在源空的专修念佛成立之后约八十年，又出了一位日莲圣人，开创了以法华信仰为根本的日莲宗。日莲（一二二二──一二八二）生于渔家，故其自谓：‘日莲乃日本国东夷东条房国海边之栴陀罗子也。’十二岁入其故乡的清澄寺，求学内外诸典，十六岁落饰，法名莲长。此后即历访南都北岭等地的诸宗名师，深契法华经之妙理。建长五年（一二五三）三十一岁，归清澄寺，同年四月二十八日之晨，登山顶，面向由海上升起的日轮，他便高唱‘南无妙法莲华经’之经题，是为开宗的起源。他向大众宣称：法华是一切经的眼目，是诸宗的中心。同时他攻击他宗之论锋也极其锐利，因此不见容于故乡，移居镰仓，结一草庐，同时改名为日莲。
受迫害
但他传道之心热切，常于镰仓市区，高唱经题，并向来往行人，男女老幼，劝导说法，鼓吹法华信仰，论难念佛之非。受其感化而归从之者，道俗皆有，而且日益增加。正嘉元年（一二五七），日本适遭大地震、大风、洪水、饥馑、时疫等灾难，相继袭击！日莲为了探究其因，即于次年至实相寺，阅读藏经并作冥想，结果，以为是由于专门弘通净土及禅等诸宗的邪法而致正法不行的缘故。于是撰著守护国家论及灾难对治钞，以述其旨趣。到了文应元年（一二六○）七月，将其所作有名的‘立正安国论’，献于镰仓幕府的前执权北条时赖。内谓若不容受法华信仰，也不停止念佛之教，则三灾八难不免，外寇亦自远来袭。对于这点，却触犯了执权北条长时的忌讳，所以大为愤怒，他的草庐，亦为旧有诸宗的徒众击破焚毁。日莲本人，仅以身免。
受此迫害，却更加坚强了日莲的信心，依然猛烈地攻击他宗，积极地倡导唱题成佛之说。于
是，再度带来了迫害！弘长元年（一二六一），幕府将他流配到伊豆的伊东地方。文永元年（一二六四），又遭反对派的伏击，他的弟子之中，有几位因此丧命，他亦负了创伤。
到了文永五年（元世祖至元五年），由于蒙古第二次遣使至日本对马岛，并掳岛民二人而去，即知强敌将至，恰好为日莲的预言所中。他便再度上书幕府，他说：非以法华经之功德，无以镇护国家。并写四句格言，分送镰仓诸大寺，谓：‘念佛者无间地狱业，禅宗天魔所为，真言亡国之恶，律宗国贼妄说。’这种激越之论，殊违乎常情，幕府不予受理，诸寺诸山则不能置之等闲，故于文永八年，即被判处斩罪，后减为流刑，远配于佐渡。
日莲的成功
文永十一年，因获赦，再返镰仓。由于波木井实长之请，隐于身延地方的山中，结草庵而居。但是慕名敬仰者，均从四方云集而至，后来即以此处为法华信仰的中心道场，名为久远寺。弘安五年，感病出身延山，移居武藏地方的池上宗仲所建之本门寺，开堂之日，他所讲的就是立正安国论，但也就在这年的十月示寂了，享年六十岁。
纵观日莲的一生，为自己的信仰而赴汤蹈火在所不辞，显出宗教家特有的生命之光辉。但是这种精神之产生，除了日本的民族及地理背景为其根源之外，那就颇不可能了。日本佛教的强固性，就靠这一精神的维系。然也因了这一精神，宗派的门户隔阂，也就牢不可破。唯其佛教的含融性，终能促使各宗派间，相容并存。
日莲宗的门派
日莲的门第很多，最有名的是日昭、日朗、日兴、日向、日顶、日持，此六人称为六老僧，再加上日常与日像二人，并称为八祖。六老僧在身延山的日莲祖塔之傍，各建一房舍，各率自己的弟子（称为中老），轮次守塔。但到弘安八年（一二八五），当日向轮番之时，檀越波木井氏，主张废除交替轮值制，而由日向永远留任看守祖塔之职。日昭与日朗等人，同意了，日兴则以有违祖师遗命，遂与他们绝交而去，至骏河（静冈县）另开大石寺。这是初次分裂。
日与的门流中出有日目，主张本门与迹门的胜劣有别义，故称胜劣派。日朗的法孙，则对胜劣之说而主张本迹一致义，故称为一致派。
六老会中的日持，离开本岛，于永仁三年（一二九五）自奥州轻津，越松前，经桦太而至鞑靼地方（今之沿海洲）。因此而为日本史家认为日持是往海外弘法的第一伟人。
日莲宗的弘布
日莲宗在京都的开发，是从日朗开始。日莲寂后第十三年忌日，日朗门下的九凤之一，也是八祖之一的日像，西上至京都，但却经过了三度驱逐。在这三度进退之间，得到真言宗的贤贤及妙实两人的改宗，助力极大，故于元亨元年（一三二一），首先得到许可在京都建立了日莲宗的第一座寺院，称为妙显寺。此后接引公家（朝廷）及武家（幕府）者，也就是此寺之力。日像（一二六九──一三四二）后来被尊称为龙华尊者。他的弟子妙贤，于历应四年（一三四一）将妙显寺迁至四条栉笥（也是京都的），故称为四条门流。
尚有日朗的另一弟子日印，也有弟子日静，由于他与将军足利尊氏的俗缘关系，而获幕府的保护，故于贞和元年（一三四五），将镰仓的本国寺，迁至京都的六条，所以称为六条门流。
另有一位，本系比睿山的学僧，康历二年（一三八○）当他六十七岁时，因阅及日莲遗著开目钞及如说修行抄等，大受感动，遂改宗而自号日什（一三一四──一三九二）。往来于京都与东国之间，宣扬宗义。因他接近了将军足利义满，保护了当时的妙显寺未受睿山徒众破毁。他在室町建有妙满寺，在远江、镰仓、会津等地，亦建有寺院。他的派下称为妙满寺派或称日什门流。
（三）禅宗的输入及其发展
早期禅者
在奈良时代，法相宗的道昭，除了亲近玄奘外，又在相州的隆化寺，谒见禅宗二祖慧可的弟子慧满，并听其宣讲楞伽等诸经。道昭返日之后，即于元兴寺别建禅院，天下的禅者因之风从。
另有唐文宗开元年间去日本的道璇，曾从玉泉神秀系下的普寂，传受禅法，这是北宗禅，或称为渐悟的如来禅。道璇自己也说：‘我有心法，名如来禅。’
到了平安时代，与禅最有关系者，是最澄。他在入唐之先，尝就行表受禅法。在华期间，又向行满重受禅要，另依禅林寺的翛然参学。根据最澄带同去的章疏考察，他传的是南宗禅的旁支
牛头禅。
此后有唐僧义空东渡，他是马祖道一的法孙，所以日本古来均以义空为日本禅宗的首传。北宋时来华的日僧奝然，亦曾学禅。另有比睿山的觉阿，闻南宋的禅宗盛行，便与奋然于承安元年（南宋孝宗乾道七年）来华，就杭州灵隐寺的佛海慧远禅师嗣法，东归。
临济宗的荣西
日本禅宗虽于奈良时代已经流传，但其独立成宗并且影响深远者，则有待荣西的出世。
荣西（一一四一──一二一五）号明庵，十一岁落发，学显密两教于比睿山，特别精通台密，而成为叶上流之创祖。仁安三年（一一六八，南宋孝宗乾道四年），二十八岁，入宋求法，历游天台山及育王山等，于同年即携天台章疏二十余部东归。文治三年（一一八七）再度入宋，参访天台山万年寺的虚庵怀敞，传受临济法脉。因为虚庵是黄龙派下的第七代祖的法孙。
荣西第二次来华，住了五年，于建久二年（一一九一）返日，在博多建圣福寺，在镰仓开寿福寺，在京都立建仁寺，鼓吹禅宗。但对南都北岭的旧宗派，妨害很大，因之起而抗议。荣西遂着兴禅护国论三卷，分述禅之由来以及国家于禅法之不可或缺。另作有出家大纲，以说明出家之天职为何。荣西非仅传禅，禅则由他而盛，故被推为日本禅宗的开山祖师。他也精于医术，尤其注意茶的养生方法。建保二年（一二一四），因将军源实朝罹病，荣西献上所作之吃茶养生记，说明
茶的功能，有遣困、消食、快意之效，是为日本之有‘茶道’的开始。
荣西之后的诸师
荣西的弟子有荣朝、行勇、明全等。荣朝门下出圆尔辨圆（一二○二──一二八○），辨圆于嘉祯元年（一二三五，南宋理宗端平二年）来华，参径山的无准师范而嗣其法。在宋六年，东归后，受藤原道家之召，开创东福寺及普门寺等，而集公家及成家之皈依于其一身，奠定了镰仓禅宗势力的基础。花园天皇赐圣一国师之号，此为日本之有国师尊号之嚆矢。门下二十余人，而以湛照为嫡嗣。
辨圆门下尚有一位无关普门，来华留学十二年，归国后，龟山上皇舍其离宫为南禅寺，以普门为该寺初祖。
无住一圆，也是辨圆的门人，着有沙石集十卷、杂谈集十卷等。
湛照门下则出虎关师炼（一二七八──一三四六），他有一部三十卷的名著‘元亨释书’，是受了中国梁、唐、宋各高僧传的启发，编成了一部日本的高僧传，迄今仍为日本佛教史学史上的重镇。
与辨圆同兴禅宗的另一人是南浦绍明（一二三五──一三○八），绍明初学禅要于东渡之宋僧兰溪道隆座下。正元元年（一二五九，南宋理宗开庆元年）来华，参于虚堂智愚之门。文永四年（一二六七）归日，受后宇多上皇之召，嘉元二年（一三○四）住万寿寺。辨圆是禅密戒并修兼行的人，绍明则始
终是纯粹的禅者。其门下有通翁镜圆及宗峰妙超。妙超受到花园上皇的皈依，是京都大德寺的开山。妙超门下出关山慧玄及彻翁义亨，慧玄则奉花园上皇之命改其离宫为妙心寺。
中国禅师东渡
镰仓时代，日本的禅师辈出，由中国前去的禅师亦复不少。其中以兰溪道隆、兀庵普宁、无学祖元、大休正念、西涧子昙、一山一宁等最为有名。
兰溪道隆（一二一三──一二七八）是西蜀人，十三岁于成都大觉寺落发，后参历浙江诸山。南宋理宗淳佑六年三十三岁东渡，因当时日本的旧派诸宗，逞私营利，腐败堕落，纯中国的禅家风骨则寡欲朴质，不重寺院之宏大庄严，不拘泥于文字经典，主张苦修力行，不思居室之美，不贪衣食之富，这些都与源赖朝开创镰仓幕府以来，所提倡的武士精神相吻合；又以禅寺所行百丈清规之严正，亦为重礼节尚志气的镰仓武士所欣悦。同时，此时掌握政权的北条时赖，亦想脱离旧都的诸宗，树一新的宗教于镰仓，使镰仓成为政治及宗教的新的中心。故决采中国化的禅宗，邀道隆至镰仓，开建长禅寺。弘安元年示寂，谥号大觉禅师，此为日本之有禅师号的创例。
普宁是受道隆之敦劝而于南宋理宗景定元年（一二六○）东渡，先至京都，后受北条时赖之请，继道隆而住建长寺。时赖屡就普宁修禅，热心参究，卒得普宁的印可。时赖死后，因旧派的诽谤，乃留一偈：‘无心游此国，有心复宋国，有心无心中，通天路头活。’遂于南宋度宗咸淳元年（一二六五）归宋。
无学祖元（一二二六──一二八六）是明州庆元府人，出家后参于径山的师范之门，南宋恭宗景炎元年（一二七六），他在温州的能仁寺，因元兵至，众皆逃避，独祖元端坐堂中，元兵白刃加颈，他仍神色自若，并说一偈：‘乾坤无地卓孤筇，喜得人空法亦空，珍重大元三尺剑，电光影里斩春风。’元兵听后，即默然离去。元世祖至元十七年（一二八○），因北条时宗之请，东渡日本，先住建长寺，又创圆觉寺，寂于日本，谥号佛光禅师。门下出有日籍高足高峰显日及规庵祖圆。
尚有一位奉了元成宗的使命赴日的一山一宁。他是台州人，初学显密二教，后于天童育王承受禅要而住于普陀山。大德三年（一二九九），奉命东渡，而为疑作间谍，被北条时贞幽禁于伊豆之修禅寺，获赦后住于建长寺、圆觉寺及京都的南禅寺。在日本二十年，备受朝野之归敬。座下著名弟子有华籍的石梁仁恭及日籍的雪村友梅。
道元与曹洞宗
日本的禅宗，自荣西之后，共分二十四流，但总不出临济及曹洞两派的分支。以上介绍的是临济，至于曹洞，是由道元开始。
希玄道元（一二○○──一二五三），十三岁出家，原为荣西的法嗣明全的弟子，于南宋宁宗嘉定十六年（一二二三），随同明全来华，在明州天童山的长翁如净座下得法。如净是洞山第十三世法孙，道元受其涅盘妙心，承传了曹洞的法统。在宋四年，东归后，先在洛南，传其禅风，又在越前国开创永平寺。道元持律谨严，并遵如净之训：‘不可亲近国王大臣’。当时的执权北条时赖
，慕其道风，而召至镰仓，叩示禅法，一时间臣属及庶民之争相皈依者风从。时赖虽待之以优渥，仍坚不受其久留镰仓之请，而于半年之后，返回越前的永平寺。此与荣西的不拒权贵之接纳者，适足两相对照，后世即以此为树立两家不同的宗风。道元着有正法眼藏九十五卷、永平广录十卷、永平清规二卷、学道用心集一卷。门下以孤云怀奘最为有名。
道元门下的孤云怀奘，初在睿山出家，后改师事道元，协助道元司理山务寺制。道元寂后，即着手道元著作之校集。他的门下出有义介、寂圆、义演、义准等人。义介开创大乘寺，其门又出寒岩义尹、莹山绍瑾等人。
（四）镰仓时代的佛教文化
镰仓幕府与佛教
南宋中叶以后，宋日交通日增，来往僧侣极众，镰仓幕府对于宋之佛教文化，抱有隆高的敬意。将军及执权，多与宋僧或禅师交接。例如：第三代将军源实朝，于西纪一二一六年，竟有亲自来华的计划。因他于某夜梦入宋之某寺，见一长老升座说法。梦醒问此寺名于僧，答以‘此京都能仁寺也。’‘此长老为谁？’答曰：‘此寺之开山，南山宣律师也。圣者难测，生死无隔，可随处现，律师现再诞，即日本国实朝大将是也。’‘此侍者为谁？’答谓：‘侍者亦再诞，即日本国镰仓雪下之供僧良真僧都也。’事后，实朝又问良真，良真亦以此梦作
答。实朝遂信他是南山律师的后身，故欲亲谒灵迹而有造船入宋之企图。终由于所造的船大港浅，不能出海而作罢。
执权北条时赖之信禅僧，初只为政治上之利用，当其接近之后，渐次而热心皈依，终成为禅法之修持者。后来让职于北条长时，他竟就道隆落发，在最明寺专修禅法，并得普宁之印可。当他临终，安坐绳床，述遗偈而逝，已俨然一高僧的风范了。
及至执权北条时宗，对禅宗的信仰益隆，日人赞时宗为武士之典型，而其修养乃得力于禅宗。他自幼即受禅宗的熏陶，大休正念赞之为：‘幼慕西来直指之宗，早悟即心即佛之旨。’他曾先后参学于道隆、祖元座下，并有深厚的禅功，养成果断而镇定之精神。当元军大举攻日，守卫困难之际，时宗竟能沉着应付，从容不迫，以息国难。此尤得力于祖元禅师之勉励：‘一句一偶，一字一画，悉化为神兵，如帝释天与阿修罗战。我军得神佛庇护，降伏魔军，生灵皆安。’元军卒因遇暴风破船，偃兵而退。
禅宗与武士道
日本武士的教义，实系神道精神、儒家思想、禅宗骨格之三流合糅。试看其要求武土的条件，是忠孝、武勇、慈悲、礼让、勤俭朴质、重名分、尚节操、一生死。其中的慈悲、勤俭朴质、一生死，便是禅宗的赐予。
慈悲之旨，乃佛教的基本思想，故不论。且看百丈清规的一日不作，一日不食，即为勤俭；不立文字，直指心源，是为朴质。祖元曾说：‘若能空一念，一切皆无恼，一切皆无怖，犹如着重甲，入诸魔贼阵。魔贼虽众多，不被魔贼害。掉臂魔贼中，魔贼皆降伏。’这是不畏死亡，无惧外界恶势力的侵扰。道元也说：‘生一时也，死亦一时也，亦如春而夏也，夏而秋也，秋而冬也’。最不要忘了祖元曾对元兵说的：‘珍重大元三尺剑，电光影里斩春风。’这就是生死如一，视死如生的精神之表露。
镰仓时代，武士道精神之成熟，以及禅宗之特盛，乃系互为因果。所以，武士道并不坏。后来明治维新以后，以武士道的基础，成长为军国主义，欲遂某兼并大陆而奴役我中华民族的目的，实非武士教义的本质了。
中日交通与佛教
自唐末五代以来，中日僧侣之往来，可资介绍的实在很多。在此仅能述其大略：
五代时的吴越王，保护佛教最力，因此杭州西湖一带，佛教独兴，所以此后日僧来华，亦多以拜谒此处的名山为目的。此时日僧来华之可记者不多，较著名的有宽健及日延二人。宽健客死中国，日延则携吴越王钱弘俶之‘宝箧印塔’东归。当时中国文化中衰，经籍多散佚，吴越王曾托商客向日本以黄金六百两，求天台论疏的写本。随同宽健来华的澄觉，亦在后唐明宗长兴年间（九三○──九三三），在洛阳长安等处讲唯识论及上生经等；另一同来的宽辅，也传瑜伽大教。日本佛教反哺我国，日人则自夸其文化已优于中国了。
我国北宋时代，日本由于外戚藤原氏掌政，对外力主闭关主义，来往交通不多。自南宋起，日本政权由外戚转入武家平清盛之手，嗣后即奖励海外贸易，中日交通日臻频繁。
北宋时代来华日僧以奝然、寂照、成寻、仲回最为有名。奝然于西纪九八三年（太平兴国八年）与弟子成算等四人入宋，留三年，历访天台、五台及洛阳龙门等佛迹，并晋谒宋太宗。归国时的最大礼品，是携去了中国最早的开宝版初印本大藏经。
寂照于宋真宗咸平六年（一○○三）来华，在华三十余年，客死于宋。
成寻于宋神宗熙宁五年（一○七二）偕弟子赖缘等七人来华，晋见神宗，命祈雨，奇验。在宋九年，寂于此土。
仲回入宋，是奉了朝廷之命，以送达国书的身份而来，但却由于日廷对宋，持平等态度而未被宋廷接受。
到了南宋时期，日僧之来华者，先后达五十三人之多，乃极一时之盛。例如前面介绍的荣西、觉阿、俊芿、道元、辨圆等，均系此期入宋的人物。
在宋以前，日僧携去经典，虽已不少，北宋以后，由于中国刻经事业的隆盛，有宋一代，日僧携去者，竟有三种版本的大藏经。一是奝然请归的蜀本，亦称官本；二是福州东禅寺本；三是
福州开元寺本，均称闽本或私本，分由重源（一一六七入宋，住一年）及净业（一二一四或一二三三入宋，住八或十四年）携返日本。
新宗派的新风气
到了镰仓时代，日本佛教，有了三大中心区：奈良的六宗，京都的天台及真言两宗，镰仓的禅宗。大体上说，新旧两京的佛教，与皇室信仰密切，镰仓为武家的幕府所在地，故与幕府信仰密切。净土的真宗及法华的日莲，虽始于镰仓时代，盛行则要到南北朝时代之后，唯其再加上禅宗，则为此期的三个新宗。净土真宗及日莲宗，是日本的特产，可谓日本自己的佛教，正像禅宗是中国文化的佛教产物。
所谓新宗派的新风气，由于念佛的民众化，遂使贵族佛教推展成为民众的信仰；由于街头传道乃至劝人随处念佛及唱经题的结果，佛教的中心，遂由寺院开放，而普及于全民的日常生活之中。
由于新宗的人物源空、亲鸾、一遍、日莲等主张妇女同样可得信仰的救济，遂一反从来重男轻女的思想，乃至凡为灵山圣境，都列为女人的禁地。道元对这种作风，亦评为‘此唯诳惑世间至愚之人’。
五、南北朝及室町时代
（一）禅宗的隆盛
时代的大势
当镰仓幕府末期，后醍醐天皇欲收同政权，下召诸将，勤王讨幕。此在日本史上，称为建武中兴。结果，镰仓幕府灭亡，却又有足利尊氏，叛离天皇，在京都另立光明院，天皇无已而南迁至吉野。这个南北朝的局面，直到足利尊氏的第三代义满之时，才归统一，恢复了幕府体制，称为室町时代。幕府末年，群雄割据，便成了战国时代。佛教在此期间的初头，新兴于前代的各宗派，都有长足的发展。禅宗因朝廷及将军家的归仰，尤为隆盛，其地位恰如平安朝的天台及真言两宗。
临济宗
南北朝时代，临济宗师有两大重镇，那就是梦窗国师及大灯国师。
梦窗国师（一二七六──一三五一）号疎石，十八岁出家，依东大山凝然受戒，游历诸方，学显二教，参访建仁寺的无隐及建长寺的一宁，万寿的显日佛国禅师传其心印。深得后醍醐天皇的敬仰，曾数度召入禁中说法。后醍醐天皇崩后，又得将军足利尊氏及足利义直两兄弟之归仰，并且受足利尊氏之请，建天龙寺追荐后醍醐天皇之冥福。他的国师号，即为后醍醐天皇所赐。其门下英才极多，嗣法者即有五十人以上，中以春屋妙葩、义堂周信、绝海牛津等，最为出色。
大灯国师（一二八二──一三三七）号妙超，字宗峰，二十岁依佛国禅师出家，又入大应国师绍明
之会下，参三年大悟而嗣其法。宗峰的禅风以峻严著称，受花园及后醍醐两天皇之皈依。当后醍醐天皇南迁吉野之后，宗峰即成为南朝之师，而与北朝之师梦窗国师齐名。嗣法弟子之优秀者，为彻翁义亭及关山慧玄。
彻翁义芋，继住宗峰所创的京都大德寺为第二代，第三代法孙则为一休宗纯。
关山慧玄，奉花园上皇之命，将其离宫改为妙心寺，成为妙心寺第一代祖。此后的临济宗，即以妙心寺为主要中心而发展延伸，至其第六代法孙雪江宗深之门，便分出四派，此后遂为日本禅宗的最大主力。
五山十刹
临济宗各系法嗣相承，以京都及镰仓为中心而极其繁荣。到将军足利义满时代，（一三六八──一三九四为其禀政期间）仿效中国制度而建五山十刹制。以京都的天龙寺、相国寺、建仁寺、东福寺、万寿寺，加上镰仓的建长寺、圆觉寺、寿福寺、净智寺、净妙寺，两个五山，合为十刹，受朝廷及幕府的崇敬而列为官寺。但又以京都的南禅寺置于五山的地位之上。
此一制度，为我国宋代仿效印度五精舍十塔而起。据余又荪的宋元中日关系史说：‘南宋宁宗时，仿印度五精舍十塔之故事，于江南之禅寺中，亦定其等级，有所谓禅院五山。其后又定十刹，次于五山之下。’据王辑五的中国日本交通史说：‘按宋代之五山，为径山万寿禅寺、灵隐山景德灵隐禅寺、天童山景德禅寺、净慈山报恩光孝禅寺、育王山广利禅寺，此均于日僧有密切
关系。’又说：‘日僧冈尔辨圆、神山荣尊，入宋时曾参诣师范。渡日宋僧之兀庵普宁、无学祖元，亦径山师范之弟子。……至若距宋都临安较近之灵隐、净慈二山，日僧挂锡或参谒于此者，亦在在有之也。’因而‘此等入宋禅僧归国后，亦传宋之五山十刹制于日本。’
不过，中国的五山十刹之名，是固定的，日本的五山十刹，则因时代而有改变。在京都及镰仓的两个五山之外，同时两地各又加上十刹，合计成了三十个寺院的总称。（参考桥三正的‘概说日本佛语史’二十一章）
曹洞宗
大致上说，临济宗的发展，与京都及镰仓的公家武家有关，相对的，于地方的大名及农民间的传播，则为曹洞宗。
武士共分七阶，由上而下的次第是：将军（一位）、大名、旗本、御家人、陪臣、乡士、浪人等七阶。以武士（武家）为中心的封建制度，又分有好多阶级的类别，例如（武）士、农、工、商。例如公家（朝廷）、武家、僧侣、神官、秽多（屠户）、非人（乞丐）。有一段时期，武家又有执权，朝廷受制于将军，将军受制于执权，是三头政治，而以执权为政权的掌握者。
曹洞宗的道元禅师，虽受朝野各阶层的敬崇，因其服膺‘不亲近王臣’的师训，所以独对下层社会的教化努力。道元之门出孤云怀奘，怀奘之下出彻通义介。义介被推尊为洞门太祖，其下出了莹山绍瑾及寒严义尹两大禅师，曹洞宗因而大盛。
莹山绍瑾（一二六八──一三二五），先学于怀奘座下，后得义介之心印，创建城满寺。又承袭义介而继主大乘寺，再开永光寺，晚年则创总持寺。门下得法者有七人，中于明峰素哲、无涯智洪、峨山绍硕、壶庵至简，称为四哲。其后由明峰而开十二门派，峨山则有二十五哲，曹洞宗的门风乃为之大张。峨山二十五哲之中，尤其以大源、通幻、无端、大彻、实峰为最有名，而其通幻的门流特别繁荣，成为室町末叶曹洞宗的主流。
大源门下有梅山闻本、了堂真觉，其法系由东海及北陆而波及山阳等地。通幻之下出有了庵慧明、石屋真梁等十哲，其法系自东国、北陆，而及于九州，接近各地方的大名，又建立根基于农民之间。曹洞宗以北陆为中心而向北至于奥州，向西到达九州。这与临济宗之以京都及镰仓的五山十刹为根基地者，适巧成为对比。
（二）日莲宗与净土宗的发展
日像及其门下
日莲之下的日朗之门，出有日像、日轮、日印、日善、日传、日范、日澄、日行、朗庆，号称朗门九凤，而以日像最着。初期日莲宗，仅在东国及北国活动，到了日像，始向关西地方传播。
日像（一二六九──一三四二）七岁依日朗出家。日莲入寂时，他仅十四岁，侍于病榻之际，受日莲之遗嘱，当向京都布教。二十岁，辞别日朗，巡拜祖迹，而入京都，于四月二十八日在宫城东门，登东山，面对旭日，高唱法华经题，以为本宗在京都开教之发起，同时纪念日莲逝世的十三周年忌日。
日像在京都布教，招致旧有诸宗的反感而加以迫害，十五年间，先后三回，世称为龙华之三黜三赦。龙华是日像所创的妙显寺亦号龙华院，此为日莲宗在京洛发展之滥觞。由于日像的精神感召，真言宗大觉寺的妙实，亦率其弟子，归投日像门下。妙显寺之建立，实系得力于妙实。日像临终，亦将后事托付妙实。
妙实继为妙显寺的第二祖，门下出朗源，朗源出日霁、日实。日霁迁妙显寺至四条栉笥，改名妙本寺。日实开妙觉寺。日霁门下的另一弟子日实，开立本寺，日隆建本能寺及本兴寺，日明继主妙本寺。日明之下出日具，日具之门出日真而开本隆寺。目前则以本能寺为本门法华宗的本山，本隆寺为本妙法华宗（即八品派）的本山。
当时与妙实并称，也在京都流布日莲宗的，尚有一位日印的弟子日静，他于北朝贞和元年（一三四五），应足利尊氏之请而入京都，后创本圆寺于镰仓。
日朝、日祝、日亲
身延山守祖堂的第十一世为日朝，他于出家之后，尝游学于南都北岭，通贯诸宗而回归日莲。继任期间，全力振兴祖山，再建堂塔伽蓝，整顿山中清规，世呼为日莲再
来，又称为身延之中兴。着有祖书五大部见闻记十七卷、元祖化导记二卷、法华草案钞十三卷、一代五时记十八卷等。
日祝与日朗同时，是身延山第六世日萨的弟子，于京都开顶妙寺，晚年住顶源寺。
日祝同时的尚有日亲（一四○七──一四八八），这是日莲之后又一位态度激越而功绩辉煌的大师。他十四岁出家，二十一岁入京都，因将军足利义教颇有信仰法华之意向，日亲遂效日莲的立正安国论而造立正治国论一卷，献于义教，并且一而再，再而三地劝说义教。终以其态度偏激，攻击他宗过盛，引起义教之怒，捕下狱中。狱吏屡施水火之刑，终不能动其初衷，乃至将铛烧红如火，加其顶上为冠，因被号为铛冠上人。坐狱计五百零三日，嘉吉元年（一四四一），蒙赦出狱后，行化于北陆的出阳及九州一带，席不暇暖，建立寺院达三十六座。
日莲宗发展的结果，门派也纷纷出现。总名为‘胜劣派’及‘一致派’。胜劣派下分出显本法华宗、本门法华宗、法华宗、本妙法华宗、日莲正宗、本门宗，共计六派；因其日莲正宗和本门宗，乃系同出于日兴一位派祖，故又合称为胜劣五派。一致派下分出日莲宗（单称）、不受不施派、不受不施讲门派，这是一致三派。
天文法华之乱
由于人才辈出，日莲宗的势力日渐高涨，至室町之末，仅在京都一地，即有二十一寺，且其态度激进，致引起了与其他诸宗的争斗。
最初是由于教义宗名的争辩，例如永正年间（一五○四──一五○六），山门（比睿山）的圆信，着破日莲义，日宪出而与之笔战，日澄也着日出台隐记。结果对方便诉之以武力，天文元年（一五三二）攻烧山科之本愿寺。天文五年，又将日莲宗在京都的二十一寺，全部烧毁。并将日莲宗徒逐出都外。日莲宗在京都的势力，一时陷于绝迹的状态。此在日本佛教史上，称为天文法华之乱。到了天文十一年，又许日莲宗徒返归京都。天文十五年，便恢复了十五个寺。这是日莲宗徒在论争的措词方面太过激烈的结果，故在此后，再也不敢轻率破他宗，所以与山门之间，也能和平无事了。
净土宗的分派
净土宗自以然阿良忠为基础，开出了镇西流的六派，称为京都三流及关东三流。
京都三流，即是（一）三条的真悟寺，了惠道光成立三条流。（二）一条的华开院，礼阿然空开创一条流。（三）宇治木幡的尊胜寺，慈心良空开出木幡流。
关东三流，即是（一）唱阿性真的藤田流。（二）尊观良辨的名越流。（三）寂慧良晓的白旗流。
在此镇西六流之中，以名越及白旗两流最盛。
名越流，自尊观经明心、妙观，而到圣观、十声，传播于奥羽地方。十声创磐城的专称寺，此寺后为奥州一方之本山。圣观门下的良荣，在下野大泽山开创圆通寺，成为大泽流之祖。名越流即以此二寺为本所，繁荣绵延以迄于今。
白旗流，是以武藏之白旗地方建一十乐寺而得名。自寂慧良晓，经定惠良誉、莲胜，至了实成阿而出了誉圣冏。圣冏（一三四一──一四二○）九岁出家。自二十四岁游学四方，探究诸宗，博学多闻，著述甚丰。内作革新之议，外则破斥异流，大张白旗流之教权。又定宗戒两脉相传之仪，即是传其本宗法脉，亦传律制的戒脉。其名著有选择传弘决疑抄直牒十卷，释净土二藏颂义三十卷，破邪显正义、观心要决集各一卷等。
了誉的弟子西誉圣聪（一三六七──一四四一），九岁出家，先学密教。二十岁会见了誉圣冏之后，始弃密教而入净土，敷扬师说，力弘宗义，并开增上寺于武藏之贝冢（东京市）。
再说与镇西流相对的另一派西山流。自证空上人之下，又分出了东山、嵯峨、深草、西谷等四流。东山及嵯峨两派，法统传承不久即告中绝，深草及西谷两派，后世颇为繁荣。
深草派，是以洛南深草之真宗院的地名而得名，以圆空隆信而发展出来。此派宗义之大成者，则为圆空门下的显意。显意之下又出道意及寿觉。道意开创圆福寺，寿觉住于誓愿寺，此后即以此二寺为本派的中心道场，而迄于今。
西谷派，是以法兴净音创光明寺于洛西之西谷而得名。法兴之下出观性及观智。观性继承光明寺，观智则住洛东之禅林寺。此后即以此两寺为西谷派的发展中心。西谷派的中兴人物，则为
明秀（一四○四──一四八七），这是净土教中最富于哲学思想的一人，但其宗义则平易近人，颇能迎合民众的教化。
净土真宗的分派
此期的真宗，除了本愿寺，分有四大派：下野之高田派、京都的佛光寺派、近江国野洲郡木部的锦织寺派、越前的左道派。
高田派以高田之如来堂为其发展之中心，后改称专修寺。由真佛，经显智及专空，而奠定此派的基础。再历定尊、空佛、顺证、定顺、定显。定显之子真慧为第十世，遂将专修寺的寺基移到伊势的一身田地力，而将此派的弘通，扩展于京畿、北陆等地，故被称为高田派的中兴之祖。真慧之下，门徒又分裂为二派：一拥应真，一拥真智，互争为高田派的正统。真智即至越前另起专修寺。以之对抗伊势的专修寺。经过百五十年的嫡庶派系之争，最后复归统一，仍似伊势的专修寺为中心。
佛光寺派，由空性房了源立基。
锦织寺派，由慈空立其基础。
另有高田派下，进入越前的一文，由如道而倡真宗的左道，排斥本愿寺的觉如为邪义。此一系统后来出有四派：出云寺派、诚照寺派、山元派、三门徒派。
本愿寺与莲如
对以上四派而言，京都大谷的本愿寺乃是独立的，这是留守亲鸾影堂，也即
是由亲鸾女儿觉信尼的子孙所传的一派。由其曾孙觉如而将影堂命名为本愿寺。但此派曾有一度没落，直到莲如（一四一五──四九九）出世，方见中兴。营建本愿寺于吉崎之山上，房舍达一二百轩，并将教势自北陆推展至奥州境内。从他所写许多的‘御文’之中，可以看出莲如教化的重点，是在地方的民间。他的宗义平易简明，深受民众欢迎。
可是，越前专修寺的门徒，与本愿寺门徒之间，也发生了轧轹。越前一派联合了丰原寺、平泉寺及加贺的白山寺，因为莲如成立第二山门而加压力，卒因加贺地方的守护富樫亲政，党于真慧派的越前专修寺门徒，文明八年（一四七六），率众来袭吉崎的本愿寺，莲如因此退去。
文明九年，由于近江地方的门徒之请，又在山科地方建立本愿寺。前后费时五年，完成庄严宏伟的伽蓝，视之犹如佛国呈现，较之昔日的本愿寺，规模大异。莲如全力恢宏真宗之祖业，结果名实相应而感召了佛光寺的经豪，以及锦织寺的胜慧、豪摄寺的善镇，先后皆来归从莲如。至此，真宗各派，又复合为本愿寺及专修寺的两大主流。
一向一揆
所谓一揆，是土匪、流寇、强盗的意思。这在室町时代，是政府最感头痛的问题，前代有僧兵之祸，此期有一揆之乱。此在真宗门徒称为一向一揆，以其一心一向弥陀如来的宗义而得名。在日莲宗门徒，则称为法华一揆。这纯粹是因群雄割据，各霸一方的诸藩之间，彼此虎视，相吞相并。所以各皆利用宗教的宗派集团之间的矛盾，起而煽动宗派集团的武装斗争，期藉宗派势力的延伸，发展各自政治势力的范围。
文明七年（一四七五），莲如因吉崎的本愿寺受专修寺门徒袭击而离去，本愿寺门徒遂对付政亲，专修寺门徒皆助政亲，于长享二年（一四八八）六月，开战于高尾城。结果本愿寺门徒大胜，并挟胜利余威，长驱直入，而致越中、能登、越前等北国地方，顿形大乱。
此后又在尾张三河地方，专修寺门徒协助德川家康，本愿寺门徒即于永禄六年（一五六三），结集大军对抗家康，结果是以媾和终局。
室町末叶，大名织田信长，志在平定全国而成统一之局，故自尾张地方，起兵西上，并预选大阪石山之景胜地方，为其雄图之策源地。故于元龟元年（一五七○），商请本愿寺将石山的寺基迁移转让，但遭拒绝，因而激怒信长，举兵进击本愿寺。本愿寺飞檄全国门徒告急，门徒结集，死守石山，信长大败，仅以身免。
元龟二年，信长卷土重来，攻击长岛之门徒，又败。第二年再攻，第三年三攻，结果也以媾和收场。但却阴谋设伏于城外，门徒出城，皆遭屠杀，长岛的一揆，即因而绝迹。
天正三年（一五七五），信长转向越前，进入加贺，又将越加一揆渐次平定。自长享二年以来，一向一揆之乱，至此已近百年了。本愿寺门徒与织田信长开战，亦达十一年之久，始于天正八年，双方成立媾和盟约。
时宗及融通念佛宗
时宗在一遍之后，分出五派：二世他阿的游行派、净阿的四条派、圣戒的六条派、作阿的市屋派、心阿的奥谷派。在二祖他阿门下，又分出三派：内阿的当麻派、解阿的解意派、王阿的御影堂派。到了第八世国阿之下，又开出灵山及国阿两派。再加上由一向所开的一向派及天童派，共计十二派。但其各派完义无甚出入，现在他们也不再自唱派名，法水一味，同一源头。今以莲华寺、金莲寺、无量光寺、正法寺，为其大本山。
此期间的融通念佛宗，由于良尊的出现（一二七九──一三四九），一度中兴。他对河内大念佛寺的复与，使得一度中衰的本宗，又在东国地方弘通起来。
（三）吉野及室町时代的佛教文化
寺院与经济制度
在镰仓时代新成立的禅宗、净土宗、日莲宗，均与上下各阶层，普遍地发生密切关系，对于国民生活的接触，非常深刻，所以在经济方面的集散，也以寺院为中心了。
那就是各地的寺院或神社，推行一种叫做‘赖母子’的经济制度，又称为无尽钱。这是推行于中国唐代佛教，特别是与三阶教有关的无尽藏法，由留学僧输入日本的。是储蓄生息或类于保险储金的一种地方金融事业，故为地方带来了经济的安定与繁荣。
再说寺院本身的经济。赖母子本系寺院之间的互助会，后来发展成为各地方服务的组织。可
是寺院方面，仍有特殊的经济制度，他们除了信众随时的布施及寺领的不动芦为其收入之外，尚有一山共济的制度，即在一山之内的共济共荣。此可以妙心寺及长福寺的办法为代表。尚有对外营业的方法，基于福田思想的原则，寺院兼营药剂及药材的贩卖；又基于布施屋的延伸，寺院兼营了旅舍业务，称为宿院。稍后寺院与旅舍虽分离，仍为寺院的业务之一。另与旅舍有关的，寺院经营浴室，称为寺汤。
寺院与教育
原来，僧侣为了教育其弟子及乡里的儿童，而施行的教育，自奈良时代之前，业已有了，后来由于官设的教育衰微，到镰仓时代以后，寺院即成了学问的中心，僧侣负起了民众教育的责任，此被称为寺学问。
寺学问的主要科目，是和汉两种文字的学习，以及和汉书籍的读诵和阅览。除了知识的传授，尤其重视精神生活的薰陶。当时所用的教科书，例如：伊吕波歌、实语教、童子教、庭训往来，皆出于僧侣之手，故含有相当程度的佛教思想。
像这样的所谓寺学问，非常普遍，但亦似有高低等级之分。
根据古拉斯的日本西教史以及蒙达农斯的日本记所载，当时在京都附近有高野、根来、比睿山等五个自由学校，各有学生三千五百名。所授课目有修辞学、雄辩学、历史编纂学、天文学、诗、算术等。这是西洋人的记载。
不过，在下野国足利地方，当时有一所足利学校，那是当代最完备的教育机构，由将军足利义兼创办，在其盛时，有学徒三千，目的是在教育足利氏一族的子弟，但也收受海内各地的优秀子弟。该校的校主由僧侣担任，教师亦多是僧侣身份。当时的京都，由于五山文学是以诗文为主，对经学之研究，不甚重视。足利学校则受中国宋学新注（朱熹之学）的影飨，重视经书之讲授，特别对于周易之研究，成了该校的专长。
五山文学
所谓五山文学，是由五山十刹的禅僧发达起来的文学风格。因为五山禅会，均直接或间接地与中国有很深的渊源，故此五山文学，实即是中国文学在日本的发扬。包括诗、文、语录、传记、塔铭以及像赞等。
一般均以一山一宁为五山文学之祖，然以日僧而言，应推一宁的日籍弟子雪村友梅为其初祖。友梅于十八岁时，德治二年（一三○七）入元，历游江南名刹，交结当地名士。旋因当时元日交恶而疑友梅是间谍，本拟处斩，临刑，友梅即诵出无学祖元的名偈，刑官闻之，感服不已，后闻于朝廷乃被赦。他在中国凡二十三年，故对中国文学有深厚的修养。友梅肇其始，后梦窗疎石，乃集其大成。
日本的汉文学，可分三期：初为平安朝贵族所作的中国文学，次为本期的五山文学，三为江户幕府时代日本儒者所作的中国文学；但以五山文学为最优秀，毫无‘和臭’意味。
五山文学的作品，其著名者有：东福寺虎关师炼的济北集、建仁寺雪村友梅的岷峨集、中岩圆月的东海一鸥集、天龙寺绝海中津的蕉坚集、南禅寺善堂周信的空华集。此外，别源圆旨的南游东归集、天岸慧广的东归集、愚中周及的草余集，也很有名。
正由于汉文学的发达，也就渐次注重到中国的儒学，所谓朱学的朱子学风，也由禅僧自中国传入了日本。此固为江户时代的儒学之盛，开了风气，对于佛教的本身则未必有利。禅宗本以不立文字为原则，后因语录的记载而有禅宗特有的文体。日本禅僧终致于贪著文学而转向儒学，其结果，竟有僧侣返俗而成了儒者，此乃五山文学极盛以后的恶果。
元日交通的影响
日本与元朝既以警戒的态度设防备战，却也不禁日人赴海外通商，其目的在获取贸易之利。同时，元朝既对日本两次出师均败于暴风，便改怀柔政策，宽大待遇日商，因此，日商来元者，趋之若鹜。
此类商船，最早为天龙寺的筹建经费而核准的。当时足利尊氏反叛后醍醐天皇而使其南迁吉野，但在后醍醐天皇崩后，足利尊氏及其弟足利直义，为了安慰其灵，以除生前所结之怨，乃决定在京都之嵯峨造天龙寺，以荐冥福。由于经费无着，遂用通商抽税的办法来解决，故名为天龙寺船。以后凡来中国的日船，元朝均以天龙寺船呼之。
既有商船来往，中日两国的僧侣，亦多有交流。入元的日僧，人数不可胜计，据木官泰彦的统计，有名可考者达一百五十三人，唯多平庸之辈，较有贡献的则有可庵圆慧、龙山德见（随他去日的元人林净因，初以馒头制法传于日本）、雪村友梅、孤峰觉明、祖继大智、古先印元等人。
至于元僧之东渡而有史可考者，计十二人。例如一山一宁、西涧士昙、石梁仁恭、东里弘会，东明惠日、灵山道隐、清拙正澄、明极楚俊、竺仙梵仙、东陵永玙等。他们各人对日本文化，均有深长的贡献。最最杰出者，首推清拙正澄。他是杭州净慈寺愚极智慧的法嗣，住上海之南的松江真净寺。入元日僧，慕道来参者极众，因而盛名腾于日本的禅林，执权北条高时遣专使召聘，于元晋宗泰定三年（一三二六）赴日。因他长于诗文，对五山文学之发达，贡献良多。他又将百丈清规传于日本，使日本的丛林，有规矩可循。又因与多数武士接触，对武士的精神生活之影响亦甚大。尤其是武士也采百丈清规的长处，尽入于武家的礼法之中，小竺原贞宗，乃日本武家礼法的鼻祖，他却是正澄的弟子。
一山一宁居山本二十年，对日本的文学、书法、绘画，有莫大的影响。日本的入元僧侣，除了携返经卷典籍之外，也带去了释迦、观音、文殊、普贤、十王、罗汉、达磨、布袋和尚、寒山、拾得等像，以及山水、人物、动物、花卉等宋元名画，此于日本书画史上，促成了雄伟的书风与淡雅的墨绘。
六、江户时代
（一）江户幕府的佛教政策
织田信长与佛教
战国之末，织田信长起而举兵，统一封建诸大名的割据局面，可惜驭下太严，卒致在京都途中的本能寺，为部将明智光秀所弑，统一之业，功败垂成。继其遗志而统一日本的，乃是他的部将丰臣秀吉，先破明智光秀于山城之山崎，复与德川家康议和，又降西方九洲之岛津氏，再灭东方之北条氏，而致群雄皆服，统一大业，终于告成。
再说织田信长，在他经略统一大业的过程中，受到佛教‘一揆’的阻挠，所以，凡是与他为敌的寺院，均受到重大破坏，例如从元龟元年（一五七○）到天正八年（一五八○）对于石山本愿寺的攻略，元龟二年对比睿山的焚烧。加上天文年间的法华之乱，一时间真宗及日莲宗的教势，在京内外大为低落。正由于佛教徒被卷入政治纷争的漩涡，信长即以对基督教保护鼓励的政策，一则藉以摄受西洋新文化，一则用以牵制佛教。
丰臣秀吉与佛教
秀吉平定全国，为了纪念功业，大兴土木，营建伽蓝，铸造大佛。此系实行兵农分离政策，解除民间武器，收归公有，用以铸造大佛而彰和平事业。方广寺大佛殿之地基
，南北五十五间（以曲尺六尺为一间），东西三十七间，高一间半。大佛像纯以铜铸，堂高二十丈，像高十六丈。大佛殿后毁于地震又毁于雷火，秀吉死后，到了其子秀赖手上，再修完成，铜佛像高达六丈三尺。也正因为建大殿铸大佛，以及修整其他许多佛寺，秀赖所费不赀，此乃出于家康的阴谋献计，用以扰乱秀赖的财政。且其竣工之期，因钟铭刻有‘国家安康’四字，以致德川家康借故说秀赖不避家康之讳，大兴问罪之师，结果招致丰臣氏的灭亡。
秀吉对于佛教政策，先来没收寺领不动产，又以寄进（布施）的名目，发还其一部份，因此他就掌握了寺院的经济命脉，剥夺寺院在中世时代的威力，同时又对比睿山、高野山、本愿寺、兴福寺等的复兴，予以援助。总之，他对佛教是采取控制而怀柔的政策，
秀吉之世，立显如的季子光昭为本愿寺的第十二世，德川家康则立显如的长子寿光为法嗣，另于乌丸七条地方，建东本愿寺。从此，本愿寺即分立为东西两流。
德川幕府与佛教
德川家康于丰臣秀吉殁后，即在庆长五年（一六○○）建立江户幕府（今之东京） ，此后二百六十余年，即为德川幕府的江户时代。
在织田信长及丰臣秀吉之时，日本的寺院势力，已经大为下降，不如中世（从奈良镰仓至室町时代）的寺院，在军事、经济方面，竟与公家、武家，鼎足而立。至德川氏的政权成立，对佛教乃站在保护与干涉的折衷地位，既然寄进（布施）诸大寺的寺领财产，又将佛教纳之于他的封建政权的体系之中。
法度
对于佛教制约，是用法度（法令）来制定各宗派寺院的本末关系。庆长十三年（一六○八）首先颁发比睿山的法度七条，其后陆续颁布了净土宗诸法度，以及净土西山派、真言宗、五山十刹、大德寺、永平寺、总持寺等诸法度。这些法度，大抵是严格规定寺格的区别，僧阶、职制、座次、住职的资格，紫衣等袈裟及特殊上人之号的敕许，授戒法脉的限制，出家的规定，末寺对本寺之命令的遵守，说法的限制，募化财物的取缔，寺社建立的限制，邪教流行的禁止等项。其中特别以寺院本末制度的确定，收效最大，此一制度在镰仓末期，仅是法系上的本末关系，江户时代则是法令上的隶属规定，末寺必须服从本寺的命令及支配。各派宗内的事件，因此减少，诸宗之间若起争执，则受幕府的干涉，并且强制执行其裁断。
门迹
另有与法度有关的，就是对于公家佛教的规定，即是与皇室或朝廷有密切关系的寺院，所谓门迹、院家、院室等，历来已久。德川幕府同样剥夺了他们的实力，仅给予空位及空权。元和元年（一六一五）颁发的公家诸法度之中，对于亲王门迹（法亲王主持的）寺院及摄家门迹（摄关家出身所主持的）寺院内，座位的决定，僧官的任叙，紫衣寺的住职，上人号的敕许，都作了明确的规定，一扫向来以俗权而作影响的弊风。通称江户时代的门迹寺院，计有二十五所。天台宗的轮王寺、妙法院、圣护院、照高院、青莲院、圆融院、曼殊院、毗沙门堂、圆满院、实相院，真言宗的仁和寺、大觉寺、劝修寺、三宝院、随心院、莲华光院，净土宗的知恩院，法相宗的大乘院、一乘院。以上均为亲王门迹或摄家门迹，另有真宗的准门迹六所：东本愿寺、西本愿寺、兴正寺、佛光寺、专修寺、锦织寺。
基督教政策与檀家制度
织田信长保护基督教以牵制佛教，丰臣秀吉则以基督教冒渎神社佛阁，且窥之有领土的野心，故于天正十五年（一五八七）下令禁止，但仍欢迎与西洋贸易。基督教传入日本，是在西纪一五四九年，系耶稣会士萨维尔，由日人安治郎自马来亚的麻六甲引导而至。等到德川家康于关原战役（一六○○）之后，专以贸易为本，吸引外资及技术支援，对基督教遂取默许态度，基督教得此复活机会，迅即遍及全国，至庆长十年（一六○五），信者激增至七十万人。律教师为布教的便利起见，乃设学校以培养传道之助手，并设医院、孤儿院、癞疾收容所，以吸收一般的信徒。可是，基督徒的思想行为，动辄违抗君父之命，此与封建政治及伦常观念，格不相融，且以英国及荷兰因商业竞争而说西班牙在日本有领土野心，家康遂下令禁止。为了禁教而引起了宽永十四年（一六三七）的基督徒岛原之乱，幕府深感基督教之弊害，便开始了所谓锁国政策。
如何根绝基督教的潜移默行而防止其死灰复燃？幕府便利用佛教的基础，建立所谓寺檀制度，以彻底肃清基督教的余势。
寺檀制度，是将全国每一个国民均纳入佛教的组织，不论你加入那一宗派，均算合法。最初是对基督徒之转入佛教者，须取得寺院之证明文件，叫作寺请证文，证明他确已脱离基督教而改信佛教。后来则使全民皆得归属于佛教的寺院，人人皆择一宗之一寺而自为檀越，称为檀家信徒，并负维持寺院费用及其住职生活的责任。更进一步，僧侣具有户籍公证之特权，檀家信徒若遇结婚、生产、死亡，乃至移址、旅行、畜奴婢等事，均得与所属寺院联系勘录而取得证明，以证明其身份。
由于寺檀制度的建立及法度的限制，寺院及僧侣生活有了固定的保障，但也失去了活泼进展的朝气。
存应、崇传、天海
德川家康的晚年，他所亲近的僧侣，即是存应、崇传、天海三人。
源誉存应（一五四三──一六二○），是增上寺的第十二世，天正十八年（一五九○）应家康之召，去关东，屡谈法义，极为优遇，并为家康及其子秀忠，授圆戒宗要。
崇传（一五六八──一六三三）于庆长十年住南禅寺金地院，寺院法度的制定，他颇参预其事。因为家康初以寺院司理外文任务，三要元吉、西笑承兑之后，即由崇传继之，得展长才于政治工作之中，故此深受家康之敬重。
天海，他的寿命很长，有说长达百三十三岁，最低之说为一百八岁，寂于宽永二十年（一六四三），早岁登睿山学天台，深入阃奥而傍达诸宗，天正十六年（一五八八）之后，历住武藏的多喜院及下野的宗光寺，后为家康赏识，重修多喜院而称为东睿山多喜院，又被任命为修造日光山的领管。元和二年家康薨，择日光山建东照宫以为灵厝，天海则称受家康遗命，主张用神道及佛法‘两部习合’来祭祀家康之灵，大祭之日，即以天海为导师；并据天海的意见，为家康追奉东照大种现之神号。日本刊行的第一部大藏经，称为天海版或宽永版，即是由天海得到幕府的支持，而于宽永十四年开刻，经十二年而完成，计六千三百二十三卷。
（二）隐元东渡与黄檗宗
唐船与唐寺
日本的政教风物，受唐代文化的影响极深，所以凡称中国，不论是在唐朝以前成唐朝以后，乃至到了明清之后，一律名之为唐。故此所谓唐船，不是唐朝的船，而是江户时代从中国去的商船。
江户时代，日本对外关锁，但对中国的商船进口，则采限制政策。当时的唐船，大多停泊日本南国的长崎港口，根据长崎实际的记载：唐船‘不分四季，以小舟载价值银五六贯，或十四五贯之货物，数艘俱来，作交互贸易，间有自愿逗留，娶妻生子而安居于此者。’但是唐船进口，均受检查，贞享四年（一六八七）竟发现天主教的中文书籍走私进口者三十八种，因康熙皇帝当时眷顾天主教，在华南一带颇为盛行，殊不知日本锁国即为禁教，此乃唐船自找麻烦。
由于留住长崎的中国人多了起来，他们是外侨，虽不适寺檀制度，可是中国人也信佛教，这些来自南京、漳州、福州的华人，为了实际需要，便建立了属于自己的寺院，这就称为唐寺。当时在长崎有三大唐寺：江浙帮的兴福寺，福州帮的崇福寺，漳州和泉州帮的福济寺。这三座唐寺，迄今仍留于长崎市内，不过现在是由日僧主管，当年则是由中国请去的禅僧住持，隐元隆琦即是由兴福寺出名聘去的一位禅师。
隐元隆琦
隆琦禅师生于明神宗万历二十年（一五九二），六十三岁东渡，八十二岁，清圣祖康熙十二年（一六七三）圆寂于日本。隆琦是福州林氏子，九岁入学，十岁即辍，而业耕樵。十六岁时，一天夜晚卧于松下，仰观天河运转，星月流辉，心窃异之，以为此非仙佛难明，遂启慕佛之念，二十二岁至普陀山，礼观音，并投潮音洞主，为茶头，日供万众，不以为苦。二十九岁登黄檗山，正式落发。天启四年（一六二四），参密云圆悟，受心印。崇祯六年（一六三三），费隐通容主黄檗山，举隆琦为西堂，十年补黄檗法席，大振禅风，复兴古道，住山七载而退。十七年主福岩寺，弘光元年（一六四五），主常乐之龙泉寺，明年再返黄檗。清世祖顺治十一年（一六五三），率门弟二十余人东渡。
黄檗宗的开创
隐元隆琦本为中国临济宗的法统，但他生活于明末清初之间，稍晚于莲池大师云栖祩宏，故其颇受莲池所倡‘禅净合一’思想的影响，与古来的临济宗风已有不同，他到日本之时，亦不能与早期传去日本的临济宗相合，但他的宗风，却极受日本诸禅僧的欢迎而竞相参谒，轰动一时，尤其是妙心寺的龙溪、秃翁、竺印，先请他到妙心寺，又转住普门寺。
此后，隐元颇有西归之意，事为龙溪得悉，力加挽留，并且伴同至江户，于万治元年（一六五八），谒见将军家纲，受到幕府之信赖，次年返京都，由于龙溪的斡旋奔走，家纲以山城治宇之土地见赐，作为寺基，宽文元年（一六六一）竣工，仍似他在中国所住的黄檗山万福寺为其寺号，并遵幕府之命，祝国开堂，自此，黄檗宗即与原有的临济、曹洞并称，而成为日本禅宗的第三大派。宽文五年，幕府布施寺领四百石，免除税役。隐元则于宽文四年，功成身退，让席于木庵性瑫（一六一○──一六八四），性瑫续建堂宇，确定一山之清规是以黄檗宗风益加振拔。
隐元门下之嗣法者二十三人，其中除龙溪、独照性圆、独本性源三人之外，均为中国人。龙溪德学并秀，蒙后水尾天皇之信任，赐号大宗正统禅师，但他热心于万福寺黄檗宗的开创行动，颇受妙心寺一派的非难，故于宽文九年，干脆脱离妙心寺而成为隐元的法嗣。
黄檗禅僧
隐元门下，木庵性瑫与即非如一，称为黄檗宗的二甘露门，尤以木庵为着，当他继主万福寺法席之后，开三戒坛，为广大的信徒授戒，并下江户，见家纲，受寺领及金二万两的布施，以实万福寺的经常费及增建费，又由其门下的铁牛及潮音等之东下，在江户开瑞圣寺，随后，黄檗禅风因此而播于关东地方。
木庵门下的铁牛、慧极、潮音，称为三杰。
铁牛道机（一六二？──一七○○），以自牧子自号，继席瑞圣寺。延宝六年（一六七八），巡化下总地方，经营桩沼之开荒事业，拓出新田（年产量）八万石，晚年住于洛西净住寺。慧极道明继铁牛而主席瑞圣寺。潮音道海乃是神道及儒术兼学的人物，他在上野馆林地方，开创广济寺。
另有两位重要人物，一是铁眼道光，一是了翁道觉，均于日本文化有重大贡献。
铁眼道光（一六二七──一六八二），本是净土真宗的人，后皈依隐元，又亲近木庵，道誉极隆，天和元年（一六八一）完成了大藏经六千七百七十一卷的刊行，此对天海版大藏经而言，有普及版的性质，称为铁眼版。但他最足感人的事迹，是于天和二年的大饥馑时，作了贫民救济的工作，时人呼为救世大士，他也就在那年示寂。
了翁道觉（一六二九──一七○七），是隐元高足弟子高泉性潡的法嗣。宽文五年，他在江户不忍池畔，开药铺，自甘清苦，所得利润，悉数移作社会救济，养育江户市中的弃儿十多人。天和元年长崎大饥馑以及天和三年的江户饥荒，他都做了赈恤救济的工作。元禄七年（一六九四），又在万福寺之前，创建天真院。
黄檗山万福寺的法席，木庵之后，经慧琳、独湛、高泉等，均为中国人，直到第十三世竺庵
净印辞职之后，始由日僧龙统元栋于元文四年（一七三九）继其法统，他是慧极的法嗣。但至延享元年（一七四四）龙统又举清僧大鹏正鲲自代，可是自从二十一世大成照汉之后，因清僧绝迹而由日僧住持，以迄至今。
（三）诸宗的活动
学问的奖励与檀林
在寺院法度的规定中，奖励学问乃其重要的精神之一。僧侣之入山及出化，有其一定的修学年数和学业的程度。家康曾以‘学问料’或‘硕学料’之名（料是经费之意），颁发各寺院，以奖励学问，于是，各宗纷纷兴办所谓檀林、学寮、学林等的教育机构，教育其宗徒，研究其宗学。
此在镰仓末期，净土诸宗及日莲宗的宗学研究，称为谈议所，简称谈所，继此而兴者，便是江户时代的檀林。较早兴起的檀林是在天文法华之乱稍后，永禄年间（一五五八──），由日莲宗的日光、日谛、日诠等，成立了‘三光无师会’，到了天正（一五七三──）之初，日生在京都松崎及下总饭高两地，正式开创了檀林。江户初期，就一致派而言。有关东八檀林及京都六檀林，胜劣派别有七檀林。
再说江户时代的学寮，最先出现的是长谷寺、智积院、增上寺、宽永寺，及本愿寺继之。元禄八年（一六九五），本愿寺改建于东中筋，便改学寮之名为学林。大谷派的学寮则始于宽文五年（一六六五）。曹洞宗也在元禄五年开创学寮。
檀林或学寮的组织，亦有可言者，一宗的最高职位称为学头，以下则有化主、能化、讲师等职称，学员的名称是所化。大体来说，江户地方以学寮为盛，京都地方以檀林为盛。所化的学员，多数是寄宿的，故在檀林或学寮之内，包括讲堂及寮舍的两部，当初的所化人数，各处均为五六十名上下，渐次增加，到了宝历及明和（一七五一──一七六四──）之顷，增上寺的所化人数达二百至二百五十人之间。真宗本愿寺派的学林，在明和及安永（一七七二──）之际，即超过了一千人；江户幕府末的安政（一八五四──）年间，竟超过了一千六百人；至于大谷派，在天保九年（一八三八），就已有了一千八百四十七名所化。
檀林的课程方面，以日莲宗来说，先修四教仪、集解、观心，此为法华三小部，共六年；文义、文句、止观，此为法华三大部，仅是法华文义，又分新、中、古的三级，共四年；法华文句及摩诃止观的修学年数则无限制。再说净土宗的科目，共分名目、颂义、选择、小玄义、文句、礼赞、论、无部等九种，无部不限年数，其他八部则为每三年修一部。依照各人所修的年数，决定僧职及僧阶的资格。例如真宗派是照各人的修科目及年数而区分为新隶、下座、中座、耆年、上座、腊满等的阶次，求学十六夏以上者，称为腊满。
由于学事兴隆，各宗的学者也纷纷出现。
日莲宗学者
日莲宗是诸宗之中学问兴隆最早的一宗，此期间，以日重、日干、日远最得令名，称为日莲宗的中兴之祖。由于宗学的兴隆结果，在宗义及宗风上，又开出了新的学派，对于原来的受不施派，由日奥及日讲二师唱出了不受不施派。
日奥（一五六五──一六三○），住于妙觉寺，当丰臣秀吉庆祝京都大佛殿落成之时，设千僧斋，日奥即唱不受不施，而拒绝参加，因慨日莲宗门之堕落，遂隐于丹波。后于庆长五年（一六○○）受德川家康之命，与大阪城妙显寺的日绍对论，仍坚持己说，故被流于对马岛。嗣后虽获赦，但此宗义即与基督教同样地受幕府禁止，直到明治年间，始公开承认它的派名，而以日奥为其开祖。
日讲（一六二六──一六九八）修学其宗学于妙觉寺，深信日奥的不受不施义，并且起而倡导，于宽文六年（一六六六）撰著守正护国章，献于幕府，强调不受不施的宗义，因而获罪，流于日向（宫崎县），七十三岁时，即寂于该地。后被推为不受不施讲门派之创祖。
天台宗学者
此一时期，天台宗出有妙立及灵空等诸师。
妙立寂于元禄三年（一六九○），五十四岁。他本为禅僧，后归天台，但他承受中国的四明知礼及灵峰蕅益的思想，根据四分律而反对天台宗学以圆、密、禅三宗一致的宗风，反对比睿山由来所传的大乘戒。因得轮王寺的宫辨法亲王的皈依，故于元禄六年，在比睿山建立安乐院，专弘
妙立的律学，称为安乐律院，由其弟子灵空住持。
灵空（一六五一──一六九八）是一位博学多闻而又持律坚固的名德，继承师说，全力宣扬，著作有六十余部二百卷。他又另于宽永寺建净名院，日光建兴云院，三山鼎立而盛弘宗义。因以安乐院为其中心，故称其所弘之律为‘安乐律’。但此安乐派之成立，是由灵空的弟子玄门，于宽保三年（一七四三）始定其一派立条规。
此后，出有宽永寺净名院的惠澄（一七七九──一八六二），终生讲学不倦，大振四明学风。
与灵空同时的义瑞，则遥承最澄传教大师的学风，而与灵空作宗义之诤，称为寺门派。此后又有敬光、敬长、敬彦，次第出现市倡复古之论，敬彦痛论安乐派之出于山家而又反对最澄，乃是不忠不孝。
真言宗学者
在家康时代的庆长六年（一六○一），曾将高野的真言宗，分为学侣及行人的两派，制定一山两头，其后两派互争权势，诉之于幕府，幕府则出而一扫其纷争，以服从命令为准。当时真言宗在教义方面，又分为新义派及古义派。
新义派有智山的运敞、丰山的亮汰。运敞（一六一三──一六九三）的著述达二百余部，藏书极多，称为运敞藏，被人敬称为近代师。亮汰（一六二一──一六八○）着有理趣经深密秘钞三卷等数十部。
古义派自庆长年间的西明寺明忍，自誓受戒之后，再兴兴正菩萨所倡的真言律，大张戒学的讲筵。后来于元禄年间出有一位净严，开创江户的灵云寺，慕明忍遗述而自誓受戒，继续弘律。净严之后，即有慈云（一七一七──一八○四）出现，盛弘戒律，德化及四方，幕府以高贵寺为其弘律之本山，他将他所弘的戒律，称为‘正法律’，因其主张大小威仪，百般规范，悉应遵照佛制，正法律之名称，即出于原始的律藏。
临济宗与曹洞宗
临济宗在此期间，有五位人才可足介绍，第一位就是受家康信任的崇传，他对江户幕府基础之建立，参与帷幄，颇着功绩。诸宗诸寺的法度，多半系出其手。宽永十年示寂，生年六十五岁。
其次，大德寺的泽庵（一五七三──一六四五），受到三代将军家光之皈依，创东海寺于东京市的品川区，大振宗风。妙心寺的愚堂（一五七九──一六六一），在江户（东京市）开龙翔寺，盛弘所宗。愚堂第三代法孙白隐鹄林（一六八五──一七六八），嗣道镜慧端之法，先住松荫寺，继开龙泽寺，晚年再住松荫寺，一生之中，巡游各地，诱化道俗，并着‘假名法语’，阐扬临济禅风。门下有东岭，峨山、遂翁等人，今日自成一流，名为鹄林派。
与白隐同时者，又有古月禅材（一六六七──一七五一），他的法系传至今日，称为古月派。
尚有美浓盛德寺的师蛮，于元禄十五年（一七○二）着成一部七十五卷的‘本期高僧传’，收集日本各宗高僧一千六百六十余人的传记，乃系彼国最大部帙的僧传书。
再说曹洞宗，此期间以永平、总持两寺为一宗之本山，统一宗务，隆盛宗学。元禄年间，出有月舟及卍山二师，先由月舟复兴古风，继而卍山承其宏业，着有宗统复古志二卷、广录四十八卷。二师之后，又有天桂、指月、面山诸人辈出，讲释祖书，曹洞之宗学，因此奠定基础，宗门学徒，多能兼学内外典籍，大开讲肆。
延宝五年（一六七七），又有清僧心越兴俦，应水户光国之招聘而到日本，住祇园寺，盛名振于一时。
净土宗学者
德川氏世代信奉净土宗而为檀越，所以净土宗因得江户幕府之厚护，大扬宗风。增上寺受家康之皈依，大建伽蓝，并订檀林制度，振兴宗学，除以此为中心的关东檀林之外，有十八檀林，每一檀林，无不学徒云集，那就是江户檀林五所，田舍檀林十三所。因此，净土宗的人才很多。
京都知恩院的满誉，受二代将军秀忠之皈依，又得后阳成天皇的信任，使皇子良纯法亲王成为知恩院的法嗣。
佑天愚心，受将军纲吉受其夫人桂昌院之归仰，并升为大僧正。
袋中欲来中国未成，而至琉球开创桂林寺，后返日本，又在京都兴建法林寺。
宽保及宽延年间（一七四一──，一七四八──），出有贞极、关通、普寂、敬首、大我等诸大德。他们鉴于净土宗风的颓弊，所以力倡改革，极重戒律，尤其是敬首，兴起了念佛门中的律院制。此与天台宗的安乐律、真言宗的正法律，在时代精神上有相通的要求。因受宋儒朱熹及阳明学派指责佛教无助于伦理实践，故以振兴戒律来挽救危机。
真宗学者
真正分作西本愿寺派及大谷的东本愿寺派。西本愿寺派在此时期，先有准如、良如、寂如等好学的宗主。学林之能化，则有知空、若霖、义教、功存、智洞等人，次第出现，其中以知空及若霖门下的法霖，最为优秀，确立某宗学之体系者，特别是法霖的贡献最大。法霖门下出僧朴，僧仆之门则有僧镕、慧云、崇廓、仰誓等人。至第十七世宗主法如之际，宗门多事，学林派的学者与非学林派的学者之间，发生了‘三业惑乱’的纷诤，所以智暹着‘真宗本尊义’攻击法霖之说为始，结果是由幕府仲裁处断而平。
东本愿寺派，首于正德五年（一七一五），设置学头及讲师，由西福寺的惠空担任，其后经慧然、慧霖，于宝历四年（一七五一）将学寮移至高仓，增建学舍，扩大规模。再经慧敞、深励、宣明、大含、德龙等的历任讲师，人数越来越多。
但在江户时代，虽受幕府的奖励兴学，在思想方面却也受到幕府的控制，凡有新异之见，即遭幕府的取缔，并且加之以刑狱。
佛教的黑暗面
江户时代的日本，文化中心渐次由京都及大阪而移至江户，同时儒学及国学勃兴的结果，幕府极受影响，儒生渐次抬头得势，对佛教则颇不利。
在佛教方面，江户时代虽然人才辈出，对于社会教育、文化、慈善，也做得很多。可是，僧人生活有了固定的保障，一般缺乏活泼进取的精神，思想沉滞，形成为‘读经佛教’的状态。同时，僧尼之破戒腐败，亦时有暴露，尤其是真宗出现了左道派，流行秘事法门或夜中法门。
于是，社会的人士，纷纷指责僧尼为无用之物，儒学盛行的水户藩，因而首开废佛之端，着手摧毁佛寺，淘汰僧尼，并将佛像镕铸大炮，这是天保十四年（一八四三）的事。
由于儒学及国学者的复古思想积极推展，除了废佛毁释，更倡尊王攘夷的主义。尊王观念的成熟，所以江户幕府的将军，便把大政奉还天皇，那就是明治维新的开始；攘夷观念的成熟，所以要恢复神道信仰而排斥佛教，那就是明治时代神佛分离，政策的执行。
现代佛教学术丛刊
第82期115-231页
