季驯上疏以后，工科给事中尹瑾奉命踏勘。万历八年二月，勘毕奏报，降旨加季驯太子太保，升工部尚书兼都察院左副都御史。季驯对于居正的感激，真是彻底，直到居正身后，全家被祸的时候，他还冒着神宗盛怒，上疏请求降恩有释，终于季驯也得到革职为民的处分。这是季驯党庇居正吗？不是。他认识，倘使在万历六、七年间，没有居正底支持，他便没有完成河工，报效国家的机会。
万历五年九月十三日，居正底父亲逝世，到万历七年十二月，已经二十七个月了。神宗询问吏部，居正何时服满；吏部复称扣至万历七年十二月二十四日期满。明代，亲丧守制二十七个月，自闻讣日起算，不计闰月。居正九月二十五日闻讣，所以扣至是日期满。十二月二十三日，神宗派文书官孙斌捧手谕到居正私宅，内称：谕元辅张少师先生：在京守制，忠、孝两全，今当服满，朕心忻慰，特赐玉带一条、大红坐蟒、蟒衣各一袭、金执壶一把、金台盏一副，用示眷知。念五日早朝毕，候朕于平台召见，以后朝参经筵，俱照旧行，先生钦承之。（见奏疏九服阕谢降敕召见赐衣带金器疏》）
居正复疏中言：“臣敢不益摅丹悃，仰答隆施！倘筋力之未疲，远道宁忘于驱策；如发肤之可效，微生何爱于捐糜？”一切指明这是他那“以其身为荐蓐，使人寝处其上”的志愿。
二十五日早朝以后，居正到文华殿，听候召见。他叩头谢恩以后，跪奏道：“臣前奉钦依，在京守制，服满朝见。”
“先生全忠尽孝，万古留名，”神宗说。
居正重新叩头道：“臣蒙皇上天恩，委曲体悉，故得以少尽臣子之情，不胜感戴。”谢恩已毕，居正又叩头道：“昨蒙圣恩，特降手敕，恩赉殊常，尤不胜感戴。”两度叩谢以后，居正奏称：“昨奉敕谕，着臣以后照旧朝参，臣即当钦遵。但年前数日，尚在三年之内，余哀未忘，仍望皇上俯容，再宽数日，免令朝参陪论，候元旦庆贺后，照旧朝参供职。”
神宗计算年前只剩几天，因此吩咐道：“先生元旦出来也罢。”居正叩头遵旨。
神宗吩咐内监道：“与先生酒饭吃。”居正叩头道谢。
居正又奏道：“臣在制中，屡荷两宫圣母慈恩，赐赉稠叠。今服满，欲诣各宫门外，叩头称谢，未敢擅便，请旨。”
神宗说：“是。着张宏引进。”
居正跟随太监张宏先到慈庆宫外叩头。仁圣皇太后遣内监传旨道：“先生忠、孝两全了，宜益尽心辅佐。”仁圣太后赐银五十两、纻丝四表里。
张宏再领居正到慈宁宫。张宏进去，居正在外面叩头。慈圣皇太后是神宗生母，因此说话更觉亲切。她着张宏传旨：“皇帝冲年，凡事多赖先生辅佐，天下太平。今服制已满，忠、孝都全了，宜益尽心处置国事。”慈圣太后吩咐张宏管待居正三杯酒，另外特赐膳九品、金执壶一把、金台盏一副、金镶牙著一双、银五十两、彩段四表里、荤素食八盒、甜食四盒、酒十瓶。（见奏疏九《召见平台记事》，对话用原文。）
万历六年大婚，群臣一概加恩，居正因守制未预，至是吏部题请加恩。神宗降谕，加太傅，岁加禄米一百石，原荫武职伊男，升一级世袭。居正再疏辞免恩命，最后神宗准如所请，完成居正功成不居的志愿。在再辞恩命疏中，（奏疏九）居正提起神宗在日讲时候的谈话：先生功大，朕无可为酬，只是看顾先生子、孙便了。
他接受武荫进级的恩赉，但仍辞太傅加禄。他说：
夫施及于己身者，其恩犹浅，施及于子、孙者，其思为深；戴德于一时者，其报有尽，戴德于后世者，其报无穷。今蒙圣恩，怜念臣男，擢之卫司，延以世赏，藐焉弱息，荷此殊荣，斯盖前谕所谓看顾臣子、孙惓惓之意也。臣不胜感激，不胜顶戴，谨拜手祗领，仍嘱臣后嗣，世效犬、马，仰报生成。（奏疏九《再辞恩命疏》。）
万历八年正月，吏部因居正任一品官，已满九年，例应考满加恩，居正具疏力辞，更提出万历五年在京守制的心境，他说：
臣出则综理国事，尽在公之义，入则守其苴绖，执居丧之礼，是臣之不去者，报君恩也，守制者，报亲恩也。士大夫有识者，咸谓皇上之所以处臣，与臣之所以自处，于君臣、父于之情，庶几两全而无害矣。然身虽属于公家，事实殊于见任，今乃又计算前后月、日，通作实历，积日累劳，循例考满，则事同见任，礼旷居丧，君、臣之义虽全，父、子之情则缺矣。皇上昔日之所以处臣，与臣之所以自处者，岂不两失之乎？……盖事必揆诸天理之当，即乎人心之安，乃无歉恨，所谓“求仁而得仁”者。今臣自审，于理欠当，于心未安，故不得不仰控圣明，冀申情款，惟求协夫事理之中而已，非畏人之议己，而故为是喋喋也。伏望圣慈俯鉴愚诚，特停恩命，敕下吏部免臣给由，庶臣得以安心供职，而皇上曲全之仁，与微臣自处之义，终为完善，无所亏缺矣。（同卷《辞考满加恩疏》）
经过居正尽情剖白以后，神宗传旨道：卿昔为朕勉留，夙夜在公，忠勤弥笃，殊勋茂绩，中外所知。该部题请考满加恩，委系彝典。兹览卿奏，辞俸守制，与夺情起复不同，朕心更觉洞然。卿之所处，实为恩、义两尽，足以垂范万世，特允所辞，以全忠、孝大节。至于卿之勋劳，简在朕心，当别有酬眷。（见上）
万历八年二月，神宗亲耕耤田；三月奉两宫皇太后至天寿山谒陵。居正认定现在是归政的时期了，在扈从谒陵回京以后，随即上疏乞休。他说：臣一介草茅，行能浅薄，不自意遭际先皇，拔之侍从之班，畀以论思之任，壬申之事，又亲扬末命，以皇上为托。臣受事以来，夙夜兢惧，恒恐付托不效，有累先帝之明。又不自意，特荷圣慈，眷礼隆崇，信任专笃，臣亦遂忘其愚陋，毕智竭力，图报国恩，嫌怨有所弗避，劳瘁有所弗辞，盖九年于兹矣。每自思惟，高位不可以久窃，大权不可以久居，然不敢遽尔乞身者，以时未可尔。今赖天地祖宗洪佑，中外安宁，大礼大婚，耕耤陵祀，鸿仪巨典，一一修举，圣志已定，圣德日新，朝廷之上，忠贤济济。以皇上之明圣，令诸臣得佐下风，以致升平，保鸿业，无难也。臣于是乃敢拜手稽首而归政焉。且臣禀赋素弱，比年又以任重力微，积劳过虑，形神顿惫，血气早衰，逾五之龄，须发变白，自兹已往，聪明智虑，当日就昏蒙，若不早自陈力，以致折足复餗，将使王事不终，前功尽弃，此又臣之所大恐也。伏望皇上特出睿断，亲综万几，博简忠贤，俾参化理，赐臣骸骨，生还故乡，庶臣节得以终全，驾力兔于中蹶。臣未竭丹衷，当令后之子孙，世世为犬马以图报效也。（同卷《归政乞休疏》）
居正归政乞休，本来是一种谋定而动的办法，但是完全出于神宗和其他诸臣底意料，大众都有些茫然。神宗立即下旨慰留：卿受遗先帝，为朕元辅，忠勤匪懈，勋绩日隆，朕垂拱受成，倚毗正切，岂得一日离朕？如何遽以归政乞休为请，使朕恻然不宁。卿宜仰思先帝丁宁顾托之意，以社稷为重，永图襄赞，用慰朕怀，慎无再辞。（见上）
居正奉旨以后，再上第二疏。这一次他决定不再往内阁办事了，疏中备言：
念臣发迹寒单，赋才谫劣，仰承先帝顾托之重，祗荷皇上眷遇之隆，分当捐身，庶以仰酬高厚之万一，岂敢辄求引退，图遂私怀。但臣葵藿之志虽殷，而犬马之力已竭，一自壬申受事，以至于今，惴惴之心，无一日不临于渊谷，中遭家难，南北奔驰，神敝于思虑之烦，力疲于担负之重，以致心血耗损，筋力虺隤，外若勉强支持，中实衰惫已甚，餐荼茹堇，苦自知之，恒恐一日颠仆，有负重托，欲乞身于圣明之前，非一日矣。独念国事未定，大礼未完，口嚅嚅而不忍言，心依依而未能舍。今赖皇上神圣，臣得以少效愚衷，中外乂安，国家无事，诸大典礼，皆已完就，乃敢一言其私，盖亦度其时可以去而去耳。昔颜回有言，东野毕之马将败矣，步骤驰骋，朝礼毕矣，历险致远，马力尽矣，而犹求马不已。无何而东野毕之马果败。故舜不穷其民力，造父不穷其马力，是以舜无失臣，造父无失马。今臣之乞去，亦非敢为决计长往也，但乞数年之间，暂停鞭策，少休足力；倘未即填沟壑，国家或有大事，皇上幸而召臣，朝发命而夕就道，虽执殳荷戈，效死疆場，亦所弗避。是臣之爱身，亦所以爱国也。（同卷《再乞休致疏》）
但是神宗坚持不许，圣旨说：
连日不见卿出，朕心若有所失。如何又有此奏！今诸大典礼，虽已奉行，不过礼文之事。机务繁重，赖卿辅理甚切，未便是卿闲逸之时。古之元老大臣，耄耋之年，在朝辅理者不少，卿方逾五十，岂得便自称衰老，忍于言去。宜遵前旨即出，永肩一德，用成始终大忠。著鸿胪寺官，往谕朕意。（见上）
除由内阁拟旨，著鸿胪寺官传谕以外，神宗另颁龙笺手敕，著司礼监太监孙秀，文书房官邱得用，捧到居正私宅。神宗说：谕元辅少师张先生：朕面奉圣母慈谕云，“与张先生说，各大典礼，虽是修举，内外一应政务，尔尚未能裁决，边事尤为紧要。张先生亲受先帝付托，岂忍言去！待辅尔到三十岁，那时再作商量。先生今后，再不必兴此念。”朕恭录以示先生，务仰体圣母与朕惓惓倚毗至意，以终先帝凭几顾命，方全臣节大义，先生其钦承之。故谕。（见同卷《谢圣谕疏》）
慈圣太后和神宗底谕旨来了，鸿胪寺官、司礼太监、文书房官都在那里奉旨催促供职。在君臣大义的标准下面，居正没有徘徊底余地。他只有提出扈驾山陵，触冒风寒，和近闻三弟居易讣音，感伤致病的理由，请求给假数日，容其调理，少可以后，即行供职。这一次神宗俞允了，数日以后，居正仍回内阁办事。
居正书牍中，屡次提到归政乞休的故事。他说：
仆久握大柄，天道忌盈，理须退休，以明臣节。况当典礼告成之日，正息肩税驾之时，抗疏乞休，甚非得已。乃圣恩留谕再三，未忍固求私便，辄复就列，徐俟再图。（书牍十二《答贾春宇》）
正少无世韵，宿有道缘，不意为时羁绁，遭遇明主，备位台司，十余年间，负重剖繁，备极辛楚，然遵道之志，未敢少衰也。顷者赖天之灵，中外乂安，国家无事，乃稽首归政，恳疏乞骸，亦欲逖慕留侯，庶几得弃人间事矣。乃蒙圣谕谆切，朝议恳留，不得已，辄复视事，以俟徐图，但恐世缠日锢，归宿无期，觖怅觖怅。（同卷《寄有道李中溪言求归未遂》）
弟德薄享厚，日夕栗栗，惧颠跻之遄及耳。顷者乞归，实揣分虞危，万非得已，且欲因而启主上以新政，期君臣于有终，乃不克如愿，而委任愈笃，负戴愈重，僝弱之躯，终不知所税驾矣。奈何，奈何！（同卷《答司寇王西石》）
去秋及今，四奉台教，以公私多故，久稽裁候。中间以典成乞休，关出处大节，且妄心诐陋，师心独任，不请先生长者之明训，率尔行之，罪死罪死。正膺重任，九年于兹，恒恐不保首领，以辱国家。兹幸主德日清，内外宁谧，诸大典礼，皆已竣事，乃以其间，乞不肖之身，归伏垅亩，以明进退之节，不得已也。重蒙主上暨圣母诲谕谆谆，恩礼申笃，正诚迫于大义，不敢自爱其死，复黽勉就列，然自是羁绁愈坚，忧危愈重矣。吾师何以教之？（书牍十四《答上师相徐存斋二十八》）
弟以谫劣，谬膺重任，恒恐中道颠蹶，有负夙昔期许之心。兹幸主德日新，国家无事，弟乃以其间乞身而归，未蒙俞允，付嘱愈重，早夜兢兢，诚不知死所矣。翁素怜我，何以策之，俾获全于末路乎？（书牍十二《答石麓李相公》）
贾春宇名应元，时为大同巡抚，大致和居正关系不深，因此居正对他底话有些闪铄。王之诰、徐阶、李春芳和居正关系较深，这几封信，值得仔细寻味。尤其王之诰是居正底亲家，所以说话更切实。
从居正以上，高拱、徐阶、严嵩、夏言，凡是当过国家大权的，最后都支付了最大的代价。有的被杀，有的儿子被杀；即使幸而不死，也常有被杀的危险。这一个传统太危险了，时时给居正以威胁。万历五年，居正没有去位，实际也不免有些惧祸的意思。他说：“恒恐不保首领以辱国家。”知道这一个时期实际政治情形的人，一定明白居正不是乱说。从五年到八年，居正底政治地位更加巩固，然而居正底危险也更加扩大。一切的危险都发生在神宗身上。
明朝的政治情形，有一点和前后不同的地方，便是没有摄政的制度。英宗九岁即位，世宗十六岁即位，神宗十岁即位，嘉宗十六岁即位，都没有摄政或是太后垂帘听政的传统。在这一群皇帝中间，世宗最能干，即位不久，大权随即到手，嘉宗是一个白痴，大权始终旁落：英宗、神宗即位时的年龄更小，当然谈不到亲政，英宗初期的杨士奇、杨荣、杨溥，和神宗初期的高拱、张居正，名为内阁大学士，其实是摄政大臣，这是无可否认的史实。三杨始终维持一个合作的局面。高拱、张居正当穆宗在位的时候，在最后的阶段里，已经不能并存，神宗即位以后，居正利用政治机会，撇开高拱，成为实际的独裁者，这也是无可否认的史实。以后居正逐渐巩固既得的政权，内而内阁、六部、都察院，外而各省督、抚，没有一个不是居正推荐的人，言官之中，御史、给事中也几乎没有一个不听居正底指挥。在神宗尚幼的时候，这个正和《古文尚书·伊训篇》所说的“百官总已以听冢宰”，《伪孔传》“伊尹刮百官，以三公摄冢宰”相合。但是现在神宗年已十八，久已超过应当亲政的时期。居正当国，便等于神宗失位，成为不能并立的形势。在这一个情态之下，居正头脑糊涂一点，便可以做王莽；气魄大一点，也可以做曹操。但是居正不是王莽、曹操，而且在那个提倡忠孝的环境之下，也不容许王莽、曹操的产生。居正以忠孝自负，而忠孝自负的主张，又和专权当国的现实，不能融洽，心理遂陷于极端的矛盾状态。
矛盾的心理，惧祸的心理，最后驱使居正走上归政乞休的路线。以威福奉还主上，也许神宗不至于不容自己优游林下吧！他甚至说不敢决计从此一去不返，只要稍许休息，日后在必要的时机，仍然“朝闻命而夕就道，效死疆場，亦所弗避”。（见《再乞休致疏》）这是委婉的说法，只想神宗给他一个脱身的机会。居正不是没有机权的人，但是这一次的乞休，确是出于至诚。摄政的皇帝做过八、九年，明代开国以来，四个在位的皇帝，时期都没有这样长，居正还不应当满足吗？对内对外，整个的国家上了轨道，自己去位以后，内阁里面张四维、申时行，都是自己引进的人，谅意不至于反噬。江陵的家产虽然不大，但是总算富厚了，那里有五十几岁的老妻，有儿子，还有最近新添的三、四个孙子，门庭以内，充满快乐的空气，为什么不回去？居正又曾说过：“不谷比者抗疏乞归，‘群情惊惑，不知鄙意固有在也。夫不得决去于宅忧之时，而乃乞骸于即吉之后，此岂寻常大臣所为进、退者耶？顾此意不敢以告人，而世亦无知我者。兹承华翰，深获我心，但奖借过情，深用为愧耳。”（书牍十二《答宪长徐中台》）徐中台怎样“深获我心”，我们无从知道，但是从居正和他的关系而论，中台还够不上深谈，居正之言，只是一种机权。假如我们记得居正宅忧之时，神宗年十五岁；乞骸之时，神宗年十八岁：那么我们不难深获居正底用心。
一切都看在那个小农之女底目光里。是因为她从民间出身，接近大地，所以赋有特殊的智慧，惊人的常识吗？我们不敢说。但是她能了解居正，她对神宗说：“待辅尔到三十岁，那时再作商量。”“这是一位随时督责，随时罚跪的母亲，连外祖父武清侯李伟都畏惧她，有一次外祖父做错事，圣母把他召进宫内，切实训戒，（见《明史》卷三〇〇《外戚传》）何况自己？”神宗又在沉思了。龙笺手敕提到圣母慈谕，实际是把居正摄政的时期，再延长十二年；也就是神宗底失位，再延长十二年。神宗说过：“朕垂拱受成，倚毗正切，”这九个字，值得仔细玩味。在虚君政治制度没有确实成立以前，这一种办法，必然会造成皇帝和首辅的决斗。残忍的女人啊！一位毛妃，造成居正和辽王宪【火节】的决斗；一位李太后，造成居正和神宗的决斗。这才是人生的不幸。居正自言“自是羁绁愈坚，忧危愈重矣”；又言“付嘱愈重，早夜兢兢，诚不知死所矣”。这些话都是事实。但是他现在竟没有自全之策。‘凤毛丛劲节，只上尽头竿，“尽头竿究竟不是一个安全的地位。
就在八年三月，居正得到一件大喜的事，他底第三子懋修中了殿试第一人。这一次主考是内阁申时行、侍郎余有丁。在当时的情状下，首辅底儿子当然会高中的，何况懋修在兄弟中，才具较高呢？主考阅卷，拟定懋修第三，进呈御览。神宗看过以后，改为第一。这一科，居正长子敬修也成进士。居正六子：敬修、嗣修、懋修，至此都成进士，第四子简修，加恩授南镇抚司佥书管事。
八年闰四月两广总督刘尧诲奏报讨平八寨。两广的吏治，向来是一个问题：吏治不清，地方不安，人民起义，和少数民族的暴动，成为相应而来的事实。八寨在广西桂林、平乐两府，本来是僮人群居的场所。隆庆年间，殷正茂进兵古田的时候，八寨先降，于是并龙哈、咘咳为十寨，立长官司。万历六年，曾经有一次动乱，两广总督凌云翼随即进兵。云翼去职以后，尧诲继任，八寨又来一次动乱。居正和尧诲讨论过几次：广右议征八寨，此或不容已者，已属本兵从其请矣。（书牍十一《答两广刘凝斋》）
八寨之征，在两镇似不容已，本兵已复从其请。（同卷《答两广刘凝斋论严取与》）
这都是万历七年的事。第二年八寨敉平，居正谈到两广的情况。
八寨兵已奏捷，谅此时竣事矣。武弁游民，私买贼级，乃广中沈锢之病，今得力祛此弊，则功赏皆实。但先年有旨，凡大举征剿，皆宪臣亲临纪功，今不知纪功是何司、道官。纪功得人，积弊乃可革也。黄总戎颇有志向，不安下流，但微负气。将官负气，正可驾驭而用之，固愈于颓靡、懦熟，剥削以事结纳者也。俟到任信至，如尊谕戒谕之。（书牍十二《答刘凝斋》）
八年二月，河工勘报完成，潘季驯升工部尚书兼副都御史；这是一个崇衔，其实用不到管事。明朝有添注官，在实缺官以外，临时添设，本来是一种酬劳的意义。但是季驯在河工已久，委实需要休息了，居正想起前任两广总督凌云翼，现任南京兵部尚书，只是一个闲曹，决定派云翼总督漕运，以为代潘的地步，同时再调潘代凌，成为潘、凌对调。他分别和两人说起：两承翰教，领悉。比者平成奏绩，公之肤功，固不待言，然亦借督、漕同心之助，况河、漕归并，已有成命，则今之代江（漕运侍郎江一麟）者，亦即以代公，不可不慎也。反复思之，莫如洋山（云翼）公为宜。此公虚豁洞达，昔在广中，仆妄有指授，渠一一取其意而行之，动有成功，则今日必能因袭旧画，以终公之功，一善也。官尊权重，足以镇压，二善也。留京参赞（南京兵部尚书兼参赞南京军务）重任也，朝廷加意河、漕，特遣重臣以行，则在事诸臣，谁不奋厉？三善也。南中道近，闻命即行，不烦候代，则漕事不致妨废，且得数月与公周旋，同心计处，何事不办，四善也。公即旦夕回京，亦不过添注管事，骈枝闰位，何所用之？不如即代洋山，是身不离南中，可以镇异议，属人心，此中八座虚席，一转移间，又无妨于他日之柄用，于公亦有利，五善也。有此五善，虑之已熟，故违部议而请上行之。恐公不达鄙意，敢布腹心。（书牍十二《答河道潘印川》）
向承教，粤中经理，不辞再劳，具见公忘身徇国，不胜敬仰。后思彼中事体，近已略定，好议喜事者知鄙意有在，亦自敛戢，而不敢复兴事端，今若无故易置，反觉多事；且瘴病之乡，亦不忍再烦也。河、漕虚席，因忆公鸿猷伟略，优游留省，无以骋才，而河、漕重任，比之东粤，尤为紧要，先朝尝特遣重臣经理；且二三年间，仆力主印川公治河之策，幸有成功，今仍须素有威望者继之，庶可以行仆之意而终潘之功。博求中外，无如公者，故暂借经理。他日此中八座或虚，一转移间，其事又甚易也。恐公不达所以借重之意，而有外于左右，故略布区区，万望鉴谅。（同卷《答南兵兼河道凌洋山》）
居正在政治方面的成绩，逐日进展，但是对于居正不满的呼声，仍然不断。八年三月，南京兵部主事赵世卿奏匡时五要，请广取士之额，宽驿传之禁，省大辟，缓催科；最后提出言路当开。他说：近者台谏习为脂韦以希世取宠，事关军国，卷舌无声，徒摭不急之务，姑塞言责，延及数年，居然高踞卿、贰，夸耀士林矣。然此诸人岂尽奊诟无节，忍负陛下哉？亦有所惩而不敢尔！如往岁傅应祯、艾穆、沈思孝、邹元标，皆以建言远窜，至今与戍卒伍，此中才之士所以内自顾恤。宁自同于寒蝉也。宜特发德音，放还诸人，使天下晓然知圣天子无恶直言之意，则士皆慕意输诚，效忠于陛下矣。
世卿此疏直指居正，当然引起居正底激怒。因此吏部尚书王国光改世卿为楚府右长史。明代王府官不易升调，一入王府，实际成为禁锢，世卿这一次调任，其实是一个严重的处分。
八年八月间，刑部侍郎刘一儒致书居正，讨论时政。一儒，夷陵人，是居正底亲家，居正底女儿嫁给一儒之子戡之。在新妇进门的时候，一儒看到妆奁中的珠玉锦段，盈箱满筐，连忙吩咐另行封锁，一概不许动。一儒当然有他底计算，儿妇谈不到反对。居正在政治上的地位，正在不断亢进，一儒和他说：窃闻论治功者贵精明，论治体者尚浑厚。自明公辅政，立省成之典，复久任之规，申考宪之条，严迟限之罚，大小臣工，鳃鳃奉职，治功既精明矣。愚所过虑者，政严则苛，法密则扰，今综核既详，弊端剔尽，而督责复急，人情不堪，非所以培元气而养敦浑之体也。昔皋陶以宽简赞帝舜，姬公以惇大告成王，沦洽当代，矩矱后世，愿明公法之。（《明史纪事本末》卷六十一）
假如居正接受一儒底忠告，定然可以收回大部分的人心，但是居正接受这个忠告，便不是居正了。万历初年的政局，终于留下精明有余，浑厚不足的印象。
朝廷大政，一切有居正负责，十八岁的神宗，闲得没有事做，四书五经无须再读了，他便慢慢地寻求消遣的方法。皇上所住的是乾清宫，宫里的内监大、小不等，管事的称为牌子太监。乾清宫牌子太监孙海、客用，既然负责伺候皇上，他们便逐渐引导神宗寻求娱乐。有时皇上带同太监们，短衣窄袖，一同出宫，值游竟日。怕什么？手上带的是刀杖，根本不怕什么意外。一次神宗到西城，正在喝过酒以后，醉眼蒙胧地吩咐小内监唱曲子。也许是小内监撒娇吧，偏不肯唱。这是欺君之罪，还了得！皇上有的是刀子，哗喇一声，刀子出鞘，吓得小内监直抖，旁边的人求情，经过使劲鞭挞以后，这才平了神宗之怒，但是到底还把小内监底头发割下，实行割发代首的故事。真有趣，整个的人生都戏剧化了。神宗仍在兵杖簇拥的中间，带醉回到乾清宫。
神宗酒醒以后，冯保久已奏明慈圣太后了。慈宁宫的太监正在催促神宗前去。没奈何，去罢！慈圣太后看见神宗，喝声跪下。神宗长跪在那里，听圣母底训导。慈圣太后把神宗底过失，一五一十地数说一番。神宗无从辩护，眼泪簌簌地落下，最后他只有请求慈圣太后给他一个改过的机会。慈圣这才吩咐神宗检出一本书来。重行长跪以后，皇帝打开书本一看，正是《汉书》卷六十八《霍光传》，他读到“光即与群臣俱见，白太后，具陈昌邑王不可以承宗庙状”，眼泪从眼眶里直流，想不到一晚的狂欢，得到这样严重的后果。（令取《霍光传》入览事，见《明史纪事本末》卷六十一。）
现在的霍光是张居正。但是居正恳请慈圣太后准予神宗改过，他提出这只是一时的糊涂，究竟和昌邑王不同。慈圣太后意转以后，才吩咐居正代神宗下罪己手诏，一份给太监们，一份给内阁。罪己的语句，着实委屈神宗，但是不是这样，挽回不了圣母底盛怒。居正竟写下了。（令居正草帝罪己手诏事，见《明纪》卷四十。《明史·冯保传》作保属居正草帝罪己手诏。）
孙海、客用凡事引诱，无所不为，著降作小火者，发去孝陵种菜。尔等司礼监，并管事牌子，既受朝廷爵禄，我一时昏迷，以致有错，尔等就该力谏乃可。尔等图我一时欢喜不言，我今奉圣母教诲我，我今改过，奸邪已去。今后但有奸邪的小人，尔等司礼监并管事牌子，一同举名来奏，该衙门知道。（见奏疏九《请处治邪佞内臣疏》）
昨朕有御笔帖子，先生看来未曾？孙海、客用，朕越思越恼，朕今又降做小火者，发去南京孝陵种菜。先生等既为辅臣，辅弼朕躬，宗庙社稷，所系非轻，焉忍坐视不言？先生等既知此事，就该谏朕，教朕为尧舜之君，先生等也为尧舜之臣。朕今奉圣母圣谕教诲，朕悔过，迸去奸邪，先生等各要尽心辅朕。（见同卷《请汰近习疏》）
居正和冯保商议以后，觉得孙海、客用处分嫌轻，立即上疏再求加重，充做净军，神宗当然照准。其次冯保提出司礼监太监孙德秀、温泰，兵仗局掌印周海，都有应得之罪，其他内监一概责令自陈，切实整顿。这次居正上疏，在神宗和居正的关系上，留下重大的影响：臣等恭诵纶音，不胜钦仰，不胜惶愧。仰惟皇上天挺圣资，幼而聪颖，自临御以来，讲学勤政，圣德日新，臣等每自庆幸，以为亲逢尧舜之主，庶几复见唐虞之治矣。乃数月之间，仰窥圣意所向，稍不如前，微闻宫中起居，颇失常度，臣等心切忧惶，但身隔外廷，不知内事，即有所闻，未敢轻信，而朝廷庶政，未见有阙，故不敢妄有所言。然前者恭侍日讲，亦曾举孔子益者三乐，损者三乐，并益者三友，损者三友两章书，请皇上加意省览，盖亦阴寓讽谏之意。又数日前，曾问文书官云：“臣闻皇上夜间游行，左右近习皆持短棍兵器，此何为者？”乃文书官回说：“并无此事。”臣等亦遂以所闻为妄，不敢复言。连日因睹御笔帖子，处治孙海、客用两人，因而询访，始知此两人者，每日引诱皇上燕闲，游宴别宫，释去法服，身著窄袖小衣，长街走马，挟持刀仗，又数进奇巧戏玩之物，蛊惑上心，希图宠幸。臣等连日寝食不宁，神爽飞越，可借天生圣主，被这几个奸佞小人，引诱蛊惑，一至于此，拟俟日讲时，面奏谏劝，以尽愚忠；乃蒙圣母谆谆教戒，皇上幡然改悔，迸去奸邪，引咎自责，又宣谕臣等，尽心辅导，此盖九庙列圣之灵，默启我圣母之心，形之谴责，阴佑我皇上之心，自悔前非也。夫人孰无过，惟过而能改，则复于无过。自兹以往，皇上依然为尧舜之主，臣等亦庶几可勉为尧舜之臣矣。宗社生灵，易胜庆幸！但古语云：“树德务滋，除恶务尽。”臣等窃闻近日引诱之人，在孙海、客用，固为尤甚，而其中谄佞希宠，放肆无忌者，尚不止此二人。如司礼监太监孙德秀、温泰，兵仗局掌印周海者，皆不良之人，其罪亦不在孙海、客用之下。今皇上既将此二人，置之于法，以示悔过自新之意，则孙德秀等，亦不宜姑容在内，以为圣德之累。伏望皇上大奋乾断，将孙德秀等一体降黜，以彰日月之明。其司礼监管事等官，平日为忠为佞，谅莫逃于圣鉴，合无俱令自陈，请自圣断：老成廉谨者，照旧管事；谄佞放肆者，悉加汰黜。且近日皇穹垂象，彗芒扫宦者之星，亦宜大行扫除，以应天变，以光圣德，此皇上修德改过之实政也。臣等又闻汉臣诸葛亮云：“宫中府中，俱为一体，陟罚臧否，不宜异同。”臣等待罪辅弼，宫中之事，皆宜预闻。臣居正又亲承先帝遗命，辅保圣躬，比之二臣，责任尤重，今乃徒避内外之嫌，不行直言匡救，以致皇上有此过举，孤负先帝付托之言，万死不足以自赎，除痛自省励以图报称外，既蒙皇上明发德音，昭示圣意，臣等此后亦不敢复以外臣自限，几皇上起居及宫壸内事，但有所闻，即竭忠敷奏，及左右近习有邪佞不忠，如孙海、客用者，亦不避嫌怨，必举祖宗之法，奏请处治，仍望俯允施行。皇上亦宜仰遵圣母慈训，痛自改悔，戒游宴以重起居，专精神以广民嗣，节赏赉以省浮费，却珍玩以端好尚，亲万几以明庶政，勤讲学以资治理，庶今日之悔过不为虚言，将来之圣德愈为光显矣。臣等无任沥血哀恳之至，伏惟圣慈鉴宥。（奏疏九《请清汰近习疏》）
神宗得疏以后，御批“览卿所奏，具见忠爱，依拟行”。同时孙德秀、温泰、周海奉旨降三级，私家闲住，永不叙用，其司礼监及管事牌子等都着自陈。
这一次是一个小小的斗争。在这个斗争里，神宗在一边，李太后、冯保、张居正在一边。斗争底结果，神宗失败了，罪己手诏，只能增加失败者底惭愤，成为日后报复底张本。冯保利用自陈底机会，在宫廷内可以逐渐排斥异己。居正直言干涉皇上宫壸起居等事，权限非常扩大，久已超越大学士票拟谕旨的本分。一切的政局，正在转变的当中，直到万历十年居正死后，再来一次清算。
居正《清汰近习疏》底精神，完全是诸葛亮《出师表》底再现。居正底标准人物是伊尹、周公、诸葛亮。他当国十年的成绩，也处处摸拟三人，但是居正忘去了神宗不是太甲、成王、后主。关于太甲、成王的故事，因为古史方面的问题纠缠太多，姑不置论。后主底个性，在历史上留下不可磨灭的印象。他是一个平庸到无可奈何的人物，但是他知道自己平庸，一切都听诸葛亮指挥。诸葛亮死了，他秉承诸葛亮底遗言，用蒋琬、费祎、姜维。他没有主张，因此他也不作主张。蜀汉以全未开发的一隅之地，和中原抗衡四十年，委实不能说不是后主知人善任的成绩。神宗是另外一个形态的人物。神宗聪明，有主张，有决断，但是同时也是颓废，好利，不知上进。居正当国的时候，国势蒸蒸日上，但是居正殁后，神宗不能再用第一流的人物，申时行底才具，不是没有，但是在那个环境之下，只能优柔便辟，采取明哲保身的途径。后来明朝亡国之祸，其实都在神宗时代撒下种子。居正把神宗当后主看，这是居正认识的错误。我们把诸葛瞻底任用，和张敬修底自杀相比而论，便会知道认识错误，真是一个可怕的事件。
神宗罪己手诏既下以后，居正意识到他底放荡，完全是闲极无聊的结果，所以利用反省的时机，请求敷陈谟烈。他说：
先该臣等面奏，皇上春秋鼎盛，宜省览章奏，讲究治理，于字书、小学，不必求工，以后日讲，请暂免进字，容臣等将诸司题奏，紧要事情，至御前讲解，面请裁决。伏奉谕旨，臣等钦遵举行外，但数月以来，应奏事件，与日讲之期，多不相值，或系常行细务，又不敢烦凟圣聪，即恭侍讲读，须臾而毕，拱默而退，不得供奉燕闲，从容陈说，虽欲竭悃款之愚，效献替之益，其道无繇，非臣等面请奏事之初意也。顷奉圣谕，责臣等以尽心辅导，臣等夙夜思惟，图所以仰承德意，启沃圣心者，窃以为远稽古训，不若近事之可征，上嘉先王，不如家法之易守。昔伊尹、周公，矢漠作诰，撮其大指，不过两言：曰“明言烈祖之成德”，曰“觐扬文武之光烈”而已。唐宪宗读《贞观政要》竦慕不能终卷，宋仁宗命侍臣读《三朝宝训》及《祖宗圣政录》：前史书之，皆为盛事，良以羹墙如见，自不忘继志之事，耳目既真，又足为持循之地，守成业而致圣治，莫要于此。仰惟我二祖开创洪业，列圣纂绍丕图，奎章睿谟，则载之宝训，神功骏烈，则纪之实录，其意义精深，规模宏远，枢机周慎，品式详明，足以迈三、五之登闳，垂万亿之统绪，此正近事之可征，家法之易守者也。夫皇上所践者祖宗之宝位，所临者祖宗之臣民，所抚驭者祖宗之舆图，所凭借者祖宗之威德，则今日之保泰持盈，兴化致理，岂必他有所慕，称上古久远之事哉？惟在皇上监于成宪，能自得师而已矣。（奏疏九《请敷陈谟烈以裨圣学疏》）
居正吩咐翰林院诸臣，就列朝宝训、实录，撰为《谟训类编》。共分四十款，排日进讲。他底心理还是隆庆六年十二月进《帝鉴图说》的心理。疏中又言“但使工夫接续，时日从容，自可以开发聪明，亦因以练习政事。伏望皇上留神听览，黾勉力行，视训录之在前，如祖宗之在上，念念警惕，事事率由，且诵法有常，缉熙无间，即燕息深宫之日，犹出御讲幄之时，则圣德愈进于高明，圣治益跻于光大，而臣等区区芹曝之忠，亦庶几少效万分之一矣‘。
万历九年正月初五日，神宗在文华殿斋宿，这一天大风来了，黄尘蔽天，神宗吩咐文书官和居正说：“今日风气不详，恐有边事，与先生说，可申饬边臣，加意警备。”居正听到以后，立刻传谕边镇，准备应付。
一直到现在，北方的边事还时时萦绕君臣的怀抱。比较松一点的是河套。在那里的鞑靼已经衰弱，正如居正在万历八年和三边总督郜光先所说的“精兵健马，消耗过半，东借助于顺义不获，西修怨于瓦刺不能，其衰弱无能为之状亦见矣”。（书牍四《答三边总督》）
最成为威胁的是土蛮。土蛮向东可以进攻辽东，向南可以进攻蓟州，所以双方都时时在警戒的当中。辽东的李成梁，和土蛮交战几次，在战事方面有相当的把握。蓟州的戚继光，正以威名太大，土蛮远去，因此没有立功的机会。万历八年秋间，传闻土蛮南下，居正连忙去信说起：前顺义部下酋长，密报土蛮入犯消息，即驰语蓟辽军门戒备，数日以来，警息沓至，西虏所报不虚矣。不谷料此贼必窥滦东。今日之事，但当以拒守为主，贼不得入，即为上功，蓟门无事，则足下之事已毕，援辽非其所急也。贼若得入，则合诸路之兵坚壁以待之，毋轻与战。我兵不动，贼亦不敢开营散抢，待之数日，贼气衰堕，然后微示利以诱之，乘其乱而击之，庶万全而有功。足下经营蓟事十年，今乃得一当单于，勉之勉之。辱示以破虏为己任，具见许国之忠，但古之论战者，亦不全恃甲兵精锐，尤贵将士辑和，和则一可当百，不和虽有众弗能用也。窃闻北人积谈于南兵久矣，今见敌则必推之使先，胜则欲分其功，败则必不相救，则足下之士，能战者无几耳。军情乖离，人自为心，鼓之而弗进，禁之而弗止，虽有严刑峻法，将安所施？羊羹之事，可为明戒，足下宜深思之！时时查军情向背，布大公，昭大信，毋信谗言，毋徇私情，毋以喜行赏，毋以怒用罚，部署诸将，宜以食多而养厚者当先，毋令失职怨望者当剧处。虚心受善，慎毋偏听，察军中如有隐郁，亟与宣达。平日号令，如有未妥，不妨改图。士卒毋分南北，一体煦育而拊循之，与最下者同甘苦，务使指臂相使，万众一心，知爱护主将如卫头目，则不待两军相遇，而决胜之机在我矣。如是，乃可以一战望成功也。惟足下豫图之。不谷平生料事，往往幸中，凡所与足下言者，须句句体认，不可忽也。（书牍十二《答总兵戚南塘授击土蛮之策》）
鞑靼诸部之中，势力最大的当然是俺答。自从俺答封为顺义壬以后，实际上成为朝廷底附庸，接受朝廷底命令，约束部下。但是俺答对于部下，时时感觉不易驾驭。俺答底长子黄台吉，便是一个不易驾驭的人。大致是万历八年吧，黄台吉看见土蛮出兵虏掠，羡慕的了不得。他坦白地和父亲说，自己准备向朝廷开战。
“宣大是我买卖地方，汝不可胡做，别处我亦不管，”俺答说。除黄台吉外，其次是青台吉。他是老把都底儿于，俺答底侄儿。青台吉和土蛮取得联络，因此在北边成为威胁，居正对他，永远不能放心。
在俺答精力充沛的时候，当然他可以统制一切，但是现在俺答病了，黄台吉、青台吉这两位同堂兄弟，益发不受约束。居正还忧虑到俺答身后，部下分裂，固然不易统制，倘使完全为土蛮吸收，更成为朝廷底大害。八年、九年之间，来往于居正胸中的便是这许多问题。在书牍中一一可指。
辱示虏情，一一领悉。顺义病既狼狈，岂能复起？土蛮素无远略，且与西部不睦，岂肯为之勤兵报怨？切尽（即切尽台吉、俺答侄孙。）之请，亦必不能成，虏势穷蹙可见矣。顺义一故，变态百出，顾吾所以应之何如？此事当劳公经画，然拓土开疆，安边服远，亦在于此。今宜事事设备，预为之图，以待其变可也。（同卷《答宣府总督郑范溪》。按即郑洛。）
近得西部消息，言顺义病已沈锢，部下酋长，各自为心。此酋死，虏中当大乱，恐土酋将乘其敝，诸制御方略，愿公预图之，预练兵积食，密于自治，以待其变耳。（同卷《答宣府张巡抚》。按即张佳胤。）
黄酋桀骜，殊为可恶，然闻此酋素狂躁无礼，倏忽喜怒。彼见其父病中，与之修好，遂炰烋妄言，然非有谋画素定也，但安静以驭之，严备以待之，毋轻徇其请，毋激致其怒，彼计沮气衰，将自敛矣。近闻已就羁绁，入市有日，未知究竟何如。（同卷《答大同巡抚贾春宇》）
两奉华翰，一言顺义求讨，一言黄酋桀骜，详观来文与公回谕，悉与鄙见悬合，敬服。黄酋狂躁，反复不常，乃其故态，其言作反，未必实有此谋，但虚吓耳。惟安静以处之，严备以待之，久之计沮气衰，伎俩已尽，自当入苙矣。彼不来市，我亦省费，不必责其来补，但移书顺义责以负约，使屈在彼。彼敢来犯，即简锐击之，若不来犯，亦不必往讨也。（同卷《答宣大巡抚郑范溪》。按题衔误。）
黄酋孤穷之虏，无马可市，但肆言恐吓，欲白骗耳。今既稍有所获，来市恐未有期。其市不市，亦无足为轻重，不必固要之，中彼要挟之计。然此虏轻躁寡谋，骄盈已极，若以计图之，亦可获也。（同卷《答大同巡抚贾春宇》）
黄酋近闻已赴西市，惟镇静以处之。彼之伎俩有尽，终当入苙也。差人回，渠有何说？若只寻常进赏之言，惟付之不问耳。上酋已入辽左，蓟门亦甚戒严，西酋诸部，皆有随行者。闻顺义夙疾又发，冬春之间，恐难起也。（同卷《答蓟辽总督张崌崃》。按崌崃即佳胤，题衔误。）
以上都是万历九年正月以前的事。经过正月初五神宗传诏警戒以后，各边巡视更加吃紧，郑洛在边界上获到黄台吉部众，居正立即和郑洛说：黄酋部众作贼，我所擒者，系被至亲，谅所欲得者，且勿轻与之，待顺义罚处如约，另立誓词，将往年横索等项，一一改图，然后遣之。前奉圣谕，方以边事为念，会华翰至，即封上御览，以见公筹边之功。此后如有重大虏情，密示于仆者，宜具衔禀报，当即以原帖奉奏也。（同卷《答宣大巡抚郑范溪传备边》。按题衔误。）
青台吉对于中国表示服从，但是其弟满五大仍和土蛮勾结，土蛮入犯辽东的队伍中，时时有青台吉底部属。因此居正对青台吉，不能放心，但是他主张交付俺答，增加俺答底责任，便是增加朝廷底威信。居正和张佳胤屡次说过：来谕谓战可恃而后和可坚，最为得策。惟公著实行之，不徒为目前支吾之计，边圉幸甚。青酋东行祭神，亦往年常事，但载甲以行，委属可疑，已行该镇防备。（同卷《答蓟辽总督张崌崃》。按题衔误。）
青酋既认二弟东犯，亦见畏顺，俟其回巢，罚处为当。然此酋与东虏合从，不独今岁为然，今虽罚惩，恐亦不能终禁，此后但责令探得东虏作贼的耗，即飞报我知，使我得准备，亦足以明彼心迹。即去秋土蛮入辽左，其中亦岂无贡市之夷，幸大同、山西于市场上侦得消息，密以告仆，即夙戒蓟辽，整旅以待，故无大失，然亦未曾深究西虏也。（同前）
辱示，青酋既有罚处二弟之意，宜就机告于顺义处之。黄酋之不直东虏，岂是忠心？彼盖亦欲效东虏所为，顺义所制不得肆，见东虏东掠西市，两利并获，故不平于心耳。……公所谕其来使，词严义正，足以尊朝廷之体，消逆乱之萌，须著落顺义处之。彼虽老，素为诸部所畏也。鄙意初谓不必奏闻，后思其事关系颇重，似非诸公所能自了者，待计划已定，期于必遂，乃以上闻可也。然犬羊无信，惟利是趋，即经此处分，他日亦不能缚其手足。此后宜责令侦得东部约从消息，即飞报我知，在彼得阳明其心迹，在我得阴为之备。即今秋土蛮纠众犯辽，其中亦有西虏，幸贾大同、（大同巡抚贾应元，即春宇）高山西（山西巡抚高文荐）于贡市时，得些消息，走报于我，即夙儆该镇，预为之备，故虏虽众，而在我无失。比者宁前虏原不多，而在我反有损折，此其豫与不豫相远矣。近得郑公书，只云青酋部众东犯之事，未审虚的。此言过矣！夫虏犬羊也，能保其不变乎？蓟镇属夷，岁岁人贡，亦岁岁作贼，辽人不能归咎于蓟镇，岂能责望于宣大乎？夷情多变，推在随宜审处之耳。（同上）
九年正月，推行一条编法，同时下令裁减诸司冗官，及各省司、府、州、县官凡一百六十余员。居正在大政方面，还是著著不懈地进行。同时期里，神宗底心绪，也似乎安定下来了。居正奏请用翰林官更番侍直，他说：臣等伏睹皇上近日以来，留神翰墨，一切嬉游无益之事，悉屏去不御，仰惟圣学该洽，睿志清明，臣等不胜庆忭。夫人主一心，乃万化从出之原，亦众欲交攻之会，必使常有所系，弗纳于邪，然后纵逸之念不萌，而引诱之奸不入。故虽笔札小技，非君德治道所关，而燕闲游息之时，借以调适性情，收敛心志，亦不悖于孔氏游艺博文之指，比之珍奇玩好，驰骋放佚之娱，则相去远甚，未必非皇上进德养心之一助也。但臣等窃见前代好文之主，皆有文学之臣，载笔操觚，奉侍清燕，如唐有天策、瀛洲之选，供奉、待诏之员，宋有秘阁待制、二馆著作，或承诏登答，或应制赓酬，皆于语言文字之中，微寓风劝箴规之益，即今之翰林官是也。国朝建置翰林，于一榜进士中，拔其英俊特异者，除授此官，固欲储养德望，以备启沃，任枢机，然文史词翰，撰述讨论，亦其本等职务，皇上即有任使，不必他求。如日讲诸臣，皆文学优赡，臣等慎选以充，见今记注起居，日逐在馆供事外，其余见任翰林各官，亦皆需次待用者。臣等拟令分番入直，每日轮该四员，与同日讲官，在馆祗候。皇上万几之暇，如披阅古文，欲有所采录，鉴赏名笔，欲有所题咏，即以属之诸臣，令其撰具草稿，送臣等看定，然后缮写，呈进圣览。或不时召至御前，面赐质问，令其发摅蕴抱，各见所长，因以观其才品之高下，他日量能擢才，自可断于圣衷；且诸臣因此，亦将自庆遭逢，益图称塞，争相淬励，以求见知于上，其于圣明辨材审官之道，亦默寓于中矣。臣等不胜惓惓愿忠之诚。（奏疏十《请用翰林官更番侍直疏》）
这是一篇很平常的奏疏，但是在这篇奏疏里，透出居正那番希望神宗亲贤臣，远小人的忠恳。
九年春间，重新提出外戚恩荫的问题。万历七年，神宗后父王伟封永年伯，居正提出嘉靖八年会议底结果，指明只能“以荣终身”，当时神宗没有注意。现在神宗派文书房官邱得用传谕内阁，将王伟弟王俊、男王栋、加恩授职，居正随即拟定奏复。邱得用又来了，口传圣谕道：“正德年间，皇亲夏助等，俱授锦衣卫指挥等官世袭，今何止授千户，又无世袭字样？”这是诘问，也有一些不满。居正很灵敏地把王俊底官阶提高，但是拒绝给予世袭字样。他说：“仰推皇上笃眷中宫，加恩外戚，此乃情理之至，臣等敢不仰承。”但是他随即指出理由，使神宗不能不接受。居正说：臣等恭惟祖宗定制，武职非有军功，不得世袭。正德年间，政体紊乱，至世宗皇帝，以聪明至圣，入承大统，将以前敝政，一切改正，以复我祖宗之旧，正今日所当遵守者。当先帝龙飞之日，与皇上嗣统之初，加恩陈、李二家，例止于如此。今皇上虽欲优厚外戚，讵可逾于两宫皇太后之家乎？是臣等所拟，乃三朝见行事例，非敢擅为裁抑也。今奉圣谕令臣等改拟，臣等谨钦遵，斟酌近例，拟将王伟男王栋授锦衣卫指挥佥事，弟王俊授锦衣卫正千户，比之两宫皇太后之家，实为相等，至于世袭一节，则祖宗旧制，决不敢违越也。臣等又惟皇上与中宫圣寿万年，将来皇储兆庆，绳绳振振，推恩戚里，固未可量，似亦不在此一时也。伏望圣明俯鉴臣等愚诚，特赐俞允，不胜幸甚。（同卷《议外戚子弟恩荫疏）
这又是一个小小的胜利，四月十八日，他更直接揭出神宗底浪费，语气甚至波及慈圣太后。
十八日文华殿日讲官讲毕以后，神宗退到后殿。居正进来，先讲《谟训类编》，把列朝圣训实录讲过以后，随即进呈南京给事中传作舟底奏疏。
“今江北淮、凤，及江南苏、松等府，连被灾伤，民多乏食，徐、宿之间，至以树皮充饥，或相聚为盗，大有可忧，”居正说。
神宗问道：“淮、凤频年告灾，何也？”
淮是淮安府，凤是凤阳府，是现在江苏、安微两省淮河流域的地方。居正说，“此地从来多荒少熟，即如训录中所载，元末之乱，亦起于此。今当大破常格，急发赈济以安之。臣等拟令户部议处，动支各该州、县库银仓谷。不足，则南京见贮银米，尽有赢余，可以协济。民惟邦本，愿特加圣心。”
神宗慨然道：“依先生每议处。”
“皇上天性至仁，爱民如子，”居正说。“臣等每奏灾伤，皇上即恻然闵念，凡请蠲请赈，未尝不慨然赐允，而臣等愚陋，亦仰体圣衷，无日不以忧民为心，安民为事，四方奏乞蠲贷，拟旨允行者无月无之。”居正对于外省底不能奉公尽责，忧国忧民，非常愤激，他不断地指摘道：“而在外诸司，往往营私背公，剥民罔上，非惟不体皇上子惠困穷之德意，且不知臣等所以仰赞皇上之愚忠，殊可恨也！且人臣居官食禄者，皆有代君养民之责，故虞舜咨十有二牧，‘牧’者养也。今有司坐视民虞，痛痒不相关，如作舟疏云‘报灾’则曰‘不敢报’，此何不敢报之有！又云‘请赈’则日‘不敢请’，此何不敢请之有！不过推调支吾，归怨君上，何尝有忧民之心？即如积谷一事，屡奉旨申饬，竟成虚文。彼皆有自理赃赎，未尝佐公家之急，则将焉往？臣等不胜愤懑，窃以为此辈若遇圣祖，不知当以何法！”
神宗说：“有司为民害者，当著实重处。”
居正看到神宗怒形于色，当即说道：“今后有犯者，当如圣谕。”于是他又从容说：“近年以来，正赋不亏，府库充实，皆以考成法行，征解如期之故。今大江南北，荒歉如此，河南又有风灾，畿辅之地，雨泽愆期，二麦将槁，将来议蠲议赈，势不容已，赋税所入，必不能如往年，惟皇上量入为出，加意撙节，如宫中一切用度，及服御之类，可减者减之，赏来可裁者裁之。至如施舍一节，尤当禁止，与其惠缁黄之流，以求福利，孰若宽恤百姓，全活亿兆之命，其功德为尤大乎？”
“然，”神宗说。“今宫中用度，皆从节省，赏赐亦照常例，无所增加。”
“皇上所谓常例者，”居正说，“亦近年相沿，如今年暂行，明年即据为例，非祖宗旧例也。臣不暇远引，如嘉靖中，世宗皇帝用度最为浩繁，然内库银两，尚有余积，隆庆初年冬，余库尚余百余万。今每岁金花银百二十万，每按季预进，随取随用，常称缺乏。有限之财，安能当无穷之费乎？臣等职在辅导，为国家长久之虑，不敢不尽言，惟皇上留神省察。”（奏疏十《文华殿论奏》。对话用原文。）
居正这一次议论，从救灾到节用，论点不断地转移。但是不能节用，便谈不到盈余，没有盈余，当然说不上救灾，前后自有一贯的道理。在节用方面，居正指出两点，他希望节省服御赏赉，同时他也希望禁止施舍。神宗撇开禁止施舍一面，只谈服御赏赉，居正便从这一方面，和神宗起了一点小小的争执。神宗说这是旧例；居正说这只是神宗自己底旧例，不是祖宗底旧例。他证实神宗底挥霍，最后告以“有限之财安能当无穷之费？”但是关于施舍方面，神宗避免讨论，居正也不追问。为什么？因为这是慈圣太后之事，其实与神宗无涉。
慈圣太后究竟是一个婆婆。穆宗在位的时候，她就想起要做一些功德，福国裕民。万历元年，慈圣太后和神宗说，要建豚州胡良河、巨马河两条大桥。神宗对居正讲了，居正说道：“时绌举赢，古人所戒：皇上即位之初，一切更当与民休息，建桥太劳民，且费巨，诚恐有司亦不能办。奈何？”
“圣母自己出钱募工，一钱不取于官，一夫不取于民，”神宗说。
“好极，”居正叩头说。
慈圣太后发内帑五万两，由工部派员监工，万历二年正月两桥成功，共费七万余两。桥工完成，慈圣太后又要在豚州建碧霞元君庙。碧霞元君据说是东岳大帝之女，更有些荒诞。太后底主张提出以后，工部尚书朱衡和工科给事中请求停工，无效。户科给事中赵参鲁疏言：“南北被寇，流害生民，兴役濬河，鬻及妻子，陛下发帑治桥建庙，已五万有奇，苟移赈贫民，植福当更大。”参鲁底话，还是无效。
自此以后，万历二年建承恩寺、海会寺，三年修东岳庙，四年建慈寿寺，五年建万寿寺：在这些功德方面，慈圣太后一步没有放松，但是居正也处处提出民生底困苦。他说：夫林茂而鸟悦，洲深而鱼乐，鱼鸟之情，何期于林、渊哉，所寄在焉。故凡亿兆之命，悬于一人。天子明圣，则生人禔福，故亿兆之情，莫不愿人主之寿者，斯亦鱼鸟之愿归于茂林深渊也。然则，兹宇之建设，虽役民生之力，用天下之财，而可以祝圣母万寿者，臣民犹将乐趋焉，况役不民劳，费不公取，用以保国乂民，功德无量，为臣子者，其踊跃而赞颂之，讵能已耶？（文集四《敕建万寿寺碑文》万历八九年间，慈圣太后又在五台山建大宝塔寺。施舍方面，还是不断进行，居正所说“与其惠缁黄之流，以求福利，孰若宽恤百姓，全活亿兆之命，其功德为尤大乎”？正是赵参鲁底主张。
万历九年五月，居正奏请尽卖民间种马，他底目的，当然还是解决当时民间的痛苦。本来明朝的马政，是一件非常复杂的制度。除了御马监、太仆寺、行太仆寺、苑马寺养马以外，还有民间孳牧，也属太仆寺管辖。从洪武年间到弘治六年，经过几度的立法，民间养马的额数确定了，种马由国家分发，草料由民间供给，孳生驹数也有法定的限额。在明初刍牧地广的时候，养马没有什么困难，以后耕地扩大，牧地缩小，养马便成为一种苛政，慢慢地走上买马纳马的路线。买马是向鞑靼买马以供军用，遇到朝廷和鞑靼发生战事的时候，这是一个全不可恃的来源：纳马是捐马授职的制度，正德、嘉靖年间，军事紧急的时候，都曾行过，当然也不是办法。隆庆二年，太常少卿武金主张尽卖种马，当时兵部议定养、卖各半，种马只剩六万余匹。到了万历九年，居正因为贡市已成，边马可用，这才决定尽卖种马的办法，解除民间养马的困苦。但是在苑马没有切实整顿以前，废止民间养马，从国防底立场看，不能不算是可虑的事件。
第十三章 鞠躬尽瘁
万历九年，居正五十七岁。酷热的天气，将近六十的年龄，重大的责任，在这一年夏天把居正病倒了。居正有时也想退休，但是环境不容许，他只能拖着郑重的步伐，向前面挣扎。九年夏间，他有信给王之诰说起：贱日猥辱垂念，贶以厚仪，不敢例辞，辄用登领，谢谢。年来贱体，日就衰惫，望六之龄，理固宜尔。兼之力微任重，譬马力已竭，强策鞭于修途，诚不知其所终矣。缅怀高蹈逸踪，岂胜叹羡。老母仗庇粗安，虽时有小疾，疗摄旋愈，但日夜念归，每谈及太老夫人，福履遐龄，庭闱乐聚，啧啧欣慕，恨仆不如公之孝养深笃也。贱眷小儿，四月抵都，小孙重润，近觉稍壮，但力弱，尚未能行立耳。远辱垂念，深荷雅情，使旋，附谢。（书牍十三《答王西石》）
重润是居正四子简修之子，王之诰底外孙，所以居正特别提出。
居正记得当初的大政方针吧！他昌言不讳地承认他底目标只是富国强兵。为什么要富国？富国就是在当时历史条件下给强兵建立一个良好的经济基础。为什么要强兵？强兵才可以抵抗外侮。居正成长在嘉靖年间，他亲眼看见北京几度戒严，四围的鞑靼武士，和汹涌的怒涛一样，正在并力吞噬这一座孤岛。居正掌握政权以后，他期望为国家解除威胁，这是居正一生的大事因缘。经过十年以来的努力，整个的局势转变了。领导鞑靼向北边进攻的俺答，现在领导他们向朝廷投诚。青台吉底弟弟满五大向北边进犯，青台吉自认处罚，但是居正利用俺答底领导地位，要和他商量，这是九年上半年的事。居正屡次在信中说起：辱示夷情，具悉。青酋既自认罚处，因而收之，甚善。但顺义亦宜与之会议，盖彼为诸部之长，虽老，而众心归之。若彼以我为外之，从而阴阳其间，或至差池。但密许青酋以收其心，而仍令归结，则两得之矣。（书牍十三《答宣府张巡抚》）
马王大二酋横索事，（马王大即满五大之讹）前偶有闻，即以奉询，兹承示，始知其详。中言自甘处罚云云，此不服顺义、青酋钤束也。然青酋乃一枝之长，顺义又诸部之长；青酋则兄弟，顺义亲则叔也，尊则王也，可不受命乎？朝廷驭下，以大制小，以尊临卑，若与其卑小者交关行事，则尊大者无权，不能领众，天下日益多事，而朝廷体统，亦甚亵矣。华、夷一体，宁可乱乎？愿公熟计之。（同卷《答总督张崌崃计虏酋钤束其支属》。按题衔误。）
承询各酋贡马，既陆续俱至，即宜照节年事例进贡。□□（应作满酋）一枝，须候顺义罚处明白，请旨赦宥，然后许其补贡，庶不失中国之体。番僧原无贡马事例，贡市既完，量行赏赉，以示羁縻，出自特恩，未可遂为年例也。摆酋另敕，事理亦可从者。上谷夷情，与云中稍异。盖虏款之初，西部求贡甚恳，惟老把都阴持两端，其妻哈屯主事，其子青把都为长，当事者不免委曲迁就，以成贡事，偏手之说，信有之也。时□酋（应作满酋。清时传刻《张文忠公全集》讳满字，故满五大或作马王大，或作□□其实与满洲无涉，不必讳也。）尚幼，不与其事，今见其兄独专厚利，故比例横索耳。然今昔异时，我所以应之，亦当随机观变。昔贡市未定，虏情叵测，用间投饵，有不得不然者。今势已大定，又当谨守韬钤，为长久计，不宜苟幸目前而已。承示谓训练镇兵，振扬声势，最为自治长策。昔环洲（吴兑）在镇时，仆即以此告之，不意至今尚未成军也。愿公乘暇留神，疆場幸甚。（同卷《答宣大巡抚郑范溪》。按题衔误。）
居正对于俺答，只是一味羁縻，但是决不曲从。万历九年，俺答筑城，请求朝廷给与人夫、车辆、物料。本来鞑靼底威力，全在迁徙无常，追踪不易，所以随时采取攻势，没有被围底可能，因此常处有利的局势。现在俺答筑城，便是一个失着。居正说起：“在称虏之难制者，以其迁徙鸟举，居处饮食，不与人同也。今乃服吾服，食吾食，城郭以居，是自敝之道也。”（书牍十三《答宣大巡抚》）这里透露居正底高兴；对于俺答底请求，他断然地说道，“夫、车决不可从，或量助以物料，以稍慰其意可也。”事实上他对于俺答，有时不免有些幸灾乐祸的意境。在居正底眼光里，俺答只是他对付鞑靼的一项工具。
居正对于辽东，还是不断地筹划边防。九年三月，辽阳副总兵曹簠在长安堡打了一个败仗，部下死亡三百十七人。败报奏闻以后，曹簠狱。四月吴兑由兵部左侍郎改蓟辽总督，居正和他说：辱示虏情，一一领悉。辽左黠夷横索，法不可纵，须熟计而审图之。昔年王杲事，动出万全，故至今虏众帖服。昨得周巡抚书，（辽东巡抚周咏）其言迂缓而无当，幸密投李帅计处。前辽阳事，损吾士马甚众，今亟宜措画以备秋防，若曹簠之轻躁寡谋，免死为幸，亦宜重惩，勿事姑息也。（书牍十三《答蓟辽吴环洲》）
王杲被杀是万历二年的事。万历元年建州都指挥王杲寇边，一个鞑靼的羁縻官，反复无常，本来不是意外。辽东总兵李成梁随即出兵讨伐，经过一年有余的战争，王杲失败，逃匿阿哈纳寨，恰巧曹簠时为参将，勒兵追击，最后王杲被执斩首。居正提起这件事，触动了吴兑底心事。他正在布置局面相同的一幕。
中枢方面，万历八年以后，没有什么更动。内阁除了居正以外，还是张四维、申时行。六部一概照旧，只有礼部尚书潘晟在八年十二月致仕，由刑部侍郎徐学谟继任，礼部尚书久已成为翰林官进身之阶，学谟偏偏不是翰林，当时不免引起一些惊讶，不久也平息下去。九年四月兵部尚书方逢时致仕，由蓟辽总督梁梦龙继任，遵守本兵、边镇互调的原则。
不幸在各方协调的中间，居正病了。这是万历九年九月的事。神宗听到，特遣御医诊视。居正上疏谢恩，并请给假调理。他说：臣自入夏以来，因体弱过劳，内伤气血，外冒盛暑，以致积热伏于肠胃，流为下部热症，又多服凉药，反令脾胃受伤，饮食减少，四肢无力，立秋以后，转更增剧。自以身当重任，一向勉强支持，又恐惊动圣心，未敢具奏调理，乃蒙宸衷曲轸，特遣御医诊视，传奉温纶，饮以良剂。念臣狗马微躯，不自爱慎，以上贻君父之忧，沐此鸿恩，捐糜难报。但臣自察病原，似非药饵能疗，惟澄心息虑，谢事静摄，庶或可痊，仍乞圣慈垂悯，特赐旬月假限，暂解阁务，俾得专意调理。倘获就痊，臣即勉赴供职，不敢久旷，臣不胜感激恳祈之至。（奏疏十《患病谢遣医并乞假调理疏》）
神宗得疏以后，一面派文书官太监孙斌，到居正私宅视疾，并赐鲜猪一口、鲜羊一腔、甜酱瓜、茄、白米二石、酒十瓶：一面又下圣旨，“宜慎加调摄，不妨兼理阁务，痊可即出，副朕眷怀。”所谓“不妨兼理阁务”，指在宅办公而言，居正这一次小病，固是如此，后来大病的时候，还是如此。直到居正昏沉的当中，他始终没有放弃政权。
居正病势稍退，皇上底手谕到了：
谕张少师：朕数日不见先生，闻调理将痊可，兹赐银八十两、蟒衣一袭，用示眷念，先生其钦承之。月初新凉，可进阁矣。（见奏疏十《谢圣谕存问并赐银两等物疏》）
居正复疏自言，“仰惟天光荐被，宸眷郅隆，非臣捐躯陨首，所能报答，亦非敝楮殚毫，所能宣谢，惟有镂之肺腑，传之子孙，期世为犬马，图效驱驰而已。”经过几天调摄以后，居正还没有销假，神宗再派文书官邱得用视疾，促其进见，又赐银八宝四十两、甜食、干点心各一盒。居正续假五、六日，又说：“臣养疴旅邸，倏已再旬，虽违远天颜，旷离官守，而犬马依恋之心，无时无刻，不在皇上左右。”（同卷《谢遣中使趣召并赐银八宝等物》）
居正对于神宗，固然在奏疏中，充满依恋的感情，但是居正委实愿意退休，五十七岁的人了，体力逐日衰耗，国事已经到了可以放手的阶段，为什么要恋位？居正也曾论到赵广汉、盖宽饶、韩延寿、杨恽这一群人底命运：赵、盖、韩、杨之死，史以为汉宣寡恩，然四子实有取祸之道。盖坤道贵顺，文王有庇民之大德，有事君之小心，故日“为人臣，止于敬也。”四臣者，论其行能，可为绝异，而皆刚傲无礼，好气凌上，使人主积不能堪，杀身之祸，实其自取。以伯鲧之才，惟傲狠方命，虽舜之至德，亦不能容，况汉宣乎？易日：“坤道其顺乎。”承天而时行，毕志竭力，以济公家之事，而不敢有一毫矜己德上之心，顺也。险夷闲剧，惟上之命，而不敢有一毫拣择趋避之意，顺也。内有转移之巧，而外无匡救之名，顺也。怨讟任之于己，美名归之于上，顺也。功盖宇宙，而下节愈恭，顺也。身都宠极，而执卑自牧，顺也。然是道也，事明主易，事中主难；事长君易，事幼君难。（文集十一《杂著》）
居正《杂著》隐指时事的不止一篇，这是指的什么？是指他自己么？居正事君当然不是赵、盖、韩、杨底刚狠，但是居正威权震主，也不是赵、盖、韩、杨可以同日而语。赵、盖、韩、杨不过是态度底不逊，居正便是权势底冲突。坤道其顺，居正列举六端，相信自己已经做到，但是“事中主难”，“事幼君难”，居正对于自己底困难，又何尝不清楚？从万历八年起，他决定致仕，但是当时的环境，不容致仕。最痛心的，是造成这个环境的，只是居正自己。“人之生也，固若是芒乎！”以庄子·齐物论》）这才是人生底悲剧。
在书牍中，居正也留下几封信，透露他底心境：
贱体入夏即病，荏苒数月，殊觉委顿。今虽眠食稍复，然病根未除，缘弱质谫才，久负重任，筋力既竭，而鞭策不已，遂致颠蹶耳。顷欲借此乞骸，而主上先觉此意，频遣中使，荐赐宠问，又促令早出视事，使仆无所启齿。不得已，黾勉趋朝，拟俟来年皇储诞庆，当果此愿耳。（书牍十三《答司马王鉴川言抱恙勉留》）
贱体以劳致病，入夏至今，尚末全愈，乞归不得，益觉委顿，拟来岁皇储诞后，当决计乞骸，或得与公相从于衡湘烟水间也。（同卷《答耿楚侗》）
贱体近日，始觉稍愈。十年之间，昼作夜思，从少至今，所为食聚贮积者，日张施于外，遂成贫子。要欲及今齿发尚健，早弃人间事，从吾初服，非自爱幻躯，盖盈虚消息，天道固宜尔也。（同卷《答广西宪副吴道南》）
万历九年十月，居正历官一品，除去在京守制的日期，已经十二年，考满，照例自陈，请求解职。神宗诏令复职，随遣司礼监太监张诚恭颁手敕，赐银二百两、坐蟒、蟒衣各一袭、岁加禄米二百石。除此以外，神宗又著吏部、礼部，议拟恩例，在两部复疏以后，神宗传旨：卿等说的是。元辅受先帝遗命，辅朕十年，精忠大功，冠于先后，兹实历一品，已及十五年，恩数委当优异，著支伯爵禄，加上柱国、太傅，兼官照旧，给与应得诰命，还写敕奖励，赐宴礼部，荫一子，与做尚宝司司丞，用见朕崇奖元勋至意。（见奏疏十一《考满谢恩命疏》）
居正奉命以后，上疏再辞，第二疏词更痛切，他说：
臣闾巷韦布之士耳，非有硕德鸿才，可以庶几古人之万一。幸逢英主在上，臣得以谫劣，佐下风，效启沃，十年之间，志同道合，言听计从，主德昭宣，圣化旁洽，伊尹之所愿见者，臣亲见之，其所愧耻者，臣幸无之，即千万世而下，颂我皇上圣德神功为尧舜之主，臣亦得以窃附于尧舜之佐矣。此之荣遇，虽万钟之亭，百朋之锡，岂足以拟之哉！故臣向者每被恩命，辄控辞而不已者，良以所庆幸者大，而爵禄非其所计也。乃若诏禄、诏爵，虽朝廷所以驭臣之典，亦宜稍加节制，而不至横溢，乃足为劝。三公穹阶，五等厚禄，上柱崇勋，在先朝名德，咸不敢当，乃一朝悉举而畀之于臣，所谓溢恩滥赏也。至于符节世赏，部宴大烹，臣前九年考满，皆已冒叨，兹又岂可重领？反复思惟，如坠渊谷，故不避烦渎，再控于君父之前。伏望圣慈，谅臣之衷，素无矫饰，矜其愚而俞允焉。碎首陨躯，不敢忘报。（奏疏十一《再辞恩命疏》）
神宗得疏，特准辞免伯禄、上柱国、部宴。居正晋太傅。明朝太师、太傅、太保皆为死后赠官，文臣生加三公的，自居正始，以前是没有的。
万历十年的春天，寒风尚在塞外逗留的时候，这一位从嘉靖初年即向大同进攻，其后屡困北京而终于投降朝廷，接受封爵的顺义王俺答死了。俺答一死，对于居正是一个忧虑。西部鞑靼底领导权，属于哪一个？会不会因为俺答之死，全部重新接受土蛮底领导，和朝廷作战？会不会再起一次分裂？分裂也许对于朝廷有利，但是一经分裂，更易促成土蛮扩展底成功，便对于朝廷有害。居正想起俺答底后妻三娘子。十二年以前的事了，因为俺答对于三娘子的迷恋，才有把汉那吉底投降，以后引起封贡底成功，北边底安定；饮水思源，当居正想起国家底坚强和自己底事业，他能忘去三娘子么？三娘子是一根绳索，有了三娘子便可以约束俺答，约束鞑靼。在吴兑总督宣大的时候，三娘子入关进贡，吴兑赠她八宝冠，百凤云衣，红骨朵云裙。真好看！这一套绣花的衣裙，把三娘子迷恋了；究竟还是吴太师好！以后，在朝廷和鞑靼交涉的当中，朝廷底第一个友人便是三娘子。
居正在俺答身死的前后，几次和边镇督、抚谈起：
承示，虏王病笃，今番恐不能起矣。顷报套虏西抢者，知虏王病，亦皆汹汹；况板升之人，素依老酋为主，老酋死，把吉弱，不能抚其众，加以荒旱，诸夷思乱，虏中自此多事矣。那吉忿老酋之分其众，即欲西牧，其智略可知矣。此虏初降，吾抚之甚厚，今当急收之，使与哈酋同心协力，一应贡市事宜，悉如老酋在时行。黄酋病不死，必且诪张为患，公宜乘时厉兵秣马，厚抚战士，为自固之计。老酋若死，虏中有变，随机应策，在我自有余力矣。（书牍十三《答三边总督郑范溪》。按郑洛时为宣大总督，题衔误。）
奉翰示，料度虏情，一一中的，敬服。今日之事，惟当镇静处之，随机应之，勿过为张皇，轻意举动，致令惶惑，兴起事端也。昨督抚欲条议，仆即力止之。俺酋未死数年之前，仆已逆虑及此。诸公但审侦虏情，亟以见教，圣明在上，自有主断也。虏中无主，方畏我之闭关拒绝，而敢有他变！但争王争印，必有一番扰乱，在我惟当沈机处静，以俟其自定。有来控者，悉抚以好语，使人人皆以孟尝君为亲己，然后视其胜者，因而与之，不宜强自主持，致滋仇怨也。（同卷《答大同巡抚贾春宇计俺酋死言边事》）
哈酋与诸部，议论不合，虏中亦须有此情状，乃可施吾操纵之术，今且不可合解之。至于虏妇守孝三年之说，此必不能行者，俟诸酋既集，议论已定，彼一妇人，终当为强者所得耳，何能为乎？顺义恤典，下部议复，仍当从旨中加厚，以示天恩。（同卷《答大同巡抚贾春宇》）
袭王之事，大都属之黄酋，但须将今年贡市事，早早料理，以见表诚悃，而后可为之请封。谚云，“若将容易得，便作等闲看。”务令大柄在我，使之觊望恳切，而后得之，乃可经久。然虏情多变，亦难预设。闻近日哈酋与虏妇及诸酋议论不合，颇为失欢，若果有此，且任其参差变态，乃可施吾操纵之术也。（同卷《答三边总督郑范溪计顺义袭封事》）
安兔吉无知，戕我旗牌，掠我头畜，此等事在亦常有，但此虏王新殁，在我当申严旧约之时，而彼酋乃敢咆哮如此，不一惩之，衅端起矣。既黄酋之子，宜即责黄酋处之。彼方觊承封爵，若其子不能制，他日安能统大众乎？此亦制驭之一端也，幸惟审图之。（同卷《答巡抚萧云峰》。按即陕西巡抚萧廪。）
居正对于鞑靼方面，全是因应。俺答初死，他似有支持把汉那吉的意念。看见那吉底威望不够，他便吩咐沿边督抚静以待动，对于各个候补者，分别给予应得的好感。最后黄台吉继立底形势已成，他不妨支持黄台吉，但是他要黄台吉对于朝廷表示恭顺。册封底权力在朝廷，要服从朝廷，才得到顺义王底尊号。三娘子要守孝三年，也许是穿着百凤云衣的日子多了，汉化底程度加强，所以有这个主张。但是居正所期望于三娘子的，不是她底汉化，而是她底再嫁鞑靼领袖，继续替朝廷做一个控制鞑靼的工具。黄台吉袭封以后，三娘子带着部众走了。黄台吉认定这是父亲底遗产，自己当然有继承的权利，带着部队向西跟逐。宣大总督认定三娘子是一个得力的工具，假如她和黄台吉脱离，失去应有的作用，对于朝廷，便是一种损害，连忙派人和三娘子说：“夫人能和顺义王同居，朝廷底恩赐当然继续不绝，否则只是塞上一个鞑靼妇人，说不上恩赏了。”三娘子这才停下来，重新回到顺义王底怀抱；在明朝人看来，究竟有一些诧异，但是三娘子生活在另外一个环境里，原谈不上这些。
北边的问题解决，东北的问题又来了。万历九年，士蛮和朝廷打过几次仗，但是现在又求和了。居正只要鞑靼继续在分裂的状态里，决不轻易言和，所以和辽东巡抚周流说起：承示，土酋求贡，谅无诈伪。彼盖艳于西虏贡市之利，乘俺酋死，故申前请耳。但辽左地形事势，钱粮、虏情，俱与宣大不同。且俺酋自嘉靖中季，连年求贡，彼时庙谟靡定，迄未之许，至隆庆间，会有那吉来降之事，而彼又执我叛人，遵我约束，因而许之。彼既惬其素志，又啗我厚利，故奉命惟谨。今以土酋之事揆之，其情异矣，遽尔许之，和必不久，徒弛我边备。俟一二年后，观其事机何如，乃可处之。（同卷《答辽东巡抚周乐轩》）
万历十年二月，居正疏请蠲除宿逋，完成一件宿愿。自万历之初，考成法实行以来，赋税方面，经过切实的整顿，国家财政，有了良好的基础，现在已是休养生息的时候了。事先，应天巡抚孙光祜上疏请求相除，居正复信说：“蠲除宿逋，责完新赋，仆久有此意，拟俟皇储大庆，罩恩海内，今皇女生，则事不果矣。大疏即属所司议处，亦可推之各省也。”（书牍十三《答应天巡抚孙小溪》）这时居正只准备从各省推行，还没有整个的计划。十年之初，陕西巡抚萧廪具函居正，再请豁免带征，居正复信说：“承示，带征逋赋，苦累有司，仆亦久知之，目下方欲面奏，请恩蠲豁，不必具疏矣。”（同卷《答谏议萧公廪》）二月间，居正疏称：窃闻致理之要，惟在于安民，安民之道，在察其疾苦而已。迩年以来，仰荷圣慈，轸念元元，加意周恤，查驿传，减徭编，省冗员，惩贪墨：顷又特下明诏，清丈田亩，查革冒免，海内欣欣，如获更生矣。然尚有一事为民病者，带征钱粮是也。所谓带征者，将累年拖欠，搭配分数，与同见年钱粮，一并催征也。夫百姓财力有限，即一岁丰收，一年之所入，仅足以供当年之数，不幸遇荒歉之岁，父母冻饿，妻子流离，见年钱粮尚不能办，岂复有余力完累岁之积逋哉！有司规避罪责，往往将见年所征，那作带征之数，名为完旧欠，实则减新收也。今岁之所减，即为明年之拖欠，见在之所欠，又是将来之带征。如此连年，诛求无已，杼轴空而民不堪命矣。况头绪繁多，年分混杂，征票四出，呼役沓至，愚民竭脂膏以供输，未知结新旧之课，里骨指交纳以欺瞒，适足增豁壑之欲；甚至不才官吏，因而猎取侵渔者，亦往往有之。夫与其敲扑穷民，朘其膏血，以实奸贪之囊橐，孰若施旷荡之恩，蠲与小民，而使其皆戴上之仁哉？昨查户部，自隆庆元年起，至万历七年止，各直省未完带征钱粮一百余万，兵、工二部，马价、料价等项不与焉。而苏、松两府，拖欠至七十余万，盖以彼处税粮原重，故逋负独多，其间固有豪右奸猾，恃顽不纳者，然穷民小户，不能办者亦有之，而有司之令但能行于小民，不能行于豪右，故催科之苦，小民独当之。昨该应天巡抚孙光祜具奏请用，户部以干系国计，未敢擅便议复。臣等窃谓布德施惠，当出自朝廷，若令地方官请而得之，则恩归于下，怨归于上矣。臣等愚见，合无特谕户部，会同兵、工二部，查万历七年以前，节年逋负几何，除金花银两，系供上用，例不议免外，其余悉行蠲免：止将见年正供之数，责令尽数完纳，有仍前拖欠者，将管粮官员，比旧例倍加降罚。夫以当年之所入，完当年之所供，在百姓易于办纳，在有司易于催征，闾阎兔诛求之烦，贪吏省侵渔之弊，是官民两利也。况今考成法行，公私积贮，颇有盈余，即蠲此积逋，于国赋初无所损，而令膏泽洽乎黎庶，颂声溢于寰宇，民心固结，邦本辑宁，久安长治之道，计无便于此者，伏乞圣裁施行。（奏疏十一《请蠲积逋以安民生疏》）
居正《蠲除积逋疏》，使人悠悠地想起万历初年的情势。万历四五年间户科都给事中萧彦疏称“察吏之道，不宜视催科为殿最。昨隆庆五年，诏征赋不及八分者，停有司俸；至万历四年，则又以九分为及格，仍令带征宿负二分，是民岁输十分以上也。有司惮考成，必重以敲扑，民力不胜，则流亡随之。”（《明史》卷二二七《萧彦传》）主张岁输十分以上的是居正，疏请蠲除积逋的也是居正。是自相矛盾吗，还是心理变化？其实居正只是一贯的居正，在国家财政基础尚未稳定以前，当然严追旧欠；到了已经稳定以后，不妨蠲除积逋。量出为人，正是居正在财政方面的作风。这里还得看到支出的情形。在整顿国防，安定民生的项下，国家增加支出，人民增加负担，本来无可逃避。及至鞑靼的威胁已经解除，黄河、运河的工程已经完成，乃至驿递已经整顿，冗官已经废除，人民底负担便应当减轻，所以居正随即疏请减轻。这是万历十年的一件好事。不久以后，居正死了，国库逐渐空虚，商税、矿税，加征、加派，从此财政扰乱，成为明朝复亡底主因。
万历十年二月间，浙江发生兵变。事情是这样的：浙江巡抚吴善言奉诏裁减东、西二营兵士月饷，兵土闹起来了，马文英、刘廷用为首，捉住巡抚痛打一顿。居正看定只有张佳胤可以平定这次的变故，佳胤已经内调兵部右侍郎，随即奏请改调浙江巡抚。匆匆中佳胤到浙江去了，在路上又听到杭州“民变”底消灭。佳胤和来人说：“变兵和变民已经联合吗？”
“还没有，”来人说。
“赶快走，”佳胤忻然说，“也许还来得及把他们分开。”
匆忙的当中，新任巡抚不动声色地到了杭州。“乱民”正在城中放火抢掠，入夜以后，火光照满全城。佳胤吩咐游击将军徐景星和东、西二营说：“要赎罪，便先把‘乱民’平下来。”兵士们痛打吴巡抚以后，心绪惶惶的，不晓得张巡抚来怎样处治。得到这个消息，他们高兴极了，营门一开，刀枪齐举，乌合的群众，哪里是他们底对手，一共捉了一百五十人，送到巡抚行门。佳胤下令杀去三分之一，一面召马文英、刘廷用等领赏。他们来了一共九个，都是上次“事变”的首领，这次“平乱”的功臣。文英们高兴地来了，不提防徐景星把他们捉住，一刀一个，顷刻之间，“民变”“兵变”完全解决，张佳胤不动声色地把浙江镇压下来。这是佳胤底辣手，也是统治者居正底要求。
辽东方面的关系更大了。三月间泰宁部长速把亥和兄弟炒花，儿子卜言免，率领部下进攻义州。二十年来，速把亥是辽东底祸魁，有时单独进攻，有时纠合土蛮进攻，在朝廷军队进讨的时候，他跑走了，但是朝廷军队回营以后，他又不断地犯边。这次辽东总兵李成梁率领军队在镇夷堡伺候他。速把亥领导部下杀上来了，参将李平胡伏兵半途，一枝箭射过去，恰巧射中速把亥。扑答一声，速把亥掉在地下，护着胁间的创伤。李平胡底家奴李有名抢步上前，举刀一砍，进犯辽东的首领割下。鞑靼武士退却了。朝廷一共杀去一百余人，连带一个速把亥。炒花恸哭一场，结束这一次的战局。
万历十年二月中，居正病了，最初只觉得委顿，但是断不定是什么病，后来才认定是痔，从割治方面着手。居正在书续和奏疏中都有记载：贱恙实痔也，一向不以痔治之，蹉跎至今。近得贵府医官赵裕治之，果拔其根。但衰老之人，痔根虽去，元气大损，脾胃虚弱，不能饮食，几于不起。日来渐次平复，今秋定为乞骸计矣。门墙夙爱，敢告向往。（书牍十四《答上师相徐存斋三十四》）
臣自去秋，患下部热病，仰荷圣慈垂悯，赐假调理，虽标症少减，而病根未除，缠绵至今，医药罔效。近访得一医人，自家乡来，自言能疗此疾，屡经试验，其术颇精，但须静养半月、二十日，乃得除根。臣伏自念，年迫衰迟，久婴疾患，比者恭侍讲读，皇上见臣肌体羸瘦，询问左右，察臣所苦，是犬马贱躯，盖未尝不仰屋圣念也。今幸得此医人，专意疗治，窃冀痊复有日，足以仰慰君父眷念之怀，故敢不避烦渎，仰祈圣慈，俯赐宽假二旬、一月，暂免朝参、侍讲，至于阁中事务、票拟、题奏等项，容臣于私寓办理，免其出入趋走之劳，庶几医药静专，奏效可觊。痊可之日，即趋走阙庭供事，不敢久旷也。臣诚怙恃恩眷，仰渎宸严，不胜惶惊战栗之至。（奏疏十一《给假治疾疏》）
在家居养病的当中，居正想起徐阶来了。隆庆六年秋间徐阶七十岁，居正曾有一篇《少师存斋徐相公寿序》（文集七）作文的时候，高拱已经去位，居正当国，序中曾经说起：“后来者遵公约束，庶几画一之治，窃比于宋元祐耆硕者，公何啻君实，顾余于吕晦叔何如耳。” 元祐时代，司马光以国事交付吕公著；隆庆时代，徐阶以国事交付自己。居正在十年前，原有很大的抱负，现在他知道抱负不但已经一一实现，而且在许多方面，超过当日的预期。“这总算对得起老师了，”居正想。他知道老师的生日在九月二十日，时期还早，但是准备总得早一点。居正上疏请求优礼耆硕，派遣行人存问，量加赏赉，他称述徐阶底功劳道：臣等看得原任少师大学士徐阶，当世宗时，承严氏乱政之后，能矫枉以正，澄浊为清，惩贪墨以安民生，定经制以核边费，扶植公论，奖引才贤，一时朝政修明，官常振肃，海宇称为治平，皆其力也。（奏疏十一《乞优礼耆硕以光圣治疏》）
神宗得疏以后，随即派行人存问，仍赐银五十两、大红纻丝蟒衣一袭、彩缎四表里，赉去敕谕一道，略言：卿才优王佐，学擅儒宗，早驰誉于清华，历试功于盘错。简知皇祖，晋院台司，履忠顺以事一人，持廉靖而先百辟。当检壬之既黜，更治化以维新，惩贪墨而仕路肃清，奖忠直而真才汇进。申明典制，多安边裕国之筹，默运枢机，有尊主庇民之略。定邦本于危疑之际，宣上德于弥留之中。翼我先皇，嗣基图而抚方夏，保予冲子，升储贰以奉宗祧。方倚重于黄扉，遂乞闲于绿野。后先多绩，朝廷资其典刑，终始完名，寰宇想其风采。（见前疏）
定邦本两句，上联指徐阶拥立裕王，下联指世宗遗诏，说得非常得体。郭朴、高拱认为徐阶擅传遗诏，现在由神宗给他们一个具体的答复。这道敕谕，大致惟有居正，才能拟得如此真切。
徐阶底生日近了，居正吩咐懋修请吏部侍郎许国代拟寿序。序成以后，居正不满意，在病中挣扎着自己做一篇。他说：居正尝谓士君子所为尊主庇民，定经制，安社稷，有自以其身致之者，有不必身亲为之，而其道自行于天下，其泽自被于苍生者。窃以为此两者，惟吾师兼焉。当嘉靖季年，墨臣柄国，吾师所为矫枉以正，激浊而清者，幸及耳目，其概载在国史，志在搢绅，里巷耇长，尚能道焉，此以身致治者也。比成功而归老也，则挚其生平所为经纶蓄积者，尽以属之居正。居正读书中秘时，既熟吾师教指，兹受成画，眼行唯谨。万历以来，主圣时清，吏治廉勤，民生康阜，纪纲振肃，风俗朴淳，粒陈于度，贯朽于府，烟火万里，露积相望，岭海之间，氛廓波恬，漠北骄虏，来享来王，咸愿保塞，永为外臣，一时海内，号称熙洽。人咸谓居正能，而不知盖有所受之也。此不必身亲为之者也。故此两者，惟吾师兼焉。（文集七《少师存斋徐相公八十寿序》）
徐阶做寿的时候，读到这篇寿序，应当庆幸当日认识正确，付托得人吧，但是当他想起这个学生，他知道已经没有见面的可能了。短短的几个月，在人生的道途上，划下不可逾越的界限！
十年三月以后，居正请假在宅票拟。痔根割去了，但是精神还是委顿。长子敬修不在面前，随侍的只有嗣修、懋修、简修。允修已回江陵，准备乡试，静修还小。居正病势不算严重，但是用药敷治，不能行动。神宗屡次派太监慰问；一次是司礼太监张鲸，一次是文书官吴忠；赏赐也不断地颁下，白银、银八宝、蟒衣、甜食、干点心、烧割，一切都有。据说有一次神宗因为居正久病，甚至掉下眼泪，饭都不想吃。居正只有申述病况，再请给假。他说：缘臣宿患虽徐，而血气大损，数日以来，脾胃虚弱，不思饮食，四肢无力，寸步难移，须再假二十余日，息静休摄，庶可望痊，盖文书官所亲见，非敢托故也。（奏疏十一《恭谢赐问疏》）
从血气亏损，转到脾胃衰弱，居正病状，日渐沉重。神宗正在盼望他从速销假；居正何尝不愿入阁办事？可是期望愈急，病势愈重。蒙眬中，居正梦见神宗派遣自己往把女神。女神是谁啊？他连忙派儿子往泰山祀神，一面和山东巡抚说起：残恙一向不以痔治，迁延十有余年，故病日深。近访得一明医，仰蒙圣恩，赐假治疗，乃得拔去病根。今病虽除，而血气亏损已甚，脾胃虚弱，不思饮食，四肢无力，寸步难移，按之生理，尚属艰难。前梦皇上使仆持双节往祀一女神，盖欲吁神以祈祐云。窃思女神之贵者，莫如泰安之仙妃，今遣小儿赉香帛往祀焉。恐执事不知其由，敢敬以闻。（书牍十三《寄山东巡抚杨本庵》。按杨俊民九年三月为山东巡抚，十月去位，继任者为陆树德题名误。）
三、四月的天气渐渐回暖，阳光照满北京的郊野，前去泰安的人回来了，但是居正底病势日见沉重。仙妃底保祐，只是一个幻梦，剩给居正的是重大的负担和缠绵的病躯。内阁中还有张四维、申时行，但是稍为重要的公事，四维不敢专拟，一切送到居正病榻面前，听候处分。
六月初一日食，初四以后，彗星在天空出现，苍白的光芒，象一匹练，由西北直指五车星座。居正本来准备秋间退休，现在决定退休了，疏称：臣自思病以来，静摄调治，日望平复，乃今三月，元气愈觉虚弱，卧起皆赖人扶，肌体羸疲，仅存皮骨，傍人见之，亦皆为臣悲悼，及今若不早求休退，必然不得生还！且古有灾异，则策免三公，今廷臣之中，无居三公之位者，独臣叨窃此官。顷者苍彗出于西方，日食午阳之旦。（按《明史·神宗本纪》言十年六月丁亥朔日食，《天文志》言“四月丙辰彗星见西北”，敬修《文忠公行实》言六月丁亥朔，日又食之。朔三日，彗出五车口柱星以南。敬修之作值居正初殁，不应有误，与居正此疏亦合。《天文志》之言不尽足信。）伏思厥咎，惟在于臣，正宜罢免以应天变。伏望慈圣垂悯，谅臣素无矫饰，知臣情非获已，早赐骸骨，生还乡里，倘不即填沟壑，犹可效用于将来。臣不胜哀鸣恳切，战栗陨越之至。（奏疏十一《乞骸归里疏》）
神宗见疏，下诏慰留：
朕久不见卿，朝夕殊念，方计日待出，如何遽有此奏！朕览之，惕然不宁，仍准给假调理。卿宜安心静摄，痊可即出辅理，用慰朕怀。（见前疏）
在上谕慰留中，居正病势毫无起色，他只是一意请求退休。十二日，辽东镇夷堡大捷，勘实复奏，上谕分别论功，进居正太师，加岁禄二百石，一子由锦衣卫指挥佥事进为世袭同知。以前遇到恩赐，居正照例三辞、四辞，认定人臣有先功后禄之义，同时也因为位高身危，究竟是一个可以戒惧惊惕的情势。现在他已经昏沉了，他说不敢接受，但是他也没有坚辞，不久以后，神宗底手敕来了，恭捧圣谕的司礼太监带来许多赏赐：银八宝四十两、甜食二盒、干点心二盒、烧割一分。手敕说：谕太师张太嶽，朕自冲龄登极，赖先生启沃佐理，心无所不尽，迄今十载，四海升平，朕垂拱受成，先生真足以光先帝遗命，朕方切倚赖，先生乃屡以疾辞，忍离朕耶！朕知先生竭力国事，致此劳瘁，然不妨在京调理，阁务且总大纲，着次辅等办理。先生专养精神，省思虑，自然康复，庶慰朕朝夕惓惓之意。（同卷《恭谢手敕疏》）
居正复疏只称“臣病困之余，不能措辞，感谢之悰，言不能悉。”
十二日以后，居正病势更重，他勉强作一次挣扎，上疏再恳生还，说起：
缕缕之哀，未回天听，忧愁抑郁，病势转增。窃谓人之欲有为于世，全赖精神鼓舞，今日精力已竭，强留于此，不过行尸走肉耳，将焉用之！有如一旦溘先朝露，将令臣有客死之痛，而皇上亦亏保终之仁，此臣之所以跼蹐哀鸣而不能已于言也。伏望皇上怜臣十年拮据尽瘁之苦，早赐骸骨，生还乡里，如不即死，将来效用尚有日也。（同卷《再恳生还疏》）
垂死的哀鸣，役有打动神宗底心坎。上谕只说：卿受皇考顾命，夙夜勤劳，朕方虚己仰承，眷倚甚切。卿何忍遽欲舍朕而去，又有此奏，览之动心。宜遵前旨，专心静摄，以俟痊日辅理，慎勿再有所陈。（见前疏）
从此以后，居正说不到退休，说不到生还，更说不到效用有日。六月十八日，神宗派司礼太监责手敕慰问居正。敕言“闻先生糜饮不进，朕心忧虑，国家大事，当为朕一一言之。”昏沉底当中，居正疏荐前礼部尚书潘晟、吏部左侍郎余有丁，神宗随即令潘晟为礼部尚书兼武英殿大学士，余有丁为礼部尚书兼文渊阁大学士。以后，居正再荐户部尚书张学颜、兵部尚书梁梦龙、礼部尚书徐学谟、工部尚书曾省吾、及侍郎许国、陈经邦、王篆，才可大用。人才太多了，内阁一时容不下，神宗把人名粘在御屏上，以备召用。居正昏迷了，大家眼见得这是唯一的机会，不肯放手。潘晟是冯保底老师，冯保勉强居正推荐；梁梦龙、曾省吾是居正底门生；王篆是居正长子敬修底亲家；徐学谟在居正归葬的时候，是抚治郧襄都御史，以后居正再三提拔，现在也名列御屏了。有能力的固当推举以备国家栋梁之选，有关系的也在这个庇廕之下，同时列名。居正昏迷之中，只得由他们去了。
六月十九日，居正病势已经非常严重。神宗再派太监慰问，便中询问身后的措置。在昏瞆迷惑的当中，居正说了几句不明不白的话。
第二天，六月二十日，居正舍弃十六年始终不放的政权、十年以来竭诚拥戴的皇帝、和六千余万中国的人民，（万历六年，人口总计六千六十九万二千八百五十六口）死在北京的寓所，遗下七十余岁的母亲、三十余年的伴侣，和六个儿子、六个孙子。神宗不曾和他说过吗？“先生功大，朕无可为酬，只是看顾先生的子孙便了。”居正已经把他底生命，贡献国家，在临死的时候，他用不到顾虑自己的子孙。
神宗得到居正病殁的消息，下诏罢朝数日。两宫皇太后、皇上、和皇弟潞王，赐赙银一千余两，司礼太监张诚监护丧事。一切饰终的典礼都完备了：赠上柱国、赐谥文忠、予一子尚宝司丞、赐祭十六坛。居正灵枢将发的时候，内阁张四维、申时行、余有丁疏请派员护送，随即派定太仆少卿于鲸，锦衣卫指挥佥事曹应奎护送回南。赵太夫人也在同时南回江陵，护送的是司礼太监陈政。江陵的山水无恙罢！三十六年以前，看到一位少年入京会试，成为新科的进士；三十六年以后，又看到这位进士回来，成为功业彪炳的张文忠公。
第十四章 尾声
居正带着平生的抱负，埋入江陵的墓地，剩下来的是无限的恩怨和不尽的是非。
居正殁后，赐谥文忠：“文”是曾任翰林者常有的谥法，“忠”是特赐；据谥法解，“危身奉上曰忠”，在赐谥的时候，对于居正，原有确切的认识。王世贞称居正“业惟戡乱，勋表救时，在唐赞皇，复为元之”，正是那一时期的公论。
但是居正身死未久，又一道波浪来了。
居正疏荐潘晟入阁，御史、给事中弹劾潘晟的奏疏，接二连三地来了。潘晟已由原籍浙江新昌出发，只得中途疏辞，张四维拟旨报允，这是第一步。四维和曾省吾、王篆不久发生冲突，御史江东之上疏攻击冯保底门客徐爵。经过这一个尝试以后，御史李植直疏冯保十二大罪，司礼太监张诚、张鲸更在神宗面前攻击冯保，他们说起冯保家资饶富，胜过皇上。神宗随即逮捕冯保，十二月，发南京安置，同时梁梦龙、曾省吾、王篆一概勒令致仕。在查抄冯保家产的时候，得金银一百余万、珠宝无数，神宗开始领略查抄底滋味。
冯保临去的时候，慈圣太后还不十分清楚，她问神宗为什么。“没有什么，”神宗说，“只是老奴受了张居正的蛊惑，不久自会召回的。”
慈圣太后还以为神宗是那个听话的孩子呢！他已经二十岁了，知道怎样应付母亲。居正、冯保、慈圣太后，只是一串的噩梦，梦境消残了，神宗开始发现自己。不久以后，慈圣太后还看到这个朝夕问安的儿子，索性连慈庆、慈宁两宫，轻易不到一步。可怜的老妇人啊，你们被忘去了！
生人应付了，神宗再应付死人。
居正整顿驿递，现在官员不得任意乘驿的禁例取消了；居正用考成法控制六部，现在考成法取消了；居正裁汰冗官，现在冗官一律恢复了；居正严令不得滥广学额，现在学额一并从宽了；乃至居正严守世宗遗训，外戚封爵不得世袭，现在也一概世袭了。居正所遗的制度，神宗正在不断地取消。
但是这只是法制方面的改订，事情多得很呢。
万历十一年三月，诏夺居正上柱国、太师，再诏夺文忠公谥，斥其子锦衣卫指挥简修为民。居正身殁至此，仅仅九个月。
居正病重的时候，北京各部院替他建斋祈祷；这是一股风，吹遍南京、山西、陕西、河南、湖广。半个中国，都在为这功业彪炳的首辅祈祷，现在风势转过了，御史、给事中都在尽力攻击居正，他们要报效国家，报效皇上，当然便要排除居正底爪牙，废止居正底苛政。最得力的是御史丁此吕。此吕检举万历七年己卯科应天乡试主考高启愚所出的试题，“舜亦以命禹。”此吕指出这是高启愚有意劝进：舜是皇上，禹是居正，不是劝进是什么？张四维在十一年四月致仕了，现在的首辅是申时行，神宗把此吕底奏疏交给时行。
“此吕把暧昧之言陷人大罪，”时行说，“诚恐此后谗言大至，非清明之朝所宜有。”
经过几度的争持，此吕、启愚同时去职。这一次奏疏中此吕甚至攻击敬修、嗣修、懋修三人应乡试、会试时的考官，认为阿附居正，又说礼部侍郎何雒文代嗣修、懋修撰殿试策，幸亏时行说：“考官只据文艺，不知姓名，不宜以此为罪，”考官免罪，但是雒文还是解职。
不久以后，御史羊可立追论居正构陷辽庶人宪【火节】。十七年以前的事了，现在重新提起。宪【火节】次妃王氏上疏鸣冤，疏中又说：“庶人金宝万计，尽入居正府矣。”金宝打动神宗的心坎，万历十二年四月诏令查抄居正家产，司礼太监张诚，刑部右侍郎邱橓，及锦衣卫、给事中等奉命前往。左都御史赵锦上疏，言“世宗籍严嵩家，祸延江西诸府，居正私藏未必逮严氏，若加搜索，恐遗害三楚，十倍江西民。且居正诚擅权，非有异志，其翼戴冲圣，夙夜勤劳，四外迭谧，功亦有不容泯者。今其官、荫、赠谥、及诸子官职，并从领革，已足示惩，乞特哀矜，稍宽其罚。”吏部尚书杨巍疏称“居正为顾命辅臣，侍皇上十年，任劳任怨，一念狗马微忠，或亦有之。今……上干阴阳之气，下伤臣庶之心，职等身为大臣，受恩深重，惟愿皇上存天地之心，为尧舜之主，使四海臣民，仰颂圣德，则雷霆之威，雨露之仁，并行而不停矣。此非独职等之心，乃在朝诸臣之心，天下臣民之心也。”一切的言论，神宗照例不听。
刑部侍郎邱橓这一行人从北京出发了。出发以后，邱橓接到在朝几位大臣底书牍。内阁大学士申时行说：“圣德好生，门下必能曲体，不使覆盆有不照之冤，比屋有不辜之累也。冀始终留神，以仰承圣德，俯慰人心。”许国已入内阁了，也说“愿推罪人不孥之义，以成圣主好生之仁，且无令后世议今日轻人而重货也。上累圣德，中亏国体，下失人心，奉旨行事者亦何所辞其责。”最沉痛的是左谕德于慎行底一书，洋洋千言，是传诵一时的文字。他说：江陵殚精毕智，勤劳于国家，阴祸机深，结怨于上下。当其柄政，举朝争颂其功而不敢言其过，今日既败，举朝争索其罪而不敢言其功，皆非情实也。且江陵平生，以法绳天下，而间结以恩，此其所入有限矣。彼以盖世之功自豪，固不甘为污鄙，而以传世之业期其子，又不使滥有交游，其所入又有限矣。若欲根究株连，称塞上命，恐全楚公私，重受其困。又江陵太夫人在堂，八十老母，累然诸子皆书生，不涉世事，籍没之后，必至落魄流离，可为酸楚。望于事宁罪定，疏请于上，乞以聚庐之居，恤以立锥之地，使生者不致为栾、郤之族，死者不致为若敖之鬼，亦上帷盖之仁也。
但是一切的话，邱橓都付之不理。
这一次查抄底动机，当然还是出自神宗。居正当国十年，效忠国家，但是展正所揽驻大权，是神宗的大权。居正当权是神宗的失位，效忠国家便是蔑视皇上。这是最显然的逻辑。所以居正当国十年之中：居正和神宗，站在对立的地位，纵使双方在当时未必意识到，这是一件无可否认的事实。居正死了，神宗开始尝到复仇的滋味。居正的法制推翻了，官荫、赠谥削除了，甚至连诸子的官职都褫革了。张先生、张太嶽、张文忠公这一类的名称都搁起，只是一个平常的张居正。复仇的要求应当感到满足。但是感到满足的只是神宗底一个方面。
神宗是高傲，但是同时也是贪婪。一个小农底外孙，禁不住金银财宝底诱惑。是宪【火节】次妃王氏底聪明呢，还是受到什么暗示？“金宝万计，尽入张府”两句，铸定张宅抄家的命运。明朝底法律，抄家只有三条：（一）谋反，（二）叛逆，及（三）奸党。（见《明史》卷一九三《翟銮传》）居正的罪状属于哪一条呢？不管他，查抄底诏令下来了。许国说：“无令后世议今日轻人而重货；”这才是一针见血之言。
邱橓未到江陵以前，荆州府、江陵县亲自到张宅封门，张宅子女躲到空屋里，不敢出来。没有食物，不要紧，他们只是不敢出来！直到五月初五，邱橓到了，打开宅门，饿死的已经十余口。搜检、拷问，应有的尽有了。居正兄弟和诸子底私藏，都按出来，一共得到黄金万余两，白银十余万两。这是很大的数量，但是问官们还不满意，他们重行拷问，要张家招出寄存宅外的二百万银两，于是又牵上曾省吾、王篆、傅作舟三家。在拷问的当中，敬修自杀；懋修投井不死，不食又不死，侥幸保存一条性命。敬修临死的血书，是这次惨案中一件沉痛的文献，录于次：呜呼，天道无知，似失好生之德，人心难测，罔恤尽瘁之忠。叹解网之无人，嗟缧绁之非罪，虽陈百喙，究莫释夫讥谗，惟誓一死，以申鸣其冤郁。窃先公以甘盘旧眷，简在密勿，其十年辅理之功，唯期奠天下于磐石，既不求誉，亦不恤毁，致有今日之祸；而敬修以长嗣，罹兹闵凶，何敢爱身命而寂无一言也。忆自四月二十一日闻报，二十二日即移居旧宅，男女惊骇之状，惨不忍言。至五月初五日，邱侍郎到府；初七日提敬修面审，其当事噂沓之形，与吏卒咆哮之景，皆生平所未经受者，而况体关三木，首戴幪巾乎！在敬修固不足惜，独是屈坐先公以二百万银数，不知先公自历官以来，清介之声，传播海内，不惟变产竭资不能完，即粉身碎骨亦难充者！且又要诬扳曾确庵（省吾）寄银十五万，王少方（篆）寄银十万，傅大川（作舟）寄银五万，云“从则已，不从则奉天命行事！”恐吓之言，令人胆落。嗟此三家，素皆怨府，患由张门及之，而又以数十万为寄，何其愚也！吾意三家纵贪，不能有此积，亦不能完结此事，吾后日何面目见之，且以敬修为何如人品也。今又以母、子、叔、侄，恐团聚一处，有串通之弊，于初十日，又出牌，追令隔别，不许相聚接语。可怜身名灰灭，骨肉星散，且虑会审之时，罗织锻炼，皆不可测，人非木石，岂能堪此！今幽囚仓室，风雨萧条，青草鸣蛙，实助余之悲悼耳。故告之天地神明，决一瞑而万世不愧。暖乎，人孰不贪生畏死，而敬修遭时如此，度后日决无生路！旷而观之，孔之圣也而死，回之贤也而死，死有重于泰山，有轻于鸿毛者，予于此时，审之熟矣。他如先公在朝有履满之嫌，去位有忧国之虑，惟思顾命之重，以身殉国，不能先几远害，以至于斯，而其功罪，与今日辽藩诬奏事，自有天下后世公论，在敬修不必辩。独其虚坐本家之银，与三家之寄，皆非一时可了之案，则何敢欺天罔人，以为脱祸求生之计。不得已而托之片楮，啮指以明剖心！此帖送各位当道一目，勿谓敬修为匹夫小节，而甘为沟渎之行也。祖宗祭祀，与祖母、老母饘粥，有诸弟在，足以承奉，吾死可决矣。而吾母素受辛苦，吾妻素亦贤淑，次室尚是稚子，俱有烈妇风，闻予之死，料不能自保。尤可痛者，吾有六岁孤儿，焭焭在抱，知亦不能存活也。
五月初十日写完此帖，以期必遂，而梦兆稍吉，因缓。十二日会审，逼勒扳诬，慑以非刑，颐指气使，听其死生，皆由含沙以架奇祸，载鬼以起大狱，此古今宇宙稀有之事。上司愚弄人，而又使我叔侄自愚，何忍，何忍！
邱侍郎、任抚按、活阎王！你也有父母妻子之念，奉天命而来，如得其情，则哀矜勿喜可也，何忍陷人如此酷烈！三尺童子亦皆知而怜之，今不得已，以死明心。呜呼，炯矣黄炉之火，黯如黑水之津，朝露溘然，生平已矣，宁不悲哉！
有便，告知山西蒲州相公张凤盘，今张家事已完结矣，愿他辅佐圣明天于于亿万年也！
关于当时拷问底情形，懋修也有一段记载：有一部堂讯狱日：“汝先大夫与戚帅相结，凡有书问，虽夜中开门递进，意欲何为？莫非反状乎！”
懋修答日：“边烽紧急，宰相或不得坚卧不省。”部堂意阻。（书牍十二《答总兵戚南塘授击土蛮之策书》附注）
经过多次拷问，敬修自缢身死，懋修自杀未遂，居正十六年的政权，最后由敬修、懋修偿还这一笔血债。
敬修这一死，耸动朝廷，申时行和六部大臣疏请从宽处分；刑部尚书潘季驯复言“居正母逾八旬，旦暮莫必其命，乞降特恩宥释。”在这个空气之下，神宗下诏特留空宅一所，田十顷，赡养居正底母亲。辽府一案，也在此时结束了。上谕说：辽府废革，既奉先帝宸断，又无应继之人，着推举亲枝，以本爵奉祀，仍准王归葬原封。抱养子述玺准依亲居住，给与庶粮二百石，本折中半支。（本指本色，折指折价，言实物及代价各半支给也）王氏从厚，援徽府例赡养。张居正诬蔑亲藩，箝制言官，蔽塞朕聪，私占废辽田亩，假以丈量遮饰，骚动海内，专权乱政，同上负恩，谋国不忠，本当斫棺戮尸，念效劳有年，姑免尽法。伊属张居易、张嗣修、张书、张顺，俱令烟瘴地面充军。
神宗和居正说过，“只是看顾先生子孙便了。”是这样地看顾也许没有料到！
张家这一次大祸，当时人以为是高拱陷害，其实高拱死于万历六年，与此事无涉：敬修以为是张四维陷害，但是四维于十一年四月致仕，纵使平时对于居正久积嫌怨，现在也没有报复底机会。一切都由神宗主待。万历十六年冬，吏科给事中李沂上疏，攻击司礼太监张鲸，曾说“流传鲸广献金宝，多方请乞，陛下犹豫未忍断决。中外臣民初未肯信，以为陛下富有四海，岂爱金宝；威如雷霆，岂徇请乞？及见明旨许鲸策励供事，遂谓为真，亏损圣德。”张鲸是神宗特别赏识的内监，攻击冯保的是他，怂恿查抄的是他！神宗看见李沂底疏本，怒极了：他说，“李沂要为冯保、张居正报仇”，立刻下令杖六十，革职为民。为什么这是替张、冯两家报仇呢？攻击居正最力的三位御史李植、羊可立、江东之：李植常和人说：“至尊见我，称我为儿子，看见查抄的宝玩便喜欢。”为什么这样宠爱呢？神宗当然有他底理由。居正自己说过：“念己既忘家殉国，逞恤其他，虽机阱满前，众镞攒体，孤不畏也。”（书牍十《答河漕按院林云源言为事任怨》）居正身后底得祸，本来不在居正底意外。
整个的神宗一朝，更没有称道居正的。嘉宗天启二年，这才想起居正底大功，复原官，予祭葬，张家房产没有变卖的一并发还。思宗崇祯三年，礼部侍郎罗喻义等，为居正讼冤，交给部议以后，这才给还二荫和诰命。十三年，敬修孙同敞再请追复敬修礼部主事并复武荫。思宗复敬修官，并授同敞中书舍人。国家到了艰难的时候，才想起往日的功臣。复官复荫，一切都是激励当日的臣工，但是事情已经太迟了。
然而对于居正底子孙，事情毕竟不算太迟。
居正诸子，自杀的自杀了，充军的充军了。懋修中状元的时候，年二十六岁；（《明贡举考略》卷一）崇祯七年懋修死时，已经八十岁。在事业方面，他没有什么表现，但是居正全集四十六卷的搜集，大半是懋修底功绩。书牍凡例题后云：“留此一段精诚在天壤间，古人所谓知我罪我，先公意在是乎。史家所称为功为过，小于辈何敢避焉。”这是几句有意义的语句。
万历十年，允修回南应乡试，居正死了，允修丁忧，不能入闱，留为终身的遗憾，发还文荫以后，荫尚宝司司丞。崇祯十七年，张献忠底部下，到了江陵，要允修出来做官，允修自杀，（《康熙荆州府志》言不食死。允修孙同奎言自焚死。）留下一首绝命诗：“八十空嗟发已皤，岂知衰骨碎干戈，纯忠事业承先远，捧日肝肠启后多，今夕敢言能报国，他年漫惜未抡科，愿将心化铮铮铁，万死丛中气不磨！”
最激烈的是同敞。思宗十五年，诏命同敞慰问湖广诸壬，顺道调兵云南。同敞事毕以后，北京失陷了，不久南京陷落。同敞走依隆武，隆武复同敞武荫，遣往湖南。他在途中，听说汀州又陷落了，整个的中国，除西南一角以外，都沦陷在敌人手里。同敞这才到广西，投奔永历帝。经过瞿式耜底推荐，永历帝授同敞兵部右侍郎、总督诸路军务。领导中原人民抗清的责任，又落到姓张底肩上。同敞记得曾祖在日，曾经主张用文人为边将；他也记得曾祖曾经说过：“国家或有大事，皇上幸而召臣，朝闻命而夕就道，虽执义荷戈，效死疆場，亦所弗避。”关保底血液，在同敞底脉管里跳动了。跟从明太祖底大纛，推翻元朝的统治是他底始祖；整顿国防，分化鞑靼，最后造成明朝强盛地位的是他底曾祖。同敞抚摩自己底筋骨，真有些自负。但是当时的大局整个变了，明朝只余得这一点残山剩水，败兵孱将；谈什么斗争！内讧、自扰、抵触、牵制：一切都在这个小朝廷里复演，这才是英雄短气的时候。但同敞有的是热血，单凭这一点，他要参加民族底决斗。总督诸路军务只是一个名义，当时的兵权全在将领手里。但是不管他，在一切斗争里，同敞常在前面。前进的时候，一马当先的是同敞；动摇的时候，端坐不动的也是同敞。他渐渐取得一般将士底信任。不幸永历五年，敌人攻进广西，严关失陷，前敌的将土败溃下来，永历帝往梧州去了，桂林的军队也溃了，剩得大学士瞿式耜一人留守，当时的重镇，成为一座空城。恰巧同敞从灵川来，见面以后，式耜和同敞说：“我为留守，当然死在桂林；总督没有守土的责任，你还是去罢！”
“古人耻独为君子，”同敞毅然地说，“相公为什么不让同敞共死呢？”
式耜高兴极了，吩咐剩下的一个老兵进酒，秉烛待旦，和同敞销磨这空城的一夜。第二天敌人进城，式耜、同敞同时被执。式耜说：“我们久已准备了。”敌人要他们投降，他们拒绝；要他们削发为僧，他们也拒绝；他们只要把自己底热血，为民族横流。敌人这才把他们分别幽禁起来。他们底中间是一堵墙，在幽禁的四十几天之内，他们叩着墙壁，赋诗唱和。永历五年闰十一月十七日，敌人把他们杀了。据说在行刑的时候，同敞衣冠整齐，昂然地站着。头颅落地以后，他向前跃起三步，方始躺下。直到现在，桂林东关还留着这一位民族英雄底坟墓。
同敞留下两首有名的诗句：
自诀诗
弥月悲歌待此时，成仁取义有天知，衣冠不改生前制，姓字空留死后思，破碎山河休葬骨，颠连君父未舒眉；魂兮莫指归乡路，直往诸陵拜旧碑。
自誓诗
