我很担心，一旦密斯李出笼，后事不堪设想……后宫干政，汉有吕后，清有慈禧……
田家英是在一九五六年之前后发出这些议论、感叹的。那时，他的师长、兄长们都不相信江青日后会在政治上有什么出息。在毛泽东视田家英为手足子侄的那年月，自然不会有人去告密。连康生、陈伯达这样的人物都要从田家英口中打探信息，揣摸上意：主席最近读了那些文章 ？做过什么批注？写过什么诗词？夸奖过谁的文字？田家英遵守纪律，对毛主席的个人事务守口如瓶。陈伯达的频繁打探更令他十足厌恶，最看不惯这位「理论家」的那种媚上压下，倚强凌弱的投机嘴脸。
一九五九年七、八月的庐山会议上，田家英和毛泽东之间的政治裂痕逐渐显现。在毛泽东身边工作了十一年之后，亲历了大鸣大放、抓右派、大跃进、超英赶美、大炼钢铁、人民公社化、公共食堂、跑步进入共产主义等等，一桩桩、一件件，是毛泽东一人策划、一人号令，唱独角戏似的，把全党全国玩的团团转。还公然在成都会议上赞扬个人崇拜……把封建帝王的统驭术运用到党中央工作中来，人人都要仰仗他的鼻息，政治局和政治局常委会如同虚设。
田家英敬重彭德怀的无私无畏的人格，支持彭老总向毛泽东大胆陈言，为民请命。庐山会议后期，田家英差点被划进「彭、黄、张、周右倾反党集团」名单中。刘少奇、周恩来、朱德、康生、胡乔木等出面保了他，毛泽东也还需要他继续完成《毛泽东选集》第四卷的编辑、注释工作。他向毛泽东作了检讨，得以避过一劫。
一年大跃进，三年大饥荒，全国饿死人口数千万。在毛泽东地位最为脆弱的一九六○、六一年，数度流泪表示悔改的日子里，田家英表现出对主公的极度忠诚，全力协助主公稳定局面，度过难关。这是毛泽东和田家英关系最为密切的两年。几次中央工作座谈会上，毛泽东都破例地拉田家英坐在自己身边，以示信任、重用。刘少奇、周恩来、邓小平倒是坐到了田家英之旁。
田家英是一九六一年由刘少奇、杨尚昆提名，升任中央办公厅副主任，级别为正部级（军队正兵团级）。中直机关历来按级别住房子。田家英一家被安排住进原彭德怀元帅住过的永福堂。「永福堂」匾额为大清乾隆皇帝手书。起初田家英不愿住进永福堂，因彭老总是从这里蒙冤迁出……但杨尚昆主任强调共产党人不讲彩头讲党性，永福堂离毛主席的住所近，进出快捷，方便工作。他只好搬进永福堂以彭总为鉴、居安思危了。永福堂房舍宽绰，北房五间做了田家英夫妇的起居室和办公室；西厢房五间做了三个孩子及秘书、通讯员的宿舍；东厢房五间打通隔墙，做了毛泽东的私人图书馆。这图书馆的西面和东面各有一道门，东面的门外一条通道，直通毛泽东的住所菊香书屋。
要论田家英对毛泽东的最大奉献，应是他从头到尾参加了《毛泽东选集》一至四卷的编辑、注释。刘少奇挂名「毛选」编委会主任，康生挂名副主任，属于「君子动口不动手」。在长达十余年的时间里，田家英年轻力壮，记性又好，独担大任地领着编辑小组完成选篇、考证、文字加工等繁缛而细致的工作。他并主持撰写了「毛选」一至四卷的九百八十七条注释文字。每条注释都力求写得简练、生动、准确。事后毛泽东大表满意，称赞他的劳绩。
人民文学出版社出版的《毛主席诗词十九首》、《毛主席诗词三十七首》两本诗词集，亦是由田家英独立编辑完成。其中毛泽东作于井岗山根据地和江西苏区的十来首诗词，作者本人都忘记了，由田家英从江西、福建、湖南、湖北等省市的革命博物馆的残破油印文物中发掘、考证出来的。
田家英还独力完成了《毛泽东著作选读》甲种本、乙种本的编辑出版工作，并替毛著加进了一些「名言」，如「谦虚使人进步，骄傲使人落后」，「要搞群言堂，不搞一言堂」等等，受到党中央和毛本人的高度肯定。一九六二年前后，田家英又参加了「毛选」第五卷的选编工作。此卷的主要内容为一九四九年至一九五七年间，毛泽东的各类讲话、报告、文章 、重要批示。在刘少奇主持的编辑委员会议上，田家英这位毛泽东著作的长期编辑者、注释者，竟力排众议，大胆陈言，反对「毛选」第五卷匆忙出版。他不避禁忌，说出了自己的看法：毛主席在建国以后有关社会主义建设和社会主义革命的论述，特别是有关经济建设的论述还不成熟，甚至有着明显的缺失，有待时间的检验。
在那提倡全民学毛著的年代，田家英反对出「毛选」第五卷，明言毛在社会主义时期的理论不成熟，有缺失，真乃空谷足音，震聋发聩。田家英的言论传到毛泽东耳里，能不大败胃口，怒上心头？于是一声令下，「毛选」第五卷编辑小组就给撤销了。