（一）徐鸿儒起义遭到明朝的残酷镇压，农民群众付出巨大的牺牲，斗争转入低潮。清朝建号后，连年出兵河北、山东地区侵扰，这一地区广大农民抵抗清军的抢掠，成为主要的斗争目标。
（二）陕西地区是明朝西北的边防地区。驻在这里的明皇室藩王贵族，占据大量田地，攫括巨大的财富。史称：“秦藩富甲天下，拥资数百万。”（《平寇志》卷七）早在洪武时，明太祖封第二子樉为秦王，就藩西安。以后秦王子孙历代相承，成为一方的豪富。一六六三年（清康熙二年）贾汉复《陕西通忐》载明末陕西占田状况，秦王府占有田地八千九百九十二顷，山坡、山场四百八十三处。此外还占有竹园、栗园数处。秦王所占田地，分布在西安、凤翔两府所属各县及鄂县、商州等地。平凉的韩王、汉中的瑞王等宗室藩王，共占王田近万顷，山坡、山场及果园等五百余处。陕西东布政使辖西、延、凤、汉、兴四府一州耕地，约有三十八万九千余顷，藩王即占去百分之五左右。在乎、庆、临、巩四府，肃、韩等王占地一万六千余顷，占这一地区总耕地面积二十五万三千余顷的百分之六强。藩王凭借权势，向佃户收租，不准拖欠。王侯都成巨富，“珠玉货赂山积”。河南地区有藩王八人，号为“八王”。也各占良田数万顷。李自成农民军进入河南时，即向老百姓宣告说：“王侯贵人剥穷民，视其冻馁，吾故杀之，以为若曹”（《绥寇纪略》卷八）。
（三）陕西、河南地区是农业生产落后的地区，也是阶级压迫严酷的地区。宗王以下，各地官僚地主都占有大量土地。韩城占有万亩田的大地主有数十百人，广大农民几乎没有土地。渭南南氏是世代为官的大族，农民军曾向南氏索要饷银一百六十万两。长安县薛氏、华州郭氏、米脂李氏、艾氏，都是一方的大地主，并且役使着大批的家奴世仆。农民破产无告，即投充到大地主家作奴仆，世代相承为奴。华州郭氏有家仆投身的契卷百余纸，米脂李氏奴仆甚多，艾氏奴仆均改为艾姓。奴仆或从事生产，或负担家内劳役，地位低于农民。河南地区有大地主曹氏、诸氏、苗氏、范氏四家，各占有千顷良田，称霸一方，号称“四凶”。农民遭受地主的敲剥，还要承担官府的压榨。一五九八年（万历二十六年）至一六二七年（天启七年），因抵御金兵，多次加派税银，称为“辽饷”。辽饷按照亩数加征税，不问产量的多少和年岁的丰歉。因而地多产少的陕西、山西和河南、湖广等省，较地少产多的省份，实际负担远为繁重。山西地瘠民贫，一年加派近四十万两，超过闽广的两三倍。陕西的情况也和山西差不多。河南省新旧税银多至一百六十多万两。湖广土地辽阔，照亩加派，是全国加派最多的一省。农民起义爆发于陕西、河南，发展到山西和湖广，明朝赋税剥削的繁重是原因之一。御史姜思睿曾经认为“剥民以养兵，是驱民而为盗也。”（《启祯野乘》一集卷三）官员们多次指出，加派税银，等于剜肉医疮，人民的皮骨被剥尽，只有起来造反。
（四）陕西地处西北，榆林、绥德、延安均设军卫，军户耕种屯田，极为困苦。军官奴役兵丁和耕种的佃客人丁，称为“奴客”。他们遭受着比一般农户更为严酷的压榨。农民起义爆发后，即纷纷参加起义。兵科给事中刘懋奏称：“秦寇即延庆之兵丁土贼也。”（《平寇志》卷一）吏部尚书吴甡说：“延安四载奇荒，边军始乱，出掠米脂、绥德、清涧，胁从甚众。”（光绪《米脂县志》卷十一）清初编审三卫军户，实在户丁都不过二、三百人。在明末农民战争中，奴客与军丁多已脱籍参加起义。至于那些世代为军官的世禄之家，也多已被消灭了。
（五）陕西、河南自天启至崇祯年间，连年饥荒。遭受地主、官府和军官压榨的人民，更加断绝了生路。陕北的延安、庆阳一带，民间采摘山间的蓬草和树皮作食物充饥，甚至挖掘山里一种叫做青叶的石块来充饥，吃下后即腹胀而死。崇祯二年（一六二九年）四月，路经延安的官员马懋才向崇祯帝奏上《备陈灾变疏》，陈述他所见到的情景：“如安塞城西，有粪场一处。每晨必弃二、三婴儿于其中。有涕泣者，有叫号者，有呼其父母者，有食其粪者。”“更可异者，童稚辈及独行者，一出城外，便无踪影。后见门外之人，炊人骨以为薪，煮人肉以为食，始知前之人皆为其所食。而食人之人，亦不数日面目赤肿，内发燥热而死矣。于是死者枕藉，臭气熏天。县城外掘数坑，每坑可容数百人，用以掩其遗体。臣来之时，已满三坑有余。而数里以外，不及掩者，又不知其几许矣。小县如此，大县可知；一处如此，他处可知。”他最后说：“然则现在之民，止有抱恨而逃，飘流异地，栖泊无依。恒产既无，怀资易尽，梦断乡关之路，魂销沟壑之填，又安得不相率为盗乎？”（康熙《陕西通志》卷三十二）
（一）农民战争的序幕
自一六二七年（天启七年）起，陕西农民先后在王二、王嘉胤、高迎祥等领导下，举行起义，揭开了明末农民战争的序幕。
王二起义 一六二七年春，陕西澄城知县张斗耀在连年灾荒之后，向饥民催逼赋税，激起人民的反抗。三月间，农民王二聚集饥民数百人，问：“谁敢杀张知县？”大家齐呼：“我敢杀！”饥民拥入澄城县衙，杀死正在坐堂追比的张斗耀，举行起义。起义者以王二和钟光道为首，进而聚集饥民和逃兵，扩大队伍，攻打蒲城的孝童村和韩城的芝川镇。又西去宜君县，打开监狱，放出囚犯。在洛河以北的山上树旗立营，组成陕西农民起义的第一支队伍。
王嘉胤起义 在王二起义后一年，一六二八年（崇祯元年）陕西府谷县爆发了王嘉胤领导的起义。起义的领袖还有号称杨六郎、不沾泥（原名张存孟）等人。起义者聚集饥民，劫夺地主富户的粮食。官府前来缉捕，即与官府对抗，发动起义。王二起义军在这年冬季与王嘉胤部会合，有众五、六千人，在延庆的黄龙山聚集。崇祯二年（一六二九年）正月，王二战死。王嘉胤农民军迅速发展壮大，以府谷、河曲为据点，分兵转战各地，西南至延安、庆阳。一六三一年，又东向进入山西，到达阳城。起义群众发展到三万多人，有将领一百余人，并设置左丞、右丞等官职，组成一支强大的农民军。这支农民军中的著名将领高迎祥，原在安塞起义，自号闯王，在各地流动作战，后归属于王嘉胤。另一将领张献忠，陕西延安卫柳树涧（今定边县）人。幼年随父贩枣，遭乡绅毒打。后在明军中当兵。一六三○年九月，张献忠发动米脂十八寨农民起义，响应王嘉胤。自号八大王，又称“黄虎”。
各地起义 王二、王嘉胤起义后，陕西各地农民纷起响应。一六二八年，汉南王大梁，阶州周大旺，宜川王左挂、飞山虎、大红狼、苗美，洛川王虎、黑煞神，延川王和尚、混天王，庆阳韩朝宰，白水王子顺等先后在各地领导起义，从四面八方冲击着明朝的统治。明朗派总督杨鹤前往“招抚”，又派出官军镇压。一六二九年四月，王左挂部被明洪承畴军围困于云阳，王左挂突围入神道岭。王大梁在略阳大石川战死。一六三○年，王左挂、苗美、王子顺等转战陕西中部州县。鄜、雒一带有李老柴、独行狼等领导的起义。宁塞一带有神一元、神一魁等领导的边兵起义，攻陷柳树涧。河西士兵在混天猴领导下起义，转战陕甘。此外，还有清涧点灯子和葭州不沾泥诸部起义军。一六三一年，王左挂、苗美、王子顺等接受明朝总督杨鹤的“招抚”，降明后被杀。神一元败死。神一魁降明后，察觉中计，突围出走，率部数万人，败官军于宁夏。点灯子、不沾泥、混天猴等先后败降。明军先后捕杀起义者二万余人，招降三万余人。
王自用、高迎样等起义 一六三一年四月，王嘉胤在阳城与明延绥副将曹文诏部作战，败死。起义军推举左丞王自用（号紫金梁）为领袖，与部将高迎祥、张献忠、李自成等率领部众继续作战。李自成陕西米脂人，幼时为地主放羊。二十一岁时，应募作驿卒。王左挂起义后，李自成投附农民军。王左挂降明被害，又投附不沾泥部。不沾泥降明，部众解体。李自成投入王嘉胤部下，号称闯将。
农民军兴起以来，分散各地，各自为战，明军易于各个击破。这时，明军主力在陕甘。王自用避开敌锋，结集所属三十六营起义军转战山西，向晋东南发展，直到黄河以北，进入河南济源地区。一六三二年，山西境内的起义军分三路进军，东路据泽州、潞安，西路攻平阳，中路攻打汾州、太原一带州县。各地饥民纷起响应。起义烽火燃遍山西全境。
一六三三年四月，王自用与部将马守应（老回回）被明军战败，自榆社奔武乡。王自用在济源战死，起义军失去领袖，各路军又陷于分散作战。数十万人东向攻入真定、沙河、大名、顺德诸府县，遭到明军曹文诏和左良玉部的围剿。十一月，高迎祥统率张献忠、罗汝才（曹操）、马守应、惠登相、刘国能（闯塌天）等，合三十六营军渡黄河，攻陷渑池，到达卢氏。起义军由当地矿工作向导，越过崎岖山路，经内乡到郧阳，分兵出击。张献忠部攻信阳、邓州，经应山至商雒。马守应部五营攻南阳、汝宁，经枣阳、当阳、归州、巴东入四川，破夔州。次年回军郧阳。
(二)李自成、张献忠领导的农民起义与明军的反攻
一、荥阳大会
农民起义爆发以来的六年间，起义者由于在各地分散作战而屡遭明军的镇压。明朝也由于诸镇抚事权不一，互相推诿而使农民军得以流动作战，不断发展。起义军攻下郧阳后，明朝将郧阳巡抚蒋允仪逮捕（以卢象升代），擢升延绥巡抚陈奇瑜为兵部右侍郎，总督陕、晋、豫、楚、川诸省军务，专事镇压农民起义。陈奇瑜率师赶到均州后，檄令陕、郧、豫、楚四抚臣领兵会讨。陕抚练国事驻商雒遏制起义军之西北，郧抚卢象升驻房县、竹溪遏制于西，豫抚元默驻卢氏遏制于东，湖广巡抚唐晖驻南漳遏制于东南，对起义军四面围剿。起义军遭到明军的围剿，在乎利，乌林关、乜家沟、蚋溪等战役中连续失利，伤亡惨重。一六三四年六月，高迎祥部农民军误入兴安县的车箱峡，陷于困境。
车箱峡长四十里，四面悬崖峭壁，号为“绝地”。起义军误入这个“绝地”后，地主武装垒石断路，从山顶投石飞击或掷火焚烧。起义军无法突围。高迎祥部将李自成采用谋士顾君恩策，贿赂明军总督陈奇瑜及其部下将弁，得到出路。陈奇瑜将起义军每百人编为一队，派遣安抚官护送他们回家务农。李自成等一出栈道，就将五百多个安抚官杀掉，联合各部起义军接连攻下麟游、永寿、灵台、崇信、白水、泾州等州县。起义军脱离危境后，在这年冬季又分三路出击，一路北向庆阳，一路南奔郧阳，一路东进河南。
明朝政府逮捕陕西巡抚练国事（以李乔代任），将陈奇瑜削职听勘，升洪承畴为兵部尚书，兼督山西、陕西、河南、四川、湖广军务，指挥各镇抚镇压起义。又调西北边防兵、天津兵、关宁（山海关、宁远）骑兵等数十万人往河南集结，企图以大规模的围攻，把农民军主力 歼灭于河南境内。
据《绥寇纪略》卷三记载，崇祯八年（一六三五年）正月，各支农民军将领曾在河南荣阳集会，商讨对付明军重兵围剿的作战方案。马守应主张北渡黄河转入山西，张献忠表示反对，但又提不出确实可行的计划，因此发生争执。李自成提出“分兵定所向”的方案，建议将起义队伍统一组织起来，依据作战需要分成几个方面军，分头出击，配合对敌。李自成的意见得到与会将领们的一致赞同，会上议定了分兵拒敌，四路进军的作战方案。贺一龙、贺锦南御四川、湖广敌兵；马进忠、横天王（后增李万庆、许可变）西挡陕西之敌；罗汝才、惠登相扼守黄河沿线，抵挡开封、归德、汝州方面明军；高迎祥（李自成为其部将）、张献忠向东出击，插入敌后；马守应、九条龙为机动部队，往来策应。无论那一路获胜，所得战利品各路军统一分配。
荥阳会后，高迎祥按照大会议定的进取路线，指挥起义军主力分三路东下。势如破竹，十多天之内就接连攻下固始、霍丘、寿州（寿县）、颖州（阜阳）等数十州县，杀死颖州知州尹梦鳌和在乡尚书张鸣鹤，直逼凤阳。
凤阳是明太祖朱元璋的故乡，明朝的中都皇陵所在地。明朝在这里设有留守司，辖八卫一千户所，又有班军、高墙军、操军和护陵新军六千多人，由一个巡抚、一个太监负责护卫，戒备森严。
农民军大队抵达凤阳之前，秘密派遣三百名壮士化装成商人、僧道、乞丐等潜入凤阳，在大军进攻时作内应。明朝士兵和当地人民也痛恨守陵太监贪虐，主动为农民军带路。高迎祥、张献忠的部队顺利地占领凤阳。
农民军占领凤阳府后，释放囚犯，烧毁明“皇陵”和“龙兴寺”，杀死留守署正朱国相，歼灭敌军四千多人。起义军还揭出“古元真龙皇帝”的旗帜，以示推翻明朝的决心。崇祯皇帝得到消息后，逮捕漕运御史兼凤阳巡抚杨一鹏，处死。将巡按御史吴振缨遣戍。
农民军在凤阳驻了三天，张献忠与李自成因分配战利品发生争执，又分裂成两股。张献忠率所部向东南发展，转战于江淮流域。李自成随高迎祥西北走归德（商丘），与罗汝才、惠登相等部会师。
同年，高迎祥、张献忠等部又相继转战到陕西境内，击毙明军悍将艾万年，曹文诏战败自杀，农民军获得一系列胜利。
一六三六年七月，高迎祥率部经汉中之石泉，出陈仓、子午，打算进攻西安。途经周至黑水峪时，遭到新任陕西巡抚孙传庭伏兵的袭击，双方展开激战。明军祖宽部来援，高迎祥战败被俘，就义。起义军推李自成为领袖，继为闯王。
二、明军的反攻
高迎祥死后，张献忠的实力较为强大，他联合马守应、蝎子块等部二十多万人进攻襄阳。崇祯十年（一六三七年）正月，张献忠又联合罗汝才、马守应、刘国能诸部自襄阳顺流东下，与很久以来就在江北英山、霍山一带活动的“左革五营”中的贺一龙、贺锦会合。然后分攻江浦、六合、安庆等城，南京为之震动。
三月，明朝新任兵部尚书杨嗣昌（杨鹤之子）策划“四正六隅，十面张网”的战略。“四正”是以陕西、河南、湖广、江北（即今江淮地区）四个地区为围剿起义军的正面战场，由当地四个巡抚负责分剿，“六隅”是以延绥、山西、山东、江南、江西、四川六个地区作为辅助战线，由这六个地区的巡抚负责协剿。“四正”加“六隅”，成为“十面之网”。（《明史·杨嗣昌传》）总理六省军务的熊文灿镇压张献忠为主的农民军，总督洪承畴和陕西巡抚孙传庭围剿李自成部农民军。农民军与明军展开了艰苦的战斗。
洪承畴和孙传庭对李自成东西夹击，步步进逼。李自成几次激战，连遭失败。在三原与李自成会合的蝎子块部投降明朝，使李自成更加势孤。李自成奋力突破明军重围，到阶州、成县、西和、礼县一带活动，然后带领过天星、混天星和本部人马挥军南下，攻克宁羌（宁强），开始向四川进军。
宁羌是由陕入川的咽喉要地，李自成占领宁羌后，接着攻下七盘关，经过朝天岭，接连攻克广元、昭化、剑州（剑阁）、梓潼等地。然后分兵三路，分别向潼川、绵州（绵阳）、江油三个方向进军，连下三十多个州县，进逼成都。四川巡抚王维章龟缩在保宁（阆中），不敢与李自成军接仗。李自成带领农民军打出敌人的包围圈，变被动为主动了。
一六三八年春，李自成领兵北还，在梓潼附近被洪承畴埋伏的重兵伏击，伤亡惨重。李自成军奋力突破重围，西走松潘草地，穿过草甸和沼泽地带，到达甘肃临洮一带。
四月，明军悍将曹变蛟、张天禄率部尾追而来。李自成军被迫进入西羌地区。曹变蛟、张天禄仍然尾追不舍，双方在羌中遭遇。李自成率领农民军浴血奋战，连续二十七个昼夜马不卸鞍。当地羌族人民也纷纷起来袭击宫军，使明军难于应付。李自成乘机率部转移到洮河流域，继续战斗。
崇祯十一年（一六三八年）正月，刘国能率五、六万农民军在随州（随县）投敌叛变，当了明军的守备，参顶镇压起义。张献忠假用明军旗号进袭南阳，被左良玉军击败。左良玉射中张献忠眉心，部将孙可望力救脱险，带兵退据谷城。
张献忠退据谷城后，在明军强大攻势下，投降明朝，以等待时机。他派养子孙可望带着珠玉珍宝拜见熊文灿部下的总兵官陈洪范，求陈代献文灿乞降。熊文灿曾任福建巡抚和两广总督等职，以“招抚”政策平息了东南沿海的动乱，并且接受了巨额贿赂。他总理南直、河南、山西、陕西、湖广、四川军务后，企图故技重演，在各城镇广散招降文檄。张献忠行贿请降，他便欣然接受。张献忠又派明朝首辅薛国观的族侄携带珍宝财货到京城活动，利用出入相府的机会广交上层要人。朝中权贵多得献忠贿赂，同意招降，不予加害。一六三八年四月，张献忠接受了明朗的“招抚”和副总兵官衔，停止了与明军的战斗。但是他不改变农民军的编制，不服从明朝的军事调遣，把部卒四万人分屯于谷城四郊，其中精锐士兵三千人分四营驻扎在谷城，各设一员大将率领。并且加紧集草屯粮，打造军器，招兵买马，训练士兵，作继续战斗的准备。
张献忠降明，虽然仍作继续战斗的准备，但使李自成陷入不利地位。这年秋天，李自成部下的祁总管、周山等相继向敌人投降，使李自成领导的农民军处境更加艰难。李自成遭到明军曹变蛟、贺人龙、马科等部的追击和堵截，打算率军出潼关，东进豫、皖，和在那里的“左革五营”会合。十月，率领农民军向东挺进，在潼关南原陷入了洪承畴和孙传庭伏军的重围。
洪承畴和孙传庭侦知李自成东进，故意让开从白水到潼关的道路，引诱农民军进军。孙传庭在撞关一带的山丘、丛林中每隔五十里设一道伏击线埋伏重兵，附近地主武装把守外围各险要通道截击。洪承畴率领曹变蛟、贺人龙等悍将对农民军步步进逼，迫使农民军进入伏击圈内。明军人多势众，不断缩小包围圈，潼关 向农民军进攻。经过几天的激战，农民军损失数万人，伤亡惨重。李自成与田见秀、刘宗敏、李过等十八人奋力杀出重围，奔陕西东南的商洛山中。李自成的妻女，都被明军冲散。
明军得不到李自成的消息，谍报说他己被打死，洪承畴、孙传庭部被调离陕西，入卫京师。驻扎在均州的农民军罗汝才部是当时起义军中较大的一支，听说洪承畴和孙传庭带兵出潼关，误以为是前来围剿，遂率部向明军熊文灿乞求接受“招抚”而不受节制。熊文灿要授他游击官，解散起义军，挑选精壮从征，被罗汝才拒绝，说“不愿受官领粮，愿为山农耕稼自赡。”（《怀陵流寇始终录》卷十一）罗汝才部分屯在房、竹一带，与张献忠部成犄角之势。熊文灿只好容忍他们降明自立。
李自成部起义军受挫后，惠登相，王光恩、马进忠、李万庆、一丈青、小秦王、一条龙、刘喜才等部或降或走，农民战争转入低潮。
三、张献忠的再起与信阳之败
张献忠接受明朝“招抚”后，用金银珠宝厚贿明将熊文灿等官员。熊文灿受贿替张献忠向朝廷请关防和饷银，要求张献忠选留精锐士卒二万，其余遣散还乡。张献忠拒不解散士兵，并制造器械战船，积草屯粮，进行扩充，要求明朝发十万人军饱。
张献忠等以数万之众屯据谷城，明朝不能按士兵数额发饷，农民军便有理由打劫地主豪绅和设卡收税，开辟饷源。这当然要引起官员们的强烈反对，纷纷起而抨击。朝中对“招抚”张献忠提出异议的人逐渐增多。湖广巡抚余应桂致书熊文灿，反复论说不宜优容献忠，招抚失策。农民军辗转得知，激愤不安。张献忠与谋士潘独鳌、徐以显等日夜研究孙吴兵法，研制三眼枪、狼牙棒、埋伏连弩等武器，用团营、方阵、左右营等澡法训练军队，准备再度起义。张献忠秘密布置部下在荆襄一带散布流言，挑拨湖广士绅和明朝调来镇压起义的滇兵之间不和，湖广士绅果然奏请撤除滇兵副将龙在田的骑兵。
这时，河南和江北地区遭受严重旱蝗灾害的饥民大批逃亡到汉水流域，张献忠收聚讥民，扩大了队伍。
一六三九年五月六日，张献忠在谷城再次起义，与明军展开战斗。
张献忠起义军杀死谷城知县阮之钿和巡按御史林铭球，拆毁城垣，劫库纵囚。明监军道张大经和马廷宝、徐起祚等被迫投降。离开谷城时，张献忠在墙上留书，说明他再度起义的原委，并把曾经接受农民军贿赂的官员姓名和受贿数额详列于后，给明朝的官员们以沉重的打击！
张献忠再起，罗汝才部也起而响应，树起反明旗帜。李自成在商洛山中得到消息，立即重整旗鼓，收聚部众，冲破陕西总督郑崇俭的包围，到谷城与张献忠合兵。张献忠傲慢不容，李自成只好到马守应营中借得一些人马，在陕、鄂、川边境活动。
熊文灿得知张献忠再起，立即调集左良玉和罗岱领兵追逐。张献忠大军埋伏在房县以西的罗猴山中，派出一支队伍佯败撤迟，引诱明军入山，伙兵四起围攻，明官兵一万多人全部溃散。罗岱被生擒，左良玉丢盔弃甲，伏鞍而逃。明兵军用物资和左良玉的印信、军符等，全为农民军缴获。
张献忠起兵后，明廷曾逮捕孙传庭下狱。明军在罗猴山惨败，崇祯帝又下令逮熊文灿下狱，随后处死。左良玉降三级，随军带罪立功。改派内阁大学士、兵部尚书杨嗣昌督师，总督以下并听节制，再次展开对农民军的大规模围剿。
杨嗣昌到湖广襄阳督师后，调遣中官刘元斌、湖广总督方孔昭、总兵官左良玉、陈洪范等十多万军队一齐向农民军进攻。并责令河南、四川、陕西、郧阳诸巡抚扼守要冲，堵截农民军去路。
崇祯十三年（一六四○年）闰正月，张献忠在枸坪关被左良玉击败，率众突入四川。入川途中，在太平县（今四川万源县）的玛瑙山受到郑崇俭和左良玉的夹击，伤亡惨重。接着又相继遭到湖广军张应元、潘之凤，四川军张令、方国安，陕西军贺人龙、李国奇的追击堵截，连受重创，退据兴安、归州（今湖北秭归）山中休整，又被左良玉等军团团围住，陷于困境。
张献忠利用杨嗣昌和左良玉的矛盾，派马元利携重宝贿赂左良玉，说：“献忠在，故公见重。公所部多杀掠而阁部猜且专。无献忠，即公灭不久矣。”（《明史·左良玉传》）张献忠瓦解左良玉的斗志，乘机收集散亡，在山区居民的帮助下，走出兴安，与罗汝才等部农民军会合。
明军统帅杨嗣昌骄傲自用，满以为明军已把张献忠、罗汝才等包围在鄂、川、陕三省交界地区，胜利在握。但明军的状况是“总督之令不能行于将帅，将帅之令不能行于士卒”，上下之间矛盾重重（《怀陵流寇始终录》卷八引侯恂语）。左良玉怀恨明朝对他的处置，有意养敌自重，不受杨嗣昌节制。张献忠和罗汝才乘隙击溃巴雾河守将刘贵，由鱼渡溪渡江，结营于万顷山。杨嗣昌命令四川巡抚邵捷春专守夔门，放弃川楚交界的三十二隘口和大宁、大昌以诱起义军，然后进行环攻。邵捷春怀疑杨嗣昌要以失地罪陷害他，不接受指挥，并派杨茂选和覃思岱扼守三十二隘。杨、罩二将不和，罩思岱谮杨暗通起义军，邵捷春杀杨茂选，杨部逃散。张献忠乘机斩关而入，连下新宁、大竹，大败张应元，击杀潘之凤，然后攻下大昌，屯扎在开县。
张献忠入川后，杨嗣昌率师追击。因厌恶左良玉不听调遣，私许贺人龙代左良玉为“平逆将军”。左良玉在玛瑙山与农民军作战获胜，不能易帅。贺人龙怨杨嗣昌不实践诺言。左良玉也对杨嗣昌更加怀恨。左、贺二将所部是明军的主力，他们不受杨嗣昌约束，不肯出力作战，使张献忠得到缓冲的时机。
张献忠避免和明军打阵地战，用“以走致敌”的策略，快速流动作战。明军将要追到时，即迅速转移，有时一昼夜驰走二百余里。杨嗣昌难以镇压张献忠部，便在崇祯十三年（一六四○年）十二月再度对农民军“招抚”，宣布赦罗汝才“罪”，归降者授予官职，只不赦张献忠，能擒获张献忠者赏万金，封侯爵。次日杨嗣昌驻地的墙壁上，有人涂写：“有能斩阁部（杨嗣昌）来者，赏银三钱。”（《绥寇纪略》卷七）农民军对杨嗣昌的“招抚”，针锋相对地给予回击。
崇祯十四年（一六四一年）正月，张献忠部在开县黄陵城被明军左良玉部追及。左部参将刘士杰连续行军四十日，追到农民军，立即出兵作战。张献忠部以逸待劳，派遣军兵绕到明军后方出击。左良玉逃走，刘士杰被杀，明军将士死伤过半。张献忠获得全胜，随即领兵东下，迅速抵达当阳。明兵来援，张献忠留罗汝才部阻挡，亲自率领大兵，疾行八昼夜，于二月初到达襄阳。襄阳是明朝的军事重镇，军需饷银，都聚集城内。张献忠先派部将李定国伪称奉督师杨嗣昌命调兵，赚开城门。潜伏城内，化装成商贩的农民军起兵响应。张献忠率大兵顺利攻下襄阳，夺得军饷数百万两，以十五万两赈济饥民。又在城中得到被俘的农民军谋士徐以显、潘独鳌和献忠的妻女。农民军俘获明宗室襄王。杨嗣昌在夷陵，上疏请罪，绝食而死。左良玉被削职，戴罪领兵。农民军夺得襄阳，军威大振！
张献忠夺取襄阳后数日，又渡江攻下樊城，随后与罗汝才合兵北上。四月，攻应山，不下。攻下随州。六月，攻打南阳，东略信阳。七月，攻下郧西。八月，张献忠至信阳。左良玉自南阳来攻。农民军在信阳大败，数万人降明。张献忠败走南阳。在此之前，罗汝才因与张献忠不合，已往投李自成部。张献忠在信阳败后，不能自立，也去投依李自成。
（三）农民战争的高潮，新顺与大西的建号
一、李自成农民军的再起
一六三九年，李白成离张献忠去后，即在川、陕边境立足。次年七月，杨嗣昌在彝陵招降，被李自成拒绝。九月，明军以重兵来攻，李自成被围困于巴西鱼腹（巴东县之西的奉节）山中。部众多出山降明。部将刘宗敏等誓死拥戴李自成继续作战。这年，河南连续发生旱灾和蝗灾，饥民四处起义。李自成乘间率五十骑突围出山，经郧阳、均州，转战到河南。
李自成入河南，当地起义军小袁营、袁老山、瓦罐子、一斗谷、李好等部闻李自成威名，相继率众来附。各地饥民从者数万人。崇祯十三年（一六四○年）十二月，李自成军先后攻下宜阳、永宁（洛宁）、郾师等地，击败熊耳山以西四十八寨地主武装，进而攻占卢氏、陕州、灵宝、绳池，声势大振。各地起义农民及矿工、手工业者纷纷参加起义。数月之间，李白成军迅速发展到数十万人。一六四一年初，已是一支雄踞河南的强大队伍。
农民军起义以来，在各地流动作战，并无固定的据点和严密的组织，也没有提出过明确的战斗目标。只是由于地主阶级的残酷压榨和明朝的不断派饷派差，迫于天灾人祸的各地饥民相继起而反抗，农民军才得以在失败后又迅速重新结集。李白成在河南再次聚众获胜后，军中文士牛金星（河南宝丰人，善星算）与李岩（籍贯及前期身世不详）向李自成建策，提出“均田免粮”的战斗口号。“均田”即夺取地主豪绅的田地分给贫苦农民；“免粮”即农民军驻地不冉征收钱粮（一说减半征收，一说三年或五年不征）。“均田免粮”这一朴素的口号，恰好反映了农民群众的迫切愿望，从而产生了巨大的政治影响。民间到处传说：“开了大门迎闯王，闯王来时不纳粮。”（《明季北略》卷二三）极大地便利了农民军的发展。李自成还提出农民军“乎买平卖”的口号，以争取手工业者和商贩的支持。
崇祯十四年（一六四一年）正月，李自成军攻占洛阳附近州县，围攻重镇洛阳。农民军以炮火攻城。城中明军士兵响应，烧毁城楼。农民军顺利占领洛阳，捕杀明福王常洵。打开官府仓库，把粮食和钱财分散给当地农民。李自成获得广泛的支持，农民军发展到百万人。
二月，李自成军从洛阳出兵攻下汝州、鲁山，围攻开封。李自成亲临前线作战，猛攻七昼夜不下。李自成左目中箭负伤。明保定总督杨文岳等领兵来援开封，农民军解围撤走。
不久之后，罗汝才率领四、五万人离张献忠部来投。李自成得战将，兵力益盛。八月间，张献忠在信阳战败，也来投附，不为李自成所容。张献忠愤而离去，罗汝才赠他五百骑随行。此后，张献忠向南方求发展，独立作战。李自成在襄阳建号称王。张献忠在武昌称王。
二、李自成军的发展与建号称王
一六四一年四月，明朝任命陕西总督丁启睿为兵部尚书，代杨嗣昌督师，原兵部尚书傅宗龙为陕西总督，领兵镇压李自成。保定总督杨文岳率总兵虎大威等军与傅宗龙在河南会师，陕西总兵贺人龙、李国奇所部已在河南，统属傅宗龙指挥，合击李自成军。
九月，傅宗龙与各部军在新蔡会合，准备渡过洪河迸击。李自成侦悉敌人动向，将精锐部队埋伏在新蔡通往项城的要道孟家庄附近的丛林中，另派一支军兵在洪河上游架设浮桥，佯作向汝宁（汝南）进军。明军以为农民军怯战，于九月六日全军出动追击。行至孟家庄卸甲休息。埋伏在丛林中的农民军四起冲杀，明军大败。贺人龙率部逃往沈丘。李国奇战败，偕虎大威部溃逃。傅宗龙和杨文岳率亲兵驻火烧店，杨文岳乘夜率残部逃往陈州（淮阳）。傅宗龙被李自成包围，粮尽援绝，被农民军捕斩。
十一月，李自成攻陷南阳。十二月底，李自成和罗汝才部再次围攻开封。农民军制造高与城齐的炮台，昼夜攻打。又在城墙拆砖挖洞，内置火药轰城，名为“放迸”。因城垣坚厚，不能奏效。开封明军筑起“夹城”防御，向明朝告急请援。
崇祯十五年（一六四二年）正月，明廷再起用孙传庭为兵部侍郎，督京军援救开封。又急调左良玉、杨文岳及新任陕西总督汪乔年等军增援。左良玉从荆襄北上，偷袭了农民军的军资重地临颖守区。李自成遂解开封之围，往攻左军，将左良玉围困在郾城。
汪乔年统率西北边防军三万人，由固原总兵郑嘉栋、临洮总兵牛成虎、援剿总兵贺人龙三人率领，日夜兼程进据襄城，企图与左良玉东西呼应，夹击李自成农民军，以解郾城之围。
李自成留小部分兵力牵制郾城的左良玉，率主力向襄城挺进。汪乔年阵势未整，农民军迅速出击，明军部署全被打乱。贺人龙、牛成虎撇下主帅汪乔年先自逃走。汪乔年率残兵坚守，农民军在城下挖洞轰倒城墙，攻入襄城，全歼守敌，捕杀江乔年和起义军叛徒李万庆（射塌天）。
四月，李自成率领百万雄师，第三次围攻开封，以主力阻击增援的明军，坐毙城中守敌。
崇祯皇帝把前兵部尚书侯恂从监狱释放出来，让他督河南、河北、山东、湖广诸路援军驰援开封。又令督师丁启睿、总督杨文岳、总兵左良玉等率部前去开封增援。六月，丁启睿会合杨文岳，率领左良玉、虎大威、杨德政、方国安四个总兵，调集了明朝在中原地区的所有精锐部队进援开封，雇集在开封西南的朱仙镇。
李自成侦知明军向朱仙镇聚集，分出一部分兵力围困开封，派遣一支军兵伪装左良玉的援军，通告城内明军不可轻出，以切断开封驻军与援军的会合。李自成亲自统率大军南下迎战，抢先占领有利地形，在交通要道上挖掘深沟长堑，环绕百里，做好切断明军粮运和拦截溃兵的准备。
明军将帅商讨作战方略，左良玉主张缓攻，虎大威坚持速战，主帅丁启睿奉命急速救汴，迫令诸将同时出战。接战后，左良玉首先拔营溃迟，狂奔八十里，遇到农民军预先挖掘的深宽各二寻（每寻八尺）的大壕沟，骑马不能跃过。李自成亲统大军从背后掩杀，左军士兵争相弃马过沟，自相践踏，多被农民军击毙。左良王率残兵逃窜到襄阳，马骡器械都为农民军所得。左良玉以善战著称，所部素称精悍。左军败溃，各路明军不战自乱，相继败阵。农民军追击四百余里，俘获明军数万，骡马七千余匹。
朱仙镇战后，农民军斗志旺盛，加强了对开封的围攻。城内明巡抚高名衡和周工朱恭枵等守敌突围不成，密约驻在河北的严云京、卜从善军挖开未家寨黄河大堤，企图引水冲击农民军阵地。农民军也凿马家口大堤，打算灌城。适会大雨经旬不止，两口并决，一万多农民军战士和数十万居民被淹死，朱恭枵、高名衡等乘机溜走。
明军在中原战场上连战连败。九月，明廷命总督三边军务孙传庭（四月任命）带领郑嘉楝、高杰、左勷、牛成虎、白广恩等将领和新募集的三边军队东出潼关。十月，在郏县柿园遭到李自成军的袭击，逃回陕西。
长期转战在江、淮、豫、楚一带的农民军有兵数万人，由左金王贺锦、革里眼贺一龙、老回回马守应、乱世王蔺养成、争世王刘希尧等领导，号称“左革五营”。一六四一年秋，曾与张献忠合兵。柿园之战后，“左革五营”加入了李自成农民军，使兵力大为加强。十一月，李自成率本部和“左革五营”合攻汝宁，击毙总兵虎大威，生擒总督杨文岳和崇王朱由樻等人，胜利结束了在河南的战役。
李自成在河南大获全胜后，随即在十二月间挥军南下，攻占了湖北重镇襄樊。
襄樊是左良玉的守区。左良玉在朱仙镇大败后，到襄樊地区招兵买马，拥众二十万。明钥政府只发给二万五千人的军饷，兵士全靠四出劫掠过活。当地人民对左军痛恨至极，听说李自成农民军到来，即放火烧毁左军战舰，带领农民军绕过埋设的地雷，从白马渡渡过汉水。左良玉抢劫一批商船，拔营逃窜到武昌。襄樊人民杀牛羊，备酒浆，迎接李自成大军进城。
农民军顺利占领襄樊，江汉人民纷纷起义响应。农民军连续攻占德安（安陆）、夷陵（宜昌）、黄州（黄冈）等地，杀死明巡抚宋一鹤。农民军所到之处，势如破竹，明军非溃即降。在三个月的时间内，占领了南至澧州、帘德，东到麻城、黄州，西达光化、均州的广大地区。
李自成占据襄阳重镇及湖广广大地区，统治河南黄河以南地区，军队发展到近百万人。胜利的形势要求农民军必须建立起军事行政组织和必要的纪律，才能巩固已经取得的成果，争取更大的胜利。崇祯十六年（一六四三年）正月，李自成改襄阳名襄京，自称奉天倡义大元帅。罗汝才称代天抚民德威大将军，权位仅次于自成。大元帅之下，设立行政和军事机构，任命各级官员。
行政机构��农民军中枢设上相国一员，以降附的明进士张国绅充任。牛金星为左辅，明降官知县来仪为右弼。绍兴人徐在为军师，孔贞运（明杨文岳部下降官）、王畿为侍中。仿明六部，下设兵、吏、礼、工、刑、户六政府。六政府官员称侍郎、从事。地方官有防御使、府尹、州牧、县令。
军事机构��全军挑选十五到四十岁经过训练、勇于作战的士兵，配以良好的武器装备，称为精兵，组成农民军的主于。六十万大军中，以六万马步精兵为主干，分编为前、后、左、右、中五营。中营又称“标营”或“中权亲军”、“中权营”，是五营中最强的一营。五营统由正副权将军统率，由田见秀、刘宗敏二将充任。各营的首领称制将军，分别由李岩、刘芳亮、刘希尧、袁宗第、李过担任。又有果毅将军、威武将军等协助制将军指挥各营。每营的基层组织称“小队”。中营有一百个小队，其他各营有三十多个小队，共计二百三十余个小队。每小队有骑兵五十名，步兵一百到一百五十名。
军中另设有裁缝队、打粮队、打马草队等担负军需后勤事务。随军家属编为老营，少年编为孩儿军，进行训练。
行军纪律��军中规定：各营战士必须每日四更起床吃饭，听候军令，有事时行军打仗，无事则操练武艺，称为“站队”。每天下午，各队派一人到营将那里听候命令，决定扎营、行军等事项，称为“议事”。每天晚上，各队在营帐外点燃大火，防备敌人偷袭，称为“打亮”。军队驻扎时，派出放哨骑兵在百里年巡逻，称为“巡山”。各营轮流值勤，日夜严密防守。
军中还规定：出兵作战缴获财物，不准私藏。必须在军帐驻扎，不准私住民宅。进驻投降的城市，不准烧杀淫掠。骑兵不准践踏百姓的禾苗。行军时除随带家属外，不准携带其他妇女。
李自成还为农民军制定了跋山涉水时的行军规则和作战的阵法。三万骑兵列为三道防线，称为“三堵墙”。三万步兵优后。骑兵诱敌退走，步兵夹击，称为“打倒翻”，等等。农民军积累了作战经验，显著地提高了战斗能力。
一六四三年三月，李自成称新顺王，准备建国称帝。对罗汝才说：我和你起于草泽，不自量至此。今当图关中，割土以王。罗汝才回答说：我等横行天下为快耳，何必据土！（《绥寇纪略》卷九）。罗汝才是自张献忠部来投的猛将，战绩卓著，但满足于游击掳掠，与李自成不和。李自成借故杀罗汝才。又杀与汝才相善的原“左革五营”将领贺一龙。罗汝才部将杨承祖不能自安，率部投降明朝。驻守荆州的大将马守应闻罗汝才被杀，愤而离去，投依张献忠。这年五月，小袁营（袁时中）不服调遣，将李自成派去的使者献给明军。李自成怒斩袁时中，并其部众。
李自成得襄阳后，称工建制，加强了军事和政治组织。但农民军内部自相残杀，削弱着自己。军中的矛盾和弱点，逐渐暴露了。
三、张献忠称王建号
一六四一年八月，张献忠在信阳败后，自河南东下。一斗谷、瓦罐子诸小部来附。九月，与“左革五营”合兵，声势复振。一六四二年二月，攻下全椒。三月，围舒城。四月，攻六安，不下。五月，攻下庐州。明廷逮安庐巡抚郑二阳入狱，命马士英提督凤阳。八月，张献忠攻下六安，击败明总兵黄得功、刘良佐的援兵。九月，在潜山被刘良佐战败。“左革五营”往投李自成。十月，张献忠部又为刘良佐所败，西走蕲水。
崇祯十六年（一六四三年）正月，张献忠乘夜攻陷靳州。三月，攻下蕲水、黄州，占据麻城。招募兵士，得数万人。迸取武汉。武汉是明朝重镇，宗室楚王朱华奎在此建府，广积金银财宝，但府库竭蹶，守卫空虚。五月，张献忠部攻下汉阳，接连攻下武昌。六月，执楚王投入长江，没收金银百余万两。这时，李自成已在襄阳建号称王。张献忠也在武昌称大西王，铸“西王之宝”印，改武昌为天授府，建立制度。
大西依仿明制，设立六部，各部设尚书。地方仍设府州县，官员为知府、知州、知县。军制也仿明制设五军都督府，置总督、巡抚、都督等官。又在武昌开科举，考取进士，授州县官，以建立各级政权。选募十五岁至二十岁的青年从军，以扩大队伍。
张献忠在武昌建号称王，与李自成军接境。李自成对张献忠不释前嫌，视若仇敌。张献忠破汉阳，李自成出榜示众，说能擒献忠者赏千金。张献忠破武昌后，李自成又写信给他说：曹操、革里眼都已被我杀死，就要轮到你了。张献忠派遣三百骑向李自成献重礼求和，李自成扣留使者，不予回答。武昌的大西王与襄阳的新顺王形成并立的两大势力。
张献忠并没有能在武昌占驻多久。七月，明总兵方国安等从蕲州来攻，在大冶败张献忠军。张献忠率部西走，留谢凤洲等守武昌。八月，明左良玉部攻入武昌，谢凤洲自杀。张献忠军向岳州进军，被左良玉追及，损失甚重。张献忠自岳州攻下长沙，明总兵尹先民、何一德等投降。长沙成为大西农民军的新据点。
张献忠在长沙封授官员，开科取士，设置州县官吏，并告谕民众免三年饷粮。沿途收降明军，编为新附营，军容较武昌更盛。张献忠军控制了湖南全省，并及于湖北南部、广东广西北部广大地区。数月之后，张献忠又放弃长沙北走。崇祯十六年（一六四四年）正月，攻入四川。
（四）大顺建国与明朝的覆亡
一、大顺建国
一六四三年，李自成在襄阳建号后，随即计划进取北京，推翻明朝的统治。左辅牛金星主张攻占河北，直取北京。礼政府侍郎杨永裕（明降官，钦天监博士）主张先占领南京，断明粮道，再出兵北伐。兵政府从事顾君恩建策先取关中，占领陕西为基地，再经山西攻取北京。六月，李自成采顾君恩策，向潼关进军。
明廷任陕西总督孙传庭为兵部尚书，总督七省军务，出潼关截击。孙传庭在郏县被李自成军击败，退守关中。陕西士绅上书指责他“玩寇靡饷”，孙传庭被迫出关迎战。七月，孙传庭命总兵牛成虎、副将卢光祖为前锋，自陕西向河南进军，与河南总兵陈永福在洛阳会合。又令左良玉自九江北上，至汝宁夹击李自成军。陕西巡抚冯师孔督率甘肃总兵马扩、四川总兵秦翼明出乒商洛。孙传庭自领大兵出潼关攻入河南，三军形成犄角之势。孙传庭制造装有火器的战车二万辆，称为“火车”，以抵挡农民军的骑兵。“火车”总兵白厂恩、副总兵高杰随孙传庭出战。
面对明军的大举进攻，李自成将主力屯驻襄城，家属集中于唐县。派出一支农民军驻内乡阻挡马炉、秦翼明部，另一支出阌乡迎敌，且战且退，诱敌军入河南腹地。九月，孙传庭领兵至汝州，农民军都尉李养纯降明，泄露李自成的部署。明军袭击唐县，残杀农民军家属。农民军群情激奋。李自成见战局变化，派出一支精乒袭击敌后交通要冲白沙，截断明军粮道，迫使明军困守郊县。孙传庭急从小路向洛阳撤军，白广恩的“火车“军自大路撤退。李自成乘势追击，白广恩部士兵丢弃“火车”，四向逃散。孙传庭陷入重围，突围西走，农民军追杀四百余里，明军死伤四万余人。明军辎重兵器数十万，均被农民军缴获。孙传庭见全军溃败，自杀未遂，逃入潼关。李自成军攻破潼关，孙传庭在渭南败死。驻守西安的明军起义，迎接农民军入城。李自成顺利占领西安。
李自成进驻西安，随即派出三路大军，追击逃敌。李过领兵北上追击高杰部，高杰逃往山西。李过军攻下榆林，明宁夏总乒官官抚民投降。另一路由田见秀南下追击，明高汝利部投降。西路军由刘宗敏、贺锦率领，攻入甘肃，明兰州、庄浪、凉州等军相继投降。贺锦部攻下甘州，斩明甘肃巡抚林日瑞和总兵马炉。白广恩率残部逃至固原投降。关中之战，李自成军获得全胜，陕西、甘肃全境及青海、宁夏的部分地区均为农民军所占有。
李自成收降白广恩，优加礼遇，并要他去劝说逃敌陈永福归降。陈永福以前在开封作战，其子陈德曾射伤李自成左目。李自成拆箭为誓，不念前恶。陈永福来降。
一六四四年（崇祯十七年）正月元旦，李自成在西安正式建国，国号大顺，年号永昌，自称大顺王，改名自民。称西安为西京。大顺国铸造自己的铜钱永昌通宝行用。又制定历法，称甲申历（是年甲申）。
李自成任牛金垦为天佑殿大学士，主持政务。宋献策为军师（牛金星所荐文士，能占卜）。六政府增设尚书一人，分管各部。又增设弘文馆、文谕院、验马司、知政司等多种机构分司各项事务。大顺国还建立侯、伯、子、男等爵位，分封作战有功的将领。
大顺国在西安下令严禁军士抢掠。军兵纵马踏田禾者处死。陕西是李自成的故乡，所到之处慰谕父老。军兵妄杀民众者偿命。对官僚富户，则勒令出钱作军饷，名曰“追赃助饷”。责令渭南大族南氏，出饷银一百六十万两。处死明工部尚书南居益等官僚。
李自成在西安建国，整饬军纪。每天亲到校场阅兵，加强训练，作灭明称帝的准备。
二、垂危的明朝
明王朝自崇祯帝即位，诛灭客、魏，一时颇有意于振兴朝政，挽救危亡。但魏忠贤败后，阉党仍企图操纵钥政，长期延续的党争并没有消除。崇祯帝对文臣多所疑忌，对武将任意杀戮，屡逐朝臣，屡斩败将。统治集团长期动荡，上下官员贪贿风行，军兵日益虚溃。内外交困的明朝，临近了它的末日。
党争的继续 崇祯二年（一六二九年）十二月，崇祯帝特旨任命周延儒为礼部尚书兼东阁大学士，入参机务。周延儒是万历时的状元，曾为少詹事掌南京翰林院事。崇祯帝即位后，为礼部右侍郎，上言辽东防务，多合帝意。饯龙锡获罪后，周延儒于一六三○年（崇祯三年）九月，又进为首辅。原礼部尚书温体仁，得周延儒之助，于同年六月兼东阁大学士辅政。温体仁与吏部尚书王之光请起用魏党王之臣。周延儒沮议，说：“若用之臣，崔呈秀也可昭雪了。”崇祯帝因而止议。温体仁蓄谋倾复周延儒，指使言官弹劾周延儒徇私纳贿。一六三三年（崇祯六年）六月，周延儒辞官出阁。温体仁迸为首辅，得到魏忠贤余党的支持，再来贬斥东林。被指为东林党人的朝官原以杨涟、左光斗为领袖，杨、左被害后，最有威望的人物是文官文震孟。文震孟，天启时状元，授修撰，曾上疏弹劾魏忠贤，遭受廷杖，免官。崇祯帝即位，召为日讲官，上疏指责王之光等欲翻逆案。一六三五年（崇祯八年）七月，特授礼部左侍郎兼东阁大学士。温体仁佯为优容，在崇祯帝前借故陷文震孟落职。温体仁独专相权。
温体仁排斥文震孟等东林官员出朝，便又蓄谋控制复社。复社是继东林之后的又一个文人社团。明末各地文士纷纷结为文社，江苏的应社、复社等合并组成复社，标傍“复兴古学”，评选文章。入社者称为同志。太仓人张溥（字天如，号西铭）乡试第一，为时所重，主选时文。与同里进士张采（字受先）同为复社领袖。一六二九年（崇祯二年），复社在吴江尹山召开大会，次年又在金陵集会，一六三二年在苏州虎丘大会。这时复社势力已自江苏发展到江西、福建、湖广、贵州、山东、山西等省，各地到会同志多至二千余人。张溥于一六三一年（崇祯四年）中进士，改庶吉士。复社同志除二张外，吴伟业、吴昌时、陈子龙等均成进士，为一时名士。复社品评官员，议论时政，被称为“小东林”。东林文士多援助复社，考试的举子也多依附复社以求得中。复社逐渐形成影响科举的议政集团。不得入复社的人攻击复社“党同代异”。温体仁将兴大狱查治复社。但他也随即遭到宦官曹化淳的弹劾，指斥他结党营私。一六三七年（崇祯十年），温体仁被免官归里，次年病死。
温体仁先后任相八年，是崇祯朝任相时间最长的首辅。温体仁去后，礼部尚书刘字亮为首辅，左佥都御史薛国观为礼部侍郎兼东阁大学士。陕西韩城人薛国观，万历时进士，天启时依附魏忠贤仇视东林。崇祯时，又参与大治魏党，反对起用魏崔党人，因温体仁之荐入阁。一六三八年（崇祯十一年），刘宇亮出朝督师，以罪罢职。次年二月，薛国观为首辅。复社吴昌时为礼部主事，与东厂理刑吴道正揭发薛国观行贿事。一六四○年六月，崇祯帝罢薛国观，放归里。八月，又以行贿有据，处死。张溥与吴昌时等复社官员支持在家闲居的周延儒再次出相。吴昌时交通内监，劝崇祯帝起复周延儒入阁。一六四一年二月，周延儒恢复原职，九月，以吏部尚书、中极殿大学士迸为首辅。周延儒依复社所荐，起用黄道周、刘宗周等东休旧官，又起用魏党马士英督师凤阳。吴昌时得周延儒信用，交结厂卫，纳贿揽权。周延儒奏请罢废厂卫缉事，颇得人望，却招致厂卫和宦官的忌恨。锦衣卫骆养性与宦官交结，弹劾周延儒、吴昌时贪贿之罪。一六四三年，周延儒削官，赐自尽。吴昌时处死。首辅改任庸碌无能的陈演。薛国观的门生魏藻德入阁辅政。明朝的末日已经到来了。
崇祯朝自周延儒以下历任宰相以至大小官员，贪污纳贿，成为不可抑止的颓风。崇祯帝向官员们提出“文官不爱钱”。户科给事中韩一良上疏说：“皇上平台召对，有文臣不爱钱之语，然今世何处非用钱之地，何官非爱钱之人？向以钱进（纳贿得官），安得不以钱偿（贪污）？”他还说：“县令为行贿之首，给事（谏官）乃纳贿之魁。”（《三朝野记》）崇祯帝对臣下疑忌甚多，责罚甚严。有人弹劾，即或杀或逐。在位十七年间，任相者（内阁大学士）前后更换五十人，被处死和被流放的各二人。刑部尚书先后更换十六人。祟祯帝专擅自用，臣下多求避祸自保。明王朝中枢的统治，日益陷于土崩瓦解之中。
军兵虚溃 万历天启以来，各级军将虚报兵额，贪污军饷，作战的精兵越来越少。一万兵额通常只有六千，另四千作为家丁的粮饷。家丁即军将私养的兵丁，成为军队的中坚。锦州总兵吴襄（吴三桂之父）所领乓士，按册有八万，其实只有三万。三万人中只有三千可用，即是家丁。吴襄对崇祯帝说，这三千人都是“细酒肥羊”，“纨罗纻绮”，衣食华美。所以一年需饷百万，还嫌不足。（《绥寇纪略补遗》卷上）
明初，各镇的主兵（正兵）即足以镇守其地，后来不足，增加募兵；又不足，再增加客兵。客兵越来越多，军饷也逐年增长。明初边饷约需五十万两。万历时，增加到二百八十五万六千两。天启时，又增加到三百五十三万七千余两。朝廷杂项开支，万历时不过三十四万；崇祯时已增加到六十八万。朝廷总开支共五百余万两，岁入不过三百二、三十万。朝廷财政，入不敷出，即拖欠军饷不发。一六一○年至一六二七年间，京运银饷积欠达九百多万两。一六二八年，陕西兵饷积欠三十多个月。一六二九年（崇祯二年），延绥、宁夏、固原三镇欠饷至三十六个月。朝廷长期欠饷，军官再从中贪扣，士兵每月仅得饷银五钱，而一斗米价银至六、七钱。一六三七年（崇祯十年），卢象升奏报说：山西的士兵饥寒迫体，“馁而病，僵而仆者，纷纷见告矣。”（《卢忠肃公奏议》卷八）这样的军兵，当然无法战胜强敌。迫于饥寒的军兵，或四出劫掠扰民，或哗变反抗。崇祯一朝，到处发生。官员奏报说：“今调官兵剿贼，本以为卫民也。乃官兵不能剿贼，反以殃民，以致民间有‘贼兵如梳，官兵如栉’之谣。”（《烈皇小识》卷四）一六四二年（崇祯十五年），左良玉部至武昌，向宗室楚王索要兵饷二十万。楚王不应，左良玉纵兵劫掠，火光照江中，宗室士民均逃奔山谷。官兵以“剿贼”为名，劫掠扰民。李自成针锋相对地提出“剿兵安民”的口号，被迫害的人民纷纷投向起义军。士兵大举哗变之事，自天启至崇祯时，前后有数十次。兵士哗变，明朝即重责官员，补发粮饷来平息。袁崇焕在崇祯二年的奏疏中即指出：“凡请饷之疏，俱未蒙温谕。而索饷兵哗，则重处任事之臣。一番兵哗，一番给发，一番逮治。哗则得饱，不哗则不得饷。”他还指出，“哗不胜哗，诛不胜诛。外防虏江，内防兵溃。”“如秦之大盗，哗兵为倡，可鉴也。”（《明清史料》甲编第七册）士兵逃跑之事也不断发生。
山西巡抚耿如杞率领五千士兵入援京师，抵抗金兵。兵士到良乡，三日不得粮饷。五千人一哄而散，逃回山西。延绥镇的士兵也因缺饷哗变，逃回陕西。明兵“剿贼”，李自成军“剿兵”，互剿的结果是农民军越战越强，明兵越来越弱了。
明军将领在对清作战和镇压农民起义中，稍有失误，即被崇祯帝兔官下狱，以至处死。乒部尚书王洽颇负时望。清兵陷遵化，崇祯帝责王洽事先侦探不明，下狱，瘐死。领兵总督自袁崇焕以下，前后被处死八人。巡抚被处死十一人。《明史·流贼传序》说崇祯帝“败一方即戮一将，隳一城即杀一吏。责罚太明而至于不能罚，制驭过严而至于不能制。”明军作战屡败，军将或战死或被处死。增兵日多，而善战的将领日少。崇祯帝末年，文臣武将杀逐殆尽。虚弱腐朽的统治集团已经完全无力维持自己的统治。
加派赋税 天启时，因辽东战事，屡次加派“辽饷”。每亩增税银至九厘，共加派五百二十万两。崇祯时，朝廷入不敷出，军饷不继，又多次加派税银。一六三○年（崇祯三年）辽东军兴，在原增亩税九厘外，又增辽饷三匣，共加派税银一百六十五万两。一六三七年（崇祯十年），明廷命熊文灿围剿农民起义军，因议增兵十二万，增饷二百八十万，称为“剿饷”。崇祯帝下谕说，“不集兵无以平寇，不增赋无以饷兵，勉从廷议，暂累吾民一年。”（《明史·杨嗣昌传》）一年之后，农民军更加壮大。明廷继续征收“剿饷”，只是饷额减半。一六三九年（崇祯十二年），廷议义以军兵虚弱，请练边兵。崇祯帝命杨嗣昌定议，边镇及畿辅、山东、河北四总督、十七总兵官，共抽练额兵七十二万余。郡县设练备、练总，训练民兵。练兵的费用，又加派到当地人民身上，称为“练饷”。每亩加税银一分，各地共增七百三十万两。一六四二年（崇祯十五年），兵部通计各镇额兵一百二十三万八千五百二十四人，缺额十六万五千二百二十一人。“辽饷”、“剿饷”、“练饷”每年共征二千三百余万两。户科题本指出添饷之后，“究境（竟）旧伍空虚，未闻清核。新兵募练，未见充强。小民卖儿贴妇，剥肤敲髓之脂膏，徒为行间歌舞行乐、结交窟穴之具而已。”（《明清史料》乙编第五本）明廷一再加征税银，并不能强兵，而只是增加对人民的敲剥。广大农民再也不能生活下去，明朝也再不能统治下去了。
烽烟四起崇祯时，中原有李自成领导的大规模农民起义，西南有张献忠和彝族起义，东北面临清军的严重威胁，东南沿海则有“海寇”出没。明王朝陷于四面受敌的危境之中。崇祯末年的形势是：
东北和北方��清国以辽东为基地，不断扩军。连年到山海关内掳掠入畜，深入到河北、山东。蒙古诸部也继续与明朝为敌。
西北和中原��李自成领导的农民军在西北建立大顺，控制陕甘。河南地区和湖北北部均为大顺军所占有。
西南��一六二七年，崇祯帝即位时，彝族首领奢崇明、安邦彦等再次起兵反明。九月，明廷任朱燮元总督军务，移镇贵阳。次年，奢崇明自号大梁王，安邦彦称四裔大长老，合兵十余万，据有鸭池，进兵永宁。明云南、四川驻军与贵阳军分路出兵夹击。八月，击败彝兵，奢崇明、安邦彦败死。安位降明。
一六四四年（崇祯十七年）初，张献忠农民军攻入四川。四月，在忠州击败明军。六月，攻下涪州，占领重庆。八月，攻占成都。四川州县均为大西军所占有。
东南沿海��福建、广东、浙江沿海自天启时，即有“海寇”在海上活动，阻截商船，并在沿岸登陆。所谓海寇多是无告的民众，纠聚在海上依恃强劫谋生，发展成为职业。他们多来自福建，主要在广东海上往来，也有少数人北至浙江沿海。江西南部的山中，多有反抗的农民聚集。福建“海寇”登陆和他们保持联络。大股的“海寇”拥有大船，并有火器。明朝的兵船不敢接近，只能严守海门，防止登陆。
一六四四年初，当李自成在西安建制练兵，准备灭明时，明王朝已处在四面包围之中，失去了对全国的控制能力。只有作为经济基地的江浙东南地区，还为明室藩王所统治。
三、大顺推翻明朝
李自成领导的大顺军在西安建制练兵，经过月余的准备，崇祯十七年（一六四四年）正月开始攻取北京。李自成派遣刘宗敏、李过领兵入山西，山西明兵多次哗变，军力空虚。刘、李军顺利攻占山西西南部的三十多个州县，为大军出师开辟了道路。二月初，李自成亲率儿十万大军由韩城禹门渡黄河，入山西境，迅速占领太原。
大顺军在太原向山西、河南各地发出文告，揭露明朝：“公侯皆食肉纨绔，而倚为腹心；宦官悉龁糠犬豕，而借其耳目。狱囚累累，士无报礼之施；微敛重重，民有偕亡之恨。”（《怀陵流寇始终录》卷十七）并宣布农民军“五年不征，一民不杀”，“贵贱均田”（《罪惟录·李自成传》）。又派遣士兵扮作小商贩到各地揭露明朝恶政，宣传大顺农民军“不杀人、不爱财、不奸淫、不抢掠、乎买乎卖、蠲免钱粮，且将富家银钱分赈穷民。”（《明季北略》卷二十）山西人民纷纷支持大顺军。
大顺军兵分两路，攻取北京。李自成亲自统率主力军取道忻州、代州、大同、宣化，由北路经居庸关取北京。偏师由刘芳亮率领，东出固关，经真定（正定）、保定自南道北上进攻北京，与李自成会师。
李自成农民军到忻州，州民开门迎降。进至代州，明总兵周遇吉退守宁武关。农民军经过激战，擒斩周遇吉。大同总兵姜瓖、宣化总兵王承胤相继投降，巡抚朱之冯自杀。农民军经过阳和、柳沟，到达居庸关。居庸关守将总兵唐通、监军太监杜之秩开门迎降。
刘芳亮率领的偏师出固关后，真定知府邱茂华、游击谢素福出降，内阁大学士李建泰也在保定投降。三月十七日，南北两路大军先后到达北京城外，包围北京。
明朝守卫京城的三大营溃散。大顺军缴获明巨炮轰城。城内防守力量薄弱，士气不振。大顺军猛攻西直门、平则门（阜成门）、彰义门（广安门）等处。守城明军在城上避而不战，迁延时日。
十八日，农民军与城外的百姓填平壕沟，发动更加猛烈的进攻。明守军士兵拒不与农民军作战，只向城外放空炮，或挥手让农民军避开再行射击。
大顺军命令少年组成的“孩儿军”攻城。砍倒杨树作云梯，手持短刀爬城。守城明军狼狈奔逃，或脱下军服，丢弃武器投降。当时流传着这样的歌谣，“孩儿军师孩儿兵，孩儿攻战管教赢；只消出个孩儿阵，孩儿夺取北京城。”（《明季北略》卷二十三）
农民军首先攻下彰义门，占领外城，继续向内城发动猛攻。崇祯皇帝见末日来临，逼死皇后，亲手杀死几个嫔妃，砍伤自己的女儿，然后换上太监衣帽，企图与太监王承恩一同出逃。走到崇文门不能出城，又到朝阳门，声称太监奉命出城。城上守军疑为“奸细”，张弓下射。崇祯帝又走到安定门，也不得出去。只得返回宫中，换上皇帝袍服，敲钟召集百官议事。这时，官员们都已脱下官服，换上贫民服装四处躲藏，无一人再来上朝。崇祯帝见大势已去，同王承恩登上万岁山（煤山，即景山），在一棵槐树下自缢而死。（南明溢思宗，后改毅宗。清谥怀宗，后改庄烈帝）明朝自太祖即位，凡二百七十六年，至此宣告了它的灭亡。
三月十九日上午，大顺军攻开内城各城门。李自成命令大军整队入城，不得杀掠。刘宗敏首先率领大军从宣武门进入内城，队伍整齐，军纪肃然。老百姓张灯结彩，摆设香案，张贴“大顺永昌皇帝万岁！万万岁！”“永昌元年，顺天王万万岁！”等标语，热烈迎接农民军的到来。
李自成依然保持农民军的本色，头戴毡笠，身穿青布衣，骑着杂色黑马，在数百名骑兵护卫下，和大顺的官员们进入北京城，经承天门进驻皇宫。
大顺农民军攻占北京，推翻明朗，是巨大的胜利。在整个中国封建时代的农民战争史上，也是一个辉煌的成就。农民军自陕西进军，所到之处，明朝官员开城出降，取得胜利是迅速的。但是，大顺军顺利攻占北京，显然缺少取代明朝、建立全国统治的足够的政治准备和必要的军事部署。农民军继承自发起义的朴素传统，对内和对外都缺乏有效的措施，自身的弱点也很快地暴露了。
内部措施��李自成进驻北京后，随即采取了如下的一些措施：（一）废除亡明的政治制度，实行大顺的官制，六政府尚书分别管理政务。权将军刘宗敏统一节制文武官员。国中大事由李自成与刘宗敏、李过等议定。（二）限令明朝文武官员一概报名汇察。不愿仕者听其自便。愿仕者照前擢用。违抗不出者，处死。明朝兵部尚书候恂因与农民军作战失败被明朝下狱。大顺释放侯恂，任为尚书。四品以下官员任用者百余人。外任州县的五十余人。（三）礼政府开科考试举人，吏政府录用五十人，以安人心。（四）由刘宗敏、李过等主持向官员富户“追赃助饷”。明朗官员除彼录用者外，均交刘宗敏发落，勒令献出金银。勋戚大臣献银不足，即加拷掠追逼。被夹者多至数百人。明外戚周奎（周皇后之父）献银五十万两，仍被夹死。巨商大贾以至当铺、饭馆，均被搜掠。徽商被拷掠者多至千人。被捆绑追索的人，不绝于道，京城一片恐怖。
大顺军录用明朝官员、考试举人，多少起到争取敌人的作用。“追赃助饷”又抵销了这些作用。农民军起义时，怀着朴素的阶级仇恨，自发地夺取官员富户的财富，是可以理解的。李自成在行军过程中，提出“均田免粮”的口号，不征赋税以争取人民的支持，“追赃助饷”以济军用，也是行之有效的措施。但是，推翻明朝后继续发展这些措施，而不及时制定政策，显然不利于大顺政权的巩固。农民军无休止地追索钱财，也造成了军纪的败坏。李自成曾企图禁止，将士们对他说：“皇帝让你做，金银妇女还不止我们么！”据说，大顺军在北京追得助饷银七千万两。自将军至战士也各有私囊。《明季南略》卷五记载说：“腰缠多者千余金，少者亦不下三百、四百金，人人有富足还乡之心，无勇往赴战之气。”农民军进北京一月有余，竞相夺取私财，战斗力大为削弱了。
大顺又派出州县官员到占领区的畿内和河南、山东各州县任职，推行“均田免粮”和“追赃助饷”。据山东诸城的一个地主丁耀亢记载，大顺所行均田，即将地主霸占的农民田地，退还给农民。田产不论久近，农民认为祖产即可占有（《出劫纪略》）。另据《顺冶史书》记载，诸城和日照的地主，明副总兵厉宁在两县所有田产四十余顷，当大顺官员到来后，也为农民所占有。农民夺回地主占据的田地，是完全正当的措施。农民群众也由此得到实际利益。但各地拷掠官绅，“追赃助饷”的资财，则全为农民军所得。山东等地的地主不断举行反扑。德州地主贡生马元等借口农民军“征比饷银酷急”，纠结当地地主杀死大顺派遣的官员。附近四十余州县也相继杀逐大顺官员。临清明地方官得商人资助，募兵三千杀大顺防御使，占领临清、济宁。山东、河北以至河南的地主纷纷组织武装，与大顺军为敌。大顺所属各州县面对地主阶级的反攻，面临着艰巨的斗争任务。
外部形势��大顺军进驻北京时，已经占领了北起长城，南抵江淮，西至甘肃，东至山东沿海的广大地区。但在这个地区的周围，也还存在着与大顺并立和对立的几大势力。（一）张献忠的大西军占有四川，雄踞西南，构成农民起义军的又一支巨大的力量。但李自成与张献忠素不相容。大顺推翻明朝后，并没有去联合大西，壮大农民军以对付内外的敌人。（二）山海关是明清交界的要冲，明宁远总兵吴三桂在此镇守。李自成逮捕在北京的吴襄（三桂父），要他写信招三桂来降。并派降将唐通去与吴三桂联络。吴三桂行至滦州，听说家室被掳，愤而降清。并发布檄文，声讨李自成。（三）辽东的清国，正处在发展的时期，军力强盛，久已蓄谋灭明，占领中原。农民军占领北京后，清军正在准备入关。（四）江南地区仍为明室势力所统治。明总兵左良玉驻守武昌。总兵高杰及刘泽清驻守江淮下游。李自成以大顺国王名义招降左、高、刘等，不成。四月初一日，明南京兵部尚书史可法等官员，在南京誓告天地，议立新君，复辟明朝。
大顺军攻占北京后，取代明朗而处于四面受敌的被动地位。特别是北面的清国和江南的明室残余，构成了夹击大顺的严重形势。但大顺军的领导者们却没有足够的警惕，骄躁轻敌，甚至认为山海关是弹丸之地，“不足当京师一角，用脚尖踢倒耳”（《谀闻续笔》卷一）；江南地区，不需重兵，即可“传檄而下”（《平寇志》卷十）。北京城内的大顺礼政府正忙于筹备李自成做皇帝的登极大典，军士们则竞相“追赃”积财，准备还乡。大顺强敌压境，而军心涣散，失败不可免了。
第五节 清军对农民军的攻战与人民的抗清斗争
（一）清朝对农民军的镇压与明王朝的重建
一、顺治帝即位，清军攻占北京
李自成大顺军推翻明朝占领北京之前，清国确立了小皇帝福临（清世祖）的统治，政权操纵在贵族多尔衮等人的手里。
一六四三年（崇德八年）八月九日，皇太极病死。满洲贵族曾为争夺皇位而发生了争议。掌管两红旗的礼亲王代善推戴皇太极长子肃亲王豪格继帝位，得到掌管镶蓝旗的济尔哈朗的支持。原属皇太极统领的两黄旗的一些大臣，也坚持拥立皇太极之子。豪格因固山厄真谭泰、护军统领图赖、启心郎索尼等统率两黄旗的将领们依附睿亲王多尔衮而辞不受位。多尔衮拥有两白旗，实力最强。硕讬（代善子）、阿达礼（代善孙）和多尔衮的同母兄弟阿济格、多铎等拥戴多尔衮继帝位。多尔衮只获得部分贵族的支持，亦无力统御八旗。多尔衮提出立幼辅政的建策，说：“当立帝之第九（原误作三）子（福临），而年岁幼稚，八高（固）山军兵，吾与右真王（济尔哈朗）分掌其半，左右辅政。年长之后，当即归政。”（《沈阳状启》）这样，拥多尔衮派贵族控制了朝政实权，拥豪格派的贵族也因皇太极之子继位，得到部分权利。贵族之间取得妥协而结束了皇位之争。
一六四三年八月十四日，年仅六岁的福临（世祖）即位，改明年为顺治元年。经诸王贝勒公议，济尔哈朗与多尔衮辅理国政，誓告天地。
大清建国前后，就已把消灭明朝作为目标。一六三五年，汉臣张文衡曾向皇太极建策说，中原之地，唯有此时可取。因为明朝“文武大小官员，俱是钱买的。文的无谋，武的无勇。管军马者克军钱，造器械者减官钱。军马日不聊生，器械不堪实用。”（《天聪朝臣工奏议》卷下）明朝的腐朽，早已不堪一击。但满洲贵族奴隶主着意于掳掠人口和财富，清国的力量也还不足以取代明朝的统治。因而皇太极时，主要还是做逐步灭明的准备。顺治帝即位后，多尔衮与济尔哈朗随即发动了灭明的战争。当年九月，济尔哈朗率清军攻取中后所和前屯卫，斩明守将吴良弼和总兵官李辅明。驻守中前所的明总兵官黄色弃城逃走。宁远总兵吴三桂领兵拒守，清军不得前进。
清军分别招抚吴三桂和陕西李自成农民军，以便南下灭明。多尔衮命降清的供承畴和吴三桂的舅父祖大寿、兄吴三凤、表弟祖可法等写信劝吴三桂投降，被吴三桂拒绝。顺治元年（一六四四年）正月，又派迟起龙到陕西榆林向李自成农民军递送国书，说：“兹者致书，欲与诸公协谋同力，并取中原。倘混一区宇，富贵共之。”（《明末农民起义史料》页四五五《清帝致西据明地诸帅书稿》）。三月三日，迟起龙到达榆林，会见农民军将领，请求转呈李自成。李自成不予答复。
大顺军经由山西、河北向北京进军，明朝急令吴三桂放弃宁远，入卫京师。吴三桂率领军兵四万、丁口七八万人，撤离宁远。清国闻讯，即修整军器，储粮秣马，准备四月初乘机大举南侵。大学士范文程上书多尔衮说：“有明流寇踞于西土，水陆诸寇，环于南服，兵民煽乱于北陲，我师燮伐其东鄙。四面受敌，其君若臣，安能相保耶？”“盖明之劲敌，惟在我国，而流寇复蹂躏中原。正如秦失其鹿，楚汉逐之。我国虽与明争天下，实与流寇角也。”（《清世祖实录》卷四）
范文程提出争夺中原的主要敌手是大顺农民军。并且认为要战胜农民军，“当申严纪律，秋毫无犯”，“官仍其职，民复其业”，维护汉地原有的封建秩序。（《清世祖实录》卷四）三月十九日，李自成占领北京。四月初，清军“急聚兵马而行，男丁七十而下，十岁以上，无不从军。”（朝鲜《李朝仁祖实录》七）多尔衮亲自统率约占三分之二的满洲、蒙古八旗兵和降将孔有德、耿仲明、尚可喜、沈志祥（毛文龙部将，崇德三年降清）的汉军南下，范文程、洪承畴、祖大寿等同行。行至辽河，多尔衮向洪承畴微询进军策略。洪承畴上书说：“宜先遣官宣布王令，示以此行特扫除乱逆，期于灭贼”，“不屠人民，不焚庐舍，不掠财物。”建议清兵“出其不意，从蓟州、密云近京处疾行而前，贼走则即行追剿，傥仍坐踞京城以拒我，则伐之。”（《清世祖实录》卷四）多尔衮采纳洪承畴策，加速了进军日程。
吴三桂率领宁远军入卫明廷，三月二十日到达丰润。得知李自成进据北京，立即退驻山海关。李自成命吴襄写信招降，得吴三桂允诺。李自成遂派唐通带白银四万两犒师，调两万起义军去山海关接防。吴三桂带领兵民由永平来京，途中得知大顺拘禁了他的父母和爱妾陈圆圆，拷掠明朝大臣，又疑虑反悔，随即返回山海关，击败接防的农民军，举兵反大顺。
吴三桂举兵的消息传到北京，大顺诸将意见不一。牛金星说：“我新得京师，人心震叠，彼必不敢轻动。亟即真而颁爵赏，示激劝，偏师往击，未晚也。”（《谀闻续笔》卷一）刘宗敏、李过等将领也互相推诿，不愿率先出征。李自成以为“三桂与北兵（清军）久相仇杀，必不相救。”（《辛已丛编·吴三桂纪略》）他命令牛金星留守北京，四月十三日亲率大军六万，号称二十万，带着崇祯帝太子、永王、定王及吴襄等仓卒东征。宋献策劝阻说：“皇爷去，皇爷不利；三桂来，三桂不利”（《东明闻见录》），自成不从。吴三桂见大顺军来战，派副将杨坤、游击郭云龙向多尔衰请兵，镇压大顺农民军。
四月十五日，清军师次翁后，遇到吴三桂的请兵使者。多尔衮喜出望外，给吴三桂回信说，他要“沉舟破釜，誓不返旌，期必灭贼，出民水火。”（《清世祖实录》卷四）随即改变进军路线，日夜兼程向山海关进发。
二十一日，李自成农民军赶到山海关。当日即在石河西和山海关的外围城东罗、北翼，分三路围攻，与吴三桂军展开激战，吴军困苦难支。是日夜间，清军到达山海关外，吴三桂剃发降清。
二十二日，李自成从北山至海滨列一字长蛇阵。多尔衮命吴三桂军去打头阵。农民军伸展两翼围吴军数重，展开激战。中午时分，忽起大风。清英王阿济格、豫王多铎率军出战，自侧翼猛攻农民军。农民军阵势大乱。李自成立马高冈观看，顿足叹息说：“此必北兵也。三桂真挟北兵来耶！”（《烈皇小识》卷八）急策马先走，大顺军败溃。
李自成退至永平，斩吴襄。二十六日返回北京。二十九日，李自成在武英殿仓促举行典礼，宣布即皇帝位，接受文武官员朝贺。三十日，大顺军撤出北京，经真定入山西，向陕西转移。
多尔衮与吴三桂军自山海关南下。范文程向各地官员传檄宣布：“义师为尔复君父仇，非杀尔百姓，今所诛者唯闯贼。吏来归，复其位；民来归，复其业。帅行以律，必不汝害。”（《清史稿·范文程传》）清军下令“不许擅取为奴，不许跣剥衣服，不许拆毁屋舍，不许妄取民间器用，……犯此令者，杀一儆众。”（《沈馆录》卷七）清军南下途中，明永平、抚宁、昌黎、滦州、玉田、蓟州、丰润等地官员相继投降。多尔衮和吴三桂五月一日顺利到达通州。五月二日，多尔衮率清军由北京东城门朝阳门进入京城。多尔衮在明皇宫武英殿升座，明朝官员跪降。多尔衮在通州派吴三桂与谭泰部清军追击李自成，至真定受阻，五月二十二日返回北京。
清军从大顺农民军手里夺取了北京，随即发布文告，宣称农民军是明朝臣民“不共戴天的仇人”，清军是为明朝报君父之仇。并且陆续采取了一系列的措施，争取明朗降官和汉族地主的支持，以稳定其统治。
一、殡葬崇祯皇帝和皇后，官民带孝三天，追諡崇祯皇帝为怀宗端皇帝，墓号思陵，以示对亡明的尊重。
二、宣布“官来归者复其官”，降清的汉族文武官员，都升级任用。明朝革职官吏及山林隐逸（没有做官的失意士人），也一概录用。
三、实行科举考试。宣布会试（进士考试）定在辰、未、戌、丑年，乡试（举人考试）定在子、卯、午、酉年。凡是被黜革的举人，仍准会试。第二年闰六月，浙江总督张存仁说，“读书者有仕进之望，从逆（抗清）之心自 息。”（《清世祖实录》卷一八）行科举旨在招纳文人，消弭反抗。
四、宣布“民来归者复其业”，即恢复汉族地主的田产。第二年三月，又颂布了更为具体的命令：凡是农民在战争期间将地主霸占的土地夺回者（即“均田”），一律要退还给地主，否则以党“寇”（对农民起义军的蔑称）治罪（《清世祖实录》卷一五）。
五、宣布按照明朝会计簿（万历初年张居正所定的租税簿）租税额，征收地亩钱粮。正额之外，蠲免“三饷”等一切加派，以减轻土地所有者的负担。
六、宣布文官衣冠，暂用明制。原来，清军占领北京的当天，曾颁布过剃发令，引起汉族人民的反抗。五 月二十三日，宣布撤消剃发令，以缓和人民的反抗情绪。
清朝的这些政策，对争取汉族地主阶级的支持，取得一定的效果。顺天巡抚宋权对他的部下说：“我封疆臣，国亡无所属，复故主（崇祯皇帝）仇者，即吾主也。”（《碑传集》卷七）他投降清朝前后，捕杀和瓦解境内农民起义军数千人。山西巡抚李鉴、大同总兵姜瓖、背叛大顺降清的唐通，先后在各地袭击大顺农民军，投降清朝。明朝在籍官员，大学士谢陞（山东德州人）、吏部尚书田维嘉（河北饶阳人）、兵部侍郎谢启光（山东章邱人）、侍读孙之獬（山东淄川人）、给事中李鲁生（山东霑化人）等都在原籍组织地主武装，捕杀大顺地方官，镇压当地抗清义军，归降清朝。清军变掳掠为招降，汉族地主官员相继降清。农民军的抗清斗争更加困难了。
九月，清顺治帝自盛京到北京。十月初一日祭告天地，定都北京，建立起清朝的统治。加封多尔衮为叔父摄政王，济尔哈朗为辅政叔王，太祖十二子阿济格进封为英亲王，太祖十五子多铎为豫亲王。太宗长子豪格，因反对多尔衮，经固山厄真何洛会告发，曾被削去王爵。因在中原作战有功，又恢复肃亲王的爵位。
顺治帝建都北京后，全国各地仍然遍布着反抗清军的武装力量。李自成大顺军回到陕西，在准备反攻。明宗室福王在南京建号，准备恢复明朝的统治。张献忠领导的农民军在四川建立大西国，在西南地区得到发展。
清朝随即派出大兵由多铎和阿济格率领，去攻打大顺军和江南的福王。
二、大顺军反攻的失败
李自成率领大顺军自河北西出固关，到达山西平阳，整顿军马。部署大将陈永福守太原，康元勋守汾州，自领大兵进驻西安。不久，清兵入山西，陈水福被擒。李锦（即李过）败于大同，领兵入陕西，驻守绥德。李自成以陕西为基地，仍有兵数十万人，积极准备反攻。
大顺军自北京败退后，占领区内的地主豪绅纷纷组织武装，杀害大顺官员，乘机反扑。河南境内的洛阳、开封、南阳等地各有地主武装数十百起，多者数万人，少者千人。大顺将军李岩请求领兵去河南镇压。大学士牛金星密告李自成说，河南是李岩故乡，请领大兵，是要谋反。李自成听信谗言，斩李岩。大顺军制定政策，多出李岩之手。负有声威的孪岩无辜被杀，军中将士多怀不平。刘宗敏、宋献策怒骂牛金星擅杀大将，应该处死。大顺军败退后处于困境，文臣武将不能同心戮力，反而互相疑忌攻讦。李自成举兵反攻更加困难了。
一六四四年七月，李自成率领大顺军大举反攻清军，发布北伐文告，声称要打到辽东，消灭清朝。说：“从长安起马，三路行兵，指日前来，先恢剿宁武、代州、大同、宣府等处，后赴北京、山海，剿除辽左。至叛逆官兵，尽行平洗。顺我百姓，无得惊遁。”（《明清史料》甲编第一本）这年八月，山西的大顺军攻克井陉；陕北的大顺军，在李锦指挥下进攻府谷，直逼大同。十月，河南的大顺军渡河进攻怀庆。李自成率军在韩城居中策应。清宣大总督吴孳昌飞启告急说：“闯贼现在韩城，欲催兵渡河，复攻山西。”“流贼蔓延，已至绛州地方。”“伏望皇上轸念残疆，于平、蒲之间驻真满洲兵（八旗兵）三二千，以遏狂氛而固重地。”（《清代档案史料丛编》第六辑）
一六四四年冬天，清军发动钳形攻势。英王阿济格和吴三桂、尚可喜率兵经大同边外草地，向榆林、延安进攻；豫王多铎和孔有德、耿仲明率兵由河南怀庆进攻潼关。两路企图会师西安，围歼大顺军于关中。十二月，多铎由孟津渡河，经过洛阳，二十二日到潼关城外立营，大顺军立即将清军的前锋营三千人包围。李自成亲自赶到潼关指挥作战，依山列阵，在城外挖濠树栅，防备清兵的冲击。次年正月初四日，刘芳亮领兵攻击清营，五六两日连夜劫营。十一日，清军用炮轰击潼关，大顺军的骑兵横冲敌军，又包抄敌人后路，屡次获得胜利。这时，阿济格带兵从保德州结筏渡河，突破大顺军的北部防线，败李锦军，经过绥德、延安，进逼西安。大顺军处于腹背受敌的局面，李自成率大顺军由蓝田，出武关，向湖广转移。清军十三日进潼关，十八 日到西安，李自成已于五天前撤走了。
李自成领兵出武关，进驻襄阳。阿济格、吴三桂率领清军追击。农民军在邓州、承天、德安等地迎战，不胜。撤出襄阳。牛金星降清。四月间，明左良玉部自武昌东下。李自成率大军乘虚进驻武昌城。各部将领在武昌聚集，仍有兵三十万人。清兵追来，大顺军又弃武昌南下，在富池口战败，刘宗敏被俘牺牲，宋献策俘后降清。五月，李自成率轻骑二十余人，登上通山县九宫山察看地形，遭到地主武装（乡兵）的突然袭击。李自成被害牺牲，年四十岁。大顺军丧失领袖，各部分散活动。郝摇旗、田见秀、袁宗第等部在湖南。李自成侄李锦与自成妻弟高一功率部在荆州继续抗清。
李自成自一六三○年投身起义军，坚持战斗了十五年。作为农民领袖，他先后率领近百万的起义群众，向着地主阶级和明王朝的统治展开殊死的搏斗，占领了陕西、河南等地广大地区，并终于推翻了腐朽的明王朝，取得巨大的胜利，在中国历史上写下了光辉的篇章。李自成本人始终保持起义农民的本色，身先士卒，不慕荣利。进驻北京时，仍然布衣毡笠，跨马入城，而不象黄巢入长安那样乘舆衣锦，在农民领袖中也是罕见而难能可贵的。但是，李自成领导的农民军长期处于自发斗争的状态，只满足于免赋和“均田”（夺取田地）而缺少必要的斗争纲领和有效的政治措施。随着农民战争的胜利，农民军的许多严重的弱点逐渐暴露，显示出勇于作战的领导者们缺乏远见和政治才能。面对着明清两国和满汉两族统治阶级的进攻，农民战争终于遭到镇压而失败。农民起义推翻明朝的成果，被满洲贵族所篡夺。广大农民依然处在封建地主阶级的压迫之下。历史再一次证明，没有先进阶级的领导，农民阶级即使发动了象李自成起义这样规模巨大的农民战争，要取得本阶级的胜利和解放，也是不可能的。
三、福王复明的失败
大顺军进北京推翻明朝后，明朝陪都南京的文武大臣议立新君，图谋复明。兵部尚书史可法、兵部侍郎吕大器、左都御史张慎言、詹士姜曰广等主张拥立潞王常淓；凤阳总督马士英结纳靖南伯黄得功及高杰、刘泽清、刘良佐等将领主张拥立福王由崧。两王这时均在淮安。马士英发兵护送福王到仪征。一六四四年五月初二日，胁迫诸臣拥立福王在南京监国。五月十五日，福王在南京称帝，定明年为弘光元年。史可法、高宏图、姜曰广、马士英、王铎并为大学士。十九日，史可法到扬州督师，马士英主持内阁。福王集团有兵五十万人，控制着淮河下游以及长江以南的广大地区。
福王集团把大顺军看作是他们的主要敌人，声称要“讨贼复仇”。六月间，得知清军已占领北京，便派遣兵部侍郎左懋第、左都督陈洪范、太仆寺卿马绍愉去北京通使致谢，并“相约杀贼”。内阁议定与清朝谈判的原则是：（一）不屈膝辱命，要保持天朝体统；（二）山海关外土地割让给清朝；（三）每年赠给清朝岁币银十万两。
七月间，使臣左懋第等出发，携带金一万两、银十万两、绸缎一万匹作为酬谢清朝“破贼”的礼品；还带有晋封吴三桂为蓟国公的敕书和赏赐吴三桂的银币。
清朝的回答是，协同“讨贼”是可以的，重建明朝是不允许的。十月十四日，清大学士刚林接见左懋第等，指责说：“我国发兵为你们破贼报仇，江南不发一兵。突立皇帝，这是何说？”左懋第辩解说：当今皇帝乃神宗嫡孙，臣民拥戴，应承大统。现在“整练兵马，正欲北来剿贼。传闻贵国已发兵逐贼，以故不便前来，恐疑与贵国为敌。特令我等来谢，相约杀贼耳。”刚林说，“毋多言。我们已发大兵下江南。”使臣要祭告陵寝，也被阻止（《北使纪略》）。十一月，清朝扣留了持节不展的左懋第（次年闰六月被杀）和马绍愉，放回了暗地投降的陈洪范。清朝进攻江南的意图已十分清楚。史可法向福王上奏说：清朝是那么强，我们是这样弱。清行仁政（指替明朝报仇），我们渐失人心。臣恐恢复无期，就是偏安也未必能办到（见《明季南略》卷七）。
福王政权被马士英等揽权行私、贪财好货的人所把持。福王深居宫中，天天以演杂剧、饮醇酒、淫幼女为乐。他命令大学士王铎书写楹联：“万事不如杯在手，一年几见月当头”（《小腆纪年》卷八）。国破家亡， 原则是：（一）不屈膝辱命，要保持天朝体统；（二）山海关外土地割让给清朝；（三）每年赠给清朝岁币银十万两。
七月间，使臣左懋第等出发，携带金一万两、银十万两、绸缎一万匹作为酬谢清朝“破贼”的礼品；还带有晋封吴三桂为蓟国公的敕书和赏赐吴三桂的银币。
清朝的回答是，协同“讨贼”是可以的，重建明朝是不允许的。十月十四日，清大学士刚林接见左懋第等，指责说：“我国发兵为你们破贼报仇，江南不发一兵。突立皇帝，这是何说？”左懋第辩解说：当今皇帝乃神宗嫡孙，臣民拥戴，应承大统。现在“整练兵马，正欲北来剿贼。传闻贵国已发兵逐贼，以故不便前来，恐疑与贵国为敌。特令我等来谢，相约杀贼耳。”刚林说：“毋多言。我们已发大兵下江南。”使臣要祭告陵寝，也被阻止（《北使纪略》）。十一月，清朝扣留了持节不屈的左懋第（次年闰六月被杀）和马绍愉，放回了暗地投降的陈洪范。清朝进攻江南的意图已十分清楚。史可法向福王上奏说：清朝是那么强，我们是这样弱。清行仁政（指替明朝报仇），我们渐失人心。臣恐恢复无期，就是偏安也未必能办到（见《明季南略》卷七）。
福王政权被马士英等揽权行私、贪财好货的人所把持。福王深居官中，天天以演杂剧、饮醇酒、淫幼女为乐。他命令大学士王铎书写楹联：“万事不如杯在手，一年几见月当头”（《小腆纪年》卷八）。国破家亡，攻占。马士英急调江北各镇抵御左军，而不对清兵设防。四月初，清多铎攻占归德，淮南告急。史可法奏告说：左良玉并不敢与朝廷为难，清兵一来，国必灭亡。福王也对马士英说：“良玉虽不该进逼南京，我看他的奏章，原不曾反叛。如今还该守淮南。”马士英大声反对，说：“这都是左良玉死党的谬论，不可听信。我已派黄得功、刘良佐渡江了。宁可君臣死于清兵，也不可死于左良玉之手。谁敢说守备淮扬，斩首不赦”（《明季南略》卷八）。
这时，清军别部由固山厄真准塔率领，从山东进攻徐州，史可法部将总兵李成栋败降。又攻淮安，刘泽清兵败，降清。通州、泰州等地均为清军所占有。四月初五日，多铎军从归德进攻泗州，渡淮。十八日，到达扬州城下。
驻守扬州的史可法，这时被福王调离，去抗御左良玉军。史可法行至浦口，闻清军来攻，急速返回扬州，调令各镇来援。各镇均不听命。只有总兵刘肇基率兵二万，同扬州官民防守城池。十九日清军攻城，史可法领导军民抵抗七昼夜。刘肇基领兵巷战。二十五日城破，无一人投降。清兵在城中杀掠十日，繁华的扬州，被焚毁殆尽。史可法在巷战时被俘。多铎向他劝降，说：“前次写信诣见，先生不从。现在先生对旧朝忠义已成，当负重任替我大清收抬江南。”史可法严词拒绝，说我此来只求一死。三日后被杀。
五月初九日，清军渡江。十五日到达南京，马士英逃往浙江，福王出奔芜湖，大学士王铎、尚书钱谦益等投降，跪迎多铎进城。沿途降清的将官有二十三人，马步兵二十三万八千人。多铎派兵进攻芜湖，黄得功战死。五月二十二日，总兵田雄、马得功献出福王和王妃降清。福王被押解到北京，次年被清朝处死。福王集团完全失败了。
左良玉在四月间行至九江病死。五月，子梦庚在九江率马步兵十三万降清。
马士英率兵士四百人，拥宗室潞王常淓等至杭州。阮大铖等人继至。多铎命贝勒博洛领乓追击。闰六月，清军占领杭州。潞王降清，马士英、阮大铖等逃走。
（二）各地人民与南明宗室的抗清斗争
以顺治帝和多尔衮等为首的满洲贵族篡夺了李自成农民起义的果实，并击败了明室福王的复辟企图，占领了长江中下游广大的地区。但各地人民反抗清朝的斗争仍在继续发展。江南地区江阴、嘉定等地的人民掀起壮烈的斗争。福王败后，明室官员先后拥立鲁王、唐王、桂王等宗王，在两广、福建地区，举起抗清复明的旗帜，史称南明。李自成死后，各地的大顺农民军分别在李锦、高一功、郝摇旗等将领率领下，抵抗清军，进而投附到南明的旗帜之下。张献忠领导的大西军在四川建立大西国，进而占领了云南、贵州，也联合南明抗清。斗争形势的变化是：原来反明的农民起义军转而拥明抗清；原来企图联合清军镇压起义军的明王室转而联合农民起义军，抵抗清军。战争延续了十余年之久。斗争的结果是：清军先后消灭了起义农民和南明王室这两大敌人，在人民的血泊中，建立起清朝的统治。
下面，分别叙述各地抗清斗争的发展及其失败。
一、江阴、嘉定人民的抗清斗争
一六四五年六月，清军消灭福王集团后，降臣赵之龙、钱谦益等向多铎建策说：“吴下民风柔弱，飞檄可定，无烦用兵。”（《嘉定屠城纪略》）他们的门客并奉命去苏州招降。清朝将南京改为江南省，应天府改为江宁府。阿济格在收降左梦庚等后即班师回京，多铎也在六月班师。七月，清朝命贝勒勒克德浑为平南大将军，与固山厄真叶臣去江南代多铎。
这年六月，清朝重颁剃发之令，引起了江南人民的反抗。明朝汉人男子都蓄长发梳髻。满族的传统是男子将顶发的四周剃去寸余，中间长发分三绺编成一条长辫，垂于脑后。除父母丧和国丧百日内外，四周边缘的头发必须时时剃除，不许养长，叫做“薙（剃）发”。金国和清国在辽东时期，按照氏族部落的习惯，收降汉人如同收养氏族成员。因此汉人降清的臣民，均须剃发，改为满族发式，以示降顺。剃发或不剃发，于是成为投降或不投降的一个政治标志，规定“有不薙发者，察出处死。”（《清太宗实录》卷六）满洲贵族强迫汉人遵从满族风俗作为建立统治的象征，明朝官员和汉族民众则把不剃发视为保持民族传统的大义所在。围绕剃发与不剃发，展开了激烈的斗争。
清军入关后，满洲贵族曾把剃发制度推行到关内。清军和吴三桂联军在山海关战败李自成的当天，多尔衮即令山海关城内军民剃发。到北京后，又命令：“投诚官吏军民，皆著薙发，衣冠悉遵本朝制度”，并向近京各州县发布文告说，“檄文到日，薙发归顺者，地方官各升一级”，“有虽称归顺而不薙者，是有狐疑观望之意，……显属抗拒。”（《清世祖实录》卷五）这一命令，遭到汉族人民的强烈反对，一时间人情汹汹，有的伺机外逃，有的酝酿聚众起义。清廷不得不下令“自兹以后，天下臣民照旧束发。”（《清世祖实录》卷五）降清的地方只需呈献户口、兵丁、钱粮册籍，官民不必剃发。剃发令的暂时停止，缓和了满汉民族间的矛盾。清朝消灭福王集团，占领南京后，以为天下大局已定，又恢复实行剃发。
一六四五年（顺治二年）六月五日，清廷遣官到南京往谕多铎，命令江南降顺官员、军民全部剃发，倘有不从，军法从事。十五日，多尔衮又向全国发布命令说：“向来薙之制，不即令画一，姑听自便者，欲俟天下大定，始行此制耳。今中外一家，君犹父也，民犹子也。父子一体，岂可违异！若不画一，终属二心。”规定自布告之日起，京城内外限十日，直隶各省自部文到日亦限十日，全体官民，“尽令薙，遵依者为我国之民，迟疑者同逆命之寇，必置重罪。若规避惜发，巧辞争辩，决不轻贷。”又规定“其衣帽装束，许从容更易，悉从本朝制度，不得违异。”二十八日，又传令江南、江北未定地方从速归顺，下诏说“仍立与限期，近者一月，远者三月，各取薙投顺遵依文册汇奏。”（《清世祖实录》卷十七）从此以后，剃发成为不可稍缓的法令，而且越来越严。有的地方限三日剃完，有的则关起城门，强令一日全剃。剃发不如式或剪而不剃者，罪至论死。在苛法滥刑的威逼下，江南各地人民纷纷起来反抗，江阴、嘉定两城人民的斗争尤为壮烈。
江阴人民的斗争一六四五年六月二十八日，降清的江阴知县方亨强制推行剃发令。次日，江阴居民要求留发，遭到拒绝。群众当场指斥他说：“你是明朝进士，头戴纱帽，身穿圆领，来做清朝知县，羞也不羞？丑也不丑？”（赵曦明《江上孤忠录》）闰六月初一日，城北青年在季世美、季从孝、王试、何常、何泰等率领下，持械鸣锣进入城中。在县衙门前后，放枪呐喊，四门有一万多人响应。揪出方亨，扯破他的冠服。方亨诡称备文详请免剃，骗过民众。清军在各处宣称“留头不留发，留发不留头。”秀才许用等百余人在文庙集合，提出“头可断，发决不可薙（《江上孤忠录》）的口号。四乡人民闻风响应，参加反剃发斗争的群众达数十万人之多，虽三尺童子，也誓死战斗到底。群众推举典史陈明遇为城主，部署城乡防务。
七月初五日，清朝常州知府派兵三百，偷袭江阴，在路上就被反清的农民消灭了。清朝又派马步兵千人，并调来舟师配合进攻江阴。初七日，季世美率领“冲锋营”，在虞门外迎击，清军受阻，不得前进。初八日，双桥农民歼灭了舟师，沉重地打击了清军。
清朝继续增调军兵攻城。七月初九日，陈明遇邀请前典史阎应元进城，领导抗清斗争，整顿队伍，加强城防。四乡农民听到消息后，带着武器、粮食进城，参加守卫。城内居民，争先供应各种军用物资。徽州商人陈壁先后捐银十七万五千两，并自告奋勇，到洞庭、徽州等地去请援兵。在阎应元的领导下，江阴各界人民团结抗清，增强了战斗力量。
七月初，守城战斗已经非常激烈。清军在降将刘良佐率领下攻城，在炮火的掩护下，架云梯爬城。守城战士用长矛大刀，砍杀登城敌人，并投掷砖石、火罐，发射毒箭，打击城下敌人。清兵惊慌失措，说：“我们从北京打到南京，未遇劲敌，想不到江阴这块弹丸大的地方，竟有这么大的力量！”清军屡次攻城不能取胜，便由刘良佐出面劝降。阎应元坚定地回答他说：“有降将军，无降典吏。”（《江上孤忠录》）城上火箭齐发，刘良佐狼狈逃命。当时，清军已经攻陷松江、昆山等地，就调集兵力围攻江阴。江阴人民守城三个月，八月二十日城破，居民继续展开激烈的巷战。陈明遇战死，阎应元受伤被俘，英勇牺牲，全城无一人投降。清军在城中屠杀数日，江阴城被破坏无余。
据说，清军此次攻城，兵力共用二十四万人，战死七万五千多人。当地还传说，江阴人民打死了清朝三王十八将。这虽与史实不符，但反映了人民群众对江阴抗清英雄们的赞颂。
嘉定人民的斗争清朝的剃发令传到嘉定。闰六月十三日，嘉定各村人民组织起来进行反抗。王家庄有兵七百人，石冈兵一千人，南翔兵二千人，罗店、葛隆乒各千人，外冈、娄塘兵更以善战闻名。十四日，向驻在东关的清军（李成栋驻吴淞，部下梁得胜于初八日驻此）发动进攻，击毙八十四人，焚毁船只四十多艘，清军残兵败将狼狈逃窜。这时，太仓士绅已经率先剃发，四乡农民起而反对，封锁了城乡交通，使各地清军失去联系。十五日，李成栋派骑乒四十多人，向太仓告急，路经罗店被农民包围。突围后又在时家坟遭到袭击，掉头后退，被罗店、月桥农民截击，大部分伤亡，只有少数人逃归吴淞。嘉定人民又在罗店、北关、娄塘与清军进行了三次大规模的战斗。娄塘战役，参加战斗的人民在砖桥会师，多达十万人。
闰六月十六日，嘉定人民推举进士黄淳耀、前通政使司左通政侯峒曾主持城防，集众公议，划地分守，城楼上悬挂起“嘉定恢剿义师”的大旗。七月初三日，清军猛烈攻城，用重炮轰击。城墙坍塌，城内人民用木料堵塞，守城军士伤亡，就立即补充。初四日五更大雨，城上军士已露立三昼夜，两眼肿烂，遍体淋湿，饮食断绝，身疲力尽，昏晕难以支持。清军乘机登城，拥进城内，侯峒曾仍在城楼上指挥战斗，声色不变。二子在旁问道：“事急了，怎么办？”峒曾回答说：“死就是了，有什么说的！”（《嘉定屠城纪略》）随后，投河自尽。黄淳耀也自缢于僧舍。军士无一人投降。
清军攻进嘉定城，大肆屠杀，掳夺财物。李成栋用三百只大船运走了他掠夺的金帛子女。但是，清军的残暴行为，吓不倒英雄的嘉定人民。二十天后，江东人朱瑛自称游击将军，带兵五十人回到城里，会同市民赶走了从太仓来的清兵。李成栋赶忙派万国昌领兵到葛隆，驻守织女庙。葛隆、外冈、马隆等地人民，重新集结，捕杀剃发的人。二十四日，葛隆、外冈人民联合出击，奋勇杀敌，赶走了屯驻在织女庙的清军。二十六日黎明，清军乘人民武装力量尚未集合时，偷袭葛隆镇、外冈镇。二十七日，清军攻进嘉定，再次屠城。八月十六日，明把总吴之蕃起兵江东，反攻嘉定，失败，嘉定又遭到第三次大屠杀。嘉定人民先后有十几万人参加武装抗清斗争，前仆后继，不屈不挠，牺牲两万人。被人们称为“嘉定三屠”的历史事件，不仅表示了清军的暴行，也表示了广大人民不甘屈服的战斗传统。
江南地区人民抗清斗争此伏彼起。一六四五年六月剃发令下，生员陆世钥毁家充饷，募集二千余人在太湖起乒抗清。清军占领吴江，县丞朱国佐投降。诸生吴鉴直入县署骂国佐，国佐执送苏州府。知府逼吴鉴招出党援，吴鉴大声说：“孔子、孟子、张睢阳、颜平原皆是也。何问为？”（《南疆逸史》卷三十六）遂被杀。明职方主事吴易率众杀朱国佐，与举人孙兆奎等聚千余人在长白荡举起抗清义旗。随后，吴易与陆世钥、明松江提督吴志葵合兵进攻苏州。时在苏州的清侍郎李延龄、巡抚土国宝指挥清军反攻，吴易等败绩。明中书舍人卢象观（象昇弟）拥宗室朱盛沥起兵，率军攻打南京，战败，进入太湖坚持斗争。
闰六月，清兵破池州。明御史金声与诸生江天一集义勇起兵绩溪，郎中尹民兴与生员赵初浣坚守泾县，阻挡清军向前推进。贡生吴应箕题壁曰，“韩亡子房奋，秦帝鲁连耻”（《明季南略》卷九），奉宗室朱盛浓起兵，收复被清军占领的建德、东流。
这些抗清斗争虽然不久失败，但延缓了清军的进攻日程，使浙东、福建的明朝官员得以重建南明，组织抗清力量。
二、南明的再建与农民军抗清斗争
清朝占领南京和杭州后，浙东和福建的明朝官员又拥立明宗室鲁王和唐王，建立政权抗清。大顺诸军也相继南下，并与南明相结合。张献忠在四川率领的大西军，也树起了反清的旗帜。一六四五年十一月，清廷命洪承畴驻防江宁（南京）。代多铎领兵的勒克德浑与叶臣进军湖广，追击大顺军。又命何洛会为定西大将军，进兵四川，去攻打张献忠部。一六四五年秋至一六四六年秋季约一年多的时间，各地人民与清军展开了又一个回合的搏斗。
浙东鲁王 一六四五年五月，福王败亡。明兵部尚书张国维在东阳起兵，吏科给事中熊汝霖在余姚起兵，刑部员外郎钱肃乐与举人张煌言等在鄞县起兵，纷纷组织义军，据地抗清。六月，共同迎立在台州的鲁王以海至绍兴，建立临时政权，号为监国，不立年号。定海总兵王之仁率领的官军成为鲁王政权的主力军，与浙东义师多次抵抗清兵，获胜。南京陷后，总兵方国安逃跑，也自浙西来会。闰六月，福州唐王幸键建号称帝，向鲁王颁诏。张国维、熊汝霖主张两王军都是抗清义兵，倘若奉诏，即不能以鲁王名义号令军兵。钱肃乐以为大敌当前，不可互相对立，应称皇太侄报命。诸臣因而不和。方、王率领的官兵取得地丁正饷，各地义兵只能由富户捐输义饷。方国安甚至并取义饷。各军因争饷也彼此不和。马士英、阮大铖等逃依方国安，求附鲁王。鲁王拒不接见。一六四六年三月，清兵入钱塘，张国维与王之仁抗清获胜。进而领兵攻打杭州，不胜，回师。五月，清将博洛遣图赖等来攻方国安营，方国安与马、阮等劫持鲁王逃跑。鲁王中途脱身入海，由石浦守将张名振扈从去舟山。张国维退守东阳，败死。清兵占领绍兴。王之仁兵败，至南京，大骂洪承畴后就义。方国安与马、阮等降清，被清朝处死（一说阮大铖自杀后被戮尸）。鲁王至舟山，守将不纳，转到中左所（厦门）。由总兵官郑芝龙的从子郑彩送入长垣，仍保持监国的空衔。鲁王政权抗清复国的企图失败了。
福州唐王一六四五年闰六月，原镇江总兵郑鸿逵、泉州总兵官郑芝龙、礼部尚书黄道周、福建巡抚张肯堂等，拥立唐王聿键在福州即皇帝位，建元隆武，称福州为天兴府。唐王曾经赞赏江阴人民的抗清斗争说：“我家（明宗室）子孙，遇到江阴的三尺童子，也要尊敬”。慨然以“复仇雪耻”为务。但是，控制唐王政权的郑芝龙，原是泉州海盗，接受明朝招抚，有兵二十余万，垄断海上贸易。他总揽军政大权，搜括财物，田园遍布闽广两省，又增置庄仓五百余处。郑芝龙只求保存财产禄位，并不想奋力抗清。唐王和大臣的出师抗清之议，都被他阻挠。
九月间，大学士黄道周亲率门生亲故百余人出师北伐，郑芝龙不派兵、不供饷，只有唐王空札数百道，用以招兵筹饷。沿途农民携带锄头、扁担参军，被称为“扁担兵”。出杉关时，已有万余人。到广信以后，获悉徽州失守，分道出兵，伤亡很大。十二月，在婺源被清总兵张天禄俘虏，解送江宁（南京）。洪承畴亲自来见，黄道周大呼道：“洪承畴早在松山战死了，先帝（崇祯）曾哭祭过，哪还能活着！这是无耻小人冒名顶替吧！”他拒绝了清朝的诱降，于次年三月在江宁被杀。
唐王政权由于得到大顺农民军的支持，而展开了抗清的斗争。
一六四五年夏季，李自成牺牲前后，大顺军各部分别向湖北的大江南北集结。李锦屯兵西山（湖北巴东一带），准备大举进攻清军。高一功率领部队由夔府来与李锦合营，攻克荆门、当阳等地。七月，农民军万人围攻荆州。大顺军田见秀、刘芳亮、吴汝义、袁宗第、刘体纯、郝摇旗、张鼐、党守素、蔺养成、王进才、牛万财等部，从四月间即陆续向大江以南转移。李自成牺牲后，他们“结盟同心”，准备与李锦合营。清朝官员报告说，他们在岳州湖上，“又以不薙头为名，号召叛党，聚集亡命”（《明清史料》丙编第六本）。清朝多次招降，都被农民军拒绝。
唐王政权建立后，各部农民军分别与南明湖广总督何腾蛟和巡抚堵胤锡联络，共抗清军。刘体纯、郝摇旗率兵至湘阴，何腾蛟派部将万大鹏单骑前来洽谈。堵胤锡在常德也与李锦、高一功进行联络，愿与农民军“同心协力，以建立功业”。何腾蛟等向唐王报告，唐王大喜，命何腾蛟督师湖广，堵胤锡总制李锦、高一功军。李锦赐名赤心，高一功赐名必正，晋封侯爵，佩龙虎将军印。李自成妻高氏（在高一功军中）封为贞义夫人，李锦部赐名忠贞营。农民军投依南明抗清，不再用大顺国号，但李锦的书疏，犹称李自成为先帝，高氏为太后，以示尊崇。何腾蛟整编李锦、郝摇旗（永忠）、袁宗第、王进才（以上是农民起义军）、黄朝宣、张先壁、刘承胤、董英（何腾蛟旧部）、曹志建（故巡抚刘熙祚旧部）、马进忠、马士秀、王允成、卢鼎（左良玉旧部）等部为十三镇，组成十余万人的强大抗清队伍。
一六四五年冬，南明军向湖北清军发起攻势。明军各部仍驻守自己的防地，何腾蛟率领郝摇旗、王进才留在长沙；堵胤锡驻常德，分治湖南；李锦屯兵公安附近地区，加强对荆州进攻的力量；刘体纯、袁宗第向清军发动新的进攻。他们在江陵以西渡江，攻彝陵，过荆门，进军郧西。沿途人民纷纷响应，声势很大。驻防湖北的清军，惶恐不安，内部动摇。十一月十五日，刘体纯、袁宗第进攻襄阳、承天，攻破城池。次年正月，进攻邓州。二月，清将王斌在房县老寨起兵反清复明。刘体纯、袁宗第率领的农民军，影响遍及南阳、兴安、汉中等地。
清廷在一六四五年十一月，调遣贝勒勒克德浑、固山厄真叶臣，到湖北武昌进攻李锦农民军。李锦部围攻荆州清军达半年之久。一六四六年二月，兵败解围。田见秀、张鼐、李友、吴汝义等在彝陵降清。三月，平西将军何洛会在山阳、商州与农民军两次激战，不能阻止农民军的发展。何腾蛟率郝摇旗、张先壁等进攻岳州、藤溪、湘阴，准备分兵收复武昌和江西的吉安。并请唐王亲自赴赣州，力取江西。
一六四六年六月，鲁王政权败灭。七月，清军博洛部占领金华、衢州，分兵两路进攻福建。这时，郑芝龙已暗中投降清朝，写信密告洪承畴说：“遇官兵撤官兵，遇水师撤水师，倾心贵朝非一日也。”（《小腆纪年》卷十二）清军经仙霞岭、分水关，郑芝龙撤去守兵，清军长驱直入。唐王自延平出发，去赣州督战。八月行至汀州，被清军追及杀死。赣州被攻破，泉州、福州也全被清博洛军占领，郑芝龙率官兵投降。清朝在福建建立军政机构，博洛迫今郑芝龙等携带家口进京，断绝他和福建的联系。
唐王聿键死后，弟聿浮海逃往广州。十一月朔日，原大学士苏观生等拥立聿称帝，年号绍武。十二月十五日，清兵由降将李成楝率领攻陷广州。苏观生自杀，聿被俘，绝食死。称帝仅四十五日。
四川大西张献忠率领大西军数十万人于一六四四年初进入四川夔州，沿江而上，占领万县。由于河水暴涨，在此停留约三个月之久。李自成攻下北京推翻明朝后，张献忠闻讯，即向重庆进军。在涪州击败明驻军曾英部，明四川巡抚陈士奇在重庆四十里外的铜锣峡抵抗。大西军击溃明军，占领重庆。八月，攻占成都，进驻明蜀王府。派遣大西军将领孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇等分取四川州县。十一月十六日，张献忠在成都称皇帝，国号大西，年号大顺，以成都为西京。颁行《通天历》，铸“大顺通宝”钱行用。
大西国设左、右丞相、六部，分理政务，开科取士，委派地方官员。又整顿军兵，编为一百二十营。孙可望为平东将军，领十九营；李定国为安西将军，领十六营；刘文秀为抚南将军，领十五营；艾能奇为定北将军，领二十营。四将军所属兵营是大西军对外作战的主力。四人拜张献忠为义父，均改姓张。张献忠亲自统领老营军兵，称为御营。另设宿卫兵驻防。军兵制定《禁约》，严明军纪，禁止扰害地方。大西国缉拿明宗室和逃匿官员，拘押乡绅大户，追罚饷银。四川各州县地主豪绅或杀害大西官员，或组织武装反扑。大西国严厉镇压了反抗的地主、官员，巩固了对四川的统治。
清朝攻占北京后，即出兵追击李自成军和攻打南京的福王。一六四五年夏，福王政权灭亡。十月，清朝向大西骁骑营禁约碑拓本大西颁诏招抚，说：“张献忠如审识天时，率众来归，自当优加擢叙，世世子孙，永享富贵。”（《清世祖实录》卷二十一）张献忠置之不理。十一月，清廷派何洛会领兵进攻四川。顺治三年（一六四六年）正月，又命肃亲王豪格为靖远大将军，领兵向四川进军。何洛会部中途与归附唐王的农民军作战。豪格军三月到达西安，五月攻占汉中。
大西国面临着清军的严重威胁。九月间，张献忠决策，命四将军各领兵十万人，自成都北上迎敌。十一月，大西叛将刘进忠，自汉中引清兵入四川，偷袭大西军。张献忠在西充凤凰山，突遇敌兵，中箭牺牲。
孙可望等四将军急领兵由顺庆南下，经重庆败明曾英军，斩曾英。渡江南下，至綦江。次年正月，进军遵义。三月，占领贵阳。四将军以孙可望为首，向云南发展。
三、广西、云贵和福建地区的反清斗争
一六四五年夏，李自成被害死，南明福王败亡，清朝赢得了第一个回合的胜利，攻占了陕西和江浙。一六四六年冬，张献忠战死，南明唐王败亡，清朝又赢得了第二个回合的胜利，攻占了四川和福建的部分地区。一六四七年在广西重建的南明桂王政权率领投依南明的原大顺军，向清朝展开了大规模的反攻。
南明的反清斗争一六四六年八月唐王死后，十月，两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜以及王化澄、马吉祥、吕大器等人，在肇庆拥立桂王朱由榔监国，一个月后即位称帝，建元永历。清李成栋军在十二月攻入广州，次年正月，李成栋攻占肇庆，向桂林进军。桂王自肇庆逃出，经过桂林，逃到武冈，急调湖南的何腾蛟率乒援救桂林。何腾蛟奉桂王诏，由长沙撤退，领兵至衡州。三月，进攻桂林的李成栋军被瞿式耜打退。清平南大将军孔有德等领兵，由岳州攻克长沙、湘潭，进军衡州。六月，何腾蛟在衡州调遣诸将抵御，只有郝摇旗、王进才率乒赶到，被清兵战败。几个月中，清军攻占了衡州、宝庆、武冈、靖州等广大地区。桂王由武冈逃往柳州、象州，然后返回桂林。十一月，清军进攻全州。何腾蛟重新整顿队伍，统率郝摇旗、焦琏、赵印选、胡一青、卢鼎诸部，连营三百里，分道出击，大败清军。一六四八年二月，清兵攻破全州，三月，向桂林进兵，被何腾蛟、瞿式耜打退。这时，清朝将领孪成栋因不满满洲贵族的凌辱，在广东叛清归降南明。清江西总兵官金声桓也在二月叛清附明。湖南清军兵力空虚。五月，何腾蛟督师收复全州。何腾蛟、堵胤锡随即在湖广境内，对清军发动了进攻。九月，何腾蛟亲自督率张先壁、胡一青、焦琏，收复永州、衡州。王进才收复宝庆。十月，马进忠收复常德。堵胤锡令李锦从夔州东下，在湘潭打败清将线国安，收复湘潭、益阳、湘乡、衡山等县，进围长沙。何腾蛟与堵胤锡等议定，何腾蛟等督率马进忠等攻长沙；堵胤锡带领李锦等攻袁州、吉安，进军江西，声援金声桓抗击清军。十一月，李成栋自广东南雄出兵，攻打赣州。十二月，清大同总兵官姜瓖在大同叛清，宣告归附南明，震动了北方。
一六四七年至一六四八年间，清朝失去了长江以南湖广的广大地区。广东和江西的汉族降将相继反清附明，大同的附明更造成严重的威胁。清朝接连派出满汉将官分领大兵出击。
金声桓在江西反清后，一六四八年三月，清廷即派遣固山厄真谭泰与何洛会领兵向江西进军。五月，攻占九江、饶州。一六四九年初，清军至南昌，金声桓战败，投水自杀。李成栋领兵来援，三月，与清军在信丰相遇，孪成栋败死。江西州县，又都被清军占领。
一六四八年十二月，清廷命阿济格领兵围攻大同姜瓖，不下。一六四九年二月，多尔衮亲自领兵征大同。三月，攻下浑源州，回师。阿济格与尼堪、博洛等继续围攻大同。大同被围困至八月，姜瓖被部下杀害，清军征服山西。
南明进军湖广。一六四八年九月，清廷命济尔哈朗为征远大将军，领兵征湖广，进攻李锦部。次年正月，进攻湘潭。这时，何腾蛟前往李锦的忠贞营，途中被清军俘掳。何腾蛟严厉拒绝济尔哈朗的劝降，被清军处死，南明失何腾蛟，军中无帅了。李锦在茶陵，被清军战败，经衡州、永郴转移到广西。这年秋季，长沙、衡州、辰州、宝庆、靖州、全州等地都被清军占领。十二同，南明焦琏军反攻全州，被清军击败，清军进占道州。
李锦退回广西，屯驻宾州、横州。南明桂王朝廷依靠大顺军的来归，在反清斗争中一度取得胜利。但内部矛盾重重，文官武将互不合作。拥立桂王的明臣与反清归明的李成栋部下相互猜忌，明臣对原大顺军也存有戒心，多方牵制。高一功甚至被迫宣称，要把军兵交兵部。何腾蛟死后，被改编的诸军失去统帅，各自离散。刘体纯、袁宗第、郝摇旗等领兵自宝庆北走常德、澧州，返回荆西。刘芳亮、刘希尧等自宁远北走，军兵在宁远、宜章一带溃散。李锦不久病死。高一功因遭疑忌，在一六五○年从庆远往荆西。途经黔北，遭到保靖土司彭朝柱的袭击，战死。李锦义子李来亨率领军兵到巴东的西山，与郝摇旗、刘体纯等会师。在郧西坚持抗清斗争的王光兴、王光昌等与郝摇旗、李来亨等联合抗清，号称夔东十三家军。桂王政权失何腾蛟，又失大顺诸军，难以自保了。
一六五○年五月，清朝加封辽东降将孔有德为定南王，领兵进攻广西。耿仲明为靖南王，尚可喜为平南王，进攻广东。十一月，耿仲明行至吉安，自杀。同月，尚可喜等攻入广州，孔有德攻入严关。瞿式耜邀明将 赵印选防守桂林，赵印选带兵逃走。清军攻入桂林，瞿式耜与总督张同敞被俘，囚禁四十日后被杀。桂王由肇庆逃往浔州，经南宁，辗转到达广西西部的懒湍，得到贵州大西军的接应。江西、湖南、广东、广西的重要城镇，均被清军占领。
大西在云贵的建设 大西四将军在一六四七年三月占领贵阳，随即移兵进驻云南。
当时，云南阿迷州土司沙定洲起兵反明，攻占省城昆明。明副将龙在田（原石屏土司）败走大理，听说四将军领兵至贵州，便派人请兵入滇。三月，四将军进兵破交水（霑益旧城）、曲靖，沙定洲放弃昆明逃走。四月，四将军占领昆明，分兵两路攻打云南各地。西路兵由孙可望率领，五月攻克大理，七月攻占永昌，护送自昆明逃来永昌的明黔国公沐天波返回省城，声称要“共扶明室，恢复江山”。（《西南纪事》卷十二）东路由李定国率领，攻克南宁（曲靖）、晋宁、通海、河西等地，进而占领阿迷、蒙自、临安（建水）。几个月之内，四将军已控制了云南除普洱、东川以外的十六个府，收纳彝族兵士，军队发展到二十万人。李定国捣毁了沙定洲据守的城寨，灭沙氏。
一六四八年至一六五二年春的四年时间里，清军集中兵力在湖广与南明桂王作战。大西四将军得以在云贵地区训练军兵，建立政权，进行建设。
（一）政权建设 四将军进入云贵时，孙可望称平东王、李定国称安西王、刘文秀称抚南王、艾能奇称定北王。他们推孙可望为主，彼此往来通称兄弟。每公事聚会，四将军并坐，赏罚各营将官，都由孙可望出面处理，一六四七年八月，建置四王府，又建立太庙，祭把张献忠。凡有大事必先告庙，然后行动。明致仕御史任僎归附四将军，倡议称孙可望为国主，用于支纪年，设立六部，管理军政大事，并建立州县政权机构。
（二）澄清吏治 四将军在云南经常派人秘密查访，对清官立即提升，对贪官严加惩办。姚安知府谢仪贪赃枉法，马上砍头，传示各州县。设立登闻鼓，鼓励人民对地方行政提出意见。不利的措施，立即废除。
（三）减轻赋税 明朝后期，实行一条鞭法，丁役摊入地亩，一并征收。后来摊派愈来愈多，人民负担沉重。四将军在云南实行“条编半征”法以减轻农民负担。又把近省田地和井盐，由原来官民对半分收改为四六分收。凡金、银、铜、铁矿藏，鼓励商民开采，差官抽税。
（四）训练军队 四将军部下有在陕西参加农民起义的战士一万人作为骨干，又在云南招募汉、彝各族人民入伍，编练新军。兵马三日一小操，五日一大操，进行严格训练。招收各行工匠，设立什造局四所，制造兵器。兵马给养在各州县就地供应，兵丁每日给米一大升，家口酌量减少，马料每日一至三升不等。兵丁每人各给一袍，没有家口的还给鞋袜各一双，大帽一顶。军队纪律严明，规定：一不杀人，二不放火，三不奸淫，四不宰耕牛，五不抢财货。得到人民的拥护。
大西军人家口住在云南，都与当地农民一起参加生产，缝制军服。当时人称赞说：“其俗，兵不扰民，将不欺士。崇尚礼义，视民如子。往来有体，安置有方。”（《永历纪事》）大西行政，“事尚苟简，文案不繁，官绝贪污馈送之弊，民无盗贼掠夺之端”（《滇南纪略》），人民称便。
早在一六四八年，李定国便对孙可望建策说：“闯（李自成）献（张献忠）二帝，辛苦二十年，蹂躏遍天下，至今身死业隳，究无寸土；而清人坐享渔人之利，甚可悲也。”“今挚滇、黔、蜀归就明室，诚心辅佐，恢复旧京，荡清海内，则半生流贼之耻辱可雪，将来竹帛之垂名可图也。”（《晋王李定国列传》）这个建议，得到刘文秀等的支持。孙可望于一六四九年四月即曾派人与桂王政权联系。一六五○年十一月，清兵攻陷桂林。一六五一年桂王逃至南宁，同年十二月，又逃至濑湍。次年正月，孙可望派兵接应，护送到贵州安隆。大西军接受南明永历年号，举起了复明抗清的旗帜。
四将军北伐 四将军在云贵经过几年的准备，于 一六五二年三月，出师北伐，向清朝发动了大规模的进攻。大军分两路进兵，一路由刘文秀、王复臣率领马步兵六万，向四川出兵，直指关中。一路由李定国、冯双礼率领马步兵八万出师湖广，向全州、桂林进军。孙可望移驻贵州，指挥全军（艾能奇已病死）。
刘文秀率领的一路，入川攻破重庆，占领成都。清朝急调吴三桂领兵入川。吴三桂自一六四八年即受命与清定西将军李国翰驻守汉中。七月，吴三桂与李国翰出兵夺取重庆，攻打成都。刘文秀领兵走，与王复臣领彝汉兵，攻打叙府（叙州）。吴三桂领兵来援。王复臣命步兵左右夹攻，驱大象直冲清军。象吼马惊，清军大败，退守保宁。刘文秀乘胜追击，至保宁城东北列阵。不听王复臣劝说，不等援兵到来，即匆忙攻城，被清兵战败。王复臣战死，刘文秀败退。吴三桂不敢追击，对人说：“生平未见如此劲敌。”孙可望罢免刘文秀，命驻云南。另派耿三品领兵镇守嘉定。四川一路未能取得进展。
李定国、冯双礼率领的北伐军，五月占领武冈。清宝庆守将逃走，李定国军进而攻克全州，大败清兵。驻守广西的清军孔有德部三次出兵迎战，都不能阻止李定国前进。六月二十九日，孔有德亲自领兵到严关，与李定国决战。李定国指挥部队进攻，驱大象突击，清兵溃败，孔有德逃回桂林。李定国领兵急速追击，七月初二日一举攻破桂林，孔有德兵败自杀。李定国分兵攻占平乐、梧州等地。南明将官赵印选、胡一青、马宝等和左右两江人民纷纷响应，十几天里，就收复了广西全省。八月，李定国北代湖南，取衡州，派马宝东攻阳山、连州，曹志建旧部收复临武。冯双礼、马迸忠北攻长沙，别部出宁乡，收复常德。十月，马进忠趋岳州，分兵攻克江西永新、安福、永宁、龙泉，包围吉安。李定国出师七个月，攻克十六府、三十二州县，收复土地近三千里，取得重大的胜利。
清朝任命尼堪为定远大将军，领兵十万，进军湖广。李定国命令冯双礼退出长沙，伏兵白果市，诱清军渡湘江、过衡山后，再绕出敌后，跟踪前进。预定李定国在蒸水拒敌，与冯双礼、马进忠前后夹击，歼灭清军。清军进攻衡州，李定国退走。尼堪亲自率兵追击，十一月二十四日李定国埋伏的部队，突然出击，尼堪败死。
桂林与衡州之战，李定国连获全胜。清朝连丧孔有德、尼堪两员大将，为入关以来所未有。这时，孙可望忌李定国功高难制，密令冯双礼退宝庆，马进忠不知底细，也跟着西去。李定国被迫退守武冈。
清军连遭挫败，一六五三年初，任命贝勒吞齐为定远大将军，统率尼堪遗留的军兵，据守湖南。又调安西将军阿尔津为定南将军，由汉中到湖南协同作战。任命固山厄真陈泰为宁南靖寇大将军，镇守荆州。任命驻防江宁的喀喀木为靖南将军，到广东协同尚可喜部驻防。吴三桂、李国翰还守汉中。五月，又任命大学士洪承畴（一六四八年自江南还京师，本年为内翰林弘文院大学士）经略湖广、两广、云贵地方，驻守长沙，居中调度。他在十一月报告说：“满洲援剿官兵，岂能久留？将来有恢复州县，何以分守？兵至则贼退，兵去则贼复合。彼逸我劳，甚犯兵家之忌。”（《清世祖实录》卷七十九）因此，他主张进兵要安全慎重，不急求事功，而用力于“招抚”。
清兵不敢轻易南下，孙可望、李定国等据有云贵、广西和湖广、四川的部分地区，与清朝对峙。
李定国的抗清斗争 孙可望、李定国等所取得的胜利局面，随即由于自相残杀而逐渐瓦解。
大西军在取得胜利的时刻，重又走上了大顺军的老路，将领之间，日渐不和。孙可望被推为主，嫉李定国功高势大。孙、李之间，矛盾日深。南明桂王属下的明臣，乘机从中离间。桂王扈从总兵邓凯称赞他们是“离间逆党，奋发忠义于临时。”（《求野录》）南明官员对农民军的敌视和破坏，加深了内部的冲突。一六五三年二月，孙可望领兵至沅州，邀李定国前来议事。刘文秀派人密告李定国，孙可望有意加害，李定国拒不来会，写信给孙可望说：“今虽大局稍有转机，而敌势方张，成败尚未逆睹，正吾侪同心协力，共策复兴之秋，不宜妄听谗言，自相残害，以败坏国家。”（《晋王李定国列传》）领兵自湖南退入广西，向广东进取。清军乘机占领了湖南的一些州县。李定国攻打肇庆，进围桂林，不下。八月，驻军柳州。一六五四年，自柳州出兵，攻破广东高州、廉州、雷州，围攻新会。清广东守将尚可喜向清廷告急。清朝派遣靖南将军朱玛唎从江西来援，李定国大败。一六五五年春，退守南宁。
南明桂王空无实力，只是大西军复明抗清的一面旗帜。明臣马吉翔向孙可望建策，迫令桂王禅让，由孙可望称帝。桂王大学士吴贞毓得知后，请桂王自安隆急诏李定国领兵入卫。孙可望立斩吴贞毓等明臣十八人，一六五六年初，命刘文秀去安隆，迎桂王来贵州。三月，李定国领兵至安隆，刘文秀转而依附李定国，同送桂王去云南，驻在昆明的沐天波迎桂王入昆明。桂王加封李定国为晋王，刘文秀为蜀王。李定国派部将白文选去贵州，往见孙可望讲和，被孙可望扣留。孙、李的矛盾不可调和了。
一六五七年七月，孙可望起兵反桂王。领兵十四万进攻云南，李定国在曲靖迎击。白文选单骑来见，说已与孙部诸将密约，临阵倒戈。九月，李定国派骑兵五千攻打孙部马惟兴营。马惟兴部与李定国合兵攻孙可望，临阵大呼：“迎晋王！迎晋王！”孙可望军溃败。十月，孙可望去长沙见洪承畴，叛变降清，并向清朝献策进攻云贵。
一六五八年三月，清朝派贝子洛托为宁远绥寇大将军，会同洪承畴从湖南进兵。吴三桂、李国翰进兵四川。卓布泰、线国安从广西进兵。
四月间，孙可望旧部王自奇、关有才、张明志等在永昌起兵反南明。李定国亲自率兵乎定，因而不及增援贵州，给清军造成了进攻的机会。七月，三路清军都进入贵州。九月，清朝派信郡王铎尼到贵州统率清兵，议定：铎尼自贵阳取道关岭为中路；吴三桂自遵义取水西为北路；卓布泰自永顺取黄草坝为南路；洪承畴、洛讬驻守贵阳。十月，李定国派冯双礼守鸡公背，阻击中路清军；派张先壁守黄草坝，阻击南路清军；派白文选守七星关，牵制北路清军。十一月，李定国率兵三万到南路增援，与清军在罗炎、凉水井（今册亨西）大战，先胜后败。前线传闻孙可望扈卫康国臣充当清军前导，军内孙可望旧部猜疑不安，全线动摇，被清军打败，损失很大。冯双礼、白文选、张先壁诸军也先后战败。十二月十三日，李定国退回昆明。
李定国全线溃败，急商对策。这时，刘文秀已病死，遗书建策入蜀与夔东十三家联合。李定国主张走广南，沐天波等则主张逃奔滇西。十二月十五日，李定国拥桂王撤离昆明，向滇西逃走。
清军跟踪追击。吴三桂军攻陷永昌，编筏渡过潞江。李定国设伏于磨盘山，吴三桂渡江上山，将入伏中。明大理寺少卿卢桂生，从李定国军中逃出，向清军投降告密，清军前部已入二伏。吴三桂立即下令，骑兵下马，发炮攻击伏兵。李定国率伏兵力战，自卯至午，短刀相杀，清固山厄真沙里布阵亡，清军败退。李定国的大将窦明望、王国玺也英勇牺牲。李定国在打击了清军后，便到腾越整顿部队，转成滇缅边境，桂王逃往缅甸。
一六六○年四月，吴三桂上“三患二难”疏，请清朝出兵消灭桂王，以杜后患。一六六一年，清军进入缅甸，缅甸献出桂王。李定国出兵截击，失败，六月二十七日死于勐腊，时年四十二岁。次年，吴三桂在昆明杀桂王。
郑成功、张煌言的抗清斗争 桂王、李定国败后，据守福建地区的郑成功、张煌言等又在一六五九年，发动了进军长江的战斗，形成又一次的抗清斗争，也是最后一次高潮。
一六四六年清军进攻浙东，鲁王政权的方国安逃跑后，鲁王由张名振等扈从，被郑彩接到中左所（厦门），转至长垣。次年，郑彩、郑联兄弟出兵反清，先后攻占福建的建宁、邵武、兴化三府，福宁一州，漳浦、海澄等二十七县，温、台一带沿海人民响应，声势很大。郑彩奉鲁王，仍用监国纪年。一六四八年，清朝调两广、江浙兵，三路进攻，福建州县多被占领。鲁王大学士钱肃乐死。九月，张名振等占领舟山，接鲁王来往。一六五一年七月，清将张天禄出崇安分水关，马进宝出台州海门，闽浙总督陈锦全军出定海，分路进攻舟山。张名振拥鲁王带领战船攻吴淞，留守大学士张肯堂领兵六千守舟山。八月，清军趁着雾天进螺头门（即蛟门，亦名定关），安洋将军刘世勋、左都督张名扬率领精兵五百，义勇数千，在舟山背城奋战，互有伤亡。城中火药用完，中军金允彦、主事邱元吉跳城，投降清军。清军全力攻破城防，张肯堂全家二十余人，壮烈牺牲。事后，攻城的清兵说：“我军南下，江阴、泾县、舟山三城，最不易攻。”张名振闻讯，回师救援，舟山已经陷落，便与兵部侍郎张煌言扈从鲁王前往厦门。
厦门这时由郑芝龙子郑成功（原名森）驻守。
一六四六年郑芝龙降清时，二十四岁的郑成功与郑芝龙断绝父子关系，宣言“背父救国”。与陈辉、张进等九十余人，乘船往南澳（广东南澳县）地方，得到沿海人民群众的支持，组成九千人的队伍，奉唐王隆武年号抗清。一六四七年到鼓浪屿，与郑鸿逵（芝龙弟）部联合进攻泉州、同安、漳浦等地，连续袭击闽粤沿海州县。一六五○年围攻潮州，不下，返回厦门，合并了从兄郑彩、郑联的队伍，自称招讨大将军。
张名振、张煌言拥鲁王到厦门。张煌言对郑成功说：“招讨（郑成功）始终为唐，真纯臣也！”郑成功回答说，“侍郎（张煌言）始终为鲁，岂与吾异趋哉？”（《鲒埼亭集》卷九）郑成功与二张消除唐、鲁二王之间的旧隙，相互推重，真诚合作，集中力量反攻长江两岸。
一六五二年二月，郑成功攻海澄，清浙闽总督陈锦率兵来援，被郑成功打败，逃回泉州。三月，郑成功攻诏安、南靖、平和，遂围困漳州。清金衢总兵马进宝带兵救授，郑成功纵之入城，增加围城兵力近二十万人，围困漳州达八个月之久。陈锦领兵增援，受到郑成功部队的阻击，顿兵漳州灌口不能前进。家丁库成栋刺杀陈锦，把他的首级送给郑成功，福建的清朝文武官员惊慌失措。十月，清朝驻防浙江的固山厄真金砺，率领援军来漳州解围，郑成功退守海澄。一六五二年冬，张煌言秘密回到吴淞、天台，联络各地抗清斗争力量。一六五 三年春，张名振带兵进入长江，郑成功派陈辉等领兵二万，迸屯崇明，攻破镇江，登金山，遥望石头城（南京），拜祭明孝陵。原来长江上游约定响应的抗清义师，没有动静，遂退兵到崇明的平阳沙。十二月，崇明清兵万人，乘冻涉江来攻，张名振、张煌言亲自领兵左右冲击，全歼来犯的清军。
顺治十一年（一六五四年）正月，长江上游有人送来愿为内应的腊书，张名振、张煌言与陈辉等会合，率海船数百艘，再进长江，攻瓜州、仪真，一直到燕子矶（南京江边），等待上游消息。四月，还没有动静，便率水师东下，进攻崇明。郑成功派陈六御、程应蕃增援，复进镇江，焚毁小闸，到仪真烧粮船六百只，获得船只达五百艘。张名振带砂船六十只，泛海到登莱，远及朝鲜沿海。这三次进军长江，在江浙地区影响很大，有不少人参加抗清斗争。原福王政权中的诚意伯刘孔昭，也跟随张名振、张煌言进长江作战。当时有人反对这件事，张煌言解释说：“孔昭之罪与马、阮等，然马、阮再卖浙东，而孔昭以操江亲兵，栖迟海上者盖累年矣。则其心尚有可原。”（《鲒埼亭集》卷九）一六五五年，郑成功推张名振为元帅，陈辉、洪旭、陈六御为副，率领二十四镇兵，再进长怔。清朝宁波守将张洪德、舟山镇将巴臣功、台州副将马信等先后投降。不幸张名振中途病逝，第四次进军长江的计划，又未能实现。
郑成功曾被唐王赐国姓朱，因而又被人称为“国姓爷”。他始终以忠于明室，复兴明室为职志。改厦门为思明州，依明制设立六部分管政务。一六五五年，鲁王去监国称号，次年移居南澳。桂王被李定国迎入云南，鲁王向桂王上表称臣。郑成功自一六五○年即与李定国互通声息，接受桂王的号令，配合作战。一六五八年，桂王加封郑成功为延平郡王，张煌言为兵部左侍郎。清军进攻云贵，郑成功与张煌言大举出兵，展开了向长江地区的第五次进攻。
一六五八年秋季，郑成功、张煌言率领大兵十七万，其中五万人习水战，五万人习骑射，五万人习步击，以万人往来策应，万人为“铁人”。“铁人”披铁甲，耸立阵前，专砍马足，最为精锐。大军到浙江，攻克乐清、宁海等地，在羊山遇到台风，损失巨舰百余艘，漂没战士八千余人，郑成功、张煌言被迫撤回厦门。
桂王、李定国败后，一六五九年五月，郑成功、张煌言进军长江，再次发动对清军的进攻。当月，攻克瓜州、镇江。六月二十二日到达江宁，从仪凤门登陆，在岳庙山屯营。张煌言建议说：“师久易生他变，宜分兵袭取句容、丹阳等城。”郑成功未能采纳这个正确意见。七月初五日，芜湖降书至，郑成功命张煌言带兵控制上游，防备江楚援兵。张煌言审度形势，分兵出击。一军出溧阳，攻广德；一军镇守池州，截断上游援军；一军攻和州，保卫采石；一军入宁国，攻徽州。他传檄大江南北，各地人民响应，清官归降，一举收眼了太平、宁国、池州、徽州等四府、三州、二十二县。张煌言考察官吏，安抚地方，一时各地人士都到军门接受指示，参加抗清斗争，江南震动。
郑成功在江宁城下看到的情况是：巡抚以下官员都要逃走，松江水师提督马逢知已经送到降书，总督郎廷佐也来信接洽投降，其实是缓兵之计。郑成功临阵轻敌，误认为大局已定，江宁旦夕可下，不攻城，不打援，八十三营大军牵连立屯，警戒不严。清廷此刻则如临大敌，顺治帝甚至准备领兵亲征。清廷命令自贵州回京路过江宁的军队进入江宁城内，增强作战力量。一六六○年六月二十三日，清军骑兵出击，攻破郑成功的前屯余新营。次日黎明，清军倾城出击，郑成功已命令部队离营，屯扎山上，摆设挨牌、火炮，列阵迎敌。清军来攻，郑成功迟却，大将甘辉被俘牺牲。郑成功撤走镇江等地驻军，从长江出海。
张煌言得知郑成功出海，清总督郎廷佐已派水师截断长江，便决定进军鄱阳湖，号召江楚人民进行抗清斗争。八月初七日，船到铜陵，被清援军打败。抗清义士魏耕请赴英霍山寨，张煌言焚舟登陆，率军数百人前进。不久，被清军冲散，张煌言与一卒一童，从建德、祁门乱山间，经休宁、严陵、东阳、义乌，出天台，到达浙东海滨，招集散亡，在台州沿海的小岛上暂驻。次年春初，回到临门。
郑成功在十六年中六次进军失败，东南沿海州县。屡得屡失。江宁败归，更加自感难于发展。台湾通事何斌建议东取台湾，说：台湾沃野千里，可以立国。张煌言在临门写信劝阻，说“军有寸进而无尺退。今入台则两岛（金门、厦门）将来恐并不可守，是孤天下人之望也。”（《鲒埼亭集》卷九）郑成功不听。一六六一年三月，留子郑经守厦门，亲率大军三万乘海船百艘，进取台湾。
明朝在台湾设有巡检所统辖，驻兵澎湖。万历、天启以来，福建即有大批居民移住台湾。一六二四年，荷兰海盗殖民音窃据台湾西南的海港鹿耳门。次年，又侵入台南修建赤嵌城（今台南）。一六二九年（崇祯二年），福建大旱。郑芝龙招集流民数万人去台湾垦荒，收取租赋（《鹿樵纪闻》、黄宗羲《行朝录》）。这时，台北的鸡笼（基隆）等地，被来自吕宋的西班牙海盗所占据。一六四二年（崇祯十五年），荷兰殖民者又从西班牙殖民者手中，夺取了鸡笼和淡水，对居民进行残暴的掠夺。一六六一年四月，郑成功军经澎湖，到达鹿耳门，得到当地人民的支持，顺利击败荷兰殖民者，进而攻占赤嵌。荷兰殖民者以揆一为首，据守王城（台湾城，今安平），郑成功军围攻九个月。十二月十一日，揆一投降。郑成功放揆一回国，逐走荷兰殖民者，收回台湾全部领土，改称台湾城为东都，设一府二县。次年五月，郑成功在台湾病死，年三十九岁。子郑经自厦门去台湾，继承郑氏的统治。张煌言继续在临门坚持抗清。鲁王寄居金门岛上。
第六节 清朝统治的建立
清世祖顺治帝在位十七年间，完成了一件大事，即从辽东打到广东，基本上占领了明朝的全境。清朝统治者面临的新问题是，对待广大的汉族居住区如何进行有效的统治。这里存在着满族传统的奴隶制与汉族地区封建制两种制度的矛盾，满族与汉族两个民族、两种文化的矛盾。满族统治集团内部和满汉官员之间，也存在着多种矛盾与冲突。清王朝在人民反抗和满汉贵族间的反复斗争中，逐步建立起它的统治。
顺治帝幼年即位，朝政由摄政王多尔衮所掌握。一六五○年多尔衮病死，顺治帝亲政。顺治一朝前后经历了摄政期与亲政期两个阶段。
（一）多尔衮摄政时期
清在辽东建立国号，即面临着攻取明朗的课题。满洲贵族由此出现了两种不同的主张。清太宗皇太极时，以镶蓝旗贝勒济尔哈朗（舒尔哈齐子）为首的贵族，主张举兵深入明境，“焚其庐舍，取其财物”。固山厄真和硕图更明确地主张：“杀其人，取其物，务令士卒各餍所欲”。（《清太宗实录》卷十四）这些主张，实际上是反映了满族奴隶主阶级的利益，把掳掠奴隶和财物作为对明作战的目标。两白旗的多尔衮和两红旗的代善长子岳讬等贵族则主张夺取中原为久驻之计。皇太极志在灭明立国，但无法限制奴隶主的强大势力。一六三五年，降附的汉官文士纷纷奏请出兵灭明，以成大业，期望皇太极作金世宗、元世祖。皇太极以为灭明时机来到，告谕汉官高鸿中、鲍承先、宁完我、范文程等说：“倘蒙天佑，克取燕京，其民入应作何安辑？我国贝勒等皆以贪得为心，应作何禁止？此朕之时为廑念者也”。（《清太宗实录》卷二十二）又命文馆诸臣，择要翻译辽宋金元四史所载治国用兵的方略，以备观览。一六四三年六月，贝勒阿巴泰等去山东掳掠后班师，各旗将士因分配财物不均，引起争论。皇太极告诫诸贝勒不可以掳掠为生计，立国之本为有土有人，厚生之道全在勤治农桑。皇太极在临终之年的这些议论，显示着他已逐渐意识到限制奴隶制的发展，是灭明立国所必需。但在他一生中，对明作战基本上还是奴隶制性质的掳掠之战。
皇太极在位时，多尔衮得到信用，加封睿亲王。一六四三年八月，皇太极病死。六岁的福临被拥戴即位。多尔衮与拥戴豪格的济尔哈朗共同辅政。次年，规定诸王大臣奏本，先奏多尔衮。在一六五○年顺治帝亲政以前，多尔衮是清朝实际上的最高统治者。多尔衮的同母兄阿济格，同母弟多铎掌握强大的军兵，足以与豪格、济尔哈朗一系相抗衡。
顺治帝即位，多尔衮掌握军政大权，清朝具备了夺取中原的主观条件。李自成大顺军推翻明朝，立国不稳，又为清朝准备了客观条件。清军因而得以顺利地攻入山海关，轻而易举地从农民军手中夺取了北京。但是，多尔衮攻占北京后，在建都问题上，满洲贵族间仍然存在意见分歧。朝鲜文学李在一六四四年八月间回国后向朝鲜仁祖报告清军情况说：“八王（阿济格）言于九王（多尔衮）曰：初得辽东，不行杀戮，故清人多为辽民所杀。今宜乘此兵威，大肆屠戮，留置诸王以镇燕京，而大兵则或还守沈阳，或退保山海，可无后患。九王以为先皇帝尝言：若得北都，当即徙都，以图进取。况今人心未定，不可弃而东还。两王论议不合，因有嫌隙云。”（朝鲜《李朝仁祖实录》七）阿济格是多尔衮倚信的贵族，属于同一政治集团，但他提出的大肆杀掠后返回沈阳的主张却是反映了奴隶主贵族的守旧观点。持有相同观点的贵族，仍然是强大的力量。多尔衮进驻北京后，北京城内到处传说，将“放抢三日，杀尽老壮，只存孩赤”。（《清世祖实录》卷八）多尔衮多次晓谕民众，禁止杀掠，说这些流言都是“流贼奸细，潜相煽惑”。事实上，这些流言都来自满洲贵族。八月间，顺治帝自盛京启程来北京，宣布迁都。九月到达北京。十月初一日，在明皇宫武英殿举行登极大典，建都称帝。多尔衮召集汉官们说：“小民讹传于八月间屠民。现在人民无不保全，众所共见，还会怀疑有抢掠之事么！”定都北京禁止杀掠的事实驳斥了民间的“流言”，多尔衮战胜了满洲贵族中的守旧派。
一、满族南迁与反“圈地”、“投充”的斗争
顺治帝定都北京，并不是一般的迁都，而是伴随着满族的大规模迁徙。辽代契丹族与元代蒙古族，在王朝建立后，大批居民仍居住在本族的故地。金代女真族，在海陵王、金世宗后，大举南迁汉地与汉族杂居，从而加速了民族间的融合。顺治帝与多尔衮，命令满洲八旗诸王贵族以至乒丁奴仆大举南迁，是对退居沈阳的守旧主张的彻底否定，也对此后满族和清朝历史的发展，产生了深远的影响。
满族在辽东实行奴隶制性质的计丁受田制。据说“沈中禾稼颇登”，因而南迁时“多有怨苦者”。（朝鲜《李朝仁祖实录》七）满族迁居北京及京畿地区，继续推行计丁授田制，这就不能不侵占汉族的大量田地。两种制度、两个民族的矛盾由此激化了。
“圈地” 清军占领北京的第二天，下令北京内城的汉人居民一律迁居外城，内城由满洲八旗驻防。顺治元年（一六四四年）十二月，谕户部：“我朝建都燕京，期于久远。凡近京各州县民人（汉人）无主荒田，及明国舅皇亲、驸马、公、侯、伯、太监等死于寇乱者，无主田地甚多。尔部可概行清查。若本主尚存，或本主已死而子弟存者，量口给与，其余田地尽行分给东来诸王、勋臣、兵丁人等。此非利其地土，良以东来诸王、勋臣、兵丁人等无处安置，故不得不如此区划。然此等地土，若满汉错处，必争夺不止。可令各府州县乡村，满汉分居，各理疆界，以杜异日争端。今年从东来诸王各官兵丁及见在京各部院衙门官员，俱著先拨给田园。其后到者，再酌量照前与之。”（《清世祖实录》卷十二）这个上谕确定了分配田地的具体办法，近京各府州县由此全面展开了对民间田地的占夺，称为“圈地”。照此上谕的规定，有主田地，只是按照满族的计丁授田制“量口给与”，其余田地全部没收。这就严重侵犯了汉族地主的利益。原属明朝贵族的所谓“无主田地”，实际上在农民战争中多已为贫苦农民所占有。上谕规定，概行清查没收，分配给清朝的贵族官员，这实际上是从农民手中夺取田土。“满汉分居”的规定，是采纳顺天巡按柳寅东的建策，但满洲贵族大片圈占田地后，汉族农民所有的小块土地也因此而被圈占。广大农民从土地上被驱逐，迫令迁徙。上谕还规定，此次圈占后，满族陆续迁来者，照前给与田地。因此，顺治二年（一六四五年）十一月，又展开第二次圈占，扩展至河间、滦州、遵化等地。顺治四年（一六四七年）正月，又下令顺天、保定等四十二州县，圈占田地，给与当年东来满洲官员兵丁。在三次大规模圈地中，由圈占无主田地扩展到有主田地，由圈地进而圈占房屋，甚至“圈田所到，田主登时逐出，室中所有皆其有”（史惇：《恸余杂记》）。据统计，三次圈地，共没收了汉人田地十四万六千七百六十六顷（二百七十七万七千九百五十二晌），包括北起长城，南至河间，东起山海关，西达大行山的广大地区。清朝统治者与这一地区居民的矛盾，大大激化了。
编庄与投充 清朝统治者圈占了大量田地后，继续推行辽东的编庄制度，役使奴仆壮丁从事生产。汉族农民投靠满洲贵族为奴，称为“投充”。因有此制度，满洲贵族和庄头，即以投充为名，强迫失去田地的汉族农民，充当奴仆。顺治帝曾在顺治二年四月，给户部的上谕说：“前听民人投充旗下为奴者，原为贫民衣食开生路也。……今闻有满洲威逼投充者。又有愚民惑于土贼奸细分民屠民之言，辄尔轻信，妄行投充者”。又说：“又距京三百里外，耕种满洲田地之处，庄头及奴仆人等将各州县庄村之人逼勒投充，不愿者即以言语恐吓，威逼迫胁。各色工匠尽行搜索，务令投充，以致民以不靖。”（《清世祖实录》卷十五）汉族农民被迫投充，或不得已而带地投充，使满洲贵族扩大了对奴隶的占有。据《直隶通省赋役全书》（畿辅条鞭赋役全书）统计，“投充”人的总数为九千九百九十五丁，连同家口当有数万人。从旗地庄田数目可以约略地推算出满洲贵族所占有的奴仆壮丁的数量：（一）内务府共圈占土地二十二万零一百六十六晌，设粮庄四百余所，银庄一百三十二所，果园二百五十所，瓜菜园九十余所。每庄有地一百三十四晌（后增为三百晌）、庄头和壮丁十人，耕牛八头，依此计算应有一万六千四百三十人。庄头在圈地时，一庄占地二三十顷至四五十顷不等，也役使相当数量的壮丁，估计内务府官庄的壮丁，大概有两万人左右。（二）宗室工公圈地二十二万二千三百零九晌，共设整庄一千四百零九所，半庄和园八百二十三所。王庄有的是从内务府拨给的，田地与壮丁数目与官庄相同；有的是按每丁五晌，拨给田地建立的。折中计算，王公占有的壮丁大概在三万人左右。（三）八旗官兵共圈占土地二百三十三万五千四百七十七晌，先是每丁给地六响，后改为五晌，多出的一晌，拨给新来的人丁。依此计算，授田丁额是四十六万七千一百人。在进关前后，八旗满洲、蒙古、汉军共有五百九十四个牛录，每牛录二百人，正身旗人为十二万左右，户下人就有三十四万七千一百人。据上三项统计，皇帝、王公、官员和正身旗人占有的壮丁，在畿辅地区就接近四十万人，连同他们的家口至少也有一百几十万人。其中大部分是自盛京迁来和战争俘掠。户下人属于主人所有，主人可以随意把他们出卖。子女的婚姻也不能自主，要听命于主人。主人杀死户下人不需偿命，只是受到鞭打或罚俸等处罚。满洲贵族在京畿广大地区圈地编庄、强迫“投充”，把辽东的奴隶制推行于封建制的汉地。奴隶制与封建制两种生产关系的矛盾，八旗户下人与满洲贵族的矛盾，都随之激化了。
逃人 满族南迁到京畿地区，带来大批的奴隶。
这些奴隶主要是满洲贵族历年入关掳掠的汉族人民（犯罪被罚为奴或买卖为奴者只是少数）。圈地之后，他们便纷纷逃跑。被逼勒投充的汉族奴隶也陆续逃出。于是出现所谓“逃人”问题。一六四六年五月，多尔衷谕兵部说：“只此数月之间，逃人已几数万”，命定新法。新制定的逃人法规定，查获的逃人鞭打一百，归还原主。隐匿逃人者“从重治罪”，本犯处死，家产没收。“邻佑九家、甲长、乡约，各鞭一百，流徙边远”。首告者给赏。所在州县官降级调用（《清世祖实录》卷二十六）。逃人法重在处治隐匿逃亡奴隶的窝主，这显然是沿袭满洲奴隶制的惯例。一般说来，在奴隶制的社会中，奴隶逃亡是一种反抗的方式。收容逃人是奴隶主之间相互争夺奴隶的一种方式。它被认为是不道德的和不合法的行为。但是，此时满洲贵族的汉族奴隶多是来自封建社会的人民，他们的逃亡已不会是再投依其他奴隶主，而是逃回家园隐匿或聚众自保。旨在严惩窝主的逃人法并不能禁止他们继续逃亡。一六四九年满洲官员纷纷控奏，原来在战争中俘掳的奴隶，“俱已逃亡”。多尔衮慨叹说：“自入主以来，逃亡已十之七八，不严此令，必至无复一人”。（《恸余杂记》）汉族奴隶的大批逃亡，瓦解着满洲的奴隶制，给予满洲大小奴隶主以沉重的打击。
人民起义 清朝定都北京后，清军占领区的各地人民即不断开展武装斗争。起义的人民大部分是满洲贵族的逃亡奴隶，即八旗户下人。他们逃出后，无处投奔，即聚众起义。另一部分是圈地后，无地可耕无家可依的农民。官员们指出：“地被圈占，所余无多。民久逃亡，仅存孓遗”。“野有流鸿，萑苻之剽窃时告”。（《中藏集·奖荐汇纪》）遭到清军镇压的各地农民军的流散队伍与逃亡的奴隶、农民相结合，在北方地区四处点起起义的烈火。
一六四四年五月，三河县农民首先起义。昌平州红山口农民起义，清朝派重兵镇压。北京西郊农民起义，使西山的煤炭不能运往京城。
保定地区香炉寨钱子亮、乔家寨赵建英自称大王起义。大顺军的余部康文斗、郭壮畿在饶阳自称扫地王，组织队伍进行武装斗争。在河南省，大顺军将领王鼎铉驻守内黄、联合苏自兴等组织的抗请队伍，从内黄进攻顺德，与山东抗清斗争相互呼应，给清朝很大的威胁。在山东省，嘉洋满家洞的宫文彩，高举起大顺军的旗帜起义。滕县的王俊、曹州榆园的马应试，都组织了几万人的武装力量，不断进攻县城。大顺军的旗鼓（司旗鼓的军士）赵应元领导青州人民进行抗清斗争，杀死清朝招抚山东的户部侍郎王鳌永。
一六四六年颁行逃人新律后，各地人民的起义更加发展。边远地区也爆发了回民的起义，以反抗清朝的统治。一六四七年各地人民的武装起义，规模较大者如下：
河间起义��一六四七年三月，河间人民举行武装起义，攻破县城，处死官吏，转战到邹乎。
三河起义��三河县人民在女领袖张氏和杨四海、王礼、张天宝等领导下起义，进攻静海、沧州等地。天津巡抚因而被清朝撤职。
山东榆园起义��起义军由李化鲸率领，与河南抗清义军联合，进攻大名。次年，攻下曹州、定陶、城武等县。
淄川起义��谢迁领导的起义军，攻下山东淄川，处死剃发降清的兵部尚书孙之獬，攻下宿迁，震动了江淮地区。
栖霞起义��山东栖霞人民在于七领导下起义。次年攻下宁海等县。
山西起义��山西抗清义军攻下太原、汾州和周围的五十余县。
甘肃起义��清军追查李自成余部，株连甘肃回族人民。当地回民在米喇印、丁国栋率领下，在甘州起义，杀死清巡抚张文衡，攻占巩昌、临洮、兰州等要地。
“投充”、“圈地”的停止 清朝建都北京后，在广大汉人地区实行圈地，迫令投充，激起了人民广泛的、多种形式的反抗。人民斗争的日益高涨，迫使清朝统治者不得不下令停止投充和圈地。一六四七年的诏谕说：“前令汉人投充满洲者，诚恐贫苦小民，失其生理，困于饥寒，流为盗贼”，“自今以后，投充一事，著永行停止”。同年的另一诏谕说：“今闻被圈之民流离失所，煽惑讹言，相从为盗，以致陷罪者多，深可怜悯。自今以后，民间田屋，不得复行圈拨，著永行禁止”。（《清世祖实录》卷三十一）清朝统治者停止圈地、投充，实质上是宣告了在汉地推行奴隶制的失败。但此后满洲贵族依然恃势强占田地，俘掠奴仆，残存的奴隶制仍在各地推行。
二、政治制度的改订
多尔衮率领清军占领北京后，曾宣布任用明朝官员，招集流民，减轻赋税等措施。定都后，又依仿明朗政体，集中权力，改订制度，颁布法律，以适应对汉人的统治。
削弱诸王清太宗皇太极时，八旗固山厄真，合称八大臣，与诸王贝勒共议国政。诸王兼领六部事。一六四三年，顺治帝即位后，多尔衮与济尔哈朗辅政，随即以诸王议政，“纷坛不决，反误国家政务”为理由，由多尔衮与济尔哈朗当权，宣称“所行善惟我二人受其名，不善亦惟我二人受其罪”。（《清世祖实录》卷二）同时，停止诸王兼理部务的制度，并贝子、公等管理部务亦宣布停止。六部各任命尚书、侍郎管领。满洲诸王贵族的政治权力由此受到极大的削弱。一六四四年三月，由济尔哈朗宣谕，诸大臣奏事先奏睿亲王多尔衮。
九月，顺治帝定都北京，尊多尔衮为叔父摄政王。随后，又罢免郑亲王济尔哈朗辅政。中枢政权集中到多尔衮的手里。一六四八年十一月，顺治帝又尊多尔衮为皇父摄政王（满语作“汗的父王”）。
改革政体皇太极时设立内三院（国史、秘书、弘文），各设大学士一人，分别管理诏令、文书诸事，实际上仍是原来文馆的扩大，不参予军国政务。多尔衮集中权力后，依仿明制，内三院为六部之首，有如明朝的内阁，成为中枢机构。大学士兼领六部尚书衔。六部尚书原由满洲官员中任命。一六四八年，增设六部汉人尚书，满汉兼用。一六四九年又规定：满洲诸大臣如有干预各衙门（六部）政事及指摘内外汉官者，即行治罪。
皇太极时，已在辽东地区陆续收纳了范文程、宁完我、洪承畴等汉族降臣，委以重任。多尔衰攻占北京后，大批任用明朝的降官，多方招纳。亡明文渊阁大学士兼户部尚书、涿州人冯铨，因诌事魏忠贤免官。一六四四年，多尔衮亲自写信征召。冯铨以大学士衔佐理要务。次年，授任弘文院大学士兼礼部尚书，成为多尔衮倚用的要员。河南商丘人宋权，为亡明进士、顺天巡抚。多尔衮入京，宋权降清仍为巡抚，领兵追击李自成部。一六四六年擢任国史院大学士。内秘书院大学士仍由范文程充任。满洲正黄旗刚林、镶白旗祁充格分任国史院与弘文院的满人大学士。各部尚书以下的官职，也任用了一批汉人降官。任满汉兼用的政治体制中，满人官员当然处于优越的地位，但多尔衮任用大批汉官，也使满洲贵族势力受到一定的限制。
地方官也依明制，设置总督巡抚和州县官。边疆地区则由将军统辖。
制定法律清朝建都北京后，即命廷臣详译明律，参酌满汉条例，修定清津。一六四六年五月，修定大清律成，称为《大清律集解附例》，共分三十门，四百五十六条。刑分笞、杖、徒、流、死五等。死刑有斩与绞两种，各有“立决”与“监候”之别。较徒流为重，仅次千死刑者称为充军，发边远安置，或边外为民，发边外安置。法律总要从属于一定的社会制度。大清律基本上沿袭明律，起着维护汉地封建秩序的作用。
继奉帝统一六四五年三月，多尔衮命户部尚书英俄尔岱代顺治帝祭祀历代帝王。自太昊、伏羲至明太祖共二十一帝。明朝祭祀前代开国的帝王，将元世祖忽必烈列入，而无辽金两代皇帝。多尔衮依礼部奏请，增入辽太祖、金太祖、金世宗和元太祖，并将明太祖迁入历代帝王庙奉祀。祭祀历代帝王，显然旨在表明清王朝继承历代王朝的正统。增祀辽、金、元诸帝，旨在表明正统的帝王非只汉族。汉族降官多次期望清帝效法金世宗实行汉法。清朝特将金世宗列祀、也正是表明多尔衮所实行的政策有据。皇太极时，即与诸王大臣研究明太祖的统治术，增祀明太祖不仅表明清王朝是明朝的直接继承者，而且表明它将继续实行明朝的统治制度。顺治三年（一六四六年）正月，编译《明洪武宝训》一书，用满汉字刊刻颁行。称其“彝宪格言，深裨治理”，以顺治帝名义作序文刊于编首。
尊孔崇儒多尔衮入北京后，即遣官祭祀孔子。一六四四年十月，顺治帝在北京称帝的次日，即命孔子六十五代孙允植袭封衍圣公。亡明进士、清国子监祭酒李若琳请恢复元朝加封孔子“大成至圣文宣王”的封号，顺治二年，定号为“大成至圣文宣先师”，多尔衮亲诣孔庙致祭。一六四六年四月，又诏修盛京（沈阳）孔子庙。多尔衮一再表示对孔子的尊崇，即是表示对汉文化的尊重，借以取得汉人士大夫的拥戴。
顺治帝建都北京后，修建明国子监北监为太学，依仿明制，广收生徒入国学读书。满洲贵族八旗子弟也可入国子监学习。因满洲贵族住在内城，又在八旗各建学舍，立书院。各佐领下取官学生一名。以十名读汉书，其余习满书。国子监所习汉书，有四书、五经、《资治通鉴》和程朱理学，考课则以经书为主。科举考试也考五经。尊孔还只是对汉文化的尊重，八旗子弟习读经书，则是在满洲贵族中传播儒学了。
满汉通婚.清太祖、太宗曾娶蒙古女为妃，但宫中不蓄汉女。顺治帝选汉官之女入宫为妃，并准满汉官民相互婚娶。一六四八年八月谕礼部：“方今天下一家，满汉官民，皆朕赤子。欲其各相亲睦，莫若使之缔结婚姻。自后满汉官民有欲联姻好者，听之”。又规定满洲官员之女嫁汉人或汉人官员之女嫁满人，须先报礼部。无职者听其自便。顺治帝和多尔衮允准满汉通婚，虽然在当时还未必能普遍实行，但表示了他们企图缓和满汉矛盾的政治观点。
三、满洲贵族间的斗争
清朝建都北京，多尔衮一系贵族取得了胜利。但满族南迁后，在汉地实行“圈地”和“投充”，加剧了与汉族人民的矛盾。改革政体，实行明朝制度，提倡汉文化，又不能不如剧与满洲贵族守旧势力的矛盾。前一种矛盾形成人民的武装反抗。后一种矛盾则形成为满洲贵族间的斗争。这一斗争与贵族间的权力之争相结合，发展到极其激烈的地步。
罢济尔哈朗��顺治帝在满洲贵族间的权力争夺中即帝位。多尔衮与济尔哈朗共同辅政。多尔衰领兵占领北京后，逐渐掌握朝政。一六四七年十月，以济尔哈朗“府第逾制”为名，罚银二千，罢去辅政。舒尔哈齐一系由此失去政柄。多尔衮同母弟多铎继为辅政王。多尔衮一系掌握了全部权力。
诛豪格��皇太极长子豪格，努尔哈赤时随从征讨。皇太极时是对明作战的重要将领，掌握两黄旗，在贵族中具有强大势力。在皇太极死后，与多尔衮同具继承帝位的资格。多尔衮摄政后，一六四四年四月，即削去豪格的肃亲王王爵。十月，因豪格功大势大，恢复原封。一六四六年，多尔衰命豪格为靖远大将军，领兵西征，攻打李自成余部和张献忠部。豪格连年作战，占领陕西和四川。一六四八年二月，得胜还朝。多尔哀加豪格以“徇隐部将冒功”的罪名，逮捕入狱。三月，死于狱中。顺治帝即位后，代善曾揭发子硕托等谋立多尔衮为帝，将硕讬处死。多尔衮处死豪格后，又查处曾经谋立豪格的贵族，兴起大狱，涉及多人。济尔哈朗也被株连，议罪当死。从轻处置，降为郡王。多尔衮除豪格，贵族间的矛盾更为尖锐了。
济尔哈朗出征��济尔哈朗一系仍拥有相当的势力。一六四八年闰四月，济尔哈朗又恢复郑亲王的王爵。九月，多尔衮命他为定远大将军领兵南下，出征湖广。济尔哈朗南下作战获胜，直至广西。顺治七年（一六五○年）正月，胜利还师。这时，多铎已死，多尔衮只有同母兄阿济格领有重兵。朝政则倚信满达海（代善于，封巽亲王）、博洛（阿巴泰子，封端重亲王）、尼堪（褚英子，封敬谨亲王）处理，称“理政三王”。这年十二月，多尔衮在哈喇城病死，年三十九岁。顺治帝亲政，贵族间的斗争又进入了新的阶段。
（二）顺治帝亲政时期
多尔衮执政七年间，决策攻打北京，占领中原，迁都立业，依仿明制建立对汉地的统治，实际上奠立了清王朝的基业。多尔衮死后，顺治帝命以皇帝礼治丧，上尊号为“敬诚义皇帝”，称颂他“平定中原，至德丰功，千古无二”。顺治帝福临十四岁开始亲政。顺治帝亲政期间，满洲贵族之间的矛盾、满汉制度与满汉官员之间的矛盾又在发展。
一、济尔哈朗派的反击
顺治帝亲政，济尔哈朗成为最显赫的贵族，对多尔衮一系展开了反击。
诛阿济格��多尔衮同母兄阿济格（太祖十二子），自努尔哈赤以来屡立战功，是满洲贵族中的一员猛将。顺治元年，进封英亲王。领兵击败李自成农民军，斩刘宗敏，俘宋献策。又为平西大将军，败大同姜壤部。多尔衮执政时，阿济格即与济尔哈朗不和，曾提出济尔哈朗不当称辅政叔王，并要求加给他自己“叔王”称号。多尔衮死后，阿济格成为两白旗一系最有声威的贵族，是济尔哈朗的最大的政敌。阿济格被控告以兵胁迫多尔衮旧部附己，临丧佩有小刀等罪，被削爵幽禁，在狱中赐死。阿济格被诛，多尔衮一系遭到沉重的打击。
追议多尔衮��济尔哈朗除掉阿济格后，一六五一年二月，即与理政三王巽亲王满达海、端重亲王博洛、敬谨亲王尼堪等上疏追议多尔衮之罪，指多尔衮“独专威权，不令郑亲王（济尔哈朗）预政，遂以伊亲弟豫郡王多铎为辅政叔王，背誓肆行，妄自尊大”，“构陷威逼，使肃亲王（豪格）不得其死，遂纳其妃，且将官兵户口财产等项，不行归公，俱以肥己”。“凡一切政事及批票本章，不奉上命，概称诏旨，擅作威福，任意黜陟”，“又不令诸王、贝勒、贝子、公等入朝办事，竟以朝廷自居”，最后说：“多尔衮显有悻逆之心，臣等从前俱畏威吞声，不敢出言，是以此等情形未曾入告。今谨冒死奏闻，伏愿皇上速加乾断，列其罪状，宣示中外。”（《清世祖实录》卷五十三）多尔衮旧部诸臣从而附和。固山厄真尚书谭泰奏言，何洛会依附多尔衮，曾骂署豪格诸子。济尔哈朗与诸王贵族群起攻击多尔衮，顺治帝下诏追削多尔衮封爵，籍没家产入官。何洛会正法。多尔衮被议罪削爵，济尔哈朗等贵族取得了胜利。
杀逐诸臣��多尔衮议罪后，又定“阿附多尔衮诸臣”之罪，大学士刚林、祁充格俱坐罪处死。多尔衮一系满洲贵族被处死数十人。
理政三王原在多尔衮时即已执政。济尔哈朗攻讦多尔衮，三王联名附奏。不久之后，三王也得罪降爵，停罢理政。满达海与博洛病死，尼堪复王爵为定远大将军，领兵南征，在湖南衡州战死。从征诸将均以兵败论罪。吏部尚书谭泰也因“威权专擅”，一六五一年八月交刑部议罪。护军统领鳌拜揭发谭泰曾对多尔衮说过，“吾当杀身图报”，谭泰被处死，抄没家产。（《清世祖实录》卷五十九）多尔衮时期的满洲重臣几乎全遭杀逐。
四大臣议政��多尔衮被议罪后，原来遭到贬斥的贵族纷纷被平反复爵，或摧升。被多尔衮处死的豪格首先恢复了肃亲王的封号。一六五二年，济尔哈朗加封为“叔和硕郑亲王”。镶黄旗鳌拜，曾从济尔哈朗作战，进爵三等昂邦章京，多尔衮执政时，以谋立豪格罪论死，宽有降爵。一六五二年被平反，晋爵二等公，授领侍卫内大臣，为议政大臣。正黄旗昂邦章京索尼，也曾因谋立豪格罪被夺官，贬守昭陵。一六五一年被召还，晋爵为一等伯，授内大臣，议政大臣，总管内务府。镶黄旗甲喇章京遏必隆，因忤两白旗诸王，被多尔衮革职，晋爵为一等公，领侍卫内大臣，议政大臣。正白旗的甲喇章京苏克萨哈，因揭发多尔衮有功、也晋授领侍卫内大臣，议政大臣。两黄旗与正白旗由顺治帝直接统领，成为新上三旗（原正蓝旗换出）。鳌拜、索尼、遏必隆、苏克萨哈四大臣领皇帝的侍卫，参预议政。以济尔哈朗为首的贵族，控制了议政王大臣会议。
二、满汉大臣间的斗争
满洲贵族相互倾轧的斗争中，汉族大臣涉及者甚少。满族大学士刚林、祁充格因附多尔衮被处死，株连大学士范文程。顺治帝只命夺官赎罪，当年即恢复原官。顺治帝白幼年倾慕汉文化，乐于接近汉族文臣。
亲政后，并未实行满洲守旧派贵族的排汉政策，而是更加信用汉族官员。在济尔哈朗等满洲贵族控制了议政王大臣会议的同时，汉族大臣的势力却在内三院和六部中得到了发展。
顺治帝亲政时，已与初即位时的情况不同。随着清军攻占了南方的广大地区，江南的明朝官员已有不少人陆续降清。因而在朝廷任用的汉族官员中，不仅有辽东降清编为“汉军”的旧臣，还有江南新附的汉人新官。江南溧阳人陈名夏，明崇祯时进士，官至户、兵二科都给事中。曾投降李自成，后附福王。一六四五年至大名降清。一六四八年初设六部汉尚书，陈名夏授吏部尚书。浙江海宁人陈之遴，明崇祯时进士。一六四五年降清，一六四八年为礼部侍郎。江南高邮人王永吉，明天启间进士，官至蓟辽总督。一六四五年降清。顺治帝亲政后起用为户部侍郎。经过相互推荐，大批的江南文臣进入了清朝政府。汉族文臣中汉军与汉人，北人与南人，在传播汉文化实行明朝制度等方面是一致的，但他们相互间也不能不发生各种矛盾。
一六五一年，刚林、祁充格被处死后，七月，陈名夏被擢任为内翰林弘文院大学士，次年因被弹劾夺官。陈之遴继为内翰林弘文院大学士。这时，范文程、宁完我、洪承畴并任大学士，满族大学士只有镶白旗富察氏额色赫一人。一六五三年初，顺治帝复任陈名夏为秘书院大学士。顺治帝在为满洲贵族鳌拜等乎反复爵的 同时，在南苑召见二品以上汉族官员和文臣赐宴，以表示对汉官的尊崇和倚任。召见陈名夏问以治国之道。陈名夏回答说：“治天下无他道，惟在用人，得人则治，不得人则乱。”（《清世祖实录》卷七十一）顺治帝因吏部掌握用人大权，关系最重，命陈名夏以大学士署吏部尚书。又任陈之遴为户部尚书，王永吉为兵部尚书。内三院与六部是朝廷的执政机构，汉人官员逐渐掌握了执政的实权。
汉人官员权势日渐增长，不能不与满人官员发生矛盾。工科副理事官祁通格在顺治十年二月接连上疏，指责满汉官“其法不一”，“当一体立法”。詹事府少詹事李呈祥甚至提出：“部院衙门，应裁去满官，专用汉人”。（《清世祖实录》卷七十二）顺治帝得李呈祥疏，对洪承畴说：“李呈祥此疏，大不合理。”“朕不分满汉，一体眷遇。尔汉官奈何反生异意？若以理言，首崇满洲，固所宜也。想尔等多系明季之臣，故有此妄言耳”。都察院副都御史宜巴汉等弹劾李呈祥“讥满臣为无用，欲行弃置。称汉官为有用，欲加专任。阳饰辩明，阴行排挤”，应予革职交刑部议处。刑部议李呈祥“蓄意奸宄，巧言乱政”，应当处死。顺治帝命免死，流徙盛京。（《清世祖实录》卷七十二）满汉官员的矛盾激化了。
同年四月，因审议任珍事件，满汉官又起争论。八旗旗下总兵官任珍，因罪贬谪，家婢控告他家居怨望，出言不轨，蓄有奸谋。刑部审议论死。顺治帝命九卿科道官员复议。刑部及九卿科道的满官均议应如原拟处死。陈名夏、陈之遴、都察院左都御史金之俊等汉官二十六人另持一议，以为任珍俱不承认，不能据以定案，只能“坐以应得之罪”。顺治帝命陈名夏等明白复奏。陈名夏辩解说：本意是勒令自尽。顺治帝指斥他是“溺党类而踵弊习”，令再明白速奏。陈名夏被迫回奏：“臣等之议，实属谬误。谨束身待罪。”顺治帝大怒说：“朕览回奏词语，全是朦混支吾”，“踵袭宿弊，一至于此。”命内三院、九卿满汉官会议陈名夏等罪。众议陈名夏、陈之遴俱应论死。依附的汉官也应论死。顺治帝罢陈名夏吏部尚书职，仍留任大学士。陈之遴等削衔罚俸，仍供原职。以下官员分别议处。顺治帝随即令大学士范文程、洪承畴、额色赫等召集陈名夏等二十八人传谕说：“尔等得罪，悉由自陷其身也。”“凡事会议理应画一，何以满汉异议？虽事亦或有当异议者，何以满洲官议内无一汉官，汉官议内无一满洲官。此皆尔等心志未协之故也。本朝之兴，岂曾谋之尔汉官辈乎？”（《清世祖实录》卷七十四）
顺治帝亲政后，被多尔衮削弱了的议政王大臣会议重又得到加强。一六五一年以来，先后任命索尼、鳌拜等三十余名满洲官员为议政大臣。一六五三年十月，顺治帝任命汉官范文程为议政大臣。一六五四年二月，又特命汉官大学士宁完我“予满洲议政大臣之列”。辽阳人宁完我自努尔哈赤时降清，编入汉军旗，任职文馆，参予制定制度。顺治帝即位后授内弘文院大学士。多尔衮死后议罪，宁完我当夺职。济尔哈朗复议免罪。一六五一年，授内国史院大学士。范文程、宁完我以汉官受任议政大臣，这在此前是没有的，此后的清朝也不再有。宁完我得势后，转而打击以陈名夏为代表的南人汉官。一六五四年三月，宁完我弹劾陈名夏“结党怀奸，情事叵测”，揭发陈名夏曾说过：“只须留头发，复衣冠，天下即太平”，及“删改谕旨”，“庇护同党”等七罪（《清世祖实录》卷八十二）。陈名夏受审成狱，论斩。顺治帝改绞刑处死。宁完我奏疏中曾说：“名夏礼臣虽恭，而恶臣实深。”南北汉官矛盾日深，陈名夏案是对南人汉官的一个重大的打击。两年之后，弘文院大学士陈之进也被御史弹劾“植党营私”，“市权豪纵”，发盛京居住。陈之遴上疏引罪，内称“南北各亲其亲，各友其友”。（《清史稿·陈之透传》）这说明汉官中南人与北人，汉人与汉军已逐渐形成为不同的势力。
一六五七年的科场案，是对南人的又一次打击。这年顺天与江南的乡试中，权贵子弟贿赂考官，考官也欲结交权贵，但嘱托者多，而名额有限，结果引起内江，被人告发，舆论大哗。科场舞弊本来是司空见惯的事，但清统治者借此兴狱，考官及中式者顺天案中有三十多人被流徙，江南案中有十九人被处死，八人流徙，其中大部分是江南名士。杜登春在《社事始末》中回忆说：“江浙文人涉丁酉（一六五七年）一案不下百辈”，“一年之间，为槛车谋行李，为复壁谋衣食者无虚日”。这次科场案，是继陈名夏事件之后，对江南地主文人的又一打击。
三、制度改革的继续
顺冶帝亲政后，时往内院与大学士等议论文史。一次，他到内院读《通鉴》，问范文程等：“自汉高以下，明代以前，何帝为优？”范文程等回答说：“汉高、文帝、光武、唐太宗、宋太祖、明洪武，俱属贤君。”顺治帝说：“朕以为历代贤君莫如洪武。何也？数君德政有善者有未尽善者，至洪武所定条例章程，规画周详。朕所以谓历代之君不及洪武也。”（《清世祖实录》卷七十一）顺治帝称颂明太祖，意在实行明朝的条例章程。与此相反，以济尔哈朗为首的满洲贵族则主张继承满洲的传统。济尔哈朗上顺治帝的奏疏说：“太祖武皇帝开创之初，日与四大贝勒、五大臣及众台吉等讨论政务之得失，谘访兵民之疾苦，使上下交孚，鲜有壅蔽，故能上合天心，下洽民志，扫靖群雄，肇兴大业。”他又引述太宗的话说：“朕常恐后世子孙弃我国淳厚之风，沿习汉俗，即于慆淫。”他请求顺治帝“效法太祖太宗，不时与内外大臣详究政务得失”，“绍二圣之休烈”。（《清世祖实录》卷八十九）济尔哈朗的奏疏，旨在加强满洲贵族的权利，反对汉俗，用意是明显的。效法清太祖太宗，还是效法明太祖，实质上意味着发展满族传统的奴隶制还是实行汉族的封建制。这是两种不同的方针，两条不同的道路。顺治帝沿着多尔衮依仿明制以建立封建统治的道路，继续对清王朝的一些制度进行了改革。重要的有以下几项：
编审人丁��一六五四年，户部奏言：“故明旧例，各直省人丁，或三年或五年，查明造册，谓之编审。每十年，又将现在丁地汇造黄册进呈。我朝定鼎以来尚未举行”，议请从顺治十二年（一六五五年）为始，编审人丁，凡故绝者开除，壮丁脱漏及幼丁长成者增补，其新旧流民俱编入册（《清世祖实录》卷八十六）。顺治帝接纳此议，一六五五年开始清查全国人丁户口，编审造册。编审人丁是实行赋税差役等封建剥削的措施。但人丁被编审入册，即不能任意俘掠或逼勒投充为奴，实质上也是对满族奴隶制残余的一种限制。
改定官制��一六五八年七月，顺治帝谕吏部改定朝廷官制。撤除弘文院、国史院、秘书院等内三院，销毁旧印。内三院满汉大学士改加殿阁大学士（中和殿、保和殿、文华殿、武英殿、东阁、文渊阁）衔，兼管某部尚书事，统称为内阁。另设翰林院掌管文翰，设掌院学士一员，学士若干员。朝廷官衙和官员名称，均满汉并用。内阁满语称多尔吉衙门。翰林院满语称笔帖黑衙门。尚书满语称阿里哈昂邦。侍郎称阿思哈尼昂邦。以下官员均各有满汉名称。
满汉官员原来各有品级，满官高于汉官。一六五八年一并画一改定，实际上是提高了汉官的品级和地位。
八旗官员原来只用满语名称。一六六○年也确定汉称。固山厄真汉名都统。梅勒章京为副都统。扎兰章京为参领。牛录章京为佐领。乌真超哈称为汉军。
任用宦官��清太祖、太宗两朝不用宦官。顺治帝进驻北京后，任用宦官，由内务府统领。一六五三年六月，裁内务府改设十三衙门。谕旨说：“宫禁役使，此辈势难尽革。”“朕酌古因时，量为设置。”首为乾清宫执事官，次为司礼监、御用监、内官监、司设监、尚膳监、尚衣监、尚宝监、御马监、惜薪司、钟鼓司、直殿局、兵仗局。合为内十三衙门，兼用满洲近臣与汉人宦官。各衙门宦官官员不能超过四品。不许擅出皇城，不许交结外官。一六五五年六月，又命工部立内十三衙门铁牌，刻铸皇帝敕谕：“以后但有犯法干政，窃权纳贿，嘱托内外衙门，交结满汉官员，越分擅奏外事，上言官吏贤否者，即行凌迟处死，定不姑贷。特立铁牌，世世遵守。”（《清世祖实录》卷九十二）明太祖曾立铁牌，禁止宦官干政。顺治帝效法明太祖，并在铁牌敕谕上明白举出明朝王振、刘瑾、魏忠贤等乱政以致亡国，“足为鉴戒”。明朝员立铁牌，不免宦官干政，顺治帝任用宦官，也不免走上明朝的老路。一六五八年发生宦官吴良辅交结官员纳贿作弊等事件。大学士陈之遴涉及此案，以“贿赂内监”罪论斩，定为夺官流徒，死于徙所。这年三月，顺治帝谕吏部：“内监吴良辅等交通内外官员入等，作弊纳贿，罪状显著，研审情真。有王之纲、王秉乾交结通贿，请托营私。吴良辅等已经供出，即行提拿。”（王先谦《东华录》顺治卷三十）但吴良辅等因得顺治帝的宠任和庇护，并未治罪。据顺治时汉人张庚《青碉杂记》记述，顺治十八年（一六六一年）正月初二日，顺治帝曾亲临悯忠寺（今法源寺）观吴良辅祝发为僧（孟森：《三大疑案考实》）。直至顺治帝死后，才将吴良辅处死。宦官制度是明朝导致亡国的弊政。顺治帝效法明朝，连弊政也一体继承了。
四、皇室纠葛
顺治帝亲政后，虽然追议多尔衮罪，为济尔哈朗一系贵族平反晋爵，但他在施政中仍然继续信用汉官，实行明制。这就又和满洲守旧贵族处在对立的地位。一六五五年五月，济尔哈朗病死。索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜等议政大臣兼领侍卫，传达皇太后懿旨，因而得以接近皇太后，逐渐得到皇太后的支持。
顺治帝的生母皇太后博尔济吉特氏（孝庄后），是蒙古科尔沁贝勒斋桑之女，太后守祖宗旧制，宫中不蓄汉女。朝廷官员升降，顺治帝先禀告太后，然后行事。多尔衮执政时，为顺治帝聘斋桑子科尔沁亲王吴克善之女，与皇太后为姑侄。一六五一年八月，册为皇后。顺治帝被迫完婚，对皇后极为冷遇。一六五四年八月，顺治帝竟废后为静妃，移居侧宫。大学士冯铨等上疏极谏，不听。皇太后与顺治帝由此不和。次年五月，又聘博尔济吉特氏科尔沁贝勒绰尔济之女（废后之侄女）为妃，六月，册为皇后。顺冶帝又与之不睦。顺治帝宠幸内大臣鄂硕之女董鄂氏。董鄂妃生一子，三个月即死去。一六五六年九月，立董鄂氏为贤妃，十二月进封皇贵妃。顺治帝的另一妃子佟佳氏，原为汉人佟氏，编入汉军旗，改姓佟佳氏，父佟图赖为固山厄真。一六五四年三月生子玄烨（康熙帝）。佟佳氏得到皇太后的宠爱，说她“生子必膺大福”。皇太后与皇帝后妃之间，日益现出多种纠葛。
顺冶帝陷于皇室与朝政的重重矛盾之中，性情暴烈。一六五九年郑成功兵临南京，顺治帝大怒，宣布亲征。皇太后加以斥责，顺治帝当面拒绝，拔剑誓志。后经僧人劝阻而罢（一说天主教士汤若望劝阻）。一六五七年以来，顺治帝信奉佛教禅宗，先后邀约江南禅师憨璞、玉林琇、溪森、木陈忞等来京，驻于万善殿，时往谈论禅机，自称“痴道人”。董鄂妃也奉佛法。顺治帝对她宠遇甚厚。一六六○年八月，董鄂妃病死，顺治帝悲痛欲绝，得皇太后允准，追封为皇后，谥端敬。诸王大臣以次致祭。溪森和尚主持道场。董鄂妃死后，顺治帝决意出家为僧，由溪森和尚剃度净发。十月，玉林琇和尚自杭州来京阻止。顺治帝许再蓄发。次年正月初七日，顺治帝病痘而死，年二十四岁。
顺治帝死后，皇太后立八岁的皇子玄烨继帝位。索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四大臣奉诏辅政。清朝政权因顺治帝之死而又转到满洲守旧派贵族的手里。
第四章 清朝统治的巩固与疆域的奠立
清朝在顺治时期，镇压了各地农民起义军并战胜南明，基本上占领了整个汉族地区。对待新占领的封建经济高度发展的汉族地区如何进行统治和管理，便成为满族统治者面临的新课题。是按照满族的传统制度，还是按照汉族的制度来建立统治，在满族贵族内部展开激烈的争议，并进而演为不同集团的相互倾轧。顺治帝的继承者康熙帝亲政后，依靠满汉官员的支持，成功地解决了这个复杂的历史任务。康熙帝基本上采用了适应汉族地区发展水平的封建统治制度，并对满族奴隶主势力的发展加以限制。由吴三桂发动的汉人军阀的反清战争即所谓“三藩战争”失败后，康熙帝进一步建立起完整的封建的政治制度，并采取措施以促进封建经济的恢复和发展。清朝的封建统治从而得到巩固。
康熙时期完成的另一巨大的历史任务，是建立了对边疆各民族地区的统治，从而基本上奠立了中国的版图。在东南，台湾郑氏降附后，台湾地区直接归于清朝统辖。在东北，制止了俄国的侵略，订立尼布楚条约，划定东北疆界。清朝在战胜蒙古准噶尔部之后，直接统属喀尔喀蒙古诸部，并建立起对西藏地方的统治。康熙时期的清朝作为统一的多民族的国家，已经基本形成。
康熙帝晚年，围绕太子的废立，满汉官员擢废无常，政局日益不稳。“宽仁”政策实施的结果，各级官员贪墨成风，吏治日益败坏。清王朝刚刚巩固起来的封建统治，很快显露出衰敝的征象。康熙帝的继承者雍正帝即位后，采取一系列的强硬措施，大力整顿吏治，清朝政局重新呈现振作的气象。雍正时，与俄国订立恰克图条约，划定北部疆界。击溃准噶尔部在西北的势力，并加强了对西藏的统治，为乾隆时期的强盛之局奠定了基础。
本章简要叙述康熙、雍正两朝的历史发展，着重在政治、军事方面。关于这一时期的经济、文化状况，将在本书第六、第七章中一併叙述。
第一节 清朝统治的巩固
顺治十八年（一六六一年）正月，顺治帝病死。三子玄烨（清圣祖）即帝位，改明年年号为康熙。议政大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳖拜四人辅政。顺治帝死后，由皇太后（孝庄后）颁布遗诏，对顺治帝的政绩做了全面的否定。这个所谓“遗诏”袭用顺治帝的名义，实际上显然出于皇太后和辅政大臣的意旨。它胪列顺治帝在位十八年的十四条罪状，第一条即是“不能仰法太祖太宗谟烈”，“且渐习汉俗，于淳朴旧制，日有更张。”其他各条的主要内容有：对满洲宗室诸王贝物等“晋接既疏，恩惠复鲜；”对满洲诸臣，不能信任，委任汉官，以致满臣无心用事；任用宦官，设立十三衙门；对皇太后子道不终，对董鄂妃丧礼过从优厚，以及朝政不能听言纳谏，宫中未能节省，经营殿字靡费甚多等等。这个所谓“遗诏”，是皇太后和守旧的满洲贵族对顺治帝、多尔衮采用汉族封建制统治制度的一个猛烈的抨击。它的实质，是公开宣布排斥汉官汉俗，恢复清太祖、太宗时的旧制。康熙皇帝即位后，鳌拜等辅政大臣，在太皇太后支持下，极力贯彻这个方针，清朝的统治向着满洲旧制的道路逆转。
（一）四大臣辅政
索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四大臣，都不是满族宗室亲王。他们受命辅政，佐皇帝执掌国政，这在清太祖、太宗的旧制中也是没有过的。辅政大臣索尼，赫舍里氏，满洲正黄旗。苏克萨哈，纳喇氏，满洲正白旗。遏必隆，钮祜禄氏，鳌拜，瓜尔佳氏，两人俱隶满洲镶黄旗。上三旗的四大臣在顺治帝亲政后，已相继擢任议政大臣，或兼领侍卫内大臣（统率侍卫亲军，翊卫扈从），控制了议政王大臣会议。顺治帝死后，索尼等向满洲诸王贝勒说：“今主上遗诏，命我四人辅佐冲主。从来国家政务，惟宗室协理。索尼等皆异姓臣子，何能综理。今宜与诸王贝勒等共任之。”诸王回答说：“诏旨甚明，谁敢干预。四大臣其勿让。”顺治帝死后，四大臣由控制议政会议进而掌握了朝政。
四大臣中，索尼年最长，位最尊。一六六五年（康熙四年），索尼孙女被立为皇后，索尼一家成为显赫的贵戚。鳌拜恃有战功，结党擅权，遏必隆依附鳌拜。苏克萨哈原为多尔衮旧属，在政治上无一定的主张，且与索尼、鳌拜不和。索尼与鳌拜成为主要的决策者。自顺治十八年（一六六一年）至康熙六年（一六六七年）辅政时期，四大臣在仰法太祖、太宗的名义下，恢复了若干旧制。
一、恢复旧制
革除十三衙门 顺治时设十三衙门，“遗诏”已列为一罪。一六六一年二月，四大臣辅政后即首先宣布革去十三衙门，“凡事皆遵太祖太宗时定制行，内官俱永不用。”（《圣祖实录》卷一）但实际上内廷仍用阉官，由内务府统领。
废内阁复三院 一六六一年六月，废除内阁和翰林院，恢复太宗时旧制，仍设内三院。各设满汉大学士和满洲学士、汉军学士、汉学士。下诏说：“朕兹于一切政务，欲率循祖制，咸遵旧章。”内秘书院巴哈纳（满）、金之俊、胡世安为大学士，内国史院额色赫（满）、成克巩、卫周祚为大学士，内弘文院蒋赫德、李需为大学士。汉大学士六员，以后有缺不再推补。定制为三员，即三院各一员。顺治时的汉军大学士范文程，已在一六五四年（顺治十一年）乞休，一六六六年（康熙五年）病死。洪承畴在康熙即位后乞致仕，一六六五年病死。
重定满汉官品级满汉官员品级，太宗时满官高于汉官。顺治时满汉划一。四大臣辅政时，恢复太宗时旧制，满大学士为正一品，汉大学士为正二品。满尚书正一品，汉尚书正二品。以下各级的满官品级均高于汉官。但汉军官员即辽东编入汉军旗的官员与“汉人”官员，一体升转，不再区别。
更换圈地圈地是在汉族地区推行满族计丁授田制的措施。一六五三年（顺治十年）已诏令永行停止。多尔衮执政时，将镶黄旗应得之地拨与正白旗。一六六六年鳌拜提出镶黄旗圈地在右翼之末，不合八旗次序，当与正白旗的蓟州、遵化、迁安诸州县地交换，正白旗地不足者，另外圈占民地补足。鳌拜之议传出后，有关地区农民恐换耕地，多抛荒不耕，惊惶奔诉。鳌拜称旨：将镶黄旗涿州壮丁迁至顺义等县。正白旗通州以东大路北边地拨给镶黄旗。差员将正白旗满洲地，投充人地，皇庄地等丈量，秋收后酌议分拨。大学士兼户部尚书苏纳海（满洲正白旗人）、直隶总督朱昌祚、巡抚王登联等奉命经理。苏纳海上疏称地上分拨已久，且以前已有不再圈地的圣旨，请将鳌拜之议驳回。朱昌祚上疏清停圈换。王登联也密奏“旗地待换，民地待圈，皆抛弃不耕，”亟请停止。鳌拜大怒，将苏纳海及朱昌祚、王登联等处死。准户部拟议，镶黄旗迁出壮丁四万零六百名，拨地二十万三千晌，由蓟州、遵化、迁安三处正白旗地及民地、投充汉人地等拨给，不足者由延庆州民地拔补。正白旗迁出壮丁二万二千三百六十一名，拨地十一万一千八百零五晌，由玉田、丰润二县民地、汉人投充地、开垦地及永平等处汉人投充地中拨给。不足者由永平、滦州、乐亭、开平民地拨给。（《八旗通志》卷六十二）事实上正自旗与镶黄旗迁出的壮丁，并不是换到对方的田地，而是各自圈占了民地。所谓“圈换”，其实是在京畿地区恢复推行圈地制。继续占夺汉民土地。八旗人民也因迁移新地，弃业流离，造成极大的纷扰。鳌拜一举杀三大臣，康熙帝无法制止，鳌拜权势薰灼，不可一世了。
二、对农民军和抗清义军的镇压
夔东十三家的败灭 四大臣辅政，继续镇压抗清的农民军。一六六三年（康熙二年）消灭了李自成军的余部李来亨、郝摇旗等领导的夔东十三家农民军。
李自成军余部在一六五○年，由高一功及李锦义子李来亨率领到达巴东的西山，与原在这里的郝摇旗、刘体纯部会师。郝摇旗、刘体纯等在西山与在郧西抗清的王光兴、王光昌等南明军联合，称为夔东十三家军。郝摇旗、刘体纯等据守荆巴大江以北，王光兴等据守大江以南，姚（一作摇）天动、黄龙领导的农民起义军与谭文、谭诣、谭宏领导的抗清队伍据守夔叙一带。十二家军公推刘体纯、王光兴总领军务。高一功在途中战死，李来亨率师来会，据守巴东的茅麓山，建立帅府。他们招徕流亡人民，开荒种地，训练部队，奉明东安王朱宗蒗为主，号召“勤王灭虏（清朝）”，给清朝以很大的威胁。一六五二年十一月，洪承畴奏报朝廷，“湖广南有孙可望抗拒，北有郝摇旗、一只虎（李锦诨号，这里指的是李来亨）屯聚。”一六五九年，清军大举进攻贵州、云南，刘体纯、李来亨、谭文等十六营。溯江而上，围攻重庆，震动整个四川，牵制了南进的清军。由于谭诣、谭宏杀害谭文降清，破坏了十三家军的作战计划。
一六六三年初，清廷调集陕西、湖北、四川省兵力，进攻夔东十三家军。陕西总督白如梅、提督王一正，进攻房竹一带，遭到郝摇旗的阻击；四川总督李国英进攻昌宁一带，遭到刘体纯、袁宗第的阻击；湖广总督张长庚、提督董学礼由彝陵进攻西山，遭到李来亨的阻击。秋季，战争逐渐集中在湖广郧襄西山一带。清军由楚、蜀两路夹攻，李来亨等退守山寨，清军无法前进。李来亨命战士剃发，夹杂在商贩中，混入清军兵营。李来亨从山寨出兵攻击，清军迎战，大营中忽立大旗，呼号起火，清兵溃败。张长庚的楚军退守彝陵，李国英的蜀军也被郝摇旗打退。八月，清廷任命穆里玛为靖西将军、图海为定西将军，又调西安将军傅喀禅，率领八旗兵围攻西山。十月，李来亨、郝摇旗等向四川巫山发动进攻，川督李国英乞兵增援。十二月二十三日，请军集中八旗主力攻击天池寨，与十三家军决战。刘体纯战败自杀，郝摇旗、袁宗第在黄草坪被俘牺牲，明东安王被擒。李来亨军三万人陷入敌人包围，在缺粮断水的情况下，坚持斗争。穆里玛、图海指挥八旗兵和三省绿营兵进攻茅麓山，攻破山寨。李来亨全家举火自焚，壮烈牺牲。自李自成退出北京以来，大顺农民军坚持抗清斗争近二十年。李来亨、郝摇旗失败牺牲，农民军被最后消灭了。
南明的覆亡顺治一朝已经基本上消灭南明旗帜下的各地抗清义军，康熙帝即位时，只有遁居缅甸的南明永历帝（桂王）和金门岛上的鲁王两支残余势力。
南明永历帝逃往缅甸后，云南永昌的李定国、白文选军仍奉永历年号，曾多次出兵入缅。顺治帝死后，李定国、白文选连兵入缅，迎永历帝，与缅兵大战，不能进。这时，吴三桂称王云贵，与缅甸盟誓，许在边地贸易。一六六一年九月，吴三桂派兵入缅，追击永历帝。白文选降清。十二月，吴三桂驻兵缅境。缅甸献出水历帝。康熙元年（一六六二年）正月，吴三桂向清廷报捷。四月，在昆明将永历帝及皇子皇孙等处死。李定国闻讯，愤恨呕血而死。
鲁王原曾上表永历帝，得张惶言等拥戴。郑成功在顺治十八年（一六六一年）十二月去台湾，一六六二年五月在台湾病死。子郑经继承王位。张煌言曾企图联络郑经，再奉鲁王监国，未能实现。张煌言孤军用守临门，曾三次向寄居金门的鲁王上书。临门与金门的海上通路被清军截断，一六六二年九月，鲁王死在金门。次年十月，清靖南王耿继茂等领兵攻打厦门，邀荷兰夹板船邀击。郑经军败走，清军攻占厦门及金门岛。郑氏失厦门，兵力集中到台湾和澎湖岛上。张煌言孤军求进，一六六四年三月，与东蚶岛上的旧部阮春雷联合，结集战舰百余艘，停驻三都岛。清军来袭，损失惨重。张煌言率残部至舟山岛。六月，张煌言被迫解散队伍，逃往海上的悬嶴岛。七月，被清军察知，擒捕张煌言，押解至宁波，又转往杭州。解船行至钱塘江畔，一僧人向船中投掷纸条，上写：“此行莫作黄冠想，静听文山（文天祥）正气歌。”张煌言含笑赋诗作答，说，“生比鸿毛犹负国，死留碧血欲支天。”张煌言到杭州，严词拒绝清军的劝降。在狱中壁上写《采薇吟》一首，说：“予生则中华兮，死则大明；寸丹为重兮，七尺为轻。”在杭州被杀。
南明两王覆灭，李定国、张煌言相继败死，广大江南地区已全部入于清朝的统治。只有台湾郑氏还在继续抗清。
三、对江商地主士大夫的控制
四大臣辅政，对顺治朝新占领的江南地区的地主文人，继续实行严厉的控制，制造了一系列事件。
斩郑艺龙 郑芝龙降清后，子郑成功继续在福建抗清。一六五九年，郑成功领兵直抵长江，攻下镇江，进至南京城下。沿途汉人士民纷纷来附或持酒犒师。郑成功败退后，清朝追究迎附郑军的官民，处死、流徙达千余人，被称为“通海案”（清朝指郑成功为“海逆”）。一六六一年十月，辅政大臣斩郑芝龙及子世恩、世荫，依谋叛律，族诛郑氏二百余人。郑芝龙已降清十分年，与郑成功抗清并无干系。斩郑芝龙实际上是对汉人降官的一个威慑。
奏销寨 一六六一年顺治帝死后，四大臣即谕吏部，责成各级官员，督催钱粮。“今后经管钱粮各官，不论大小，凡有拖欠参罚，俱一体停其升转，”“如限内拖欠钱粮不完，或应革职，或应降级处分。”（《圣祖实录》卷一）三月，制定直隶各省巡抚以下州县以上征催钱粮未完分数处分例。又谕户部：“近观直隶各省钱粮逋欠甚多，征比难完，率由绅衿藐法，抗粮不纳。地方官瞻徇情面，不尽法征比。嗣后著该督抚责令通府州县各官立行禁饬，严加稽察。如仍前抗粮，从重治罪。地方官不行察报，该督抚严察，一并题参重处。”（《圣祖实录》卷二）六月，江宁巡抚朱国治疏奏苏、松、常、镇四府抗欠钱粮文武绅士一万三千五百余人，衙役二百五十四名。刑部议现任官降二级调用，衿士褫革，衙役照赃治罪。褫革的绅士均交本处枷责鞭打。逮捕其中三千人械送刑部议处。次年五月始放还。江南地主拖欠钱粮，左右官府，自晚明以来已成惯例。这次严加处治，逼完钱粮。从江苏开始，安徽、浙江等地相继褫革缙绅。江南地主官员遭到沉重打击。一时名士如吴伟业、徐乾学、徐元文、翁叔元、韩菼等都被降调或革籍（学籍）。
明史案 一六六三年明史案起，江南的官员文士再次遭到镇压。这年，被罢免的原归安知县吴之荣，向满洲将军松魁告发：湖州富户庄廷鑨购得明朱国桢所著明史稿本，续补天启，崇祯两朝事，由庄廷鑨署名刊刻。其中对满洲多有斥责。松魁移交江苏巡抚朱昌祚（汉军镶白旗人）查处，庄廷鑨以重贿得免。删去指斥满洲语重刊。吴之荣又以原刊本上告。刑部查处此事。庄廷鑨已死，斩弟庄廷钺。礼部侍郎李令皙曾为明史作序，也被处死，四子均斩首。朱昌祚委罪于学官，得免（启在直隶总督任内被鳌拜处死，见前）。归安、乌程学官均处斩。由此牵连到湖州太守，以及参事办案、校刊及“购逆书”之人，被处死者七十余人，发边地充军者数百人。晚明以来，江南文士集会结社，议论朝政，成为风气。明清之际，鼓吹民族思想，抗清复明。清朝辅政大臣以明史案兴起大狱，旨在压制江南汉人的反满思想，控制文士的舆论，用意是显然的。
削弱吴三桂吴三桂自顺治初年降清，引清兵入关。多尔衮许他“封以故土，晋为藩王”。多尔衮进驻北京，命吴三桂领兵南下，册封平西王，不曾进京参政。吴三桂连年领兵镇压李自成军及云贵南明军，一直效忠于清朝。总督军务的大学士洪承畴至云南视师，上疏请如元、明故事，以王公坐镇。吴三桂成为明沐英一样的镇守云南的藩王。一六六一年康熙帝即位后，吴三桂擒斩永历帝及皇子。次年，进封为亲王，兼领贵州。一六六三年二月，敕云贵两省总督、巡抚听从节制（敕书撰入“听王节制”语。见《圣祖实录》卷八）。两省官员均由吴三桂承制任免，号为“西选”。此后，吴三桂又出兵镇压贵州彝族安坤等的反清起义。一六六五年擒安坤。一六六七年五月，吴三桂请辞总管两省事务。辅政大臣乘机命吏部议复，称旨“应将该藩所管各项事务，照各省例，责令该督抚管理”，大小文官亦照各省例，由吏部题授（《圣祖实录》卷二十二）。这实际上是解除了吴三桂统管云贵两省的事权，只做领兵将军。所谓“藩王”的权力被削弱了。
（二）康熙帝亲政
四大臣辅政，恢复旧制，贬抑汉官，使得顺治时期一度缓和了的各种矛盾重又激化起来。一六六七年五月，吏部议复削夺吴三桂政柄的次日，即六月朔日，内弘文院侍读熊赐履遵旨条奏四事给康熙皇帝。一是“政事纷更而法制未定”。指责“急功喜事之人又从而意为更变。但知趋目前尺寸之利以便其私，而不知无穷之患，已潜滋暗伏于其中”，请求将国家制度详慎会议，勒成会典，颁示天下。二是“职业堕废而士气日靡”。指责“近见各衙门大小臣工，大率缄默依阿，绝少实心任事之人。甚至托老成慎重之名，以济尸位素餐之计。树议者谓之疏狂，任事者目为躁竞”，请求“申饬满汉诸臣，虔衷酌理，实意任事。是则曰是，非则曰非。汉官勿以阿附满官为工”。三是“学校废弛而文教日衰”。指出“学校为贤才之薮，教化之基，而学术事功之根底也。今者庠序之教，缺焉不讲。师道不立，经训不明”。请求“隆重师儒，兴起学校”。“非六经语孟之书不读，非濂洛关闽之学（宋代理学）不讲”。四是“风俗僭侈而礼制日废”。指出“今日风俗奢侈凌越，不可殚述。一裘而费中人之产，一宴而靡终岁之需”，“此饥之本、寒之源，而盗贼狱讼凶荒所由起也”，请求“皇上躬行节俭为天下先。自王公以及士庶，凡官室车马衣服仆从，一切器用之属，俱立定经制，限以成数，颁示天下。”（《圣祖实录》卷二十二）熊赐履疏上，鳌拜大怒，以为是对他的指责，要对熊赐履从重治罪，赖康熙帝回护得免。
四大臣辅政时，索尼年老，鳌拜权势日盛。鳌拜弟穆里玛受命为靖西将军，镇压李来亨军有功，超授一等阿思哈尼哈番（世袭二品爵）、握有兵权。鳌拜兄弟与秘书院大学士班布尔善（太祖曾孙）、吏部尚书阿思哈、侍郎泰必图、兵部尚书噶褚哈、工部尚书济世、内秘书院学士吴格塞及鳌拜的子侄等结为一党，把持朝政。一六六七年，康熙帝己十四岁。三月间，索尼上疏诸帝亲政。太皇太后不允。康熙帝留疏不发。六月，索尼病死。七月，康熙帝得太皇太后允准，宣诏亲政。清朝政局又开始了新的局面。
一、康熙帝亲政
康熙帝亲政，鳌拜等仍同辅政。索尼死后，班行章奏多出自鳌拜。康熙与鳌拜集团的冲突不可免了。
鳌拜杀苏克萨哈 辅政大臣中，原属多尔衮正白旗的苏克萨哈素与鳌拜不和。一六六六年更换圈地之议更使两人的矛盾发展为公开的冲突。一六六六年七月，康熙帝亲政后，鳌拜继续专权。苏克萨哈即上疏请辞辅政，守先帝陵寝。康熙帝命议政王贝勒大臣会议具奏。和硕康亲王杰书与诸王大臣查处此案。鳌拜与了班布尔善等诬谄苏克萨哈请辞即是“不愿归政”，列构二十四条罪状，以大逆论处。苏克萨哈与长子内大臣查克旦均应凌迟处死，余子六人、孙一人、侄二人皆处斩立决。家产籍没，妻孥并交内务府。旗人前锋统领自尔赫图、待卫额尔德也处斩立决。此案上奏后，康熙帝知鳌拜怀怨构罪，不允所请。鳌拜强奏累日，迫使康熙帝同意改处苏克萨哈绞刑，其余如议。鳌拜除去他的政敌苏克萨哈后，权势更盛。康熙帝更加难以控制了。
康熙帝除鳖拜 鳌拜以镶黄旗瓜尔佳氏而掌握朝政，得到了钮枯禄氏遏必隆的依附。这不仅使康熙帝难以实际亲政，而且也对整个爱新觉罗氏皇族构成了威胁。在满洲八旗的上三旗中，鳌拜、遏必隆仅能控制镶黄旗，与原属多尔衮的正白旗和皇室的正黄旗日益处在矛盾之中。鳌拜恢复旧制，贬抑汉官，当然更遭到汉人官员的反对。康熙帝亲政后，熊赐履于一六六八年迁秘书院恃读学士。再次上疏说：“朝政积习未祛，国计隐优可虑”，请康熙帝接见儒臣，讲论“道术是非之辩，政事得失之由”。（《圣祖实录》卷二十七）鳌拜传旨诘问回奏，拟以“妄行冒奏”罪降二级调用。康熙帝命免予议处。熊赐履的奏疏反映汉族地主官员期待清朝实行儒学以维护封建统治的愿望，与鳌拜等的恢复旧制形成尖锐的对立。
鳌拜专权，威胁到皇族和皇帝，原来支持辅政四大臣的太皇太后转而支持康熙皇帝向鳌拜夺回政权。索尼第二子索额图（康熙皇后叔父）原领侍卫，康熙亲政后，一六六八年授任吏部侍郎。次年，自请解任，在皇帝左右效力，仍为一等侍卫，助康熙帝除鳌拜。一六六九年五月，康熙帝在鳌拜入见时、命侍卫将鳌拜逮捕，交议政王审问。亲王杰书等勘问鳌拜三十条罪状，议将鳌拜立斩，亲子兄弟斩首，妻及孙为奴，家产籍没。遏必隆依附鳌拜有罪状十二，议革职立绞。班布尔善附和鳌拜，结党行私，有罪状二十一，议革职立斩。康熙帝诏谕，念鳌拜“累朝效力年久”，“朕不忍加诛，姑从宽免死”，革职拘禁。鳌拜后死于狱中。遏必隆削职免罪。鳌拜一党的班布尔善、穆里玛、阿思哈、泰必图、噶褚哈、济世、吴格塞及鳌拜侄塞本特、纳莫均处死。康熙帝在太皇太后支持下，顺利地消除鳌拜党人，一举夺回了政权。所以，他后来说：“设无祖母太皇太后，断不能致有今日成立”（《圣祖实录》卷一三二）。
康熙帝统治的建立 康熙帝从朝廷中清除鳌拜一党后，建立起新的统治。索额图是逮捕鳌拜的主要功臣。康熙帝任他为内国史院大学士兼佐领，佐理军政。又擢任熊赐履为国史院学士。康熙帝经常与他讨论治国之道，他建言：“臣观今日大势”，“根本之计在内地不在边疆，在朝廷不在四方”。“然求治甚急，将纷更丛脞，为弊滋甚，所讲欲速不达也。”（康熙《起居注》十一、十二年）熊赐履参预谋议，对康熙帝的影响是显然北京太和殿 的。康熙亲政后，曾命弘文院学士明珠（满洲正黄旗人，纳喇氏）查阅淮扬河工。鳌拜败后，任明珠为刑部尚书，改都察院左都御史，充经筵讲官。四大臣辅政时，辽东汉人老臣范文程、洪承畴、宁完我等相继去世。鳌拜败后，康熙帝继续任用各部汉官，没有作太多的变动。一六七○年，因遏必隆无重大罪过，也恢复公爵，宿卫内廷。康熙夺回政柄，较快地建立了他的统治。
二、康熙帝的诸措施
康熙帝生母佟佳氏原为汉军旗人。康熙帝生于北京，自幼学习汉文化，于辽东满洲旧俗并非亲历，与那些出身奴隶主的老一辈满洲贵族，经历全然不同。自清太祖建国至康熙帝亲政已经过了半个世纪，辅佐康 熙帝的满汉大臣，也多是清朝建国后才参预政事。康熙帝除鳌拜后，在索额图、熊赐履等人辅佐下，适应满汉官员的要求，采取了一系列新措施。
昭雪诸臣 康熙帝除鳌拜后，首先为遭到鳌拜迫害致死的诸王大臣平反昭雪，恢复爵位。一六六九年六月，诏谕吏部、兵部：“苏克萨哈虽系有罪，罪止本身，不至诛灭子孙后嗣，此皆鳌拜等与苏克萨哈不和，挟仇灭其子孙后嗣”，“白尔黑图等并无罪犯，因系族人，连坐诛戮”，命给还苏克萨哈、白尔黑图原官（《圣祖实录》卷三十）。两部查明此案年革职的文武官员，也复原官。七月，诏复大学士苏纳海、总督朱昌祚、巡抚王登联等原官，给予谥号。诸人之子承荫入国子监读书。
停止圈地一六六九年六月间，康熙帝谕户部说：“满汉军民，原无异视，务俾各得其所，乃惬朕心。比年以来，复将民间房地圈给旗下，以致民生失业，衣食无资，流离困苦，深为可悯。自后圈占民间房地，永行停止。其今年所已圈者，悉令给还民间。”（《圣祖实录》卷三十）无地旗人，拔给古北等口外空地耕种。
恢复内阁 顺治时实行的内阁制，四大臣辅政时曾经废除，复行太宗时的内三院制。一六七○年八月，康熙帝又改革内三院制、恢复内阁和翰林院，均按顺治十五年旧制。内阁中和、保和、文华三殿设大学士。九月，以图海、巴泰为中和殿大学士兼吏部尚书，索额图、 李霨为保和殿大学士兼户部尚书，杜立德、魏裔介为保和殿大学士兼礼部尚书，对喀纳为文华殿大学士兼工部尚书。熊赐履为翰林院掌院学士兼礼部侍郎。
图海，满洲正黄旗人，马佳氏。顺治时官至弘文院大学士，议政大臣。康熙帝即位，为满洲正黄旗都统，受命为定西将军镇压李来亨部。康熙亲政，复为弘文院大学士，是满洲贵族中较有声望的大臣。汉人李霨，直隶高阳人，顺治三年进士，一六五八年为秘书院大学士。四大臣辅政时，为弘文院大学士，对四大臣辅政有所匡正。杜立德，直隶宝坻人，顺治时历任工、兵、刑等部侍郎，一六五九年为刑部尚书。康熙即位，调户部、吏部。鳌拜败后，为国史院大学士。魏裔介，直隶柏乡人，顺治三年进士，官至左都御史。四大臣辅政时，进吏部尚书，拜秘书院大学士，居中调和异同，有所匡正，与熊赐履同为汉人中较有影响的大臣。对喀纳，满洲正黄旗人，钮祜禄氏。顺治时，官至刑部侍郎。四大臣辅政期间，任刑部尚书。一六六八年，授任国史院大学士。
划一满汉官员品级 四大臣辅政时，改变顺治时制度，汉官品级低于满官，以实行抑汉方针。一六七○年三月，康熙帝又依顺治十五年定制，将满汉大学士、尚书至各部员外郎的品级划一，实际上是提高了汉官的地位。
颁布圣谕 康熙帝亲政后，即讲读《周易》、《尚书》 等儒家经典，研习道学。一六七○年十月，诏谕礼部，“朕惟至治之世，不以法令为亟，而以教化为先”，“今欲法古帝王，尚德缓刑，化民成俗”，举出十六件大事，令文武官员督率实行。（一）敦孝弟以重人伦，（二）笃宗族以昭雍睦；（三）和乡党以息争讼；（四）重农桑以足民食；（五）尚节俭以惜财用；（六）隆学校以端士习；（七）黜异端以崇正学（道学）；（八）讲法律以做愚顽；（九）明礼让以厚风俗；（十）务本业以定民志；（十一）训子弟以禁非为；（十二）息诬告以全良善；（十三）诫窝逃以免株连；（十四）完钱粮以省催科；（十五）联保甲以弭盗贼；（十六）解仇忿以重身命。礼部题奏，称为“圣谕十六条”，“通行晓谕八旗并直隶各省府州县乡村人等，切实遵行”。（《圣祖实录》卷三十四）这所谓“圣谕十六条”似不免空泛，但都是针对当时混乱的社会秩序，有所为而发。贯穿于十六条的中心思想则是维护汉族封建制的儒家学说，主要是程朱道学。十六条的颁布，无异宣布了康熙帝的执政纲领。后来雍正帝加以发挥解释，成为“圣谕广训”，对清朝一代政治有深远的影响。
回乡祭祖 康熙帝生长汉地，不习满族旧俗，也从未到过故乡辽东。他确定了继承汉族封建制的施政纲领后，还必须尊重满族的传统，以获得满族故老的支持。
一六七一年九月，康熙帝以国家一统，祭告太祖太宗为名，回盛京祭祖。沿途接纳蒙古亲王朝见。至盛京城外，祭太祖太宗陵。巡视盛京内外城地，年老及鳏寡孤独者都赏赐银两。祭祀之后，召见盛京将军及现任解任文武大小官员赐宴。八十以上老人至帝前赐饮。又召见披甲被伤老病退甲闲散四百余人，各赐银两。另发银二万两赏给宁古塔兵丁。康熙帝又谕户、刑等部侍郎，说“奉天系祖宗发祥重地。奉天府、宁古塔等处，除十恶死罪不赦外，凡已纳未结死罪，俱著减等。其军流徒杖等俱着宽释。自山海关至奉天府所属地方，康熙十年、十一年分，正项钱粮俱著豁免。”（《圣祖实录》卷三十六）康熙帝通过回乡祭祖，成功地争取到辽东地区未迁入关的满族故老的拥戴。十月，启程回京，临行前又谕宁古塔将军，对赫哲、费雅喀（飞牙喀）族“广布教化”。
编修典制 康熙帝制定施政方针后，还必须修订各项具体的法令制度，才能付诸实行。一六七○年五月，采纳江南道御史张所志的建策，开始编修《会典》，以确定各项制度。令各部院衙门将太祖、太宗、世祖时定例及现行事宜查明送内院纂修。一六七三年六月，禁止八旗包衣佐领下奴隶随主殉葬，进一步削弱了八旗奴隶制的残余。
康熙帝在除鳌拜后的三、四年间，采取多种措施，使得辅政时期激化了的各种矛盾得到一些缓和。当康熙帝还没有来得及进一步订立制度时，一六七三年爆发了吴三桂为首的“三藩”反清战争，迫使清朝不得不以全力来对付这场声势浩大的战乱。
