神宗皇帝因信仰道教，对内使经常为佛事行走，素来僧恶。有一次，太后派内使到东海牢山时，内庭以偶然事故触怒了神宗，又傍及了太后，大臣们都觉得很危险。这正给朝内反对太后的朝贵一个下手的机会，有些打算先把送经内使除掉，然后借用以前方士闹事的流言来打击大师和太后。因此他们先命令监视官员的服投人员，扮作道士的模样，上殿击鼓呈状，告大师侵吞国家库银，皇上一阅，不禁大怒，下旨逮捕大师与送经使者。
大师听到这一消息，就召集了大众说：‘佛陀的慈悲拔苦精神，就是为了一个众生，也不舍三涂苦趣。这东海是边地，素来不闻三宝的名号。我在这里教化十三年，连三岁的孩子都知道念佛了。至于那些舍邪归正，修行佛法的，连乡比户都是。看到佛法在这里生根发芽，我的愿心已满足了，死又有什么值得遗憾呢？只是未能重兴报恩寺，感到有些痛心罢了！’
当大师告别大家，离开即墨城的时候，城中的百姓老少，都流著眼泪来送别，对大师此行的安危都十分担心。
大师到了京都，奉圣旨下押镇抚司。在升堂拷问时，执事官先受风旨，准备迫大师尽招太后在各山所施的资财。在苦刑的拷讯下，大师说：‘我作为僧人来说是惭愧的，因为无法报答国家和人民给我的恩典。今天，我不会可惜这生命的完结，只是这样不分青红皂白的死去，的确有伤于皇上对太后的大孝啊！我如果为了奉迎皇上，曲意妄招而损坏了罔常之道，的确不是臣子爱护君王的诚心，这样做怎么对得起历史上那些清白高尚的贤哲们呢？’大师以精诫之心抵制了诬告，仅招认了以前供养的七百余金，愿请皇上查内库帐簿。当查清了内库后，除了以前代赈的七百余金外，果然没有丝毫差错，神宗这才明白过来，于是母子和好如初。但皇上还是以大师私自建寺为由，贬大师流放雷州充军。
自大师三月下狱起，京城内外诸寺院都为大师诵经礼忏，有些和尚还燃香炼臂持咒加持大师。
到了十月底大师将南行时，朝中许多士大夫们，大多穿著亵服，偏倚一足来相送。
十一月，大师到了南京，在长江边上老母亲来与大师诀别。大师见老母亲欢喜交谈，音声清亮，胸中没有丝毫的滞碍，于是问：‘当您听到儿死生之际，难道就不忧愁吗？’老母亲说：‘死生是由业力而定，我自己的死生尚且不忧，何况是你呢。但人言参差，我对此事又没有决定的见解，所以觉得有些怀疑。’母子俩就这样坐谈到天亮，在即将诀别时，老母亲嘱咐说：‘你应善以大道自爱，不要替我担忧，今天我也与你长别了！’老母亲说完，头也不回地欣然上路去了。大师望著母亲远去的背影，感慨地想：‘天下的父母都能这样，岂不可以顿尽生死之情了吗？’于是下笔写了一首《母子铭》：
母子之情，磁石引铁。
天然妙性，本自圆成。
我见我母，如木出火。
木已被焚，火元无我。
生而不恋，死若不知。
始见我身，是石女儿。
达观大师因在石经山与大师相约，愿在曹溪共振宗风，当大师遇难时，达观大师正在匡山天池等候，听到大师遇难的消息，内心大惊道：‘要是失去憨山大师，那曹溪共兴的愿望也不能实现了！’
达观大师先赶到曹溪，然后到京请友好相救。再折回聊城，听说大师准备离京，就回南京等待。
大师到南京后，在长江边一个庵中与达观大师相见。达观大师提议要大师陈白冤屈，大师不同意，认为这是定业所感，不必多言。临别时，达观大师把住大师的手臂说：‘我在无地听说你遇难，就对佛许下诵《法华经》百部的愿，为了你平安，只有靠我的心愿和你的口舌来完成了！’大师听了，唯唯谢别。达观大师又把所作的《逐客说》赠给大师。
十三、一路到曹溪
大师到了圆中，读《圆觉经》时作了一篇四相章：
一、我相
钟鼓铃锣不断声，
声声日夜说无生。
可怜醉生梦死宕，
镜里相看涕泪倾。
二、人相
突兀巑岏耸铁城，
刀林剑树冷如冰。
谁知火向冰山发，
烧尽冰山火不生。
三、众生相
铁门紧闭杳难开，
关锁重重亦苦哉。
可怪呻吟长夜客，
不知因甚此中来。
四、寿者相
一条血棒太无情，
触著须教断死生。
痛到切心酸鼻处，
方知王法甚分明。
出了圜中，路过长安市，又作了四首诗：
（一）
长安风月古今同，
紫陌红尘路不穷。
最是唤人亲切处，
一声鸡唱五更钟。
（二）
体苦虚空自等闲，
纤尘不隔万重山。
可怜白日青大客，
两眼睁睁叹路艰。
（三）
飘风骤雨一时来，
无限行人眼不开。
忽尔雨收云散尽，
大虚原自绝尘埃。
（四）
空里干城野马人，
目前仿佛如烟村。
直须走人城中看，
声色原来不是真。
这诗中的禅味法味，耐人寻思。
第二年正月，大师渡过文江，访问了邹给谏。庐陵的大行王性海，拜谒大师在文江畔，请大师为《楞伽经》作注。二月，大师上大庾岭，在岭头观看了惠明夺衣钵的遗址，并作了一旨诗吊念，其中有：‘翻思昔日宵行客，何似今朝度岭心’的句子。大师见行人度岭艰难，汗流满身，就嘱咐一位行人，要他设立一座茶庵在岭头。又见山路崎岖难行，劝人修造山路，几年后这条山路即成平坦了。
大师到韶阳，入山礼六祖大师。当他喝了一口曹溪水时，内心感慨地吟了一首诗：
曹溪滴水自灵源，流入沧溟浪抽天。
多少鱼龙从变化，源头一脉尚冷然。
大师到了祖庭时，看见一片凋蔽不堪的样子，只得怀著凄凉的心情离去。到了五羊，大师身穿充军的囚服朝见了大将。大将军亲自替他松了缚，又以斋食供养他，晚上就宿在海珠寺。
大师住下后，一位常讲阴阳之学的周鼎石先生，一天率门生数十人来访大师。谈话间，周先生提出‘通乎昼夜之道而知’的《周易》论题，其中一位老道长提出自己的见解说：‘人人都有知觉，日间应付事务的是这个知觉，夜里做梦的也是这个知觉，所以说：“通乎昼夜之道而知”’。周先生说：‘大家都这样说，我心里认为不一定如此。’又问大师：‘老禅师，请见教！’大师问：‘这句话出那部典籍？’周先生回答说：‘《易经》的系辞，’接著便把系辞的章句连续了几句。大师听后说：‘这是圣人指示人要悟不属生死的一著。’周先生一听，立即拍案叫好，说：‘还是老禅师指示的亲切！’大家听了都觉罔然，纷纷提出问题。周先生解释道：‘死生即是昼夜之道，通达于昼夜，就不属于昼夜了。’这样一说，满座叹服。
三月十日，大师抵雷州，住在城西的古寺里。
四月一日，大师开始著手注《楞伽经》。
这年雷州闹饥荒，疫疠横发，经年不下雨，死伤不可胜计。大师所住之处，好像尸陀林一样，到处都是尸体，因为有法力加持，才得安稳无碍。天时干旱得连井水也都枯竭了，随从大师的侍者福善，在半夜时等了一罐井水，以充一日之渴。
到了七月，城内外横尸遍地，大师劝人收拾掩埋了数以万计的尸体，又为当地百姓作济度道场，道场的仪式完毕，天即下起倾盆大雨，地面上的雨水上涨了三尺，从此厉气即解，百姓于是得救。
第二年正月，会城也死伤了许多人，尸体遍地暴露。大师命人收拾掩理了数以千计的尸体，又建了普济道场七昼夜，会城也便安宁下去。以前广东人士多不知有佛教，自大师教化以来，有根多人皈依了三宝。
四月，大师写成《楞伽笔记》。因为皈依大师的许多读书人士未入佛理，大师又为他们撰写《中庸直措》，发挥佛法的道理。
大师初到五羊时，上下官员见大师是带罪的僧人，都很轻视。当时的制台大同马陈罔如，对军法极严格，大师也没去见他，但陈大司马却常派人侍候大师。这年九月，大师同丁右武去拜访他，门役回说不见，大师只得折回。晚上陈大司马亲到船中拜访大师，还携带了茶点，一直谈到三更。大师非凡的才能，使在座的大为惊佩。此后，陈大司马对部下极力称赞说：‘憨山大师是僧中的麟凤啊！’又下今让三司往拜大师。从此，岭南都知道大师是十分有德行的高僧，同时也知道恭敬三宝了。
十四、曹溪风景
万历二十六年（一五九八），大师五十三岁。正月来了一位侍御轩樊，因坚持建立太子为副主的意见，被贬摘雷阳。他来到五羊访大师，大师正在校对《楞伽笔记》。轩樊问大师：‘雷阳风景如何？’大师拈起经卷说：‘这就是雷阳风景啊！’轩樊听了惊叹大师非凡的胸怀，即为大师荐募集资金，刻印《楞伽笔记》。
有一儒生龙璋，一次听到大师议论佛法，心里非常惊异，回去对他的朋友王安舜、冯昌功说：‘北来的一位禅师，说佛法很奇异。’这二位听后即来向大师请教，大师对他们开示了禅宗的向上一著。他们听后即深信不疑，切志于禅宗的参究。从此，五羊在这三人的带领下，来皈依大师的人日益增多。
大师常常回忆起达观大师许下的诵经之愿，但因一直没有条件，所以未能遂愿。到了夏天，大师在山岩叠壁之间建了一座禅室，模仿大慧禅师冠巾说法的事迹，召集了旧日皈依的弟子，一边诵经一边为弟子说法，当诵到‘见宝塔品’时，忽然悟入佛陀的深意即是指娑婆世界人人目的便是华藏，但须‘三变’的目的，特为劣根人渐示一斑罢了。于是立即著手写了一部《法华击节》。
大师的弟子丁右武，生性急烈，为人慷慨，但只知敬僧，不知有佛法。他将要回家去时，大师送他到船，并重下钳锤，这时丁右武幡然大悟。大师替他取了一个号叫‘觉非居士’，又作了一篇《澄心铭》警策他：
真性湛渊，如澄止水；
僧爱击之，烦恼浪起。
起之不休，自性浑浊；
烦恼无明，愈增不觉。
以我取彼，如泥入水；
以彼动我，如膏益火。
彼乱我真，乱实我生；
我苦不生，劫烧成冰。
是故至人，先空我相；
我相若空，彼从何障。
忘我之功，在乎坚忍；
习气才发，忽然猛省。
省处即觉，一念回光；
扫踪绝迹，当下清凉。
清凉寂静，挺然独立：
恬澹怡神，物无与敌。
第二年春，《楞伽笔记》刻成，大师为弟子讲了一遍后，印了一百多部，遍送海内外佛教界的善知识和护法宰宜。
广东风俗好杀，到了中元节，家家都要杀牲口祭先辈。这时节，市场上牲口堆积如山，真是惨不忍睹。大师此时建了盂兰盆会，又讲解了《孝衡钞》，劝大家斋僧、放生，用蔬食祭先辈，听从的人很多。从此凡遇丧祭大事，父母寿日，或者祈禳，或者拜忏，都放生素斋，后来还成立了放生会。佛法的慈悲救世精神，在大师的倡导下，逐渐在这里生根发芽。
万历二十八年，权使初出朝廷，横行于民间，加上日本入侵，人心惶惶不安。大师见局势不便于弘法活动，即分散了弟子们，独自闭关绝迹，深藏以避扰乱。
会城一带因荒年而粮食不足，常从福建用白艚运米，时值地方混乱，大家只恐商人乘机提价，百姓都为此事担心。
会城大将军的公子即将外出，停船在海边，这时凑巧有几只白艚也停在公子船旁。税使早已蓄谋打击大将军，便借口这几只白腊是大将军为公子送行的，集合几千个市民，投掷砖石，打破了公子的船只。他们又围住师府，持刀相逼，情况十分危急。这时正巧三司府县的官员都赴端州行节礼去了，会城没有一个正官，如果再无人解救，危险就在呼吸了。
大将军无决解围，即派中军到大师关前求解，大师不答应，说：‘我并没有什么神术。’中军跪下哭泣说：‘大师即使不考虑兵主的安危，难道就不考虑地方生灵的死活吗？’大师听他这么一说，心中不禁惕然，即刻起身到税使处，从容劝化，开晓其意。税使听大师一劝，果然明白了道理，愿意去招安百姓，解散乱民。这时，大师先来到乱民前说：‘你们今天所要求的，无非是想吃价格便宜的米，但如果今天犯了大法，就会有杀头的危险，即使有了价格便宜的米，谁来吃呢？’乱民听了都觉愕然，顷刻之间，帅府之围即解开了，父老们都十分感激大师。
这时三司官员正在军门呛饭，听说市民作乱，都放下碗筷，一齐赶到会城，见乱民已散，心里才松了一口气。
秋天，南韶观察使祝惺存，请大师入曹溪祖庭，大师乘兴而入，看见四方流棍集于山门，打赌的，开酒食店的，无所不有，环境被搞得非常秽污。这积弊己有百年之久了，更可叹的是，坟墓占了祖山，僧产多被侵占，并且寺中恶僧勾合外棍挟骗寺产，寺中僧人没有一个敢正视现状。大师不禁叹息说：‘这是心腹之患啊！假使不除去，那六租的道场终将化为狐窟，永远不可药救了。怎么办呢？我即使住在这里又有何用？’大师考虑了半天，只得去告诉戴制台，戴说：‘这事好办，我试为大师去做。’即下令本县坐守，限三天内把流棍全部驱逐，不留一人，拆除店铺，不存片瓦。从此，曹溪山门的积垢如洗，又恢复了往日的清净。
戴制台留大师过斋，谈话间制台说：‘六祖道场的腥膻，我已为大师洗净了，目前地方生灵涂炭，大菩萨有何慈悲之法来救济呢？’大师问：‘这是什么意思？’制台说：‘这一带海上有一伙强盗，他们拥有采珠船千艘。近来钦差奉旨采珠，又资助了他们的势力。采珠结束后，他们横行于海上，到处劫掠，这是第一。第二是地方开矿，朝廷采役横暴乱来，挖掘坟墓，破坏百姓的财产，百姓处处遭受毒害，这比强盗的劫掠更残酷，有上述这二害，所以百姓不能安宁地生活，请问大师如何处置呢？’大师回答说：‘此事不容易，慢慢地再想办法吧！’
朝廷派来的李采矿使，对佛教颇有信心，这年秋天他到曹溪进香，在山住了好几天，大师对他开示了佛法，他听了非常高兴。大师劝他做重兴祖庭的布金擅越，他慨然独力承担。大师又暗中对他说：‘开采矿山对地方百姓损害很大，这大概不是皇上的本意吧？请你把采矿的船只约束以期限，往来超过期限的就处以罪，矿一采完，应尽快地撤除差役，使他们无害于百姓，可以吗？’李采使听了唯唯应诺。回去之后就力行约束，从此山海地万就安宁下来。
戴制台很感激大师的帮助，写信感谢大师说：‘今天我才知道佛祖的慈悲广大！’因为这样他护法的信心更切了。大师也因为有他们的帮助能够在曹溪安心弘法。大师开辟了祖庭，改修道路，选择优秀的僧人授戒，设立教育沙弥的义学。又设方了库司，清规。查阅了租课，赎回了僧产。仅在一年之间，百废俱兴。
第二年，大师重修祖殿，改路径，辟神道，移僧居，拓禅堂，又创立了新的清规。
十五、达观大师的逝世
万历三十一年秋（一六零三），大师在曹溪写信给达观大师，请他来重兴祖庭，但因发生了震动中外的‘妖书事件’，达观大师不幸被捕入狱。所谓‘妖书’即达观大师要求朝廷减免矿税的谏文，因为奸臣的挑拨，所以一片为国民的忠心，竟被冤屈入狱。
这时，执政者想把达观大师处死。达观大师说：‘世法如此，久住何为！’就洗了浴，点起油灯，端坐说了一首偈：
一笑由来别有因，
那知大块不染尘；
从玆收拾娘生足，
铁橛花开不待春。
说毕即溘然而逝。达观大师的近侍曹学程，听说达观大师已逝，急忙赴到，见师端坐不动，就抚著师的背说：‘师傅去得好！’达观大师又开目微笑而别。这时年龄只有六十一岁，他这样洒脱自在的了脱，使朝野上下闻之，无不叹服。
憨山大师听到达观大师逝世的消息，便想赶去吊唁，但因路途遥远，未能如愿。大师从南岳启程，经过数千里的长途跋涉，终于赶上荼毗法会上，大师举起火把说：
‘性火真空，性空真火，狭路相逢，定没处躲。恭维紫柏尊者，达观大和尚，偶来人世，误落尘寰。赤力力，脱尽娘生花衫；光砾烁，露出本来面目。荷担正法，纯刚就练就肩头；彻底为人，生铁铸成肝胆。生死路上，直往直来；今事门头，半开半掩。六十余年松风水月襟怀；千七百则兔角龟毛在仗。饶地未后风流，未免藏头露尾。撇下脏私，谁料落在憨山道人手中，今日恃为人天众前，当场拈出，大众还见吗？’大师用火把画了个O相，又说：
柱杖挑开双径云，
通身涌出光明藏。
珍重诸人著眼看，
这回始信无遮障。
荼毗了达观大师后，大师和达观大师的弟子们将达观大师的舍利安置在塔中，憨山大师又作了一篇塔铭，其中说：‘师诞生后，五岁不语，一僧过门，摩其顶而谓其父曰：“此儿出家当为人天师。”言讫忽然不见，师逐能语。髻年，性慷慨激烈，妇女无敢近。年十七，欲仗剑北游，至苏州阊门，天下雨，值虎丘僧明觉，见师少年不群，心异之，因与同盖，归寺餐宿。师夜闻诵八十八佛名经，侵晨，即解腰缠十余金，请剃发，礼明觉为师，往来三吴间。
‘一日辞明觉师去，闻僧诵张拙见道偈，至“断除妄想重增病，趋向真如亦是邪”遂大疑之。每至一处，辄书二语于壁间，疑至头面俱肿。一日斋次，忽悟，头面立消，自是陵跞诸方。
‘过匡山，穷相宗奥义。一日行二十里，足痛，师以石砥脚底，至日行二百里，乃止。游五台，至京师，参遍融大长老，留住挂搭。遍参笑岩、暹理诸善知识。
‘见大千润公，上堂讲公案，以口耳为心印，以帕子为真传，师叹曰：“西来意果如是乎？”遂不入众。南还，至嘉禾，有密藏道开，南昌人，弃青衿出家，依师为侍者。郡城有楞严寺，为长水疏经处，久废。师与太宰陆五台公光祖心契，始议恢复，建禅堂五楹。成日，师行锥刺臂血盈盂，书一联云：
若不穷心，坐禅徒增业苦。
如能护念，呵佛犹益真修。
‘师念大藏卷帙重多，致遐方僻陬，有终身不闻佛法名字者。欲刻方册，易于流通，普使见闻，作金。刚种子，即有谤者，罪当自代，遂倡缘。’
达观大师在一些居士的帮助下，大量印刷了佛经方册的单行本，便于流通，易于翻阅，对佛教的传播产生了不可估计的作用。
塔铭中接著说：‘师即刻藏嘉禾，有成议，’乃返吴门，省的得度师觉公，已还俗，以医名。师乃诈姓名，称病舟中。延明觉和尚珍视，觉见师，大惊，师即涕泣，劝之剃发。觉惭愧，还执弟子礼。’由此可见达观大师对师的至诚心和报恩心。
塔铭中又说：‘予度岭南五年，师以予未归初服（即僧服），每叹曰：法门无人矣！若坐视法幢之摧，则绍隆三宝者，当于何处用心耶？老憨不归，则我出世一大负，矿税不止，则我救世一大负；传灯未续，则我慧命一大负。若释此三负，当不复走王舍城矣。’
达观大师时刻念念于怀的，是佛教的兴盛、人民的幸福，可他这三负，在他在世时，却没有一件能圆满成功，这责任无疑留给了憨山大师。
十六、风云岁月
达观大师逝世后，憨山大师回忆起他曾说过：‘楞严经七趣因果，世间书籍没有与它对应的注解。’大师当时说：‘春秋正是说明因果的书啊。’于是发心写《春秋左氏心法》，借发挥因果的道理，弹劾政治上不明因果而致的腐败，提倡因果乃立世之本。
万历三十三年，大师六十岁。这年三月，大师渡过琼海，访寻苏东坡曾在此住过的桄榔庵和白龙泉，又寻找觉范禅师的遣迹，结果没寻到。晚上住在明昌塔院，写了一篇《春秋左氏心法序》。
第二天，大师游石山，写了《琼海探奇记》和《金栗泉记》。晚上登上郡城，看见城中生气不佳，立刻对地方人士说：‘琼城将有灾难了，你们赶快逃避吧！’但人们都还以为大师在骗他们。当大师收拾行装准备离城时，郡城的土大夫们苦苦相留，但他无论如何也坚持要去。
第二天大师印渡过琼海，半个月以后，琼城即发生强烈的地震。城东的旧壁和门都陷了下去，城中的官舍完全倾塌，明昌塔倒下正压碎了大师曾居住过的楼房。许多知情人都认为大师有神通。
四月制府檄大师回五羊。七月大师到曹溪。这时祖殿已完成十有六七，修建时欠工料费千金，大师向两位内使化缘，偿还了借款。大师又修建了五羊青门长春庵，作曹溪的廨院，为六祖大师办供。
万历三十四年，神宗皇上的长孙诞生，朝廷大行恩赦，凡在充军的老年有病者，及有错贬的，都听其辩明释放。大师也在释放之例。
第二年，大师迁籍曹溪，在山中常为弟子说法。
大师幼年时曾读《老子．道德经》，因文古意幽，文句艰涩难懂，决心参究其中的义理。后经梢家弟子请求为《道德经》作注，因此，大师从万历二十年开始落笔构思，一定到参究透彻才落笔，如有一字未通，决不轻易放过。这样努力了十五年才完成了《道德经注》。大师曾说过：‘我在写经注解时，总是凝神入观，体契佛心，到了内心智慧明彻时，才写在纸上，如果一涉思议，即不中用。’可见大师的文章，都是从般若心中流出的。
万历三十六年，大师计划修建曹溪大殿，化缘金，运木材，都亲自奔波。
第二年二月，大师从端州运木材回来，被大风阻在羚羊峡。这时大师漫游端溪，写了一篇《梦游端溪记》。木材运到蒙江，大师先入山，正想召集僧众搬运木材时，不料有几个奸僧被奸商所动，出来反对大师，造谣说大师侵吞了常住，并鼓动大众反对大师，寺内一片喧哗。大师看到这情况，心中叹息说：‘这都是我重建佛教，太著相的过错啊！’
正当大众混乱时，大师独坐在堂上，焚香诵《金刚经》，诵到佛说四见即非四见时，忽然大悟，即下笔写了一篇《金刚决疑》。稿成时，大众也寂锋了，但这几个奸僧却上告到按院，按院准其辩明是非。
大师飘然出门到按院听理，但困在芙蓉江病了二年，到了第三年七月才到郡县。这时‘直指按部’也到郡访大师，因司理听信奸僧的诬告，欲加罪于大师，‘直指按部’出来反驳说：‘大师大有功于六祖，他舍去了自己的一切来振兴祖庭，现在奸僧反而得利，这难道是平等法门吗？’司理只得下放本府严究。本府到了曹溪，调查了实际情况，了解到大师对常住财物丝毫无犯，本府重怒奸僧，要不是大师的解救，难免一死。
本府见大师如此高洁，再三请大师留住山中，但大师对修建丛林之事已生厌倦，因此力辞。大师把禅堂交付弟子怀遇掌管之后，自己一人飘然长往了。
大师离曹溪时有付弟子诗十绝，录三首如下：
福田种子要深栽，
因果如临明镜台。
亲到宝山千万次，
这回不可又空回。
功德园林不可轻，
脚跟步步要分明。
莫教错落随他去，
免使盲人又夜行。
少小能存向上心，
毫芒终长到千寻。
只须历尽冰霜苦，
姑得成材出郭林。
大师到南岳时有留给岭南弟子诗十绝，录四首如下：
底事分明在己躬，
不须向外问穷通。
但能触处回光照，
莫被尘劳困主公。
大道从来绝本真，
多因分别强疏亲。
直须看破娘生面，
方是尘中特达人。
尘劳浪迹久和光，
只为拈提此事忙。
千尺钓竿几斫尽，
海天回首更茫茫。
为法宁辞道路赊？
空云瘴海是天涯。
频将一点曹溪水，
灌溉西来五叶花。
十七、在匆忙的弘法中
万历三十九年，大师在端州鼎湖山养痾。有许多懦生相依请教，大师便写了一篇《大学决疑》。
第二年大师转住五羊长春庵，对荣子讲解《大乘起信论》、《八识规矩颂》、《百法明门论》等。又因以的所著的《法华击节》文义联络不分，学者难以领会。于是又写了一部《法华品节》。
万历四十年，大师在长春庵结夏，对弟子请解《圆觉经》。经文刚讲至一半，突然发了严重的背疽，请来医生也治不愈，生命极其危险，五羊大将军准备为大师安排后事，正在这时，来了一位本地土医，一见大师的背疽便说：‘很危险了，再过一会儿就没救了！’他立刻到山采了草药，捣碎敷上，随即奏效，到了冬天就完全恢复了。背疽好后，大师写了一篇文章感谢地。大师这时发背疽和四十八年前初坐禅一样，同是宿业怨债，虽然在这四十八年中常有发生，但都随祷而止，而这一次却算是最后偿还怨债了。
次年，大师离开长春庵到衡阳去，在大善寺为众僧说戒。冯元成居士替大师造昙华精舍，作弘法道场。这时太后逝世，大师在此建报恩道场，才开始脱去俗装，穿还僧服。
大师在东海时曾立意写《楞严通议》，因一直无暇写作，到这年五月动笔，五十日稿成，适大师高足悟心、颛愚来看望，大师即作诗赠之：
《送悟心融营座还京口》
空山拟伴若余年，
何意东归上法船。
好待海门孤月上，
话头一为老僧圆。
《讯频愚衡公病》
四大久观如泡影，
痛魔何处用潜踪。
主人自有安闲法，
只在无生一念中。
万历四十三年（一六一五），大师七十岁、这年春天，大师为大众讲解《楞严通议》。四月，大师著《法华通议》，因为《击节》和《品节》都未能融贯法华全文，因此又作通议来补充其疏略。接著大师又讲解了《大乘起信论》及写《起信论略疏》。
第二年，正是达观大师逝世的十二周年，大师难忘法门友谊，一直想亲自去吊唁。至四月，大师离湖东，端午节又到武昌礼大佛。游九峰山礼无念禅师塔。六月到了浔阳，游东林寺，写怀主诗。登上庐山吊彻空禅师塔。夏天在金竹坪避暑，在此写了《肇论注》。庐山的幽胜环境，使大师产生了在此归隐之意，于是游览了全山胜景，一路来随缘弘法。七月，游归宗，登金轮峰，礼舍利塔，又在这里留下一些诗篇。
这时有一僧人把五乳峰让给大师，大师见环境非常幽静，很满意，后由弟子们建造精舍。
八月，大师到黄梅礼四祖和五租，入紫云山，过桐城，游浮山，登九华，抵金沙、渡梁溪，达惠山，过吴江，一路上会好友，谈佛法，最后到达径山寂照庵。
大师在径山和达观大师的许多弟子一同纪念达观大师。大师先后写了一篇祭文，后又把达观大师的舍利藏在文殊台，弟子法铠建了一座塔，大师又作了一篇塔铭刻在塔前。
这年大师在径山过年，开堂为大众讲《参禅切要》。因为法铠请问法相宗义，大师便写了一本《世相通说》。这时间大师还写了一篇《担板汉歌并引》，玆引于下：
‘径山法窟，自大慧中兴临济之道，相续慧命，代之不乏。近来禅门寥落绝响，久矣。顷一时参究之土，坐满山中，至有一念瞥地，当体现的，得大自在背，惜乎！坐在洁白地上，不肯放舍，以为奇特，不知反成法碍也。教中名所知障。所以古德云：“直饶做到寒潭皎月，静夜钟声，随叩击以无亏，触波澜而不散，犹是生死岸头事。所谓荆棘林中下脚易，月明帘下转身难，各抱守竿头，静沈死水，尚不许坐住，说有未到瞥地，偶得电光三味，便以为得，弄识神影子者乎。”此参禅者得少为足，古今之通病也。恐落世谛流布，疑误多人，有请益者，乃笑为《担板汉歌》以示之。歌曰
担板汉，担板汉，
如何被他苦相赚。
只图肩上轻，
不顾脚跟绊。
纵绕担到未生前，
早已被他遮一半。
这片板，顶上枷。
浑身骨肉都属他。
若不快便早抛却，
百千万劫真怨家。
坐也累，行也累，
明明障碍何不会？
只为当初错认真，
清净门户生妖魅。
开眼见，闭眼见，
白日太空生闪电；
乾闼婆城影现空，
痴几说作无宫殿。
要得轻，须放下。
臭死虾蟆争甚价；
乌豆将来换眼睛，
鱼目应须辨真假。
有条路，最好行，
坦坦荡荡如天平；
但不留恋傍花柳，
管取他年入帝京。
舍身命，如大地，
牛马驼驴不须避；
果能一掷过须弥，
剑树刀山如儿戏。
如爱他，被他害，
累赘多困费管带；
一朝打破琉璃瓶，
大地山河多粉碎。
我劝君，不要担，
髑髅有汗当下干；
分身散影百千亿，
从今不入生死关。
看了《担板汉歌》，那深含理性的生动言句，使人明了参禅的路头风光及其到家的消息，确是宗门实修的指南。
十八、菩萨应世
万历四十五年，大师七十二岁，正月在径山为大众说戒，结束后辞别径山的大众，到云栖山吊唁云栖大师。这时云栖大师的弟子千余人，久侯在山中。大师在禅堂里对大众发挥了云栖大师在生时的密行，弟子们听著听著，有的落下了眼泪，发出悲泣的声音。他们又请大师作了《云栖大师的塔铭》。
大师出生时，玄津法师、谭孟恂居士，以及许多儒生绅士，留请大师在净慈堂说菩萨大戒。这时大师作了一篇《宗镜堂记》。
大师在杭州的消息使全国许多名德慕名而来，他们汇集在西湖，各抒己见，提出诘难，大师一一予以答覆，气氛十分热烈，是一次东南法会中盛说况空前的殊胜法会。
玄津法师、谭孟恂居士在此将大师以前游历中所作的零星作品，整理成《东游集》刊行于世。
此时，大师的功夫日趋成勤。虽然到处弘法，却不须尘拂和锡杖随身，他的面色玉一般的光晰，身体非常强壮，即使在酷暑中行走，也无半点汗水。晨夕盥沐时，盆中之水依旧清澈无浊。大师坐的时候，总是双跏趺，而且不须用手帮助。无论开眼合眼，二六时中，常在定中。不论是日间或夜里，在行住坐卧中，一闻他人启请法语，眼光如电，眼眶里没有丝毫的残留，也不须用手去拭。大师上堂说法时，辩才无碍，一启口就是数千百字，从来不吃一字，而且声如洪钟，震动堂外。大师提笔写开示法语时，不起于坐，叙述数千百字，笔无停留。平时，大师左手时刻转著数珠，右手握一柄白竹骨的折叠扇，无论冬夏常在手中，但不是为了扇凉，而是当遇著人天三界大指麾时，当案一击，靡不呼应。
大师的道力神通的显现是无数的。在宗镜堂时，一天大师正升堂说法，见两僧挟持一僧走上台阶，而那被挟的僧人颠狂不止。这两僧乞求大师说：‘这位师兄持大悲咒五年，平时行为也端正，不知何故会著魔成这个样子，请大师替他治吧！’大师说：‘这病可医！’就命侍者在堂里寻到三位持秽迹金刚神咒的僧人。大师先在座位上自持神咒，又叫那三位僧人把神咒传给颠狂僧。开始时，那人不省人事，大师以扇在案上震威一击，再提授一句，颠狂僧即能随持，这样逐句传完后，颠狂僧如梦初醒，从此就再也无病了。大师叫他到香积寮去。
又一日，有一僧来顶礼，还未礼毕时，大师即击扇喝值：‘杀人贼，见我作什么？！’知客僧听见急忙赶来，那礼拜僧不说一句话就去了。大众都惊愕不解地看著。第二天这僧被官府所捕，大众这才明白大师的神通妙用。
大师的神通事迹是不胜枚举的。又有一次，大师在嘉兴金明寺禅堂，晚上和道友们在谈论著佛法，忽然有一个提挺直马鞭子的人，在堂门外呼叫，有认识的说这是粮衙钱皂隶，都当做他喝醉了，想把他赶走，但他非但不去，反而越叫越响，声音中还夹杂著佛教术语：‘今日活菩萨降临，我应该受超度了！你们不要拦阻我。’大家听了觉得奇怪，就去告诉大师。大师说：‘可以让他进来。’那人一进来，即合掌礼拜具佛子威仪。大众都好奇地望著他，见他双膝著地，作鬼话说：‘弟子仲日仁生的持长斋，修净土八年，今天是我亡故的五七期，借钱皂隶的身体求大师超度。我不愿到阴府去，应该往生西方净土，望菩萨慈悲指引。’说毕伏地流泪，悲泣不止。大师叫侍者中专修净土的耆宿六人侍立，自己亲自捻著数珠，并叫给他一数珠念千声佛号，这托鬼的身体即能跟随念佛，一堂大众，肃然无声。念佛结束后，大师又演蒙山施食文，当诵到：‘应观法界性，一切唯心造’时，举扇击案大喊道：‘速得解脱！’那人即答道：‘解脱竟！’这样一连三呼三应，速度快极。过后，托鬼身站了起来，具佛子威仪，向大师称谢往生净土，又顶礼东西两旁的大众说：‘各各努力，龙华会上相逢！’大约过了二小时，大众还聚在禅堂里未散，有的在哭泣，有的在叹息，也有的在偷偷暗笑，甚至有的还在訾议著，大师无动于衷，处之晏如。
第二天，大师送他到临崖，他感激地顶礼大师，然后依旧返回禅堂门口，说了几句谢钱老宫赖托得度的话，便猝然扑地而醒，又是原来的钱皂隶了。这时旁边的一位知情人说：‘仲日仁是隔河仲痒士、名闻韶的父亲，在生时修净土十分虔诚，这感应确是应该的。’大师的弟子福征也在旁说：‘日仁是我的壁经社友。’就同善信等数十人去拜访。到了他家，这才知道已死了五七三十五日了，而那个钱皂隶因催粮到了地的灵座前，仲日仁乘他醉时，就引魂得度。
过了几天，有一位许泰惟居土，素来信佛，他见过大师的神通感应，就请大师到他家，为父亲设灵，叩求大师说法。大师一席法语中，处处都指出他父亲在世时的阴暗事，听到的人都被大师惊人的道力慑服了。
仅只几天，人们奔相走告，相传著活菩萨应世。无论男女老幼，都怀著一颗虔诚心想见一见大师。此刻，大师正在东塔，片刻之间，人们蜂涌而至，成千上万的人群站满了山门到方丈室的所有空间，人们要见大师的呼声一阵响依一阵。这时，大师和几位侍者，走到东塔的二层窗口，向大众慈悲致意，大众一见大师，礼拜的人群此起彼伏，如烟加云，人们从大师的道德神通，看到佛教的伟大，内心的虔诚和欣喜不可言喻，一直礼拜到天黑后，才渐渐散去。
第二天，前来供养大师的人仍很多，大师觉得这样下去不好，第三天即渡江到淞陵了。
十九、指归净土
万历四十六年（一六一八），大师七十三岁。这年开始在五乳峰造佛殿和禅堂。大师为了追效庐山慧远大师六时念佛的芳规，又嘱咐弟子在佛殿中精造西方三圣像。
次年，殿宇修成后，大师在正月开始讽诵《华严经》，在此期间并为大众讲解了《法华通议》。到了夏季，大师又为大众讲解《楞严经》、《大乘起信论》、《金刚经》、《圆觉经》、《唯识论》等。八月十五日；讲经法会圆满后，大师闭关静修，谢绝一切外缘。在静室中，大师以刻香代漏，六时念佛，专意净土。
不久，大师又考虑到华严一宗将要失传，因为清凉疏钞文广义繁，学者心志不及，大多不敢深入。于是大师但取疏中大旨，落笔写《华严纲要》，对华严宗的复兴起了一定的作用。
万历四十八年（泰昌改元），大师七十五岁。这年春季，侍者广益请大师著述《圆觉经直解》、《起信论直解》及《庄子内七篇注》。
夏天，大师足生疾病，行走不便。秋天，许多居士上山问道，大师在病中对他们开示佛法，又作了列代祖师传记七十多首，每首都附上赞文流通于世。
大师自离曹溪到庐山已有八年时间，那些住在曹溪的弟子们日夜思念著大师。他们常派代表去庐山问讯，想请大师回曹溪，但大师不同意即刻前往。后又有许多曹溪的居士们前来请大师，大师都以有病为由，婉言谢绝了他们的诚意。
次年夏天，弟子众请大师讲解《楞严笔记》。十月，大师弟子孝廉刘起相等再请大师去曹溪，大师又以病为由谢绝了。
天启二年（一六二二）大师七十七岁。这年大师写成《华严纲要》。又为大众讲解《楞严经》、《圆觉经》、《大乘起信论》、《肇论》。这时，曹溪吴郡守、韶阳太守等许多弟子，第三次又请大师去曹溪，大师情不获已，决定去一趟。这年冬天，大师出庐山、度彭湖，在腊月初八登上岭南，十五日入曹溪。这时大师在大众的请求下即开始写年谱。
天启三年（一六二三），大师七十八岁。春天，韶阳太守等居土入山请大师说法，五羊法性等弟子也来到曹溪。大师虽已年迈，但菩萨悲心，法施无厌，在禅堂里先对大众说大戒，次说《起信论》、《唯识论》、《楞严经》。
