但是，CC系与复兴社之间的暗斗没有结束。有一次，复兴社南京负责人任觉五将中央政治学校3名CC特务学生绑架并秘密处死。陈果夫探知消息后大怒，说这3名学生是他们的人，双方互讼于蒋介石面前，结果任觉五受了处分才算完事。
1937年2月，国民党五届三中全会后，中日关系日趋紧张，全国抗日热潮高涨，蒋介石为了加强对特务系统的集中领导，于4月成立了"国民政府军事委员会调查统计局"，这个总的特务机构，将原复兴社与CC派特务组织集合在一起，进行统一管理，局长是陈立夫，副局长是陈焯。
陈立夫当上了军委调统局长，高兴了好多天。但是，蒋介石成立统一的特务机构，只是为了便于指挥，而并非将整个特务组织都交给二陈。局长虽是让陈立夫当了，但特务系统并不打乱，局下设3个处，原来的CC系属1处，原来的复兴社属2处，3处开始两方面人都有，后来也拨归复兴社。这3个处各成系统，互不问津，连办公都不在一个地方。
陈立夫对此十分嫉恨，便以局长的官衔处处抬高1处、压制2处。2处处长戴笠因公去见他，他傲慢地坐着，既不起身，连眼皮也不抬一下。戴笠对此耿耿于怀，常在军统特务中讲陈立夫的坏话。
抗日战争爆发后，国民党中央机关从南京撤退到武汉，二陈所指挥的CC特务内部混乱，原有的组织几乎全部停止活动，一些CC特务如丧家之犬，离散各处。1937年9月，蒋介石为适应战争，成立了"大本营第六部"，任命陈立夫为部长，主管"民众动员"事宜。陈立夫受命后，为了安抚那些离散的特务人员，便以大本营第6部部长的职权，在部下设立第4组，主管党派关系，将原军委调统局第1处人员大部分调入这个机构，仍以徐恩曾为组长，这就保存了CC特务的老班底，使之能继续从事特务活动。
1938年3月，国民党召开临时全国代表大会，大会以防止敌谍汉奸活动、提高工作效率、增加抗战力量为由，决定将CC系与复兴社两个御用的特务组织加以扩大，以原中央组织部调查处为基础，成立中央执行委员会调查统计局。蒋介石特派中央执行委员会秘书长朱家骅担任中统局长，任命徐恩曾为副局长。另派侍从室主任贺耀祖为军统局局长，戴笠为副局长。
中统局成立后，具体事务都由徐恩曾办理。陈立夫即通过徐恩曾，直接干预中统事务，并极力将中统势力扩展到各地。二陈通过国民党组织部发出指令，要求各地方党部协助工作。他们派出一些中统骨干分子到各省、特别市及铁路党部设立调查室。
陈立夫除了在各地建立基层组织外，还将中统势力渗入各部门。
但是，二陈手中握有这一大个特务组织，心中总还是担忧。因为中统局长是朱家骅，这对他们来说，总是有些不方便。本来，二陈与朱家骅的关系是不错的，朱原来也属CC派上的人。但他任中统局长后，便不把二陈放在眼里，大有变中统为朱家系统的野心。
二陈见朱家骅来者不善，也就顾不了过去的情谊了。陈果夫曾对此大发脾气："朱骝先太不像话，怎么单对我们的人开刀。而我们人中也有些失节之徒跑到朱家，真是人心大变。"
于是，二陈便发动了对朱家骅的全面攻势，先是下令CC人物对朱家骅进行批评，不予合作，使朱家骅陷于被动；然后，陈果夫向蒋介石推荐CC骨干郭紫峻、顾建中为中统局副局长，架空朱家骅，朱家骅虽在中统局内布有一定势力，但终不及二陈的势力根深蒂固，终于败下阵来，被迫离开中统局。
朱家骅走后，陈立夫即进行全面清理，将朱派人物全部挤出。中统局又成为二陈的天下。
