尽管亚当斯不是波士顿人，当波士顿召开反“印花税法”大会时，他被邀请参加大会，并且当选为向马萨诸塞殖民地总督递交反“印花税法”请愿书的三名代表之一。
1765年10月，各殖民地代表在纽约集中，召开反对“印花税法”大会。翌年，英国政府被迫废除该法。
在这场斗争中，亚当斯所做的一切使他闻名于整个殖民地，尽管他还不是北美脱离英国而独立的积极倡导者，但作为一名杰出的律师和政治活动家，已受到越来越多的人民群众的信任。
迫于约翰·亚当斯的能力和影响，英国殖民当局任命他为海上法庭首席律师，亚当斯马上识破了这是大英帝国向他投下的一块诱饵，坚决拒绝担任这一职务。
亚当斯虽一贯支持反英斗争，但却不能容忍暴力和过激的行为，基于此他为在“波士顿惨案”中被指控的英国士兵进行辩护。1770年6月，正当为这一案件的审判四处奔忙时，波士顿议会将他选入马萨诸塞立法议会，并被任命为首席法官。
作为马萨诸塞议会的议员，他积极参加各种抵制殖民总督的活动，如支持波士顿的茶党案，称赞其是对英国殖民地政策恰如其分的抗议。
就在这一年的冬天，亚当斯身体患病，不得不离开了马萨诸塞殖民地议会，暂时结束了他的政治生涯。
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抨击妥协倡言独立(1)
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退居波士顿的亚当斯，随着时事的发展，很快就重返政治舞台。他以极其锐利的笔锋，为殖民地议会写了一些文章，向英国国王的权力进行挑战。当波士顿的爱国者把英国货船上的茶叶倾入大海时，他更是拍手称快，称之为“最伟大的事件”。
1774年，英国政府作出了关于将马萨诸塞最高法院的薪俸改由皇家政府发放的决定。亚当斯连续发表文章，强调“法官是人民的公仆，应由人民付给他们报酬”，以充分的论据，旁征博引，向其发出猛烈抨击。
不久之后，亚当斯又和殖民地议会中托利党代表人物丹尼尔·李奥纳德进行了一场激烈的论战。
李奥纳德认为，殖民地不应存在两个最高当局，既然我们是大英帝国的一部分，就应受制于其最高权力机构——议会。亚当斯则针锋相对地提出，殖民地议会就是我们惟一的最高当局，英国议会中没有一名美洲人，所以根本不能代表美洲的土地。
论争中的亚当斯越发引人注目，1774年，他被选为马萨诸塞州出席大陆会议的代表。各殖民地人民代表会议经过不断联系和协商，于1774年9月5日在费城召开了第一届大陆会议，商讨共同抗英的办法。
这时的亚当斯虽然和其他大多数代表一样，只是争取殖民地的权利，并未提出脱离英国而独立。但他积极支持与英国断绝贸易关系的决议，并参与起草“权利宣言”，成为会议中少数激进派的代表之一。对于各殖民地抗议英国殖民暴政的联合行动，亚当斯感到仍有缺憾，他提出了“加罗韦”计划，即要把殖民地联合起来置于一个政府的控制之下。但这个建议以一票之差被大会否决了。会后，亚当斯回到布伦特里，仍坚持立即建立全美洲议会的主张。
1775年5月10日第二届大陆会议会召开时，战争已经打响。作为会议代表之一，亚当斯和激进派代表一道，为促进建立一个独立的殖民地联盟，以利于采取共同反英战争行动而努力。
但是，代表中的多数人却是犹豫不决，使大会充满了保守气氛。为了起草一份给伦敦的详细报告，来证明先发第一枪的是大不列颠军队，而不是北美殖民地的人民，大家争来改去，花了整整3天的宝贵时间。
对于这种局面，亚当斯无法容忍，他的心情变得烦闷压抑，焦躁不安。他认为，大陆会议行动迟缓将不仅危及到当前的战争形势，而且将有损于整个革命的事业。
两周以后，亚当斯在大陆会议上发表了一篇激动人心的长篇演说，愤怒地谴责那些继续坚持向英王递交请愿书的妥协分子。主张大陆会议应通过一个让每个殖民地建立独立革命政府的决议，并且以马萨诸塞坎布里奇的民兵为基础，建立一支大陆军；鉴于南部大多数代表对于新英格兰的激进行动感到不满，因此最好任命一名南部的将军担任大陆军总司令，这是使新英格兰军队变成大陆军队的最好途径。
亚当斯还去访问了坎布里奇司令部，在那儿，他看到的是形势的险恶和军队的杂乱无章，16000人被分散在从坎布里奇到洛克斯堡长达30多英里的战线上，而且住宿简陋，供应不足，已有4000余名志愿者感到失望而回家了。而任何一个人，只要带来49个志愿者，就可以得到上尉军衔，得许多军官并不称职。亚当斯意识到，北美的军队若不立即进行整顿，后果将不堪设想。
亚当斯心目中的大陆军总司令，既不是当时在坎布里奇统率军队的阿太莫斯·沃德，也不是大陆会议主席约翰·汉科克，而是弗吉尼亚的乔治·华盛顿上校。因为华盛顿有丰富的军事经验，又有大笔独立的财产，他的任命将有利于争取南部对新英格兰地区斗争的支持。对于华盛顿的个人品质，亚当斯更加钦佩，认为他虽沉默寡言，但虚怀若谷，具有政治家的胸怀和风度。
6月中旬，在大陆会议上，亚当斯提名华盛顿为大陆军总司令，并指出：“他具有大将的指挥艺术、独立的财产、卓越的才能和宽广的胸怀。他将得到全美洲人的尊敬，比其他人能更好地联合和组织各殖民地的力量。”在亚当斯等人的努力下，华盛顿终于被任命为大陆军总司令，而这一任命对北美独立革命事业起了极其重要的作用。
在大陆会议期间，亚当斯密切注视着前方的军事。当时，大陆军的服役期限为三个月，而若根据此项规定，到1775年底，大陆军中19000人将要复员回家，如此华盛顿为改造这支军队的努力将付诸流水。看到这种情况，亚当斯在大陆会议上提出了延长服役期限的主张。在其他激进派的合下，会议通过决议，把服役期限由三个月延长至一年，到1776年5月又延长至三年。
会上亚当斯还积极支持华盛顿关于建立海军的建议。在他的促进下，1775年10月，大陆会议决定成立以约翰·亚当斯和斯蒂芬·霍普金斯为首的海军委员会，装备了五条私掠船，任命伊塞克·霍普金斯为第一任舰队司令和海军上将。这成为美国海军建设的开端。
1776年5月，在华盛顿的敦促下，大陆会议建立了一个专门领导作战的机构，即“战争与军械委员会”，亚当斯担任了这个委员会的主席。日后，他在这个委员会中发挥了巨大作用，及时解决有关战争的一系列重大问题，保证了华盛顿军队的军火供应。
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抨击妥协倡言独立(2)
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战争在继续，大陆会议也在继续，亚当斯的思想却随之发生了转变，他已经开始大胆倡导独立。为了提高大陆会议领导战争的效率，也为了为宣布独立大开绿灯，亚当斯起草了一个决议，建议各殖民地议会授予大陆会议全权，以进一步提出和采取维护殖民地权利和自由的必要措施，却被大会否决。但亚当斯提出的另一项重要决议，即敦促各殖民地建立独立革命政府的决议，在1776年5月15日被大陆会议通过。
然而美国走向独立却是大势所趋。6月7日，弗吉尼亚代表理查德·亨利·李正式向大陆会议提出“殖民地联盟应该是、而且必须是自由和独立的国家”的决议。这一决议，受到了亚当斯和杰斐逊等人的积极赞同，而另一些代表仍坚持同英国妥协的主张。于是，在讨论中两派发生了激烈的争议，但最终使决议获得了多数人的赞同。
根据这一决议，6月11日，大陆会议进行选举，亚当斯以仅次于杰斐逊的票数当选为五人委员会的成员。这个委员会的任务便是起草一篇宣言，以证明独立的正义性。
虽然《独立宣言》由杰斐逊执笔起草，但亚当斯和富兰克林参与修改，因此也充分地反映了他的观点。根据杰斐逊的回忆，亚当斯是《独立宣言》最坚决的支持者，他“曾大无畏地为每一个词而进行战斗”。在宣言交大会讨论时，亚当斯发表了长篇演讲，为宣言进行辩护，使宣言得以顺利通过。而亚当斯也成为除了杰斐逊外惟一签署过《独立宣言》的总统。
在担任大陆会议代表的三年期间，亚当斯和其他激进派一起为维护会议正确的决策而努力，从而确保了大陆会议对北美独立战争的正确领导。
1778年，亚当斯到达巴黎，奉命接替塞拉斯·迪恩的驻法国使团成员的职务，使团成员还包括本杰明·富兰克林和阿瑟·李。但在他到达之前，和法国就签订商业和军事同盟条约问题的谈判已告结束。而这时，马萨诸塞州正要召开制宪会议，于是他匆匆赶回，并当选为马萨诸塞制宪会议的代表，起草了州宪法。
1780年，亚当斯被任命为特命全权大使，再次赴法，其目的是在富兰克林的领导下参加对英和平谈判。而在谈判中，他那容易激动和直言不讳的性格得罪了法国外交部，也引起了富兰克林的不满，不得不中途退出和谈，到荷兰进行美荷友好条约的签订工作。
担任驻荷公使的亚当斯，在那儿做了长期而艰苦的工作，终于在以后两年之内获得了荷兰对美国独立的外交承认，签订了关于发展贸易、金融和安全等一系列条约，并获得第一批巨额贷款。
1782年10月底，亚当斯又回到巴黎，帮助缔结与英国的和约。在谈判中他参与划定了美国和加拿大的边界线，并争取到美国在加拿大大西洋沿岸的捕鱼权，与其同伴一道促使英国于1783年9月在《巴黎和约》上签字。
《巴黎和约》被批准后，亚当斯就带着他的儿子约翰·昆西·亚当斯到了英国，继续从事外交活动。1785年，他被任命为首任美国驻英公使。在那儿，亚当斯全家受到英国政府的热情相待，但对他所代表的国家，人们却持冷漠和怀疑态度。在伦敦的三年，亚当斯为建立美英友好关系、争取贸易权利而努力，然而，双方的伤口仍过于新鲜，无法与前母国建立真正的友好关系。因工作没有取得进展，亚当斯要求被召回国，直到1788年2月，他的这个要求才得到满足。
虽然在对英的外交工作没获得多大成效，亚当斯却充分利用这段时间，在1787年制宪会议召开前后，写成了《捍卫联邦政府宪法》一书，为建立一个强有力的中央政府提供了理论依据。
回国后，亚当斯就辞去了驻英大使的职务，并返回故乡布伦特里。
1789年初，根据宪法美国进行了第一次总统大选。亚当斯获得了34张选举人票，当选为美国第一任副总统。
自4月30日宣誓就职起，作为华盛顿的副手，亚当斯一直工作了8年。但是，这种并无实权、仅以防止总统去世进行替补的虚职，对于生气勃勃、颇有能力的亚当斯来说，极不相称。“我的国家以其才智为我发明了人类的创造力能够创造，或者说人类的想象力能够想象的最无意义的职位。”约翰·亚当斯这样总结他作为首任美国副总统的职责。
的确，按照宪法，副总统只有在他主持的参议院中发挥影响。每当参议院讨论通过各种法案时，亚当斯总投出他的决定性的一票，以支持华盛顿的政策。在英法战争中，亚当斯及其参议院为美国争取中立，并在抗议英国对美国海上权利的干涉方面，起了积极作用。
副总统的任期，除了枯燥无味之外，还损害了亚当斯的声誉。他在主持早期参议院时，被礼仪、程式和先例之类的琐事缠住了。应该如何接待来到参议院的客人?参议员们在听取总统发言时应该坐着还是站着?应该如何称呼总统?亚当斯曾建议对总统应该称“殿下、合众国总统和合众国自由的保护人”。这一建议遭到众人的起哄而被当即否决。所有这一切，使这位副总统给人以君主主义者的形象，对许多人来说，以上这些对虚荣的关切带有与这个年轻的国家刚刚摆脱的英王室相同的气味。
在亚当斯担任副总统期间，联邦党与共和党的党派之争已日益明显。和为整个国家分成两个对立党派而忧心忡忡的华盛顿不同，亚当斯认为，国家的领导职务应主要根据才智和道德去选择，而不管他属于什么党派。当在某些政策问题上，亚当斯和批评联邦党的人站在一起时，引起了联邦党领导者汉密尔顿的不满。然而，亚当斯也不赞同共和党派杰斐逊完全信任人民群众的观点，而是如害怕君主暴政一样，也害怕群众暴乱。1794年，在批准《杰伊条约》时，联邦党和共和党的争论达到高潮，以亚当斯为首的稳健派主张避免卷入欧洲的战争纠纷，赢得了大多数人的赞同。
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抨击妥协倡言独立(3)
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但对亚当斯持批评态度的仍不乏其人，有的人指责他正在毛遂自荐接替华盛顿。亚当斯否认有任何这种野心。“我没有恺撒的想法”，他说，“罗马的第二把交椅对我来说已足够高了。”
就在种种是是非非中，迎来了1796年的总统大选。
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两党争锋竞选险胜
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到1796年，美国的政治舞台上弥漫着党派之争的硝烟。杰斐逊的共和党对法国的偏爱，汉密尔顿的联邦党对英国的偏爱，都一样坚定不移，不可动摇，两党在内外政策上激烈地争论着。
而这时的华盛顿，已经当够了总统，在第二届总统任期满前向新闻界发表了“告别辞”。
随着华盛顿的引退，两个政党迅速开始了行动。“华盛顿的告别辞成了一顶抛落的帽子，成了党派之争开始的信号。”坚定的联邦党拥护者费舍尔·埃姆斯如是评论说。其实，早在1792年二者就已具备了政党组织的雏形，对于这次总统竞选，尽管没有举行正式的提名大会，党的国会内外的领导人已举行了非正式会议，为即将来临的竞选确定候选人。
副总统约翰·亚当斯、华盛顿的“明确的继承人”，是联邦党人顺理成章的选择。为在南方争取选票，他们在候选人名单上加上了来自南卡罗来纳的托马斯·平克尼。共和党人当然以杰斐逊为总统候选人，并选择来自纽约的参议员阿伦·伯尔为他的竞选伙伴，以获得北方的选票。
美国历史上第一次真正的总统竞选是极为刻毒的。双方都用传单、小册子和在党报上发表文章互相斥骂、诽谤、诅咒、诋毁及攻讦，迫不及待地向对方脸上抹黑。
竞选中有许多论战的题目。联邦党人指责杰斐逊同情法国革命，无视它的断头台和恐怖政策，并谴责杰斐逊的异端宗教信仰。共和党人则絮絮不休地揭露亚当斯不忠于人民，偏爱奢华政府；联邦党人称杰斐逊为无神论者、无政府主义者、煽动家、懦夫、江湖骗子和法国狂，并说他的追随者是“穿着破衣烂衫、睡在污秽和虱虫堆中的凶手”。共和党人则称亚当斯为“信誓旦旦的君主的朋友”，阴谋使儿子们“成为这个国家的诸侯和贵族”。总之，亚当斯被描绘成渴望美国君主政体和不相信人民的暴君，而杰斐逊则被指控成一个蛊惑民心的煽动者，靠利用人民的恐惧感增加其政治资本。
这些说法都言过其实，可也指出了问题的实质所在。亚当斯不相信群众，赞成参议员的终身任期，以作为对民选众议院的一种牵制。他认为政府最好由公务员、政治家和官吏去管理，并发誓要增强华盛顿的强有力的中央政府。另一方面，杰斐逊则鼓吹权力从联邦政府分散到各州。他利用大众对不知不觉的保王主义渗透的担心，但他也确实有这种担心，不仅仅是利用这种担心以赢得选举。在外交上，亚当斯谴责法国大革命是暴徒统治；杰斐逊虽然对法国大革命过火的地方感到可怕，却赞扬这一推翻法国王室的成就。杰斐逊仍认为英国是美国的主要敌人，而亚当斯认为法国是更大的威胁。总的来说，在这次选举中，二人的实力相当。
但华盛顿总统明确表示，他推荐亚当斯作为自己的接班人。这种认可对亚当斯是至关重要的，因为许多人仍尊重华盛顿的意见。
竞选期间，亚当斯和杰斐逊保持着表面的友好，均未参与攻讦行动，不过，他们的追随者使攻击与反攻击的气氛遍布全国大地。但令人吃惊，当然也令人满意的是，这种交战最后平平和和地结束了。
61岁的亚当斯赢得了这场比赛，但只是小胜：他得71票，杰斐逊68票，平克尼59票，伯尔30票。这样亚当斯以微弱多数战胜杰斐逊当选为总统，杰斐逊为副总统。
一些失望的共和党人嘲笑亚当斯是位“三票总统”。不过，杰斐逊对居于亚当斯之下是相当满意的，他说：“他总是我的长辈嘛!”他还补充说：“第二职位是光荣而轻松的，而第一位子是光辉而痛苦的。”的确，没有多长时间，亚当斯就认识到了这一点。
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外交斡旋美法和解(1)
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1794年3月4日，约翰·亚当斯在费城宣誓就职。鉴于自己在选举中只取得微弱的多数，上任后的亚当斯在政治上奉行温和政策：一方面力图和杰斐逊为首的共产党保持一致，一方面又尽量安抚汉密尔顿派。尽管如此，亚当斯在内外政策上仍遇到了很大的困难，首先面临的迫在眉睫的问题是与法国战争的危险。
由于华盛顿总统的亲英外交政策，与法国的关系本就不好。当亚当斯就任总统时，法国的情况已发生了变化，新上台的督政府把1794年11月美国与英国缔结的《约翰·杰伊条约》看成是美英联合反对法国的证据，因为在英法战争中，美国一直保持中立，但却与英国缔结条约。法国政府责令新派去的美国驻法大使立即离法回国，并且放出大批海盗船拦截美国的商船队。1797年7月，美国国务院报告，已有300多艘商船被截去。
面对这种情况，以汉密尔顿为首的新英格兰联邦党人极力主张对法作战，而杰斐逊及其同僚却为法国的行为辩解，支持反英。这一切迫使亚当斯把注意力集中到对法关系上来。
亚当斯召集了议会特别会议。为了顾全大局，他主张应继续执行和平政策，让布里奇·格里、约翰·马歇尔和托马斯·平克尼组成一个使团，赶赴巴黎，与法国政府谈判，力争恢复美法两国的正常外交关系。同时，亚当斯又指出战争的威胁，必须做好战争的准备以防和谈的失败。亚当斯建立武装商船，发展海军，征募军队。1798年1月美国建立了海军部，在新任海军部长斯托德特和舰队司令约翰·巴里的统率之下，美国海军很快发展成为一支相当强的海上战斗力量。
1797年10月，美国派出的3人使团到达巴黎，试图解决两国的分歧，但法国外交部长塔莱朗拒绝接见他们，只派3名法国官员与他们接触。这3个人在塔莱朗的授意下告知美国使团，若想维持美法关系进行谈判，就必须答应给法国1000万美元的贷款，并为其外交部长索要25万美元的礼金。美国代表拒绝了这些带有污辱性的条件，并向亚当斯发函，详细汇报了他们与法国官员接触的情况。
对于这一外交勒索事件，亚当斯感到极其气愤，便立即着手备战。1798年7月，亚当斯废除了美国独立战争时期与法国缔结的《美法同盟条约》，接着国会恢复了海军陆战队。到同年底，美国海军已拥有14艘军舰和200艘其他船只。
但包括副总统杰斐逊在内的共和党人认为，亚当斯是在夸大这一事件以作为宣战的借口，他们要求阅读外交快信。亚当斯以总统特权为理由拒绝了，而这只是使共和党人进一步相信，整个事件是亚当斯捏造出来的。最后，汉密尔顿及其他联邦党人希望一劳永逸地使反对派闭口，在他们的敦促之下，亚当斯公开了有关文件，但用字母X、Y和Z代替了3名法国代表的真实姓名。自此，这件事在美国外交史上便被称为“XYZ事件”法国督政府对美国傲慢无礼的态度，引起了美国公众的强烈反响，使得整个国家都起来反对法国。不少人主张立即向法国宣战，特别是控制着联邦国会甚至总统内阁的汉密尔顿，更是利用“XYZ热潮”进行战争鼓动，他期望通过战争扩大自己的势力，达到打击对手杰斐逊的目的。
在两年内，美国的快速帆船和武装私掠船与法国船只打了一场“准战争”，美国将法国的海盗船驱逐出西印度群岛海域，1799年2月美国船队又捕获了法国最先进的快速战舰“起义者号”。
虽然战争的喧嚣声日益加剧，尽管亚当斯也极力支持反法热潮，但他毕竟不是一位整装待发的军人，从国家的利益出发，亚当斯并不愿对法公开宣战，而且，他也渐渐觉察到汉密尔顿的个人目的。所以亚当斯仍决定寻找和平解决的办法。
亚当斯决定和法国重开和谈。1799年2月，他任命威廉·默里为特使，准备赴法。这一决定大出汉密尔顿的意料，也引起了不少联邦党人的不满。亚当斯作了让步，把任命一个特使改为一个三人使节团赴巴黎与法国谈判。
此时法国的督政府已被推翻，当权的是执政府。为了集中力量对付英国，法国也不愿与美国开战，所以在代表团前往巴黎之前，塔莱朗已作了私下保证，他们将得到有礼貌的接待。
经过长时间复杂的外交斗争，双方观点趋于一致，并在1800年9月30日签署了和平协议。据此，法国承认美国在海上的中立权，并免除美国根据独立战争期间形成的联盟所承担的义务，美国则给法国贸易最惠国地位。
“XYZ事件”之后，国内反共和党情绪迅速蔓延，亚当斯乘机打击亲法的民主共和党势力，于1798年签署了“关于处置外侨与煽动叛乱”的四项法案。这是联邦党人利用战争恐惧打着将外国代理人赶出美国的旗号来压制政治反对派的全国立法。
（一）《入籍法》规定外侨归化美国，获得公民权的居住年限由5年延长到14年，使移民（大多数是杰斐逊的信徒）更难成为美国公民；（二）为了使国家摆脱更爱吵闹的亲共和党的移民，《处置外侨法》允许总统将任何被认为是危险的外国人驱逐出境；（三）针对法国移民的《敌国外侨法》，授权总统在战时可以围捕和监禁敌国侨民；（四）严厉打击言论和出版自由。《处置煽动叛乱法》规定凡以口头或书面反对总统、国会或政府的人，都应予以罚款或监禁。
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外交斡旋美法和解(2)
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这四个法案的主要矛头是针对部分共和党报纸编辑和新闻记者们对政府的抨击。根据这四项法案，民主共和党的18位著名新闻记者遭到非法逮捕和监禁，如本杰明·富兰克林之孙、《曙光报》编辑富兰克林·贝奇就是被控诽谤总统而遭逮捕。同时，也使一部分侨民、特别是法国和爱尔兰的侨民遭到迫害。美国人民要求民主权利的运动遭到镇压。
然而，联邦党人的暴行却使更多的美国人民团结在民主共和党的周围，对联邦党“处置外侨与煽动叛乱”法令进行强烈的抗议。就在这年年底，杰斐逊秘密起草了肯塔基决议案，詹姆斯·麦迪逊起草了弗吉尼亚决议案，强烈抨击了这些摧残民权的法案和联邦政府无视州权的行为。
1798年7月美国国会在通过四项法令的同时，又通过了住宅税法案，对土地和住宅重新评定税率，这一法案沉重打击了小住户的利益。法令公布的第二年，宾夕法尼亚州东部的农民在约翰·傅莱斯的率领下举行起义，反对重税，反对高压政策。亚当斯派联邦军队前往镇压。
这次农民起义虽然被镇压下去了，但是亚当斯及其联邦党在国内已是声誉扫地。
四项反动法案使共和党增加了号召力，而1800年签署的美法和平协议却使联邦党的内部发生了分裂。查理斯·平克尼是亚当斯的国务卿，詹姆斯·麦克亨利为其陆军部长，这两个人都俯首听命于汉密尔顿，而汉密尔顿不满意亚当斯与法国交好的决定。当亚当斯获悉他们与汉密尔顿密谋反对政府的政策后，便毅然要求他们无条件辞职，这一要求被拒绝后，亚当斯就解除了他们的职务。查理斯·平克尼成为美国历史上惟一直接被解除职务的国务卿。这使汉密尔顿和亚当斯矛盾加深，二人更加针锋相对。
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白宫初主落选离职
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美国建国初期先后在好几个不同的城市建过首都。当时有必要建立一个永久性的首都，但究竟建在哪里，意见不一致。北方人说首都应建在北方，南方人坚持要建在南方。最后由汉密尔顿和杰斐逊提出一个折中方案：北方同意将首都建在南方，条件是南方必须同意共同负担独立革命时期的联邦债务。1790年7月，国会授权在波托马克运河地区挑选一块不超过260平方公里的土地作为建都用地。次年1月，华盛顿总统确定在马里兰州和弗吉尼亚州之间的波托马克运河两岸建都，并修建总统府。
白宫是由爱尔兰出生的建筑师詹姆斯·霍本设计的，于1792年10月破土动工。1800年夏天，在亚当斯总统的任期剩下约半年的时候，联邦政府从费城开始迁入新都华盛顿。同年9月亚当斯总统夫妇搬进白宫，成为白宫的第一个主人。
经过8年的施工，新都还没有完全竣工。街道尚未铺好，政府各部的办公大楼还未完工。总统官邸四周没有树木，也没有围墙，更没有总统散步的花园。白宫内部也还没有布置就绪，墙壁还是湿的，每天都要烧7捆木柴，以便把墙烤干。
白宫的这般光景使亚当斯总统十分沮丧。而他的夫人艾比盖尔——第一位主管白宫的第一夫人，却显示出其讲求实际的性格，她在给家乡人的信中说：“这么大的接见室，没有家具，我们把它作为晾衣房倒很合适。”当时尚未完工的东厅的确成为总统家晾晒衣服的地方。她还
说尚未完工的大楼是“适于居住的”，设计“很漂亮”，但又抱怨尽管附近就有茂密的树林，却找不到愿意为第一家庭砍伐和运送柴火的人。其实，当时白宫里还是雇了许多临时工的。
每当白宫来客人时，艾比盖尔就以隆重的礼仪款待客人，以此体现她丈夫的信念：美国总统应当带有欧洲宫廷的某些尊严。但身体从来就不强健的亚当斯夫人住进白宫不久就病倒了，所以艾比盖尔不得不减少她作为第一夫人的活动。
就在亚当斯搬进白宫的几个月后，迎来了1800年的总统大选。亚当斯本想连任总统，但共和党的亲密团结，联邦党的严重分裂，加上亚当斯担任4年总统职务期间，在内政、外交等方面均无明显政绩，而且对人民实行高压政策，这一切决定了亚当斯在1800年大选中的失败。
这时，共和党人怀疑他对共和政体的承诺，痛恨其对法国的战争，并公开批评他1798年倡导的惩治外国人和叛乱条例旨在压制对他的政府的批评。而联邦党人同共和党人一样对他缺少好感，他们认为他是一个绥靖者。汉密尔顿对亚当斯达到憎恨的地步，他不仅反对亚当斯与法国和解的努力，还怨愤亚当斯拒绝遵从他这个联邦党头头的意识。他最终认定：亚当斯甚至比杰斐逊还坏。
但联邦党的领袖们还是抑制住强烈的个人感情再次选择亚当斯为总统候选人，南卡罗来纳的查尔斯·科茨沃思·平克尼为其竞选伙伴。共和党领导层则第二次指定托马斯·杰斐逊和阿伦·伯尔作他们的总统候选人。
亚历山大·汉密尔顿迅速采取行动，他周游新英格兰，把亚当斯说成是褊狭的、卑鄙的、自私的、反复无常的、古怪的、急躁的和嫉妒的人，说“他不具备管理政府的才干，其个人品质有巨大的本质的缺欠。他不胜任总统这一职务”。被非议的亚当斯气愤地称汉密尔顿为“阴谋家，世界上最大的阴谋家——不道德的人，一个孬种……”
竞选中，共和党人也对亚当斯极力中伤。他们称亚当斯为白痴、伪君子、罪犯和暴君，并说他在总统任期内，“邪恶狂热的风暴持续不断”。甚至制造出根本不可能的有关亚当斯的放荡的传说：亚当斯派平克尼将军乘护卫舰去英格兰，采办4个漂亮姑娘作为情人，两个给平克尼，两个给总统。听到这个故事，亚当斯暗自好笑，他说：“我以我的声誉声明，如果这是真的，平克尼将军不仅保留了他的那两个，还骗取了我的那两个。”
面对这种局面，艾比盖尔哀叹说：“辱骂和诽谤太多了，足以毁坏和污染世界上最好的人的心灵和道德。”亚当斯则把这次竞选称为“麻辣刺激的黑酱油”，它恰如其分地反映出美国第一次、某种程度上是最坏的一次咒骂性总统竞选的主要特征。
竞选的结果是共和党获胜。杰斐逊和伯尔均获73票而当选，亚当斯和平克尼分别获65票和64票而败北。
竞选的失败使亚当斯感到羞辱，离任前他向其对手发出最后的一击：根据1801年匆匆通过的《法院法》，在他任期的最后几小时内任命了一大批联邦党人担任法官和较低一级的法院职务。其目的是使未来的政府没有机会在法院留下印记，并确保联邦党人能对共和党的行政行为进行强有力的控制。这些被任命者中的许多人后来都被杰斐逊总统解了职。
沮丧愤懑的亚当斯，在新总统杰斐逊就职之日离开了仅住了几个月的白宫，一大早便出了城，避开了其竞选对手的就职仪式。自此，亚当斯卸任回家，开始了他的退休生活。
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生活跌宕高龄而逝(1)
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六十有五的亚当斯，在政府中干了20多年后，卸任回到他在马萨诸塞昆西的农场，在被称为“老房子”的自己住宅中度过了最后的25年。
回家后的亚当斯，一连几个月思索自己的失败经过，竭力想弄明白投票人为何转而反对他。
最后，他认定自己的行动都是正确的，是投票人不理解他，错就错在投票人方面。痛苦的心情使他愿意对任何能倾听的人解释他的失败原因。他曾给一位朋友写信，在列举了他的政绩后这样写道：“我虽然取得了这些成就，但还是被国民赶下台，丧失了名誉和地位。不过我对此还是感到高兴的，我并不感到丢脸，因为我没有觉得于心不安。”
他在家宅中定居下来。这是一个很大的乡村宅第，它的附带屋宇似乎伸向每一个方向，以满足一个有好多人的大家庭的需要。在亚当斯的大家庭里，聚居着他的儿孙侄甥和经济困难的亲戚。
他很快适应了平静的生活，每天在房前屋后辛勤劳作。他拂晓即起，穿上工作服，然后处理手头各种事务。繁重的户外劳动逐渐增进了他的健康。他的儿子约翰·昆西·亚当斯认为父亲应该写部自传，亚当斯起初未接受这个建议，但终于在1804年被儿子说服，开始执笔写自传。
亚当斯一度渴望重操律师旧业，但又觉得不可能而丢了这个念头。“我的最大遗憾是不能重当律师。做了律师，我就会暂时忘记自己曾经做过美国国会议员、外交部长或总统。可惜我不能说话。”最后一句话指他患前声带疾病，而且由于牙槽溢脓，他的大部分牙齿都掉了，他又拒绝带当时那种不舒服的假牙，所以说话口齿不清。
他开始把更多的时间花在读书上，他给一位朋友写信说：“我想学汉语和研究各种亚洲问题。”他既阅读新书，又重读经典著作。在白内障损害了他的视力后，他就让孙子孙女和其他亲属为他朗读书籍。
尽管他对政治书籍一概不读，却继续对政治怀有兴趣。他成为杰斐逊政府的反对派，认为这个政府肆意糟蹋民主政体，批评杰斐逊领导不力、政策不行。当人们议论国家可能要分裂的问题时，他忧心忡忡，并把国家的这些问题归咎于即将做满第二任总统的杰斐逊。
但在杰斐逊离开白宫后，亚当斯对这个曾经击败他的人，开始采取和善态度。1805年，亚当斯恢复了和本杰明·拉什的联系，拉什的反联邦党政治立场曾破坏了他们的关系。在拉什的调解下，亚当斯和杰斐逊通过信件往来忘却了彼此的分歧，重享他们在独立战争时期曾经有过的亲密友谊。从1811年到1826年，两人来往的信件超过了200封。同时，亚当斯还与独立战争时期的其他老友保持着大量的通信联系，在信中他几乎探讨了一切问题。
亚当斯的晚年时间除了花在农场、读书上，还花在组织一些活动上。他担任过美国艺术科学院院长、马萨诸塞州农业促进会成员和哈佛大学视察员委员会成员。参加这些组织之后，他就经常跑波士顿，在那里，他与政治观点相同的老朋友聚首
亚当斯生活节俭，尽管他从来没有富裕过，但也设法积累了一些钱。当一家伦敦公司破产时，亚当斯投下的1万元资本尽数搭了进去，他为此在经济上受到重大挫折。所幸的是，妻子艾比盖尔善于持家，把一个大家庭撑了下来。家庭农场倒是提供了一部分食物，但几乎没有什么进项，家的收入主要靠艾比盖尔数年来购买的债券。
亚当斯有过5个子女。二女儿苏珊娜幼年夭折，只活了一年多一点，亚当斯夫人曾为之长时间痛心不已。长女艾比盖尔·阿美利亚，乳名纳比，她所受的教育及其举止、神态和那个时代的一般美国妇女没有什么两样，但在性格上却受到在家里支配一切的双亲的巨大影响，特别是父亲的独裁作风使她养成了文静怯懦、百依百顺的性格。正是这种性格加上父母的阻止，使她与心爱的恋人罗亚尔·泰勒律师分道扬镳。而后来她所嫁的父亲的助手威廉·斯蒂芬·史密斯并不爱她，没有带给她幸福。
亚当斯另外的三个孩子是儿子。长子约翰·昆西·亚当斯，曾是哈佛大学最出色的学生，但优异成绩的取得是以牺牲个性的发展为代价的，父亲经常给他灌输出人头地的意识，且强加给他一套17世纪的清教教规，使他养成了卓越出众又未免孤芳自赏、过分严厉的性格。1825年，约翰·昆西成为美国史上第一位成为美国总统的总统之子。另外的两个儿子为查尔斯·亚当斯、托马斯·亚当斯，前者因酗酒过度于亚当斯下台前不久死去，后者即亚当斯的小儿子，则是个地道的普通人，曾是费城一名出色的律师。
岁月无情地流逝，死亡成了亚当斯常见的现象。一个尚在襁褓中的孙女在亚当斯诞生的屋中死去，他悲痛地呼喊着：“为什么我倒活了75岁，而那朵玫瑰花却在蓓蕾期夭折?”女儿纳比因患乳腺癌，回家养病，也死了。住在纳比隔壁的是查尔斯的遗孀萨莉·亚当斯，已经染肺结核。
纳比回到家才三个星期便死了，亚当斯写信给杰斐逊说：“这封信我是再也写不下去了，你的朋友——我惟一的女儿，昨天以49岁之年去世……她一直是我们大家中间最健康、最结实的人。”
1818年，在亚当斯夫妇庆祝结婚54周年后不久，艾比盖尔突然中风，既不能动弹，又不能说话。到11月10日，她终于在丈夫的守候下过世了。至于亚当斯自己，健康问题也日益令人担忧。头痛、心口灼热及虚弱的体质使他行动迟缓，连写字也得忍着巨大的痛苦，后来不得不口述信件。而且，他无法从失去艾比盖尔的悲痛中振作起来，常常深感沮丧。他给一位朋友写信说：“我的房子是一个悲区……在整个一生中，我从未像此时此刻那么茫然不知所措，那么痛苦而不能抑止。”
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生活跌宕高龄而逝(2)
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随着时间的推移，亚当斯终于相信祖国的命运是安全的。另外值得他骄傲的是，大儿子约翰·昆西被挑选为詹姆斯·门罗总统的国务卿。
1820年，在亚当斯85岁的高龄时，他被昆西市民召去做代表，出席起草新的州宪法大会。亚当斯原以为自己早已被人遗忘，因此对这项使命喜出望外，愉快地赴波士顿参加在州议院举行的制宪会议。不过他对这部州宪法的起草工作并没有做出贡献。
这次制宪活动敲响了亚当斯的丧钟，他发了高烧，不得不在床上躺了两个月。自此，他几乎再也没有康复，他把自己的健康比作一块旧表：“发条和齿轮已经完全磨损了，再也不能摆动了；时针、分针和秒针也全都无用了。”
1826年发生的一些事又给了他为生活而斗争的新理由。他的儿子约翰·昆西·亚当斯，经过激烈的斗争，当选为美国第六任总统。获悉此讯后，89岁的亚当斯激动得老泪纵横。
然而，亚当斯的生命之火毕竟在日益暗淡，他的身体在日益衰弱。1826年，在他沉疴不起之时，收到了出席在波士顿举行的建国50周年隆重庆典的邀请，但身体太虚弱了，亚当斯不敢冒险出门。在最后的几天，他一步也没有跨出楼上的卧室。
早在1818年，亚当斯就立下了遗嘱，他把位于昆西住宅周围的大约100英亩土地、图书以及其他私人财产留给儿子约翰·昆西，条件是他为这笔遗产支付12万美元给另一个活着的儿子博尔斯顿，并另外支付给博尔斯顿一笔相当于藏书价值一半的款子。他还留给昆西镇8英亩土地，供建造一座新教堂和新学校之用。他的遗产的剩余部分，价值约为42万美元，将在他的两个儿子、11个孙子和1个侄女之间均分。
1826年7月4日早晨，他陷入昏迷状态。午后不久，他醒了过来，但只来得及说出这么几个字：“托马斯·杰斐逊……”（最后一个词听不清楚，但被认为是“活着”。）稍后，他又苏醒了一会，但什么也说不出来，到黄昏时平静地死于心力衰竭和急性肺炎。他活了90岁零247天，是最长寿的美国总统。
美国历史上最不可思议的巧合之一是，杰斐逊也在这一天去世，比亚当斯早几个小时。这样，仅有的两个成为总统的《独立宣言》签署者同时死去——在通过这一伟大文件50周年的这一天。
亚当斯被安葬在昆西的公理会教堂的下面，他妻子的旁边。教堂内的白色大理石墓碑上所刻的长长的墓志铭是由他的儿子约翰·昆西·亚当斯所撰写的，其中写道：“这座房屋将是他的虔诚的见证；他出生的这座市镇将是他的宽容的见证；历史将是它的爱国主义的见证；子孙后代将是他的博大精深思想的见证。”
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*第三任托马斯·杰斐逊
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他身材有6英尺2英寸高，体型瘦削细长却挺直结实，外号“长腿汤姆”。杰斐逊微红的脸上长满雀斑但焕发着智慧、善良及活泼愉快的光辉。他的红棕色的头发光滑柔软，淡褐色的深陷的眼睛极富有表情。虽然貌不出众，但杰斐逊很欣赏弗吉尼亚绅士的潇洒风度，所以他的仪态迥非寻常的文雅，直率而真诚。然而他在异性面前有一个致命的弱点：腼腆。这是他在爱情战场上首战失利的主要原因。
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贵族家庭良好教育(1)
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杰斐逊
全名：托马斯·杰斐逊（ThomasJefferson）
绰号：长腿汤姆；蒙蒂塞洛圣人；人民之人；
生卒：1743413～182674
任期：180134～180934
出身：种植园主
学历：大学（威廉—玛丽学院，哲学、文学）
职业：律师、公务员
党派：民主共和党（创始人）
宗教：惟一神教派
职务：弗吉尼亚州州长、副总统
夫人：玛霞·威尔斯·斯克尔顿
子女：3子3女
著作：《独立宣言》，《弗吉尼亚记事》，《肯塔基决议案》，《英属美洲权利概述》，《科学论文》
名言：人们长期来被剥夺了自治的福祉。现在，就要完全看我们自己如何在安泰与和谐中享受这些福祉：用实例表明，人类具有充分的理性管理人类的事务，以及多数人的意志，每个社会的自然规律，乃是人类权利惟一的可靠监护者。
1743年4月13日，托马斯·杰斐逊出生在弗吉尼亚阿尔帕马尔县的一个种植园主家庭。他的祖先是来自英国威尔士的移民，托马斯·杰斐逊的祖父名叫小托马斯·杰斐逊，其幼子彼得·杰斐逊便是托马斯·杰斐逊的生身父亲。彼得·杰斐逊是个传奇式的人物，他身材高大，孔武有力，未受过正规教育，可学得一手好的测量土地的技术，曾和弗莱伊先生一道奉命绘制一张弗吉尼亚地图。由于经营种植园的成功，使他成为一个拥有5000英亩土地的烟草种植园园主。由于掌握测量土地及绘制地图的技术，由于有文化知识，也由于品格端正，彼得成为当地公认的领袖人物。他既是地方治安法官，又是县尉，最后在1775年被选进弗吉尼亚议会。在政治上，彼得是一位辉格派，相信某种民主观念和格言，并且表现在行动上。他在负责维持与印第安人交界地区的秩序时，不是靠武力或暴力手段，而是靠与印第安人友好相处，公平地对待印第安人，保持了社会的安宁。
如果说杰斐逊的父亲把自己的命运完全和新世界的前途连在一起的话，那么他的母亲则与旧世界封建势力有切不断的关系。他的母亲珍妮·兰道夫·杰斐逊是弗吉尼亚最古老而又有名望的兰道夫家族成员，原为苏格兰贵族，外祖父是弗吉尼亚的一个大种植园主，父亲则为英国贵族艾沙姆·伦道夫。由于母系家族的关系，小杰斐逊也被接纳为弗吉尼亚贵族社会的一员，结识了当地许多杰出的人物，但他最崇拜的是像他父亲这样靠自我奋斗而获得成功的人，对于母亲的高贵出身不但不感到自豪，反而有某种反感。他在任何场合都不谈他的母亲。
在杰斐逊两岁时，他母亲的堂兄威廉·兰道夫不幸去世。他是这个家庭最亲密的朋友，根据他的遗愿，杰斐逊一家搬到兰道夫一座叫塔克豪的庄园，替表舅代管田产和监管兰道夫家中4个孩子的教育，他们一直在塔克豪住了7年。这次搬家是出于彼得对朋友的深厚的情意，使得杰斐逊在这里度过了他的童年。
杰斐逊不仅有一个富有和地位优越的家庭，对他来说更幸运的是自幼就受到了良好的教育。
父亲颇重视子女的教育，在他5岁时就请一位家庭教师教他读书写字，并向儿子灌输严格要求自己及勤苦耐劳的精神，教导儿子有条不紊地读书、写字、记账和工作。后来杰斐逊到威廉斯堡求学时，在纨绔子弟成群、花天酒地、纸醉金迷的环境中，不但没有随波逐流，反而力求上进，坚持读书求知，不能不归功于父亲的教育。
1752年，彼得全家又搬回夏德威尔，但父亲把杰斐逊留在原地，安排他在吐卡霍附近的多佛教会学校里学拉丁文、希腊文以及法语。直到1757年父亲逝世，14岁的杰斐逊才重返夏德威尔。此后，他便进入了一所名叫詹姆斯·莫瑞尔的著名私人学校，在这里他系统接受了古典教育，学习了希腊和拉丁语、历史、文学、地理和自然科学。
1760年，17岁的杰斐逊进入了威廉斯堡的威廉—玛丽学院学习。他在这里继续学习哲学和文学，不仅认真钻研古代希腊、罗马的经典著作，而且广泛阅读了英法著名哲学家和文学家的作品。勤奋好学勇于探索的求知精神，使杰斐逊汲取了古代和18世纪许多伟大思想家的精华。对法学和政治哲学的潜心研究，又使他深受当时在欧洲风靡一时的“自然权利”学说思想的影响，这是杰斐逊民主思想的重要源泉之一。这所学院的威廉·斯莫尔博士曾经教他数学，并引导他学习博物学、心理学、道德哲学以及其他自然科学。杰斐逊是博士最宠爱的学生之一。斯莫尔博士向他传授了大量的科学知识，并且启发了他的自由思考的能力。在勤奋读书学习的同时，杰斐逊也从事体育锻炼和娱乐活动，每天坚持走路和跑步，还喜欢骑马、跳舞和唱歌，有时也和少女们调情。一个时候，他也讲究穿戴，在社交场合他会穿上带花的背心及丝袜，手持镶有花边的帽子，但有一天他忽然感到这样做不对，后悔自己染上奢靡的习气。在放荡享乐成风的威廉斯堡社会中，在富家子弟沉溺于斗鸡、赌博、酗酒、赛马及求爱的生活环境中，杰斐逊潜心读书，把自己锻炼成一个意气风发，自强不息的青年。1762年，杰斐逊完成了学院规定的全部学业，以优异的成绩毕业。
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贵族家庭良好教育(2)
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毕业后，杰斐逊决定学习法律，于是便在斯莫尔博士的朋友乔治·威塞的指导下开始了对法律的学习。威塞是弗吉尼亚有学问的律师和法学教师，杰斐逊非常尊敬和爱戴这个老师，把他称为“我的第二个父亲”。
在阅读有关法律原理的书及理解大量案例判例的同时，杰斐逊研读了各式各样的其他著作，因为他认为法律并不是孤立的学问，它与所有的人文科学都有联系。他的自学范围很广，涉及历史、政治、伦理、文学以及科学等方面。他还学习了法语、意大利语。对诸如预防注射之类的新科学理论也有强烈的兴趣。有一次，杰斐逊曾给自己注射抗天花的防疫针。博览群书与广泛的兴趣使杰斐逊成为当时北美最有学问的青年，为后来他成为革命的思想上的领袖打下了雄厚的文化知识基础。
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土地维生律师为业
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杰斐逊法律学得很出色，1767年，经过5年学习之后，他获准在弗吉尼亚从事律师职业。
杰斐逊开办了一个律师事务所，直到1774年为止，一直经办律师业务，而且获得了相当的成功。在7年的律师开业期间，杰斐逊参与处理了将近1000宗案件，他的主顾中有弗吉尼亚的主要世家大族中的主要成员。在案件的辩护中他以博学多闻而名噪当时。最值得称道的是1770年他为一个黑白混血儿塞缪尔·霍维尔的自由作辩护，当他在辩护中使用“自然法则”、“人身自由”、“一切人生来平等”等字眼时，整个法庭为之愕然，认为这些都是危险学说，于是此辩护以杰斐逊失败而告终。杰斐逊出于一种责任感，没有向这位奴隶收辩护费。
杰斐逊在从事律师职业的同时，花费大量的时间来管理他的农场。他从父亲那里继承了相当大的一块地产，他的职业收入仅作为维持生活的补充，其主要经济来源是依靠土地。也像对其他所有学业一样，杰斐逊认真细微地观察植物的生长，并在一本专用的园艺手册中，对诸如温度、气候等许多事情做了记录。
杰斐逊从事律师职业一年后，开始在夏特威尔附近的山顶上建造一座宅院，这就是他终生居住、至今仍然保存完好的蒙蒂塞洛庄园。杰斐逊阅读了许多有关建筑的书籍，并且自己绘制建筑蓝图，按照古典的风格设计了这所住宅，它的精美设计使他完全无愧于“杰出的建筑师”的荣誉。1770年2月，杰斐逊在夏德威尔的家发生了火灾，整个房舍烧成灰烬，于是全家便搬进了蒙蒂塞洛的新居。
勤奋攻读与追求感情上的满足，在一个青年身上并不矛盾，杰斐逊亦是如此。他在追求爱情方面，有时与读书同样用心。他身材有6英尺2英寸高，体型瘦削细长却挺直结实，外号“长腿汤姆”。杰斐逊微红的脸上长满雀斑但焕发着智慧、善良及活泼愉快的光辉。他的红棕色的头发光滑柔软，淡褐色的深陷的眼睛极富有表情。虽然貌不出众，但杰斐逊很欣赏弗吉尼亚绅士的潇洒风度，所以他的仪态迥非寻常的文雅，直率而真诚。然而他在异性面前有一个致命的弱点：腼腆。这是他在爱情战场上首战失利的主要原因。
1762年，杰斐逊初次尝到恋爱的滋味。丽贝卡是弗吉尼亚参事会主席路易斯·伯韦尔的女儿，颇有姿色，活泼顽皮，但缺少文化素养，没有生活理想。当时有一些青年男子如醉如痴地追求她，杰斐逊也倾慕于她，并且陷入情网中而无法自拔。这位小姐曾送他一张用黑纸剪成的侧面像，他把它放在表壳里随身携带，每天都要情不自禁地端详它许多次。但杰斐逊的痴情没有打动少女的芳心，她对他表现得很冷漠。1769年10月初，在一个舞厅里杰斐逊和她跳舞，他鼓起勇气向她大胆求爱，但是失败了。事后杰斐逊写信告诉好友约翰·佩奇说：当时他竭尽全力所能做到的一切，便是“说出几句支离破碎的话，说得语无伦次，断断续续，连不成句，这清楚地表明我的思想是异常的混乱”。此后丽贝卡就完全放弃了杰斐逊。
失恋之后的杰斐逊以“知足常乐”的心情克服由此而带来的苦恼，并以和男朋友的交往来弥补这种感情上的空虚，对不久之后丽贝卡的嫁人，杰斐逊的反应是有礼貌的冷静，但为此他生了一场病。
杰斐逊婚前在爱情上曾犯过一个错误，就是曾向好友约翰·沃克的妻子伊丽莎白·穆尔求过爱。当时杰斐逊25岁，是一个精力充沛的独身者，而沃克又外出开会，一连4个月都不在家，杰斐逊受委托照看他的妻子和幼女。在此期间，杰斐逊曾向穆尔求爱，但立即遭到拒绝，此事也就简单地过去了。但在将近40年后，当杰斐逊任总统并且成为政敌恣意诬蔑的对象时，沃克将此事揭露出来，并添枝加叶，说杰斐逊曾“重复他的怜爱行为”，又造谣说杰斐逊曾悄悄进入他妻子正在睡觉的房间。对这个“揭发”的公开发表，杰斐逊在给他的两个内阁成员的信中表示：“我向他们控告的一个罪状服罪，那就是：在年轻独身时，我曾向一位美丽的女士求爱。我承认那是不正当的行为。这是他们控告我的事项中惟一有根据的事实。”
这是杰斐逊生活道路上一次偶然的偏离，他与玛莎·韦尔斯的结婚及婚后的生活都证明了他是一个真正懂得爱的人。
玛莎·韦尔斯·斯克尔顿是一个年轻的寡妇，比杰斐逊小6岁。她出身于高贵家庭，父亲约翰·威尔斯是一位知名的律师。玛莎自幼受到良好的教育，有很好的教养，才貌都很出众。她身材偏高，体形苗条纤美。她的肤色光艳，有一双淡褐色的、富于表情的大眼睛和金棕色浓密的柔发。最初打动杰斐逊的心的是她对于音乐的爱好及在音乐方面的成就。每当他来到她家，他就奏小提琴以配合她的歌声，二人也时常一同歌唱。
杰斐逊羞怯地向她求爱，她没有明显地拒绝，也没有立即答应。因此，杰斐逊苦苦追求不舍，终于感动了玛莎，答应了他的要求。在认识玛莎一年多以后，杰斐逊向一位朋友坦率地表示：“在我每一个幸福的生活方案中，她都是占据突出地位的主要角色。假如没有她，它就不是我的生活方案了。”到1771年末，玛莎终于同意与杰斐逊结婚。婚礼于1772年1月1日在威廉斯堡举行。
这对年轻夫妇婚后的生活是幸福美满的，玛莎懂得如何当一个快活而可爱的妻子，丈夫当然也体贴她。在他们共同生活的10年中，家庭中充满生气，他们共生了6个孩子，其中有3个死于襁褓之中，一个死于幼年，只有两个长大成人。而且，在婚后一年多，玛莎父亲的去世，为女儿留下的遗产使杰斐逊财产倍增，他成了弗吉尼亚最大的土地所有者之一。
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投身抗英文采斐然(1)
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杰斐逊的故乡地处西部边疆，杰斐逊自小看到边疆移民在荒漠的原野上开拓文明的斗争情景，受到西部移民较深的民主影响，他始终认为，人们无论过去还是现在和将来都能自己管理自己。1765年，英国殖民当局颁布了掠夺北美殖民地人民的“印花税法”，激起了殖民地人民反英斗争的高涨，当时还在专心攻读法律的杰斐逊，也积极投入了反“印花税法”的斗争。作为一名律师，杰斐逊不仅把研究法律看做一种职业，而且还把它当成提高人民文化和推动社会改革的有力工具。在人民运动的压力下，英国政府于1766年3月取消了“印花税法”，但1767年英国议会又通过了所谓的《汤森法案》，又激起了北美人民的抗议运动。
1768年，杰斐逊担任了县治安法官，并作为阿尔帕马尔县的代表被选为弗吉尼亚议会议员。
杰斐逊政治生涯开始之际，正是殖民地反英斗争进一步深入高涨之时。为了抵制强制征税的《汤森法案》，在激进民主派塞末尔·亚当斯等人的鼓动下，马萨诸塞议会发出了一份“通告信”，呼吁各殖民地在反对《汤森法案》时采取一致行动。1769年，弗吉尼亚议会也作出了抵制这一法案的决议，并且宣称：有权力向殖民地征税的是殖民地议会，而不是英国议会。
殖民总督波特托要强行解散这个议会，而议员们却把自己的会址移到雷利酒店的阿波罗大厅继续开会，形成了所谓“被解散了的议会”，有4个人成为核心人物——乔治·华盛顿、托马斯·杰斐逊、帕特里克·亨利和理查德·亨利·李。这4个人举行秘密会议，决定向“被解散了的议会”提出“不进口协议”，获得通过。26岁的青年议员杰斐逊和他的同事们在协议上签了名。根据这一“协议”的规定，在《汤森法案》废除前，所有签名者不得购买一件英国进口商品。由于各殖民地的一致反抗，英国议会不得不被迫取消了这一令人反感的征税法案。
《汤森法案》虽然被废除，茶税依然保留，这就使英国议会依然保留了对殖民地人民征税的权利，北美殖民地和英国宗主国的矛盾也必然日益尖锐。在这场疾风暴雨的搏斗中，杰斐逊始终站在反英斗争的第一线。每当议会需要起草决议和文件时，杰斐逊出众的文学天才得以显露，使他在议会中崭露头角。
1773年春，一艘英国军舰“加斯比号”在普罗维登斯附近起火燃烧，英国政府命令建立一个特别法庭进行调查，并扬言要把“肇事者”送往英国审判。英国政府的倒行逆施引起殖民地人民的强烈反对，弗吉尼亚议会也对此提出抗议。杰斐逊认为对这个重大问题应予以严密注视，他们在威廉斯堡举行了秘密集会，参加会议的除杰斐逊外，还有帕特里克·亨利、理查德·亨利·李，以及杰斐逊的内弟及好友达伯尼·卡尔等许多激进派。杰斐逊认为：“最急迫的措施是使所有其他的殖民地都认识到，对付英国的各项权利要求是我们大家的共同事业，需要统一行动。”他们通过了在弗吉尼亚建立“通讯委员会”的决议，目的在于加强殖民地之间的密切联系，交换政见，以便在反英运动中取得一致行动。此外，还通过了谴责英国在殖民地非法建立调查法庭的一系列决议。“通讯委员会”的建立和这些决议的通过，促进了反英群众运动的新高潮。
为了报复“波士顿倾茶事件”，英国议会在1774年先后通过了“五项不可容忍法令”，采取了一系列高压性措施，其中第一项便是封锁波士顿港口的法令。这一法令使整个殖民地被激怒。
杰斐逊便是推动这场革命由波士顿扩展到整个北美大地的人们中间的一个。杰斐逊向弗吉尼亚议会提议，把法令生效的那一天即6月1日，宣布为“绝食日、耻辱日和祈祷日”。这个提议被议会通过了，因为他们知道，只有采取宗教的形式，才能把人们都团结起来。由于这一决议，弗吉尼亚议会再次被总督邓莫尔所解散。但是，弗吉尼亚人并未屈服，他们立即重新选出了自己的议会代表，杰斐逊再次当选，继续领导反英斗争。祈祷绝食的活动也按期举行了。
1774年杰斐逊在任弗吉尼亚议员期间所做的一件大事，是出版了《英属美洲权利概述》一书。这是一本强有力的小册子，以优美的文字和通俗易懂的语言，否定了英国宗主国对北美殖民地的任何权威。他认为殖民地的人民是自由的人民，根据自然法，而不是根据君主的赐予，他们应得到自己的权利。杰斐逊抨击了英国国会所通过的扼杀殖民地自由的各种限制法案；也谴责了英国国王，因为他拒绝承认殖民地议会所通过的各种法律，却允许他的总督任意解散殖民地的议会；他认为宗主国对殖民地不应有任何约束，更无权向殖民地派遣军队。
杰斐逊是冒着7月的酷暑写出这篇文章的，写完后便携此到威廉斯堡开会，半路上因突然感染痢疾而返回蒙蒂塞洛。他便把文章抄成两份派人送到威廉斯堡，一份送给佩顿·伦道夫，另一份送给帕特里克·亨利。佩顿·伦道夫在会上宣读了这篇文章，一部分议员非常赞赏杰斐逊的著作，但由于“温顺的感情占上风”，《英属美洲权利概述》并未被议会所通过，代替它的是向英国国会提出的语气温和的抗议书。尽管如此，杰斐逊的这本小册子在费城和英国得到公开发表，并一版再版，产生了巨大的影响，使得杰斐逊名声大噪，引起了整个北美殖民地爱国者的注意。关于这篇文章，杰斐逊后来写道：“如果它有任何优点的话，那便是第一次坚持了我们真正的立场。”
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投身抗英文采斐然(2)
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1775年3月20日，弗吉尼亚第二届代表会议在里士满举行。会上激进的民主派帕特里克·亨利发表了著名的“不自由，毋宁死”的演讲，提出了武力抗英的建议。杰斐逊在会上作了他的第一次公开演说，以其精密、深刻和热烈的发言支持亨利。也就在这次会议上，杰斐逊被补选为第二届大陆会议的代表。
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起草宣言名传千古
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1775年4月19日，列克星顿的枪声打响，揭开了北美独立战争的序幕。在人民革命斗争形势的推动下，第二届大陆会议在费城召开。年轻的杰斐逊和乔治·华盛顿、本杰明·富兰克林等许多著名人物参加了会议。在这届大陆会议上激进派和保守派展开了激烈的斗争。杰斐逊被推举起草一个坚持战争理由的宣言，稿子提交委员会之后，宾夕法尼亚的代表约翰·迪金森认为文章口气过于强硬，于是又由他重新起草。迪金森只保留了杰斐逊原稿中的最后几个段落，而更为强劲有力的话却被删去了。会议通过了这份最后算作二人合写的《关于拿起武器的原因和必要的公告》。公告中写道：我们的事业是正义的，我们的联合是完美的。我们的内部资源十分充足，而且如有必要，无疑还可得到外援。……我们将使用敌人迫使我们拿起的武器……来捍卫我们的自由。万众一心，决意死为自由人，不愿活着当奴隶。
根据这个公告，大陆会议组建大陆军，并委派乔治·华盛顿为大陆军总司令，这一切大大鼓舞了正在波士顿近郊浴血战斗的爱国民兵，并取得了般克山战斗的重大胜利。
面对蓬勃发展的美洲革命运动，英国国王乔治三世持强硬态度，主张“必须用战斗来对付那些处于叛乱状态的殖民地”。英国首相诺思勋爵于1775年2月27日向议会提出一项《诺思和解决议》，表示英王可以不再向殖民地征税，但先决条件是殖民地政府在征集经费的同时，必须附带征集由英国决定的适当数额的防务费用。英王企图以此来缓和殖民地人民的不满，“使大陆会议永远结束”。这时杰斐逊揭穿了决议的所谓“和解”的实质，他代表殖民地人民对《诺思和解决议》作出了答复。这就是《答诺思勋爵书》，其中的基本论点后来写进了《独立宣言》。1776年1月，托马斯·潘恩的《常识》出版，潘恩公开号召殖民地人民拿起武器为独立而战，这本小册子激励了那些犹豫不决的人们，使“独立”成为殖民地人民的一致呼声。而当时杰斐逊调查的地方舆情表明：弗吉尼亚北部诸县的居民9／10赞成独立。
1776年5月，大陆会议通过了约翰·亚当斯的提议：号召一切殖民地都建立自己的政府。6月7日，弗吉尼亚的代表理查德·亨利·李在大陆会议上发言，提议“这些‘联合殖民地’成为、而且名正言顺地应当成为自由独立的国家”。经过激烈的辩论，7月2日大陆会议通过了这一建议。同时，会议选举出独立宣言起草委员会的5名委员：杰斐逊、约翰·亚当斯、本杰明·富兰克林、罗杰·谢尔曼及罗伯特·利文斯顿，这个委员会负责起草一份正式宣言，“列举迫使我们作出这一重大决定的各种原因”。托马斯·杰斐逊被委员会决定为《独立宣言》的起草人。
在6月11日到6月28日大约半个月的时间内，杰斐逊完全埋头于起草和修改宣言的工作，他从来没有如此仔细地推敲词句及命意，真正做到了字斟句酌的地步。而特别要说的是，杰斐逊是在内心极度苦楚的情况下写出这部伟大作品的。当时，他的母亲刚刚去世，不久前又死了一个孩子，爱妻玛霞正在生病。《独立宣言》的草稿于6月28日送交大陆会议，经过7月2日至4日的激烈辩论，最后于1776年7月4日获得会议正式通过，决议的全称为《美利坚合众国十三州共同宣言》。7月4日成为美国的实际独立日。
《独立宣言》旨在为美国的独立进行辩护。它包括三大部分：
（一）大前提：在人类中间成立政府的目的，就是保障人民的不可割让的自然权利，如果政府侵犯人民的这些权利，这个政府就应该为人民所推翻。
（二）小前提：英国国王这些年来一直侵犯北美人民的权利，并且怀有把暴政强加于北美人民身上的意图。
（三）结论：因此，北美人民推翻英国在北美的殖民统治而实现独立，是理所当然的。
而在《宣言》的第一部分，杰斐逊对作为大前提的人类自然权力学说作了如下的解释：
我们认为这些真理是不言而喻的：人人生而平等，他们从他们的“造物主”那里被赋予了某种不可转让的权利，其中包括生命权、自由权和追求幸福的权利。为了保障这些权利，所以才在人们中间成立政府，而政府的正当权利，则得自被统治者的同意。如果任何一种形式的政府变成了损害这些目的的政府，人民有权利来改变它或废除它；而成立新的政府，要奠基于这样的原则上，以这样的形式组成它的权力，以期它能保障人民的安全和幸福。
这段文字一直被认为是美洲和全人类自由的宪章。《独立宣言》则是美国资产阶级主张民族独立和民主自由的第一个重要文件，马克思把它称为“第一个人权宣言”。它给了杰斐逊不朽的名声，几天之内，这个包含杰斐逊思想精华的《宣言》就传遍整个殖民地，广大人民以极其喜悦的心情阅读、传播并接受了它，使之成为他们用鲜血和生命去争取独立而斗争的旗帜。
《独立宣言》正式向全世界宣告美国脱离英国而独立，这标志着北美独立战争进入一个崭新的阶段。
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从事州务出使法国(1)
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在杰斐逊专心致志起草《独立宣言》时，弗吉尼亚召开了立法会议，以起草适应新的共和制政府的法律。年方33岁的杰斐逊懂得《独立宣言》是一项历史性文件，同时也懂得更重要的是必须尽力使它付诸实施。于是，在1776年10月《独立宣言》发表后的三个月，杰斐逊退出大陆会议回到弗吉尼亚立法机关，协助起草该州的宪法，力求使其故乡的宪法符合他为全国所宣布的崇高理想。为此，他谢绝了大陆会议派他担任驻法大使的使命。
在独立战争期间，美国在内政方面各州各自为政，杰斐逊要实现他实行民主改革的理想，只能在州的范围内。杰斐逊在弗吉尼亚的立法活动前后近三年——从他在1776年10月当议员时起，到1779年6月初当州长时止，倾其心血，制定了弗吉尼亚宪法。
1776年10月26日，弗吉尼亚议会通过了“全面修订法律的法案”，并且选举了以杰斐逊为主席的修订委员会，经过辩论还通过杰斐逊提出的在保存旧法典的基础上进行局部修改、局部革新的修订原则。
在修改法律的过程中，虽然大部分法案、法规保留下来，但杰斐逊却利用这个机会推行了一系列民主改革，大刀阔斧地修改了某些法律，也提出了一些全新的法案。1779年6月8日在议会上宣读了修订委员会关于修订法律经过的报告，宣告法律修改工作完成。
这部包含着“权利法案”的宪法，在一定程度上体现了杰斐逊的人权思想。其中的一个重要成就就是使弗吉尼亚议会通过了由杰斐逊起草的《废止限嗣继承法规》，这个法规废除了长子继承制，允许财产所有人生前把他的财产平分给自己的子女。这样大土地所有者拥有的土地经过几个继承人的均分，就会逐步分散。杰斐逊对弗吉尼亚的另一重要贡献就是起草了《弗吉尼亚宗教自由法规》，废除了以英国国教作为州教的制度，从而使人民拥有自由信仰宗教的权利。此外，他还建立了包括小学、中学、图书馆和大学在内的州办教育制度，其中包括实施免费初级教育的规定。同时，杰斐逊还致力于修改州刑法，修改后的新刑法规定，除谋杀罪和叛国罪外，废除死刑。他虽然成功地使国会通过了禁止输入奴隶的法案，但他想要最后废除奴隶制的努力没有取得成功。总之，在杰斐逊的努力下，弗吉尼亚在几年间先后废除了代役租、长子继承制和限定继承权，实现政教分离，并废止奴隶贸易。
在弗吉尼亚的几年，杰斐逊还花费了相当多的时间从事蒙蒂塞洛庄园的建设。他亲自从事庄园的建筑设计，发展庄园的土地，进行橄榄树、橘子树的栽培试验。杰斐逊不仅是一位建筑学家和农学家，还是一位科学发明家。杰斐逊发明了四旋食品架、转椅和一种改良犁铧，学会了修理钟表、蒸汽机，购买了一些珍贵的图书和天文仪器，还经常观察天象。
在这三年中，杰斐逊也充分享受到了家庭的乐趣。在议会开会期间，妻子前来威廉斯堡和他共同生活，在议会休会期间他就把工作带到蒙蒂塞洛家中来做。1775年，玛霞生下一个男孩，但是尚未命名就在襁褓中夭折了。1778年8月1日，第三个女儿出生，取名玛丽亚，爱称是波莉，孩子们为家庭增添了许多乐趣。玛霞也有她自己固定的工作，她掌管全家的账目，并且操持全部家务，杰斐逊在家时也分担一部分家务劳动。每当忙碌了一天坐下来休息时，丈夫拉小提琴，妻子弹大键琴，全家人沉浸在音乐的王国中。
在1779年的5月初，杰斐逊向外界透露出他的退休之意，年方36岁的他萌生了离开公职、回到书斋去“享受哲学研究的乐趣”的念头。然而，这时的北美独立战争并未结束，国家正需要一批像杰斐逊这样有才能的人，华盛顿为杰斐逊隐退忙于私人生活深感遗憾。埃德蒙·彭德直接批评他说：“你太年轻了，不应该请求解脱公职而去享清福，而应该至少把退休推迟到你已经把改革的道理及立法的重要原则传授给新兴一代人的时候。”于是杰斐逊重新回到政界，在朋友们和追随者的怂恿下参加竞选州长，并且当选，于1779年接替了帕特里克·亨利，担任弗吉尼亚州长。
州长的工作千头万绪。他要颁布法律和执行法律，与大陆会议保持联系，处理印第安人问题，照管和交换战俘，管理公共事业如制炮工场、铅矿，管理贸易和收税，收取资金和支出资金，招募民兵和指挥民兵，管理海军事务，管理要塞及供应军队等等。为了否定过去殖民总督独断专权的倾向，弗吉尼亚宪法对政府行政机构的权力作了严格的限制，所以杰斐逊作为州长的权力受到很大的束缚，而他就是在维护民主与法制的前提下，开展他作为战时州长的艰巨工作的：用全州的力量去支持大陆军队的反英斗争。一年后，在杰斐逊第一任州长任职期满后，弗吉尼亚议会选举杰斐逊为第二任州长。
就在杰斐逊第二任州长的后半期，弗吉尼亚出现了危机——敌人大举入侵。杰斐逊执政时，战争几乎完全在南部进行，早在敌人入侵前的20余天，华盛顿就写信告诉杰斐逊说敌人有可能入侵，但杰斐逊未予以多大注意，也没有提出任何方案来阻止敌人的侵犯。当格林斯将军和盖茨将军向他要求紧急增援击退英军对卡罗来纳的进攻时，杰斐逊只同意派出少量兵力，而且在征求他们“自愿的”条件下才去增援。
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从事州务出使法国(2)
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敌军入侵弗吉尼亚共有两次，一次是叛徒本尼迪克特·阿诺德的入侵，另一次是康瓦利斯的入侵。第一次入侵时，里士满没有防御措施，杰斐逊下令把所有公家物资、武器和档案都转移到外地，同时，安排妻子和女儿去安全的地方，敌军已兵临城下时，杰斐逊才独自离开里士满。在敌军第二次入侵前，杰斐逊积极进行军事部署，从北方购买武器，并且征用男奴隶以劳动者的身份参加公务劳动。1781年5月，康瓦利斯派塔尔顿的龙骑兵捉拿弗吉尼亚议员及杰斐逊本人，事先得到消息的杰斐逊做了安排，避开了龙骑兵的追捕。
1781年6月，杰斐逊任期已满，尽管按照州宪法的规定，一个人可以接连担任三任州长，杰斐逊还是辞去了州长职务。由于杰斐逊执政时战争的失利，使他蒙受了不可避免的耻辱，州立法议会以多数票通过赞成对英军入侵期间杰斐逊的任职行为进行调查。尽管一个专门委员会经过认真调查之后，证明他完全无罪，但对杰斐逊的攻击却被政敌们所夸大。
这次受辱使他对政治生活感到厌倦，他决心归隐，从1781年至1783年，杰斐逊始终在蒙蒂塞洛度过，他在这里继续从事他的住宅建设和农业科学活动，并把收集多年的弗吉尼亚资料，编成了一本书，就是1785年在法国首次发表的《弗吉尼亚记事》。这成为当时最引人注目的一本自然科学书籍，在美国和欧洲都受到了很高的评价。杰斐逊在这本书中详细记述了家乡弗吉尼亚的地理、气候、资源、印第安人、宗教信仰、生活习俗、农业、经济、政治及其他许多情况。在“政治和政府”一章，杰斐逊保卫了自由和平等的观点，并且激烈地谴责了黑人奴隶制度，认为它是政治上的和道德上的巨大祸害。这本书的出版为杰斐逊获得文学家的名声奠定了基础。
1781年初冬，杰斐逊又当选为邦联国会议员，但他拒绝就职。其中一个重要的原因是爱妻玛霞身体不佳，使他不愿离开家乡。在妻子患病期间，丈夫几乎一刻也未离开病榻，他殷勤周到、温柔体贴地服侍病人。在玛霞垂危的4个月中，他一直不离开她的身旁。1782年9月6日中午，玛霞溘然长逝。杰斐逊悲痛至极，在以后的整整6个月，他都是在悲哀中孤独地生活着的，断绝了任何来往，一封信也未发出。他的女儿帕齐后来回忆道：“他一连3个星期未出屋门，我也一刻也没有离开他的身旁。他几乎日夜不停地走来走去，只是在筋疲力尽时才偶尔躺在他因长期衰弱而搬来的小床上……在最后他离开屋子，骑马出去，从那时起他不间断地骑马在山间到处走，走的都是不常走的路，常常穿过森林。在这些忧郁的浪迹中，我是他经常的陪伴者，是他许多次悲痛失声的目击者……”而且，以后的杰斐逊履行了对妻子许下的诺言，终身没有再娶。
爱妻之死，粉碎了杰斐逊长期隐居的美梦，使他终于重回政治舞台。1782年11月，杰斐逊接受了大陆会议派他担任驻欧洲特命全权公使的决定，并准备赴法国参加对英谈判。但到1783年4月，英美和约已经草拟，大陆会议决定不再派他前往。6月，杰斐逊作为弗吉尼亚代表，当选为联邦国会议员。
在1783～1784年任国会议员期间，杰斐逊为加强中央行政机构而做了许多工作，他认为：“除非联合的纽带使它们的共同会议（指国会）得到加强，否则无法保持我们的联邦。
”同时，杰斐逊在管理和整顿财政方面也做出了重要贡献，他向国会提出“关于为合众国建立一个单位及货币铸造的备忘录”，根据他的建议，后来国会采纳了货币十进位制，由此，杰斐逊被称为“美元之父”。另外，他还起草了《1784年土地法令》，这个法令虽然并未付诸实施，但在1787年通过的著名的《西北法令》，正是在这一法令的基础上制定的。
1784年5月国会派杰斐逊出使法国。7月5日，杰斐逊带着女儿帕齐登上了停泊在波士顿港内的一艘商船“西瑞斯号”，开始了他有生以来第一次横渡大西洋的旅行。初到法国时，他只是一般的外交官员，协助本杰明·富兰克林和约翰·亚当斯与法国及其他欧洲国家进行贸易谈判。1785年，富兰克林退职后，杰斐逊接替他担任了美国驻法大使。
杰斐逊认为，法国是美利坚合众国的天然盟友，英国则必然是美国的竞争者，这种观点决定了杰斐逊外交政策的倾向。作为驻法公使，杰斐逊的主要任务是加强美法商业关系。在贸易谈判中，杰斐逊使法国作了实质性的让步，而且在1788年还与法国签订了一个重要的领事条约，条约削弱了法国领事的权力，他们必须遵守美国的法律，只保留了他们的治外法权，这样，他们与美国驻法领事的权力就完全一样了。
在此期间，杰斐逊在两国的文化科学交流方面，收获很大，他极力搜集优良品种的植物、雕塑、建筑模型及有关自然科学的信息，送回本国。而且，他的《弗吉尼亚记事》一书在法国的出版，也使法国人更多地了解了美国。
旅法生活中，杰斐逊还经历了一次感情上的挑战，即与英国女画家玛丽亚·科斯威的邂逅。玛丽亚年轻貌美，秀外慧中，喜爱音乐，使43岁的杰斐逊再次坠入情网。1786年9月18日，杰斐逊与玛丽亚循着美丽的塞因河畔漫步，杰斐逊在跳过一道围墙时被绊了一脚，跌得很重，导致右腕脱臼，虽经治疗也未见效，后来只恢复到能握笔写字的程度。
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从事州务出使法国(3)
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在这段爱情生活持续了两个月的时候，玛丽亚突然随丈夫离开巴黎返回伦敦。杰斐逊在玛丽亚走后给她写了一封长信，信中诉说自己感情与理智的矛盾与交战。以玛丽亚离开巴黎为契机，杰斐逊拔慧剑斩情丝，结束了这段罗曼史。
在杰斐逊任职法国的后期，法国正酝酿着一场翻天覆地的革命，杰斐逊以非常小心谨慎的态度对待这场革命。革命开始以后，他一方面为法国大革命欢呼，但又希望它能和平地和有秩序地进行。他向大资产阶级自由派提出一些温和的劝告，让他们不要走得太快，而去冒失去他们既得利益的风险。杰斐逊对于法国广大人民迫切要求美国式的共和政体表示怀疑，而向他们推荐有限君主制。他向拉法叶建议，让国王给人民一个权利宪章，甚至还亲自起草了一个包含十点内容的权利宪章草案。尽管杰斐逊对法国革命的继续发展感到不可理解，但他始终认为，反对专制的革命精神将永远不会熄灭。
1787年，美国人在费城召开了一个制宪会议，废弃了“联邦条例”，另外制定了一部《联邦宪法》去代替它。这时的杰斐逊远在欧洲，未能直接参加制宪会议，但他却对联邦宪法的制定非常关注。当杰斐逊看见这部联邦宪法副本时，心中产生了反感。但后来，杰斐逊的态度发生了转变，纠正了自己过去那种极端的州权主义思想，开始支持这部联邦宪法。
同时杰斐逊也看到了这部宪法的缺点。在给卡林顿的信中，他写道：“我焦急地要求的修正案有两个：一是权利法案，这是一切人都希望享有的……二是恢复必要的轮换原则，特别是参议院和总统的轮换制，首先是总统轮换制。”然而杰斐逊远在国外，对于费城会议鞭长莫及。直至1789年春，在根据新宪法成立以华盛顿为首的新政府之后，詹姆斯·麦迪逊为了巩固新政府，争取那些反对宪法的人，才向第一届国会提出“权利法案”。由此，《权利法案》作为前十条修正案被补充到宪法之中。杰斐逊对于宪法容许总统无限期连任一事，一直耿耿于怀，后来他自己在做了两任总统后便归老林泉，以便使总统轮换制成为美国政治生活中的惯例。
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从国务卿到副总统(1)
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在巴黎寓居五年之后，1788年，杰斐逊向国会提出请假回国的申请。1789年8月，他接到外交机关关于批准他回国的通知。于是，1789年9月，杰斐逊和两个女儿及两名仆人返美。11月23日，杰斐逊全家平安抵达弗吉尼亚。刚抵达美国的杰斐逊就得知他被任命为华盛顿政府的国务卿，此时的杰斐逊虽渴望隐退，但还是接受了华盛顿的邀请，于1790年2月就职。
杰斐逊在国务卿任内，与当时的财政部长、联邦党领袖亚历山大·汉密尔顿发生了严重的政治分歧。
首先，杰斐逊对汉密尔顿仇恨人民的思想特别反感，汉密尔顿站在上层阶级的立场上，竟称人民为一只“大野兽”；而杰斐逊一向同情人民、相信人民，认为政府的目的在于保证每个公民的自由。
其次，在经济方面，汉密尔顿鼓吹建立一个国家银行，作为联系实业家和联邦政府之间利益的工具，以振兴商业和工业。而杰斐逊认为，建立国家银行会鼓励人们为了投机而丢掉农业，只能迎合商业和金融资产阶级的利益，而不符合农业集团的利益，它不仅把联邦政府的太多权力交给了商业势力集团，也会使联邦政府遭到腐败。杰斐逊坚持，宪法从未授给联邦政府建立国家银行的权力，所以不同意这样做，汉密尔顿却根据联邦宪法中一些含糊不清的条款，进行了随意解释，主张联邦政府有权建立国家银行。1791年华盛顿签署了建立国家银行的法案，第一合众国银行建立。
另外，在偿还战争时期债务的问题上，汉密尔顿主张，由联邦政府偿还各州在战争时期所借的债务，他认为这样做将会大大地扩展联邦政府的权力。杰斐逊则反对这样做，因为弗吉尼亚和南部大多数州都已偿还或大部分偿还了战争债务，而北部各州根本不想偿还。最后，以一个妥协的办法解决了这个争端。
这场斗争主要采取了新闻界的争论的形式。支持汉密尔顿的是《合众国新闻》，主笔为约翰·费诺，支持杰斐逊的是《国家新闻》，其主笔为菲利普·弗里诺。二人的斗争引起了华盛顿总统的忧虑，他竭力调停，希望二人和解，但是两个人的分歧是无法调和的。
在1792年大选中，华盛顿当选连任总统。在大选中，以汉密尔顿为首的联邦党和以杰斐逊为首的共和党正式形成。经过激烈斗争，联邦党候选人亚当斯当选为副总统，但在国会选举中，共和党在国会里赢得了多数。
这时法国大革命步步深入，最激进的雅各宾党人上台。美国政府就对待法国革命的态度展开讨论。汉密尔顿基于反对法国革命的立场，反对援助法国，而主张美国与英国联盟。杰斐逊基于同情法国革命的立场，希望美国能援助法国，反对英国。为了避免美国广大人民出于对法国革命的同情，公开支持法国的对外战争，汉密尔顿催促华盛顿总统发表一个公开的中立宣言。杰斐逊却认为让总统发表这样的宣言既不明智，也不符合宪法精神。最后，杰斐逊屈从于汉密尔顿的主张，同意采取中立政策，但也达到了他的目的，使美国承认了法国共和制政府，法国公民爱德蒙·查里斯·根内受派遣来到华盛顿，担任了法国驻美大使。尽管由于根内的轻率，使杰斐逊陷于窘迫的境地，但他巧妙地使法国政府召回根内，从而避免了美国同法国革命政府关系的破裂。
1790～1793年，三年多的政治斗争使杰斐逊感到厌倦，他向华盛顿总统提出辞呈。在华盛顿的一再挽留下，他留任到1793年底。1794年1月，他离开费城，回到了他的家乡蒙蒂塞洛。
杰斐逊归隐后，开始改造他的住宅，整顿他的种植场经济，并在退休后的两年内，使他的种植场的农产量达到州内第一流水平。这时的杰斐逊已年过半百，成为一个清瘦的、头发斑白的农业家了。他从家务的忙碌中找到了乐趣，相信自己已没有政治野心了，他拒绝参加任何政治活动，甚至拒绝读报。
1796年大选之前，华盛顿宣布不再继任第三届总统。这时约翰·亚当斯已决定作为联邦党人的代表参加总统竞选了。杰斐逊的朋友和信徒们都支持杰斐逊作共和党的总统候选人，1796年2月，詹姆斯·麦迪逊正式恳请杰斐逊接受总统候选人的提名，但杰斐逊本人并未为组织竞选做任何事情。1797年2月发表的选举结果是：亚当斯得票71张，杰斐逊得票68张，亚当斯当选为总统，杰斐逊当选为副总统。
1797年3月4日，杰斐逊步入参议院大厦，宣誓就任副总统，兼参议院议长。这时杰斐逊年已54岁了。
根据《联邦宪法》的规定，副总统除管理议会之外，其他的具体职责并不明确。杰斐逊根据自己的实践体验，写了一本《议会实施手册》，其中许多有关于议会的规则，一直在国会两院施行。此外，杰斐逊也写出了一些关于犁铧发明等方面的文章，并在1797年当选为主管哲学和自然科学的“美国哲学学会”会长。
由于亚当斯的内阁塞满了汉密尔顿分子，这个内阁对外主张与英国联盟以反对法国，对内仇视共和党人。1798年7月，联邦党人多数派以微弱的多数通过了《外国侨民法》和《镇压叛乱法》，这些镇压性的法律等于取消了保障人民自由和权利的宪法的前10条修正案。
身为副总统，杰斐逊在公众面前保持着无意过问政治的形象，但作为共和党的领袖，杰斐逊在幕后鼓动共和党人反对政府的政策。1798年，在乔治·尼古拉和詹姆斯·麦迪逊的帮助下，杰斐逊起草了《肯塔基决议案》，被肯塔基立法机关一致通过，同时弗吉尼亚议会也通过了麦迪逊起草的与之类似的《弗吉尼亚决议案》。这两个文件严厉谴责了联邦政府摧残人民民主权利，重申州权理论，并利用州的权力来反对他们所认为是违宪的法律。此后杰斐逊不断地鼓舞共和党人的斗志，就在联邦党政府压抑民主及共和党人积极活动、蓄积力量的时候，迎来了1800年的大选。
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从国务卿到副总统(2)
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1800年，民主共和党再次提名托马斯·杰斐逊和纽约的阿伦·伯尔为总统候选人，约翰·亚当斯和南卡罗来纳的查理斯·平克尼将军是联邦党的候选人。联邦党人为了保存富人及特权分子的统治地位，竞选一开始，就对共和党人发起攻击，他们攻击杰斐逊是一个异教徒，企图消灭宗教。然而美国当时的政治潮流已从贵族阶层的联邦派转向了倡导民主的共和党人。在这次竞选中杰斐逊虽然没有接触民众，但共和党人的每一行动都是他事先计划好的，杰斐逊的助手主要是麦迪逊和詹姆斯·门罗，再加上由杰斐逊发动起来的联邦各个地区的关键人物，形成了杰斐逊的智囊团，他们利用报纸等宣传工具，攻击亚当斯政府的挥霍浪费。杰斐逊主要通过书信和他们保持接触。
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连任总统扩充版图(1)
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1800年11月的选举结果：杰斐逊以73对65选举人票的多数，击败了亚当斯。但杰斐逊却和他的竞选伙伴阿伦·伯尔获得了同样多的选票。联邦党人想选上伯尔以击败杰斐逊。
根据联邦宪法的规定，在候选人获得票数相等的情况下，选举要放到众议院继续进行。在众议院的选举从1801年2月11日进行到2月17日，开始时16个州中的8个州拥护杰斐逊，6个州拥护伯尔。有两个州的票无效，因其代表团内部意见分歧。这样两人得票均未超过半数。当时风雪交加，全体众议员不得不冒着风雪去投票。有一个投票选举杰斐逊的议员还是用担架抬进国会去的。由于两派势均力敌，以致众议院接连举行了35次无记名投票，仍然打不开僵局。汉密尔顿虽然与杰斐逊对立，但他更憎恶伯尔。在竞选的关键时刻，汉密尔顿经过星夜紧急磋商，决定将佛蒙特州的一票从伯尔名下转到杰斐逊名下，接着马里兰州也仿效佛蒙特州，终于使杰斐逊当选为总统，伯尔退居为副总统。
1801年3月4日中午，在一群朋友的陪同下，杰斐逊从寓所步行到国会大厦，去参加总统就职典礼。就职典礼由首席法官约翰·马歇尔主持。杰斐逊宣誓之后发表了就职演说。在演说中，杰斐逊号召全国人民和解，并竭力打消很多保守派持有的认为民主会导致权力和政府垮台的想法。他说：“大多数人的意愿是能够获胜的，但少数人同样享有的平等权利也应受到法律的保护。”杰斐逊以中和去联合各个党派，力图把他的国民团结起来并赢得他们的支持。这篇就职演说，杰斐逊曾三易其稿，它作出了和解的姿态，却又通篇贯穿了共和主义精神。
接着杰斐逊组织自己的内阁，任命詹姆斯·麦迪逊为国务卿，艾伯特·加勒廷为财政部长，此外还有一些强有力的助手。杰斐逊对待下属视如同伴，他们对他已近似虔诚，形成了一个和谐融洽的内阁。
当时国际上正处于相对平静的时期，有利的世界形势，允许杰斐逊在国内实行减免捐税和各种经济政策。杰斐逊向国会发表咨文，宣布取消不得人心的直接税，受到了当时西部人们的广泛欢迎。杰斐逊和他的财政部长阿尔伯特·加拉廷全都认为国债是不可取的。上台后采取积极的措施削减军费，平衡收支，减少了国债，改变了汉密尔顿制定的利用国债建国的一整套办法，从而使国家财政状况有了很大改进。
约翰·亚当斯在总统任职的末期，任命了一些司法官员，加强了联邦党人在这一部门的权利，这样联邦党派法院在各方面阻挠杰斐逊政策的实施。杰斐逊首先宣布亚当斯任职末期的任命无效，接着罢免了联邦党人共105人的官职，并废除了根据亚当斯批准的1801年法案而设置的法院。但在著名的马伯里诉讼案中，最高法院首席法官马歇尔谴责了杰斐逊的做法，使这场为免去“党羽法官”的努力遭到了失败。
杰斐逊在总统任职期间最杰出的成就是从法国购得了路易斯安那。路易斯安那土地辽阔，北起加拿大边境南至墨西哥湾，东起密西西比河西至落基山，自1782年起一直在西班牙手中。1800年10月，拿破仑从西班牙手中夺取了路易斯安那及附近的佛罗里达。杰斐逊得到这一消息非常担忧。因为美国国土的3／8要通过新奥尔良打开市场，当密西西比河河口控制在西班牙这个弱国手中时，还不能对美国在密西西比河自由航行构成威胁，如果新奥尔良落入法国手中，就会把美国的贸易关闭在密西西比河之内。
为了防止英国对此事插手，在1802年路易斯安那交付法国的传言得到证实后，杰斐逊立即派詹姆斯·门罗去协助美国驻法大使罗伯特·李文斯敦与法磋商购买新奥尔良事宜。当时英法关系日趋紧张，战争已不可避免，拿破仑亟须筹款来进行这场战争。法国尽管自己已经无力保卫北美殖民地，但也不愿看到这一大片土地落入英国之手，因而宁愿把路易斯安那地区全部卖给美国。所以，在门罗到达巴黎的前一天，法国外长塔列朗已向李文斯敦提出了拿破仑不仅愿意出卖新奥尔良，也愿意出卖整个路易斯安那地区的建议。于是在4月30日双方签订协议，定价1500万美元。6月，这一协议草案送到了华盛顿。渴望得到这片土地的同时，杰斐逊又为这个协议草案是否符合宪法精神感到不安。按照杰斐逊的想法，协议草案应交由国会审定修改，并作为修正案增补在宪法之中，使这一购买具有充分的合法性。但这一审定过程太慢了，当听到驻法特写信说拿破仑已对这个交易感到后悔，如果拖延时间或许他会收回自己的许诺时，杰斐逊迅速改变了自己增补宪法的想法，要求参议院立即对协议草案进行审定，并批准了这一交易。1803年12月20日，美国国旗已飘扬在新奥尔良上空。
杰斐逊身为总统，却很少注意外表，他的穿着俭朴又随便，以至引起一场较大的误会。1803年12月英国新首相和他的妻子麦丽夫人访美，杰斐逊穿着俭朴的衣服和拖鞋接待了他们，而在参加白宫的一次正式宴会时，没有人陪伴他们入席，以至英国首相和他的夫人不得不与其他客人争座位。对这种接待方式，英国首相及夫人感到这是对他们本人和国家的一种侮辱，从而引起了一场外交战。杰斐逊解释说：“在社交圈子里，人人平等，不管是在职和不在职的，国内和国外的，男女宾客都享有同样的平等。”他认为穿着俭朴随便和不拘礼节是这个民主共和社会的习惯。在他执政期间，废除了许多繁文缛节，其中之一便是取消了宴会上的等级差别。
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连任总统扩充版图(2)
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到1804年再次总统选举来临时，美国国泰民安，杰斐逊的声望达到顶点，路易斯安那的购买及杰斐逊在白宫里平等主义的姿态为共和党的执政赢得了全国的赞同。
杰斐逊再次被民主共和党提名为总统候选人，曾任六任纽约市市长的乔治·克林顿代替了伯尔，成为副总统候选人。联邦党的总统和副总统候选人分别为查理·平克尼和鲁弗斯·金。
就在这时，61岁的杰斐逊受到一个沉重的打击：二女儿玛丽亚病死了。为了避免重复诸如在1800年使国家大伤脑筋的出于疏忽造成的僵局，通过了第十二号宪法修正案：应该分别进行投票选举总统和副总统。此制度自1804年第一次实行至今有效。选举结果是杰斐逊以162张选票对平克尼14张选票的绝对优势大获全胜，再度当选为美国总统，乔治·克林顿任副总统。
在第二任期间，杰斐逊在国内外两方面都遇到了比第一任更大的困难。由于欧洲战争的继续和英法冲突的白热化，作为中立国的美国处境也极为困难，交战双方都不断践踏中立国的权利。英国控制着海洋，成为美国更危险的敌人。英国海军时常到美国商船上抢走美国水手，强制征用他们为英国海军服役。尽管美国政府多次抗议，但英国拒不改变这一政策。
1807年6月22日，美国军舰“切萨皮克号”由于拒绝了英国“豹号”军舰的无理搜查而遭其炮击，从而激起了美国人民的抗议。杰斐逊知道美国无力与英国这个海上霸主作战，所以他只限于向伦敦提出抗议，要求英方道歉和赔偿。在这一抗议遭到冷遇时，杰斐逊决定使用经济压力的手段迫使英国停止对美国船只的骚扰。根据杰斐逊的请求，美国国会在12月22日通过了《禁运法案》，即立即禁止美国的全部进出口贸易，不准美国船只驶抵欧洲任何港口，只限于在国内沿海进行贸易。
但《禁运法案》执行的结果却给美国自身带来了严重的影响。《禁运法案》不仅受到新英格兰地区联邦党人的强烈反对，也遭到其他地区人民的广泛抵制，走私贸易在大西洋沿岸和北部美加边境到处泛滥。杰斐逊在自己离职的前几天，1809年3月不得不取消了《禁运法案》。
在1808年大选中，杰斐逊再次被提名为总统候选人，但杰斐逊已决定隐退。1809年3月4日，参加完詹姆斯·麦迪逊总统的宣誓就职典礼，杰斐逊就此卸任。
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蒙蒂塞洛隐士不隐(1)
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1809年3月11日，杰斐逊告别白宫，离开华盛顿，一路上风尘仆仆，于3月15日抵达蒙蒂塞洛。自此，66岁的杰斐逊开始了他的退隐生活，在他一生的最后17年中，他一直呆在蒙蒂塞洛。
杰斐逊终于可以享受田野生活的乐趣及家庭生活的温馨了。他说：“我摆脱权利枷锁后所能得到的轻松感，是任何一个从锁链中解脱出来的囚徒也体会不到的……”回来后，他的大女儿玛霞便同她的孩子都回到蒙蒂塞洛住，并且马上接管了那里的家务。而玛霞在1809年3月开始在蒙蒂塞洛持家时，她已有8个孩子。杰斐逊曾说过他要回到蒙蒂塞洛的宁静中去，可他周围却是6个13岁以下的孩子。但他很喜欢这种处境，1812年给约翰·亚当斯写信说：“我生活在孙儿们中间，其中有一个最近让我荣升，当了曾外祖父。”他生活在孙儿、曾孙中间，用他自己的话说简直“像个老祖宗”。他带着孩子们在花园散步，教他们玩游戏，还喜欢送给孩子们种种礼物。
这时杰斐逊还恢复了与约翰·亚当斯的亲密友谊。1790年的政见分歧、1800年的选举曾割断了两人的友情。在两人共同的朋友本杰明·拉什的调解下，彼此谅解了，并于1811年圣诞节开始通信。亚当斯在给杰斐逊的第一封短信的签名是“你的朋友和仆人约翰·亚当斯”。
杰斐逊的回信中则要求亚当斯“多多考虑和照顾自己”。自此，这两位美国前总统就一直有通信来往，回忆他们过去的经历，他们的政治观点，他们当政期间的情况和他们广泛的兴趣；同时他们也辩论政治理论和哲学，讨论他们过去和当时所读的书；也谈彼此的健康情况和日常生活。
