧深虑切，故敢陈其缕缕之愚。伏愿皇上恢宏天地之量，洞开日月之明，察兆心仰戴之诚，悯迂儒拘挛之见，卓然自信，尽挥群疑，今后凡有言者，谅其无知，勿与较计，宁使愚臣受辱，毋致有伤圣心。仍乞鉴臣初请，俟大礼既成，放臣归葬，则纷纷之议不俟禁谕而群喙自息矣。（同上）
　　居正疏中虽请神宗恢宏圣度，但是居正底度量，委实亟待恢宏。假如他认识吴中行等只是“迂儒拘挛之见”，那么为什么不能救解于事后？为什么认为上疏救解，只是欺世盗名之事？居正只是心地窄隘，谈不上容人之量。
　　在七七之中，居正虽然不入阁办事，但是对于国事，始终不曾放手，内阁的公文，一直送到孝闱批阅，十月过去，到十一月初，七七已满，圣谕于初六日吉期，入阁办事。这一天，文书官孙斌宣召居正到平台入见皇上。
　　“臣父不幸，仰荷圣恩，赐吊赐赙，”居正叩头以后，面奏道：“又遣官治葬，恤典殊常。臣于国家，未有尺寸之功，叨此隆思，感洞心膂。”
　　“先生孝情已尽了，”神宗说，“朕为社稷，屈留先生。先生只想父皇付托的意思，成全始终，才是大忠大孝。”
　　居正底眼泪落下了，他说：“伏奉皇上前后谕旨，委曲恳切，臣愚敢不仰体？又昔承先帝执手顾托，誓当以死图报，今日岂敢背违？但臣赋性愚直，凡事止知一心为国，不能曲徇人情，以致丛集怨仇，久妨贤路。今日若得早赐放归，不惟得尽父于微情，亦可保全晚节。”
　　“先生精忠为国的心，”神宗说，“天地祖宗知道，圣母与朕心知道。那群奸小人乘机排挤的，自有祖宗的法度治他，先生不必介怀。”
　　殿上沈嘿了半响，神宗又继续地说：“今日好日子，先生可就阁办事。”（奏疏六《谢召见疏》。对话用原文。）
　　居正叩头谢恩。神宗加赏银五十两、彩段四表里、酒饭一桌；同时再着文书官孙斌送居正到阁。张文明这一死，经过几度的波折，终于在十一月初六日，居正青衣角带，仍回内阁办事。
　　在夺情起复的中间，还有一件意外的故事。宁国府生员吴仕期听说首辅不奔丧，认为这是人心世道底大变。也许是一种好名的冲动，也许只是衷心的刺激，他决定上疏谏止。事情还没有做，太平府同知龙宗武知道了，立刻告给操江御史胡槚，胡槚再转告居正。恰在此时，南方流传海瑞《劾张居正疏》。海瑞自从隆庆四年罢官，久已回到琼山，只因在应天巡抚任内，声名太大，所以这篇惝恍离奇的奏疏，居然流传一时。居正、胡槚当然知道没有海瑞上疏的事，但是在揣摩伪疏作者的时候，大家都想到吴仕期。居正一面把胡槚底奏疏搁起。一面再和他说：承示狂犯之狱，不胜骇异，诈传诏旨，律有明条，彼自罹于辟，谁得而贳之！但详其伪疏之意，不过以海君为世望人，故托之以阴鼓异类，窥窃虚名，而不知先陷于大辟之罪，所谓喷血以自污，求名而不得，可恶也，亦可哀也。近年以来，人心不正，邪说横行，包藏祸心，欲伤善害正者何限，特斯人不幸而败露耳。大疏一上，主上必且震怒，根求党与，其所芟除，将恐不止斯人，虽群小自作之孽，无所归咎，然于宇宙太和之气，得无少损乎？吾闻国君不仇匹夫，虮虱之流，杀之不武。公若不以告我，死生惟命，不敢与闻，今既已知之，则愿以解网之仁，乞之于左右。大疏特令差人停进，惟高明裁之。（书牍十一《答操江胡玉吾》）
　　仕期这时已入太平府狱中，胡槚正在等待上疏的结果。居正复书来了以后，胡槚看清居正不愿株连的意思，当然他再给信宗武。七天以后，仕期果然在太平狱中被笞身死。一件刑事重案就算用政治处分结束了。对于这一件事，胡槚、龙宗武都应当负责，就是居正也不免要负道义的责任，但是他最初只是不愿株连，却想不到会发生严重的后果。
　　万历五年十一月到了，黄星底苍白色的光芒，还是向东北直射。就在这一月，再由神宗下诏考察京官。本来京官是照例六年考察一度的；不在京察之年，举行京察的，称为“闰察”。武宗时代，宦官刘瑾当权的时候，阉党吏部尚书张彩请不时考察京官，留下一个恶例，现在是居正运用这个恶例的时候了。居正本来不相信自然界的现象对于人事会有什么关系的。他自己不曾说过吗？“夫天道玄远，灾祥之应，皆未可知。孤尝学此于天官氏矣，考其占验，咸属茫昧。”（书牍九《答河道吴自湖》）所以他假借星变的名义，举行闰察，排除异己，不能不算是一种褊狭的行为。在这一次京察，主张维持纲常名教的调任南京礼部尚书何维柏罢职了，请令居正驰驿奔丧的南京操江御史张岳罢职了，疏救吴中行等的侍读赵志皋，调任南京国子司业张位也罢职了。居正死后，吏部尚书杨巍疏称“六年京察、祖制也，若执政有所驱除，非时一举，谓之闰察，群情不服，请永停闰察。”万历十三年，永停闰察，便是这一次的后果。
　　万历五年九月以后，居正在百感俱集的当中，决定了两件大事：第一是河漕机构的合并，第二是各省田亩的清丈。
　　明代对于河、漕的事务，最初分属于两个机构，河道总督专管黄河，漕运总督专管漕运。其后漕运总督兼管淮安以下入海的河道，而淮安以上仍属河道总督。但是从淮安到茶城，借河为漕，河道总督底职权，只能管到这一段的黄河，对于河南以上的黄河，其实没有管到，当时也没有整理黄河上游的主张。因此河、漕两个机构，永在摩擦的当中。这是一向的事实。万历四、五年间，河道总督傅希挚更和漕运总督吴桂芳不断地争执。五年九月，调山东巡抚李世达为河道总督。调河道总督傅希挚为陕西巡抚。居正以为有了办法，但是随即发现这是制度的问题，不是人的问题。十月中，再把世达调开，命桂芳兼理河、漕。六年正月，升桂芳为工部尚书，兼都察院右副都御史，总理河、漕、提督军务。（《明史·河渠志》“五年命桂芳为工部尚书兼理河漕。”语误。兼理河、漕在五年、进工部尚书在六年。明《万历实录》、《明史稿》及《明史·吴桂芳传》语皆合。）河、漕两个机构，到此正式合并。六年之初，居正有信给桂芳说：治河之役，朝廷以付托于公者甚重。……承示，恐流言之摇惑，虑任事之致怨。古人临事而惧，公今肩巨任事，安得不为兢兢？若夫流议怨谤，则愿公勿虑焉。孤浅劣无他肠，唯一念任贤保善之心，则有植诸性而不可渝者。若诚贤者也，诚志于国家者也，必多方引荐，始终保全，虽因此冒险蒙谤，亦无闷焉。顾近一、二当事者，其始未尝不锐，至中路反为人所摇，自乖其说，或草率以塞责，或自障于垂成。此岂庙堂不为主持而流谤之果足为害耶？子产曰，“政如农功，日夜以思之，思其始而图其终，行无越思，如农人之有畔。”愿公审固熟虑，集思广益，计定而后发，发必期成。至于力排众议，居中握算，则孤之责也。使孤得请而归，后来之事，诚不可知；若犹未也，则公可无虑矣。（书牍十《答河道司空吴自湖言任人任事》）
　　不幸就在六年正月桂芳病死，随后再命潘季驯为右都御史兼工部左侍郎、总理河漕，至此河、漕方面得到一个正当的解决。
　　明代以前，国家岁入，以赋役为大宗，赋是田赋，役是丁役。要整顿国家底收人，便要从调查田地和户口人手。滕文公要行仁政，使毕战问孟子，请他指示井地的办法。孟子说：“子之君将行仁政，选择而使子，子必勉之。夫仁政必自经界始。经界不正，井地不钧，谷禄不平，是故暴君汙吏必慢其经界。经界既正，分田制禄，可坐而定也。”孟子这几句话，固然透露他对于井田的理想，但是行仁政必自经界始，是一句颠扑不破的话。当时推有把田地、丁口，调查清楚以后，人民底担负才能平均，不至于有一部分逃避责任，另一部分加重担负的流弊。
　　太祖洪武二十六年的调查；户一千六百五万二千八百六十，口六千五十四万五千八百十二，田八百五十万七千六百二十三顷。到孝宗弘治四年重行调查的时候，中间经过九十八年的休养生息，贵州又经开辟，无论丁口和田地方面，都应当有巨额的增加，但是实得的只有户九百十一万三千四百四十六，口五千三百二十八万一千一百五十八，田六百二十二万八千五十八顷。（田土调查在弘治十五年。《明史·食货志》载天下土田止四百二十二万八千五十八顷。嘉靖八年霍韬言天下额田已减强半，其言皆误。盖嘉靖间修《会典》设以六百余万顷为四百余万顷。今以万历本《会典》考之，应作六。）这里的结论不是丁口、田地底减少而只是担负赋税的丁口、田地减少了。豪门的家奴，两京的匠役，都免除了役底义务，于是便有卖身投靠和冒充匠役的人民；再不然，便行贾四方，举家舟居，调查户口的也就无从着手。至于田地，也有拨归王府的，也有隐托豪宗的；再不然，在治安有问题的地方，当然更谈不上征收。担负赋税的丁口、田地减少，一切的责任又加到其余的人民身上，更加造成政治上的不平。万历五年十一月，居正疏请调查户口、田地，凡庄田、民田、职田、荡地、牧地，一概从实丈量，限三载竣事。（《明史纪事本末》作万历五年十一月，《明史·食货志》作万历六年，《明纪》作万历七年十一月。按万历本《明会典》卷十七有万历六年田土实数。盖疏请在五年，而开始调查则在六年。）这一件事业的完成，在居正归葬以后，姑且不谈。万历九年，萧廪为陕西巡抚，尽管诏书严催调查隐田，萧廪吩咐部下只要和旧额相等，无须多报。（《明史》卷二二七《萧廪传》）史册流传，以为美谈。其实对于少数人的宽容，恰恰增加多数人的担负，这一点最简单的政治常识，当时人没有看到，反而认为居正底主张，过于苛刻，不能不算是历史上的怪事。
　　万历六年到了，大婚改在二月，筹备的程序，着着进行。正月间司礼监文书官邱得用口传圣旨，奉圣母慈谕：“这大礼，还著元辅一行，以重其事。”又说：“忠孝难以两尽，先生一向青衣角带办事，固是尽孝；但如今吉期已近，先生还宜暂易吉服，在阁办事，以应吉典，出到私宅，任从其便。”大婚便得钦定问名纳采使两人：按当时的资望，正使当然是英国公张溶，副使便是居正。慈圣皇太后赐居正坐蟒、胸背蟒衣各一袭，吩咐自正月十九日起，吉服办事。不料户科给事中李涞上疏，认为居正有服，不宜参加吉礼，请求改命。神宗随即谕示居正：昨李涞说，大婚礼不宜命先生供事。这厮却不知出自圣母面谕朕说，先生尽忠尽不的孝。重其事，才命上公元辅执事行礼。先生岂敢以臣下私情，违误朝廷大事。先朝夺情起复的，未闻不朝参居官食禄，今先生都辞了，乃这大礼亦不与，可乎？看来今小人包藏祸心的还有，每遇一事，即借言离间。朕今已鉴明了，本要重处他，因时下喜事将近，姑且记着，从容处他。先生只遵圣母慈谕要紧，明日起暂从吉服，勿得因此辄事陈辞。（见奏疏六《请别遣大臣以重大礼疏》）
　　这是正月十八日的事，经过一度疏辞以后，居正暂从吉服，照常办事。
　　穆宗逝世以后，慈圣皇太后一向住在乾清宫，对于神宗，尽监护的责任。现在大婚期近，皇太后退居慈宁宫，一面谕示神宗：说与皇帝知道，尔婚礼将成，我当还本宫，凡尔动静食息，俱不得如前时闻见训教，为此忧思。尔一身为天地神人之主，所系非轻。尔务要万分涵养，节饮食，慎起居，依从老成人谏劝，不可溺爱衽席，任用匪人，以贻我忧。这个便可以祈天永命，虽虞舜大孝，不过如此。尔敬承之，勿违。（见奏疏六《乞遵守慈谕疏》）
　　同时慈圣太后赐居正坐蟒、蟒衣各一袭、彩段八表里、银二百两，又颁慈谕：皇帝大婚礼在迩，我当还本宫，不得如前时常常守著照管，恐皇帝不似前向学勤政，有累盛德，为此深虑。先生亲受先帝付托，有师保之责，比别不同。今特申谕交与先生，务要朝夕纳诲，以辅其德，用终先帝付托重义，庶社稷苍生，永有赖焉。先生其敬承之，故谕。（见奏疏六《谢皇太后慈谕疏》）
　　慈圣太后把监护的责任，完全移交居正。居正对于神宗，是担当国事的大臣，同时也是朝夕照管的监护人。直到神宗大婚以后，居正底双重职责，依然存在。奉到慈谕以后，居正疏称：兹奉诰谕，以慈驾还宫，虑看管之少疏，恐圣德之有累，委臣以师保之责，勉臣以匡弼之忠，宠锡骈蕃，开谕恳切。臣捧读未竟，涕泗横流。念臣昔承先帝顾托之重，既矢以为国忘家，捐躯徇主矣，其在今日，敢不益掳忠荩，图报国恩。但内禁外廷，地势自隔；臣谟母训，听纳悬殊：尚冀我圣母念祖宗基业之重，天位保守之难，凡所以拥护圣躬，开导圣学者，尤望时加训迪，勿替夙恩；臣知皇上纯孝性成，必能仰承慈意，服膺罔懈也。至于进尽忠言，弼成圣政，则臣分义所宜自尽者，虽微慈谕，犹当思勉，况奉教督谆谆，敢不罄竭愚衷，对扬休命，臣诚不胜感激祈望之至。（奏疏六《谢皇太后慈谕疏》）
　　大婚典礼正在进行的时候，辽东巡抚张学颜底捷报到了。土蛮约同泰宁卫速把亥进犯辽东开原，大营扎在劈山，辽东总兵李成梁得到消息，随即出寨二百里，进捣劈山，斩敌四百三十，这便是所谓“劈山大捷”。捷报到了，神宗奏知慈圣皇太后，太后对神宗说：“赖天地祖宗默祐，此时正尔行嘉礼之际，有此大捷，乃国家之庆，我心甚喜。元辅运筹庙谟，二辅同心协赞，才得建此奇功。我勉留张先生，这是明效。”
　　“圣母慈谕的是，‘神宗恭敬地答复。（见《辽东大捷辞免加恩疏》。对话用原文。）
　　在大捷声中，神宗婚礼举行了，所娶的王皇后，后来谥为孝端皇后。大捷和大婚，对于辅臣，都有照例的赏赐，经过谦辞以后，居正两次各受银一百两，彩段六表里，对于升荫，仍坚辞未受。
　　现在是居正力援前疏，请求给假归家葬父的时候了，但是神宗还是不允，上谕说：卿受遗先帝，辅朕冲年，殚忠宣劳，勋猷茂著。兹朕嘉礼初成，复奉圣母慈谕惓惓，以朕属卿，养德保躬，倚毗方切，岂可朝夕离朕左右？况前已遣司礼官营葬，今又何必亲行？宜遵先后谕旨，勉留匡弼，用安朕与圣母之心，乃为大忠至孝，所请不允。（见奏疏七《乞归葬疏》）
　　居正再行上疏，辞旨非常迫切，他说：夫尽忠所以尽孝，而死者不可复生，臣岂不知今日之归，无益臣父之死；且重荷殊恩，特遣重臣，为之造葬，送终之礼，已为极至，臣今虽去，亦复何加，但区区乌鸟私情，唯欲一见父棺，送之归土，以了此一念耳。若此念不遂，虽强留于此，而心怀蕴结，形神愈病，必不能专志一虑，以图国家之事；公义私情，岂不两失之乎？比得家信，言臣父葬期，择于四月十六日，如蒙圣慈垂怜，早赐俞允，给臣数月之假，俟尊上两宫圣母徽号礼成，即星驰回籍，一视窀穸，因而省问臣母，以慰衰颜。傥荷圣母与皇上洪庇，臣母幸而康健无病，臣即扶侍同来。臣私念既遂，志意获纾，自此以后，当一心一虑，服勤终身，死无所憾。是今虽暂旷于数月，而后乃毕力于终身，皇上亦何惜此数月之假，而不以作臣终身之忠乎？此臣之所以叩心泣血，呼天乞怜，而不能自已者也。若谓臣畏流俗之非议，忘顾托之重任，孤负国恩，欲求解脱，则九庙神灵，鉴臣之罪，必加诛殛，人亦将不食其余矣。（奏疏七《再乞归葬疏》）
　　这次神宗准奏了，但是因为不能远离居正，所以限期回京，上谕说：朕勉留卿，原为社稷大计，倚毗深至。览卿此奏，情词益迫，朕不忍固违，暂准回籍襄事。还写敕差文、武官各一员护送，葬毕，就著前差太监魏朝，敦趣上道，奉卿母同来，限五月中旬到京。往回都着驰驿。该省抚、按官仍将在籍起身日期，作速差人奏报。（见前疏）
　　三月初，仁圣皇太后加尊号仁圣贞懿皇太后，（《明史·后妃传》作贞懿，《张文忠公全集》作懿安。）慈圣皇太后加尊号慈圣宣文皇太后。事情都停当了。居正想起回去以后，阁中只剩吕调阳、张四维两人，诚恐闻见有限，办事不易，随即疏请简用阁臣。奉御批：“卿等推堪是任的来看。”据说居正自念高拱和自己不和，殷士儋在宫内有奥援，都不敢推，最后决定推荐徐阶。居正已经发信给徐阶了，后来想起徐阶还朝以后，官阶和科第都在自己之上，自己葬毕回京，只有把首辅奉让；所以还把这个计划打销。（《明史·张居正传》、《明纪》卷四十。据王世贞《首辅传》张居正遣人布腹心于阶，阶诸子且信之，似为徐阶诸子之大言，居正未必有信。）揣测之词，不甚可信。居正想起在万历三年八月请求增补阁员的时候，除张四维以外，曾经陪推马自强、申时行二人，因此再行上疏，内称“今臣等公同评品，堪任是职，似亦无逾于二臣者，敢仍以二臣推上，伏乞圣明，再加审酌。”神宗随即批准，马自强以礼部尚书兼文渊阁大学士，申时行升吏部左侍郎，兼东阁大学士。“俱着随元辅等在内阁办事。”万历六年的内阁，人才充实了，但是其实还只是居正一人。
　　自强，同州人，嘉靖三十二年进士，万历三年为吏部左侍郎，九月升礼部尚书，是一个老成干练的人物。平时自强底主张，和居正不一致，所以这次入阁，自强觉得有些出于意外，因此对于居正，十分感激。时行，长洲人，嘉靖四十一年进土第一，万历三年为詹事府少詹事兼翰林院侍读学士，后来升吏部右侍郎。这一位苏州状元，在万历十一年至十九年间，曾任八年有余的首辅，此时只是后生新进，经过居正两次推荐，所以对于居正，更是非常亲近。万历六年的内阁，一切只是居正底局面。六年七月，调阳病重回籍，十月自强病卒，于是内阁只剩居正、四维、时行三人，一直维持到万历十年。
　　居正回籍的日期决定在三月十三日。神宗赐路费银五百两、纻丝六表里，仁圣太后赐银三百两、纻丝六表里，慈圣太后赐银五百两、纻丝六表里。之外，神宗又给“帝赍忠良”银印一颗，另赐手谕：朕大礼甫成，倚毗先生方切，岂可一日相离？但先生情词迫切，不得已，准暂给假襄事，以尽先生孝情。长途保重，到家少要过恸，以朕为念，方是大孝。五月中旬，就要先生同母到京，万勿迟延，致朕悬望。又先生此行，虽非久别，然国事尚宜留心，今赐先生“帝赍忠良”银记一颗，若闻朝政有阙，可即实封奏闻。（见奏疏七《谢赐敕谕并银记疏》）
　　司礼监太监王臻到居正宅中，口传圣旨，着居正于三月十一日到文华殿面辞。这一天居正到文华殿，神宗在西室里坐着。居正面奏道：“臣仰荷天恩，准假归葬，又特降手谕，赐路费银两、表里及银记一颗。臣仰戴恩眷非常，捐躯难报。”
　　“先生近前来些，”神宗吩咐道。
　　居正向前挪近几步。
　　“圣母与朕意，原不肯放先生回，”神宗说，“只因先生情辞恳切，恐致伤怀，特此允行。先生到家事毕，即望速来。国家事重，先生去了，朕何所倚托？”
　　居正叩头称谢，又说：“臣之此行，万非得已。然臣身虽暂违，犬马之心实无时刻不在皇上左右。伏望皇上保爱圣躬。今大婚之后，起居食息，尤宜谨慎。这一件，是第一紧要事，臣为此日夜放心不下，伏望圣明，万分撙节保爱。又数年以来，事无大小，皇上悉以委之于臣，不复劳心；今后皇上却须自家留心，莫说臣数月之别，未必便有差误。古语说：”一日、二日万几，‘一事不谨，或贻四海之忧。自今各衙门章奏，望皇上一一省览，亲自裁决。有关系者，召内阁诸臣，与之商榷停当而行。“
　　“先生忠爱，朕知道了，”神宗说。
　　“臣屡荷圣母恩慈，以服色不便，不敢到宫门前叩谢，伏望皇上为臣转奏，”居正说。
　　“知道了，”神宗说，一边又叮咛道，“长途保重，到家勿过哀。”
　　居正感动的了不得，伏地呜咽，话也说不得了。
　　“先生少要悲痛，”神宗安慰他，但是神宗也呜咽了。
　　居正叩头，退出西室，在他退出的时候，听得神宗和左右说：“我有好些话，要与先生说，见他悲伤，我亦哽咽说不得了。”（奏疏七《召辞纪事》。对话用原文。）
　　一直到十六岁，神宗还是一个天真的孩子。他看到这个当国多年的老臣，长长的一络长须，现在精神困惫，形容摧朽，（居正居丧中情状，见书牍十四《答徐存斋二十四》）眼看又要回去，固然二、三月以内，居正还要回朝，但是神宗心里，毕竟有一点恋恋不舍。居正辞出以后，神宗再着文书官孙斌等赐居正食品八盒。慈圣太后也派慈宁宫牌子太监李旺赐居正银八宝豆叶六十两，途中赏人。李旺口传皇太后圣谕道：“先生行了以后，皇上无所依托。先生既舍不得皇帝，到家事毕，早早就来，不要待人催取。”（见奏疏七《召辞纪事》及《谢召见面辞疏》）
　　三月十三日居正出京，神宗特着司礼监太监张鲸，到郊外饯送，又赐甜食二盒、干点心二盒。文武百官一概出郊远送。
　　据王世贞底记载，居正这一次回去，真有些威风。轿子是特制的。前面是起居室，后面是寝室，两廊一边一个书僮焚香挥扇。三十二名轿夫抬着一架大轿，赫赫煊煊地从北京南下，一路还有蓟镇总兵戚继光派来的铳手、箭手随同保护，沿路巡抚和巡按御史出疆迎送，府、州、县官跪着迎接，开路办差，更加忙得不亦乐乎。三月十九日过邯郸，随后入河南界，开封城内的周王已经派人迎到界上，礼物奠品，一齐送上，居正收了奠品，其余一概璧谢。渡过黄河，路经新郑，高拱住在这里，这是二十年来的旧交，六年以来的政敌。高拱有病，带病出来迎接。他病得太厉害了，说话都不十分清楚，这两个敌对的政治家，只有对面痛哭。居正记得上年嗣修匆匆南归的时候，曾派他到高拱那里问候，彼时已经听说有病，真想不到竟是这样地狼狈。
　　三十二名轿夫底膂力，就在四月初四日，把这一位首辅送到江陵了。到家以后，他有一封信给高拱：相违六载，只于梦中相见，比得良晤，已复又若梦中也。别后归奔，于初四日抵舍。重辱遣奠，深荷至情，存殁衔感，言不能喻。使旋，草草附谢，苦悰痛切，不悉欲言。还朝再图一披对也。（书牍十四《答中元高相公三》）
　　四月十六日，张文明下葬，地址在太辉山。会葬的官员有司礼监太监魏朝、工部主事徐应聘，这两位是钦遣经营葬事的；有礼部主事曹诰，这是谕祭的；还有护送居正回籍的尚宝司少卿郑钦、锦衣卫指挥佥事史继书；地方官有先任湖广巡抚、升刑部右侍郎陈瑞，抚治郧襄都御史徐学谟及司、道等官。一切都很煊赫，也许这一位不第秀才、荆州府学生可以瞑目罢。
　　四月眼看过去了，神宗限定五月回朝，居正想起七十三岁的老母，经不起暑天的跋涉，只得请求宽限，准备八、九月间，天气凉爽，扶侍老母，一同赴京。这一来可把神宗急坏了，神宗一面吩咐内阁拟旨，着太监魏朝留待秋凉，伴送张母入京，仍着居正务须于五月下旬，回阁办事，一面另下手谕：谕元辅张先生：自先生辞行之后，朕心日夜悬念，朝廷大政，俱暂停以待。今葬事既定，即宜遵旨早来，如何又欲宽限？兹特遣锦衣卫堂上官，赍敕催取。敕到，即促装就道，以慰惓惓。先生老母畏热难行，还著太监魏朝将先生父坟未尽事宜，再行经理，便候秋凉，护送先生老母同来。先生宜思皇考付托之重，圣母与朕眷倚之切，早来辅佐，以成太平之治，万勿耽延，有孤悬望。先生其钦承之。（见奏疏七《奉谕还朝疏》）
　　居正还南，整个的政府机构停止下来，神宗吩咐拣重要的公事，送到江陵，其余都待居正入京处理。次辅吕调阳感觉到有些难堪，从前有过伴食中书，自己不成为伴食大学土吗？因此他索性请了病假，难得到内阁办事。例行公事由张四维处办，稍关紧要的公事，都送到江陵，听候居正决定。得、得、得！从北京到江陵的大路上，正有无数的公文，在马背上送来送去。
　　三月间，辽东又报大捷了，这是所谓“长定堡之捷”，捷报一到北京，神宗高兴极了，立即告谢郊庙，感谢天地和祖宗底保祐，同时吩咐内阁大行赏赍。神宗和内阁提起慈圣太后底话：“赖天地祖宗默访，乃国家之庆，元辅平日加意运筹，卿等同心协赞之所致也。”（见奏疏七《奉谕拟辽东赏功疏》）四月十一日，神宗派兵部差官把上谕送到江陵，他还说起：“著兵部马上差人，星夜前去与张先生看，将一应叙录，比前再加优厚。”（同上）同时吕调阳等四位大学士底信也来了，内阁底题稿，辽东底捷报，都送给居正看。这一次真是一个惊天动地的大捷，怪不得神宗高兴。事情是这样的。鞑靼的武土们，大致是七、八百人罢，带了牛羊向辽东边界象风暴一样地冲过来。他们口口声声说是投降。谁相信！鞑靼底诡计多得很，这一定是诈降。辽东副总兵陶成喾看定以后，一马当先，率领部下的将士，也是狂风一样地杀过去。这一次的鞑靼真无用，象割草，象切菜，杀、杀、杀！一共杀去四百七十几个鞑靼，陶副总兵底刀柄溅满了血腥，手腕也有些酸痛，看看只剩少数的敌人，哭丧着脸，狼狈地抱头鼠窜，这才点验人头，三百，四百，斜斜的鞑靼眼，半睁半闭地在血泊里瞧着长定堡底青天。最奇怪的是自己底部下一些损伤也没有！自古以来，有过这样的胜仗吗？这才把陶副总兵乐得忘去了杀人底疲倦。经过几次申报以后，现在这些公文完全在江陵张府底案上。
　　居正沈吟了，皇上已经告谢天地祖宗，还有什么说的！他上疏说：“窃照辽东一镇，岁苦虏患，迩赖圣明加意鼓舞，屡奏肤功。乃今以裨将偏师，出边遏剿，斩馘至四百七十余级，而我军并无损失，功为尤奇。况当嘉礼美成之会，两月之间，捷报踵至，而今次所获，比前更多，此诚昊穹纯祐，宗社垂庥，我皇上圣武之所致也。”（奏疏七《奉谕拟辽东赏功疏》）皇上要他从优叙录，他只有从优拟议。陶成喾升官，辽东总兵李成梁升前世袭指挥佥事。蓟辽总督梁梦龙，辽东巡抚周咏升级，兵部尚书方逢时，和左、右侍郎也加俸加级，连带内阁大学士吕调阳、张四维特加武荫，马自强、申时行特加文荫，其余照例升赏的大小官员，尚不在内。四百七十几位鞑靼武士啊，你们不是枉死的了，你们那半开半闭的眼睛，会从血泊里看到别人得了这么多的赏赐！
　　但是这一次的胜仗，未免胜得太容易，太离奇了，居正总有些不放心。他一面函嘱蓟辽督、抚查究，一面函询兵部尚书方逢时。他给逢时说起：辽左之功，信为奇特，伏奉圣谕俯询，谨具奏如别揭。但细观塘报，前项虏人有得罪土蛮，欲过河东住牧等语，虽其言未可尽信：然据报彼既拥七、八百骑，诈谋入犯，必有准备；我偏师一出，即望风奔溃，骈首就戮，曾未见有抗螳臂以当车辙者，其所获牛、羊等项，殆类住牧家当，与入犯形势不同。此中情势，大有可疑。或实投奔之虏，边将疑其有诈，不加详审，遂从而歼之耳。今奉圣谕特奖，势固难已，但功罪赏罚，劝惩所系，万一所获非入犯之人，而冒得功赏，将开边将要功之隙，阻外夷向化之心，其所关系，非细故也。（书牍十《答本兵方金湖言边功宜详核》）
　　居正在奏疏里留着一句：“虽其中有投降一节，臣未见该镇核勘详悉。”这是一个活着。明朝是监察权高于一切的时代，辽东有巡按御史，未经核勘以前，其实算不得定局。辽东巡按安御史一经查实，随即函告居正，这才明白真相。鞑靼七、八百名武士是真的，他们因为得罪土蛮，所以携带牛、羊，拚命东奔，准备向朝廷投降，却想不到遇着一位杀人不眨眼的陶副总兵，给他们一个死不瞑目。但是怎么办呢？天地祖宗都谢过了，恩赏一直荫到大学士底子、孙，难道都要推翻。居正还准备息事宁人，但是口口声声，抱怨吕调阳等底糊涂。他和蓟辽督抚说起：向者南归，奉圣谕辽东大捷，命孤拟议恩赏，比时心窃疑之，曾以请教，随具一密疏入告，及孤入朝，则业已处分矣。近得安道长（即巡按御史）一书，据其所访，则与小疏一一符合，何当事诸公之不审处，一至于此也！今大赉已行，固难追论，但赏罚劝惩所系，乖谬如此，殊为可恨。谨录疏稿及安君书奉览，幸惟秘存。（书牍十《答边镇督、抚》）
　　这是万历六年居正还朝以后的事。不久，给事中光懋上奏，指实陶成喾杀降要功，请求治罪，并请将大学士，兵部尚书、侍郎及蓟辽总督、辽东巡抚、总兵恩赏一并剥夺。这真是一个有力的奏疏，事情已经揭开，当然只有彻查。居正立即函致巡按御史，切实说起：去岁，承示长定事，鄙意以其事已成，可置勿论矣，不意该科又有此疏，已奉旨并勘。今惟当据实分别真伪，以俟宸断，量其虚实大小，以为予夺厚薄。明主悬衡鉴以裁照，决不致有枉抑也。辱示事情，一一领悉。去岁之事，不谷到京，闻人言啧啧，不独执事言之，今虽欲曲隐，而人之耳目，可尽涂乎？近日彼中督、抚书来，又言执事云，见不谷奏对稿中，有投降等语，不敢具核册，须使人密探而后行者。此必执事畏诸人之怨恨而托之不谷以自解也。然执事有纠察之责，为朝廷明功罪，慎赏罚，何嫌何畏，惟当核实，作速勘明，则公谕自昭，人心自定矣。（书牍十《答辽东安巡按》）
　　经过居正底支持以后，安御史底奏疏来了，一切和光懋底话一样。兵部尚书和蓟辽督、抚还在设法隐饰，但是事情已经隐饰不来了。最后的结果，内阁、兵部、督、抚、总兵底恩赏一齐革除。居正在万历七年曾经说起：“赏、罚明当，乃足劝惩，未有无功幸赏，而可以鼓舞人心者！”又说：“近日辽左虚冒功级，虽督、抚、大将，已降之恩皆追夺。”（书牍十一《答总宪吴近溪》）经过这一番振饬，鞑靼武士们可以瞑目了。
　　居正这一次的作风，真有些操切，莫说已降之恩一概革夺，似乎不近人情，最初报捷的梁梦龙，题请的方逢时，拟旨的吕调阳等，不感觉难堪吗？这里有的是内阁多年的同僚，心腹相共的朋友，和一手提拔的门生，然而居正顾不得，在为朝廷整饬纲纪的前提下面，居正不顾私人底关系。国家赏罚倒置，还成什么国家，居正在这方面，当然有他底决心。
　　话又说回来了，在文明葬事既毕以后，居正又匆促地准备入京。从前人说：“身在江湖，心在魏阙”，正是居正这时的心境。御史周友山给他的信上，说他“恋”。居正坦然地答复道；孤之此行，本属初意，今荷圣慈特允，获遂夙行，所谓求仁而得仁也。他何知焉？兹奉翰示，“恋之一字，纯臣所不辞。今世人臣，名位一极，便各自好自保，以固享用。”至哉斯言，学者于此，能确然自信，服行勿失，便可为天地立心，为生民立命，为万世开太平，非切见该闻所可规也。（书牍十《答宪长周友山》）
　　“恋”是不肯放弃。在古代的政治术语上，不肯放弃成为一种罪恶，所以骂人久于禄位，说他“恋位”，“恋栈”。在“恋”字底意义，经过这样地转变以后，政治界最高超的人生观，便是那优游不迫，漠不关心的态度。做小官的说是“一官如寄”，做大官的便想“明哲保身”。至于国家的事，倘使有人在那里切实负责，那么，骂他一声“恋位”，背后也可以指手划脚，诅咒“俗吏”；倘使没有人负责，那么，也好，天下事自有天下人负责，风雅的官长们不妨分韵赋诗，何必管这么多的俗务？居正对于“恋”字，直认不讳，正在那里提倡当时政治界的一种新人生观。
　　在辞别老母和吩咐司礼太监魏朝护送太夫人秋季入京以后，居正又从江陵出发了。从此以后，他再没有看到江陵。三十二人的大轿，在五月二十一日，仍向北京开拔。但是夏天的道路，经过淫雨以后，更不易走，眼看五月底入京的限期无法遵守，居正只得再请宽限道：“臣已于本月二十一日，更服墨缞，星驰就道。伏念臣违远阙庭，已逾两月，今恨不能一蹴即至，仰觐天颜。但臣原籍去京师，几三千里，加以道途霖潦，每至迍邅，哀毁余生，难胜劳顿，今计五月中旬之限，已属稽违，私心惶惶，不逞宁处。除候到京之日，伏藁待谴外，谨先奏知，以仰慰圣母、皇上悬念。尤冀圣慈曲垂矜悯，特宽斧钺，稍假便宜，俾孱弱之躯，获免困仆，裂肝碎首，杀不敢辞。臣无任惶悚陨越之至。”这一奏疏上去，神宗下谕：览奏，知卿已在途，朕心慰悦。炎天远道，宜慎加调摄，用副眷怀，便从容些行不妨。（见奏疏七《奉谕还朝疏》）
　　居正还京的行程，因此从容下来。路过襄阳，襄王出城迎接；以后再过南阳，唐王也同样迎接。明朝的故事，臣民遇见藩王，都行君臣之礼，但是现在不同了，只行宾主之礼。从南阳向北，不久便到新郑。居正再去访问高拱，这一次高拱更颓唐了。居正到京以后，还去过一次信：比过仙里，两奉晤言，殊慰夙昔，但积怀未能尽吐耳。承教二事，谨俱祗领。翁第专精神，厚自持，身外之事，不足萦怀抱也。初抵京，酬应匆匆，未悉鄙悰，统容专致。（书牍十四《答中元高相国四》）
　　这是他们最后一次的见面了。所说二事，大致是指高拱立嗣，和身后请求恤典的事。高拱底暮年真凄凉，六十几岁的人了，连嗣子还没有确定；身后的恤典，一切还得仰仗自己的政敌。立嗣是高家自己的事，恤典毕竟要由居正维持，在这方面，居正没有忘去多年的交谊。
　　从新郑北上，渡过黄河，六月十五日未时以后，居正到达北京郊外真空寺，神宗已经派司礼监太监何进在那里赐宴。本来在居正上疏请求宽限以后，皇上固然盼切，内阁、六部、都察院、各寺、六科，连同南京部、院、寺、科，联名请求催促居正还朝。现在果然到了，皇上派员设宴，两宫皇太后也派管事太监赐银八宝，赐金钱、川扇，赐点心、果饼、鲜果、清酒。何进口传圣旨：若午时分进城，便著张先生在朝房伺候，朕即召见于平台。若未时分进城，著先生径到宅安歇，次日早，免朝召见。（见奏疏七《谢遣官郊迎疏》）
　　十五日来不及入朝，居正回宅安歇。第二天十六日是早朝的日期，上谕免朝，神宗到文华殿，仍在西室召见居正。
　　“臣以前者蒙恩准假葬父，”居正叩头道，“事竣，臣母老，未能同行，又蒙圣恩，特留司礼监太监魏朝，候秋凉伴行。臣一门存殁，仰戴天恩，不胜感切。”
　　“先生此行，忠孝两全了，”神宗说。
　　“臣一念乌鸟私情，若非圣慈曲体，何由得遂？感恩图报之忱，言不能宣，惟有刻之肺腑而已，”居正说。
　　神宗安慰居正说，“暑天长路，先生远来辛苦。”
　　居正叩头谢恩，一面又请求违限之罪。
　　神宗把请罪的事搁下，只说“朕见先生来，甚喜。两官圣母亦喜。”
　　“臣违远阙庭，倏忽三月，”居正慨然地说，“然犬马之心，未尝一日不在皇上左右。不图今日重睹天颜，又闻圣母慈躬万福，臣不胜庆忭。”
　　“先生忠爱，朕知道了，”神宗说。经过一度停顿以后，神宗又问，“先生沿途，见稼穑何如？”
　　居正奏明往来道路所经畿辅，河南地方，二麦全收，秋禾茂盛，实丰登之庆。
　　神宗又问道，“黎民安否？”
　　“各处抚、按、有司官来见，臣必仰诵皇上奉天保民至意，谆谆告戒，令其加意爱养百姓。凡事务实，勿事虚文。臣见各官兢兢奉法，委与先年不同。以是黎民感德，皆安生乐业，实有太平之象，”居正说。
　　“今边事何如？”皇上又关心地问道。
　　“昨在途中见山西及陕西三边督、抚、总兵官，俱有密报，说虏酋俺答西行，为挨落达子所败，损伤甚多，俺答仅以身免。此事虽未知虚实，然以臣策之，虏酋真有取败之道。夫夷、狄相攻，中国之利，此皆皇上威德远播，故边境乂安，四夷宾服。”居正又在下面叩头称贺了。
　　神宗说，“此先生辅佐之功。”
　　居正看定这是一件重大的事件，所以愈说愈高兴，连古代那些圣王之道，都说上了，语句中间，也越发文绉绉的。他说：“虏首若果丧败，其运从此当日衰矣。但在我不可幸其败而轻之。盖圣王之制夷狄，惟论顺逆，不论强弱：若其顺也，彼势虽弱，亦必抚之以恩；若其逆也，彼势虽强，亦必震之以武。今后仍望皇上扩并包之量，广复育之仁，戒谕边臣，益加恩义。彼既败于西，将依中国以自固，又恐乘其敝而图之。若我抚之，不改初意，则彼之感德益深，永为藩篱，不敢背叛，此数十年之利也。”
　　神宗听到这一篇议论，很高兴地点头道，“先生说的是。”停了一下以后，又说，“先生沿途辛苦。今日见后，且在家休息十日了进阁。”
　　居正叩头称谢，神宗赐银一百两、纻丝六表里、新钞三千贯，还有两只羊、两瓶酒，连带茶饭一桌，烧割一分。神宗又差司礼太监张宏，引导居正到慈庆宫、慈宁宫叩谢两宫皇太后。
　　居正回内阁办事之先，第一还得办自己底事。在居正葬父的时候，湖广的大官都来会葬，偏偏湖广巡按御史赵应元没有到。应元自称出差已满，正在襄阳和新任巡按郭思极办理交代，所以不能来。理由尽管举得出，但是居正总有一点不舒服。应元巡按事毕，照例当回都察院听候考察。明朝是一个重视监察权的时代，巡按御史当然有巡按御史底本分；但是中期以来，把这个听候考察的故事，视为具文的，不止一人，在逐渐松懈的局面下，这并不是意外。应元告了病假，回籍养病，没有回院。都察院左都御史陈炌是主管官，负有整顿纪纲的责任，立即提出弹劾，认为托病规避，应予罢斥。应元随即受到除名底处分。这是居正还朝以前的事。但是问题来了。据说这一次陈炌提出弹劾，受了佥都御史王篆底指使，王篆是居正底门客，平时和应元不睦，现在更要讨好居正，以致挑逗出这一个局面。于是事情又集中到居正身上。户部员外郎王用汲上疏攻击陈炌，但是主要的对象还是居正。他说：陛下但见炌论劾应元，以为恣情趋避，罪当罢斥，至其意所从来，陛下何由知之？如昨岁星变考察，将以弭灾也，而所挫抑者，半不附宰臣之人：如翰林习孔教则以邹元标之故；礼部张程则以刘台之故；刑部“浮躁”，独多于他部，则以艾穆、沈思孝而推戈；考后劣转赵志皋，又以吴中行、赵用贤而迁怒。盖能得辅臣之心，则虽屡经论列之潘晟，且得以不次蒙恩；苟失辅臣之心，则虽素负才名之张岳，难免以“不及”论调。臣不意陛下省灾塞咎之举，仅为宰臣酬恩报怨之私；且凡附宰臣者，亦各借以酬其私，可不为太息矣哉！孟子日，“逢君之恶其罪大。”臣则谓逢相之恶，其罪更大也。陛下天纵圣明，从谏勿咈，诸臣熟知其然，争欲碎首批鳞以自见。陛下欲织锦绮，则抚臣、按臣言之；欲采珍异，则部臣、科臣言之；欲取太仓光禄，则台臣、科臣又言之：陛下悉见嘉纳，或遂停止，或不为例。至若辅臣意之所向，不论是否，无敢一言以正其非，且有先意结其欢，望风张其焰者，是臣所谓逢也。今大臣未有不逢相之恶者，炌特其较著者尔。以臣观之，天下无事不私，无人不私，独陛下一人公耳。陛下又不躬自听断，而委政于众所阿奉之大臣，大臣益得成其私而无所顾忌，小臣益苦行私而无所诉告，是驱天下而使之奔走乎私门矣！陛下何不日取庶政而勤习之，内外章奏，躬自省览，先以意可否焉，然后宣付辅臣，俾之商榷，阅习既久，智虑益弘，几微隐伏之间，自无逃于天鉴。夫威福者陛下所当自出，乾纲者陛下所当独揽，寄之于人，不谓之旁落，则谓之倒持；政柄一移，积重难返，此又臣所日夜深虑，不独为应元一事已也。
　　用汲这次奏疏，完全是对准居正的。在他上疏的时候，居正还没有回朝，内阁诸人，吕调阳在病假中，张四维拟旨，用汲革职为民。居正六月十五日入京，十六日召见，事后会见张四维、马自强、申时行，知道事情原委，这才调出用汲原疏细看。不看犹可，看了增加不少的愤慨。居正随即上疏请求鉴别忠邪。他指明用汲微意所在，只在居正一人；他说用汲底本心，只在离间君臣；他甚至说用汲请皇上独揽乾纲，只是要皇上为刚愎自用之秦始皇，谗害忠良之隋文帝。然后他慨然地说起：夫国之安危，在于所任，今但当论辅臣之贤不贤耳。使以臣为不肖耶，则当亟赐罢黜，别求贤者而任之。如以臣为贤也，皇上以一身居于九重之上，视听翼为，不能独运，不委之于臣而谁委耶？先帝临终，亲执臣手，以皇上见托，今日之事，臣不以天下自任而谁任耶？羁旅微贱之臣，一旦处百僚之上，据鼎铉之任，若不得明主亲信委用，又何以能肩知负重，而得有所展布耶？况今各衙门章奏，无一不经圣览而后发票，及臣等票拟上进，亦无一不请圣裁而后发行，间有特出宸断，出于臣等智虑所不及者：今谓皇上漫不经意，一切委之于臣，何其敢于厚诬皇上耶？臣自受事以来，排赤心以尽忠帝室者，神明知之矣。赖我皇上神圣，臣得以少佐下风，数年之间，纪纲振举，百司奉职，海内之治，庶几小康，此市人田夫，所共歌颂而欣庆者也。今乃曰，“人人尽私，事事尽私，”又何颠倒是非一至此耶？然用汲之言如此也，而意不在此也，其言出于用汲也，而谋不止于用汲也。缘臣赋性愚戆，不能委曲徇人，凡所措画，惟施一概之平；法所当加，亲故不宥，才有可用，疏远不遗；又务综核名实，搜剔隐奸，推炌善良，摧抑浮竞；以是大不便于小人，而倾危躁进之士，游谈失志之徒，又从而鼓煽其间，相与怂恿撺嗾，冒险钓奇，以觊幸于后日，为攫取富贵之计，蓄意积虑，有间辄发；故向者刘台为专擅之论，今者用汲造阿附之言。夫专擅阿附者，人主之所深疑也，日浸月润，铄金销骨，小则使臣冒大嫌而不自安，大则使臣中奇祸而不自保。明主左右，既无亲信重臣，孤立于上，然后呼朋引类，借势乘权，恣其所欲为，纷更变乱，不至于倾复国家不已。此孔子所以恶利口，大舜所以疾谗说也。臣日夜念之，忧心悄悄，故敢不避烦凟，一控于圣明之前，遂以明告于天下之人：臣是顾命大臣，义当以死报国，虽赴蹈汤火，皆所不避，况于毁誉得丧之间！皇上不用臣则已，必欲用臣，臣必不能枉己以徇人；必不能违道以干誉；台省纪纲，必欲振肃；朝廷法令，必欲奉行；奸充之人，必不敢姑息，以挠三尺之公；险躁之士，必不敢引进，以坏国家之事；如有捏造浮言，欲以荧惑上听，紊乱朝政者，必举祖宗之法，请于皇上，而明正其罪。此臣之所以报先帝而忠皇上之职分也。尤望皇上大奋乾断，益普离明，大臣之中，有执法奉公如陈炌者，悉与主持裁断，俾得以各守其职业而无所畏忌，则国是不移而治安永保矣。臣诚不胜怀忠奋义，愤发激切之至。（奏疏八《乞鉴别忠邪以定国是疏》）
　　奏疏上去以后，奉上谕：
　　朕践祚之初，方在冲幼，赖卿受遗先帝，尽忠辅佐，以至于今，纪纲振肃，中外乂宁，此实宗社之灵，所共昭鉴。惟是奸邪小人，不得遂其徇私自便之计，假公伺隙，肆为谗谮者，累累有之。览奏，忠义奋激，朕心深切感动。今后如再有讹言侜张，挠乱国是的，朕必遵祖宗法度，置之重典不宥。卿其勿替初心，始终辅朕，仅臻于盛治，用副虚己倚毗至怀。（同上）
　　居正这次上疏，是一篇独裁者政治立场的宣言。居正有综核名实，整顿纲纪的决心；同样也有修明庶政，安定内外的能力：然而居正采取的政治路线，在当时不是平常的政治路线。他曾经希望穆宗实行独裁政治，现在付诸实行，独裁者便是他自己。居正底路线，实际是从一般的君主政治走向独裁政治，但是对于这一点，居正自己没有意识到。他只觉得这是“报先帝而忠皇上之职分”。其实他那种“皇上以一身居于九重之上，视听翼为，不能独运，不委之于臣而谁委耶”的口吻，从神宗听来，未必怎样悦耳。当然，十六岁的皇帝，谈不到和居正争权，但是事态正在逐日地演变，神宗也正在逐日地长大。独裁者和君主底对立，成为必不可免的结果。假使万历十年，居正不死，我们很难推测他底前途，而居正一死，神宗立即成为他底最大的敌人，从政治关系看，正是最易理解的现象。这一切，在万历初年，神宗、居正都没有看到；而刘台、王用汲这一流人只觉得居正太专擅了，希望神宗给他一些应有的制裁。
　　九月间，居正母赵夫人入京。司礼太监魏朝一直伴送到京，神宗又命司礼太监李佑出郊慰劳，随即护送赵夫人直至居正私宅。两宫皇太后都派宫中管事太监一同慰劳。不久以后，皇上和太后底赏赐颁下了。皇上赐金累丝镶嵌青红宝石长春花头面一副，银八宝豆叶一百两、红纻丝蟒衣一匹、青纻丝蟒衣一匹、红罗蟒衣一匹、青罗蟒衣一匹、里绢四匹、甜食二盒。仁圣皇太后赐金累丝首饰一副、织金闪色纻丝六表里、荤素盒八副。慈圣皇太后赐金累丝镶嵌青红宝石珍珠花头面一副、珍珠宝石环一双、红罗蟒衣一匹、青公丝蟒衣一匹、红绸蟒衣袄儿、绿膝襕裙一套、青纻丝蟒衣袄儿、绿纻丝暗花裙一套、银八宝豆叶三包、每包二十两、荤素盒八副。居正感激涕零，在上疏称谢的时候，说起：惊传闾巷，荣感簪绅，实臣子不敢觊之殊恩，亦载籍所未闻之盛事。欲酬高厚，惟当移孝以作忠，苟利国家，敢惜捐躯而碎首。（奏疏八《谢赐母首饰等物疏》）
　　赵夫人年龄太高了，而且疾病连绵，没有入宫叩谢，仍由居正至会极门叩头代谢。（见奏疏八《谢两宫圣母疏》及《文忠公行实》）王世贞说神宗和皇太后慰谕居正母子，几用家人礼，假如赵夫人入宫，这是很可能的待遇。
　　居正底感激，在书续中常时流露。五年十月，他和致仕的王崇古说起：别来一岁中，奔命驱驰，忧瘁万状，重蒙圣主垂念乌鸟私情。老母入京，又荷两宫圣母慰问勤惓，赐赉优渥，夫士感知己之分，一饭之恩，犹欲以死酬报，况如不肖者，将何以仰答圣恩于万一乎？自是当永肩一心，矢死靡他，虽举世非我，亦有所不暇顾矣。（书牍十《答王鉴川》）
　　在居正归葬、入京的中间，曾经两次和高拱会晤。到十月间，高拱死了。隆庆六年和万历之初，政治界的三大人物是徐阶、高拱和张居正。徐阶是前辈，隆庆元年，年六十四岁，他已经开始感觉到政治生活的厌倦，所以不久便致仕了，剩下高拱、居正。他们是多年的朋友，六年的政敌。在能力方面，他们正是敌手，在性情方面，他们也许有一些不相同，但是这仅是很几微的一点，在大体上，他们是一致的。这样的两个人物，倘使在同一的局面里，他们必然会从摩擦而冲突；但是在不同的局面里，他们也许会从了解而倾慕。隆庆六年六月以后，高拱失败了，他好比一匹负伤的猛兽，回到草莽间呻吟，他那部《病榻遗言》，对于居正加以攻击，原在意中。但是居正对于高拱的情感，从隆庆六年到万历六年，正在不断地移转，道过新郑的访问，流露出内心的好感，在他目中只看到一位二十年的旧交。现在高拱死了，居正写信给他底弟弟，谈到恤典的事：三十年生死之交，一旦遂成永隔，刺心裂肝，痛何可言？犹幸比者天假其便，再奉晤言，使孤契阔之悰，得以少布，而令兄翁亦遂长逝而无憾也。今嗣继既定，吾契且忍痛抑哀，料理家事，至于恤典诸事，须稍从容，俟孤于内廷多方调处，俾上意解释，孤乃具疏以请。旦夕有便，当告之贵省抚、按，托其具奏报也。（书牍十四《答参军高梅庵》）
　　高拱底嗣子务观确定了，恤典还没有把握。居正是高拱底政敌，但是居正始终没有仇视高拱。仇视高拱的冯保，也还有转圆底余地：最困难的是这一位“十岁孩子”。居正所谓“多方调处”者指此。最后决定由高拱妻张夫人上疏请求恤典，果然神宗拒绝了。
　　居正这才委婉上疏；
　　看得高拱赋性愚戇，举动周章，事每任情，果于自用，虽不敢蹈欺主之大恶，然实未有事君之小心，以此误犯天威，死有余戮。但伊昔侍先帝于潜邸，九年有余，犬马微劳，似足以少赎罪戾之万一。皇上永言孝思，凡先帝簪履之遗，犹不忍弃，况系旧臣，必垂轸念；且当其生前，既已宽斧钺之诛，今值殁后，岂复念宿昔之恶？其妻冒昧陈乞，实亦知皇仁天复，圣度海涵，故敢以匹妇不获之微情，仰干鸿造也。……夫保全旧臣，恩礼不替者，国家之盛典也，山藏川纳，记功忘过者，明主之深仁也：故臣等不揣冒昧，妄为代请，不独欲俯存阁臣之体，实冀以仰成圣德，覃布鸿施，又以愧死者，劝生者，使天下之为臣子者，皆知竭忠尽力，以共戴尧舜之君也。（奏疏八《为故大学士高拱乞恩疏》）
　　神宗批道：“高拱负先帝委托，藐朕冲年，罪在不宥。卿等既说他曾侍先帝潜邸讲读，朕推念旧恩，姑准复原职，给与祭葬。”（见前疏）这一次所得的葬，只是“半葬”；在祭文里面，还带着不少的贬词。（《明纪》卷四十）居正和高梅庵说起：“元翁恤典，甚费心力，仅乃得之，然赠谥尚未敢渎请，俟再图之。遇此一番应得之例，续请根基，定于此矣。”（书牍十《答参军高梅庵》）半葬是由国库担任葬费底一半，居正特为函嘱河南巡抚周鉴从速发出。（书牍十《答河南周巡抚》）等到葬事有了头绪，梅庵又请居正为高拱作传，作墓志铭。居正说：“仆与元老交深，平生行履，知之甚真，固愿为之创传以垂来世。墓铭一事，虽委微命，亦所不辞，谨操笔以俟。”（书牍十《答参军高梅庵》）这几句话，透出居正对于高拱的情感。
　　第十二章 元老底成功
　　万历六年六月居正回京以后，这是大功告成的时期了。内阁方面，七月吕调阳致仕，十月马自强病卒，只剩居正和张四维、申时行三人；四维、时行一切唯唯听命，大权只在居正手中。六部方面，五年十月吏部尚书张瀚免职，王国光继任，六年六月户部尚书殷正茂致仕，张学颜继任；六年六月礼部尚书马自强入阁，潘晟继任；五年十月兵部尚书王崇古致仕，方逢时继任；五年八月刑部尚书刘应节致仕，吴百朋继任；六年五月百朋病卒，严清继任；五年十一月工部尚书郭朝宾致仕，李幼滋继任。都察院方面，五年十月左都御史陈炌病免，陈价继任。六部和都察院底首长，除了严清以外，都和居正有私人关系，在这个局面之下，政治方面的发展，当然不会有任何的障碍。
　　第一件要实行的，还是清丈的事，这是一件有关当时国计民生的大事，自从五年提议以后，到六年才实行，又因为原案有限三载竣事的规定，清丈的大事，在不慌不忙的状态中继续前进；大家对于实行开始的时间，反而有些茫昧了。居正死后，敬修作《文忠公行实》说起在劳堪为福建巡抚实行度田以后，居正才和张四维、申时行、张学颜等上疏提议清丈。其实这是错的。清丈固然从福建开始，但是在耿定向的时期，不在劳堪的时期。六年定向为福建巡抚，八年始去，劳堪继任，中间便差了两年。居正曾和定向说起：丈田一事，按之人情，必云不便，但此中未闻有阻议者，或有之，亦不敢闻之于仆耳。“苟利社稷，死生以之，”仆比来唯守此二言，虽以此蒙垢致怨，而于国家实为少裨，愿公之自信，而无畏于浮言也。（书牍十一《答福建巡抚耿楚侗谈王霸之辩》）
　　同卷又与定向言及“丈地亩，清浮粮，为闽人立经久计，须详细精核，不宜草草。”（答福建巡抚耿楚侗》）这是万历七年之事。
　　到万历九年，限期将满，照例给事中可以按限彻查，指名提劾；但是居正还是吩咐各省慎重将事，一面叮嘱科臣从缓提劾。他屡次说起：清丈之议，在小民实被其惠，而于官豪之家，殊为未便。况齐俗最称顽梗，今仗公威重，业已就绪，但恐代者，或意见不同，摇于众论，则良法终不可行，有初鲜终，殊可惜也。今虽借重冬曹，愿公少需，以毕此举，慰主上子惠元元之心。（书牍十三《答山东巡抚何来山》）
　　清丈事，实百年旷举，宜及仆在位，务为一了百当，若但草草了事，可惜此时徒为虚文耳。已属该部、科有违限者，俱不查参，使诸公得便宜从事。昨杨二山公书，谓此事只宜论当否，不必论迟速，诚格言也。（同卷《答山东巡抚何来山》）
　　临川丈田事，偶有闻，即以告，今事己竣，法无阻滞，则其人亦不必深究矣。此举实均天下大政，然积弊丛冠之余，非精核详审，末能妥当。诸公宜及仆在位，做个一了百当，不宜草草速完也。前已属该科老成查参，将此件不必入参，正欲其从容求精耳。江右事已就理，独五县未完，谅数月之内，即可了结，俟通完之后，具奏未晚。人旋，贱恙尚未全愈，力此草草，统惟鉴存。（同卷《答江西巡抚王又池》）
　　万历九年九月，居正抱病，答王宗载（即王又池）书，大致在九月以后，江西全省清丈通完具奏，大致已在十年之初，不及半年，居正即逝世了。居正对于清丈之事，屡称宜及自己在位，做个一了百当，这里流露他对于此事的热心，同时也流露内阁其他诸人对此的缺乏认识。当他把考成法搁置，吩咐科臣不必提参的时候，我们很可看出他对于此事寄与最大的期望。
　　孟子说过，“夫仁政必自经界始”，在田亩没有清丈以前，人民底负担不能公允，便是最大的不平。居正认为“小民实被其惠”，认为“慰主上子惠元元之心”，确是不错，但是这一次的清丈，和弘治十五年的清丈一样，还是一次失败。
　　居正对于清丈，曾经发动政治力量，但是结果没有成功，最大的原因，还是当时的官吏，对于政治的认识不够。有的主张只和旧额一样，无须多报；有的看到清丈条例对于田地，有分列上、中、下三等的规定，索性一例填报下田，认为清丈是一种爱民的政策，不当填报上田，以致加重民众的负担。（息县知县鹿久徵事，见《明纪》卷四十）这些官吏在当时都认为是爱民的好官，而居正所得的声名是“掊克”，是“以溢额为功”，再加以嘉靖间计算数字底错误，于是误认弘治十五年清丈只有四百余万顷，万历六年清丈，得七百零一万三千九百七十六顷，三百万顷底增加，证实居正底掊克。数字的错误，更增加他底罪状。
　　其实这一年比弘治十五年的数字，只增加八十一万顷，而比之洪武二十六年清丈的数字，即连后开的云南、贵州在内，尚差一百四十九万顷，这又算什么“掊克”呢？民间的田地，逐年集中到勋爵、官吏和大地主底手里，大地主又倚仗他们的社会地位，对于国家逃避赋税的负担，以致造成国穷民困的现象。居正原有的计划，是要大地主同样尽国民底义务，他自认“于官豪之家，殊多未便，”其故在此。
　　假如我们把万历六年清丈的成绩，加以分析，我们更可看出这里没有什么“掊克”底气息。万历六年的数字，比之弘治十五年的数字，在总数上，固然增加了，但是十三省中，增加的只有七省，减少的也有六省；南、北两京直隶二十八府、州之中，增加的只有十六府、州，如故的两州，减少的也有十府、州：可见居正没有“以溢额为功”的成见，否则在他大权在握的时候，决没有这许多敢和居正抵抗的地方长官。其次如福建巡抚耿定向、劳堪，江西巡抚王宗载，算是和居正接近的了，居正对于福建、江西两省的清丈，也显见特别关心，但是这一次清丈底结果，福建从十三万五千余顷，减到十三万四千余顷，江西从四十万二千余顷，减至四十万一千余顷，差额固然是很小，但是差额究竟是差额，证实居正没有“掊克”的存心。至如苏州田土从一十五万五千余顷，减至九万二千余顷；更是很大的差额。
　　这次清丈之后，田额增加最大的是北京府、州，河南和山东三处；全国增加八十一万顷，单这三处，便增加五十一万余顷。弘治十五年，清丈北京十府、州，共计田土二十六万九千余顷，现在是四十九万三千余顷；河南旧系四十一万六千余顷，现在是七十四万一千余顷；山东旧系五十四万二千余顷，现在是六十一万七千余顷。除这三处以外，广东旧系七万二千余顷，现在增至二十五万六千余顷，也是一个很大的数字，在百分比上更加显著。
　　广东方面，主要的还是“治安”问题。中央力量加强，地方秩序良好，担负赋税的民众和田土，当然会逐渐增加，事情本来简单。北京、山东、河南，都是畿辅之地，除去建文年间，曾经发生一度的内战，以及长城一带，偶然遭受敌人底破坏以外，从开国以来，始终保持良好的秩序，现在的增加，当然与“治安”无关。那么这是怎样的呢？
　　北京、山东、河南都是辎辅，三处的田土，不断地被勋戚、权贵吸收了，一经集中以后，他们提出许多似是而非的理由，躲避纳税的义务。居正底政策，是要打击他们底特权，使他们对于国家，有同样的负担。阳武侯便是一个好例。成祖时代，薛禄从征有功封侯，传到万历年间，已是第七代了，除了公田以外，还有自置田土，是否应当纳税，这是一个问题。居正决然地说：承询阳武优免事，查律、功臣家除拨赐公田外。但有田土，尽数报官，纳粮当差。是功臣田土，系钦赐者，粮且不纳，而况于差？锡之土田，恩数已渥，岂文武官论品优免者可比？若自置田土，自当与齐民一体办纳粮差，不在优免之数也。近据南直隶册开诸勋臣地土，除赐田外，其余尽数查出，不准优免，似与律意相合。幸惟尊裁。（书牍十三《答山东巡抚杨本庵》）
　　万历六年清丈，除云南、贵州因系新辟地方本应增加，及陕西、四川和南京所属八府、州所加无多，不待研讨外，其余河南、山东、广东三省，和北京所属八府，共增七十万顷，占去增加额的百分之八十九。居正从政令不易贯彻的广东，夺获担负国税的田土，这一点也许人还了解；但是他从勋贵盘据的畿辅，夺回担负国税的田土，便引起莫大的物议。他们不说他得罪勋贵，而说他掊克小民；正和他在沙汰生员的时候，一般人不说他整顿学政，而怀疑他得罪圣贤一样。孟子说：“为政不难，不得罪于巨室：巨室之所慕，一国慕之；一国之所慕，天下慕之。”在一般人民觉悟没有提高的时候，他们对于大地主阶级的危害，认识不够，甚至还会受到大地主阶级的利用。张居正主张清丈，和大地主阶级的利益，直接发生冲突，他在身后，招致不少的诋毁，也许这也是一个原因。但是居正说过，“得失毁誉关头若打不破，天下事无一可为者。”（书牍十二《答南学院李公》）居正对于一般的毁誉，根本不曾放在心上。
　　居正抱定“苟利社稷，死生以之”；这一次的清丈，无意中代表一个政治上的基本要求，——全国人民，对于国家的义务，要求公允的负担。但是事实上的成绩还是很小，畿辅的田土，比之弘治十五年，固然增加不少，但是比之洪武二十六年的清丈，北平五十八万二千余顷，山东七十二万四千余顷，河南一百四十四万九千余顷，其实只剩百分之六十七。其余的百分之三十三，依然在勋戚权贵手里，居正无如之何。二百年来积累的政治势力，在当时不是片时可以铲除的事物。
　　万历六年十二月，命纂宗藩事例。明朝的宗室滋生太繁，成为国家底大害。嘉靖四十四年，纂定《宗藩条例》，对于宗室，大加裁损，减少国家支出，当然是一种补偏救弊的方策。但是减削太甚，立法太严，出乎情理之外的条例，徒然增加执行的困难，于事实无所裨益。居正列举九条未妥的地方，他说：夫令所以布信，数易则疑，法所以防奸，二、三则玩。现今该部处置宗藩事情，悉用此为准，因时救弊，似亦未为大害，但欲勒成简册，昭示将来，则必考求国体，审察人情，上不亏展亲睦族之仁，下不失酌盈剂虚之术，使情法允协，裒益适宜，乃足为经常可久之规，垂万世不刊之典。（奏疏八《请裁定宗藩事例疏》）
　　万历七年正月诏毁天下书院，自应天府已下，凡六十四处，明朝讲学的风气甚盛，上自达官贵人，下至诸生布衣，到处召集徒众，号称讲学。所讲的最初是圣经贤传，以后转到明心见性，这还是好的；有的成为一哄之市，书院讲学只增加号召徒众的机会；最下的甚至借此敛财，斯文扫地。居正在万历六年就说：“若今之谈学者，则利而已矣，乌足道哉？”（书牍十《答郑藩伯》）这里已经透露他鄙视讲学的意见。次年他又说起：吾所恶者，恶紫之夺朱也，莠之乱苗也，郑声之乱雅也，作伪之乱学也。夫学乃吾人本分内事，不可须臾离者。言喜道学者妄也；言不喜者亦妄也；于中横计去取，言不宜有不喜道学者之名，又妄之妄也。以指喻指之非指，不若以非指喻指之非指也；以马喻马之非马，不若以非马喻马之非马也。言不宜不喜道学之为学，不若离是非，绝取舍，而直认本真之为学也。孔子自言，人不如己之好学。三千之徒，日闻其论说，而独以好学归之颜子。今不谷亦妄自称曰，凡今之人，不如正之实好学者矣。承教，敢直吐其愚，幸惟鉴亮。（书牍十一《答宪长周友山讲学》）
　　同卷居正又有《与友山论学书》自称“不谷生平，于学未有闻，惟是信心任真，求本元一念，则诚自信而不疑者。”居正论学，直认本真，这是在阳明学派的空气中所得的认识，但是居正不爱空谈，欲求实际。他说：“今人妄谓孤不喜讲学者，实为大诬。孤今所以上佐明主者，何有一语一事，背于尧、舜、周、孔之道？但孤所为，皆欲身体力行，以是虚谈者无容耳。”（书牍十《答宪长周友山明讲学》）在这个情形之下，居正对于讲学，当然只觉得空言无补，徒资叫嚣。万历七年罢天下书院，是从这一点出发的。
　　万历六、七年间，藏僧锁南坚错致书居正，居正答谢；在对藏交通上，是一件有兴趣的文件。此事的关节，却在俺答。万历六年，俺答纠合青把都一部，大队西行，当时盛传土蛮部下，同时出发，声势浩大。北边顿时感觉紧张。居正一面吩咐宣大总督吴兑劝导俺答，早日回巢，一面吩咐三边总督郜光先，甘肃巡抚侯东莱，妥为布置。俺答到了甘肃境外，遇到瓦刺部下，吃了一个败仗，但是依然直到青海，见过活佛。在这次遇面以后，俺答上书，请求中国代为建寺供佛，御赐名额；同时又代西藏僧人，请求补贡。“补贡”二宇，当然只是译文底好看，其实是请求增加对藏贸易额，俾西藏得到需要的资源。时间已经是万历七年了。居正底策略，是在可能的情形下面，酌量许可，但是决不给他要挟的机会。建寺供佛，是可以的，但是朝廷只能资助物料，谈不到代为兴建。居正对于鞑靼的控制，始终不曾疏忽。
　　六年十二月，甘肃巡抚侯东莱，差人把锁南坚错底书信寄来了，原书是西藏文，译文如次：
　　释迦摩尼比丘锁南坚错贤吉祥，合掌顶礼朝廷钦封干大国事阁下张：知道你的名显如日月。天下皆知有你，身体甚好。我保祐循皇上，昼夜念经。有甘州二堂地方上，我到城中，为地方事，先与朝廷进本。马匹物件到了，我和阐化王执事赏赐，乞照以前好例与我。与皇上和大臣昼夜念经，祝赞天下太平，是我的好心。压书礼物：四臂观世音一尊、氆氇二段、金刚结子一方。有阁下分付顺义王早早回家，我就分付他回去。虎年十二月初头写。（见奏疏八《番夷求贡疏》）
　　这封书到达以后，居正具奏，已经是万历七年了。他说：
　　臣看得乌思藏僧人锁南坚错，即虏酋俺答所称活佛者也。去年虏酋西行，以迎见活佛为名，实欲西抢瓦刺。比时臣窃料虏酋此行必致败衄，待其既败而后抚之，则彼之感德愈深，而款贡乃可坚久，乃授策边臣，使之随宜操纵，因机劝诱，阴修内治，以待其变。今闻套虏连遭丧败，俺答部下番夷悉皆离叛，势甚穷蹙，遂托言活佛教以作善戒杀，阻其西掠，劝之回巢；又因而连合西僧向风慕义，交臂请贡，献琛来王。自此虏款必当益坚，边患可以永息，此皆天地祖宗洪庇，皇上威德所及，而臣以浅薄，谬当枢轴，躬逢太平有道之盛，诚不胜欣庆，不胜仰戴。（奏疏八《番夷求贡疏》）
　　疏中又称锁南坚错所致礼物，不敢私受，“仰乞圣明俯赐裁夺，敕下臣愚遵行，庶不孤远夷归向之诚，亦以见人臣不敢自专之义。”随奉圣旨：卿轴理勋献，宣播遐迩，戎狄咸宾，朕得以垂拱受成，深用嘉悦。览奏，具见忠慎，宜勉纳所馈，以慰远人向风慕义之诚。（《见前疏》）
　　据敬修《文忠公行实》，锁南坚错即阐化王答赖剌麻。敬修以阐化王与达赖喇嘛，并为一人，这是观念的混淆，居正本人对于其中的分别，看得清楚。《明史·西域传》记锁南坚错事，又言“由是中国亦知有活佛，此僧有异术，能服人，诸番莫不从其教。即大宝法王及阐化诸王，亦皆俯首称弟子，自是西方止知奉此僧，诸番王徒拥虚位，不复能施其号令矣。”大致作者认定锁南坚错即达赖喇嘛，亦知其与阐化王为二人。
　　居正虽知锁南坚错非阐化王，但是对于他在宗教上的地位，似乎不很清楚。他所注意的，只是锁南坚错底政治作用。他和侯东莱说：虏王乞番僧追贡事，已属本兵议处。渠既系乌思藏一种，自难却谢，但止可照西番阐化诸王例，若欲如北虏贡马，则不可许也。顺义前在宣大，亦曾馈孤以马匹、弓、矢，彼时止托督、抚诸公，以书谢之，量与回答；盖孤职在密迩，义不得与外夷相通。今承寄渠书，亦如宣大例，烦公为孤作一书答之，中间略说渠西行劳苦，既得见佛，宜遵守其训，学好戒杀，竭忠尽力，为朝廷谨守疆場，享寿考太平之福，不宜听后生妄为，自生烦恼。所言番人追贡事，此种僧人，久失朝贡，本当绝之，兹因渠之请乞，特为允许，但止可照西番例，从陕西入贡，若欲如虏王诸部落贡马等项，则不可也；明春可即回巢住牧，自渠行后，西边部落，俱兢兢奉法，惟青把都一种，稍觉参差，以是渠宜早回，约束诸部，坚守约束，以终前功，亦不辜区区数年怀柔抚绥之意也。渠每年赏赐段匹等物，内库俱一一送与孤看过，然后发行，渠安得知之，书中亦可略及此意。外仍希处蟒衣二匹，纻丝二匹，茶百斤，米面下程一分，以犒劳之，见渠书已到也。（书牍十《答甘肃巡抚侯掖川》）
　　这还是六年年底的事，次年，居正又屡次提起此事：
　　藏僧求贡事，诚制驭虏酋之一机。承示即入告主上，已荷俞允，其回赐诸物，皆命内库送不谷阅过乃发，圣德柔远之仁，可谓并包无外矣。阐化求封一节，礼部谓彼中见有阐化王，嘉、隆间皆曾入贡，与复封之说相左，恐有诈冒，不得不一行查，可遣使同顺义一人至藏中一查之，当得其要领也。其所遗不谷者，虽不可峻拒，宜奏知圣主而后受之，托掖川公量为酬答，以慰其意。仍希以鄙意传喻顺义，促之早归。建寺一节，似亦可从，俟宣大军门有疏，即为请行。此酋归，则贡市愈坚，而西镇可安枕矣。若将宾兔一枝，携之来归，尤妙，不知彼肯从否？（书牍十一《答贵州巡抚何莱山》按莱山即起鸣，后调山东巡抚。在贵州时无从预闻俺答事，疑标题有误。）
　　答藏僧锁南坚错遍金纻丝二端、银纻丝二端，此外仍加茶百斤、及细布等物，或再欲从厚，则加一数念珠子。去人不便多费，烦即于抚赏银内处给，可入查盘也。仍乞代为传示，谢其远意。通贡一节，已奏知主上俞允，今且先授禅师之号，后若化虏有功，次第加进，决不吝借。此后中华番虏，合为一家，永享太平，垂名万世矣。其顺义先已传谕，今不审当再谕否？望公以便宜行之。如欲遗以食物，亦即抚赏内处给亦可。（同卷《答甘肃巡抚侯掖川》）
　　《明史·鞑靼传》称宾兔为俺答之子：“俺答常远处青山，二子：日宾兔，居松山，直兰州之北；日丙兔，居西海，直河州之西；并求互市，多桀骜，俺答谕之，亦渐驯。”俺答诸子，自黄台吉以下，凡有数人：在西边的只有宾兔、丙兔。居正底计划，要俺答把宾兔带到宣大塞外，甘肃便可得到暂时的安宁。总之，对付锁南坚错，无论何如，居正底目光，始终落在鞑靼身上。七年他又说起：藏僧通贡授官给赏事，前启已悉，僧衣图书等项，俱付差人费上矣。俺酋折北于西伐，从此能卷锐以俟再举，策之上也。乃逞忿报复，以致部众离心，势穷力蹙，必致一败涂地而后已，此天将亡虏之征也。请和西番，断不可许。回巢建寺一节，亦只可量助物料，工完，赐以名额。岂有堂堂天朝特为建寺而劝之回巢者乎？凡此皆挟中国以为重，而示威于瓦刺，不可从也。自今劝令回巢之言，亦不必太急。彼既丧败，势不得归，然亦必归。今在西海，不免为贵镇扰，公且耐烦处之。抚赏费用，已属本兵议处，谅彼亦自不能久也。（同卷《答甘肃巡抚侯掖川》）
　　万历七年二月，神宗发疹。慈圣太后看着病势严重，下令僧侣开坛，设法度众。一个四十岁左右的妇女，认为做些功德，可以“保祐”皇上早日痊愈，本来是一件可笑的事。居正随即疏称“戒坛奉皇祖之命禁止至今，以当时僧众数万，恐生变败俗也。今岂宜又开此端？圣躬违豫，惟告谢郊庙、社稷，斯名正言顺，神人胥悦，何必开戒坛而后为福哉？”（原疏不见《张文忠公全集》，略见《明史纪事本未》卷六十一。）经过这一度驳回以后，戒坛只有停止。三月初，神宗病体大愈，礼部奉旨择于初九日请皇上视朝。初八日，文书官到内阁，对居正口传圣旨：联明日早朝，切欲与先生一见，奈先生前有旨，不在朝参之列。明日未朝之时，先于平台召见，说与先生知之。
　　初九日黎明，居正至文华殿伺候。神宗召见，居正叩头称贺道：“恭惟圣躬康豫，福寿无疆，臣犬马微衷，不胜欣庆。”
　　神宗说：“朕久未视朝，国家事多，劳先生费心。”
　　“臣久不睹圣颜，朝夕仰念，今蒙特赐召见，下情无任欢忻，但圣体虽安，还宜保重。至于国家事务，臣当尽忠干理，皇上免劳挂怀。”
　　“先生忠爱，朕知道了，”神宗说，一面吩咐赐银五十两、彩币六表里、烧割一分、酒饭一桌。
　　居正俯服在下面叩头。
　　神宗又说：“先生近前，看朕容色。”
　　居正奉命，在晨光嘉微的中间，向前挪了几步，又跪下了。神宗握着居正的手，居正这才抬头仰看，见得神宗气色甚好，声调也很清亮，心里不由地感觉快乐。
　　“朕日进膳四次，每次俱两碗，但不用荤，”神宗告诉他。
　　“病后加餐，诚为可喜，但元气初复，亦宜节调，过多恐伤脾胃，”居正说。这位老臣底态度越发严肃了，他郑重地说，“然不但饮食宜节，臣前奏‘疹后最患风寒与房事’，尤望圣明加慎。”
　　“今圣母朝夕视朕起居，未尝暂离，”神宗说，“三宫俱未宣召。先生忠爱，朕悉知。”
　　殿上又是一度沉寂。
　　神宗吩咐道，“十二日经筵，其日讲且待五月初旬行。”居正叩头以后，退出。（奏疏八《召见纪事》。对话用原文。）
　　神宗和居正的关系，真是密切。居正是皇上底臣仆，同时也是皇上底监护人。平时对于年轻的朋友和晚辈所不便说的话，居正都说了。“先生忠爱，朕悉知，”这七个字出口的时候，神宗也是十分地感动。君臣间这样深切的情感，谁会想到还有变动的一日！
　　万历七年，宫中的用度，又开始增加。本来宫中金花银，按年由户部送进一百万两，自六年起，已经增为一百二十万了，七年以后，神宗又开始需索。居正看到户部尚书张学颜感觉困难，便毅然地把责任负起，疏称：臣等看得国家财赋正供之数，总计一岁输之太仓银库者，不过四百三十余万两，而细至吏承纳班，僧道度牒等项，毫厘丝忽，皆在其中矣。嘉、隆之间，海内虚耗，公私贮蓄，可为寒心。自皇上临御以来，躬行俭德，核实考成，有司催征以待，逋负者少；奸贪犯赃之人，严治不贷；加以北虏款贡，边费省减，又适有天幸，岁比丰登，故得仓库积贮，稍有赢余，然闾阎之间，已不胜其诛求之扰矣。臣等方欲俟国用少裕，请皇上特下蠲租之诏，以慰安元元之心。今查万历五年，岁入四百三十五万九千四百余两，而六年所入，仅三百五十五万九千八百余两，是比旧少进八十余万两矣。五年岁出，三百四十九万四千二百余两，而六年所出，乃至三百八十八万八千四百余两，是比旧多用四十万余矣。问之该部云，“因各处奏留蠲免数多，及节年追赃人犯，财产已尽，无可完纳，故入数顿少，又两次奉旨取用，及凑补金花拖欠银两，计三十余万，皆额外之需，故出数反多也。”夫古者王制，以岁终计国用，量入以为出。计三年所入，必积有一年之余，而后可以待非常之事，无匮乏之虞。乃今一岁所出，反多于所入，如此年复一年，旧积者日渐销磨，新收者日渐短少，目前支持已觉费力，脱一旦有四方水旱之灾，疆場意外之变，何以给之？此皆事之不可知，而势之所必至者也。比时欲取之于官，则仓廪所在皆虚，无可措处；欲取之于民，则百姓膏血已竭，难以复支：而民穷势蹙，计乃无聊，天下之患，有不可胜讳者，此臣等所深优也！夫天地生财，止有此数，设法巧取，不能增多，惟加意撙节，则其用自足。伏望皇上将该部所进揭帖，置之座隅，时赐省览。总计内外用度，一切无益之费，可省者省之，无功之赏，可罢者罢之，务使岁入之数，常多于所出，以渐复祖宗之旧，庶国用可裕，而民力亦赖以少宽也。鄙谚云，“常将有日思无日，莫待无时想有时。”此言虽小，可以喻大，伏惟圣明留意。（奏疏八《看详户部进呈揭帖疏》）
　　万历六年还朝以后，居正在对内对外方面，都有相当的把握。北边的敌人分散了，俺答只是一个降王，替明朝约束鞑靼的部落。东北边也许还有一点问题，但是仗着李成梁底朝气，和辽东十几万大军，一切都有办法。整个的内政，已上轨道，只待清丈完毕，把人民底负担，重新调整。内外的困难已经没有，但是居正底困难，正在不知不觉地加强。问题只在神宗身上。
　　做父母的常说：“小的子女好养，大的子女难教。”为什么？小的时候，子女底个性还没有发展，原谈不上独立生存的能力，因此他们听从父母底指挥，驯伏得和羔羊一样，引起父母的怜爱。等到大了以后，他们底个性发展了，他们开始发现自己，在生活上，也许需要父母底维持，但是他们尽有独力生存的能力，为了这一点维持的力量，当然不愿接受太大的委屈。于是家庭之内，父母底意志和子女底意志并存，有时从并存进到对立，甚至从对立进到斗争。假如一家之中，父母底意志不一致，子女又不只一人，小小的家庭，无形中会成为多角形的战场。
　　不过亲子之间，究竟有亲子之间的天性，而且经过几千百年以来的礼教，子女或多或少地总觉得在父母面前有屈服的必要。尽管家庭之中，有不断的斗争，但是亲子之间，不一定会决裂，这是一个理由。
　　但是居正和神宗的关系，究竟不是亲子的关系。在十岁的时候，小小的神宗，对于居正，只看到一位长须玉立的大臣，这是自己底监护人和老师。神宗觉得他可敬，有时不免有点畏惧，但是在大半的时候，居然觉得他可爱。天热了，看见老师在讲书的时候，汗流满面，神宗吩咐太监们替他掌扇；天冷了，看见老师立在文华殿的方砖上，寒气森肃，神宗便吩咐太监们拿毡片把方砖遮上，免得老师受寒。有一次，居正在上直的时候，忽然发寒热，神宗赶忙自己凋好椒汤，送给老师。神宗是一个好孩子，待老师真是非常殷勤。
　　然而现在他已经十七岁了，在早熟的环境里，他已经娶了亲，而且不久以后，他便要做父亲。他久已是皇帝，现在更开始发现自己。他有他底意志，这个意志，必然地有和居正底意志斗争的一日。关于这一点，姑且不论，而且因为居正垂死的时候，神宗底意志，还没有达到十分坚强的程度，他们两人，没有经过实际斗争的阶段，所以也可置之不论。但是在神宗发现自己以后，他底意志已经存在，不久以后，逐渐形成和居正对立的地位。这个神宗没有觉到，居正没有觉到，但是两个意志底形成对立，是无法否认的现实。
　　从明太祖到神宗，这一个血脉里，充满偏执和高傲，这是无可讳言的。孝宗有一些柔和，武宗有一些妄诞，但是这一枝中断，皇位落在世宗手里。世宗还是偏执，高傲；中年以后，有些颓废，不过颓废的中间，常时露出高傲的本色。穆宗看到父亲底模范，更加颓废，不过他还有些高傲。到了神宗，又在这高傲的血液里，增加新的成分。他底母亲是山西一个小农底女儿。小农有那一股贪利务得的气息，在一升麦种下土以后，他长日巴巴地在那里计算要长成一斛，一石又硬又好的小麦。成日的精神，集中在这一点上面。经过几世几年的熏陶，小农底气息养成了。慈圣皇太后把这一股气息带进北京皇宫里面，再把这成斛成石的观念，灌输到神宗底血液里。明朝底皇帝，只有神宗嗜利，出于天性，也许只可这样地解释。以后传到熹宗、思宗，嗜利的血液，经过几度的冲淡，已经不十分显著，但是国事已到不可收拾的地步，加上熹宗底昏愦，思宗底操切，明朝底覆亡，成为必然的形势，而一切的祸根，都在神宗好利的时期，已经种下。神宗中年以后，大理寺评事雒于仁疏献酒、色、财、气四箴，曾说：竞彼镠镣，锱铢必尽，公帑称盈，私家悬馨。武散鹿台，八百归心，隋炀剥利，天命难谌。进药陛下，货贿勿侵。（财箴）
　　御史马经纶也曾上疏神宗，直言“陛下好货成癖”。万历三十年的时候，神宗病重，看看死日已近，这才下诏把自己发明的那些剥削人民，无补国用的商税、矿税，一概取消，召首辅沈一贯入宫，亲自把手诏交付他。一贯出宫以后，大臣们一面悲痛皇上底病危，一面也不免庆幸民生底复苏。第二天神宗突然好了，还是舍不得这一大注民财，再派太监们到内阁追还圣旨。大学士方在设法挣扎，太监们来了一个又一个，最后连来二十位，拼命坐索。神宗派司礼太监田义去，田义不肯，神宗从床上爬起来，拿刀子戳上去。内阁里这二十位太监，磕头恳求，额角都磕破了，血流满面，沈一贯无法，只有把圣旨缴进，一切矿税、商税照旧征收，银两不断地向宫中流进，才能满足这位小农底外孙。
　　在万历七年的时候，这粒嗜利的种子，虽然没有成长，但已经在那里萌芽。金花银增加了，这是一笔收入。其余的需索，经过张居正、张学颜底谏阻，受到一些挫折。不要紧，神宗底心灵，想到办法了。他吩咐文书官姚秀到内阁传谕拟旨，着户部铸钱，供给内库使用。谁能禁止皇帝使钱呢？明朝的货币制度，本是一言难尽的事。大体讲来，银两是当时的本位硬币，铜钱是辅币，钞是纸币。从洪武以来，新钞不断地增发，纸币和硬币久已脱离联系，成为不换纸币，只有在颁赏的时候，数量激增，成为意外的壮观。铜钱和银两，虽然多少有些本位币和辅币底关系，但是中间并没有固定的兑换率，钱少了，钱和银两的比率便提高，钱多了，钱和银两的比率便降低。所以实际上钱和银两的关系，不是辅币和本位币的关系。洪武年间，每钱千文换银一两；到了嘉靖年间，钱太多了，且私铸盛行，形式薄劣，落到六、七千文换银一两。在钱法既坏已后，于是通令对于钱的行使，分出等级来；嘉靖钱七百文换银一两，洪武以来诸朝的钱千文换银一两，古钱三千文换银一两，一切滥恶小钱禁止行使。法律虽然有了明文的规定，市场上还是无从整顿。钱法混乱，事态已经非常严重。偏偏神宗传旨铸钱行使，他看到化费工部底工本，而增加内库底储藏，真是一件便宜的事。但是他却没有晓得通货的滥发，只能增加市场的混乱。四月十九日居正上疏道；臣等查得万历四年二月，奉圣旨：“万历通宝制钱，著铸二万锭，与嘉靖、隆庆等钱相兼行使，户、工二部知道。钦此。”本月又该工部题铸造事宜，节奉圣旨：“钱式照嘉靖通宝，铸金背一万四千锭，火漆六千锭，著以一千万文进库使用。钦此。”万历五年二月内，该户部进新铸制钱，又奉圣旨：“这钱锭还查原定二万之数，以一半进内库应用，一半收贮太仓。钦此。”及查工部题议，制钱二万锭，该钱一万万文，用工本银十四万九千两，大半取之太仓银库，此奉旨铸钱之大略也。臣等看得先朝铸造制钱，原以通货便民，用存一代之制，铸成之后，量进少许呈样，非以进供上用者也。今若以赏用缺钱，径行铸造进用，则是以外府之储，取充内库，大失旧制矣。且京师民间，嘉靖钱最多，自铸行万历制钱之后，愚民讹言，便谓止行万历新钱，不行嘉靖旧钱，小民甚以为苦。近该五城榜示晓谕，民情少定。今若又广铸新钱，则嘉靖等项旧钱，必致阻滞不行，于小民甚为不便。又与原奉圣旨，与嘉靖、隆庆等钱，相兼行使之意相背。臣等措度事体，似为未便。伏望圣明裁审，暂停铸造进用之旨，待二、三年后，如果民间钱少，再行铸造，亦未为晚。仍乞皇上曲纳臣等节次所陈狂愚之言，敦尚俭德，撙节财用，诸凡无益之费，无名之赏，一切裁省，庶国用可充，民生有赖。不然，以有限之财，供无穷之用，将来必有大可忧者。臣等备员，敢不尽其愚，伏惟圣明亮察。（奏疏八《请停止输钱内库供赏疏》）
　　神宗得疏以后，传旨停铸。是月，居正上雝肃殿箴：
　　北极紫宫，惟皇宅中，身为民表，心与天通。斯须不和则乖戾起，斯须不敬则傲慢丛，念常生于所忽，祸乃发于无穷。是以圣人事心，天命是敕；钦厥止，日谨万几；处深宫，心周八极；不以嗜欲滑和，不以逸豫灭德。无作好，无作恶，蔼蔼熙熙，如春斯煦；无荒色，无荒禽，兢兢惕惕，如渊斯临。勿谓燕间，人莫与观？一喜一怒，作人燠寒。弦急者绝，器平者安，优优和衷，为君实难。勿谓宥密，人莫与弼？一动一言，恒为度律，危惧则存，骄泰则失，昭昭神明，相在尔室。在昔成周，宇内太和，由雝雝其在宫，友琴瑟而不颇。亦曰懿恭，小民怀保，由肃肃其在庙，克对扬于祖考。我皇睿哲，是谓智临，匪高明之不足，贵育德于静深。我皇抚运，是谓开泰，匪丰亨之丕臻，惧此心之或佚。乐以平其情，虽钟簴不设，而若闻希声，然后心和气和而天下平。礼以饬其志，虽升降未施，而若持重器，斯谓无逸乃逸而天下治。故曰，冲和者养威，淡泊者养禄，惕励者养安，优勤者养乐。以古为师，于何不仪？平平周道，惟皇建之。以心为鉴，于何不见？穆穆文王，惟皇所宪。朽索在手，勿谓无伤！覆车在睫，奈何弗防？和不可流，敬不可忘，慎终如始，万寿无疆。（文集二）
　　万历七年四五月间，发生两次封爵的问题：一次是皇亲王伟封永年伯，（《明史·外戚恩泽侯表》作万历五年封，误）一次是辽东总兵李成梁封宁远伯。王伟是王皇后底父亲，神宗底岳父。神宗大婚，授王伟都督同知，现在命文书官邱得用，口传圣旨，王伟著进封怕爵，吩咐内阁拟旨。神宗连正德二年，武宗岳父夏儒封爵，嘉靖二年，世宗岳父陈万言封爵的故事，都送来了。居正无从拒绝，他说：“但既有正德以后事例，王伟系中宫至亲，臣等不敢抗违。”但是他也指出：臣等恭照圣祖定制，公、侯、伯爵非有军功，不得滥封。国初如魏、定两公；自以佐命元勋，连姻帝室，彭城、惠安，虽托籍戚里，然亦半有军功，昨上剖符，皆无容议。宣德中季，始有恩泽之封，宏治以来，遂为故事，然实非高皇帝之旧制也。（奏疏八《论外戚封爵疏》）
　　他又提到嘉靖八年，世宗曾诏各府、部衙门会议封拜事体的结果，彼时诸臣公疏：祖宗之制，非军功不封。夫爵赏者天下之爵赏，人主所待以励世之具也。今使椒房之属，与有大勋劳之人，并享茅土，非所以昭有功，劝有德也。今除已封见任者，姑准终身外，此后凡皇亲、驸马，俱要查照祖宗旧制，不许夤缘请封。其有出自特恩，一时赏赉者，亦止照祖宗朝故事，量授指挥、千百户等官，以荣终身。敢有违例奏请，希图恩泽，妄引洪熙以后事例比乞者，听本部及科、道官，即时举劾，以为贪冒不知止足者之戒。（同前）
　　嘉靖八年奉旨批准。以后嘉靖、隆庆两朝外戚封爵，只能及身为止，不准世袭，便是嘉靖八年会议的结果。现在居正重新提出，对于王伟的封爵，给与应有的限制。直到居正身后，这个限制才行撤消。
　　但是居正对于边功，便是另外一个看法。万历六年三月长定堡之捷，固然是一幕闹剧，但是十二月东昌堡之捷，却是一个大胜。这一次泰宁部长速把亥、炒花、连同土蛮、黄台吉、暖兔拱兔、大小委正、卜儿亥、慌忽台等，带领三万余扬规武士向辽东东昌堡进攻，前锋一直打到耀州。辽东总兵李成梁一面吩咐诸将各守要害，一面带领兵马，出寨二百余里，直捣圜山，在这一个战役里，一共杀去九名官长，八百四十名武士，虏获一千二百匹战马；其余的鞑靼武士，一齐退却。东边的捷报到了，神宗告谢郊庙，在皇极门大会百官，宣布大捷。
　　居正得到捷报以后，和辽东巡抚周咏说起：
　　李帅用奇出擣，使贼狼狈而返，乃孙膑走大梁之计，比前长定之捷，杀降以要功者不侔矣。功懋懋赏，国家自有彝典，诸公运筹决胜，功岂容泯？少选，当请旨加恩，不敢蔽也。但李帅去年曾馈我以厚礼，虽当即谢却，然恐鳞翼或有差池，且不肖于渠，奖提爱护，意固不为不厚，然以为国家，非敢有所一毫市德望报之心也。渠诚以国士自待，唯当殚忠竭力，以报国家，即所以酬知己，不在礼文交际之间也。渠不知鄙意，以为有所疏外，会间幸一譬晓之，以安其心，坚其志。便中草草。（书牍十《答辽东周巡抚》）
　　万历七年，居正提议成梁封爵。他说，“成梁屡立战功，忠勇为一时冠，惟有封爵，才可以鼓励将士。”五月，成梁封宁远伯。成梁派家人到居正宅中送礼，居正坚决地拒绝，他说：“你底主人身经百战，封爵是他底本分；我受他底礼物，便是得罪太祖高皇帝在天之灵。”
　　七年七月，礼科左给事中顾九思，工科都给事中王道成请罢苏松及应天织造。本来织造是由皇帝派遣内监到江南一带主持的。他们颁发北京带来的样子，要民间如式织作，经费有一部分出于内库，也有一部分出于盐税；但是事实上经过几次周折以后，民间所得有限，皇宫派人定货，只成为意内的需索。恰恰这一年江南水灾，所以苏松督造的太监孙隆，更比应天督造的许坤，容易引起民众底怨苦。在两位给事中上疏，交给工部查复以后，神宗派文书官到内阁传谕道：御用袍服紧急，若如部议取回内臣，改属抚、按有司，则织造不精，谁任其责？且见有钱粮，不必加派。先生每拟票来。
　　显然神宗拒绝召回内臣。第二天居正和张四维、申时行入宫，行礼以后，居正奏道：“近日苏、松等处，水灾重大，据抚、按官奏报，及臣等所闻，百姓困苦流离，朝不谋夕，有群聚劫夺者。地方钱粮，委难措处。且自前年星变时，亲奉明旨停止织造，着孙隆回京。至今尚未完报，是诏令不信，而德泽不宣也。臣等谓宜从该部所请，以彰皇上敬天恤民至意。民惟邦本，愿少加圣心。”
　　“朕未尝不爱借百姓，但彼处织造，不久当完，远不过来春尔，”神宗疲赖地说。
　　居正追紧一步说：“皇上德意，臣民无不欣仰，即孙隆在彼，亦能仰体圣心，安静行事。但地方多一事则有一事之扰，宽一分则受一分之赐。今彼中织完，十未四、五，物料、钱、粮，尚有未尽征完者，灾地疲民，不堪催督，愿皇上且取回孙隆，其应天被灾稍轻，许坤仍旧可也。”
　　居正说话，追紧一步以后，随即放松一步。神宗有了回旋的余地，同时他也提出内库发出银五千两，不完全仰给江南钱粮。他说：“近降去花样，皆御前发出银两，并不加派扰民。此一件还着织完回京，其余则皆停罢可也。”
　　三位大学士叩头谢恩，神宗这才把工部复疏交给居正，他说：“先生将去票来。”说过以后，神宗看着三位大学士说：“君臣一体，今有司通不奉行，百姓安得受惠？”
　　居正代表内阁说：“诚如圣谕，臣等今日，亦无非推广皇上德意而已。愿皇上重惜民生，保固邦本，则百万生灵，仰戴至仁，实社稷灵长之庆。”（奏疏九（罢织造内臣》。对话用原文。）
　　叩头以后，三位大学士退至内阁拟票，取回孙隆。
　　事情算是有了一点头绪，但是没有结束。承运库太监孔成上奏，赏赐夷人，缺乏段匹，请行南京、苏松、浙江等处增织，又将上用袍服等项，并请织造，共该七万三千匹。奉圣旨：“工部知道。”工科都给事中王道成一看，知道情形严重，上疏请求酌减增造段匹。工科底奏疏发下拟票，居正才晓得从中又起了变化。“皇上为什么又要织造呢？”居正想。他看到现在只有再求酌减。在奏疏中，他提出祖宗朝一岁所造，原有定率；嘉靖年间，才有添织，但是只可偶一为之，说不得是常例。以后他更说到：今查万历三年，该库已称缺乏，请于岁造之外，添织九万有余，其时以大婚礼重，赏赐浩繁，该部不得已，钦遵明旨，设法措处，然闻之各地方库藏，搜括已尽，经今四年，方得织完，而添造之旨又下。计该库所开数目，度其所费，非得银四、五十万，不能办此。索之库藏，则库藏已竭，加派小民，则民力已疲。况今岁南直隶、浙江一带，皆有水灾，顷蒙特恩，破格蠲振，又取回织造太监，疲困之民，方得更生，乃又重复加派，子惠之恩未洽，诛求之令即施，非圣慈所以爱养元元，培植邦本之意也。民穷财尽，赋重役繁，将来隐忧，诚有不可胜讳者。科臣所奏，宜留圣心。臣等看得该库偶因三卫夷人，缺少虎、豹一样服色，及近年北虏俺答款贡，岁增赏赉，溢于旧数，故题请添织，以上二项，委不可已。至于上供御用等项，则近年南京太监许坤，苏杭太监孙隆，织进御前者，已自足用，不必又取办于岁造矣。臣等愚见，伏乞圣明再谕该库查北虏俺答一宗赏赐，一岁约该几何，及三卫夷人虎豹服色缺少几何，照数行该地方添织，即作岁造之数，其余皆可停止。惟冀俯从科臣之言，一概减半织造，其支费银两，敕下户工二部酌处，免复加派小民，庶近日规恤之旨，不为虚文，罢极之民，少得苏息也。（奏疏九《请酌减增造段匹疏》疏上以后，神宗准如所请，但是事实上还是增造，神宗依然得到心理的满足。
　　万历七年十月，蓟辽总督梁梦龙得到消息，土蛮带领四万余骑，向辽东进攻，立即告急。东北方的边防，突然紧张起来。本来居正对付鞑靼的政策，是使他们从内部分裂走向对立的局势。俺答通贡，封顺义王，成为明朝的藩属；但是土蛮仍然倔强，屡次要求“贡市”，——其实只是通商，——但是居正认为在土蛮没有屈服以前，谈不到“贡市”。事情成了僵局，土蛮屡次引兵进攻，想用武力强迫中国通商，蓟辽方面的防务，永远不能松懈，其故在此。神宗在居正把辽东警报奏进以后，立刻吩咐内阁拟旨，谕兵部议进剿之策。居正面奏道：“九月初间，有北虏俺答部下头目恰台吉，差人于土蛮营中，侦知土蛮欲纠众向辽，讲求贡市，臣即驰语总督梁梦龙，令其再侦的实，多方设备；传示辽东总兵李成梁，巡抚周詠，虏若纠大众至，勿轻与战，但坚壁清野，使之野无所掠，虏气自挫。又使梁梦龙亲率师东行，发劲兵二枝，为辽东声援。令蓟镇总兵戚继光，选精锐，乘间出塞，或擣其巢，或邀其归以挠之。今据报各官具如臣指：梁梦龙已东驻山海，遣参将许汝栗、杨继，出关截杀；戚继光移驻一片石，伺间邀击，辽东收保已毕。虏以十月初二日，至宁前向中所地方，此中地狭人稀，虏众无所掠，势不能久，旦夕必已退遁。今敕本兵姑议驱剿，以后相机别议。且彼中戒备颇严，谅无疏失，伏惟皇上少宽圣怀。”
　　在这一大片叙述里，居正把辽东的布置，完全说明。
　　神宗点头道：“先生费心处置，朕知道了。”（奏疏十一《送起居馆论边情记事》。对话用原文。）
　　经过这番布置以后，土蛮底军队退去了；后来土蛮和速把亥同驻红土城，分兵进攻锦州、义州，成梁出塞二百余里，直抵红土城，杀去四百七十余名鞑靼武士，这是所谓红土城之捷。
　　万历七年十月，总理河漕都御史潘季驯，漕运侍郎江一麟奏报河工告成。自从六年正月以来，居正把河、漕事务，完全交付吴桂芳，不幸就在正月，桂芳病殁。二月，居正起用潘季驯总理河、漕。四月，季驯疏辞总理河、漕事务，上谕不许。季驯这才放手做事，六月上疏条陈六事：“一曰塞决口以挽正河，二曰筑堤防以杜溃决，三曰复闸坝以防外河，四曰创滚水坝以固堤岸，五曰止浚海工程以免糜费，六曰寝老黄河之议以仍利涉。”
　　季驯看清河工全无掣肘之虞，居正也看清惟有季驯才是治河之人，所以拟旨：“治河事宜，既经河、漕诸臣会议停当，著他实行。各该经委分任官员，如有玩愒推诿、虚费财力者，不时拿问参治。”季驯得到这一重保障，八月间弹劾淮安水利道河南佥事杨化隆，淮安府通判王宏化治河无状，上谕杨化隆、王宏化“都著革职，送吏部拟处，毋得概拟复职以致轻纵。”（《明神宗实录》）在这些处分后面，看出居正对于季驯的大力支持。但异议还是不断地发生。季驯主张塞崔镇决口，御史林碧潭提议崔镇不当塞；季驯主张筑遥堤，林御史提议遥堤不当筑。异议在居正面前提出了。倘使居正是一个河工专家，也许他可以给一个解决，但是他不是专家，而且工部尚书李幼滋也不是。居正无法，只能把两条提议间接和季驯提出，希望得一个解决。他说：夫避下而趋虚者，水之性也。闻河身已高，势若建瓴，今欲以数丈之堤束之，万一有蚁穴之漏，数寸之瑕，一处溃决，则数百里之堤，皆属无用，所谓攻瑕则坚者瑕矣，此其可虑者一也。异时河强淮弱，故淮避而溢于高、宝，决于黄浦。自崔镇决后，河势少杀，淮乃得以安流，高家堰乃可修筑。今老河之议既寝，崔镇又欲议塞，将恐河势复强，直冲淮口，天妃闸以南，复有横决之患，而高堰亦终不可保，此其可虑者二也。……不肖有此二端，不得于心，谨此奉闻，幸虚心详议见教，果皆无足虑，言者云云，皆无足采，则坚执前议可也。若将来之患，未可逆睹，捐此八十万之费，而无益于利害之数，则及今亦宜慎图之。如嫌于自变其说，但密以见教，俟台谏建言可也。遄望留神以便措画。（书牍十《答河道巡抚潘印川计淮黄开塞策》）
　　居正这一封书，完全是商榷的语气，但是季驯看得很清楚，他认为崔镇决口必须塞，遥堤必当筑。他在条陈六事里，曾经说过：“窃惟河水旁决则正流自微，水势既微则沙淤自积，民生昏垫，运道梗阻，皆由此也。”他又说：“照得堤以防决，堤弗筑则决不已，故堤欲坚，坚则可守而水不能攻，堤欲远，远则有容而水不能溢。累年事筑堤者，既无真土，类多卑薄，已非制矣，且夹河束水，窄狭尤甚，是速之使决耳。”季驯对于河工的经验多了。嘉靖四十四年，隆庆四年，他曾经两次总理河道，现在是第三次了。他感激居正再给他一个机会，让他把自己底经验和学识报答国家，但是他也认定自己底主张，没有修正底余地。接到居正去信以后，他重新再说一番。这一来果然把居正折服了。居正说：前奉书，以河事请问，辱翰示，条析事理，明白洞悉，鄙心乃无所惑。然筹画固贵预定，兴作当有次第，今俟潦落之时，且急筑高堰以拯淮、扬之溺，徐观淮流入海之势，乃议塞崔镇。至于萧县以北，上流之工，又当俟河、淮安流，乃可举事。盖此大事，不独措理经费之难，且兴动大众，频年不解，其中亦有隐忧，元季之事，可为大鉴。今之进言者，喜生事而无远图，又每持此以归咎庙堂坐视民患，不为拯救，不知当轴者之苦心深虑也。百凡幸惟慎重审处，以副鄙愿。（同卷答潘印川）
　　林碧潭底提议推翻了，居正一切听从季驯的主张。后人称居正为偏执，倘使认识居正对于河工的处理，也许不至认为偏执吧！经过这一度论定以后，季驯对于工事，著著进展，万历七年秋后，大功完成，季驯致函居正，推功当轴。居正复书道：比闻黄浦已塞，堤工渐竣，自南来者，皆极称工坚费省，数年沮洳，一旦膏壤，公之功不在禹下矣。仰睇南云，曷胜欣跃。追忆庀事之初，言者蜂起，妒功幸败者，旁摇阴煽，盖不啻筑室道谋而已。仰赖圣明英断，俯纳瞽言，一举而裁河道，使事权不分，再举而逮王、杨，使冥顽褫魄，三举而詘林道之妄言，仆异议之赤帜，使无稽之徒，无所关其说，然后公得以展其宏猷，底于成绩，皆主上明断，属任忠贤之所致也。公乃举而归之不谷之功，惶愧。（书牍十一《答河道潘印川论河道就功》）
　　季驯于河工告成以后，上疏神宗，这是一篇洋洋洒洒的大文，最后他说起：
　　臣等乃思欲疏下流，先固上源，欲遏旁支，先防正道，遂决意塞决以挽其趋，筑遥堤以防其决，筑减水坝以杀其势而保其堤。一岁之间，两河归正，沙刷水深，海口大辟，田庐尽复，流移归业，禾黍颇登，国计无阻，而民生亦有赖矣。盖筑塞似为阻水，而不知力不专则沙不刷，阻之者乃所以疏之也：合流者似为益水，而不知力不弘则沙不涤，益之者乃所以杀之也。旁溢则水散而浅，返正则水束而深：水行沙面，则见其高；水行河底，则见其卑；此既治之后，与未治之先，光景大相悬绝也。每岁修防不失，即此便为永图，借水攻沙，以水治水，臣等愚昧之见，如此而已。至于复闸坝，严启闭，疏浚扬河之浅，亦皆寻绎先臣陈瑄故业，原无奇谋秘策，骇人观听者。偶幸成功，殊非人力。实皆仰赖我皇上仁孝格天，中和建极，诚敬潜孚而祗灵助顺，恩威并运而黎献倾心；念转输乃足国之资，轸昏垫切儆予之虑，宵旰靡皇，丝纶屡饬：其始也，并河、漕以一事权，假便宜以任展布，故臣等得效刍荛之言；其既也，逮偷惰以警冥顽，折淆言以定国是，故臣等得尽胼胝之力：俯从改折之议，国计与民困咸纾，特颁赏赉之仁，臣工与夫役竞劝；致兹无兢之功，遂成一岁之内。今两河蒸黎，歌帝德而祝圣寿者，且洋溢乎寰宇矣，臣等何敢贪天功以为己力哉！

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