但是，远东国际军事法庭对战犯的宣判并未立即执行。
日本战犯辩护团向盟军总部提出申请，要求重新审查对被告的判决。
盟军总部接受了这一申请，召集战胜国对日理事会在东京的代表商讨意见。
11月24日，盟军总部宣布，驳回一切重审要求，命令美国第8军司令按照远东国际军事法庭的判决结果执行。
但是，意外又发生了，11月29日，由美国陆军部派出为广田弘毅和土肥原贤二辩护的两个律师向美国最高法院提出上诉，要求释放被告。
12月2日，又有5名被告向美国最高法院提出同样的上诉。
1948年12月6日，美国最高法院决定接受上诉。
这个消息一经传出，世界舆论为之大哗，谴责与反对的声音铺天盖地。
美国最高法院迫于国际正义力量的压力，于12月16日决定延缓对日本战犯“上诉书”的审理。
1948年12月20日，美国最高法院以6票对1票否决了日本战犯的上诉申请。
巢鸭监狱
远东国际军事法庭对战犯的行刑地点就确定在巢鸭监狱内进行。
7个战犯在听到法庭对自己的最终判决时，退回法庭一侧的休息室里就开始作诗。东条英机的诗：“樱花瓣啊，悄悄而哀愁地落下来了。”
透过这些貌似哀婉的诗句，人们能够感受这些曾经屠杀了千百万人生命的刽子手们，在走到他们人生末路的时候，仍然对没能实现的帝国梦想心存不甘。
从1948年12月22日晚上8点起，盟军在东京实施戒严。
晚上11点30分，7名被告在各自的执行绞刑的命令上签了字，然后他们一律换上美军救护工作服，戴上手铐。11点40分，从监狱通往刑场的近百米甬道两旁，每隔10步站着两个美国宪兵。主执行官和行刑宪兵、法医，由典狱长率队进入刑场。
应驻日盟军总部麦克阿瑟将军的邀请，美国、中国、英国、苏联4国驻日代表到场监督行刑。
执行官走上指挥台。按照抽签先后次序，第一个上绞刑台的是土肥原贤二。
第一个上绞刑台的是土肥原贤二
第二个上绞刑台的是东条英机。第3个上纹刑台的是松井石根，第4个是武藤章。第二批上绞刑台的是坂垣征四郎、广田弘毅和木村兵太郎。
36分钟以后，最后一个战犯木村兵太郎死去。
1分钟以后，战犯被处决的消息就通过电波传遍了世界。
几个小时以后，黎明时分，盟军总部的军用吉普车在蒙蒙的细雨中，把火化的战犯骨灰抛洒到荒野上。
次日，就是西方国家的圣诞夜。7天后，世界迎来了1949年新年。
在远东国际军事法庭审判的进行中，南京、上海、马尼拉、新加坡、仰光、西贡以及苏联的伯力等地也设立了军事法庭，审判日本乙级、丙级战犯，受审的战犯共5416人，其中937名恶贯满盈的战犯被处以死刑。
随着时间的流逝，历史已经证明，远东国际军事法庭的审判是严肃公正的，它向世界表达了这样的信念：正义必将战胜邪恶，阴谋侵略是最大的犯罪，这是必定要受到惩罚的。
但是，不能不看到，远东国际军事法庭也存在着无法回避的遗憾与不足。
向哲浚，1949年初春回国后，拒绝了国民政府给他的最高法院检察长的任命，回到上海，就职于上海财经学院。1978年在上海去世。
倪征燠回国后，被国民政府任命为上海高级法院检察长，但倪徵燠拒绝到任，回到东吴大学教书。1956年奉周恩来之命，出任中华人民共和国外交部顾问。1985年，被选为海牙国际法院法官。2003年9月倪征燠在北京病逝。
梅汝敖在东京审判结束后，接到国民政府任命他为政务委员兼司法部部长的电报。梅汝敖公开声明拒绝到任。1949年12月1日，梅汝敖由香港一路辗转北上，应邀出席了中国人民外交学会成立大会。1950年，梅汝敖担任新中国的外交顾问。1973年，梅汝敖在北京逝世。
在梅汝敖去世的10年前，他曾经说过这样一段话：
“我不是一个复仇主义者，我无意于把日本帝国主义者欠下我们的血债写在日本人民的账上。但是，忘记过去的苦难可能招致未来的灾祸。”
