这时，在徐州的张勋也于7月31日发出通电痛斥李烈钧，主张赣、闽两省出兵“援粤”，接着倪嗣冲电请北京政府下令“讨伐”李烈钧。北方各省立即随声附和，张怀芝、赵倜、孟恩远、杨善德、阎锡山、冯国璋、王占元、毕桂芳、陈树藩（依发电先后为序）纷纷通电“致讨”，对李烈钧极尽攻击。
8月11日，北京政府发表处理广东问题的命令说：
“龙济光未交卸以前，责任守土，自应约束将土，保卫治安。李烈钧统率士卒，责有攸归。着即均勒所部，即日停兵。此后如有抗令开衅情事，自当严行声讨以肃国纪。”
这真是一个强词夺理、颠倒是非的命令，把龙济光说成守土有责、维持治安的疆吏；而李烈钧则是抗令开衅、违反国纪的罪魁祸首。事实是怎样呢？李烈钧只是北洋系所深恶痛绝的人，他是反对帝制最烈，而在云南倡义的三巨头之一。至于龙济光却是袁所亲爱的功狗，因效忠“洪宪皇帝”而被封王爵。
段以为用中央的威信向李烈钧摊牌，他有北洋军阀为后盾，如果李烈钧不听命令，就是反抗政府，背叛国家，他便可以号召全国，鸣鼓而攻。可是时间上不帮助段，这时陆荣廷已迅速带兵到了肇庆，龙济光在滇、桂军双重压力下，乃被迫提出卸职条件：（一）济军2万人（虚报）以上，应编为两师；（二）请拨付军饷和移防经费300万；（三）督办两广矿务，应选择两广扼要地点屯驻济军，在济军驻防区内，其他各军须撤出；（四）督办两广矿务公署应照督军公署的规模，直隶中央，本省长官无权调度。
李烈钧这时留在广东已无价值，且留下变成众矢之的，所以便于8月17日通电解除职务，在粤境内的滇军由张开儒、方声涛两师长直接统辖。8月22日李烈钧和滇军告别，于27日到肇庆会晤陆荣廷后，取道香港赴上海。
陆荣廷在肇庆装病。8月25日萨镇冰到了广州，和广东省长朱庆澜调停粤局。龙济光讨到饷款后率兵移驻琼州（海南岛）。陆荣廷则迟至10月才在肇庆就职广东督军。
一○○、将星殒落，国丧元勋
黄兴自二次革命失败后，一直在美国，讨袁军兴，他乃从美国赴日本，5年5月9日在横滨登陆。
袁死后6月13日孙中山电黄，征询对时局意见，电曰：“东京黄克强兄鉴：南军举义，多数揭去袁、复《约法》、召国会为目的。袁死，黎能复《约法》，召国会，当息纷争，事建设，以昭信义，固国本。兄见如何？”
黄于14日复电曰：
“中山先生鉴：电敬悉。南方要求恢复《约法》及国会，黎若能诚意实行，以外问题自可迎刃而解。先生来电，主张息纷争，事建设，无任感佩！尚望主持，使国人晓然于吾人之无私无偏，尤所切要。”
黄兴回到了上海不久，民国5年的10月10日突患胃中血管破裂症，吐血数盂晕倒，医生认为他这病是劳瘁过甚所引起的。病中他还接待由四川过上海去日本的蔡锷，两位元勋互相慰劳，可是在蔡去日后不久，他竟在10月31日午后5时30分与世长辞了。
黄兴原名轸，别字庆午，又名瑾午，原籍湖南善化县榔黎市，出生于清同治十三年甲戌（公元1874年）9月16日，折算阳历则为10月25日，比孙中山小8岁，比宋教仁和蔡锷大8岁。
他的一生都与10月有关，可说是一种巧合，他生于10月，殁于10月，成功于10月10日武昌起义，得病也是10月10日。他死时才43岁，英年早逝，真是国家的大损失。
黄的原配夫人名廖淡如，生三子二女，子名一欧、一中、一寰；女名振华、德华。续配名徐宗汉，是他从事革命时期同生死共患难的战友。徐籍广东香山，原名佩萱，初嫁海丰人李普一，生子女各一，子应强，女名若鸿。李死，徐与广州市女医师张竹君友善，张喜谈新学，讲革命，徐受其影响，遂入同盟会，参加革命。黄花岗之役与黄因患难而结成革命伴侣。徐嫁黄后，又生二子，名一美、一球。徐与前夫所生子女，亦携来同居，黄均视同已出。在黄家书中曾提到另有一女名文子者，据说，系黄与某日妇所生。黄与徐宗汉结褵后，伉俪情深，夫唱妇随。
黄的长子一欧，一向是在革命队伍中长成，于江浙联军时，接到黄勉励他的信，只有八个大字：“一欧爱儿，努力杀贼！”后来胡适看到这封信曾经做了一首白话诗来赞美：
“当年曾见将军之家书，字迹娟逸似大苏。书中之言竟何如？‘一欧爱儿，努力杀贼！’，八个大字，读之使人慷慨奋为而爱国。呜乎将军。何可多得！”
黄兴病逝后，11月1日孙中山致函海外各支部，通告黄兴逝世，文曰：
“启者：黄克强先生自创同盟会以来，与文共事奔走，艰难迄于今日，凡我同志谅均知悉。前月国庆日，突患胃中血管破裂之症，吐血数盂，晕绝经时，即延德国医生克礼氏诊治，据云，尚可无碍。嗣后胸膈仍觉饱闷，至上月下旬，更发现肝部肿大之征候。三十日下午五时，忽又吐血不止，势极危急，由医注射，暂且止血。三十一日早二时，突再吐血，医再注射，旋即脉停气绝不可复救。呜乎哀哉！以克强盛年，禀赋素厚，虽此次讨贼未得比肩致力，而提携奋斗尚冀诸异日。遽此凋谢，为国为友，悼伤百端！谨告诸同志鉴察之。孙文启。民国五年十一月一日。”
黄的噩耗传到日本，病中的蔡锷为之痛哭，他的挽联是：
以勇健开国，而宁静持身，贯彻实行，是能创作一生者；
曾送我海上，忽哭君天涯，惊起挥泪，难为卧病九州人。
另一位和黄、蔡唱反调，可是他们私交却极莫逆的人，就是洪宪六君子之首杨度挽黄联云：
公谊不妨私，平日政见分驰，肝胆至今推挚友；
一身能敌万，可惜霸才无命，死生从古困英雄。
11月1日孙中山和唐绍仪代电全国，通告黄丧，函曰：
“克强先生交游满天下，车笠之盟，缟紵之好，究有为仆等所未悉者。代主丧务，勉持大体，征名遍讣，恐有未周，诸祈见谅。”
北京方面国会特休会一日，下半旗一日志哀。11月2日北京政府令：
“上将黄兴缔造共和，首举义旗，功在国家，薄海同钦，……派王芝祥前往致祭，给致治费二万，丧葬事宜由江苏省长齐耀琳就近照料……。”
护国讨袁第一大功的蔡锷，则在黄兴逝世后8天病逝日本。
护国讨袁时，蔡锷在军中备极辛劳，染患喉疾。5年6月28日蔡由永宁启程，29日抵大洲驿，7月1日抵泸州，这时蔡的喉疾非常严重，已至不能讲话的地步，在泸州请了一位德国医生阿密思替他诊视，服药无效，又加上肺叶肿痛，滴水难入，体温高达39度，夜不能寐。蔡是个有责任心的人，虽然病魔困扰他，可是他觉得军队的欠薪，四川的善后都是极伤脑筋的事，非他本人处理不可。因此，他力疾从公，抱病任事，要求北京政府支付护国军的欠饷欠款200万元。
7月4日段祺瑞特派法国医生赶来泸州检治蔡的喉疾，第二天，法国医生检视结果，认为喉病延误过久，声带已狭，病况严重，非迅速赴上海或日本就专科医治不可。
蔡的可贵处在于：虽以身为天下先，却功成不居，自始迄终坚定这个主张。袁世凯死后，蔡功业盖世，名满天下，然而他不汲汲于名位权利，从下面两则电报，可看到蔡的抱负人格：
7月17日蔡电唐继尧：
“滇、黔此次起义，悉索敝赋以赴国难，虽达拯渊救焚之志，已陷额烂头焦之势，在我军应亟谋善后以图元气之恢复，在政府及一般人士，浴共和之恩波，饮水思源，对于首义之军，应以安之劳之使之得所。以愚意计之，滇、黔善后尚不甚难，需款亦不甚巨，政府对我万不致有所歧视，吝此区区而阴相掣肘也。所最宜注意者，我军主张应始终抱定为国家不为权利之初心，贯彻一致，不为外界所摇惑，不为左右私昵所劫持，实公私两济。……”
7月19日复唐继尧电：
“洽电敬悉，奖饰溢量，感愧奚似。窃意锷前者之出，秉诸良知，今兹之退亦然……今侪辈中果有三数人身先引退，飘然远翥，实足对于今日号称伟人志士英雄豪杰一流，直接下一针砭，为后来留一榜样，未始非善。而锷处地位，纯系带兵官，战事既了，即可奉身而退，斯亦各国所同然。务望蔩公为大局计，为友谊计，切电在川滇军各将领，以后一切善后问题当完全负责办理，俾锷得以克日东渡。……”
蔡锷对于“治蜀”并不是没有抱负，只因为他想以功成身退，不争权利为天下倡，所以薄川督而不为。在他给他的老友丁怀瑾函中，曾就“治蜀”一事表示如下的意见：
“蜀虽可为，但民情浇薄，绝不适于从军。若专用外军，屏绝土著，则主客之势互不相容，终成水火矣。弟尝与兄论治蜀非假以十年时光不可，其始也临以雷霆万钧之力，芟夷斩伐，不稍姑息，乱根既尽，民气渐苏，乃嘘以阳和之气，培植而长养之，殊盛业也。”
7月21日蔡率幕僚数人，轻车简从，首途赴成都，在途中接到湖南耆宿父老敦请他督湘的电报，他分别回电辞谢。8月1日蔡锷入成都，抱病就任四川督军，成都人民额手称庆。这时的成都，因为兵连祸结，人心浮动，物价飞涨，币制不稳，蔡接事后，物价立即回跌，钞票价值上涨。川中有五老七贤不远数百里赶来成都，愿任顾问。8月3日蔡电保周道刚为川军第一师师长，熊克武以师长兼重庆镇守使，刘存厚以师长兼川边镇守使，尹昌衡为政务厅长。蔡锷抵达成都后，他的本意只是象征式接受任命，加以他的喉病和肺病都日益严重，乃于8月5日致电北京段祺瑞总理，电云：
“川为繁剧区域，非孱弱病躯所能胜任。况锷于起义之初，曾声言于朋辈，一俟大局略定，即当幡然引退，以从事实业；今如食言，神明内疚，殊难自安。伏请代陈大总统俯鉴微忱，立予任命，抑或以罗佩金暂行护理。”
8月7日黎元洪准予辞职。8月9日由蒋方震（百里）陪同，启程离川。动身之前特为文告别四川父老。文云：
“锷履蜀士凡七阅月矣。曩者驰驱戎马，不获与邦人诸友以礼相见，而又多所惊扰，于我心有戚戚焉。顾邦人诸友曾不我责，而又深情笃挚，通悃款于交绥之后，动讴歌于受命之余，人孰无情，厚我如斯，锷知感矣。是以病未能兴，犹舁舆入蓉，冀得当以报蜀，不自知其不可也。乃者视事浃旬，百政棼如，环顾衙斋，森肃宾从，案牍药炉茶鼎，杂然并陈，目眩神摇，甚矣其惫，继此以往，不引疾则卧治耳。虽然蜀患深矣，扶衰救弊，方将夙兴夜寐，胼手胝足之不暇，而顾隐情惜己，苟偷食息，使百事堕坏于冥冥，则所谓报蜀之志不其谬欤？去固负蜀，留且误蜀，与其误也宁负。倘以邦人诸友之灵，若药瞑眩，吾疾遂瘳，则他日又将以报蜀者补今日负蜀之过，亦安其不可？锷行矣！幸谢邦人，勉佐后贤，共济艰难。锷也一苇东航，日日俯视江水，共证此心，虽谓锷犹未去蜀可也。”
蔡由成都启程，先至重庆，稍作逗留，然后换乘轮船下驶，他到宜昌时，会见了从四川退出的陈宦，这时陈已辞去湖南督军，并把他所率领相当于一个师的军队解散。蔡、陈本是好友，于今把臂旅途，相见甚欢。蔡邀陈同轮赴汉口，陈感觉到和蔡同行，一荣一辱，实在没趣，因此婉言谢绝。
蔡由宜昌乘大元商轮于8月26日抵达汉口，湖北督军王占元派楚信、楚义等巡防舰驶往武昌上游迎迓，各机关、各团体欢迎人群分乘小轮在江干把大元轮围在垓心。王占元希望蔡能在武汉多停留几日，蔡则坚决辞谢，于是王便在楚材舰上大张筵宴，盛大款待蔡和他的随行人员。蔡并未登岸，当天晚上就换乘江裕轮继续下驶。
8月28日蔡抵达上海，下榻哈同花园，他不愿人们把他当成一个伟大人物来欢迎，因此他设法把自己隐密起来，仅到梁启超的礼庐一行，师生二人把臂欢谈，相对欷歔。
段祺瑞电请梁启超转劝蔡到北京西山疗养，不必远渡日本，蔡没有忘记以前袁召他去北京，便成为政治俘虏的往事，因此他推托说：北京繁嚣，不适宜于养病。
9月8日蔡由上海启程赴日本。抵神户时，日本记者群趋访问，蔡以手指喉，不能作答，由蒋方震代为接谈，蒋说：“将军之病，由于袁世凯而起，纳溪之战，将军语言艰涩，到沪州时全然不能发音，七月廿日由叙府赴成都，勾留九天，病情更加转剧。黎、段劝将军移居北京西山静养，将军以不能杜门谢客为虑，所以决计来贵国就医。”
蔡的喉疾和肺病，因拖延过久，抵达日本后已是病入膏肓，群医束手，药石无效。
11月8日，蔡自知不起，由左右扶起看窗外飞机，黯然对好友蒋方震说：“我是不行了，我不能死于对外作战的疆场上，真是死不瞑目，我死后有一事想拜托兄。”蒋问是何事？蔡已无气无力，喘息地说：“千万薄葬，让我九泉无憾！”蔡回到病榻，即请蒋方震代笔遗电：
一、愿我人民、政府协力一心，采有希望之积极政策；
二、意见多由于争权利，愿为民望者，以道德爱国；
三、在川阵亡及出力人员，恳饬罗、戴两君核实呈请恤奖，以昭奖励；
四、锷以短命，未克尽力民国，应行薄葬。
就是这一天，这位一代伟人，视富贵如浮云，功成而不居的护国元勋蔡锷将军与世永诀了。他离开这个世界时，年仅35岁。
蔡去世后，举国震悼，万里雨泣。
黎元洪大总统于11月10日、11月28日、12月4日、12月21日四次以大总统命令褒扬和国葬。
蔡锷之丧，全国唁祭，其祭辞和挽联均有可传者，摘抄数则挽联于下：
孙中山先生：
平生慷慨班都护；
万里间关马伏波。
梁启超：
知所恶有甚于死者；
非夫人之恸而谁为？
康有为：
微君之躬，今为洪宪之世矣；
思子之故，怕闻鼙鼓之声来！
唐继尧：
所至以整军保民为要图，众论之归，大将慈祥曹武惠；
平时惟读书致用相敦勖，公言不死，秀才忧乐范希文。
丁怀瑾：
成不居首功，败不作亡命，誓师二语，何等光明，故一旅突兴再造共和；
下无逞意见，上无争利权，遗书数言，如斯深切，问举国朝野奚慰英灵？
在所有挽联中，杨度的一联最引人注意，杨度的挽联是：
魂魄异乡归，于今豪杰为神，万里河山皆雨泣；
东南民力尽，太息疮痍满目，当时成败已沧桑。
杨度是楹联圣手，他一生可传的挽联甚多，可是他挽蔡的这副挽联，并不高明，这是因为两人政见立场相对立的缘故，所以他的下联可说完全是对蔡的成就唱反调。
至于小凤仙的挽联则是在庄严肃穆的伟人事迹中的一段小插曲，小凤仙的挽联和祭文都是衡州狂士王血痕所代撰。小凤仙的两副挽联，当时传遍都下，第一联是：
不幸周郎竟短命；
早知李靖是英雄！
第二联是：
万里南天鹏翼，直上扶摇，那堪忧患余生，萍水姻缘成一梦；
几年北地胭脂，自悲沦落，赢得美人知己，桃花颜色亦千秋。
蒋方震在蔡死后，由日本拍电回国，电文说：
“一年以来，公恶衣菲食以戕其身，早作夜息以伤其神。临终之际，犹以未能裹尸为恨。然蔡公身虽未死于疆场，实与阵亡者一例也。”
蔡的好友丁怀瑾用行动来怀念蔡的遗志——功成不居，长揖归田。蔡东渡前，丁任四川富顺县长，闻蔡噩耗即辞去县篆，闭门著书，常以蔡的人格和抱负勉励其家人子女，他称道蔡是真正开天辟地的人物。古人说名满天下，谤亦随之，可是蔡却打破了此例，他的成败生死，不论是友是敌，是新是旧，莫不对他由衷称道，理由很简单：蔡以天下为己任，却不以天下为己。
一○一、府院不和黎段水火
黎元洪的一生，是幸运也是不幸，他在辛亥起义时糊涂地做了民国元勋，又在袁世凯称帝失败后，莫名其妙地坐上了总统宝座。袁世凯在做民国总统时，感觉到做得很不舒服，因此逐渐产生了总统不如皇帝的错误观念，一念之差演成“洪宪称帝”的悲剧。黎元洪则是在总统任内没有过一天舒服的日子，因为黎、段之间势成水火，遂致总统府与国务院之间也无法调和。
黎、段两人有新仇，也有旧恨，旧恨是当黎以副总统身份兼领湖北都督时，段奉袁的密令以绑票方式来武汉，押他上火车，结束了黎在湖北的局面，从此黎在北京做了袁世凯的政治俘虏；新仇是段虽拥黎继任总统，可是在袁死后段去见黎时，一言不发，面孔冷酷有如对待一个陌生的政敌，加上张镇芳又从中挑拨。张镇芳是袁临终时四个接受顾命大臣之一，可是段祺瑞却最瞧不起张，由于张是袁的表弟，洪宪帝制时，张在大典筹备处办事，贪污舞弊，所以段经常骂他是“黄带子”、“掌柜的”。张自然也恨段入骨。黎继任总统后，张在黎的军事智囊哈汉章面前放了一把野火，他说：“我们在项城（袁）的灵前讨论总统问题时，老段反对黄陂（黎）继任，是东海（徐世昌）竭力促成的。”这句话很让黎相信，所以黎非常恨段，对徐世昌则有好感。
至于段呢？压根就瞧不起黎，因为在清朝时，段曾做过统制（等于师长地位）、军统（等于军长地位）和提督，并且署理过湖广总督，可是黎那时才不过是一个协统（等于旅长地位）；到了袁世凯时代，段则是北洋系首屈一指的大将，而黎虽是副总统，在段眼中，不过因缘时会，窃取辛亥革命果实，到北京后只是个政治俘虏；袁死后，黎的总统是段一手“提拔”起来的，如果段不支持黎，黎根本登不上总统的宝座。他在袁死的当天晚上告诉黎派来探听消息的张国淦说：“我姓段的支持黎，就是一句话，不会让姓黎的落空。”
因为段有这些观念，所以完全不把黎放在眼中，黎则看段有如芒刺在背。黎、段之间便因此无法谐合。
黎接任总统后，对当时的各项问题由不问而要问，由要问而多问，他认为小事可以不问，大事必须过问，这对段是无法忍受的。段本已苦于国会给他的困扰，使他不能独断独行，再加上黎元洪遇事总是掣他的肘，使他感到非常受不了。他有时向他的亲信抱怨说：“我是要他来盖章签字的，不是请他来压在我的头上！”
段拥黎为总统只是叫他盖章，这一点可以从段的秘书长徐树铮的一句话中证实。有一天徐树铮拿了三个人事命令到总统府请黎盖大印，黎偶然问到这三人的出身和历史，徐树铮就很不耐烦地说：“总统不必多问，总理早已研究清楚，请快点盖印吧，我的事情还忙得很哩。”黎听了这话真是气得头上要冒出火来，他脸上发青地对手下人说：“我本来不要做这样总统的，而他们竟公然目无总统！”
黎任总统后调张国淦为总统府秘书长（后来张辞职，改由丁士峄），以林长民、贾寿坤、雷豫钊、欧阳葆真、刘远驹、张则川、瞿瀛、施泰祺八人为秘书。军事幕僚有哈汉章、金永多、蒋作宾等。
军事幕僚们经常建议黎必须掌握兵权，他们的理由是：“责任内阁制是指政治而言。军事方面总统既然是全国陆海军大元帅，就不能不管军事，大元帅没有军权，总统有什么做的价值？”这些话黎很听得进去，他把自己的总统地位和袁世凯做总统时候一比，觉得袁当时何等威风，自己今日何等可怜，自己虽不想大权独揽，可是要制止军人的跋扈擅专，则应该把军权抓在自己手上。黎这个意图和段完全对立。段认为袁世凯当年最大的错误就是成立“全国陆军统率办事处”以集中军权，段的解释是：他以内阁总理身份而掌握全国政权，又以陆军总长身份而掌握全国军权。段今日的地位是建筑在军事独裁上，他之所以能控制住北洋系，就因为他有军权，如果让总统管军权，他岂不是手无寸铁，总统一纸命令就可以撤换了他吗。所以这一点他是誓死必争的。
当陈宦带了一师部队离开四川时，黎的军事幕僚擅自打了一个电报劝陈宦自动解散军队，陈宦居然不向内阁请示就奉总统命而行。段为此恨黎的几个军事幕僚入骨入髓，他公开指哈汉章、金永炎、黎澍、蒋作宾为府中四凶。段认为黎竟然过问到督军问题（陈宦督湘是黎所坚决主张的），以及解散北洋军队，是可忍孰不可忍，所以段一直要对付陈宦，“杀鸡给猴子看。”
民国元年宋教仁所致力且因此而丧生的理想——责任内阁制，到了袁死后，竟在段祺瑞组阁时实现。因此，这一期间的总统府和国务院的权力，恰恰和袁时代相反，黎虽能忍让，可是也有限度。段的强项，在袁世凯末期已表现出来，他对袁都敢使气，何况他平素就瞧不起黎元洪，如今两人共事，他更不把黎放在眼中了。
北洋时代军阀割据局面，是逐渐形成的，其实凭心而论，袁并不愿见军阀割据，尾大不掉。无奈军人霸占地盘后，袁的利益和他们的一致时，他们就奉行命令，不一致时，他们就可以不理睬，因此割据的形势是自然形成的。
在袁世凯时代，他曾授意黎元洪发出主张各省军民分治，和废督裁兵的通电，袁希望借此试探能否在各省行得通，只要各省不坚决反对，袁意思是先将都督和民政长两个职务分开，然后着手裁兵，各省都督一律裁撤，各省军队一律直属中央，把各省军阀割据的局面转变成中央（袁一个人）集权的局面。当然，这个计划是得不到各省军阀的支持，不过这是一股正流，全国明达之士都支持废督裁兵的计划。这个计划虽孕死腹中，然而黎却因此而获得虚名。
黎自己当总统后，自然而然更想贯彻这个主张，所以他极力推行这个计划，他虽然是个没有实权的总统，可是他并不甘以没有实权而自居，他认为当年他提出这个主张时，全国都有共鸣，袁死后天下大变，在此时旧调重弹，或者可以行得通的。在裁兵这一点上，段祺瑞是完全站在黎这一边的，这当然由于利害上的一致，而非见解上的雷同。所以北京政府在军务院撤销后，立即发出“收束军队”的号召，责成各省军事当局将以前派出作战的军队撤回原防，并着手编遣各地民军，以及自从战事发生后扩充的新编军队，北京要求所有军队都应接受北京政府的直接管理。
黎、段虽然对裁兵问题意见一致，可是在目的上则显然不同。黎的意思是全国普遍裁兵，无论南北，不厚此薄彼；段则是要大量裁减南方的军队，对自己所能控制的北洋军则不愿裁减，相反地还想继续扩充。黎的目的是：总统和总理应该分权分工，总统以陆海军大元帅地位管理军事，内阁总理则专管政务。军权既要集中于中央，总统的权力就要提高，使总统在实际上具有指挥全国军队和任免全国军事长官的大权；段的目的是：全国军权都应该由陆军部掌握，所谓中央就是责任内阁，并不是总统。
至于废督问题，段认为当袁权势最盛时，曾把都督一律改称将军。同时计划废省改道，以削弱地方军阀的权力，可是废省改道计划完全行不通。段有鉴及此，乃想出一条比废省更为巧妙的方法，拟将全国行政区改革，缩小省区，把全国划分更多的省。北京内务部根据段的特别指示，制定了全国划分为49个省和特别行政区，只有东三省因外交关系暂不更动。缩小省区计划，在北方各省都一致反对，于是只好束之高阁了。
在护国倒袁期间，由于战争的关系，所以南北双方都尽量扩充军队，当时全国军队究竟有多少数目，谁也无法统计，因为如果调查人数，是为了达到扩充的目的，自然尽量夸大。可是袁死后，全国重归和平，当务之急，在于复员，减小军队员额是复员的第一步，但这却是极其困难的问题。
段拟就了一套裁兵计划，是规定全国陆军为40师，每师1万人，另编20个独立旅，每旅5000人，合共50万人。此外各省可以保留一些非正规性质的警备队，但全国警备队不得超过200营，每营500人，合共10万人。在这个计划中，陆军和警备队的区别是陆军有一定的番号而无固定的防地，可以调来调去。警备队则以维持地方治安为职责，其调动范围不出省境。这与袁在时的计划并无两样，袁是把全国军队分为中央军和地方军，规定中央军是正规军；中央军不仅在数量上超过地方军，同时在素质上也优于地方军。这时，北洋军多已有了正式番号，西南各省的军队则被列入暂编性质，其番号是××省暂编陆军第××师。暂编的含意就是等候整编，整编后可以编为中央军，也可以编为地方军。北洋军既然是正规的中央军，自然可以随时调赴各省驻防，可是地方军就不能任意活动。根据这个原则，段祺瑞在袁死后，还想继续北洋军留驻西南境内的已成之局，这便造成了更混乱的情势。如在四川和湖南两省，尤其是四川。
段祺瑞要求西南各省裁军也未达到目的，因为这时只是表面上的和平和统一，事实上西南各省对北京仍采取一种貌合神离的态度，继续把持税款，扩充军队。
不只是各省不肯听命中央，甚至平素以笔杆为武器的进步党也想在西南地区建立私有武力，这可以从梁启超给他信徒的信中看出这种野心：“吾侪自命为稳健派者，曾无尺寸根据之地，惟张空拳以代人呐喊，故无往而不为人所劫持，无时不为人所利用。”进步党实际上并没有什么组织，只是通过梁启超和蔡锷的关系，在四川和贵州有点力量，后来由于岑春煊和陆荣廷的关系而在两广有点力量。梁启超很想把四川、贵州和云南变成进步党的根据地，建立武力基础，把进步党变成一个有实力、有根据地的党派，以便在中央争取更大的权力。
军阀和割据的局面就是在这些问题中逐渐形成的，所谓冰冻三尺，非一日之寒！
一○二、国会和政党复活
袁世凯称帝时，北京的国会饱受摧残，议员们纷纷南下，聚集上海的不下200余人，西南护国运动开始后，旅沪的国会议员也为之声援呼应。迨袁死后黎继总统，《约法》恢复，国会重行召开，原来南下的议员们遂纷纷回京。
5年8月1日，国会在北京举行第二次常会开幕典礼，参议院议员到138人，众议院议员到318人。参议院仍由王家襄、王正廷为正副议长，众议院仍由汤化龙、陈国祥为正副议长，临时公推王家襄为主席。黎元洪总统及国务总理兼陆军总长段祺瑞，财政总长兼外交总长陈锦涛，交通总长兼内务总长许世英，教育总长范源濂，农商总长张国淦，海军总长程璧光，同时莅会，黎依照民国2年公布之“大总统选举法”第四条，郑重宣誓。誓云：
余以至诚遵守宪法，执行大总统之职务。
黎同时致词略云：
“天佑吾华，政局聿新，经纬万端，宜叩众意。议会诸君子为国民所选举，其于民生国计，筹之熟矣。方今时局艰危，正赖贤豪补救，望诸君子一心一德，无党无偏，以法治为指归，立宪政之基础。国运昌隆，政象清明，皆将于诸君子是赖。元洪不敏，忝膺重寄，惟竭至诚，从诸君子后，冀有造于家邦。躬莅盛会，无任欢欣，谨贺一言为民国议会祝”。
袁世凯末期之所以敢于称帝，因为他已把民国成立后一点点政治生机斩断，民初的政党活动，自癸丑二次革命后即销声匿迹，甚至连推翻清朝，创建民国的国民党亦被迫转入地下活动，开国人物如孙中山、黄兴、陈其美、胡汉民、于右任等，有的亡命海外如孙、黄二公，有的难逃厄命如陈其美被刺死。一直到护国运动开始以后，政党活动才开始在西南和东南各省重行恢复。
梁启超的进步党由于蔡锷的关系，在云南和贵州省颇见活跃，国民党本以广东和上海为中心，上海方面因陈其美被刺，失去一位勇者而大受影响，广东因龙济光是反国民党最力的，因此也是一蹶不振。护国运动开始，国民党在广东、广西力量渐见抬头，进步党本来在两广没有甚么基础，迨陆荣廷迎梁启超入桂，进步党遂在两广展开活动，梁启超在《从军日记》正道出了他的心事：
“干卿此次殷殷相招，期我以粤中善后。初时，同入殊不愿我以此自承。……虽然中国之政治，以省为单位也久矣。今后此种积重之势，有加无已，吾侪自审能否谢事不任？如其不能，宜审所择，欲行其志，恐地方较中央优也。此当视所以与干卿相处者如何。若其耦俱无猜，固当任之。”
虽然进步党有机会可以扩展，可是进步党只靠梁启超，梁又只靠嘴能说，笔能写，比起国民党，无论在组织和人才上都相差甚远。所以西南各省国民党仍有潜在势力。
梁启超在袁未死以前，就想巩固进步党在南方的势力，又想以川、滇、黔为活动的基础。他在5月14日致蔡锷的电说：“此役结果，最低限度，亦须造成南北均势，否则无以对死事先烈也。”又在致蔡锷的第五书说：“此时优在亡秦，虽云艰瘁，然有共同之向心，尚可力图控抟。神奸既殛之后，人欲横流，……过此以往，则为演水帘洞、演恶虎村之时，决无我辈插足之地，惟有与吾弟共艰苦于卬蜀滇爇间，冀庄严此土，为国人觅一遗种地耳。……”意思就是想用蔡的力量，据川、滇、黔为政治改革的小地盘。但袁一死，他的“造成南北均势”的思想，立刻消灭，却极力与段祺瑞联络，主张速撤军务院。及蔡因病去川，他“庄严卬蜀滇爇”的思想，也消失了。不过仍想扶植戴戡入川，以承继蔡锷。
至于旧国民系的急进派——中华革命党，在山东、广东及长江流域各处的计划，皆未成功，因此不会取得一隅的地盘。加以陈其美在上海遇刺，失去了一位健将。所以倒袁战争结束后，只有所谓温和派的旧国民系和进步系，能够周旋左右于南北各武人间，成为一时政治的重心；可是他们的活动只是将顺武人为操纵政治的妙用，其结果助长了大小军阀，为日后军阀纷争的伏笔。
在民国四五年间，政党活动比较沉寂，当时够得上称为政党的，也只有下面三个：
一、中华革命党，自癸丑二次革命讨袁失败，国民党领袖孙中山、黄兴、李烈钧等皆避居海外，国民党亦被袁所解散。孙中山认识到革命形势主要必需把袁打倒，乃于民国三年在日本组织了一个中华革命党。从命名上来看，这个党是以革命为号召，袁氏称帝，革命两字更是当时政治活动的主流。有人称之为国民党左派。
二、国民党温和派，被人称为国民党右派，他们部分散在海外，有的留在国内，有的则在日本，当孙中山筹组中华革命党时，亦曾联络他们，但他们反对中华革命党的过激立场，如：《中华革命党党纲》中对于参加革命和未参加革命的党员划分界限，享受权利亦不同，在孙中山方面，是惩前毖后，鉴于民国元、二年的失策，革命事业被袁的北洋派窃夺和排斥，因此要硬性地保障革命党员。这一点在温和派的人士是反对的，他们觉得革命不应该分彼此，也不应该分阶级。同时孙中山规定党员入党时要加盖手指模，也是温和派所不同意的。因此以黄兴为首，都不肯参加。到了日本提出廿一条后，温和派进一步希望国内团结抗日，其时黄兴已由日本去美国，未参加这次行动，这次行动是由李根源、钮永建、程潜、陈强、陈炯明、章士钊等二十八人列名通电，要求停止反袁行动，一致对外。且因当时欧战爆发，便组织了欧事研究会以联络同志。李根源是个有野心善权术的人，他借欧事研究会为活动基础，欲拥岑春煊为首领，岑本和革命党无关系，不过他是反袁的，癸丑之役，章士钊介绍李根源和岑认识，遂有部分人士欲拥岑在南京组织抗袁的酝酿，这一计划因二次革命失败而孕死腹中，此后李、章、岑遂时通声气。护国之役，岑、李都在西南活动，欧事研究会遂成为国民党温和派的代表力量，且和进步党声气相通，欧事研究会的出版物是《甲寅杂志》和进步党的《中华杂志》互为呼应。
三、进步党是君宪党化身，他们拥梁启超为领袖，仰袁氏鼻息，受袁氏玩弄，在北洋派门下分些残汤冷饭。洪宪帝制后，梁启超首先反对帝制，大声疾呼，其《异哉所谓国体问题》一文发表后，对反袁反帝运动发生极大影响，尤其因为进步党的人士中，多为稳健派，颇负时誉，民国初年一般士民的心理，认为革命党人有冒险性，而进步党人比较和平，不会走极端。如今进步党也反袁反帝，这就表示袁确是该反的了。
这便是那一时期政党的形势，尤其是进步党在那时候颇有影响力量，因为进步党代表不新不旧，半新半旧，在旧势力方面既可以和官僚及复辟派以及北洋派接合；在新的方面又可以和国民党温和派联成一气，当时进步党如果有组织人才，就会成为一枝独秀的政党的。
国会复会后，政党活动变成了短兵相接，进步党人在袁死后提倡“不党主义”，所以在参加内阁中，只有一个范源濂。迨国会开幕后，进步党人首先分组成两个团体，一个是以汤化龙、刘崇佑为首领的宪法讨论会，一个是以梁启超、林长民为首领的宪法研究会。这两个会不久又告合并，并为“研究系”。他们在国会中是和北洋派携手的。
至于国民党方面，左派的中华革命党原是革命的秘密团体，主张采取激烈的革命手段，所以在国会中没有吸收分子。至于欧事研究会也慢慢地消灭了，乃由张继以“张寓”名称暗中纠合同志，后来挂出一块招牌名为“宪法商榷会”。不久宪法商榷会又分为三个派系。
一、客庐系以张继、王正廷、吴景濂、谷钟秀、张耀曾等为主。
二、韬园系，以旧进步党人新附于国民党之孙洪伊及丁世峄为主。
三、丙辰俱乐部可以算做中华革命党的化身，以林森、居正、田桐为主。
不久，客庐系中的谷钟秀、张耀曾脱离客庐而组成政学会，丙辰俱乐部与韬园两派又合组为民友社，商榷会又改为益友社，益友社又改为政余俱乐部，以王正廷、褚辅成为主。
5年8月10日，黎元洪假北京迎宾馆举行茶话款待国会全体议员，黎态度谦诚，要求议员同心协力，相互提携，其致词略云：
“组织内阁，两月以来，屡更任命，纵非组织尽善，未尝不别具苦衷，盖共和再造，既由各方面势力构成，故组织政府不能专就一方面人才为限。用之期于适当，取之不出一途。变乱纷纭之后，要以安人心定全局为先，不宜对一人一事而有偏议，切望诸君共体时艰，将来征求同意时，勿绳严格，俾收共济之效，相互提携，造成法治国家。至民生国计，经纬万端，议事有暇，更望时常接洽，俾得流通，免生隔阂。元洪不敏，惟与诸君子相见以诚，合力同心，共匡大局。”
国会议员很满意于黎的这种态度，认为过去袁世凯时代用外交手段对付国会，又以强盗贼匪对待议员，因此导致总统府和国会之间关系万分恶劣，今天黎元洪既然相见以诚，议员当然以诚意报之。
5年10月30日北京国会补选副总统，冯国璋当选。
一○三、徐树铮和阁潮
徐树铮字又铮、幼铮，号铁珊，江苏萧县人。少有神童之誉，年廿二间关至山东投靠袁世凯，踵辕上书，值袁丧居，命道员朱钟琪代见，未得结果，住在济南的高升店，旅居无聊，在厅堂写楹联，时值严冬，徐仅着夹袍，可是并没有寒酸气。这天段祺瑞刚好到高升店访友，见徐气宇不凡，乃探问其姓名，徐告以投友不遇，盘缠用罄，正在等候家款。段问其愿就事否？徐答以：“值得就则可就”。段乃约徐长谈，聘徐担任文牍工作，从此毕生追随段祺瑞。袁世凯任北洋大臣，段督办陆军各学校，徐虽担任文员职务，但时与兵士习跑步，同操作，后赴日本入士官学校，回国后仍在段左右，领袖群僚，不仅是段的灵魂，简直是段的化身。段一生刚愎，有人说段是刚愎“他”用，这他，就是指徐树铮。
北洋时代有大徐小徐，大段小段，所谓大徐是徐世昌，小徐就指徐树铮，大段是段祺瑞，小段是指段芝贵。
小徐如何影响段祺瑞，如何操纵运用，可自一则笔记中看出，这是段的另一智囊曾毓隽所叙袁世凯称帝时和段祺瑞闹僵的一幕，曾毓隽因为是段身边所亲信的人物，他的描叙自然很近事实：
（曾毓隽言：）项城蓄谋帝制之始，合肥微窥其隐，即召余（曾自称）及又铮诸人秘商曰：“项城帝制自为之迹，已渐显露。我当年曾采取共和之电，如今又拥项城登基，国人其谓我何？且恐二十四史中，亦再找不出此等人物！所以论公，我宁死亦不参与，论私，我从此只有退休，决不多发一言”。
后来帝制形成，合肥养病京郊。一夕，项城忽召余曰：“松坡已离京转滇，芝泉亦知之乎？为我转告芝泉，此时忍坐视我满头白发，遭人摧毁欺负耶？”继又忿然曰：“没有我，恐怕也没有你们！我今年逾五十，位极元首，个人尚有何求？然不能不为此一团体打算，我们不能让人家打到大门口来！即有错误，第一个了解我，又能谅解我的，应该是芝泉。今乃刚刚相反，芝泉竟是第一个不了解我，不谅解我的。实令人不解！汝可转告他”。
继又曰：“最好芝泉能亲自来见我”。于是提笔草就一函。交余递段。段阅后决定仍不往见，嘱余拟稿，加以矫正，交余面呈项城。于是我又往谒项城，作第二次之密谈。袁拆函一瞥，随命余曰：“汝且退，明日此时，可再来此”。
余谒段报告见袁经过，段曰：“汝明日复谒项城，不必多费一词，只听其发付可也。生死且不计，何有于得失！”
余归，竟夕不能成寐，想找又铮诸人一商，则又铮实为与合肥同一鼻孔出气之人。且合肥此种坚决态度，十之七八受又铮影响为多。乃作罢。
余谒合肥，请其在可能范围内予以便宜行事。段郑重声明曰：“除不拥护项城做皇帝，及暂不谒见外，其他均可便宜行事。”又承相告曰：“昨晚又铮来称：项城左右，已亟谋不利于我，并及又铮。闻他们只待上面点头，便采取行动。我料此乃想当然事，但亦不可不防范之。”
我离合肥处后，颇有歧路徘徊之感。继思又铮毕竟权奇倜傥人也，不如试一探询其本意，然后请其相助。因迳往某俱乐部见又铮，坦白告以一切经过。又铮笑曰：“阁下诚坦白，但尚隐有一事，即项城大骂徐树铮该死是也。”余亦笑曰：“事诚有之，何必赘述，以撄君之怒。”我乃更告以项城与合肥各执一端，无法向项城复命之苦，请智多星为我设想。又铮先说笑……见余若有不豫色然者，始正经为计曰：“阁下明日仍先谒项城，告以合肥拟俟稍愈，即亲谒面呈密要。项城能得与合肥面谈，必喜且不胜，然后吾人徐图补救。兹事体大，不可造次。”余觉又铮所言极是，次日再谒项城。……
此次谒项城为第三度。见袁后即告曰：“段以兹事体大，决俟病体稍愈，躬亲请谒，而呈一切。”又故意加重语气，重说曰：“亲来密商，比较方便。觉其病状已好转，大约最短期内即可应命前来。”项城听到最短期内可以会晤，立刻变为喜悦。我正想乘机告退，但项城准备发言了。他一发问，问题便多。我暗中在咎又铮：凡所作计，总带几分冒险性质。正在冥想，见项城检交冯华甫亲笔函曰，汝试一阅，必觉其真有进步。我读后，记函中警句云：“京以外事，倘有所命，决不敢辞。惟京内事，则极望菊人、芝泉诸兄能切实秉命而行，不要为其左右所误。……”此一语明明系指合肥之信任又铮，最中项城之忌。我不待项城发言，即批评该函云：“无论东海、河间、合肥，皆属国家柱石，似应同心协力，三位一体。……如相互猜忌，则恐祸起萧墙，非国家之福。”项城云：可为我将华甫此意，转告芝泉。旋又急曰：“且慢，又铮其人，亦小有才，如循正轨，可期远到。但傲岸自是，开罪于人特多。芝泉如爱之，不应反以害之。……亦可为我转加勉励，并可将去此函共阅。”
余自公府辞出后，即见合肥，告以已代为权允病愈后往谒面谈。并递上河间致项城手函。合肥看罢，即掷之于地曰：
“冯华甫本来是狗，现在看来，简直连狗不如！”
我说既已权允病愈往见，则不能称病到底，事先应有准备才好。合肥曰：“又铮来过，亦为此事担心，汝可找又铮共商。”
我找到又铮，出示冯函，又铮曰：“我们还是抓定自己的原则，即第一：不论直接间接，积极消极，均反对帝制到底。第二：欲项城中途取消称帝野心，据张季老相告，已完全失望。所以合肥还是始终称病不见为上。”我反驳曰：“不见固佳，但不能称病到底。”又铮思之有顷，忽拍案叫曰：“得矣，我可派人扬言于梁燕孙、杨皙子辈：‘只要合肥愿见项城，项城可答允合肥一切要求，所谓要求，包括人事调整’云云。彼辈一闻此言，恐被指名调整，必多方设法以缓项城与合肥之见面，则吾人可从容坐视其变。”
余每暗服徐之勇迈而兼有雅量。因一再相约曰：“一切如君所论，但请从速进行。”
果然，此后多日，项城不再召我，又铮之谋告成矣。
忽一夕梁燕孙过访……曰：“顷间项城相告，谓据足下转陈，合肥已允病愈往谒。果能如此，何事不可商量。第一，冯华甫即不敢再如目前之作壁上观，而将一切责任推诸合肥身上。第二，东南西南各省督使，对我方必立刻改变观念，而有所顾虑，以共寻求缓冲之道。则项城做不做皇帝，均得有时间从长计议。……”我答曰：“合肥已决定病愈往谒，但项城左右，恐非每个人都如阁下想法。……合肥个性，阁下所知，决不可供群小玩弄。”梁氏云：“足下之言是也，容将此意往陈项城，得其了解，再来就商。”
梁去后，余即往告又铮，徐曰：“有我徐某在，决不令此獠猖獗祸国也。”
我问曰：“君谓南皮项城，是半豪杰，作何解？”徐曰：“南皮一生，以骂人起家。项城一生，以骗人起家。非豪杰不敢以骂人，非豪杰不足以骗人。然真豪杰，则既不骂人，更不骗人。今南皮与项城一骂人，一骗人，吾故曰半豪杰也。豪杰而曰半者，其他一半，属屠沽故也。”徐氏述毕，关于梁燕孙与我晤谈之应付，又铮毅然曰：“我料梁氏旨在窥探吾人意向，暂时决不会怂恿项城召见阁下。因我所做工夫重点，即在投彼辈所好，可使项城一时更不图见合肥，请君高枕看我好谋。”我深信又铮之能，遂亦置之。
项城欲与合肥见面，终因又铮窥破项城左右意图，略施拖延小计。不久蔡松坡云南起义，项城亦势成骑虎，不能登其大宝。
某夕。又铮过访，谓项城又有请合肥复出相维之意，幸为其左右所阻。继又曰：“只要我们能消极到底，军事方面，久持必生变，虽倒河倾海，亦无能为力。”河海云者，指河间与东海也。又铮只坚持此一策略，以成合肥再造共和之局，合肥亦能动心忍性，以增益其所不能。
又铮最重视者，为项城将来如何收场，合肥又如何出而善后，我们为其左右者之如何预筹也。又铮之中心主张，为佛头上着不得一点粪。无论项城以何种名义授合肥，纵使实际上授以全部军权，亦不能接受。一接受，则头上着粪，永远难洗。反之，纵使空虚到委蛇伴食，予以间曹，也当拒绝。不拒绝，头上又着到粪了。故吾人不能轻易授人以口实。则项城之败，敌人不一定能收全功，而我们则操胜算之一半。后来事实演变，一如其所料。虽以东海之善于操纵，河间之亟思染指，而北洋军权，始终控制于合肥手上者，胥又铮此一坚决主张，为奠定其基。
当袁氏取消帝制，手令东海，请合肥同筹善后，一切请合肥处理，惟不能再用徐树铮。合肥一开此言，大怒曰：“事到如今，尚一点不放松。我宁不干，我又如何能干！”
曾氏又云：“大徐最怕小徐，但有时亦爱小徐，且想利用小徐，而小徐终其身，只接受其怕，不接受其爱，更谈不到利用。而合肥则不然，能使小徐终其身不见其爱，只见其信任。不见其怕，更不见其利用。信任矣，爱何加焉。利用矣，怕必随之。然则大徐之智出合肥下矣。”
黎元洪就职总统后，任命段祺瑞为国务总理，这是段的第三次组阁。段组阁时有一个老问题，就是要任命徐树铮为国务院秘书长，黎也是坚决不同意的，段把这意思请张国淦向黎去讲，袁死前段亦是请张国淦向袁要求派徐为秘书长而被拒。张知道黎也不会同意，可是又不能不讲，才向黎一提，黎就沉下脸来说：“请你告诉总理，一万件事我都依从他，就这一件我办不到。”张不好把这话对段讲，就去请教徐世昌，徐怕黎、段两人因此闹僵，乃亲自去见黎说：“我以为你一万件事都可以不依从他，这一件非依从他不可，不要怕又铮跋扈，芝泉已经够跋扈的了，多一个跋扈也差不了多少。”徐世昌的话一点也没有错，在当时的情势，段有没有徐树铮都是一样，他的眼中根本就没有黎元洪。
当黎同意徐树铮为国务院秘书长时，有一个保留条件，就是规定国务院秘书长来见总统陈事时，须先知会总统府秘书长一同入见。这个规定也是令人不解的，原来黎做总统后，段从不以总理身份去见总统，而是由国务院秘书长前往。徐树铮见黎时也并不尊敬，黎有时问起某一件公务时，他总是这么说：“现在是责任内阁制，有总理负责，总统不必多问。”
小徐有才气但任性，段能倚信小徐，实在很难得，可是小徐的缺点是跋扈，很难与人共事，像张国淦这样能够忍让的人，亦无法和小徐相处，竟于8月1日辞职，由丁世峄继任。丁鉴于张的失败，所以采取不让步态度对小徐，并提出府院办事手续草案，建议：“大总统得出席阁议发表意见，但不得参加表决；大总统对国务自由行使其职权。如用人不同意，得拒绝盖印。阁员应随时向总统面商要政，国务会议前须将议事日程陈报，会议后须将议事纪录呈阅。”
黎自丁世峄入幕后，声势一振，其左右如哈汉章、金永炎、黎澍、蒋作宾等，亦附和丁的建议。段一怒而请假不视事，赖徐世昌等调和，段才稍稍让步，于八月廿六日手谕徐树铮：“本院呈请大总统核阅文件，应责成该秘书长躬自递呈，用印后赍回，无论风雨黑夜，不得假手他人，以昭慎重而免差异。”又呈报黎：“逐日文件，均由树铮躬递。该员伉直自爱，不屑妄语，其于面对时，凡有声明为祺瑞之言者，祺瑞概负全责。”对有关府院权限问题，亦议定折衷办法，即
（一）国务会议议事日程先期呈阅，事后送呈议事纪录；
（二）国务会议散会后，推国务员一人入府报告议决事项；
（三）每星期五，国务员齐集总统府会商政务。举行聚餐；
（四）总统对国务会议议决案如有认为不合者，得命总理及主管阁员说明其理由，如仍认为不合，得交复议一次；
（五）未经国务会议议决之命令，总统得拒绝盖印。府院职权因此明确划分。
徐树铮不只和总统府秘书长对立，在国务会议中也引起了极大的麻烦。在第一次阁议中，内务总长孙洪伊就和徐树铮吵了起来。照法理讲，国务院秘书长只能列席内阁会议，并无发言权，那次阁议中，讨论到广东李烈钧和龙济光的纠纷，徐主张电令闽、粤、湘、赣四省会剿李烈钧，孙主张去电和解，其他阁员皆赞成孙的主张，不过为了段的面子，没有制止小徐发言，小徐竟于阁议后，将会剿李烈钧的电报拍发，待四省复电国务院，阁员们才知其事，孙洪伊遂在阁议席上指责小徐，小徐也反唇相讥，两人几乎拍桌吵闹，而段却有左袒小徐的意思。
总统和国务院职权划分后，国务院大权几全集中于徐树铮之手，不止孙洪伊不满，其他阁员也不满意，不久发生了任命郭宗熙为吉林省长和查办福建省长胡瑞森案，遂使内阁的火药气氛接近爆炸。这两案都是徐树铮擅行决定，得段同意办理，既未经阁议审查，又没有主管内务总长副署，徐即以国务院名义径行咨复国会。孙洪伊认为小徐眼中完全没有内务总长，段也不尊重自己，乃当面质问段：凡与各省民政长及有关的问题，内务总长是否无权过问？院秘书长是否有权擅自处理？段无言回答，只说了一句：“又铮荒唐。”吩咐把胡瑞森一案的咨文追回，可是国会已经印发了出去，无法追回，孙乃于八月三十日愤而辞职。段一面派许世英致意慰留，一面调整内阁办事程序五点：（一）凡答复议会之质问书，须由主管部起草；（二）颁布命令须由国务员副署；（三）院令须经国务会议通过；（四）阁议通过者，秘书不得擅改；（五）各项法令非经总理及主管部总长副署，不得发出。黎闻知此事，乃于十月一日召见孙，面予恳留。
不久，孙以裁汰内务部员司，为被汰人员祝书元等28人借口不合文官任免休职条件，控拆于平政院，平政院决定受理，限孙五日内提出答复。孙认为平政院是袁所设，其本身地位有问题，因而置之不理。10月7日平政院认为内务部非法，任免令一律取消，由院呈请大总统下令执行。孙则力斥平政院非法设立，不在民元《约法》内。双方争执甚为激烈，孙认为这是徐树铮幕后策划出来的。
孙和总统府秘书长丁世峄同为国会中的韬园系，这一系在国会中颇有力量，所以孙亦有恃无恐，与丁联合对抗小徐。丁对小徐处处防范抵制，不似张国淦那么随和，因此遂使当时政治空气紧张。
10月18日，徐树铮忽然手持“孙洪伊着即免职”的命令请黎盖印，黎为之骇然，坚决不肯盖印。此后，徐一连到公府催促四次，最后一次公然很不礼貌地说：“总统不盖印，就只能不准伯兰（孙）出席国务会议”！此时，黎一肚子的火大喝一声：“你说的是一句什么话”！徐冷冷地回答说：“这是总理说的”。
这次政潮的范围非常之广。国会议员王玉树等提出对政府的质问案，认为要罢免一个总长，应该由国会提出弹劾，而不能准许国务总理独断独行。孙洪伊本人则认为“国务员对总统应负联带责任，内阁可以总辞，不能单独免一个阁员的职。”
10月24日，很少到公府来的段忽然来到了公府，亲自请黎在免孙的命令上盖印。黎仍然拒绝。段乃气势汹汹地说：“总统不肯免孙伯兰的职，就请免我的职吧”！黎被他这一将军抵挡不住，便又无可奈何地说：“可以让伯兰自动辞职，免职令还是不下的好”。但是孙洪伊表示除非总统下令免职，自己决不自动辞职。
10月27日，黎请参谋总长王士珍与孙同到公府来商量这个问题。王士珍劝孙让步，以一个专使的名义出洋考察，不开去内务总长的职，由次长代理部务，以便和缓政潮。孙表示不愿出洋。
国会中韬园派议员吕复、褚辅成等提出了弹劾院秘书长徐树铮案，并且还拟进一步弹劾国务总理段祺瑞。徐看见问题闹大了，不免情虚胆怯，便表示“只要伯兰辞去内务总长，维持总理的威信，可以调任为全国水利总裁，或者外放省长”。孙表示：“什么官我都不要，只要维持我的人格”。段听了孙不辞职，不出洋，不外调的话，不禁怒冲冲地说：“好，我们大家都辞职，让孙洪伊一个人去干”！
一方面表示决不辞职，一方面表示不把他逐出内阁就不能维持总理的威信，可是如果维持了总理的威信，势必又会影响到总统的威信，这个问题纠缠不清，始终找不出一个适当的解决办法来。于是黎的策士主张电召“隐居”卫辉的徐世昌到北京组织内阁以代段。他们认为，段的政治资本是北洋派，而徐世昌在北洋派中的资望远在段之上，并且张勋对徐抱有特殊好感，因此以徐代段不会引起严重后果。黎也觉得傀儡总统和盖印机器做得太苦了，不如痛痛快快地干一下，就采纳了策士们的建议，派王士珍到卫辉迎接徐世昌来。
从10月下旬到11月，徐世昌突然变成“解决时局的中心人物”。北京传出来的消息异常混乱，一会儿说徐即将来京，一会儿又说他不肯来。最后，他提出了“拥护元首”、“维持合肥”、“不入政界三个条件，要黎答应后才肯动身。
徐世昌于11月16日到北京，当天并不到公府谒见黎。17日，黎亲自到五条胡同拜访他，希望从他取得一些安慰，但是他只向黎说了一些海阔天空漫无边际的话，黎十分扫兴地回到公府来。府秘书长丁世峄劝黎不要因此灰心，他认为：“半推半就是人之常情，徐世昌不会爽爽快快地表示自己愿意做总理。段是个心地狭小的人，先发表命令，必然会负气出走，徐就可以从容上台了”。黎不以这个意见为然。另外有人建议电召冯国璋、陆荣廷晋京，然后下令免段的职，黎也不以为然。那些策士不满于这种畏首畏尾的态度，因此，他们没有取得黎的同意，就打电报给冯国璋，假造“菊老已允出山”的消息，请冯发电为之捧场。可是冯的消息很灵通，早已知道徐世昌不敢取段而代，同时冯自己正因为当选副总统，地位在段之上而感到局促不安，想找一个机会应酬段一下，因此回电说，内阁仍以维持原状为宜。这样，就使黎的逐段计划多了一层阻力。徐世昌上台多了一层顾虑。
17日，徐世昌到府提出府院威信双方兼顾的办法，就是孙洪伊、徐树铮两人同时免职，并且推荐张国淦继任院秘书长。他认为张国淦以前做过府秘书长，又做过段内阁的阁员，这样一个与双方都有良好关系的人继任秘书长，一定能够融洽府院感情。此时黎既没有勇气拒绝徐世昌的意见，而舍此之外又无更妥善的办法，就于20日下令罢免了孙洪伊的内务总长。
22日，徐树铮拿了免他自己的职的一道命令入府盖印。黎一面盖了印，一面又觉得忐忑不宁，要聘徐做公府军事顾问，还说了一些安慰他的好话。
24日，段向公府提出三点质问：一、现在府方一切措施，是否与责任内阁制的精神完全相符？二、府方经常延搁国务院的呈阅公文，倘有贻误，其责任应当谁属？三、经国务会议通过应当发布的命令，府方经常拒绝盖印，能否说明其理由？
孙洪伊仍然退回到国会，仍然不断利用国会党团的力量打击段。6年1月14日，步军统领江朝宗忽然派兵到羊肉胡同孙宅进行搜查，据说孙宅藏有“危险分子”八人，孙洪伊有“阴蓄死士进行暗杀”的嫌疑。这样，孙便只得逃往南京托庇冯国璋。
一般人都以为府院政潮已因黎之软化而告解决，但是段的看法不一样，他认为孙洪伊免职仅仅是内阁内部的问题，不能视为府方的让步，院秘书长徐树铮既然去职，府秘书长丁世峄也该去职。黎本想拒绝段的这个无理要求，可是忽然张勋来一个痛斥丁世峄的电报，因此黎只好同意段的要求，2月25日派夏寿康继任府秘书长。
丁世峄辞秘书长后，发表辞职书有云：
“国务会议以前无议事日程，会议以后无报告，发一令总统不知其用意，任一官总统不知其来历，国务总理恒匝旬不一晤总统，惟见秘书长传达于其间，有所询则以事经阁议，内阁负责为对抗。大总统无见无闻，日以坐待用印为尽职。……曹汝霖使日事，一月以前日外务省早经奏明日皇，而我大总统至时尚未尽知其事。内阁与章公使往来十余电报未一呈阅。
……”
一○四、浙江的变动
浙江是在段祺瑞主政时期纳入北洋势力范围的。
由于浙江督军吕公望不能控制全局，5年12月段派曲同丰到浙江帮助吕公望处理收束军队事务，吕曾在北洋陆军速成学堂肄业，曲是他的老师，有这样的渊源，所以吕对曲有信心。曲、吕会谈时，吕曾提到浙江军官有的不听调度，有的不服编遣，尤其是杭州警察厅长夏超极跋扈，浙江人叫他警察王，吕对夏极为不满。曲说：这次由北京出来，段曾告他，要他告诉吕说可以放手去干，段会做吕的后盾，对于目无督军的浙省军警首长，都可以罢免和调动。曲回北京后，段果然调升夏超为浙江全省警务处长，改派吕公望的心腹傅其永为省会警察厅长，于是浙江的警政变成了不伦不类，有警务处，又有警察厅，警务处长虽然位在厅长之上，但是没有实权，夏超认为这是明升暗降，当然不满，他和浙江军界关系很深，由于他的策动，浙江督署参谋长周凤岐，浙江第二师师长张载阳、第一旅旅长朱伟良、第二旅旅长李炜章、混成旅旅长俞炜都向北京政府辞职，这种辞职是集体罢工。北京回电一律不准。
突然间浙江局势就像一座火山，有随时爆发的可能。5年12月26日，新任浙江省会警察厅长傅其永到厅接事，在该厅举行欢宴时，突有彪形大汉多人涌入警察厅，一言不发就把傅其永抓出大门外，就在警察厅门前把傅不问青红皂白，打得遍体鳞伤，死去活来。
也就是这一天，杭州全城警察一律罢岗，电信机关都由武装人员把守监视。杭州官方发表吕公望的辞职电，并说已将浙江督军和省长两职分别移交给张载阳和周凤岐。可是张、周两人又表示不愿接任。浙江各界人士公推前浙江都督蒋尊簋继任督军，蒋也不肯出山。
吕公望当然不是自愿辞职，他看到杭州城内情势的严重，知道自己无力可以整顿、乃于除夕之日逃出杭州，潜往嘉兴，他抵达嘉兴后，立即发出一则通电，电云：
“……夏超胆敢主使驻厅巡逻队长林文忠率众凶殴傅其永，傅身受重伤，生死莫测。全城警察同时罢岗，并煽动省城一部分军队，乘警察扰攘之时，监守银行电局，捏造公望辞职电报，私举师长张载阳为督军，军署参谋长周凤岐为省长。……数日以来，公望正督率省中正当部队竭力弹压，浙局不难底定……。”
