完工以后，在房梁上画了许多触目惊心的历史故事和宋儒的大学衍义，以为警示。也决不许部下阿谀奉迎，搜罗奇珍异宝敬奉皇宫。陈友谅有一张镂金床，极为考究，江西行省送给皇帝，元璋说 ：“这和孟昶的七宝溺器有什么两样 ！”下令将其打碎。有的官说这里有金，哪里有银的都被朱元璋打骂一顿，甚至发到边地充军去了。
执法极严，令出必行。初起兵时，粮食不足，朱元璋下令禁酒，胡大海统军攻越，其子犯令，王恺请勿杀以安大海之心，元璋以为宁可使大海叛我，不可使法不行，亲手执行死刑。冯胜攻高邮，城中诈降，先头部队全军覆没。朱元璋将其立即召还，决大杖十下，令步行回高邮，高邮遂一鼓而下。洪武末年附马都尉欧阳伦出使，贩带私茶违反国法，虽是亲女婿，朱元璋还是把他赐死了。
朱元璋一生勤勉，事必躬亲，一丝不苟。他平均每日要亲自批阅１５０余件奏章，裁决４００多桩案件。每天天不亮就起来办公，一直到深夜还不能休息。没有特殊嗜好，更谈不上精神的调剂和身心的娱乐。
到晚年的时候，由于对人事的极度不安，朱元璋无时无刻不在挂念着皇朝的万年一统，时常喜怒无常，令王公大臣胆战心惊无所适从。经常发高烧，心跳加疾，时常作怪梦幻想到天上神仙宫阙。
到洪武三十一年，朱元璋已经７１岁了。由于身体的极度衰弱，精神的过分紧张，五月间，竟致一病不起，动弹不得。尽管请尽天下名医，用尽万般药方，皇帝的病情不但略无好转，反而一天一天地恶化下去。回想这一生：出身穷苦，白手起家而与群雄逐鹿，定鼎天下，为朱氏子孙挣下这份万世不朽的基业，足以光宗耀祖，名垂青史；儿孙们经过悉心培养，严厉督导，都已长大成人，足以独挡一面，并将这份家业发扬光大，尽可释然无忧；至于这份家业能保几世几代，遥遥冥冥，殆非人测，造化自有安排，虑之无奈；唯有这一生，疑心太大，用法过严，杀气太重，冤孽太多，这人世间的皇帝可做不了冥司里的阎罗，黄泉路上凄凄惨惨、孤孤单单、冷冷清清。唯有祈盼那儿时嬉戏的伙伴们，战时出生入死的将士们，还有那许许多多死去的冤魂们，原谅我吧！
就这样，大明王朝的缔造者，告别了他所手创的帝国，离开了他所热望的继承人和满面笑容的臣民，结束了他一生的恩恩怨怨，了却了许许多多是是非非，忍受了３０多天的疾病折磨，朱元璋像他所统治的千千万万平民百姓一样，虽贵为“万岁 ”，仍无法抗拒生老病死的自然法理而寿终正寝了。时在洪武三十一年闰五月乙酉，终年７１岁。
朱元璋死后，遵照其遗嘱，丧事一切从俭 ：“长祭仪物，毋用金玉，孝陵山川因其故，毋改作。天下臣民，哭临三日，皆释服，毋妨嫁娶。诸王临国中，毋至京师 。”谥号高皇帝，庙号太祖。永乐元年，又谥圣神文武钦明启运俊德功成统天大孝高皇帝。嘉靖十七年增谥开天行道肇纪立极大圣至神仁文义武俊德成功高皇帝。
附 录朱元璋大事年表元天顺帝天历元年（１３２８） １ 九月丁丑，元璋生。
元顺帝至元年六年（１３３５— １３４０） ８— １３元顺帝三年开始，弥勒教先后起义被镇压。
元顺帝至正元年（１３４１） １４ 山东、湖广、燕南平民为盗，多至三百余处。
至正四年（１３４４） １７ 春：淮北大旱，继以瘟疫，元璋父母兄次兄相继病死。秋九月，元璋入皇觉寺为沙弥。一月后，云游淮西颖州一带。
至正五年-七年（１３４５— １３４７） １８—２０ 游方淮西未归。
至正八年（１３４８） ２１ 年底，回皇觉寺。
至正九年-十一年（１３４９— １３５１） ２２— ２４ 皇觉寺静待。
至正十二年（１３５２） ２５ 闰三月，投郭子兴部下为兵。
至正十三年（１３５３— ） ２６ 南略定远，下滁州。
至正十四年（１３５４） ２７ 屯军滁州。至正十五年宋小明王龙凤元年（１３５５） ２８ 正月，克和州，奉郭子兴命总诸将。
四月，常遇春来归。
五月，廖永安、俞通海以水军降，元璋下采石取太平。
小明王命郭天叙为都元帅，张天佑，元璋为左右副元帅。
九月，郭张二帅攻集庆，皆死之。朱元璋尽有郭部。
至正十六年龙凤二年（１３５６） ２９ 二月，攻取集庆，改名应天府，又遣徐达攻取镇江。六月，元璋部将邓愈克广德。小明王升朱元璋为江南等处行中书省平章。
至正十七年龙凤三年（１３５７） ３０ 占长兴、常州、宁国、江阴、常熟、徽州、池州、扬州等地。
至正十八年龙凤四年（１３５８） ３１ 二月，以康茂才为营田使，实施屯田。十二月，自将攻婺州，改为宁越府。
至正十九年龙凤五年（１３５９） ３２ 克诸暨、衢州、处州等地，命宁越府立郡学。小明王升朱元璋为仪同三司江南等处行中书省左丞相。
至正廿年龙凤六年（１３６０）３３ 陈友谅攻应天，朱元璋大败之，遂复太平。徐寿辉旧将以袁州降于元璋。
至正廿一年龙凤七年（１３６１）３４ 元璋击陈友谅于江州，友谅败走武昌。遂分兵取南康、建昌、饶州、蕲州、黄州、广济等处，继下抚州。小明王封元璋为吴国公。
至正廿二年龙凤八年（１３６２）３５ 元璋受友谅部将胡廷瑞之降，得龙兴，改为洪都府。瑞州、吉安、临江相继下。
至正廿三年龙凤九年（１３６３） ３６ 元璋因张士诚将吕士珍攻安丰，亲率军往救。陈友谅大举攻洪都，围八月十五日未下。元璋撤军回援，与友谅大战于鄱阳湖。友谅中流夭而死，其子陈理奔回武昌，元璋亲往围之。
至正廿四年龙凤十年（１３６４）３７ 自立为吴王，建百官。受陈理降，汉亡。
至正廿五年龙凤十一年（１３６５）３８ 以徐达为大将军，进攻江北、淮东张士诚之地，先取泰州高邮。
至正廿六年龙凤十二年（１３６６）３９ 徐达等下淮安濠州宿州徐州等地，浙东悉归元璋。五月，令徐达常遇春攻张士诚，连下湖州、杭州，进围平江。十二月遣廖永忠迎小明王于滁州，中途沉之于江，宋亡。
至正廿七年（１３６７）４０ 徐达等克平江，执张士诚，吴亡。元璋命汤和等攻方国珍，方降。又以徐达为征虏将军，北伐中原。命胡廷瑞等取福建，杨□取广西。徐达等下山东诸郡。
元顺帝至正廿八年明太祖洪武元年（１３６８）４１ 正月，朱元璋称帝，国号大明，建元洪武，是为明太祖，立世子标为太子，妃马氏为皇后。汤和克延平，执陈友定，福建平。命汤和等师取广东，广州守将何真降。杨□等下宝庆、全州、靖江等地。徐达下汴梁。元璋以应天为南京，开封为北京。十一月，徐达取大都，改为北平府。保定、真定、怀庆、泽州、潞州相继下。
洪武二年（１３６９）４２ 奉元、凤翔、临兆相继下，李思齐降。常遇春克开平，元帝奔和林。常遇春卒于军。元军攻大同，李文忠败之。徐达下庆阳。元璋定内侍官制，编《祖训录》，定诸王封建之制。洪武三年 １３７０ ４３ 命徐达李文忠等分道北征。李文忠获顺帝孙以归，元嗣君北遁。元璋分封诸王，赐爵功臣。
洪武四年（１３７１）４４ 命汤和廖永忠率舟师由东路入川，傅友德率步骑由秦陇取蜀。傅军连下阶州、文州、隆州、绵州。廖永忠克夔州，明升出降，夏亡。元平章刘益以辽东降。
洪武五年（１３７２）４５ 命徐达为征虏大将军，出雁门，趋和林，李文忠趋应昌，冯胜取甘肃，征扩廓贴木儿。徐达为扩廓所败。命邓愈征土蕃。诏以农桑，学校课有司。
洪武六年（１３７３）４６ 颁《昭鉴录》， 训诫诸王。 扩廓犯大同，徐达遣将败之。 颁定《大明律》。
洪武七年（１３７４）４７ 李文忠蓝玉大败元兵。遣元顺帝孙北归。
洪武八年（１３７５）４８ 诏天下立社学。
洪武十年（１３７７）５０ 以羽林等卫军益秦、晋、燕三府护卫。邓愈、沐英讨吐藩，大破之。命大小政事先启太子裁决。
洪武十三年（１３８０）５３ 左丞相胡惟庸以擅权诛，坐其党，死者甚众。废中书省及丞相等官，提高六部官秩。改大都督府为中左右前后五军都督府。燕王棣到封国北平就王。安置宋濂于茂州，死于道。
洪武十四年（１３８１）５４ 命傅友德、沐英、蓝玉征云南。傅友德败元兵于白石江，遂下曲靖，元梁王自杀，云南平。
洪武十五年（１３８２）５５ 蓝玉沐英克大理，分兵攻鹤庆、丽江、金卤俱下。马皇后卒。置殿阁大学士。空印案发，株连死者数万。
洪武十六年（１３８３）５６ 召征南师回京，沐英留守云南。
洪武十七年（１３８４）５７ 曹国公李文忠被毒死。禁内官预政，敕戒诸司不得与内官公文往来。
洪武十八年（１３８５）５８ 魏国公徐达中毒死。户部侍郎郭桓坐盗官粮被诛，死者数万。
洪武二十年（１３８７）６０ 冯胜傅友德蓝玉同征纳哈出。冯率师出松亭关，下大宁宽河会州富峪四城，纳哈出降，东北平。
洪武廿三年（１３９０）６３ 晋王棢、燕王棣帅师征元，颖国公傅友德等皆从其节制。齐王帅师从征，燕王师次迤都，元丞相咬柱等降。韩国公李善长因胡惟庸案发，坐诛，牵连死者甚众。作《昭示奸党录》，布告天下。
洪武廿四年（１３９１）６４ 天下郡县赋役黄册成。八月皇太子巡抚陕西，十一月还京师。
洪武廿五年（１３９２）６５ 皇太子标死，立长孙允炆为皇太孙。沐英卒于云南。子沐春袭封西平侯，镇云南。
洪武廿六年（１３９３）６６ 凉国公蓝玉被杀，功臣死者甚众。冯胜傅友德备边北平。其属卫将校悉听晋王燕王节制。诏二王军务大者始以闻。
洪武廿七年（１３９４）６７ 颖国公傅友德坐诛。
洪武廿八年（１３９５）６９ 谕群臣兹后不得法外用刑；嗣居不许置丞相；皇亲唯谋逆不赦，余罪宗亲会议取上裁，法司只许举奏，不得擅逮，勒诸典章，永为遵守。
八月，秦王樉死。颁皇明祖训条章，后世有言更祖制者以奸臣论。
洪武卅一年（１３９８）７１ 二月晋王棢死。
闰五月，元璋卒，终年七十一岁。太孙允炆继位，是即惠帝。
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