这便是所谓红丸案。
方从哲要用皇太子(熹宗)的名义，赏李可灼五十两银子。御史王安舜提出抗议：“先帝之脉，雄壮浮大，此三焦火动，宜清不宜助。红铅乃阴中之阳，纯火之精，投于虚火燥热之症，不速之逝乎？以中外危疑之日，而敢以无方无制之药，驾言金丹，轻亦当治以庸医杀人之条，而蒙殿下颁以赏格，是不过借此一举，塞外廷议论也。”方从哲吓得缩了回去，把赏银子的原拟，改为“罚俸一年”。
这么一来，朝廷的议论与民间的的谣言更多。方从哲又只得用圣旨勒令李可灼回家养病(免职)。
西李姓李，李可灼也姓李。西李与神宗的郑贵妃一向很亲近，而郑妃在梃击一案早就有了嫌疑。用红丸把光宗弄死，莫非是为了要把福王常洵从洛阳请回来当皇帝？
郑贵妃本人，确也太不避嫌。在光宗末死以前，她向光宗建汉立西李为皇后；西李也向光宗建议尊她(郑贵妃)为太后。这很像是她准备以“皇太后”的资格垂帘听政，甚至演出废君立君的把戏来。光宗也竟然扶病朝见群臣，假传神宗遗命，催大家快制定尊封皇太后的礼仪，礼部侍郎孙如游表示反对，说：要封，该先追封光宗自己的生母王贵妃，不该先封郑贵妃。
光宗一死，又发生了移宫的案子。
移宫的案子发生在光宗死后的次日，亦即万历四十八年九月初二日(这一年，由于光宗等不到次年改元便死，群臣议定：八月以后，改称泰昌元年，以为纪念。次年，原定为泰昌元年，改称为天启元年。)
光宗既死，西李照规矩应该搬出乾清宫，让新任的皇帝住，然而她没有搬。熹宗仍旧住在慈庆宫。她而且叫太监，把群臣的奏疏先送给地看，再拿到慈庆宫给熹宗看。
大学士刘一憬，吏部尚书周嘉谟，兵科都给事中杨涟，与御史左光斗，在九月初二日向皇长于(熹宗)上奏：请选侍(西李)移官。左光斗在奏中说：“选侍既非嫡母，又非生母，俨然尊居正宫，而殿下乃退处慈庆，不得守儿筵，行大礼，名分谓何？选侍事先皇，无脱簪戒旦之德，于殿下无拊摩养育之恩，此其人岂可以托圣躬者？且殿下春秋十六龄矣，内辅以忠直老成，外辅以公孤卿贰，何处乏人？尚须乳哺而襁负之哉？况睿哲初开，正宜不见可欲。何必托于妇人女子之手?及今不早断决，将借抚养之名，行专制之实。武氏之祸，再见于今，将来有不忍言者!”
两李看到了这本奏疏，派宦官叫左光斗进宫，准备当面予以重罚。左光斗抗命，说：“我是天子的官，只有天子能召见我。你们是干什么的？”西李又派宦官叫熹宗来乾清宫，商量处罚左光斗的事。熹宗这小孩子此时精灵得很，不肯去；却也叫宦官把左光斗的奏疏拿来看，看罢，很欣赏，居然把奏疏批交内阁。到了初五，内阁“具揭”再催，熹宗便批令西李移官。西李只得遵办，搬到仁寿殿去。
初六，熹宗正式登基，受群臣朝拜以后，摆驾回宫，所回的便是乾清宫，而不是慈庆宫了。
熹宗而且下旨，叫西李搬出仁寿殿，到宫女养老的哕鸾宫里去住。随即特下一敕，痛数西李的罪：(一)初一日光宗去世，群臣哭临，请求朝见他，西李把他留在煖阁,不许出来；司礼太监(王安)固请，才许。出来不远，西李又叫“李进忠”等再三喊他回去。最后，出来了，西李仍叫人吩咐他，不可到文华殿。(二)他自己的生母(王才人)是西李打死的(死在万历四十三年七月)。谁料到，四年以后，这熹宗变了一个人，竟然听从李进忠(魏忠贤)的玩弄，封西李为康妃！次年，天启五年，他又把杨涟左光斗等逮捕下狱，死得不明不白。不久，他让李进忠(魏忠贤)颁布“三朝要典”，颠倒三大案的是非。
九三、光熹二宗
光熹二宗之昏，与仁宣二宗之明，成为黑与白的对比。光宗与仁宗在位极短(光宗一个月，仁宗十个月)；熹宗与宣宗也均不甚长(熹宗九年十一个月二十六天，宣宗九年六个月)。
光宗朱常洛，经若干忠臣冒了生命危险予以拥护，才获得立为太子，免于被福王常洵夺去太子的地位。这些忠臣不曾料到，此人之不慧不贤，与常洵没有什么两样。熹宗朱由检之得以“皇长子”的资格，于光宗去世的一天，受群臣朝拜，又于五天以后受群臣拥立为君，安然回驾至乾清官，以免于郑贵妃及李选侍两代太后之垂帘听政，而结果他的表现也十分令群臣失望。明朝大局之坏，由于熹宗之一任魏忠贤摆布，坏到不可收拾，注定了亡国的命运。
魏忠贤本是河间府肃宁县的一个无赖，赌输了钱，被债主逼得无路可走，而自己动手术，进宫当了宦官。他原姓魏，改姓了李，取名进忠，叫做“李进忠”。
他进宫不久，便荣任了熹宗母亲王才人的厨子；又渐渐地和熹宗的乳母客氏发生暖昧，可见他实际上并不是一个完全残废的人。另一个“假太监”魏朝，被他挤得失了客氏的宠。熹宗幼年丧母，由客氏抚养长大，即位不到一个月，就封了客氏为“奉圣夫人”。连带地，这“李进忠”也很快地由“惜薪司太监”而升为“司礼秉笔太监”。熹宗准他恢复原姓，又赐了忠贤二字作为他的新名。
他目小识丁，怎么能够秉笔？却有两个识得字的宦官，听他使唤，一个叫做王体乾，另一个叫做李永贞。司礼监的掌印太监，熹宗本意要叫土安充任。王安是个好人，虽和熹宗的关系颇深(当过熹宗的伴读)，却住名利上很不积极，不愿意居此高位。于是，王体乾作了掌印。掌印的地位在秉笔之上，然而王体乾对魏忠贤奉命惟谨。
魏忠精兼了“提督宝和三店”的官职，也兼了“提督东厂”。不但如此，他而且获得熹宗准许，在宫内练兵，号称“内操”，足有一万多人，所用的是火器，等于是第二个“神机营”。这一万多内操兵，在名义上都是施过手术的。这样，他的声势已经够叫人害怕的了。他又勾结得内阁大学士之中的一个不肖份子，沈淮，和沈淮狼狈为奸，窃取政权。
熹宗读书甚少，喜欢作木工。每逢熹宗锯木头、刨木头，或是漆木头的时候，魏忠贤和王体乾等人就拿了很多件公文请熹宗批，故意惹得熹宗嫌烦。熹宗总是说：“我知道啦，你们拿下去，好好地处理罢。”
虽则足叶向高在泰昌元年八月被召，次年(天启元年)十月到达京师，回任了首席大学士；虽则方从哲终于在十二月被准告老，去职；朝廷中的一切实权，已经操在魏忠贤的手中，非叶向高所能匡救。
光宗召回叶向高之时，同时也发表了六个别的大学士：史继偕、沈淮、何宗彦、刘一燝、韩爌、朱国祚。泰昌元年十月，熹宗又加进了一个孙如游。除了沈淮勾结魏忠贤以外，其他六个人都可算是正人，然而皆没有多大的作为。到了天启四年年底，叶向高与这六人没一个尚在内阁，都已经是走的走，死的死了。(沈淮先在天启二年七月告老。)
替代他们的是一群小人，而首席顾秉谦更是小人之尤。他是昆山人，由进土改庶吉士，历官礼部右侍郎、教习庶吉士、礼部尚书兼掌詹事府，出身未尝不好而自甘下流。魏忠贤在天启四年七月提拔他入阁，他越发感恩图报，唯魏忠贤之命是从。杨涟称他为魏忠贤的“门生宰相”，一点也不冤枉。魏忠贤的罪恶，杨涟在天启四年六月的一疏之中，列举了二十四项。其中最重要的几项，是：
(甲)侵夺内阁“票拟”圣旨的权，常常用所谓“内批”或“传奉”来代替。
(乙)破坏大学士及其他大臣的“廷推”制度。
(丙)挤走大学士刘一燝、吏部尚书周嘉谟、礼部尚书孙慎行、刑部尚书王纪、工部尚书钟羽正、左都御史邹元标、太仆少卿满朝荐、翰林院修撰文震孟、御史江秉谦、吏科给事中侯震旸、刑科给事中毛士龙、吏部验封员外郎徐大相与(官职现已难考的)熊德阳。
(丁)害死司礼秉笔太监王安、(熹宗所最宠爱的]冯贵人、有孕在身的张裕妃、张皇后所生的皇子、[光宗的]选侍赵氏。
(戊)滥袭恩荫，使得乳臭未干的侄儿魏良卿、魏良弼、外甥傅应星都作了大官。
(己)容许奸细韩宗功混进京师，住在他的官舍。 (庚)创立“内操’。
(辛)出八警跸，走马御前。
杨涟是应山人，官居左副都御史；在上了这一本奏疏几天以后便被“切责”，四个月以后被“削籍”，次年(天启五年)七月被逮捕下狱。和他同时被逮捕的，有削籍左佥都御史、桐城人左光斗，吏科都给事中魏大中，御史袁化中，太仆少卿周朝瑞，陕西按察副使顾大章。
六人的共同罪名，是受过熊廷弼的贿赂。魏忠贤的锦衣卫“北镇抚司”许显纯，写好一张赃单，将六人屈打成招；招了以后，又五日一“比’，连续地打，叫做“追赃”。打到七月二十六日的夜里，杨涟、左光斗、魏大中三人被打死。又打了一个多月，袁化中与周朝瑞也被打死。顾大章最后被移到“法司”去审，审了以后，于即将移回“北镇抚司”之时，自杀。
熊廷弼是江夏人，万历二十六年进士，历任推宫、御史、大理寺丞，于万历四十七年六月作兵部侍郎兼右佥都御史，经略辽东。他在辽东十六个月，把局面稳住，功劳很大，却被给事中姚宗文、兵部主事刘国缙与御史冯三元等人造谣中伤，说他一味地守，不敢进攻，因此而下了台，由袁应泰替代。袁应泰在军事上是一个外行，到任没有多久，便在天启元年三月失掉沈阳与辽阳，自杀。
天启元年四月，明廷以薛国用为经略，王化贞为巡抚。六月，再度以熊廷弼为经略，王化贞仍为巡抚。十几万的大兵，不由熊廷弼统率，而掌握在王化贞的手中。王化贞驻节广宁，在天启二年正月失掉广宁，全军瓦解，逃回到山海关，全靠熊廷弼以自己新练的五千人交给他殿后。
明廷把熊王二人，不分功罪，均判了死刑。熊廷弼托了内阁中书汪文言，答应魏忠贤四万两银子，其后却筹不出，于是魏忠贤就决定将熊廷弼的死刑尽快执行，顺便把所恨的杨涟、左光斗等六人栽诬，一网打尽。
事实上，杨涟等人是所谓“东林党”，而熊廷弼一向与“东林党”是对头。
东林党并不是一个有形的组织。万历二十二年，吏部因“廷推”大学士，而列上王家屏的姓名，不合神宗的意。神宗责备吏部，尚节陈有年据“故事”(成例)抗争，辞职，照准。神宗派孙丕杨继任尚书，另以特旨而不用廷推，发表沈一贯与陈于陛为大学士。吏部的文选郎中顾宪成，连带地也被“调”。有两位给事中上疏替顾宪成讲情，神宗更气，索性把顾先成削籍。顾宪成回到无锡，在“东林书院”聚徒讲学。参加他的书院，帮他讲学的，有高攀龙等人。这便是所谓“东林党”的由来。
顾宪成以为学术和政治与伦理是分不开的。他说：“官辇毂，志不在君父；官封疆，志不在民生；居水边林下，志不在世道：君子无取焉。”他讲学之余，喜欢议论朝政，臧否人物，因此也就得罪了不少权臣，也连累了不少朋友。
党争的根源，是内阁与六部的权力问题。张居正当国之时，把六部的实权归入内阁。张居正一死，六部便颇想从内阁手中，取回原有的实权。而六部之中，对内阁首当其冲的，便是吏部。磨擦得最厉害的一次，是万历二十一年的“京察”：吏部尚书孙铁及其考功郎中赵南星“尽黜”大学士王锡爵、赵志皋与张位的私人，而“宪成实左右之”。宪成那时候是“文选员外郎”。
党争的另一根源，是神宗不看公事。任凭言官怎样地发牢骚，弹劾甲，弹劾乙，神宗一概不理。于是，行政官每每于受不了言官的攻讦之时，自动辞职，神宗也很少加以挽留。言官之抬头，本不是一个坏现象，可惜言官本身也每每由于对于某一行政官持反对与赞成的两种不同态度，或是由于籍贯的同与不同，以及平日交往的亲与疏，而自分门户。
因此，便有了所谓奇党、楚党、浙党。三党所争的，属于制度方面的少，属于人事方面的多。是非与利害总难免纠缠在一起。倘若是在一个民主的国家，这是很无足怪，应有的现象，可以由选举与表决种种方式不断地获得调整。然而万历及其以后的明朝不仅不是民主的国家，而且不是一个正常的君主专制的国家。皇帝昏庸，太监弄权，于是好斗的言官与行政官就卷在党祸的漩涡之中了。
自从顾宪成在东林讲学论政以后，制度之争及人事之争渐渐地变成了意气之争、邪正之争。所谓东林党人，根本不曾结党，却也不免有互通声气，甚至互相标榜的行为。叶向高于天启初年东山再起之时，所引用的也大都是一些气味相投的朋友，或朋友的朋友。顾宪成已于万历四十年去世，而邹元标、赵南星等犹在。
邹元标是江西吉水人，万历五年进士，因上疏反对张居正“夺情”被廷杖八十，谪戍都匀卫，于张居正死后被召回京，当了吏科给事中，又因弹劾掉礼部尚书徐学谟，而得罪了大学士申时行，被贬到南京当南京刑部照磨，转任南京兵部主事，南京吏部员外郎、验封。在南京住了三年，称病回家，在家乡讲学三十年，名高中外，到了天启元年才应召回到京师，充任刑部右侍郎。
邹元标在天启元年四月到达京师，向熹宗上疏荐贤，第一疏荐了涂宗浚等十八人，第二疏荐了叶茂才、赵南星、高攀龙、刘宗周等十五人，均蒙熹宗接受。他在这一年的十二月，被调升吏部左侍郎；未及到任，又被升为左都御史。次年七月，礼部尚书孙慎行因上疏追论红丸移官二案，被魏忠贤叫人挤走。十月，邹元标也由于在京师创办了“首善书院”，被二个给事中(朱童蒙、郭允厚、郭兴治)连疏攻讦，辞职回乡，在天启四年病故。
孙慎行是武进人，万历二十三年的探花，历任翰林院编修、左庶子、少詹事，常常请假回乡读书，在顾宪成的东林书院讲过学。万历四十一年，升为礼部右侍郎，署部事(代理部务)；泰昌元年十二月，实授礼部尚书，于天启元年四月到任。到任以后，他上疏追论红丸移宫二案，直指进红丸为“弑”，说李可灼该斩，方从哲应该“引剑自裁”，又说西李移宫之前，已有垂帘听政之事(从光宗之死，到熹宗在九月初六正式即位)，“若非九卿合谏力请移宫，选侍一日得志，陛下几无驻足所。闻尔时从哲濡滞不进，科臣趣之，则云迟数日无害，任妇寺之纵横，忍君父之阢陧，为大臣者宜尔乎？臣在礼言礼，其罪恶滔天，万无可生之路” 方从哲在泰昌元年十二月已经告老去职，孙慎行向他算旧账，的确过份。熹宗说：“旧辅素忠慎。可灼进药本先帝意。卿言虽忠爱，事属传闻。并进封(太后)移宫事，当日九卿合谏官亲见者，当据实会奏，用释群疑。”于是，有了一番“廷议”。廷议的结果，是李可灼戍边，方从哲不问。天启二年七月，孙慎行称病辞职，照准。
赵南星是高邑人，万历二年进士。万历十年，张居正生病，他以户部主事的身份，与同官顾宪成、姜士昌不肯参加群臣为张居正所作的祈祷。万历二十一年，他以吏部考功郎中的身份，主办“京察”，“尽黜执政私人”，被“斥为民”。光宗即位，召他回京担任太常少卿；熹宗于他未曾到达以前，连升他为右通政，太常卿，工部右侍郎。他作了工部右侍郎几个月，又在天启二年十一月被熹宗升为左都御史，继邹元标之任。次年，京察，他力主降黜前任给事中元诗教、赵兴邦、官应震、吴亮嗣，因此而和吏科都给事中魏应嘉发生意见。他写了一篇“四凶论”，称这四人为“四凶”。吏部的考功郎程正己赞成他的看法，把这四任列为“不谨”的一类。天启三年十月，他被调升吏部尚书，干了十个个月，很提拔了一些人，包括高攀龙、杨涟、左光斗、魏大中、袁化中、王之寀、夏嘉遇。魏忠贤想笼络他，被他拒绝。他的朋友魏允贞的儿子魏广微，为魏忠贤所用，当了大学士，来见他三次，他皆不见。 天启四年十月，赵南星奏请以太常卿谢应祥补河南巡抚。魏广微叫御史陈九畴参上一本，说谢应祥作过浙江嘉善县的知事，吏科都给事中魏大中是谢的门生。魏大中替谢向吏部文选郎夏嘉遇运动，因此谢才被赵南星奏荐为河南巡抚，可见魏夏二任“徇私”，“当斥”。二人上疏答辩；陈九畴冉疏攻讦；案子被交下吏部与都察院核议。赵南星与高攀龙均说，魏夏二人并未徇私运动，陈九畴“妄言”，“魏忠贤大怒，矫旨黜大中嘉遇，并黜九畴，而责南星等朋谋结党。南星遽引罪求去，忠贤复矫旨切责，放归。”“明日，攀龙亦引去。”其后，魏忠贤的御史张讷，劾赵南星十大罪，连带地劾了赵南星所用的人邹维涟、程国祥与夏嘉遇。魏忠贤传旨，将他们“削籍”。再其后，汪文言的案子发生、卷进赵南星，坐赃一万五千两。幸亏有亲戚朋友帮忙凑款子，缴了上去，这才逃了一死，而充军到代州。
高攀龙是无锡人，与顾宪成同乡，中了万历十七年的进士，官居“行人”，他在万历二十一年十月上疏，抗议大学士王锡爵排斥异己，被贬到广东揭阳，当“添注典吏”。在揭阳住了七个月，因事回乡，便不再出来，家居了三十年左右，帮过顾宪成在东林书院讲学。熹宗即位以后，他来到京师历官光禄寺丞、光禄少卿、太常少唧、大理少卿、太仆卿、刑部右侍郎，在天启四年八月受拜为左都御史(补孙玮之缺。孙玮是在天启三年赵南星调任吏部以后就职的)。他存光禄少卿任内，于天启二年四月上疏追论梃击一案，认为郑贵妃的弟弟郑国泰是主凶，郑国泰虽则已经病死而郑国泰的儿子郑养性仍逗留在京师，“人言籍籍(啧啧)，咸疑养性交关奸宄，别怀异谋”。得旨：高攀龙不应多言，郑养性勒令回籍，他也主张杀对光宗妄下泻药的崔文升，与勾结李永芳的李如柏(李永芳是抚顺守将，降了努尔哈赤。李如柏是李成粱的儿子，娶了努尔啥赤的女儿为妾)，都没有下文。
他作都御史，作了两个月，便由于“河南巡抚”谢应祥的事而跟着赵南星去职。在魏忠贤面前说他的坏话的，是他下面的一个御史崔呈秀。这时候，崔呈秀出按准扬回来，高攀龙举发崔在淮扬受贿的劣迹，赵南星奏请将崔充军。诏下：崔革职听勘。崔赶快去看魏忠贤，拜魏忠贤为义父，于是赵与高二人被逼走，崔不但免了充军，而且从此得意，于次年正月复官，不久又先后兼了“督三殿工”，再兼工部右侍郎，本职亦由御史升为佥都御史。到了天启六年七月便当起工部尚书来，“仍督大工”。十月，加太子太保，兼左都御史，仍督大工。
天启七年五月，袁崇焕在宁远与锦州战胜黄太极。袁崇焕本人叙下到功，这功劳却被魏忠贤与崔呈秀冒了去，魏忠贤获得以一个侄孙魏鹏翼封为安平伯，崔呈秀获得加官为太子太傅。不就，崔呈秀又因三殿告成，再加了少傅。八月，转任兵部尚书，仍兼左都御史，“出入炬赫，势倾朝野”。几天以后，熹宗去世，思亲(崇祯皇帝)即位，十月，崔呈秀告老回乡。十一月初一、思宗下旨，安置魏忠贤于凤阳。初六，魏忠贤因行至中途，有诏逮捕．自杀。崔呈秀在听到了这个消息以后，也上了吊。
崇祯元年正月廿四日，思宗下诏，将魏忠贤与崔呈秀二人“戮尸”。
崔呈秀是苏州人，万历四十一年的进士，其自甘下流，与顾秉谦如出一辙。魏忠贤在他未来投奔以前，还不敢太放肆。有了他作干儿于，就为所欲为了。他作了两本名册，献给魏忠贤作参考。一本是所谓东林党人，称为“同志诸录”，一本称为“天鉴录”，是反对东林党的人，魏忠贤有了这两布名册，便逐渐地使得朝廷中“善类为之一空”。凡是无耻的小人，想升官发财的，都来向崔呈秀“暮夜乞怜”，于是“蝇集蚁附，其门如市”，纷纷送来“奇异珍宝”。
此外，工部尚书吴淳夫，“兵部尚书”田吉，太常卿倪文焕，副都御史李夔龙，也是魏忠贤的得力鹰犬，与崔呈秀合称为“五虎”。五虎之下，有都督田尔耕、都督许显纯等“五彪’。五彪之下，又有“十狗”、“十孩儿”、“四十孙”。
其他的两个阉党进士，是顾秉谦与魏广微。这两人都当了大学士。顾秉谦替魏忠贤编“三朝要典”，颠倒三大案的是非；魏广微替魏忠贤准备了一部“缙绅便览”，把正人列为“邪党”，把邪党列为“正人”。
思宗在办了魏忠贤与崔呈秀以后，在崇祯二年颁布“逆案”的名单，分别定罪。名单上，分为：
(甲)首逆凌迟者二人——魏忠贤、客氏。
(乙)首逆同谋，决不待时者六人——崔呈秀、魏良卿等。
(丙)交结近侍，秋后处决者十九人——刘志选、梁梦环、倪文焕、田吉、......吴淳夫等。
(丁)交结近侍，次等充军者十一人——魏广微等。
(戊)交结近侍，又次等论徒三年，输赎为民者——顾秉谦、冯铨等一百二十九人。
(己)交结近侍，减等革职常住者四十四人——黄立极等。
(庚)魏逆亲属及内官党附者五十余人——处罚轻重与姓名不详。
九四、内乱重重
明朝在神宗万历十年张居正去世以后，一直不曾好过。外患严重，内乱重重。这些内乱，总而言之，是昏君奸臣与贪官污吏所逼出来的。其中规模较大的，有如下表：
万历十一年四月 广东罗定兵变。
十三年正月 四川建武兵变。
六月 四川松茂少数民族民变。
十四年七月 河南淇县民王安反。
十五年十一月 湖北郧阳“兵噪”。
十七年四月 广东始兴僧李圆朗反。
十九年五月 四川四哨少数民族民变。
二十年三月 宁夏致仕副总兵哱拜反。
二十一年 四川播州(贵州遵义)宣慰使杨应龙反；二十七年六月，陷綦江；二十八年六月，败，自杀。
二十七年四月 山东临清民变，焚税监马堂之署，杀其参随三十四人。
二十八年十月 贵州皮林苗族民变。
二十九年三月 湖广武昌民变，杀税监陈奉及其参随六人。
五月 苏州民变，杀织造中宫孙隆及其参随数人。
三十一年十月 河商睢州民杨思敬反。
三十二年闰九月 湖广武昌宗人朱蕴鉁反，杀巡抚赵可怀。
三十四年三月 云南民变，杀税监杨荣。
十二月 南京民刘天绪反。
三十五年十二月 金沙江少数民族阿克反。
三十七年十二月 徐州民杀如皋知县张藩。
四十年 四川建昌彝民反。
四十四年四月 河南盗起。
天启元 年 贵州苗民反。
九月 四川永宁宣抚使奢崇明反，杀巡抚徐可求，据重庆，陷合江、泸州等州县，二年七月，陷遵义；三年十月，走龙场，与安邦彦合。
二年二月 贵州水西土同知安邦彦反，陷毕节、安顺、平壩、沾益、龙里，围贵阳。
五月 山东白莲教首徐鸿儒反，陷郓城，六月陷邹县、滕县。十月，平。
四年正月 浙江长兴民变，杀知县石有恒，主簿徐可行。
三月 杭州兵变。
五月 福建福宁兵变。
六年八月陕西流民起，由保宁攻广元。
陕西流民的最初首领，姓名不传。次年，崇祯元年，驻在甘肃固原的兵闹饷，抢劫本州的银库，于是白水的王二，府谷的王嘉胤，允宜的王左挂、飞山虎、大红狼，以及安塞的高迎祥，纷纷响应。
九五、思宗
熹宗在天启七年(1627年)八月去世，享年二十三岁；生过三个儿子，都已早死。
思宗朱由检，以异母弟的资格继位，改明年的年号为崇祯。可怜他，这时候年纪仅有十九岁，学识很浅，经验毫无，却不得不担起抵御外患和削平内乱的重担子，一心想做好而不知道怎样去做好。
刚刚即位之时，他颇表现出一种魄力，把魏忠贤及其党羽一同打尽。其后，面对着后金与农民军，他就一错再错，错到不可收拾，把江山断送了。
他不该在崇祯二年冬天皇太极入关，兵临京城，袁崇焕尾追皇太极而来之时，相信宦官杨某的话，以为袁崇焕与皇太极通谋，而把袁祟焕逮捕，于次年八月凌迟处死。
袁崇焕一死，思宗失掉了东北方面的长城。袁是广东东莞人，万历四十七年进士，历官邵武知县，兵部职方司主事，宁前(宁远与前屯卫)兵备佥事，辽东兵备副使，右参政。他在孙承宗的支持之下于天启三年筑了极坚固的宁远城，又在天启五年分遣部队，占领宁远之外的锦州、松山、右屯、大凌河镇、小凌河镇，一一筑城固守。这些外围城堡，均在冬天被新任经略高第下令放弃。高第又叫他放弃宁远与前屯卫，他自称守土有责，抗令不从。明廷升他为按察使。次年正月，努尔哈赤来打，打不下宁远城，却中了他的炮弹，负伤而死。明廷升他为“右佥都御史”，不久，兼“巡抚辽东”，再升为兵部右侍郎。
他重新经营外围的锦州等地。大兴屯田，渐渐把高第所放弃的土地一一收复。天启七年五月，皇太极空国而来，和他与他的部将赵率教、尤世禄、祖太寿，战于锦州和宁远两城，大败而回。他有本事对付努尔哈赤与皇太极，没有办法敷衍魏忠贤。结果，被逼辞职。思宗即位以后，在天启七年十一月任命他作“右都御史，视兵部添注左侍郎事”。次年，祟祯元年，四月，叫他“以兵部尚书兼右副都御史督师蓟辽，兼督登莱天津军务”。他受任以后，把东北的防务太加整顿，在祟祯二年五月用思宗赐给他的上方剑，斩杀虚报兵额，中饱饷银的皮岛守将毛文龙，却不曾料到自己会在七个月以后被思宗逮捕，在一年又五个月以后惨遭凌迟。
思宗杀袁崇焕，等于是“自坏长城”。虽则有忠心耿耿的孙承宗，替他追回那愤而出走的袁崇焕部将祖大寿，虽则祖大寿能够在其后替他死守锦州直到崇桢十五年三月，然而大寿究竟非袁崇焕可比，而且袁崇焕之死，足令沿边的将帅寒心，士无斗志。皇太极尽管不能从锦州这一条路来，却颇能一而再，再而三、三而四、四而五地，在崇祯五年、九年、十一年、十五年又陆续从长城的其他口子，冲了进来(详见《细说清朝》第二十节，“五入长城”)。
思宗年纪轻，性急，轻信，多疑，好杀。倘若他性情稍能忍耐，对事稍加考虑，对人稍存信任与宽容，则不仅不致误信杨太监的话而捕袁杀袁(实际上，杨是中了皇太极的反间计，详见《细说清朝》)，而且也决不会打不了农民军，亡于农民军之手。
农民军在开始的时候只不过是星星之火而已。在陕西中部，有白水县人王二，纠合了一批饥民在夜间涂黑了脸，抢劫蒲城县的孝童镇的大户。在陕西东北角，有府谷县人王嘉胤，揭竿而起。在延安的东南宣川县，有若干游民王左挂、飞山虎、大红狼，乘机扩大他们的活动。不久，在延安的西北安塞县，有高迎祥聚众造反，自称“闯王”。他下面，有一个外甥籍贯属于米脂县，姓李名自成，当过驿站的伕子，自称“闯将”。在延安，有当过兵、当过布贩子的张献忠，占了十八个寨子，自称“八大王”。此外，如紫金梁、老回回、曹操(罗汝才)、过天星(惠登相)、闯塌天(刘国能)、射塌天(李万庆)，等等，先后蜂起，不胜枚举。
这些人之所以能够一呼百应，对政府形成空前的威胁，无非是由于当时的陕西巡抚乔应申、延绥巡抚朱童蒙，均是极贪污、极残忍的坏官，又遇到天时不正，大旱连年。
次年，陕西布政使司的一个参政刘应遇，击斩王二。但是思宗听了给事中刘懋的话，为了节省每年若干万两银子的经费，把驿站的制度废了，弄得成千成万的伕子失了业，等于是火上加油，给各地未死未败的农民军增加伙伴。冬天，皇太极的军队第一次冲进长城，思宗命令各地的“镇巡官”勤王。于是，在崇祯三年的春天，又有了山西巡抚耿如杞的勤王兵，延绥总兵吴自勉的勤王兵，甘肃巡抚梅之焕的勤王兵，相继在中途哗变的事。这些变兵都跑到陕西，找农民军入伙。他们多少有点作战或操练的经验，打起仗来，自然比饥民厉害得多。
思宗在崇桢二年选了一位操守顿佳而完全不懂军事的杨鹤，当“三边总督”。他本可倚仗老将杜文焕与后起之秀的陕西布政使司参议洪承畴，把农民军一一打败，却稍胜而即主抚，广开招安之门，而不懂得如何约束已降的人，与辨别真降与假降的人。截至崇祯四年七月，杨鹤被免职下狱之时为止，被农民军攻破的县城与堡寨，计有十一个之多：黄甫、清水、木瓜、府谷、新安、宁塞、柳树涧、保安、合水、金锁关、中部。
继扬鹤而任三边总督的，是洪承畴。洪承畴此时已经一升再升，由参议而参政，由参政而升至延绥巡抚了。接他的延绥巡抚之任的，是张福臻。张福臻干到崇祯五年，为陈奇瑜所替代。
洪承畴在升任总督以前，打垮了王左挂，升任总督以后，击斩了神一魁、不沾泥、可天飞、李都司。
在洪承畴的指挥之下，有一个极为得力的人：曹文诏。曹是大同人，应募从军，在辽东先后跟随熊廷弼、孙承宗、袁崇焕、马世龙，对努尔哈赤与皇太极的兵作战，由行伍而积功至“都督佥事”，于祟祯四年七月调任“延绥东路副总兵”。截至五年十月为止，他战无不胜，克复了河曲、中部、镇原、长宁驿、铁角城、清水、铜川桥、虎兕凹，消灭了农民军首领王嘉胤、点灯子、李老柴、一条龙、扫地王、杜三、扬老柴、红军友、独行狼、郝临庵，斩杀了农民军部众三万六千六百人以上。陕甘两省，这时候在大体上可说是已被曹文诏“平定”。
有七支农民军，以紫金梁(王自用)的一支为首，其余的六支分属于混世王、姬关钻、八大王(张献忠)、曹操(罗汝才)、闯塌天(刘国能)与加哈利，逃击了山西。他们进攻汾州、太原、平阳(临汾)，攻破了大宁、泽州、寿阳。
山西的巡抚戴君恩毫无办法。御史张宸极向思宗请求，调曹文诏进山西，获准；思宗加给曹文诏以“节制山西陕西诸将”的头衔。曹文诏从崇祯六年正月打到六月，连败农民军于汾河、孟县、寿阳、碧霞村、五台、盂县、定襄、太谷、范村、榆社、泽州、芹地、刘村、平顺、润城、武乡、高泽山、黎城、沁水、辽县；斩了混世王，捉了“大虎”。他花了仅仅半年工夫，把山西全部“肃清”。
一部份农民军流人河南的北部，曹文诏奉旨越境“追剿”，在五六月间打胜他们于林县，在七月间打胜他们于济源和怀庆。但是，巡按河南的御史刘令誉却由于和他有睚眦之怨，暗中参他一本，使得思宗突然把他调走，派到大同去当总兵。
他在大同，遭逢到皇太极军的第三次进入长城，失掉得胜堡、灵邱等地，被削职充军。新任的山西巡抚吴甡[shen]，上疏保荐他，请思宗派他回山西，收拾一些在山西死灰复燃的农民军。思宗答应，就任命他作“山西援剿总兵官”。命令发下了以后，思宗又因兵部尚书张凤翼的建议而改派他“驰剿”河南农民军。
曹文诏在崇祯八年三月，到达河南信阳，向洪承畴报到。洪承畴此时已经从七年十一月起，以三边总督的原职兼摄陈奇瑜所留下的“河南山陕川湖五省总督”。
陈奇瑜在担任延绥巡抚之时，位置在洪承畴之下，曹文诏之上。他是山西保德州人，在万历四十四年中了进士，所官洛阳知县，礼科给事中，户科左给事中，陕西副使，右参政，按察使，右布政使，左布政使。在延绥巡抚任上，他分遣将校，斩杀了一百七十七名农民军首领，其中最著名的是：
截山虎 柳盗跖 金翅鹏 薛仁贵 一条龙 金刚钻 开山鹞 黑煞神 人中虎 五阎王 马上飞 王登槐马红狼 满天飞 满鹅禽 黄参耀隔沟飞 张 聪 樊登科 樊计荣 一块铁 青背狼穿山甲 老将军 二将军 满天星 上山虎 扫地虎 爬地虎 括天飞 跳山虎 新来将 就地滚 小黄莺 房白兔 贾总管 逼上天 小红旗 草上飞 一集虎 一翅飞 云里手 四天王 薛红旗 独尾狼 钻天哨 开山斧金翅鹏 一座城 在这四十九人之中，有两个都叫做“金翅鹏”。至于“一只虎”，也显然与李自成的侄儿李过不是一人，虽则李过的绰号也叫“一只虎”，“满天星”其后又出现了一个。或许，陈奇瑜的战报可能有传闻失实之处：第一次所报的金翅鹏已死，可能是误传；而“一只虎”与“满天星”可能始终并未曾被陈的部队杀死。普通的农民军部众，被他斩杀的，共有三千人左右。重要的寨子，被他打下的也不少；最重要的是榆林东边的镇宁关。
由于若干农民军由陕西转移到山西，又转移到河南、湖北、四川，思宗感觉到要特设一个大员，负追剿与防堵的全责，于是就在崇祯七年正月任命陈奇瑜总督河南、山西、陕西、湖广、四川五省。
为什么这些农民军在济源、怀庆被曹文诏打败以后，能够渡过黄河而深入河南，甚至渗进湖北与四川呢?原因很简单，思宗已在崇祯六年七月把曹文诏调走!
老回回、过天星、“满天星”、闯塌天、混世王：这五人的农民军，在曹文诏走了以后，乘着冬天黄河结了冰，在渑池县境走过黄河，攻破渑池、伊阳、卢氏，经由内乡，进入湖北郧阳，分攻南阳、汝宁、枣阳、当阳、归州(秭归)、巴东，由巴东进了四川，攻破夔州府城(奉节)。在夔州，分三路退出：两路回湖北，分别由均州与郧阳重新去河南，一路经金漆坪，进攻陕西南部的商南。 八大王(张献忠)原已在南阳和他们分道扬镰，经由信阳，打到湖北应山，又由应山而折回内乡，西向商南，与其他各股分而复合。
陈奇瑜的对策是大‘围剿”。他命令四个巡抚驻在四个据点：西北，由陕西巡抚练国事驻商南；正西，由卢象升驻房县与竹山；东北，由河南巡抚元默驻卢氏；东南，由湖广巡抚唐晖驻南漳(襄阳东南)。
他自己率领大军，从卢象升的据点开始行动，偕同卢象升节节追剿，连胜于乌林关、乜家沟、蚋溪、狮子山，到了兴安(安康)之西的紫阳县境。于是，他又派遣游击唐通守住汉中府城(南郑)，派遣参将贺人龙、刘迁、夏镐守住略阳与沔县；派遣副将杨正芳、余世任守住褒城；自己率领副将杨化麟、柳国镇守住洋县。
用了这样的安排，他渐渐地把各支农民军都挤进了兴安的车箱峡(今陕西安康境)，堵住峡口，堵了两个多月，饿死了他们一半以上。因此，他们就向陈奇瑜投降。陈奇瑜慨然接受，派了五十多名“安抚官”统带尚未饿死的三万六千多人，包括张献忠与李自成在内，一一遣送回藉。
三万六千多人，一出栈道，便暴动起来，把五十几位“安抚官”杀光，烧村攻城。这是崇祯七年六月间的事。陈奇瑜着了慌，向思宗报告，说凤翔的乡官孙鹏等人不应该鼓动当地人民关了城门，不让已降的农民军进城，又杀了爬城而上的三十六人，因此而激怒了他们，弄得他们再反。陈奇瑜又说，宝鸡知事李嘉彦，不该对进来的农民军作战，把事情闹大。最后，他把最大的责任归之于陕西巡抚练国事，说他防堵不力。
思宗接到陈奇瑜的报告，不分青红皂白，便下旨捉拿孙鹏、李嘉彦及“共犯”五十几个，也把练国事削职建捕，充军广西。有一位给事中顾国宝，与一位御史傅永淳，心中不服，先后均参了陈奇瑜一本，于是思宗也把陈奇瑜削职逮捕，充军边地。陈奇瑜的五省总督职务．这才落到洪承畴的肩上。
从崇祯七年七月，到八年五月，在这十个月之间，洪承畴是镇压行动的最高负责人，握有全权。
洪承畴颇有办法，打到年底，便把陕西全省差不多又“肃清”了。农民军纷纷向东边跑，跑到河南荥阳集合，在崇祯八年正月开了一次大会。参加这次大会的，竞有十三“家”，七十二营之多，人数共有十万左右。十三家的首领是：
(1)老回回(2)曹操(罗汝才)(3)革里眼(4)左金王(5)改世王(6)射塌天(李万庆)(7)横天王(8)混十万(9)过天星(惠登相)(10)九条龙(11)顺天王(12)闯王(高迎祥)(13)八大王(张献忠)
李自成那时候还不够资格与老回回及张献忠等人立于同等地位，却也已经由于在车箱峡出来以后，和张献忠共破澄城，转而向西，进攻平凉邠[bin]州，又转而向东，冲出潼关，威胁嵩县汝州，算得上是一个相当重要的角色了。虽则在名义上，他仍是舅舅高迎祥下面的一个“闯将”而已。
他大胆向十三家首领建议，与其在荥阳静候洪承畴追击、围攻，不如化整为零：(甲)以横天王、混十万、射塌天和改世王挡住西边的山西兵；(乙)以曹操、过天星扼守黄河，挡住山西的兵；(丙)以革里眼、左金王南下，挡住四川与湖广的兵；(丁)高迎祥、张献忠和他自己，向东发展；(戊)以老回回与九条龙往来策应。(算来，十三家之中的十二家都有了任务，顺天王不曾被李自成提及，可能是《明史·李自成传》的撰稿人抄漏了。)
李自成附带地又建议：“打下来的城池村庄，劫来的男女财物，一概由十三家均分。”这一项建议，连同他的大战略，均被到会的农民军首领接受。
接受，是接受了。实行起来，却没有那么容易。高迎祥与张献忠两军果真东下，一口气攻破固始、霍邱、寿州、颍州(阜阳)、凤阳，烧了明太祖祖先的陵墓。高迎祥得意之余，打起“古元真龙皇帝”的旗号，此人是否具有蒙古血统，待考。他可能只是一时高兴，替失败了的元朝出出气。李自成根据“男女财物十三家均分”的原则，向张献忠要分守陵的小宦官，因为这些小宦官会吹打，吹吹打打，挺有意思。张献忠不肯给，李自成即刻鼓动高迎样“散伙”，各奔前程。高李去了归德(商邱)与曹操(罗汝才)合伙，共回陕西；张献忠南下庐州(台肥)，攻破潜山、罗田、太湖(县)、新蔡。
思宗接到凤阳陵墓被烧的报告，一怒而捕杀远在淮阴的漕运总督杨人鹏。
洪承畴由固原东下，到了河南，把左良玉、汤九州、尤世威、徐来朝、陈永福、邓玘、张应昌等等将领，布置在各个关隘，等候曹文诏来，以曹文诏作为中军主将，四面征讨，花了几个月的工夫，又把若干支农民军，包括高迎样、李自成与张献忠在内(但不包括老回回的一支)，都赶回了陕西。
这时候宁夏发生了兵变，洪承畴不得不离开河南，西去料理(宁夏、甘肃、延绥，是“三边总督”的辖区)。
曹文诏留在陕西，只有步兵六千，要对付农民军的骑兵二十万人之多。他向明廷告急，得不到反应。结果，他在崇祯八年六月阵亡在甘肃真宁(正宁)的湫头镇。农民军由于有饥民可以不断作为补充，因此而能够越战越多；又因为到处抢劫财主，既不愁粮，亦不愁饷。官军呢，能打仗、肯打仗的根本极少，死了若干便少了若干，要补充还得静候上峰，甚至朝廷的批准；饷，拖欠是常事，不欠是例外。粮，更加困难，地方闹灾荒，有钱尚且难买，而况没有钱？马匹呢，也是花钱的东西。农民军，尤其是高迎祥李自成的一支，可以一人数马。
曹文诏之死，是明廷无可补救的损失。当时的将领，谁也比不上他。
思宗在崇祯八年八月，加派卢象升为“总理直隶、河南、山东、湖广、四川军务”，与洪承畴分工合作，卢以“总理”的名义专办“关外”(潼关以东)的农民军，洪以“总督”的名义专办“关内”的农民军。卢此时的本职，已经升为湖广巡抚。卢是宜兴人，天启二年进士，为人正直，在巡抚与总理任上均有建树。他担任总理到九年八月北上抵抗清兵之时为止。
在崇祯八年八月至次年七月，洪承畴、卢象升二人分任潼关内外的镇压行动一个年头之中，农民军的势力已经很大，但明军仍占优势。
洪在潼关以西对付高迎祥与李自成，使得高李虽能攻破咸阳而攻不下西安，并且收降了高李的部下高杰。曹文诏虽已阵亡，而他的侄儿曹变蛟颇能作战成为洪的一大助手。曹变蚊在崇祯八年九月大胜高李于关山镇，解了陇州之围，随即追击高李，使得高李不得不逃出陕西，到河南找张献忠。
在卢的麾下，也有两个好助手：祖宽与左良玉。祖是刚从宁远调来的，出身为祖大寿的家人，由行伍而升至“援剿总兵官”，带了三千“关外兵”南下。左是山东临清人，长身赤面，由辽东“车右营”都司升至副将，在崇祯五年奉调南下，在豫晋两省屡立战功，于六年某月被升为“援剿总兵官”，七年十二月大胜从陕西来的十三家农民军于磁山；八年八月，胜张献忠一支队伍于鄢陵；十月，会同祖宽，再胜张献忠于灵宝的焦村。张在十一月得到高李来合伙，攻占陕州，由陕州进攻洛阳，左良玉和祖宽追来，高李张望风分途而走。左祖二人也就分途而追。高李向东边偃师巩县的方向走，左良玉去追。张献忠向南边嵩县汝州的方向走，祖宽去追。
卢象升这时候也亲自带兵从湖北赶来前线，会同祖宽的一军，连胜张献忠于万家庄、九皋山及汝州西边的圪料镇。张献忠转而向北，迎接被左良玉击败于登封郜城镇的高李一支队伍，会合在一起，大战卢象升与祖宽在伊川县的白沙镇，却又败在卢象升与祖宽之手。
败了以后，张献忠的队伍躲藏嵩山深处，高李领军撤向东南。卢象升留下左良玉对付张献忠，自己和祖宽追高李，在十二月追及高李于确山，胜了一仗；高李向东边退，进入今日的安徽，围攻了卢州(台肥)七天七夜，祖宽赶到，高李立刻解围，又转攻滁州。这时候，已经是崇祯九年的正月了。
守滁州的，是南京太仆寺卿李觉斯和知州刘大巩。这两人没有多少兵，却也死守了几天，等候卢祖大军赶来，解了围。这一役，十分重要。倘若滁州失了，南京是很难保得住的。
高李由滁州回军河南，卢象升也移驻南阳，叫祖宽扼守邓州，不料，高李到了伊川嵩县一带，又与张献忠会合。守洛阳的汤九州在二月间约好左良玉入山夹攻，左良玉中途撤退，汤九州孤军深入了四十里，陷入绝地，遇伏阵亡。
祟祯年三月，高迎祥、李自成，加上射塌天(惠登相)等人的队伍，由豫西南回陕；卢象升派祖宽跟追，把祖宽划给洪承畴节制。祖宽一走，邓州一带防务空虚，张献忠的队伍突进湖北。 高李惠等人冲到安定、榆林，在五月间败于陕西巡抚孙传庭麾下、延绥副总兵贺人龙之手，两个月以后又在斁庢黑水峪几乎全部被贺人龙消灭；高迎样本人被俘，押送京师，凌迟处死；李自成率同惠登相突围而出，屯在宝鸡，被公推为继任的“闯王”。 这时候，清兵第三度进入长城，祖宽与卢象升先后应诏北上。祖被调回宁远．卢改任宣[府]大[同]山西总督。
“总理”的官职，由胆小如鼠的王家桢继任，到了十年闰四月，改派言大而夸的熊文灿来接充。洪承畴仍旧留在他的“三边总督”“兼摄五省军务”的原任，负责潼关以西的“围剿”工作。 杨鹤的儿子杨嗣昌在崇祯十年三月被任命为兵部尚书。他向思宗建议：(1)以陕西、河南、湖广、江北(皖北)为四正，叫四正的巡抚“分剿而专防”；(2)以延绥、山西、山东、江南、江西、四川为“六隅”，叫六隅的巡抚“分防”而协剿。这两项合起来，称为“十面之网”。(3)叫总督洪承畴与总理熊文灿二人，“随贼所向，专征讨”。(4)增加兵员十二万；增收老百姓的田赋二百三十多万，把裁省邮驿所留下的经费，抽出二十万，再加上其他的收入，凑二百八十万，作为“剿饷”。
这四项建议，都被思宗接受。实际上，前二项建议，说了等于不说。所谓四正与所谓六隅，原本守土有责，而且分不出什么正和隅来。在字面上，“分剿”与“协剿”之间，还勉强说得上前者是“分剿”，后者是“协剿”。然而农民军是跑来跑去的，各省如何分得了彼此?杨嗣昌以八股文起家，只会掉文字枪花，却把思宗的眼睛与脑筋掉糊涂了，以为他真是不世奇才。
第三项，更是废话。洪承畴与熊文灿二人，当然应该“随贼所向，专征讨”。第四项，在原则上无可批评。既有的老兵，能打仗的不多，确是需要新兵；款项，也需要另筹，可惜，其后新兵并未招募训练，而“剿饷”却被熊文灿用去，作为贿买张献忠、罗汝才等人的“抚饷”了。
杨嗣昌于崇祯十年三月就任兵部尚书，十四年三月在荆州绝食自杀。在这整整四个年头的期间，思宗对他言听计从，不仅是镇压农民军的工作全由他主持，全国的军事、财政、外交，也都是大半取决于他。思宗对任何人都怀疑，却始终对他信任。可叹，在当时的人物之中，他正是若干最不值得信任的人之一。 这四个年头，可以分作两个阶段。在崇祯十二年九月，他出京督师以前，是第一阶段，自己坐镇兵部，“围剿”工作由熊文灿与洪承畴负责。他出京督师以后，是第二阶段。
在第一阶段的两年又五个月之中，李自成于十年十月由宁羌县七盘关入川，连陷昭化、剑州、梓潼，分掠潼川(三台)、江油、绵州(绵阳)、彰明、盐亭，在十一年正月被洪承畴率领曹变蚊贺人龙等军击败。李自成回军陕西、甘肃，在三月间由洮州进入四川松潘少数民族地区，又被曹变蛟与贺人龙追杀了六千七百多人，残部逃到西和与礼县的山中。半年以后，李自成企图冲出潼关，被洪承畴围攻，全军覆没，李只带了十八名骑兵突围而走。 熊文灿这一边，所倚靠的大将是左良玉。左良玉在十年九月击溃张献忠于(安徽)虹县，次年正月，收降刘国能(闻塌天)于随州。三个月以后，张献忠也在谷城向熊文灿投降。(张刘等人，在此以前，曾经在九年三月进入湖北，九年十月进攻襄阳，十年正月进攻安庆，二月进攻潜山，为安庆巡抚史可法所败。)
其他的几个农民军首领，如罗汝才(曹操)、马进忠(混十万)、李万庆(射塌天)、马上秀、杜应金、许可变(改世王)、胡可受(安世王)，也都在这期间纷纷“就抚”。
熊文灿不曾料到，张献忠到十二年五月，又在谷城杀了知县，重新造起反来。
张献忠之所以降而复反，熊文灿该负其咎。熊不曾解除张的武装，也不曾把张的部队改编。张要求朝廷以总兵官职，熊答应替他请一个副总兵；张要求拨以十万人的饷，熊答应拨以两万人的饷。张所得不偿所欲，而熊毫不思患预防。于是张一旦再反，而熊措手无策。罗汝才(曹操)等八人，一齐响应张献忠。不反的仅有刘国能(闯塌天)与李万庆(射塌天)而已。
左良玉去打张献忠、罗汝才等人，于七月间在房县西面的罗猴山吃了一个大败仗，只剩下几百名兵丁，狼狈逃回房县。
李自成此时潜伏在河南淅川深山之中，依附着老回回。张献忠的反讯传来，李自成向老回回借了几百人，走出深山，重操故业。
张献忠、罗汝才等人之再反，与李自成之再起，送了熊文灿的命，送了杨嗣昌的命，也送了明朝的命。思宗在崇祯十二年七月下旨将熊削职逮回，九月派杨以尚书兼大学士的地位出京督师(杨在十一年六月由兵部尚书改任“礼部尚书，兼东阁大学士，仍掌兵部”)。
熊在九月底杨嗣昌到达襄阳之时；交出兵符，受捕，押解京师；于次年十月被明正典刑。
杨于十二年十月初一，在襄阳誓师。他的围剿工作，进人第二阶段。他把自己的原定战略，所谓“十面之网”，修改为“网开一面”。所开的一面，是四川的一面。换句话说，把农民军尽量地赶到四川去，以四川为壑。他之所以如此，完全是由于对地理茫无所知，不知四川之大与四川之肥沃，而幼稚到以为四川多山，像一座墙壁，可以让他把农民军推进去，碰壁，无路可走，然后予以格杀。
杨嗣昌而且故意把四川的好兵一万多名调走，惟恐四川有力量挡得住农民军，影响他的以川为壑的“妙计”。
左良玉奉杨嗣昌之命，集中力量，对张献忠、罗汝才、惠登相(过天星)三支队伍挤，挤到年底，把他们都赶进了四川。张献忠一股到太平县(万源)，罗惠二股到大宁(巫溪)与大昌(巫山县北)。
左良玉跟踪追击张献忠，追进了四川的境界。杨嗣昌命令左良玉停止前进，左良玉向他表示异议，认为张献忠在四川站住了脚便有粮可吃，难以剿办，现在去追他，追得疲于奔命，即使他回军湖北，也不能再有多大力量了。杨嗣昌奈何不了左良玉，只得准左去继续追击张献忠。
左良玉在崇祯十三年二月到达了太平县之北的鱼溪渡，三边总督郑崇俭也带了贺人龙与李国奇两支兵来，与左军会合。 张献忠从太平县大竹河转到九滚坪，又由九滚坪抢先占了玛瑙山高地。左良玉和郑崇俭商定，分兵三路，自率两路，由贺人龙另率一路，同时对张献忠仰攻。这一战，把张献忠杀得惨败，追奔了四十里，俘虏了张献忠的妻与妾，斩杀了十六名首领(包括扫地王、邓天王、白马、曹威)。张献忠只剩下一千多人，逃到湖北归州与兴山县一带的山中躲藏。
左良玉不再继续追击，放了张献忠走，回军驻在陕南的兴安与平利一带，连营百里，对张献忠远远监视，不攻。为什么呢?因为贺人龙告诉了左，杨嗣昌答应过贺，把左的“平贼将军’名号，于适当时机转颁给贺。贺为什么要将这件事告诉左呢？因为，在玛瑙山一役以后，杨嗣昌顾虑到左已立了大功，一时不肯对贺践言。
从此，左贺两人均对杨不理睬。
过了几个月，张献忠慢慢地向西移动，又进了四川，占据巫山；部众也陆续增加，重新成为一个大集团。罗汝才(曹操)走来，与他合伙。罗与惠登相(过天星)原在鄂西的南漳、远安、房县、兴山一带活动；于十三年正月间进入川东，五月间试攻夔州府，被秦良玉击败；六月间与贺人龙战于大宁，战败；七月间与左良玉及陕将孙应元先后战于兴山，又败。惠登相脱离罗，向左投降。混世王与小秦王也脱离罗，向孙应元投降，罗这才来到巫山，投奔张献忠。
张罗重新合伙以后，不到半年工夫，势力扩张到四川全省。四川巡抚邵捷春仅有两万左右的兵，如何抵挡得了，秦良玉虽则善战，也只能退保自己的石砫一个宣抚使司而已。张罗二军纵横驰突，如入无人之境，连胜于土地岭、上马渡、净壁，攻破大昌、开县、达州、剑州(剑门)、广元、梓潼、绵州，向成都进逼。
杨嗣昌在崇祯十三年十一月，由襄阳移驻重庆，把四川巡抚邵捷春捕送京师，斩首。
张罗由成都附近转向东南，于十二月间攻破泸州，次年(十四年)正月战胜陕将猛如虎于开县黄陵城；二月，杀襄王朱翊铭与贵阳王朱常法于襄阳城内。(“猛如虎”，原籍蒙古，家住榆林，是曹文诏的旧部。)
按照明朝的法律，亲王被杀，巡抚或其他负责军事的人就有死罪。杨嗣昌的官职比巡抚大得多，自然是不能免于一死。况且，在襄王贵王被杀的一个月以前，福王朱常洵也在洛阳被李自成杀了!于是，杨嗣昌在三月间到达荆州之时，绝食自杀而死。
思宗一面派丁启睿接任督师，一面命令廷臣追议杨嗣昌的罪。廷臣议了一个斩罪。思宗却又替扬嗣昌辩护，说杨“无城守专责，......且临戎二载，屡著捷功，尽瘁殒身，勤劳难泯，”下旨昭雪，赐祭，准予归葬武陵，追赠加官太子太傅。同时，又把一位立功于玛瑙山而和杨嗣昌不甚相得的前任三边总督郑崇俭抓了斩首，说郑不该在玛瑙山一役以后北回关中；其实郑当时北回是曾经奏请获准的。
丁启睿毫无能力。他作督师，作到崇祯十五年九月，开封失守，被思宗下旨逮捕，关了一个短时期，放出。攻陷开封的，是李自成。
明朝旱蝗连年，政府的苛捐杂税又突然加重了好几倍，杨嗣昌除了请准思宗增抽“剿饷”每年二百八十万两以外。又增抽所谓“练饷”七百三十万两(名为招练各地民兵，实际也是多数挪作别用，不曾练出多少民兵来)。神宗末年，本已巧立名目，增抽了所谓“辽饷”五百二十万两，扬嗣昌也请准思宗把这辽饷再加一百四十万两。合起来，老百姓的负担，比起神宗初年张居正当国之时，多了两倍以上，活不下去，想造反的就一天比一天多了。 李自成获得河南本地的农民军“一斗谷”来合伙，如虎添翼。各县各村的饥民，纷纷向他投奔。又有两个举人，杞县的李信(其后改名李岩)与卢氏县的牛金星入伙。李信向李自成建议，改变屠杀作风，以“不杀人”收买人心，李自成接受。李信又替李自成造了六个字的口号：“迎闯王，不纳粮!”于是，不到一年，李自成竟然有了部众几十万之多，如火燎原，势不可挡。
在崇祯十三年十二月，张献忠攻陷泸州之时，李自成也攻陷了永宁、宜阳、僵师。次年正月，张在开县战胜猛如虎，李攻陷洛阳，杀了福王朱常洵。这朱常洵确也该死。
崇祯十四年二月，李自成攻打开封，不曾攻下。六月，与杨文岳及唐大威二将战于邓州，小败。九月，会同罗汝才(曹操)杀三边总督傅宗龙于项城城下，占了项城，又攻破叶县，杀了为明效忠的刘国能(闯塌天)。
十一月，攻破南阳，杀了猛如虎与唐王朱聿镆。十二月，连陷洧川、许州、长葛、鄢陵，第二度进攻开封，李自成被射中了一只眼睛。十五年二月，攻破襄城，杀了傅宗龙的继任者，三边总督汪乔年与对明效忠的李万庆(射塌天)。三月，连陷陈州、睢州、太康、宁陵、考城、归德。四月，第三度围攻开封。丁启睿征调杨文岳、左良玉、虎大威、杨德政、方国安诸将，在七月大会于朱仙镇。
丁启睿命令左良玉速战，左良玉不肯，在某一天夜里率众不告而去，虎大威等人看见情势不好，也纷纷各奔前程，散得干干净净。左良玉一军向南奔了八十里，前边已有李自成事先挖了的大濠沟，一丈四尺宽，一丈四尺深，一百里长，挡住去路。李自成的队伍从后赶来，把左军杀得溃不成军，丢了一万多匹马骡，左良玉只能带了极少数人，逃到湖北襄阳。
虎大威，与猛如虎一样，是蒙古人，一向作战有名，此时已积功升至山西总兵，为左良玉的胆怯行动所牵累，一时心慌，奔到汝宁府城，站定了以后，便进攻汝宁的农民军，中炮而亡。杨德政也是一个总兵，事后被思宗下旨逮捕，斩首。方国安是来自四川的总兵，跟着左良玉逃到了襄阳。杨文岳是所谓“保定总督”，亦即“总督保定山东河北军务”，地位颇高，他和丁启睿及虎大威一齐奔到汝宁。闰十一月，李自成来攻汝宁，杨文岳守了些时，城破被杀。
丁启睿在朱仙镇军溃之时，被思宗下旨“褫职候勘”。开封陷后，被捕；过了一些时候，释放。
左在襄阳喘息既定，把襄阳一府的壮丁都编练成军，又大开招降之门，使得自己的部队扩充到二十万人左右。朝廷除了给养他的额兵两万五千人以外，当然没有那么多的钱与粮给他，而且也不曾授权给他扩编。他用自己的权力筹钱筹粮，在事实上变成了目无朝廷的一个拥兵自雄的军阀。
李自成在崇祯十五年十二月，朝着襄阳的方向移动，左良玉摆在樊城的战舰被老百姓烧了，老百姓而且烧香摆酒迎接李自成的驻军。左良玉抵抗了一两天，弃了襄阳，拔营而走。沿着汉水，左步兵，右骑兵，中舟师，奔到武昌，向楚王朱华奎要求二十万兵的粮饷，朱华奎不给。左良玉叫部队自由烧抢，火光一直照到江心。
崇祯十六年正月，左良玉放弃武昌，顺长江之流而下，退驻贵池的池口，安庆巡抚拨了存在九江库里的银子十六万两给他，“补六月粮”，军纪稍好，南京的人心稍定。这时候，他的“前锋”已经破了建德(至德)，抢了池阳(贵池)，他的先遣船只也已经泊在离开芜湖仅有四十里的三山港了。
他的二十万人，不像是国家的部队，倒很像武装难民，也差不多是专替农民军开路的向导了。李自成跟在他的后面，捡得了襄阳，也捡得了承天府(钟祥)、荆州。
张献忠这时在占领了安徽西南部之余，袭占蕲州(蕲春)，左良玉视若无睹。两个月以后(十六年三月)张献忠西陷蕲水(浠水)，左良玉这才慢吞吞地由池口西上；到了安庆，停住。张献忠由蕲水而黄州(黄冈)，而罗田，于十六年五月攻破汉阳、武昌，左良玉仍旧按兵不动。
崇祯十六年六月，思宗颁了一件诏书给左良玉，仍称他为“平贼将军”，叫他负专剿张献忠之责，“毋老师糜饷”。
思宗以为左良玉打不了李自成，应该打得了张献忠。因为，三年又四个月以前，崇祯十三年二月，他曾经大胜张献忠于四川太平县北的玛瑙山；一年又九个月以前，崇祯十四年八月，他又曾击溃张献忠于信阳，收降了张的部众数万，几乎杀死了张献忠本人，弄得张狼狈不堪。
左良玉在接到思宗的旨令以后，派两万兵，交方国安西上。方国安在七月小胜于大冶，八月大胜于黄州，乘胜进抵阳逻。张献忠开了武昌西门，不战而走。南下湖南、江西。于是，方国安替左良玉收复了武昌、汉阳。
张在八九两月，连破湖南的岳州、长沙、衡州、宝庆、永州；十月至十二月，连破江西的吉安、建昌、抚州。崇桢十七年一月，他又进入了四川。
李自成在掌握了河南极大部分与湖北的襄阳荆州以后，改襄阳为“襄京”，自称“新顺王”、“奉天倡义文武大元帅”，设官分职，大封部下为公侯伯子男五等，命令牛金星每天对他讲经一章，讲史一段，颇有割据自雄的气象，一变当年“流寇”作风。张献忠拿下汉阳武昌，李自成很不高兴，竟然悬赏征求张献忠的首级，又写信给张，加以恐吓。张之所以放弃汉阳武昌而转向湖南江西，固然是由于左良玉在十六年七月以后西上进逼，也未尝不是避免李自成的火并。
李自成的一个谋臣顾君恩，劝李自成西取家乡关中，作为根本，然后出山西，取京师，称帝。李自成听他的话，准备自率大军离开襄阳，经由河南入陕，恰好在这个时候，明廷的新任督师孙传庭已从陕西出了潼关。于是，李为了抵御孙传庭，也不得不离开襄阳而来到河南，与孙传庭作一决战了。
