高拱取的攻势，当然一刻也不懈怠。他认定自己和居正、高仪，是顾命大臣，他要报答穆宗皇帝，也要辅佐神宗皇帝；自己是首辅，更加责无旁贷。冯保底气焰一天大似一天，他是司礼掌印太监，现在又用中旨提督东厂。司礼掌印管的宫内，提督东厂便管到宫外来了。特务工作又落到他手里，冯保不是成为独裁吗？高拱容不得，他决定进攻了。第一道火线由六科给事中程文，十三道御史刘良弼等一齐向前。他们底奏疏和排炮一样地发出了，共同的目标只是一个冯保。第二道火线是礼科都给事中陆树德，吏部都给事中雒遵。树德攻击冯保掌司礼监一事，他底奏疏说：先帝甫崩，忽传冯保掌司礼监。果先帝意，何不传示数日前，乃在弥留后？果陛下意，则哀痛方深，万几未御，何暇念中官？
这是用的最合逻辑的论法。惟一的答案，当然是既非穆宗，又非神宗，而只是冯保矫诏。矫诏便有矫诏的处分，高拱正准备着。雒遵是高拱底门生，更是一员大将，他看到神宗坐朝的时候，冯保站在御座旁边，于是提出攻击。
保一侍从之仆，乃敢立天子宝座。文武群工拜天子邪？抑拜中官邪？欺陛下幼冲，无礼至此。
两道奏疏又一齐发出了，共同的目标也只是冯保。这时已经是六月十五日己巳，是神宗即位的第六日。奏疏接二连三地发出了，冯保是司礼掌印太监，掌理内外章奏，没有不知道。不关事，战争是战争，用不到秘密。一切的计划，是高拱发动的，给事中和御史们，也受高拱主使，这也用不到秘密。隆庆四年以来，高拱和言官们打成一片，久已是公开的事实，何况冯保提督东厂，侦缉底特权和机构，都在他手里，那还有什么秘密？高拱只准备用“堂堂之阵，正正之旗”，打倒一个横行跋扈的内监。他晓得奏疏上去了，皇上便会发交内阁拟旨，权柄在自己手里，不愁冯保有什么办法。他自己也曾上疏，请把司礼监掌理章奏的大权，交还内阁。他准备负全责，当然他可以要求揽全权。他认定在缜密的布置之下，这一来可把冯保打倒了。
他所顾虑的还是内阁的同僚。四月中高仪入阁的时候，他就称病，再三推阻。居正也曾给他去信：“辱教，知东山情切，高驾夷犹，殊失朝野之望。兹温綍再颁，敦劝愈笃，恐上命不可屡抗，物望不可终孤。”（书牍三《答宗伯高南宇》）后来高仪果然来了，然而他也果然病了。在同受顾命的时候，高仪曾经豫闻，但是现在他确是病倒了，在这一方面，高拱看不到什么援助。还有张居正呢！在皇上即位以后，他奉诏到大峪岭视察葬地，这是准备穆宗皇帝底葬事，当然应由一位得力大臣去的。天又热，路上又辛苦，据说他回来以后又病倒了，这几天正在请病假，没有到内阁。高拱看到两位同僚都病倒了，一切的责任都在自己肩上。不要紧，他准备一个人担负着。
居正这几年以来，逐渐地感到岌岌不安的情况。内阁中的同僚都去了，这是为的什么？六年三月间，礼部尚书潘晟又去了，又是为的什么？潘晟去位以后，曾经来一封信，居正答复道：辱别谕，一一领悉。白首相知，犹按剑也，况他人乎？然义命之学，窃尝闻之矣。自检平生，不敢有一事负国家，不敢有一念负于天下贤士大夫，至于去就，有命存焉，惟静以俟之而已。猥辱至爱，中心藏之。（书牍四《答宗伯潘水帘》居正有《义命说》，见文集六。）
那时他认为高拱底目标，只是自己，斗争没有把握，刘奋庸、曹大埜又去了，所以只得静以俟命。他底心绪正从烦闷转为恬淡。万想不到穆宗逝世以后，政治方面又跃起新兴的势力，演成内阁和司礼监的决斗。“什么内阁？”居正想到，“只是高拱一人！”他明白冯保和自己没有什么渊源，高拱底策略，冯保不是没有耳目，自己也犯不着去告密。（《明史·高拱传》称拱使人报居正，居正阳诺之而私以语保。《冯保传》称保与居正定谋逐拱。）他采取的方式，只是坐观成败。高拱胜了，居正自然还有他底“义命之学”；冯保胜了，居正明白收拾政局，便非自己不可，而且对于冯保，居正也自信还有对付的本领。穆宗逝世只有二十天，神宗即位只有五、六天，空气已经紧张的了不得，暴风雨就要发作了，等着罢。在这个情况之下，居正只说是受了暑，在内阁请假几天。
六月十六日庚午，天还未明，神宗召集大臣到会极门。高拱去了，满心以为这一次就是驱逐冯保的机会。居正还在假中，没有去。（《明史纪事本末》言“促居正至。”《明史·高拱传》言‘拱伏地不能起，居正掖之出“，似居正是日曾至会极门。以周圣楷《张居正传》考之，则言居正卜视陵寝，”比归而拱已去位矣，“又似居正是日尚在大峪岭未回。周《传》作于崇祯间，应可信。再考居正奏疏二《谢召见疏》则言”祗役山陵回还，中暑致病，具奏请假调理。本月十九日辰刻，忽闻中使传奉圣旨，宣召臣入“，是十六日居正实已还京，尚在假中。）高拱向上一看，少年的皇帝旁边，正立着自己底敌人冯保。这一刹那的注视，高拱知道已经失败了。冯保传皇后、皇贵妃和皇帝底谕旨道：告尔内阁、五府、六部诸臣：大行皇帝宾天先一日，召内阁三臣御榻前，同我母子三人，亲受遗嘱日，”东宫年少，赖尔辅导。“大学士拱揽权擅政，夺威福自专，通不许皇帝主管，我母子日夕惊惧。便令回籍闲住，不许停留。尔等大臣受国厚恩，如何阿附权臣，蔑视幼主！自今宜洗涤忠报，有蹈往辙，典刑处之。（《明史纪事本末》卷六一原文）
高拱果然失败了。高拱底后盾是外庭，冯保底后盾是深宫；高拱只能主使言官，直攻冯保底罪恶，冯保便能撺掇后妃，怀疑高拱底忠诚。高拱这一次失败，深深地给居正一个教训，以后居正当国，在主持国政以外，对于奉承后宫和联络内监两件事，都化费不少的工夫。
明朝大臣解职回里的时候，有给驿的故事；所谓“给驿”，便是在驿站里支使车马人夫，由国家供给。这本来是特许，但是后来慢慢成为常例了。偏偏这次高拱卸任，限定立刻回籍，不许逗留，驿站的马车谈不到了，他只得自己雇车，有的说是乘牛车出北京，（《明史纪事本末》）有的说是骡车，（《明史·高拱传》）押行的兵役还在后面一路追逐，成为当时的新闻。六月十九日，居正入见以后，再为高拱请恩，幸而成功，高拱才免去道途间无谓的困顿。七月间居正有信给王崇古说：主少国疑，艰难之会，正宜内积悃诚，调和宫壸，外事延接，收揽物情，乃可以扶危定倾。而元老一切皆易其道，又昵比谗佞，弃绝石交，语之忠告，不惟不纳，反致疑怒，竟至于此，岂非天哉！当其时，人情汹汹，祸且不测，仆犹冒死为之营诉，为之请驿，仅得解脱，然国体士气，所损多矣。嗟乎，自古谗人乱国，可胜痛哉！幸新皇聪颖异常，虽幼冲已具大有为之度，区区愚忠，幸蒙俯鉴。方今宫府一体，上下一心，内外事情，幸已大定，但边事虏情，日夕在念，腹心虽安，四肢安可忽哉？万望留神，以慰宵旰。辱教云云，诚高见渊识，石画鸿谟，非公爱我之深，易得闻此？三复三叹，敬佩良箴。（书牍四《答王鉴川》）
所谓“冒死为之营诉”，必有所指。据王世贞《首辅传》，冯保在皇后面前，曾经提起高拱谋废太子，迎立周王的谣言；又说冯保还买通其他的内监，造成同样的空气，所以皇后震怒，事情不可收拾。这一件故事，《明史纪事本末》和《明史》都不载，但是证以六月十六日传谕“通不许皇帝主管”，和居正“人情汹汹，祸且不测”两句，后面的情形，决不简单。万历六年高拱死后，妻张氏请求恤典，神宗将奏疏发下内阁，派文书官田义口传圣旨：“高拱不忠，欺侮朕躬，今已死了，他妻还来乞恩典，不准他。钦此！”居正再行上奏，神宗始准开复原职，给与祭葬，但是还说：“高拱负先帝委托，藐朕冲年，罪在不宥。”这时神宗已经十六岁，他对于高拱底痛恨，真是深切。假使不是冯保造出废立的谣言，不会给神宗这样一个不可磨灭的印象。
居正对于六月十六日的政变，事前定有所闻。高拱底作风，他是知道的。冯保虽然只是一个生疏的内监，但是内监们那一贯的阴贼险狠的手段，居正也不会不知道。他看定暴风雨要来了，所以他只是托病请假。等到风暴过去，十九日居正上朝的时候，高拱久已离开北京，内阁中的资望，更没有比居正深的，因此他便循序坐升，成为首辅，而且因为高仪随即于二十三日逝世的原故，居正成为惟一的顾命大臣，他在政治上的地位，更加巩固。这一次政变底结果，居正是最大的收获者。对于双方底策划，他不是不知道；对于冯保的诬蔑，他不会不明白；高拱固然没有拥立周王的阴谋，而且从宗支亲疏的关系方面讲，周王也没有入承大统的可能。从政体的立场讲，司礼监一部分的职权，应当交给内阁，“宫府一体”，原是居正底口号。从友谊的立场讲，居正更应当援助高拱，他们不是十几年的同僚吗？然而他们底友谊已经生疏了！这不能不责备高拱，但是也何尝能放过居正？他只是坐观成败，希望高拱底失败，以完成自己掌握政权的目标。他给王崇古说：“冒死为之营诉”，是一句遁辞，为什么要请假规避呢？不在会极门营诉而只凭事后的空言，要想博得外人底同情，希望不免太奢了！话又说回来，徐阶失败以后，居正曾经自咎以为“中人内构，不能剖心以明老师之诚节”。对于曾受大恩的老师，还谈不到剖心营诉；那么对于中经生疏的同僚，更从那里说起！“政治家”不是圣贤，而只是“政治家”；谁愿意为着别人，牺牲自己底政权呢。
这一次的政变，高拱底政权推翻了，居正底政权树立起来，一切只是人事的变动，不是政策的变动。高拱是一个强干的“政治家”，自兼吏部尚书，上午到内阁，下午到吏部，没有一件积案，这是他办事的能力。居正不兼部，但是对于内阁和六部底事情，没有一件不曾洞察，他底精明，正抵上高拱底强干。高拱对于同僚，不免高亢，居正稍为谦抑；高拱对于政敌，照例是不能容忍，有仇必报，居正稍知容忍，甚至量材录用。不过这个分别，只是一个大概。最初掌握政权的时候，居正还有一些笼络人才的意味，以后便日渐高亢，到了万历六年以后，简直和高拱一样。在这方面，他们中的区别，只是年龄的区别，等到居正过了五十以后，他底行为，便和高拱没有分别。在应付官庭和内监方面，居正比高拱高明多了，他知道敷衍和迁就，他知道走曲线，然而他永远认清政治目标，宫庭和内监对于实际的政治，没有过问的余地。高拱提高内阁政权的目标，在居正手里完成，但是居正没有遇到高拱所遇的挫折。不过这是高拱失败以后，居正所得的教训：假使高拱有第三次入阁的机会，以他那样的能力，不是办不到的。简单一句，高拱和居正，只是同一范畴的人物，因为环境底不同，不免有少许的差异。不明白实际政治的人，也许因为他们不能合作，发生诧异，其实整个的政权不能容许两个“政治家”共同掌握，正和整个的家庭不能容许两个主妇共同主持一样。
六月十六日过去了，十九日神宗召见居正。这时是辰刻，比平常的早朝，稍微迟一点。神宗吩咐居正跪到宝座面前，他说：先生为父皇陵寝，辛苦受热，国家事重，只在内阁调理，不必给假。
居正叩头，承认在阁调理，神宗又说：凡事要先生尽心辅佐。
在神宗提起穆宗对于居正的言论，称为忠臣之后，居正感激涕零，不能仰视，俯伏奏称：臣叨受先帝厚恩，亲承顾命，敢不竭才尽忠，以图报称。方今国家要务，惟在遵守祖宗旧制，不必纷纷更改。至于讲学亲贤，爱民节用，又君道所当先者，伏望圣明留意。
“先生说的是，”神宗说。
“今天气盛暑，望皇上在宫中，慎起居，节饮食，以保养圣躬，茂膺万福，”居正说。
“知道了。”神宗又说，“与先生酒饭吃。”（奏疏二《谢召见疏》，对话用原文。）
居正在召见以后，有《谢召见疏》，历称：“臣之区区，但当矢坚素履，罄竭猷为，为祖宗谨守成宪，不敢以臆见纷更；为国家爱养人才，不敢以私意用舍：此臣忠皇上之职分也。仍望皇上，思祖宗缔造之艰，念皇考顾遗之重，继今益讲学勤政，亲贤远奸，使宫府一体，上下一心，以成雍熙悠久之治，臣愚幸甚，天下幸甚。”
这一次的召见，是居正为首辅以后，第一次的召见。他发表大政方针，只说“遵守成宪”。这是居正和王安石不同的地方。宋神宗的时候，安石充满了一头脑的理想，他要改革，要创制；但是明神宗的时候，居正只是充满了一头脑的“成宪”，他只要循名，要核实。安石是理想的政治家，而居正是现实的政治家。居正所称的祖宗旧制，便是太祖底旧制，一年以前，他为会试主考的时候，曾经说过：夫高皇帝之始为法也，律令三易而后成，官制晚年而始定，一时名臣英佐，相与持筹而算之。其利害审矣！后虽有智巧，莫能逾之矣！且以高皇帝之圣哲，犹俯循庸众之所为，乃以今之庸众，而欲易圣哲之所建，岂不悖乎？车之不前也，马不力也，不策马而策车，何益？法之不行也，人不力也，不议人而议法，何益？下流壅则上溢，上源窒则下枯：决其壅，疏其窒，而法行矣。今之为法壅者，其病有四：愚请颂言而毋讳，可乎？夫天下之治，始乎严，常卒乎弛；而人之情，始乎奋，常卒乎怠。今固已怠矣，干蛊之道，如塞漏舟，而今且泄泄然，以为毋扰耳。一令下，曰：“何烦苛也？”一事兴，曰：“何操切也？”相与务为无所事事之老成，而崇尚夫坐啸画诺之惇大，以此求理，不亦难乎？此病在积习者一也。天下之势，上常重而下常轻，则运之为易。今法之所行，常在于卑寡，势之所阻，常在于众强。下挟其众而威乎上，上恐见议而畏乎下，陵替之风渐成，指臂之势难使。此病在纪纲者二也。夫“多指乱视，多言乱听”，言贵定也。今或一事未建，而论者盈庭，一利未兴，而议者踵至：是以任事者多却顾之虞，而善宦者工遁藏之术。此病在议论者三也。夫屡省考成也，所以兴事也，故采其名，必稽其实，作于始，必考其终，则人无隐衷而事可底绩。今一制之立，若曰“著为令矣”，曾不崇朝，而遽闻停罢。一令之施，若曰“布海内矣”，而畿辅之内，且格不行。利害不究其归，而赏罚莫必其后。此病在名实者四也。四者之弊，熟于人之耳目，而入于人之心志，非一日矣。今不祛四者之弊以决其壅，疏其窒，而欲法之行，虽日更制而月易令，何益乎？（文集三《辛未会试程策》二）
以上所说的是制度方面。在人才方面，居正说过，“为国家爱养人才，不敢以私意用舍。”这一点见出居正底精明。高拱掌握政权的时候，异己的人一概排斥，这是高拱底偏私，以后高拱得到揽权擅政的恶名，未始不由于此。居正从这方面，得到教训，决不重蹈复辙，这是一。其次高拱是一个干练的吏部尚书，他所提拔的人，没有不是当时的人才。隆庆三年的冬天，内阁决定进攻广西古田“叛”僮的时候，高拱用殷正茂为广西巡抚。正茂有才，但是贪污是免不了的。高拱说：“给他一百万，正茂也许吞没一半，但是只有正茂会把事情办好。”后来正茂果然“平定”古田。隆庆五年辽东巡抚李秋去职，高拱主张任用张学颜。旁人不以为然，高拱说：“张学颜底才具，大家没有知道，遇到盘根，自然会认识利器。”正在说着，吏部侍郎魏学曾来了，高拱向他要辽东巡抚。学曾思索很久以后，答复道：“张学颜去得。”高拱得到这个印证，随即提出学颜，后来在辽东也有极好的成绩。高拱赏识的人才，不用，那才胡涂，这不是居正做的。居正曾经说过：孤虽不肖，其于人之贤否，略窥一斑，内不敢任爱憎之私，外不轻信毁誉之说。自当事以来，鉴前人之失，首陈皇极之论，以开悟上心，消弥偏党。（书牍十一《答南列卿陈我度》）
最有兴趣的是张佳胤。佳胤是当时有名的才子，也是有名的能臣。但是他和高拱关系太深，又因为在应天巡抚任内，办事棘手，他很有些消极，居正接连去过两次信：自公在郎署时，仆已知公，频年引荐，实出鄙意。不知者，乃谓仆因前宰之推用为介，误矣。天下之贤，与天下用之，何必出于己？且仆于前宰（前宰指高拱）素厚，顷者不恤百口，为之昭雪，区区用舍之间，又何足为嫌哉？“蔡人即吾人”，况前宰非蔡人，而公又吾人也？何嫌何疑之有？愿努力勋名，以副素望。（书牍五《答总宪张崌崃言公用舍》）
惟公俊才厚蓄，又富于春秋，不以此时取旗常，勒钟鼎，乃顾恋庭闱，忘“在公”之义，非所望也。兹属休明之会，方将招遗佚于薖轴，宁肯纵鸾鹤于云林？大疏已属部复，而雅志必不得遂。愿勉奉简书，以徇国事。（同卷《答总宪张崌崃》）
但是居正对于高拱底爪牙，决然不能容忍。他和汪道昆说：“二、三子以言乱政，实朝廷纪纲所系，所谓‘芝兰当路，不得不锄’者，知我罪我，其在斯乎！”（同卷《答汪司马南溟》）
高拱去了，政治中枢当然重有一番布置。要求干练如高拱的吏部尚书，是不可能的，但是当时有一个最负重望的大臣，这是管兵部尚书事的杨博。杨博自嘉靖三十四年以来，三任兵部尚书，嘉靖四十五年，调任吏部尚书，隆庆五年复以吏部尚书起用，在资望方面没有比杨博再高的了。因此提出杨搏仍还吏部尚书。居正说过：今上登极，首命公还秉铨衡，余受先帝遗托，方欲与公同心戮力，共佐休明。（文集五《襄毅杨公墓志铭》）
居正又说到杨博历佐三朝，以及自己和杨博始终相与的关系：桓桓世庙，经武纬文，公媚天子，耆定策勋。穆穆庄皇，（穆宗）垂衣拱手，公佐太平，声色不有。迨于今皇，两作继明，询兹黄发，还公宰衡。我求一德，惟公是与，不吊昊天，夺我心侣。有谋孰谘，有难孰夷，山颓木坏，沧矣其悲。（同上）
杨搏调回吏部，遗下兵部尚书，照高拱定下的原则，应由总督继任。当时的口号是国防第一，北边第一。北边三位总督：前任蓟辽总督谭纶，现任宣大总督王崇古，和前任三边总督王之诰，都有重望。杨博和居正商定，起谭纶为兵部尚书。居正给崇古去信说：昨本兵虚席，公论咸归公与西石，（王之浩）乃太宰（杨博）谓渠复铨之始，嫌于首用其亲，且贡市方殷，犹借重望以镇之，计非久当别有简命也。（书牍四《答王鉴川》）
正在布置底当中，高仪死了。内阁只剩居正一人。问题又到了面前，应当补怎样一个人呢？在不知明朝政体的人，也许以为既是杨博底资望最好，当然应补杨博。但是事实不是如此的。明朝的中枢，是二元制：吏部尚书底地位，本来在内阁大学士以上，即使到了内阁权重以后，吏部尚书，终于不曾落到内阁以下。当时的故事，吏部尚书在路上遇到大学士，照例不避道，便是显然的证据。（见《明史》卷二二四《孙鑨传》）孝宗弘治年间，吏部尚书王恕底声望，始终不受内阁底压制，更是实例。还有，由吏部尚书入阁的，不是没有，但是这是特旨。在推举的时候，通常是礼部尚书、吏部侍郎，或是翰林学士。因此，神宗吩咐居正推举阁员的时候，居正不能推举吏部尚书杨博，（推举吏部尚书入阁非故事，见《明史》卷二二四《陈有年传》）只能推举礼部尚书吕调阳。其实居正底经验多了，他知道内阁里除了自己，只需要一位忠厚老实，和衷共济的长者，并不需要一位雄才大略、器度恢宏的重臣。这是居正底私心，但是这是隆庆年间内阁混斗的经验。为国求贤，固然是对的，但是为内阁谋安定，也何尝不是为国家？居正对于调阳，在辛丑会试主考的时候，已经认识了，现在正准备和他长期合作。万历七年调阳死后，居正说过：余与公同政府，知公深。公为人，外温而心辨，中毅而貌和，于事呐呐不轻为可否，于人恂恂不苟为异同；尝曰：“大臣协心体国，苟利社稷，嫌怨共之，安事羯羠其间？无论彼己懻伎，即贤者各是所见，政本之地，龂龂而争，如国体何？世儒嘐嘐，猥小曹参而卑丙吉，然则，虞廷云‘寅恭’者非邪？”自余柄政，与公共事者六年，内奉冲圣，勤缉熙，外赞密勿，定计划，莫逆于心，莫违于口，六年如一日也。（文集五《豫所吕公墓志铭》）
吕调阳入阁，递遗礼部尚书，居正便起用陆树声。树声嘉靖二十年会试第一，嘉靖中，屡掌南京翰林院，南京国子祭酒，后来召为吏部右侍郎，称病不拜。隆庆中，再起故官，仍不就。这是一位声望隆重的大臣，现在居然来了，居正用后辈进见先辈之礼待遇他。
七月间户部尚书张守直、刑部尚书马自强致仕。守直在封贡的一件事，意见和居正不一致，自强也有些不满意，他们去了，居正便补进王国光、王之诰。王国光原来以户部尚书，总督仓场，现在调回管部，后来在任内完成《万历会计录》，是一部有关国计的著作。王之诰是居正底亲家，（居正第四子简修娶之诰女）但是之诰隆庆三年总督陕西三边军务，进南京兵部尚书，资望久已够了，而且卓然自守，并不附和居正，因此更得一般的推重。
诸人以外，工部尚书朱衡、左都御史葛守礼留任；朱衡在河工方面的成绩，和守礼底操守，都是当时物望所归。明朝的内阁，当然不是现代的内阁，对于阁中同僚和六部首长以及都察院的人选，首辅没有进退的大权，但是居正对于人选的布置，确曾费了一番苦心，而且也确曾达到自己底主张。后来他曾经自负地说：《书》曰：“无侮老成人，皤皤良士，膂力既愆，我尚多有之。”宓子贱治单父，孔子使人觇之，见与老者二十余人议政，孔子喜曰：“吾知不齐能办单父矣。”今以幼主当阳，而朝多长者，岂非盛事乎？（书牍六《与南台长言中贵不干外政》）
大政方针既经发表，中枢人选也分别确定，居正准备负起国家的重任。从隆庆六年六月起，到神宗万历十年六月为止，这整整的十年当中，他逐渐完成他底政治理想。在他掌握政权的期间，除了当前的政治问题以外，他还得应付三个重要的人物：第一，皇贵妃——后来的慈圣皇太后；第二，冯保；第三，神宗。这三个都是他底主人，三个人各有自己底立场，因此在应付方面，不时地发生困难，幸亏居正有他底政治天才，总算安稳度过了，但是毕竟因为没有应付完全得当，在他身后，发生意外的波折。
皇贵妃是一个有办法的人。居正还记得穆宗病重，冯保宣读遗嘱的时候，皇妃在帷中的口谕：
江山社稷要紧，先生每要尽忠为国。（参奏疏六《谢皇太后慈谕疏》）
这是一个有决断的呼声。神宗即位以后，不久召居正至平台面谕：
皇后是朕嫡母，皇贵妃是朕生母，尊号上先生可多加几字。
问题立刻提出了，皇后当然尊为皇太后，但是皇贵妃也要称皇太后！这个还不要紧，以往还可以对一位皇太后加上尊号，以示分别，但是现在办不到了。居正疏称：仰稽我祖宗旧典，惟天顺八年宪宗皇帝尊嫡母为慈懿皇太后，生母皇贵妃为皇太后，则与今日事体，正为相同，但于嫡母特加二宇，而于生母止称皇太后，则尊尊亲亲之别也。然今恩德之隆，既为无间，则尊崇之礼，岂宜有殊？且臣居正恭奉面谕，欲兼隆重其礼，各官仰体孝思，亦皆乐为将顺。今拟两宫尊号，于皇太后之上，各加二字，并示尊崇，庶于祖制无愆，而于圣心亦慰。（见奏疏二《看详礼部议两宫尊号疏》）
就这样决定了，皇后陈氏尊称仁圣皇太后，皇贵妃李氏尊称慈圣皇太后，一切透露居正迁就事实的心理。居正是一个干练的政治人才，但是他在政治方面所受的训练，还是世宗嘉靖年间的训练，对于皇室，永远是那样诚惶诚恐，有时竟不免有些阿谀附和。万历元年翰林院产生白燕，居正把它和内阁所开并蒂莲花一并进献。神宗随即下一道手渝：白燕、莲花俱进献圣母，甚是喜悦，却独产翰林院中，先开于密勿之地，上天正假此以见先生为社稷祥瑞，花中君子。朕赖先生启沃，固不敢颠纵，何德之有！（见奏疏三《谢宸翰疏》）
《明史（卷二三五）余懋学传》称居正进《白燕、白莲颂》。《白莲颂》不可考，《白燕颂》大致即是《白燕曲》：
白燕飞，两两玉交辉，生商传帝命，送喜傍慈闱。有时红药阶前过，带得清香拂绣帏。（诗四《白燕曲》四首之一）
这是一篇贡谀慈圣太后的诗句。诗集中如《恭颂母德诗》：
猗钦我圣母，世德宜重光，扶天致升平，毓圣纂灵昌，履盛弥勤烙，秉礼日矜庄。内庭政无哗，外家恩有常，明达信如此，马邓岂足望？（诗一）
如《皇上祝圣母诗》：
女中颂德称尧舜，膝下承欢有帝王。（诗四）
文集中如《神母授图万年永赖颂》、（文集二）《圣母图赞》，（文集二）都是同样的作品。居正受的训练太久了，他自己无法摆脱这个形态，然而也正凭这种训练，博得慈圣太后底好感。
冯保是司礼掌印太监，在内廷他只是一个奴才，但是正因为掌握章奏的大权，他也成为居正底主人。冯保底大权，全靠慈圣太后，所以居正更不能不结好太后，借此减轻冯保底压迫。李太后要做功德，建涿州二桥，冯保主持，居正便有一篇《敕建涿州二桥碑文》，李太后建承恩寺、海会寺、东岳庙、慈寿寺、万寿寺，又是冯保主持，居正又是每一处来一篇碑文。（皆见文集四）他甚至说：臣以是益信佛氏之教，有以阴翊皇度，而我圣母慈光所烛，无远弗被，其功德广大，虽尽恒河沙数，不足以喻其万分也。（文集四《建五台山大宝塔寺记》）
居正不是不晓得这是胡诳，但是他只有胡诳。隆庆初年，江西龙虎山张真人底道号革去了；万历五年张国祥入京，透过冯保，走通李太后的路线，复封张真人，居正无可如何，只说：张真人事，委为过举，初时发自慈闱，不谷未敢骤谏。（书牍十二《答南科吴公琯》）
居正对李太后是将顺，对冯保是敷衍。正因为在太后方面，居正也得到信任，所以在居正当国的十年之中，内阁和司礼监没有任何的冲突。冯保不是一个安分守己的人，他在北郊郊祭的时候，甚至传呼直入，北面拈香。（《明史》卷二一〇《邹应龙传》）在当时委实有些骇人听闻，但是居正不管，他只要冯保不干政，就满足了；他曾说：主上虽在冲年，天挺睿哲，宫府之事，无大无小，咸虚己而属之于仆，中贵人无敢以一毫干预，此公在北时所亲见也。仆虽不肖，而入养君德，出理庶务，咸独秉虚公以运之，中贵人无敢有一毫阻挠，此亦公在北时所亲见也。（书牍六《与南台长言中贵不干外政》）
在大体上把握住了，居正在其他方面都可以迁就。冯保引用锦衣指挥同知徐爵入宫，代阅章奏，拟诏旨；居正吩咐仆人游七和徐爵结为兄弟，以资联络。徐爵、游七，后来都成为炙手可热的人物。冯保要在故乡深州建坊，居正甚至吩咐保定巡抚孙丕扬代建。冯保自建生圹，居正便有一篇《冯公寿藏记》，称为仁智忠远。在记中他又说：语日：“人貌荣名，岂有既乎？”今以公建立，视古巷伯之伦何让焉？诚由此永肩一心，始终弗替，虽与霄壤俱存可也，又奚俟于寿藏而后永乎？（文集九《司礼监太监冯公寿藏记》）
这里在推许以外，便有一层期望。他期望冯保继续努力，永保令名。居正身后，他底儿子懋修收集居正遗著底时候说起：
懋修谨案先父之与冯司礼处也，亦宫府相关，不得不然，谢世之后，言者用为罪端。今观其于豫藏文，惓惓勉以令名，固非阿私贿结者。……可见先父当主少之时，于左右侍近，其调处之术，可谓深矣。不然，以先父之严毅，使左右不服其调处，亦将奈之何哉！苦心国事者，自当有推谅其衷者矣。
居正当国的时候，他要应付三个重要的人物，——李太后、冯保、神宗。从表面看，当然是十岁的神宗，最容易应付了，但是事实上这是最大的困难。居正身后发生种种的波折，完全因为这一方面的失败。
神宗这时只有十岁，无论高拱当时在内阁里怎样说的，“十岁太子”毕竟只是“十岁孩子”。但是神宗年龄虽小，已经开始明了政治；他知道他是主人，然而他也知道在他没有支配实际政治的时候，他还得受人支配，甚至对于他底支配者，还得博取应有的好感。在当国的十年之中，居正是首辅，是独裁者，是皇帝底师傅，实际上他是神宗底支配者；神宗当然时时感到博取居正好感的必要，但是同时他也知道他是居正底主人。他对于自己底地位，正感到一种不平，他甚至要希图报复；所以他对于居正的好感，因为自卑心理底缺陷，日后突变为对于居正的恶感。居正是一个精明不过的人，但是正因为神宗年纪太小，一切都被瞒过了。假如历史底重演可信，我们不妨说居正和明神宗的关系，很有一些与霍光和汉宣帝的关系类似，但是正因为重演不会是完全的重演，所以还有许许多多的不同。
穆宗和他底父亲世宗全不一样，但是神宗和他底祖父便有许多类似的地方。这是所谓“隔代遗传”。世宗十六岁即位，享国四十五年，神宗十岁即位，享国四十八年；世宗是一个全权的统治者，神宗亲政以后，也是如此；世宗自嘉靖二十年以后，不亲朝政，神宗中年以后，也是怠于国政。在这些方面，神宗正和他底祖父一样，然而他也是李太后底儿子。他从母亲那里所得的是谨慎小心，是胆怯，是恭顺，但是在政权到手的时候，他便知道怎样运用。他一步不肯退让，甚至因为满足自己的欲望，他可以打破惯例，给对方以不必要的难堪。母亲不是曾领导自己，在清晨的雨道上，走到嫡母皇后那里去请安吗？但是现在母亲和嫡母还不是同样的皇太后？这小小的心灵，正在遗传的本能以外，又加上一些习得的经验。
李太后对于神宗，正是一个最能干，最负责任的母亲。穆宗逝世以后，皇上所住的乾清宫，照理只能由皇帝住了。仁圣太后本来是住在别宫的，现在退居慈庆宫；但是慈圣太后因为神宗年幼的关系，仍旧陪着儿子住在乾清宫，直到神宗大婚为止。平时她督责儿子读书，在书没有读熟的时候，便罚在地下长跪。皇帝跪在地下，还象什么皇帝，但是这是太后底懿旨，所以他还是跪下了。在讲官们讲书以后，神宗回到宫中，李太后又得下令复讲，当然还得复讲。三、六、九这几天，是早朝的日期，天亮还远得很呢，一听到五更柝、柝的声音，李太后自己来了，把十岁的孩子，从睡梦朦胧中喊起，宫娥给洗过脸以后，便得赶紧坐上肩舆上朝。做皇帝真不是一份好差使，但是神宗也明白，“谁敢违背母亲底意旨呢”？
居正在神宗即位以后，随即请御日讲，他和吕调阳疏称：
臣等谬以菲陋，职叨辅弼，伏思培养君德，开导圣学，乃当今第一要务。臣居正又亲受先帝顾托，追惟凭几之言，亦惓惓以讲学亲贤为嘱，用敢冒昧上请。今一应大典礼，俱已次第修举，时值秋凉，简编可亲。（奏疏二《乞崇圣学以隆圣治疏》）
明代皇帝底教育，一种是经筵，一种是日讲。经筵是最隆重的，每月逢二的日期举行。照例盛暑和严寒的时候都停止经筵，用现代术语，就是放寒假、暑假。举行经筵的时候，勋臣、大学士、六部尚书、都御史、翰林学士等都要到齐，由翰林院春坊等官及国子监祭酒进讲经史。一切的典礼很隆重，不过皇帝不御经筵，自动放假的事，不是没有。但是神宗的最初十年，谈不到自动放假。由万历元年规定以后，每年春讲以二月十二日起，至五月初二日止；秋讲以八月十二日起，至十月初二日止，不必题请。简单说，就是上学期九讲，下学期九讲，都有固定的日期。
神宗底经筵，虽自万历元年二月起，但是隆庆六年八月间，日讲就开始了。日讲在文华殿举行，不用侍卫、侍仪、执事等官，只用讲读官、内阁学士待班。开始日讲的功课，居正给神宗规定如次：一、伏睹皇上在东宫讲读，《大学》至传之五章，《尚书》至《尧典》之终篇。今各于每日接续讲读，先读《大学》十遍，次读《尚书》十遍，讲官各随即进讲毕，各退。
一、讲读毕，皇上进暖阁少憇，司礼监将备衙门章奏，进上御览，臣等退在西厢房伺候。皇上若有所谘问，乞即召臣等至御前，将本中事情，一一明白敷奏，庶皇上睿明日开，国家政务，久之自然练熟。
一、览本后，臣等率领正字官恭侍皇上，进字毕。若皇上不欲再进，暖阁少憇，臣等仍退至西厢房伺候。若皇上不进暖阁，臣等即率讲官再进午讲。（按正字官“掌缮写、装潢、诠其讹谬而调其音切”，见万历本《明会典》卷五十二）
一、近午初时，进讲《通鉴节要》，讲官务将前代兴亡事实，直解明白，讲毕各退，皇上还宫。
一、每日各官讲读毕，或圣心于书义有疑，乞即下问，臣等再用俗说讲解，务求明白。
一、每月三、六、九，视朝之日，暂免讲读。仍望皇上于宫中有暇，将讲读过经书，从容温习。或看字体法帖，随意写字一幅，不拘多少，工夫不致间断。
一、每日定以日出时，请皇上早膳毕，出御讲读；午膳毕，还宫。
一、查得先朝事例，非遇大寒大暑，不辍讲读。本日若遇风雨，传旨暂免。（奏疏二《拟日讲仪注疏》）
这是神宗底课程表。后来《通鉴节要》讲完，续讲《贞观政要》。
神宗这时还不足十岁，但是居然担负这样繁重的课程。他对于张居正，真是十分亲近和尊崇。在这一年，居正曾经屡次说到神宗和自己的关系：所幸主上年虽幼冲，聪睿异常，又纯心见任，既专且笃，即成王之于周公，恐亦未能如是也。但自愧菲劣，不足以堪之。目前景象，似觉穆清，自今而往，惟当益积悃诚，恒存兢业，恪循轨辙，按辔徐行耳。（书牍四《答两广殷石汀》）
幸主上虽在冲年，已具大有为之度，近又日御便殿讲读，因而商榷政事，从容造膝，动息必咨，仆亦得以罄竭忠悃，知无不言，言无不信。（同卷《与王鉴川言虏王贡市》）
近来朝政愈觉清泰，宫闱之内，蔼然如春，肃然如冬。主上锐意学问，隆寒不辍，造膝谘访，史不殚书。（同卷《与河道万巡抚沦河漕兼及时政》）
隆庆六年十二月，居正进《历代帝鉴图说》，自称：
谨自尧舜以来，有天下之君，撮其善可为法者八十一事，恶可为戒者三十六事。……每一事前，各绘为一图，后录传记本文，而为之直解，附于其后，分为二册，以辨淑慝。（奏疏三《进帝鉴图说疏》）
这是一种绘图立说的故事书，对于不满十岁的皇帝，不能不认为富有教育意义的著作。神宗在文华殿看到居正捧着这两册故事书，快活得站起来，忙教左右把《图说》揭开，居正从旁指点讲解。一次讲到汉文帝劳军细柳的故事，居正说：“皇上应当留意武备。祖宗以武功定天下，如今承平日久，武备日弛，不可不及早讲求。”神宗听到，只是一连地称“是”。居正把自己整饬武备、抵御外侮的主张，完全提出。
还有一次关于居正进讲的事实，在万历四年二月二十九日。这一年神宗十四岁。神宗早些时在习字的时候，进讲官写好太祖底《大宝箴》作为影格，居正看见便说：“这一篇文章和君德治道，都很关切。皇上不仅是摹写，还要能背诵；不仅是背诵，还要能讲解。”
随后居正进《大宝箴注解》一篇。二十九日神宗在文华殿，召居正到御座面前，自己站起来，高高地举起《大宝箴》交给居正。居正站着，神宗把全文高声背诵一遍。背诵以后，居正再行讲解，关于《大宝箴》引用的故事，神宗全明白。最后讲到“纵心乎湛然之域”一句：“这不过说人应当虚心处事，”神宗说。
居正拱起两手称贺说：“正是虚心两字，可以解释这一条的意义。人心所以不虚的原故，全是因为私意底混杂。水是最清的，混了泥沙以后，水便不清；镜是最明的，蒙上灰尘以后，镜便不明。皇上只要涵养此心，除去私欲，和明镜、止水一样，自然好恶刑赏，无不公平，万事都办好了。”（奏疏十一《送起居馆讲大宝箴记事》）
居正对于神宗，正和一位尊严的小学教师一样，利用一切的机会，要把自己底学生，领上理想的境界。他看到小学生正在一步步地跟着自己迈进，心里感觉到无限的喜悦。然而他忘去学生只是一个人，是人便有人底无限的光精，同样也有人底必然的缺陷。何况神宗是世宗底孙子，穆宗和李太后底儿子，在他底血管里，正动荡着倨傲，颓废，和那委曲迁就，伺机图逞的血液！
神宗在讲官们底教导中，逐日成长了，但是小学教师底眼光里，只看到一个驯伏听话的学生。一次神宗朗诵论语的时候，失于检点地竟把“色勃如也”读作“色背如也”。在旁站着的居正厉声说：“应当读作‘勃’字。”这一下神宗真有些“勃如”，但是居正没有看到。
性质倔强的人，遇到压迫的时候，常会感到非常的烦闷，成人如此，小孩子也如此。有时小孩子受到父母和师长底压迫以后，便对弟妹发作一番；再不然，看到小狗、小猫，也得踢一脚，这是方向的移转，发作还是发作。神宗对于居正，真是恭敬到万分，慈圣太后要他这样，他能不恭敬吗？还有司礼监冯保呢！这是管理宫内一切事务的人，慈圣太后都听他底话，自己更得听话了，神宗称他“大伴”，连名字都不便提，正和只称居正为“先生”一样。小小的心灵，对于“大伴”已是非常地悚敬，何况在文华殿的时候，连“大伴”也肃然地站在那里，自己能不用心听话吗？居正讲到国家大事，“大伴”又那样耳提面命地道：“‘先生’是先帝托孤的忠臣，‘先生’说的话，皇上要得仔细听啊！”于是居正面上，又蒙上一重特有的庄严，神宗驯服得和小羊一样。
但是神宗常时感到异常的烦闷。十岁的时候，慈庆宫后房毁了，御史胡涍请放归后宫宫人，内称“唐高不君，则天为虐”。神宗大怒，要他明白回奏，经过居正再三解释，胡涍还得到斥逐为民，永不叙用的处分。十二岁的时候，内监张进醉酒放肆，言官交章弹劾，神宗勃然大怒，认为言臣干涉宫内琐事，完全是欺蔑皇上。（书牍六《与南台长》）十四岁的时候，看到奏疏中提到江洋大盗“缚王劫印”一句，神宗震怒非常，认为抚按处罚太轻。居正说：“盖主上恒以冲年，恶人之欺己，故以失事为可道，而以隐匿为深罪也。”（书牍八《答操江王少方》）居正看到神宗因为自己年幼，常时痛恨诸人之相欺，但是居正没有豫料到这和万历十年以后，神宗痛恨居正，是有同样的心理根据。
经过隆庆六年的政变，居正所得的是国家的重任，同时他还得应付慈圣太后、冯保和神宗，——这三位不能轻易应付的主人。
第八章 初步的建设（上）
隆庆六年六月以后，政权落到居正手中了。他底志愿，是把整个的生命贡献给国家。他还记得在五年冬天，正在内阁中的斗争，愈演愈烈，自己底政治生活，岌岌不保的时候，他曾经有过两句偈语：愿以深心奉尘刹，不于自身求利益。
他对于政治的认识，是只有把握，没有放弃；只有前进，没有后退；只有牺牲，没有畏缩。现在是他底时代了。万历元年，他曾讲到这时的心理状态：去年、当主少国疑之时，以藐然之躯，横当天下之变，比时唯知办此深心，不复计身为己有。（书牍五《答李中溪有道尊师》）
他认定嘉靖年间的废弛，和隆庆年间的混乱，一切的症结只是纪纲不振。所以他入手的方略便是整饬纪纲。明代掌握政权者底武器是京察，京察底大权在手，便可以澄清吏治，整肃官常。就在隆庆六年七月间，居正奏请举行京察，五品以下的由吏部、都察院会同考察，四品以上的责令自陈。京察终了，十六日神宗下诏戒谕群臣，这是居正底手笔：朕以幼冲，获嗣丕基，夙夜兢兢，若临渊谷，所赖文武群臣，同心毕力，弼予寡昧，共底升平。乃自近岁以来，士习浇漓，官方刓缺，钻窥隙窦，巧为躐取之媒，鼓煽朋俦，公肆挤排之术，诋老成廉退为无用，谓谗佞便捷为有才。爱恶横生，恩仇交错，遂使朝廷威福之柄，徒为人臣酬报之资，四维几至于不振；九德何由而咸事。朕初承大统，深烛弊源，亟欲大事芟除，用以廓清氛浊，但念临御兹始，解泽方覃，铦锄或及于芝兰，密网恐惊乎鸾凤，是用去其太甚，薄示戒惩，余皆曲赐矜原，与之更始。《书》不云乎？“无偏无党，王道荡荡，无党无偏，王道平平。”朕方嘉与臣民，会归皇极之路，尔诸臣亦宜痛湔宿垢，共襄王道之成。自今以后，其尚精白乃心，恪恭乃职，毋怀私以罔上，毋持禄以养交，毋依阿淟涊以随时，毋噂沓翕訾以乱政。任辅粥者当协恭和衷，毋昵比于淫朋，以塞公正之路。典铨衡者当虚心鉴物，毋任情于好恶，以开邪枉之门。有官守者，或内或外，各宜分猷念以济艰难。有言责者，公是公非，各宜奋谠直以资听纳。大臣当崇养德望，有正色立朝之风；小臣当砥砺廉隅，有退食自公之节。庶几朝清政肃，道泰时康，用臻师师济济之休，归于荡荡平平之域；尔等亦皆垂功名于竹帛，绵禄荫于子孙，顾不美钦？若或沈溺故常，坚守旧辙，以朝廷为必可背，以法纪为必可干，则我祖宗宪典甚严，朕不敢赦。百尔有位，宜悉朕怀，钦哉故谕！（见奏疏二《戒谕群臣疏》）
在举行察典的当中，居正对于“以言干政”的人，确实去了几个，他自己也说“芝兰当路，不得不锄”。但是在执行的时候，居正自有相当的分寸，所以在慰留张佳胤的书中，引用韩愈“蔡人即吾人”一句；后来《与南台长书》（书牍六）又言“或曰，‘某为新郑（高拱）之党，不宜留之。’或日，‘某为新郑所进，不宜用之。’纷纷借借，日引月长，甚无谓也！”他在当时，曾把自已底主张和杨博说起；后来又和李渐庵说：天生一世之才，自足一世之用，顾铨衡者，每杂之以私意，持之以偏见，遂致品流混杂，措置违宜，乃委咎云“乏才”，误矣！仆之浅薄，虽不足以与知人，然一念为国之公，实无所作。故自当事以来，谆谆以此意告于铨曹，无问是谁亲故乡党，无计从来所作管过，但能办国家事、有礼于君者，即举而录之。用三驱以显比，悬一镜以虚照，故一时群才，咸有帝臣之愿。今部署已定，以后仍当综核名实，一一而吹之。第恐人乐混同，必有以为刻核者。然非是无以考成绩而亮天工也。（书牍五《答冏卿李渐庵论用人才》）
居正进用人才，要求“能办国家事，有礼于君者”，这是为的国家，但是何尝不是为的士大夫。但是从那一群不能办事、履进履退、坐食养望的人看来，便是刚很刻核。直到万历四年，居正已经当国五年，大众还不能体谅，居正曾说：仆一念为国家，为士大夫之心，自省脱诚专一，其作用处，或有不合于流俗者，要之欲成吾为国家为士大夫之心耳。仆尝有言，“使吾为刽子手，吾亦不离法场而证菩提。”又一偈云，“高冈虎方怒，深林蟒正嗅，世无迷路客，终是不伤人。”丈深于佛学者，岂不知此机乎？（书牍八《答奉常陆五台论治体用刚》）
尽管隆庆六年的士大夫不能体谅，万历四年的士大夫不能体谅，甚至永远不能体谅，但是居正抱定决心，为国家担负这一个重大的责任。他底待人是“旁求贤哲，共熙帝载”，（书牍四《答杜晴江》）他底自称是“别无他长，但性耐烦耳”。（同卷《答郧阳巡抚凌洋山》）忍耐，忍耐！这是他从徐阶那里学到的秘密：徐阶忍耐着应付貌合神离的同僚，居正忍耐着应付千头万绪的政局。七月间举行京察，上仁圣皇太后、慈圣皇太后尊号。九月葬穆宗，居正又赶到大峪岭，“周视山川形势”。（见奏疏二《山陵礼成奉慰疏》）烦真是烦极了，居正还忍耐着。
居正准备实行大政，一般大臣也期待他实行大政。他们读过圣贤之书，希望居正做孔子、孟子，他们要行王政。他们还记得建文帝在位的时候，烽火已经照遍南、北二京，皇帝还和方孝孺这一群人讨论周礼应门、皋门底制度：固然那一次还是失败了，但是现在是太平时代，为什么不可以再试一下？然而居正底行为又使得他们失望了，他们甚至公然说道：我们以为张公在朝，当行帝王之道。现在看他底议论，不过是富国强兵，仅仅这样，真真使人失望。
居正听了以后，只是一笑道：“这是太客气了，我怎样能使国富兵强呢？”
到万历七年，在这方面，有了一些把握，居正才昌言道：
孔子论政，开口便说“足食”、“足兵”。舜令十二牧曰，“食哉维时。”周公立政：“其克诘尔戎兵！”何尝不欲国之富且强哉？后世学术不明，高谈无实，剽窃仁义，谓之“王道”，才涉富强，便云“霸术”。不知王霸之辨，义理之间，在心不在迹，奚必仁义之为王，富强之为霸也？仆自秉政以来，除密勿敷陈，培养冲德外，其播之命令者，实不外此二事。今已七八年矣，而闾里愁叹之声，尚犹未息，仓卒意外之变，尚或难支，焉在其为富且强哉！（书牍十一《答福建巡抚耿楚侗谈王霸之辨》）
居正对于国事的认识，是富国强兵，但是这一群人要行王政，要谈尧舜，谈周孔。居正便提出尧、舜、周、孔底议论和他们辨难。他们有时谈到宋朝周、程、张、朱底主张，居正便不客气地认为“皆宋时奸臣卖国之余习，老儒臭腐之余谈”。但是居正是政治家，他没有公开喊出，只是说，“这是太客气了，我怎样能使国富兵强呢？”
事实上，居正还是感觉很大的困难。难在哪里？难在嘉靖、隆庆以来，积弱之势已成。世宗时代的萎靡不振，不要管了；穆宗时代，又因为内阁中的斗争，几个名臣底力量，都浪费在正负相消的局面中。居正说过；天下之势最患于成，成则未可以骤反。治之势成，欲变而之乱难；乱之势成，欲变而之治难。（文集十一《杂著》）
国势强则动罔不吉，国势弱则动罔不害。譬人元气充实，年力少壮，间有疾病，旋治旋愈，汤剂针贬，咸得收功：元气衰弱，年力衰惫，一有病患，补东则耗西，实上则虚下，虽有扁卢，无可奈何！（同上）
幸亏隆庆末年的积弱，还没有到不可救药的境界，这是一个关键，居正决不能放过。他正豫备实现自己底主张：“是以君子为国，务强其根本，振其纪纲，厚集而拊循之，勿使有衅，脱有不虞，乘其微细，急扑灭之，虽厚费不惜，勿使滋蔓，蔓难图矣。”（同上）
富国强兵，其实只是一件事：富国是中间的过程，强兵是终极的目标；要有良好的经济基础，才谈得上国防建设。居正当国之初，在军事方面，广东广西的僮人，福建的人民，不断起义，情势固然相当严重，但是这些无关国防。重点只在北边，这是对于鞑靼的防御。隆庆五年，俺答封贡底事情已经确定了，接后，吉能、切尽台吉这一群西部首领底贡市又告成功。北边是安静了，但是居正始终只认为这是停战，不是和平。他永远主张“外示羁縻，内修战守”。他认为对于鞑靼的方略，是“犬摇尾乞怜，固可投之以骨，如其狂噬，则大杖加焉。”（书牍三《答吴环洲策黄酋》）大杖始终要握在手里。他底计划，是足食足兵。他和王崇古也说过：天生五材，民并用之，谁能去兵？孔子称必不得已而去。今之时，非有甚不得已也，乃不务为强兵而务为去兵，则唐季世是矣。然足食乃足兵之本，如欲足食，则舍屯种莫路焉。诚使边政之地，万亩皆兴。三时不害，但令野无旷土，毋与小民争利，则远方失业之人，皆襁负而至，家自为战，人自为守，不求兵而兵自足矣。此言似迂，然在往时诚不暇，今则其时矣，故愿公留意焉。（书牍三《答王鉴川言边屯》）
这还是隆庆五年的事。居正对于北边的国防，永远没有松手。但是他对于一般人谈守边设险的计划，总还不能放心。隆庆初年，有人提议沿边种树，居正就说“种树设险，固是守边要务，但如议者所言，决无成效。”当时大家不以为然，但是尽管种了多年的树，一株也没有长成。居正只有切实地说：天下事岂有不从实干而能有济者哉！（同卷《答凌洋山言边地种树设险》）
这也是隆庆五年的话。就在这一年，居正说过：
来岁拟遣大臣阅视，大行赏罚。如犹玩愒难振，则仆自请如先朝故事，杖钺巡边。人臣受国厚恩，坐享利禄，不思一报，非义也。（同上）
隆庆六年十月，一切烦杂的事，都有了头绪，居正实行派遣大臣巡边的计划：第一，兵部左侍郎汪道昆巡视蓟、辽；第二，兵部右侍郎吴百朋巡视宣、大、山西三镇；第三，兵部侍郎协理京营戎政王遴巡视陕西四镇。这三位都是嘉靖二十六年进士，恰恰是居正底同年。这一次阅视的成绩，并不十分完满，在居正和百朋、王进的私交上，更发生了不小的裂痕。
汪道昆到蓟、辽去，事情很简单。临去的时候，居正给戚继光一封信：汪司马知足下素深，相待之礼，必从优厚，顷已面嘱之，然渠亦自不俟嘱也。但足下自处，又且务崇谦抑，毋自启侮。昔李愬属櫜键谒裴度于道，唐史美之。盖重命使，所以尊朝廷也。司马此行，于蓟甚有关系，幸留意焉。（书牍四《与戚继光》）
道昆去后，一切很顺利；事毕上疏，议额饷，议增设墩台，都是些例行公事。居正给他去信说：“敷奏明切，文辞粹美，读之再过，叹挹弥襟。”（书牍五《答汪司马南溟》）道昆本来只是一个文人，文人底才能，只有在文辞方面表见；所幸蓟辽是谭纶、戚继光经营的局面，居正没有什么不放心。
王遴和居正本不十分融洽，到陕西去后，把巡阅的事情办妥，不久便告病还乡，这个当然是有些不满了，居正去信说：唐虞之世，九官十二牧，师师济济，各效其能，岂必人为禹稷，位皆百揆，而后惬于心哉？诚欣于时世之遇也。方今尧舜在上，属任忠贤，仆躬履贯鱼之行，寤寐孜孜，用天下贤者，效之于上。士生于今，义无所逃，以其时则可矣。公乃独傲然远引，慨慕巢由，嘲哂禹契，欲自越乎不可逃之分，而背乎不易得之时，此愚蒙之所未譬也。虽然，人各有志，何可相强？聊为道其区区如此，惟高明裁之。（书牍五《与王继津论君臣之义》）
吴百朋到宣大、山西去的时候，便发生困难。宣大总督王崇古惟恐百朋要来掣肘，百朋底朋友又认为这是一种贬滴，居正无法，只有向双方解释；比者奉翰教，薄冗未能随答，然诸所请者，一一具如尊指，属所司复行矣。尧山少司马（吴百朋）行时，已屡嘱之云：“宣大事体，与他镇不同，北门有寇公，诸无足虑者，归来但可告成事耳。无烦刻核，徒乱人意。”然此公爽朗阔大，必能成也。（书牍四《答王鉴川》）
辱教，满纸皆药石之言，但谓仆骄抗，轻弃天下士，则实未敢，然因此而益加警惕，无不可也。吴尧山奉命阅视宣大，仆数年以来，经营此地，颇费心力，今以托之，属望匪浅，不知肯为国家措一臂否也？（同卷《答参议吴道南》）
百朋去后，着实做出一番成绩。他以（一）粮饷、（二）险隘、（三）兵马、（四）器械、（五）屯田、（六）盐法、（七）番马、（八）逆党，一共八项考核边臣。他对于宣大总督王崇古、宣府巡抚吴兑，以及山西总兵郭琥这一群人，都分别指出功过，奏请升黜。同时他对于大同总兵马芳，严重地提出弹劾。他认定马芳行贿，当然非严加惩处不可。百朋是阅视大臣，这一点完全没有做错；但是居正是首辅，便不免有无限的迟疑。明代的军队，久已是一个腐化的机构，从下层到上层，是层层的剥削。总兵官是最上层的了，他再把剥削所得，分润京官。科道受贿，兵部受贿，有时大学士也受贿。舞弊贪赃，成为一般的风气。遇到清明的高级长官，谈不到贿赂，总兵官便和长官底家丁联络，高级长官也难免受到一些嫌疑。明朝中叶以后，武人在社会中底地位，正在逐日地低落。当他们到兵部领取公文的时候，三军司命的总兵官，都要长跪，这是奴才，不是长官。他已经取得奴才底身分，那么和大官底家丁联络，也正是恰巧适合，整个国家底命运，付托给这一群人物，不能不算是前途的大虑。居正看到这一点，所以到万历元年便有西北边用书生为将的意念。（书牍五《与王敬所论大政》）书生受的文化陶冶多了，自然会比较地注重名节和操守。这是后话。但是隆庆六年，居正还是迟疑。吴百朋弹劾马芳的奏折到了，言官们又在弹劾宣府总兵赵奇，居正只是说：仆与马、赵，素不识面。异时当国者之家奴，率与边将结拜，鲜不受其啖者。自仆任事以来，内外隔绝，幸门尽墐，朝房接受公谒，门巷间可张罗，亦无敢有以间语谮言，入于仆之耳者，又何所私庇于人。即此两人之狡猾无状，仆岂不知？第以其俱嚄唶宿将，部下又多犷少，代者未必能驭，即有瘢纇，犹可驱策而用之。贡市羁虏，本难久恃，猝有缓急，无可使者，故为保全，徒以为国家耳。土大夫乃独不谅鄙心，谓之何哉！（书牍五《答蓟镇巡抚言优假将官》）
但是居正保全不得了。吴道南正在攻击居正，认定他是包蔽马芳，忽略吴百朋。怎样办呢？马芳免职了，同时居正再给百朋去信：马帅褫职，国法已彰。仆以浅薄，谬肩重任，虽不足以当天下事，然一念公虚平直，则可以告于天地祖宗之灵，不敢措一毫私意于其间也。乃昨吴少参（指吴道南）有书，甚为公不平，其辞怨愤，使人难堪。今九边之事，宣大为重，不以付之他人而托公者，以公为心知故也。又面请于上，特赐命服以宠其行，公视仆此心为何如哉！渠乃以仆为厚猾帅而薄故旧，岂不厚诬我哉？区区之心，惟公垂鉴焉。（同卷《答阅视司马吴尧山》）
居正底一番苦心，没有得到同僚底谅解，但是他对于北边的布置，始终是着着不懈。对于九边重镇，他派人巡阅；对于九边督抚，他注重人选：这是对内的事。他对外的策略，也是不断筹措。北方的鞑靼，除了土蛮一支以外，俺答这一个系统，已经通过封贡手续，和明朝处在停战状态中了。俺答对于几个重要的领袖，如他底胞弟昆都力哈，胞侄永邵卜、吉能，以及他底儿子黄台吉，本来是可以指挥的，但是因为那时的鞑靼，是一个组织不健全的部族，实际不能合作。居正底计划是要尽量地使他们分离为无数的单位，单位底增加，便是力量底减小。鞑靼没有联合向北边进攻的能力，国家底安全便增加一层保障。
隆庆五年，谣传昆都力哈（即把都）和吉能死了，居正准备扶植把都底儿子青台吉，使他和黄台吉对抗。他说：把酋之子，不知何如。仆料黄酋必思东并，今当扶植青把都，使之力抗黄酋。黄酋若有东并之志，只可责之以大义，亦不必力禁之。待其两敝而归命于我。（书牍四《咎总督王鉴川计处黄酋》）
把都、吉能，一时俱殒，黄酋亦且病发，天之亡彼，于兹见矣。但在我处之，须以恩信。其子但能管束其部落，即令告于顺义，奏请袭职，不必择贤。要令其势分而衅构，则我可因其机而制之，数十年之利也。（同卷《答王鉴川论东运之衰》）
俺答底问题解决了，但是一个桀骜不驯的黄台吉，连俺答也无可奈何。昆都力哈之妻，又联络永邵卜，不肯进贡，事情有些棘手。隆庆六年居正当政以后，又说起：昆妇愚悍，似无来期，永邵卜虽为所牵，终贪嗜关市财物，可招而致，然皆无足为轻重，第常以大义责之，时出小利诱之，毋令东合土蛮，为蓟镇害，足矣。（同卷《与王鉴川言虏王贡市》）
就在这一年，昆都力哈提出要求来了，他要和俺答一样封王。封王只是一个名义，在中国没有什么损失，但是中国不能受他底威胁。居正明白现在不是世宗时代了，中国有的是准备。所以他再和王崇古说：辱示昆都力、黄台吉二酋事情，先已有人言之。黄酋骄悍，诚为难驯，然刚躁寡谋，部下多怨，且其于父不和，势难独逞，将来疆場小衅，或不能无，然使处置有方，亦终当归吾羁绁也。昆都老而谲，数年以来，东纠土蛮，西合俺酋，皆此人为之，比之黄酋，反为难制。然俺答既已帖服，黄酋素不附之。昨已令蓟人散布流言于边外云，“昆都与吾有约，将合兵以击土蛮”。虏性多疑，必相猜忌，则此酋亦孤立，无能为也。如再言封王事，可以好语款之云，“俺答汝兄，伦序为长，且首发归顺之端，又执吾叛人，奉吾约束，朝廷嘉其悃诚，故厚赉而王之。汝频年为患，于中国未有尺寸功，何得遂与汝兄等？我皇上并包兼容，何惜一王号而不汝畀，但于事体，有未顺耳。汝若能依汝兄之言，遵奉约束，坚守盟誓，二、三年后，当与汝奏闻朝廷，一体封王加赉。若欲借此事以启衅，则我惟有一战耳。”渠闻此言，必不敢动。量此孤虏，以上谷一镇之兵当之，东连云朔，彼虽入，亦不足畏也。（书牍四《答总督王鉴川计处黄昆二虏》）
居正对付鞑靼的计划，是充实边防，准备随时出击，同时利用一切机会，使鞑靼分裂。这样一来，北边底敌人，只是散漫的部落而不是整个的集体，无形中减轻北方的威胁，北方底军队，便随时有决胜的可能。在这一点，很有些类似帝国主义“分而灭之”的政策，但是中间有一个绝大的区别。帝国主义底目标，是对于敌人，加以奴役或剿灭；居正底目标，是容许敌人底存在，而消弭敌人底威胁。帝国主义是攻势的，居正是守势的；帝国主义只希望片面胜利，居正却希望双方共存。中国强盛的时候，对外采取的方略，经常和居正底主张一致，这是中国文化和近代帝国主义的区别。
隆庆六年过去了，次年改元万历，是年正月庚子，发生王大臣之狱。
事情本来很简单。这一天神宗在乾清宫，看到一个人，神色仓惶地走过，吩咐左右把他拿下。经过讯问之后，才知道这是王大臣，从蓟州来的一个逃兵。逃兵底处分也还简单，但是消息到了冯保，便不简单了。冯保认定这是一个机会。他想起高拱，真是恨之切骨。高拱已经卸任回籍了，但是冯保底怨恨没有消灭。惟有血、血、血，才能洗尽冯保底怨愤。王大臣送到东厂了，经过东厂底搜检，王大臣身上，果然搜出刀来。证物有了，这一定是行刺，而且在乾清宫外走过，不是谋刺皇上是刺谁呢？谁主使的？东厂所录的供词里明明写着，是高拱主使的。凶手有了，凶刀有了，主使的人也有了，冯保决定要彻查这一件案子。
彻查又怎样呢？东厂的威权在冯保手里，要杀王大臣，杀高拱，不是很容易么？但是冯保手中的东厂，和宪宗时代汪直手中的西厂，以及熹宗时代魏忠贤手中的东厂相比，差得远了。冯保底人品，不知道比汪直、魏忠贤究竟怎样，但是神宗初年的朝廷，确实比宪宗、熹宗时代高明了。居正曾经说过，“朝多长者”。在这个环境之下，即使冯保有作恶的意志，他也没有作恶的机会。“朝多长者”，一切出于居正底布置，这里更显出居正底作用。
不幸居正和冯保的关系太密切了，而且高拱底解职，居正又是最大的收获者。“冯保底阴谋，有居正参豫吗？甚至还是他主谋罢！驱逐高拱已经过分了，现在又要杀高拱！”一般人底怀疑，又集中到居正身上。从嘉靖二十七年杀夏言以来，掌握政权的人，最后都发生身家性命底危害。严嵩当权，杀夏言，徐阶当权，杀严世蕃，八十几岁的严嵩，也被平白逼死；高拱当权，徐阶底儿子充军，徐阶也旦夕莫保。二十五年的传统了。惟有血，才是政权底代价，现在大致又是高拱支付代价的时候了。这个传统，真是又惨酷，又凶暴。大众指着居正，认定他正要压迫高拱，支付最后的血债。
大臣中最有声望最有气魄的是杨博和葛守礼。守礼约杨博一同去访居正。
“已经和他说过了。”杨博说。
“一般的舆望都在杨公，”守礼说，“认定只有杨公能不杀人媚人。目前事情更吃重了，谈不得已经说过，不便再说啊。”
他们一同拜访居正。他们替高拱辩护，他们指明东厂没有良心，他们惟恐株连大众，他们甚至于以全家百口，担保高拱底无辜。
也许他们说得太热切了一点，居正有些气愤了。他不期望一般人底谅解，然而他不能想象平生所钦佩的人也会对自己怀疑。
“两位以为我也要甘心高公吗？”他愤愤地说。
“不是的，”杨博说，“但是只有相公，才有回天之力。”
居正决定了办法，东厂底讯问只是初审，居正奏明神宗，交掌锦衣卫左都督朱希孝和左都御史葛守礼以及冯保复审。葛守礼和冯保当然责无旁贷。希孝是第二名靖难功臣成国公朱能之后，第六代成国公朱希忠之弟。明朝自成祖以后，特别看重靖难功臣，第一名靖难功臣淇国公丘福底后代削除了，所以成国公是当时的第一世家。加以希忠、希孝，自世宗以来，都是特蒙思宠的勋臣，居正提出希孝，正是看重他底资望。但是事情却把希孝难住了，他和希忠商量。遵照冯保底计划吧，他们不愿意得罪士大夫；遵照良心吧，他们又不愿意得罪冯保。希孝认定了事情底困难，他向居正请教，居正教他再和杨博、葛守礼商量。审讯底经过相当复杂，但是这件事情底结果非常简单。万历二年，希孝逝世，居正在他底神道碑记着：今上践祚之元年，有贼挟刃至官门，惊跸。捕得，下东厂治，贼冀缓死，妄言有主者。于是内外错愕，索贼甚急。然余心知其诬，乃见上，言斯事重，请令锦衣卫与东厂杂治之。上日，“可。”公既受命，即独宿外舍，燕居深念，多设方略，密侦之，如是十余日，乃得其情，趣具狱上，戮止一人，余无所问。当是时，微公，搢绅祸且不测，其所存活，不啻数百千人矣。（文集四《后军都督府左都督朱公神道碑》）
王大臣灌下一杯生漆酒，哑了；他不能诬赖高拱指使，也不能陈述冯保唆供，就这样胡涂地交给刑部拟罪，得到斩首的处分。王大臣底无辜的血液，洗清高拱底被诬，但是没有洗去居正底嫌疑。居正在给总理河道万恭的信中说起：昨会舍亲西石公言：顷者内狱之起，众情汹汹，独公以为朝有人焉，无足虑者。此足以见公知我之深也。今士大夫亲见仆行事，无一人知及于此者，而公乃在外得之，人之相去，岂不远哉。（书牍五《答司马万两溪》）
居正对于当时士大夫之不相知，真有些愤意了。他对于高拱。不是不恨，但是他没有置之死地的意念。他在这一年曾和吴百朋说起：“仆平生所厚士大夫甚多，见背者亦不少，然终不以是而易其好贤之心，即今日内狱之事，可以观矣。”（同卷《答吴尧山言宏愿济世》）这几句话，透露他对于高拱的怨恨，但是他没有意思要杀高拱。居正《杂著》（文集十一）里，痛责王猛计陷慕容垂的错误。他说：“猛盖自揣才略，不能驾驭垂，故百计欲去之，以为足以弭将来之患，而乃出于阴贼险狠之谋，类小人女子妒宠忌能者之所为，此诸葛孔明辈所不道也”他知道高拱已经倒了，自己有控制底力量，何必得罪清议，更揭示自己底不能容物。居正底自信力，正在逐日加强。
万历元年六月，内阁上疏请随时考成。在居正底一生，这是一件重要的政治事业。居正平时常说遵循祖宗成宪；假如我们要探求居正创制的行为，那便只有他底考成法。全文如次：臣等窃闻尧之命舜曰，“询事考言，乃言底可绩。”皋陶之论治曰，“率作兴事，屡省乃成。”盖天下之事，不难于立法，而难于法之必行；不难于听言，而难于言之必效。若询事而不考其终，兴事而不加屡省，上无综核之明，人怀苟且之念，虽使尧舜为君，禹皋为佐，亦恐难以底绩而有成也。臣等窃见近年以来，章奏繁多，各衙门题复，殆无虚日。然敷奏虽勤，而实效盖鲜。言官议建一法，朝廷日“可”，置邮而传之四方，则言官之责已矣，不必其法之果便否也。部臣议厘一弊，朝廷曰‘可“，置邮而传之四方，则部臣之责已矣，不必其弊之果厘否也。某罪当提问矣，或碍于请托之私，概从延缓；某事当议处矣，或牵于可否之说，难于报闻。征发期会，动经岁月，催督稽验，取具空文。虽屡奉明旨，不曰”著实举行“，必曰”该科记着“，顾上之督之者虽谆谆，而下之听之者恒藐藐。鄙谚曰，”姑口顽而妇耳顽“，今之从政者殆类于此。欲望底绩而有成，岂不难哉？臣居正当先帝时，曾上《便宜六事》，内《重诏令》一款，亦尝亹亹言之，随该吏部题复，欲各衙门皆立勘合文簿，事下各抚按官，皆明立程限，责令完报，然亦未闻有如期令而以实应者。甚者寝格如初。兹遇皇上躬不世出之资，励精图治，百执事亦皆兢兢务修其职业，无敢以玩愒弛废者；独所谓考言屡省者，尚未加之意焉，窃恐致理之道，有未尽也。查得《大明会典》内一款，”凡六科每日收到各衙门题奏本状，奉圣旨者，各具奏目，送司礼监交收；又置文簿，陆续编号，开具本状，俱送监交收。“又一款，”凡各衙门题奏过本状，俱附写文簿，后五日，各衙门具发落日期，赴科注销，过期稽缓者，参奏。“又一款，”凡在外司、府行门，每年将完销过两京六科行移勘合，填写底簿，送各科收贮，以备查考，钦此。“及查见行事例，在六科，则上下半年，仍具奏目缴本；在部院，则上下半月，仍具手本，赴科注销。以是知稽查章奏，自是祖宗成宪，第岁久因循，视为故事耳。请自今伊始，申明旧章，凡六部都察院，遇各章奏，或题奉明旨，或复奏钦依，转行各该衙门，俱先酌量道里远近，事情缓急，立定程期，置立文簿存照，每月终注销。除通行章奏不必查考者，照常开具手本外，其有转行复勘，提问议处，催督查核等项，另造文册二本，各注紧关略节，及原立程限，一本送科注销，一本送内阁查考。该科照册内前件，逐一附簿候查，下月陆续完销，通行注簿，每于上下半年缴本，类查簿内事件，有无违限未销。如有停阁稽迟，即开列具题候旨，下各衙门法问，责令对状。次年春、夏季终缴本，仍通查上年未完，如有规避重情，指实参奏。秋、冬二季亦照此行。又明年仍复挨查。必俟完销乃已，若各该抚、按官，奏行事理，有稽迟延阁者，该部举之。各部、院注销文册，有容隐欺蔽者，科臣举之。六科缴本具奏，有容隐欺蔽者，臣等举之。如此，月有考，岁有稽，不惟使声必中实，事可责成，而参验综核之法严，即建言立法者，亦将虑其终之罔效，而不敢不慎其始矣。致理之要，无逾于此。伏惟圣明裁断施行。（奏疏三《请稽查章奏随事考成以修实政疏》）
奏疏上去以后，奉圣旨：
卿等说的是，事不考成，何由底绩？这所奏，都依议行。其节年未完事件，系紧要的，著该部、院另立期限，责令完报。若不系钱粮紧要，及年远难完的，明白奏请开除，毋费文移烦扰。（同上）
居正曾经说过：“法之不行也，人不力也，不议人而议法何益？”现在他创制了，这是他底有名的考成法。事情真是简单异常。他只要各衙门分置三本账簿。一本记载一切发文、收文、章程、计划，这是底册。在这许多项目之中，把例行公事无须查考的，概行剔除以外，再同样造成两本账簿：一本送各科备注，实行一件、注销一件，如有积久尚未实行，即由该科具奏候旨；一本送内阁查考。居正底综核名实，完成万历初年之治，最得力的还是这三本账簿。
政治只是民族精神底表现。十六世纪的中国民族血液里，已经渗入因循底成分，“置邮而传之四方”，成为一切政令的归宿。法令、章程，一切的一切，只是纸笔底浪费。几个脑满肠肥的人督率着一群面黄肌瘦的人，成日办公，其实只是办纸！纸从北京南纸店里出来，送进衙门，办过以后，再出衙门，经过长短不等的公文旅行以后，另进一个衙门归档，便从此匿迹消声，不见天日。三百七十年了，想到已往的政治情况，真是不胜警惕。
居正是一个现实的政治家。他知道政务的办不通，不是机构底缺乏，所以他不主张增加政治机构。他也知道公文政治不能打倒公文政治，所以他不主张提出新的法令、章程，增加纸笔底浪费。他只要清清白白的一个交代。办法在纸上说过了，究竟办到没有？他要在各科底账簿上切实注明。在内阁里，他自己也有账簿，可以随时稽考。他以六科控制六部，再以内阁控制六科。这是居正底政治系统。
六科是明朝特有的政治机构。一切行政事务，分属吏、户、礼、兵、刑、工六部，各部行政长官，有尚书、左右侍郎。同时又有吏、户、礼、兵、刑、工六科，各科有都给事中、左右给事中、给事中。尚书是二品，都给事中只有七品，但是对于六部的封驳、纠劾之权，完全在六科手里。明朝的大官可以统率小官，但是小官同样可以牵掣大官，这是明朝的立法精神。六科实际上是六部的监察机关，各科给事中分管各科的事，但是对于国家大事，同样地可以建言；对于奉旨会推内阁大学士，吏、兵二部尚书，及在外总督、总兵的场合，各科都给事中同样地可以参加；至于光宗逝世的时候，杨涟以从七品的兵科右给事中，和内阁同受顾命，更是特有的创例。
居正以六科控制六部，是明朝的祖制，但是以内阁控制六科，使是一种创制。内阁本来是皇帝的秘书处，事实上不负行政责任，更谈不上监察责任，实施考成法以后，内阁实权显然扩大，所以万历四年刘台劾居正疏，称“居正定令，抚、按考成，章奏每具二册，一送内阁，一送六科。抚、按延迟则部臣纠之，六部隐蔽则科臣纠之，六科隐蔽则内阁纠之。夫部院分理国事，科臣封驳奏章，举劾其职也。内阁衔列翰林，止备顾问，从容论思而已。居正创为是说，欲胁制科臣，拱手听令。祖宗之法若是乎？”刘台底言论其实没有说错。
考成法底实施，在整理赋税的方面，发生的影响最大。中国人受圣经贤传底影响太大了。孟子见梁惠王，第一句便是“王何必曰利，亦有仁义而已矣”。孟子又劝梁惠王，“王如施仁政于民，省刑罚，薄税敛，深耕易耨，壮者以暇日，修其孝悌忠信，入以事其父兄，出以事其长上，可使制梃以挞秦楚之坚甲利兵。”政治家谈到理财，好象做了一件亏心的事。汉武帝时代，桑弘羊领大农，在整个国家，因为对外战争，已经走上经济崩溃底路线以后，居然靠着平准政策底运用，“民不益赋而天下用饶”。（《史记·平准书》）这是多么大的贡献，但是卜式对他的批评，只是“烹弘羊，天乃雨”。其实一个有组织的国家，不能没有国家的经济政策。没有经济，便没有政治。孟子底主张，是十分取一。白圭问道：“吾欲二十而取一，何如？”孟子说：“子之道，貉道也。”孟子是说无组织的民族，才能二十取一，有组织的国家，不能不十分取一。这是孟子底经济政策。他那“薄税政”的主张，用现代的术语，其实只是“养税源‘。国家对于人民的赋税，不能太重，人民才可以谋经济发展，人民底经济发展了，国家便增加十分取一的机会。孟子底主张，其实不是”崇礼义，退财利，复往古之道，匡当世之失“（桓宽《盐铁论·利议第二十七》）那一套。
居正当国以后，他底主张是富国强兵。要强兵便先要富国。富国不外是开源、节流。在这两方面，他都尽了最大的努力。考成法是开源，在考成法以外，当然还有节流。
隆庆二、三年间的预算，每年国家收入二百五十余万两，支出四百余万两。（见奏疏一《请停取银两疏》）这是一个岌岌可危的预算。当时没有屋上架屋的构机，也谈不到亲戚故旧的汲引，所以要节流便不仅是裁减“骈枝机关”、“闲散人员”。隆庆年间的节流是从皇帝和国防入手。这是大处著墨的方法。所以隆庆三年穆宗向户部索银三十万两，内阁便把岁入、岁出的状况奏明，请求停取银两，其结果穆宗只是说：朕览卿等所奏，户部银两缺乏。内库亦缺银两，朕方取。既这等说，且取十万来。卿等传示，不必再来奏扰。（附前疏）
这时的内阁大臣，真是负责任的大臣，穆宗底态度，有一些惫赖，但是皇帝索款，立刻打了三折，不能不算是好的。
隆庆六年居正当国以后，在节流方面，真是“锱铢必较”。神宗开馆纂修《穆宗实录》，居正上疏，请求免循旧例赐宴。他说：臣等夙夜皇皇，方切兢惕，岂敢为此饮食宴乐之事，非唯于礼有不可，于心亦实有不安也。且一宴之费，动至数百金，省此一事，亦未必非节财之道。（奏疏二《辞免筵宴疏》）
这一年的冬天，居正在日讲的时候，请求次年正月早开日讲，不必设宴，并免元夕灯火。神宗真是一个听话的孩子，他说：早吩咐停止了。伺候圣母用膳的时候，都很简单，逢到节期，只有果宴。
筵宴停止了，光禄寺春节的供应又省去七百余金。万历元年十月，居正进讲，言及宋仁宗不爱珠饰。
“贤臣才是宝贝，珠玉有什么用处！”神宗说。
“是呀，”居正再说，“明君贵五谷而贱珠玉；五谷养人，珠玉饥不可食，寒不可衣。”
“正是，”神宗说，“宫人们喜欢珠玉，但是朕在岁赐上，没有一次不减省。”
“皇上说到这一点，真是社稷苍生底福泽。”居正切实感到少年皇帝底“圣明”，同时也替户部宽心。他知道岁出方面，又省去一些不必要的开支。这年内承运库太监崔敏上疏请买金珠，奏疏发交内阁，居正看到以后，立即封还，切实给他一个否认。
居正底对付鞑靼，也随时考量到国家的财政问题。宣大边外，俺答底问题解决了。隆庆五、六两年的抚赏，所费不过万余，而所省己百余万，居正在给宣大总督王崇古的信上，曾经说起：“今所与虏者，国家不啻若九牛一毛，而所获兹如此，若公与仆所为国谋者，忠乎否耶！”（书牍四《与王鉴川言虏王贡市》）他真有些自负。但是他对于蓟辽，又是一种感想。蓟辽边外的“属夷”请求加赏，他认为不值得。他说：今户、兵二部，已议为曲处。但此数一增，后来遂为岁例，帑藏之入有限，犬羊之欲无穷，岁复增加，曷有纪极？此其弊源，必有所在，不塞其源而徒徇其欲，将不知其所终矣！蓟门事体，与他镇不同，仆日夜念之，未尝少释。凡有所求，所司未尝不频顣而语，屈意而从也。仆亦坐是，往往见恶于人，若仆有所私庇于蓟者。然司农所藏，委为国乏，固亦无怪其频顣也。幸仆今谬司国柄，俟边警少暇，望公与镇、巡诸君，虚心商量，思一长策，著实整顿一番，庶为经久之计。若但拆东补西，支持目前，费日增而无已，兵复弱而莫支，将来必有以为口实者，恐仆与诸公，皆不能逭其咎也。（书牍四《答刘总督》）
应当节省的钱都节省了：光禄寺采办的钱，世宗末年，每年用十七万，现在只用十三四万，节约的力量，一直支配到皇上底御厨。但是节流只是一个方面，主要的方面还是开源。考成法实行了，开源便得到合法的立场。考成法是一根鞭子，它底目标是督促一切政务底进行。但是在财政方面，考成法底成绩最显著。居正说过：“考成一事，行之数年，自可不加赋而上用足。”（书牍七《答山东抚院李渐庵言吏治河漕》）这一句揭开居正底怀抱。
“不加赋而上用足”和桑弘羊底“民不益赋而天下用饶”，似乎神秘，实际上一点也不神秘。弘羊底武器是平准法，他打倒当时的富商大贾，把一切囤积居奇底利益，收归国有，这样应付了汉武帝时代的财政困难。居正底武器是考成法，他要实收粮赋，停止减免；这样便可以摧残当时的一部分大地主，维持国家底岁收。
明朝对于江南和浙西的税额特重，尤其是苏州府。明初苏州府岁征秋粮二百七十四万六千余石，和浙江全省相等，实在是一个骇人的数字。因此反而造成土地集中的情势。贫农底生活困难了，田地卖给富家；富家的势力扩大了，不但坐食田租底收入，而且因为地位优越，可以获得减免底特惠。大地主底地位从此形成。大地主在减免的时候，可以优先享受；在科役的时候，可以设法避免；甚至在征税的时候，可以任意拖延。一切的利益都归大地主；一切的负担都归贫农。到了贫农担负不了的时候，于是便把田地卖给地主，从小农底地位，降为佃农。有的贫农索性连同土地和自由，一齐卖给地主，于是成为农奴；农奴对于主人，固然丧失平等的身分；但是对于国家，反而获得意外的自由，催租科役的差人，从此不会上门。就是这一点，便可以引起小农底羡慕。有时小农底经济状况，还不十分困难的时候，自己也会到大地主家里，请求收为农奴，这就是所谓“投靠家人”。所以从经济的立场讲，国家和大地主显然地成为对立的形势。大地主底势力愈扩大，国家底岁入便愈减少。因为大地主底拖欠赋税，以及投靠家人底逃避徭役，于是国家不得不把赋税徭役分摊到无力拖欠或逃避的小农。其结果更把小农驱入佃农或农奴的地位，越发增加大地主底势力。国家的力量，只增加事态底严重。
这时是十六世纪，社会革命的呼声没有发动，平均地权的主张没有提出。有心的当局只有从“摧豪强，抑兼并”的途径入手。隆庆三年海瑞为应天巡抚，他底目的便是摧残大户。贫农底田产并入大户的，海瑞设法替他们夺还，实行他所看到的社会政策。后来万历十五年海瑞在南京死了，小民罢市，当他底棺枢出城的时候，沿江号哭相送的人，百里不绝，但是隆庆四年，海瑞就因为“鱼肉搢绅，估名乱政”的名义被劾，解除应天巡抚。这里看出当时的地主利益和小民利益的冲突，而为了国家对付地主的大臣，又常常因为地主阶级底势力而终归失败。居正和海瑞底立场，本来不是绝对一致的，但是他对于海瑞底去职却绝对同情，所以他说：“至于海刚峰之在吴，其施虽若过当，而心则出于为民；霜雪之后，少加和煦，人即怀春，亦不必尽变其法以徇人也。”（书牍十四《答应天巡抚朱东园》）
现在是居正底时代了。他用不到夺田还民，那些不易实行的政策；他有的是考成法，他发动政治底力量，增加岁入，打击地主，同时也减轻贫民的负担。他给应天巡抚宋仪望的信，是当时一篇有价值的文献：来翰谓苏松田赋不均，侵欺拖欠云云，读之使人扼腕。公以大智大勇，诚心任事，当英主综核之始，不于此时剔刷宿弊，为国家建经久之策，更待何人？诸凡谤议，皆所不恤。即仆近日举措，亦有议其操切者，然仆筹之审矣。孔子为政，先言“足食”，管子霸佐，亦言“礼义生于富足”。自嘉靖以来，当国者政以贿成，吏朘民膏以媚权门，而继秉国者又务一切姑息之政，为逋负渊薮，以成兼并之私。私家日富，公室日贫，国匮民穷，病实在此。仆窃以为贿政之弊易治也，姑息之弊难治也。何也？政之贿，惟惩贪而已，至于姑息之政，依法为私，割上为己，即如公言，豪家田至七万顷，粮至二万，又不以时纳。夫古者大国公田三万亩，而今且百倍于古大国之数。能几万顷而国不贫！故仆今约己敦素，杜绝贿门，痛惩贪墨，所以救贿政之弊也；查刷宿弊，清理通欠，严治侵渔揽纳之奸，所以砭姑息之政也。上损则下益，私门闭则公室强。故惩贪吏者所以足民也，理逋负者所以足国也。官民两足，上下俱益，所以壮根本之图，设安攘之策，倡节俭之风，兴礼义之教，明天子垂拱而御之。假令仲尼为相，由、求佐之，恐亦无以逾此矣。今议者率日：“吹求太急，民且逃亡为乱。”凡此皆奸人鼓说以摇上，可以惑愚暗之人，不可以欺明达之士也。夫民之亡且乱者，咸以贪吏剥下，而上不加恤，豪强兼并，而民贫失所故也。今为侵欺隐占者，权豪也，非细民也，而吾法之所施者奸人也，非良民也。清隐占，则小民免包赔之累，而得守其本业；惩贪墨，则闾阎无剥削之扰，而得以安其田里。如是，民且将尸而祝之，何以逃亡为？公博综载籍，究观古今治乱兴亡之故，曾有官清民安，田赋均平而致乱者乎？故凡为此言者，皆奸人鼓说以摇上者也。愿公坚持初意，毋惑流言。异时宰相不为国家忠虑，徇情容私，甚者辇千万金入其室，即为人穿鼻矣。今主上幼冲，仆以一身当天下之重，不难破家以利国，陨首以求济，岂区区浮议可得而摇夺者乎？公第任法行之。有敢挠公法，伤任事之臣者，国典具存，必不容贷。（书牍六《答应天巡抚宋阳山论均粮足民》）
居正对于江南的大地主，印象太坏了。他还记得徐阶和他谈起的话，异时每闻存翁言，“其乡人最无天理”。及近时前后，官于此土者，每呼为鬼国，云“他日天下有事，必此中创之”。他说：“盖谓朝廷之政令，不能行于此地，而人情狡诈，能忍人之所不能忍，为人之所不敢为故也。”（书牍七《答应天巡抚论大政大典》）但是他对于他底办法，具有信心；他不怕时人底攻击，而且也相信终会得到大众底谅解。他说：吴中事势已极，理必有变。今得丈稍稍振刷，使知朝廷法纪之不可干，上下分义之不可逾，汰其太甚，而无至于【足炙】盭横决，而不可收拾，则吴尚宜尸祝公以报德，而可以为怨乎！婴儿不剃头则肠痛，不【扌副】痤则浸疾，然剃头、【扌副】痤，固不能止婴儿之不啼也。近来彼中人，不独侧目于丈，且推本于仆，造为横议，欲以摇撼国是，如昨南余云云，意皆有所由来，故不得不一创之。今上意已定，正论不摇，丈宜自审画，无为山鬼所惑。（书牍七《答应天巡抚宋阳山》）
居正的时代，国库底主要收人是田赋，惟有对田赋有把握，才谈到整理财政，才谈到富国。隆庆五年已经有过征赋不及八分，有司停俸的诏令。（《明史》卷—二七《萧彦传》）神宗登极以后，下诏：隆庆元年以前的积欠，一概豁免，隆庆四年以前的积欠，免三征七。（《明史》卷二二九傅应祯传》）换一句讲，便是隆庆五年以后的积欠，一概追缴，同时还得追缴以前三年的七成积欠。考成法实行以后，规定征赋不足额的，巡抚和巡按御史听纠，府、州、县官听调。事态确实有些严重了。从书生底立场看，一切只觉得操切，但是除了整理田赋以外，在当时的环境之下，有什么方法可以增加国库收入，弥补岁入、岁出底巨大的差额？
元年，户部尚书王国光奏称：
国初天下州县存留夏税、秋粮，可一千二百万石，其时议主宽大，岁用外计赢银百万有余。使有司岁征无缺，则州县积贮自丰，水旱盗贼，不能为灾患。今一遘兵荒，辄留京储，发内帑。由有司视存留甚缓，苟事催科，则谓扰民，弊遂至此。请行天下抚、按官，督所司具报出入存留逋负之数，臣部得通融会计，以其余济边：有司催征不力者，悉以新令从事。（《明史》卷二二五《王国光传》）
这是一个整理地方财政的计划。王国光主张由地方当局整理田赋收入，除去规定截留作为地方经费者以外，一概呈报中央，再由户部统筹，作为国防的经费。这一个计划底提出、批准和实行，当然都有居正在内。经过嘉靖、隆庆两朝虚耗以后，从神宗登位起，直至万历十年，国家称为富庶，（《明史》卷—二二《张学颜传》）不能不认为居正底大功。
万历元年，六部的人事发生了两次变动。九月间吏部尚书杨博因病致仕，不久逝世。杨博底去位，当然是一个很大的损失。
居正说过：
自余登朝，则见故少师太宰杨公，心窃向慕之，公亦与余为忘年之契。公在本兵久，又遍历诸镇，躬履戎行，练习兵事。余每从公问今中国所以制御夷狄之策，及九塞险易，将士能否，公悉为余道所以，如指诸掌。故自余在政府，所措画兵事，盖得之公为多。（文集五《吏部尚书襄毅杨公墓志铭》）
杨博逝世以后，延推吏部尚书，候补人第一名、左都御史葛守礼，第二名、工部尚书朱衡，第三名、南京工部尚书张瀚。守礼资望最好，朱衡在河工方面，成绩最著，但是居正认定张瀚清贞简靖，独用张瀚。本来第三名称为陪推，照例是用不到的。因此张瀚对于居正，真是感激，在人才进退的方面，不免受内阁底影响。
礼部尚书陆树声因为对于内阁感到不愉快，请求致仕，居正托树声底弟弟树德去挽留，但是树声去志坚决，只得由他去了。居正自己到树声家中，要他椎荐替人，树声推荐南京礼部侍郎万士和。十二月间，礼部尚书也换了人。
在边疆方面，最重要的变动是宣大总督底更换。宣大是当时最重要的地方，对付俺答封贡，王崇古尽了最大的努力，但是崇古需要休息了，居正提出方逢时。一次在文华殿上，神宗问道：“宣大重镇，为什么要取回王总督？”
“朝廷用人，不宜把他底力量用尽。王崇古在宣大久了，应当休息一下，他日不妨再用，”居正说。
“谁可以代王崇古？”神宗又问。
“方逢时可代，”居正答。（参书牍五《与王鉴川言兢业边事》）
这样决定了王崇古入理京营戎政，方逢时补宣大总督的诏令。逢时本来是和崇古共事的，一切都很顺利。
北边的问题，暂时稳定了，但是广东、广西和四川还需要处分。处分的方法，第一便要使得地方负责官吏，感觉地位底稳定。居正和神宗也说起：“现在南北督抚，皆臣亲自选用，能为国家尽忠任事之人。皇上宜加信任，不要听浮言，加以苛求，使他们无从展布。”
“先生底话说得是，”神宗说，“先生公忠为国，所用的人那有不当的。”（参书牍六《答殷石汀言终功名答知遇》）
广东离北京太远，地方又太富庶了。中央鞭长莫及，吏治不能澄清，贪官愈多，民愤愈大。政治底不良，成为地方治安的大祸。嘉靖中年以后，和平、龙南一带，李文彪、谢允樟、赖清规，都称王，占据江西、广东交界的地方，但是政府因为受到倭寇底牵掣，始终无力应付，直到四十四年，才算稍为安定一下。隆庆年间，惠州蓝一清、赖元爵，潮州林道乾、林凤、诸良宝，琼州李茂都起事了，整个的社会，不能安定。居正曾经说过：“嘉、隆之间，广州处处皆盗，议者谓岭表非我版图矣。”（书牍十一《答两广刘凝斋言贼情军情民情》）形势真是非常的严重。隆庆五年八月，高拱和居正商定，调殷正茂总督两广军务，决定进兵。居正和正茂说起：“治乱国，用重典。广固乱国也，其势非用兵威以震荡之，奸宄不畏，良民无依。”（书牍四《答两广殷石汀计剿广寇》）以后募浙兵，发马价，一切都由正茂放手去做。居正当国以后，更和正茂说：广事之坏，已非一日，今欲振之，必宽文法，假便宜乃可。近来议者纷纷，然朝廷既以阃外托公，任公自择便宜行之，期于地方安宁而已，虽弹章盈公车，终不为摇也。（书牍四《答两广殷总督》）
万历元年，潘季驯又和居正谈起，也是悬念广东的兵事。居正肯定地说：“广事近以属之殷司马，此君才略，足以办此，又假以便宜，兵食期一二年，当得荡定。”（书牍五《答潘总宪笠翁》）果然就在这一年中，将广东方面，逐步安定，只剩诸良宝、林凤未平，不幸广东军队，在进攻中，受到一些意外的挫折，居正和正茂再说：诸良宝必死之寇，而各官乃易视之，其败固宜。一撮许残贼不能克，则诸山海逃伏之盗，必将乘势再起，将来广事，不可便谓无虞。大抵南贼，譬之蔓草，铲尽还生。从古以来经略南方者，皆未能以一举而收荡平之功，其势然也。今当申严将令，调益生兵，大事芟除，见贼即杀，勿复问其向背。诸文武将吏有不用命者，宜照敕书，悉以军法从事，斩首以徇。了此，则诸不逞之人，皆破胆而不敢旁睨矣。不惜一朝之费，而贻永世之安，惟公留意焉。（书牍五《与殷石汀经略广贼》）
统治者下了镇压的决心，正茂当然出力，万历元年四月，潮州一带的军事成功了，只有林风和部下出海，在福建、广东的海岸线活动，最后完成他在海外发展的使命。
在广西方面，当殷正茂由广西巡抚调任两广总督的时候，继任的是郭应聘。这时府江瑶也起了一次大动乱。府江是从桂林到苍梧的桂江，在阳朔到昭平三、四百里这一段，两岸都是瑶山。瑶人进攻永安州、荔浦县，掳去知州杨惟、都指挥胡潮。桂江交通中断，各县城门，白天都不敢开，形势严重极了。居正一面吩咐应聘调集大军，一面说；两江寇盗，（广西有左江道右江道，故云两江）为患久矣，异时居官者，皆畏首事，莫敢发，故其患滋甚。今乘古田之余威，（今广西古化县。隆庆四年殷正茂、郭应聘平古田）用足下之妙算，歼此狐鼠，谅不为难。但炎荒瘴病之地，屯数万之众，役不宜淹久，贵在临机速断，沈谋遄发，先并力以破其一巢，则余贼自然破胆，次第可平。若以三万之饷，与之相持于钦、岑之间，使贼跧伏溪洞，以逸待劳，非计之得者也。兵机不敢遥制，特献其瞽见如此，惟高明采择焉。（书牍四《答两广郭华溪计剿广寇》）
应聘正在调集大军六万，进讨府江瑶的当中，怀远（今三江县）的瑶人又起义了，杀知县马希武，情势也很吃紧。这时已经是隆庆六年的秋后，居正当国，更有决定的全权。他和应聘商定，先定府江瑶，一面招抚怀远，等到府江平定以后，随即进兵。冬天以后，府江已经安定，但是万历元年正月进兵怀远，又因为雨雪底关系，发生停顿。居正说：怀远之兵，既未得天时地利之便，暂宜解归，以俟大举。若有他巧可取之，尤妙矣。此事若非县令苛急，亦未遽叛。事之未形，一夫制之有余，祸端已构，数万人取之不克，至兵连祸结，师老财费，使朝廷廑南顾之忧，疆場有不讨之贼，彼激乱启衅者，死何足恤哉！以是知天下之事，推知几识微者，可与图成，而轻躁锋锐者，适足以偾事阶乱而已。（书牍五《答巡抚郭华溪》）
但是战事已经决定，没有徘徊的余地。应聘调兵十万，积极进行，居正只是说：“不谓其怙恶不悛，敢行称乱如此，则天讨所必加，虽费财动众，亦难中止矣。一切剿处事宜，公所画俱当，惟公自裁便宜行之，不敢中制。”（书牍五《答郭华溪》）就在这一年，怀远兵事结束，广西平定。居正主张彻底荡平。他说：“兵己深入，须尽歼之，毋使易种于斯土，又烦再举也。”（同卷《答广西抚院郭华溪》）
万历元年，四川方面发生平定都掌的军事。都掌“蛮”盘据叙州府高、珙、筠连、长宁、江安、纳溪六县地方。“蛮”首据九丝山、鸡冠岭、都都寨、凌霄峰、四出掳掠，成为四川心腹之患。四川巡抚曾省吾决心进兵，居正也认为“都掌为害多年，不容不除”。（书牍五《与蜀抚曾确庵计剿都蛮之始》）省吾调兵十四万，奏留总兵刘显统兵出发。刘显在福建平倭，和俞大猷、戚继光齐名，但武官底积习太深了，贪赃行贿，不守法纪，一切的事都有，这时正被劾罢。居正和省吾说：“若其人果可用，不妨特疏留之，立功赎罪；如不可用，则当别授能者。公宜以此意明示刘显，俾鼓舞奋励；如玩寇无功，必将前罪并论诛之，不敢庇也。地方大事，唯公熟计之。”（同上）三月中，刘显准备完成，一举击破凌霄峰；居正再寄书省吾，督促追击：凌霄既破，我师据险，此天亡小丑之时也。宜乘破竹之势，早收荡定之功。计蛮众不过数千，我师当数倍之，无不克者。攻险之道，必以奇胜，今可征兵积饷，为坐困之形，而募死士，从间道以捣其虚。……若不奋死出奇，欲以岁月取胜，此自困之计。兵闻拙速，未睹巧之久也。惟公熟计之。刘帅功名，著于西蜀，取功赎过，保全威名，在此一举。其一切攻围之计，宜听其自为便利，勿中制之，唯与之措处军前赏功募士之费。计军中一月当费几何，与其旷日迟久，不若暂费速罢之为愈也。（书牍五《与蜀抚曾确庵计剿都蛮》）
九月中，刘显平定都掌。捷音到京，居正说起：“十月十四日，闻九丝捷音，不觉屐齿之折。殄此巨寇，不惟蜀民安枕，且国家神气，借此一振，四方有逆志感纪之人，亦将破胆而不敢恣睢矣。”（同卷《答蜀抚曾确庵》）这里看出他心中的喜悦。
居正对于国事的计划，是在稳定中求进展。他整顿赋税，节省支出，为国家安定经济的基础。对于北边的国防，他是一面分化鞑靼，一面整理军实。对于南方的动乱，他用最大的努力加以镇压，劳师费财，一点都不顾惜。这些动乱的原因，他明明知道是由于政治的不良，因此他底责任应当是努力改进当时的政治情况，但是他底措施，止是对于起义农民和少数民族的无情镇压。居正是封建社会的统治者，这里完全暴露了封建统治者的凶狠面貌。
第九章 初步的建设（下）
万历元年，居正进《帝鉴图说》，第二年就发生效力。神宗这时才十二岁，他和吏部尚书张瀚，都察院左都御史葛守礼说，要召见廉能官员，面加奖谕。居正随即请定面奖廉能仪注，他在疏中说：“臣等窃惟致理之道，莫急于安民生；安民之要，惟在于核吏治。前代令主，欲兴道致治，未有不加意于此者。”（奏疏三《请定面奖廉能仪注疏》）二年正月，神宗在会极门，召见廉能官员浙江布政使谢鹏举等二十五人，特加奖励，各赐金币，便是这一次的结果。
九月间，刑部秋审，判定重囚应处死刑的，一概上奏。这是一件例行的公事，但是困难从宫内发生了。
“慈圣太后底销旨，吩咐概行停刑，”神宗在文华殿和居正说，“先生以为怎样？”
“春生秋杀，天道之常，”居正说，“皇上即位以后，停刑已经不止一次：稂莠不去，反害嘉禾；凶恶不去，反害善良。愚臣看来，还是不必停。”
神宗听了以后，奏明太后，应处死刑的，一概准予执行。
这一点牵涉到古代统治阶级的政治思想问题。不负实际责任的人常常主张宽大，但是负担实际责任的人，便认为这是一个难题。郑子产临死的时候和子太叔说：“我死后，国家大政是你底事了。有德的人，也许能够以宽服民，其次莫如猛。火底威焰，人人看到都害怕，所以烧死的人不多；水性懦弱，人人都觉得可爱可近，偏偏死在水中的人多了。所以宽大不是一件容易的事。”
子产死后，政权落到子太叔手上，这是一位官僚主义的统治者。被压迫的人民大众得到这个机会，发动起来，争取他们的自由。子太叔懊恨极了，他认为早听于子的话，一定不至于此，这才调动军队，把起义的人民镇压下去，仍走上反动统治者的老路。
居正是主张猛的，他曾说过：“使吾为刽子手，吾亦不离法场而证菩提。”他看到元末的大动乱，完全因为当局的宽纵，以致演成不可收拾的惨剧。所以他认定“君子为国，务强其根本，振其纪纲，厚集而拊循之，勿使有衅，脱有不虞，乘其微细，急扑灭之，虽厚费不惜，勿使滋蔓，蔓难图矣。”（文集十一《杂著》）他又说过：“盗者必获，获而必诛，则人自不敢为矣。”（书牍八《答总宪吴公》）关于捕“盗”的事，在考成法也有明文规定。后来万历七年，因为“盗犯”中途脱逃的事，他说：张国用查系三月初间，已属顺天府着长解押发，乃至今尚未到，此必中途贿逃矣。顷已令该府捕长解家属监候，又行逐程挨查，于何处脱逃，务见下落，事系考成，期限已迫。若此时尚未到，执事亦宜上疏自白，请旨缉拿，务令得获正罪，庶足示惩。若已到，则照在京例，尽法处之，不可纵也。（书牍十一《答河漕姜按院》）
居正底主张是“盗”者必获，获则必“诛”，这是考成法底规定。但是如《明史》所载，居正当国之时，“大辟之刑，岁有定额，”（《明史》卷二二〇《赵世卿传》）又称“居正法严，决囚不如额者罪”，（《明史》卷—二九《艾穆传》）都难免有些以讹传讹。每年死刑，要有一定的名额，就在当时，也不能不算是一件不可思议的事。但是《艾穆传》称艾穆为刑部员外郎，到陕西复审的时候，艾穆决定只有两个人处死刑，同审的人惟恐太轻了，要受到政府底处分，艾穆慷慨地说：“我可不会拿别人底生命保障自己底地位。”
在居正大权在握的当中，地方官吏奉行过甚，也是不免的事。
二年十月辽东大捷，除了辽东总兵官李成梁进左都督以外，蓟辽督抚以及内阁诸臣一体加恩，居正具疏力辞，神宗亲笔下谕：敕谕元辅张少师：朕以幼冲嗣位，赖先生匡弼启沃，四方治安，九边宁靖。我祖宗列圣，亦鉴知先生之功，就加显爵不为过。乃屡辞恩命，惟一诚辅国。自古忠臣，如先生者罕。朕今知先生实心，不复强，特赐坐蟒衣一袭、银钱五十两，以示优眷，申成先生美德，其钦承之。（奏疏四《御札奖励疏》）
自从俺答封贡事定以后，战事底中心逐渐东移。东部的鞑靼，在土蛮底领导下，继续和朝廷作战，最困难的问题是“属夷”。喜峰口、宣化境外有朵颜卫，锦州、义州、广宁境外有泰宁卫，沈阳、铁岭、开原境外有福余卫，这是所谓大宁三卫；迤东还有建州卫。在名义上他们都服属中国，所以称为“属夷”，但是事实上泰宁部长速把亥、炒花，朵颜部长董狐狸、长昂，以及建州卫都指挥王杲都和土蛮相通，成为蓟辽一带的边患。要对付土蛮，第一便得对付“属夷”，所以万历元年，居正就认定处置“属夷”之策，为国家大事，急宜经理。（书牍五《与王敬所论大政》）这一次辽东大捷，李成梁斩建州部落一千一百余人，后来连王杲也杀了，当然是对付“属夷”的一次“成功”。
战事中心到了蓟辽，但是蓟辽最大的遗憾，便是地形的缺陷。整个三卫，盘据在热河和辽宁底西边，蓟州和辽东两镇，失去应有的联系。居正底计划，是遵守杨博固守边墙的遗策，一面整理蓟州一带的边墙，（书牍六《答蓟辽督抚吴环洲言虏情》）以备鞑靼底进攻；同时也计划反攻。他联络辽东、宣府、蓟州三镇，主张由蓟州坚守，由辽东、宣府双方夹击。他给方逢时说起：比者辽左之功，固为奇绝，朝廷赏功之典，亦极其隆厚，然仆于此，蓄意甚深，谨密以告公。今九边之地，蓟门为重，以其为国之堂奥也。自嘉靖庚戌以来，虏祸日中于蓟，至罢九边之力以奉之，而内地亦且困敝。然所以酿此祸者，皆属夷为之也。国初弃大宁之地与之，冀其为吾藩屏，而今乃如此！故属夷不处，则边患无已时。然欲处之非加之以威，彼固未肯俯首而服从也。今西虏为贡市所羁，必不敢动，独土蛮一枝，力弱寡援，制之为易。今拟于上谷练得战士二万，辽东二万，多备火器，却令蓟人平时将内地各城堡，修令坚固。视三镇士气已振，度其可用，则属夷求抚赏者，一切以正理处之；凡额外求讨，及捉军要赏者，悉正以军法。彼不遂所欲，必结虏来犯，我则据台以守，遏之边外，使之一骑不入，在我虽无所获，而在彼已为失利，亦策之上也。如其贼众溃墙而入，则亦勿遽为仓皇，但令蓟将敛各路之兵四、五万人，屯据要害，令诸县邑村落，皆清野入保，勿与之战。而上谷、辽左，不必俟命，即各出万人，遣骁将，从边外将诸属夷老小尽歼之，令大将领一万人入关，不必卫京师，径趋蓟地，伏于贼所出路。彼虽已入内地，见我不动，必不敢散抢，不过四五日，虏气衰矣。衰则必遁，然后令蓟人整阵以逐之，而宣、辽两军合而蹙击。彼既饥疲，又各护其获，败不相救，而吾以三镇全力击其惰归，破之必矣。一战而胜，则蓟镇士气既倍，土、苏诸酋，不敢复窥，而属夷亦皆可胁而抚之以为我用。蓟事举则西虏之贡市愈坚，而入援之兵，可以渐减，九边安枕无事矣。愚计如此，今先试之于辽左，盖辽人素称敢战，而李将军亦忠勇可用，故厚赏以劝之，悬利以待之，亦致士从隗始之意也。（书牍六《答方金湖计服三卫属夷》）
万历元年，居正和蓟辽总督刘应节说过，要“虚心商量，思一长策，著实整顿一番，庶为经久之计。”（见前）这便是居正底长策了。但是这一条计策，在居正手里，始终没有用过。战事底中心逐渐东移，辽东成为中国底重镇，这是后事。万历最初十年，戚继光坐镇蓟门，是当时的一重保障，土蛮不敢南侵，未必不由于此。居正对于三卫，始终设法羁縻。他用底方法，自己说过：“要在当事者随宜处置。譬之于犬，摇尾则投之以骨，狂吠则击之以棰，既棰而复服，则复投之，投而复吠则击之：而可与之较曲直，论法守乎？前有书与方公，方答书云：”耐烦二字，边臣宜书诸绅。‘诚然。“（书牍八《答吴环洲》）居正手上有的是大棒和骨头，这是他”羁縻’属夷‘“的方法。对于”抚赏’属夷‘“的段布，正和对于赏赐俺答的段布一样，居正逐件看过，都要美好经用，这是骨头。朵颜部长董狐狸、长昂，和青把都是亲戚，居正吩咐宣府巡抚吴兑：”幸公示意青酋，令其传意长昂，勿复作歹，自取灭亡。“（书牍六《答蓟镇吴环洲》。蓟镇误题，吴环洲即吴兑。）这是大棒。这一年他又说过：辱示蓟镇虏情，渊哉其言之也。已即密语彼中当事诸公，俾知所从事。属夷处置适宜，则土虏之真情可得，而两镇之贡市愈坚，当今边务，莫要于此矣。公在上谷，内修战守，外探虏情，东制西怀，自有妙用，仆复何忧。（书牍六《答吴环洲》）
居正曾经自称别无他长，但能耐烦，这是一句谦虚的话，但是耐烦确是能使居正成功的品德。耐烦的人，对于一切事务，有布置，有步骤。他不会一暴十寒，然而他也不求一劳永逸，只是一步一步，脚踏实地去干。我们所不能满意的是居正对于起义的人民，没有正确的认识，因此止知道如何去镇压；同样地他对于沿边的少数民族，除了利诱威服以外，没有采取进一步靠拢和争取的方法。
对于用人行政方面，他也是一步一步干著。万历二年四月，实行久任之法，这是他在隆庆二年《陈六事疏》中已经说过的。十二月内阁进职官书屏。居正上疏：仰惟皇上天挺睿明，励精图治，今春朝觐考察，亲奖廉能；顷者吏部奏除，躬临铨选，其加意于吏治人才如此。顾今天下疆里，尚末悉知，诸司职务，尚未尽熟，虽欲审别，其道无由。臣等思所以推广德意，发达圣聪者，谨属吏部尚书张瀚，兵部尚书谭纶，备查两京及在外文武职官，府、部而下，知府以上，各姓名籍贯，及出身资格。造为御屏一座，中三扇绘天下疆域之图：左六扇，列文官职名；右六扇，列武官职名；各为浮帖，以便更换。每十日，该部将升迁调改各官，开送内阁，臣等令中书官写换一遍。其屏即张设于文华殿后，皇上讲读进字之所，以便朝夕省览。如某衙门缺某官，该部推举某人，即知其人原系某官，今果堪此任否？某地方有事，即知某人见任此地，今能办此事否？臣等日侍左右，皇上即可亲赐询问，细加商榷，臣等若有所知，亦得面尽其愚，以俟圣断。一指顾间，而四方道里险、易，百司职务繁、简，一时官员贤、否，举莫逃于圣鉴之下。不惟提纲掌要，便于观览，且使居官守职者，皆知其名常在朝廷左右，所行之事皆得达于高聪：其贤者将兢兢焉争自淬励以求见知于上，不才者亦将凛凛焉畏上之知而不敢为非。皇上独运神智，坐以照之，垂拱而天下治矣。（奏疏三《进职官书屏疏》）
在职官方面，明代定都北京以后，南京六部诸寺，实际成为赘疣。嘉靖、隆庆间已经开始裁革了。万历三年二月裁南京官，以后再经过九年的裁革，除了养望的大官和必需的属官以外，差不多已经调整，这都是居正任内的成绩。
三年四、五月间，居正上《请饬学政疏》，这是一个极大的改革。明朝的学制，两京国子监是直辖中央的国立大学，与地方无干。各府、州、县有府学，州学，县学，都有一定学额，归各省提学官管辖。乡村之中又有社学，民间子弟自由入学，不受学额底限制，但是没有强迫入学的规定。当时的问题，集中在地方学制的府、州、县学。
太祖洪武年间规定，府学四十人，州学三十人，县学二十人，日给廪膳，称为廪膳生员。洪武十五年定令，廪膳生每人每月领米一石，鱼肉盐醯，由官供给。宣宗宣德三年规定，府、州、县学各设增广生员，学额与廪膳生员相同，他们没有领米的权利，但是和廪膳生员一样，一家之内，除本身外，优免二丁差役。换一句话，就是家中只要一人入学，可以三人免役。以后增广生员以外，又添附学生员，现代术语称为特别生，他们当然更谈不到廪米，但是免役的权利，还是一样。廪膳生员，增广生员，附学生员，简称廪生、增生、附生；有时只称廪、增、附。通常人用汉朝科日秀才异等底名称，称为秀才。这些秀才，有米可领，遇役可免：文理通顺，学问优长的，当然还可以考取举人、进士底出身，为国家做事；但是大多数永远只是秀才，做一世的府、州、县学主员，领米免役，成为地方的特权阶级。这一群特权阶级人物多了，发生连带关系，在地方上隐隐成为一种势力，可以欺侮一般民众，同样地也可压迫地方官吏。他们尽管满口孔子、孟子，圣经、贤传，讲道德，说仁义，但是事实上只是地方的祸害。这便是所谓学霸。嘉靖十年题准：“生员内有刁泼无耻之徒，号称学霸，恣意非为，及被提学考校，或访察黜退，妄行讪毁，赴京奏扰者，奏词立案不行，仍行巡按御史拿问。”（万历本《明会典》卷七十八）便指的这些人。
