建文君臣提倡以儒家学说治国，一向约束宦官甚严。尽管宦官奉命出使、监军等等是皇祖朱元璋留下的陋规，但自那时起，宦官便不得为所欲为。后来一些中官奉使四方，依势侵暴吏民，各处多有告诉。朱允炆下诏所在有司逮治，绝不留情。这一严厉措施，颇招致了宦官们的不满，其时河北、山东战事方殷，这些宦官都希望燕军能够得胜。如此不仅可以报仇，而且由于拥戴之功将来肯定不会吃亏。于是一些被黜的不法中官，先后北上投奔了朱棣。就是那些仍留在南京的，也无不怀有二心。如今朝廷倾全力阻击燕军，致使燕军迟滞河北，不得南进。而相对之下，南京的防卫却显得空虚。这些宦官们便悄悄将南京空虚之状密报燕王，意在诱其避开大军，直捣南京。
宦官们所提供的消息使得企图摆脱不进不退的困境的朱棣豁然开朗。他慨然叹曰：“频年用兵，何时已乎？要当临江一决，不复返顾矣！”
他决心直下南京。
这时官军主力全在河北山东一带，把守南京门户的是驸马都尉梅殷，这年十二月朝廷派他为总兵官镇守淮安，防止燕军南下。
梅殷，字伯殷，是河南侯梅思祖的从子。据说他天性恭谨，有谋略，尤长于弓马。洪武十一年，成了朱元璋的乘龙快婿。其所尚之宁国公主便是朱元璋的第二个女儿。朱元璋的大女婿李祺，是韩国公李善长之子。洪武二十三年，李善长牵连到胡惟庸案中被杀，这时李祺早已死了。梅殷在诸女婿中便为长了。在十六个女婿中朱元璋最喜爱梅殷。那时，曹国公李文忠典国学，梅殷受命巡视山东学政，因为事情办得出色，朱元璋曾经赐敕褒美，夸赞他精通经史，堪为儒宗，当世无不以为荣耀。
朱元璋晚年，诸王势力强势。朱元璋颇为之忧虑。他曾把梅殷秘密召到身边，嘱咐他将来辅佐皇太孙 。如今燕王发难已经三年，日渐南逼，正是梅殷出力之时。他召募淮南民兵，号称四十万之众 ，严阵以待。朝廷还派左军都督佥事徐真，右军都督佥事马傅率偏师北进御敌 。
朱棣出师之前亲撰祭文，祭奠天下阵亡将士。被祭奠者不仅有燕军中之阵亡者，也还包括官军中之战死者。不管朱棣如何公开宣传，他心里很清楚，这场战争实际是他发动的。驱天下之兵马于刀兵之阵，陷南北之人民于祸乱之中，即使上天不谴责，民心也是不会嘉许的。朱棣惯于争取民心的手法，他的祭奠，不过是想让更多的人为他去死，杀了人，还想让人称颂他的仁义之心。与此同时，朱棣还将在永平擒获的辽东指挥王雄等七十一人释放，令其归还本卫。王雄等临行前，朱棣向他们进行了一番说教。当然仍是“奸臣浊乱朝纲，废成法屠我诸王昆弟以危社稷”，因此不得已而起兵的一番话。但这时朱棣不仅以释放战俘故意示恩，而且又常把天下生民挂在嘴边。他说：“每战擒获将士，思其皆我皇考旧人，为奸臣驱迫战斗，盖出于不得已，实非本心，念其皆有父母妻子朝夕盼望，悉放遣之。故今亦释尔等。”据说，杨文军队在蓟州、遵化一带纪律不佳，给无辜百姓带来不少祸患。朱棣抓住这一点，指斥杨文暴虐，这不仅更显己之高致，而且意在离间其上下之心：“归语杨文，所敌者在予一人，百姓男女，老弱婴儿何罪？淫刑惨酷，使人痛心，不忍闻也。夫善恶报应，捷于影响，杨文不有人祸，将必有天殃。”恩莫大于活命，看来朱棣此举收到了效果。王雄等无不被感动得痛哭流涕，对于杨文则颇生怨愤之心。王雄说道：“杨文诚得罪于天，无所逃其责。臣等愚昧，为其所诱，罪宜万死。今蒙陛下再生之恩，当陨首为报。”朱棣此时释俘，更有深意。他每当南征，总不免后顾之忧，辽东一翼之官军如同他心腹之患。如果王雄等回到辽东能对杨文有所掣肘，那么他的南征便可大大放心了。
十二月十二日，朱棣誓师南征。他要争取民心竭力把燕军打扮成义师。但古来兵匪一家，少有行军不祸及无辜者。朱棣虽然指斥了辽东官军的残暴，但他同时感到也不能不对自己的部下加以约束。他说：“靖祸难者，必在于安生民。诛乱贼者，必先在于行仁义。生民有弗安，仁义有弗举，恶在其能靖祸难哉！今予众之出，为诛奸恶，扶社稷，安生民而已。予每观贼军初至，辄肆杀掠，噍类无遗，心甚悯之。思天下之人皆我皇考赤子，奸恶驱迫，使之夫不得耕，妇不得织，日夜不息，而又恣其凶暴，非为致毒于予，且复招怨于天下。”
“今我有众，明听予言，当念百姓无罪，慎毋扰之。苟有弗遵，一毫侵害于良民者，杀无敌，其慎之。”
半个月后，这时已迫近除夕，大军驻营蠡县汊河。燕军的目的是避开真定和德州的守军，从二者之隙直插山东进入淮北。但德州与真定之间也不一定会毫无阻挡，时刻都可能遇到官军的游骑。朱棣首先派李远带八百骑兵侦察官军动静，扫清道路。
官军也并未因为新年而放松戒备，大年初一，李远来到藁城，便遇上驻守德州的都指挥葛进领马步官军万余人渡河北上。李远兵少，不能硬拼，他抓住战机，乘官军渡河未毕，出兵击之。官军见到燕兵冲来，稍稍退却进入林间，意在邀李远来战。这时双方都下了马徒步交战。官军见李远兵少，不免有些轻视。李远一退，官军便追，殊不知这是李远诱敌之计。李远乘机分兵潜入敌后，把官军的马匹全部放跑。李远突然反攻，官军退却，发现马匹已经不见了，军心大乱，李远带兵乘势冲杀，官军大败。这一仗官军被斩首四千余级。许多军士溺水而死，不少马匹落入燕军手中，葛进仅以身免。
燕军首战得胜，朱棣极为高兴，赐玺书慰劳李远，称赞他的轻骑八百，出奇应变，破敌万人，其功壮伟，即与古代名将相比也不为过分。特别是这一天是新年的第一天，本来寒冷凄穆的军旅之中顿时充满了喜庆气氛。朱棣下令对能奋忠效力的李远所部将士加以褒奖，前锋交战都指挥以下以至于军校，皆升一级。
与燕军南下的同时，官军则在北上。他们想在朱棣退回北平时候乘势出击。平安带领数万兵马从真定出发，打算收复通州，朝廷正月初一下令魏国公徐辉祖率京军往援山东。李远在藁城击败的葛进，即是官军北上之先锋。朱棣锐意南进，又派朱能带一千轻骑往衡水哨探，正与平安北进之兵相遇。不幸的是平安的兵一战而败，损兵七百余，失马五百余，指挥贾荣也被生擒。
朱棣挫败了东西两翼之敌，便带兵从馆陶渡卫河下东阿，拔东平，陷汶上，所至克捷。再向前去就是孔子的老家曲阜了。但他并未进曲阜之境。既然是自称仁义之师，那么在圣人面前便不能不装得是通达情理的一般。他对诸将说：
孔子之道，如天之高，如地之厚，如日月之明，参赞化育，师表万世。天下非孔子之道无以致治，生民非孔子之道无以得安。今曲阜阙里在焉，毋入境，有犯及一草一木之微者，杀无宥。邹县孟子之乡，犯者罪如之。
这场战争，不仅是军事上的较量，也是道义上的抗衡。朱棣越来越强烈地意识到争取军心民心的重要性。燕军经过馆陶时，朱棣见一士兵因病卧倒在道旁。他立即命身边的人牵过自己的从马，让病员骑上，未想身边的人都说，大王的从马士卒不宜乘。朱棣说：“人命至重，马岂贵于人乎？今病卒不能行，不以马载之，则遂弃之耳。战用其力，病而弗顾，是爱人不如爱马也，宁辍马以乘之。卒既获济，马复何损！”传统哲学中，从来就有一种思想，认为天地之间人为贵。一次，马厩失火，孔子得知消息，首先便问是否伤人。朱棣借题发挥；无非是说自己得了孔孟的真传。
然而与之对垒的一方，同样也举着孔孟之道的旗帜。他们为维护朝廷，用血肉写出了一个忠字。杀身成仁，舍生取义，绝不是一句空话。
燕军攻破东平，守城的指挥詹璟被执 ，知州等长官都逃得无影无踪了。本州有一位吏目，名叫郑华。他本为临海人，在洪武年间任行人司行人。建文初年被贬为东平吏目。官位虽变，君臣之义不变，官职虽小君臣之义不小。他眼见即将城破地失，深感有愧君恩。他对妻子萧氏说：“吾义可死，奈亲老汝少何？”是啊，他一死方便，撇下年老的父母年少的妻子岂不要受罪。心有上下君臣之义，岂无父子夫妇之情！这萧氏也是个深明大义的，他对丈夫的壮举极为感动，她说：“君能为国，妾独不能为君乎？”萧氏痛哭泣下，大泪滂沱。这泪既为丈夫的壮举而流，也为夫妻的情义而流。无论如何，郑华感到十分满足，他能以身殉国，实践他最高的道德理想，同时又能如此为妻子所理解，即使在九泉之下，他们还会在一起的。郑华率吏民凭城固守，力不支，不食五日而死。
燕军继续向南进，正月十五日攻沛县。本城知县名颜环，字伯玮，庐陵人，是唐代大书法家鲁国公颜真卿之后，聪敏耿直，能文章，善事父母，友于兄弟，睦于族姻，乡党称其六行无异辞。建文元年，朝廷征求人才，伯玮以贤良应选，受命担任了沛县知县。燕王起兵之初，李景隆屯兵德州，淮北民终岁转饷。颜伯玮善为规划，调度有方，使民不告劳而使德州粮饷不困。建文三年六月，燕军掠济宁，游兵过沛县，沛人窜匿，伯玮设法招徕。后为阻止北军南下，朝廷命于此地设立丰沛军民指挥司。颜伯玮乃召集民兵五千人，筑为七堡，坚守待敌。但后来由于山东战事告急，三千人被调去充实前线。所存仅疲弱不堪战斗之兵。这时，燕军突然南下，伯玮知力所不敌，便派遣县丞胡先百夫长邵彦庄密至徐州告急。但援兵竟久而不至。伯玮知道败不可免，便命其弟颜珏、其子颜有为还家侍父，让他们告诉父亲：“子职弗克尽矣！”而自己下定决心与城共存亡。伯玮徘徊庭下，壮志满怀。来到察院，不禁题诗壁上：
太守诸公鉴此情，只因国难未能平。
丹心不改人臣节，青史谁书县令名！
一木岂能支大厦，三军空拟筑长城。
吾徒虽死终无憾，望采民艰达圣明。
他知道自己位卑人轻，其力难以挽回天下大势，虽不敢想望垂名青史，但既为人臣便当尽臣节，而临死犹不忘救生民于水火。二十二日夜二鼓，燕军攻破县城东门，守城指挥王显竟开门投降了。颜伯玮见自己尽节的时刻已到，便仔细服好冠带，登上公堂，向南礼拜，痛哭大呼：“臣无能报国矣！”自颈而死，时年五十岁。古语云：“谋人之军，师败则死之，谋人之邦，国危则亡之。”伯玮受百里之命，素志已定，视死如归，实有古君子之风。他的儿子走到半路，不忍离开父亲，又回到城中。在堂上见到父亲已为国尽忠，悲痛而又感佩，毅然自刎于父亲身边，成全了自己的忠臣孝子之志。
燕军进城，主簿廖子清、典史黄谦也都被执。燕将想释放廖子清，子清不愿偷生，表示：“愿随颜公地下。”慷慨就义，燕将又派黄谦往徐州招降，黄谦坚绝不从，也从容赴难。
燕军进逼徐州，支将王聪进攻萧县。知县郑恕率众拒守。城破，郑恕殉难。这郑恕，字本忠，乃浙江仙居人。其居乡时治尚书，攻苦食淡，虽鱼釜尘甑，未尝萌干求锱铢非所当得之心。一室萧然，学徒数十人，惟端坐讲授，皜皜乎高风劲节，无有半点亏缺。宁波知府闻其贤而贫，署为昌国县学训导。知府派人携书币来聘，郑恕不愿为官，偃蹇不欲接聘，朋友交相劝说，始就任 ，不久即升为萧县知县，因留心抚民，为民所爱敬 。
在关键时刻能识别大义，甘愿赴汤蹈火，没有平日的修养之功是不行的。他们人在孔孟之乡，心亦在孔孟之乡，他们的言行绝不是为了给人看的，他们虔诚地忠实于自己的信仰。我们如果看一看能赴义守节者均为熟读圣人之书的文臣，开城迎降或临阵叛逃的多是习于鞍马的武将，问题就更加清楚了。朱棣当然不能等同于一介武夫，但他口称的“孔孟之道”也不过是廉价的宣传品，是说给人听的，因为他发动的这一场驱人于白刃的战争，本身便直接违背了孔孟君臣父子的教诲。
朱棣此次南下，本在长驱直入。但以徐州当南北咽喉之地，又未必不想夺取。即使夺取后弃之而南进，也可使徐州的守军不敢摄其后方可。况且这时燕军已令各营军士四出筹集军粮，正是燕军虚弱易遭攻击之时。朱棣与诸将商议了一个破敌之计。
燕军伏兵于九里山下，且以百余骑藏于演武亭。朱棣命几个骑兵往来徐州城下，挑逗城中守军出城。官军虑有埋伏，坚守不出。燕军见状便在城外烧毁民房又向城中大喊大骂，有一个骑士还向城上射了一箭。直到傍晚，这些人才撤回。第二天，这批人又来到城下挑战。城中守军不胜气愤，便打开城门，派五千人渡河追击燕军。追兵刚渡过河，只听一声炮响，燕军伏兵冲出，官军仓促应战。这时朱棣本人带领几名骑兵绕出敌后 ，断其归路，使敌人腹背受敌。官军崩溃，众人争相夺桥入城。不料，桥突然断裂，士兵们纷纷落水。被杀死或溺水而死者，竟有三、四千人之多。守军吃了这一亏之后，再也不敢出城，哪怕是燕军单骑往来城下，也不为所动。燕军在徐州城外逗留近将一月，得以从容整修筹粮，竟不受城中守军干扰。
燕王准备开赴宿州。宿州是朱棣外祖父徐王的老家。这徐王姓马，是高皇后马氏的父亲。元朝末年，马公以杀人亡命定远。在那里他结识了郭子兴，并把自己的三女儿托付给郭子兴。这三女儿后来被许配给朱元璋，就是后来的马皇后。朱元璋做皇帝的时候，马公及其妻郑氏都已经死了。他们并没赶上好日子。洪武二年，朱元璋追封马公为徐王，郑氏为王夫人，并在太庙之东建立祠堂供奉烟火。祠堂落成之日，马皇后亲自奉安神主，在祝文中自称“孝女皇后马氏谨奉皇帝命致祭”。洪武四年，朱元璋又命礼部尚书陶凯到宿州的坟前立庙，朱元璋亲自撰文致祭。马公夫妻在黄泉之下落得个身后之荣。
宿州就在眼前，朱棣告诫众将士说闵子乡是外祖徐王坟之所在，无得骚扰，违者不宥。既然朱棣一再标榜自己为高皇后嫡生，受到父母的钟爱，便不会放过这一可用以张扬的机会。他派都指挥李让前往徐王坟致祭，并颁钞锭赐给徐王亲族。因为在军旅之中，朱棣不愿拿也拿不出更多的东西去换取外祖之乡感戴。他想这一万锭纸币就够了。反正这时纸币还值些钱。不用说元朝近百年间是通行纸币的，就是洪武年间也仍然强制推行纸币，民间如有擅用金银贸易的是要问罪的。
燕军到宿州，仍担心徐州守军会从后面追赶上来。于是他派留都指挥金铭带领游骑到景山一带哨探。且告金铭以退敌之计。官军探得金铭孤军在后，便来追赶。但金铭并不惊慌，他们列队徐行，乍进乍退。官军见此状，怀疑金铭是朱棣所设的诱敌疑兵，因而不敢上前交战。金铭故意拖延时间，估计大军已经走远，便引军渡河南下。金铭来到河边，官军也已赶到。这时只听炮声大作。官军以为是中了埋伏，慌忙退却准备迎战。在官军尚未布阵完毕时，金铭已乘乱过了河。原来，朱棣事先在河对岸只布置了都指挥冀英等少数几名骑兵，约定金铭等来到河边时鸣炮，造成设伏的假象，以掩护其过河。官军列好阵，见到河对岸并无伏兵出现，倒是金铭已经逃之夭夭，赶赴与主力汇合。官军深悔失计 ，但眼看着放走敌军而无可奈何。
燕军继进蒙城，驻于涡河。这时官军主力已了解到燕军南进的意图。回师追击燕军，平安率马步军四万人为先锋已经赶到。
平安的行动已为燕军探得。朱棣命朱高煦守住大营，自己率精骑两万人带三日干粮到离开大营百余里的地方设下埋伏。朱棣设想滨河一带林木丛密，平安军必定怀疑有伏，而肥河一带地平少树，平安军一般不会怀疑燕军在这里设伏。他命令每个士兵都要准备一束火把，使列道相连。他还告诉留守大营负责警戒的士兵如见到举火，便是与敌人发生了大战，守营大军可以相机而行。一火既举而众火相应，敌人误以为遇到了燕军主力，必会惊慌溃散。如是小战，则不举火。
但是朱棣等在此接连埋伏了几天，粮食差不多吃完了，也没见官军的踪影。诸将沉不住气，纷纷请求回军，朱棣态度坚决，他断定明后天官军一定会来到。第二天，各位将领又纷纷请求回师，这时是马无刍藁，士无粮食，他们认为这是“未遇敌而先自困”。朱棣并不为诸将的请求所动摇，他心中自有成算。他说：“贼引众远来，锐竭求战。彼深知大军南行，必袭我后，若败其前锋，则众夺气。”他打了个比方，说这如同锐利的兵器锋芒一旦摧折，其刃自钝。朱棣仍劝众将按甲于此，再耐心等待一段时间。诸将拗不过朱棣，只得听从命令。
这天傍晚，朱棣命令胡骑指挥款台带领几名骑兵前去侦察情况。朱棣虽劝说诸将，其实他内心同样焦急。他辗转反侧，几不成寐。四鼓时分，只听营外一阵轻捷的马蹄声，他料定是款台侦察回营，便一跃而起。他急于了解到敌人的情况，以证自己的决策是否正确。款台向他报告说敌军已经在离淝河四十里的地方下营了，他们都听到了敌人的更鼓，根据情况判断，敌军将到我们这边来。朱棣听到此，仿佛一块石头落了地，几日来紧锁的心情顿时舒展。他脸上渐渐露出得意的神色，他料想这又是一招胜算而无疑，不禁说到：“贼入吾彀中矣！”
天刚亮，朱棣便命胡骑指挥白义、正真、都指挥刘江各领百骑出兵迎敌。他们仍然用诱敌入伏的老计策。他们将大部分人连续埋伏在沿路，而以十余骑掠过敌营并对敌人侮辱谩骂，挑其出战。他们商定，若敌来追，便不战而退，直到与伏兵相合。上次从徐州南下，都指挥金铭带兵诱敌，是以虚当实，官军唯恐有伏不敢追击，上了大当。而这次诱敌，是内实外虚。朱棣料定，敌人接受上次不追击金铭的教训，一定会再次上当。
白义、王真他们还按朱棣所说在行囊中装满了草，伪充束帛，用以诱敌。遇敌追，则弃之于地。
这天中午，白义等果然与敌军相遇，这正是平安所率的官军主力。平安见到燕军不过几名散漫的骑兵，立刻下令追来。王真等佯败走，行囊纷纷堕地。一些追兵利于财货，竟相拾取。这一跑一追不觉已走了二十余里，突然燕军埋伏呼喊冲杀而出，王真率壮士直冲官军鏖战，官军死伤无算，王真在燕军中夙称骁将，猛虽猛，但后军不继，被平安军包围了数匝。王真受了重伤，仍杀敌数十人，他的力量渐渐不支了。王真知道自己不行了便说：“我死也不能死在敌手。”遂自刎而死 。王真是燕王的爱将，是咸宁人，洪武中，起于卒伍，积功至燕山右护卫百户，燕兵起攻九门，战永平、真定，下广昌，徇雁门，从破沧州，追南兵玉滑口，俘获七千余人，累迁都指挥使。燕王曾对臣下说：“诸将奋勇如王真，何事不成！”此时见到王真战死，真是痛如剜心。他气冲牛斗拍马上前亲自迎战。
这时平安带三千骑兵驻立北岸高坡，朱棣带亲随骑兵迎来。平安麾下有一位胡骑指挥火耳灰者，这人素号骁勇，他本在燕王帐下供职，后来因公务调往京师，现在竟在前线与燕王对阵。只见他手持矟直奔朱棣而来，眼看离燕王就差十余步了，十分危险。正在这时，只听一声弓弦弹响，飞出一箭，正中在火耳灰者的马上。那马倏然倒地，火耳灰者从马上滚下，燕军一拥而上把他生擒了。火耳灰者部下有一个哈三帖木儿也是个骁勇过人的骑士。他看到火耳灰者被擒，竟毫不犹豫地持矟冲突来救，没想到又有一箭射中其马，哈三帖木儿同样成了俘虏。燕军还想用同样的方法擒获平安，但平安早已逃得无影无踪了。这一仗，燕军还抓获了林帖木儿，所擒者都是青一色的胡骑，斩首数千余级，获战马八十余匹。
仗刚打完，诸将便向朱棣叩头祝贺。至此，他们方佩服主帅的料事如神。幸亏朱棣没有听他们的话，否则真可能丧失此破敌的机会，那可要犯大的错误了。朱棣对诸将的恭维十分得意。他毕竟有大将风度，善于收拾人心。他说：“卿等谋非不善，而事或有相乖。无苦自贬抑。但有所欲言则言之。勿惩偶不中而遂默。安危与卿等同之。”是啊，他们生死的命运已经系在一起了。诸将的忠勇是绝对可靠的。既要突出自己，又要让众将感到自己的感情无处不在，这是居人上者不可缺的一项艺术。
火耳灰者被释放后不但没离开，仍在燕营中效力，而且成了朱棣的带刀宿卫。朱棣身边的人都担心火耳灰者的忠诚，认为他虽然是燕军旧部下，又素称骁勇，但在官军中时间久了，其心难测，令其举刀在主帅身边是不适宜的。朱棣听罢哈哈大笑，说：“彼皆壮士，况有旧恩！今复生之，必知所报，毋用怀疑。”于是火耳灰者被命为指挥，哈三帖木儿为百户。诸将都叹服朱棣的坦荡胸怀和推诚任人的大度，心中更暗自确信自己在侍奉一位明主。然而他们根本想不到，在火耳灰者投奔燕邸之初，即已与朱棣以生死相许，这些憨直的蒙古人是不会轻易背其旧主的。他们在阵前接连被擒获，这其中难道没有一点奥秘吗？
第二天，朱棣派遣胡骑指挥薛脱欢领军前往宿州哨探，那里是敌人重兵所在，燕军南下可要闯过这一关。这时燕军已深入到官军牢牢控制的地区，不但远离藩邸，而且四面都是敌军，随时都可能遭到围击。燕军欲胜只速战一策。而敌军此时正驻宿州，广积军粮，做持久打算。朱棣知道与官军硬战是不划算的。他决定仍用釜底抽薪的办法，派兵骚扰粮道，切断其供给。他派都指挥刘江将兵三千往徐州阻截官军粮道。刘江竟然趑趄不前。朱棣大怒，欲将刘江处死，在诸将竭力乞请下才获免。朱棣又派都指挥谭清领兵百余再往徐州。他到徐州遇到运粮官军运粮船便进行袭击，颇取得了一些胜利。既而谭清又循河而南，至淮河五河口。这五河在凤阳府东北，东南有漴河，西北浍河、沱河，东北潼河并于此合流入淮，故称五河口，地之西北有上店巡检司 。位于涣水(浍水)和淮河的交界之处，是官军运粮车船的必经之地。谭清带兵沿水陆烧毁运粮车船不可胜计。谭清回军走到了大店，不料遇到了官军。谭清兵马少，受到官军包围。谭清且战且行。在危急之中，只见前面烟尘滚滚，杀出一标人马。谭清不免大惊，但定睛一看，那人马之中大旗上分明写着一个“燕”字，原来是朱棣亲自带兵赶来接应。随之冲杀的有火耳灰者，出入敌阵，手杀十余人。官军退却，谭清引众突围而出，反过来又与朱棣合兵向官军反击，官军大败，向南退去，宿州失守。
从小河到灵壁
官军向南退却，燕军随后缀之，前后相距十余里。朱棣派遣都督陈文、李远前往淮河哨探，击败了淮河守军，夺了他们的几百匹马还差点夺了他们的浮桥。
四月十四，官军在前，燕军在后，相继来到小河。小河又名睢水，西自河南永成县流入，东至睢口，注入黄河。 朱棣说：“贼势窘迫，必求一战，我据险以待之，使进则搤其吭，退则拊其背，不日之内可擒矣。”他命令都督陈文、内官狗儿去河北要冲之处断水为桥，令步兵辎重先渡过河，骑兵随之，然后派兵把守此桥，以困敌军。
第二天，何福率官军沿河布阵，绵亘十余里，张开左右两翼，缘河向东推进。朱棣常领骑兵应战，官军骑兵不是燕军的对手，败走。何福命步军蜂拥而上，争夺渡桥，又为陈文战败。何福率军上前应援，两军展开游战，斩陈文于阵中，官军趁势冲杀过桥，平安转战至北坂，挺枪向燕王刺来，眼看就要刺中，而平安的坐骑忽然马失前蹄，蹶地不前，燕军番将王骐见燕王危急，冲入阵中，拽起燕王便走。朱棣二子朱高煦率都督张武，内官狗儿率一批勇士突然从林间冲杀出来，与朱棣率领的骑兵合为一股，声势再起，官军不能阻挡，大败。
燕军越杀越勇。前后斩杀官军两万余人，不少人争河而南溺死水中，尸体堵塞，河中一时为之断流。官军将领丁良、朱彬也成了俘虏。这时，官军退回南岸，燕军也不能过河，两军隔河相持。
几天过去了，战事并无进展，只是天气越来越热。这时官军的粮食已使用尽了，士兵只能采野菜充饥。朱棣得知官军的情况，说到：“贼众饥甚，今与之相持，彼居南岸，便其馈饷。更一二日，运粮稍集，贼众得济，难以破之。”朱棣想乘官军粮饷不济之机，一举打败官军。于是他下令留下守桥士卒千余人不动，暗中亲自带大军辎重向东转移，在离官军三里的地方，趁半夜渡河到南岸，绕到官军之后。燕军调动完毕，官军竟然没有发觉，到了第二天早晨才发现。于是官军马上又将队伍调转，与燕军对阵。
二十二日，燕军与官军在齐眉山发生了一场激战。这座齐眉山不是在易川西南百里的齐眉山，当年平安引真定之军援救房昭，曾经败绩于易县齐眉山。这座齐眉山在安徽凤阳府灵壁县西南三十里。山八字开，如同两道眉毛并列，因此称为齐眉山。两军激战，自午时(11点—1点)至酉时(5点—7点)，互有伤亡，不分胜负 ，此时大雾弥漫，战阵中难辨敌我，于是双方各自收军还营。
第二天一早，官军趁大雾撤离营地。大雾虽然可以隐蔽军事行动，但也给行军带来不便。官军竟然在大雾中迷失方向，在山麓绕了很久而没能离开原地。到中午，雾气散尽，官军发现仍在原地，不禁大惊，而此时燕军已经追来，官军被迫拒守，挖壕堑以御燕军。官军所到之处，都要挖壕筑垒，有时，士兵通宵修筑好的壕垒即将完成，第二天一早又放弃撤离，为此士兵疲惫不堪，使战斗力大受影响。与此相对的是燕军行军。不挖堑壕，不筑营垒，只是分布队伍，列戟为门，因此将士可以得到充分休息。
但是，燕师长驱南下，深入朝廷统治的中心地区，所遇的阻力越来越大。官军在粮饷供给和后继援军方面都占有优势。另外，当时天气已经日渐炎热，主要是湿气薰蒸，使来自北方的士兵大为不适，他们体力困乏，甚至染上疾病。多日的相持使燕军产生厌战情绪。一些将领纷纷向燕王请求择地休息士马。二十三日这一天，诸将相继来到燕王帐下，又向燕主提起此事。他们说：“今我军深入，与敌相持。盛夏行师，兵法所忌。况淮土燕湿，暴雨连作。我军畏热，倘生疾疫，则非我之利。”他们七嘴八舌提出解决办法，有人说：“小河东平野多牛羊，且二麦将熟，粮食充足。若渡河西择地驻营，休息士马，观畔而动，万全之道也。”
面对众将的请求，朱棣不免心焦。他已经几天没有解甲了。他没想到诸将会如此畏难，他颇有愠怒，说道：“兵事有进无退！”接着，他又耐下心来对诸将解释说：“卿等所见，拘于常算，非知通变者也。夫两敌相持，贵进忌退，今贼众屡败，心胆俱丧。粮道匮乏，土有菜色，日夜待■，众志荡离，亡在旦夕。”长自己的志气，灭敌人的威风，是一个统帅必备的素质，朱棣也很善于此道。他又说：“我所以引其南来者，贼军多南士，久劳于外，孰不思家，若大败之后，各归故里，岂复能合？”朱棣很巧妙，他把本来是南军的优势反说成是弱点，若说思乡，燕兵远离故土，不是更要思归吗？朱棣可称得上是个诡辩家。接着他又说不能渡河的理由。他说：“一渡小河，懈我士心，且贼粮饷已达淮河，相去不远。如敌得到粮饷接济，军势复振，我军便难以与之久战了。今应乘彼饥疲，截断其粮道，可以坐困，不战而屈之。”最后，他又强调说：“我军深入，利已在我，不可少缓，容贼为计。”孤军深入为兵法大忌，朱棣硬说形势有利，诸将当然不满意，所以仍然七嘴八舌地提出反对。这时，只有朱能站出来，支持朱棣的意见。他说：“用兵未必常胜，岂可因小挫系自阻？项羽百战百胜，竟亡；汉高履败而终兴。自殿下举兵以来，克捷多矣，此小挫何足置意，但当以宗社为重，整兵前进耳。” 朱能说罢，朱棣大为赞赏，抚掌叹道：“尔言深合吾心。”
诸将听燕王与朱能都这样说，虽然不同意但也都不做声了。朱棣知诸将仍旧不服，但此时他已不能强行命令，他想试探一下有多少人愿意跟着他走，他估计多数人可能会支持他。于是他说：“有欲渡河者从左，不欲者右。”此话一出，多数纷纷站到了左边，只有少数几个人站到了右边，而王忠立于中间，不做可否。朱棣见众将的表现大出所料，不禁怒道：“欲渡河者，任其所之！”诸将见朱棣发怒，也都不敢再说了。这是一次决心与意志的较量。最后，燕王还是以其坚忍不拔，取得了决策的主导权。
战争胜负，往往在瞬息之间，而粮饷则是军队的命脉。朱棣决定派兵截断官军粮道，并以此分散官军兵力，他派遣朱荣、刘江等将领轻骑出击。他嘱咐说：“若贼众，尔等且战且行，以挠其力，慎勿与鏖战。引之渐近，可驰来报。”
当时官军何福欲移军就粮，朱棣亲自率大军紧随其后，白天命游骑扰乱官军的樵采，夜间派勇士偷袭官军营地，使官军不得休息。官军被迫分兵护粮。而朱棣为此又是几天不解甲了。
四月二十五日，何福带军移至灵壁，与平安合兵。并筑深堑高垒，想以持久战拖垮燕军。但朝中馈饷受阻。当时朝廷馈运粮五万石，平安率马步军六万人押饷。二十七日，朱棣率精锐万余人前来截断饷道，并派朱高煦带数万人伏于林间，以待官军战疲，突出击之。结果官军在燕军冲杀下被一截为二，行伍大乱。这时，何福动用在灵壁的全部兵马前来援救，斩杀燕军数千，燕军的攻势才稍被打退。而此时朱高煦在林中的伏兵又起，朱棣又带兵反击，形成对官军的夹击之势。官军渐渐不支，何福遂败走，退入营中，堵塞垒门，坚守不出。
因为军粮不济，何福军不能长久支持，这天晚上，何福与军士谋划突围。他下令要求军士到第二天一亮，听到三声炮响便开始突围，向淮河一带就粮。第二天一早，朱棣不给何福喘息之机，率大军向官军营垒发起进攻。朱高煦带众将士率先登上营壁，众人蚁附而上。这时燕军发出三声炮响，营中官军以为是自己突围的信号，纷纷向营门拥去，两军相遇，官军猝不及防，大乱。营门拥挤无法冲出，许多人从营壁上向外跳下，掉在堑壕，被燕军杀死。指挥使宋瑄力战而死，何福单骑逃去，平安遂败。左副总兵都督陈晖前来援救，也败。于是陈晖、平安以及右参将都督马溥、都督徐真、都指挥孙成等三十七人都成了燕军的俘虏。同时被俘的官员还有内官四人和监军副都御史陈性善、大理寺丞彭与明、钦天监副刘伯完、指挥王贵 等一百五十余人。燕军缴获马匹两万余。燕军攻破营垒，朱棣一再传令不许妄杀，军官因此投降的达十万人。这是官军空前的一次惨败。
平安久驻真定，屡次打败燕军，曾斩杀燕军骁将数人。燕将都对他惧怕三分，无人敢直接与他交锋。现在平安被俘，燕军欢声动地，说：“平安，平安，吾属自此获安矣！”燕军官兵无不想将平安处死，但朱棣深知平安的指挥才能，不忍将其处死。朱棣派都指挥费■等将陈晖、平安等人送往北平。平安感朱棣不杀之恩，终于投降了燕军。对于在军中被俘的文官，朱棣将他们一律放还。但陈性善自感监军兵败，有辱诏命，无颜再见皇上，便郑重地穿好朝服骑马跃入河中自杀了。其友黄墀、陈子方也同他一起投河自杀而死。彭与明撕裂冠裳，改换姓名与刘伯完等都不知去向。王贵因监护军饷而被俘，被朱棣释放后，走还凤阳，跟随知府徐安参与防守任务，仍与燕军作战。
直趋长江
在朱棣带兵南下，北方空虚之时，建文帝接纳了齐泰、黄子澄的建议，调都督杨文率领辽东兵十万前往济南，与铁铉合兵，以断绝燕军的后路。但这支军队行至直沽，便遇到了燕将宋贵等人的拦击而失败，竟无一人到达济南。这时已是五月初一日。
在南方，朱棣的军队继续向南挺进，五月初七到达泗州。泗州在凤阳府地界内，在府正东偏北二百一十里。南滨淮河，有汴水自城北向南流入 。凤阳府是朱元璋的老家。朱棣一进泗州境，便百感交集。他从就藩离开南京，就一直没有再到凤阳来，他又想起了当年与众兄弟一道回老家祭祖坟的情景，父亲太祖高皇帝希望他们个个成材，以支持大明江山，没想到高皇帝一闭眼大家便兵戈相向，但此时燕军大兵压境，泗州竟是一片和平景象，毫无战争的准备。难道他们对不久前近在咫尺的灵壁发生的战斗一无所知吗？
大军开到泗州城下，只见城门洞开，守城将领指挥周景初等早已率众等候在城外，原来他们是要献城而降的。周景初先命人通报了姓名，然后向朱棣施礼。朱棣说：“未攻城而先降，何也？”周景初说：“此处寺中有一僧伽神最为灵验，水旱疫疫必祷于神，有疑必卜问，吉凶悉响应。殿下兵未至，臣等斋诘祷于神，问：‘降与守孰吉？’是夜梦僧伽神告曰：‘兵临城，速降则吉，不降则凶。’是以即降。”朱棣说：“人心之灵，妙于万物，尔先觉，故神亦告。”朱棣大喜，下令为周景初等人升爵。周景初不战而降，并说托神的旨意，也许是一段附会的故事。有人怀疑周景初早已暗中通结燕军，上面一段话，不过是为了掩人耳目。看其投降后马上被升爵，便可知这种推断大致不错。
在泗州使朱棣浮想联翩的，还因为这里是朱明皇室祖陵的所在地。祖陵在泗州■城之北，是朱元璋祖父朱公的墓。朱元璋出身贫寒，祖父之墓最初不过一抔黄土。朱元璋即皇帝位后，不仅加修了封土，而且设了祠祭署，有一名奉祀官专门管理祭祀，设了陵户二百九十三户。到洪武四年，又在此地建立了祖陵庙。庙中奉祀德祖、懿祖、熙祖的神位。洪武十九年，朱元璋命皇太子朱标前往泗州修缮祖陵，在祖陵郑重地埋葬了三祖帝、后的冠服 ，这祖陵尽管虚多实少，却极具象征意义。在宗法君主制社会中，对祖宗的崇拜是至为神圣的，更何况是皇帝的祖宗！
朱棣带领部下拜谒祖陵，不禁涕泣沾襟。他说道：“横罹残祸，几不免矣。幸赖祖宗神灵庇佑，今日得拜陵下。霜露久违，益增感怆。尚祈终相庇祜，以清奸憝。”朱棣拜毕，在陵前伫立良久，又前后左右看了半天才离去。
这时，一些住在祖陵周围的父老乡亲也络绎来到军门。这时朱棣的王号早被废除，论身份，不过是庶人，但他毕竟是龙种而且此时他带大兵压境，将来南京的宝座落在谁手还不一定呢。父老们前来见朱棣，真说不上是欢迎他或拥戴他，更确切地说，他们不过作为第三者，坐山观虎斗，最终乐见其成而已。朱棣很高兴地接见了各位乡亲父老，赐给他们牛酒及钞币，并加以慰问，然后命人送他们离开。
淮河是进入京师(今南京)的第一道屏障。燕军兵临淮河，使京都朝野大为震动。大将盛庸带领马军、步军数万人、战船千艘，列于淮河之南岸。燕军列于北岸，与官军相对。
当时渡过淮河向南京进军的路线有三条，一是走凤阳，二是走淮安，三是直趋扬州。朱棣召集诸将，商议行动方案。有人主张先取凤阳，切断官军援军之路，发大兵进攻滁州，夺取和州，集船渡江，再派一支军队，向西攻打庐州，夺取安庆，这样便可控制长江天险。另一些人说应先取淮安为根本，然后攻打高邮、通、泰，直抵仪真、扬州，这样可以放手渡江，无后顾之虞。
但这两条路线都有困难，朝廷为堵截燕军南下，已在凤阳、淮安等地布置了重兵，当时担任凤阳守将的是都督同知孙岳，知府是徐安。孙岳为防备燕军，早就大修战守器械，甚至将朱元璋所修的寺庙拆毁，用其木材制造战舰，并加紧操练，使楼橹戈甲都合阵法 。知府徐安亦带人拆毁浮桥，断绝舟揖以遏止燕兵 。再看淮安方面，当时镇守淮安的是附马都尉梅殷，梅殷是朱元璋之女宁国公主的丈夫，于皇族是至亲，与朱棣称兄弟。梅殷以总兵官身份镇守淮安。梅殷悉心防御，号令严明。朱棣攻破何福后，便想从淮安南下。他派人送信给附马都尉梅殷，说是要到南京进香，请求梅殷借路。梅殷自然知道朱棣不过是找个借口，义正辞严地说：“进香，皇考有禁，不遵者为不孝。”朱棣得知梅殷此言，大怒，又一次写信给梅殷，说：“今兴兵除君侧之恶，天命有归，非人所能阻。”但梅殷绝不示弱，他命人将使者的耳鼻割掉，并对他说：“留汝口为殿下言君臣大义。”这是朱棣的一根最不能触动的神经。兴兵发难，本是乱臣贼子，有何君臣大义，燕王为之气沮 。
这样，燕军南下，从泗州只有突破淮河直趋扬州一条路可取，朱棣说：“凤阳楼橹坚完，所守坚固，非攻不下，恐震惊皇陵。淮安高城深池，积粟既富，人马尚多，若攻之不下，旷日持久，力屈威挫，援兵四集，非我之利。”他提出乘胜鼓行，直驱扬州、仪真，因为这两城防守单弱容易攻取。而得到仪真、扬州之后“则淮安、凤阳人心自懈，我耀兵江上，聚舟渡江，夺取镇江，连攻常州，遂举苏松及江浙，西下太平，抚定池州、安庆”。到那时，“江上孤城，岂能独守”。朱棣为诸将描绘一幅顺利夺取南京的美妙图画。但实际上，选取从中路突破的方案也是客观形势决定的。
方案既定，朱棣便摆出一副要渡河的架式。他命将士将船只靠在岸边，编造竹筏，扬旗鼓噪，虚张声势。与此同时，朱棣命丘福、朱能、狗儿等带数百人西行二十里，偷渡淮河。这里官军并无防备。燕军过河，从后面逼进军营，鸣炮发起进攻。这突降的燕军使官军一时摸不清头脑，一时营中大乱，指挥官盛庸无法控制局面。在混乱中，盛庸来不及上马，被部下架上了船，才得脱险。燕军偷袭成功，官军不战而溃。大批战船被燕军缴获，大队人马顺利渡过淮河，同日，燕军攻克了盱眙。
五月十七日，朱棣派遣都指挥吴玉前往扬州招谕。官军在扬州设防严密，但扬州守将分战降两派。扬州卫指挥王礼便是主张举城投降的一个。监察御史王彬、镇守指挥崇刚坚决抗战，夜不解甲，婴城固守。他们发现了王礼的异常举动，便将他囚禁了起来，其党徒也都被关入了监狱。朱棣命人射箭送信绐城中，申明有能缚王御史降者，给予三品官。但王彬身边常有一力士相随，此人可力举千斤，人们惮于力士的勇武，无人敢靠近王彬。王礼的弟弟王宗为救其兄，便给力士的母亲送了大批礼物，通过她将力士骗出，乘王彬解甲而浴的时候，将其抓获。千户徐政、张胜等带领舍人吴麟等数十人将王礼从监狱放出，并抓获了指挥崇刚，开门迎降。崇刚、王彬不屈而死。可以看出，当时朱棣的势力早已暗中伸延到南方，王礼等的出降是早有预谋的。当时与朱棣暗中勾结的还不止王宗、徐政、张胜、吴麟这些，另外，扬州卫指挥佥事李政、扬州卫舍人柳琮、扬州卫副千户王仪等都是拱手而降的。
五月十九日，朱棣带兵至天长，扬州卫的王礼等一行人便赶来军门求见了。燕军不费一刀一兵，扬州城便落入燕军手中。朱棣命王礼同都指挥吴庸等谕下高邮、通州、泰州，接着扬州府高邮等卫指挥王杰率众来降，通、泰相继归降，扬州府江都县知县张本也率众来降。二十日，燕军西上六和，打败驻守官军。至此，江南的门户已完全打开，燕军加紧整备舟师以待渡江。
燕军控制了江北郡县，朝中君臣忧心如焚。二十日，建文帝下罪已诏，并派御史大夫练子宁、右侍中黄观、翰林修撰王叔英、刑部侍郎金有声、国子祭酒张显宗等四出征兵，号召天下勤王，同时将被放逐的齐泰、黄子澄召还共同策划防守大计。苏州知府姚善、宁波知府王琎、徽州知府陈彦回、松江同知周继瑜、乐平知县张彦方、前永清典史周缙等先后起兵入卫。建文帝命姚善兼督苏州、松江、常州、镇江、嘉兴五府之兵。建文帝向四方发下的诏书写道：
奉天承运皇帝诏曰：朕奉皇祖宝命，嗣奉上下神祗，燕人不道，擅动干戈，虐害百姓，屡兴大兵致讨，近者诸将失律，寇兵侵淮，意在渡江犯阙，已敕大将军率师控遏，务在扫除，尔四方都司布政司按察使及诸卫文武之臣，闻国有急，各思奋其忠勇，率慕义之士，壮勇之人，赴阙勤王，以平寇难，以成大功，以扶持宗社。呜呼，朕不德而致寇，固不足言，然我臣子岂肯弃朕而不顾乎？各尽乃心，以平其难，则封赏之典，论功而行，朕无所吝。故兹诏谕，其体至怀。
当时燕军往来于江上，沿江南北郡县纷纷秘密投降了朱棣。京师内外臣民读了建文帝的语书，惟有恸哭而已。
这时方孝孺向建文帝献策说：“事急矣，宜以计缓之，可遣人许以割地，稽延数日，东南募兵当至，北兵不习舟楫，我借长江天堑，与之决战于江上，胜负未可知也？”建文帝乃请得皇太后之命，派遣庆城郡主前往燕军议和。
庆城郡主是朱元璋从兄蒙城王朱重的四女，辈分上应是朱棣的从姐。亲叔侄之间的纠纷现在要由这位堂姐来调解了。作为女人本不得参预国事，但此次燕兵南下，实是宗亲之内自相残杀，既是国事，又是家事。战场上不得解决的问题，能否用骨肉亲情感化呢？五月二十五日，她渡过浩浩江水，登上北岸，又经过层层防守来到这纯粹是男人的世界。自从朱棣于洪武十三年就藩北平后，他们就没见过面。她想不到会在此时在战场上相见。朱棣离座迎接老姐姐的到来，他们都已显得老了，特别是朱棣，几年中风餐露宿，有时几天身不解甲，看得出脸上的劳碌风霜，但比过去显得更雄健英武了。朱棣见了郡主不禁流泪痛哭，说道：“我父陵土未干，我兄弟频见残灭，害人之忍心，有如此乎？且一入谗臣之言，即如胶漆不可解，至亲之言，纵倾吐肝心，如水洒石。今我之来，岂得已哉！”说罢又哭。郡主听此言也泪下沾襟，朱棣先声夺人，这位长于深宫的郡主当然不是对手，竟说不出话来。朱棣问道：“周、齐二王安在？”郡主说：“周王召还，未复爵，齐王仍被拘之。”朱棣听罢更悲不自胜。郡主想起了来此的使命，请朱棣允许割地讲和。朱棣老谋深算，哪里听得进去这话呢？他心里早知“此奸臣欲缓我以俟外兵耳”。朱棣振振有辞地说：“吾受皇考封土且不能保，割地何用，且吾来，欲得奸臣耳，在清朝廷、奠安宗社，不在土地，吾分地自有皇考所命者，富贵足矣，不愿赢余。但得奸臣之后，竭孝陵，朝天子，求复典章之旧，免诸王之罪，即还北平，祗奉藩辅，岂有他望。此奸臣欲姑缓我，以俟远方之兵耳。我岂为所欺哉！”面对朱棣滔滔不绝的申辩，郡主无以作答，沉默良久，只得辞还。朱棣送郡主走出营门，又对郡主说：“为我谢皇上，我与皇上互亲相爱，无他意也。幸不终为奸臣所惑耳！为我语诸弟妹，吾几不免矣，赖宗庙之灵垂佑，相见有日也。”朱棣的话中，不难感到一种得意的神采：第一，我不吃你们那一套，第二，我就要进京了！
朝中上下，期盼郡主此行可稍缓燕军，及郡主还京，说朱棣无意停止南下，无不大惊。建文帝再以此事问方孝孺。方孝孺说：“长江可当十万兵，江北船只遣人尽烧之矣，北兵岂能飞渡？况天气蒸热，易以染疾，不十日，彼自退。若遽渡江，祗送死耳。何足以当吾师！”
按方孝孺的判断，北兵不至于立即可以渡江，这样，四方援兵便可赶到。但他没有想到的一个因素是沿江卫所有不少将士早已暗中投降了朱棣。
燕军面对长江天险，确实是遇到了困难，北岸的船只多已被焚毁，用什么渡江，这要靠众将士齐心协力了。于是有人出主意，挑选了一些老家在南方善于泅水的士兵，用猪皮囊充气环系在腰间，泅水偷渡进入南岸，对南方的船只能夺的夺，不能夺的予以焚毁。几天中，燕军夺了不少船，也毁掉了官军的许多船。
燕军中有一个士兵叫作钮阿卜，本是燕山卫的一名士卒。但他的老家在江苏。长期离乡在寒冷的地方当兵，早就厌倦了。燕兵进到江北，又勾动了他的思乡之情，他决定一走了之。于是悄悄离开军营，凭着年轻时练就的好水性浮水过江，逃回老家。没有想到，阿卜在靠近南岸时却遇上了官军的运粮船。官军健卒都抽调到作战部队中去了，运粮的都是老弱士兵，他们对突然出现在眼前的燕军士兵惊骇不已。这真是麻杆打狼两头害怕，阿卜在官军运粮船前也担心被捉。于是他故作声势，壮起胆来向运粮官军大声恫喝说：“燕兵即将大举过江，你等要想不死，就赶快随我投降，否则将会被杀得一个不剩！”阿卜本想将运粮■吓走，自己好逃脱；没想到这些运粮老弱军士竟真的跟着他投奔了燕军。阿卜逃跑回家没成却立了功，后来得了奖赏并被提拔。
六月初一，朱棣命都指挥吴庸集合高邮、通州、泰州的船于瓜州，命内官狗儿、领都指挥华聚为前哨，进至浦子口 。浦子口与京城隔江相对，是离亦城最近的北岸港口，朱棣可能是要作一试探，看能否在这里渡江。官军在这里设防严密，燕兵遭到激烈的抵抗。大将盛庸在浦子口迎战燕军，将其打得大败。一仗下来，燕王感到虽然京师近在咫尺，可是并不容易攻克，况且长江天险在前，渡江也是个大问题。难道就此罢手，议和北还吗？朱棣绝不甘心于功败垂成。方在迟回之间，朱高煦带领蒙古骑兵赶来。朱棣心头的一缕浮云一扫而光，立刻振起了精神。他一手仗剑，一手抚着朱高煦的背说：“勉之！世子多疾。”的确，每到征战的关键时刻，都赖朱高煦的缓急相救，因此他得到朱棣的深深倚重。远在北平担任留守的世子朱高炽，怎能与这个跟随左右驰骋疆场的儿子相比呢？朱高煦也自恃勇武，又多有战功，希望能得到更多的宠幸，朱棣“世子多疾”的暗示不是说他将来有可能代替世子吗？可惜朱棣英鸷洞彻，目前，这场与侄儿之间的拼杀尚未了局，又种下将来诸子兄弟之间拼杀的祸根。朱高煦听了父亲的话，大受鼓舞，带众与官军拼死战斗，很快扭转了战局。盛庸兵退屯高资港。
高资港在长江南岸，与江北瓜洲渡相对。朱棣大兵集中在瓜洲。此前派狗儿等到浦子口不过是去探一下虚实，盛庸判断燕兵可能会在瓜洲渡江，因此在高资港严阵待敌。朝廷感到大战在即，恐盛庸独立难支，便派遣都督佥事陈瑄率领舟师前往援助，但陈瑄却降了燕军。这时官军担任监军的是兵部侍郎陈植。陈植亲临江上，慷慨誓师，决心遏燕军于长江以北。但官军中有个都督名叫金甲，却倡言燕兵不可抗，不如缴械迎降。金甲遭到陈植的严厉斥责，被指为不知逆顺，不懂君臣大义。他恼羞成怒，竟将陈植杀死，投降了燕军 。临阵之际官军将领的纷纷叛变使官军力量大遭破坏，盛庸已成孤军。
而此时朝廷中暗中与朱棣勾结的大臣也不断派人前来向朱棣献渡江及入京城之策，江南的防守已从内部垮了下来。朱棣决定抓住战机，强渡长江，向帝座发起最后的冲击。
六月初二，朱棣带领部属来到江边，面临江南已经设好香案牺牲。旌旗肃穆，幡带当风，将士们列队而立。在渡江之前朱棣要亲祭大江之神。几年的征战，能否成功就在渡江一举了。他希望江神能够保他们顺利渡江。朱棣带头向江神恭敬地礼拜，众将也随之行礼。礼毕之后朱棣从侍者手中接过祝文，高声朗读道：“予为奸臣所迫，不得已起兵御祸，誓欲清君侧之恶，以安宗社，予有厌于神者，使不得渡此江。神鉴孔迩，昭格予言。”读毕再次施礼。
第二天，六月初三，朱棣又集合部众举行誓师。誓词说：
群奸构乱，祸乱邦家，扇毒逞凶，肆兵无已。予用兵御难，以安宗社，尔有众克协一心，奋忠鼓勇，摧坚陷阵，斩将搴旗，身当矢石，万死一生，于今数年，茂功垂集，在戮力渡江，翦除奸恶，惟虑尔众，罔畏厥终，偾厥成功耳。
夫天下者，我皇考之天下，民者，皇考之赤子，顺承天体，惟在安辑，渡江入京，秋毫无犯，违予言者，以军法从事。
呜呼，惟命无常，克敬惟常，尔惟懋敬，乃永无咎。
朱棣对大家说：“行百里者其半九十，若等勉之！吾既至此，奸臣当已魂飞魄死，然困兽犹斗，不可不虑！”
这一天，燕军大举麾师渡江。这又是一场空前的临江决战。当年孙刘联军曾在赤壁大败曹操南下之军，创造了以少胜多、以弱胜强的著名战例。如今的形势则完全不同，燕兵以叛逆之师自北方而来，远离后方又不习水战，朝廷方面不仅是以正击邪，而且兵多势众，表面上，官军从高资港上下、沿江二百里都设有防军，但不幸的是，将心叛离，防线早从内部开始瓦解。而燕军则乘胜鼓勇，孤注一掷，志在必得。
朱棣率师渡江，舳舻相街，旌旗蔽空，戈矛曜日，金鼓之声震天动地。这一天天晴气朗，微风飘扬，长江不波。千万艘战船横穿江面，如履平地。燕军一路南下节节获胜，早在南京传为神兵，虽然忠于朝廷的文武仍主张坚决抗战，但是士兵却对燕兵有一种无名的恐惧。燕军船只黑鸦鸦一片从江面上压过来，官军整军以待，等他们逐渐靠近。眼看燕军已到了眼前，朱棣指挥前锋鼓噪登岸，数百名精锐紧跟着也冲了上来。盛庸带兵起而应战，但无法抵挡燕军的勇猛，迅速崩溃。官军士兵纷纷抛掉武器向山上散去，盛庸乘单骑逃走。来不及逃走的纷纷解甲投降。为了南京的防守，朝廷调来大批海船，列于江面上，此时也都投降了燕军。
拒绝割地讲和
燕军几乎是在没有遇到什么抵抗的情况下顺利地渡过了长江。高资港西距京师一百余里。受到胜利鼓舞的诸将纷纷要求直接向南京进发，但朱棣提出要进攻镇江。镇江在高资港之东，两地紧邻。朱棣说：“镇江为咽喉之地，若城守不下，往来非便。譬之人患疥癣，虽不致伤生，终亦为梗。先取镇江，断其右臂则彼势危矣。”
朱棣命投降官军的海船上都悬挂起黄旗，在江中往来。镇江城上的守军遥望江中船只旗帜都改变了颜色，知道他们都已投降了，在惊愕之余，都感到大势已去。镇江守将指挥童俊早有异志，此时见时机已到，便率众投降了燕军。
在京师周围，镇江处于要害之地。当燕军临江京师紧张备战之时，刑科给事中常熟人黄钺因父丧，丁忧在家。方孝孺前往吊唁时，他们曾屏去闲人讨论国事。黄■说：“苏、常、镇江，京师左辅也。唯镇江最要害，守非其人，是撤垣而纳盗也。指挥童俊，狡不可任，奏事上前，视远而言浮，将有异志。” 他一直关注着镇江的防守，当然会注意到镇江的守将。一个人的内心，常常会通过眼睛表现出来。童俊既已心怀二意，那么当他在皇帝面前奏事时就会“视远言浮”。童俊的投降证实了他的判断。
六月初八，燕军进驻龙潭。在这里已可以遥望钟山了。朱棣一望钟山，不禁怆然泣下。诸将对朱棣流泪不解，问道：“今祸难垂定，何以悲为？”朱棣说：“往日渡江即入京见吾亲。比为奸恶所祸，不渡此江数年。今至此，吾亲安在？瞻望钟山，仰怀孝陵，是以悲耳。”朱棣是越说越伤心，弄得诸将也跟着掉了不少眼泪。
燕军日日逼近京师，宫中的气氛更加紧张。靖江卫王府长史萧用道、衡王王府纪善 上书中论战守大计，对当政大臣颇有批评。建文帝将上书交给群臣讨论，想不到一位当政大臣 竟盛气诟骂二人。右副部御史练子宁对这位当政大臣的专横极为不满，起而说道：“国事至此，尚不能容言者耶？”这位骂人的当政大臣自知国事弄到这步田地，自己有推卸不了的责任，也感到了惭愧，停止了诟骂。但面对燕军的南下，举朝上下仍然计无所出。有的建议建文帝逃往浙江，有的建议逃往湖湘，莫衷一是。前线的恶噩一个接着一个，沿江海船都已投降了燕军，燕师渡江，镇江守将投降，一向不懂得着急的建文帝此时忧心如焚。他徘徊于殿庭之间，看着身边一群噤声不语的文武官员。他们平日里高声阔步，谈古论今，如今竟拿不出个安邦救国之策！建文帝忽然停住脚步，令内官传方孝孺进宫。
方孝孺此时正在家中养病，但宫内宫外的事，他一刻也未从心中放下。听到皇帝召见，他赶忙强起赴朝。照例文官要从东华门进宫入朝，他老远地在东华门外就下了马。他缓步走进东华门，进入文华殿。天气已经很热了，他本来身体就欠佳，此时又将朝服冠带裹得严严的，身上早就是大汗淋漓了。他想在文华殿略作喘息，落落身上的汗，等待皇帝接见，但刚一落座喘息未定，内臣便宣皇帝召见。他缓步走上奉天殿的台阶，一下就感到了宫中紧张的气氛。皇帝并没像以往一样端坐在御座上，而是在殿中走来走去。皇帝开始似乎并未注意他的到来，他看到本来就文弱的建文帝，此时更增加了几分疲惫和憔悴。在国家危机存亡之秋，正是需要为天子分忧的时候。方孝孺此时的心也如同火焚，他恨不得拼一腔热血拒敌于疆场，但他感到屯聚于城外的贼兵就如同这身被汗水湿透了的朝服一样，裹在身上解不掉，甩不开。建文帝觉察到他的到来，突然停下脚步，转过身来，也顾不得君臣礼仪，近头就问：“今事已急，请问先生计将何出？”方孝孺早在路上就想好了要说的话，略加思索，便答道：“今城中尚有劲兵二十万，城高池深，粮食充足，尽撤城外民舍，驱民入城，足以为守，城外积木悉运入城。”方孝孺提出的办法，正是坚壁清野的办法。他希望燕军在城外得不到物资支持，不能久驻，同时固守坚城以待援军。
建文帝听从了方孝孺的建议，于是下令调遣军民商贾及诸色人臣，赶赴城外，日以继夜，拆除屋宇，搬运物资，不给燕军留下任何可用的东西。拆下的砖瓦木料越积越多，家园毁坏后搬出的物资到处都是。当时天气炎热，拆物运物的人们又得不到休息，苦不堪言，时间长了不免嗟怨之声。形势日益紧张，督役的人限令尽快将物资运完，实在运不了的，便放火烧了，大火连日不息。与此同时，另一批军人民夫在日夜加固京师的城墙，夯土喊号之声不绝于耳。人多手杂，指挥不善，修筑又不得法，刚筑好的一段墙又被震塌了，只好再筑。
方孝孺仍希望能借和谈推迟燕兵的进攻。他又向建文帝建议说：“前遣郡主未能办事，今以诸王分守城门，再遣曹国公李景隆、茹尚书(茹瑺)、王都督(王佐)往督龙潭，仍以割地讲和为辞，用觇其虚实，且以待援兵至。那时，选精锐数万，内外夹击，决死一战，可以成功。万一不利，则车驾幸蜀，收集士马，以为后举。”于是建文帝下令谷王朱穗、安王朱楹分守都门，派李景隆等往见朱棣。
李景隆、茹瑺、王佐来到龙潭燕王帐下。按明朝礼制规定，亲王地位下天子一等，公侯以下都要向亲王匍匐行礼。李景隆虽位至曹国公，仍不能不跪倒，兵部尚书茹瑺、都督王佐更不在话下了。燕王的封号早已在建文元年被削除了，但此时他们又不能不对朱棣以燕王相称。燕王雄武自有一股威风煞气，一般人见了，都恨不能敬而远之，曹国公见了竟低头不敢仰视，伏在地上惶恐地流下汗来。这倒不是因为他在地位上低燕王一等，而因为他是朱棣手下的败将，而此次来是有求于朱棣。倒是朱棣先开了口，说道：“勤劳公等至此，雅意良厚。”话中不无讥讽，李景隆一时语塞，竟说不出话来，他再三叩头之后才说了要求割地请和的话。这下又惹出朱棣一大套话来。朱棣说：“公等今为说客耶？始吾未有过举，辄加大罪，削为庶人，以兵图逼，云‘大义灭亲’。吾今救死不暇，何用地为！且今割地何名？皇考混一天下，为天子、诸王裂土分封，各有定分，割地说，此又奸臣之计也。吾今之来，但欲得奸臣耳。公等归奏上，但奸臣至，吾即解甲免胄，谢罪阙下，退谒孝陵，归奉北藩，永祗臣节，天地神明在上，吾之此心，明如皎月，不敢渝也。”朱棣又借此机会宣传了一番。
李景隆空手而回，建文帝再问计：“不欲割地，计将安出？”李景隆说：“彼必欲得罪人，然后可以退师。”建文帝又命李景隆再出城，让他对朱棣说：“有罪者俱已窜逐于外。无在京师者，俟执来献。”但李景隆迟疑不肯出城，他请求建文帝命在京诸王与他一道去见朱棣。
李景隆与谷王朱穗、安王朱楹一道再次来到朱棣驻地。朱棣见了诸王态度自是不同，一则他们是亲兄弟，二则是在京诸王也遭到建文帝的不同处分，他们是同病相怜，正好借此互通声气。朱棣与朱穗等互道劳苦问候，朱棣说：“吾为奸臣所逼，危如累卵，今幸见骨肉！奸臣不轨，欲次第见倾，若落彀中，则覆诸弟如剿■耳。”朱棣说着，又流下了眼泪。诸王提到割地请和的事，朱棣说：“诸弟试谓斯言当乎否乎？诚乎伪乎？果出于君乎？抑奸臣之谋乎？”谷王朱穗等现在虽被建文帝派遣，但在建文即位之初，他们都曾是防范的对象，因此他们对朱棣的话很能听得入耳。他们纷纷说道：“大兄所洞见是矣。诸弟何言？诸弟之来，岂得已哉！”朱棣再次表白说：“吾此来但得奸臣而已，不知其他。”于是李景隆、谷王在一次宴请之后，再次空手而回。
六月十二，建文帝派人秘密前往各地催促援兵。到各地去的人都带有用蜡丸密封的建文帝的谕令。但这时燕军已逼近京师，严密防查从京师出来的人，他们大都被燕军抓获，极难离开京师。而此时王叔英募兵于广德，姚善起兵于苏州，练子宁募兵于杭州，黄观募兵于上游。为了取消朱棣的口实，被他指为奸臣的齐泰、黄子澄再次离开了京师，齐泰到广德从王叔英，黄子澄往苏州从姚善。但由于募兵行动得太晚，形势已对朝廷不利，王叔英在广德募兵竟无人响应，黄子澄想航海到外洋征兵也没有结果。 即使募到兵也来不及赶赴京师了。建文帝盼援兵不见，一筹莫展，与方孝孺执手而流涕，只好命徐辉祖等分道出御。
这时谷王朱橞、曹国公李景隆等把守金川门，以城中兵力而言，尚可抵挡一阵。但守城诸将并不齐心，甚至左都督徐增寿也被发现与朱棣勾结，心怀二志。一日在殿廷上，徐增寿徘徊不安，群臣从他心神不定的神态看出他要图谋不轨，打算做燕军的内应。御史魏冕、大理丞邹瑾忍无可忍，决心防患于未然，一步冲出朝班，抓住徐增寿便打，十七八人也一同拥上动手，并请求皇上立即将徐增寿处死 。可建文帝仁柔心肠，竟宽宥了他。
六月十三日，燕兵进至金川门下。金川门为京师北门，面对大江，最为冲要，把守此门的正是谷王朱橞和曹国公李景隆。因为朱棣了解南城中尚有实力，一时还摸不清底细，不敢冒然攻城。他还是先采取了攻心战术，他先命人请皇嫂来军中，皇嫂即其兄懿文太子妃常氏，常氏来到后，朱棣向她又述说了一遍建文帝的罪状和兴兵的原因 ，仍想把自己带兵前来说成是合法的。同时，他命人用箭向城中射入一封给弟妹的书信，想瓦解京师的防守，“不战而屈人之兵”。信中写道：
兄致书众兄弟亲王，众妹妹公主，相别数载，天伦之情，梦寐不忘。五月二十五日，有老姐姐公主到，说众兄弟妹妹每请老姐姐公主来相劝我，说这三四年动军马运粮的百姓、厮杀的军死的多了，事都是一家的事，军马不要过江回去，天下大平了却不好说。我与你众兄弟亲王众妹妹公主知道：我之兴兵别无他事，为报父皇之仇，诛讨奸恶，扶持宗社，以安天下军民，使父皇基业传子孙以永万世，我岂有他心哉，我自己卯年兴兵，今已四年，父皇之仇尚未能报，奸恶尚未诛灭。我想周王无罪，被奸臣诬枉，破其家，灭其国；随即罪代王，拘囚大同，出其宫人，悉配于军；至于湘王无罪，逼令阖宫焚死；齐王无罪，降为庶人，囚系在京；及乎岷王，奸臣以金帛赏其左右，使其诬告岷王，流于漳州烟瘴地面；至于二十五弟，死则焚其躯，拾其骨沉于江。此等奸恶小人，皆我父皇杀不尽之余党，害我父皇子孙，图我父皇天下，报其私仇，快其心志，父皇能有几多子孙，受彼之害，能消几日而尽，兴言至此，痛心如裂。累年以来，奸臣矫诏，大发天下军马来北平杀我，我为保性命，不得已，亲帅将兵与贼兵交战，仰荷天地祖宗神明有灵，怜我忠孝之心，冥加祜护，诸将士效力，故能累战而累胜，今大兵渡江，众兄弟妹妹却来劝我回北平，况孝陵尚未曾祭祀，父皇之仇尚未能报，奸恶尚未能获，以尔弟妹之心度之，孝子之心果安在哉？如朝廷知我忠孝之心，能行成王故事，我当如周公辅佐，以安天下苍生。如其不然，尔众兄弟亲王众妹妹公主及多亲戚，当速挈眷属移居守孝陵，城破之日，庶免惊恐。惟众兄弟亲王众妹妹公主审之详之。
周公辅成王是历史上的一段佳话。周公是周武王之弟，名旦，亦称叔旦。他曾帮助武王灭商，武王死后，其子成王即位，但年幼，便由周公摄政并带兵平定反叛。待成王成年，周公还政于成王，退居下位。朱棣以周公自居，是想表示自己不会伤害建文帝，让众弟妹吃个定心丸。当然，朱棣仍担心会遇到官军的激烈抵抗，担心京师城池完缮，勤王兵四集，便派遣先锋刘保、华聚等领骑兵千余，到朝阳门，探望虚实，得知城上无备，便下令整军前进。
金川门迎降
城中也在密切注意城外燕军的动静，当徐增寿得知燕军已进至金川门时，便欲举兵响应，但被人发现。建文帝大怒，下令将徐增寿带到宫中右顺门庑下，大声诘责，并亲手将其腰斩，尸体被抛出横于路旁 。
但一切都已来不及了。金川门上的谷王朱橞、曹国公李景隆，望见朱棣的麾盖，下令开门迎降。户科给中事龚泰此时也在城上督兵防守，拒不从命，从城上投下自杀而死 。门卒龚翊知大势已不可挽回，恸哭而去。兴高采烈的燕军欢呼鼓噪：一涌而入金川门。金川门内本用枪支顶住，垛满的枪支密无缝隙。门锁虽开而枪支未移，先冲进来的燕兵被后面的大队挤上前去，被枪扎死的不少 ；燕兵如潮水一般冲入京城，各处的官军都逃得差不多了。只有徐辉祖等还带兵与燕军展开了巷战。但很快就失败了。一些朝臣见大势已去，纷纷弃官逃跑，一夕缒城而去四十余人。 四年的战事已进入尾声，南京城里一片混乱。
朱棣除派兵占领皇宫和各要害之处，又分别派了一千余骑兵前往护卫周王、齐王。周王与燕王同母所生，与燕王最为亲近，因此他最担心在城破时他们遭害。周王见大兵来到，不知道是燕兵，以为死期临近，仓卒恐怖，等知道是燕军来护卫营救，顿时大喜，说：“我不死矣。”周王随燕兵来见朱棣。朱棣听说周王来到，迎出营外，二人相见大哭。周王说：“奸恶屠戮我兄弟，赖大兄救我，今日相见，真再生也。”说罢二人并辔来到金川门，下马，握手登上城楼。
懿文太子妃常氏在军中与朱棣说了一席话之后，便没人再理她了。燕军拔营攻城，她也悻悻返回了京城。但这时京师已是一派惨状，大街小巷满是燕军士兵，激战过的地方横尸流血，没打过仗的地方也是一片狼藉。更令她惊骇的是在她走近皇城时，就发现宫中火光冲天，浓烟滚滚，可叹往日一派繁盛而又肃穆的红墙黄瓦的宫殿已是一片火海 。
朱棣与周王在城楼上遥望宫中冲天大火，忙下令前往救人。宫中早已乱成一团。燕兵冲进金川门的消息一传来，太监宫女就躲的躲，逃的逃了。燕兵冲进宫来，高墙深院中竟看不见个人影。只见三个男孩子坐在宫门哭泣。虽然这三个孩子穿得很普通，衣服的颜色也不显眼，但却看得出不是民家子弟。而且宫中岂是一般人可随便来的？监督搜宫的命将这几个孩子带走 。
宫中的火烧得很奇怪，有人说是建文帝命人点的火，建文帝及皇后妃嫔都投入火中自焚了。但为什么翻遍了瓦砾却找不到建文帝的尸体呢？军士们确实从灰烬中曳出一具尸体，已是体无完肤，面目全无了。有人说这就是建文帝的尸体，有人则说这是马后的尸体。谁也无法确认，只有不了了之。但是如果这尸体不是建文帝的尸体，那建文帝又到哪里去了呢？他可还是当今的天子啊！
搜宫的燕兵来向朱棣报告，说不见皇帝的踪影，只从灰烬中找出了一具不知是谁的尸体。朱棣叹说：“小子无知，果然若是痴■耶？吾来为扶翼尔为善，尔竟不亮而遽至此乎？”其实谁也没肯定那尸体就是建文帝之尸。但如果建文帝不死，朱棣又何以自处呢。自己竟如此与皇帝的宝座无缘吗？真的“周公辅成王”吗？
朱棣遣周王归第，分命诸将守京城及皇城，而自己则驻营龙江。他下令安抚臣民，严肃军纪。有士卒在市场上拿了鞋不给钱，立即被处斩。 关于建文帝，朱棣虽口说建文帝已死，但心中却放不下这段心事。他下令继续搜宫，并命搜捕奸臣齐泰、黄子澄，并开列“奸臣榜”。这一天公布的“燕王令旨”说：
洪武三十五年六月十三日，大明燕王令旨：谕在京军民人等知道。予昔者困守藩封，以左班奸臣窃弄威福，骨肉被其残害，起兵诛之，盖以扶持祖宗社稷，保安亲藩也。于六月十三日抚定京城，奸臣之有罪者予不敢赦，无罪者予不敢杀，惟顺乎天而已。或有无知小人乘时图报私仇，擅自绑缚劫掠财物，祸及无辜，非予本意。今后凡首恶有名者听人擒拿。余无名者不许擅自绑缚，惟恐有伤治道，谕尔众咸使闻知。
榜中开列的奸臣共二十九人，他们是；太常卿黄子澄，兵部尚书齐泰，礼部尚书陈迪，文学博士方孝孺，御史大夫练子宁，右侍中黄观，大理少卿胡闰，寺丞邹瑾，户部尚书王钝，户部侍郎郭任、卢迥，刑部尚书侯泰、暴昭，工部尚书郑赐，工部侍郎黄福，吏部尚书张■，吏部侍郎毛泰亨，给事中陈继之，御史董镛、曾凤韶、王度、高翔、魏冕、谢■，前御史尹昌隆，宋人府经历宋徵、卓敬，修撰王叔英，户部主事巨敬。朱棣设置了赏格：凡文武官员军民人等，绑缚奸臣，为首者升官三级，为从者升二级；绑缚官吏，为首者升二级，为从者升一级。奸臣榜贴出去之后，很多投机者纷纷以告密或擒获“奸臣”得官，一些人乘机报私仇、劫掠财物，虽禁而不止。
朱棣所驻之龙江北临长江，在京师外廓之内，内城之外。战斗已经停止，小皇帝或死或逃下落不明，但看来大局是定了。于是赶到龙江朱棣营门表示投降的越来越多。最先向朱棣叩头劝进的是兵部尚书茹瑺。茹瑺早就与太常卿黄子澄不协。在建文朝，刑部尚书暴昭与黄子澄相一致，极力排挤茹瑺，指其赃罪，致使茹瑺被罢黜为河南布政使。后来黄子澄罢官，茹瑺才又被召回任兵部尚书。 黄子澄既被朱棣列为奸党，自为茹瑺提供了一个进身机会。接着来投降的文臣有吏部右侍郎蹇义、户部右侍郎夏原吉，兵部侍中刘■、右侍郎古朴、刑部侍郎刘季■，大理少卿薛嵓，翰林学士董伦，侍讲王景，修撰胡广，编修吴溥、杨荣、杨溥，侍书黄淮、芮善，侍诏解缙，给事中金幼孜、胡■，兵部侍中方宾，文选郎中陈洽，刑部员外郎宋礼，国子助教王达、邹缉，吴府审理副杨士奇，桐城知县胡俨等。被列入奸臣榜的郑赐、王钝、黄福、尹昌隆也前来归附，自称被奸臣所累，请求宥罪。茹瑺、李景隆又为张■、毛泰亨请求宽免，都先后授官或仍任旧职。对那些仍然抗拒不降的，朱棣又开列了第二批名单指为奸臣，他们是；徐辉祖、葛成、周是修、铁铉、姚善、甘霖、郑公智、叶仲惠、王琏、黄希范、陈彦回、刘璟、程通、戴德彝、王艮、卢原质、茅大芳、胡子昭、韩永、叶希贤、林嘉猷、蔡运、卢振、牛景先、周■等，共五十余人。
迎附的官员已经迫不及待了。他们希望朱棣早即帝位，自己便成了开国元勋。十四日，诸王及文武官员们纷纷上书请求朱棣即位。本来，朱棣自起兵之日起，便已盯住了皇帝的宝座，但此时却要由群臣劝进。而朱棣又要故作谦让，说道：“予始逼于难，不得已以兵救祸，誓除奸以安宗社，为伊周之勋。不意孺子无知，自底亡灭。今奉承洪基，当择有才德者，顾予菲薄，岂堪负荷。”中国的氏族民主制已经湮灭数千年了，但在儒家经典中还是被奉为美政，称颂无加。而后世帝王为争夺帝位杀人盈野，谁也不愿实行那种民主的禅让制度，但他们却又都要用开明的贤君标榜自己。当年赵匡胤陈桥兵变，不也是“被迫”黄袍加身做了皇帝吗？朱棣的这番话何其动听，但大臣们都知道这是假的，这不过是一场把戏的开幕式。自然，接着是群臣的进一步劝进。诸王及文武群臣苦苦叩头，一定要请他做皇帝：“天生圣人，为社稷生民主，今天下太祖之天下，生民者太祖之生民，天位岂可一日而虚，生民岂可一日无主？况国有长君，社稷之福，殿下为太祖嫡嗣，德冠群伦，功施宇内，威被四海，宜居天位，使太祖万世之洪基，永有所托，天下生民，永有所赖。不宜固让，以孤天人之心？”这一番劝进辞哪里是说给朱棣，分明是给天下人听，是向天下人宣讲朱棣即位的合法性。劝进集中在几点：一，生民需要有圣人做主，朱棣就是圣人；二，朱棣是太祖嫡嗣，理当继统；三，“国有长君，社稷之福”，只有朱棣当国君最为合适。在现存朱元璋子孙中年最长莫过于朱棣了，但若要按建文帝的系统算，还有其子文奎，其弟允熥、允■、允■，这些小孩子执政对国是不利的，必须把他们排除，才轮得上朱棣。这次劝进只能算初劝，朱棣故作不允。
到了十五日，诸将又向朱棣上劝进表，表中说：“臣闻锄奸去恶，式扬神圣之谟，附翼攀鳞，早际风云之会，功光前烈，德冠中兴。恭惟殿下文明英武，宽裕仁孝，为太祖之嫡嗣，实国家之长君，天生不世之资，民仰太平之主。曩奸恶逞毒肆凶，祸既覃于宗藩，机欲倾于社稷，集天下之兵以相围逼，使国中之民不能聊生。乃赫怒而提一旅之师，遂呼吸而定九州之地，战必胜，攻必取，实由天命之有归、绥斯来，动斯和，爰见人心之所在。今内难已平之日，正万方欣戴之时，宜登宸极之尊，以慰臣民之望。臣等忝随行阵，仰仗威灵，素无远大之谋，窃效分毫之力，虽不敢冀云台之图象，实欲慕竹帛之垂名，谨奉表以闻。”这是二劝，朱棣仍然不允，因为他知道还会有三劝。这二劝是随征武将提出的，其中内容与一劝大体一样，不过其中透露了“你当皇帝，我们也可以跟着沾光”的意思。
十六日，诸王与文武群臣相继又向朱棣劝进。诸王上表说：“天眷圣明，宏开景运，群奸既去，宗社永安。恭维大兄殿下，龙凤之资，天日之表，祯祥昭应于图书，尧舜之德，汤武之仁，勋业夙彰于海宇。迩者险邪■祸，毒害宗亲，谋动干戈，几危社稷。乃遵承于祖训，聿奉行于天诛。一怒而安斯民，备文王礼义之勇，不四载而复帝业，超世祖中兴之功，武以剪戢；克全皇考之天下，文以经纬，聿明洪武之典章，实天命之所归，岂人力之能强，愿俯循于众志，庶永绍于洪基。惟我诸弟谊重天伦，情深手足，荷蒙拯溺，得遂生全，祗迓龙舆，蚤正天位，庶皇考之天下永有所讬，四海之赤子永有所归，幸鉴微忱，毋频谦让。无任激切之至，谨奉表以闻。”朱棣是如此谦让，诸王是如此急切！
在中国君主政治中，最虚假的莫过于这个“三推让”之礼了。上下人人心里明白是在演戏，但戏还要演得像。朱棣仍然“不允所请”。这天，群臣又来劝进，朱棣说了如下一番话：“昔天运衰微，四海鼎沸，强弱相噬，百姓无主，天命我皇考平定天下，以安生民，勤苦艰难，创造洪基，封建子孙，维持万世。岂意弃臣民之日，体犹未冷，而奸邪鞠凶，祸起不测，图灭诸王，以危社稷。予以病躯，志耗力疲，惟欲高枕，以终余年，奸邪一旦起兵见图，令人震惧，不知所为。群臣告予曰：‘太祖高皇帝创业艰难，陵土未干，而诸王见灭，宁能束手受戮，以弃社稷乎？”予彷徨无指，顾望求生，而天下之兵日集逼。形势之危，犹侧立于千仞崖之上，而推使其下也，可为悚惧。勤苦百战，出万死一生，志清奸恶，以匡幼冲，其乃殄灭于今，遂自焚陨。群臣劝予即位，予思天位惟艰，有如幼冲弗克负荷，几坠丕图。非虚为谦让，诚思皇考创业艰难，欲推择诸王有才德可以奉承宗庙者立之。主宰得人，天下之福，予虽北面，且无忧矣。”他批评建文帝以冲幼误国，必须有才德的人挽救太祖创建的基业。如果有合适的人主宰天下，即使不当皇帝，也无可忧虑了。当然群臣会说有才德的人非朱棣莫属。朱棣本人难道心里不是想的舍我其谁吗？群臣还要把这出戏唱到底，他们稽首固请，说道：“殿下德为圣人，位居嫡出，当承洪基，以安四海。虽谦德有光，复谁与让？且天命所钟，孰得而辞？殿下宜蚤践大位，使臣民有所依凭，毋逊硕肤，以虚天下之望。”
火候差不多了。朱棣打算起驾入城。第二天十七日，朱棣像以往一样早早就起了床，众将士也都整好鞍马，准备随朱棣一同进城。
朱棣骑在马上，手揽着缰绳，缓缓的马步将他的身体有节奏地轻轻地颠摇着，更显出他的几分自得。朱棣今年是四十三岁了。长期军旅生括练就了他强健的体魄，阳光晒成微紫色的皮肤，结实的肌肉紧裹在合体的戎装里。两绺略带虬曲的胡须分在左右，一绺长髯飘在胸前。当年袁拱不是推算他年过四十，髯长过胸便会登九五之位吗？这句话如今就要应验了。朱棣那一双眼角略为上挑的凤目极为有神，他抬眼向前望去，一边是郁郁葱葱的钟山，一边是雄伟的城关。如今他把这一切都抓在手中了，如同牵住缰绳，将马骑在胯下一样。旌旗在空中飘舞，发出呼呼啦啦的声音，身后是威武的将士大队人马，眼前路旁是匍匐拜倒的人群，朱棣真是得意极了。忽然，从路边的人群中突出一人，横在朱棣的马前，朱棣不禁一怔，他身边的武士向前刚要阻拦，只见那人施过礼后从容说道：“大王且留步，翰林编修杨荣有话要奏秉。”此人敢在路上拦马，定是有要事要说，朱棣命道：“请讲。”杨荣说：“殿下先入城耶？先谒孝陵耶？”朱棣心中一惊，为什么没先想到这一层呢？自己以奉太祖皇帝宝训而起兵，又以恢复祖制号召天下，怎能不谒陵便入城呢？再说当初起兵揭出的一条理由就是由于奸臣阻挡，太祖病时不能侍药，死时不能会葬。朱棣心想，要不是杨荣进言，几乎误了大事！但朱棣毕竟是玩弄权术的老手，脱口说出：“此行正为谒陵。”尽管有了三推让，朱棣还是太心急了一点，他决定马上谒陵，做个样子给天下臣民看。朱棣将马头一拨，浩荡人马便向孝陵开去。
在孝陵，朱棣煞有介事，免不了一番欷歔感慨。既然已说此行是为谒陵，那么礼毕之后只好揽辔回营了。但这时迎附的文武诸臣已经迫不及待了。他们早已准备好的法驾不能今天就这样落空了。他们把法驾卤薄摆放在路上，并捧来了皇帝宝座，拦住了朱棣的马，一定要让他登辇。这法驾卤薄是专供皇帝使用的，是最高等级的仪仗，其他任何人都无资格使用，朱棣再一次辞让之后，在诸王及文武群臣的拥护下，终于登辇，顿时万岁之声山呼雷动。朱棣坐在辇上，还要再次表白，说：“诸王群臣以为奉宗庙宜莫如予，然宗庙事重，予不足称。今为众心所戴，予辞弗获，勉循众志。诸王群臣各宜协心，辅予不逮。”
大队人马起动了，长长的先导，长长的后卫。朱棣乘辇被簇拥在正中。自洪武三十一年起兵，打了多少仗，死了多少人，攻城略地，转战千里，通往帝座的道路是如此漫长，但如今要走到尽头了。南京城的大门，皇城和宫殿的大门为朱棣一路洞开。阳光普照，水秀山明。一个新的皇帝诞生了，一个新的时代开始了。
这一天是建文四年(1402年)六月十七日。
朱棣即皇帝位，改明年为永乐元年。
五、建文帝谜踪
朱棣如愿以尝地即皇帝位了，他的政治对手建文帝朱允炆的踪迹却成了千古之谜。几百年前南京宫中的那场大火早已灰飞烟灭，人们对建文帝的寻找还没有停止。
1．相互矛盾的历史记载
关于建文帝在皇宫中的结局，官修的《明太宗实录》是这样记载的：
上望见宫中烟起，急遣中使往救。至已不及。中使出其尸于火，还白上。上哭曰：“果然若是痴騃耶？吾来为扶翼尔为善，尔竟不谅，而遽至此乎？…… 壬申，备礼葬建文君。遣官致祭，辍朝三日。
《明太宗实录》修于宣德年间，由于政治原因，官修的实录一定是代表官方利益的。因此，一些关键和微妙的事常常被隐讳或用曲笔，是不可信的。按《实录》的记载，建文帝已被烧死，而且还得到了礼葬。有的说用的是亲王之礼，有的说用的是天子之礼 。无论是天子之礼还是亲王之礼都是极为隆重的，果然如此的话，有谁见过殡葬的仪式？坟墓在哪里呢？在当时的政治形势下，建文帝被烧死，是符合朱棣的利益的。建文帝被烧死，就可以断绝天下人的希望和企盼，朱棣也可以安心地做皇帝了。建文帝活在人世，就是朱棣父子的一块心病。以情理推断，哪怕有一点可能掩人耳目，朱棣也会给建文帝办个葬礼、修个坟墓了事。正因为朱棣连自己都欺骗不了，所以才无法发丧建墓。《实录》记载是从当政者的政治利益出发的，他们宣称建文帝已死，就是要让天下人死了心，让建文帝的追随者们死了心。既没有人见过发丧，又没有人见过坟墓，《实录》的记载无疑是一大谎言。也正因为这谎言太容易识破了，所以民间根本不相信建文帝已死，才会有种种的猜测和谣言出现。
还有几件事，助成了种种谣言和传说的出现。
2．溥洽和尚藏匿过建文帝吗
《明史》透露出的一个线索，是在民间引起猜测的一个原因。《明史》姚广孝传说：
（永乐）十六年三月（姚广孝）入觐（朱棣），年八十有四矣。病甚，不能朝，仍居庆寿寺。车驾临视者再，语甚懽，赐以金唾壶，问所欲言。广孝曰：“僧溥洽系久，愿赦之。”溥洽者，建文帝主录僧也。初，帝入南京，有言建文帝为僧遁去，溥洽知状，或言匿溥洽所。帝乃以他事禁溥洽，而命给事中胡濙等遍物色建文帝。久之不可得。溥洽坐系十余年，至是，帝以广孝言，即命出之。
溥洽是建文帝的主录僧，明成祖朱棣为什么关了溥洽？因为他听到了两个传言：“有言建文帝为僧遁去，溥洽知状”，“或言匿溥洽所”。但不论是“有言”，还是“或言”，都并非确指，都不足以确认建文帝为僧遁去，或建文帝匿于溥洽所。姚广孝是燕王朱棣的主录僧，他与溥洽，一服务于建文帝，一服务于燕王，两人各为其主，对于同为主录僧的溥洽有同病之怜他要求释放被久系的溥洽，虽然不免是出于同情心，但也可以理解为他不相信“建文帝为僧遁去”，或“匿溥洽所”，于是想在临终前替溥洽开脱。然而，姚广孝不相信不等于民间不相信。相反，这两点猜疑越传越远，越传越丰富。
3．神秘的胡濙、张三丰
既然合法的皇帝下落不明，篡位的皇帝派人到处访察其下落，就显得合情合理了。一些人虽然不相信建文帝在各地流亡的种种传说，但却也怀疑建文帝并没死于大火，而是在乱中逃出了皇宫。于是像明朝沈德符等人的一些书中便出现了这样的说法：
少帝（建文帝）自地道出也，踪迹甚秘，以故文皇帝（明成祖朱棣）遣胡濙托访张三丰为名，实疑其匿他方起事。至遣太监郑和浮海，遍历诸国而终不得影响。则天位虽不终，而自全之智有足多者。
晚明黄景昉的《国史唯疑》卷之一也这样说：
遣胡濙西南行，求之湖、湘、黔、筑洞中，遣郑和东南行，求之瓯、越、闽、广间。海外几穷尽禹迹矣。唐诗“上穷碧落下黄泉，两处茫茫皆不见”。差类当日情景。
郑和的远航另议。这里先说胡濙。胡濙是谁呢？这个人很神秘。《明史》《胡濙传》说：
永乐元年（胡濙）迁户科都给事中。惠帝之崩于火，或言遯去，诸旧臣多从者，帝疑之。五年，遣濙颁御制诸书，并访仙人张邋遢，遍行天下州郡乡邑，隐察建文帝安在 。濙以故在外最久，至十四年乃还。所至亦间以民隐闻。母丧乞归，不许。擢礼部左侍郎。十七年，复出巡江、浙、湖、湘诸府。二十一年还朝，驰谒帝于宣府。帝已就寝，闻濙至，急起召入，濙悉以所闻对。漏下四鼓乃出。先，濙未至，传言建文帝蹈海去，帝分遣内臣郑和数辈，浮海下西洋，至是疑始释。
胡濙是朱棣派出的一个秘密侦探。但胡濙传中说他出巡的任务不仅是寻访建文帝，而是有好几项：颁御制诸书；访仙人张邋遢；间以民隐闻。另外，还有一项重要任务，《明史》《胡濙传》又说：
皇太子监国南京，汉王为飞语谤太子。帝（朱棣）改濙官南京，因命廉之。濙至，密疏驰上监国（皇太子）七事，言诚敬孝谨无他，帝悦。
原来，汉王与皇太子争夺继承权，诽谤皇太子，朱棣对皇太子不信任，就派胡濙前往秘密调查。胡濙当时是户科给事中。明朝制度规定，六科“掌侍从、规谏、补缺、拾遗、稽查六部百司之事”。给事中作为言官，对于朝廷上下的事无所不管。当然，有些官员也可以在六科挂名，承办皇帝交给的特殊任务。胡濙出巡所干的都是秘密任务，即使朱棣出征在外，即使朱棣已经就寝，他也要赶去汇报。但问题在于，在朱棣床边他们两个都说了些什么，谁也不知道。
正因为胡濙本人行踪就很诡秘，而此时建文帝又下落不明，所以就助长了人们的联想与猜测。我怀疑《明史》的作者也受到了民间传说的干扰，把猜测之词写进了史书：“惠帝之崩于火，或言遁去，诸旧臣多从者，帝疑之”。在胡濙的各项任务中，有一项可以证实，那就是访仙人张邋遢。
4．仙人张邋遢
张邋遢本名张三丰，因不饰边幅，被称为张邋遢，属于神仙术士者流。《明史》将其入于方伎列传中，说“或言三丰金时人，元初与刘秉忠同师，后学道于鹿邑之太清宫，然皆不可考”。《明史》大抵秉承了“不语怪力乱神”笔法，所以一般不记载神仙鬼怪的事，但还是记载了一些张三丰所谓异行：说他“颀而伟，龟形鹤背，大耳圆目，须冉如戟。寒暑唯一纳一蓑，所啖，升斗辄尽。或数日一食，或数月不食。书经目不忘，游处无恒，或云能一日千里。善嬉谐，旁若无人。尝游于武当诸岩壑，语人曰：‘此山异日必大兴。’”“后居宝鸡之金台观，一日自言当死。留颂而逝，县人共棺殓之。及葬，闻棺内有声，启视则复活。乃游四川，见蜀献王。复入武当，历湘、汉，踪迹益奇幻。”“明初，周颠、张三丰之属，踪迹秘幻，莫可测识，而震动天子，要非妄诞取宠者所可及。” 朱元璋闻其名，曾于洪武二十四年“遣使觅之不得”。“永乐中，成祖遣给事中胡濙，偕内侍朱祥，赍玺书、香币往访，遍历荒徼，积数年不遇。”后来，朱棣“命工部侍郎邹进、隆平侯张信等，督丁夫三十余万人，大营武当宫观，费以百万计。既成，赐名太和太岳山，设官铸印以守，竟符三丰言。”
朱棣派胡濙寻访张三丰，是由于朱元璋“遣使觅之不得”才又进行的。而且胡濙带着朱棣的“玺书”，准确无疑。我们今天可以看到当年修建的巍峨的武当山道观，已被称为道教南方第一丛林。所以，说朱棣派胡濙去访张三丰就是去访张三丰，并非托言，不像寻访建文帝只是是猜测的、可能的。
另一件事的发生，就使关于建文帝的传说，越传越乱。那就是杨应祥的出现。
5．杨应祥是建文帝吗？
沈德符《万历野获篇》记载：
甲戌年（万历二年），今上（明神宗朱翊钧）御日讲，问辅臣以建文君出亡事，张居正对曰：“此事《国史》无考，但相传正统间，于云南邮壁题诗，有“流落江湖数十秋”之句。一御使异而询之，自言建文帝，欲归骨故土。遂驿召入宫养之。时年已七八十，后不知所终。”盖江陵（张居正）亦不曾记忆《英录》中有此事也。
张居正所说的《国史》，就是《明实录》。笔记中说的“英录”，就是《明英宗实录》。张居正在万历初年为内阁首辅，久在朝中任职，处于统治核心，熟悉典故制度，像这样的的上层人物对建文帝的事都说不清楚，可以想见民间传说的情况。
《明英宗实录》对此事的记载，见于正统五年十一月丁巳：
有僧年九十余，自云南至广西，云：“我建文帝也。张天师言我四十年苦，今数满，宜还国。”谒思恩自言。岑瑛送之京师。会官鞫之。其姓名为杨应祥，钧州人，洪武十七年度为僧，游两京、云、贵，以至广西。上命锢之锦衣卫而死。同谋僧十二人俱戍边。
这本是一个诈骗案，事实本末本清楚无疑，几个僧人共谋，由九十余岁的老僧杨应祥假冒建文帝。事败，老僧被关入锦衣卫监狱而死，同谋僧人被处戍边。案子已经了结。
建文帝生于洪武十年（1377年），至英宗正统五年（1440年）不过六十三岁，老僧九十余岁，必假无疑。老僧有名有姓，载在《实录》，当年鞫狱之人必不敢杜撰。经过永乐二十二年、洪熙、宣德十一年，又经过正统五年，建文帝的事已经过去了三十八年。当时社会安定，即使建文帝在世，他的手中已没有一兵一卒，也不会构成威胁。朝廷已没有必要因他的出现而恐惧。事实上，朝廷的处置也有分寸，仅杨应祥一人被关入监狱而死，其余人被罚充军戍边，并未将活口一律封杀。
结论是杨应祥并非建文帝，建文帝并没有出现。
可是，杨应祥诈骗案的败露，非但没有堵住人们的嘴，反倒给人以更大的想象空间。民间关于建文帝的传说越来越多。到了万历年间，竟然有了本末详尽、细节完整的记载。连一些号称严肃的学者也不免被其迷惑。国史唯疑说：“程济之《从亡随笔》、许仲彬之《致身录》出，二百余年之晦迹始彰，疑案尽解。”
6．清修《明史》的尴尬与矛盾
明朝灭亡以后，靖难之役的利益相关人都已不在人世了。史家们可以心平气和地写这段历史，但是关于建文帝的下落仍然说不清。清朝官方组织人力，由张廷玉主持编写《明史》，在关于建文帝的下落问题上曾有过激烈的辩论，最终《明史》是这样记载建文帝的结局的：
都城陷，宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝、后尸于火中，越八日壬申，葬之。
或云：帝由地道出亡。
在不到四十个字中，关于建文帝的下落竟有三种的说法：一、不知所终；二、焚死；三、由地道出亡。
自燕军攻入南京（建文四年，1402年）起，直至清朝雍正十三年（1735年），三百多年过去了，关于建文帝的下落还是没有结论。当年参与修明史的都是朝野的饱学之士，而且在修明史时又搜集了大量官私史料，经过了认真的分析研究。《明史》以体例严谨，叙事缜密而著称，当时学界考据之风盛行，学者都以辨疑发覆为能事，但我们在这部煌煌的“正史”中看到的，却是史臣们对建文帝踪迹的莫衷一是，聚讼纷纭。
7．传说中的建文帝踪迹
传说中的情况是怎样呢？
传说，明太祖朱元璋看到朱允炆柔弱，临终前留下了一个密封铁匣，嘱咐朱允炆遇到大难时打开。燕军攻入南京，形势危急，建文帝朱允炆打开铁匣，其中有剃刀、度牒和一道敕旨：“欲生，怀牒为僧，蜜地去。不然自尽。”于是建文帝焚宫出逃。建文帝从鬼门出，一舟停在案边，神乐观道士在等候。建文帝等往东南走，兵部尚书齐泰追到广德，没追上而被俘。传说建文帝曾在钱塘东明寺居住，寺中的厮如楼形制特别，不同寻常人家所造。有人说，建文帝被蜀王用船迎入四川，后来，又从四川进入云南，藏在黔国公沐晟家。工部尚书严震出使交阯，在云南与建文帝不期而遇，进退两难，“不言，恐祸及身；言之，不义也。一夕自缢死”。此后建文帝云游湖南、湖北、广东、广西、陕西、贵州。建文帝所居山林寺庙，留下了很多遗迹，还留下了一些诗作：
如在四川永庆寺题诗：
杖锡来游岁月深，山云水月傍闲吟。
尘心消尽无些子，不受人间物色侵。
在广西写有：
牢落西南四十秋，萧萧白发已盈头。
乾坤有恨家何在？江汉无情水自流。
长乐宫中云气散，朝元阁上雨声收。
新浦细柳年年绿，野老吞声哭未休。
在贵州金竺长官司罗永庵题壁：
风尘一夕忽南侵，天命潜移四海心，
凤返丹山红日远，龙归沧海碧云深。
紫微有相星还拱，玉漏无声水自沉。
遥想禁城今夜月，六宫犹望翠华临。
阅罢楞严磬懒敲，笑看黄屋寄团瓢。
南来瘴岭千层迥，北望天门万里遥。
款段久忘飞凤辇，袈裟新换衮龙袍。
百官此日知何处？唯有群鸟早晚朝。
传说，到正统五年（1440年），建文帝已经出亡三十九年了，时在广西思恩的一座寺庙中，有同寺僧人偷了建文帝的诗，跑去见思恩知州岑瑛，自称建文帝。岑瑛大惊，把一干僧人全部抓了起来，送往布政司，上奏朝廷。一干僧人被解往京城，这时是在北京。经御使廷鞫，僧人自称：“年九十余，思葬祖父陵旁耳。”御使说：“建文君生洪武十年，距正统五年当六十四岁，何得九十岁？”一下子漏了馅，经审问，得知这僧人为钧州白沙里人，名叫扬应祥。于是，僧论死，关入锦衣卫，从者十二人戍边。这就是《英宗实录》中记载的那件事。
事情到此本应完结，但民间传说发挥了想象力，说此时真的建文帝“适有南归之思”，就向地方官讲出实情。御使密奏朝廷，将一干人送往京师。朝廷派曾服侍过建文帝的老宦官吴亮辨别建文帝真伪。建文帝见到吴亮就说：“汝非吴亮耶？”吴亮说：“非也。”建文帝说：“吾昔御便殿汝尚食，食子鹅，弃片肉于地，汝手执壶，据地狗餂之。乃云非耶？”吴亮伏地而哭。建文帝左脚趾有黑子，吴亮摩视之，抱着建文帝的脚，哭得不能仰视。由于羞愧，吴亮退而自经死。于是建文帝被迎入西内。跟随建文帝云游的程济听到这个消息说：“今日方终臣职矣。”就前往云南焚烧了庵庙，遣散了徒众。建文帝入宫后，宫人都称他为老佛。后来，建文帝以寿终，葬于西山，不封不树。
读了类似的记载，我们感到人们是在精心编织着故事，惟恐发生漏洞，不能自圆其说。即使如此，我们还是看到这些记载有很多矛盾、歧异。
比如，《建文皇帝遗迹》（即《备遗录》）说建文帝归来在宣德元年（1426年）丙午孟春。“少帝自江南来归京师”，且自称“吾今年七十余”。（按，如建文帝不死，当年应为四十九岁）建文帝与老宦官见面时，说的是另一番话：“吾于七夕之时，赐桃实三枚与尔。尔匍匐阶下，食其一，以怀其二。吾问尔藏之由，尔对曰：‘臣有父老在家，欲怀此以献。’吾嘉尔孝，复赐五枚。今颇忆此否？”老宦官忽觉悟，遂抱持大哭。于是一时故臣都来看望。在建文帝身份得到证实后，宣宗命将其“厚养于诸王馆中”。但不久，“一夕暴卒”。后“以公礼葬于郊外”。
祝允明《野记》，也有大致相同的记载。郎瑛《七修类稿》则说：建文帝“竟葬西山，树碑曰‘天下大法师之墓’”。
