加强行政效率乃是一种手段，张居正的目的，在于国富兵强。理财本来也是他的专长，但就是在此专长之中，伏下了失败的种子。这其中有很多复杂情况，是为外人所未能深悉的。
这种复杂性首先见于税收。本朝1100多个县，表面上看来都是相等的行政单位，但实际每县税粮总数不仅不同，而且相去极远。在多种情形下，总数一经规定，就因袭而不加修改。一个富裕的县份，其税粮总数可以是一个穷僻县的300倍到500倍之间。
当一个县官详细察看他的辖区时，他更可以发现很多难于置信的事实。这足以证明我们所称为制度，往往只是一个理想。比如说，官方所用度量衡和民间所用的就有大小的不同。又比如，很多县份的耕地几个世纪都没有作过系统的丈量，其间有的增加，有的减少，甚至该地区的地形都有了改变，过去所定税粮数额，可能已与现在实际情形大相径庭。至于土地的所有权，经过几易其手的典押，有时也难以认清谁是真正的地主。
有些县份的税额很低，粗粗一看，似乎必须提高税额，至少这样的县份再也不应该有税粮的积欠。但实际情形是，由于原来税额低，不少农民已升为地主，而这些小地主，多系自耕农或半自耕农，仍去饥饿线不远，他们的生活与农村富裕的地主和居住在城市的地主当然不可同日而语。这也就是说，低税的实惠，早已为当地人视作当然，成为生活中不可缺少的因素，欠税欠粮的事情，不能因全县税低而遏止。
有些县份的税粮比较高，这就更不可能如数进入仓库。在一般情况下，收税达到一定的税额，例如某县已征收了税额的60％，则再催征其余的40％极端困难。即使富裕的地主也会仿效贫穷的自耕农拒不纳粮。他们根据多年经验，知道一个县官无法长期和成百成千以拖拉方式拒不纳粮的户主抗衡。旧税未清常常是新税之累，所以官方只好用种种名义把未收的部分减免，其后果就等于鼓励拖欠而拒不纳税。县官对欠税的户主没有别的办法，只能拘押一些人在官衙前拷打，以为其他欠税者戒。然而这些欠税人也另有对付的办法，他们可以贿赂衙役，雇佣一批乞丐代他们挨打，称为“倩人代杖”。南直隶苏州府向称鱼米之乡，就是这样一个典型的地区。申时行生长于苏州吴县，对这些情况已司空见惯。张居正自然也深知此中积弊，所以他给别人的一封信说苏州以赖粮著名，“其乡人最无赖”，此地可称“鬼国”。
百姓缴纳税粮，在规定数字外尚有所谓“常例”，即各地方官按照习惯收入私囊的附加，县官如此，以下村长里长甲长也无不如此。地方官向上缴纳税金税粮，总是先扣常例，至于税额是否如数，则是另一回事。
张居正担任首辅的时候，他用皇帝的名义责令各府各县把税收按照规定全部缴足，这一空前巨大的压力为全部文官所终身不忘。批评张居正的人说，他对京城和各地库房中积存的大批现银视而不见，而还要用这样的方式去敛财，必然会通致地方官敲扑小民，甚至鞭挞致死。这种批评也许过于夸大，但是张居正的做法和政府一贯所标榜的仁厚精神相背，却也是事实，同时也和平素利用乡村替老缙绅所行“间接管制”的形式不符。这种间接管制虽然行政效率极低，实际上却为事势所需，它在成万成千农民之间解决了官方鞭长莫及的难题。
张居正还有一个错误，则是他忽视了文官集团的双重性格。固然有很多官僚凭借特权，引用私人，扶植地主和高利贷者的利益。但是“四书”所揭橥的、为文官集团所标榜的宗旨，也并不全是口头禅。如导之以诚意，一些有责任感的年轻人如邹元标辈，又真能不顾一己安危荣辱，为仁民爱物的宗旨拼命。这种自我牺牲的精神，能在存亡于肤发之间击退北方游牧民族的内犯，也能在万苦千辛中修复黄河的决堤。他们经常批评万历皇帝，其用心也未必真是“沽名卖直”，而是他们深知自我牺牲，必须得到皇帝的肯定和合作，才能使亿万百姓沾惠受益。他们之所以攻击张居正，也正因为在他们心目中，张居正的措施放弃了古圣先贤的宗旨，而是急功好利，企图以世俗的行政效率来代替这种伟大的精神，最终必然窒碍难行，落一个引用私人的下场。
从客观条件来看，张居正之引用私人，是无法避免的。以我国幅员之大，交通通信又极落后，任何有能力的内阁，也不能对各种地方官有周密的了解和实际的控制。张居正一心改弦更张，10年“专政”之后，各地税额并没有调整；地方政府仍然无法管理农村，官吏薪给之低，依然如故。总之，这种维新不过是局部的整顿，而非体制上的变革。张居正本人认真办事，一丝不苟，他亲自审核政府的账目，查究边防人马的数额，下令逮捕犯法的官吏，甚至设计各种报表的格式，规定报告的限期。他所派遣的总督和任命的尚书个个精明能干，然而他们的诚信仍有问题。因为撇开他们本身不说，他们属下的低级机构，依然处于各种各样不合理条件之下，离开了权术，这些高级官员也无精明能干之可言，而权术又总是和诚信背道而驰的。
在名义上张居正是皇帝的顾问，并无决策和任免的权力。为了贯彻自己的意图，他经常以私人函件的形式，授意于他亲信的总督巡抚，要他们如此如此地呈奏皇帝，然后他以内阁大学士的身份票拟批准他自己的建议。为了鼓舞亲信，他有时还在函件上对他们的升迁作出暗示。这种做法，实际上是以他自己作中心，另外形成一个特殊的行政机构，以补助正常行政机构之不及。这在旁人看来，就是上下其手；以气节自负的人，自更不愿向他低头，以免于趋附权势的讥讪。
张居正的全套措施，彻底暴露了这一大帝国中央集权过度的不良后果。在下层行政单位间许多实际问题尚未解决以前，行政效率的增进，必然是缓慢的、有限度的。强求效率增高，超过这种限度，只会造成行政系统的内部不安，整个文官集团会因压力过高而分裂；而纠纷一起，实际问题又会升级成为道德问题。
张居正既不能撇开文官集团而自起炉灶，他的所作所为也就无法避免矛盾。举一个例子说，他个人物质生活的奢华惹人议论至多。数年之前，小皇帝万历听说张先生要改建住宅，增修一座阁楼以便悬挂御笔，于是就亲自下令由内库拨发白银一千两以为资助。因为在小皇帝的心目中，他的老师官俸并不丰厚。但是张居正去世之后，万历皇帝才听说北京张宅的增修费用，竟为白银一万两。更令人惊讶的是北京张宅刚刚修造完毕，湖广的江陵立即出现了一座规模相同的张宅，主其事者是锦衣卫的一个庞姓军官，建造的费用不消说来自官库。张居正获悉此事，自称于心不安，但并没有毅然拒绝这些小人的阿谀奉献。接踵而来的就是湖广的地方官动用公款先后建造三座石坊以颂扬张居正的功业。次之则张居正以整理驿传作为他自己的一大政绩：当时政府设立的各个驿站，照例对来往官员供应车马食宿，他花费了很大的心血，务使真正有公事的人，才受驿站接待。几家属旅行，或以私藉公，需索驿站者，查出后立加严惩。但是张家的仆人甚至亲友的仆人却可以任意向地方官需索车马船只，并及于扛抬行李的夫役。张居正要求其他官员励行节俭，但是他却不能以身作则，这当然不能不贻人以口实。上述情形，也许可以推说为下人蒙蔽；然而他在私人函件中屡次提到他亲信的文官曾向他赠送贵重的“礼物”，包括现金和田地，这就不仅使他无法自解，也使对他同情的人不能置辩。也许在他看来，他自己的奢华和别人的节俭不过是因地位不同因而各有本分。但是在他的政敌的心目中，这就是言行不一的一大证据；即在一般人看来，这至少也是道德上的疵瑕。这些地方也使万历丧失对元辅老师的一番尊敬，因为事实具在，不像“谋逆篡位”一套罪状，虽然严重，却令人难于置信。
张居正的最后几年里，对他的批评者非常敏感，而对有名的文士尤甚。这些名士生平只知用华美的文章大言欺人，决不会对他崇实的作风起好感；因之他也就视此种人为寇仇。如果申时行有机会对他前任和后台老板发牢骚，他一定会指出张居正对待这般人的态度未免过分，而且由此而牵累了自己。因为在这些人眼中，他总是张居正的私人。平心而论，张居正对待一般文人，确乎过于偏激而有失宽厚。这些撰写文章的专家根据“学而优则仕”的原则，认为他们的诗词歌赋是赢得厚禄高官的资本。张居正纵使因为他们没有济世之才而加以拔斥，也不妨采用比较温和的方法敬而远之，不去触怒他们。例如王世贞，是本朝数一数二的散文大家，又和张居正同年得中进士，按理说应该情谊深厚，然而情形却不是这样。王世贞一心想做尚书，多次主动向张居正表示亲近，替他的父母作寿序，又赠送了许多礼物，包括一件极为名贵的古人法书。但是张居正却无动于衷，反而写信给王世贞，说什么“才人见忌，自古已然。吴干越钩，轻用必折；匣而藏之，其精乃全”。前两句恭维，其后则把王比作脆弱而不堪使用的武器看待，只能摆在盒子里让人赞赏他雕铸之美，却不能用以斩将夺旗。王世贞当然不曾忘记这段羞辱，他日后为他的同年作《张公居正传》时，也就以牙还牙，行间字里，酸辣兼备；其中提及申时行，也多轻蔑之语。
还有一个文坛健将汪道昆，凑巧也是张居正的同年，他官至兵部侍郎，有一笔由他经手的边防公款，经监察官查核认为账目中有不实之处；而汪提供的报销，却用华丽动人的散文写成。张居正对此事极感不满，他铁面无私地在一封信上指出“芝兰当路，不得不锄”。汪待郎虽有芝兰之美，然而却开放在众人行经的道路上，管理公路的员工张居正也不得不把这名花异卉一锄斫去。这封信刚刚写完，汪道昆就被迫退休。
张居正开罪于文人有如上述二例。这也表现他虽为首辅，却没有认清文官集团还有另一种双重性格。在他执政的时代，在名义上说，文官还是人民的公仆，实际上则已包罗了本朝的出色人物，成为权力的源泉，也是这一大帝国的实际主人。张居正按照过去的眼光仍然把文官集团当作行政工具，对其中最孚众望的人物不加尊敬，就使自己陷于孤立的地位。直到危机四伏之际，他才发现了这一点，并且引用佛家经义，作为自己精神上的解脱，说是：“如入火聚，得清凉门。”既能在狂燎烈焰之中有冰凝水静的感觉，则他虽尚在人间身居首辅，却已经把自己当作烈士看待了。
申时行没有做烈士的决心。他坐在前任的书案之后，认为张居正当年如能避免各种错误，他就没有自我牺牲的必要。申时行记得清楚：在万历初年大家对张居正还心存钦慕，他们没有责成这个首辅舍弃旧章，创造一个新的行政系统。他们心目中的大政治家，应当以个人的声望来调和各种极端。在一般情形之下，他需要用明确而坚定的态度处理公务；但这标准只能维持到一定的限度。事态的发展逾于限度之外，则就要用恕道来原谅各人的过失。首辅的最大贡献，则在于使各种人才都能在政府中发挥长处。大才小才，庸才劣才，全部如是。对他们起感化和领导的作用，即为申时行所称的“诚意”。
除非把全部文官罢免，而代之以不同的组织和不同的原则，身为首辅的人只能和文官合作，按照他们的共同意志办事。申时行没有忽略文官的双重性格：即虽称公仆，实系主人；有阳刚有阴。他必须恰如其分地处理此中矛盾。时势要求申时行充当和事佬，他就担任这样角色，至于别人的评论如“首尾两端”之类，就只能付诸一笑。
申时行下决心当和事佬，固有以上的理论及经验作背景，但也与个人利害有关。
他在初任首辅的两年内，曾一再感到风雨飘摇。当日凡被目为张居正的私人，都要费一番心力，为自己洗刷。申时行固然有忠厚长者的声名，但是他与张的密切关系，也早为人所共知。纵是他是当今皇上老师，亦于事无补。这时候万历皇帝年已19岁左右，嘴唇上和颔下已长出了稀疏的短须，俨然一个成年人了。他声称过去被人愚弄，今后当彻底地独立自主。皇上要振作，当然是好事；然则他的动机却出于疑忌。这又增加了左右大臣职务上的危险性。申时行也很清楚地看到，在他前任8个首辅中，只有李春芳和张四维可谓能全始终，其他翟銮、夏言、严嵩、徐阶、高拱和张居正6人，或遭软禁，或受刑事处分，或死后仍被追究。表面看来，所有处分出自皇帝的旨意，其实所有案件，无一不产生于文官集团中的矛盾。首辅或是在政策上遭到多数人的反对，或是个性太强而引起嫉妒和仇视。技术上的争端，一经发展，就可以升级扩大而成道德问题，胜利者及失败者也就相应地被认为至善或极恶。
在1583年的夏天到1585的夏天，申时行似乎感觉到有一个政治上的黑箍套在自己脑袋上，而且一天比一天加紧。反对他的以年轻的京官居多，只是因为他们还没有完全摸清皇帝对申先生的真实态度，一时不敢造次，但是攻击已经逐渐展开。他们首先质问：张居正的四个儿子，三个得中进士，其中两个入翰林院，申时行当日为会试时主试官之一，难道和他没有关系？这一质问没有动摇申时行的地位，他们接着又建议，今后大学士的儿子一律不得参加会试，这矛头显然是针对申时行的长子申用懋。再接着他们又弹劾吏部尚书杨巍，说他用人办事都逢迎内阁旨意，言外之意乃是首辅专权跋扈。这两次攻击依然无效，但是他们参劾礼部尚书徐学谟却取得成功，徐被迫去职。参劾者表面上的理由是他在选择皇帝陵墓的地址时，没有广泛地听取堪舆专家的意见，以致没有选到一个真正的吉穴，但真正原因乃是徐学谟已被视为张居正的私人，而他在最近又把女儿嫁给了申时行的次子申用嘉。
这种攻击是经过深思熟虑，按照预定步骤进行的。整个方式可以称为“去皮见骨”。攻击者常常从一些小事开始，诸如一句经书的解释，一种谐音的讽刺，一张不署名传单的内容，一个考题的不当等等，有时也可以在奏章上提出一个冤案，参劾一个不知名小官的家庭琐事，或者以论水利和研究马尾巴发难引出本题。利用这些小事可以促使公众注意，引起文官参加，假以时日，使小事积累而成大事，细微末节的局部问题转化而成为整个道德问题。在程序上讲，发展中的步伐则须前后衔接，第一步没有收到效果之前决不轻率采取第二步。而且出场交锋的人物起先总是无名小卒，直到时机成熟才有大将出马。这种方式，大凡久在政治圈子里的人物，都已看透，他们可以从青萍之末，预测大风暴的来临。
而对着这布置周详的攻击，申时行险些垮台；再加以高启愚一案，他更是被拖到了悬崖边上。然而出人意料之外的乃是他顶住了这种攻击。在这危机中摇而不坠，以后重又站稳了脚跟。这是申时行生活史上的一大胜利，使他的政治地位更趋巩固。
高启愚出身翰林院，曾任南京和北京的国子监祭酒，相当于国立大学校长。由于申时行的推荐，他以礼部右侍郎的身份充任皇帝的经筵讲官。按照过去成例，他之被任为大学士已是指日间事。和申时行一样，他还很可能为来日之首辅。只是高启愚命运乖违，正在官运亨通之际，忽然被人检举。几年之前他主持应天府乡试所出试题“舜亦以命禹”，这时被认为宣扬禅让，即是恭维张居正有神禹疏凿之功；在有德者则君临天下的前提内，这也就是向张劝进。这一攻击既阴险又毒辣，因为它正中了皇帝心理上的要害。攻击者预料，高启愚为申时行提拔，在这严重罪状面前，申必然要出面为高辩护，于是就可以顺水推舟地搞垮申时行。
果然计出如神，案件一发动，申时行出而为高启愚辩护。攻击者按照原定部署参劾申时行，又如预料申被参离职家居待勘，二辅许国代理阁务。许国又为申时行辩护，过几天也被参劾，也同样在家听候处理。
只是攻击者没有预料的，乃是这一场大风浪，使万历皇帝作了长时间上的考虑。他把种种迹象联系起来，逐渐明白了这些检举参劾的真实用意。何以这群“保皇党”当初在高启愚出题劝进的时候一言不发，今日张居正已经倒台则又振振有辞？可见他们也另有其“阴”。他们好几个组织者都是三辅王锡爵主持会试的门生，如果搞垮申时行和许国，即可以拥护王锡爵担任首辅。事不凑巧，王锡爵表示了充分的明智和冷静，他不接受这样的拥戴，反而向万历皇帝上书称赞首辅申时行“泊然处中，重国体，惜人才”。
于是圣意乃决，申时行和许国都被挽留。皇帝特遣的宦官到两位阁老家里央请他们出来视事。攻击者因之不能再加置喙。但是为了保持文官间的平衡，也为了继续鼓励监察官尽忠报国，对攻击首辅的人也不便过重处罚。直到数月之后风波平息，万历才把其中最激烈的分子各降三级，首先参劾高启愚的御史，也调到外省；至于高启愚为生事之端，即便从轻处理，也不能认为全无过失，可以令之置身事外，乃以“出题谬妄”的罪名，被褫夺文官身份和以前恩赐的祖先诰命。
张居正一案的余波，到此才完全结束。故太师的头衔既然被褫，家产也已没收，儿子进士翰林的名称又经一笔勾销，今后即再暴露他所培植的私人亦不能使皇帝激动，自此朝廷内的文官还要互相攻击，则必须另找新的题目来做文章，而不能再在张居正的骄奢无道或者窥窃神器上大加发挥了。
等到这一案完全结束之后，申时行才有机会平心静气地研究事情的真象。在所有反对他的人中，真正关心张居正的儿子如何进入翰林院以及皇帝陵墓风水好坏的恐怕很少，甚至借这个题目可以拥戴首辅以便自己升官的也不能太多。应当注意的仍是张居正本身是一个令人感情激动的题目。只要一提起他的名字，就立刻引起很多人气愤，因此反对者不一定要费很大的气力，即可以利用各文官间对故太师的反感，排斥他所接近的人，如侍郎兼讲官高启愚、礼部尚书徐学谟和他申时行自己。
为什么张居正这样令人痛恨？原因在于他把所有的文官摆在他个人的严格监视之下，并且凭个人的标准加以升迁或贬黜，因此严重地威胁了他们的安全感。这些官员之间关系复杂，各有他们的后台老板以及提拔的后进。他们又无一不有千丝万缕的家族与社会关系，因之得罪了一个人，就得罪了一批人；得罪了一批人，也就得罪了全国。这正如他同年王世贞所说，张居正一套偏激的办法，是和全国的读书人作对。
张居正又错误地使用了獬豸这一动物。监察官是征集舆论、平衡阴阳、在公益和私利中找到折衷的工具，元铺张先生却用它来推动自己的政策。御史和给事中只检举对他不利的人物，不纠察他的行政，这种情况使他们与特务警察无异。因之张居正虽没有独裁者的权位，却有了独裁者的神通。要不是在他执政之日有这种普遍被压抑的恐惧和怨恨，以后的反张运动就不会引起这么多的同情，动员这么多的力量，产生这么多的枝节。
1585年，万历皇帝决心将张居正一案作为历史看待。申时行也决心防止这样的政治波澜再来掀动本朝的上下机构，他呈请皇帝停止张居正所制定的考成法。为了有效地管制全国各府县，这一考成法规定各科给事中按年月记载各地方官的政绩，其标准为欠税是否能够追缴，盗匪是否能够擒获。官员前案未结，就不许升迁离职，甚至有些已经退休或正在养病的官员还要被传询答复问题。现任首辅申时行认为这种方法有欠公允。因为税收能否如额征足，有其多方面的原因，而不完全决定于县令府尹的能力和办事精神；匪盗就擒或漏网，更多出于偶然的机会，如果上官不顾困难，一味逼迫下属，下属又逼迫兵丁捕快，就会促成许多嫌疑犯屈打成招，这也不是清明宽厚的本朝所宜有。万历听罢首肯。这样，张居正时代惟一有组织性的条例也就此撤销。
为了表示胸襟开阔，申时行对参劾过自己的官员概不追究，甚至还建议其中的几位官员晋级。另一件出人意外之事则是他替邹元标说好话。这一位邹元标，除了上书触怒圣颜之外，还帮助反对申时行的一派逐走了他的儿女亲家徐学谟。万历本来想重办邹元标，申时行出来讨价还价，终于使邹没有受到廷杖，仅以除籍了事，而在邹元标离职以后，申时行还在设法使他能第二次被召复职。
1587年又值京察之年，这是一个极好的机会可以宣扬他作为大政治家的诚意。京察每六年举行一次，全部京官都将被考核。各地巡抚由于带有都察院御史的头衔，所以也同于京官在考核之列。与他前任1581年的原则相反，申时行力主人事上的稳定。随即消息传来，政府让大小官员各安其位。于是众心欣慰。京察的结果，凡由进士出身的职官只有33人降级或罢免，而且这33人，没有一个出于吏部、都察院或翰林院这些传统上最富敏感的机关。这种恕道稳定了文官集团的情绪，也稳定了首辅自己的地位，他被众口交誉为老成持重，有古君子之风。
他和万历之间的关系也越来越好，概言之，即已经由协调进而为亲密。册封万历的宠妃郑氏为皇贵妃时，他被委为正使之一。申时行又奉派为总揽大峪山今上陵寝的建筑工程，并已到施工之处巡视多次，一次在严寒，一次在酷暑。1587年，他报告一切进行都很顺利。万历龙颜大悦，特赏首辅申先生织有双喜字的锦缎一匹，让他制成新衣，以供阅陵时服用。
在皇帝的心目中既已取得了很高的信用，申先生又能以他高超的劝说能力，委婉地请求今上放弃他禁中内操，即在皇城中训练以宦官编成的军队，并同意不再随便出城巡阅，管束职掌特务的宦官张鲸。这些事情，如果不是申时行采用恰当的方式调停，很可能造成皇帝与百官间的冲突。因为在这些地方文官们有他们坚定强硬的看法，要是他们一定要以道德的名义在御前诤谏，言语冲突之余，万历一动反感，很可能导致一意孤行。申阁老防患于未然，确已尽到从中调济的职责。
反对申时行的则仍称他为妥协，一味只顾目前适用，放弃原则。申时行当然有他的办法答辩。他表示，要是不恢复百官间的彼此信赖，怎么可以使他们大有作为，为皇上推行开明的政治？
管理我们这样一个大帝国，在许多问题上一定是要生罅隙的。张居正以整饬纪律自居，而实际上他是强迫要求各人保证不生罅隙。申时行用恕道待人，又鼓励诚信，就是期望各人自动地各尽其能地补救罅隙。申时行的立论并非没有理由，但是从他四年内在文渊阁执政的纪录上看，其成功的希望至为微小。
推广诚意的方式是经常不断地举行礼仪，讲解“四书”和其他经史，然而最近以来，申时行已经不能劝说万历皇帝出席他应该主持的礼仪，经筵也久被搁置。申先生内心明白，经过张居正事件之后，皇帝对各种告讦、争论和答辩已经不感兴趣，他对一切都取怀疑的态度。因为他从小束发受教，就听说“王者无戏言”，天子应对一切事物认真，更要在一句一语之间，相信亲信人的话。而现在看来，每个人都是说管说，做管做，两不相干，这又何怪乎他怀疑一切？他之所谓“讪君卖直”，就表示他已经知道凡事都有其明暗阴阳。他对廷臣要求他为尧舜之君的说法不加反对，因为这是“四书”中的准则，又是祖先的训示，不容置辩。可是以他的聪明敏感，谁又能够保证他在内心深处，没有把这种要求当成臣下为他设置的羁绊？
皇帝放弃诚意，使申时行至为不安。然而他没有更好的办法，只好自己坚持信心，静待时机的好转。可是无情的时光，究竟还有多少让申时行来安排和等待呢？1587年，即万历十五年的秋天，他作为首辅已四年有半，今后还有四年，他仍为文渊阁的首长。在他不知不觉的用尽了命运为他安排作首辅的全段时间，那么太傅兼太子太师左柱国中极殿大学士申时行即想在文渊阁再多留一天，也是不能为时势所容许的了。
第三章 世间已无张居正
张居正的不在人间，使我们这个庞大的帝国失去重心，步伐不稳，最终失足而坠入深渊。它正在慢慢地陷于一个“宪法危机”之中。在开始的时候这种危机还令人难于理解，随着岁月的流逝，政事的每下愈况，才真相大白，但是恢复正常步伐的机会却已经一去而不复返了。
以皇帝的身分向臣僚作长期的消极怠工，万历皇帝在历史上是一个空前绝后的例子。其动机是出于一种报复的意念，因为他的文官不容许他废长立幼，以皇三子常洵代替皇长子常洛为太子。这一愿望不能实现，遂使他心爱的女人郑贵妃为之悒郁寡欢。另外一个原因，则是他在张居正事件以后，他明白了别人也和他一样，一身而具有“阴”、“阳”的两重性。有“阳”则有“阴”，既有道德伦理，就有私心贪欲。这种“阴”也决非人世间的力量所能加以消灭的。于是，他既不强迫臣僚接受他的主张，也不反对臣燎的意见，而是对这一切漠然置之。他的这种消极怠工自然没有公然以圣旨的形式宣布，但在别人看来则已洞若观火。
皇帝决心以顽强的意志和臣僚们作持久的对抗，臣僚不让他立常洵为太子，他也不立常洛为太子，甚至不让常洛举行冠礼以便向翰林院的官员就读。像这样双方坚持达10年之久。
迫于强大的舆论压力，他不得不放弃自己的打算。但是他的屈服是带着仇恨的。皇长子被封为太子，皇三子被封为福王到河南之国，从此皇帝的心灵上就留下了永久的伤痕，他的臣僚也再没有机会能使他按照他们的意志执行他的任务了。皇帝仍然是皇帝，但是再也不愿意做任何事情使他的文官快意。像这样又20年。
各种法定的礼仪在照常举行，但是皇帝已经不再出席。高级的职位出缺，他宁可让它空着而不派人递补，使那些文官们除了极少数的人以外已不再有升迁到最上层的希望。臣僚们抗议的奏章不断向他提出，他也不加答辩。因为他知道，只要在奏本上一加朱批，不论是激烈的驳斥还是冷静的辩说，这些未批和原来的奏折都要送到给事中的办公室里传抄公布，这就正好中了那批抗议者的下怀，使他们达到了沽名买直的目的而暴露了自己缺乏雍容的气度。最合适的办法就是把这些可恶的奏本留中，即扣押在宫内不加批示。
于是有良心的官员觉得无法执行他们的任务，只好提出辞呈。万历以同样的态度对付这些辞呈，既不援例慰留，也不准离职。有的官员在忿怒之余径自挂冠而去，吏部建议对他们追捕而加以宪问，万历同样还是置之不理。到他临朝的后期，一个文官自动离职就意味着一个名位已被废革，因为不再有人补缺。
皇帝和他的臣僚熟读诗书，知道经典史籍赞成臣下向无道之君造反。但这无道必须到达桀、纣的程度，即以极端的残暴加之于臣僚和百姓。现在的万历皇帝却并非如此，而且除了不理上述性质的文件以外，他照常批阅其他奏章。也就是说，他的消极怠工，放弃自己的职责，是有所选择的，他自己可以理直气壮地表示，他是在奉行道家“无为而治”的宗旨。对于这种情况，臣僚们是找不到任何经典中的训示来造反的。所以，不满甚至愤激的情绪尽管不断滋长，却始终没有发展成为“诛独夫”或者“清君侧”的内战。
皇帝的放弃职责并没有使政府陷于瘫痪。文官集团有它多年来形成的自动控制程序。每到属牛、龙、羊、狗之年，北京的会试、殿试照旧举行；地方官和京官按时的考核也没有废止。派遣和升迁中下级文官，用抽签的方法来决定。吏部把候补人员的名单全部开列，一个官员除了不得出任原籍的地方官或其父子兄弟的上下级以外，他将要出任什么官职，决定的因素不是他的道德或才智，而是出于与事实无关的一根竹签。对于这些例行公事，皇帝照例批准，大多数情况下则由司礼监秉笔太监代作朱批。
在御字48年之后，万历皇帝平静地离开了人间。他被安葬在他亲自参与设计的定陵里，安放在孝端皇后和孝靖皇后即恭妃王氏的棺椁之间。他所宠爱的贵妃郑氏比他多活了10年。由于她被认定是国家的妖孽，她得不到任何人的同情。这10年，她住在紫禁城里一座寂寞的冷宫中，和她的爱子福王永远睽离。福王本人也是一个祸患，据说万历生前赠给他的庄田共达400万亩。由于成为众人怨望之所集，也没有人敢为他作任何辩解，说这个数字已经被极度地夸大，而且大部田土已折银每年未逾20000两。
奇怪的问题是，皇位的继承问题早已解决，万历皇帝又龙驭上宾，而关于当年延搁立嗣的责任之争，反较问题没有解决的时候更加严重。每当提及往事，就有许多廷臣被卷入，而且舌战之后继以笔战。这时朝廷中的文臣已经分裂为若干派别，彼此间无数的旧恨新仇需要清算，激烈的争论则常常肇始于微不足道的衅隙。万历皇帝几十年的统治，至此已经造成了文官集团中不可收拾的损伤。
皇帝是一国之主，他应当尽心竭力以保持文官集团的平衡。做到这一点是很不容易的，除了公正和不辞劳瘁以外，还需要超出寻常的精明能干。针对文官的双重性格，需要给予物质上的报酬使他们乐于效劳，也要动员他们的精神力量，使他们根据伦理道德的观念尽忠国事。这两项目标的出发点已有分歧，而皇帝能用来达到目标的手段也极为有限，概言之，不出于人事的升降和礼仪的举行。而万历皇帝的所作所为，正与此背道而驰。他有意地与文官不合作，不补官的做法等于革除了最高名位。他们鞠躬尽瘁，理应得到物质上的酬报，升官发财、光宗耀祖，此时都成泡影，使他们的毕生心力付之东流。再者，他又把伦理道德看作虚伪的装饰，自然就不在这方面用功夫。很多把孔孟之道奉为天经地义的文官，至此也觉得他们的一片丹心已经成了毫无意义的愚忠。
表面上的宁静通常是虚幻的。文官集团缺乏应有的和衷共济，反而集中了无数的利害冲突，形成了一个带有爆炸性的团体。在万历皇帝御宇的48年中，特别到了后期，大臣们已经看透了中枢无复具有领导全局的能力，也就不得不以消极敷衍的态度来应付局面。此类态度类似疫气，很快就在文官中流传，使忠于职守者缺乏信心，贪污腐败者更加有机可乘。这种不景气的趋势愈演愈烈，使整个王朝走到了崩溃的边缘。其所以能勉强维持，实在是因为替代的办法尚未找到。而像我们这样庞大而历史悠久的帝国，即使在不利的条件之下，仅凭惯性的作用也可以使这个王朝继续存在若干年月。
这种气氛，不消说令人悲观。有一部分文官，即以后被称为东林党的人，发愤要力挽狂澜。他们的理想是，精神上的领导力量可以在皇帝的宝座之外建树。他们从小熟读《四书》和朱熹的注释，确认一个有教养的君子决无消极退让和放弃职责的可能，需要的是自强不息的奋斗。这些以君子自诩的人物，不论在朝在野，总是标榜自己的品德，而指斥和他们不合的为小人。其后，这一派中的若干人被任命为吏部和都察院的官员，职司百官的考察和弹劾。在定期的考核中，他们大刀阔斧地斥退他们心目中认为萎靡不振的官员。
这种重振道德的运动，其标榜的宗旨固然极为堂皇，但是缺少了皇帝的主持，其不能成功已在预料之内。皇帝也是人而并非神，即使他的意志被称为“圣旨”，也并不是他的判断真正高于常人。他的高于一切的、神秘的力量是传统所赋予，超过理智的范围，带有宗教性的色彩，这才使成为他的决断人间最大的权威。如果官员们承认他的决断确乎出于他自己而非出于佞幸的操纵，那么即使有欠公允，也可以使大家绝对服从。东林党当然不能具备这样的绝对权威，更何况当日两万名身穿锦袍的文官，作为一个整体，已经丧失了评定善恶的标准，仅凭这几十个自诩为品德优秀的官员，反倒能订出一个大家所承认的标准？这几十个官员尽了很大的力量，要重新建立一种能为别人所承认的道德伦理，结果却事与愿违。反对他们的，也同样地使用了他们治人之道，即用道德伦理的名义组织他们的集团以资对抗。
万历的去世，失去了最后的缓冲因素。互相猜忌的小团体至此公开地互相责难。一连串的问题被提出来了：当初先皇对继承人的问题犹豫不决，在中枢任要职的人何以不慷慨直言？王锡爵身为首辅，居然同意先皇提出的三王并封的主张，即皇长子常洛、皇三子常洵、皇五子常浩同时不分高下地并封为王，这是何居心？要不是大臣们缺乏骨气而作迁就，先皇何至把“国本”问题拖延得如此之久，致使后果难于收拾？据说郑贵妃还有谋害皇长子的阴谋，何以不作彻底的调查追究？这些问题，没有法律上的程序可供参照以找到答案，但是在感情上则带有强烈的煽动性。提出问题的人自己也未必有寻根究底的决心，而只是利用这些问题作为控诉的口实，把食指指向反对者的鼻子，借此在党争中取得主动。
本朝的制度，应当说是不能听任这种党争发展的。我们的司法制度极为简单，缺乏判决争端的根据。即使是技术上的问题送交御前请求决定，也要翻译成为道德问题，以至善或极恶的名义作出断语。在这种具体情况下，只有使全部文官按照“四书”的教导，以忠厚之道待人接物，约束自己的私心，尊重别人的利益，大事化小，小事化无，朝廷才能上下一心，和衷共济。要是官员们口诵经典中的词句，称自己为君子，别人为小人，在道德的掩盖下夺利争权，这就是把原则整个颠倒了。这种做法会导致文官集团的涣散，进而导致我们的帝国无法治理。这不必等到1620年万历的灵枢抬到大峪山下葬的时候才能明白，1587年申时行说的“自古国家未有如此而能长治久安者”，已经把这个道理说得十分清楚了。
但是当日的申时行并没有足够的力量影响舆论，此后的影响则更为微弱。皇位的继承问题发生在他担任首辅的时候，所以很多人都感慨在这紧张的几个年头之内偏偏碰上了这样一个软弱无能的人做了文渊阁的首脑。
1591年申时行被迫去职的时候，舆论对他已经丧失了同情。这原因需要追溯到上一年，即1590年。这一年之初，皇长子常洛只有足岁七岁半，但按中国传统的计算方法，他已经9岁。这时他还没有出阁讲学，给很多廷臣造成了不安，担心他长大以后不能和文官作正常的交往。但是出阁讲学，他又必须具有太子的名义，否则就是名不正言不顺。问题迫在眉睫，所有的京官集体向文渊阁的四个大学士施加压力，要求他们运用自己的声望，促使万历册立常洛为太子。于是，以申时行为首的四个大学士向皇帝提出了辞呈，理由是他们无法向百官交代。皇帝当然也不能接受他们的辞呈，因为他们一去，就不再有人敢接受这个首当其冲的职位。
于是皇帝宣布，他无意于废长立幼，但是他不能接受臣下的要挟。他说，如果一年之内廷臣不再以立储一事打扰他，他可以在1592年立常洛为太子。如果再有人以此纠缠，立储就要延后。在这一妥协的条件下，各位大学士才回到文渊阁继续办公。
在这一年里，群臣遵照万历的意见不再以立储相催促，但却都感到了气氛的沉重。也有很多人怀疑申时行已经为皇帝所利诱，而在运用他的声望引导京官，使他们拥护常洵。1591年春天，万历打算授予申时行以太师，这是文官的最高职衔，即使是张居正，也只是在临死前才得到了这样的荣誉。申时行坚决辞谢，万历又提议赐给申时行以伯爵的俸禄，这也是没有前例的。申时行又一次极其惶恐地声称他没有功德可以接受这样的恩赐。以上的提议虽然都没有成为事实，但是已经使申时行感到窘迫。这种特殊的宠信使别人因羡生妒，给他执行皇帝和百官的联络职务增添了困难。申时行纵然以长厚著称，但官员们决不会愿意这个位极人臣的首辅再立下拥立太子的新功。就在这时候，他又成为舆论攻击的对象。那一年的阳历9月，福建金事李琯参劾首辅，说申时行主持的大峪山陵寝工程出了问题，按照他的情报，地基内已有水涌出。这位远在数千里外的地方官，冒着丢掉前程的危险来参劾首辅，其目的不外乎公开警告申时行：你虽然深得皇帝的信任，但是文官集团仍然有足够的力量动摇你的地位，如果你不对全体文官负责的话。这位上书言事的官员在事后被革职为民，但在文官们看来，这种牺牲决不会是没有意义的。此人既已博得了忠臣的名声，而他的计算如果正确，他日复职加官，也是意中之事。
阳历10月，工部的一位官员因为皇帝允诺的册立太子的期限在即，立储大典的各项开销理应由他负责筹备，他就编造预算，呈请皇帝批准。皇帝的朱批使全体文官为之瞠目咋舌。朱批说，他早已声明不准臣下在一年之内催促他立储，这个工部官员借编造预算为名而行催促之实，这就是违反了他的命令，而他也就必须按照声明中所说的那样，把立储延后。这种故意的节外生枝不禁使群臣深感忧虑，人君如此缺乏诚意，他将用什么来维持威信，统治国家？于是他们联名奏请皇帝收回这一朱批，并希望他亲口许诺的明春立储一事能付诸实现。因为申时行正在病中，内阁大学士的联名呈请，由二辅许国执笔。但这份奏章仍然由申时行领衔。
这一大规模的抗议使龙心赫然震怒。申时行获知皇帝的反应，立即呈上一份揭帖，说明内阁的联名奏章虽然列上他的名字，他事先却并未与闻。被孤立的皇帝亲自在朱批中感谢申先生对他的忠爱之忱。事情本来可以在这里结束，因为大学士的揭帖系秘密文书，经过御览以后向例是退回本人而不公布的。但是这一揭帖偏偏为许国所截获，他就毫不客气地送交给事中办公室抄录公布。申时行立刻向给事中索回原件不准公布，但其内容已经在文官中传遍，而且这种索取已发科抄写的文件也属违背成宪。
这样重大的事件逼得当时值日的给事中参劾申时行，参劾的措辞还十分严厉，说他“遁其辞以卖友，秘其语以误君。阳附群众请立之议，阴缓其事以为内交之计”，“陛下尚宽而不诛，高庙神灵必阴殛之。这意思说，申时行是一个十足的两面派和卖友误君的小人，即使皇上不加处罚，洪武皇帝的神灵也会对他加以诛戮的。
万历皇帝开始并没有体会事情的严重性。他降旨勒令这个给事中降级调往外省，并命令申时行照常供职。申时行准备遵旨回到内阁，然而文官们的情绪已经如火如荼，不可遏止，一个接着一个递上了参劾申时行的本章。很明显，申时行无法抵御这些道德上的控诉，他的威信已经扫地以尽，再也无法取得同僚的信任。这种局势一经明朗，他除了辞职以外，别无他途可供选择。在这种情况下，皇帝的慰留也无济于事。要是再恋栈不去，他就必然成为张居正第二。
在听任申先生离职之前，皇帝不能没有必要的措施以重振自己的权威。那个发难参劾申时行的给事中由降级外调而加重为革职为民。这是因为他受到了文官的表扬，而要皇帝收回处罚他的成命；而在皇帝那里，虽然无法挽留群臣所不齿的大官，却必须表示有能力斥退他们所欣赏的小官。其次轮到了二辅许国。多年来他和申时行在表面上似乎同心协力，这一事件暴露了他对申时行的嫉忌，而他故意公开申时行的秘密揭帖，说明了他的秉性并非忠厚，这种人自也不应在御前担任要职。由此，许国也被参劾，皇帝批准他“回籍调养”。两天以后，皇帝才接受了申先生的辞呈。
在这一场悲剧性的冲突之中，没有人取得胜利。立储一事竟惹起了如许风波，使两个大学士相继离职。既然如此，即使是最激烈的人也不便立即再提起此事，因为怕把事情弄僵而不可收拾。万历也很清楚，无论他多么宠爱郑贵妃和常洵，这废长立幼一举决不会被廷臣所接受，如果公开坚持自己的主张，最后势必引起大规模的流血，这是与他所崇奉的佛教宗旨相违背的，而且流血之后也未必就能如愿以偿。基于双方的这种考虑，就形成了暂时的僵持局面。
在处理立储这个问题上，万历犯了很多错误。他的第一步是册封郑氏为皇贵妃，位于皇后之下而在其他妃嫔之上。子以母贵，常洵超越常洛而立为皇储，就可以顺理成章。然而在绝大部分文臣看来，这是以幼凌长，自然不合于伦常之道。
万历本人也同样找不到充分的理由以公开自己的意图，他只能找出种种借口来拖延。第一个借口是常洛年纪太小，经不起各种典礼的折磨，第二个借口就是上面所说的立储大计属于皇帝的职权，不容许任何人加以干扰逼迫。在和廷臣往来争辩之际，他又突然别作心裁，同日册封三个儿子为王而不册封太子。臣僚们不接受这个办法，他又找出了第三个借口，即皇后年纪尚轻，仍有生育的可能；如果皇后生下儿子，那就是当然的太子而用不着任何争议了。这种种借口既表明了他缺乏信用，也暴露了他没有气魄，因而官员们的抗议也决不会就此偃旗息鼓。
这种僵持的局面，应该看作本章一开始所说的“宪法危机”。因为僵局之不能打破，原因不在于法律。法律的问题始终没有被人提起，即皇帝如果一定要废长立幼，他并不是找不到理论上的依据。假如我们的帝国真正能够实行法治，而继承皇位这个问题又由一个具有独立性的法庭来作出判决，那么皇帝委托律师根据成文法和不成文法来作辩护，他是很有胜诉的可能的。
第一，常洛并不天生即具有继承大统的权利，他的几个弟弟也同样没有这种权利。因为皇帝的儿子在被册封以前统统没有名义，否则就用不着特别举行封太子或封王的典礼了。第二，立长而不立幼，只是传统的习惯而不是强制性的法规，这在永乐登极之后更为明显。他以太祖洪武皇帝第四子的身分，用“清君侧”的名义，从他的侄子建文皇帝手中夺得了皇位而根本不考虑他的二哥和三哥两房的优先继承权。所以在200年之后还要坚持继承皇位必须按出生次序，就等于否定了永乐皇帝的合法性。第三，根据太祖洪武皇帝的规定，嫡子有继承皇位的优先权，可见皇子的地位决定于其母亲的地位，而出生年月乃属次要。常洛之母为恭妃，常洵之母则为皇贵妃，前述子以母贵的原则在祖训前仍然大可商酌。第四，如果万历非立常洵不可，他还可以废去孝端皇后而立郑氏，使常洵成为名正言顺的嫡子。在本朝历史上，宣德、景泰、成化、嘉靖四朝都有废后之举而并未因此发生政治波澜。
为什么万历在这个问题上没有采取更为强硬的立场，例如坚决地公开宣布他的主张，而且一口咬定立储大计属于他的权力范围，不容旁人置喙，而且进一步以意图不能实现即自动退位作为威胁，这都已经无法找到答案了。也许有一条理由可以作为解释，即本朝不是以法律治理天下臣民，而是以“四书”中的伦理作为主宰。皇帝和全国臣民都懂得父亲对儿子不能偏爱，哥哥对弟弟负有教导及爱护的义务，男人不能因为宠爱女人而改变长幼之序。正因为这些原则为天下人所普遍承认，我们的帝国才在精神上有一套共同的纲领，才可以上下一心，臻于长治久安。如果仅仅凭法律的条文作为治国的依据，则我们立国的根本就成了问题，一千多个县令也很难以父母官的身分领导他治下成千成万的庶民。所以，万历要弃长立幼的企图，纵使在法律上有可以左右迁就之处，但在坚持传统观念的臣僚心目之中，却早已不直于纲常伦理。臣僚们从来没有听说法律的施用可以与圣贤的教导相违，即使是皇帝也不得不承认这一点。在这样强大的道德和舆论的压力之下，他在公开场合不得不发表违心之论，否认他有弃长立幼的企图。
心里的愿望难于实现而且无法明言，同时又缺乏可以密商的智囊人物，从此他就成了一个孤独的君主。他很想把内阁大学士拉到自己这一方面来，但也不敢公然出口。而事与愿违，历届的首辅都以群臣的发言人自居，不断地催促皇帝按长幼之序册立常洛为太子。催促无效，首辅只能引咎自责，挂冠而去。这样—来，做皇帝的不得不应付几个个性完全不同的首辅，应付几种不同方式的催促，因而搜索出来的理由就前后不能一致，从而使人更清楚地感觉到他确实缺乏诚意。
虽然形势对他十分不利，他仍然不放弃他的愿望。臣僚们纷纷猜测，究竟是皇帝受到了郑氏的逼迫，以致一意孤行，还是他想用拖延的办法，等待皇后自然地死去？孝端皇后的健康情况据说极有问题，如果一旦不讳，皇贵妃郑氏递补而为皇后，就足以使任何人找不到根据加以反对。但是孝端皇后偏偏不肯合作，她带病延年，仅仅比皇帝早死4个月。而这时由于众意难违，万历早已屈服，常洛被封为太子已经20年了。
分析上述问题，还有一个因素不能排除，就是在万历登极以后，虽然坐在他祖先坐过的宝座之上，但他的职责和权限已经和他的前代有所不同。他的祖先，一言一行都被臣下恭维为绝对的道德标准，而他却是在他的臣僚教育之下长大的。他的责任范围乃是这群文臣们所安排的。他的感情更需作绝对的抑制。这前后不同之处尽管在形式上含蓄，实质上却毫不含糊。原因是开国之君主创建了本朝，同时也设立了作为行政工具的文官制度，而今天的文官却早已成熟，他们所需要的只是一个个性平淡的君主作为天命的代表，其任务就是在他们的争端无法解决时作出强制性的仲裁。他们要求这位守成之主与日常的生活隔绝，在仲裁争端中不挟带个人的嗜好和偏爱以引起更多的纠纷。坦率地说，就是皇帝最好毫无主见，因此更足以代表天命。这种关系，已经由万历的曾叔祖弘治作出了榜样。弘治皇帝愈是谦抑温和，听凭文臣们的摆布，文臣们就愈是称颂他为有道明君。
这样的一个皇帝，实际上已经不是国事的处置者，而是处置国事的一个权威性的象征。他应该做到寓至善于无形。如果他能够保持感情与个性的真空，经常演习各种礼仪，以增强抽象的伦理观念，他就和上述要求恰相符合。
多少年来，文官已经形成了一种强大的力量，强迫坐在宝座上的皇帝在处理政务时摈斥他个人的意志。皇帝没有办法抵御这种力量，因为他的权威产生于百官的俯伏跪拜之中，他实际上所能控制的则至为微薄。名义上他是天子，实际上他受制于廷臣。万历皇帝以他的聪明接触到了事情的真相，明白了自己立常洵的计划不能成功，就心灰意懒，对这个操纵实际的官僚集团日益疏远，采取了长期怠工的消极对抗。
1587年以后的内外形势并不平静，杨应龙在西南叛变，孛拜在宁夏造反，日本的关白丰臣秀吉侵占朝鲜，东北的努尔哈赤在白山黑水间发难，但内外兵事都没有像建储一事能在廷臣中引起这么多的纷纷扰扰。两万名身穿锦袍的文官所最关心的，乃是今上皇帝一旦宫车宴驾，谁将继他登上宝座。即使在常洛封为太子、常洵去河南之国之后，事情仍然没有结束。那位掩袖工谗的郑氏日夜挨在皇帝身旁，谁敢担保情况不起变化？因之有的忠耿之臣就慷慨陈辞，请求皇帝不要好色，自古以来，美人就是引诱人做坏事的一种因素。跟着就是谣言蜂起。有的绘声绘色地描述了宫闱中已产生了各种阴谋。有人说，在宫中发现了木刻的偶像。人们普遍相信，如果一个精于巫术的人每过七天给这个偶像插上一根针，偶像所摹拟的人就会病入骨髓，百药罔效。难道贵妃郑氏真想用这种方法置常洛于死命？更令人不安的是据说还发现了皇帝和皇后的偶像。
在惶惶不安的气氛中，又出现了一件奇特的事情。有一个大学土沈鲤，在文渊阁的大门旁边竖立了一块木板，上面写着十项做官的戒律。每天上班的时候，他就站在牌前低声诵读，念念有辞。不久，宫中就传遍了沈阁老的谣言，据说他在一块写有怪字的木牌前面施法诅咒。皇帝十分惊奇，叫人把木牌取来过目，看过之后随即斥责宦官胡说八道，无事生非。
有些谣言还记录于史书。比如说恭妃王氏是一个年长的女人，在和万历邂逅相遇的时候就已经消失了青春。此后她又一目失明，所以不能继续得到皇帝的宠爱。另外一个故事则说是万历病重，自度即将不起，有一天一觉醒来，发现恭妃王氏的胳臂正枕在他的脑袋下，脸上的泪痕未干，而贵妃郑氏则无影无踪。还有一个故事提到了常洛的祖母慈圣太后。她反对皇帝弃长立幼的企图，为此和他作了一次专门的谈话：
皇太后：“如果你真要这样做，你将何以向天下臣民交代？”
皇帝：“这容易。我只要说他是一个宫女的儿子就可以了。”
皇太后：“你不要忘了，你自己也是一个宫女的儿子！”
这些捕风捉影的故事在当日不仅口耳相传，而且刊诸枣梨，印成书籍。关于王氏和万历相遇时的年龄问题，在4个多世纪以后定陵的发掘中才得到澄清，因为墓志上清楚地记载着她的出生年月，据此，她和万历相遇的那一年刚刚16岁，万历则是18岁。
木板印刷的发达不仅使这些书籍大为流行，而且还使一些不署名的传单和署假名的小册子不断出现。这些传单和小册子增加了北京城内的紧张气氛，使每一个人都程度不同地卷进了这个继承大统的漩涡里。有一张传单，即所谓“妖书”，竟公然声称太子不久就要被废，福王将奉召回京正位东宫，并且指出这一阴谋的参预者及其全部计划。皇帝命令东厂锦衣卫严密侦缉妖书的作者，致使整个京城为之震动，不仅名列书中的人惊恐万状，其他无关的人也不免惴惴不安。
对文官集团而言，常洛和常洵的争执，不过是把他们早已存在的冲突更加带上了感情色彩而已。就算是没有郑贵妃，也没有东林党，文官集团中的彼此隔阂和对立，已经达到了相当严重的地步。要探究它的根本，可以追溯到本朝创建之初。
历史学家似乎很少注意到，本朝以诗书作为立政的根本，其程度之深超过了以往的朝代。这在开国之初有其客观上的可能。洪武皇帝大规模地打击各省的大地主和大家族，整个帝国形成了一个以中小地主及自耕农为主的社会。朝廷又三令五申，力崇俭朴，要求文官成为人民的公仆。在这种风气之下，人们心里的物质欲望和嘴上的道德标准，两者的距离还不致相差过远，充其量也不足以成为立政上的障碍。
当张居正出任首辅的时候，本朝已经有了两百年的历史。开国时的理想和所提倡的风气与今天的实际距离已经愈来愈远了。很多问题，按理说应该运用组织上的原则予以解决，但事实上无法办到，只能代之以局部的人事调整。
这种积弊的根源在于财政的安排。在开国之初，政府厘定各种制度，其依据的原则是“四书”上的教条，认为官员们应当过简单朴素的生活是万古不磨的真理。从这种观念出发而组成的文官集团，是一个庞大无比的组织，在中央控制下既没有重点，也没有弹性，更谈不上具有随着形势发展而作调整的能力。各种技术力量，诸如交通通讯、分析统计、调查研究、控制金融、发展生产等等则更为缺乏。一个必然的后果，即政府对民间的经济发展或衰退，往往感到隔膜，因之税收和预算不能随之而增加或减缩。
财政上死板、混乱与缺乏控制，给予官员的俸禄又微薄到不合实际，官员们要求取得额外收入也就是不可避免的了。上面说过的地方官的“常例”是一种普遍的不成文制度。亦即在规定的税额以外抽取附加税：征收白银，每两附加几分几厘，称为“火耗”；征收实物，也要加征几匹几斗，称为“耗米”、“样绢”。除此之外，一个地方官例如县令，其家中的生活费用、招待客人的酒食、馈送上司的礼物，也都在地方上摊派。对这种似合法非合法的收入，中央听之任之而又不公开承认。在各地区之间，这种收入则漫无标准，因为一个富裕的县分，税收上稍加几分，县令就可以宦囊充裕，而一个贫穷的县分要征收同样的数字，则已是极为暴虐的苛政了。这些情形使得所谓操守变成毫无实际意义。
更难于判断的是京官的操守。他们没有征收常例的机会，而全靠各省地方官以礼仪为名所赠送的津贴。银两源源不断地流入北京，尤其是在考核地方官的那一年为数更多，这就无怪乎那位独立特行的海瑞要称这种年头为京官的“收租”之年了。考核者既然接受了被考核者的津贴，还哪里谈得上一切秉公办理呢？
财政上的情况既是如此，在文官体制上，普遍使人感到困难的是各级地方官都没有实际力量足以应付环境的变化。他们没有完全驾驭下级的能力，因为各人自抽“常例”，即下级也拥有财政权；人事权则集中于北京，对下级的升降奖罚，上级只能建议而无法直接处理。
体制上有欠周全，文官集团更需要用精神力量来补助组织之上的不足。这有本朝的历史记载为证。那些孔孟的信徒，在一旦需要的时候，可以不惜牺牲以完成任务。有的文官从来没有受过军事训练，却可以领导仓猝集合的民兵固守孤城，最后杀身成仁；有的文官不顾溽暑疫疾，和民夫同饮食、共起居，在洪水的威胁下抢救危险的河堤。这些好处当然不应抹杀，然则它们带有冲动性质，也多个人成分，而且常常和紧急情况一起出现。一个具有高度行政效率的政府，具备体制上技术上的周密，则不致接二连三地在紧急情况下依赖于道德观念作救命的符塞。说得严重一点，后者已不是一种好现象，而是组织机构违反时代，不能在复杂的社会中推陈出新的结果。
这种局面不打破，文官的双重性格发展得越来越明显，这也是精神与物质的分离。一方面，这些熟读经史的人以仁义道德相标榜，以发挥治国平天下的抱负为国家服务，以自我牺牲自诩；一方面，体制上又存在那么多的罅隙，给这些人以那么强烈的引诱。阴与阳的距离越来越远，找出一个大家都同意的折衷办法也越来越困难。
以张居正的精明干练，他没有能解决这个问题。他的十年首辅生涯，仅仅刚把问题看清楚。他的一套改革办法使文官们感受到极大的压力而不能成功，而且招致了死后的被清算。申时行不得不把目标降低。他所说的“使不肖者犹知忌惮，而贤者有所依归”，就表现了他调和这阴阳两极的方针。他无意于鼓励不法，但也不能对操守过于认真。1587年京察之放宽尺度就是这种宗旨的具体说明。在他看来，嫂子已经掉进水里，决不能再像平常一样保持远距离的尊敬，而需要“援之以手”了。
就算是降低了标准，申时行也没有能达到目的。有一些自命为体现正气的年少新进，坚持“四书”中所教导的伦理观念，对1587年京察的做法表示了极大的不满。其中有一个顾宪成，所提出的抨击尤为尖锐。他和他的志同道合者决心要检举缺乏能力和操守的官员，而不惜重新撕破申时行所苦心缝补的破绽。申时行的对付办法就是把他调往外省。
所以，在立储问题还没有对京官形成普遍压力的时候，他们的内部关系已经十分紧张了。张居正的强迫命令固然失败，申时行的调和折衷也同样没有成功。在北京的两千多名文官中间，存在着对伦理道德和对现实生活的不同态度，互相顾忌而又互相蔑视。有的人出身寒微，把做官看作发财致富的机会；有的人家境丰饶，用不着靠做官的收入维持生活，自然就不会同意和允许其他人这样做。“四书”中的原则，有的人仅仅视为具文，拿来做职业上的口头禅，有些人却一丝不苟，身体力行。另外有一些人彷徨于上述两者之间；也有一些人由于人事的牵涉参与了对立的阵营。
文官之间的冲突，即使起因于抽象的原则，也并不能减轻情绪的激动。一个人可以把他旁边的另一个人看成毫无人格，他的对方也同样会认为他是在装腔作势地用圣贤之道掩饰他的无能。而眼前更为重要的是，立储一事绝不是抽象的原则，而是关系到文官们荣辱生死的现实问题。因为，凡是皇帝的继承权发生争执并通过一场残酷的冲突以后，胜利者登上皇帝的宝座，接着而来的就是指斥对方伪造先帝的旨意或是暴戾无道；因为九五之尊必有天命和道德做背景。如果不经过这一番左右舆论的工作，自己的胜利就不能名正言顺。而他手下的拥戴者，也总是要请求新皇帝以各种凶狠的手段加之于他们的对方，才能顺逆分明；自己流芳百世，政敌则遗臭万年，各有分晓。这种情形，在本朝的历史上至少已经发生过两次。
第三个登上皇位的永乐皇帝，如所周知，是用武力夺取了侄子建文皇帝的江山。在起兵的时候，他就大肆制造了洪武皇帝本来要传位于他、建文皇帝只是矫诏嗣位的说法。功成之后，他又大批杀戮了拒绝拥戴他的廷臣和他们的家属。第六代正
统皇帝，在和蒙古瓦刺部落作战的时候被对方俘虏。廷臣和皇太后商量之后，拥立他的异母荣登极，是为景泰皇帝，俾使瓦刺不能以当今天子被其拘禁而作为谈判的要挟。最后瓦刺由于无利可图，只好把正统皇帝送回北京。一个国家不能同时存在两个皇帝，于是正统被称为太上皇，表面上在南宫优游岁月，实则乃系软禁。7年之后，拥戴太上皇的夺门复辟成功，改称天顺。功成之后，拥立景泰的臣僚受到了残酷的对待。被戮于西市的，就有功劳卓著的兵部尚书于谦。
1587年表面上平静无事，可是很多文官已经预感到如果皇
储问题得不到合理解决，历史的惨痛教训必然会在他们身上重演。今天无意中的一言一语，一举一动，将来都可以拿来当作犯罪的证据。就算他们谨慎小心，缄口不言，也可能日后被视为附逆，未必一定能明哲保身。然而并不是所有的人都害怕这样的危险，有的人却正好把这危险看成表现自己刚毅正直的大好机会。即使因此而牺牲，也可以博得舍生取义的美名而流芳百世。因此，除了接二连三地递上奏章以外，他们还刻印了富有煽动性的小册子和传单，闹得北京城沸沸扬扬。
万历在他御宇的后期，已经清楚地看到自己不能避免历史的指责。他与臣僚不和，同时又是一个不负责任的君主，这已成为定案。既然无意于做积极有为的君主，现实又无可逃遁，他只能消极无为。然而由于他的聪明敏感，他又不能甘心充当臣僚的工具，所以即使消极，他仍然顽强地保持着自己的性格。
身为天子的万历，在另一种意义上讲，他不过是紫禁城中的一名囚徒。他的权力大多带有被动性。他可以把他不喜欢的官员革职查办，但是很难升迁拔擢他所喜欢的官员，以致没有一个人足以成为他的心腹。他对大臣们的奏折作出决断，可以超出法律的规定，但是他没有制订法律的力量，官僚之间发生冲突，理所当然地由他加以裁夺，但是他不能改造制度以避免冲突的发生，而且他裁夺的权威性正在日益微弱，因为他被臣下视为燕安怠惰。各边区的军事问题必须奏报皇帝，但是皇帝自己不能统率兵将，在平日也没有整顿军备的可能。他很难跨出宫门一步，自然更谈不上离开京城巡视各省。连这一点选择的自由都没有，居于九五之尊还有什么趣味？
大小臣僚期望他以自己的德行而不是权力对国家作出贡献。但是德行意味着什么呢？张居正在世之日，皇帝在首辅及老师的控制下作为抽象的道德和智慧的代表，所谓德行大部分体现于各种礼仪之中。他要忍受各种礼仪的苦闷与单调，这也许是人们所能够理解的。但几乎很少有人理解的乃是他最深沉的苦闷尚在无情的礼仪之外。皇位是一种社会制度，他朱翊钧却是一个有血有肉的个人。一登皇位，他的全部言行都要符合道德的规范，但是道德规范的解释却分属于文官。他不被允许能和他的臣僚一样，在阳之外另外存在着阴。他之被拘束是无限的，任何个性的表露都有可能被指责为逾越道德规范。
在他的母亲慈圣皇太后去世以后，礼部立即郑重制定了丧仪，宣布全国居丧27日，臣民全部服丧，帽子上缠以白布。全部京官一律被麻带孝，不许穿着朝靴而代之以草鞋，摘去纱帽的两翅而代之以两条下垂至肩的白布。大小寺院鸣钟3万响，昼夜不息。三日之内，四品以上的官员及其夫人分批整队前去慈宁宫举行礼仪上的号哭，号哭15次，全部人员的动作协调，一哭皆哭，一止皆止，有如交响曲。
人们看得很清楚，慈圣太后之被隆重追悼，并不是因为她个人引起了如此广泛而深沉的哀思。她不过是一个形式上的代表，她的丧仪象征了全国臣民怀念慈母的养育之恩，也表现了他们对皇室的忠悃。不难想象，这些官员和夫人在号哭完毕以后回到家里，由于为这隆重的丧仪所感染，势必要对长者更为孝敬，而全国的风俗乃能更为淳厚。然而万历皇帝却早已丧失了这样的信心。他已经把一切看透，仪式典礼只会产生更多的仪式典礼，作为全国的表率，他又必须在每一种仪式中使用全部精力去表现他的诚意。他在过去的生活里付出的精力已经太多了，他已经不再有周旋应付的兴趣，所以他以近日偶患湿毒，敷药未愈，行走不便作为理由，免除了自己应该在众目睽睽之下参加的繁文缛节。但这并不等于说皇帝有亏孝道，根据当日居留在北京的外国教士记载，皇太后入殓时的一切细节，都出于万历的亲手安排。
把传统上规定的天子职责置之不顾，时日一久，万历懒惰之名大著。有的历史学家认为他的惰性来自先天，也有历史学家则怀疑他已经染上了抽鸦片的嗜好。这些历史学家所忽略的是下面这样的琐事：万历既已免去了自己参加典礼的麻烦，却在用一些更为无聊的方法在消磨时光。每当天气晴和，他一高兴，就和宦官们掷银为戏。他自己做庄家，宦官把银叶投向地上画出的方形或圆形之中，得中者取得加倍或三倍的偿还，不中者即被没收。这种细碎的事情表现了一个喜欢活动的人物具备着充沛的精力，但又无法用之于作出积极的创造。皇帝的这种苦闷乃是历史的悲剧。
难道说守成之君就无法改造这些凝固了的制度、改造皇帝的职权进而改造他的帝国？似乎也不尽然。在万历之前，他的叔祖正德皇帝曾经试图这样做过。两人之间相隔约有半个世纪，正德的所作所为，对万历自然不是没有影响的。
正德在1505年即位的时候还不满14岁。他有超人的胆量、充分的好奇心、丰富的想象力。这样的人作为守成之君，可谓命运的错误安排。正德没有对传统屈服，他有他自己寻欢作乐的办法，而且我行我素，毫不不臣僚的批评所动摇。与书呆子作对，也许正是他引以自娱的办法。
正德登极未逾两年，他就搬出紫禁城，不再受宫廷内部清规峻律的限制。他新建的住宅名叫“豹房”，坐落于皇城中空旷之处，中有精舍、猎房及俱乐部。从此，他就在宦官、倡优、喇嘛以及异域术士的包围之中。如果兴之所至，他也偶然临朝或出席经筵，但更多的兴趣则在于游猎。有一次，他亲自训练老虎，为虎所伤，幸赖亲信江彬的救援才得免于难。
江彬之见信于正德，也在于他的大胆和机警。他身上有箭痕三处，其中有一处穿过面颊直到耳根。1512年，经过皇帝的面试，他就受到宠信，甚至和皇帝形影不离。过去正德已经在皇城里练兵，自从得到了江彬这样英勇的军官作为侍从，操练就更形频繁与正规化。土兵们被分成两营，皇帝自率领宦官组成的士兵为一营，江彬率领从边镇中精选的将士另为一营。部队的服装也与众不同，鲜明的铠甲上系以黄色的围巾，遮阳帽上插天鹅的翎毛，这些都增加了士兵们威武飒爽的气概。
正德皇帝整天忙于练兵，夜间则在豹房和各式各样的人物玩乐。对朝廷上文臣和宦官的冲突，他采取听之任之的态度。在他看来，这种争端是无可避免的，更何况处理这些事情并不是他的专长。
最富有冒险性的事迹发生在1517年。当时鞑靼小王子伯颜猛可屡屡犯边，这一年又率领五万骑兵入寇，围困了本朝一营官兵。皇帝准备御驾亲征，借此体会战争的实况，并且检验几年来练兵的成效。文官们对这一惊人之举竭力阻挠，首先是一个视察长城的御史不让他出关。这样的事情很容易解决，他随即下令解除这个御史的职务而代之以一个宦官。他出关之后采取了同样的办法，即不让任何文官出关。前后四个月，北京的臣僚几乎和皇帝完全失去联络。送信的专使送去极多的奏本，但只带回极少的御批。
当皇帝得胜回朝，一个戏剧性的场面出现了。他在事前命令宦官打开仓库，取出各种绸缎遍赏百官，要求他们尽一昼夜之力制成新的朝服接驾。由于过于仓粹，文武官员胸前的标志弄得混乱不堪。原来颁赏给有功的大臣的飞鱼、蟒袍等特种朝服，这时也随便分发。官员们所戴的帽子，式样古怪，由于皇帝的亲自设计。接驾的仪式也来不及订出详细的规定并事先演习。陈列在大道两旁、歌颂御驾亲征取得伟大胜利的标语布幔，因为皇帝自称“威武大将军朱寿”，官员们只能照写上款，并且不敢在下款称臣。偏偏上天不肯作美，那一天雨雪霏霏，百官鹄立直至夜晚，才看到皇帝在无数火把簇拥之下骑在栗色马上安然驾到。皇帝在城门口下马，接过首辅奉上的酒杯一饮而尽，然后驰马赴豹房休息，百官则依旧狼狈地踯躅于泥泞的街头。
皇帝把俘获的武器装备陈列于宫门之前作为战胜的实证。宫中的银作局特制了纪念这次不世之功的银牌，上附各色彩带。但是他的兴致丝毫也没有带给廷臣以鼓舞。翰林院全体官员拒绝向他祝贺，有的监察官自己责备自己失职而要求解职归田。虽然前方官军的围困因为御驾亲征而得以解除，而且终正德一朝，小王子也没有继续入侵，但是持怀疑态度的文官却坚决不承认这次胜利。他们强调说，我军伤亡达600人，而鞑靼却仅仅有16人战死。
1518年秋天，正德皇帝要求大学士草拟敕旨，命令“威武大将军朱寿”再次到北方边区巡视。对这项命令，四位大学士都不肯接受。其中有一位匍匐在地，泪流满面，说是宁可任凭皇上赐死，也不能做这种不忠不义的事情。正德对大学士的抗议置之不理，一切仍然按照原来的安排进行。在征途中，他又降下敕旨，封自己为镇国公，岁支俸米五千石。五个月之后，他又再次加封自己为太师。至此，他就成了他自己手下最高级的文官，位居大学士之上。
第二次的御驾亲征，由于鞑靼始终避免接触，虽然大肆搜索仍然找不到敌人的踪影，只能无功而返，在1519年春天回到京城。这9个月之中，廷臣的抗议先是数以十计，然后是数以百计。廷臣剀切地陈奏，京城无主，随时可能发生变乱。两位大学士提出质问说，陛下放着好好的皇帝不做，而自我降级为公爵，如果追封三代，岂非要使先皇三代同样地降级？首辅的抗议更为直率，他质问说，所谓威武大将军朱寿究竟是何人？如果并无此人，就是伪造圣旨，依法当处死刑。
对这些谏劝与抗议，正德依然不加理睬。他的性格过于放纵而又具有充分的自信，他的不拘小节已经和这些书呆子的观念距离得过分遥远，以致再也无法调和。他喜欢和臣下混在一起饮酒玩乐。一个女人如有情趣，那么不论她过去是娼妓、已经结婚或正在怀孕都毫无妨碍。在他的巡视途中，他和臣僚上下不分，以致巡抚在设宴时，他的席位竟没有筷子。事情发觉以后，臣僚们惶恐不已，他却认为不过是个笑话。有多少次他扔下饰有皇帝标志的专车专舆不坐，而去和别人挤在一部民用大车上。在他为祖母举行丧礼的时候，他看到地上满是泥水，就下令臣僚们免予磕头。但是他的好心肠并没有使所有的廷臣感激，有一位翰林院修撰因为没有机会在泥水中挣扎以表示对皇室的忠诚，就在事后写了一封奏折，引用孔子孟子的教训和皇帝辩论孝道。这篇奏折立即传开，执笔者舒芬乃得以名扬史册。
正德皇帝是否具有大将的才略，现在已经无法判断，因为他没有让文官参与他的亲征队伍，而武官又不会记录战况。可以确知的是，他在1517年的那次战役中曾经亲临前线。1518年冬天，他再度亲临西北边疆，正好遇上大风雪，从者瑟缩委顿，他却精神焕发，始终自持武器，端乘坐马，坚持不用舒适的乘舆。这些应该认为是难得的长处，在文臣的心目中却变得完全不可理解：为什么一个皇帝会放弃九五之尊而把自己降格到一个不识字的武弁的地位？这种惶惑以至愤慨，真正的原因是皇帝挖空了他们苦心构筑的政治体系。这个体系以仙鹤、鹧鸪、獬豸等等标志、无数的礼仪磕头和“四书”中的词句堆砌而成。正德虽然没有用明确的语言，但却用实际的行动对它作了全部的否定。
所以，当正德在1519年又准备以威武大将军的名义到南方各省巡视的时候，文官们就再也不能忍受了。全体监察官员联名诤谏劝阻。皇帝照例置不作答，他们就列队跪在午门外要求答复。这件事还没有了结，其他官员已经跟着递上了奏本，名为谏阻，实则颇有论辩并含有集体示威的味道。皇帝大为震怒，在江彬的建议之下，所有跪劝不去的146个官员每人受到廷杖30下，其中11人当场被打死或事后伤发而死。大学士全部引咎辞职，则为皇帝温旨慰留。
发生了这些纠葛，南巡的筹备工作拖延了好几个月，到秋间才得以成行。这次旅行与巡视北方不同，并无军事上的意义而专为游乐。江南的秀丽风光使正德乐而忘返。然而乐极生悲，在一次捕鱼活动中，皇帝所自驾的轻舟倾覆，虽然获救，但已使圣躬不豫。1520年年底他回到北京，1521年年初就在豹房病死。由于他没有子嗣，于是群臣和皇太后商议，决定迎接今上万历的祖父入继大统，是为嘉靖皇帝。
正德毫不费力地作弄了他的臣僚，显出了他比臣僚确乎要高出一手。其原因，表面看来在于皇帝具有传统赋予的权威，他想要做什么就可以做什么。其实，事情并不如此简单。
百官之所以绝对服从皇帝，即使不说是有条件的，但也决不是无目的的。君主专制本来与文官制度相辅相成，在这庞大的组织中，下层的官员把无数不能尽合事实的书面报告逐级递送到中枢，以其数量之多和情况之复杂而要期望中枢事事处置得宜，自然是不可能的。端坐在宝座上的皇帝，他的力量带有宗教色彩，其神秘之处，就在于可以使不合理的处置合理化。换言之，皇帝的处置纵然不能事事合理，但只要百官都能俯首虚心地接受，则不合理也就成为合理。正德皇帝不去培养这种神秘力量，反而偏要去表现自己的将才帅略，岂不是破坏了臣僚们对他绝对服从的大前提？
正德自称威武大将军，企图把皇帝和作为一个富于活力的年轻人的自己分为两事。不消说，他的臣下是不能接受这些看法的。以本朝幅员之大，人口之多，仅仅为了打败伯颜猛可，动员部队的力量就可能达到这个目的。问题在于，要不是威武大将军朱寿就是正德皇帝，他怎么能出入几个边镇，指挥所有的军队而且有足够的给养补充？反过来说，要是被任命为前敌指挥的将领都能有这样的行动自由，即使战胜外敌，我们的内政岂不大受影响？
事实上，我们的机构设计就不允许高级将领具有这样的自由。各边镇的总兵官一定要受该地区文官的监督，在指定的地区活动。如果不是这样，唐朝的藩镇可能重新出现，成为重大的祸患。而如上面所一再说明的，本朝的立国以伦理道德为根本，以文官集团为支柱，一切行政技术完全在平衡的状态里维持现状而产生。且不用说旁的武官，即使皇帝亲统大军，以动态作前提，迟早也会使国家的人事、行政、税收、补给各项制度发生问题。
正德的一生，一意孤行到这种程度，也有其特殊的原因。他的一生几乎谈不上家庭关系。他的母亲给他的影响微乎其微，宫中的妃嫔也没有一个人对他具有笼络的力量。在他登极的时候，三个大学士都以文章道德著称而缺乏解决实际政治问题的能力。一个天生喜欢活动的年轻人，看到一方面是他的朝廷逐日在按部就班、调和折衷的原则下办事，另一方面则是那么富有刺激性的鼙鼓旌旗、金戈铁马，他自然会不加思索地选择了后者。正德要求实现个性的发展，而帝国的制度则注意于个性的收缩。不论是出于自尊心还是虚荣心，正德利用他皇帝的地位和传统对抗。协助他在对抗中取得上风的，是过去引诱他注意体育、军事的宦官和军官，他们掌握了京城的军队和特务，大量排斥反对他们的文官。他们鼓励皇帝任性放纵，他们自己也因而得以有所作为。
正德的所作所为并没有使以后的皇帝受益。相反的，他使以后的皇帝得到了更多的拘束。他的宠用佞臣，私出宫廷、自任将领，其来势之迅猛竟使想要反对的文官措手不及。文官们虽然认为他有失人君的尊严，但都无可奈何。天子就是天子，这种神秘的力量出诸天赋。但是说到底，他们的绝对服从也不是完全盲目和没有限度的。正德一朝，前后有两个亲王造反，其号召天下的理由，则是皇帝无道，违背了祖宗的成宪。用现代的术语来说，就是破坏了宪法。这两次造反都没有成功，其原因一方面是军事准备不够充分，另一方面是他们对正德业已众叛亲离的估计超过了当时的现实。然则他们作出这样的估计，不惜把身家性命押上而作孤注一掷的赌博，一次失败之后又有第二次，这也未尝不可说明正德的违背成宪已经使他的皇帝资格发生动摇。要不是他在不到30岁的时候就结束了生命，而是更加长期地继续他的所作所为，其后果究竟会怎么样，也确实未可逆料。
他去世以后被谥为“武宗”。从传统的意义上讲，这是一个明褒实贬的溢号。这时候他的亲信江彬仍然掌管京城的军队。文官们以召集开会的名义骗他进宫，一举而将他拿获。他的下场是凌迟处死，家属被没收为奴婢。宣布的罪状，除了引诱大行皇帝做坏事而外，还有勒索私人财产、奸污处女和寡妇等等，无疑是恶贯满盈。
当今上万历皇帝在1572年登极，他那位富有情趣的叔祖已经去世51年了。虽然如此，正德的一生所为仍然没有被人忘记。如果说过去由于文官们没有防备而让正德任意妄为，那么这一教训正好成了历史的殷鉴。他们决心不再让朝廷的大权放在一个年轻人手里，听凭他任意使用，而是要设法把皇帝引进他们所崇奉的规范里。文官们让他从小接受翰林的教育，注意他的家庭生活和私人活动，尤其防止他接受武官和宦官的不良影响。在后来闹得满城风雨的立储问题，其实也是把他纳入规范的一种节目，其目的在于使他懂得皇位的继承乃是国本，必须取得众人的公认而不能凭一己的好恶作出不合传统的决定。
万历皇帝缺乏他叔祖的勇气、积极性和寻找快乐的情趣。他从小开始就没有一天体会到自由的意义，也不是凭借自己的能力而获得臣下的尊敬，所以就难怪乎他不能向臣下提出明确的主张了。他读过有关他叔祖的记录，深知文臣集团只要意见一致，就是一种很强大的力量。既然缺乏坚强的毅力，这个孤立无援的皇帝只好一再向臣下屈服。然而他又不是一个胸襟开阔足以容物、并以恕道待人的皇帝，他的自尊心受到损伤，他就设法报复。报复的目的不是在于恢复皇帝的权威而纯系发泄。发泄的对象也不一定是冒犯他的人，而是无辜的第三者。积多年之经验，他发现了最有效的武器乃是消极抵抗，即老子所谓“无为”。
这样一来，皇帝找不到更合适的事情可以消磨时光，只好看宦官掷银为戏。他的消极怠工使帝国陷于深渊。现在危机已如此之严重，不论皇位的继承问题如何解决，文官集团失去的平衡已经难于恢复。
只有少数最接近皇帝的人，包括首辅申时行，才了解到不同的环境可以为万历的性格和行为带来多大的差别。他从小早熟，在皇太后和张居正的教育之下，他的生活已经有了一定的目的。当初他对于臣僚的腐化感到忧虑，自己草拟手诏，禁止官员之间互相馈赠礼物。他对于各种典礼也颇为注重，早朝的官员缺席过多，他会提出质问；掌礼官的动作有欠娴雅，他会表示不快。其后他的懒名一著，臣僚们就谁也记不起他当初的励精图治：命令大学士把各朝实录抄送给他阅览，经常和内阁学士讨论历史上治乱兴亡之迹，甚至在炎热的夏天亲临观看官兵的射箭比赛而使陪同他的宦官有好几个人因为溽暑而晕倒。但目前既已如此，过去的一切就统统不在话下了。
他身上的巨大变化发生在什么时候，没有人可以做出确切的答复。但是追溯皇位继承问题的发生，以及一连串使皇帝感到大为不快的问题的出现，那么1587年丁亥，亦即万历十五年，可以作为一条界线。现在要回到本书一开头所说的，这一年表面上并无重大的动荡，但是对本朝的历史却有它特别重要之处。
第四章 活着的祖宗
解职归田23年以后，申时行在原籍苏州度过了他按中国习惯计算的80寿辰。万历皇帝已多年不见他的老师和首辅申先生，他特派专使赴苏州祝贺存问，随带纹银50两、绣蟒彩缎一匹、其他绸缎4匹作为贺仪。当时申时行的健康情况已经不佳，但仍然挣扎着北向行礼如仪。他在奏本里表示感谢说，祝贺寿辰的圣旨已经供奉保存，以为子孙传家之宝，银缎则全部壁还，因为他无颜接受这样隆重的礼物。他身为皇帝的蒙师和首辅，但是未能克尽自己的职责。如果不是这样，何至理应继承大统的皇长子到现在还没有在翰林院的官员那里就读？又何至京内外大量的缺官无人递补？据说，万历读完奏章以后感到怅惘，但仍然无意于接受这含蓄的劝谏。
申时行把他的书房命名为“赐闲堂”。上天已经赐给他闲暇，他就用来游山玩水，写字吟诗。可是很显然，不论是站在太湖之滨看着无情的浪涛拍击已被溶蚀的崖岸，还是坐在书房里用典雅的韵文描写着烟雨霏霏的江南暮春，他都没有能忘情于世事。这23年中，他留下了一大批作品，在身后由家人结集镌版，是为《踢闲堂集》。书中诗文内容涉及的各方面很广泛；但是一有机会，对往事的回忆和感慨总是很自然地在笔下流露。诗文中有不少暧昧、隐晦甚至前后矛盾的地方，然而我们并不能草率地认为他的著作有意欺人。从字里行间可以看出，他对他的一生功过有自己的看法，并且对这种看法具有信心。生当末世而身居首辅，他的困难带有时代性，其中情形特别，不是从组织上和技术上可以解决的。他没有明确的法律条文可资遵循，他只能依靠道德习惯和人事的手腕来应付一切。其中有内外参差之处，已不待言。在退职闲居以后，这位昔日的首辅对自己的过去毫无忏悔之意。他的思想平静，他的良心没有遗憾，因为形格势禁，他只能用调和折衷的办法来解决问题。他自信他在执政期间的所有措施均出自诚意，这一大前提使他扪心无愧，至于成败利钝，那又并非他个人的力量所能左右。
他当然听到过别人的批评。有人说张居正虽然刚愎自用，毕竟还有所成就；而忠厚长者申时行的记录却如同一张白纸。对这些抹杀事实的意见，申时行自然不为所动。在他看来，以道德力量作为施政的根本，关键在于防止坏事发生，而不在于琐屑地去解决问题。如果真像批评者所说他的施政记录是一张白纸，这反倒证明了一切都已纳入规范，机构运转正常，因此无事可记。然则申时行自己明白，他没有能达到这个最高目的。至少，他这个皇帝的最高顾问，没有能找到一个大家都能接受的方案去解决继承问题。他竟为此而去职。对于这个问题，如果说有些人犯了错误，那他申时行的差失，也不会比旁人更严重，最低限度不会与二辅许国的错误相提并论。他身居首辅，处心积虑地想在幕后不动声色地解决这个难题，而许国偏偏不能体恤时艰，将折冲于樽组之间的底细，全盘托底公布，以致弄到不可收拾。
申时行虽然号称谦虚抑让，但毕竟没有达到唾面自干的境界。他无意于接受那些在他看来是不中肯的批评，否则，他又何必把过去的事实和自己的看法来回反复地写入自己的诗文里，而且嘱咐儿子们在他身后结集刻印？显然，他期望后来的读者稍一思索，就能理解他施政措施的真正意义，并且承认他的成就超过了表面上的平凡。
今天重读《赐闲堂集》，恐怕多数读者可以承认，申时行在文渊阁的八年半时间里并非完全尸位素餐。他在行政上的成就，往往得力于微妙的人事安排。这样的方式本来就带有间接性，而他在执行时既不采取大刀阔斧的方式，也不多加渲染，这样，他的成绩就很少为人所理解，也更少为人所仰慕。举一事即可为证：假如他真是除了忠厚和平以外就一无可取，那么在他执政时期发生的黄河泛滥问题，一定比实际情形要严重得多。
自古以来，治理黄河就是我们帝国的一大难题。由于河水流经黄土高原，疏松的黄土随着河水顺流而下，沉积于河床；河床过高，一旦遇到洪水，就极易冲决河堤，造成严重的水灾。每次决口，生命财产的损失均不可胜记。
可是对于这一问题，中枢的唯一办法，就是责成总理河道的御史妥善处置；其中技术上的问题和人力物力的动员，都需要这位钦差大臣在他职责范围之内就地解决。根据过去的经验，大规模整理河道，地区往往涉及数省，有时填高凿低，等于改造地形。在这样巨大的规划之中，自然会有意见纷纷，莫衷一是。有时尚未开工，争执已起。所以中枢虽不直接领导工程的设计和进行，但是它所采取的立场，却必然对全盘形势产生决定性的影响。如果一个总理河道的御史执行他的规划尚未及半，突然被参免职，而他的继任者又采取完全相反的主张办事，则百万生灵，就可能牺牲在这种官僚政治之下。
首辅申时行所赏识的治河专家是潘季驯。这位专家提倡“河道紧缩说”。黄河所以为害，原因是河沙淤集，河道不通。对于这一点专家们都无异说，但在解决的方案上则有截然不同的主张。有人建议加宽河道，他们认为河道宽则水流畅。潘季驯则以为河道宽则流速小，流速愈小则泥沙沉淀的机会愈多，经过若干年月之后，河床就会愈积愈高。他主张，应该选择重要的地段把河道收紧，同时把附近的清水河流用人工疏凿引入黄河，以增加黄河的流速，照这样的办法，可以不需要经常疏浚而可以“自浚”。“建堤束水，以水攻沙”，就是他归纳上述方针而概括成的八字箴言。他又建议，河堤不能几十里、几百里相连不绝，应该预先在河水汹涌的地方留出缺口，而在缺口之后筑成第二、第三道的“遥堤”，和第一线的河堤之间构成“含水湖”。大量河水在缺处突破第一线，流至遥堤，流速已经降低而储蓄在这些人工含水湖中，就不致扩大其危害。
在河堤合龙和迫使河水改道的工程中，潘季驯使用“柳辊”作为有力的工具。这种柳辊通常长150尺，圆周20尺，制作的方法是先用植物和泥土像织地毯一样构成长块，再用大树和绳索造成中心卷架，然后把这块“地毯”卷在架上，用大树枝和大绳索四周拥紧。这一用泥土、树枝制造的大圆柱体遇水可以膨胀，因而不致被急流冲走。每一柳辊由成百上千的民工拖运到选定的地点，当地尚有上装大石块的舢板，早已准备停当。柳辊就位，舢板凿沉。随着一声号令，大批的民工，把他们已经摆在肩上的泥土以最快的速度堆放在这仓碎抢护而成的土堤上。待到决口堵塞，再逐步把堤坝加固。很多地段日后还加砌花岗石，远望一线白色，颇为美观。
对这样规模浩大的工程，中央政府无力支付所有的费用。通常发给的款项，仅能在初步设计时作筹组全局的办公费。兹后总理河道的御史被派为当地的总督，有的还带有尚书、侍郎的头衔，以便于他在许多府县征用人力物力。所有的民夫、工具、粮食、医药和交通、通讯等等都要就地通盘筹措。所以，这一位总理河工的大臣除了工程经验之外，还必须要具有操行无可疵议的记录，这才能深孚众望，动员这许多府县的地方官，指挥如意。
潘季驯过去治河多年，无论经验或者声望都符合上述条件。他在1584年已官至刑部尚书，当时为了代张居正的家属求情，触犯圣怒，因而被革职为民。1587年黄河几处决堤，开始的时候委派了一个没有多大声名的官员采取了若干紧急处置。1588年，在讨论总理河道大臣一职人选的时候，潘季驯的名字有人提到，但没有人敢向皇帝作坚决请求。正好这时候皇帝自己提出这一职务应当由“老成才望”的人充任，所以申时行才示意给事中荐举起复潘季驯，事情得以顺利通过。申时行还怕有人议论，又正好万历召见他面询其他政务，他就在谈话中插进了“皇上留意河道，拔用旧人，一时在任，皆称谙练”这些话。这谈话纪录一经给事中办公室抄写公布，潘季驯之出任“总督河道兼理军务”一职，也就等于出自皇帝自己的主意，反对他的就不能随便议论了。自此在申时行任首辅的年月中，潘季驯一直负责治河，成绩卓著。而到申时行离开文渊阁以后不久，他也被参劾而再度罢官。
在文渊阁的八年半中间，北方边防没有发生重大事件，也是申时行引以自豪的政绩。其实当时危机并未消失，只是依靠他处理得当，才未酿成大变。
1590年，本朝的一员副总兵李联芳在甘肃、青海交界的地方陷于蒙古军队的埋伏，力战身亡。北京的文官大部分主张应当兴兵讨伐。这时候万历皇帝已很少在公开的场合之下露面，由于这一重大事件，他破例举行早朝，朝罢以后继续和各位大学士讨论对付的办法。万历同意多数廷臣的意见，认为应当采取强硬态度，然而申时行则持有不同见解。
申时行的看法是这样的：50年前，北方蒙古各部落在俺答的号召下组织成一个同盟，势力所及，东西连亘两千里，与本朝军队屡屡作战，杀伤军民不计其数。到了1570－1571年冬天，俺答改变宗旨，愿意约束各部不再犯边，而以赏赐给他的津贴和互市的权利作为交换条件。廷臣讨论之后鉴于和平的局面对本朝有利，所以接受了他的提议，还封俺答为顺义王，其他部落首领也分别给予不同的名义。
俺答对这修好的条约忠实履行不渝。他去世以后，儿子黄吉台尚能维持现状，到了孙子扯力克，就已经没有约束各部落的能力，全蒙同盟名存实亡。在甘肃、青海间活动的卜失兔和火落赤两部，尤其不受节制，经常向西南方向骚扰。一旦被质问他们就声称是“抢番”，即抢劫这一带的回、藏诸部，而并非侵犯天朝。这种做法使他们既保持了赏赐和互市的利益，又保持了行动的自由。
1590年，本朝的一个被称为“方大醉”的下级军官，听到军士报称蒙古骑兵侵掠边境，他就单人独马冲到出事的地方。蒙古人准备答话，此人乃一介武夫，一言不发，举刀就砍。蒙古人在退走时拔箭射中了这位莽汉，致使他第二天创发身死。于是军中群情激愤，坚决要为他报仇。洮泯副总兵李联芳追逐敌军，遇伏阵亡。报告送到北京，议论就哄然而起，大都主张停止互市，出兵作战。顺义王扯力克也作了战争的准备，渡过黄河，即将陷洮河，入临巩。情势如箭在弦上，一触即发。
然而在申时行看来，情况并非没有缓和的可能。他不能相信扯力克已经下定了全面战争的决心，因为他的同盟并不团结，并不是每个部落都愿意放弃互市的利益而与本朝作战。如果和平的希望没有断绝就决心接受全面战争，这不能说是明智的办法。边境上发生这样的事件，确实暴露了本朝的弱点，增加了蒙古人的野心。但补救的办法不在于发动战争而在于巩固内部的力量。如果边防军的空额都已补足，各边镇的仓库充实，以游牧民族耳目之灵通，他们是断乎不敢轻易挑衅的。如果边防的情况依然故我而本朝与蒙古人贸然交兵，纵使在局部地区取得胜利，这联绵几千里的边防线，终归是要被对方冲破的。说到底，即使本朝的军队获捷一百次，也不能宣布占领了大沙漠；而对方取得一次决定性的胜利，则可以使本朝彻底垮台。
这一次处理边境危机的经过，更清楚地阐释了我们帝国的特质，从此中看出：军事机构受文官控制不是没有理由的。边防需要作出全面计划和长久打算，动员的程度则既不可过低也不可过高。一般说来，全国的情况有千差万别，不容许中枢凡事过问。因之皇帝的领导多少带有抽象性，应当集中全力鼓舞臣工，而不必在每时每事上加以处处干预。然则在紧要关头，皇帝左右全局决定和战的领导力量，却又千万不能等闲视之。就在这燥热的1590年夏天，申时行因为有了万历皇帝的支持，终于避免了一场以国运为赌注的战争。这使他更进一步地体会到了本朝传统的优越性：让年轻的太子受傅于翰林学士，实在是高瞻远瞩。日后太子登极，翰林学士也被擢升，初为内阁中的副手，再遇机缘遂成首辅，这不仅保持了中枢人事的连续性，而且凭着老师和学生的亲切关系，可以使许多棘手的事情轻易而圆满地得到解决。
首辅和万历在1590年阳历8月25日的谈话，是记录中的最后一次。表面上看来，师生君臣间的讨论似乎散漫无重点，而实际上申时行以极为谦卑的语调，达到了当面禀奏的目的。磋商的结果，所有的总督巡抚都供职如故，没有人因为这次边境出事而被撤职或受到其他处罚，这表明皇帝对边区各地方官的信任并未动摇；同时与俺答所订立的和平条约至此已20年仍然有效，不因局部冲突而废止。首辅又提出，所有官军的防御不可松懈，并应对卜失兔和火落赤两部特别戒备。再之则建议派遣一个重要的文臣去各边区协调全部战略处置。这次在御前的谈话既经送交午门传抄公布，则中枢的决心已定，不容置喙。因之磨拳擦掌的主战派乃不得不稍事收敛。（详附录一）
4天之后，原来掌管京军训练、带有兵部尚书衔的郑雒被派为北方各镇的经略。这时甘肃、青海边境的形势已经稳定，本朝的军队没有发动攻击，蒙古铁马大举内犯的可能性也没有成为现实。1591年初，郑雒乘卜失兔企图与火落赤会合的时候，突然袭击其侧翼，截获了大批牛羊和其他给养，同时又按照申时行“清野”的指示，让青海的很多回藏部落他移，并把蒙古人所建造的喇嘛庙和最近运来的木材付之一炬。很多草地也以“烧荒”的方式加以破坏。扯力克看到继续往西南移动没有前途，也就率领主力返回黄河东北。此后蒙古人还将与本朝的将士在各处作小规模的交锋，但是，合并长城以外各部并征服回藏以构成一个游牧民族大集团的计划，就只能永远放弃了。
首辅申时行的执政纪录相当复杂。他对边境问题的处理是否全部合适，即令时至今日，也不是易于判断的。但是有一件事情总应该提到，就在这1587年即万历十五年，辽东巡抚注意到一个建州酋长正在逐渐开拓疆土，吞并附近的部落。他觉察到养虎将要贻患，就派兵征讨，但是师出不利。他认为失败的原因，在其部下开原道参政不照命令行事，而坚持其个人改剿为抚的主张。巡抚参劾这参政的奏折一到北京，被参者反而取得到了京中监察官的同情，他们又出来参劾这位主剿的巡抚。申时行认为这完全是一件小事，不值得引起内外文官的不睦；所以他又以和事佬的身份出面调停，建议皇帝视双方的互相参劾业已彼此对消，也不再作是非可否的追究。于是这位酋长今后得以为所欲为，而且还能够继续利用本朝内外官员的不和来发展他自己的千秋大业，此是后话，也不在本书叙述范围之内。这位酋长并非别人，据当日记录称，他名叫努尔哈赤。若干年之后，他的庙号则为清太祖。
很多历史学家没有提到申时行和扯力克之间的这段纠葛，更想不到他和下一个王朝的创业人还有过这一段因缘。在历史学家看来，申时行一生做官执政的最大功罪都应以万历年间的立储问题为始终。
多数文官对申时行深感不满。最初万历皇帝起下了废长立幼的念头，就已经是不德不义了。申时行身居首辅，他自应以去职力争，不得已就应当以生死力争。他是第一个可以在御前说话的人。如果采取了这样坚决的态度，即使因此而去职甚至牺牲，他的继任者也会不得不仿效他的做法，加上廷臣的舆论又是如此一致，皇帝就会被迫接受公议，以后的僵局也就不会发生了。
作这样评论的人完全忽略了申时行的性格和他的处世方针。正由于态度温和，申时行才获得皇帝的信任并建立了亲切的关系。多年来，这位首辅正是巧妙地利用这种关系，促使皇帝的一举一动接近于文官集团的期望。天子既要使用他人间的绝对权威而又不能掺进他个人的爱憎，这本来就不容易恰到好处，而要申时行采取硬性办法督促，事实上也是无法做到的。
指斥申时行有意让皇帝拖延立储的说法是毫无根据的。官方记录所载，还在常洵刚刚出生的时候，他就曾呈请皇帝早立常洛为太子。在问题刚刚露头的时候就以明确的方式提了出来，见微而知著，不可以不谓为远见卓识。
立储问题会成为万历朝中的一大难关，申时行在受命册封郑氏为皇贵妃的时候可能就有所预感。他当时位居文臣之首，这隆重的册封仪式自然需要他的参加和领导。他和定国公徐文壁在御前接受了象征权力的“节”，在礼官乐师的簇拥之中向右顺门进发。主管的宦官在门口恭迎。他们两人以在严稳重的态度把“节”、金印以及制册交付给宦官，然后再由宦官捧入宫中授与贵妃本人。这一套安排等于宣告于全国臣民，封妃的典礼既由朝廷中最高的文武官员主持，则被封的郑氏已非仅闺房之宠幸而实为国家机构中的一个正式成员。连带而及的则是皇贵妃的地位仅次于皇后而在其他妃嫔之上，那么来日她的儿子常洵可能继承皇位，就不能说是全在廷臣预闻之外了。
但是万历皇帝却坚决地否认这种关系。他说册妃与立储是两不相干的事。申时行在册妃之日，曾奉万历之命，作诗歌咏其事。诗中有云：“汉殿俱矜宠，秦台早得仙，今朝被李赋，参和《小星》篇。”他深感天子虽为天子，仍不免有闺房儿女之情，因之万历提及他和郑贵妃的关系（详附录二），申先生不置一辞。他还理解，皇帝仍然是一个有血有肉的“人”，也有他理智和感情的交战。关于立储一事，申时行自始至终主张忍耐，等待万历改变主意，他的皇上兼学生不是一个没有理智的人，假以时日，他自己必然会对这问题找到合理的解决，而施加压力则于事无补。
日后事态的发展证明首辅的估计并不正确。时间并没有成为有利因素。他在文渊阁八年半的任期中，接触过各种复杂的人和事。他的“大事化小，小事化了”的办事方针，并不能永远做到弥患补阙，相反，有时造成的严重后果，竟会大大超出他的始料所及。
申时行在1583年担任首辅。开头的两年，他的前任张居正一案得到解决。这个问题一天不弄得水落石出，万历和他的老师就一天不知道彼此的真正意图。到了1585年，这一大案件才被彻底了结。于是此后有好几个月太平无事。到了1586年初，常洵出生，郑氏被册为皇贵妃，立储的争执已经肇始。但就在这前后，万历已经发现他想做的事情统统不能做到，于是他想励精图治的念头就一天天减退。随之而来的是臣下的奏疏中指斥他荒怠的字眼也越来越无忌讳。有一本奏折上说，如果皇帝不接受他的意见，天下臣民必将视之为无道，而列祖列宗也必将痛哭于九泉。皇帝刚刚批示说此人语无论次，应当降级外调，另一个人跟着奏上一本，内称皇上的朱批不甚合适，那位进谏的人乃是忠臣，不但不应降级，而且应当表扬奖励，以表现虚怀纳谏的人君风度。这种“上下否隔”的情形既已开端，至1587年就更加恶化。
申时行是一个敏感的人，他具有窥测旁人心情的能力。他办事的原则基于对本朝政治制度的深刻了解。在这种特殊的制度之下，人君和人臣务必互相迁就互相让步。倘不如是，一方面坚持大义所在，丝毫不放松，则只有逼使对方采取消极态度。臣僚可以请求辞职，首先由个人“乞骸骨”而延及集体，如果被革职，反倒被视为荣誉；皇帝不能让位推贤，他所能采取的方式是怠工，即不出面主持礼仪，不见群臣。1587年，当首辅申时行还只是顾虑到有这种可能性时，万历的朝廷已经朝这个方向迈进了。
在这一年还未到岁暮之际，皇帝所使用监视内外的秘密警察遭到了攻击。东厂直属于司礼监，下辖锦衣卫，其秘密情报为皇帝处理政务所不可或缺。情报的内容非常广泛，包括市场上重要商品的价格、各个城门的进出人员和交通工具、北京市内火灾的情形等等，其中又万不可少的一部分，乃是从各处窃听得来的谈话。这种情报机关在本朝已有两百年的历史，早已成了政治体系中之一环。凭心而论，在本朝历史上，万历皇帝不能算是过分地运用厂卫钳制臣僚的君主。然则对百官来说，特务机
构总是无形的枷锁；政治上的迫害先不说，即使“家中米盐猥事，宫中或传为笑谑”，也大大地损害了他们的自尊心。他们早想动手制裁厂卫而苦于没有找到恰当的机会。
其后冲突的导火线出人意外。北京城在本朝为大兴、宛平两县所辑。是年任职的大兴县县令，因为一件小事责打了太常寺供奉祭祀的乐舞生，而乐舞生有其不可侵犯的地方，责打他们，也就是蔑视祭祀大典。因之这个大兴县令被发交三法司审问。所谓三法司，即刑部、都察院和大理寺三个官署混合组成的法庭，通常只受理复审。这次所以破例，是由于太常寺提出了冒犯宗庙的重大罪状。文官们虽然觉得这罪状近于小题大做，但如果经过三法司这一机构审问，事情可以早日了结。
事情又牵涉到了东厂。东厂下设镇抚司，凡属触犯皇帝的案件和牵涉到官员们的刑事案件，这个镇抚司同样具有讯问以至拷打之权。当得知三法司已经受理大兴县令这一案，他们表示不再争执审讯权，只要求派出两名锦衣卫校尉出席旁听，以便把经过情况向皇帝报告。
刑部尚书李世达认为这一案件属于文官内部的纠纷，用不着东厂锦衣卫的干预。但是东厂提出要派两个校尉参加旁听，他又没有严辞拒绝，而只是托辞推诿，说什么人犯未齐，尚未审问。及至开庭审问之日，这两个校尉则给维持秩序的文官所阻挡，不得入内参与旁听。
如是情状据实报告到皇帝跟前，致使龙颜大怒。万历对于太常寺和大兴县的冲突并无兴趣，他所以震怒，乃是文官们拒绝校尉旁听，明明是故意和他过不去，因之已不能对此表示沉默。于是他一面让宦官口传圣旨向文渊阁提出质问，一面声称他要把这一案件移交东厂镇抚司审问。这时，首辅申时行又以和事佬的身分出现，劝说李世达向皇帝赔礼道歉。李世达照此办理，皇帝因而得以保全面子，取得了精神胜利。可惜的是这精神上的胜利维持的时间未免过短，几个月之后，文臣们又找到了管理东厂宦官张鲸的差错，群起而攻之。
检举张鲸的奏章中指斥他与某些文官勾结，并且接受贿赂。其所列举的罪状看来都凿凿有据，只是当时勾结为奸，纳贿贪财的一段罪状也可以加之于许多高级廷臣身上，写奏呈的人似乎全未计及。张鲸事后感慨，由于他的嘴巴说话太多，所以才招致了那么多的攻击，不能算是事出无因。只是根本的原因还是在于机构本身，其职务与文臣的利害相违。万历一朝的冲突，文臣占优势，与天启朝厂卫跋扈、缇骑气焰冲天的情形恰为尖刻的对照。
起初，万历皇帝还没有意识到事态的严重，他以为对张鲸作一番口头申斥就足以了事。廷臣见参劾无效，索性一不做二不休，准备参劾全部的大学士。以造成张鲸不除、内阁也别想安生的舆论压力。由于群情鼎沸，万历只好承认失败，把张鲸免职。据当时接近皇帝的人透露，这件事曾使皇帝大为伤心。但就在张鲸将去未去之时，尚有一个下级官员不知道皇帝已经屈服，竟然又上了一个奏本，说张鲸如此难去，想必是皇帝陛下也接受了他的贿赂。这种无礼的奚落使这位官员挨了六十廷杖，但是年轻的皇帝却为此而更加心灰意懒。他本来已经对早朝和经筵感到极度厌倦，至此他拿定主意，今后再也不愿意公开接见这些不诚实的、口是心非的臣僚了。他隐居在深宫里，唯一能和他呼吸相通、忧患与共的就是贵妃郑氏。
多年之后，申时行辞职家居，追思往事，他既不埋怨皇上，也不指责自己。他在著作中只是提到了年轻人不知世务，轻举妄动，以致弄得事情不可收拾。他回忆起在他担任首辅八年半的时间中，曾经有过一个绝好的机会襄助皇帝成为尧舜之君。此即1585年张居正一案落实之后、1586年初常洵尚未出生之前的几个月。然而这机缘却又这样地短暂，他稍一忽视，就一去而不可再得。
当时的万历皇帝真是精神焕发、励精图治；对申先生提出的要求也全力以赴，极为难得。在我们形式化的政府中，表面即是实质。皇帝既能热心参与各种典礼，就充分表示了他的诚意，足以策励臣工趋向勤俭笃实。申时行只要闭起眼睛，就立刻会在记忆中浮起当年皇上步行祈雨的一幕情景。这件事发生于1585年，岁次乙酉，即当日“万历之治”可能成为现实的短时间内。
这次祈雨与往常不同。在经过的仪式中，万历第一次也是最后一次向普天之下表示了他关心民瘼的诚意。1584年入冬以来，北京一带就缺少雨雪。次年春夏之间亢旱更甚，河流见底，井中无水可吸。御前对此极为焦虑，在命令各个地方官求雨无效之后，他决定亲自向上天祈祷。所采用的祈祷的仪式，一部分由礼都在档案中参考成例草拟，但具体细节却出于皇帝御制，比如要求全体人员徒步走赴天坛圆丘而置轿马于不用，就完全是他自己的主意。
仪式举行的前三天，皇帝已经斋戒。前一天，他又在宫中奉先殿默告祖宗，随后又面禀慈圣太后。致上天的表文则亲笔称臣签上朱翊钧的名字，先一日送至南郊神库。
阳历5月16日黎明，皇帝驾到皇极门，他的卫士和随从排开成为一个长方形的队伍。此时礼官报告，各官在大明门整队已毕，皇帝就开始步行出发。
北京的居民从来没有看到过这样庄严而朴素的仪式。所有的人员，包括皇帝、文武百官和宦官，一律穿蓝色布袍，颈部和下缘以黑布镶边，平日的金银玉带此时全部不用而代之以牛角带。旗帜和乐队也概行免去。大街左边是两千名文官，右边是两千名武官，都列成单行两相对称，浩浩荡荡，和皇帝一起步行前往天坛。
这些幸运的居民得到了一生中唯一的机会亲眼看到了当今天子。祈雨的队伍经过大街，一切交通当然需要暂停。但是天子平时出行时采取的“除道”措施，即要求全部店铺关门、行人敛迹的规定，这次却免予执行。这也是皇恩浩荡，允许小民有一睹天颜的机会。居民们所看到的万历皇帝是一个相貌端正的年轻人，脸圆须短，身材稍胖。他以如此虔诚的姿态迈着稳重的步伐，使看到的人无不为之感动。
对万历皇帝来说，这十里之遥的长途步行当然不是一件轻松的事情，因为这是他有生以来第一次的如此跋涉，而且当时的天气已愈来愈热。
天坛圆丘在北京城南部，为今上的祖父嘉靖皇帝在1530年所建。万历皇帝在这同心圆的最下一层石阶上跪下祈祷，上香之后，又向上天叩头4次。文武百官列队站立在南墙之外，当皇帝跪拜时，赞礼官在昭亨门传赞，百官也依样跪拜如仪。
行礼既毕，皇帝召集大学士、六部尚书和其他高级官员在左棂星门外所设的帐篷内发表训辞。万历声称，天时亢旱固然是由于他本人缺乏德行，但同样也是贪官污吏克剥小民、上干天和的结果。现在务必要改弦更张，斥退坏人，引用好人。申时行即席代表全体官员致答辞，声称臣等奉职无状，以致天降亢旱。皇上代表全体臣民祈祷，当然会上格天心。如果还有官吏不能仰体皇上的诚意，臣等一定要严加申饬。万历当即指示把这种要旨公之于天下。1585年5月16日的敕文就体现了这个指示。救文告诫贪赃枉法、酷害百姓的官吏必须痛加改悔，绝不能再把中枢的命令示为具文，如有违不奉行者，定当严惩不贷。同时万历又命令户部在灾害严重的地区免征赋税一年。
仪式结束，准备起驾回宫，宦官们让御轿抬到万历跟前，但他坚决不坐，仍和百官步行回宫。这支队伍人数众多，起止需时，到达大明门已经是下午最炎热的时候。队伍刚刚解散，兵部的一个主事就迫不及待地从袖子里抽出一把折扇使劲地挥动。负责纠察的御史发现这一情状，认为其时虽然已经散队，但此人如此不能忍耐，仍然属于失仪。为此这位主事被罚俸半年。
申时行侍奉皇帝到皇极门，然后叩头退下。临行时他向万历致以慰问，万历则答称“先生劳苦”。这时候首辅固然既饥且渴，极度疲惫，但是相比之下皇帝的任务要更为劳累，他还要到奉先殿去向列祖列宗汇报，汇报完毕还要参见慈圣太后。
申时行不能算是一个迷信的人，从各种记录上都看不出他相信通过占卜祈祷的方式就可以和宇宙的神秘的力量有所来往。他在一次给万历的奏章上说，“臣等不习占书，不知事验”，足以清楚地说明了他的态度。同时，也不能认为万历是一个过度迷信的人。在选择皇帝陵寝的过程中，廷臣曾因风水问题，展开了激烈的争辩，最后万历表示“当日秦始皇在骊山筑陵，何尝不讲究风水”？从这一达观的态度来看，他对风水的信仰，也只能在若有若无之间。
但是迷信与非迷信，其间的分野也可能极为模糊。例如，当一个人强迫自己对一件事情、一种前途建立信念，则其与宗教式的皈依就相去极微。因为凡是一个人处于困境，他就不愿放弃任何足以取得成功的可能性，即使这种可能性极为渺茫，没有根据，他也要把它作为自己精神上的寄托。在这1585年亢旱的初夏，朝廷上下的情形就和此种情况极为接近。当时一天过去又是一天而仍然是骄阳酷日，人们的焦虑也就达到了最大限度。因为每一个人都知道，皇帝的宫廷不能永远建立在一个土地干得发裂的京城里。皇帝亲自出动，以最虔诚的态度和最庄严的仪式向上天求雨，不论是出于迷信，或者其动机是维系人心，最低限度表示了事情并未绝望。希望就产生于这种人为的奋斗之中。他的挣扎，他的自我责备，以及他对臣僚所作的爱民的训示，都可以安慰困窘中的人心，有如一服清凉剂。他的政府一向认为精神的力量超过实际，因此他这次求雨即是做皇帝克尽厥职的最高表现。
最后，一场甘霖有如千军万马，突然降临到人间。最初是雨中带雹，旋即转为骤雨，稍停以后又是一阵骤雨，雨势一直延续到第二天。这场雨发生在阳历6月12日，距离皇帝徒步天坛求雨已将近一月，但是任何人也不敢妄议这不是圣心感动上苍的结果。皇帝自己也当仁不让，兴高采烈地命令百官感谢上苍的恩典。首席大学士也为他感到高兴，因为在这时候，万历皇帝可以在精神上引以为自慰和自满的机会已经不是很多了。
申时行理解万历的感情，同情他的处境，但是他和其他文臣一样，仍认定皇帝的职分应当在宫殿之内，除了行礼如仪之外，他不应当置身于其他事情之中，以生轻妄的观感。比如说万历想亲自操练兵马，申时行就会和其他文官合作，竭力阻止。朱翊钧是否有军事天才？这一问题没有历史家能够解答，我们所知道的，则是他即使有任何创造的能力，也因为他身着龙袍，贵为天子，而无法施展表现。而在阻止他发挥个性的群臣中，首席大学士申时行的力量虽不显著，却极为重要。
文官们阻止万历亲自操练兵马，他们自认有历史上的先例，因为本朝除了开基创业的祖宗以外，御驾亲征的事例极少。最近一百年内仅仅有一个正德皇帝做过这样的事情，而正德的行动，又被公认为离开了传统的轨道。为人君者，就应该安居垂裳，所以不仅练兵要遭到反对，就是外出旅行也应该在限制之列。今上的祖父嘉靖皇帝一生，仅在1539年一度回到湖广承天府巡视过他的出生之地，此后的27年中就没有离开北京一步。父皇隆庆在位5年余，仅仅到京郊谒陵一次，而且为时只有4日。而万历在1583年春天到1585年夏天却已谒陵4次，这毫无疑问是过于频繁了。
尤其使群臣为之不安的是，谒陵这个庄严的典礼竟成了皇帝督视内操的借口。谒陵的随从武装是御林军。这支军队当年经过张居正的同意而在1581年建立，驻在京城东北角，受御马监太监的节制。近年来，这支部队的兵员倍增，训练加紧，每天黎明以前，马队在街上的铁蹄声每每把居民的好梦惊醒。1584年夏天，一个溽暑蒸人的日子，皇帝亲自在皇城内观看御林军的射箭比赛，比赛延续到傍晚才宣告结束。好几个宦官因为受不了酷日的煎炙而晕倒，而皇帝却依旧神清体健。文官们对皇帝过人的精力毫不欣慰，反而接二连三地送上奏本，指责内操的不当。劝说无效，他们就对申时行施加压力，希望首辅运用他的影响使这种操练停止。
从法制上讲，廷臣所提出的诤谏是否具有成宪的根据则很难概说。本朝从没有宣布过皇帝不能亲率禁军。永乐皇帝所用过的长矛一直供奉在午门楼上，就是皇帝带兵的实证。正德皇帝的行动虽然大干物议，然而他始终没有向舆论低头。而且以前皇帝的御林军都属于宦官管辖，就此一点，今上的措施也就无法直接批判。因此，文官们只能举出一些道德上的理由，例如兵凶战危，皇上舞剑弄枪有损承平气象等等，其所用辞语显然不能中肯。
然而文官们的意见又岂能完全忽视？他们是本朝政府的支柱。全部文臣既以伦理哲学作为基础推行了现今的统治方式，当然讨厌皇帝亲率禁军，造成文武均衡甚至武高于文的局面。只因为他们又个个都是忠臣，不便站在对等的地位去和皇帝谈判，更不能借势要挟。然则这些不便不能之处却没有使他们放弃初衷，即作诤谏时，他们胸中有数，意志坚决，目的不达，决不甘休。
老成练达的申时行善于洞察事情的阴和阳。他知道，道德不过是借口，问题的症结是廷臣的安全感。真相既明，他就采取最有效的方式来解决问题。他不事张扬，悄悄地和宦官们谈判。他后来写下的文章，阐述了此中奥妙。申阁老此时质问御马监的诸宦官：几千个官兵带着武器在皇帝身旁，谁能保证他们中间没有人参与做坏事的阴谋？万一有变，其他警卫人员救护不及，谁负得起这样重大的责任？诸位身为将领，又岂能置身事外？首辅还可能在此时提出江彬的先例，用本朝的历史，引证凡是和文官集团公开作对的人，没有一个能得到善终。即使是皇帝最亲信的人，迟早也会被大众清算。这一番危言耸听的游说取得了预期的效果，用申时行自己的话来说，就是“诸珰竦然”。
带兵的宦官既已为申时行的言辞所震慑，他们不再愿意参与内操，转而劝说皇帝放弃亲率禁军。这种釜底抽薪的办法，为效极显；而且皇帝不是一个没有理智的人，他知道如果坚执己意，他和臣下的冲突势必与他叔祖正德一朝的情况相类似。他既不愿意走此极端，迟早就得让步，所以从这时起他就对禁军逐渐不加过问。1585年之后，御马监勇士相次为人遗忘，禁军这一组织也就逐渐于无形中瓦解。
申时行以办理外交的方式来主持内政，御林军事件的顺利结束，更证明了这种方式确实卓有成效。他欣赏自己“从中调剂，就事匡维”这一处世和执政的原则，对待皇帝的办法则是“显谏者不若潜移为妙”。因为这种办法既对皇帝的权威无损，而臣下的目的又可以达到，这比之于臣下在奏章上奚落昏庸的皇帝，而皇帝用荆条痛打犯上的群臣总要高明得多。申时行所始料未及的，就是万历皇帝比他申先生又更高一手，他看透了这种斗争的真情实相，知道自己生气都属无效，莫若用“无为”的办法，对付所有的纠缠，因之他的消极也越来越彻底了。
自从1585年以后，万历除了仅仅于1588年对自己的定陵再度视察过一次以外，30多年，他没有走出过紫禁城一步，创造了自古至今的最高纪录。
皇帝离开京城不到百十里竟然会成为一个严重问题，也是当日国家组织的特别现象。万历于1583年至1585年之间的四次谒陵，其真正的目的是在寻觅及视察他自己的葬身之地。然则既要经过祖墓的附近，谒祭即不可免。既为谒陵，种种仪式自然应当周到齐备。因之每次出发以前，礼部必须斟酌成例，拟订各种详情细节，有的陵墓由皇帝亲自祭谒，有的则由驸马等人代为行礼。御驾每次出动，京城立刻戒严，每一座城门都由一位高级文臣和武将共同把守。皇弟潞王当时尚未成年，他的任务是把铺盖搬到德胜门的城楼上居住，密切监视御驾必经之路。这支谒陵队伍声势十分浩荡显赫，其中有陪同皇帝的两位皇太后和皇后皇妃，加上随从的宦官宫女、文官武将、大汉将军、御马监勇士、京军等等，人数多达几千。到了郊外，皇帝及其家属住在佛寺里，对其他随从人员则临时搭盖帐篷以供休息住宿，这一切要先期准备周详，不能少有差错。
在这几十里的道途上，一些地方官、耆老以及学校的教官被引导在御前行礼。皇帝对他们慰勉有加，并宣布他所经过的地区免税一年，以酬答当地居民对他这一行所作的供奉。
这样的队伍和排场，两年半之内要组织四次，廷臣就感到是过于频繁了。于是，使皇帝扫兴的事情就纷至沓来。北方边镇驰报蒙古部落颇有蠢动的征象，叩请御驾谨慎小心；礼部的官员据此坚请皇帝缩短出行的时日。有一次，皇帝的侍卫旁边发生逸马狂奔的非常事件，又有一次有若干文官误入禁地，这些都由御史据实奏报御前，以期引起应有的警惕。经过这些周折，本来应该是很愉快的小事游憩已全无乐趣之可言。1589年万历曾经表示还想出巡一次，监察官听到以后立刻上书诤谏。他们说，皇上已经感到自己火气过旺，必须放弃早朝以事休养，那么就更不应该出城游玩而使火气增加。皇帝读完这些奏章，从此就没有再提出巡一事。
