那時仲甫先生在杭州陸軍小學教史地，差不多每天都和沈尹默、劉三幾個人到他那裏去談天。他們在一起，時常做詩，互相觀摩，約莫有一二年。不過仲甫先生不論做詩吟月也好，酒醉飯飽也好，有事無事，仲甫先生他一個人，總要每天寫幾張《說文》上的篆字，始終如一，比我們哪一個人都有恒心些。[40]
陳獨秀不僅對書法有如此勤奮的練習，而且有深入的研究和獨到的見解。陳的外甥葛康素，是與他青年時期留學日本和安慶藏書樓時期的朋友、又是清朝書法篆刻家鄧石如的外孫，對書法有相當造詣，對陳的書法水準和見解卻有很高的評價。1939年秋，陳獨秀在四川江津養病時，葛康素曾與陳獨秀有一段時間的接觸。陳當時「偶為人書字，然多不經意之作」；而葛「終日習書，殆廢寢食」，因而專門向陳討教書法。陳寫「論字三則」給他：
陳獨秀書法二幅
一、作隸宜勤學古，始能免俗。
二、疏處可容走馬，密處不使通風；作書作畫，俱宜疏密相間。
三、初學書者，須使粗筆有骨而不臃腫，細筆有肉而不輕佻，然後筆筆有字而小成矣。筆劃拖長宜嚴戒，猶之長槍大戟，非大力者不能使用也。[41]
陳獨秀善書，可是，為甚麼在領導新文化運動、創建中國共產黨和組織中國托派時期，至今沒有發現他的詩字？有人同意李大釗的說法：「仲甫生平為詩，意境本高，今乃『大匠旁觀，縮手袖間』，窺其用意，蓋欲專心致志於革命實踐，遂不免蟻視雕蟲小技耳。」「仲甫聞此言，亦不置辯。」[42]這裏，說陳獨秀無情趣、無時間再作詩字，是可信的，而說其「蟻視雕蟲小技」，不大說得過去。陳獨秀「不置辯」，並不能說明他同意這個說法，恐有不屑一辯之意。一個以「白髮老書生」而終的人，決不會「蟻視」做詩寫字為「雕蟲小技」的。晚年他又寫了大量詩字作品，而且現在發現即使在1922–1937年共黨和托派期間，也有不少傑出的詩字作品。
辛亥舉義，執政安徽
1911年10月10日，辛亥革命一聲炮響，打破了陳獨秀在杭州教書、吟詩、寫字這種也許是一生中最恬靜的生活。在回應武昌起義的各省光復運動中，杭州很快行動起來，陳獨秀所在的陸軍小學是革命黨人的一個聯絡機關。據光復會會員周亞衛回憶：起義工作從宣傳鼓動開始，對杭州各機關學校等散發傳單。「地理歷史教員陳仲甫起草了一篇檄文，由我用一張大紙寫好，同排長商文蔚兩人深夜裏去貼在鼓樓的門旁」（褚輔成說貼在衙署）。第二天，檄文已被揭走，原位置上改貼了撫台衙門嚴厲鎮壓的告示。但是，「省垣官吏聞之悚然」。11月4日，新軍起義，浙江巡撫增韞等官吏逃竄，第二天就成立浙江軍政府。不過，那裏沒有陳獨秀的位置。顯然，他的位置在安徽。
12月2日，孫毓筠（即贊助岳王會的孫少侯）出任安徽軍政府都督，依靠軍政府參謀長兼青年軍總監韓衍統率的軍隊和南京臨時政府陸軍第一軍柏文蔚的軍隊打敗了清軍倪嗣沖部，裁撤各地軍政分府，實現了全省的統一。
孫毓筠本人納資捐官三品道台，由於岳王會時期與陳獨秀建立友誼，深受影響，傾向革命。1906年，他參加同盟會，曾捐私產十多萬金充革命軍經費。後被孫中山派回國，運動長江流域各地新軍起義，被叛徒出賣被捕入獄，判處終身監禁，南京光復前恢復自由。孫毓筠十分瞭解並仰慕陳獨秀的才智，急電召陳回皖共事。陳獨秀也欣賞孫出身豪門而不保守，當即回應，辭去杭州教職，來到安慶任安徽都督府顧問。八位顧問都是當時安徽社會名流，除了陳獨秀外，還有與陳終身為友的高語罕，有《存歿六首》詩中懷念的汪仲伊老人的兒子汪律本等人。
過去一般論著根據張嘯岑的回憶，都說陳是任都督府秘書長，實際上，根據當時的《安徽公報》（第4期）公告，秘書長另有其人，是涇縣人查秉鈞。陳獨秀等八人為顧問，在秘書長之上。不過，既然是顧問，都督府秘書科自然也在「顧問」之列，秘書科也歡迎並利用這些社會名流的影響力。所以，陳獨秀等這些顧問的名字又經常出現在秘書科對外的文件中。如1912年1月30日「皖都督府秘書科」電祈孫中山赦免釋放劉光漢的電文，署名十人中就有「陳仲」，[43]是14位「議董」之一。由於陳獨秀名氣之大，大大蓋過別人，因此，親朋好友的回憶錄，也往往把陳獨秀這個顧問當成是「秘書長」。
從現有資料看，在孫毓筠任內，陳獨秀主要幹了兩件大事：
第一件就是賑災。1911年12月，陳獨秀在上海與13位「議董」（安徽籍名流）組成「全皖工振籌辦處」，為安徽災民募集賑災款。[44]
第二件大事是大力推行舊官僚機構的改革。據都督府科長張嘯岑說：「陳仲甫當時提出改革的意見，大體可歸納三個方面：一，人民的生活要提高；二，舊官僚不能都敬克任用；三，對那些對革命事業有阻礙、違背革命利益的事，應大刀闊斧地將它除掉。」改革之難，遠遠超過推翻一個舊政權。陳獨秀的這次改革計劃註定是要失敗的。張嘯岑說：
陳想在行政上作一番改革，唯性情過於急躁，想一下子就把政治改好，常常為了改革而與人發生口角。每逢開會，會場上只聽他一人發言，還總是堅持己見，孫少侯也無可奈何，還不得不從。孫少侯認為，所謂革命，就是把滿清推翻，現在滿清政府推翻了，就萬事大吉。在都督府任用人的問題上，孫少侯重用的是舊日的官僚人員，對那些留學生反不甚信用。陳仲甫的看法則不同，他的目光看得遠些，認為把滿清政府推翻，事屬破壞，今後需要建設的事則更多，且更為重要。[45]
革命党方面，孫少侯這樣的人很多，佔了主導方面，連孫中山、章太炎也不例外，認為推翻滿清政府就是革命成功，誰來掌權無所謂。陳獨秀一個人主張改革，連革命黨都不支持，如何進行？眼看時局危急，陳不甘心失敗，到浦口密會岳王會老戰友——柏文蔚。柏是南京臨時政府第一軍軍長，是陳獨秀朋友中唯一掌握強大軍權的人。想到請其回皖主政，說明陳的思想成熟了一步——開始重視武裝力量。柏文蔚回憶說：
是時，陳獨秀亦由安慶來浦口密商，以袁世凱用威迫利誘的手段，革命黨內部已被分化。南方留守府既取消，各軍渙散，軍事重心，已不在南京，浦口無久居必要。且少侯在安徽處境確甚困難，要我即回安徽，還可以保存一部分力量。於是返皖計劃乃定。[46]
陳、柏對安徽及全國時局的認識一致，都認為孫中山讓出政權給袁世凱後，革命陷入了危機，他們想保持安徽的地盤。這種對當時形勢深謀遠慮的思想和行動，在當時是難能可貴的。柏文蔚回安徽就任都督，陳獨秀也真的當上了都督府秘書長。從擁柏回皖至選陳為秘書長，柏與陳可謂力任時艱。對此，柏文蔚又回憶說：
本黨一部分同志主張積極擴充軍備，以防袁氏，如陳獨秀、管昆南一部分人主張納入袁氏，以鞏固地位，代表如孫少侯（後來孫果真去北京投靠了袁世凱——引者）此時余之秘書長為陳獨秀，機要秘書王樹笙，參謀長為徐子俊，高級參謀徐介卿。所有機要皆由四人與余密商解決。當時的方針：決定以中山先生的意志為轉移，由獨秀負責，與上海陳英士隨時接洽掌握，決不能違背我們革命的宗旨，無論何種建議主張，皆不為所動。[47]
柏文蔚在陳獨秀等四位助手輔佐下，在安徽苦撐了一年多，進行了多方面的整頓和建設，取得了相當的成績。概括起來，以下幾方面較為突出：
（一）整頓擴充軍備。
（二）充實整頓都督府及所轄各行政機構，儘量安排革命黨人。
（三）整頓財政金融，實行開源節流，緩解財政困難。
（四）發展教育事業。
（五）嚴厲禁煙。從英輪上查獲走私鴉片，柏文蔚下令焚燒。「英商」調軍艦威脅，索取賠償，被嚴辭拒絕，被列為一大政績。
（六）破除迷信，將各處廟產逐漸收歸公有，限制迷信活動。
（七）禁止婦女裹足，扶持天足會組織，幼女一律不准纏足。
（八）開辦實業，發展交通。繼續建築蕪屯、蕪廣、安正公路，蚌埠開埠，省政浚塢，修固堤墟等。
所有這些，無論是軍事、政治、經濟、民俗，在《安徽俗話報》上和孫毓筠督皖時期，陳獨秀都大力提倡並望實行過，現在終於得到可以實施的機會，陳獨秀當然躊躇滿志，可以說，這是他一生中施展抱負，改造社會最得意的時期。雖然只是在一省範圍，並且只有一年時間，與期望目標還很遙遠，但畢竟是人生難得的機遇。柏雖是都督，但因是武將，重在軍事，全局的綜合治理主要靠陳獨秀等人。尤其柏對陳十分信任，達到了言聽計從的程度。他在《五十年大事記》[48]手稿本中說：
最可異者，中山先生但聽落伍者之讒言，頗不信余。余惟抱定宗旨，切實作去，一面求吾皖內之完整，一面又防袁氏之叛國。如此機要，只有陳獨秀、徐子俊、徐介卿相與計議，其他即多年之患難同志，亦不敢微露真意，蓋因權利衝突，恐其洩露告密也。
柏文蔚(1876～1947)，字烈武，近代資產階級革命者
《民立報》上則說，柏文蔚所以如此倚重陳獨秀，是因為陳「學識優長，宗旨純一」，意為德才兼備，可信可用之才。所以，1913年4月13日，柏赴南京省親時，甚至把安徽民政長（相當於省長）事宜委託給了陳獨秀。陳一度為一省之首。為澄清吏治，縮減編制，皖省決定這年4月1日起，軍民分治，對都督府與行政公署進行改組。[49]看來，陳獨秀又在為他參與執政以後的改革大業嘔心瀝血了，並有「日理萬機」之感。不過，這次似乎比在孫毓筠任內遇到的內部阻力較小，因此他的心境也較好，在緊張的工作中，不乏浪漫與灑脫。如當時在安徽高等學堂教課的蘇曼殊致鄧慶初的信中談到，他常去陳獨秀處，惟仲兄忙極，又好講笑話。當時由應溥泉安排與陳獨秀家住在一起的周越然也回憶說：
我在安慶最初的一個月中，因為我寄宿在他的屋子裏，幾乎每日必見一次或兩次。他與他的夫人（次妻）及他的新生男孩居樓上，我居樓下客房中。我到安慶的次晨，應（溥泉）先生見他（獨秀）下樓赴署辦公的時候，即為我作介紹。他長方的臉，不高不低的身子，聲音響亮，腳步疾速，一見就知道是一位多才多識，能說能行的能幹人。
那日黃昏他歸家時，特來與我寒暄。他看了我桌上所有的書，即問我道：「周先生，你有沒有閱過江浦兒（即英國人之別名）和他的島（John Bull and His Island）一書？」我答道：「沒有」。他道：「你快去買來看，很好看的，很滑稽的。」我立即致信上海伊文思書館，囑他們向外洋代購一冊。後來看了，果然甚妙。那是一本諷刺英國的書；英國所有的風華人情，皆加以特異之見介。英國人自己也要看，看了也要發笑。
第三日晚上，我睡得很早，大約九點之後。一覺忽醒來，聽得唱聲大作，伴以胡琴月琴，惟無鑼鼓聲。我自忖道：「這是甚麼呀？」半夜三更，為甚麼大彈大唱？難道鄰家做壽唱堂會麼？再仔細一聽，——都是女人聲，都是爛污京調。次晨早餐時，溥泉先生默默告訴我：「昨天夜裏，他（指獨秀）請客，唱戲的都是班子中喚來的伎女。」[50]（這裏的伎女，是指賣藝的歌伎。）
討袁失敗，被捕幾乎喪命
不過，內部阻力雖小，外部壓迫卻逐步加大了。1913年4月，由於袁世凱派人刺殺國會中第一大黨國民黨領袖宋教仁，孫中山在南京召開秘密軍事會議醞釀反袁，舉行「二次革命」。皖、贛、粵、湘、閩五省回應。柏文蔚、陳獨秀主持的安徽省一開始就站在最前線。袁世凱為鎮壓革命黨，與英、法、德、日、俄五國銀行團簽訂《善後借款合同》，借外債2500萬英鎊。陳主持的安徽方面，以柏（當時赴寧開會）的名義，發表了一篇戰鬥性極強的討袁檄文（為此，袁曾派人到南京刺柏，未遂）。
乘國民黨內爭之機，袁世凱雙管齊下。一方面，調兵遣將，日夜備戰，準備武力消滅國民黨；一方面則用政治手段削弱和瓦解國會內和各省革命黨力量。陳獨秀準備待變。17日，蘇曼殊致劉三信中即透露：「頃得仲兄信，有去皖之志。」果然，30日，袁世凱即免皖督柏文蔚，派其親信孫多森（孫毓筠的親戚）任安徽民政長兼署安徽都督。陳獨秀的代民政長自然也就結束。同日，陳獨秀呈請辭職。《民立報》記者說：「未待批准，留書逕去，書中有舊病復發，迫不及待等語，蓋指舊官僚政治復活，不可一日與居之義」。[51]不久，國務院代總理段祺瑞批准安徽都督府秘書陳仲甫免職。[52]陳即攜高君曼妻兒（1909年陳與髮妻同父異母的高君曼在杭州結婚同居）隨柏文蔚同遷南京。兩家同院而寓，閉門謝客。柏文蔚與陳獨秀等人幾乎每天黎明乘舟至府城橋下納涼，夜深始歸。表面上不問世事，實際上二人密謀今後的出路。
7月初，孫中山終於說服黨內穩健派，興師討袁。12日，李烈鈞在江西打響討袁第一槍。15日，南京回應，宣佈黃興為江蘇討袁軍總司令。安徽介於南京和江西之間，對於革命黨來說，進是前哨陣地，退是重要屏障，是敵我雙方必爭之地。但是，由於柏文蔚身在南京，安徽軍事力量處於群龍無首的混亂狀態。為此，黃興在南京堅請柏文蔚出任安徽討袁軍總司令，赴蚌埠部署軍事。這時，南京柏文蔚與安徽革命黨人之間的聯絡人就是陳獨秀。黃、柏在南京積極籌劃討袁期間，陳獨秀正在安徽奔走，企圖統一安徽各派軍事力量，結果無功而返。柏文蔚說：
此時獨秀由皖返甯，知袁家聲、岳相如、張匯滔、範光啟、龔振鵬、管鵬、鄭芳蓀、凌毅等在正陽關召開軍事會議未成。龔振鵬帶兵赴蕪湖潰散，幾遭不測，幸有岳相如派兵護送，龔始能安全到蕪。此時安徽已成一盤散沙，故在皖同志，均希望余即時回皖。[53]
這裏提到的各位將領，多是當年岳王會成員。但是，由於陳獨秀一來沒有參加同盟會，二來手中沒有軍隊，所以，他這位昔日岳王會總會長的號召力，遠沒有分會長柏文蔚大了。
柏文蔚接任安徽討袁軍總司令後，即與陳獨秀等人會商組織安徽討袁軍總司令部事宜，大家一致認為：「目前南方軍隊已成強弩之末，時機一誤再誤」；「不過，我們能有樹倒不亂的精神，不怕犧牲，目前的頹勢不是說絕對不能挽回，那就是我們首先要統一意見，以中山先生的馬首是瞻，不能再另有主張。本黨同志，被袁世凱所收買的大有人在，內部早已分化，應特別加以注意，如有可疑者，一定不可以付以重任。」隨後，陳即攜家至滬，安排後即與柏返皖發動。但是，這時安徽各地原淮上軍將領龔振鵬、張匯滔、范鴻仙（光啟）、張永正等紛紛發表討袁檄文，蕪湖、壽州等地宣佈獨立。27日，柏文蔚再任安徽都督，陳獨秀又任秘書長。
這時，淮上討袁軍在袁世凱所派倪嗣沖部及豫軍聯合進攻下，連連敗北。受柏文蔚派往太湖方向作戰的胡萬泰部率部回歸安慶，與其他叛將聯合圍攻都督府。同時，柏文蔚也已接到反袁軍總司令黃興密電：「大勢已去，無能為力，弟已他往，望兄相機引退，留此身以待後用。」[54]柏文蔚、陳獨秀等只得敗走，向蕪湖方向突圍。胡萬泰即宣佈取消安徽獨立。
這時，發生了被史學家稱為「陳獨秀第一次被捕」的事件，即蕪湖的反袁軍旅長龔振鵬差一點誤殺陳獨秀。高語罕說：
曾記得，二次革命失敗，先生從安慶逃到蕪湖，被蕪湖駐防軍人某逮捕。這位軍人本是和柏公立在反袁旗幟之下的，不知因何事與柏不諧，而遷怒於先生。已經出了佈告，要槍決先生。先生從容地催促道：「要槍決就快點！」旋經劉叔雅、范鴻仙、張子剛三先生力救得免。[55]
常恒芳也說，陳獨秀這次在蕪湖被捕要殺，是因為龔振鵬等旅長「始終反對柏烈武」。後因「蕪湖有張永正一旅軍隊駐在那裏，反對龔振鵬等殺陳獨秀，說要是殺了陳獨秀，他就要率兵拼命，故陳獨秀後來仍被釋放了」[56]龔與柏不諧，是因為責怪國民黨決定討袁軍事太晚，貽誤了時機。開始討袁時，柏在南京消極。待其入皖行動時，龔振鵬等已在省內發動戰事。
對於這次生死考驗，陳獨秀表現如何？柏文蔚說陳是「飽受驚嚇」；程演生說：事後「回去的人說，當時仲甫被綁時並無屈服表示，但面色亦不能無變了。」這些說法都在情理之中。范鴻仙旅長說：「陳獨秀是社會上頗有影響的名流，殺不得。」[57]因此，8月13日，柏文蔚一到蕪湖，與龔振鵬嫌隙即消，龔親到江邊拜見柏，並接到司令部，「聚談甚歡」，面對失敗之局，共商善後之策。
龔振鵬能刀下留人，袁世凱則不能容忍。8月28日，倪嗣沖兵佔安慶，第二天，叛軍胡萬泰進入蕪湖。安徽討袁革命終於以失敗而告終。倪嗣沖進入安慶，即飭令軍隊捕拿柏文蔚前秘書長「陳逆仲甫」及其父陳衍庶，逮不着，就抄其老家。當年嗣父陳衍庶和妻子高大眾反對陳獨秀參加「造反」而禍及家門的事，終於臨頭了。陳獨秀下一輩（即「遐」字輩，陳延年即遐延，陳喬年即遐喬）一位陳家老人陳遐文回憶說：
民國二年，袁世凱當大總統，倪嗣沖在安徽做督軍，馬聯甲那時當統領，說陳獨秀私造槍炮子彈，帶人把家查封了，他家被一抄乾淨，把昔凡公私藏的字畫一搶而空。統領手下的人，還到處捉拿陳獨秀的兩個兒子，要除根。陳獨秀的兩個兒子，一個叫小四子（延年），長長瓜子臉，一個叫小五子（喬年），圓臉兒，小六子（松年）年紀還小。當時，小四子、小五子就從屋上跳下來，連夜跑到鄉下，找到我家。我把媽媽的床拉開，在床裏邊搭鋪，把蚊帳撐着，讓他們在裏邊睡了三夜，後來家裏來人才找到他們。據說當時沒有逮到延年喬年，卻把陳獨秀的侄子永年逮去了。[58]
倪嗣沖通緝安徽革命黨人，陳獨秀名列首位，罪名是「柏逆文蔚、龔逆振鵬死黨，蓄志謀叛之犯」。[59]
這一年，陳家的命運與整個革命形勢一樣，多災多難。曾給陳氏家族帶來驕傲的陳衍庶，去年與洋商合夥做東北大豆生意被騙破產，受到嚴重打擊。自歎不懂洋務，受人愚弄；不識洋文，兩眼漆黑，一病不起，於1913年5月（即陳獨秀與柏文蔚策劃反袁事宜前）去世。從此陳家也就衰敗下去。陳松年說：「倪嗣沖派兵來我家抓人，昔凡公的靈柩還停在家裏。」[60]陳獨秀的嗣母經過這次刺激，致成大病。事後，有人去上海見到陳獨秀，告以家中遭遇。陳憤憤地說：「恨不得食肉其人」，「過幾年再看吧。」[61]
陳獨秀對這次革命失敗並不氣餒，而且從此以後，他的革命志向，集國難與家仇於一身，更加堅定徹底了。而且對於家庭的遭難，從此再也無顏見家人，至死也不再回安慶。客觀上，他作為一個革命者，在長期通緝下，也不能「回家看看」，真是「風蕭蕭兮易水寒，壯士一去兮不復返」。
困厄中的思索，攪得周天寒徹
辛亥革命和討袁革命失敗，陳獨秀逃亡上海。當時許多革命志士在一場革命失敗後，有的悲觀失望，甚至自殺；有的消極厭倦，從此遠離政治；有的雖不屈不撓，卻只會重覆前轍，從失敗走向失敗。陳獨秀與一般人不一樣：一邊把精力轉到喜愛的文字學或其他研究的純學術領域，打發革命低潮時期的寂寞歲月，一邊總結失敗教訓，尋找新的出路。
他不是一個一般的革命者，而是一個思想家、革命家及學者相結合的複合型人物，具有領袖與書生雙重人格。學者的求實品性，使他在政治鬥爭中具有耿介和光明磊落的作風，但不具有政治領袖所必需的策略手段；他能擦出思想火花，但他不會使其燎原，更不能創造系統的理論。這是他的人生充滿喜劇與悲劇色彩的重要原因。同時，學者的特殊生活，能使他在革命中飽受折磨和疲憊的身心得到療傷和休息，重振起老戰士的雄風。
陳獨秀一生大部分時間裏能維持這樣革命家與學者的生活，得之於一個同鄉至交汪孟鄒的幫助。安徽都督府組建時，受舊傳統的影響，不少人靠「裙帶關係」弄了一官半職。汪見陳任都督府秘書長，也動了這個心思，特地從蕪湖來到安慶，結果碰了一鼻子灰——「都督府裏許多朋友都勸我出來做事，仲甫卻大不以為然，一定要我回蕪湖做生意」。與此同時，「他和柏文蔚商量，要幫我的忙，湊點股子，再到上海開書店。」[62]
1927年大革命失敗時，他這樣語重心長地囑咐過汪孟鄒及其侄兒汪原放，不要從政和參加實際的革命鬥爭。在延年、喬年犧牲後，他還囑咐三兒子松年，千萬不要參加革命，學一門手藝過生活（後來學了木匠），為陳家留一根香火。說明他是一個理想主義與現實主義相結合的人物。果然，汪孟鄒到上海開了一家名為「亞東圖書館」的書店，主要經銷新式圖書，同時又是一個出版社，出版新式圖書。討袁革命失敗後，陳獨秀逃亡上海，利用這個關係，結合自己的知識和興趣，為其編寫書籍。
汪孟鄒(1878～1953)，1913年到上海，獨資創立亞東圖書館，任經理，十年後設立編輯所
陳獨秀絕頂聰明，學識功底又很深。所以，才花幾個月功夫，在1913年冬就寫出一部文字學書稿《字義類例》。此書內容共分十類：假借、通用、引申、反訓、增益、俗誤、辨偽、異同、正俗、類似。類後有目，目下舉例。前文講過，他還編過《模範英文教本》。第一、二冊，定價每冊五角；第三、四冊，「在編著中」。以每冊五角計，全書為二元。當時毛澤東在北京大學圖書館助理員的月薪才八元，看來這部書不便宜。據汪孟鄒說：這部書只出了兩冊，因為生意不好，第三、四冊一直沒有「編著」完成。陳獨秀當時在給章士釗的信中解釋說：「僕本擬閉戶讀書，以編輯為生，近日書業，銷路不及去年十分之一，故已擱筆，靜待餓死而已。」[63]《字義類例》直到1925年才出版，《模範英文教本》的命運又是這樣，那麼，靠編輯為生的陳獨秀全家（包括高君曼及兩個兒女——1912年生的陳子美和1914年生的陳哲民即陳鶴年），自然就斷絕了生機，只能「靜待餓死」了。
章士釗是瞭解並看重陳獨秀的才識的。1914年5月，他在東京創辦《甲寅雜誌》，特邀陳獨秀襄助，繼《國民日日報》後，二人再度合作。不過，《甲寅》出了四期、1914年8月後移到上海出版時，陳、章士釗合作的「蜜月期」結束了，二人從此分道揚鑣，後來竟然走到水火不容的地步。此後，章士釗當了段祺瑞執政府的司法總長，參與了對1926年「三一八」學生運動的血腥鎮壓。為此，陳獨秀作為共產黨領導人，多次表示與他絕交。儘管如此，在1932年陳獨秀因反蔣抗日而被捕後，章士釗自告奮勇地要求為陳做辯護律師。在法庭上，二人又演了一齣翻臉的傳奇。緩進與激進、改良與革命等基本分歧，二人一直持續到終身。
更令章士釗和當時整個輿論界瞠目結舌的是，陳獨秀在《甲寅》第4期上第一次用筆名「獨秀」發表的政論文章《愛國心與自覺心》。這篇文章是作者十幾年來為救國和革命奔波不斷受挫後的初步總結。他批評國人只有傳統的盲目的「愛國心」，沒有建立近代國家的「自覺心」。這種素質，必然導致亡國滅種。文章的基本觀點是，中國當時根本沒有近代意義上的真正的國家，即「國家也，為國人共謀安寧幸福之團體」，所以無所謂亡國不亡國。
他責問道：愛國，愛國，天下許多罪惡假你之名以行之！陳獨秀明白，要抵抗政府手裏的「愛國」武器，乞靈於法理（即區別「政府」與「國家」）是沒有用的，分別甚麼「真愛國」和「假愛國」，也是沒有用的；必須進一步檢討：甚麼是國？如何去愛？他的《愛國心與自覺心》一文是探討這些問題的。雖然答案在第二年辦《青年雜誌》時才找到，但文中嚴厲批判了幾千年來傳統的愛國觀。
此文一出，自然引起各方的反彈，雜誌收到十幾封信，詰問斥責陳文「以為不知愛國，甯復為人；何物狂徒，敢為是論！」這是從來沒有過的。《甲寅》這一號出版後，雜誌停刊了幾個月，直到次年五月以後才在上海復刊。雜誌遷移，與1915年5月7日日本向袁世凱提出滅亡中國的二十一條有關。因為，這年5月出版的第五號第一篇論文《時局痛言》就是評論此次「國恥」的。到了8月，《甲寅》出第八號，不能再不答復讀者的抗議了。可是章士釗在答復時，除了那一句罵陳獨秀是「狂徒」的話外，只發表了李大釗的一封，顯然，這時李與陳還沒有認識。
李信似乎不能代表大多數投信者的意見。因為信的內容寫得很委婉，雖表示抗議之意，卻無斥責之辭。信的標題用了《厭世心與自覺心》，以與陳文對應，批評陳文是「厭世」的，「傷感過甚」，「厭世之辭嫌其太多，自覺之辭嫌其太少」；人心所蒙之影響「甚鉅」；認為方今政象陰霾，眾生厭倦，「作者之責在於奮生花之筆，揚木鐸之聲，激吾民之覺悟」。同時，李大釗也似乎感悟到了陳文有「言外之旨」，但它為「未為牢騷抑鬱之辭所盡」，「欲尋自覺之關頭，輒為厭世之雲霧所迷」，於是，他試着來「申獨秀君言外之旨」。[64]
李大釗仍舊是把「愛國」置於一切之上，認為惡國家究竟勝於無國家。李與陳從第一次文字接觸，就表現出兩種不同的風格：李是厚道而理智，陳是機智而狂飆。李的議論固然不錯，但流於老生常談。當時中國風雨如磐，正需要驚世駭俗的吶喊和狂飆，不需要厚道理智的老生常談。當然，當革命高潮到來時，機智與厚道、理智與狂飆就應該相得益彰了。
陳獨秀的機智，就在於針對當時的形勢，採取了「正言若反」，「故聳危言」的手法，向昏睡中的國民大喝一聲。但是，這一聲能不能喚醒國民？如何讓中國人培養起「近世國家觀的自覺性」來？他自己在當時也沒有找到答案，只知道十幾年來奮鬥的經驗證明，直接、單純地從政治革命入手不行。
其實，當李大釗的文章發表時，已是陳文發表八、九個月之後了。這時，中國論壇風氣有很大的變化，因為發生了「二十一條」事件。人們看到陳獨秀的話完全應驗了：袁世凱這個惡政府，的確是亡國的政府；這個自稱是國家的惡國家，的確甚於無國家。那麼我們為甚麼要忍受他的高壓統治呢？「自覺心」果然起來排擠「愛國心」了。
在此期間，陳獨秀結識了三個以後對他的人生有深刻影響的朋友：李大釗、吳虞和易白沙。李大釗與陳獨秀看來是以文會友認識的，除了那篇《厭世心與自覺心》與《愛國心與自覺心》的對話外，李還向《甲寅》寫過其他稿件。作為編輯，陳獨秀當然會通過其文認識其人。後來，二人在新文化運動、宣傳馬克思主義、創建中國共產黨、實現第一次國共合作和進行第一次大革命等一系列改寫中國歷史的重大事件上，攜手合作，寫下了許多可歌可泣的篇章。
吳虞（又陵）是新文化運動中以「打倒孔家店」聞名的「蜀中名宿」。陳獨秀說，吳的一組《辛亥雜詩》就是他選載在《甲寅》上的，「且妄加圈識」。陳對吳十分「欽仰」。[65]
易白沙與陳獨秀是同在《甲寅》的編輯。按說，陳與易應該在安徽都督府時期就認識。維持都督府的主要武裝是韓衍組建的青年軍，而易白沙是青年軍三個分隊長之一。不過，沒有留下當時二人交往的任何史料，說明即使認識，也過往不深。在共同協助章士釗編輯《甲寅》過程中，陳十分欣賞易的才識。1915年6月陳回國時，易與同往，成為陳創辦《青年雜誌》的主要助手。不過，1917年初陳獨秀赴北京大學任文科學長並帶走《新青年》時，易沒有同往，先後去湖南省立第一師範、天津南開大學、上海復旦大學任教。因見政治日漸黑暗，憂國憂民，不能釋懷，於1921年端午節在廣東新會投水自殺。
注釋
[注1]陳獨秀：〈蔡孑民先生逝世後感言〉，《中央日報》，1940年3月24日。
[注2]吳樾：〈暗殺時代〉，《民報》臨時增刊「天討號」，1906年4月。
[注3]潘與吳樾是桐城同鄉，1902年留學日本警察科，畢業回國後，清廷賞戴花翎及知府銜，但他暗中與陳獨秀等一起從事革命活動。
[注4]張嘯岑：〈吳樾烈士事蹟〉，《安徽史學工作通訊》，1957年第2期。
[注5]孫傳瑗：〈安徽革命紀略〉附言，《學風》月刊，第4卷，第6期，1934年7月1日。
[注6]張嘯岑：〈吳樾烈士事蹟〉，《安徽史學工作通訊》，1957年第2期。
[注7]張嘯岑：〈吳樾烈士事蹟〉，《安徽史學工作通訊》，1957年第2期。
[注8]蔡元培在吳樾烈士追悼大會上的演詞，《追悼吳烈士大會紀念冊》，1912年3月。
[注9]田桐：〈革命閒話〉，(國民黨)中央黨史史料編纂委員會編：《黨史史料叢刊》，第4期，1945年11月。
[注10]陳獨秀：〈論暗殺暴動及不合作〉，《嚮導》週報，第18期，1923年1月31日。
[注11]《安徽俗話報》，第2期，1904年4月30日。
[注12]高語罕：《百花亭畔》（上海：亞東圖書館，1933），頁35。
[注13]《安徽俗話報》，第17期。按其半月刊時間安排，該刊第16、17期應是1904年12月出版，可能是陳獨秀主持遷校事宜緣故，在該刊第19期《本報告白》中，說第16期拖到1905年3月才出版。
[注14]《安徽官報》，第15期，1906年8月。
[注15]《李光烔先生事略》，未刊自印本，安徽省博物館藏。
[注16]朱蘊山：〈辛亥革命前後的幾位傑出人物〉，《團結報》，1961年10月4日。
[注17]馮自由：《革命逸史》，第5冊（北京：中華書局，1981），頁62。
[注18]《安徽官報》，第15期，1906年8月。
[注19]參見：楊幕起：《岳王會早期情況簡介》手稿，安徽省政協藏；連蓀：〈辛亥革命前的柏文蔚〉，《皖西史志通訊》，試刊號。
[注20]參見李光炯：〈安徽公學與岳王會〉，《團結報》1961年10月4日；柏文蔚：《五十年經歷》，中國社會科學院近代史研究所編：《近代史資料》，1979年第3期；常恒芳：《安徽革命始末》，未刊稿，安徽省博物館藏。
[注21]陳獨秀：〈二十七年以來國民運動中所得教訓〉，《新青年》（季刊），第4期，1924年12月20日。
[注22]許承堯口述、鄭初民錄：〈民元前徽州革命黨人之活動〉，《中華民國五十年文獻》，第1編，第12冊，頁184。
[注23]《龔德柏回憶錄》（台北：龍文出版社，1989），頁11。
[注24]郅玉如：《陳獨秀年譜》，頁16，香港龍門書店1974年版。
[注25]胡適：〈陳獨秀與文學革命〉，《陳獨秀評論選編（下）》（鄭州：河南人民出版社，1982），頁291。
[注26]王森然：《近代二十家評傳》（北京：書目文獻出版社，1987），頁223。
[注27]柳無忌：〈蘇曼殊及其朋友〉，《曼殊全集》，第五冊（上海：北新書局，1928），附錄，頁76。
[注28]約章全文刊於湯志鈞編：《章太炎年譜長編》（1868–1918）（北京：中華書局，1979），頁243。
[注29]陳獨秀：〈告日本社會主義者〉，《政論》旬刊，第1卷第22期（1938）。
[注30]傅斯年：〈陳獨秀案〉，《獨立評論》，第24號，1932年10月30日。
[注31]〈何之瑜致胡適〉（1947年11月5日），《胡適來往書信選》（下）（北京：中華書局，1980），頁261。
[注32]〈曼上人赴江戶餘適皖城寫此志別〉，安慶市陳獨秀研究會編：《陳獨秀詩存》（合肥：安徽教育出版社，2003），頁37。
[注33]柳無忌編：《蘇曼殊全集》（第1冊）（上海：北新書局，1928），頁51。
[注34]柳無忌編：《蘇曼殊全集》（第1冊）（上海：北新書局，1928），頁59。
[注35]章士釗主編：《甲寅雜誌》，第1卷，第5號（1915）
[注36]《新青年》，第2卷，第6號，1917年2月。
[注37]仲甫：〈存歿六絕句〉，《民主報》，1912年3月9日。
[注38]章士釗：〈疏《黃帝魂》〉，《辛亥革命回憶錄》（一）（北京：中華書局，1962），頁229。
[注39]《五四運動回憶錄》（續）（北京：中國社會科學出版社，1979），頁188。
[注40]1946年9月7日何之瑜訪問馬一浮記錄，轉自〈何之瑜致胡適〉(1947年11月5日，《胡適來往書信選》（下）（北京：中華書局，1980），頁260。
[注41]葛康素：〈談陳仲甫先生書法〉，唐寶林主編：《陳獨秀研究動態》，第7期（1996），頁8。
[注42]>羅章龍：〈亢齋汗漫遊詩話〉，《新湘評論》，1979年第12期。
[注43]《臨時政府公報》，第2號，1912年1月30日。
[注44]〈全皖工賑籌辦處公告〉，上海《民立報》，1912年2月5日。
[注45]《張嘯岑回憶》，未刊稿，安徽省博物館藏。
[注46]柏文蔚：〈從辛亥革命到護國討袁〉，《江蘇文史資料選輯》，第6輯（1981），頁22。
[注47]柏文蔚：〈從辛亥革命到護國討袁〉，《江蘇文史資料選輯》，第6輯（1981），頁22。
[注48]中國社會科學院近代史研究所資料室藏。
[注49]《民立報》，1913年4月13日。
[注50]周越然：〈我所知道的陳獨秀〉，《六十回憶》（上海：太平書局，1944），頁60。
[注51]《民立報》，1923年7月8日。
[注52]〈臨時政府之尾聲〉，《民立報》，1913年7月7日。
[注53]柏文蔚：〈從辛亥革命到護國討袁〉，《江蘇文史資料》，第6輯（1981），頁23。
[注54]柏文蔚：〈五十年經歷〉，《近代史資料》，1979年第3期。
[注55]高語罕：〈入蜀前後〉，《民主與統一》，1946年第7期。
[注56]常恒芳：《安徽革命始末》稿本，藏安徽省博物館。
[注57]胡渭清：《我陪陳獨秀去壽春》稿本，藏安徽省文史資料委員會。
[注58]〈陳遐文談陳獨秀〉，《安徽革命史研究資料》，第4輯，1980年10月。
[注59]《陸軍上將銜陸軍中將安徽都督民政長勳二位倪令》，民國二年十月二十一日。
[注60]唐寶林：《訪問陳松年》，1986年6月3日。未刊稿。
[注61]《張嘯岑回憶》，未刊稿，安徽省博物館藏。
[注62]汪孟鄒：〈亞東簡史〉，《安徽革命史研究資料》，第1輯，1980年7月。
[注63]CC生：〈生機〉（致《甲寅》雜誌記者），《甲寅》，第1卷，第2期。「CC生」顯然是「陳乾生」的化名，陳乾二字的英文拼音都是C打頭。
[注64]《甲寅》，第1卷，第7期（1915）。
[注65]陳獨秀：〈答吳又陵〉，《新青年》，第2卷，第5號。
三
近代中國啟蒙大師（1915–1919）
創辦《青年雜誌》（《新青年》）
陳獨秀隻身赴日襄助章士釗編輯《甲寅》，將高君曼和兒女拜託汪孟鄒照顧。高病重，汪急信催陳。1915年6月，陳獨秀回國。在船上，他見日本船警打罵被竊車票的中國窮學生，而周圍的中國人在看熱鬧，立即上前阻止日警暴行，並勸大家捐錢為窮學生補票。多有為富不仁者不屑而避，還聽到日警嘰哩咕嚕說「中國人唯暴力是從」，心被深深刺痛。6月20日，陳到上海，汪孟鄒設宴洗塵。[1]
這時，由於袁世凱大造復辟帝制的輿論，並接受日本的「二十一條」，又激起全國反袁鬥爭的高潮。不少安徽的革命者也聚集到上海陳獨秀周圍來，進行倒袁活動。柏文蔚也從南洋匯來募捐之款，作為活動經費。但是，陳獨秀這時正籌備「自己的雜誌」，醞釀另一種革命，因為去年陳在拒絕有人責詰他的《愛國心與自覺心》時，說過一句話：「讓我辦十年雜誌,全國思想全都改觀」，所以對這樣的政治活動興趣已經不大。正如吳稚暉所說，他讓章士釗做「諸葛亮」，以章宅為活動基地，自己當「魯肅」，安排這些同志活動。
陳獨秀一貧如洗，創辦雜誌談何容易，只得靠威望和友情。汪孟鄒想幫他，但當時力量還不足以承擔印刷、發行等事項。汪即介紹陳去找開辦群益書社的安徽老鄉陳子佩、陳子壽兄弟。二陳樂意承擔《青年雜誌》的印刷和發行工作。雙方議定：每月編輯費和稿酬二百元，月出一本。
9月15日，《青年雜誌》創刊。由此到1917年1月的《新青年》第二卷第五號，都是在上海出版，由陳獨秀一人主編的。重要稿件都由陳獨秀親自撰寫，其他主要撰稿人有高一涵、易白沙、吳虞、劉叔雅、謝無量、潘贊化、高語罕、李大釗、楊昌濟、蘇曼殊、吳稚暉、劉半農、胡適等，此外還有專門從事編譯的李亦民和陳嘏。據程演生說，陳嘏是陳獨秀哥哥陳孟吉的兒子陳遐年。他翻譯的四部小說——屠格涅夫的《春潮》、《初戀》和英國王爾德的《弗羅連斯》、法國龔古爾兄弟的《基爾米里》，從《青年雜誌》創刊號起，一直連載到1917年2月1日的《新青年》第二卷第六號。侄兒成了陳獨秀辦刊初創時的得力助手。從《青年雜誌》的作者群來看，基本與《甲寅》的編者和作者重合。可以說，陳在《甲寅》一年的編輯生涯，為《青年雜誌》以及後來《新青年》的誕生打下了思想和人脈上的基礎。
在相當於《青年雜誌》發刊詞的《敬告青年》一文中，陳獨秀提出了心目中具有「自覺心」的國民性的標準：
自主的而非奴隸的；
進步的而非保守的；
進取的而非退隱的；
世界的而非鎖國的；
實利的而非虛文的；
科學的而非想像的。[2]
《青年雜誌》出了幾期後聲名鵲起，引起基督教上海青年會的抗議，說此雜誌與他們辦的《上海青年》名字雷同，應該及早更改。當時著作權法規定：著作權經註冊後，遇有他人翻印仿製及其它各種假冒方法損害其權利時，可提起訴訟。其實，《青年雜誌》是月刊，《上海青年》是週刊，無論刊名、週期和內容，二者區別是十分明顯的。但是出版方陳氏兄弟為了避免不必要的麻煩和官司，由陳子壽到陳獨秀住宅商量，擬將雜誌改名為《新青年》。當時汪孟鄒也在座，贊成改名。陳亦只好同意。所以，這次改名，並非出自他本意。這從1916年8月13日給胡適信中可看出：「《青年》以戰事延刊多日，茲已擬仍續刊。依發行者之意，已改名《新青年》」。
創辦《青年雜誌》（第二年改名為《新青年》）
於是，《青年雜誌》從1916年9月1日（即創刊一周年）起，正式改名《新青年》。想不到，正是這個名字，連同「陳獨秀」，在中國近代化道路上豎立起一塊永恆的豐碑。
從創辦《青年雜誌》起，陳獨秀高舉科學與民主兩面大旗，揭開中國近代化——思想啟蒙運動的序幕。他把思想啟蒙運動的重點放在批判儒家倫理學說，即倫理革命上，認為「三綱」（君為臣綱、父為子綱、夫為妻綱）之說把國人變成沒有獨立自主人格，沒有平等自由人權的奴隸，必須徹底推倒，才能從根本上振興中華。「集人成國，個人之人格高，斯國家之人格亦高；個人之權鞏固，斯國家之權亦鞏固。」[3]
陳獨秀認為，維新運動和辛亥革命只是觸動了一下政治體制，而未動搖三根支柱，自然是推而不倒。三根支柱是：一、小農經濟的經濟基礎；二、以儒家倫理思想為中心的傳統文化；三、想滅亡中國、遭到抵制後轉而支持統治者奴役人民的帝國主義。宗教迷信和老莊哲學，被他看作造成國民性腐敗墮落的最大原因之一，因此對其也發起猛烈攻擊。《新青年》從創刊到遷移北京前的上海時期，主要矛頭指向儒家倫理和佛老學說，提倡倫理革命和宗教革命。
這一時期的雜誌完全由陳獨秀一人主編。和《安徽俗話報》時期一樣，不僅是主編，還是主筆，每期主打文章全由其親自撰寫，還寫其他文章；不僅撰寫，還搞譯作，並以「記者」為名編寫每期的「國內大事記」和「國外大事記」，同時回答讀者來信，等等。這時的《新青年》連「同人雜誌」都稱不上，帶有「獨人雜誌」的色彩。每期出現署名「陳獨秀」或「獨秀」往往不只一篇，如第一卷第一號目錄上有四篇：兩篇自撰的主打文章《敬告青年》和《法蘭西人與近代文明》和兩篇譯作；第一卷第三號、第二卷二號、四號都有三篇；其他各期一般都是兩篇。若加上國內外大事記和通信，那麼每期發表的文字就相當可觀了。可以說，《新青年》時期是他一生創作最豐富的時期。後來將這些文章（到1922年止）收集起來出版的《獨秀文存》，其版稅收入竟成了他一生及全家生活費的主要來源。
不過，這也反映了新文化運動發軔期陳獨秀篳路藍縷、孤軍奮戰的悲壯情景。如魯迅後來所描寫的：「不特沒人來贊同，並且也還沒有人來反對。」[4]主要原因，是還沒有形成「新文化運動陣營」的核心——《新青年》作者群。不過，就一般情況而言，一本雜誌的影響總是慢慢擴大的。魯迅的感覺是從生活圈中觀察到的，其實《新青年》初期的情況沒有那麼糟。
《新青年》最初的作者們
《新青年》初期的作者，除了陳獨秀外，雖然還有幾個常著的作者和譯者，緊緊圍繞倫理革命和宗教革命主題的卻只有三個：高一涵、易白沙、吳虞。當時，高、吳一個在日本，一個在四川。
高一涵是陳獨秀主持新文化運動的第一位得力助手。高比陳小六歲，安徽同鄉，早年有與陳很多相同的經歷。幼年受過嚴格的傳統教育，中過秀才。後來進入安慶安徽高等學堂，接觸到梁啟超的《新民叢報》和同盟會的《民報》，親眼看到徐錫麟因刺殺安徽巡撫恩銘被剖腹剜心事件，產生反清思想。民國初年到日本留學，入明治大學政治系系統研究西方民主政治。在此期間被章士釗主編的《甲寅》所吸收，成為其編輯部主要人員，與陳獨秀相識。同鄉加同志，一見如故。正如吳稚暉所說：「把人物與《甲寅》聯想，章行嚴而外，必忘不了高一涵，亦忘不了陳獨秀。」[5]
陳獨秀回國後創辦《新青年》，便向其約稿，他總是按要求及時供稿。高當時生活困難，後來回憶說：「余時已到日本三年餘，為窮所迫，常斷炊。獨秀約余投稿，月得十數元稿費以糊口。」[6]陳對他寫的稿子則視為雪中送炭，總是安排在自己的主打文章下面。這裏還有一個小小的傳奇故事。李大釗相識高一涵，就是通過《新青年》。據高回憶：
「守常讀《新青年》，見余文，知在東京，訪問半年餘，終無人見告。迨帝制事起，東京有留學生總會之組織，守常見留學生總會中有余名，轉輾詢問，始得余之住所。一日房主持李大釗名片上樓，余覽片竟不知為何許人。及接談，始知守常已訪余半年矣，此為余與守常相見之始。因縱談國事，所見無不合，遂相交。」[7]
因為這個緣故，1917年8月，陳獨秀把高一涵和李大釗一起請進《新青年》編輯部，開創後來「南陳北李」的新篇章。
如果說高一涵注重於引進西方民主思想，那麼吳虞則注重於批判儒家倫理與佛老思想。「打倒孔家店」這一新文化運動中最富戰鬥力的口號，就是吳虞提出來的，所以胡適稱他是「隻手打倒孔家店」的老英雄。在倫理革命中，高與吳二人可謂是陳獨秀的左膀右臂，哼哈二將。1917年2月出版的第二卷第六號以後的連續五期，吳虞的文章都排在陳獨秀後面的第二篇的位置。截至1922年，新文化運動期間出版的九卷五十四號《新青年》中，如以上這樣編排高一涵、吳虞的文章是絕無僅有的。這充分表明了高、吳二人在陳心目中的地位。1916年、1919年，高、吳先後接受北大聘請，從事編譯或擔任教職。
易白沙是跟隨陳獨秀從日本《甲寅》回國助其創辦《新青年》的主要幫手。在《新青年》的初創時期，寫的批判儒家倫理和宗教迷信方面的文章也很突出。他對諸子百家都有較深研究和中肯批評，認為諸子中值得稱道的是墨子。易白沙非儒批孔比較平允，寫過《孔子平議》。這在當時包括陳獨秀在內的新文化派比較偏激的情況下，顯得十分可貴，對因偏激而遭到太多攻擊的新文化運動是一種保護。
陳獨秀一再申明，一是儒家倫理學說對國民素質有害，二是孔子思想不適合現代生活，並非全盤否定孔子。相反，他對儒家學說在奴隸社會向封建社會進化時期的歷史進步作用、反宗教鬼神思想、有教無類等教育思想等，都給予了相當高的評價。以上這些，即使是提出「打倒孔家店」的吳虞也是注意到了的。如果無視這些，認為新文化運動全盤否定儒家學說，未免偏頗。還有一個原因，為推動倫理革命，陳獨秀把主要攻擊矛頭放在孔子學說消極面上，不可能同時去花許多精力闡發儒家學說的積極面。
對於新文化運動的「片面性」、「絕對化」，筆者同意陳金川先生的以下評議：對陳獨秀等五四新文化戰士而言，當時「反傳統」是有特定含義的，主要是指腐朽而頑固的封建傳統。因為當時正值民國初創之際，封建餘孽和封建幽靈仍在四處猖獗地活動，成為阻撓民主、科學精神傳播的最大障礙和社會進步的最大阻力。只有毫不妥協地與舊的傳統勢力徹底決裂並全力剷除它，才能為民主共和制度和民主、科學精神的確立掃清障礙。所以說，陳獨秀的這種反傳統主義不僅具有喚醒民眾的深刻的思想啟蒙意義，而且具有推動社會進步的不可磨滅的歷史功績。雖然當時個別新文化戰士提出過廢除漢字、取消中醫、改良種族之類的過激觀點，但有這種主張的人也並非他的本意，而是一種反封建的急躁情緒的隨意發洩和矯枉過正的激將法而已。陳獨秀本人並不贊成廢除漢字，只是主張漢字走拼音化道路；雖然他提倡白話文，但並不否認中國古代格律詩詞的藝術價值；雖然無情抨擊儒家「三綱五常」的封建禮教，但對作為學者和教育家的孔子，仍表示相當之尊敬，並沒有不分青紅皂白地一概罵倒。這些都充分表明，當時陳獨秀的反傳統主義有特定的內涵和指向，不可任意曲解。有人總是貌似「辯證」地挑剔其中全盤否定封建傳統所犯的「絕對化毛病」，其實這是最缺乏辯證眼光的庸人之見。如果對當時為害甚烈的阻撓社會進步的封建傳統，也持「公允」的、「一分為二」的含糊態度，還有五四精神和開啟中國現代化大門的新文化運動嗎！是否可以這樣講，在當時條件下，這種「絕對化毛病」是為了徹底反封建而在認識論上必然要付出的代價。從這個意義上說：沒有片面性，就沒有新文化運動。[8]
蔡元培三顧茅廬請出「總司令」
初期的《新青年》和陳獨秀是寂寞的，從嚴格意義上說，還沒有形成「運動」（這是細分而言。總體來說，所謂「新文化運動」，當然從1915年《青年雜誌》創刊就開始了）。走出寂寞，成為全國性運動的轉捩點，是《新青年》編輯部移到北京。此事的關鍵性人物就是時任北京大學校長的蔡元培。
蔡元培，這位曾受過清王朝恩寵的翰林學士，早就是其背叛者了。他是光復會的創始人，1905年還一度與陳獨秀等一起試驗炸藥，熱衷於無政府主義的暗殺活動。辛亥革命後，在孫中山民國政府中任教育總長。後赴歐留學、考察，着重研究西方資產階級國家的政治制度和文化教育制度。在更加堅定民主政治的同時，對西方的教育制度產生濃厚興趣，樹立起教育救國的思想。他認為教育是一國立國之本，教育發達與否，直接關係國家的強弱興衰。1916年9月，蔡在法國收到北京政府教育總長範源濂電報，促其回國擔任北京大學校長，這為施展教育救國的抱負提供了機會。為此回國抵滬時，汪精衛、吳稚暉、馬君武等不少友人反對去北大這個是非之地。蔡答道：「吾人苟切實從教育着手，未嘗不可使吾國轉危為安。」。[9]1917年1月4日，蔡元培就任北京大學校長，翻開一生中最輝煌的一頁。
建立於清末的京師大學堂，辛亥革命後改名為北京大學，是全國最高學府，但其腐敗也是最出名的。主要是學生把它視為「升官發財之階梯」，對研究學問不感興趣，多有常到北京前門外八大胡同（北京妓院集中地）嫖妓者，時稱「兩院一堂」（即嫖客多為參議院、眾議院議員和大學堂的教員和學生。在這方面，陳獨秀和理科學長夏元瑮也有不檢點的地方，後來成為保守派造謠中傷的縫隙）。學生對專業教員不歡迎，甚至反對；對政府官吏兼職的教員，即使不學無術，也熱情籠絡，以為將來仕途的靠山。蔡元培的教育救國首先從文科入手。文科教員中頑固守舊人物最多，崇尚宋儒理學的桐城、文選派佔優勢，亟需延聘革新思想的人物來主持和充實文科。蔡對於聘用文科學長一職特別慎重，請好友、國立北京醫學專門學校校長湯爾和推薦人才。
京師大學堂匾額
這時，陳獨秀正巧在為「亞東」和「群益」兩書社合併之事幫忙，幫忙起草合併協議，又與汪孟鄒到北京籌集股份。在琉璃廠偶遇老友沈尹默（時任北大教授），沈將此事告訴湯（與陳在日本成城學校相識）。沈和湯分別向蔡推薦陳出任北大文科學長，並告知陳獨秀就是當年的陳仲甫，還拿了幾本《新青年》給蔡。蔡對陳原本懷有「一種不忘的印象」，特別對於他早年編發《安徽俗話報》鼓吹民主思想很是欽佩。翻閱《新青年》，更贊同其主張，認為陳「確可為青年的指導者」，於是決定聘其出任北大文科學長（相當於文學院院長）。[10]蔡元培誠聘陳獨秀的經過十分感人，頗有當年劉備三顧茅廬請諸葛亮出山的精神。當時陳住前門一家小小的中西旅館。蔡從湯處打聽到陳住處後，親自登門拜訪。據汪孟鄒1916年12月26日日記：這幾天「蔡先生差不多天天來看仲甫，有時來得很早，我們還沒有起來。他招呼茶房，不要叫醒，只要拿凳子給他坐在房門口等候」。[11]
為甚麼談了好幾天呢？因為陳獨秀起初不答應。他回滬後對安徽老鄉、老友、鄰居岳相如說：「蔡先生約我到北大，幫助他整頓學校。我對蔡先生說，我從來沒有在大學教過書，又沒有甚麼頭銜，能否勝任，不得而知。」[12]陳又提出正編《新青年》，擺脫不了。蔡則說：《新青年》可以帶到學校裏來辦。沒有頭銜，不礙事，我瞭解你。我不搞論資排輩，只求真才實學的人。沒有教過書，可主要做教學的組織和管理工作。陳獨秀拗不過，最後答應：「我試幹三個月，如勝任即繼續幹下去，如不勝任即回滬。」[13]1917年1月13日，即蔡校長到任第十天，北京政府教育部發函稱：「貴校函開前安徽高等學校校長陳獨秀品學兼優堪勝文科學長之任，當經本部核准在案，除令行外，相應函覆。」隨附教育部令稱：「茲派陳獨秀為北京大學文科學長。」[14]15日，蔡元培以校長名義發佈佈告稱：「本校文科學長夏錫祺已辭職，茲奉部令派陳獨秀為本校文科學長。」
這個佈告引起當年北大二年級學生馮友蘭先生晚年一個回憶：蔡元培先生到了，他當時先換文科學長。「新學長就是陳獨秀先生」；「他到校後，沒有開會發表演說，也沒有發表甚麼文告，宣傳他的辦學宗旨和方針。只發了一個佈告，任命陳獨秀為文科學長。就這幾個字，學生們全明白了，甚麼話也用不着說了。」
二人一來，北大立即大變樣。「文科的教授多了，學生也多了，社會對文科另眼看待，學校是變相的科舉的觀點打破了」。學生開始覺得入大學的目的是研究學問，並不是為取得個人仕途的「出身」。就以學校的主題——教學而言，馮友蘭接着說：
各學門的功課表都訂得很死，既然有一個死的功課表，就得拉着教師講沒有準備的課，甚至他不願意講的課。後來選修課加多了，功課表就活了。學生各人有各人的功課表。說是選修課也不很恰當，因為這些課並不是有一個預訂的表，然後拉着教師們去講，讓教師們說出他們的研究題目，就把這個題目作為一門課。對於教師們說，功課表真是活了。他所教的課，就是他的研究題目，他可以隨時把他研究的新成就充實到課程的內容裏去，也可以用在講課時所發現的問題發展他的研究。講課就是發表他的研究的機會，研究就是充實他的教學的內容。這樣，他講起來就覺得心情舒暢，不以講課為負擔；學生聽起來也覺得生動活潑，不以聽課為負擔。[15]
