（一）占领马伯拉，来为舰队获得基地；
（二）占领洛雅和维勒斯-马拉加，以便被迫对马拉加实行围攻时，后方和左翼可以有安全保障，因为洛雅控制着马拉加与格拉纳达之间的道路，而维勒斯则控制着马拉加与阿美利亚之间的海岸道路。
为了夺取马伯拉，他于一四八五年五月首先围攻龙达，用炮兵将其摧毁。接着在一四八六年占领了阿罗拉，从那里取道卡尔塔马和柯因前进，夹攻马伯拉来迫使其投降。他以这里作为舰队基地，接着又围攻洛雅。洛雅被攻占之后，一四八七年四月七日，他从安特克拉出发，经过地形最困难的地区前进，于四月十七日到达维勒斯-马拉加城下。
阿卜杜拉此时正在瓜迪克斯，深知该城的战略重要性，就倾其全力前来解救，但却被加的斯侯爵击败，只好向格拉纳达退却。博阿布迪尔却闭门不纳，他只好退回瓜迪克斯，现在只有瓜迪克斯，阿美利亚和巴扎还对他效忠。四月二十七日，维勒斯向斐迪南投降，该城陷落之后，马拉加在陆海两面都受到包围。
从城市大小和重要性来说，马拉加只仅次于格拉纳达，而且除阿美利亚以外，摩尔人也只剩下这一个港口还勉强可以与非洲方面保持接触。居民约为一万一千到一万五千人，守兵约有数千，都是最精锐的非洲部队。周围有坚固的城墙环绕，另一个“卫城”控制其中，被称为“热那亚堡垒”，有一条“甬道”连接吉贝尔法罗堡垒。马拉加是准备用来抵抗围攻的，守将哈莫特，是阿卜杜拉的忠实部下。
斐迪南知道马拉加的居民很想投降，就命令加的斯侯爵与哈莫特谈判。但哈莫特拒绝投降，五月七日，斐迪南就在维勒斯下令拔营前进，在海岸道路上赢得了一次前卫战，随后到了马加拉城下。
他用对垒线工事封锁马加拉及其郊区，用舰队封锁港口，这样封锁就完成了。接着攻入郊区，并命令安特克拉的重炮兵加紧前进。在为炮兵赶修道路时，他又派人到阿尔赫西拉斯去搬运石质炮弹，从上世纪阿方索九世攻占该城之后，这些炮弹就一直堆在那里。更重要的是他又把女王请来了，她的出现有如圣女贞德一样，使军人激发了高度的英勇精神。这时，如圣希莱里所说：整个国家都激起了令人难以置信的英勇牺牲精神，好比十字军时代的欧洲一样，每个西班牙城市都涌起一片圣战的呼声，许多志愿投效的援军纷纷赶往前线。
炮兵到达之后，为了不毁灭城市，斐迪南又向城中人民发出了召降呼吁，提出了很宽大的条件，而他们要是拒绝，城市被攻陷之后，全城人民将被卖为奴隶。虽然人民都很想投降，可是哈莫特却毅然拒绝，并进行了一连串猛烈突击，使西班牙营地经常感到惊扰。此时阿卜杜拉也并未袖手旁观，他深知马拉加的重要性，从瓜迪克斯两次派出援兵。第一次增援在途中被博阿布迪尔击碎，他同时还派出使节去见斐迪南夫妇，献上阿拉伯名马和贵重的丝织品作为友善象征。第二支援军有部分冲过西班牙战线进入了马拉加城。但在此过程中却有许多人被砍倒，被俘人员中有一个对加的斯侯爵说他有机密大事要报告国王，加的斯侯爵信以为真，把他领入大营。他把另外一对男女误认做国王夫妇，从披风的衣折中抽出一把匕首，将这两人都刺伤了，他也马上被人砍倒。西班牙人用抛石机把他的尸体射入城中。
马拉加城内的情况急剧转劣，补给感到极大困难，因为有许多难民挤在里面。此时，炮轰仍在继续，当炮弹的补充逐渐感到缺乏时——这是当时攻城战中的一个极大难题——斐迪南决定发动突击。为掩护突击，他建造了一些巨型木质攻城楼，下面装着车轮，上面有吊桥和云梯。此外在拉米雷兹监督下，同时也进行坑道战。摩尔人拚命抵抗，还攻击了西班牙舰队，但都没有效果。最后一个地雷爆炸打开了缺口。
恐怖之中，马拉加人民有许多已经饿死，有不少也已逃往西班牙方面，剩下来的人力劝哈莫特投降。因为情况日益严重，哈莫特就把守兵撤入吉贝尔法罗，而让马拉古罗斯去与敌人谈判。他们马上派出由领袖公民组成的代表团去向斐迪南求和，但他拒绝接见他们，他说已经发出过两次召降呼吁都遭到了拒绝，所以现在他坚持必须无条件投降才能使他心满意足。共有三个代表团去求见，但都无法改变他的决心，于是在一四八七年八月十八日，马拉加自动开城放围攻者进入。
斐迪南严格禁止抢劫，第一个行动就是清除城内的死尸和垃圾，然后在最主要的伊斯兰教清真寺中举行大弥撒。最后他宣布毁灭这个城市。所有基督教叛徒都被处决，所有犹太叛徒都被烧死，其余人口都被卖为奴隶。其中三分之一被转运到非洲以交换同等数目的基督教俘虏；三分之一被出卖，其所得作为战费的贴补，其余三分之一则当作礼品分送——教皇分得一百名经过挑选的摩尔兵，那不勒斯王后分得五十名摩尔美女，葡萄牙王后也分得三十名。
马拉加被攻占次日，吉贝尔法罗要塞也投降了，斐迪南对自己的成功感到十分欣慰，不久他就领兵返回科尔多瓦，解散过冬。
马拉加的陷落使格拉纳达的被征服成为定局，因为这是一个主要港口，格拉纳达的补给和增援大部分都必须经过这里。为了完全切断摩尔王国与非洲之间的联系，一四八八年六月，斐迪南又开始进攻阿美利亚，用突击手段攻下，就先撤到杰恩，然后在一四八九年五月底，他又率领一万五千名骑兵和八万步兵去围攻巴扎。为了构筑一条连续的对垒线，六千工兵花了两个月时间。这次围攻的时间很长，当秋天到来时，斐迪南并不撤退过冬，而命令建筑茅舍式营房。因为伊莎贝拉主持的后勤工作非常良好，所以尽管瘟疫流行，西班牙部队却未受影响。力竭援尽之后，十二月四日巴扎投降了，斐迪南又表现出宽大态度，条件为所有佣兵允许保持其战争荣誉，有秩序的离去，其余居民可以自由留住城区或任意离去。
巴扎陷落之后，阿卜杜拉立即决定投降，交出全部领土，包括阿美利亚和瓜迪克斯。斐迪南立即占领了阿美利亚。根据推测，阿布尔·哈桑在几年之前即已为阿卜杜拉刺杀。现在斐迪南准备让阿卜杜拉仍然做傀儡国王，但他拒绝了，宁愿回到非洲，不久忧愤而死。
阿布尔·哈桑既已失踪，阿卜杜拉也已降服，所以斐迪南的最后一着就是占领格拉纳达。他派使节去要求博阿布迪尔投降。也许是博阿布迪尔不愿意，更可能是他已丧失自由，因为此时格拉纳达城已为败军残部占踞。他们决定坚守该城，因为战争是他们唯一的饭碗，而这个城的设防又极其坚固。
格拉纳达建筑在内华达山脚下，位于两座丘陵之上，下面流过两条小河——吉尼尔河和达罗河。小山顶上有两个要塞，称为阿尔罕布拉和阿尔拜辛。全城有城墙环绕，上面有许多碉楼，在阿尔罕布拉要塞和城墙外，延伸着一大片平原，充满了果园和麦田，由吉尼尔河灌溉。此时人口据说有二十万人之多，可能相当夸大。
召降被拒绝之后，伊莎贝拉开始准备围攻工具，而斐迪南在一四九○年春天开始毁灭城西的肥沃平原。直到秋天他还在继续这个工作，一共毁灭了二十四个城镇和要塞，烧毁了许多村庞大，把粮食和牲畜都一扫而光。等格拉纳达的补给来源完全断绝之后，一四九一年四月，他才率领八万人进到该城之下。他决定不管围攻多久都绝不撤退，直到该城投降为止。在巴扎围城战中，他得知兵营对保持兵力具有极大价值。所以他在格拉纳达西边六英里远的地方建筑了一座“新村”。据说采用罗马营寨的形式，这个行动使城中的摩尔人大为沮丧，因为这证明了斐迪南不攻陷格拉纳达决不撤走的决心。
此后格拉纳达的命运已经决定了。尽管城防工事十分坚固，但结果却只有两条路：不是被攻破就是饿死。伊莎贝拉亲临前线又使士气高涨。她日夜骑马巡视，亲自指挥工作，没有一件小事能逃过她的慧眼。她亲自分配粮食和营舍，安排运输路线，并凭着自己的智慧来激发军人们的勇气和良知。
九月，“新村”完工了（叫做圣-菲），博阿布迪尔大感惊恐。此时他已经恢复了权威，要求暂时停战谈判。这正是斐迪南夫妇最希望的，十月五日双方同意休战七十天并开始谈判。十一月二十五日获得了最后决定，条件非常宽大。在六十天之内该城自动投降，交出全部炮兵和要塞。摩尔人允许保留财产、衣服、风俗、法律和宗教，由他们自己的县长统治，那些县长又由西班牙王派的总督节制。凡是愿意回非洲的摩尔人，可以免费运送。一四九二年一月二日，该城投降，博阿布迪尔亲自献上锁钥。城门打开之后，斐迪南捧着那个银十字架进入了格拉纳达。
前后经过七百年的征战，“收复”工作终于完成，除纳瓦拉以外，西班牙已经合并成为一个伟大的基督教王国，其位置更是理想，便于建立新秩序，它不仅恰好夹在地中海与大西洋之间，可以同时向两面发展；而且在北面有比里牛斯长城做为天险，足以阻止外敌侵入，在南面与非洲只隔着狭窄的直布罗陀海峡，所以西班牙夹在旧大陆西部的两大洲之间，担负着哨兵任务。而且在形势上，西班牙也成了一种新世界体系的战略枢纽，准备代替在一四五三年失去的旧枢纽。这个时代中的欧洲再没有第二个国家形势上有这样大的便利，足以扩张成为一个帝国。这种扩张的血液已在其人民的血管中流动，爆发已在眼前。
从抽象观念上来说，西班牙现在已经是一个民族国家了，斐迪南和伊莎贝拉对摩尔人的宽大足以刺激民族精神的发扬。格拉纳达投降后有一件事可以表现出来：西班牙境内的犹太人被允许有两种选择，接受基督教洗礼或流亡他国。结果有许多犹太人自愿离去。
由于民族精神的胜利，又造成了不能容忍的态度。不仅要一个上帝，一个王室，而且还要一个种族。若非奥斯曼的威胁使所有基督教国家都象着魔一样，以及在被征服之后许多摩尔人撤回摩洛哥又使海盗的侵扰大为滋长，那么迫害异教徒的行为也许会有所限制。实际上，因为阿尔及利亚人的劫掠和捕奴事件日益增加，所以西班牙人更感到难以容忍。如贝特南德指出的：不管已经征服和未被征服，西班牙境内的摩尔人总是一个经常的威胁。只要有他们存在，那么这个含有未被消化的摩尔人和犹太人的半岛，最后就只能算一个“过渡”地区，好比如今的近东诸国一样。这是一种杂交国家，没有统一性，也没有民族性。这种国家只能作为被侵略或榨取的对象，没有本位的艺术、思想和文明，所以根绝摩尔人的运动尽管很残酷，但却无可避免，因为这是代表西班牙民族在灵魂、种族和血统上的要求。
马基雅维里是同一时代的人（一四六七——一五二七年），他尊称斐迪南为“新王”，认为格拉纳达的攻占是其帝业基础。但从战争中产生了更大的后果，这比其权力的巩固更重要。如梅里曼所指出，这不是一个时代的结束，而是另一个新时代的开端。在军事和政治两方面都开辟了一个新时代。军事方面，这是一个战争学校，欧洲最优秀的陆军就是从这里训练出来的。政治方面，自从圣城被征服以来，欧洲人民再没听过比格拉纳达被攻占更令人鼓舞的消息。正如普里斯科特所说：格拉纳达的陷落在整个基督教世界中激发了普遍感情，他们认为这对五十年前君士坦丁堡的沦陷要算是个反击。
但是更重要的却是当西班牙变成统一国家并置身欧洲强国之林的同一年—— 一四九二年 ——在伊莎贝拉的爱护和支援下，哥伦布（一四五一——一五○六年）为西班牙发现了新世界。
自从公元前三三四年亚历山大越过赫勒斯滂以来，西方历史上再没有比这更重要的事情。两者更不是偶然的巧合，当一个充满活力的民族达到成长阶段时，往往能做出惊天动地的大事。因此要了解这出世界上最伟大的剧本——新世界的发现——关键必须从隐藏在格拉纳达征服战后面的思想中去寻找。这是西班牙时代的开始，也是对抗伊斯兰教的最后一次十字军。
一切时机都已成熟。这个世界地理上的最大发现以及促使其完成的两个因素都与十字军有关。第一是土耳其人切断了欧亚之间的贸易关系。第二是圣路易的旧有信念，认为只要能与印度的大可汗发生接触，就可以说服他从后方攻打伊斯兰教徒。这两个因素又结合在一起，当葡萄牙航海家亨利（一四三三——一四六○年）提出第一点解决方案时，教皇尼古拉五世（一四四七——一四五五）就向他建议，只要他能经过“大洋海”（即大西洋）到达印度——据说那里的居民也信奉基督教——那么就可以劝说他们协助西方基督教国家对付土耳其人。所以就这个思想而言，战略问题的重点已由东地中海移到了大西洋，为了继续发动十字军和重开亚洲贸易航线都必须如此。
这种向西航行以达到印度的思想早就为地理学家所幻想，因为从没有人会想到在欧洲西岸与亚洲东岸之间隔着另一块巨大的陆地。此外，培根曾假设西班牙到亚洲之间的距离不会太远，一四一○年，红衣大主教皮耶出版的《ImagoMundi》一书中也引证他的理论。一四七四年，葡萄牙国王阿方索五世命令佛罗伦萨的著名天文学家托斯卡尼尼为他绘制海图，以说明西海航路的可能性。虽然托斯卡尼尼对环绕地球的赤道距离估算颇为正确，可他却把欧亚两洲的面积估算得太大，因此其间的距离也就相对减少，照他计算大约只有六千五百英里。这样就使中国的东海岸移到奥尔良的纬度，而日本——即马可波罗说的西潘哥——却在加纳利群岛正西方，只隔三千二百五十英里。
这就是这场大发现的背景，能够完成的主要原因还是因为哥伦布有眼光、有魄力和有无穷耐力，他是历史上最难了解的一个人物。现代学者对他的性格和成就至今还是没有定论。直到十九世纪末，一般看法都认为哥伦布是历史上的伟大英雄之一。可是从那以后，史学家从故纸堆中又发现他是个伟大的骗子，因为一切有关他的身世和早年故事完全都是虚构的。这事实上也自有理由，为了希望别人对他的伟大计划产生兴趣，所以他不能不自己标榜以增强个人地位。
实际上他并非贵族出身，是一个工人的儿子，一四五一年出生在热那亚。他首先继承父亲的职业，于一四七六年随同四艘商船从热那亚驶往英格兰，中途受到法国海军攻击。哥伦布虽然负伤，但却到了里斯本。从那里他到英国去过一次，于一四七七年又回到里斯本，并一直停留了七年。
也许当他留居里斯本时，向大西洋彼岸探险的思想已正式成形。里斯本似乎最适于孕育这种思想，因为这里是葡萄牙人航海的总站。里斯本也是所有航海故事的中心，这些故事对哥伦布的活跃幻想具有很大吸引力。他也通读一切有关海外“仙山”的书籍。这些书使他感到东亚与西欧之间很接近；这些有关东方财富的故事，造成了热烈的幻想，也坚定了他的决心。
也许是一四八三年，他向葡萄牙王约翰二世提出建议，结果被拒绝，次年他前往西班牙。两年之后，他到了西班牙宫庭所在地科尔多瓦。他向伊莎贝拉提出同样的建议，结果又被拒绝。一四八八年，他回到里斯本，遇到他的兄弟巴尔索罗缪，他刚从发现好望角探险航海中归来。为这个长达一万三千英里的航行所鼓励，又请他的兄弟到英法两国去向亨利七世和查理八世提出这个计划。
结果还是到处碰钉子，一四八九年他又回到西班牙。最后在一四九一年，他说服了美狄亚公爵相信他的计划是可行的。最后，女王伊莎贝拉说等格拉纳达被攻占之后愿意考虑这个计划。从这一点看来，她对这个计划已有几分相信，因为哥伦布提出的要求实在是夸张到了极点。他要求指派自己为大西洋海军上将，一切新发现领土的总督，而且对获得的一切财富都要按总值抽取八分之一。现在他心里最重视的还是十字军的思想——这也是遗传作用——格拉纳达陷落后不久，哥伦布上书斐迪南和伊莎贝拉，要求他们派他去印度，设法使大可汗的人民和国家皈依天主教。由于新获胜利增强了伊莎贝拉的信心，哥伦布的条件被接受了。
一四九二年四月十七日，他与西班牙政府签订了一个条约。西班牙国王和女王也用拉丁文（当时的国际通用文字）写了一封国书，要他转致大可汗。
一四九二年八月三日星期五上午，哥伦布率领三艘小船从帕罗斯扬帆出海：“圣玛利亚号”重一百吨，“平塔号”重五十吨，“尼娜号”重四十吨。全部水手总数为九十人，此外还有三十个人，包括著名航海家阿隆佐兄弟和精通七国语言的犹太人托里斯作为译员。八月九日到达加纳利群岛，在那里停留到九月九日才再度前进，这次是进入了未知的海域。十月十二日星期五上午二时看见陆地，在拂晓时正式登陆，可能是在瓦特林岛。哥伦布称之为圣萨尔瓦多，对来欢迎他们的土人，他很有意义的称之为“印地安人”。
他继续航行，于十月二十八日抵达古巴，他认为这应是中国大陆的一部分，也就是说已到大可汗的领域了。于是他派两个从者去寻找该国宫庭，并呈递伊莎贝拉和斐迪南的国书。接着他向东航行又到了海地，他以为这就是日本，定名为希斯潘洛拉，一四九三年一月四日他开始返回西班牙，于三月十五日到达帕罗斯。他被召往巴塞罗那宫中，得到了凯旋的荣遇。毫无疑问，大家都认为他的理论是正确的：古巴就是中国东岸，海地就是日本北端。所以已经找到了一条通往亚洲的海上捷径，比葡萄牙人想发现的更短。据马可波罗记载，这些地方充满了财富，所以这对夫妇国王简直喜极而泣，认为这些无限的财富是上帝的恩赐，作为他们在格拉纳达击败摩尔人的酬劳。
到底哥伦布是英雄还是骗子，这并无太大关系，事实总在那里，这个发现是人类历史上空前绝后的大事。现有的地中海世界就此崩溃，千年来的壁垒被摧毁。伊斯兰教徒不再能在地中海的两端出口处封锁这个世界。眼界放宽之后，人类的活动和思想也就开辟了新途径。地中海在许多世纪一直都是欧洲人的樊笼，现在已经锁不住了。人类发现自己自由了，同时也增强了力量。当他们对新大陆扩展领土时，人类的权力也随之增长。简而言之，一种“新人类”已经诞生了。
从这时起，帝国开始带上近代殖民化色彩。基本统治原则是贸易而不再是抢劫和榨取。为了“独富”卡斯蒂利亚，伊莎贝拉对这些新发现的土地限制以塞维利亚为唯一贸易港口，于是这成了大西洋上的亚历山大港。一四九三年五月四日，教皇亚历山大六世在一幅世界地图上划定其著名的分界线。在亚述群岛以西约一百“里格”远的海面上，从北到南划一条直线。这条线以东属于葡萄牙，以西属于西班牙。印度属于葡萄牙，而美洲则属于西班牙——毫无疑问，这是历史上最宝贵的赐与。
虽然航海家的搜索早已在进行中，可是直到现在，旧世界才进入“发现的时代”。一四九六年五月五日，威尼斯人约翰·卡伯特获得英王亨利七世的授权状去寻找文尼兰（即维京人发现的大陆）。五月初他们从布里斯托尔出发，六月二十四日到了布里敦角岛。这就为不列颠帝国建立了基础。二十八年后，法国弗朗西斯一世命令维拉扎洛去搜索大西洋海岸，从佛罗里达直至纽芬兰，他就把这片领土命名为“新法兰西”。同时，东方的航线也在日益开拓之中，一四九七年七月九日，伽玛离开了塔古斯，绕过好望角，经过月岛（即马达加斯加岛），一共花了十个月十二天，到达印度的卡利库特，他回到里斯本时已获利六十倍之多。二十年后，一五一○年三月四日，阿尔布克尔克进入卧亚，这是欧洲人征服印度的开始，同时也征服了伊斯兰教世界的大部分。反攻已经开始了。
在这许多伟大的航海家当中，以葡萄牙的麦哲伦最勇敢。一五一九年九月二十日，他从圣卢卡出发，一共五艘船，由二百八十人驾驶。他绕过南美洲，中途损失了四艘船，自己也在菲律宾群岛的齐布遇害。可是他的遗志还是完成了。一五二二年九月六日，唯一幸存的“维多利亚号”回到了葡萄牙。一共剩下了十八个人，留下来讲述世界已被环绕一周的故事。
此时征服者也开始工作了。他们主要来自安达卢西亚和埃斯特雷马杜拉，他们的祖先在许多世纪以来都在与摩尔人斗争，现在他们抱着疯狂的热忱来进行自己的征服工作。科蒂斯（一四八五——一五四七年）率领着五百零八名陆军，一百零九名陆战队和十六匹马出发征服墨西哥。皮萨罗（一四七五——一五四一年）只带了一船人去征服秘鲁。似乎是宗教的狂势驱使这些人努力前进，并克服了不可想象的困难。
他们虽然非常残酷，但当他们征服之后也带来了文明。马匹、火药、钢铁、小麦、葡萄和橄榄都是他们带去的。他们创造了一个新世界，也使旧世界发生了改变。正如贝特南德所说：这真是奇事！美洲的发现，对伊斯兰教的最后一次十字军，对我们而言好比中世纪思想的最后“开花”，同时也是整个绵长的过去时代的总清算。这个世俗和理性的现代世界却是从这种宗教思想中产生出来的。而所有这些都是突然获得了生命，象一阵风一样，从哥伦布的航程中吹来。无限大洋的沉寂思想，在人类的心灵中唤醒了无限权力的奔放思想。假如不是格拉纳达被征服了，那么也许这些情形都不会发生。
大事记（十九）：西班牙与奥斯曼帝国争雄
一五一六年二月二十三日，西班牙的斐迪南逝世，由他的外孙查理继承，查理是斐迪南的女儿胡安娜和勃艮第公爵菲利普的儿子。在他父亲于一五○六年去世时，他已继承了尼德兰等地的遗产，现在成了查理一世，又获得了西班牙这块领土。此时西班牙内部又已变成无政府状态，秩序恢复之后，查理在奥格斯堡大银行家富格尔的支持下，于一五二○年被选为皇帝，就是查理五世，他就企图建立一个世界性的天主教帝国。这使他与法国发生了冲突——他们本就是西班牙人的世仇。因为双方都想支配意大利，就为了米兰和热那亚两公国——号称意大利的钥匙和门户——发生了争执。
由于这个问题，法王路易十二（一四九九——一五一五年）于一五一三年在诺瓦拉吃了一次败仗，使他在意大利的全部收获都丧失尽净。他死于一五一三年，继承者是弗朗西斯一世（一五一五——一五四七年），他马上又越过阿尔卑斯山，在马里尼亚诺击败了瑞士佣兵组成的军队，重新夺回伦巴第。到了查理的时代，战争仍然继续。一五二五年二月二十五日，弗朗西斯一世被击败，在帕维亚的决定性会战中，被朗洛瓦的皇家军队俘虏。不久，法王决定与土耳其人勾结，对伊斯兰教的海盗巴巴罗萨给与秘密援助，并暗示苏丹可以入侵匈牙利。这是法国东方政策的开端。
查理在帕维亚的胜利使整个的意大利都为之震惊，意大利人民希望能同时免受法国和西班牙侵略。于是教皇克雷芒七世（一五二三——一五三四年）劝诱法国和部分意大利诸侯联合组成柯涅克神圣同盟来对抗查理。为了报复这个行动，查理向罗马进军，一五二七年五月六日，在屠杀与抢劫之下，这个永恒的圣城再次受到蹂躏。接着他收买热那亚的海军将领多利亚从法国手中夺得了西地中海的控制权。一五三○年二月二十四日，他从教皇手中接受了帝国皇冠和意大利王冠。此后，他终于可以自由地去对付土耳其人了。
当基督教君主们忙于内争之时，土耳其人乘机前进，但这一次却是向东发展。一五○二年，他们侵入波斯，这个国家的近代史是从第一位“夏王”伊斯梅尔（一四九九——一五二四年）开始的。一五一四年，在恰尔德兰平原，他在谢里姆一世（一五一三——一五二一年）手中受到决定性失败，结果美索不达米亚北部并入了奥斯曼帝国的版图。接着，谢里姆又进军叙利亚，在阿勒颇击败了马木鲁克人，把战争带入埃及境内。在整个阿拉伯都向他降服之后，哈里发伊斯兰教国就全部被苏丹国吸收了。
又和过去多次出现的情形一样，基督教世界又发生了恐怖现象，虽然教皇利奥十世（一五一三——一五二一年）一直努力想使帝国、法国和西班牙联合起来对付土耳其人，结果却毫无成就。谢里姆围攻了罗德岛，他于一五二一年逝世，继承者为苏莱曼一世（一五二○——一五六六年），在其统治之下，奥斯曼帝国的势力达到了颠峰。一五二一年，他占领了贝尔格莱德并继续围攻罗德岛。一五二二年圣诞节那天罗德岛被攻陷，耶路撒冷的圣约翰武士就都逃往克里特和马耳他避难。这些胜利之后，接着就是弗朗西斯一世在帕维亚的失败，这就使基督教团结的任何可能性都化为乌有。在法国国王唆使下，苏莱曼率领十万人和三百门火炮入侵匈牙利。一五二六年八月二十九日，他在莫哈奇击败了匈牙利王路易二世。这一战使匈牙利从此丧失了独立地位，直到一九一八年为止。接着苏莱曼占领了布达，并于一五二九年到了维也纳。他未能攻克该城，退回了君士坦丁堡。
现在，奥斯曼帝国的版图已扩大到了极点。东南直抵巴格达，西面为阿特拉斯山脉；南面从亚丁起，北面到了布达。从伊斯特里亚海角到肯特的岩岸，土耳其舰队对基督教国家的海岸和全世界的商业都征收保护税。
奥斯曼帝国已经包围了地中海海岸线的三分之二，为了维持土耳其团结，海权甚至比陆权更重要。因为明确了解这一点，查理于一五三五年攻占了突尼斯，这是阿尔及利亚海盗和土耳其海军将领巴巴罗萨的根据地。为了报复，一五三八年，巴巴罗萨也向卡拉布里亚突袭，在普里维萨附近与热那亚海军将领多利亚遭遇。因为多利亚只愿打游击战，所以海战持续下去，直到一五四一年，查理为了保护米兰，不得不回头对付法国人，这才放弃战争。一五五六年，查理自动退位，由儿子菲利普继位，他最近刚与英王亨利八世之女玛丽结婚，帝国则由查理的幼弟斐迪南继承，所以事实上仍为西班牙的分支。
菲利普二世（一五五六——一五九八年）即位之日，他统治所及包括西班牙、尼德兰、弗朗什孔代、撒丁、西西里、巴利亚利群岛、意大利的大部分和最近发现的新世界。其后在阿尔坎塔拉之战（一五八一年）后，葡萄牙及其殖民地也都并入西班牙帝国的版图，而且除了名义以外，事实上他已控制了神圣罗马帝国。要统治这样广阔复杂的领土和民族，必须有共同因素，这就只能从宗教中寻求。所以他以“信仰的保卫者”自居，以此建立他的统一，他的绝对君权也成了一种新统治体系的楷模，欧洲王室都以他为榜样，直到法国大革命后才终止。
因为这种统一运动与宗教改革的精神相违背，所以战争不可避免，可是战争却是成本昂贵的事业，其意义为黄金，白银和信用。尤其当战争的目的只是为了宗教迫害而不是物质收获时更是如此。巧合的是，新世界的财富却恰好于此时流入旧世界，拯救了它的穷困，这样就蕴酿着一场激烈的变革，一四九三年，欧洲的金银存量估计总值为三亿三千四百万英镑，可是到十六世纪开始时，金银就逐渐由美洲和非洲流入，到一五三六年，已由涓滴变成了不断的溪流，接着变成了洪流，最后简直泛滥了。据戴维斯的估计，从一五三六到一六三六年这一百年之间，流入欧洲的金银总值为二亿五千万英镑。
因为宗教改革是向菲利普的宗教统一政策挑战，所以这些巨大收入都用于战争。财富虽然从西班牙流过，但是不仅未能使它变成沃土，反而将它化为废墟，在金银的泛滥退去之后，留下的是更尖锐的贫穷，不仅毁灭了西班牙的出口贸易，而且更使西班牙人民的精神倍受打击。此外，这也刺激了一种新文明，一种近代资本主义生活方式的成长。正好比亚历山大大帝把波斯帝国的存金放出来为希腊和罗马的资本主义铺路一样。由于战争的缘故，大量金银流入了热那亚，安特卫普和奥格斯堡等地的银行家手中。在尼德兰花费的金银使波罗的海诸国都繁荣起来，成为宗教改革中心。这些银行家，贸易家和商人把财神看得和上帝一样高，成为资产阶级文明的先驱。
从战略上来说，菲利普统一政策的轴线位于米兰与弗兰德之间。米兰使他紧握西欧南部，弗兰德则使他可以控制西欧北部——法兰西，英格兰和波罗的海地区。只有从北面威胁法国才能使其远离米兰。此时在欧洲，西班牙所属的尼德兰实为最繁荣地区。虽然查理五世排斥异端足以引起宗教仇恨，可是假如不是破产的荷兰贵族相信“新教”是一种夺取教会财产的手段，那么公开的叛变也许不至于发生。一五五九年，尼德兰的摄政玛格丽特（查理五世的私生女）主张改革教会财政制度，这些贵族以奥兰治亲王威廉为领袖表示反对。他们成立了一个组织，西班牙人称他们为“乞丐”。纷扰之中，从法兰西、日尔曼、英格兰和日内瓦有大批“加尔文派”教徒如蝗虫一般飞入尼德兰，抢劫了四千所教堂，包括安特卫普大教堂在内。
正象戴维斯所说：加尔文主义是十六世纪的第三国际，菲利普担心这种祸乱会蔓延到西班牙境内，所以当一五六七年荷兰天主教徒起来自卫时，他就派阿尔瓦公爵率领一万名西班牙精兵去加以支援。自此叛乱演变成宗教战争，一直停停打打的拖到一六○九年，西班牙和“联合省”才签订了十二年期限的休战条约。
这种叛乱也可以说是一种劫掠和报复战争，马上在西班牙境内引起了反应。倒不是由于那里也有“新教”滋生，而是摩尔人的问题越来越严重，达到了格拉纳达陷落后的最高潮。一四九九年，西班牙对摩尔人所加的各种限制终于引起严重叛乱，接着就是一次镇压战争，结果是整个格拉达全境都被基督化，所有摩尔人不受洗礼就只能流亡出国。有许多人改信了基督教，但内心却仍然信奉伊斯兰教——这种人被称为“莫里斯柯人”。他们经常做伊斯兰教海盗和奥斯曼帝国的内应。法国人也暗中支持他们。
因为奥地利王室是苏丹的天敌，加上奥斯曼和伊斯兰教舰队控制着地中海，所以土耳其人当然也支持“莫里斯柯人”。结果是当菲利普在尼德兰作战时，一五六八年十二月，在西班牙境内有一个可怕的叛乱发生，许多基督教徒被杀害，或是被卖给柏柏尔人为奴以换取武器。第二年菲利普二世派他的异母弟弟约翰（一五四五——一五七八年）去削平叛乱。就结果而言，菲利普显得相当伟大，他把这些叛徒散置在西班牙北部，照料他们的福利，并免费教育他们的孩子。突然，约翰又被召回担负另一个更艰巨的任务——去为基督教世界夺回地中海的控制权。
第二十章：勒班陀会战
土耳其之所以能向西发展，并非由于武勇过人，而是因为基督教世界内部不团结。君士坦丁堡陷落之前，天主教和希腊正教之间的矛盾使合作成为不可能。如今在一百年后，宗教改革又使西方基督教世界分裂成两个激烈对立的阵营。在这种权力分裂之外，民族主义迅速成长，新世界财富大量流入，足以刺激“自利”国家的兴趣，它们重视自己的产业繁荣超过整个欧洲的安全。这些国家中，最值得注意的就是威尼斯和西班牙。
威尼斯为了保护贸易，在君士坦丁堡沦陷后就立即与土耳其签订了条约。由于商业利益，威尼斯竟如此短视，看不出他们在东地中海的领土（黎凡特）——威尼斯繁荣的主要来源——终究还是会与土耳其的膨胀相冲突，同时凭他们自己的力量也守不住。西班牙一五六○年在杰尔巴战败，接着在一五六三年，土耳其企图攻占奥兰，一五六五年他们又企图攻占马耳他，这样一来，不仅西西里和那不勒斯，而且连西班牙本土也都受到伊斯兰教入侵的威胁。简而言之，地中海东半部与威尼斯的商业利益具有密切关系，而西半部则与西班牙的战略安全具有密切关系，所以两国的观点也完全不同。
在莫里斯柯人叛变前三年，苏莱曼死了，继承人是他的儿子谢里姆二世（一五六六——一五七四年），这是奥斯曼统治者中最卑鄙的一个。一五六八年，为了从威尼斯手中夺取塞浦路斯岛，他设法与日尔曼皇帝马克西米利安二世（一五六四——一五七年）勾结，这个计划由他的宠臣纳西建议，他的海军主将比亚里——一个匈牙利背教者——和陆军主将穆斯塔法都赞成这个计划。但他的大宰相索柯里却是有远见的政治家，主张与帝国以及威尼斯都保持和平关系。他认为土耳其对这两个国家无需担心，最可怕的敌人是西班牙。而且他认为此时是攻击西班牙的最好时机，因为菲利普二世被国内和尼德兰的叛乱牵制住了，而且在欧洲没有一个盟国。此外，法国是与苏丹国友善的，帝国若无西班牙支持则根本无能为力，波兰正与俄罗斯交战，意大利则忙于内争，至于英国在一场土耳其与西班牙的战争中也是得多过于失的。所以索柯里反对进行这种冒险，主张应与威尼斯缔结同盟，支援西班牙境内的叛乱并趁机攻打西班牙。假如不是威尼斯突然遭到一次意外的灾祸，他的意见也许就会被苏丹采纳。一五六九年九月十三日，威尼斯兵工厂（是欧洲最好的）中的火药制造厂突然爆炸，并引起大火，损失相当可观。情报传到君士坦丁堡后不免更为夸大，说威尼斯的全部舰队均已化为灰烬（实际上只损失四艘船），所以塞浦路斯岛已不可能获得增援。根据这个不正确的情报，主战派获得了胜利。
马上开始了准备工作，一五七○年四月，土耳其人派使臣去威尼斯，要求他们交出塞浦路斯岛，理由是塞浦路斯原本是耶路撒冷王国的领土，所以应该归还土耳其。虽然该岛只有极少守军，可是威尼斯政府拒绝了，他们也知道拒绝无异于战争，所以立即向所有基督教国家提出求救的呼吁，因为威尼斯是个共和国，所以所有国王都憎恶它，又因为它是个海上强国，所以其他海权国家也都讨厌它，尤其是它过去曾与土耳其有过同盟关系，所以更难获得同情。只有一个人愿意听取呼声，就是教皇庇护五世（一五六六——一一七二年）。他认为这可以使自己的希望成为事实——成为一个海岸同盟领袖，以对异教徒发动一次新的十字军。他自己出资购置了十二艘战船作为一个舰队的核心，并力劝西班牙的菲利普二世参加。菲利普起初感到很勉强，最后才命令西西里和那不勒斯总督补给威尼斯舰队，而且命令自己的西西里舰队参加教皇和威尼斯联合舰队。
此时谢里姆在罗德岛集中了一支规模巨大的舰队，有一百五十艘战船和五十艘运输船，由比亚里和穆斯塔法指挥。一五七○年七月二十二日，他们在塞浦路斯的利马索登陆并围攻尼科西亚。这是除法马古斯塔以外岛上的第二个设防城镇。九月九日，尼科西亚被攻陷，守军被全部屠杀。接着又围攻法马古斯塔城，那里有七千名威尼斯守军，总督布拉加迪诺和军事指挥官巴格莱昂都具有坚强的抵抗决心，击败了敌人的每一次攻击，于是伊斯兰教徒只好回国过冬。在围城阶段，有一支强大的基督教联合舰队，有多达二百艘船集中在克里特岛的坎迪亚，因为内部意见不合，所以毫无成就。
在基督教世界中有决心，希望速战的人只有庇护五世。他在一五七○年七月召集了一个会议来起草基督教同盟宪章。他充分认识到基督教世界所面临的危险，他也具有领袖能力和相当的战略眼光。他认为若能够重获地中海控制权，那么在战略上，奥斯曼帝国将被切成两段，因为其非洲省区与欧亚部分就会分离。这样就可使土耳其不能再向西欧扩张。
尼科西亚的陷落使庇护深有感触，他认识到除非能给与威尼斯强大支援，否则法马古斯塔也会陷落，威尼斯就会被迫与土耳其媾和。此时，会议还在往下拖，各方面都提出一些新难题。最后菲利普决心支持同盟，但他的代表在会议中坚持任命其异母弟弟约翰为同盟军统帅，而由教皇的海军将领科洛纳为副统帅。因为威尼斯怕受到西班牙控制，为了获得全体同意，又决定采取一种牵制的办法。虽然约翰是总司令，但一切重要决定仍然要得到各盟国部队主将的同意。不过约翰后来至少克服了这些困难的一部分。
一五七一年，约翰只有二十六岁。说起来巧合的是：阿贝拉会战时的亚历山大，汉尼拔在西班牙就任总司令以及罗迪会战中的拿破仑也都是二十六岁。他不仅英勇过人，而且虽然年轻也是颇具吸引力的领袖。梅里曼说他似乎使教皇的十字军精神人格化了，他的热忱能感人，使人暂时忘记一己私利而愿为共同目标牺牲。他似乎就是一○九五年的化身。
最后在一五七一年三月七日会议快到决定阶段时，西班牙首席代表格南维里大主教又提出了新难题。这未免使威尼斯政府感到灰心，于是派出使臣拉加佐尼去君士坦丁堡，希望能与土耳其人讲和。他于四月二十六日到达，谒见了大宰相，可是大宰相却不肯让步，坚决要求无条件投降。他说：“和平对你们而言比战争要好。你们不能与苏丹对抗，他不仅会占领塞浦路斯，而且连其他领土也难保。至于说基督教同盟，我们完全知道那些基督教王子对你们毫无好感。不要相信他们。假如你们能够附着苏丹的“马尾”，那么你们在欧洲就可以为所欲为，并享受永久和平。”听了这番富有诱惑性的说辞，拉加佐尼就回国了，但是在他到达意大利之前，神圣同盟却已宣布成立。这是五月二十五日的事情，所以谈判遂告中断。
这个著名条约也是后来许多条约的始祖，其重要条款如下：
同盟为永久性的，不仅是为对付土耳其，同时也以阿尔及尔，突尼斯和的黎波里为对象。同盟的部队定为双排桨大帆船二百艘，其他战船一百艘，步兵五万人，轻骑兵四千五百个人和大量大炮。三月份均应准备就绪，以便开往地中海滨海地区或进行其他远征。受到土耳其攻击时，各盟国有协防义务。战费的一半由西班牙担负，其余一半的三分之二由威尼斯担负，另外三分之一由教皇担负。指导战争时，三国总司令都有独立发言权，但对已经决定后计划，则由统帅负责执行。皇帝，法国和波兰国王可有加盟权利，但对英国女王（伊丽莎白）则未提及，因为她不是天主教徒。一切征服领土均应照事先约定的办法瓜分，但阿尔及尔、突尼斯和的黎波里则完全留给西班牙。同盟国之间若发生争执，由教皇仲裁，未经全体同意，任何国家都不得与土耳其缔结休战、和平和同盟性条约。
尽管有这些条款，可是意图还是与决定发生了冲突。威尼斯希望利用同盟夺回塞浦路斯并击毁奥斯曼在地中海东部的制海权。菲利普二世则希望击毁土耳其在地中海西部的制海权并肃清伊斯兰教海盗。他们虽然都加入同盟，彼此间仍然互相猜忌。只有教皇专心一志并且充满热忱。他具有大一统的观点，认为整个基督教世界都遭到了威胁，不仅是西班牙和威尼斯的私事。同盟的成立以及后来的成功都应归功于庇护五世一个人，因为他是同盟的心脏和灵魂。
六月六日，约翰从马德里出发，于十六日到达巴塞罗那。他发现安德拉德的支队已经集中在那里，就命令留在卡尔塔吉那的克鲁兹侯爵前去会合。二十日他们由巴塞罗那出发，二十六日到了热那亚。在那里又与多利亚的支队会合。八月二日驶到斯培西亚去装载部队，然后于九日停泊于那不勒斯。在那不勒斯，格南维里大主教把同盟战旗授给约翰。早在热那亚时他就已经接到教皇的来信，劝他不顾一切冒险一战。
在那不勒斯花了十天时间讨论计划和装载部队，然后他们于八月二十日启程前往墨西拿——这是指定的集合地点。约翰于八月二十三日下午到达该地，他与教皇的海军将领科洛纳和威尼斯七十五岁的司令文尼罗会晤。科洛纳于七月二十一日到达，文尼罗于七月二十三日到达。
此时在君士坦丁堡的谢里姆，因为攻占尼科西亚使他大喜大，认为先知的预言即将兑现：土耳其即将统治所有地中海岛屿，圣彼得大教堂马上就会象圣索菲亚大教堂一样落入他的手中。他用空前坚定的决心来推进对法马古斯塔的围攻，四月，他命令阿里把舰队集中在黑人桥，以拦截企图救援塞浦路斯的同盟舰队，同时也给与穆斯塔法的陆军以强大增援。
快到五月底时，对法马古斯塔重开炮击，并在该城河边获得一个入口。同时也尽量使用地雷，并燃烧一种叫“特扎”的植物，用毒烟来熏出守军。七月底，守军死了一半，火药已经用完，为了使该城免遭劫难，威尼斯主将决定作有条件的投降。穆斯塔法立即允许，八月一日该城投降。四天之后，穆斯塔法提出要求人质，因为这是降约上没有的，威尼斯人拒绝交出。他就杀死巴格莱昂和其他高级军官，布拉加迪诺则保留下来施以毒刑。首先割去他的耳鼻，然后活剥了他的皮，用稻草塞在人皮里游街。以后还把它送往君士坦丁堡，作为奴隶市场的装饰品。其他降卒都发配为摇船的奴隶。圣尼古拉大教堂被夷为平地，所有基督教坟墓都被挖开，但是为这次围攻土耳其人却付出了极高代价，据说损失了五万人。
因为同盟军并未尝试救援法马古斯塔，阿里就从黑人桥扬帆，蹂躏了摩里亚的威尼斯领土和查提、塞法罗尼亚等岛屿，并在科孚岛登陆，但被击退了，从那里他又驶往达尔马提亚海岸，在威尼斯咸水湖外出现。没有一艘战船去抵抗他，不久，他得知联军舰队集中在墨西拿，担心被封锁在亚德里亚海中，又转回头向科孚岛进发。他很感到满足，觉得已使敌人受到了最大损害。
盟军在墨西拿集中之后，约翰发现共有三百艘船只和八万人——其中三万人为陆军，五万人为海军和摇桨奴隶。海军舰队实力如下：西班牙舰队有双排桨大帆船九十艘，大型三桅帆船二十四艘，轻帆船五十艘。威尼斯舰队有双排桨大帆船一百零六艘，两种大型三桅帆船各六艘和二艘，轻帆船二十艘。教皇舰队有双排桨大帆船十二艘，轻帆船六艘。总的说来：共有二百零八艘双排桨大帆船，后又增加了十七艘；六艘中型帆桨船；二十六艘大型三桅帆船和七十六艘轻帆船，总数为三百一十六艘。发现威尼斯舰队缺少人员，约翰就命令用意大利步兵二千五百人和西班牙兵一千五百人去补充他们。文尼罗勉强接受了，因为这可能引起争吵。
因为常常发生争吵，纷扰无穷，约翰面对许多困难，决定采取快刀斩乱麻的手段，以图一劳永逸加以解决。他将部队进行了彻底改组，把各国人员混编在一起。这样不仅使各将领不能单独撤退，而且削弱了他们的权威，也就无异于提高了他自己的权威。这样就可以不再受原有的限制了。
除指定科格尼亚指挥陆军以外，他把各国海军集中在一起，象陆军一样分为三个战术分区——中央、右翼和左翼，另加前卫和后卫。中央共有六十四艘双排桨大帆船，由他自己指挥，由文尼罗和科洛纳协助。右翼为五十四艘双排桨大帆船，由多利亚指挥，左翼为五十三艘双排桨大帆船，由威尼斯海军将领巴巴里戈指挥。前卫一共八艘双排桨大帆船，由西西里将领卡多那指挥。后卫共三十艘双排桨大帆船，由克鲁兹侯爵指挥。六艘中型炮船以两艘一组分给三个分区。大型三桅帆船和运输船另组一个支队，因为它们完全依赖风帆航行，机动性较差。轻帆船则分别配属各区，并奉命在后面行驶。
九月十日举行了一次军事会议。科洛纳和文尼罗主张立即进攻，多利亚和科格尼亚则主张推迟几天。但约翰早已决心主张进攻。于是骰子掷下去了——这是一场决死战。一切反对意见都到此为止，教皇的使者宣布举行誓师典礼，以上帝的名义鼓励大家雪耻奋斗。
九月十五日，笨重的大型三桅帆船从墨西拿驶出，双排桨大帆船于次日跟上。十天后到了科孚岛，才知道阿尔及尔海盗头子乌尔齐·阿里指挥的土耳其舰队曾攻击该岛，但未能攻占要塞。从俘虏口中，约翰得知乌尔齐已撤往勒班陀——位于科林斯湾中（也称为勒班陀湾）。因为这是个重要情报，约翰立即召集军事会议，经过激烈辩论，他决定立即前进，设法引诱敌人出战。这个决定十分勇敢，因为不仅苏丹的舰队控制着地中海，而且他的陆军也比同盟方面远占优势，所以一旦海军战败，一定会导致全面入侵。如斯特林-马克斯韦尔所说：很明显，只要一个错误行动就将造成大祸，而使欧洲沦陷于亚洲残暴征服者的脚下，但是反过来说，若采取懦弱政策以求免祸，结果还是一样危险。因为同盟可能瓦解，这些国家单独的海军更不是苏丹的对手。事实上只有进攻才能使同盟不至瓦解。这就是问题的核心。
九月二十九日，约翰率领了中央部队直向阿尔巴尼亚海岸上的戈美尼扎进发，在那里遇到前卫支队的一艘轻帆船，得知不仅乌尔齐在勒班陀，阿里的二百艘战船也停泊在那里。约翰不等大船赶上就命令在科孚岛的文尼罗和科洛纳全速与他会合。
为了了解下面的会战情形，对当时所用的主要战船形式应先作简略说明。双排桨大帆船是单层甲板的船只，长度从一百二十英尺到一百八十英尺不等，宽约二十英尺，深七英尺，可以用帆和桨来推进，但在会战时主要使用桨，短时间内可以达到六英里半的时速。西方的双排桨大帆船船首有五门炮，而土耳其的只有三门。西方的在两舷还有若干门四磅半的火炮，船板有三四英寸厚，划手上有木板保护，这些土耳其船都没有。双排桨大帆船有一根长十英寸到二十英寸的金属冲角，是一种可不受恶劣气候影响的战船。大型三桅帆船只能使用风帆，水线以上部分的高度等于全长的三分之一，有两层火炮甲板，可说是一座浮动要塞。处在两者之间的是中型帆桨船，它前面有炮台，载五十门到七十门火炮，另有四门二十管火炮掩护船腰。它比双排桨大帆船优越之处在于划手上面有一层甲板，帆为三角型，船头能抵挡炮弹。轻帆船只有一半甲板，用两个帆，可以用帆或桨行驶。运输船能装载一千名士兵和装备。
地中海的海军战术是首先争取良好位置，接着就是正面突击，迂回和登上敌船，与萨拉米等古代海战并无太多区别。总而言之，一切意图和目标就是在水面上打陆战。
从一五三○年查维斯的《海员宝鉴》一书中，可以引证一些有趣的记载：
“如果你想登上敌船，应先让轻火器人员，尤其是顶层上发射。投钩手应以索具或前炮台为目标。枪手应弹无虚发。船顶的人除投掷火药和柏油外，也应投掷肥皂和油脂，使敌人甲板溜滑。为了抵抗登船者，涂了黄油的长枪是最合用的。个人以刀剑和火枪格斗。另用长柄镰刀砍断敌人的帆缆。”
“反过来说，如敌人登上我方的船只，那么长枪和刀剑是最好的抵抗武器。登船网梯是一种障碍物，当敌人攀登时，可以用长枪从下面刺击，迫使他们跳入海中。”
“负伤者应立即送入舱下，因为他在甲板上会妨碍他人。死者应尽快投入海中，以免触目伤心，这样就使甲板上的每个人都是战士。”
在勒班陀之战中，约翰创造了某些重要的改革。最重要的是他把中型帆桨船只用作前卫，其次是拆下双排桨大帆船上的冲角，使前炮可以更加自由运用。此外他也比土耳其人用了更多的火枪。为了激励士气，他命令把所有基督教的划桨奴隶都解除枷锁，给与武装，并告诉他们若能英勇作战，则可获得自由。
十月三日，除了大型三桅帆船以外，联军的全部舰队都集中在戈美尼扎。从那里前进，经过阿克兴古战场，于十月四日停泊在杜卡托角。当晚继续前进，但因天气恶劣，第二天大部分时间都耗在塞法罗尼亚岛的菲斯卡多港中。在这里，一艘路过的轻帆船带来了法马古斯塔失陷和布拉加迪诺惨死的消息。这个消息来得正好，使每个基督徒都义愤填膺，要为死者复仇。
在塞法罗尼亚，出现了意想不到的困难，几乎使远征行动失败。在文尼罗的船上，一个西班牙军官侮辱了威尼斯人，结果引发斗殴，死了几个人。文尼罗大怒，未报告约翰就将那些西班牙人处死。这使约翰也勃然大怒，命令拘押文尼罗。这样很能使整个联军为之瓦解。幸亏科洛纳很聪明地加以干涉，力劝约翰收回成命。虽然如此，约翰从此不再与文尼罗联系，一切都经由巴巴里戈转达。
受到恶劣天气的延误，直到十月七日星期六上午两点钟时，舰队才再度出发，绕过库特索拉利群岛。七点钟之后，约翰的旗舰“皇家号”与前面的多利亚支队会合，快要驶出帕特拉斯湾出口正北面小岛间的海峡。
九月二十七日，土耳其舰队已集中在勒班陀。十月三日或四日，阿里召开了一次军事会议。重要的参加者有陆军指挥官（实际上为陆战队）伯坦；前阿尔及尔总督巴巴罗萨之子哈桑；亚历山大总督西罗库；黑人桥总督哈梅特；新任阿尔及尔总督乌尔齐。根据侦探报告，阿里对敌军的实力和行动有完全的情报，因为苏丹命令采取攻势，所以会议决定迎击敌军。十月六日，土耳其舰队离开勒班陀要塞掩护，经过狭海，在加拉太岸边下锚——在勒班陀西面约十五英里。在那里阿里从侦探口中知道敌人正在菲斯卡多。
次晨拂晓之前，土耳其人即已开船，当约翰在斯科洛法角追上多利亚时，他们之间相距只有十英里。半小时后，在“皇家号”和多利亚旗舰“卡皮塔纳号”上的了瞭望员，发现东方有两艘船。接着有八艘船从地平线上出现，然后全部土耳其舰队都在望了。约翰马上命令放了一炮，并将同盟军旗升上旗杆——这就是发现敌人的信号。
号炮声中，所有船长都扫清船面开始备战。主要指挥官都换乘轻帆船到“皇家号”来，听取约翰的最后命令。仍然有人反对接战，因为在远离基地的地方作战，一旦失败将全军覆殁。但约翰决心已下，他向各位军官说：“诸位绅士，商议的时间已经过去了，战斗的时间已经来了。”说完就命令解散。
将领们各回本船之后，舰队就依照在墨西拿议定的战斗队形布阵，因为大型三桅帆船仍未赶上，所以兵力分配略有改变。巴巴里戈指挥左翼，共有双排桨大帆船六十三艘，约翰命令他接近安纳托利亚海岸行驶，以免受到敌人迂回。多利亚指挥右翼，共有船六十四艘。他自己指挥中央支队，也是六十三艘。他又命令科洛纳乘教皇旗舰在左，文尼罗乘威尼斯旗舰在右，一同督战。克鲁兹的预备队，船数增到三十到三十五艘，奉命跟在中央支队后面行驶，假如前线有哪一部分支持不住就赶紧支援。六艘中型炮船分成三对，在三个支队前方行驶，相距约四分之三英里，以便在接触之前使土耳其舰队阵型混乱。他的阵线总长六千五百码到七千五百码之间，摆开之后，他又坐上一艘快船去巡视舰队。他看见文尼罗正在船尾甲板上，友好的向他挥手，把旧嫌都消除了。于是每条船上的人员都跪下祈祷。甲板上甲胄闪亮。
联军准备之时，土耳其军也在准备。阿里把舰队摆成一个巨大的新月形，从海湾北岸一直伸到南岸，和约翰一样分为三个支队：他自己指挥中央，有八十七艘双排桨大帆船和八艘小双排桨帆船。右翼为西罗库，有五十四艘双排桨大帆船和两艘轻帆船。左翼为乌尔齐，有六十艘双排桨大帆船和三十二艘轻帆船。预备队有八艘双排桨大帆船和二十一艘轻帆船。
大约九点半时，双方舰队慢慢接近了。阿里拉直了他的新月阵线，因为他发现敌军前方的巨型炮船使他受到了突袭。因为出他意料之外，所以神智失常，伯坦劝阿里作背进运动以引诱敌人追击，这样可以使对方的阵线混乱——这是土耳其人惯用的伎俩。但阿里拒绝了，因为这与苏丹的命令相违。于是继续前进，土耳其人一路怪声高叫，突然他们看到一道闪光：约翰的部下都从跪姿站立起来，各就战斗位置了。
战斗开始时大约是十点半钟刚过，两支舰队的位置是这样的：联军左翼略向前，其左端距海岸尚有相当距离，因为巴巴里戈对海岸线不熟悉，害怕搁浅。在其右面，中央支队差不多是平行的。但因土耳其的左翼伸过了联军右翼，多利亚怕被包围，就将他的支队朝对角线方向外驶，这样在他的极左端与约翰的极右端之间出现了一英里多长的缺口。左翼和中央的四艘炮船都已经在前方四分之三英里的位置上，但右翼那两艘则仍在斯科洛法角附近。预备支队也到达其应有的位置，周围绕着轻帆船，以便接运部队往前线增援。此时，土耳其的右翼也比中央略为前进，而他们的左翼在乌尔齐指挥之下，也向对角线外驶以对抗多利亚的行动。这几个运动的结果使会战分成三个独立的部分。最先是巴巴里戈对西罗库，接着大约半小时后才是约翰对阿里，最后又隔了一小时才是多利亚对乌尔齐。
十点半时，土耳其右翼进入左翼两艘炮船射程之内，它们马上发出毁灭性的火力，使西罗库的支队发生了混乱，其右翼被迫向岸边退却。但因为他们对这里的海岸线极为熟悉，他们奉命靠近岸边以迂回巴巴里戈的左翼。巴巴里戈看清了敌人的意图，他知道那里的水深既能容土耳其船只行驶，那么他也可以活动，就命令船只也向岸边侧行，结果只有六七艘敌船到了他的后方，其余均被截断。此时，巴巴里戈的右翼在马可·基利尼指挥下尚未与敌接触，因为敌人左翼正想随着自己的右翼行动。抓住这个机会，基利尼调过他的部队，象一扇“正在关闭的大门”一样打击在敌人背上。同一时间，巴巴里戈的船只与五艘敌船缠在一起，矢石俱下中，他眼睛负了重伤。由于丧失指挥，一度引起混乱，更糟的是他的侄子康塔里尼刚刚接替指挥又马上被击倒了。最后纳尼接替了指挥权，与基利尼合作，把土耳其右翼的全部船只都赶到了岸边。土耳其人放弃船只，登陆逃走，追击之下全部被歼灭。所以联军左翼已经完全胜利了，没有一艘敌船能逃走，西罗库在重伤之后也做了俘虏。
大约半小时之后，约翰支队前面的炮船也发出了有效火力，把阿里的支队击散，分成了几个集团，他们拼命划船想躲避这种火力。此时约翰的支队则缓缓划进，在鼓角节奏下，保持着完整战线。大部分土耳其炮弹都从他们头上飞过。双方靠拢之后，彼此正面相对，因为联军船头的冲角已经拆除，所以炮手射击大感便利，使土军遭到优势火力轰击。阿里命令舵工向约翰的旗舰直撞过去，船上的冲角与“皇家号”的索架绞在一起。阿里的船上有四百名精兵，后面跟着十艘双排桨大帆船和两艘轻帆船，最近的用梯子用该船连在一起，以便兵力可以源源补充。约翰后面也跟着几只船，同样可以补充兵力。
沿着整个中央战线发生了全面战斗。以双方旗舰的格斗为中心，许多船只都分别靠拢了。阿里的士兵两次爬上皇家号，都被船上的三百名火枪手扫退，约翰的士兵也两次上了阿里的旗舰，同样被击退。文尼罗把他的人员送往皇家号上增援，克鲁兹的预备队中又拨了二百名生力军来补充。差不多与此同时——将近一点钟——科洛纳已经击毁了伯坦的坐船（正在燃烧），就把他的船靠拢阿里的旗舰，用火枪扫射甲板。于是联军发动了第三次突袭，一颗弹丸击中了阿里的前额，他倒在划手中间的跳板上。有一个马拉加士兵发现了他，立即割了他的首级，大声高喊起来。于是土军全部瓦解，旗舰被俘，中央支队完全被歼灭了。
此时应该记住，大约十时三十分时，多利亚的支队正向南行驶，于是缺口愈拉愈大。同时，乌尔齐也采取了同样的行动，因为他有九十三艘船，而多利亚只有六十四艘，所以他的危险性较小。虽然乌尔齐的原有意图似乎只是迂回敌人右翼，但现在因为这个缺口出现，所以他又多了两条可以选择的路线：直向多亚支队进攻，从两面包围他；或把航向由南改为西北，钻入这个缺口，象亚历山大在阿贝拉会战时一样打击在敌人后背上。他是个能干的战术家，因为发现己方中央支队已面临危机，所以决定采取后一条路线。
他突然变换航向，拼命加速，从缺口中直冲约翰右翼。这是由墨西拿的“修道院长”吉斯提尼亚尼据守的区域。他夺取了这条船，把它拖在后面，并把敌旗升在自己桅杆上。
卡多那从预备队中率领八艘西西里双排桨大帆船赶来援救吉斯提尼亚尼，也受到乌尔齐十六艘船的攻击，发生了整个会战中最激烈的战斗。卡多那重伤，他的部下五百人中只有五十个人没有负伤。其他船只所受损失甚至更大。教皇的“佛罗伦萨”号，不仅所有武士战死，连所有士兵和奴隶也都死得差不多以。还有“圣-乔万尼号”也是战到不留一人。摇桨座上布满了死尸，该舰舰长也被两颗枪弹击中颈部阵亡，另外，萨伏依战舰“皮亚蒙泰莎”号的命运也如出一辙，同样损失了舰长以下所有的士兵和划手。
此时多利亚已经发现自己造成的大错，立即拼命赶回来应战。但是在他赶到之前，克鲁兹已经率领剩下来的预备队抢先赶到。同时，约翰在中央已经大获全胜，也立即集合了十二艘双排桨大帆船来帮助克鲁兹。乌尔齐不敢应战，悬着敌旗，率领十三艘舰船划过克鲁兹的船头，逃向圣毛拉，到夜幕将垂时，逃到了普雷韦扎，一共搜集了残部共三十五艘船，回到勒班陀。最初约翰想追击，但因天气又有转劣趋势，所以决定进入派塔拉斯港避风。他的舰队和捕获的船只于夜间到达。
停下之后，就有人指控多利亚有通敌嫌疑。据说因为他仇视威尼斯人，所以希望会战失败。实际上说他是被敌所乘更为合理。
不管怎样，这仍然是一次压倒性胜利。首先应归功教皇庇护五世，若无他的坚持，同盟根本不会组成。第二就是约翰，他使用炮船是个杰作。虽然它们太笨重，可是其强大火力已经证明桨划战船已经没落了。勒班陀在战术上是数量最多的一次伟大的双排桨大帆船会战，战术还是和古代差不多。此后，风帆和侧炮就代替了划桨和正面攻击。所以从海军史的观点来看，勒班陀代表一个时代的结束。最后，约翰混编他的部队也是成功主因之一，否则会战也许根本打不成。
损失非常惨重，这也是古代海战的惯例，因为一经接触即无法逃脱。双方战斗人员共十七万二千人——联军八万四千人，土耳其八万八千人。联军损失一万五千人（死伤淹毙都在内），沉船十二艘，被俘一艘。土耳其的损失估计为船只损毁一百一十三艘，被俘一百一十七艘，杀死三万人，俘虏八千人，淹死无数。基督教奴隶
万五千人获得自由。此外，约翰还夺获了二百七十四门火炮和巨大财富，因为土耳其军将领身上都颇有细软。在阿里的船上搜到十五万枚金币，另一艘船上也有四万枚。
十月十七日，一艘叫作“天使”的双排桨大帆船开入威尼斯，报告了胜利的捷报。自从第一次十字军之后，从未引发如此的宗教狂热。在基督教世界到处都传播着土耳其人被击败的佳音。教皇决定把这场胜利作为永久性节日来纪念，至今罗马仍然遵守这个规定。画家、雕刻家、诗人纷纷歌颂这次胜利，许多年后，这场会战仍然是基督教世界的话题。
惨败的消息传到君士坦丁堡，使伊斯兰教徒大感震惊，这时只要有五十艘基督教战船开到他们就会弃城而逃。这也是约翰所希望的明年会战能达到的目的。他回到科孚岛后，留下威尼斯舰队，自己于十一月一日回到墨西拿，解散舰队过冬。一五七二年五月一日，教皇庇护五世逝世。从此同盟丧失了活力。虽然如此，在该年六月，西班牙和教皇的舰队还是在墨西拿集合，准备与科孚岛的威尼斯支队一同进攻。
此时，谢里姆又建立了一支新舰队。有双排桨大帆船一百五十艘，此外他又加造了八艘炮船。但是船只都是赶造的，木材还发着青，火炮也没用，人员更是生手。假如同盟舰队能果敢进攻，无疑可以获得第二次大捷。但是事实却不如此。
又是法国人从中作梗，法王查理九世不仅在西班牙属地尼德兰制造叛乱，而且在一五七二年冬天，派了最能干的外交家阿克斯主教去君士坦丁堡，要他尽量促成土耳其与威尼斯和解。此外，查理又想控制阿尔及尔，这个威胁使菲利普二世不得不把约翰兵力的一半留在墨西拿。其余一半兵力与教皇支队一起改由科洛纳指挥开往科孚岛。接着进行了两次不成熟的作战，土耳其新统帅马尔齐都拒绝会战。
当同盟的三个成员国准备进行一五七三年的战争时，同盟本身却宣告死亡了。由于阿克斯主教的阴谋策划，一五七三年三月七日，威尼斯没有事先获得同盟国同意就私自与土耳其签订了和约。整整一个月后和约才公开发表。此时约翰正在那不勒斯，得知这个消息之后，马上就扯下同盟军旗，改升西班牙国旗。
勒班陀会战并未能使奥斯曼帝国的海权折脊，也未能收复塞浦路斯，更未能使西班牙获得地中海的控制权。虽然是头等的战术胜利，但因为同盟解体，在战略方面，仍然是苏丹成了胜利者。但是从精神上来看，这却是一场具有决定性的会战，自从一四五三年以来，整个东欧和中欧一直笼罩在恐怖黑幕之下，现在黑幕已被卷开，使整个基督教世界认清了一个惊人事实——土耳其人不再无敌于天下了。从此时起直到一六九七年，萨伏依的欧仁亲王将苏丹穆斯塔法二世的陆军赶入台斯河，最后根绝了土耳其对欧洲的威胁为止，其间虽然有过多次起伏，可是苏莱曼时代的最高国威却始终未能恢复。他的朝代成为土耳其权力顶点的标志。勒班陀一战打破了土耳其权力的基础。
