万历二年，特敕吏部“慎选提学官，有不称者，令其奏请改黜。”去今已经一年了，但是还没有看到成绩。居正认定惟有控制各省提学官，才可以控制生员，疏称：臣等幼时，犹及见提学官，多海内名流，类能以道自重，不苟徇人，人亦无敢干以私者，士习儒风，犹为近古。近年以来，视此官稍稍轻矣，而人亦罕能有以自重。既无卓行实学，以压服多士之心，则务为虚谭贾誉，卖法养交；甚者公开幸门，明招请托；又惮于巡历，苦于校阅，高座会城，计日待转。以故士习日敝，民伪日滋，以驰骛奔趋为良图，以剽窃渔猎为捷径，居常则德业无称，从仕则功能鲜效，祖宗专官造士之意，骎以沦失，几具员耳。去年仰荷圣明，特敕吏部，慎选提学官，有不称者，令其奏请改黜。其所以敦崇教化，加意人才，意义甚盛。今且一年矣，臣等体访各官，卒未能改于其故，吏部亦未见改黜一人。良以积习日久，振蛊为艰，冷面难施，浮言可畏，奉公守法者，上未必即知，而已被伤于众口，因循颓靡者，上不必即黜，而且博誉于一时：故宁抗朝廷之明诏，而不敢挂流俗之谤议，宁坏公家之法纪，而不敢违私门之请托。盖今之从政者大抵皆然，又不独学校一事而已。（奏疏四《申旧章饬学政以振兴人才疏》）
疏后附列十八款，日标都在振饬当时的学风，列四款于次：
一、圣贤以经术垂训，国家以经术作人，若能体认经书，便是讲明学问，又何必别标门户，聚党空谭！今后各提学官督率教官生儒，务将平日所习经书义理，著实讲求，躬行实践，以需他日之用；不许别创书院，群聚徒党，及号召地方游食无行之徒，空谭废业，因而启奔竞之门，开请托之路。违者：提学御史，听吏部、都察院考察奏黜；提学、按察司官，听巡按御史劾奏；游士人等，许各抚、按衙门，访拿解发。
一、我圣祖设立卧碑，天下利病，诸人皆许直言，惟生员不许。今后生员务遵明禁，除本身切己事情，许家人抱告，有司从公审问，倘有冤抑，即为昭雪，其事不干己，辄便出入衙门，陈说民情，议论官员贤否者，许该管有司申呈提学官，以行止有亏革退。若纠众扛帮，聚至十人以上，骂詈官长，肆行无礼；为首者照例问遣；其余不分人数多少，尽行黜退为民。
一、廪膳、增广，旧有定额，迨后增置附学名色，冒滥居多。今后岁考，务须严加校阅。如有荒疏庸耄，不堪作养者，即行黜退，不许姑息；有捏造流言，思逞报复者，访实拿问，照例发遣。童生必择三场俱通者，始行入学，大府不得过二十人，大州县不得过十五人，如地方乏才，即四、五名亦不为少。若乡宦势豪，干托不遂，暗行中伤者，许径自奏闻处治。
一、生员考试，不谙文理者：廪膳十年以上，发附近去处充吏，六年以上，发本处充吏；增广十年以上，发本处充吏，六年以上，罢黜为民。
这是居正整饬学风的计划；他要打倒游谈之士，所以不许创建书院；他要肃清学霸之源，所以裁减学额；至于禁止纠众，考验文理，固然是明初以来的遗规，但是居正有考成法在手，一切都得实行，因此尽管只是旧话重提，但是重提的旧话，到了万历初年，便增加新的意义，不能再当具文看待。关于书院一方面，到万历七年诏毁天下书院，局势的推演，更加积极：在学额方面，因为考成底关系，有司奉行，也是非常严格。《明史》（卷六十九）《选举志》言：“嘉靖十年，尝下沙汰生员之命，御史杨宜争之而止。万历时张居正当国，遂核减天下生员，督学官奉行太过，童生入学，有一州县仅录一人者。”大致这不是一句诬蔑的话。
假如居正为自己底政治前途打算，关于整顿学风的事，也许还要重行考虑。各个时代有各个时代的领导阶层，得罪这个阶层，往往会发生极大的风波。周武帝灭高齐，统一北方，对于南方的陈国，随时可加扑灭，只因为沙汰沙门，得罪当时的领导阶层，这一群僧侣消极反抗，武帝死后，不过数年，整个的国家移转到一个委琐平庸的杨坚手里，智识阶层，不曾提出一句反抗的呼声。明朝以来，秀才成为当时的领导阶层，政府的官吏，出身于这个阶层，地方的舆论，也操纵在这个阶层底手里。他们固然压迫一般民众；然而一般民众没有机会也没有能力喊出反抗的呼声，民众中的优秀分子，又往往因为知识发展的关系，随时为当时的领导阶层所吸收；因此秀才们不但没有受到民众底反对，反而出乎意外地受到民众底拥护。人民大众的认识没有提高以前，有时会把骑在头上的恶霸，看作领导的人物，何况在居正的时代！居正以前，世宗主张沙汰生员，但是毕竟没有沙汰。居正以后，思宗时，大学土温体仁又提出同样的主张，刑科都给事中傅朝祐立即提出弹劾，疏言体仁“又议裁减茂才（即秀才），国家三百年取士之经，一旦坏于体仁之手，此谓得罪于圣贤。”（《明史》卷二五八《傅朝祐传》）温体仁固然是一个庸人，但是主张裁减生员，何尝得罪于圣贤？孔子尝为乘田、委吏，盂子也说“往役、义也”。孔子、孟子没有造成特权阶层，也没有提出领米免役的要求，为什么主张裁减生员，为民众减轻负担，为公家平均劳役，就算是得罪圣贤呢？傅朝祐底议论，只是拥护特权阶层底既得权利，不肯放弃。
居正提出整顿学风的计划，正是抱了最大的决心。万历八年，他曾经说起：
秉公执法，乃不谷所望于执事者，欲称厥职，但力行此四字足矣。至于浮言私议，人情必不能免。虽然，不容何病！不容然后见君子。不谷弃家忘躯，以徇国家之事，而议者犹或非之，然不谷持之愈力，略不少回，故得少有建立。得失毁誉关头，若打不破，天下事无一可为者，愿吾贤勉之而已。（书牍十二《答南学院李公言得失毁誉》）
这封信中，大致也是关于整顿学政的事，居正抱定宗旨，打破得失毁誉关头，所以能有当日的成功，也正因为他不顾人情物议，所以不免招致身后的诋毁。
万历三年五月，还有一次辽东报警的事。“属夷”传来的消息，鞑靼武士又出动了。这一次的主谋是土蛮，他纠集青把都，率同二十余万骑土，准备向辽东开发。消息紧张的了不得。辽东巡抚立刻申报兵部，敌人已经开到大宁，所以请兵请粮，一刻也缓不得。兵部尚书谭纶随即上奏。神宗虽然只有十三岁，但是对于国家大事，不容他不关心。惊惶极了，他问居正怎样办。
“请皇上宽心，”居正说。“暑天不是敌人猖狂的时候，大致不会有什么大事。”
居正尽管这样地宽慰神宗，但是言官们已经惊动了。一位给事中上疏，主张防守京城，浚濠堑，掘战坑：他恨不得立刻宣布戒严。居正悠悠地回想到隆庆四年李春芳、赵贞吉那一番仓皇失措的情形。他叹了一口气，但是同时也吩咐蓟镇戚继光和宣府巡抚吴兑打听虚实。不久，继光底报告来了，据说鞑靼诸部“酋长”，久已解散，没有集合的行动。吴兑更说青把都始终没有出动，更谈不到进兵辽东。居正底估计没有错，一切只是虚报。但是北京城里的空气，从五月以来，已经紧张了好久。秋天到了，又是准备秋防的时候。居正上《论边事疏》：夫兵家之要，必知彼己，审虚实，而后可以待敌，可以取胜。今无端听一讹传之言，遽尔仓皇失措，至上动九重之忧，下骇四方之听，则是彼己虚实，茫然不知，徒借听于传闻耳，其与风声鹤唳、草木皆兵者何异？似此举措，岂能应敌？且近日虏情狡诈，万一彼尝以虚声恐我，使我惊惶，疲于奔命，久之懈弛不备，然后卒然而至，措手不及，是在彼反得“先声后实，多方以误之”之策，而在我顾犯不知彼己，百战百败之道，他日边臣失事，必由于此。故臣等不以虏之不来为喜，而深以边臣之不知虏情为虑也。兵部以居中调度为职，尤贵审察机宜，沈谋果断，乃能折冲樽俎，坐而制胜。今一闻奏报，遂尔张皇，事已之后，又寂无一语，徒使君父日焦劳于上，以忧四方，而该部以题复公牍，谓足以了本部之事耳。臣等谓宜特谕该部，诘以虏情虚实之由，使之知警。且秋防在迩，蓟、辽之间，近日既为虚声所动，征调疲困，恐因而懈怠，或至疏虞，尤不可不一儆戒之也。（奏疏四《论边事疏》）
万历三年六月命各省巡抚及巡按御史，对于有司贤否，一体荐、劾，不得偏重甲科。这也是整顿吏治的一个表现。明初用人的制度，分为三途；第一是进士，第二是举人、贡生，第三是吏员。这是所谓“三途并用”。后来因为长官都是进士出身，进土出身的官员，特别蒙到关切，举人、贡生出身的，已受歧视，更谈不到吏员出身了。于是吏员上进无门，自甘暴弃，就是举贡也决不轻易就职，他们惟一的目标，是考进土，考中了便是甲科出身，日后自有合理的发展，考不中，他们准备三年以后重考。如此一科又一科，精神才力，完全消在故纸堆中。浪费精力，埋没人材，科举制遂成为大害。隆庆年间，高拱提议，明初举人为名臣者甚众，以后偏重进士，轻视举人，积弊日甚，请求自今以后，惟论政绩，不论出身。这是一个有见地的提议，但是没有实行。隆庆四年，吏科给事中贾三近上言：“抚、按诸臣遇州、县长吏，率重甲科而轻乡举：同一宽也，在进士则为‘抚字’，在举人则为‘姑息’；同一严也，在进士则为‘精明’，在举人则为‘苛戾’。是以为举人者，非华颠豁齿，不就选人，或裹足毁裳，息心仕进。夫乡举岂乏才良，宜令勉就是途，因行激劝。（《明史》卷二二七《贾三近传》）贾三近底奏疏，穆宗也曾批准，但是实际上这个计划没有实现。这两件事，居正都在大学士任内看到，现在自己当国，更积极地要想实现，但是即在居正任内，并没有显著的效果，居正身后，当然更谈不到。科举的制度，永远成为整顿吏治的障碍。
隆庆六年六月以后，内阁只有居正和吕调阳两人，到现在三年了。万历三年八月，居正疏请增加阁员。御批，“卿等推堪是任的来看。”居正推荐吏部左侍郎张四维及马自强、申时行二人入阁。御批“张四维升礼部尚书兼东阁大学士，著随元辅等在内阁办事”，因此四维在内阁中，名为居正底同僚，其实只是居正底属员。首辅底权力，无形中又提高一层。
张四维字子维，蒲州人，嘉靖三十二年进士。他是杨博底同乡，王崇古底外甥，和居正也有相当的关系。这是一个有办法，能忍耐，而且舍得化钱的人，因此在宦途上，得到许多意外的方便。隆庆年间，是一个盛谈边务的时期，四维当然很清楚，以后俺答封贡事起，朝议未定，奔走关说，主张封贡的便是四维，因此深得高拱底器重。高拱准备引进四维入阁，以致引起高拱、殷士儋间的冲突。其后四维也因为言官弹劾，乞假家居。但他和当道要人，还是不断地连络。隆庆六年，高拱失败，这是四维潜伏的时期了，但是因为王崇古底关系，不久他和居正又发生联系。四维知道政治中枢，还有冯保和慈圣太后，于是他再连络冯保和李太后底父亲、武清伯李伟。万历二年，四维入京，以翰林学土掌詹事府，不久改吏部左待郎，三年八月，改礼部尚书兼东阁大学士，入阁办事。做官的欲望，当然满足了。至于争权，四维很清楚，在居正当国的时候，谈不到争权。吕调阳入阁三年了，除在内阁公本照例署名，以及每逢庆典，照例进官、蒙赏以外，还有什么？四维知道自己只是“随元辅办事”。这是圣旨，也不妨说是一个条件。大学士固然名为大学士，其实只是居正底一条尾巴。在这一点，居正和四维成立一种默契。但是居正没有看清忠厚的人和才华的人究竟有些不同。忠厚的人如吕调阳，也许可以遵守这个默契，并不感觉痛苦；才华的人如张四维，便完全两样了。他遵守这个默契，但是心里却充满怨愤。他不甘做尾巴，然而他只能做尾巴。他底恭谨，只能增加他底仇视。这便成为居正身后，四维极力报复底张本。万历十年，居正逝世；十一年抄家，他底长子敬修自杀，在他底血书后面写着：“有便，告知山西蒲州相公张凤盘，（四维别号）今张家事（敬修自指）已完结矣，愿他辅佐圣明天子于亿万年也。”到了这时，敬修才知道四维是自己一家底大仇，但是在居正生前，居正只觉得四维是一个恭谨的同僚。
万历三年，在江浙海外，发生一次小规模的国际战事。嘉靖中年，是倭寇猖獗的时代。经过谭纶、俞大猷、戚继光、刘显这一群人戡定以后，大局稍为安静，但是小股的倭寇，还是不断地扰乱，隆庆年间，广东方面的动乱，也有倭寇参加的踪迹。中国和日本是接近的邻国，本来应当好好相处，为国际争取和平，为人民争取幸福，但是那时双方的统治阶级，都没有认识这个道理。远在北京的皇帝，高高在上，没有贯彻保卫祖国的职责；而日本方面，无数的封建主，一边率领虏掠成性的武士，一边勾结中国沿海的汉奸，不断向大陆进攻。这是当时中国和日本相处的情势。居正也曾说到中国和日本的关系：倭奴自元以来，为中国患。元尝以十万人，从海征之，舟泊其境，值海风大作，十万人没于海。本朝有天下，四夷君长，靡不向风，独倭王良怀不奉朝贡，寇掠直、浙，至遣某某等募兵船以御之，沿海诸郡俱罹其苦。洪武十四年，高皇帝命礼部移书，责其国王，亦只言天道祸福之理以导之耳，终不能一加兵于其国。是以其人骄悍狡诈，谓中国无如之何。侵侮之渐，有自来也。（文集十一《杂著》）
居正看到日本底祸害，但是居正认识当时国家底敌人，还是北方的鞑靼，所以在“北边第一”的口号下面，对于倭寇，谈不到根本解决，只能对于沿海督抚，尤其苏、浙、闽、广诸省，加以不断的戒饬。他底计划是用兵船巡弋近海，随时和倭寇在海面决战。万历三年，倭寇又到江浙海外黑水洋一带了。应天巡抚宋仪望调兵船和他开战，打了一个胜仗，居正一边奏请加官，一边致书奖励，同时警戒浙江巡抚谢鹏举。他说：近年海寇息警，人心颇懈，仆窃以为忧，故昨年拟旨申饬。赖公伟略，起而振之。今果能一战而胜之，不俟登岸而遏之于外洋，功尤奇矣。天下事岂不贵豫哉！慰甚。彼前锋既折，必不敢窥吴，祸当中于浙矣。（书牍七《答应天抚院宋阳山言防倭》）
浙无倭患久矣，一旦联舟突犯，必有勾引之好。且地方安恬日久，骤寻干戈，恐无以待寇，幸折以忠义，鼓以赏罚，悉力一创之，庶将来不敢再窥。亟剿此寇，然后徐究其祸本而除之，可也。浙人咸云：“谢公非用武之才，恐不能了此事。”仆日，“不然，谢公沈毅有远虑，贼不足患也。”愿公勉就勋庸，以副鄙望。（同卷《答浙抚谢松屏言防倭》）
万历三年，居正决心整顿驿递，这也是居正招怨的一件大事。
明代从北京到各省的交通干线都有驿站，驿站是当时的惟一交通制度。驿站有主管官吏，有马，有驴，有夫役；水驿有红船，有水夫：都很完备。马、驴从哪里来？马、驴来自民间。船只从哪里来？船只也来自民间。马、驴底草料，船只底装备，莫不来自民间。民间还要按粮出夫，马夫、水夫当然也来自民间，自备工食，三年一轮，周而复始。除开马夫、水夫以外，各驿还有馆户，专为过往人等，治造饭食，不许片刻稽留：当然馆户也是来自民间，自备工食。最初的时候，夫役还享到免粮的特权，从嘉靖二十七年议准以后，连这一点特权也取消，于是夫役不仅没有权利，只有义务，而且还要供给马、驴、红船以及其他必要的配备。交通干线附近的人民，实际成为国家底奴役，他们底地位，甚至落到清代的乌拉娃子以下。
对于交通干线附近的人民，这不能不算一种虐政，但是国家如此庞大，为维持中央和各省的交通起见，在交通工具尚未发达以前，驿站制度，纵是需要合理的调整，不是没有存在的理由。一切全看这个制度底运用。太祖时代，关于使用驿站的规定，非常严密，非有军国大事，没有使用的权利，即是公、侯、驸马、都督奉命出差的时候，也只许随带从人一名。所以驿站制度虽然存在，人民的痛苦，还得到一些缓和。有一次，吉安侯陆仲亨从陕西回京，擅行使用驿站车马，给太祖知道了，太祖痛责道：中原兵燹以后，百姓开始复业，买马出丁，非常艰苦。倘使大家和你一样，民间卖儿鬻女，也供给不起啊！
太祖时代究竟是老远的过去了。以后的条例，便逐日地宽大！太祖时代，给驿条例只有六条：到嘉靖三十七年，便扩充到五十一条。五十一条的使用者，都有勘合，现代称为护照。勘合分为五等：温、良、恭、俭、让。北京的勘合由兵部发出，各省的勘合由巡抚和巡按发出。填发的机关，总算还有相当的限制；但是在填发的时候，便来一个宽大的作风！兵部可以填发勘合送人，各省也可填发勘合送人。领用勘合的人，没有缴还的限期，一张勘合，成为终身的护照，而且自己不用，还可转赠旁人，姓名不合，更不妨洗去重填。宽大之外，还有宽大！交通干线附近的人民，真是民不聊生。领用勘合的官员，大都既不温良，也不恭俭，更谈不到让；勘合底五个号码，只成为刻骨的讽刺。官员到了驿站以后，百般需索。他们要粮食，要柴炭，要酒席，要疏菜，要夫，要马。有时在拉到夫马以后，人民也可按照道路远近，讲明价值，经过一番磋商，索性缴纳银两，放走了事。于是官员们在沿站滋扰以外，连带也成为掳人勒赎的强盗。这一点，官员们久已视为他们应有的特权。在宽大的政体之下，没有人敢于侵犯他们底特权，以至引起自身底不利。
直到万历三年，居正提出整顿驿递的计划：
凡官员人等非奉公差，不许借行勘合；非系军务，不许擅用金鼓旗号。虽系公差人员，若轿扛夫马过溢本数者，不问是何衙门，俱不许应付。抚、按有违明旨，不行清查，兵部该科指实参治。若部、科相率欺隐，一体治罪。
抚、按、司、府各衙门所属官员，不许托故远行参谒，经扰驿递；违者抚、按参究。
有驿州、县，过往使客，该驿供送应得廪粮蔬莱，州、县止送油烛柴炭，不许重送下程纸札，如有借此科敛者，听抚、按官参究。
凡经过官员有勘合者，夫马中火，止令驿递应付，有司不许擅派里甲。其州、县、司、府官朝觐，给由入京，除本官额编门皂，量行带用外，不许分外又在里甲派取长行夫、马，及因而计路远近，折干入己。
凡官员经由地方，系京职方面以上者，虽无勘合，亦令巡路兵快防护出境，仍许住宿公馆，量给薪水烛炭，不许办送下程心红纸札，及折席折币礼物。
凡内外各官丁忧、起复、给由、升转、改调、到任等项，俱不给勘合，不许驰驿。（万历本《明会典》卷一四八）
这年又规定自京往外省者，由兵部给内勘合；其中仍须回京者，回京之日缴还勘合；无须回京者，即将该项勘合，缴所到省分抚、按衙门，年终一并缴回兵部。自外省入京者，由抚、按衙门给外勘合，至京以后，一并缴部，其中有须回省者，另由兵部于回省之日换给内勘合。
居正底规定，较之太祖时代的给驿条例，已经太宽，但是从太祖到神宗，这二百年间，整个的时代变了，一切只能做到“去泰去甚”。就是这样的规定，也还有成为具文的危险，嘉靖、隆庆年间，都曾有过类似的规定，其后只成一张废纸！但是居正手中有的是考成法，他用六科控制抚、按，用内阁控制六科，章程、条例都要切实执行，不容成为具文，这是考成法底作用。
对于万历三年整顿驿递的心情，居正自己说过：
近来驿递困敝至极，主上赫然思以厘振之，明旨屡饬，不啻三令五申矣，而犹不信！承教，谓外而方面，内而部属以上，凡得遣牌行者，有司不敢不一一应付。若如近旨，但无勘合者，皆不应付，则可尽复祖宗之旧，苏罢困之民。夫有司官卑，岂敢与大官相抗，所赖以行法振弊者，全在抚、按耳。抚、按官狃于故常，牵于私意，而责有司以奉法令，抗大官，势不能也。朝廷欲法之行，惟责之抚、按，不责之有司。异日倘有犯者，或别有所闻，则抗命之罪，必当有归。（书牍九《答总宪李渐庵言驿递条编任怨》）
丈田、赈饥、驿传诸议，读之再三，心快然如有所获。盖治理之道，莫要于安民。究观前代，孰不以百姓安乐而阜康，闾阎愁苦而危乱者？当嘉靖中年，商贾在位，货财上流，百姓嗷嗷，莫必其命，比时景象，曾有异于汉、唐之末世乎？幸赖祖宗德泽深厚，民心爱戴已久，仅免危亡耳。隆庆间，仕路稍清，民始帖席，而纪纲不振，弊习尚存，虚文日繁，实惠日寡。天启圣明，虽在幼冲，留心治理。仆每思本朝立国规模，章程法度，尽善尽美，远过汉、唐，至于宋之懦弱牵制，尤难并语。今不必复有纷更，惟仰法我高皇帝怀保小民一念，用以对越上帝，奠安国本耳。故自受事以来，凡朝夕之所入告，教令之所敷布，惓惓以是为务，锄强戮凶，剔奸厘弊，有不得已而用威者，惟欲以安民而已。奸人不便于己，猥言时政苛猛，以摇惑众听；而迂阔虚谈之土，动引晚宋衰乱之政，以抑损上德，矫扞文罔，不知我祖宗神威圣德，元与宋不同，哺糟拾余，无裨实用，徒以惠奸宄贼良民耳。（书牍十二《答福建巡抚耿楚侗言致理安民》）
驿递条例既经整顿，以后便是执行的事了。居正认定这是一件致理安民的大业，所以始终没有放松。执行底时候，当然从自己做起。儿于回江陵应试，吩咐儿子自己雇车；父亲过生日，吩咐仆人背着寿礼，骑驴回里祝寿。万历八年，居正次弟居敬病重，回里调理，保定巡抚张卤发出勘合，居正随即缴还，并附去一封信：亡弟南归，辱给勘合，谨缴纳。禁例申严，顷有顽仆擅行飞票，骑坐官马，即擒送锦衣，榜之至百，其同行者，俱发原籍官司重究矣。仰惟皇上子惠穷民，加意驿传，前遣皇亲于武当祈嗣，亦不敢乘传，往来皆宿食逆旅，盖上之约己厚民如此。仆忝在执政，欲为朝廷行法，不敢不以身先之。小儿去岁归试，一毫不敢惊扰有司，此台下所亲见，即亡弟归，亦皆厚给募资，不意又烦垂怜也。此后望俯谅鄙愚，家人往来，有妄意干泽者，即烦擒治，仍乞示知，以便查处，勿曲徇其请，以重仆违法之罪也。前奉旨查朝觐官遣牌驰驿者，久不闻奏报，辱在知厚，敢以直告。（书牍十二《答保定巡抚张浒东》）
惟有始终不懈，从自己做起，才算得“综核名实”，这是居正给我们的教训。在整顿驿递底当中，一切都从大官做起。外勘合由抚、按衙门发出，所以便先行整顿抚、按。甘肃巡抚侯东莱底儿子擅行驰驿，言官提出弹劾了。甘肃虽然不是最吃紧的地方，但是究在北边，而且东莱是一个应付鞑靼号称得力的边臣。居正确实感到一点困难，但是不能因为一个巡抚底原故，破坏国家底定法。没奈何，把东莱底儿子应得的官荫革去了，以后再慢慢地设法补救。保定巡抚张卤奉到居正底催促，恰好保定正在交通干线底要点，只得实行稽查。他发现违反规定的，一共十几人，一齐都奏报上去。这一次太严重了，居正只得稍行容忍，先把太仆寺和太原府的官员处分一下。他和张卤说：两承翰示，一一领悉。前奉明旨所查，惟朝觐遣牌驰驿者，即所参苑寺、太原二人，亦足以应诏矣。若概及其他，恐干连人众，所伤者多。今姑为隐涵，后若再犯，即达官显贵，亦不能少贷矣。旧染颓俗，久难骤变，彼顽梗玩肆之人，以为法虽如是，未必行也，今量处数人，以示大信于天下，庶几有所惮而不敢犯乎！然惟在各抚、按以实奉行，不敢废格诏令可耳。今台谏诸君屡奉严旨诘责，常虑无以塞明诏，苟搜得一事，如获奇宝，一经指摘，声价颇损，故愿诸公之毋舍己以徇人也。至于三司官在本省地方，夫马廪饩，用之自不为过，惟出境则不可。若宣大之于蓟辽，则地隔两境，各有军门统属，自难以相通。若奉敕者，则不在此例矣。（书牍十二《答顺天张巡抚》）
这一次的处分，有一点出人意外的，是太原府知府上书兵部和都察院，声明并非本人有意违例，因为山西巡抚派人护送，所以竟在省外使用驿站车马。责任落到山西巡抚身上。居正当然犯不着因为这个问题，动摇边疆大臣，所以只得去信加以严重的诰诫：太原守投揭部、院，自辩驰驿非其本意，悉由相知者差人护送。都台即欲据揭并参，不谷喻之乃止。原揭奉览。盖闻智者不先人而后己也，仁者不危身以邀恩也。夫各抚、按、司、道之公背明旨，而以传驿徇人也，冀以避怨而施德也，今既不施德于人，而又有累于己，岂不两失之乎？仁智者不为也。公尝告我曰，“今内之纪纲政事，已觉振肃，而外之吏治民风，尚未丕变，则诸大吏不以实奉行之故也。”不谷深韪其言。今若此，未可谓之奉法也！以公之高明强毅，而犹若此，况其他乎？已矣乎，吾无望于人已！恃在知厚，直献其愚。诗云，“他山之石，可以攻玉。”幸惟原谅。（同卷《答山西徐巡抚》）
整顿驿递，当然不是一年的事。最感觉棘手的是内监和衍圣公。内监是宫内的亲信，轻易干涉不得。居正只得吩咐他们底领袖去设法。（见书牍十二《答南京守备枢使乔诚斋》）衍圣公是孔子六十四代孙尚贤。大圣底后人，因此更应为世表率，偏偏尚贤忘去这一点。每年衍圣公自曲阜入京朝贡，沿途骚扰不堪。山东布政据实直告居正。居正说：承示大监、圣公横索驿递。今内官、勋臣小有违犯，动被绳治，而圣公所过，百姓如被虏贼，有司亦莫之谁何，以其为先圣之后也。夫圣人秉礼为教，志在从周，假令生今之时，亦必斤斤守朝廷之法，不可逾越，况其后裔乎？后若再行骚扰，亦宜一体参究，庶为持法之公也。（书牍十二《答藩伯徐中台》）
这是万历八年的事。次年，衍圣公家庭发生风波，尚贤底庶母郭氏攻歼尚贤，朝廷派员查勘。一面由居正和山东巡抚何起鸣把衍圣公每年入朝底故事，重行商定。居正说：中间处分孔氏朝贡一节，极为得中。然仆窃以为今亲王俱不朝贡，孔氏何必亲行？朝廷亦不必借此为重。渠每岁一行，族人佃户，科派骚扰，不胜劳苦，沿途生事百端，军民避之，无异夷虏，及至京师，淹留数月，待私货卖尽，然后启行，此岂为观光修贡者耶？窃以为宜如王府例，每岁只差人进马入贺，不必亲行；或当朝觐之年，预期奏请，得旨而后行，亦为简便。公如以为可，疏请之。若今岁，则彼听勘未结，自不宜来矣。（书牍十三《答山东巡抚何莱山》）
商定底结果，衍圣公入朝定为三年一次。这样一来，对于衍圣公底走私夹带，当然不免发生稍许的不便，但是交通干线附近的居民，却减少了不少的惊惶。
万历三年，发生了水利问题；这一年旧事重提，再行发动疏凿泇河和胶莱河，这两件事，居正都尽了最大的努力，但是都没有成功。本来明朝的水利问题，集中在黄河，这不是因为明朝人对于水利有特别的兴趣，而是因为政治和军事的关系，不能不着重漕运；着重漕运，便不能不着重黄河。明朝的京城在北京，整个的国防形胜，也着重在北边，因此每年由南而北的漕运四百万石，成为国家底生命线。隆庆六年，居正曾和港运总督王宗沐说过：今方内乂安，所可虑者，河漕为最。兹赖公之力，经理十七，江、淮之粟，方舟而至，来岁新运，又已戒期，计三年之后，京师之粟，将不可胜食矣，欣慰欣慰。（书牍四《答河漕总督王敬所》）
万历元年，四百万石又安稳地北上，居正又说：
四百万军储江、海并运，洪涛飞越，若涉平津，自仆有知以来，实未见有如是之盛者。一日侍上，语及今岁漕事，天颜喜悦，殿上侍臣，咸呼万岁。仆因推言，此皆督臣之功也，宜加懋赏，重任之。上深以为然。（书牍五《答河漕王敬所言漕运》）
次年，漕运还是如期北上，居正说起：
辱示知：运艘已于三月十一日，尽数过淮，无任忻慰。闻度江遇风，谅无大损，若前途通利，则额赋可以毕达，国储可以日裕矣。今计太仓之粟，一千三百余万石，可支五、六年。鄙意欲俟十年之上，当别有处分，今固未敢言也。（书牍六《答河漕王敬所》）
居正方作国储充实以后的计划，就在这一年，黄河在邳州决口，淮河也决口。万历三年，黄河又在砀山决口，黄水不断南流，一部分由淮安入运，直灌长江，淮、扬一带因此发生极大的恐慌。但是当局底注意还是集中运道。这时从宿迁到韩庄的运河还没有，从淮安到宿迁，再从宿迁到徐州茶城，黄河就是运河，明朝人称为“借黄为运”，在借黄为运的情形下面，黄河底通塞，和漕运有关，也就和国防有关。明朝人治河有几条牢不可破的原则。第一，黄河到开封以后，不许向北，因为向北便不能向南，淮、徐一线的漕运便发生问题。第二，黄河到徐州以后，不许向南，因为向南便影响明朝凤、泗一带的祖墓。第三，即使在这个范围以内，也不许轻易改道，因为改道便会发生浅滩，必然妨碍粮艘向北，空船回南的路线。在这几个原则之下，明人对于洪水横流，挟沙俱下的黄河，只有夹岸筑堤以防黄水底溃决。他们筑堤的技术非常发达，单就堤岸的名称，便有遥堤、缕堤、月堤、格堤底不同，但是最后总有横溃的一日。黄河屡次决口，河水流入运河，复在高邮决口。事态严重极了，种种的主张都提出，一切等待居正解决。
居正只有给河道总督傅希挚去信。万历二年，他说：
近闻淮、扬士大夫言海口益淤，以故河流横决四溢，今不治，则河且决而入于江，维扬巨浸矣。又有言前议筑遥堤为不便者。其说皆信否？从未行此道，不知利害所归，望公熟计其便，裁教。幸甚。（书牍六《与河道傅后川》）
希挚底复信来了，居正觉到游移，又去一信：
辱示《治河议》，一一领悉，但据公所言，皆为未定之论。海口既不可开；遥堤又不必筑；开泇口，则恐工巨之难；疏草湾，又虑安东之贻患。然则，必如何而后为便乎？愿闻至当归一之论，人告于上而行之。（同上《答傅后川议河道》）
最后希挚决定请求重开泇河。泇河二源，一出峄县，一出费县，称为东、西二泇河。隆庆四年，翁大立总理河道的时候，就提议开泇河，他主张上通微山、赤山等湖，中贯东、西泇河，下合沂水，过宿迁骆马湖，再人黄河。在隆庆万历年间，称为新水道，其实就是现在韩庄、宿迁间的运河水道。这一个计划《明史》称为“引泗合沂”，当然不是专指泇河本身。大立底计划没有实现，希挚重行提出。万历三年二月，希挚疏称：“治河当视其大势，虑患务求其永图。顷见徐、邳一带河身垫淤，壅决变徙之患，不在今秋则在来岁，……臣日夜忧惧，悉心讲求。禹之治水，顺水之性耳；今以资河为漕，故强水之性以从吾，虽神禹亦难底绩。惟开创泇河，置黄河于度外，庶为永图耳。”他提出工程计划，最后说，“若拚十年治河之费，以成泇河，泇河既成，黄河无虑溃决矣，茶城无虑填淤矣，二洪无虑艰险矣，运艘无虑漂损矣，洋山之支河可无开，境山之闸座可无建，徐口之洪夫可尽省，马家桥之堤工可中辍，今日不赀之费，他日所有省，尚有余抵也。故臣以为开泇河便。”奏疏上去以后，发户、工二部看议，工科都给事中侯于赵请求召集廷臣会议。居正认定会议只是虚文，一面奏派于赵和希挚会勘，一面再给希挚去信：开河之策，议在必行，但以事体重大，且此中有言其费度七、八百万乃足者，岂其然乎！故请差科臣会勘，徒以息呶呶之口耳。此事先年诸臣，亦知其便利，独以艰大之任，惮于承肩。今公赤忠，身任其责，更复何疑，愿坚持初意，勿夺群言。其中事体，亦须详慎，期在万全无害可也。（书牍七《答河道总督王敬所》。按王敬所三字误题）
于、赵勘后，认定要开泇河，势必经过良城，良城伏石实勘五百五十丈，开凿之力，难以逆料。户部又谓“正河有目前之患，而泇河非数年不成，故治河为急，开泇为缓。”居正准备承肩“艰大之任”，但是户、工二部都不赞同，希挚底态度，又不坚决，事情只得搁下。万历三年六月，奉旨：侯于赵等所奏，与傅希挚原议，大不相同。傅希挚久历河道，他当初若无的见，岂敢谩兴此役，此必该道等官，畏工久羁官，故难其说，阴肆阻挠。勘官据其所言，谩尔回奏，其言先开良城伏石，徐议兴工，都是搪塞了事之语，深负委托。今人平日都会说利道害，沽名任事，及至着落他实干，便百计推诿，只图优游无事，捱日待时，讵肯视国如家，忠谋远虑者？似这等人，如何靠得他成功济事？且泇口之议，止欲通漕，非欲弃河而不理，今他每既说治河即可以兼漕，便着他一意治河，别工不必再议。
万历三年开泇河的计划失败了。直到万历三十二年，总河侍郎李化龙、曹时聘底手里，才能完成。每年三月，粮船由泇河北上，秋天以后，空船仍由黄河南下，泇河、黄河，成为徐州、宿迁间往还分途的水道。但是居正没有看到！居正所看到的，只是一个大计划底失败。三年六月的上谕，充满焦急和愤恨，我们不难想象是谁底手笔。
开泇河的计划失败了，四百万石的漕粮，重行寄托给全无把握的黄河。国家底运命，真是非常地渺茫，居正方在踌躇着。这年九月，南京工部尚书刘应节，右侍郎徐栻上疏请开胶莱河。这两位都是居正底同年，尤其是刘应节，在他任蓟辽总督的时候，居正曾经和他有过不少的磋商。应节，山东潍县人，对于胶莱一带的情形，更应当熟悉。居正记得隆庆五年，自己曾经反对胶莱新河的计划，曾经虑到水泉难济，但是现在的情形不同。黄河屡次决口，泇河计划不成，除勘探胶莱新河以外，他没有其他的办法，而且经过几年以来的开源节流，在经费方面，他有相当的把握。所以他毅然地不待复勘，派徐栻前往山东开浚，会同山东巡抚李世达办理，一面再嘱世达极力协助。他对应节、徐栻、世达等说起：胶河之可开，凡有心于国家者皆知之，独贵乡人以为不便，皆私己之言也。读大疏具见忘私徇国之忠，已奉旨允行。又承教，凤竹公（徐栻）肯身任之，尤为难得，今即以属之。渐庵（李世达）亦曾有疏云，开泇口不若疏胶河。故宜与之会同，且委用属吏，量派夫役，亦必借其力以共济也。至于一应疏凿事宜，及工费多寡，俱俟凤竹公亲履其地，次第条奏。其河道官属钱粮，俱不必与之干涉，以破其弃河不治之说，庶浮言不能兴，大事可就也。（书牍七《答河漕刘百川言开胶河》。按题衔误。）
胶河之可开，凡有心于国家者皆知之，乃竟为浮议所阻者，其端有二。一则山东之人，畏兴大役，有科派之扰，又恐漕渠一开，官民船只，乘便别行，则临清一带，商贩自稀，此昔年之说。一则恐漕渠既开，粮运无阻，将轻视河患，而不为之理，此近年之说也。凡此皆私己之言，非公天下之虑也。今当决计行之，无事再勘。仆尝念此，惟以不得任事之人为虑。昨奉百川公书，公雅不辞劳，审尔，大事济矣。已即面奏于上，特以属公。前得山东抚台李公书，谓开泇口不如疏胶河，意与公合，故宜会同，且委用属吏，量派夫役，亦必借其力以共济也。诸疏凿、造船事宜，及工费多寡，俱俟公亲履其地，一一条奏。其河道官属、钱粮等项，俱绝不与之干涉，以破其弃河不治之说，庶浮言不兴，大工可就也。夫世必有非常之人，然后有非常之功，然又必遇非常之时，而后其功可成。故曰，“非常之原，黎民惑焉。”今主上英明天启，志欲有为，而公以非常之才，适遘此时，可不努力以建非常之业乎？大功克成，当虚揆席以待。（同卷《答河道徐凤竹》。按题衔误）
向承教胶河事，时方议凿泇口，未逞论也。今泇口既罢，刘、徐二司空复议及此，适与公议合，故特属之。望公协恭熟计，共济此事。仆以浅薄，谬膺重寄，主上虚己而任之，自受事以来，昼作夜思，寝不寐，食不甘，以忧国家之事，三年于此矣。今朝廷大政幸已略举，惟清河、宗室，未得其理。宗室事巨，不敢轻动，清河则宜及今图之。了此一二大事，仆即纳管钥，稽首归政，乞骸而去矣。千金之裘，非一狐之腋，所望海内英哲，共助不逮。（同卷《答山东抚院李渐庵，言吏治河漕》）
万历三年，胶莱新河底开凿，是一件最迫切的事。神宗上谕：“这胶莱河议，即经行勘，俱为浮议所阻，刘应节等既的有所见，不必复勘。就着徐栻改工部右侍郎兼都察院右佥都御吏，会同山东抚按官，将开浚事宜，一一计处停当，具奏来行。朝廷屡议开河，止为通漕，与治河事务不相干涉，再有造言阻挠的，拿来重处。”在这道上谕后面，我们看到居正具了最大的决心。居正对于运河工程，不一定明白，但是他假定刘应节、徐栻应当明白，再加以李世达底赞同，他认为成功的希望，可以看到，所以排除一切障碍，集合一切力量，为国家开辟新水道，替四百万石漕粮找一条安全的交通线。
但是这一次又是一度严重的失败。山东方面，一则惟恐运河改道，对于西部的繁荣，发生影响；二则眼见开凿新河，东部的劳役，非常烦重：山东的舆论动摇了，山东巡抚李世达也动摇了，连带徐栻也起了动摇。居正立刻去信：仆闻疑事无功，疑行无名，明主方励精图治，询事考成，岂宜以未定之议，尝试朝廷哉？神禹大智，犹必亲乘四载，遍历九土，至于手足胼胝，而后能成功。方其凿龙门之时，民皆拾瓦砾以击之。盖众庶之情，莫不欲苟安于无事，而保身自便者，孰肯淹留辛苦于泥涂横潦之中，此众议之所以纷纷也。愿公主之以刚断，持之以必行，心乎为国，毕智竭忠，以成不朽之功。凡粘滞顾忌，调停人情之说，一切勿怀之于中，又亲历工所，揆虑相度，分任责成。若惮劳不亲细事，徒寄耳目于人，则纷纷之议，将日闻于耳，虽勉强图之，亦具文而已，决不能济也，幸公熟图之。若果未能坚持初意，恐拂众心，则亦宜明告于上，以谢昔建议之为非，而后重负可释耳。此国之大事，不敢不尽其愚，幸惟鉴有。（同卷《答河道徐风竹》按题衔误。）
这是万历三年冬间的事。四年正月，徐栻奏称估计凿山引水，筑堤建闸，工费该银九十余万。在国家岁出岁人，都在三百万上下的时候，这不能不算一个不小的数字。居正认定这是徐栻“故设难词，欲以阻坏成事”，这时刘应节已改戎政尚书，二月间，再着应节暂解营务，赴山东会同徐栻开河。事情似乎有了办法，但是应节到了山东以后，和徐栻发生重大的异议。同样一条胶莱新河，应节主张通海，徐栻主张引泉，关于水源方面，有了绝对不同的主张。但是在分水岭方面，势必动工开凿，这是应节和徐栻都不能不应付的问题。山东巡按御史商为正奉命挑验。据他底结论，“虽二百余万金，不足以了此”，经费方面，困难极大。应节主张通海，但是海水一来，海沙连带也来，因此应节主张建闸障沙。山东巡抚李世达认为海沙和海水同来；他说，“窃以谓闸闭则潮安从入，闸启则又安从障也。”全河长二百七十里，据应节所计，海潮自南口入，凡五十里；自北口入，凡一百八十里：这是说在二百七十里之中，可以通潮的二百三十里。但是据世达所计，除大风迅烈，海潮狂涌的时候以外，南潮所及，距海口二十里，北潮所及，距海口六十里，和应节底估计，便有很大的距离。当然，在海潮不及的地方，可以引泉，但是世达论及泉水，以为“十月以后，日渐消耗，至春月泉脉微细，适值粮运涌到之时，虽置柜设闸，以时启闭，终不能使之源源而来，滔滔不竭也。”海潮不能来，泉水不敷用，水源发生问题，那么二百余万金，还不是等于白费？
但是还有一个根本的问题。胶莱新河原是为着海运提出的动议，本来的计划是漕船由淮入海，再取道胶莱新河入渤海湾。所以必须淮安以下的运河没有问题，才谈到这个计划底实现。但是万历三四年间，运河沿岸高邮、宝应一带，正是问题底中心。商为正说：“况海运必出自淮安海口，高、宝其所必经，高、宝不治，此河虽通，亦不能越而飞渡。”李世达说：“今当缉高、宝之堤，无徒殚财力于不可必成之胶河也。”他们也许有一些成见，但是他们底逻辑，不容人不重加考虑。居正没有办法，只有交工部集议。工部尚书郭朝宾复称“事体委多窒碍，相应停罢以省劳费。”万历四年六月，罢胶莱新河，这是居正在法运方面第二次的失败。以后他底注意，便集中到运河和黄河。
居正底两次失败，本来不是意外。他自己没有治河的经验，而且平生没有经过这一带，他凭什么可以构成正确的判断呢？他有坚强的意志，他能充分地运用政治的力量，但是在他没有找到得力的干才以前，意志和力量只能加强他底失败，所以在无法进行的时候，他便毅然地承认失败，这正是他底干练。最可惜的，万历二年工部尚书朱衡致仕，失去一个有经验、有魄力的大臣，假如居正能够和他和衷共济，也许可以减少一部分的失败。万历三年，工科给事中徐贞明上水利议，认定河北、山东一带都可兴水利，供军实。但是在交给工部尚书郭朝宾查复以后，朝宾只说“水田劳民，请俟异日”，打销了一个最有价值的提议。假如居正能够给贞明一些应得的注意，再推动政治力量，作为他底后盾，也许可以根本解决北方底粮食问题。
第十章 第一次打击以后
万历三年辽东大捷，辽东巡抚张学颜还没有奏报的时候，巡按御史刘台底捷奏先到北京。从程序上说，这是一种手续的错误。然而不仅是错误，这是越权。巡按既可越权，巡抚便可卸责，对于封疆大事，当然发生不良的影响。从“综核名实”底立场看来，这是一个不能容许的错误。因此居正拟旨严加申斥。居正记得就在这一年，三边总督石茂华，曾因御史督战太急，鲁莽进兵，以致受到不小的挫败。自己还曾去信诰诫过：“今之时政，与先年异。公受分陕之寄，凡事当守便宜，谋定而后发，亦不必汲汲求解于群议也。”（书牍七《答陕西督抚石毅庵》）居正认定边疆督、抚，不应受御史底牵掣。
刘台也有刘台底看法。辽东巡按御史固然是御史，但是张学颜是右副都御史、巡抚辽东地方，也是御史。明代官制的演变，形成监察权高于一切的状态。地方长官文的有布政使司左布政，右布政；武的有都指挥使司都指挥使，以及镇守冲要的总兵官：这是最初的官制，但是后来添了巡按以及巡抚和总督。巡按、督、抚虽然各有疆域，但是他们只是都察院的官，不是地方官。他们底官阶不一定高，但是地方官不能不受他们底节制，这是监察底权威。刘台看到同是代表监察权的中央官，为什么一个可以调度军队，一个连报捷都不可呢？所以他底捷奏还是发出去。
但是在法制上，巡按和巡抚究竟不同。英宗正统四年巡按御史出巡事宜有这样的规定，“总兵、镇守官受朝廷委任以防奸御侮，凡调度军马，区划边务，风宪官皆无得干预。”所以巡按不得过问军事，曾有明文的规定。辽东巡抚底全衔是“巡抚辽东地方，赞理军务”，因此调度军队，正是巡抚底职权。一切都有法制的依据。明代巡抚和巡按底职权最容易混淆，居正对于这一点，时时感觉到有纠正的必要。万历九年他说过：窃谓抚、按职掌不同，政体亦异。振举纲维，察举奸弊，摘发幽隐，绳纠贪残，如疾风迅雷，一过而不留者，巡按之职也。措处钱粮，调停赋役，整伤武备，抚安军民，如高山大河，奠润一方而无壅者，巡抚之职也。近来抚、按诸君，不思各举其职，每致混杂，下司观望，不知所守，以故实惠不流。至于直指使者，往往舍其本职，而侵越巡抚之事，违道以干誉，徇情以养交，此大谬也。（书牍十三《答苏松巡按曾公士楚言抚按职掌不同》）
居正认为封疆大吏，不应受到牵掣，在法制有成规，在事理有根据，不能不认为正确。假如我们想到万历四十七年，杨镐经略辽东，因为受到兵科给事中赵兴邦红旗督战的迫蹙，以致仓皇进兵，造成辽东空前大败的事实，我们更不能不承认居正底主张。
刘台经过这一次严旨申斥，充满怨愤，就在万历四年正月上疏弹劾居正。这是居正当国以来所受的第一次打击，也是他平生所受的最大的打击。原疏如次：臣闻进言者皆望陛下以尧、舜，而不闻责辅臣以皋、夔。何者？陛下有纳谏之明，而辅臣无容言之量也。高皇帝鉴前代之失，不设丞相，事归部、院，势不相摄而职易称。文皇帝始置内阁，参预机务，其时官阶未峻，无专肆之萌。二百年来，即有擅作威福者，尚惴惴然避宰相之名而不敢居，以祖宗之法在也。乃大学士张居正偃然以相自处，自高拱被逐，擅威福者三四年矣。谏官因事论及，必曰，“吾守祖宗法！”臣请即以祖宗法正之。
祖宗朝，非开国元勋，生不公，死不王。成国公朱希忠，生非有奇功也，居正违祖训，赠以王爵。给事中陈吾德一言而外迁，郎中陈有年一争而斥去。臣恐公侯之家，布惠厚施，缘例陈乞，将无底极。租宗之法若是乎？
祖宗朝，用内阁、冢宰，必由廷推。今居正私荐用张四维、张瀚。四维在翰林，被论者数矣，其始去也，不任教习庶吉士也。四维之为人也，居正知之熟矣，知之而顾用之，夫亦以四维善机权，多凭借，自念亲老，旦暮不测，二、三年间谋起复，任四维其身后托乎！瀚生平无善状，巡抚陕西，赃贿狼藉，及骤列铨衡，唯诺若簿吏，官缺必请命。所援引者非楚人亲戚知识，则亲戚所援引也，非宦楚受恩私，则恩故之党助也。瀚惟日取四方小吏，权其贿赂，而其他则徒拥虚名。闻居正贻南京都御史赵锦书，“台谏无议及冢宰”：则居正之胁制在朝言官，又可知矣。祖宗之法如是乎？
祖宗朝，诏令不便，部臣犹告阁拟之不审。今得一严旨，居正辄曰，“我力调剂，故止是”；得一温旨，居正又曰，“我力请而后得之。”由是畏居正者甚于畏陛下，感居正者甚于感陛下。威福自己，目无朝廷，祖宗之法若是乎？
祖宗朝，一切政事，台、省奏陈，部、院题复，抚、按奉行，未闻阁臣有举劾也。居正令抚、按考成章奏，每具二册，一送内阁，一送六科：抚按延迟则部臣纠之，六部隐蔽则科臣纠之，六科隐蔽则内阁纠之。夫部院分理国事，科臣封驳奏章，举劾其职也。阁臣衔列翰林，止备顾问，从容论思而已。居臣创为是说，欲胁制科臣，拱手听令。祖宗之法若是乎？
至于按臣回道考察，苟非有大败类者，常不举行，盖不欲重挫抑之。近日御史俞一贯以不听指授，调之南京，由是巡方短气，莫敢展布。所惮独科臣耳，居正于科臣，既啖之以迁转之速，又恐之以考成之迟，谁肯舍其便利，甘彼齮龁，而尽死言事哉？往年赵参鲁以谏迁，犹曰外任也；余懋学以谏罢，犹曰禁锢也；今傅应祯则谪戍矣，又以应祯故，而及徐贞明、乔岩、李祯矣。摧折言官，仇视正士，祖宗之法如是乎？
至若为固宠计，则献白莲、白燕，致诏旨责让，传笑四方矣；规利田宅，则诬辽王以重罪而夺其府地，今武冈王又得罪矣；为子弟谋举乡试，则许御史舒鳌以京堂，布政施尧臣以巡抚矣，起大第于江陵，费至十万，制拟官禁，遣锦衣官校监治，乡郡之脂膏尽矣；恶黄州生儒议其子弟幸售，则假县令他事，穷治无遗矣；编修李维桢偶谈及其豪富，不旋踵即外斥矣。盖居正之贪，不在文吏而在武臣，不在内地而在边鄙。不然，辅政末几，即富甲全楚，何由致之？宫室、舆马、姬妾、奉御，同于王者，又何由致之？在朝臣工，莫不愤叹，而无敢为陛下明言者，积威之劫也。
臣举进士，居正为总裁；臣任部曹，居正荐改御史：臣受居正恩亦厚矣，而今敢讼言攻之者，君臣谊重，则私恩有不得而顾也。愿陛下察臣愚悃，抑损相权，毋俾偾事误国，臣死且不朽。
刘台底奏疏上去了，居正想起明朝开国二百余年，从来没有门生弹劾座主的故事，偏偏自己在隆庆五年所取的进士，竟对自己提出弹劾，这是一个异常的刺激。三、四年来，当国的苦辛，刘台不一定明白，但是刘台既请皇上抑损相权，自己以后怎样办事？最使居正痛心的，是刘台所提出的几点，不一定是对的，然而也不一定全无根据。是刘台底诬蔑呢，还是他底不能体谅？自己底门生，一手提拔的人，还不能体谅，以后又怎样办事？自己是大臣，当然谈不到和刘台辩驳，他和神宗说：依法，巡按御史不得报军功；去年辽东大捷，刘台违制妄奏，法应降谪，彼时臣仅请旨戒饬，刘台已经愤愤不已。后来御史傅应祯妄言下狱，请旨穷诘党与，当时并不知道刘台和傅应祯同乡亲近，从中主持，因此刘台妄自惊疑，全不顾忌，对臣泄恨。二百年来，没有门生弹劾座主的故事，如今臣惟有一去以谢刘台。
神宗看到居正跪在御座前面，眼泪簌簌地直下，只有自己扶他起来，和他说：先生起，朕当责台以谢先生。
居正仍是具奏请求致仕，神宗下旨慰留道：
卿赤忠为国，不独简在朕心，实天地祖宗所共降监，彼谗邪小人，已有旨重处，卿宜以朕为念，速出辅理，勿介浮言。
皇上底恩意很显然了，但是居正还是感觉到办事底困难，他再疏乞休道：
臣捧读恩纶，涕泗交集，念臣受先帝重托，既矢以死报矣。今皇上圣学，尚未大成；诸凡嘉礼，尚未克举；朝廷庶事，尚未尽康；海内黎元，尚未咸若；是臣之所以图报先帝者，未尽其万一也，臣岂敢以去？古之圣贤豪杰，负才德而不遇时者多矣，今幸遇神圣天纵不世出之主，所谓千载一时也，臣又岂可言去？皇上宠臣以宾师不名之礼，待臣以手足腹心之托，相亲相倚，依然蔼然，无论分义当尽，即其恩款之深洽，亦自有不能解其心者，臣又何忍言去？然而臣之必以去为请者，非得已也！盖臣之所处者危地也，所理者皇上之事也，所代者皇上之言也。今言者方以臣为擅作威福，而臣之所以代王行政者，非威也则福也。自今以往，将使臣易其涂辙，勉为巽顺以悦下耶，则无以逭于负国之罪；将使臣守其故辙，益竭公忠以事上耶，则无以逃于专擅之讥。况今谗邪之党，实繁有徒，背公行私，习弊已久，臣一日不去，则此辈一日不便，一年不去，则此辈一年不便。若使臣之所行者，即其近似而议之，则事事皆可以为作威，事事皆可以为作福，睊睊之谗日哗于耳，虽皇上圣明，万万不为之投杼，而使臣常负疑谤于其身，亦岂臣节之所宜有乎？此臣之所以辗转反侧，而不能不惕于衷也。伏望皇上怜臣之志，矜臣之愚，特赐罢归，以解群议：博求廊庙山林之间，必有才全德备之士，既有益于国而又无恶于众者，在皇上任之而已。臣屡读宸严，无任战栗陨越之至。（奏疏四《被言乞休疏》）
神宗随即再下圣旨；
卿精诚可贯天日，虽负重处危，鬼神犹当护佑，谗邪阴计，岂能上干天道。朕亦知卿贞心不贰，决非众口所能动摇，已遣司礼监随堂官往谕朕意，卿宜即出视事，勉终先帝顾托，勿复再辞。
这是正月二十六日的事。神宗还不放心，再差司礼监太监孙隆前往慰留，并降手谕；谕元辅：先帝以朕幼小，付托先生。先生尽赤忠以辅佐朕，不辞劳，不避怨，不居功，皇天后土祖宗必共鉴知。独此畜物，为党丧心，狂发悻言，动摇社稷，自有祖宗法度。先生不必介意，只思先帝顾命，朕所倚任，保安社稷为重，即出辅理。朕实惓惓伫望。特赐烧割一份、手盒二副、长春酒十瓶，用示眷怀，先生其钦承之，慎勿再辞。
在这个情形之下，居正没有再辞的理由，他只有重行出来辅理国事。居正对于政治，有自己底理想和抱负；政权是贯彻这个理想和抱负的工具，他决不轻易放弃政权。在他认定神宗对于自己的信任，不但没有动摇，而且更加坚定的时候，他慨然地说；夫事推求诸理之至当，心岂必于人之尽知。况臣区区之愚，既特孚于昭鉴，则诸呶呶之口，诚无足为重轻。谨当仰体圣怀，益殚赤悃，冰霜自保，虽嫌怨以奚辞，社稷是图，何发肤之敢惜。（奏疏四《谢恩疏》）
政权在自己手中，居正准备继续贯彻自己底主张。“你们谅解也好，不谅解也好，我底行为，自然有我底标准，”他想。
神宗说起对于刘台，自有祖宗法度，果然派文书官邱得用，口传圣旨：“刘台这厮，谗言乱政，着打一百充军，拟票来行。”拟旨是内阁底职务，但是交付廷杖，究竟有些困难。居正具疏论救，其结果刘台免去廷杖，只得“除名为民”的处分。这一点，当时颇有人认为是居正底宽宏。但是居正却坚决地否认，他说：古之圣贤所遇之时不同，而处之之道亦异。《易大过》栋桡。《彖》曰，“刚过乎中。”当大过之时，为大过之事，未免有刚过之病；然不如是，不足以定倾而安国，栋桡而本末弱矣。伊、周当大过之时，为大过之事，而商、周之业赖之以存，虽刚而不失为中也。仆以一竖儒，拥十余龄幼主，而立于天下臣民之上，威德未建，人有玩心。况自嘉、隆以来，议论滋多，国事靡定，纪纲倒植，名实混淆。自仆当事，始布大公，彰大信，修明祖宗法度，开众正之路，杜群枉之门，一切以尊主庇民，振举颓废为务，天下始知有君也。而疾之者乃倡为异说，欲以抑损主威，摇乱朝政，故不得不重处一、二人，以定国是，以一人心，盖所谓刚过乎中，处大过之时者也。而丈乃以为失士心，误矣。吾但欲安国家，定社稷耳，怨仇何足恤乎！……仆今所处何时也？主上举艰巨之任，付之于眇然之身，今权珰贵戚，奉法遵令，俯首贴耳而不敢肆，狡夷强虏，献琛修贡，厥角稽首而惟恐后者，独以仆摄持之耳，其出处去就，所系岂浅浅哉？彼谗人者不畏不愧，职为乱阶，且其蓄意甚深，为谋甚狡，上不及主上，旁不及中贵，而独剚刃于仆之身，又无所污蔑，而独曰“专擅，专擅”云云，欲以竦动幼主，阴间左右，而疑我于上耳。赖天地宗庙之灵，默启高衷，益坚信任。不然，天下之事，岂不为之寒心哉！自有此事，主上食不甘味，寝不安席，以痛恨于忌者，盖大舜疾谗说之殄行，孔子恶利口之复邦，故去此人以安仆也，以安社稷也。离明允断，诚理法之正，而仆所以恳恳救之者，盖以仰答圣恩，下明臣节耳，非欲为沽名之事也。（书牍八《答奉常陆五台论治体用刚》）
同期中，居正又有上徐阶书，（书牍十五《上师相徐存斋十九》）答胡邦奇书；（书牍八《答廉宪胡公邦奇》）他说：“颛蒙之见，果于自信，但知竭忠捐躯，可以报国，更不思身。”（《上存斋》）他又说：“盖仆素以至诚待人，绝不虞人之伤己：至于近日之事，则反噬出于门墙，怨敌发于知厚，又适出常理之外。”（《答胡邦奇》）经过三四年的政局，居正对于自己，充满了自信，他认定惟有自己，才能担当国家底大任。因此从居正看来：攻击居正，便是攻击国家；摧毁居正，便是摧毁国家。这是必然的逻辑。居正说：“其出处去就，所系岂浅浅哉？”自信力底扩大，已经到达惊人的地位，但是倘使把居正当国十年的政局，和万历十年以后直到明末的政局比较，我们不能不承认居正见地底正确。
居正对于刘台的怨愤，真是深刻万分。救止廷杖的事，只是政治手腕的运用。他不愿意给一般人以强烈的刺激，所以刘台幸免廷杖底处分。万历八年，张学颜为户部尚书，揭发刘台在辽东受贿的事实，再经过辽东巡按于应昌，江西巡抚王宗载底彻查，刘台终于得到流戍浔州的处分。嫌疑底阴影，又投射到居正身上。居正说：“古云，‘宁人负我，无我负人’，况冤亲平等，悉归幻妄，今转盼之间，已成陈迹矣，何足挂之怀抱乎？”（《答胡邦奇》）话虽说得淡泊，但是事实上居正不是一个淡泊的人。孔子说过：“以直报怨。”什么是“以直报怨”呢？《礼记·表记》又记孔子之说：“以德报德，则民有所劝；以怨报怨，则民有所惩”。“直”只是应得的价值，因此“以怨报怨”和“以直报怨”，适成为同义的语句。也许居正认为刘台只得到他应得的价值罢！从近代的政治风度看来；不能不算是可以惋惜的事。
刘台攻击居正底贪污，不是没有根据的诬蔑。居正当国以后，曾说：“仆自当事以来，闭门却扫，士大夫公言之外，不交一谈。”（书牍五《答司马王继津》）又说：“仆近来用人处事，一秉公心，谬持愚见，旁人无所关其说，士大夫公见之外，不延一客，公谈之外，不交一语，即有一、二亲故，间一过从，不过相与道旧故，遣客怀而已，无一语及于时政。”（同卷《答工部郎中刘公伯燮言用人毁誉》）居正对于自己底生活，不算没有把握。在操守方面，正因为居正对于政权的热中，我们更可想象他对于货利的淡泊。在言论自由的时期，一旦贪污有据，经人指摘，往往不但成为终身的沾辱，而且会引起政权的动摇。这是一个热中政权的人所不愿意的。然而明代腐化的空气，已经弥漫了，腐化的势力，侵蚀一切，笼罩一切，何况一个全权在握的首辅，更易成为腐化势力底对象。北京只是居正底寓所，他底家在江陵；居正可以洁身自好，但是居正有仆役，有同族，有儿子，有弟弟，还有父亲。腐化的势力，在北京找不到对象，便会找到江陵。居正也许还能管束子弟，他能管束父亲吗？尤其张文明那一副放荡不羁的形态，更不会给一个十几年不曾见面的儿子以说话的机会。
明朝的政治，充满无数腐化的因素。现代认为不应存在的事实，在当时只是一种习惯。最痛苦的是在未经指摘的时候，尽管认为习惯，但是一经指摘以后，立刻又成为贪污。因此从事政治生活的人，随时随地，都受着物质底诱惑，也就随时随地，会蒙到仇敌底指摘。这是政治生活底创伤。隆庆六年，湖广巡抚、巡按提议为居正建坊。大学士建坊，在明代只是一个寻常的事，但是建坊底工料，一切又落到湖广民众身上。居正极力辞免，他说：“敝郡连年水旱，民不聊生，乃又重之以工役，使万姓睊睊，口诅祝而心咨怨，将使仆为荣乎？辱乎？”不建坊也可以，他们便准备照工料折价，送给张家，这可算是异想天开，不过居正并不觉得离奇，他只说：若欲给与折价，尤不敢当。家有薄田数亩，足为俯仰之资，仆又时时以其禄入，奉上老亲，击鲜为宾客费，家不患贫。而诸公所馈，铢两皆民膏也，仆何功以堪之，何德以享之？顷已有书恳控二公，恐未见谅。愿公再以鄙意固请，必望停寝，乃见真爱。若不可止。如向者面凟云云，准作废府纳价，贮库作数，仆亦受惠多矣。仆虽无德于乡人，而亦惧丛怨以重吾过。诸公诚爱我者，宜视其所无者而与之，奈何益其所有以滋毒于仆。恃公道谊骨肉之爱，故敢沥竭肝胆，直露其愚。若谓仆心或欲之，而姑饰辞以沽名，则所谓穿窬之徒，不可以列于君子之林矣。（书牍四《答荆州道府辞两院建坊》）
我们不能认居正为“穿窬之徒”，但是我们也没有看到坚决的拒绝。他只是不要建坊，不要折价，而希望以建坊之费，准作废府纳价。在运用的方面，纵使不同，但是接受只是接受，还不是同样的民脂民膏？废府即辽王府，隆庆二年辽王宪【火节】被废以后，张家据为己有，直到隆庆六年，才想起纳价的事。《明史纪事本末》卷六十一，和《明史》原本，称“居正攘以为第”，指此。居正曾孙张同奎对于此事的否认（见《张文忠公全集》附录二《上六部禀帖》）只是没有根据的说话，其后《明史》根据同奎底言论，重行删订，便上了一次大当。
建坊不仅是建坊，坊价送到张家，立刻修建第宅，建筑工人，由锦衣卫军士包办。这个原是明代的敝风，但是在这一点，似乎居正也不觉得离奇。他说；新构蜗居，三院会计欲有所助。诸公厚意，岂不知感，但仆本心，原不敢以一椽一瓦劳费有司，故虽督造锦衣，亦止便差用借，诚恐惊扰地方也。今堤工方兴，疲民无措，公私嗷嗷，困敝至此，岂复有余羡为仆营私第乎？仆虽无德于乡人，实不敢贻累以贾怨。且去岁诸公所赐坊价，已即给付工匠，即有不足，以后逐年赐责，及俸入田租，陆续凑办。需以二、三年，可得苟完矣。若诸公创行此意，则官于楚者，必慕为之，是仆营私第以开贿门，其罪愈重。万望俯谅鄙衷，亟停前命，俾仆无恶于乡人，无累于清议，则百朋不为重，广厦不为安也。（书牍五《与楚中抚台辞建第助工》）
这是万历元年的事。这一座第宅底规模，着实不小。居正自言：“小宅，原拟赐金构一书舍耳。不意锦衣庞君遂摹京师第宅，大事兴作，费至不赀。屡屡垂念，给与频蕃，既乖本图，复益罪过，赧怍之衷，口不能悉。”（书牍五《与楚抚赵汝泉言严家范禁请托》）第宅之中，有堂有楼，神宗赐名为纯忠堂、捧日楼，又颁御笔大字二幅，对句一联，御前银一千两。（奏疏三《谢堂楼额名并赐金疏》大字二幅：一曰社稷之臣，一曰股肱之佐，联曰正气万世，休光百年。见王世贞《首辅传》卷七。）这次建坊、建第底计划，发动的是湖广巡抚汪道昆，（书牍四《答楚抚院汪南明辞建坊》）完成的是继任巡抚赵贤，（即汝泉）恰恰做到“官于楚者，必慕为之”的地步。“给与频蕃”，适成为“营私第以开贿门”的注脚。以后万历六年，有人提议替张家创山胜；（书牍十《答棘卿刘小鲁言止创山胜事》）万历八年，提议建三诏亭；（书牍十二《答湖广巡按朱谨吾辞建亭》）万历九年，提议重行建坊表宅，（书牍十三《答郧阳巡抚杨本庵》）而且一切动工进行，都不待居正底同意。所以无论居正是否默认，这一个贿门，在他当国的时期，永远没有关上。
贿门当然不仅在此。荆州江滨的沙滩出水，荆州府落得做人情，便撺掇张家出来报领。居正自己说起：“又昨王太常言，府中有一淤洲，公欲寒家人领，极知公厚意，但利之所在，人争欲之，擅众所利，则怨必丛积，家有薄田数亩，可免饥寒，老亲高年，子弟驽劣，诚不愿广地积财以益其过也。”（书牍六《与荆南道府二公》）居正底话没有说错，但是广地积财底事，仍是不断地进行。居正身后，福王常洵奏乞居正所没产，（《明史》卷一二〇《福王常洵传》）恰恰证实居正积产底成绩。
最直接的办法，是把贿赂一直送到江陵张家。居正书牍里，屡次提到。（书牍六《答总宪刘紫山》、书牍七《答刘虹川总宪》、书牍九《答向台长》、《答四川总兵刘草塘》、《答吴总宪》。）最阔绰的是两广的长官。万历七年，居正曾说：“自不谷待罪政府以至于今，所却两广诸公之馈，宁止万金，若只照常领纳，亦可作富家翁矣。”（书牍十一《答两广刘凝斋论严取与》）大致古来两广一带，腐化的空气，特别浓厚，所以岑参看到朋友往广东做官，仔细吩咐他，“此乡多宝玉，慎勿厌清贫。”（《送张子尉南海》）明朝的腐化空气，本来很盛，最盛的还是广东，（见《答刘凝斋书》）吏治底腐化，当然影响到人民底生活，和地方底治安。两广动乱最多，这是一个最大的原因。
在贿赂底进行中，也有几次特别的趣事。一位知县底贿赂送来，居正拒绝了，知县认为嫌少，便设法加添。经不起再来一次拒绝，他索性借上一条玉带，一并献上。居正复信说：往者别时曾以守己爱民四字相规，故屡辱厚惠，俱不敢受，盖恐自背平日相规之言，有亏执事守己之节。而执事乃屡却不已，愈至愈厚，岂以区区为嫌少而加益耶？至于腰间之白，尤为殊异，顾此宝物，何处得来，恐非县令所宜有也。谨仍璧诸使者。若假之他人，可令返赵。执事从此，亦宜思所以自励焉。（书牍七《答傅谏议》）
这仅是小小的诰诫。还不严重。最离奇的是一位郧阳巡抚。他在解任以后，到处活动，声名已经不佳，偏偏又活动到居正门上来了。这是一件笨手笨脚的事，居正怎样提出呢？他只有开一次顽笑，说道已经给吏部提起，但是吏部因为空气不利，只有极力避嫌，不敢起用。说过以后。居正更重重地教训一顿：仆之求士，甚于士之求己，虽越在万里，沈于下僚，或身蒙訾垢，众所指嫉，其人果贤，亦皆剔涤而简拔之，其为贤者谋也，又工于自为谋。公闻之往来之人，岂不诚然乎哉？胡乃不以贤者自处，以待仆之求，而用市道相与，馈之以厚仪，要之以必从，而又委之于私家，陷之以难却，则不知仆亦甚矣。古人言。非其义而与之，如寘之壑中，诚不意公之以仆为壑也！以公夙所抱负，又当盛年，固时所当用者，此后阖门养重，静以俟之，弓旌之召，将不求而自至。若必欲如流俗所为，舍大道而由曲径，弃道谊而用厚贿，仆不得已，必将言扬于廷，以明己之无私，则仆既陷于薄德，而公亦永绝向用之路矣，是彼此俱损也。恃在夙昔至契，敢直露其愚，惟公亮而宥之，幸甚。（书牍七《答刘虹川总宪》）
这次居正底地位真是尴尬，所以只有痛快地数责。所谓“委之于私家，陷之以难却”，也许是指送到江陵张文明底手里，但是这只是悬想，没有证明。
文明是一个放浪不羁的人，居正当国以后，当然增加文明底威风。万历初年御史李颐前往广西，路过江陵，看见文明气焰太大了，和他顶撞一下，居正便取消李颐底御史。居正不是不晓得文明底放恣。他说过：“老父高年，素怀坦率，家人仆辈，颇闻有凭势凌铄乡里、混扰有司者，皆不能制。”（书牍五《与楚抚赵汝泉言严家范禁情托》）在“子为父隐”的社会中，居正只能这样说，但是文明底放恣，已经显然。参与这一切的有居正底弟弟，有他底儿子敬修，也有他底族人子弟。万历二年，居正说过：“敝族家人，虽颇知奉法，然小小扰混，未必尽无，衔勒钤制，不敢一日释也。”（书牍六《答总宪廖春泉》）这里透露族中底情态。至于仆役底横肆，在书牍中看到的更不只一处。
从这许多方面看来，刘台所称“居正之贪，不在文吏而在武臣，不在内地而在边鄙”，又称居正“辅政未几，即富甲全楚”，不是没有根据的。但是这是明代的风气。在腐化的空气中，居正曾经和两广总督刘尧诲谈起：尊示谓稽察吏治，贵清其本源，诚为要论，顾积习之弊。亦有难变者。一方之本在抚按，天下之本在政府。不谷当事以来，私宅不见一客，非公事不通私书，门巷阒然，殆同僧舍，虽亲戚故旧，交际常礼，一切屏绝，此四方之人所共见闻，非矫伪也。屡拟严旨，奖廉饬贪，欲庶几以身帅众，共成羔羊素丝之风，而终不可易。乃苞苴之使，未尝绝也；钻刺之门，未尝墐也，虽飨荼茹堇，徒自苦耳，何裨于治理耶？虽然，不谷固不敢以人之难化，而遂懈其率之之心也，早夜检点，惟以正己格物之道，有所未尽是惧，亦望公俯同此心，坚持雅操，积诚以动之，有冥顽弗率，重惩勿贷，至于中伤毁排，则朝廷自有公论，可勿恤矣。（书牍十一《答两广刘凝斋论严取与》）
人是毕竟不免受环境支配的。假如居正不生在腐化的空气中，或即生在这个空气之中，而没有那样的父亲，也许他在“正己格物”的方面，会有更大的成绩。
居正当国以来，整顿财政，到现在已经有了相当的成就。在他整顿的时候，追比田赋积欠，每年带征三成。纳税的百姓，看到增加三成，当然认为负担太重。万历三年，居正底门生，御史傅应祯疏称“小民一岁之入，仅足给一岁，无遗力以偿负也。近乃定输不及额者，按、抚听纠，郡、县听调，诸臣畏谴，督促倍严，致流离接踵，怨咨愁叹，上彻于天。”这是一种谠论。在应祯上疏的时候，居正当然有许多不快，但是到了万历四年，他知道财政方面，已经稳定，同时他也看清赋税方面，有改革底必要。七月居正疏称：臣等又查得隆庆六年六月诏书一款，自嘉靖四十三年、四十四年、四十五年，并隆庆元年钱粮，除金花银不计外，其余悉从蠲免，其二年、三年、四年，各量免十分之三。至于淮安、徐州以水旱，广东惠、潮二府以兵伤，则并隆庆二年、三年，亦从蠲免，恩至渥矣。乃该地方犹不能追纳，至万历二年，户部乃议于拖欠七分之中，每年止带征三分而民犹以为苦。何也？盖缘各有司官不能约己省事，无名之征求过多，以致民力殚竭，反不能完公家之赋。其势豪大户，侵欺积猾，皆畏纵而不敢问，反将下户贫民，责令包赔。近来因行考成之法，有司官惧于降罚，遂不分缓急，一概严刑追并，其甚者又以资贪吏之囊橐，以致百姓嗷嗷，愁叹盈闾，咸谓朝廷催科太急，不得安生。夫出赋税以供上者，下之义也；怜其穷困，量行蠲免者，上之恩也；于必不可免之中，又为之委曲调处，是又恩之恩也。今乃不知感戴而反归过于上，则有司官不能奉行之过也。然愚民难以户晓，损上乃可益下，顷赖皇上力行节俭，用度渐纤，又以北虏纳款，边费稍省，似宜曲垂宽恤，以厚下安民。合无敕下户部，查各项钱粮，除见年应征者，分毫不免外，其先年拖欠带征者，除金花银遵诏书仍旧带征外，其余七分之中，通查年月久、近，地方饶、瘠，再行减免分数，如果贫瘠不能完者，悉与蠲除，以苏民困。至于漕运粮米，先年亦有改折之例，今查京、通仓米，足支七、八年，而太仓银库，所积尚少，合无比照先年事例，将万历五年酒粮，量行改折十分之三，分派粮多及灾伤地方征纳。夫粮重折轻，既足以宽民力，而银库所入，又借以少充，是足国裕民，一举而两得矣。臣等待罪辅强，日夜思所以佐皇上，布德元元，辑宁邦本，计无便于此者。伏乞圣明采纳施行，生民幸甚。（奏疏五《请择有司蠲逋赋以安民生疏》）
疏中所称，除豁免积欠以外，还有漕粮改折的事。粮是实物底征收，因为北京、通州一带存粮已足，所以居正提议在漕粮定额太重和灾荒的地方，折价收银，减轻人民底痛苦，同时也增加银两的存储。这一年积粮足支七八年，积银四百余万，（《明史纪事本末》卷六十一）国家财政，遂造成不可动摇的基础。
万历四年，在水利方面，也有相当的成绩。当时管理水道的大臣，一位是河道总督，一位是漕运总督。漕督本来是管漕粮的，但是水道发生问题，漕船便无从北上，所以对于黄河和运河水利，都不容不过问。二月间漕运总督吴桂芳疏称：淮、扬二郡，洪潦奔冲，灾民号泣，所在凄然，盖滨海汊港，岁久道湮，入海止恃云梯一径，致海拥横沙，河流泛溢，而盐、安、高、宝，不复可收拾矣。国家转运，惟知急漕而不暇急民，故朝廷设官，亦主治河而不知治海。臣请另设水利佥事一员，专疏海道，而以淮安管河通判，改为水利同知，令其审度地宜，讲求捷径，如草湾及老黄河皆可趋海，何必专事云梯？
云梯关是当时黄河入海的海口，老黄河、草湾都在附近，是黄河屡次决口底所在。桂芳主张多开黄河入海之道，黄水去了，淮水随同出海，高邮、宝应的水患，便可减轻。多开海口，不是整理黄河的根本大计，但是在当时淮、扬一带民生痛苦的时候，不能不算救时的方法。居正没有治河的经验，但是他有治河的决心。在他看到吴桂芳底奏疏的时候，他决定发动整个的力量，做桂芳底后盾。他说：淮、扬之民，岁苦昏垫，朝廷未尝一日忘，顾莫有任其事者。兹读大疏，明白洞彻，底绩可期。夫治水之道，未有不先下流者。年来但讲治水，不求治海，虽费何益？但海口之淤，当必有因，似宜视水必趋之路，决其淤，疏其窒，虽弃地勿惜，碍众勿顾，庶几有成也。设官及留饷诸事，一一如教，属所司复允，惟公坚定而力图之。（书牍八《答河道吴自湖》。按题衔误。）
得到居正支撑以后，桂芳便开始做疏浚草湾的工作。这时议论来了，大家惟恐草湾一开，对于漕运发生问题。居正再给桂芳一度支持，他说：淮、扬之民，方苦昏垫，被发缨冠而救之，犹恐不及，岂能豫忧运道之难处耶？今且拯此一方之民，从容讲求平江遗迹，为国家经久之图。今内外储积，幸已渐裕，法纪渐张，根本渐固，此等事他日自有贤者任之，公毋虑也。（书牍八《答河道吴公桂芳》。按题衔误。）
在疏浚黄河入海水道的当中，桂芳曾经有一个大胆的提议，他认为要救上游的水灾，惟有牺牲安东县城，（令涟水县）他请求交工部议复，疏中说道：语云，“救一路哭，不当复计一家哭”。今淮、扬、凤、泗、邳、徐，不啻一路矣。安东自众流汇围以来，独文庙县衙，仅存椽瓦，已不成邑，即使全河趋之，亦不过一家哭耳。况势又不得不然耶？创始为作事所难，独任乃人情共忌，乞下所司议。
工部尚书郭朝宾复奏：“委一垂陷之安东，以拯全淮之胥溺，漕臣言可听。”上谕立即俞允。（《明神宗实录》云“报曰可‘。《明史·河渠志》言帝不欲弃安东而命开草湾如所请者，误。）居正对于国家大事，只有果断，没有推诿；只有全力的推进，没有两可的游移。在这个情形之下，桂芳当然可以放手办事。万历四年七月，草湾功成；八月工部复奏。上谕赏吴桂芳银币，居正去信说：海口疏通，淮、扬之间，欢声雷动，从此人得平土而居，翳谁之力与？以此知天下无不可为之事。”人存政举“，非虚语也。比者暂行薄赉，侯元圭既告之日，仍当有殊锡焉。（同卷《答河道吴自湖言蠲积逋疏海口》。按题衔误。）
草湾功成以后，桂芳便进行修筑高邮湖堤的工作。但是在工作进行的当中，淮水冲下来了，兴化、泰州一带，又是一片汪洋。居正说：高邮堤工闻已告成，乃久未完报者，想以大工甫就，新水暴涨，虑有变态，欲俟其坚定，乃完报耳。但微闻兴、泰之间，河塘溃决，复成巨浸，未审何以拯之？河流既自复故道，当无俟开浚。承教挽淮入河之策，甚善。考其泛地，多属河道衙门，然公欲为国家万年之计，救淮、扬目前之急，想当视为一家，同心共济也。议定，幸即疏闻，此既关系来岁漕计，自不容不预图也。年来方内乂安，庶几小康，独河漕一事，时往来于怀，而当事诸公亦既殚厥心力矣，乃竟不获底于平成，岂所谓可能者人，不可能者天耶？奈何！（书牍九《答河道吴自湖。》按题衔误。）
桂芳提议挽淮入河，牵涉到河道总督傅希挚身上来。居正再给希挚去信：“河、漕意见不同，此中亦闻之。窃谓河、漕如左右手，当同心协力，以期共济。如所见必不能合，亦宜各陈，以俟高断，不宜默默而已。国之大事，不妨公议。事君无隐，岂为失忠厚之道耶？”（书牍九《答河漕傅后川》。按题衔误。）这是万历五年的事。但是希挚和桂芳底主张，绝对不能融洽，到万历六年初，居正不得不出以断然的处置，这是后话。关于淮水底问题，自从至元二十年，黄河改道以来，黄河夺了淮水出海的水道：在黄河水落的时候，黄、淮并流，一切没有妨碍；但是到了黄河水盛的时候，淮水被逼，倒灌运河，再加以高邮、宝应诸湖底激荡，遂成淮、扬一带的大祸。因此在万历五年便有两派不同的主张。一派主张挽淮入河，吴桂芳便是其中的一个。万历六年潘季驯总理河槽，彻底贯彻这个主张。一派如给事中汤聘尹等，主张纵淮入江，他们要黄、淮分背而行，黄河不再妨碍淮河，淮、扬地方，便有相当的安全。在地方言地方，这个不失为一种有力的主张，但是黄、淮两条水道，中间不能没有运河。假如没有运河，四百万漕粮，怎样北上？假如保留运河，即使筑堤设闸，如何能使黄河在洪水期不至倒灌入运，重新破坏淮河底水道？居正真有些茫然了。他听了淮、扬京官底主张，也认为纵淮入江，是一个方法。他立刻告给桂芳，但是他还是说：“但仆自来未经此地，不悉其曲折，独以意度如此，谩呈以备采择。”（书牍九《答河道吴自湖计分淮导河策》。按题衔误。）桂芳当然是明白情形的，他看到黄河洪水已退，淮水归流，便据实见告，根本打销纵淮入江之议。居正取消自己底动议，只提出治水底苦心。他说：辱翰示，知淮已归流，水势渐退，慰甚。河患自古记之，有非人力所能胜者，但仆今谬当大任，一闻愁叹哀号之声，痛心疾首，虽智力短浅，济时无策，然不忍坐视民之失所，而不思以拯救之也。淮水既已会河，则导江之说，无烦再议。（书牍九《答河道吴自湖》。按题衔误。）
居正底负责和虚心，在这一次里，完全表现出来。他不是水利专家，但是他能任用专家，并且发动政治的力量，做专家底后盾。因为不是专家，所以他底主张，不一定正确，但是在他发现错误以后，他立刻修正，这正是他底优点。关于黄、淮水利的事，万历六年，潘季驯提出他底定律。他说：“淮清、河浊，淮弱、河强。河水一斗，沙居其六，伏秋则居其八，非极湍急，必至停滞。当借淮之清，以刷河之浊，筑高堰束淮入清口，以敌河之强。使二水并流，则海口自浚，即桂芳所开草湾，亦可不复修治。”到季驯手里，理论方面有了根据，事业方面也有了成绩，这才不愧为水利专家，而任用季驯的，也是居正。
万历四年十月，居正因九年考满，奉旨加特进左柱国，升太傅，支伯爵俸。一切当然只是循例的升转，但是居正四赐恩命，中间还曾一度奉到神宗手诏：谕元辅，先生亲受先帝遗嘱，辅朕冲年。今四海升平，四夷宾服，实赖先生匡弼之功。先生精忠大勋，朕言不能述，官不能酬，惟我祖宗列圣，必垂鉴知，阴祐先生子孙，世世与国咸休也。兹历九年考绩，特于常典外，赐银二百两，坐蟒、蟒衣各一袭，岁加禄米一百石，薄示褒眷，先生其钦承之，勿辞。（见奏疏五《考满谢手敕加恩疏》）
最后居正还是坚决地辞却，他说：
缘臣前岁以辽东大捷，荷蒙圣恩，欲加升荫，臣具疏辞免，中间引古侠士酬报知己之义，以及人臣敬事后食之心，每欲事过所受，功浮于食，犬马之诚，于是乃安；自今凡非分之恩，逾格之赏，无复滥及，庶大义克尽，微志获伸等因，已荷圣明，俯垂矜允，又特加纶奖，风励臣工，是臣之微忱，既已仰孚于圣鉴，臣之愚忠，又已盟心而自许矣。乃今未有尺寸之效，以自副其功浮于食之心，而非分之恩，逾格之赏，又复滥及，则臣向之所以陈辞者，不过矫饰之虚言，而皇上之所以许臣者，亦未为相信之深矣。臣不敢自背其言，上以欺主，外以欺人，故不避烦渎，沥血陈诚，必望圣慈，特垂俞允。倘微志终伸，即通侯之爵未为荣，万鍾之乐不为富矣。臣屡冒天威，无任战栗陨越之至。（奏疏五《三辞恩命疏》）
经过这样地恳切陈辞，神宗准予辞免太傅及伯爵俸，其余特嘱接受。这一次居正底奏疏，令人联想到诸葛亮《与李严书》。诸葛亮底大志，是辅佐后主，讨平曹魏，在大功没有完成的时候，李严论为诸葛亮宜受九锡，封王。诸葛亮和他说道：“吾与足下相知久矣，可不复相解。足下方诲以光国，戒之以勿拘之道，是以未得默已。吾本东方下士，误用于先帝，位极人臣，禄赐百亿，今讨贼未效，知己未答，而方宠齐、晋，坐自贵大，非其义也。若灭魏斩睿，帝还故居，与诸子并升，虽十命可受，况于九耶？”（《三国志李严传注》）居正底屡辞恩命，也许不是模仿诸葛亮，但是也许竟是模仿。他们同样地辅佐幼主，同样地有绝大的抱负。在抱负没有实现以前，他们同样地拒绝过分的恩赐。假如居正竟是模仿诸葛亮，毕竟他找到一个绝好的榜样。正因为自己力辞厚赏，始可以督促一般政府官吏底上进。在这一点，更发生政治的作用。居正曾因为宣府巡抚吴兑请求恩赐部属，和他说起：辱翰示，一一领悉，即嘱本兵为之区处。但有功必叙，有劳必酬者，朝廷厚下之仁；敬事后食，先劳后禄者，人臣自靖之义。若铢铢 两两，计功程劳，以责望于上，似非所谓怀仁义以事君者也。仆以菲薄，待罪政府，每日戴星而入，朝不逞食，夕不逞息，形神俱瘁，心力并竭，于国家岂无尺寸效？然自受事以来，力辞四荫，独守旧官，每一蒙恩，辄夔夔栗栗，不能自宁，非矫也，诚以国恩难报，而臣子虽鞠躬尽瘁，不过自尽其所当为，本无功之可言也。公所欲为诸君处者，自见鼓舞用人之道：而区区所云，似亦为人臣之所当知也。冒昧吐沥，惟高明采之。（书牍七《答督抚吴环洲言敬事后食之义》）
在万历四年、五年的中间，国家大事须提及者尚有边防和条编。
实际讲，到了这个时候，边防底局势已经大定。鞑靼首领俺答已经归顺了，因此北方减少一个最大的威胁。固然俺答部下不是没有些少的侵扰，但是对于小小的出入，居正只是抱定耐烦的宗旨。他认为即在本国，不时还有“盗贼”突发，对于鞑靼武士底小骚扰，他有时竟是置之不问，不过大棒还在手中，他准备随时出击，因此宣大北边，永远得到安宁。一切的胜着，都在把握之中；他和宣大总督方逢时说：往时庙堂无定见，一闻浪语，即为之动摇，譬之低棋，随敌向往，应手即下。今则不然，吾审势已定，窥敌观变，或无事而自补，或弃于而求先，此今日之局面也。诸公当事者，宜审计焉。（书牍八《与总督方金湖以弈谕处置边事》）
但是尽管胜算在握，他对于俺答还是主张待之以诚。为什么待之以诚？因为俺答已经不是明朝底敌人，所以居正主张开诚布公。山西的穷民，逃到鞑靼去了。山西巡抚崔镛和居正说，要向俺答讨回：他还豫备万一俺答拒绝送回的时候，种种的对策。居正只和他说：“盖今之虏情，与昔不同。昔未臣服，故可用计处，今既为一家，又当待之以信，谕之以理。”居正提出怎样派人向俺答讨回；他要通事对俺答说：“王如晓事，宜将此人及其党与，执送军门。朝廷必鉴王之诚款，和好益坚，赐赉愈厚：何为纳此无用之人，听其妖妄之说，而坏已成之功，失永久之利哉？”居正又说：彼闻此言，势必听从。即彼不从，我常持此以责让之，使曲在彼，则我之威信，亦无所失。量此幺么干得甚事！今板升之人如此辈者，何啻千万，即索之而不得，亦恶足为轻重乎？彼虽犬羊，亦不可欺。用术以求之，或未必得，而彼反持此以诳我矣。（同卷《答山西崔巡抚计纳叛招降之策》）
居正对于俺答，完全是一边开诚，一边布置，因此在威德兼济的形态下面，俺答和明朝，永远处在和平相安的地位。至于他对整个鞑靼的形势，还是抱定分化的政策。他和方逢时说：“大约虏情，只要涣之，无令得合而已。”（书牍八《答蓟辽总督方金湖》）万历四年，俺答和察罕闹反了，居正便说：“近闻虏酋与察罕，构隙日深，此正吾用奇之日，使之祸结而不可解，则蓟辽之间，可以安枕，而西镇之贡市愈坚矣。宜多方以间之，他日奇功伟绩，必为公所收矣。”（同卷《答方金湖》）总之鞑靼部落愈加分散，每一部分底力量便愈加薄弱，而对于朝廷的依赖便愈加深刻。这是这一个时期中居正对外的政策。在执行这个政策的时候，他甚至吩咐沿边督抚，遇到俺答和其他部落发生战祸的时候，给他假道的便宜。（见书牍九《答甘肃巡抚侯掖川计套虏》）
居正感到棘手的，还是辽东。这方面的土蛮和中国处在敌对的地位，他们随时可以联络俺答的部下，但是在鞑靼可以并成大帮，进击辽东的时候，蓟镇和辽东，因为三卫所隔，始终不能呵成一气，这是地形上的劣势。因此万历四、五年间，居正底目光，完全集中到辽东。他在隆庆初年注重蓟镇，隆庆中年注重宣大，现在注重辽东，一切都是时局底结果。在注意到辽东的时候，辽东巡抚张学颜，辽东总兵李成梁，都成为心目中的人物。他和学颜说：辱示虏情，俱悉。公所以应之者，诚为得策矣。今全虏之祸，咸中于辽，连岁彼虽被创，我之士马，物故亦不少矣。彼既愤耻，必欲一逞，今秋之事，殊为可虞。昨已属意本兵，于贵镇兵食，比他镇尤当留意。临期若的知虏贼所向，当令蓟人助守宁前，使公等得专备东方。如犯宁前，则东西夹击。再一创之，则彼破胆而不敢东窥矣。公幸时时喻意李帅，大将贵能勇能怯，见可知难，乃可以建大功，勉之慎之。为国任事之臣，仆视之如子弟，既奖率之，又宝爱之，惟恐伤也。惟公垂亮焉。（书牍八《答总督张心斋计战守边将》。按题衔误。）
居正对于鞑靼的政策，有利诱，也有威胁。在斗争的状态中，朝廷有的是大将和边墙，进可以攻，退可以守；这是威胁。朝廷有的是鞑靼日常生活必需的物资，在和平的状态下，可以互市；鞑靼以剩余的马匹，换取必需的物资，博得绝大的利益；这是利诱。俺答和河套鞑靼在这个状态中屈服了。但是辽东边外的土蛮采取一种和俺答相反的政策。他们也要开市，但是不肯屈服。他们有弓矢和其他的武器，要凭他们底武力，压迫朝廷开市。这不是居正受得了的。为什么要开源节流，练兵筹饷呢？居正不但准备抵抗，而且准备随时出击。这是他对们士蛮的政策。也就是他重用李成梁的由来。不过他对于武人，尽管重视，只是亲如子弟，和思宗以后那种尊如父兄的态度，根本上便不同。在尊如父兄的时代，便谈不上指挥；当一一国底武人，不听指挥的时候，这个国家已经走上亡国的路线。
居正对付土蛮的主张，在万历五年上半年他给张学颜的信里可以看到：
西虏俺答之求贡，自嘉靖十六、七年始矣，我畏之而不敢许。然当其时，庙堂失策，制御乖方，虽许之，固未如今日之款顺也。比以那吉来降，归之以礼，彼遂感思慕义，执我叛人，复申前款，我乃因而许之，盖机缘凑合，名义正大。故当时纷纷之议，皆以为不可许，仆独以为可，皆以盟约为不久，仆独保其无他，盖度彼既感吾放麂之恩，而又适惬其平生之愿，芳饵入口，不能自脱。夫事美成在久，恶成不及改。今东虏于我，非有平生恳款之素也，非有那吉纳降之事也，非有执叛谢过之诚也，侵盗我内地，虔刘我人民，其迫胁无礼如此，堂堂天朝，何畏于彼而曲徇之乎！且西虏以求之恳而后得之，故每自挟以为重：今若轻许于东，则彼亦将忽而狎视之，他日且别有请乞以厚要于我，启衅渝盟，必自此始，是威亵于东而惠竭于西也。故在今日，宜且故难之，以深约其欲，而益坚西虏之心。异日者，东虏之敢大举深入，以西虏为之助也。今东虏有求而不获，则西虏以我之重之也，亦挟厚赏以自重，必不从东虏矣。虏不得西虏之助，则嫌隙愈构而其势愈孤，而吾以全力制之，纵彼侵盗，必不能为大患；是吾一举而树德于西，耀威于东，计无便于此者矣。昔人云：“自非圣人，外宁必有内忧。”今主上冲年，国家幸而无事，宴安鸩毒，将发于不虞，益姑释此以为外惧乎？仆怀此意，未敢语人，兹因询及，敢略陈其概。虽然，辽人病矣。语日：“头痛治头，足痛治足。”今虏祸方中于辽，辽以一镇当全虏之势，病在足之时矣。不急治之，且将为一身忧！辽人素称忠勇，但苦兵寡耳，然欲足兵，必先足食，兵食既足，乃可言战。一战而胜，则东虏之气挫，而西虏之好益坚，此数世之利也，愿公熟虑之。（书牍九《与张心斋计不许东虏款贡》）
万历三年，部院曾有一些变更。六月都察院左都御史葛守礼致仕，以陈瓒为左都御史，九月礼部尚书万士和致仕，以马自强为礼部尚书，刑部尚书王之诰致仕，以王崇古为刑部尚书。老成雕谢，是一件无可奈何的事，但是居正底地位，已经稳定，这些变更，对于政局不发生重大的影响。但是万历五年，却发生一件与兵部有关的变更。四月兵部尚书谭纶死了，改刑部尚书王崇古为兵部尚书，以戎政尚书刘应节为刑部尚书。谭纶是一位威名卓著的督抚，调任兵部尚书以后，困为居正负的责任太多了，似乎没有多大的成就。但是他这一死，引起一点小小的波澜。自从明代注意边防，着重蓟辽和宣大方面以后，蓟辽和宣大隐隐成为两个系统底对立。这个决然不会有近代直系、皖系，或是日本长阀、萨阀那样严重，而且相差的程度，还是非常之远，但是隐隐约约地有一些淡微的影子。这个当然不是国家之福，眼光锐利的政治家，便应当立即把这个影子冲淡。蓟辽出身的谭纶死了，居正便用宣大出身的王崇古入兵部，同时更调蓟辽顺天巡抚王一鹗为宣府巡抚。起用致仕的陈道基为顺天巡抚。居正给一鹗说：宣、蓟唇齿之势，异时两镇视如秦、越，虏祸中于蓟，则宣人安枕，虽得虏情，不以实告。今移公于宣者，所以为蓟也。抚镇协和，文武辑睦，边境之利也，而好事者反以此为忌，往者南中之谤，未必不自此中启之。去岁微闻阅视君（指阅视大臣郜光先，见书牍八。）亦有此言。今去公于蓟者，所以全公也。近日蓟台有缺，每从司道中进，以其习于蓟事也，而好事者亦用此为忌，每言蓟中之任，皆取总兵所欲者而用之。昨见公移镇，辄私语曰，代者必某人也，是总兵所喜者也。斯言也，不惟不利于总兵，且不利于司道也，故出其不意，而远求于林下之人。乃陈公又仆素所援用者，其人达于事理，不吐不茹，萧规曹随，必获同心之济。故用陈公，则公虽去，犹未去也。仆十余年来，经营蓟事，心力俱竭，今一更置间，而其用意之深如此，他人安得知之。恃公至厚，故敢略陈其概。新本兵虽颇不悦于蓟人，然亦非故作异同者，况今大事，皆仆面奉高断而行，渠安能逞其私意，辄有所更张乎？顷闻外间云云，仆即以晓之，渠亦深省。恐彼中将吏，未达此意，或怀疑惧，愿公譬谕之也。（书牍九《答宣大王巡抚言蓟边要务》）
自从隆庆二年，谭纶、戚继光二人改调蓟辽以后，他们成为北方的重镇。居正始终对于蓟镇极力维护，所以假如蓟辽成为一个系统，那么这个系统底后面，便有居正底影子。居正生前，对于一切攻击继光的人，都提出严正的论驳，因此居正身后，对于居正、继光不满的人，甚至质问两人相结，“意欲何为。莫非要造反？”（见书牍十二《答总兵戚南塘授击土蛮之策》懋修注）当然这是妄说。居正底心理，只是为的国家。然而他对于继光的爱护，委实有些使人嫉妒。万历四年部光先巡边，继光又托谭纶提出总理和阅视大臣见面的礼节问题，居正一边吩咐光先，一边和继光说：窃意今日，当以钦命为重，不在兵衔之有无。谦以自处，见者自然悦而敬之。其差去部公，当预为足下先容，必加优礼，决不以庸众相待也。（书牍八《答总兵戚南塘》）
这一个短简后面，流露无限的好意：“亲之如子弟”，居正自己也说过。郜光先去了以后，对于数年以来，蓟镇没有边功这一点提出了，他也说到南兵调北，没有存在的理由。也许他不能认识居正当日的用心，所以有这一番议论。居正只有和他说：大抵蓟镇之势，与他镇不同，其论功伐，亦当有异。盖此地原非边镇，切近陵寝，故在他镇，以战为守，此地以守为守，在他镇以能杀贼为功，而此地以贼不入为功，其势居然也。至于调用南兵一节，实出于万不得已。盖因往时议者，咸极言延、宁边兵入卫之苦，为之罢减四枝。蓟镇分区而守，罢一枝则一区失守，又不可弃地与贼，于是谭总督、戚总兵乃建言昔在浙中部曲，尚多素所练习者，可顶所罢之数，因以教练火器，整理车营，故不得已而用之。今若以为虚费而无用，即当罢之，则宜思戍守不可缺人，或仍复入卫边兵，或与本镇地方抽换。不然，陵、京重地，宁敢忽视之乎？此中事体，其说甚长，统俟面悉。（同卷《答阅边郜文川言战守功伐》）
当时主持议论的人，已经忘去南兵底作用了。他们只觉得在太平的时期，北方的军队同样能摆边，那么要南兵做什么？议论多了，连居正也无法遏止，他甚至说：“人尝笑南兵无用，徒靡厚切。今若乘其入犯，一战而胜，则群呼自息，而虏亦寝谋。”（书牍九《答宣大王巡抚言蓟边要务》）但是当时的人，却忘去在继光初到蓟镇的时候，北方的兵士，不守军令，后来看到在大雨如注的当中，浙兵三千，从早晨到下午，立在雨地下面，一动也役有动，这才知道军令底严肃。蓟镇底安定，一切都从训练着手，这三千南兵，便是当时的模范军。时代推演得真快，这已是将近十年的事了。大家看到南兵无用，认为蓟镇不能打仗；得空的时候，大家还得到蓟门走一趟，再不然、便介绍几个山人去拜访戚总兵。凡是京城来的人，戚总兵只得竭诚招待，有吃有喝，甚至还要陪着做一、两首诗，提倡风雅，临到告别的时候，当然再是一大笔程仪。有什么办法呢？继光只有敷衍他们。
苦心维持继光的，只有居正。在蓟辽和宣大这两个系统对立的时候，居正甚至特别维护宣大。借此减轻一般人对于蓟辽的嫉视。宣大的督、抚大多是宣大出身的人，但是万历五年，林下的陈道基起用为顺天巡抚了；同年兵部左侍郎梁梦龙调任蓟辽总督，万历九年，宣大总督吴兑调任蓟辽总督。这是为的什么？居正曾经指出好事者“每言蓟中之任，皆取总兵所欲者而用之。”只有这样，才能免去无味的议论，才算是真真爱护戚继光。一切都是为的国家。在大众指摘继光的时候，居正说：“若举全镇防守之功，委无所损；数年以来，一矢不惊，内外安堵，此其功宁可诬乎？猫以辟鼠为上品，山有虎豹，藜藿不采，又不以搏噬为能也。”这是居正底见地。
万历四年，居正开始推动一条编法。为用语便利起见，有时也称为条编法。研究赋税的人，常时谈到条编，认为这是明代赋税方法底改进。在大体上，这句话是不错的，其实还有稍许的不同。赋税是赋税，条编法只是徭役方法底改进。明代认定人民有替国家服役的义务。这项义务分为两种。一种是力差，这是当真为国家做事。府、州、县有银库，看守银库的称为库丁；各驿有廪给库，看守的也称为库丁：也许有人认为这是好差使，但是银有银耗，粮食也有粮耗，一切的亏折，都责成库丁包赔，便成为最大的苦差。库丁总算在社会上保持相当的身分，还有人充当。其余看门的有门皂，防河的有防夫，管囚犯的有禁子，维持治安的有弓兵：他们在社会上的地位更加低落，大家只得另行雇人代充。雇人的是乡间的老农，被雇的是城市的地痞，于是被雇的人不时下乡，向老农们讨索工食，“雇员”压迫“雇主”，成为老农的祸害。以上是力差。
其次还有银差。州、县官要用柴薪，柴薪派在民众身上；要养马，马草、马豆也派在民众身上。儒学是教官和廪、增、附生讲学的场所，他们吃的是国家的廪米，但是斋夫、膳夫这些差使，也派在民众身上。当然这不是直接要民众做事，只是要民众出钱，所以称为银差。州、县官是替国家办事的，儒学的教谕，训导，和这一批廪、增、附生们是研究圣经贤传的，但是他们第一还得先替自己办事，建筑私经济底基础。谁能不替自己打算呢？在官员们审查和编制银差的时候，各人都得尽先挑选殷实而没有势力的富户，替本衙门办差。被官员瞧得起的民众，实际成为官员手下的肥羊、大猪，听候宰割，而不肖的官员们，其实只是穿靴戴帽的强盗，审查编制，只是盗匪们请财神的手续。这是所谓银差。（见《图书集成·食货典》一五一卷《刘光济差役疏》）
力差、银差成为民众极大的痛苦，于是国家推行均徭法。各县把民众分为十甲，每年由一甲承当本县的一切徭役。在理论上这是最公平的了，从第一甲到第十甲，周而复始，轮流当差，还有什么不平的？但是在审编的时候，这十甲民众底经济能力，未必能够编配平允，每年的徭役，也是时常变动：经济能力和经济负担，不能支配得当，便成为甚大的不平。其次，一甲以内，各户底经济能力不同，社会地位又不同，因此在支配担负的方面，更发生种种的歧视。还有一点，在不当差的九年中，民众因为不受政治的压迫，乐得生活稍为优裕一点，当然谈不上积蓄；但是到了当差这一年，一切的苦难都来了，官员底压迫，廪、增、附底压迫，地痞底压迫，都落到民众头上，这一年便是他们典妻鬻子，倾家荡产的一年。政治的不良，制度底不良，一齐造成最大的人祸。
隆庆初年，江西巡抚刘光济上《差役疏》，历指均徭之弊六点：
每岁徭银，原有定额，而各甲丁粮，多则派银数少而徭轻，少则派银数多而役重，其弊一也。所编之差，有正银一两而止纳一两者，此必势豪势缘者得之，有加至一倍以至数十倍者，此必平民下户无势力者当之。此患在不均，其弊二也。北方则门丁事产肆者兼论，南方则偏论田粮，粮多差重则弃本逐末，以致田日贱而民日贫，其弊三也。粮多殷实之家，平日则花分诡寄以图轻差，及至审编，则营求贿嘱以脱重差，其弊四也。岁岁审编，公门如市，官吏开贿赂之门，里胥恣索骗之计，其弊五也。丁粮剩利归于官，小民不蒙轻减之惠，其弊六也。有此六弊，小民困累已极。且应直之年，役重费繁，力不能胜，大抵人情皆安于目前，既不能积十年之费以待一年之输，是以一年当差，即九年未得苏息，而倾家荡产者相比也。
在这个情形之下，才提到改革。第一个提倡的是浙江巡按御史庞尚鹏。他主张把往年编某为某役的办法，完全停止：重行核定有丁无粮者，编为下户；有丁有粮者，编为中户；粮多丁少，和丁粮俱多者，编为上户。在这个计划下面，一县差役，完全由州、县官募人充当。力差按照工食之费，量为增减；银差按照交纳之费，略加银耗，一县的总数决定以后，按照丁、粮比例，完全派到丁、粮里面，随同完纳。这就是一条编法。嘉靖四十五年，尚鹏在浙江曾经推行过这个办法。周如斗在江西巡抚任内，也奏请推行条编，但是不久如斗死了，到隆庆初年，由继任江西巡抚刘光济再行奏请，隆庆四年，在江西全省推行。（万历本《明会典》卷二十）是年十月，庞尚鹏为福建巡抚，奏请推行一条编法。（《明纪》卷三十九）所以条编法底推行，是从南方的浙江、江西、福建开始的。
条编当然有条编底利弊。隆庆元年户部尚书葛守礼便曾经揭出“吏书夤缘为奸，增减洒派，弊端百出。”守礼是当时有名的大臣，他底议论，当然有相当的价值，但是他只看到条编底阴影。从大体方面讲，条编是一个极大的进步。徐希明曾经说起：“丁粮差重者派银亦重，差轻者派银亦轻，轻重均派于众，未尝独利独累于一人，虽善于规避者无所用其计，巧于营为者无所施其术。”（《平赋役序》见《图书集成·食货典》一五一卷）因此条编底推行，固然由于官吏底提倡，同时也出于当时人民底要求。徐希明看到湖广茶陵推行条编以后，攸县人民便要求推行条编，正是一个实例。不过我们应当记得，条编于小民有利，便不免损害许多人既得的权利。希明不曾说过吗？“大抵此法至公至平，但便于小民而不便于贪墨之官府，便于贫乏而不便于作奸之富家，便于里递而不便于造弊之吏胥。”希明亲眼看到隆庆、万历间的情形，这是他底结论。
居正不是条编底发明者，对于条编底推行，他不会感到发明家底那种母爱的热忱。而且实行条编，对于居正个人，也许未必有什么利益。他是当时的首辅，即使不实行，谁能把力差、银差派到首辅家中吗？徭役派入丁粮，只增加居正私人底负担。但是居正代表当时的最高统治者，他必须从统治阶级的整体利益出发。为了维护统治阶级的长远利益，必须设法缓和阶级矛盾，因此，条编法的推行，正与统治阶级有利，所以万历四年，居正推行条编，当然有他底理论根据。
庞尚鹏、刘光济在浙江、福建、江西推行条编了，居正底计划，要把它推行到全国。这便有些和王安石推行青苗相似，但是居正只是慢慢地推行，从容地解释，他一步一步地前进，不象安石那样的急迫。让我重说一遍罢，居正不是王安石，他只是一个现实的大臣。
万历四年，居正先把条编推行到湖广。他和湖广巡按说起：
辱示江陵尹朱正色均差之议，其中综理，精当详密。此君初任，人皆以为刻核，仆独爱其明作，今观其所建立，必为良吏无疑矣。慰甚慰甚。一条编之法，近亦有称其不便者，然仆以为行法在人，又贵因地，此法在南方颇便，既与民宜，因之可也。但须得良有司行之耳。（书牍八《答楚按院向明台》）
果然有人提到条编底不便，他们甚至说条编便于士大夫而不便于小民。怎么辩论呢？居正只有由他；居正说：条编之法，有极言其不便者，有极言其便者，有言利害半者。仆思政以人举，法贵宜民，执此例彼，俱非通论，故近拟旨云，“果宜于此，任从其便，如有不便，不必强行。”朝廷之意，但欲爱养元元，使之省便耳，未尝为一切之政以困民也。若如公言，“徒利于士大夫而害于小民‘，是岂上所以恤下厚民者乎？公既灼知其不便，自宜告于抚、按当事者，遵奉近旨罢之。若仆之于天下事，则不敢有一毫成心，可否兴革，顺天下之公而已。（书牍九《答少宰杨二山言条编》）
这是万历五年的事。经过一年底推行，居正对于条编，更加感到兴趣。万历五年，他不再说“法贵因地”，只是说：“条编之法，近旨已尽事理，其中言不便，十之一、二耳。法当宜民，政以人举，民苟宜之，何分南北。”（书牍九《答总宪李渐庵言驿递条编任怨》）以后经过几年的推行，到万历九年正月，再用诏旨通行全国，一条编法，遂成为通行的法制。
居正六个儿子，敬修、嗣修、懋修、简修、允修、静修：尤其是敬修、嗣修、懋修这三个，居正对于他们盼望更切。懋修底天资最好，居正曾和他说：“汝少而颖异，初学作文，便知门路，吾尝以汝为千里驹。”（书牍十五《示季子懋修》）居正看到当时有才学的人，便罗致给儿子们做朋友，他认为只有这样，才可以敦促他们上进。第一个罗致的是沈懋学，后来万历五年丁丑科进土第一人；其次便是《牡丹亭》底作者汤显祖，不料显祖却拒绝了，居正死后万历十一年癸未，显祖才成进士。敬修是万历元年癸酉科举人，次年甲戌科会试下第。据说居正因此大为生气，甲戌科不选庶吉士，便是敬修下第底结果。万历四年丙子科乡试，懋修失败，（见《示季子懋修》）所以五年丁丑科会试，只有敬修、嗣修同到北京就试。这次敬修依旧落第，嗣修原定二甲第一人，神宗拔为一甲第二人及第。
嗣修登第的事，对于居正，当然是一种快慰。他在这一年和王之诰说起：“豚儿寡学，谬窃科名，其躐登上第，则出主上亲拔，非仆庶几所敢望也。”（书牍九《答司寇王西石》）大致他对于敬修、懋修的希望，还很热切；对于第四子简修，便冷淡了。以后简修由武职出身，所以居正在给之诰信上又说：“简儿叨授一职，遣归完娶。”信上又提及他底父母，和继配王夫人，这时都在江陵。居正曾说“门巷阒然，殆同僧舍”；他在北京的寓居，真有些僧舍底意味。
嗣修登第，毕竟是一件不厌众望的事。明代辅臣在位的时候，儿子会试及第的，不止一次，但是除杨廷和当国，其于杨慎以会试第一人及第，群情翕服以外，其余没有一次不发生许多非议。尤其在居正当国十年之中，万历五年会试，嗣修第二人及第，万历八年会试，懋修第一人及第，敬修同时及第：兄弟三人先后及第，更引起不少的责难。万历十六年顺天乡试，辅臣王锡爵之子王衡第一名中式，当时的风波又来了，大家指摘锡爵，锡爵恨极，次年会试，不许王衡就试，直到锡爵去位多年以后，万历二十九年会试，王衡始以第二人及第，这才证实王衡底才学，同时也表明锡爵底坦白。自此以后，辅臣当国的时候，其子不应会试，成为科举制度底故事。
这里的是非，本来一言难尽。明代的制度，对于大臣底儿于，有文荫或武荫。在大臣建功或是几年任满以后，照例可以荫字。文荫从荫一子入国子监读书起，以后补尚宝司丞，尚宝司卿，这算是一条路。武荫从锦衣卫百户、千户起，以后补指挥同知、指挥佥事，这也是一条路。这两条是怎样的路呢？大学士底儿子不能补大学士，尚书底儿子不能补尚书。由荫生升到大学土、尚书的，没有看见一个。明朝一代，父、子大学士惟有陈以勤、于陛父子二人，但是于陛底大学士，是从乡试、会试挣扎出来的，井不靠以勤底庇荫。惟有乡试、会试才是出身底大路，荫生不但不是大路，甚至反是一件障碍。这是居正始终迫促敬修、嗣修、懋修由乡试、会试出身的原因。居正自己曾经说过：或言大臣子弟应举，不当与寒士争进取者，此论非也。自晋、唐以来，士人咸重门第，王、谢子孙，与六朝相终始，至隋、唐设科取士，寒素乃得登用，而建官要职，仍多用世家，大臣恩荫，皆得至将相，如唐萧、卢、崔、郑，累世宰相，有至八、九人者。中唐以后，进士一科，最为荣重，而李德裕以其父荫，为备身千牛；或劝之应举，德裕言好驴马不入行，后亦为宰相。盖世家子弟，自有登用之路，不借科目而后显，是科举大臣子弟一人，则退寒士一人矣。若本朝则立贤无方，惟才是用。高皇帝时，用人之途最广，僧、道、皂隶，咸得至九卿、牧、守，大臣荫子，至八座、九卿者，不可缕数。宣德以后，独重进士一科，虽乡举岁贡，莫敢与之抗衡，而大臣恩荫，高者不过授五府幕僚，出典远方郡守而止，即有卓荦奇伟之才，若不从科目出身，终不得登【月无】仕，为国家展采宣猷矣。岂古人所谓乔木世臣之义乎？故大臣子弟，不宜与寒士争进之说，在前代则可，非所以论当今之务也。（文集十一《杂著》）
《杂著》是居正随时的杂录，其中所载的事实，有年、月可稽者，最后为万历七年赐广寒殿镇殿金钱四枚之事。因此不妨假定论世家子弟应举一节，正为嗣修等诸人登第而作。居正《西陵何氏族谱序》（文集八）曾言“采灵菌于粪壤，拔姬、姜于憔悴”，大致是仕宦未遂之作，现在他说“乔木世臣”，显然是仕宦已遂之后的言论。居正对于国家是大臣，对于嗣修等是父亲。是大臣便应当为国家求人才，是父亲便只能为儿子谋出路。也许在嗣修等几次会试的时候，他把父子底关系看得太重一点罢。但是我们眼前看到有些国家，当国的人物正在不断地替儿子争取地位，那么即是居正不免有一些舐犊之情，我们不妨认为这只是人类社会共有的弱点。
万历五年五月，总督两广军务右佥都御史凌云翼进攻罗旁瑶，对于少数民族，又来一次压迫。罗旁在德庆底南面，东西数百里，都是瑶山。宪宗成化年间，韩雍经略两广的时候，曾经讨平一部分，但是后来瑶人不断起兵，成为两广的祸患。殷正茂提督两广军务，又提议讨伐罗旁。万历三年，正茂去职，云翼继任，于是这个责任，落到云翼身上。万历四年，居正去言说：罗盘、渌水之事，石汀公在任不能处，乃诿难于后人，诚为不恕。然此地不沾王化数十百年，义所当讨，在公诚不宜使之跳梁于卧榻之前也。但须审图而后动，动而必胜，胜而无损，乃为万全。不然，又不如姑置之之为便也。（书牍八《答两广凌洋山计剿罗盘寇》）
云翼到任以后，从容布置，广西总兵李锡，广东总兵张元勋底军队都调齐了，万历五年进攻，不久就打一个胜仗，居正再去一信说到：罗旁之役，闻已获功万余，计所卤获，又当称是，即有伏逸，谅亦无多。宜乘此势，多方招部，开其生路，随宜处置，务绝后患，则一劳永逸之策也。（书牍九《答两广凌洋山》）
这年五月，“大功告成”，云翼在这次“战功”里，俘斩招降四万二千八百余人，确实是一个大役。云翼上疏，主张开辟州、县，招徐农垦，经过一度迟疑以后，居正接受这个建议。他说：罗旁之役，初意但恐宿寇初除，根株未尽，姑少迟建设，以俟人心之定，会新司马（兵部尚书王崇古）亦以此为言，遂从再议。近来彼中人来，皆言此地在四府之中，素称沃壤，与广右边徼不同，且远近之民，愿受廛者众，不设官建治，何以统之？是以知再议之为迂谬也。伫俟大疏至，即属铨部选除矣。但闻愿附籍者，多系远县之民，其中或有来历不明，流浪无根，或贼党诡名伪姓，若但务招徕，不加审别，兰、棘并植，狼、羊同饲，将复为昔日之罗旁矣。窃以四方邻近之人，亦自有就招者，彼风土既习，板籍有据，环数百里之内，封壤相接，迁徙无难，且彼素被贼患，茹苦日久，今界之以沃土，与之以安乐，亦所以偿之也。其中徭赋务从轻省，法令不宜烦苛，使人怀定居，远迩争附，数年之后，可尽化为乐国矣。夫戡乱非难，已乱为难，当此重开再辟之时，即宜为长治久安之计，惟高明择焉。（同卷《答两广凌洋山计罗旁善后》）
这是广东罗定州（本为泷水县、万历五年升为罗定州、今罗定县。）底来历。罗定州新开二县，东为东安县，（今云浮县）西为西宁县。（今郁南县）从此广州、高州、肇庆、梧州四府交界的原野，又添了国家的新壤。
万历五年五月宫内文书官邱得用口传圣旨，“慈庆、慈宁两宫，著该衙门修理见新，只做迎面。”这只是一件不重要的工程，而且是仁圣皇太后、慈圣皇太后底住所，谈不到驳回，但是居正认为这是不急之务，立刻拒绝。在神宗尚在冲龄的时侯，实际的政权，在皇太后手里，然而居正顾不得，他认定大臣有大臣底身分。居正疏称：臣等再三商榷，未敢即便传行。窃惟治国之道，节用为先，耗财之原，工作为大。然亦有不容已者：或居处未宁，规制当备，或历岁已久，敝壤当新，此事之不容已者也。于不容已者而已之，谓之陋，于其可已而不已，谓之侈，二者皆非也。恭惟慈庆、慈宁，乃两宫圣母常御之所，若果规制有未备，敝壤所当新，则臣等仰体皇上竭情尽物之孝，不待圣谕之及，已即请旨修建矣。今查慈庆、慈宁，俱以万历二年兴工，本年告完。当其落成之日，臣等尝恭偕阅视，伏睹其巍崇隆固之规，彩绚辉煌之状，窃谓天宫月宇，不是过矣！今未逾三年，壮丽如故，乃欲坏其已成，更加藻饰，是岂规制有未备乎？抑亦败坏所当新乎？此事之可已者也。况昨该部、该科，屡以工役繁兴，用度不给为言，已奉明旨，“以后不急工程，一切停止。”今无端又兴此役，是明旨不信于人，而该部、科，必且纷纷执奏，徒彰朝廷之过举，滋臣下之烦言耳。方今天下民穷财尽，国用屡空，加意撙节，犹恐不足，若浪费无已，后将何以继之？臣等灼知两宫圣母，欲皇上祈天永命，积福爱民，亦必不以此为孝也。臣等备员辅导，凡可将顺，岂敢抗违，但今事在可已，因此省一分，则百姓受一分之赐，使天下黎民，万口同声，祝圣母之万寿，亦所以成皇上之大孝也。伏望圣慈，俯鉴愚忠，将前项工程，暂行停止，俟数年之后，稍有敝坏，然后重修未晚。臣等干冒宸严，无任悚栗之至。（奏疏五《请停止内工疏》）
这一个奏疏上去，文书官随即口传圣旨，“先生忠言，已奏上圣母，停止了。”皇太后和神宗对于居正，到了言听计从的时候，居正认定自己底责任，所以不得不说。万历五年，整个国家的财政，已经有了良好的基础，但是居正认为国防民生，都需要很大的经费，在有余的时候，还要计划怎样轻徭薄赋，使百姓们得到实在的利益。他舍不得把铢积寸累的资财，浪费在琼楼玉宇上面。他知道这次修理两宫，是皇太后底意思，但是为了国家着想，他决定在皇太后面前顶一下。
万历二年，《穆宗实录》修完，神宗加恩居正，荫一子做中书舍人，居正两疏辞免。万历五年，《世宗实录》修完，神宗因为居正是实录馆总裁，再行加恩，吩咐内阁拟敕，居正把加恩同官的敕书拟定奏上，但是没有提到自己。神宗随即着文书官邱得用口传圣旨：皇祖四十五年《实录》，字字句句都是先生费心看改几次，我尽知道，先生恩该首加，却怎的不拟这敕？着令改拟了才行。
这一次居正在复疏里，痛切地把自己底心境说清。他说：
臣以羁单寒士，致位台鼎，先帝不知臣不肖，临终亲握臣手，属以大事。及遭遇圣明，眷倚弥笃，宠以宾师之礼，委以心膂之托，渥恩殊锡，岂独本朝所无，求之前史，亦所希觏。每自思惟，古之节士感遇知己，然诺相许，至于抉面碎首而不辞，既已存亡死生矣，而犹不矜其能，不食其报，况君臣分义，有不可逃于天地之间者乎？用是盟心自矢，虽才薄力僝侵，无能树植鸿巨，以答殊眷，惟于国家之事，不论大小，不择闲剧，凡力所能为，分所当为者，咸愿毕智竭力以图之！嫌怨有所弗避，劳瘁有所弗辞，惟务程功集事，而不敢有一毫觊恩谋利之心，斯于臣子分义，庶乎少尽云尔。故自皇上临御以来，所加于臣，文武禄荫，不啻四、五矣，而臣皆未敢领。昨以九年任满，皇上欲授臣以三公之官，给臣以五等之禄，臣亦恳疏陈辞，必得请而后已。岂敢异众为高，以沽流俗之誉哉？盖素所盟誓者至重，不敢自背其初心故也。近年以来，君臣之义不明，敬事之道不讲，未有尺寸，即生希冀，希冀不得，辄怀【垂夬】望，若执左券而责报于上者，臣窃非之，每欲以身为率而未能也。今乃以楮笔供奉之役，即叨横恩握泽之私，则平日所以劝勉者，皆属矫伪，人孰信之？此臣所以展转思惟，有不能一日自安者也。臣闻人臣事君，无隐情，无二辞。今臣所言，皆已真吐肺肠，辞理俱竭，借惟皇上复申前命，臣亦不过再执此辞，而章奏屡腾，言语烦渎，非皇上以手足腹心待臣之义也。万仰圣慈俯览愚衷，特赐停寝，俾臣微志获伸，虽疏食没齿，有余荣矣。所有改敕一节，万不敢拟，谨将原稿封进，伏乞圣裁施行。（奏疏五《纂修书成辞恩命疏》）
经过这样地剀切陈辞，神宗只有俞允。
这一年神宗十五岁。皇帝和平常人不同，皇太后在这一年，已经替他定下王伟底女儿，准备举行婚礼。中国的旧俗，婚礼便得选择吉日，皇帝底事，自有钦天监负责。据钦天监推测，十二月大利，又说一年之中，惟利十二月，其余皆有碍。宫内文书官传达皇大后圣旨，一切交给居正决定。居正又遇到一个小小的困难；要在万历五年十二月举行婚礼，新郎只有十五岁，新娘只有十四岁，未免太早；要到六年十二月，中间停顿一年，未免太迟，惟恐皇太后和皇上都等不及；要在这两个时期底中间，钦天监又认为月份不利。这便怎样呢？但是居正却轻易地解决了。他奏明皇太后，因为英宗、武宗、世宗都是十六岁成婚，所以应当是十六岁；他说他也知道要等待万历六年十二月，未免太迟；因此他认为最好是明年三、四月，不迟不早，最为妥帖。钦天监不是说月份不利么？居正说：“臣等窃惟帝王之礼，与士庶人不同。凡时日禁忌，皆世人俗尚，然亦有不尽然者。臣居正素性愚昧，不信阴阳选择之说，凡有举动，只据事理之当为，时势之可为者，即为之，未尝拘泥时日，牵合趋避，然亦往往误蒙天幸，动获吉利。况皇上为天地百神之主，一举一动，皆将奉职而受事焉，又岂阴阳小术，可得而拘禁耶？”（奏疏五《奏请圣母裁定大婚日期疏》）他奏明皇太后，一切只要太后作主。随后文书官口传太后圣旨：“先生说的是，今定以明年三月。”这一次居正又得到一个小小的成功。
但是九月间，慈圣太后底难题来了。太后派司礼监太监孙得胜，口传圣旨，今岁大喜，命内阁拟旨暂免行刑。明朝的制度，秋天有秋审，现在正是判罪执行的时期，眼看又要因为太后这一点妇人之仁，停顿下来。一切都和居正底主张根本背谬了。居正认为国家之乱，完全因为有心宽纵，以致不可收拾，所以他说，“天下之事以为无足虑，则必有大可虑者。”（书牍六《与操江宋阳山》）他认为“盗者必获，获而必诛，则人自不敢为矣。”（书牍八《答总宪吴公》）万历五年，有人和他说起孔子底话：“苟子之不欲，虽赏之不窃。”在季康子愁到盗贼太多的时候，孔于不曾这样说过吗？居正反驳道：盖闻圣王杀以止杀，刑期无刑，不闻纵释有罪以为仁也。“苟子之不欲，虽赏之不窃”，此孔子箴病之言，是时鲁失其政，宠赂滋彰，故言此以警之，非谓徒不欲可以弭之，无是理也。夫人之可以纵情恣意，有所欲而无不得者，莫逾于为盗；而秉耒持锄，力田疾作，束缚以礼法，世之所至苦也。安于其所至苦，无所惧而自不为非者，惟夷、由、曾、史为然。今不曰“吾严刑明法之可以制欲禁邪也”，而徒以不欲率之，使民皆释其所乐，而从其所至苦，是天下皆由、夷、曾、史而后可也。舜，不欲之君也，皋陶，不欲之相也，蛮夷猾夏，寇贼奸宄，犹不能无明刑作士以威之，况其余乎？异日者有司之不敢捕盗也，以盗获而未必诛也，不诛则彼且剚刃于上，以毒其仇而合其党，故盗贼愈多，犯者愈众。今则不然，明天子振提纲维于上，而执政者持直墨而弹之，法在必行，奸无所赦。论者乃不惟舜、皋之所以致理者，而独用懦者姑息之说，衰季苟且之政以挠之，其无乃违明诏而诡国法乎？（书牍九《答宪长周松山言弭盗非全在不欲》）
现在的难题来了，慈圣太后固然要“暂免行刑”，明天子也不再“振提纲维”，怎么办呢？居正立即上疏。他说：夫春生、秋杀，天道所以运行，雨露雪霜，万物因之发育。若一岁之间，有春生而无秋杀，有雨露而无雪霜，则岁功不成而化理或滞矣。明王奉若天道，其刑赏予夺，皆奉天意以行事。书曰：“天命有德，五服五章哉，天讨有罪，五刑五用哉。”若弃有德而不用，释有罪而不诛，则刑、赏失中，惨、舒异用，非上天所以立君治民之意矣。臣等连日详阅法司所开重犯招情，有杀祖父母、父母者，有殴死亲兄及同居尊属者，有杀一家非死罪三人者，有强盗劫财杀人者，有斗殴逞凶，登时打死人命者。据其所犯，皆绝灭天理，伤败彝伦，仁人之所痛恶，复载之所不容者，天欲诛之，而皇上顾欲释之，其无乃违上天之意乎？……今圣母独见犯罪者身被诛戮之可悯，而不知被彼所戕害者，皆含冤蓄愤于幽冥之中，明王圣主不为之一泄，彼以其怨恨冤苦之气，郁而不散，上或蒸为妖沴氛祲之变，下或招致凶荒疫疠之灾，则其为害，又不止一人一家，受其茶毒而已。独奈何不忍于有罪之凶恶，而反忍于无辜之良善乎？其用仁亦时矣！况此等之人，节经法司评审，九卿大臣评鞫，皆已众证明白，输服无辞，纵使今年不决，将来亦无生理，不过迟延月日，监毙牢狱耳。然与其暗毙牢狱，人不及知，何如明正典刑，犹足以惩奸而伸法乎？法令不行，则犯者愈众，年复一年，充满囹圄，既费关防，又亏国典，其于政体，又大谬也。伏愿皇上念上天之意不可违，祖宗之法不可废，毋惑于浮屠之说，毋流于姑息之爱，奏上圣母，仍将各犯照常行刑，以顺天道。若圣心不忍尽杀，或仍照去年例，容臣等拣其情罪尤重者，量决数十人，余姑牢固监候，俟明年大婚吉典告成，然后概免一年，则春生秋杀，仁昭义肃，并行而不悖矣。（奏疏五《论决重囚疏》）
这个奏疏上去以后，文书官口传圣旨：“先生说的是，今年照旧行刑。”居正认定“杀以止杀”；惟有严厉执行法律，民生才可以安定，国家才得到保障。统治阶级为了维持他们底统治起见，有时必须严厉执行维护本阶级利益的法律。这里看到他们的面貌。
第十一章 从夺情到归葬
嘉靖三十七年，居正曾经看到父亲一面。十九年的日月了，居正从一个平凡的翰林院编修，成为当国的首辅，文明也从一个平凡的府学生，成为首辅底父亲。在北京的掌握政权，在江陵的掌握利权。谁能说文明底不是呢？辽王府到手了，重行翻造，纯忠堂、捧日楼都盖好了，沙洲来了，刘总兵送来的银子，也从瞿塘三峡下来了。快得很，李太白不曾说过吗？“两岸猿声啼不住，轻舟已过万重山”，这一位七十岁的府学生想起。其余的，还有许多许多数不清的事件。七十岁的人，应当休息一下，但是这一家的事，交给谁呢？不错，还有居易、居敬，但是文明究竟放心不下。居正也谈起要迎养到北京，可是老年人搁不下江陵底山水，搁不下自己底姬妾，搁不下一切的家事。
万历三年神宗忽然问起左右的人来：“张先生底父母还在吗？”“先生底父母已经七十几岁了，”大家说，“还是好好的。”
神宗高兴得很，吩咐准备赏赐，一面亲笔写信给居正：
闻先生父母俱存，年各古稀，康健荣享，朕心喜悦。特赐大红蟒衣一袭，银钱二十两；又玉花坠七件，彩衣纱六匹，乃奉圣母恩赐：咸宜钦承，著家僮往赍之。
大致是万历五年夏间，文明病了，有时连走路都困难，居正准备请假省亲，偏偏神宗大婚的问题来了，后来婚期决定在万历六年三月，居正看到暂时走不得，索性定在大婚以后再行回去。他在给王之诰的信上提起：“老父顷患甚剧，今虽暂愈，然闻动履尚属艰难，桑榆暮景，风烛可虞。颛拟主上大婚后，乃敢乞身。（”乞身“二字不可信。文集十《先考观澜公行略》作”拟俟大礼告成当请告一省觐，“语较翔实。）今定婚期于来岁三月，则陈情之举，当在夏初矣。遥望此期，以日为岁，奈何？”（书牍九《答司寇王西石》）
文明这一年七十四岁，疾病缠绵，（敬修《文忠公行实》言“不谓一日晨出登王粲楼，蒙犯霜露，寝疾十有一日，遂卒。”与居正《答王西石书》不合。）终于在九月十三日逝世了。那时从江陵到北京，交通困难，九月二十五日，居正才得到讣闻。内阁同僚吕调阳、张四维奏明神宗，神宗颁赐御笔给居正说：朕今览二辅所奏，得知先生之父，弃世十余日了，痛悼良久。先生哀痛之心，当不知何如里！然天降先生，非寻常者比，亲承先帝付托，辅朕冲幼，社稷奠安，天下太平，莫大之忠，自古罕有。先生父灵，必是欢妥，今宜以朕为念，勉抑哀情，以成大孝。朕幸甚，天下幸甚。（见奏疏六《闻忧谢降谕宣慰疏》）
神宗赐银五百两、纻丝十表里、新钞一万贯、白米二十石、香油二百斤、各样碎香二十斤、蜡烛一百对、麻布五十匹。两宫皇太后也是照样赐唁。二十八日礼部奉圣旨，文明“著照例与祭葬，仍加祭五坛，”身后恤典，一切从厚。
但是重大的问题来了。明代内外官吏人等有丁忧的制度，在遇到承重祖父母，亲父母底丧事，自闻丧日起，不计闰，守制二十七月，期满起复。英宗正统七年令，“凡官吏匿丧者，俱发原籍为民”；十二年令，“内外大小官员丁忧者，不许保奏夺情起复”。“丁忧”指亲丧二十七个月中，必须解职的事；期满而后，照旧做官，称为“起复”。在二十七个月中，由皇上特别指定，不许解职，称为“夺情”。夺情之事，平常很少见，但是在军队中，尤其是在作战的时候，原谈不到“丁忧”，这一类的事，古人称为“墨绖从戎”，又称“金革之事不避”。在宗法社会里面，政治就是教化，官吏就是师长；主持教化的师长，在教忠、教孝的社会里，自己先行履行对于亡父、亡母的义务，不能不算是一种合理的行为。
居正照例咨行吏部，题请放回原籍守制。吏部随即奉到圣旨：
朕元辅受皇考付托，辅朕冲幼，安定社稷，朕深切依赖，岂可一日离朕？父制当守，君父尤重，准过七七，不随朝，你部里即往谕著，不必具辞。（见奏疏六《乞恩守制疏》）
居正九月二十五日得讣，这道不许守制的上谕，也在九月发下，一切都是四、五日间之事，没有回旋的余地。本来居正夺情的事情太严重了，居正身后，经过神宗十年到四十八年这个很长的阶段，一般人因为后来神宗对于居正的反感，无从追求正确的结论；等到神宗死后，讨论可以自由的时候，夺情底经过已经成为长远的过去，时日不清楚了，事实不清楚了，伪造的根据，曲解的现实，到处作祟。于是夺情的是非，遂成为一个谜。
据说第一个主张夺情的是户部侍郎李幼孜，冯保主张夺情，居正也有意夺情，因此造成夺情的局势。其实幼孜第一个提出这个呼声，只提出时代底要求，而造成这个时代要求的，却是居正本人。
自从隆庆六年六月，居正当国以来，这五年三个月的时间，整个国家安定了。政治上了轨道，经济有了把握，太仓粟支十年，太仆寺积金四百余万；北边的俺答屈服了，土蛮虽然没有屈服，但是不断地溃败，解除了东北方的威胁；内阁里面，安静到没有一点波浪，更是嘉靖、隆庆以来没有的现象；这一切是谁底大功？居正去了，这个局面，交付那一个？徐阶七十五岁了，高拱更和冯保结下生死大仇，都谈不到回朝，在野的还有那一个干练的大臣？吕调阳是一个忠厚老实的人，他自己没有大的抱负；张四维也许还有些才气，但是资历太差，而且也没有人望，在朝的又交给谁？居正固然有三个主人，但是慈圣太后和冯保，都说不到自己掌握政权，明代根本没有太后临朝和宦官执政（王振、汪直、刘瑾、以及后来之魏忠贤、皆未直接掌握政权。）的前例；至于神宗，这时才十五岁，慈圣太后还把他当小孩看待呢，更说不到自己负责。一切的形势竟造成居正非留不可的局面。这一个局面是居正自己造成的，居正自己也看到。
其次大学士丁忧起复，不是没有故事的。成祖永乐六年六月杨荣丁优，十月起复。宣宗宣德元年正月金幼孜丁忧，随即起复。四年八月杨溥丁忧，随即起复。景帝景泰四年五月王文丁忧，九月起复。宪宗成化二年三月李贤丁忧，五月起复。这都是故事。五人之中，惟有李贤是首辅，而李贤所处的时代，是一个太平的时代，成化二年，宪宗已经二十一岁，即使李贤丁忧，也还和现在非留不可的局面，有些不同。这一切，慈圣太后、神宗、冯保，连同居正也都看到。
不许守制的上谕下来了，居正再行上疏请求，自称“是臣以二十七月报臣父，以终身事皇上”，但是语气并不十分坚定，他甚至说：臣闻受非常之恩者，宜有非常之报。夫非常者固非常理之所能拘也。臣一介草茅，忝司政本，十有余年，受先皇顾托之重，荷圣主倚毗之专，无论平日所承，隆恩异数，超轶古今，即顷者闻忧之日，两宫圣母为臣悯恻，圣心感动，为臣凄惋，慰吊之使，络绎道途，赙賵之赉，充溢筐篚，又蒙皇上亲洒宸翰，特降玺书，中间慰借之勤笃，勉喻之谆切，尚有溢于圣言之外者。臣伏而读之，一字一泪，虽旁观近听之人，亦无不伤心酸鼻者。夫自古人臣，以忠结主，商则成汤之于伊尹，高宗之于傅说，周则成王之于公旦，汉则昭烈之于诸葛亮，其隆礼渥眷，辞命诰谕之文，载在史册，至今可考，固未有谦抑下巽，亲信敬礼，如皇上之于臣，若是之恳笃者，此所谓非常之恩也。臣于此时，举其草芥微躯，摩顶放踵，粉为微尘，犹不足以仰答于万一，又何暇顾旁人之非议，徇匹夫之小节，而拘拘于常理之内乎？且人之大伦，各有所重，使幸而不相值，则固可各伸其重，而尽其所当为；不幸而相值，难以并尽，则宜权其尤重者而行之。今臣处君臣、父子，两伦相值，而不容并尽之时，正宜称量而审处之者也。况奉圣谕，谓“父制当守，君父尤重”，臣又岂敢不思以仰体，而酌其轻重乎？（奏疏六《乞恩守制疏》）
无疑地，居正是在考虑应否守制的问题了。十月初二日奉圣旨：
卿笃孝至情，朕非不感动，但念朕昔当十龄，皇考见背，丁宁以朕属卿，卿尽心辅导，迄今海内乂安，蛮貊率服，朕冲年垂拱仰成，顷刻离卿不得，安能远待三年？且卿身系社稷安危，又岂金革之事可比？其强抑哀情，勉遵前旨，以副我皇考委托之重，勿得固辞。（见上）
奉旨以后，居正上《再乞守制疏》，十月初五日复奉圣旨：
览奏，词益哀恳，朕恻然不宁。但卿言终是常理，今朕冲年，国家事重，岂常时可同？连日不得面卿，朕心如有所失。七七之期，犹以为远，矧曰三年！卿平日所言，朕无一不从，今日此事，却望卿从朕，毋得再有所陈。（见奏疏六《再乞守制疏》）
神宗甚至和吕调阳、张四维说起，即使居正再上百本，亦不能准。守制的请求，已经成为僵局，居正只得再从旁面提出，他说：仰窥皇上之心，不过以数年以来，举天下之重，尽属于臣，见臣鞠躬尽瘁，颇称意指，将谓国家之事，有非臣不办者。此殆不然也！夫人之才识，不甚相远，顾上用之何如。臣之不肖，岂真有卓荦超世之才，奔轶绝尘之力，惟皇上幸而用之，故臣得尽其愚耳！今在廷之臣，自辅臣以至于百执事，孰非臣所引荐者？观其器能，咸极一时之选。若皇上以用臣之道而用诸臣，诸臣以臣心之忠而事皇上，将臣平日所称圣贤道理，祖宗法度，此两言者，兢兢守之，持而勿失，则固可以端委庙堂而天下咸理。是臣虽去，犹未去也，何必专任一人，而使天下贤者，不得以各效其能乎？且臣尚有老母，年亦七十二岁，素婴多病，昨有家人到，致臣母意，嘱臣早归。田野之人，不知朝廷法度，将谓臣父既没，理必奔丧，屈指终朝，倚间而望，今若知臣求归未得，相见无期，郁郁怀思，因而致病，则臣之心，益有不能自安者矣。皇上方以孝养两宫，何不推此心以及臣之母乎？（同卷三《乞守制疏》）
神宗底圣旨又下了，他说：
朕为天下留卿，岂不轸卿迫切至情，忍相违拒？但今日卿实不可离朕左右。著司礼监差随堂官一员，同卿子编修嗣修，驰驿前去，营葬卿父；完日，即迎卿母，来京侍养，用全孝思。卿宜仰体朕委曲眷留至意，其勿再辞。（见前）
这道圣旨，由内阁传下，神宗再命司礼监太监何进带去亲笔谕旨：谕元辅：朕以幼冲、赖先生为师，朝夕纳诲，以匡不逮。今再三陈乞守制，于常理固尽，于先帝付托大义，岂不鲜终？况朕学尚未成，志尚未定，一日、二日万几，尚未谙理；若先生一旦远去，则数年启沃之功，尽弃之矣。先生何忍！已有旨，特差司礼监官同先生子前去造葬，事完便就迎接先生老母，来京侍养，以慰先生孝思，务要勉遵前旨，入阁办事，岂独为朕，实所以为社稷，为苍生也。万望先生仰体圣母与朕惓惓恳留至意，毋劳又有所陈。（见同卷《谢降谕慰留疏》）
这时御史曾士楚，给事中陈三谟都上疏，请留居正了。吏部尚书张瀚奉上谕慰留居正，连忙和左侍郎何维柏商议。
“丁忧守制，”维柏说，“是天经地义的事，迁就不得的。”张瀚底宗旨决定了，索性给他一个不理。吏部司官们和尚书说，请他复奏，张瀚只是一味地装糊涂。他说：大学土奔丧，应当加恩；这是礼部底事，和吏部有什么相干！
皇帝夺情的诏书屡次下来了，官员们正在纷纷请留居正，张瀚只是捶着胸膛叹息，他认为从此以后，纲常扫地，对于奉命慰留居正的上谕，始终置之不理。给事中王道成，御史谢思启上疏弹劾张瀚、何维柏，其结果张瀚勒令致仕，维柏罚俸三月，一切都是十月初的事。
夺情的局势既成，居正没有回旋的余地，他只有承认了。他说：
凡朝士大夫，见者闻者，无不恫切叹颂，皆以大义责臣，谓殊恩不可以横干，君命不可以屡抗，既以身任国家之重，不宜复顾其私。臣连日枕块自思，且感且惧，欲再行陈乞，恐重获罪戾。且大婚期近，先帝之所付托，与国家之大典礼，莫此为重，乃一旦委而去之，不思效一手一足之力，虽居田里，于心宁安？用是茹忍哀悰，不敢再申前请，谨当恪遵前旨，候七七满日，不随朝，赴阁办事，随侍讲读。（同卷《乞暂遵谕旨辞俸守制预允归葬疏》）
他提出五个条件，（一）所有应支俸薪，概行辞免；（二）所有祭祀吉礼，概不敢与；（三）入侍讲读，在阁办事，俱容青衣角带；（红袍玉带为吉服，故言青衣角带。）（四）章奏具衔，准加“守制”二字；（五）仍容明年乞假葬父，便迎老母，一同来京。条件提出以后，奉圣旨：“卿为朕勉出，朕心始慰，这所奏，俱准。归葬一节，还候旨行。”（见前疏）
居正夺情之事，虽然是局势造成的，但是造成这个局势的，何尝不是居正？张瀚勒令致仕的时候，居正还没有承认在阁办事，但是他已经推荐王国光继任吏部尚书了。他和国光说：“铨衡重任，非公不足以当之。比时孤方乞归，然不敢以去国之故，而忘谋国之心，故敢以公进。然公之忠亮，实素简于帝心，故疏上即荷俞允，非俟孤言以为用舍也。”（书牍九《答太宰王疏庵》）在苫甴昏迷的当中，居正何尝有一日忘去政权？居正称道伊尹，（文集十一《杂著》）也许他看上伊尹以天下自任的那一点，但是以天下自任，正是热中政权的一个解释。
从居正十九年没有看见文明一面的事实看来，父子之间的感情，委实已经生疏了。居正和文明中间，无论在志趣上，在事业上，都看不出一些共同的场所。十九年的日月，三千里的距离，在父子之间，造成最大的隔阂。居正当然知道丁忧只是二十七个月的请假，在这个时间以后，随时可以起复。但是起复只是一个理论。徐阶致仕了，陈以勤、李春芳致仕了，高拱、殷士儋也致仕了，除了高拱偶然一度重来以外，其余没有一个再看到北京的城阙。政权正和年光一样，是不轻易回转的。居正自从二十三岁举进士以后，经过三十一年的政治奋斗，才取得现在的政治地位，他怎能不留恋呢？
明朝的故事，首辅去位三日以后，次辅便把座位，从内阁的右边迁到左边，翰林院后辈和内阁僚属都穿红袍到内阁道贺。这一次他们穿红袍到内阁来了，大家向次辅吕调阳道贺。调阳是一个老实人，他虽然没有把座位移到左边，但是居然接受大众底道贺。一切增加居正底恚忿。他认识自己还没有去位，人情已经变了，将来当真去位，那还了得！夏言、严嵩对于当日的政权，都曾经支付血腥的代价；以后徐阶、高拱，也都经过最大的危险。现在会不会需要自己偿还这一笔血债！
留恋、畏惧，这两种强烈的情绪，占有居正底胸中。但是最大的原因，还是他舍不得当时的国家。在自己当国的五年三个月中间，整个明朝，已经从困顿的状态中解放出来，成为富强的国家；自己去位以后，会不会重行回到困顿中去？这一切，只为了一个十九年不曾见面的父亲，代价未免太大了。居正觉得李幼孜底语句还在自己耳朵里响着：皇帝冲龄，天下不可一日无相公，相公怎样忍得回去守制呀！
这样他才决定辞俸守制的办法。万历八年他在奏疏中说过：
臣又查得前代典礼与本朝律令，凡夺情起复者，皆居官食禄，与见任不殊。故先年大学士杨博、李贤等，皆从服中升官考满，以事同见任故也。今臣乃辞俸守制，皇上原未夺臣之情，臣亦未尝于制中起复，比之诸臣，事体原自不同。（奏疏九《辞考满加恩疏》）
居正辞俸守制，但是神宗没有让他枵腹从公的道理，所以万历五年十月传旨：元辅张先生，俸薪都辞了。他平素清廉，恐用度不足，著光禄寺每日送酒饭一桌，各该衙门每月送米十石、香油三百斤、茶叶三十斤、盐一百斤、黄白蜡烛一百支、柴二十扛、炭三十包，服满日止。（见奏疏六《谢内府供给疏》）
居正曾和顺天巡抚陈道基谈起当日的心境：
